Mikrobiologian diagnostiikan uudet tuulet

Alueellinen mikrobiologian ja infektioiden torjunnan toimintayksikön koulutuspäivä

21.10.2014

Sairaalamikrobiologi Kerttu Saha

Uudet PCR-tutkimukset• Mikrobiologian laboratorio ottanut käyttöön päivytysoloihinkin

soveltuvan PCR-menetelmän (GeneXpert)

• Uudet PCR- tutkimukset:

– Chlamydia trachomatis- ja Neisseria gonorrhoeae

– Influenssa A ja B nenänielueritteistä

– Norovirus

– Cl.difficile toksiini ulosteesta

– Staph aureus/MRSA veriviljelystä, jos gramposit. ryhmäkokki

– MRSA:n osoitus pesäkkeistä (tai suoraan näytteestä)

– M.tuberculosis-kompleksi ja rifampisiini-resistenssigeeni

– B-ryhmän streptokki suoraan vagina-rectum-eritteestä riskisynnyttäjiltä

10.11.2014 2K.Saha

C.trachomatis- /N. gonorrhoeae PCR virtsasta

• Virtsaamatta vähintään 1 h ennen näytteenottoa

• Ei alapesua!

• 8 ml ensivirtsanäytettä keltakorkkisessa kierrekorkillisessa, säilöntäaineettomassa putkessa

– ei liian täyteen näytettä

• Tutkimuspyyntö :4807 ChtrNhO tai 1738 CtNgNhO

• Säilytys jääkaappilämpötilassa (enintään 6 vrk)

• Jos > 6 vrk, laboratorio siirtää virtsanäytteen Xpert Urine Sample Collection-putkeen, jossa näyte säilyy 45 vrk jääkaappilämmössä

• tutkimuksia tehdään arkipäivisin ma-pe

10.11.2014 3K.Saha

C.trachomatis ja N. gonorrhoae- PCR

näytteenotto cerviksistä

• Oma näytteenottosetti (Xpert CT/NG Vaginal/Endocervical Specimen Collection kit)

• Ylimääräinen lima pois!

– lima voi inhiboida PCR-tutkimusta

• Pyöritä näytteenottotikkua cervix-kanavassa yhteen suuntaan 10-30 sek.

• Laita tikku putkeen, katkaise tikku ja sulje putki huolellisesti

• näyte säilyy 60 vrk huoneenlämmössä

10.11.2014 4K.Saha

Respiratoriset virukset

• Respiratoristen virusten antigeeni (2579 RVirAg)

Influenssa A/B, RSV, metapneumo, adeno, parainfluenssa 1-3, (boca)

• myös viikonloppuisin

Influenssa A ja B -PCR • Tutkimuspyyntö: 6193 InABNhO

(tai 4896 InfANhO)

• kaikilta sairaalahoitoon joutuneilta

• myös viikonloppuisin

• näyte otetaan nenä-nielusta nukkatikulla UTM-putkeen

• tulos: influenssa A tai B pos/neg, lisäksi inf. A-tyyppi H1N1

510.11.2014 K.Saha

Respiratoristen virusten näytteenotto

10.11.2014 6K.Saha

Nenänielunäytenukkatikulla tai imulimanäyte

710.11.2014

Ulostenäytteiden otto

• Kerää tuoretta ulostetta näyteastiaan esim. kaarimalja

• Näytettä ulostepurkkiin ja noin tikunpään kokoinen nokare ulostetta bakteerien kuljetustikkuun– Siirrä näytepurkkiin ja bakteerien

kuljetustikkuun limainen, verinen tai muuten poikkeavan näköinen kohta

• Sulje purkki ja tikku huolellisesti tartuntavaaran vuoksi ja laita suojapussiin

• Lähetä ulostenäyte mahdollisimman nopeasti (1 vrk sisällä) mikrobiologian laboratorioon

• Lyhytaikainen säilytys jääkaappilämpötilassa

10.11.2014 K.Saha

Norovirus

• Norovirus -PCR lähetetty aikaisemmin ulkopuoliseen laboratorioon -> vastausviiveet

• Norovirus -antigeenitesti (8156 F-NoroAg käyttöön 2011

• NoroAg vs. Xpert Norovirus (n=50) vertailu 2014

NoroAg-testin herkkyys vain 60 %

Norovirus –PCR(4940 F-NoroNhO)

– Genoryhmät I ja II

– myös viikonloppuisin

• Noro-antigeenitestiä suositellaan vain epidemiatilanteissa, jos useita samaan epidemiaan kuuluvia näytteitä, jos negatiivinen, kommentti

810.11.2014 K.Saha

10.11.2014 K.Saha 9

Norovirusantigeeni-tutkimuksen vastausvaihtoehdot:

Norovirus-PCR-tutkimuksen vastausvaihtoehdot:

Antigeenitesti halvempi, mutta epäherkempi testi verrattuna PCR:ään!PCR-testillä saadaan lisäksi genoryhmä.Ota näytteet heti oireiden alkuvaiheessa!

10

Noroviruksen kiertokulkua

Infektoitunut ruuan käsittelijä

Vesi

Henkilöstä toiseen

Ruoka: vadelmat, salaatit, voileivät

Eläimistä?

Ympäristöstä tullut kontaminaatio (esim. jätteillä likaantuminen)

Äyriäiset

10.11.2014 K.Saha

Milloin C. difficile -näyte otetaan ?• mikäli epäillään antibioottiripulia

• potilaalla 3 vetistä ulostekertaa vuorokauden sisällä ( huom! ei kiinteästä ulosteesta)

• vastasyntyneiltä kannattaa näyte ottaa vain poikkeus-tapauksissa

• ulostenäytteestä haetaan PCR:llä C. difficile- bakteerikantoja, joilla on toksiini B-geeni

• C.difficile -PCR positiivinen => toksiinigeeni voi löytyä äskettäin sairastuneilta tai jo hoidetuilta potilailta

– Näyte vain kliinisen epäilyn ja oireilun (mm. ripuli) perusteella

• kontrollinäytteen ottoa ei suositella hoidon jälkeen, koska potilas voi kantaa toksiinia tuottavaa Cl. difficileä vielä kliinisen paranemisen jälkeenkin

10.11.2014 11K.Saha

Clostridium difficile (6064 F-CldiViT)

• Aiemmin toksiini suoraan ulosteesta toksiinitestillä

• Viljely erityiselatusmaljalle

• Jos suora toksiini ulosteesta negatiivinen, toksiini tehtiin uudelleen pesäkkeestä

• hidasta ja työlästä -> vastaus-viiveet

12

• PCR suoraan ulosteesta

• osoittaa toksiinia tuotta-van geenin– Jos PCR negatiivinen, ei

viljelyä, kommentti

– Jos PCR positiivinen, tehdään myös viljely

• tehdään myös viikonloppuisin

Ripuliulostenäytettä purkissa ja tikussa!Lähetteeseen antibioottihoito ja kesto!

10.11.2014 K.Saha

10.11.2014 K.Saha 13

C. difficile -tutkimuksen vastausvaihtoehdot: Vastauksen tulkinta:

C. difficile- infektio epätodennäköinen

C. difficile- infektio tai jo hoidettu tauti

Äskettäinen C. difficile- infektio todennäköinen

Toksiinia tuottamaton (PCR negatiivinen kanta) ei ole kliinisesti merkitsevä eikä aiheuta infektiota!

S. aureus ja MRSA

• veriviljelypullosta, jos gram+rk -> herkkyys heti ja tunnistus seuraavana aamuna staph.latexilla/tarv. Vitekillä

• MRSA-viljely selektiivisellä maljalla 2 vrk

• MRSA-Screen latex aiemmin

• Staph.aureus/MRSA:n osoitus suoraan veriviljely-pullosta, jos värjäys gram+ryhmäkokki

• MRSAVi -seulonta edelleen kromogeenisella maljalla – MRSAn varmistus (mecA-

geeni) PCR-testillä

• MRSA-PCR suoraan näytteestä mahdollista erityistilanteissa

1410.11.2014 K.Saha

MRSA-viljely (4358 –MRSAVi)

• Seulonnat mieluiten alkuviikosta (ma-ke)

• Näytteenottokohdat MRSA-ohjeen mukaan

– Yksi näyte yhteen tikkuun (ei puhdistusta!)

– Jokaiselle näytteelle oma lähete, jossa näytteenotto-kohtaan näytteen anatominen ottopaikka (ei Lisätiedot-kohtaan) ja mahdollinen antibiootti ja sen kesto

– Tarra vaakasuoraan, ei korkin päälle, ottokohta tarraan

• Epidemioissa ollut käytössä myös kolmen tikun ”MRSA-pakettiviljely” (ns. MRSA-poolinäyte esim. nenä, nielu, nivuset)

– Vain infektioyksikön ohjeistuksen mukaan

• Perinteinen maljaviljely erityiselatusaineelle 2 vrk

• MRSA-kannan resistenssigeenin (mecA) PCR:llä tarvittaessa

Poolinäyte

10.11.2014 15K.Saha

Tb• TbVr –ja TbVi

ysköksestä tai muista eritteistä

• Rikastusputkesta MTB-pikatesti

• Positiiviset tb-viljelyt lähe-tetään THL:een

• Värjäyspositiivisista näytteistä TB-PCR• Mycob.tuberculosis-

kompleksi- ja rifampisiiniherkkyys

• Dekontaminoitu yskösnäyte, MGIT

• Suora PCR myös näytteestä (yskös ja muut eritteet)

• Pyyntö 4490 TbNhO

• Pyydä aina myös tb-viljely ja värjäys, joille oma putki

16

MGIT-rikastus-putki

Kiinteä tb-elatus-aineputki L+J

10.11.2014 K.Saha

Streptococcus agalactiae (GBS)

• Viljely vaginasta ja rectumista ennen synnytys-tä (1729 Fl-StrBVi)

• tyypitys streptokokki- B-latexilla

• viljely jää edelleen ei-kiireellisten seulontaan

• GBS-PCR käyttöön riskiraskauksissa, ennenaikaisissa synnytyksissä

• näyte erityistikulla ns. kaksoistikulla

1710.11.2014 K.Saha

Pneumokokki - ja legionella -antigeenitestit virtsasta

• pneumokokki- (3326 StpnAg) ja legionella-antigeeni (4632 U-LepnAg) -testit nopeita pikatestejä Streptococcus pneumoniaen tai Legionella pneumophilan aiheuttamien keuhkokuumeiden diagnostiikkaan

• 5-10 ml virtsaa säilöntäaineell.(boorihappo) tai tehdassteriilissä putkessa

• pneumokokkitesti voi antaa väärän positiivisen tuloksen, jos pieni lapsi tai < 5 vrk sitten annettu pneumokokkirokote

• legionellatesti löytää vain L. pneumophila-kannat, ei muita Legionella-kantoja

10.11.2014 K.Saha 18

Moniresistenttien mikrobien diagnostiikka• moniresistenttien mikrobien kantajuuden selvittämiseksi tehtävien

seulontatestien tulisi olla mahdollisimman herkkiä

• MRSA

– MRSA -viljely edellytys herkkyysmääritykselle ja tyypitykselle

– suora PCR ei korvaa MRSA-viljelyä, mutta varmistaa MRSA:n

• ESBL-tuottavat enterobakteerit

– testataan ESBL-tuottoa E.coli-, Klebsiella, (Proteus mirabilis ja Salmonella) -kannoilta

• CPE (karbapenemaasia tuottavat enterobakteerit)

– MDRsVi -seulontaviljely vähintään 2 x ja PCR

• Multiresistentit Acinetobacter ja Pseudomonas aerginosa- lajit

– MDRsVi -seulontaviljely ja PCR tarvittaessa

– torjunta bakteerin herkkyysprofiilin perusteella (Acinetobacter meropeneemi R ja Pseudomonas meropeneemi ja keftatsidiimi R)

Lähde: E.Kolho ja O. Lyytikäinen, Moniresistenttien mikrobien tartunnantorjunnasta/2014, THL

10.11.2014 19K.Saha

Moniresistentit gramnegatiiviset sauvat, seulontaviljely (8589-MDRsVi)

• suorat sairaalasiirrot tai > 24 h sairaalahoito ulkomailla edeltävän vuoden aikana

• etsitään moniresistenttien gramnegatiivisten sauvojen kolonisaatiota

– Enterobakteerit (E.coli, Klebsiella, Proteus)

– Muut resistentit sauvat (Acinetob.baumannii, Pseudomonas aeruginosa )

• laajakirjoisia beetalaktaameja (ESBL) ja karbapeneemeja hajottavia entsyymeitä (ns. karbapenemaaseja)

• Erikoisviljely + resistenssigeenien varmistus PCR:llä

• MDRsVi x 3 kahden päivän välein: haavat, uloste, jos potilaalla keinoilmatie, otetaan trakeaerite

•10.11.2014 20K.Saha

2110.11.2014

K.Saha Kiitos!