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PLAN DE FORMATION 2015
LMGE
Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement
UMR CNRS 6023
Télesphore Sime-Ngando Tél 04 73 40 78 36
(Directeur de l’Unité) Fax 04 73 40 76 70
mail : [email protected]
Corinne Bardot Tél 04 73 40 51 58
(Correspondant formation CNRS) Fax 04 73 40 76 70
mail : [email protected]
2
Sommaire
I. Structure du laboratoire .................................................................................................................................. 4
1. Statut du laboratoire....................................................................................................................................... 4
2. Organigramme du laboratoire et ressources humaines (prévisions janvier 2015).............................................. 4
3. Organisation structurale du laboratoire ........................................................................................................... 5
II. Objectifs scientifiques du laboratoire .............................................................................................................. 6
1. Cadre scientifique général .............................................................................................................................. 6
2. Objectifs scientifiques ................................................................................................................................... 7
III. Le LMGE et la Formation Permanente ........................................................................................................... 8
1. Bilan des formations accomplies lors du dernier quadriennal 2008-2011 ......................................................... 8
2. Bilan des formations accomplies depuis le début du présent quinquennat 2012-2016 ...................................... 8
3. Budget du LMGE pour la formation du personnel .........................................................................................12
4. Organisation de formations INTRA depuis 2012 ...........................................................................................12
5. Ecole thématique VIR2OMIQUES ...............................................................................................................12
6. Mise à disposition des compétences au LMGE ..............................................................................................13
7. Evolution des projets scientifiques ................................................................................................................13 8. Evolution de la composition du personnel .....................................................................................................14
IV. Analyse détaillée des besoins ...........................................................................................................................15
1. Besoins liés aux services communs de l’Unité ...............................................................................................15
Permis de conduire BE
Permis fluvial
Hygiène et à la Sécurité : Sauveteur Secouriste du Travail et Equipier incendie
Acquisition et validation des compétences en Expérimentation Animale
Electronicien
Comptabilité : Dématérialisation des factures CNRS et UBP
Ressources Humaines : Modalités de recrutement des CDD
Qualité :
La métrologie dans les laboratoires
Audit interne
2. Besoins des équipes liés aux projets scientifiques ..........................................................................................17
2.1. Besoins communs à plusieurs équipes .................................................................................................17
Formation approfondie : cycle « Séquençage Haut Débit (NGS : Next Generation Sequencing »
Traitement d’Images sous ImageJ
Microscopie et marquage cellulaire
GC-IRMS (Gas Chromatography-Isotope Ratio Monitoring Mass Spectrometry)
2.2. Besoins spécifiques des différentes équipes .........................................................................................20
2.2.1 Equipe « Interactions hôtes-parasites »
Microscopie confocale
Recherche d'informations à partir d'une séquence nucléique ou protéique
Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS)
2.2.2 Equipe « Communautés Microbiennes : Ecotoxicologie et Santé »
Recherche d'informations à partir d'une séquence nucléique ou protéique
Comparaison et annotation génomiques, protéiques et métaboliques des souches
bactériennes
3
Comparaison et annotation génomiques, protéiques et métaboliques des souches
bactériennes
Protéomique
Fractionnement protéique
2.2.3 Equipe « Microbiologie Environnementale et Bioinformatique »
Stratégies de préparation d'échantillons biologiques pour le séquençage nouvelle
génération
2.2.4 Equipe « Virus et Métabolisme Microbien »
Systématique des microalgues d’eau douce
2.2.5 Equipe « Interactions dans les Réseaux Trophiques Aquatiques »
Marquage SIP
3. Besoins exprimés à titre individuel ................................................................................................................25
BILAN de COMPETENCES
Diplôme d'Université ENSEIGNER dans le SUPERIEUR
Anglais général
Anglais technique : Teaching, talking in English…and socializing
Power Point
4. Synthèse de l’analyse des besoins en formation .............................................................................................26
Tableau 1 : Synthèse de l’analyse des besoins en formation pour 2015 au LMGE
Annexe 1 : Organigramme prévisionnel pour janvier 2015
Annexe 2 : Tableau des formations accomplies de juin 2010 à septembre 2013
Annexe 3 : Synthèse de l’Ecole Thématique CNRS « VIR2OMIQUES »
Annexe 4 : Electronicien (C For Pro : devis et programme)
Annexe 5 : Cycle NGS (Fc3BIO)
Annexe 6 : Traitement sous ImageJ (CNRS Formation Entreprises)
Annexe 7 : Microscopie et marquage cellulaire : "La vidéo-microscopie de fluorescence du microcosme vivant,
virus et compagnie (CNRS Formation Entreprises)
Annexe 8 : GC-IRMS – Analyse des rapports isotopiques (CNRS Formation Entreprises)
Annexe 9: Microscopie confocale (CNRS Formation Entreprises)
Annexe 10 : Recherche d'informations à partir d'une séquence nucléique ou protéique (Fc3BIO)
Annexe 11 : Comparaison et annotation génomiques, protéiques et métaboliques des souches bactériennes
(Fc3BIO)
Annexe 12 : Fractionnement protéique (Institut National Polytechnique de Toulouse)
Annexe 13 : Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS) (CNRS Formation
Entreprises)
Annexe 14 : Systématique des microalgues d’eau douce (UMR CARRTEL, INRA Thonon les Bains
4
PLAN DE FORMATION 2015
LMGE : Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - UMR CNRS 6023
L’élaboration de ce PFU est une mise à jour du précédent document de 2014 considérant en
particulier, l’évolution des projets scientifiques annoncés dans le présent quinquennat 2012- 2016.
I. Structure du laboratoire
1. Statut du laboratoire
Le laboratoire est une unité mixte sous la cotutelle de l’Université Blaise Pascal de Clermont II,
l’Université d’Auvergne de Clermont I et le CNRS. Elle est dirigée par Télesphore Sime-Ngando
(DR CNRS), assisté d’un directeur-adjoint, Frédéric Delbac (PU).
2. Organigramme du laboratoire et ressources humaines (prévisions janvier 2015)
Les activités de recherche du laboratoire se structurent autour de 5 unités fonctionnelles :
Interactions hôtes - parasites (IHP, responsable : F. Delbac)
Microbiologie de l'environnement et bioinformatique (MEB, responsable : D. Debroas)
Communautés microbiennes : Ecotoxicologie-Santé (CMES, responsable : C. Forestier)
Virus et Métabolismes microbiens en milieu aquatique (VMM, responsable : T. Sime-
Ngando)
Interactions dans les réseaux trophiques aquatiques (IRTA, responsable : C. Desvilettes)
La composition du personnel permanent du laboratoire sera la suivante :
8 chercheurs CNRS : 3 DR et 5 CR
43 enseignants-chercheurs : 14 professeurs et 29 maîtres de conférences, dont 2 PR et 5
MCU praticiens hospitaliers
24 personnels techniques : 11 BIATSS de l’Université Blaise Pascal, 5 BIATSS de
l’Université d’Auvergne, et 8 ITA du CNRS
Le laboratoire accueillera pour l’année 2015 également :
17 doctorants
7 post-doctorants
2 personnels techniques en CDD
5
En annexe 1 du présent document, est joint l’organigramme prévisionnel du laboratoire pour
janvier 2015.
3. Organisation structurale du laboratoire
Le pilotage du laboratoire est assuré par le directeur, assisté du directeur adjoint, et par le
Conseil de laboratoire, constitué de 20 membres. Ce conseil de laboratoire est consulté par le
directeur de l’Unité notamment sur le programme des recherches des équipes, les moyens
budgétaires, la politique des contrats de recherche concernant l'Unité, la gestion des ressources
humaines…
Ce pilotage est nourri par les propositions des différentes entités fonctionnelles du laboratoire :
le bureau exécutif, constitué du directeur, du directeur adjoint et des responsables d’équipes
le conseil de gestion, constitué du directeur, du directeur adjoint et des personnels assurant
le secrétariat et la gestion financière du laboratoire
le conseil de vie, constitué du directeur, du directeur adjoint et des personnes ressources
responsables de tâches communes. Il œuvre dans le cadre de la lettre d’engagement du directeur de
l’Unité à soutenir et à renforcer la démarche qualité, afin d’améliorer le cadre et les conditions de
travail.
Directeur Sime-Ngando T. (DR CNRS)
Directeur adjoint Delbac F. (PR UBP)
Bureau exécutif
Forestier C. (PR UA), CMES
Debroas D. (PR UBP), MEB
Desvilettes C. (PR UBP), IRTA
Sime-Ngando T. (DR CNRS), VMM
Delbac F. (PR UPB), IHP
Conseil de laboratoire
Conseil de gestion Secrétariat : Fruquière N. (AI CNRS)
Gestion : Dumas Y. (AI UBP) Achats : Chebance B. (T UBP)
Conseil de vie Assistant de Prévention : Wawrzyniak I.
(IE CNRS) Correspondant Formation: Bardot C. (IE CNRS)
Responsable Informatique : Charvy J-C. (IE CNRS)
Correspondant Communication : Bricheux G. (CR CNRS)
Correspondant Qualité : Donnadieu F. (T CNRS) …………
Organigramme de gouvernance du LMGE
6
L’unité possède :
un service « secrétariat – gestion » assuré par une secrétaire (AI), une gestionnaire (AI), et
une technicienne responsable des achats
un agent technique à mi-temps chargé de la maintenance du bâtiment
un IE (1 jour/semaine) pour le fonctionnement d’un microscope électronique à transmission
et d’un cytomètre en flux, et la maintenance des gros appareillages
un IE (1jour/semaine) pour la mise en place d’un plateau technique de culture des
microorganismes
un service informatique (IE, 2 jours/semaine)
un Assistant de Prévention (IE, 1 jour/semaine)
un Correspondant Formation (IE, 1 jour/semaine)
un Correspondant Qualité (T, 1 jour/semaine)
un Correspondant Communication (CR CNRS)
II. Objectifs scientifiques du laboratoire
1. Cadre scientifique général
Les recherches de l’unité sont centrées sur l’étude des microorganismes de l’environnement,
ces derniers étant considérés au sens large du terme, comprenant les trois grands domaines du
vivant (Archea, Bacteria, Eukarya) et les virus. Par leur diversité et leur complexité métabolique, et
en conjonction avec des temps de génération très courts et une capacité de mutations génétiques
élevée, les microorganismes sont des acteurs essentiels dans les cycles biogéochimiques qui sous-
tendent le fonctionnement de la biosphère. Ils sont omniprésents dans tous les écosystèmes (eau,
sol, air), y compris ceux présentant des conditions abiotiques extrêmes. Leur diversité taxinomique
et fonctionnelle est à la base de processus qui régissent le fonctionnement, l’organisation
biologique, la dynamique et la pérennité de notre environnement.
Les communautés microbiennes répondent rapidement aux changements naturels ou provoqués
de leur environnement. Leurs fortes capacités d’adaptation et de bioremédiation face à de tels
changements les placent au cœur de l’analyse des risques liés à la présence de substances polluantes
dans l’environnement. A ce titre, ils sont également d’excellents modèles biologiques pour les
microbiotests de toxicité.
Ainsi, les études les plus récentes sur la génomique, la physiologie et l’écologie des
microorganismes ont conduit à réévaluer le rôle des microorganismes dans le fonctionnement
des écosystèmes.
7
Par ailleurs, de nombreux microorganismes vivent associés à d’autres organismes (plantes,
animaux) avec lesquels ils entretiennent des relations immunes (symbiose, commensalisme,
mutualisme) ou pathogènes. De nombreuses parasitoses humaines et animales sont liées à des
microorganismes en général, et à des protistes et champignons en particulier.
Les recherches de l’unité se situent donc dans le cadre général de la microbiologie
environnementale, les microorganismes étant considérés comme des acteurs essentiels (i) dans le
fonctionnement des écosystèmes (notamment aquatiques et terrestres), (ii) dans l’analyse des
risques liés à l’introduction de contaminants, et (iii) comme sources de maladies infectieuses en
lien avec des problématiques environnementales (nosémoses d’abeilles, maladies émergentes,
infections nosocomiales….).
La spécificité du laboratoire consiste à associer, au sein d’une même structure, des compétences
au niveau de la génomique et de la post-génomique d’une part, et au niveau de la biologie des
populations et des écosystèmes et de l’écologie, d’autre part. L’introduction et le développement
croissant d’outils et d’approches moléculaires et cellulaires de la génomique et de la post-
génomique sont au cœur des préoccupations de l’unité. En conjonction avec la mise en œuvre
d’approches pluridisciplinaires, un tel développement est nécessaire pour répondre aux
questions scientifiques liées au fonctionnement des écosystèmes.
2. Objectifs scientifiques
Notre projet de recherche concerne l’étude des microorganismes procaryotes et eucaryotes
(archées, bactéries, protistes, champignons) et des virus, à différents niveaux d’intégration,
depuis les aspects moléculaires et cellulaires jusqu’aux rôles qu’ils jouent dans les écosystèmes.
Ces microorganismes sont considérés :
(i) comme des modèles de fonctionnement cellulaire intégré, notamment pour l’étude des
relations hôte-parasite au niveau génomique et post-génomique,
(ii) comme des modèles pour l’étude de la cytotoxicité de substances polluantes au niveau
écotoxicologique et écotoxicogénomique et
(iii) comme des éléments clés dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques et
terrestres, en relation avec différents forçages naturels et anthropiques.
Les démarches adoptées sont diversifiées et complémentaires, faisant notamment appel aux
approches dites « omiques » (génomique, protéomique, transcriptomique et métagénomique). Ces
approches permettent d’envisager une meilleure compréhension du fonctionnement des systèmes
complexes et des mécanismes d’adaptation des microorganismes dans des environnements
fluctuants. La mise en place de ces approches au sein de l’unité devrait permettre de mieux
8
répondre aux questions scientifiques d’intérêt général, comme celle de la relation entre diversité
microbienne et fonctionnement des écosystèmes naturels et anthropisés, en relation avec les
risques liés à la santé humaine et animale. Il s’agit donc de rapprocher génome et environnement,
en mettant les concepts et les outils de génomique et de post-génomique au service de questions
scientifiques ayant trait au fonctionnement des écosystèmes.
III. Le LMGE et la Formation Permanente
En 2002, Corinne Bardot, IE CNRS, a été désignée Correspondante Formation de l’Unité par le
Conseil de laboratoire sur proposition du directeur, afin d’élaborer le Plan de Formation de l’Unité
et de faire le suivi de ce PFU. Son travail consiste i) à susciter, au sein de chacune des équipes, des
discussions pour identifier les besoins en formation, en fonction notamment des évolutions
thématiques et technologiques, ii) à rédiger, sous couvert du directeur de l’Unité, le PFU annuel,
iii) à recenser et diffuser les possibilités de formation offertes par différents organismes aux
personnels de l’Unité, iv) à faire le suivi du PFU et v) à prendre en charge la logistique de
manifestations de formation, telles des INTRA ou cette année, une école thématique.
1. Bilan des formations accomplies lors du dernier quadriennal 2008-2011
Lors du dernier quadriennal, entre 2006 et juin 2010 (période sur laquelle a porté l’évaluation de
l’Unité), 94 actions de formation ont été réalisées dans des domaines variés et elles ont concerné 58
agents différents du laboratoire (25 chercheurs et enseignants-chercheurs, 16 ITA-BIATSS, 1 post-
doctorant et 16 doctorants).
Parmi ces actions de formation, deux d’entre elles ont été organisées en INTRA par Corinne
Bardot, avec le soutien des membres du laboratoire : i) la formation sur le logiciel ARB (2007),
assurée par Harald Meier et Ludwig Wolfgang de l’Université de Munich, auprès de 20 stagiaires
pendant deux jours, ii) la formation sur la cytométrie en flux (2009), réalisée par Dominique Marie
(IR CNRS à la Station Biologique de Roscoff), pendant 3 jours et auprès de 12 stagiaires. Ces deux
formations ont été soutenues financièrement par la Délégation CNRS Rhône Auvergne.
2. Bilan des formations accomplies depuis le début du présent quinquennat 2012-2016
Pour ce quinquennat, de juin 2010 à septembre 2013, une soixantaine d’actions de formation ont
été réalisées, avec 1/3 dans le domaine des connaissances scientifiques et techniques spécifiques,
mais également dans les domaines des finances, comptabilité et droit, de l’hygiène et la sécurité, de
la qualité, de l’informatique, et de la culture institutionnelle et efficacité personnelle. Elles ont
9
concerné 46 agents différents du laboratoire (17 chercheurs et enseignants-chercheurs, 16 ITA-
BIATSS, 4 post-doctorants et 9 doctorants).
Ce bilan est à l’image du quadriennal précédent, et confirme ainsi l’effort important de l’Unité
pour la formation du personnel et la motivation de ses membres à développer leurs compétences
professionnelles, en particulier liés à l’évolution des projets scientifiques et à l’avancée des
nouvelles technologies qui se mettent en place au laboratoire.
En annexe 2, figure le tableau détaillé de ce bilan.
Pour le bilan de cette dernière année, d’octobre 2013 à septembre 2014, figure ci-dessous le
tableau des formations accomplies, avec en gras les formations inscrites au PFU 2014 :
CONNAISSANCES SCIENTIFIQUES et TECHNIQUES SPECIFIQUES
NATURE de la
FORMATION AGENT ORGANISME et DUREE
FINANCEMENT
Inscription
(euros HT)
Frais de
mission
ANF ReCaMiA-
RCCM-RTmFm :
Introduction au
traitement d’images
pour les microscopes
B. Viguès, CR ReCaMiA-RCCM-RTmFm, 2
jours (2013) - CNRS
Microtomie et
microtomie
cryostatique
A. Dubuffet, MCU
UBP INRA Dijon, 5 jours (2013) UBP : 500 UBP
INTRA Phylogénie
moléculaire
C. Bardot, IE
CNRS
I. Batisson, MCU
UBP
M. Charpin, MCU
UBP
J.C. Charvy, IE
CNRS
A. Dubuffet, MCU
UBP
F. Khater, Doct UA
A.H. Lejeune, IE
CNRS
I. Mary, MCU UBP
A. Mone, IE CNRS
C. Petit, CR
V. Ravet, MCU
UBP
M. Sabart, post
doc.
LMGE, Aubière, 6 jours
(2014)
UBP : 1500
euro (coût de
l’intervenant)
-
Expérimentation
animale niveau 1 C. Nourrisson, doct. UBP, 60 heures (2014) LMGE : 600 -
2D & 3D FISH Summer
School M. Jobard, post doc.
GReD UMR 6293, 4 jours
(2014) LMGE : 500 -
Les bases de la culture
de cellules primaires B. Viguès, CR Fc3bio, 2 jours (2014)
CNRS DR7 :
800 CNRS
10
Cycle
bioinformatique : les
bases
A.H. Lejeune, IE
CNRS INRA Theix, 6 jours (2014)
CNRS DR :
570 LMGE
UE :
M1 « Génome et
bioinformatique »
L3 « Biologie de
l’évolution »
M. Sabart, post doc UBP, 20 heures (2013/14) - -
Microscopie
électronique appliquée
à la biologie
J. Colombet, IE
UBP CHU Poitiers, 2 jours (2014) UBP : 306 UBP
Analyse des données
RNA-seq et ChIP-seq
D. Balestrino, MCU
UA Fc-3bio, Lyon, 3 jours (2014)
Université
d’Auvergne :
1350
Université
d’Auvergne
Les maladies des
abeilles : la varroase
H. El Alaoui, MC
UBP
M. Roussel, postdoc.
Viguès B., CR
Syndicat des apiculteurs du
Puy de Dôme, LPA
Pontaumur (63), 1 jour
(2014)
LMGE : 60
HYGIENE et SECURITE
NATURE de la
FORMATION AGENT ORGANISME et DUREE
FINANCEMENT
Inscription
(euros HT) Frais de mission
Equipier incendie de
1ère
intervention
G. Bricheux, CR
B. Chebance, T
UBP
N. Fruquière, AI
CNRS
A.H. Lejeune, IE
CNRS
A. Mone, IE CNRS
C. Nourrisson, doct
I. Wawrzyniak, IE
CNRS
UBP, ½ journée (2014) - -
Recyclage Sauveteur
et Secouriste du
Travail
J. Colombet, IE
UBP UBP, 1 jour (2014) - -
Risques psycho-sociaux F. Bonnemoy, IE
UBP
Comité d’Hygiène et
Sécutité UBP, 1 jour (2014) - -
MANAGEMENT & QUALITE
NATURE de la
FORMATION AGENT ORGANISME et DUREE
FINANCEMENT
Inscription
(euros HT) Frais de mission
Sensibilisation à la
Qualité en recherche et
en enseignement
supérieur
F. Bonnemoy, IE
UBP
G. Bricheux, CR
F. Donnadieu, T
CNRS
F. Perrière, IE UBP
CNRS – UBP – ARAQ –
RELIER, 1 jour (2014)
- -
Séminaire management F. Bonnemoy, IE UBP
T. SimeNGando, DR
UBP, ½ journée (2014) - -
Le Management de la
Qualité en recherche et
enseignement supérieur
pour les débutants
F. Donnadieu, T
CNRS QuaRES, 2 jours (2014)
CNRS DR7 :
500 CNRS DR7
11
Responsabilités
Sociales et
Environnementales
F. Bonnemoy, IE
UBP
Fédération Nationale des
Comités d’Action Sociale, 1
jour (2014)
- UBP
INFORMATIQUE
NATURE de la
FORMATION AGENT ORGANISME et DUREE
FINANCEMENT
Inscription
(euros HT) Frais de mission
Journée de rencontre du
Réseau Bases de
Données (RBDD)
J. C. Charvy, IE
CNRS RBDD, 3 jours (2013) - CNRS DR7
EXCELL
Fonctionnalités de
base
F. Donnadieu, T
CNRS
A. Vellet, T UBP
UBP, 18 heures (2014) - -
DIRAC - iRODS J.C. Charvy, IE
CNRS
GIS France Grilles, 3 jours
(2014) - -
CULTURE INSTITUTIONNELLE et EFFICACITE PERSONNELLE
NATURE de la
FORMATION AGENT ORGANISME et DUREE
FINANCEMENT
Inscription
(euros HT) Frais de mission
Structurer ses idées
pour mieux
communiquer
C. Bardot, IE CNRS
F. Donnadieu, T
CNRS
N. Fruquière, AI
CNRS
A.H. Lejeune, IE
CNRS
CNRS DR7, 1 jour (2014) - LMGE
Teaching in english
D. Latour, MCU
UBP
M. Sabart, post doc,
UBP, 20 heures
(2013/14) - -
RESSOURCES HUMAINES
NATURE de la
FORMATION AGENT ORGANISME et DUREE
FINANCEMENT
Inscription
(euros HT) Frais de mission
Emploi des personnels
non titulaires
N. Fruquière, AI
CNRS
CNRS DR7, ½ journée
(2014) - CNRS DR7
FINANCES, COMPTABILITE
Service Central de
Traitement de la
Dépense AGENT ORGANISME et DUREE
FINANCEMENT
Inscription
(euros HT) Frais de mission
Service Central de
Traitement de la
Dépense - CNRS
Y. Dumas, AI UBP
N. Fruquière, AI
CNRS
CNRS, ½ journée (2014) - -
12
UTILISATION D'APPLICATIONS SPECIALISEES des TUTELLES
Service Central de
Traitement de la
Dépense AGENT ORGANISME et DUREE
FINANCEMENT
Inscription
(euros HT) Frais de mission
SIFAC Missions
(Liquidation)
N. Fruquière, AI
CNRS UBP, 1 jour (2014) - -
3. Budget du LMGE pour la formation du personnel
Le LMGE réserve annuellement un budget de 3000 euros pour la formation de son personnel.
Cette année, il a financé, à ce jour, plusieurs formations individuelles à hauteur de 2100 euros.
4. Organisation de formations INTRA depuis 2012
Deux formations INTRA au LMGE ont été organisées par Corinne Bardot :
« Formation en statistiques appliqués » sur 5 jours de février à mars 2013. Cette
formation a été dispensée par Myriam Chanet, chercheur à l’IRSTEA de Clermont
Ferrand, auprès de 10 stagiaires du LMGE. Cette formation a été financée par
l’Université Blaise Pascale à hauteur de 1500 euros.
« Phylogénie Moléculaire » sur 6 jours en juin 2014. Cette formation a été dispensée
par Gisèle BRONNER, MCU au LMGE, auprès de 12 stagiaires du LMGE. Cette
formation a été financée par l’Université Blaise Pascale à hauteur de 1500 euros.
5. Ecole thématique VIR2OMIQUES
Une Ecole Thématique CNRS « VIR2OMIQUES : Les Virus de l’envIronnement :
échantillonnage, obseRvation, traitement de séquences génOMIQUES et métagénOMIQUES »,
organisée par le LMGE et portée par Télesphore Sime-Ngando, a eu lieu du 29 septembre au 2
octobre 2014 à la Station Biologique de Besse en Chandesse (63) de l’Université Blaise Pascal.
Cette manifestation a rassemblé 9 co-organisateurs (dont 6 du LMGE) et 13 participants pour un
budget total de 6500 euros (4500 de dotation du CNRS, 3000 de la Fédération Recherche et
Environnement et 3000 de recettes sur inscriptions). Ce projet a été très bien évalué par tous les
participants, et a en particulier permis la constitution d’un réseau de spécialistes avec ouverture sur
le domaine de la santé (forum, perspectives de réaliser une autre ET en 2017…)
En annexe 3, figure la synthèse de cette ET élaborée grâce aux fiches d’évaluation de fin d’école
et de la fiche de réalisation à remettre à la DR7.
13
6. Mise à disposition des compétences au LMGE
Gisèle Bronner (MCU UBP) nous a enseigné une formation en Phylogénie
Moléculaire d’une grande qualité lors de notre formation INTRA.
Anne Hélène Lejeune (IE CNRS) apporte régulièrement ses compétences en matière
de « Qualité des eaux et bioindicateurs invertébrés-diatomés » à la maison des
Sciences de Clermont Ferrand auprès des maîtres d’écoles et professeurs de collèges.
7. Evolution des projets scientifiques
Les besoins en formation de l’Unité tiennent compte en priorité de l’évolution des projets
scientifiques et de l’impératif de transmission des compétences, au regard de la pyramide des âges.
Les projets de recherche du laboratoire ont trait à l'étude des microorganismes procaryotes et
eucaryotes (Archaea, Bactéries, Protistes, Champignons) et des virus, à différents niveaux
d'intégration, depuis les aspects moléculaires et cellulaires jusqu'aux rôles de ces organismes dans
les écosystèmes. Les domaines d'application de nos travaux, sont principalement liés à la gestion
des ressources en eau, à la bioremédiation des écosystèmes pollués et à la santé.
La spécificité du laboratoire consiste donc à associer des compétences et des approches au
niveau de la génétique, de la génomique et de la post-génomique d’une part et, au niveau de la
biologie des populations et des écosystèmes et de l'écologie d’autre part. Dans les années à venir, le
projet de l’unité va évoluer et se structurer autours de trois grands domaines de recherche : (i)
écologie trophique, (iii) parasitismes et écosystèmes microbiens et (iii) écologie de la santé et
écotoxicologie. Ces recherches fondamentales sont porteuses d’enjeux socio-économiques et
biotechnologiques, dans les domaines notamment de la gestion de l’environnement, des services
écosystémiques et de la santé animale et humaine.
En conséquence, nos recherches font appel à différentes disciplines ou sous-disciplines (biologie
moléculaire, biologie cellulaire, génomique, microbiologie, biologie des populations et des
écosystèmes, écologie, écotoxicologie, bioinformatique, ….) et il en résulte une demande de
formation importante et très diversifiée. En outre, l’évolution rapide des méthodologies et des
appareillages entraîne un besoin permanent de mise à jour des connaissances.
14
8. Evolution de la composition du personnel
La pyramide des âges de l’Unité montre que la majorité des chercheurs et enseignants-
chercheurs ont entre 35 et 45 ans (âge moyen : 47,1 ans et médian : 44 ans). Cette catégorie de
personnel a dû faire évoluer leurs projets de recherche vers de nouvelles approches dites
« omiques », dans le cadre général de la microbiologie environnementale, générant des besoins en
bioinformatique important pour l’analyse des données de séquençage à haut débit. Cette évolution
doit s’accompagner d’une adaptation des compétences non seulement de ces chercheurs et
enseignants chercheurs, mais également du personnel technique qui pour la plupart n’a pas été
formée initialement à ces approches, compte tenu de sa moyenne d’âge de 43,3 ans (médian : 43
ans).
De façon positive, au sein du LMGE, de jeunes collègues du corps technique ont été
nouvellement recruté (entre 25 et 35 ans). Néanmoins, ceci nécessite des besoins en formation afin
d’adapter ces personnes à leur nouveau poste de travail. Certes, ce renouvellement permet de
recruter de nouvelles compétences adaptées au développement des nouvelles technologies mais, il
ne faut pas négliger les futurs départs en retraite qui nécessiteront de pérenniser les connaissances
fondamentales (écologie, taxinomie, microbiologie…) demeurant dans le laboratoire, non seulement
par la formation interne dans l’Unité, mais également par des formations externes.
0 2 4 6 8 10 12
25 - 30 ans
30 - 35 ans
35 - 40 ans
40 - 45 ans
45 - 50 ans
50 - 55 ans
55 - 60 ans
60 - 65 ans
plus de 65 ans
Pyramide des âges du personnel de l'UMR
Chercheurs et Enseignants-chercheurs
Personnel technique
15
IV. Analyse détaillée des besoins
1. Besoins liés aux services communs de l’Unité
Permis de conduire BE
Permis fluvial
Agent (s) Jonathan Colombet, IE UBP
Delphine Latour, MCU UBP
Argumentaire Dans le cadre de leurs fonctions, Jonathan Colombet et Delphine Latour assurent la responsabilité
des campagnes de prélèvements en lacs ou rivières. Cette mission les oblige à conduire
régulièrement un véhicule avec une barque en attelage et à piloter une barque à moteur. A ce jour, ils ne sont pas titulaires ni du permis BE, permettant la conduite d’attelage dont le PTAC véhicule
+ remorque est > à 4250 Kg, ni du permis fluvial. Afin d’assurer ces missions sans enfreindre les
codes de la route et fluvial, et en toute sécurité, il est indispensable qu’ils puissent passer le permis
BE et le permis fluvial.
Prestataire
envisagé
ND - DEVIS en ATTENTE
Hygiène et à la Sécurité : Sauveteur Secouriste du Travail et Equipier incendie
Agent (s) La liste des differents agents concernés est détaillée dans le Tableau 1 de la synthèse
des besoins, et a été établie en fonction du bilan ci-dessous et des nouvelles demandes
Prestataire envisagé Université Blaise Pascal
Les acteurs de la sécurité au LMGE
Fonction Sécurité Agent Date de la Formation initiale Date du dernier recyclage
Assistant de Prévention Ivan WAWRZYNIAK nov-12
Sauveteur, Secouriste du Travail Jonathan COLOMBET févr-11 mars-14
Florence DONNADIEU 2006 déc-13
Samuel GUYOT 2005 2008
Anne MONE janv-08 juin-11
Corine BARDOT juin-10 aucun
Agnès VELLET 2006 déc-13
Equipier Incendie Geneviève BRICHEUX mars 2014
Corinne BARDOT mars 2007 aucun
Brigitte CHEBANCE mars 2014
Nathalie FRUQUIERE mars 2014
Anne-Hélène LEJEUNE mars 2014
Anne MONE mars 2014
Céline NOURRISSON mars 2014
Ivan WAWRZYNIAK mars 2014
Habilitation Electrique Jonathan COLOMBET mars-09 aucun
Habilitation Autoclaves Samuel GUYOT 2006 aucun
Florence DONNADIEU 2003 aucun
Agnès VELLET 2006 aucun
16
Acquisition et validation des compétences en Expérimentation Animale : décret
n°2013-118 du 1er fév. 2013
Agent (s)
Samuel Guyot, T UBP
Céline Nourisson, doct UDA
Catherine Texier, MCU UBP
Ivan Warzyniak, IE CNRS
Argumentaire
La réglementation concernant l’expérimentation animale a été redéfinie par le décret n°2013-118 du 1er février 2013 relatif à la protection des animaux utilisés à des fins
scientifiques, et les arrêtés correspondants. Ainsi, l’arrêté du 1er février 2013 relatif à
« l’acquisition et à la validation des compétences des personnels des établissements
utilisateurs, éleveurs et fournisseurs d’animaux utilisés à des fins scientifiques » stipule
dans son article 5 que ces personnels « bénéficient tout au long de leur exercice
professionnel d’un programme de formation continue dans les domaines liés à leur
pratique professionnelle représentant l’équivalent de 3 jours sur une période de 6 ans,
pour assurer le maintien des compétences ». C’est dans ce cadre réglementaire que la
formation est demandée pour le personnel du LMGE habilité à l’expérimentation
animale.
Prestataire envisagé et
Coût
AFSTAL (Association Française des Sciences et Techniques de l’Animal de
Laboratoire). Dans le cadre du « Tour de France des ateliers de
l’AFSTAL », les ateliers sont gratuits.Le coût concernera les frais de
mission (déplacement et éventuellement hébergement).
Objectifs et Programme
de la Formation
Les thématiques des ateliers ainsi que les villes où se dérouleront ces
ateliers, ne sont pas encore connues pour 2015.
Electronicien
Agent (s) Jonathan Colombet, IE UBP
Argumentaire
Dans le cadre de ses fonctions d’Ingénieur d’Etudes, M. Colombet a en charge la
maintenance de nombreux appareils électroniques (cytomètre en flux, microscope
électronique à transmission…). Les pannes rencontrées sur ces appareils sont souvent
d’origine électronique. L’absence de compétence en électronique au sein du laboratoire
d’accueil l’oblige à avoir recours à des prestataires en cas de pannes, ce qui représente
un coût substantiel. Afin de diminuer ces coûts et de pouvoir faire fonctionner au mieux ces machines, ce qui représente sa mission principale, il serait judicieux pour lui de
suivre une formation d’électronicien.
Prestataire envisagé et
Coût Inscription : 1800 € HT (devis annexe 4)
Objectifs et Programme
de la Formation Annexe 4
Comptabilité : Dématérialisation des factures CNRS et UBP
Ressources Humaines : Modalités de recrutement des CDD
Agent (s) Nathalie FRUQUIÈRE, AI CNRS
Argumentaire Pour les besoins de la comptabilité et de la gestion de l’Unité
Prestataire envisagé CNRS DR7
17
Qualité
La métrologie dans les laboratoires
Agent (s) Florence Donnadieu, T CNRS. Corespondant Qualité au laboratoire
Argumentaire Suivi et contrôle de l'instrumentation de laboratoire
Prestataire envisagé et
Coût 500 € HT
Audit interne
Agent (s) Florence Donnadieu, T CNRS. Correspondant Qualité au laboratoire
Argumentaire Connaître les critères d'évaluation d'un audit pour l'adapter à son
environnement de travail et être, à terme auditeur
Prestataire envisagé et
Coût 500 € HT
2. Besoins des équipes liés aux projets scientifiques
2.1. Besoins communs à plusieurs équipes
Formation approfondie : cycle « Séquençage Haut Débit (NGS : Next Generation
Sequencing »
Agent (s) Corinne Bardot, IE CNRS
Argumentaire
Dans l’équipe VMM, Corinne Bardot développe déjà un projet de
séquençage à haut débit d’échantillons sédimentaires profonds du Lac
Pavin (Auvergne), afin d’analyser la diversité des communautés
archéennes le long de cette carotte.
C’est pour elle une toute nouvelle approche technologique et son
positionnement dans le laboratoire, au sein de 2 équipes (VMM et
CMES) l’amènera à s’engager sur d’autres projets de NGS.
Une formation très approfondie qui couvrirait les différentes étapes de la
mise en place de ce type de projet lui permettrait de répondre au mieux à
la demande spécifique des chercheurs avec qui elle interagit, depuis la
mise en place du projet jusqu’à l’analyse des données.
Objectifs et Programme
de la Formation
- Concevoir et assurer le suivi d’un projet de séquençage NGS
- Avoir une vue d'ensemble des méthodologies de séquençage à haut
débit : choisir la technologie adaptée à son projet
- Etre capable de choisir au mieux la stratégie de préparations des
échantillons dans les études "omiques"
- Savoir utiliser les ressources informatiques pour l'analyse des données
issues du pyroséquençage : nettoyage, analyse, traitement et gestion des
données.
18
Prestataire envisagé
Et Coût
Fc-3 Bio (Annexe 5)
Module 1 : Conduite d’un
projet NGS (du séquençage
à l’analyse bioinformatique)
inscription : 550 €
Module 2 : Principes et
applications des nouvelles
méthodes de séquençage à haut-débit (NGS): choisir la
technologie adaptée à son
projet
inscription : 475 €
Module 3 : Les méthodes et
stratégies de préparation
d'échantillons biologiques
pour le séquençage nouvelle
génération : De la
métagénomique à la cellule
unique.
inscription : 920 euros
Formation à la carte dans un laboratoire d'accueil :
Dr J.C. Auguet. Equipe Environnement et Microbiologie
UMR CNRS-IPREM 5254
Module 4 : Bioinformatique
pour le traitement de
données de séquençage
(NGS)
inscription : -
Traitement d’Images sous ImageJ
Agent (s) Jonathan Colombet, IE UBP
Argumentaire
M. Colombet est chargé de la microscopie optique et électronique. Ces
missions s’exercent aussi bien au sein du LMGE (unité d’accueil) que du
service commun UBP-START de l’UBP. Afin d’assurer au mieux ses
activités de microscopiste, il est nécessaire d’actualiser et développer ses
connaissances et compétences en matière de traitement et d’analyse
d’images de microscopie.
Objectifs de la
Formation
Acquérir les concepts et les méthodes actuelles du traitement de l'image
afin de conduire un travail complet d'analyse par les techniques de
traitement de l'image
Prestataire envisagé et
Coût
CNRS Formation Entreprises (Annexe 6)
inscription : 1280 €
19
Microscopie et marquage cellulaire
Agent (s) Anne Hélène Lejeune, IE CNRS
Argumentaire
Le recours aux marquages et à l’observation d’échantillons biologiques
issus de cultures ou de milieux complexes en microscopie est la mission
principale en recherche de Mme Lejeune, au sein du plateau technique
de culture des microorganismes qu’elle a mis en place depuis son
recrutement. Elle a identifié une formation en 2 modules qui lui
permettrait d’ approfondir ses connaissances théoriques sur la
microscopie de fluorescence et de transmission et mieux maîtriser les
différentes catégories de marqueurs fluorescents ainsi que les différents
systèmes d’imagerie et d’acquisition d’images.
Ces modules sont adaptés aux modèles biologiques qui sont étudiés dans
le laboratoire (virus, bactéries, eucaryotes).
Objectifs de la
Formation
Amélioration dans les techniques de marquage cellulaire et dans la
maîtrise de logiciels d'acquisition d'images
Prestataire envisagé et
Coût
CNRS Formation Entreprises (Annexe 7)
Microscopie et marquage cellulaire : « La vidéo-microscopie de
fluorescence du microcosme vivant, virus et compagnie »
Module 1 : applications biologiques et
choix du système d’imagerie
Inscription : 600 euros
Module 2 : système d’imagerie avancé. Inscription : 700 euros
GC-IRMS (Gas Chromatography-Isotope Ratio Monitoring Mass Spectrometry)
Agent (s) Fanny Perrière, IE UBP
Argumentaire
Dans le cadre de projets de recherche actuels ou à venir, plusieurs
équipes vont développer le fractionnement isotopique, méthodologie de
pointe pour accéder aux fonctionnements des réseaux trophiques
aquatiques. Elle souhaiterait ainsi approfondir ses connaissances sur
l’analyse des rapports des isotopes stables du carbone et de l’azote entre
autres.
Objectifs de la
Formation
Approfondir les connaissances sur l’analyse des rapports des isotopes
stables du carbone et de l’azote.
Prestataire envisagé et
Coût
CNRS Formation Entreprises (Annexe 8)
Inscription : 1650€
20
2.2. Besoins spécifiques des différentes équipes
2.2.1. Equipe « Interactions hôtes-parasites »
Microscopie confocale
Agent (s) Bernard Viguès, CR CNRS
Argumentaire
L’équipe IHP étudie un organisme pathogène Nosema ceranae
(microsporidie), parasite obligatoire qui se transmet par voie oro-fécale
et dont le cycle de développement s’effectue dans les cellules intestinales
des abeilles infectées. Ce travail requière l’identification et la
visualisation, au moyen de marqueurs spécifiques, des différentes
populations de cellules épithéliales (cellules souches, entéroblastes et
entérocytes différenciés), ainsi qu’une étude microscopique détaillée de
leur évolution spatio-temporelle au cours du processus de
renouvellement. La microscopie confocale qui améliore la résolution du
microscope photonique classique et qui permet une analyse tri-
dimensionnelle des tissus biologiques, apparaît comme un outil essentiel
à l’avancée de cette thématique de recherche.
Bernard Viguès, qui développe cette approche, possède déjà des
compétences en microscopies photonique et électronique ainsi que de
nombreux contacts au sein de la plateforme « Imagerie Confocale
Clermont Ferrand » de l’IFR 79 Santé-Auvergne où seront réalisées les
observations. Il souhaiterait donc suivre une formation sur la
microscopie confocale afin de compléter ses connaissances théoriques et
d’acquérir une autonomie dans l’utilisation du microscope confocale de
la plateforme microscopie confocale de l’Université d’Auvergne pour la
réalisation de ces observations.
Objectifs de la
Formation
Acquérir les bases théoriques en microscopie confocale et s'initier ou
approfondir l'utilisation pratique d'un microscope confocal
Prestataire envisagé et
Coût
CNRS Formation Entreprises (Annexe 9)
Inscription : 1770€
Recherche d'informations à partir d'une séquence nucléique ou protéique
Agent (s) Ivan Warzyniack, IE CNRS
Argumentaire
Il a été montré chez différents parasites et, notamment chez le parasite
Blastocystis, la présence de motifs nucléiques ou de signaux permettant
un épissage alternatif des gènes, ou favorisant la transcription de ces
derniers. Dans le cadre de nos projets de séquençage des génomes de
Blastocystis, il est important d'identifier la présence de motif conservés
ou non entre les différents sous-types. L'objectif de cette formation est
d'acquérir les compétences nécessaires à l'analyse bioinformatique des
séquences nucléiques, notamment pour la recherche et l'identification
des motifs conservés à l'échelle de génomes. Il est donc d’intérêt
d'apprendre à connaitre et utiliser les différentes banques de données de
motifs et d'avoir un premier aperçu sur les principaux outils d'analyse.
Une remise à niveau sur les navigateurs de génomes et les outils
d'analyse fonctionnelle KEGG et Biocyc lui sera également nécessaire.
21
Toujours dans le cadre de l'analyse des données génomiques, l'objectif
de cette formation est une remise à niveau sur les principes
d'interrogation des basses de données des protéines (UniProtKB,
InterPro, ProDom,Prosite,Pfam), l'analyse élémentaire (composition,
profils physico-chimiques,…), la recherche d'homologues proches
(alignement par paire, algorithmes BLAST, FASTA, SSEARCH) ou
distants, ainsi que l'identification de sites et signatures fonctionnelles et
la prédiction de structure secondaire.
Objectifs de la
Formation
- Acquérir les compétences nécessaires à l'analyse bioinformatique des
séquences nucléiques
- Connaître les principales bases de données et outils d'interrogation
existants sur le web
- Connaître les principaux outils d'analyse et réaliser une analyse
complète de séquence
- Acquérir les compétences nécessaires à l'analyse bioinformatique des
séquences protéiques en vue de leur annotation fonctionnelle et
structurale
- Connaître les principales bases de données des protéines et outils
d'interrogation existants
- Connaître les principaux algorithmes d'analyse et réaliser une analyse
complète de séquence
Prestataire envisagé et
Coût
FC3BIO (Annexe 10)
Inscription : 1300€
Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS)
Agent (s) Ivan Warzyniack, IE CNRS
Argumentaire
L'objectif est de revoir les concepts techniques et les outils
d'analyse nécessaires à l'analyse de données de séquençage, données
dont nous disposons dans le cadre des projets sur le parasite
intestinal Blastocystis sp et les microsporidies nosema ceranae et
tubulinosema. Dans ce cadre, il est nécessaire de voir les outils
actuellement utilisés pour effectuer un pipeline d'analyses et
d'apprendre à les manipuler. Il est également important de remettre à
jour les connaissances concernant l'évaluation de la qualité des données
dont nous disposons afin de pouvoir améliorer nos premiers
résultats obtenus à partir de nos jeux de données.
Objectifs de la
Formation
Savoir utiliser les ressources informatiques pour l'analyse des données
issues du pyroséquençage : nettoyage, analyse, traitement et gestion de
données de pyroséquençage
Prestataire envisagé et
Coût
CNRS Formation Entreprises (Annexe 13)
Inscription : 1500€
22
2.2.2. Equipe « Communautés Microbiennes : Ecotoxicologie et Santé »
Recherche d'informations à partir d'une séquence nucléique ou protéique
Agent (s) Corinne Bardot, IE CNRS
Isabelle Batisson, MCU UBP
Argumentaire
Isabelle Batisson et Corinne Bardot s’intéressent à l’impact des
pesticides sur les communautés microbiennes des milieux récepteurs
naturels (sol, eau) et, particulièrement à l’adaptation physiologique et
génétique de microorganismes à la présence de polluants. Depuis trois
ans, ces investigations portent sur l’étude du protéome d’une souche
Bacillus sp., dégradant complètement un herbicide, la mésotrione, par la
technique 2D-DIGE (DIfferential Gel Electrophoresis). Les besoins en
formation s’orientent maintenant vers l’analyse bioinformatique des
spots protéiques d’intérêt obtenus en 2D-DIGE après identification par
spectrométrie de masse des peptides générés.
Objectifs de la
Formation
La Société fc3Bio propose deux formations complémentaires qui
répondent aux besoins : dans un premier temps, la formation
« Recherche d’informations à partir d’une séquence protéique » (annexe
10) devra être suivie ainsi que la formation « Comparaison et annotations
génomiques, protéiques et métaboliques de souches bactériennes »
(annexe 11).
Prestataire envisagé et
Coût
FC3BIO (Annexe 10)
Inscription : 670€
Comparaison et annotation génomiques, protéiques et métaboliques des souches
bactériennes
Agent (s)
Corinne Bardot, IE CNRS
Isabelle Batisson, MCU UBP
Geneviève Bricheux, CR CNRS
Argumentaire
Voir argumentaire précédent pour Mmes Bardot et Batisson
Quand au projet de Mme Bricheux, le séquençage à haut débit
d'échantillons bactériens, enrichis en plasmides, a permis de générer de
multiples séquences, qu’elle doit traiter pour déterminer par exemple
quels sont les types d'éléments mobiles présents, ainsi que les différents
gènes de résistance à des antibiotiques. Ceci implique qu'il lui faut
confronter ses séquences à des bases de données spécifiques, autres que
genebank.
Objectifs de la
Formation
Acquérir la maîtrise de nouvelles approches d’analyse comparative des
séquences de plusieurs souches bactériennes aux niveaux génomique,
protéique et métabolique.
Prestataire envisagé et
Coût
FC3BIO (Annexe 11)
Inscription : 600€
23
Protéomique
Agent (s) Corinne Bardot, IE CNRS
Argumentaire
Corinne Bardot souhaiterait poursuivre des formations en protéomique,
afin d’élargir ses compétences sur les différentes méthodologies de
l’analyse des protéines, et de pouvoir proposer des stratégies d’études
spécifiques aux différents projets en cours (ANR/CESA TRICETOX,
2013-2016)
Objectifs de la
Formation
Veille technlogique des avancées méthodologiques et connaissances
dans le domaine de la protéomique
Prestataire envisagé et
Coût
En fonction des formations qui seront organisées dans ce domaine en
2015 : ce pourra être sous forme de workshops, d'ateliers techniques, de
stages dans d'autres laboratoires…
Fractionnement protéique
Agent (s) Corinne Bardot, IE CNRS
Argumentaire
Dans le cadre du développement de l’étude des voies de dégradation des
pesticides par la méthode différentielle d’expression du protéome chez
Bacillus, il va être nécessaire de passer par des étapes préliminaires de
fractionnement protéique afin d’enrichir en amont l’extrait protéique
analysé en 2D-DIGE.
Objectifs de la
Formation
Acquérir les compétences techniques pour la purification de protéines et
développer un procédé de purification
Prestataire envisagé et
Coût
Annexe 12 (exemple : Institut National Polytechnique de Toulouse)
Ecole Nationale de Technologie des Biomolécules - Bordeaux inscription 1600€
OU
Université Paris Diderot inscription 2250€
OU
Institut de Formations des Industries de Santé IFIS inscription 1750€
OU
Institut National Polytechnique de Toulouse inscription 1800€
24
2.2.3. Equipe « Microbiologie Environnementale et Bioinformatique »
Stratégies de préparation d'échantillons biologiques pour le séquençage nouvelle
génération
Agent (s) Anne Moné, IE CNRS
Argumentaire
Mme Moné travaille actuellement à l'identification et la dynamique de
populations microbiennes dans des milieux lacustres par des approches
de biologie moléculaire haut débit (métagénomique, ARN total et
amplicon 16S-18S). Les techniques de séquençage évolue très vite, cette
formation l'aiderait à adapter son savoir faire aux dernières avancées
technologiques.
Objectifs et Programme
de la Formation
- Etre capable de choisir au mieux la stratégie de préparations des
échantillons dans les études "omiques"
Prestataire envisagé
Fc-3 Bio (Annexe 5)
Les méthodes et stratégies de préparation d'échantillons biologiques pour
le séquençage nouvelle génération : De la métagénomique à la cellule
unique.
Inscription : 920 euros
2.2.4. Equipe « Virus et Métabolisme Microbien »
Systématique des microalgues d’eau douce
Agent (s) Marie Charpin, MCU UBP
Argumentaire
Dans la perspective de l'étude de la phagomixotrophie des microalgues
d'eau douce, un projet a été déposé. Même si nous n'obtenons pas ce
financement, c'est une thématique qui sera développée dans l'équipe.
L'acquisition de données concernant certains de ces organismes leur
identification au minimum jusqu'au genre et il serait souhaitable
d'atteindre l'espèce.
Dans la perspective de l'étude de la phagomixotrophie des microalgues
d'eau douce (projet Ec2Co déposé), l'acquisition de données concernant
certains de ces organismes, ceux de plus grande taille, nécessite leur
identification au minimum jusqu'au genre et il serait souhaitable
d'atteindre l'espèce.
Objectifs et Programme
de la Formation
La systématique des micro-algues d’eau douce a connu d’importants
remaniements ces dernières années et demande régulièrement une remise
à niveau des connaissances. Parallèlement, les techniques de préparation
et d’observation d’échantillons issus de prélèvements naturels ont
également évolué
Prestataire envisagé
Laboratoire CARRTEL de l’INRA de Thonon les Bains (Annexe 14)
OU
Bureau d’études Bi-Eau (programme à la carte)
25
2.2.5. Equipe « Interactions dans les Réseaux Trophiques Aquatiques »
Marquage SIP
Agent (s) Anne Hélène Lejeune, IE CNRS
Argumentaire
Certains lipides sont reconnus pour être des molécules essentielles,
aquises par la nourriture. Les acides gras polyinsaturés (omega 3 et 6)
ont des effets bénéfiques sur le croissance et la reproduction de
nombreux animaux. Néanmoins, chez les petits crustacées tels que
Daphnia, les voies et les métabolites produits à partir de ces molécules
lipidiques sont peu connus. Aussi, une formation sur les techniques SIP
(stable isotope probing) qui permettent le marquage de molécules
d'intérêt, lui permettrait d'appliquer cette technique dans le cadre des
perspectives données au projet EC2CO PHOCSAPASS auquel elle
participe.
Objectifs de la
Formation Apprendre et maîtriser ces techniques
Prestataire envisagé et
Coût ND
3. Besoins exprimés à titre individuel
BILAN de COMPETENCES
Agent (s) Corinne Bardot, IE CNRS
Argumentaire Faire un bilan du parcours professionnel et des compétences en vue
d'évoluer vers une mobilité fonctionnelle
Prestataire envisagé CNRS DR7
Diplôme d'Université ENSEIGNER dans le SUPERIEUR
Agent (s) Marion Sabard, postdoc. UBP
Argumentaire Formation diplômante professionnelle : Développer ses compétences
pour l'enseignement supérieur et Acquérir des méthodes pédagogiques
innovantes
Prestataire envisagé Ecole de Professorat et de l'Education Clermont Auvergne
Coût 250 € Cette formation est en cours de réalisation et est financée par le LMGE
26
Anglais général
Agent (s) Joan Artiguas, MCU UBP
Frédérique Bonnemoy, IE UBP
Geneviève Bricheux, CR
Claire Marquès, doct. UDA
Argumentaire Réactiver les connaissances (comprendre, parler et écrire la langue
véhiculaire)
Prestataire envisagé Centre Commun des Langues Vivantes - UBP
Anglais technique : Teaching, talking in English…and socializing
Agent (s) Delphine Latour, MCU
Marion Sabard, postdoc. UBP
Argumentaire Teaching, talking in English…and socializing
Prestataire envisagé Centre Commun des Langues Vivantes - UBP
Power Point
Agent (s) Florence Donnadieu, T CNRS
Argumentaire Faciliter la maîtrise de power point pour les présentations orales de
résultats scientifiques
Prestataire envisagé CNRS DR7 (SI POSSIBILITE DE FORMATION COLLECTIVE A
CLERMONT FERRAND)
4. Synthèse de l’analyse des besoins en formation
Le tableau 1 ci-dessous reprend de façon synthétique les besoins en formations du personnel
de l’unité.
Tableau 1 : LMGE (UMR 6023) SYNTHESE DE L'ANALYSE DES BESOINS EN FORMATION 2015
INTITULE DE L'ACTION TYPE Objectifs de formationStagiaires
ou public visé
Agent
CNRS
Durée
envisagée
Période
envisagée
Organisme(s)
pressenti(s)Cout indispensable Finalité Formation
1
Absolument
2
de
préférence
3
Confort si
budget
Intra - interne -
inter
de quoi le stagiaire doit-il être capable
à l’issue de sa formation ?NOM et prénom OUI / NON
en heures ou
jour à préciser
ou nom du formateur si
en interne
Frais de l'intervenant (coût
pédagogique, frais de
mission)
T1: accompagnement du poste
T2 : accompagnement du
métier T3: nouvelles
compétences
BILAN DE COMPETENCES individuelle
Faire un bilan du parcours
professionnel et des
compétences en vue d'évoluer
vers une mobilité fonctionnelle
Corinne BARDOT, IE CNRS oui1er trimestre
2015 CNRS ? T3
10-avr-15
Module 1 : Conduite d’un
projet NGS (du séquençage
à l’analyse bioinformatique)
inscription : 550 €
+ frais de mission
T1
21 sept.
2015
Module 2 : Principes et
applications des nouvelles
méthodes de séquençage à
haut-débit (NGS): choisir la
technologie adaptée à son
projet
inscription : 475 €
T1
25 et 26 juin
2015
Module 3 : Les méthodes et
stratégies de préparation
d'échantillons biologiques
pour le séquençage nouvelle
génération : De la
métagénomique à la cellule
unique. inscription :
920 euros
+ frais de mission
T1
Maximum
mars 2015
Formation à la carte
dans un laboratoire
d'acceuil :
Dr J.C. Auguet
Equipe
Environnement et
Microbiologie
UMR CNRS-IPREM
5254
Université de Pau
Module 4 : Bioinformatique
pour le traitement de
données de séquençage
(NGS)
frais de mission
T1
1
CYCLE NGS individuelle
7 jours sur
plusieurs
semaines
d'avril à
septembre
2015
2
PRIORITE
Concevoir et assurer le suivi
d’un projet de séquençage
NGS :
- Avoir une vue d'ensemble des
méthodologies de séquençage
à haut débit : choisir la
technologie adaptée à son
projet
- Etre capable de choisir au
mieux la stratégie de
préparations des échantillons
dans les études "omiques"
- Savoir utiliser les ressources
informatiques pour l'analyse
des données issues du
pyroséquençage : nettoyage,
analyse, traitement et gestion
de données de
pyroséquençage
FC-3 (Bio)
ouiCorinne BARDOT, IE CNRS
INTITULE DE L'ACTION TYPE Objectifs de formationStagiaires
ou public visé
Agent
CNRS
Durée
envisagée
Période
envisagée
Organisme(s)
pressenti(s)Cout indispensable Finalité Formation
1
Absolument
2
de
préférence
3
Confort si
budget
Intra - interne -
inter
de quoi le stagiaire doit-il être capable
à l’issue de sa formation ?NOM et prénom OUI / NON
en heures ou
jour à préciser
ou nom du formateur si
en interne
Frais de l'intervenant (coût
pédagogique, frais de
mission)
T1: accompagnement du poste T2 :
accompagnement du métier T3: nouvelles
compétences
3 jours
du 22 au 24
juin ou du 7
au 9 octobre
2014
Ecole Nationale de
Technologie des
Biomolécules -
Bordeaux
inscription 1600€ + frais
de mission
5 joursND pour
2015
Université Paris
Diderot
inscription 2250€ + frais
de mission
3 joursND pour
2015
Institut de
Formations des
Industries de Santé
IFIS
inscription 1750€ + frais
de mission
5 joursND pour
2015
Institut National
Polytechnique de
Toulouse
inscription 1800€ + frais
de mission
Formation en protéomique :
théorique et pratiqueindividuelle
Veille technlogique des
avancées méthodologiques et
connaissances dans le
domaine de la protéomique
Corinne BARDOT, IE CNRS oui T2
3
PRIORITE
OU
Acquérir les compétences
techniques pour la purification
de protéines et développer un
procédé de purification
ouiCorinne BARDOT, IE CNRSPurification de protéines individuelle
3
OU
T1
En fonction des formations qui seront organisées dans ce domaine en
2015 : ce pourra être sous forme de workshops, d'ateliers techniques, de
stages dans d'autres laboratoires…
OU
29
INTITULE DE L'ACTION TYPE Objectifs de formationStagiaires
ou public visé
Agent
CNRS
Durée
envisagée
Période
envisagée
Organisme(s)
pressenti(s)Cout indispensable Finalité Formation
1
Absolument
2
de
préférence
3
Confort si
budget
Intra - interne -
inter
de quoi le stagiaire doit-il être capable
à l’issue de sa formation ?NOM et prénom OUI / NON
en heures ou
jour à préciser
ou nom du formateur si
en interne
Frais de l'intervenant (coût
pédagogique, frais de
mission)
T1: accompagnement du poste
T2 : accompagnement du
métier T3: nouvelles
compétences
individuelle Corinne BARDOT, IE CNRS ouiinscription 1300€
+ frais de missionT1
individuelleIvan WAWRZYNIAK, IE
CNRSoui
inscription 1300€
+ frais de missionT1
individuelle BARDOT C., IE CNRS ouiinscription : ~600 €
+ frais de mission T1
individuelle BATISSON I., MCU UBP noninscription : ~600 €
+ frais de mission T1
individuelleGeneviève BRICHEUX, CR
CNRSoui
inscription : ~600 €
+ frais de mission T1
Systématique des micro-
algues d’eau douce : Initiation
au phytoplancton
individuelle
Acquérir les techniques
modernes d'observation des
micro-algues et une meilleure
maîtrise des outils récents de
systématique
Marie CHARPIN, MCU UBP non 2 à 5 joursND pour
2015
INRA Thonon (UMR
CARRTEL)
ou
Bi-Eau (bureau
d'études)
inscription : en attente
de devis pour 2015
+ frais de mission
T1
Recherche d'informations à
partir d'une séquence
nucléique ou protéique
i) Acquérir les compétences
nécessaires à l'analyse
bioinformatique des séquences
nucléiques, notamment pour la
recherche et l'identification des motifs
conservés à l'échelle de génomes.
Connaitre et utiliser les différentes
banques de données de motifs
Avoir un premier aperçu des
principaux outils pour pouvoir réaliser
des analyses sur génomes.
Remise à niveau sur les navigateurs
de génomes et les outils d'analyse
fonctionnelle KEGG et Biocyc
ii) Remise à niveau sur les principes
d'interrogation des bases de données
potéiques (UniProtKB, InterPro,
ProDom,Prosite,Pfam), l'analyse
élémentaire (composition, profils
physico-chimiques,…), la recherche
d'homologues proches ( alignement
par paire, algorithmes BLAST,
FASTA, SSEARCH) ou distants, ainsi
que l'identification de sites et
signatures fonctionnelles et la
prédiction de structure secondaire.
4 jours
ND pour
2015fc-3 Bio
Acquérir la maîtrise de
nouvelles approches d’analyse
comparative des séquences de
plusieurs souches bactériennes
aux niveaux génomique,
protéique et métabolique.
2 jours
3
1
1
Comparaison et annotation
génomiques, protéiques et
métaboliques de souches
bactériennes
1
ND pour
2015
1
fc-3 Bio
3
PRIORITE
30
INTITULE DE L'ACTION TYPE Objectifs de formationStagiaires
ou public visé
Agent
CNRS
Durée
envisagée
Période
envisagée
Organisme(s)
pressenti(s)Cout indispensable Finalité Formation
1
Absolument
2
de
préférence
3
Confort si
budget
Intra - interne -
inter
de quoi le stagiaire doit-il être capable
à l’issue de sa formation ?NOM et prénom OUI / NON
en heures ou
jour à préciser
ou nom du formateur si
en interne
Frais de l'intervenant (coût
pédagogique, frais de
mission)
T1: accompagnement du poste
T2 : accompagnement du
métier T3: nouvelles
compétences
Electronicien individuelle
Maintenance de nombreux
appareils électronique
(cytomètre en flux, microscope
électronique à transmission…)
Jonathan COLOMBET, IE
UBPnon 5 jours ND 2015
Centre de Formation
Professionnelle
inscription : 1800 €
+ frais de missionT3
Permis BE individuelleJonathan COLOMBET, IE
UBPnon T2
individuelleDelphine LATOUR, MCU
UBPnon T2
individuelleJonathan COLOMBET, IE
UBPnon T2
Traitement d'images sous
ImageJ individuelle
Acquérir les concepts et les
méthodes actuelles du
traitement de l'image afin de
conduire un travail complet
d'analyse par les techniques de
traitement de l'image
Jonathan COLOMBET, IE
UBPnon 4 jours
du 3 au 6
fév 2015
CNRS Formation
Entreprises
inscription : 1280 €
+ frais de missionT1
La métrologie dans les
laboratoiresindividuelle
Suivi et contrôle de
l'instrumentation de laboratoire
Florence DONNADIEU, T
CNRSoui ?
ND pour
2015QuaRES
inscription : ~500 €
+ frais de missionT1
Formation à l'audit interne individuelle
Connaître les critères
d'évaluation d'un audit pour
l'adapter à son environnement
de travail et
être auditeur
Florence DONNADIEU, T
CNRSoui
ND pour
2015QuaRES
inscription : ~500 €
+ frais de missionT1
Permis fluvial
Nécéssaire pou être en
conformité avec la législation et
pour la sécurité du personnel
En attente de devis
3
2
1
1
2
PRIORITE
3
1
31
INTITULE DE L'ACTION TYPE Objectifs de formationStagiaires
ou public visé
Agent
CNRS
Durée
envisagée
Période
envisagée
Organisme(s)
pressenti(s)Cout indispensable Finalité Formation
1
Absolument
2
de
préférence
3
Confort si
budget
Intra - interne -
inter
de quoi le stagiaire doit-il être capable
à l’issue de sa formation ?NOM et prénom OUI / NON
en heures ou
jour à préciser
ou nom du formateur si
en interne
Frais de l'intervenant (coût
pédagogique, frais de
mission)
T1: accompagnement du poste
T2 : accompagnement du
métier T3: nouvelles
compétences
Acquisition et validation des
compétences en
Expérimentation Animale
individuelledécret n°2013-118 du 1er fév.
2013
Samuel GUYOT, T UBP
Céline NOURISSON, doct
UDA
Catherine TEXIER, MCU
UBP
Ivan WAWRZYNIAK, IE
CNRS
UBP, UDA et
CNRS1 jour
ND pour
2015AFSTAL frais de mission T1
Microscopie et marquage
cellulaire : "La vidéo-
microscopie de fluorescence
du microcosme vivant, virus et
compagnie.
- Module 1 : applications
biologiques et choix du
système d’imagerie.
- Module 2 : système
d’imagerie avancé.
individuelle
Amélioration dans les
techniques de marquages
cellulaires et dans la maîtrise
de logiciel d'acquisition
d'images
Anne Hélène LEJEUNE, IE
CNRSoui
2 jours par
module
Module 1 :
18 et 19
mars 2015
Module 2 :
20 et 21
mars 2015
CNRS Formation
Entreprises
Module 1 : 600 euros
Module 2 : 700 euros
+ frais de missions
T1
Méthodes de marquages
isotopiques (SIP)individuelle
Apprendre et maîtriser ces
techniques
Anne Hélène LEJEUNE, IE
CNRSoui ND ND
Pas de formation
appropriée identifiéeND T3
Les méthodes et stratégies de
préparation d'échantillons
biologiques pour le
séquençage nouvelle
génération : De la
métagénomique à la cellule
unique.
individuelle
Etre capable de choisir au
mieux la stratégie de
préparations des échantillons
dans les études "omiques"
MONE A., IE CNRS oui 2 jours25 et 26 juin
2015FC-3 (Bio)
inscription : 920 euros
+ frais de missionT1
GC-IRMS individuelle
Approfondir les connaissances
sur l’analyse des rapports des
isotopes stables du carbone et
de l’azote. Les objectifs de
cette formation seraient de
mieux comprendre ces
analyses et les techniques
associées.
Fanny PERRIERE, IE UBP non 2,5 jours
du
16/03/2015
au
18/03/2015
ou
du
05/10/2015
au
07/10/2015
CNRS Formation
Entreprises
inscription : 1650 €
+ frais de missionT1
1
1
PRIORITE
1
1
2
32
INTITULE DE L'ACTION TYPE Objectifs de formationStagiaires
ou public visé
Agent
CNRS
Durée
envisagée
Période
envisagée
Organisme(s)
pressenti(s)Cout indispensable Finalité Formation
1
Absolument
2
de
préférence
3
Confort si
budget
Intra - interne -
inter
de quoi le stagiaire doit-il être capable
à l’issue de sa formation ?NOM et prénom OUI / NON
en heures ou
jour à préciser
ou nom du formateur si
en interne
Frais de l'intervenant (coût
pédagogique, frais de
mission)
T1: accompagnement du poste
T2 : accompagnement du
métier T3: nouvelles
compétences
Bioinformatique pour le
traitement de données de
séquençage (NGS)
individuelle
Savoir utiliser les ressources
informatiques pour l'analyse
des données issues du
pyroséquençage : nettoyage,
analyse, traitement et gestion
de données de
pyroséquençage
Ivan WAWRZYNIAK, IE
CNRSoui 4 jours
du 24 au 27
mars 2015
CNRS Formation
Entreprises
inscription 1500€ + frais
de missionT1
Diplôme d'Université
ENSEIGNER dans le
SUPERIEUR
individuelle
Formation diplômante
professionnelle : Développer
ses compétences pour
l'enseignement supérieur et
Acquérir des méthodes
pédagogiques innovantes
Marion SABARD, Post Doc
UBPnon 120 heures
de nov. 2014
à mai 2015
Ecole de Professorat
et de l'Education
Clermont Auvergne
LMGE
inscrption : 250€T3
Atelier de microscopie
confocaleindividuelle
Acquérir les bases théoriques
en microscopie confocale et
s'initier ou approfondir
l'utilisation pratique d'un
microscope confocal
Barnard VIGUES B., CR
CNRSoui 5 jours
du 12/10/15
au 16/10/15
CNRS Formation
Entreprises
inscription 1700 euros
+ frais de mission T1
Ultramicrotomie (débutant) individuelle
Acquérir les connaissances et
la pratique nécessaire à
l'utilistaion d'un ultramicrotome
pour la réalisation des coupes
destinées à être observées en
microscopie électronique
Barnard VIGUES B., CR
CNRSoui 1 jour
17 ou 18
novembre
2014
Centre Imagerie
Cellulaire en Santé,
Université
d'Auvergne
inscription 300 euros
pris en charge par le
LMGE
T1
Dématérialisation des factures
CNRS et UBPcollective Mise en pratique au laboratoire Nathalie Fruquière, AI CNRS oui CNRS et UBP T1
Ressources Humaines
(Recrutement CDD, post doc
ou autres)
collectiveEtre informée des nouvelles
modalités de recrutement….Nathalie Fruquière, AI CNRS oui CNRS T1
2
1
1
1
2
2
PRIORITE
33
INTITULE DE L'ACTION TYPE Objectifs de formationStagiaires
ou public visé
Agent
CNRS
Durée
envisagée
Période
envisagée
Organisme(s)
pressenti(s)Cout indispensable Finalité Formation
1
Absolument
2
de
préférence
3
Confort si
budget
Intra - interne -
inter
de quoi le stagiaire doit-il être capable
à l’issue de sa formation ?NOM et prénom OUI / NON
en heures ou
jour à préciser
ou nom du formateur si
en interne
Frais de l'intervenant (coût
pédagogique, frais de
mission)
T1: accompagnement du poste
T2 : accompagnement du
métier T3: nouvelles
compétences
Power Point collective
Maitriser les fonctionnalités de
Power Point pour présenter un
diaporama
Florence DONNADIEU, T
CNRSoui
ND pour
2015
CNRS
A METTRE EN
PLACE SUR
CLERMONT
FERRAND
/ T1
Geneviève BRICHEUX, CR
CNRS CNRS /
Claire MARQUES, doct.
UDAUDA
174€ (BioMérieux,
Bourse CIFRE)
Joan ARTIGAS, MCU UBP UBP
Frédérique Bonnemoy, IE
UBPUBP
Teaching, talking in
English…and socializingcollective
Développer et adapter les
cours en anglais
Delphine Latour, MCU UBP
Marion SABARD, post doc.
UBP
UBP 12 heuresde nov. 2014
à mars 2015UBP / T2
Initial
Corinne BARDOT, IE CNRS
Brigitte CHEBNCE, T UBP
Aurore DUBUFFET, MCU
UBP
12 heures courant 2015
Recyclage
Florence DONNADIEU , T
CNRS
Agnès VELLET, T UBP
1/2 journée2 avril ou 21
mai 2015
Initial Mickaël ROUSSEL, post doc 14 oct. 2014
Recyclage
Geneviève BRICHEUX, CR
CNRS
Brigitte CHEBANCE, T UBP
Nathalie FRUQUIERE, AI
CNRS
Anne Hélène LEJEUNE, IE
CNRS
courant 2015
PRIORITE
1
1
1
1
1
1
3
1
collectiveStage extensif Anglais général2ème
session :
février à juin
2015
20 heures
collective
collective
CNRS et UBP
UBP /
Réactiver les connaissances
(comprendre, parler et écrire la
langue véhiculaire)
T3/UBP
T2
Services Commun
des Langues
Vivantes - UBP
/
6 octobre au
19 décembre
2014
T31/2 journéeCNRS, UBP et
UA
Hygiène et Sécurité : Equipier
incendie de1ère intervention
Hygiène et Sécurité :
Sauveteur Sécurité du Travail
Annexe 1
ORGANIGRAMME PREVISONNEL DU LMGE POUR JANVIER 2015
Directeur : T. Sime-Ngando - Directeur-adjoint : F. Delbac
Équipe 1 : Interactions hôte-parasite (IHP)
Belkorchia A MC (UA)
Biron D. CR (CNRS)
Blot N. MC (UBP)
Delbac F. Pr (UBP)
Diogon M. MC (UBP)
Dubuffet A. MC (UBP)
El Alaoui H. MC (UBP)
Poirier P. PHU (UA)
Polonais V. MC (UA)
Texier C. MC (UBP)
Viguès B. CR (CNRS)
Vivares C. Pr émérite (UBP)
AI CDD
Roriz D. (ANR)
Postdoctorants
Roussel M. (ANR)
Doctorants :
Nourrisson Céline (AHU, UA 2013)
Panek J. (Ministère 2012)
Paris L. (Ministère 2014) ----------------------------------------------------------------------------
Equipe 2 : Communautés microbiennes : Ecotoxicologie-Santé (CMES)
Aumeran C. MCU-PH (UA)
Artigas-Alejo J. MC (UBP)
Balestrino D. MC (UA)
Batisson I. MC (UBP)
Bohatier J. Pr émérite (UA)
Gueirard P. Pr. (UA)
Bonnet J.L. MC (UA)
Bouchard P. MC (UBP)
Bricheux G. CR(CNRS)
Forestier C. Pr (UA)
Hennequin C. MCU-PH (UA)
Lautrette A MCPHU (UA)
Lesens O. MCUPH (UA)
Mallet C. MC (UBP)
Souweine B. PUPH (UA)
Traoré Ousmane PUPH (UA)
IE CDD
Joly M. (contractuel ANR)
Post doctorants
Miquel S. (ATER)
Doctorants
Carles L (Ministère 2013)
Desrousseaux C. (CIFRE, 2014) 0,5.
Gabriel Carvalho (CPER 2014)
Guilhen C. (Ministère 2014)
Lagrafeuille R. (Région 2013)
Marques C. (CIFRE 2013)
Ory J. (Interne 2014)
Equipe 3 : Microbiologie de l'environnement et bioinformatique
(MEB)
Bronner G. MC (UBP)
Debroas D. Pr (UBP)
Jouan I. MC (UBP)
Mary I. MC (UBP)
Ravet V. MC (UBP)
Petit C CR (CNRS)
Postdoctorants
Mochizuki T. (Région 2013) 0,5
Jobard M., (ANR ROME) 0,5
Post doc CPER (0,5) à recruter
Doctorants
Abdou Caire M (Bourse étranger)
Bisseux M. (0,5)
Capo E (Région Rhône Alpe), 0,5 ----------------------------------------------------------------------------
Equipe 4 : Virus et Métabolismes microbiens en milieu aquatique
(VMM)
Amblard C. DR (CNRS)
Charpin M. MC (UBP)
Fonty G. DR émérite (CNRS)
Enault F. MC (UBP)
Lehours A.C. MC (UBP)
Lepère C. MC (UBP)
Morel J. P. Pr émérite (UBP)
Morel-Desrosiers N. Pr (UBP)
Pradeep Ram A.S. CR (CNRS)
Sime-Ngando T. DR CNRS
Post doctorants
Gerphagnon M. (ATER)
Keshri J. (UBP)
Jobard M. (ANR ROME) 0,5
Postdoc (Modélisation) en cours de recrutement (Projet ANR ROME 0,5)
Doctorants
Mouly D. (2013)
Keraval B. (2012) ------------------------------------------------------------------------
Equipe 5 : Interactions dans les réseaux trophiques aquatiques
(IRTA)
Aguer J.P. Pr (UBP)
Bec A. MC (UBP)
Bourdier G. Pr (UBP)
Carrias J.F. Pr (UBP)
Corbara B. MC (UBP)
Desvilettes C. Pr (UBP)
Latour-Duris D. MC (UBP)
Post doctorants
Sabart M (EP Loire, FEDER)
Doctorants
Crenn K. (Ministère 2012)
Legrand B. (CIFRE, 2014)
IATOS - Université ITA - CNRS
Bézy A. AGT (0,5)
Bonnemoy F. IGE
Chapelle F. CTB
Charbonnel N. TCH (0,5)
Chebance B. ADT
Collin M. L., TCH UBP (0,5)
Colombet J. IGE
Dumas Y. ASI
Nakusi Laurence TCH Guedon
A. TCH
Guyot S. TCH (0,5)
Leoty M.P. AGT (0,15)
Lyonnet V. (0,25)
Perriere F., IE
Portelli C. ADT 0,5
Vellet A. TCH
Bardot C. IE (0,8)
Charvy J.C. IE
Donnadieu F. TCH
Fruquière N. AI
Lejeune AH, IE
Lesobre J. TCS
Moné A. IE (0,8)
Wawrzyniak I. IE
Rattachés au LMGE : Faure C, Sean K
35
Annexe : 2 BILAN de JUIN 2010 à SEPTEMBRE 2013
CONNAISSANCES SCIENTIFIQUES et TECHNIQUES SPECIFIQUES
NATURE de la
FORMATION AGENT
ORGANISME et
DUREE
FINANCEMENT
Inscription
(euros HT)
Frais de
mission Analyse de données de puces d’expression
niveau I
J. Denonfoux, doct. E. Dugat-Bony,
doct.
Agilent technologies, Massy,
1 jour (2010)
LMGE : 358 Ecole
doctorale : 400
LMGE
Microscopie
électronique
J. Colombet, IE
UBP
Société JEOL, Clermont
Ferrand, 2 jours (2010) UBP : 3000 -
Formation personnalisée
« Chromatographie
gazeuse couplée à la
spectrométrie de
masse »
F. Perrière, IE UBP Ecole de Chimie, Clermont
Ferrand, ½ journée (2010) UBP : 450 -
PCR quantitative en
temps réel
A. Bournilhas, T
contractuelle UBP
F. Donnadieu, T
CNRS
CNRS Formation Entreprises,
Orsay, 5 jours (2010)
UBP : 1850
CNRS DR7 :
1850
UBP
CNRS DR7
Electrophorèse
bidimensionnelle et 2-D
DIGE : Théorie, mise en
œuvre et interprétation
des résultats
H. El Alaoui, MCU
UBP
C. Vidau, Post doct.
CNRS
GE Healthcare, Institut
Cochin, Paris, 4 jours
(2010)
UBP : 1950
CNRS DR7 :
1950
UBP
CNRS DR7
Formation apicole Niveau I débutant
M. Roudel, Doct. S. Guyot, T UBP
Syndicat des apiculteurs du
Puy de Dôme, LPA Pontaumur (63), 6 jours
(2011)
LMGE : 926
Formation apicole.
Niveau II
B. Viguès, CR
CNRS
J. Aufauvre, Doct
R. Fontbonne, Doct
Syndicat des apiculteurs du
Puy de Dôme, LPA
Pontaumur (63), 6 jours
(2011)
Formation apicole.
Niveau III
F. Delbac, PR UBP
H. El Alaoui, MCU
UBP
C. Vidau, Post doct.
CNRS
Syndicat des apiculteurs du
Puy de Dôme, LPA
Pontaumur (63), 6 jours
(2011)
Ecole Chercheurs
Protéomique : De la
préparation à
l'identification des
protéines. Stratégies et
aspects pratiques.
C. Bardot, IE CNRS
Batisson, MCU UBP
B. Viguès, CR
CNRS
INRA, Seillac (41), 5 jours
(2011)
CNRS DR7 :
750
UBP : 750
CNRS DR7 :
750
CNRS DR7
Les bonnes pratiques de conservation des
microorganismes
A. Bournilhas, T
contractuelle UBP A. C. Lehours, MCU
UBP
Fc-3 (Bio), Lyon, 1 jour (2011)
UBP : 315
UBP : 315
UBP
36
Mise en route de la plate
forme 2D-DIGE au
LMGE
C. Bardot, IE CNRS
D. Biron, CR CNRS
G. Bricheux, CR
CNRS
H. El Alaoui, MCU
UBP
A. Moné, IE CNRS
J. Panek, doctorant
C. Petit, CR CNRS
A. S. Pradeep Ram,
CR CNRS C. Texier, MCU
UBP
B. Viguès, CR
CNRS
GE HealthCare, LMGE, 2
jours (2012) - -
Ecole Chercheurs
Interactomique :
Apports de la
spectrométrie de masse
et des approches
protéomiques.
D. Biron, CR CNRS
H. El Alaoui, MCU
UBP
CNRS-Inserm-INRA, La
Grande Motte (34), 4 jours
(2012)
CNRS DR7 :
950
UBP : 950
CNRS DR7
UBP
Métabolomique :
Appareillages et
traitement de données.
S. Palesse,
doctorante
F. Perrière, IE UBP
CNRS, Institut de chimie,,
Clermont Ferrand, 3 jours
(2012)
- -
Techniques d’ultra-
microtomie
B. Viguès, CR
CNRS
Centre Technologique des
Microstructures, Université
Claude Bernard, Lyon, 2 jours
(2012)
CNRS DR7 :
1100 CNRS DR7
Formation apicole
Niveau I débutant
D. Biron, CR CNRS
Moné, IE CNRS M. Roussel, ATER
Syndicat des apiculteurs du
Puy de Dôme, LPA
Pontaumur (63), 7 jours (2012)
UBP : 500
Formation apicole
Niveau III
F. Fontbonne,
doctorant
B. Viguès, CR
CNRS
Syndicat des apiculteurs du
Puy de Dôme, LPA
Pontaumur (63), 3 jours
(2012)
Atelier électrophorèse
bidimensionnelle et 2D-
DIGE
Moné, IE CNRS
C. Vidau, post
doctorant CNRS
GE Healthcare, IMTSSA,
Marseille, 3 jours (2012)
-
CNRS DR7 :
360
Ecole Thématique :
Expert génomique
environnementale
D. Debroas, PU
UBP
N. Parisot, doctorant
Aussois (73), 5 jours (2012) -
UBP : 160
-
Les principales
techniques et méthodes
d’analyses de données à
haut débit
N. Blot, MCU UBP Fc3 Bio, Lyon, 3 journées
(2012) 1180 UBP
Action Nationale :
Etude de l’expression
des gènes par PCR
quantitative en temps
réel
I. Batisson, MCU
UBP
Université Paris Diderot, 4
jours (2012) Ministère
UBP (frais de
déplacement)
Utilisation
chromatographique ionique de la plateforme
LC/GC de L’Institut de
Chimie de Clermont
Ferrand
F. Perrière, IE UBP Ecole de Chimie, Clermont Ferrand, ½ journée (2013)
UBP : 500 euros -
37
Formation en
statistiques appliqués
(INTRA)
J ; Aufauvre, doct
I. Batisson, MCU
UBP
F. Bonnemoy, IE
UBP
J. Colombet, IE
UBP
D. Latour, MCU
UBP
A. C. Lehours, MCU
UBP C. Mallet, MCU
UBP
B. Misson, post doc.
F. Perrière, IE UBP
M. Sabart, post doc.
LMGE, Aubière, 5 jours
(2013)
UBP : 1500
euro (coût de
l’intervenant)
-
PCR quantitative
C. Bardot, IE CNRS
G. Bricheux, CR
CNRS,
A. H. Lejeune, IE
CNRS
Fc-3bio, Lyon, 3 jours (2013) CNRS DR7 CNRS DR7
Analyse des données
RNA-seq et ChIP-seq
(séquençage haut-débit),
à l'aide d'outils orientés
vers un public de
biologistes
I. Wawrzyniak, IE
CNRS Fc-3bio, Lyon, 3 jours (2013) CNRS DR7 CNRS DR7
Formation apicole Niveau I débutant
J. Panek ; Doct D. Roriz,
contractuelle
Syndicat des apiculteurs du
Puy de Dôme, LPA Pontaumur (63), 8 jours
(2013)
LMGE : 600 euros Formation apicole.
Niveau III
M. Roussel, Post
Doc
Syndicat des apiculteurs du
Puy de Dôme, LPA
Pontaumur (63), 3 jours
(2013)
Formation apicole :
changement des reines
M. Roussel, Post
Doc
B. Viguès, CR
CNRS
Syndicat des apiculteurs du
Puy de Dôme, LPA
Pontaumur (63), 1 jour
(2013)
Module Ecologie des
eaux douces (Master 1,
mention biologie de
l’environnement)
F. Perrière, IE UBP
UBP, Clermont Ferrand, 20
heures
(2012/13)
- -
UTILISATION d’APPLICATIONS SPECIALISEES CNRS et UNIVERSITAIRES
FINANCES, COMPTABILITE, DROIT
NATURE de la
FORMATION AGENT
ORGANISME et
DUREE
FINANCEMENT Inscription
(euros HT) Frais de mission
XLAB Y. Dumas, AI UBP CNRS DR7, Villeurbanne,
5 jours (2010) - CNRS DR7
ANF : Utilisation
avancée de HAL
J. C. Charvy, IE
CNRS
CNRS, Villeurbanne, 1 jour
(2012) - CNRS DR7
EXCELL : bases de
données et tableaux
croisés dynamiques
N. Fruquière, AI
CNRS
CNRS DR7, Villeurbanne,
1 jour (2013) - CNRS DR7
Word documents longs
et word publipostage
N. Fruquière, AI
CNRS
CNRS DR7, Villeurbanne,
1 jour (2013) - CNRS DR7
Photoshop B. Viguès, CR
CNRS
UBP, Clermont Ferrand, 4
½ journées (2013) - -
38
ENT 1 : généralités
Y. Dumas, AI UBP
N. Fruquière, AI
CNRS
A. H. Lejeune, IE
CNRS
UBP, ½ journée (2013) - -
ENT 2 :
approfondissements et
travail collaboratif
Y. Dumas, AI UBP N. Fruquière, AI
CNRS
UBP, ½ journée (2013) - -
Formation à l’utilisation
de HAL
J. Aufauvre, Doct
D. Biron, CR CNRS
G. Bricheux, CR
CNRS
F. Bonnemoy, IE
UBP
J. C. Charvy, IE
CNRS
A. Moné, IE CNRS C. Petit, CR CNRS
Sime-NGando, DR
CNRS
C. Texier, MCU
UBP
UBP, ½ journée (2013) - -
HYGIENE et SECURITE
NATURE de la
FORMATION AGENT
ORGANISME et
DUREE
FINANCEMENT Inscription
(euros HT) Frais de mission
Prévention des risques
psychosociaux au travail
F. Bonnemoy, IE
UBP UBP, 2 ½ journée, (2011) - -
Equipier incendie F. Perrière, IE UBP ½ journée - -
Utilisation d’azote
liquide et de CO2
A. Bournilhas, T
contractuel UBP
INSERM-CNRS, Lyon
(2011)
INSERM
Lyon UBP
Recyclage Sauveteur,
Secouriste du Travail
F. Donnadieu, T
CNRS
A. Moné, IE CNRS
A. Vellet, T UBP
UBP, ½ journée (2011) - -
Sauveteur Secouriste au
Travail
N. Charbonnel, TR
UA
UA, Clermont Ferrand, 3
jours (2012) - -
Assistant de prévention
I. Wawrzyniak, IE
CNRS
N. Charbonnel, TR
UA
CNRS DR7, Villeurbanne,
5 jours (2012)
UA et UBP, Clermont
Ferrand, 5 jours (2013)
-
-
CNRS DR7
-
Formation des membres
du CHSCT
F. Bonnemoy, IE
UBP
UBP, Clermont Ferrand, 26
heures (2013) - -
QUALITE
NATURE de la
FORMATION AGENT
ORGANISME et
DUREE
FINANCEMENT Inscription
(euros HT) Frais de mission
9ème école inter-
organismes « Qualité en
recherche et en
enseignement
B. Chebance., AJT
UBP
A. Moné, IE CNRS
QUARES, Montpellier, 3
jours (2011)
UBP : 500
CNRS DR7 :
-
-
39
supérieur » 500
4ème rencontre du réseau
qualité en recherche
N. Fruquière, AI
CNRS
A. Moné, IE CNRS
CNRS, Paris, 2 jours (2012) - CNRS DR7
INFORMATIQUE
NATURE de la
FORMATION AGENT
ORGANISME et
DUREE
FINANCEMENT Inscription
(euros HT) Frais de mission
Présentation et
initiation aux grilles de
calcul. Formation utilisateurs DIRAC
J. C. Charvy, IE
CNRS
IN2P3, Villeurbanne, 3
jours (2010) - CNRS DR7
Cloud computing :
initiation à Stratu
Lab/Open Nebula
J. C. Charvy, IE
CNRS
CNRS, LPC, UBP,
Clermont Ferrand, 2 jours
(2011)
- -
Journée réseau métier
ARAMIS :
Virtualisation et bases
de données
J. C. Charvy, IE
CNRS
CNRS, Villeurbanne, 1 jour
(2012) - CNRS DR7
EuPathDB Workshop I. Wawrzyniak, AI
CNRS
EuPathDB project team,
Athens (Géorgie, Etats
Unis), 3,5 jours (2012)
- LMGE : 1250
Journée régionale
d’ARAMIS (Réseau
MRCT-RESINFO)
J. C. Charvy, IE
CNRS
CNRS, Aubière, 1 jour
(2013) - -
CULTURE INSTITUTIONNELLE et EFFICACITE PERSONNELLE
NATURE de la
FORMATION AGENT
ORGANISME et
DUREE
FINANCEMENT Inscription
(euros HT) Frais de mission
Préparation aux
concours internes
(rédaction du rapport et
oral)
F. Donnadieu, T
CNRS
I. Wawrzyniak, AI
CNRS
CNRS DR7, Villeurbanne,
4 jours (2011) - CNRS DR7
Stage intensif en langue
française
A. S. Pradeep Ram,
CR CNRS
Service Universitaire des
Etudiants Etrangers, UBP,
65 heures de Fév. 2011 à
mai. 2011
CNRS DR7 :
585
(budget 2010)
-
Stage intensif en langue
française
A. S. Pradeep Ram,
CR CNRS
Service Universitaire des
Etudiants Etrangers, UBP,
65 heures de sept. 2011 à
janv. 2012
CNRS DR7 :
720
(budget 2011)
-
Savoir communique r
avec les médias
T. Sime NGando,
DR CNRS
CNRS, Villeurbanne, 2
jours (2011) - CNRS DR7
La cartographie de la responsabilité des
directeurs d’unités
T. Sime NGando,
DR CNRS
CNRS, Meudon, ½ journée
(2011) - CNRS DR7
Formation syndicale F. Donnadieu, T
CNRS
UNSA – Education, Paris, 2
joirs (2012) - -
Accompagnement à la
prise de fonction des
nouveaux directeurs
d’unité (module 1)
T. Sime NGando,
DR CNRS
CNRS, Villeurbanne, 2
jours (2012) - CNRS DR7
Séminaire
d’accompagnement à la
prise de fonction des
T. Sime NGando,
DR CNRS
CNRS, Meudon, 4 jours,
(2012) - CNRS DR7
40
nouveaux directeurs
d’unité
Journée d’accueil
régionale des nouveaux
entrants
J. C. Charvy, IE
CNRS
CNRS, Villeurbanne, 1 jour
(2012) - CNRS DR7
Journée d’accueil
nationale des nouveaux
entrants
J. C. Charvy, IE
CNRS CNRS, Paris, 1 jour (2012) - CNRS DR7
Stage intensif en langue
française
A. S. Pradeep Ram,
CR CNRS
Service Universitaire des
Etudiants Etrangers, UBP,
65 heures de fév. 2012 à
mai. 2012
CNRS DR7 :
720
(budget 2012)
-
Journée nationale
d’accueil des nouveaux entrants
A. H. Lejeune, IE
CNRS CNRS, Paris, 1 jour (2013) - CNRS
Journée régionale
d’accueil des nouveaux
entrants
A. H. Lejeune, IE
CNRS
CNRS, Villeurbanne, 1 jour
(2013) - CNRS DR7
Teaching in english G. Bricheux, CR
CNRS
UBP, Clermont Ferrand, 6
½ journées (2013) - -
Module de
Formation pour les
Nouveaux MCF :E-
Learning et Evaluation
J. Artiguas, MCU
UBP
UBP, Clermont Ferrand, 20
heures (2012/13) - -
41
Annexe 3
FICHE DE REALISATION
NOM DE L’ACTION : Ecole Thématique CNRS « VIR2OMIQUES :
Les Virus de l’envIronnement : échantillonnage, obseRvation, traitement de séquences génOMIQUES et métagénOMIQUES »
Délégation organisatrice : DR7 CNRS- RHONE AUVERGNE –
Date : du 29 septembre au 2 octobre 2014 Commanditaire : INEE Représentant du commanditaire : Télesphore Sime NGando et Corinne BARDOT
Contexte de la commande
L’Ecole thématique du CNRS VIR2OMIQUES a été proposée par le LMGE, Laboratoire Microorganismes :
Génome et Environnement, UMR 6023, en collaboration avec les UMRs URMITE 7278 (Marseille), LM2E
6197 (Brest) et BIOM 7232 (Banyul/Mer). Ces laboratoires étudient les microorganismes Procaryotes et
Eucaryotes et les virus dans les écosystèmes microbiens, depuis les aspects moléculaires et cellulaires
jusqu’aux rôles de ces organismes dans les écosystèmes. C’est dans ce cadre scientifique que se situe
l’intérêt de l’école thématique VIR2OMIQUES, qui s’appuie sur les compétences des laboratoires dans le
domaine de l’écologie virale et, plus particulièrement, du traitement des données issues des séquenceurs de
nouvelle génération (pyroséquençage, Illumina). Le LMGE offre des services informatiques originaux sur le
traitement des données de métagénomique (http://metavir-meb.univ-bpclermont.fr/) ou de pyroséquençage
d'amplicons (http://code.google.com/p/panam-phylogenetic-annotation/downloads/list), qui permettent
l’analyse des données NGS acquises ou présentes dans les bases publiques. En raison de l’intérêt croissant
que suscitent aujourd’hui l’écologie virale, l’école thématique a été proposée dans le but d’initier les
participants aux recherches pratiques en écologie virale, par la mise en application d’un panel de techniques
dédiées, depuis le prélèvement des échantillons en milieu naturel, leur concentration nécessaire
(ultrafiltration, ultracentrifugation, concentration chimique au PEG), jusqu’à l’obtention de résultats en rapport
avec les aspect phénotypiques (microscopie, cytométrie) et génotypiques (extraction des génomes,
séquençage par sous-traitance, traitement des séquences métagénomique…) des communautés virales de
l’environnement. Les modalités pédagogiques mises en œuvre prennent en compte les contributions des
participants, non seulement dans l’élaboration du programme et du déroulement de l’école thématique, mais
également par la mise en place d’un module centré sur des études de cas, correspondant à des projets
scientifiques en cours, proposés par des participants.
42
Groupe projet Comité Scientifique et compétences de ses membres
DESNUES Christelle, CR CNRS, Responsable Equipe Pathovirome, UMR 7278, Marseille (Diversité, Evolution, Métagénomique, Virus Microbiote et Holobionte)
GESLIN Claire, MCF, UMR LMEE 6197, Brest (Virologie et Microbiologie des Environnements Marins Extrêmes, Virus des Archées)
MOREAU Hervé, DR CNRS, Directeur UMR BIOM 7232, Banyuls/Mer (Ecologie, Diversité, Evolution, Cultures, Virus des Eucaryotes, Ecosystèmes Marins)
Membres du Comité d’Organisation Comité d'Organisation et compétences de ses membres
BARDOT Corinne, IE CNRS, Correspondant Formation de l’UMR LMGE 6023, Aubière (Aide dans la conception et l’organisation matérielle de l’Ecole Thématique)
CHEBANCE Brigitte, T UBP, UMR LMGE 6023, Aubière (Aide dans la conception et l’organisation matérielle de l’Ecole Thématique)
COLOMBET Jonathan, IE, UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie, Echantillonnage, Cytométrie, Microscopie, Virus Aquatiques)
DEBROAS Didier, PR, Responsable Equipe MEB, UMR LMGE 6023, Aubière (Diversité, Métagénomique, Paléogénomique, Virus Aquatiques)
ENAULT François, MCF, UMR UMR LMGE 6023, Aubière (Bioinformatique, Serveur METAVIR, Pipeline Traitement des Séquence, Virus Aquatiques)
GOMMET Liliane, Conseillère en Formation et Itinéraires Professionnels, Coordinatrice du Bureau Formation, CNRS Rhône-Auvergne DR07, Villeurbanne (Aide dans la conception pédagogique, l’élaboration du budget et l’organisation matérielle de l’Ecole Thématique)
RAVET Vivianne, MCF, UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie, Ultracentrifugation, Ultrafiltration, Concentration Chimique, Extraction Acides Nucléiques, Virus Aquatiques à ADN et ARN)
SIME-NGANDO Télesphore, DR CNRS, Directeur UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie Générale, Virologie Environnementale)
Intervenants internes et externes
DESNUES Christelle, CR CNRS, Responsable Equipe Pathovirome, UMR 7278, Marseille (Diversité, Evolution, Métagénomique, Virus Microbiote et Holobionte)
GESLIN Claire, MCF, UMR LMEE 6197, Brest (Virologie et Microbiologie des Environnements Marins Extrêmes, Virus des Archées)
MOREAU Hervé, DR CNRS, Directeur UMR BIOM 7232, Banyuls/Mer (Ecologie, Diversité, Evolution, Cultures, Virus des Eucaryotes, Ecosystèmes Marins)
COLOMBET Jonathan, IE, UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie, Echantillonnage, Cytométrie, Microscopie, Virus Aquatiques)
DEBROAS Didier, PR, Responsable Equipe MEB, UMR LMGE 6023, Aubière (Diversité, Métagénomique, Paléogénomique, Virus Aquatiques)
ENAULT François, MCF, UMR UMR LMGE 6023, Aubière (Bioinformatique, Serveur METAVIR, Pipeline Traitement des Séquence, Virus Aquatiques)
RAVET Vivianne, MCF, UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie, Ultracentrifugation, Ultrafiltration, Concentration Chimique, Extraction Acides Nucléiques, Virus Aquatiques à ADN et ARN)
SIME-NGANDO Télesphore, DR CNRS, Directeur UMR LMGE 6023, Aubière (Ecologie Générale, Virologie Environnementale)
Déroulement de la formation et public Participants : 13 - CNRS : 7 et Université : 6
Chercheurs-Enseignants chercheurs : 4 Personnels techniques : 6 Doctorants : 2 Post doctorants : 1
La formation a pu être organisée en résidentiel à la Station Biologique de Besse de l’Université Blaise Pascal.
43
PROGRAMME des JOURNEES
Lundi 29 septembre 2014 : Accueil des participants, Besse
Evènement Heure Accueil des participants et animateurs + Pause café 15:00 – 20:00 Buffet dinatoire à la Station Biologique - Création Gourmande – Buffet dinatoire 20:00
Mardi 30 septembre 2014 : Modules 1 et 2
Intervenant Evènement Heure Petit déjeuner à la Station Biologique A partir de 07:30 Bardot C ., Sime-Ngando T. Introduction de l’Ecole Thématique 08:30 – 09:00
MODULE 1 : rappel des connaissances théoriques
Desnues C., Geslin C., Moreau H., Sime-Ngando T.
Cours Théoriques 09:00 – 10:30
Pause-café 10:30 - 11:00 Cours théoriques suite 11:00 - 12:30 - Création Gourmande – Plateau repas froid Repas à la Station Biologique 12:30 - 14:00
MODULE 2 : échantillonnage, concentration
Colombet J., Desnues C., Moreau H., Ravet V.
Echantillonnage, préservation, stockage, concentration, purification, isolement, cultures
14:30 – 16:00
Pause-café 16:00 - 16:30 Suite du module et table ronde 16:30 - 18:30 Repas au restaurant à Besse 20:00 max Mercredi 01 octobre 2014 : Modules 3 et 4, Besse
Intervenant Evènement Heure
Petit déjeuner à la Station Biologique A partir de 07:30 MODULE 3 (Extraction, Qualité des Acides
Nucléiques)
Debroas D., Henquell C. , Ravet V.
Extraction et Qualité des acides nucléiques et Séquençage
09:00 – 10:30
Pause-café 10:30 - 11:00
Suite du module et Table ronde 11:00 - 12:30
- Création Gourmande – Plateau repas froid Repas à la Station Biologique 12:30 - 14:00
MODULE 4 (Travail sur projet)*
Mercier C. (15 minutes de présentation) Virome de sédiments hydrothermaux océaniques profonds (matrice eau et sédiments)
14:30 – 15:15
Prévost B. (15 minutes de présentation) Contamination virale de la Seine et risques pour la santé (matrice eau)
15:15 – 16:00
Pause-café 16:00 - 16:30
Temmam S. (15 minutes de présentation) Virus d’insectes vecteurs de maladies humaines (matrice animaux, sang)
16:30 – 17:15
Erauso G. (15 minutes de présentation) Virome des systèmes hydrothermaux alcalins (matrice eau et biofilm) 17:15 - 18:30
Table ronde 18 :30 – 19 :15
Repas au restaurant à Besse 20:00 max
Jeudi 02 octobre 2014 : Modules 5 et 6, Aubière
Intervenant Evènement Heure
Petit déjeuner à la Station Biologique A partir de 07:00 Transfert à Aubière (Clermont-Ferrand) A partir de 07:30
MODULE 5 : observation MODULE 6 : analyse des séquences
Colombet J., Enault F., Moreau H.
Groupe 1 : Observation (microscopie, cytométrie) Groupe 2 : analyse des séquences (METAVIR)
09:00 – 11:30
Repas sur le Campus des Cézeaux - Aubière 11:30 - 13:00 Colombet J., Enault F., Moreau H.
Groupe 2 : Observation (microscopie, cytométrie) Groupe 1 : analyse des séquences (METAVIR)
13:00 - 15:30
Bardot C ., Sime-Ngando T. Conclusion et perspectives 15:30 – 16:00
44
Synthèse de l’évaluation par les participants à l’issue de la formation
Cette synthèse est une moyenne sur 5 des notes des fiches d’évaluation individuelle des participants
1 : pas du tout satisfait, 2 : peu satisfait, 3 : moyennement satisfait, 4 : satisfait, 5 très satisfait Quelle est votre appréciation globale de l’école ? Moyenne : 4,6
L’école a-t-elle répondu à vos attentes ? Pourquoi ? Moyenne : 4,3
Avez-vous trouvé l'enseignement adapté à votre fonction ? Moyenne : 4,4
L’école vous a-t-elle apporté des connaissances nouvelles ? Moyenne : 4,7
Durée de l’école vous a paru : satisfaisante : 8 trop courte : 5 trop longue : 0 participants Conditions matérielles d'organisation (accueil, salle…) :
Bonnes : 13 participants Acceptables : 0 Mauvaises : 0 Comment appréciez-vous les éléments suivants :
1 : pas du tout satisfait, 2 : peu satisfait, 3 : moyennement satisfait, 4 : satisfait, 5 : très satisfait
Conditions matérielles et organisation de la formation Moyenne : 4,6 Contenu de la formation Moyenne : 4,4 Pertinence et atteinte des objectifs Moyenne : 4,4 Participation et esprit du groupe Moyenne : 4,8
Application pratique des acquis Moyenne : 3,3 Qualité de la relation intervenant-participant Moyenne : 4,7 Compétences pédagogiques des intervenants Moyenne : 4,8 Supports pédagogiques et documentation Moyenne : 4,8
Points positifs :
Interventions accessibles à un large public Prise en compte d’écosystèmes variés (environnemental et santé humaine) Identifier la communauté scientifique Tables rondes constructives
Points négatifs
Module METAVIR : peu adapté pour les « novices » dans le domaine Formation d’une durée trop courte (1 jour de plus aurait été apprécié) Pas assez d’applications pratiques (METAVIR, extraction des virus, cytométrie en flux)
Suite à donner
- Ouverture sur une idée de forum internet de discussion et « foires aux questions » : FAIT - Formation spécifique METAVIR à prévoir (en 2016/17) sur 3-4 jours : théorie et traitement des données des participants - Rééditer l’ET en 2017, peut être dans un autre laboratoire, dans lequel il y aurait plus de facilités pour la partie pratique (ex : Station Biologique de Banyuls)
48
Annexe 5 CYCLE NGS
Dr Jean-François PROST / [email protected]
Tél/Fax : +(33) 4 72 72 26 76 / P. 06 82 14 94 93
154, Chemin des Combes - 69250 Poleymieux au Mont d'or
Conduite d’un projet NGS : du séquençage à l’analyse bioinformatique
Informations
Public concerné
Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, étudiants) ayant en projet ou en cours des expériences de RNA-seq.
Pré-requis : cette formation s’adresse aux microbiologistes connaissant l'organisation générale des génomes procaryotes
(promoteur, gène, RBS, plasmide) et le principe général du séquençage de l'ADN(méthode de Sanger).
Pédagogie Effectif maximum : 14 Personnes
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
Chaque auditeur disposera d'un poste informatique individuel pendant la formation
Session
Le 25 novembre 2014
Le 10 avril 2015
Lieu : Fc-3Bio - LYON 7eme
Les repas sont pris en charge par Fc-3Bio
Durée 1 journée - 7 heures
Intervenant
M. Jean-Baptiste CLAUDE
Mme Céline MIGANEH
Frais pédagogiques
650 € HT Auditeurs académiques : 550 € HT
Objectifs
Concevoir et assurer le suivi d’un projet de séquençage NGS
Choisir la technologie de séquençage en fonction du projet de recherche, connaitre les analyses possibles sur
les jeux de données obtenus
Réaliser le plan d’expérience
Décrypter les devis des prestataires de séquençage : technologies, paramètres,
options.
Evaluer la qualité du séquençage et de l’assemblage
Programme
Les NGS : principes et applications
Les différentes technologies de séquençage (Illumina, 454, PacBio, Solid,...) : principes, comparaisons et domaines d’application.
Projets de recherche et stratégie de séquençage : séquençage de novo, reséquençage, RNAseq, détection de variants,
métagénome, métatranscriptome.
L’assemblage des séquences
Notions de reads, contigs, scaffolds
49
Traitement des jeux de données brutes : import, trimming, filtering, multiplexing • Assemblage de novo ou avec
référence
Estimation de la qualité de l’assemblage
Etudes de cas
Comparaison de plusieurs sérotypes d’une même bactérie
Construction d’un génome de référence fiable et recircularisé
Recherche de gènes spécifiques chez une souche bactérienne inconnue
Suivi de stabilité génétique au cours d’un process industriel
Analyse RNAseq de l’impact d’un changement de process sur le métabolisme
Principes fondamentaux de gestion et de suivi de projets de séquençage
Définition du projet et stratégie de séquençage adaptée
Choix d’un prestataire de séquençage et analyse de devis • Grandes étapes du projet et suivi de la réalisation
Analyses post-séquençage
Principes et applications des nouvelles méthodes de séquençage à haut-débit (NGS):
choisir la technologie adaptée à son projet
Informations
Public concerné
Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.
Pédagogie
Effectif : 14 Personnes
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
Session Le 21 septembre 2015 à Lyon
Durée
1 journée - 7 h
Intervenant
Mme S. Hughes
M. B. Gillet
Frais pédagogiques
475 € HT Académique : 430 € HT
Programme
Les méthodes de séquençages, principes et applications
Présentation des différentes méthodes de séquençage à haut-débit : Solid, Illumina, Ion Torrent, 454 Roche, Pacific
Biosciences Principe et fonctionnement
Capacités de séquençage
Comparatif des différentes méthodes, forces et faiblesses
Les technologies de demain
Les différentes applications NGS : quelle méthode choisir en fonction de mon application
Génomique
Transcriptomique
Epigénomique
Métagénomique et biodiversité
Conclusions
De l’échantillon à la séquence : les grandes étapes méthodologiques
Préparation des échantillons
50
Extraction des ADN et ARN
Les différentes approches d’amplification par PCR
Les méthodes de capture et d’enrichissement
Construction des différents types de banques
Fragmentation/Sizing
Les méthodes de purification, d’amplification et de quantification
Séquençage des banques (exemples)
L’analyse des données de séquençage
Les principaux formats de fichiers de sortie de données Quelques outils d’analyse
Les méthodes et stratégies de préparation d'échantillons biologiques pour le séquençage
nouvelle génération : De la métagénomique à la cellule unique.
Informations Public concerné
Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.
Pédagogie
Effectif maximum : 12 Personnes
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
Session
Les 25 & 26 juin 2015 à Lyon
Les repas sont pris en charge par Fc-3Bio
Durée
2 jours - 14 h
Intervenant
M. J. Lachuer
Frais pédagogiques
1150 € HT
Auditeurs académiques : 920 € HT
Objectifs Les nouvelles technologies de séquençage à très haut-débit révolutionnent de nombreuses approches expérimentales en
biologie moléculaire et évolutive. Leurs applications couvrent de très nombreux domaines aussi divers que la
transcriptomique, la génomique, l'épigénomique, ou encore la métagénomique. Ces applications génèrent toutes des
quantités impressionantes de séquences courtes et exigent des échantillons de bonnes qualités. Notre formation a pour
objectif de vous permettre de mieux préparer vos échantillons.
Programme
JOUR 1 : LES TECHNOLOGIES DE SÉQUENÇAGE NOUVELLES GÉNÉRATION (NGS) : LES
TECHNIQUES DE PRÉPARATION D’ÉCHANTILLONS BIOLOGIQUES AVANT SÉQUENÇAGE MASSIF
Les différentes technologies de séquençage nouvelle génération
Les techniques de prélèvements des échantillons biologiques pour le séquençage
Prélèvements cliniques frais ou congelés
Prélèvement à partir de culture cellulaire
Prélèvement à partir de milieux hétérogènes et complexes (eau, air, sols)
Milieux difficiles (urine, expectorations, fécès, fluides biologiques)
Les techniques d’extraction des acides nucléiques (ARN et ADN) et les contrôles qualité
A partir de prélèvements frais ou congelés
A partir de tissus fixés et paraffinés (FFPE)
51
Les préparations de librairies classiques
RNA-seq (librairies directionnelles et non directionnelles)
RNA-seq (eucaryotes et procaryotes)
DNA-seq
Chip-seq
Petits ARN
Les techniques d’enrichissement et de réduction de complexité avant séquençage
Enrichissement d’Exome
Méthode Rad-seq (restriction site DNA sequencing) Méthode RRBS (region restriction bisulfite sequencing)
Techniques basée sur l’analyse d’amplicons
Enrichissement de génomes viraux ou bactériens à partir de tissus ou fluides biologiques
Enrichissement d’ARN
Les méthodes de customisation
Exemple d’application
JOUR 2 : LES TECHNOLOGIES DE SÉQUENÇAGE NOUVELLES GÉNÉRATION (NGS) : LES
TECHNIQUES D’ANALYSE PAR SÉQUENÇAGE À PARTIR DE CELLULES UNIQUES Méthodes pour la préparation d’échantillons avant tri
Techniques de dissociation
Techniques de conservation
Les techniques d’isolement de cellules
Microdissection par capture laser
Tri manuel
Tri par FACS (Fluorescence Activated Cell Sorting)
Tri par gradient de densité
Tri sur billes magnétiques Tri par microfluidique
Les techniques d’amplification d’ADN ou ARN issus de cellules uniques
Méthodes de préparation de librairies à partir de microquantité d’acides nucléiques. Application des technologies de
microfluidiques
Exemples d’applications
57
Annexe 10
Dr Jean-François PROST / [email protected]
Tél/Fax : +(33) 4 72 72 26 76 / P. 06 82 14 94 93
154, Chemin des Combes - 69250 Poleymieux au Mont d'or
Recherche d'informations à partir d'une séquence nucléique ou protéique
Public concerné Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.
Pédagogie
Effectif maximum : 12 Personnes
50% de pratique
Chaque auditeur disposera d'un poste informatique individuel pendant la formation
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
Reprend les programmes des formations BIF-02 et BIF-03 qui peuvent être suivies indépendamment
Session Du 18 au 21 mars 2014
Durée
4 journées - 28 heures
Intervenant
M. C. Combet
Mme A. S. Sertier
Frais pédagogiques
1800 € HT
Auditeurs académiques : 1300 € HT Les repas sont pris en charge par Fc-3Bio
Objectifs
Acquérir les compétences nécessaires à l'analyse bioinformatique des séquences nucléiques
Connaître les principales bases de données et outils d'interrogation existants sur le web
Connaître les principaux outils d'analyse et réaliser une analyse complète de séquence
Acquérir les compétences nécessaires à l'analyse bioinformatique des séquences protéiques en vue de leur
annotation fonctionnelle et structurale
Connaître les principales bases de données des protéines et outils d'interrogation existants
Connaître les principaux algorithmes d'analyse et réaliser une analyse complète de séquence
Programme
Première journée : interrogation des bases de données des séquences nucléiques, analyse élémentaire
Bases de données: INSDC: GeneBank, EMBL, DDJB.
Banque de données de motifs.
Recherche de Motifs
Présentation de Gene Ontology (GO)
58
Seconde journée: Navigateur de génomes et des outils d'analyse fonctionnelle (voies métaboliques ...)
Ensembl et Biomart
TIGR
KEGG et BioCyc
Troisième journée: I nterrogation des basses de données des protéines, analyse élémentaire et recherche d'homologues
proches
Bases de données: UniProtKB, InterPro (ProDom,Prosite,Pfam), PDB,…
Analyse élémentaire de séquences: composition, profils physico-chimiques,…
Recherche d'homologues: alignement par paire, algorithmes (BLAST, FASTA, SSEARCH)
Quatrième journée: recherches d'homologues distants, identification de sites et signatures fonctionnels, alignements
multiples de séquences, prédiction de structure secondaire
Recherches d'homologues distants: profils de séquences, algorithmes (PSI-BLAST, HMMER)
Recherches de sites et signatures fonctionnels (InterProScan)
Alignements multiples de séquences (Clustal W, MUSCLE, MAFFT)
Prédiction de la structure secondaire des protéines (Chou-Fasman, SOPMA, PHD, PSI-PRED)
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Annexe 11
Dr Jean-François PROST / [email protected] Tél/Fax : +(33) 4 72 72 26 76 / P. 06 82 14 94 93
154, Chemin des Combes - 69250 Poleymieux au Mont d'or
Comparaison et annotation génomiques, protéiques et métaboliques de souches bactériennes
Public concerné
Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens, étudiants.
Pédagogie
Effectif maximum : 10 Personnes
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
Chaque auditeur disposera d'un poste informatique individuel pendant la formation
Session
Lieu : LYON
Les repas sont pris en charge par Fc-3Bio
Durée
2 jours - 14 heures
Intervenants
Mme A. Itis
M. S. Huet
M. P. Ciron
Frais pédagogiques
Session sur demande en intra
OBJECTIFS
L’objectif de cette formation est d’acquérir la maîtrise de nouvelles approches d’analyse comparative des séquences de plusieurs souches bactériennes. Les analyses portent sur les niveaux génomique, protéique et
métabolique.
Ces deux journées associent présentations théoriques et manipulations d’un logiciel intégré de bioinformatique
afin de maîtriser ces démarches d’analyse.
Programme
Première journée
Acquisition et visualisation d’ensembles de contigs
Assemblage à l’aide d’une séquence de référence
Identification de régions spécifiques
Prédiction et validation de régions codantes
Caractérisation des fonctions des produits de gènes
Transfert d’annotations
Seconde journée
Les bases de données génomiques, protéiques et métaboliques
Eléments de génomique comparative : homologies, synténies conservées
Prédiction des fonctions catalytiques
Analyse métabolique comparative et différentielle
Mapping de données d’expression
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Annexe 12 : Fractionnement protéique
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Annexe 14 :
Systématique des microalgues d’eau douce
Journées d'harmonisation phytoplancton
INRA-Thonon, UMR CARRTEL - 25 & 26 septembre 2014
Journées organisées par Frédéric RIMET (UMR CARRTEL), Anne ROLLAND (Bureau d'étude
Becq'eau), Christophe LAPLACE-TREYTURE (IRSTEA), Laura MOREAU (Dreal Lorraine)
L’objectif :
Afin d'harmoniser les pratiques de préparation d'échantillons, de comptage du phytoplancton ainsi
que l'identification des espèces, deux journées d'harmonisation auront lieu les 25 et 26 septembre
2014 dans les locaux de l'INRA à Thonon-Les-Bains. Le nombre de personnes est limité à 15. Les
excellents microscopes équipés de vidéo (prêtés par Becq'eau et l'INRA) seront mis à disposition.
L'INRA dispose aussi d'une collection de cultures qui sera aussi à disposition.
Le public concerné :
Ces journées s'adressent aux bureaux d'études, aux DREALs et à tout acteur réalisant des comptages
phytoplanctoniques intéressé par cette manifestation.
Lieu du stage :
INRA-Thonon, UMR CARRTEL. Elle dispose d’un port privé, du matériel nécessaire pour le
prélèvement, l’observation, toute la bibliographie nécessaire à l’identification des algues, ainsi que
de ressources en personnel (techniciens, ingénieurs et chercheurs) qui assureront la formation.
Programme :
1er journée :
- tour de table et discussion sur les attentes de ces deux journées
- identification des étapes des protocoles phytoplancton (de l’échantillonnage jusqu’à la liste
floristique) pouvant présenter des divergences entre opérateurs
- point sur le calcul de l'IPLAC et l'utilisation de PHYTOBS
- autres points soulevés par les participants
- en fin de journée : sédimentation d'échantillons problématiques apportés par les participants
2eme journée :
- ateliers de détermination (observation commune d'échantillons problématiques amenés par
chacun)
- en fin de journée : attentes des participants pour les prochaines éditions, propositions pour la
prochaine édition
Courriel : [email protected]