Mikrobiologian diagnostiikan uudet tuulet
Alueellinen mikrobiologian ja infektioiden torjunnan toimintayksikön koulutuspäivä
21.10.2014
Sairaalamikrobiologi Kerttu Saha
Uudet PCR-tutkimukset• Mikrobiologian laboratorio ottanut käyttöön päivytysoloihinkin
soveltuvan PCR-menetelmän (GeneXpert)
• Uudet PCR- tutkimukset:
– Chlamydia trachomatis- ja Neisseria gonorrhoeae
– Influenssa A ja B nenänielueritteistä
– Norovirus
– Cl.difficile toksiini ulosteesta
– Staph aureus/MRSA veriviljelystä, jos gramposit. ryhmäkokki
– MRSA:n osoitus pesäkkeistä (tai suoraan näytteestä)
– M.tuberculosis-kompleksi ja rifampisiini-resistenssigeeni
– B-ryhmän streptokki suoraan vagina-rectum-eritteestä riskisynnyttäjiltä
10.11.2014 2K.Saha
C.trachomatis- /N. gonorrhoeae PCR virtsasta
• Virtsaamatta vähintään 1 h ennen näytteenottoa
• Ei alapesua!
• 8 ml ensivirtsanäytettä keltakorkkisessa kierrekorkillisessa, säilöntäaineettomassa putkessa
– ei liian täyteen näytettä
• Tutkimuspyyntö :4807 ChtrNhO tai 1738 CtNgNhO
• Säilytys jääkaappilämpötilassa (enintään 6 vrk)
• Jos > 6 vrk, laboratorio siirtää virtsanäytteen Xpert Urine Sample Collection-putkeen, jossa näyte säilyy 45 vrk jääkaappilämmössä
• tutkimuksia tehdään arkipäivisin ma-pe
10.11.2014 3K.Saha
C.trachomatis ja N. gonorrhoae- PCR
näytteenotto cerviksistä
• Oma näytteenottosetti (Xpert CT/NG Vaginal/Endocervical Specimen Collection kit)
• Ylimääräinen lima pois!
– lima voi inhiboida PCR-tutkimusta
• Pyöritä näytteenottotikkua cervix-kanavassa yhteen suuntaan 10-30 sek.
• Laita tikku putkeen, katkaise tikku ja sulje putki huolellisesti
• näyte säilyy 60 vrk huoneenlämmössä
10.11.2014 4K.Saha
Respiratoriset virukset
• Respiratoristen virusten antigeeni (2579 RVirAg)
Influenssa A/B, RSV, metapneumo, adeno, parainfluenssa 1-3, (boca)
• myös viikonloppuisin
Influenssa A ja B -PCR • Tutkimuspyyntö: 6193 InABNhO
(tai 4896 InfANhO)
• kaikilta sairaalahoitoon joutuneilta
• myös viikonloppuisin
• näyte otetaan nenä-nielusta nukkatikulla UTM-putkeen
• tulos: influenssa A tai B pos/neg, lisäksi inf. A-tyyppi H1N1
510.11.2014 K.Saha
Respiratoristen virusten näytteenotto
10.11.2014 6K.Saha
Nenänielunäytenukkatikulla tai imulimanäyte
710.11.2014
Ulostenäytteiden otto
• Kerää tuoretta ulostetta näyteastiaan esim. kaarimalja
• Näytettä ulostepurkkiin ja noin tikunpään kokoinen nokare ulostetta bakteerien kuljetustikkuun– Siirrä näytepurkkiin ja bakteerien
kuljetustikkuun limainen, verinen tai muuten poikkeavan näköinen kohta
• Sulje purkki ja tikku huolellisesti tartuntavaaran vuoksi ja laita suojapussiin
• Lähetä ulostenäyte mahdollisimman nopeasti (1 vrk sisällä) mikrobiologian laboratorioon
• Lyhytaikainen säilytys jääkaappilämpötilassa
10.11.2014 K.Saha
Norovirus
• Norovirus -PCR lähetetty aikaisemmin ulkopuoliseen laboratorioon -> vastausviiveet
• Norovirus -antigeenitesti (8156 F-NoroAg käyttöön 2011
• NoroAg vs. Xpert Norovirus (n=50) vertailu 2014
NoroAg-testin herkkyys vain 60 %
Norovirus –PCR(4940 F-NoroNhO)
– Genoryhmät I ja II
– myös viikonloppuisin
• Noro-antigeenitestiä suositellaan vain epidemiatilanteissa, jos useita samaan epidemiaan kuuluvia näytteitä, jos negatiivinen, kommentti
810.11.2014 K.Saha
10.11.2014 K.Saha 9
Norovirusantigeeni-tutkimuksen vastausvaihtoehdot:
Norovirus-PCR-tutkimuksen vastausvaihtoehdot:
Antigeenitesti halvempi, mutta epäherkempi testi verrattuna PCR:ään!PCR-testillä saadaan lisäksi genoryhmä.Ota näytteet heti oireiden alkuvaiheessa!
10
Noroviruksen kiertokulkua
Infektoitunut ruuan käsittelijä
Vesi
Henkilöstä toiseen
Ruoka: vadelmat, salaatit, voileivät
Eläimistä?
Ympäristöstä tullut kontaminaatio (esim. jätteillä likaantuminen)
Äyriäiset
10.11.2014 K.Saha
Milloin C. difficile -näyte otetaan ?• mikäli epäillään antibioottiripulia
• potilaalla 3 vetistä ulostekertaa vuorokauden sisällä ( huom! ei kiinteästä ulosteesta)
• vastasyntyneiltä kannattaa näyte ottaa vain poikkeus-tapauksissa
• ulostenäytteestä haetaan PCR:llä C. difficile- bakteerikantoja, joilla on toksiini B-geeni
• C.difficile -PCR positiivinen => toksiinigeeni voi löytyä äskettäin sairastuneilta tai jo hoidetuilta potilailta
– Näyte vain kliinisen epäilyn ja oireilun (mm. ripuli) perusteella
• kontrollinäytteen ottoa ei suositella hoidon jälkeen, koska potilas voi kantaa toksiinia tuottavaa Cl. difficileä vielä kliinisen paranemisen jälkeenkin
10.11.2014 11K.Saha
Clostridium difficile (6064 F-CldiViT)
• Aiemmin toksiini suoraan ulosteesta toksiinitestillä
• Viljely erityiselatusmaljalle
• Jos suora toksiini ulosteesta negatiivinen, toksiini tehtiin uudelleen pesäkkeestä
• hidasta ja työlästä -> vastaus-viiveet
12
• PCR suoraan ulosteesta
• osoittaa toksiinia tuotta-van geenin– Jos PCR negatiivinen, ei
viljelyä, kommentti
– Jos PCR positiivinen, tehdään myös viljely
• tehdään myös viikonloppuisin
Ripuliulostenäytettä purkissa ja tikussa!Lähetteeseen antibioottihoito ja kesto!
10.11.2014 K.Saha
10.11.2014 K.Saha 13
C. difficile -tutkimuksen vastausvaihtoehdot: Vastauksen tulkinta:
C. difficile- infektio epätodennäköinen
C. difficile- infektio tai jo hoidettu tauti
Äskettäinen C. difficile- infektio todennäköinen
Toksiinia tuottamaton (PCR negatiivinen kanta) ei ole kliinisesti merkitsevä eikä aiheuta infektiota!
S. aureus ja MRSA
• veriviljelypullosta, jos gram+rk -> herkkyys heti ja tunnistus seuraavana aamuna staph.latexilla/tarv. Vitekillä
• MRSA-viljely selektiivisellä maljalla 2 vrk
• MRSA-Screen latex aiemmin
• Staph.aureus/MRSA:n osoitus suoraan veriviljely-pullosta, jos värjäys gram+ryhmäkokki
• MRSAVi -seulonta edelleen kromogeenisella maljalla – MRSAn varmistus (mecA-
geeni) PCR-testillä
• MRSA-PCR suoraan näytteestä mahdollista erityistilanteissa
1410.11.2014 K.Saha
MRSA-viljely (4358 –MRSAVi)
• Seulonnat mieluiten alkuviikosta (ma-ke)
• Näytteenottokohdat MRSA-ohjeen mukaan
– Yksi näyte yhteen tikkuun (ei puhdistusta!)
– Jokaiselle näytteelle oma lähete, jossa näytteenotto-kohtaan näytteen anatominen ottopaikka (ei Lisätiedot-kohtaan) ja mahdollinen antibiootti ja sen kesto
– Tarra vaakasuoraan, ei korkin päälle, ottokohta tarraan
• Epidemioissa ollut käytössä myös kolmen tikun ”MRSA-pakettiviljely” (ns. MRSA-poolinäyte esim. nenä, nielu, nivuset)
– Vain infektioyksikön ohjeistuksen mukaan
• Perinteinen maljaviljely erityiselatusaineelle 2 vrk
• MRSA-kannan resistenssigeenin (mecA) PCR:llä tarvittaessa
Poolinäyte
10.11.2014 15K.Saha
Tb• TbVr –ja TbVi
ysköksestä tai muista eritteistä
• Rikastusputkesta MTB-pikatesti
• Positiiviset tb-viljelyt lähe-tetään THL:een
• Värjäyspositiivisista näytteistä TB-PCR• Mycob.tuberculosis-
kompleksi- ja rifampisiiniherkkyys
• Dekontaminoitu yskösnäyte, MGIT
• Suora PCR myös näytteestä (yskös ja muut eritteet)
• Pyyntö 4490 TbNhO
• Pyydä aina myös tb-viljely ja värjäys, joille oma putki
16
MGIT-rikastus-putki
Kiinteä tb-elatus-aineputki L+J
10.11.2014 K.Saha
Streptococcus agalactiae (GBS)
• Viljely vaginasta ja rectumista ennen synnytys-tä (1729 Fl-StrBVi)
• tyypitys streptokokki- B-latexilla
• viljely jää edelleen ei-kiireellisten seulontaan
• GBS-PCR käyttöön riskiraskauksissa, ennenaikaisissa synnytyksissä
• näyte erityistikulla ns. kaksoistikulla
1710.11.2014 K.Saha
Pneumokokki - ja legionella -antigeenitestit virtsasta
• pneumokokki- (3326 StpnAg) ja legionella-antigeeni (4632 U-LepnAg) -testit nopeita pikatestejä Streptococcus pneumoniaen tai Legionella pneumophilan aiheuttamien keuhkokuumeiden diagnostiikkaan
• 5-10 ml virtsaa säilöntäaineell.(boorihappo) tai tehdassteriilissä putkessa
• pneumokokkitesti voi antaa väärän positiivisen tuloksen, jos pieni lapsi tai < 5 vrk sitten annettu pneumokokkirokote
• legionellatesti löytää vain L. pneumophila-kannat, ei muita Legionella-kantoja
10.11.2014 K.Saha 18
Moniresistenttien mikrobien diagnostiikka• moniresistenttien mikrobien kantajuuden selvittämiseksi tehtävien
seulontatestien tulisi olla mahdollisimman herkkiä
• MRSA
– MRSA -viljely edellytys herkkyysmääritykselle ja tyypitykselle
– suora PCR ei korvaa MRSA-viljelyä, mutta varmistaa MRSA:n
• ESBL-tuottavat enterobakteerit
– testataan ESBL-tuottoa E.coli-, Klebsiella, (Proteus mirabilis ja Salmonella) -kannoilta
• CPE (karbapenemaasia tuottavat enterobakteerit)
– MDRsVi -seulontaviljely vähintään 2 x ja PCR
• Multiresistentit Acinetobacter ja Pseudomonas aerginosa- lajit
– MDRsVi -seulontaviljely ja PCR tarvittaessa
– torjunta bakteerin herkkyysprofiilin perusteella (Acinetobacter meropeneemi R ja Pseudomonas meropeneemi ja keftatsidiimi R)
Lähde: E.Kolho ja O. Lyytikäinen, Moniresistenttien mikrobien tartunnantorjunnasta/2014, THL
10.11.2014 19K.Saha
Moniresistentit gramnegatiiviset sauvat, seulontaviljely (8589-MDRsVi)
• suorat sairaalasiirrot tai > 24 h sairaalahoito ulkomailla edeltävän vuoden aikana
• etsitään moniresistenttien gramnegatiivisten sauvojen kolonisaatiota
– Enterobakteerit (E.coli, Klebsiella, Proteus)
– Muut resistentit sauvat (Acinetob.baumannii, Pseudomonas aeruginosa )
• laajakirjoisia beetalaktaameja (ESBL) ja karbapeneemeja hajottavia entsyymeitä (ns. karbapenemaaseja)
• Erikoisviljely + resistenssigeenien varmistus PCR:llä
• MDRsVi x 3 kahden päivän välein: haavat, uloste, jos potilaalla keinoilmatie, otetaan trakeaerite
•10.11.2014 20K.Saha
2110.11.2014
K.Saha Kiitos!