Parque Nacional Natural Tatam: La ubicacin geogrfica, la presencia de un pramo virgen y el excelente estado de conservacin, hacen del Parque Tatam un rea protegida de alto inters cientfico, alberga el pramo de Tatam, que junto con los de Frontino y El Duende son los nicos tres pramos de Colombia que no han sufrido alteracin humana.

Parque Nacional Natural Selva de Florencia: Esta pequea porcin de bosque nublado alberga la mayor concentracin de ranas del pas. Lo ms sobresaliente es el alto grado de endemismo, que involucra al 71% de las especies de ranas.

Parque Nacional Natural Nevado del Huila: El rea protegida se encuentra dentro de la zona declarada por la Unesco como reserva de la Bisfera, a su vez posee el mayor relicto glaciar de la cordillera central.

Parque Nacional Natural Las Orqudeas: Dentro de su fauna se destacan especies como el Mono Ahullador, Marimonda Chocoana, Nutria, Guagua, adems del oso de anteojos, el Tigre Mariposo (Panthera Onca) y aves, como loros cabeciamarrilla, bangsia de tatama, el carriqu entre otros.

Parque Nacional Natural Complejo Volcnico Doa Juana Cascabel: Hogar de especies amenazadas como el cndor andino, la danta de pramo, el oso de anteojos y el puma. Se localizan los volcanes Doa Juana, nimas y Petacas, as como un conjunto de formaciones geogrficas y ecolgicas de gran valor paisajstico, cientfico y cultural, a la vez que aporta a la regulacin de cuencas hidrogrficas

Parque Nacional Natural Las Hermosas Gloria Valencia de Castao: Por encontrarse en la regin divisoria entre las macro-cuencas del Ro Magdalena y del Ro Cauca, cuenta con numerosos ros y complejos lagunares de origen glaciar que le dan una apariencia de colcha de retazos.

Parque Nacional Natural Purac: En el rea se encuentra el Complejo Volcnico Serrana de los Coconucos con los picos Pan de Azcar (5.000 msnm), Coconuco (4.600 msnm), Purac (4.580 msnm) y cuatro ms con elevaciones entre 4.400 y 4.500 msnm. El volcn Sotar (4.400 msnm) se ubica al sur de la serrana. De todos estos volcanes, los nicos activos son el Purac, con una fumarola en el flanco noroccidental, y el Sotar. Aqu se encuentran especies vegetales amenazadas a nivel nacional, como el pino colombiano, el roble y la palma de cera.

Santuario de Flora y Fauna Otn Quimbaya: Otn Quimbaya es un buen escenario para observar una gran diversidad de especies de aves como la Pava Caucana, el Toro de Monte, el Carriqu, la Soledad de Montaa, mamferos como el Mono Aullador, la Danta de Montaa, el Guatn. Parque Nacional Natural Los Nevados: Nevados del Ruiz, Nevado del Santa Isabel y Nevado del Tolima, Palmas de cera, laureles, frailejones, siete cueros, cndores, patos, loros de paramo, dantas de montaa, venados, ranas y otras especies de vida silvestre sobreviven en condiciones extremas.

Santuario de Fauna y Flora Isla de la Corota: El Santuario est constituido por una isla de forma ovalada de doce hectreas de extensin, en el norte de la laguna de La Cocha o lago Guamus, y una franja de totora, una especie de junco, de cuatro hectreas a su alrededor. La Isla de La Corota es el rea protegida ms pequea del pas. Santuario de Flora y Fauna Galeras: La riqueza del Santuario est reflejada en la gran variedad de especies de flora y fauna presentes en los ecosistemas de pramo, bosque alto andino y andino, presentes en el rea protegida; se resalta ademas, la existencia de lagunas y diferentes nacimientos de agua abastecedoras de acueductos veredales. Parte del Santuario est ubicado en una Zona de Amenaza Volcnica Allta ZAVA, al formar parte de un complejo volcnico. Parque Nacional Natural Cueva de los Gucharos: El relieve del Parque es abrupto, representado por colinas, montaas de pendiente moderada, escarpes, caones, valles erosionales y cuevas. Son notables los caones y laberintos, que con la accin qumica y mecnica del ro Sauza y sus afluentes, en el transcurso de los aos dieron origen a la formacin de numerosas cuevas. Entre la fauna sobresale el gucharo, que es un ave de talla moderada, plumaje rojizo y pico encorvado que utiliza un sistema anlogo al radar para moverse dentro de cuevas y oquedades.