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CULTIVOS CELULARES.
CITOMETRÍA DE FLUJO
MICROSCOPÍA LASER CONFOCAL Y
MULTIDIMENSIONAL IN VIVO
BIBLIOTECA
MICROSCOPÍA ELECTRÓNICA
CENTRIFUGACIÓN ANALÍTICA
CROMATOGRAFÍA DE GASES (GC-MS)
ANIMALARIO
SECUENCIACIÓN DNA(SECUGEN)
QUÍMICA DE PROTEÍNASSecuenciación de proteínas, síntesis de péptidos, síntesis de oligonucleótidos, análisis de aminoácidos, cromatografía.
NMR PROTEÍNAS
BIOINFORMÁTICA Y BIOESTADÍSTICA
INVERNADEROPlantas transgénicas
PROTEÓMICA Y GENÓMICAElectroforesis 2D, MALDI-TOF-
TOF , Trampa iónica etc.
UNIDAD DE SERVICIO TÉCNICO E
INFRAESTRUCTURAS
RADIACTIVIDAD
UNIDAD DE CALIDAD
UNIDAD DE TRANSFERENCIA
UNIDAD DE AMINISTRACIÓN
UNIDAD DE COMPRAS
UNIDAD DE GESTIÓN DE PROYECTOS
ESTERILIZACIÓN, COCINA DE MEDIOS Y LIMPIEZA DE
MATERIALSECRETARÍA
UNIDAD DE PERSONAL
Crio-ME CNB
CULTIVOS CELULARESCITOMETRÍA DE FLUJO
MICROSCOPÍA LASER CONFOCAL Y
MULTIDIMENSIONAL IN VIVO
BIBLIOTECA
MICROSCOPÍA ELECTRÓNICA
CENTRIFUGACIÓN ANALÍTICA
CROMATOGRAFÍA DE GASES
(GC-MS)
ANIMALARIO
SECUENCIACIÓN DNA
(SECUGEN)
QUÍMICA DE PROTEÍNASSecuenciación de proteínas, síntesis de péptidos, síntesis de oligonucleótidos, análisis de aminoácidos, cromatografía.
NMR
BIOINFORMÁTICA Y BIOESTADÍSTICA
INVERNADERO
Plantas transgénicas
PROTEÓMICA Y GENÓMICAElectroforesis 2D, MALDI-TOF-
TOF , Trampa iónica etc.
UNIDAD DE SERVICIO TÉCNICO E INFRAESTRUCTURAS
RADIACTIVIDAD
UNIDAD DE CALIDAD
UNIDAD DE TRANSFERENCIA
UNIDAD DE AMINISTRACIÓN
UNIDAD DE COMPRAS
UNIDAD DE GESTIÓN DE PROYECTOS
ESTERILIZACIÓN, COCINA DE MEDIOS
UNIDAD DE PERSONAL
SECRETARÍA
Crio-ME CNB-CIB
…
Servicio ResponsableTécnico
Responsable Científico
Vicedirector
Microscopía electrónica Fernando EscolarLab S10B, ext. [email protected]
Oscar LlorcaLab B47, ext. [email protected]
Germán RivasLab B09, ext. [email protected]
Microscopía confocal y multidimensional in vivo
María Teresa SeisdedosLab S10/S11, ext. [email protected]
Miguel Ángel PeñalvaLab 246/247, ext 4358/[email protected]
Germán Rivas
Química de proteínas Javier VarelaLab B49, ext. [email protected]
Carlos Fernández-TorneroLab B03, ext. [email protected]
Germán Rivas
Ultracentrífugaciónanalítica e Interacciones macromoleculares
Juan Román LuqueLab S07, ext. [email protected]
Carlos AlfonsoLab B48, ext. 4406/[email protected]
Germán Rivas
Bioinformática Mario García LacobaSO6 ext [email protected]
Fernando DíazLab 309; ext. 4269/[email protected]
Germán Rivas
Biblioteca Olvido PartearroyoS21, ext. 4299/[email protected]
Pedro GarcíaLab 341, ext. [email protected]
Germán Rivas
Unidad de Calidad Mª José HernándezLab B43, ext. [email protected]
Germán RivasLab B09, ext. [email protected]
Germán Rivas
Servicio ResponsableTécnico Responsable Científico Vicedirectora
Proteómica y Genómica Francisco García TabaresLab 374, ext. [email protected]
José Ignacio CasalLab 243, ext. 4363/[email protected]
Teresa SuárezLab 105 ext. [email protected]
Invernadero Abel [email protected]
Tomás CantoLab 209 ext [email protected]
Teresa Suárez
Animalario Manuel MorenoS31, ext. 4317/[email protected]
Jesús del MazoLab 140, ext. 4234/[email protected]
Teresa Suárez
Citometría de flujo Pedro lastresLab 277, ext. [email protected]
Pedro LastresLab 277, ext. [email protected]
Teresa Suárez
Cultivos celulares Carmen DoñoroLab 175, ext. [email protected]
Isabel BarasoainLab 345, ext. [email protected]
Teresa Suárez
Cromatografía de gases Leonor RodríguezLab 376, ext. [email protected]
Alicia PrietoLab 245, ext. 4204/[email protected]
Teresa Suárez
Unidad de Servicios Técnicos e Infraestructuras
Antonio GarcíaLab S28, ext. [email protected]
Teresa Suárez
Protección radiológica Marta CebriánLab 371, ext. [email protected]
Luisa María BotellaLab 109, ext. 4312/[email protected]
Teresa Suárez
Esterilización, cocina de medios
Rosa DíazLab S05, ext. [email protected]
Eduardo Díaz Lab 342, ext. 4426/[email protected]
Teresa Suárez
1. ULTRACENTRIFUGACIÓN ANALÍTICA:1. Velocidad de Sedimentación2. Equilibrio de Sedimentación
2. DISPERSIÓN DE LUZ:1. Dispersión de luz dinámica2. Dispersión de luz estática multiángulo3. Interferometría de biocapa
Caracterización cuantitativa de interacciones macromoleculares reversibles(proporción de especies, estequiometría y afinidad) que conducen a la
formación de complejos proteína-proteína, proteína-ADN y receptor-ligando. Para ello contamos con dos conjuntos de técnicas:
VELOCIDAD DE SEDIMENTACIÓN
- Separación y cuantificación deespecies presentes en la muestra.
- Determinación del coeficiente desedimentación (S) y de la formahidrodinámica aproximada de cadauna de ellas.
EQUILIBRIO DE SEDIMENTACIÓN
- Obtención del Mw de la proteína.- Análisis de los posibles esquemas de
asociación molecular que mejorajusten a los datos experimentales.
- Cálculo de la estequiometría de lareacción y la constante de asociación.
Dispersión de luz dinámica (DLS)- Medida de la polidispersidad de la
muestra.- Medida del tamaño de partículas en
suspensión (radio hidrodinámico).- Determinación del coeficiente de
difusión traslacional (Dt).
Interferometría de biocapa (BLI)- Caracterización cinética, en tiempo real,
de interacciones moleculares en solución.- Cuantificación de proteínas en medios
complejos heterogéneos.
Immobilizedmolecule
Partnermolecule
Dispersión de luz estática multiángulo acoplada a columna
de exclusión molecular (SEC-MALS)- Medida simultánea de la concentración yMw de cada especie que eluye de la columna.
- Aislamiento de cada especie eluída.
θ
Laser
Polarizer
Detectors: at 1-18 angles
Light scattered intensity
Protein (isotropic particle)
Correlator
Criomicroscopio
JEOL 1230
Cortes celulares
Macromoléculas y crio microscopía.Preparación de muestras y observación inicial.Buenas preparaciones se llevan al FEI Talos
Fco. Javier Chichón (CNB)
Rocío Arranz (CNB) (Jefa del Servicio)
Rafael Núñez (CIB)
FEI Talos Arctica
Criomicroscopio electrónico con detector directo de electronesComplejo entre β-galactosidasa
y PETG (2,2 Å resolución)
CNB-CIB
S Cl
O
Cl
CH3 O
OH
OH
CH3
O
FO
F
CH3
SO
OH
O CH3
SOO
NH2
Cl
Cl
S
S
OO
NH2
ClCl
O
NH2
SOO
NH2
Cl
Cl
pc20:DC(250-404)6134 bp
lacI
T7 transcription start
AmpR
DC-Sign(250-404)
T7 promoter
ORI
T7 ter
AvaI (3291)
ClaI (327)
EcoRI (13)
HindIII (320)NcoI (5672)
PstI (1111)
PstI (5849)
ApaLI (681)
ApaLI (1927)
ApaLI (2427)
ApaLI (4865)
MATERIAL
Extractosnaturales
Síntesis Química
OrigenBiotecnológico
Monodimensional: 1H, (13C, 15N), 19F
minutos
ESPECTROS
Bidimensional: 1H, 13C, 15N, 19F
Homonuclear (1H- 1H)
Heteronuclear 1H-13C; 1H-15N; 19F- 1Hhoras
Tridimensional : 1H, 13C, 15N
días
APLICACIONES
Análisis de mezclas
Interacciones Intermoleculares
Proteína : Ligando“Screening” por RMN
Estructura tridimensional de Biomoléculas ( <15Kd).Proteínas, Carbohidratos(lípidos, oligonucleótidos)
OH
OO
OHHO
HOCaracterización
estructural
EQUIPOS
600 MHz
Criosonda(1H 13C 15N)
500 MHz
(1H 13C 15N)(19F, 1H)
Líquidas:Disolvente acuosoDisolvente orgánico
Geles:IsotrópicosAnisotrópicos
Células en suspensión
MUESTRAS
. Laboratorio de Nivel 2 de Contención Biológica
. Zona de esclusa con acceso controlado:- Casilleros para batas- Pila/ducha de emergencia- Almacén residuos biológicos
. 6 zonas de laboratorio: U1,U2, U3, U4, U5, U6
- 25 Cabinas (7 de bioseguridad)- 32 Incubadores - 11 Microscopios - 7 Centrífugas- Etc.
Laboratorio General de Cultivo de Células Animales
. Registro y control de usurarios; elaboración de normas/recomendaciones de trabajo.
. Bata verde obligatoria, guantes homologados para riesgo biológico.
. Procedimientos de limpieza y desinfección.
. Gestión de residuos biológicos.
. Gestión y mantenimiento de las dependencias generales: Reservas de equipos.
. Detección de contaminaciones: - Bacterias, hongos, levaduras: Observación microscópica - Micoplasmas:
Detección: . Tinción con Hoechst 33258
. Luminometría: MycoAlert TM PLUS Mycoplasma Detectión Kit
Eliminación: Tratamiento con diferentes antibióticos específicos.
Funciones
Myc +
Mantenimiento de líneas celulares: En cultivo y en nitrógeno líquido
Caracterización bioenergética de líneas celularesEquipo "Extracelular Flux Analizer XF24-3" (Seahorse Bioscience): permite realizarla caracterización del metabolismo energético de células en cultivo. Estimación del consumo deoxígeno (OCR) y de la acidificación extracelular (ECAR).
Otros a consultar: Ej.: Ensayos de viabilidad y crecimiento con compuestos problema
Servicios
Screening de posibles compuestos antitumorales
Vero
Dr. Eduardo Rial
MALDI-TOF-TOF
n-HPLCQ-Exactive
n-HPLCLTQ OrbitrapVelos
Electroforesis microfluídica
PCR cuantitativa en tiempo real
Análisis por espectrometría de masas, MS y MS2 mediante-Trampa iónica: fragmentación CID;-C-Trap/Orbitrap: fragmentación HCD.
-Identificación de proteínas en proteomas complejos.-Identificación y cuantificación relativa de la expresiónde proteínas (SILAC, iTRAQ, label-free).
E-G-Y-Y-G-Y-T-G-A-F-R (m/z 642.288, 2+)y2
+y3+y4
+y5+y6
+y7+y8
+y9+
E-G-Y-Y-G-Y-T-G-A-F-R (m/z 647.292, 2+)y2
+y3+y4
+y5+y6
+y7+y8
+y9+
300 400 500 600 700 800 900 1000 1100 1200m/z
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Rel
ativ
e Ab
unda
nce
771.377
934.440
551.293
714.355350.134 450.245
467.1921097.503384.155 982.603656.408
562.305
816.319916.430
1164.526
y2+
y4+
y5+
y6+
y7+
y8+
y4+
y5+
y6+
y7+
y8+
y2+ y3
+y3
+ y9+y9
+
-1.0E+05
0.0E+00
1.0E+05
2.0E+05
3.0E+05
4.0E+05
5.0E+05
6.0E+05
7.0E+05
8.0E+05
30 30.5 31 31.5 32 32.5
Inte
nsity
Retention Time (min)
y2
y3
y4
y5
y6
y7
y8
y9
-5.0E+04
0.0E+00
5.0E+04
1.0E+05
1.5E+05
2.0E+05
2.5E+05
3.0E+05
30 30.5 31 31.5 32 32.5
Retention Time (min)
EGYYGYTGAFR EGYYGYTGAFR
Análisis por espectrometría de masas, MS y MS2
Q-Exactive consta de:-Cuadrupolo: filtrado de masas;-Orbitrap: alta resolución y precisión en masas;-C-Trap: Fragmentación HCD.
Proteómica dirigida-Monitorización selectiva de iones parentales: SIM.-Monitorización selectiva de los iones fragmento: PRM.
1
3
2
Plantas distintos animalarios del CIB
442 755 m2
)
Capacidad para unos 15.000 ratones
)
- Producción y mantenimiento de las líneas en uso deratones modificados genéticamente y cepas másdemandadas (CD1, C57BL/6, BALB/c, FVB, DBA2J)
- Entrega de hembras con fecha de gestación precisa asícomo de crías lactantes de edad concreta (en días)
- Extracción de sangre, tejidos y órganos
- Inoculación de fluidos o células, administración dedrogas o sustancias experimentales.
Gestión de animales y procedimientos experimentales
- Rederivación mediante transferencia quirúrgica deembriones
- Criopreservación de embriones (líneas congeladas)
Estudiamos, de manera personalizada, la realización de cualquier procedimiento que se pueda abordar en las instalaciones del animalario
Día 1.5 Día 2.5
- Inmunización de conejo para producción de anticuerpos policlonales
Gestión de animales y procedimientos experimentales
-Se han rederivado más de 100 cepas/líneas por medio de 493 transferencias desde que se inició el traslado a las nuevas instalaciones
- El porcentaje de éxito (hembras gestantes/transferencias realizadas) ha sido del 82% (406/493), siendo la incidencia de canibalismo de partos del 5% (21/406)
-Para realizarlas se han aislado 7690 embriones, que se han obtenido a partir de unas 600 hembras donantes
Parto natural al cabo de 19 días, si no….cesárea
Transferencia quirúrgica de embriones
Gestión de animales y Procedimientos Experimentales