Upload
ouida
View
53
Download
0
Embed Size (px)
DESCRIPTION
Proč cyklové hodiny tikají?. A co to vypovídá o evoluci?? (Teoretické přístupy ke studiu BC. Ústřední hodiny buněčného cyklu. centrální oscilátor („cell cycle engine“). vstupy. výstupy. velikost signály poškození. gen. exprese morfogeneze. variabilní. variabilní. konzervativní. - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
Proč cyklové hodiny tikají?
A co to vypovídá o evoluci??
(Teoretické přístupy ke studiu BC
Ústřední hodiny buněčného cyklu
vstupy výstupy
centrální oscilátor(„cell cycle engine“)
velikostsignálypoškození ...
gen. expresemorfogeneze...
konzervativní
variabilní variabilní
O čem to bude?
• „Systémová biologie“ (systems biology)
• Samouspořádání (self-organization) v čase
• Modely BC
Karl Ludwig von Bertalanffy 1901-1972
1932,1940 – Theoretische Biologie
1952 – Problems of Life
Otec obecné teorie systémů (General Systems Theory)
A System is an assembly of parts or modules with an underlying hidden complexity that governs its structure and the dynamics
of its modules.
Systém
• definovaný soubor (množina) prvků resp. podsystémů a vztahů mezi nimi
• soubor prvků, který se ve stanovených vztazích projevuje jako celek a může vykazovat zajímavé vlastnosti, např.– stabilitu v širokém rozmezí podmínek vstupů a výstupů
– robustnost
– ...
Příklady vztahů mezi prvky systému
• Hierarchie
• Zpětná vazba
• Redundance ...
Biological System
“The large numbers of functionally diverse, and frequently multifunctional, sets of components interact selectively and nonlinearly to produce
coherent rather than complex behavior.”
-- Hiroaki Kitano, “Computational Systems Biology”
(Ivan M. Havel)
Lee Hartwell
Moduly a protokoly – příklad I:
• Modul: kámen ze stavebnice
• Protokol: zasunovací spojení
Moduly a protokoly – příklad II:
• Modul: MAPkinázová kaskáda
• Protokol: fosforylace cílových proteinů
(Univ. Gent)
„produce, manage, mine and model large volumes of (functional genomics) data, and to be able to derive new hypotheses about the function of genes and networks“
Samoorganizace
(a periodicita v prostoru a čase)
Jak vůbec lze zajistit periodicitu (v čase nebo prostoru?)
Alan TURING 1912-1954
1952 - Reakčně-difusní model
reakčně-difusní model(http://texturegarden.com/)
Minimální oscilátor (jeden z mnoha)
Je lepší než jiné?? Problém robustnosti!
(Ingolia a Murray, Curr. Biol. 2004)
Oscilátor v kontextu tradičního pohledu
Tyson and Novak, J. Theor. Biol. 210:249-263, 2001
Dva stavy „cyklových hodin“
Stav G1 S/M
CDK
APC
ORC prereplik. postreplik.
Start
Finish
(Novak et al., Phil.Trans.R.Soc.Lond.B 353:2063-2076, 1998)
Růst
Nedoreplikovaná DNANeúplná metafáze
Chen et al., Mol. Biol. Cell. 15:2841-3862, 2004
Východiska matematického modelu
Model minimálního cyklu• Jádro: CDK/cykliny
+ APC • Start regulován
růstem• Finiš regulován
dokončením replikace + vřeténka prostřednictvím „aktivátoru“ APC (ACT)
• Osciluje v širokém rozmezí parametrů!
(Novak et al., Phil.Trans.R.Soc.Lond.B 353:2063-2076, 1998)
Matematický model BC podle Tysona et al.
(demo)
Regulace – jemné ladění
• Růst působí prostřednictvím akumulace specif. nestabilních molekul z cytoplasmy v jádře – paralogy CDK/cyklinů (Cdk1/Cln)
• CDK inhibitory (Sic1) a regulační fosforylace Cdc25 „přídavkem“ k zajištění kontroly (checkpoints)
• Aktivátory APC: alternativní podjednotky – Cdc20 a CDK regulovaná Cdh1
Pokus o rekonstrukci evoluce BC
• Původní „hodiny“ byly jednodušší
• Co je nutné a co ne?
• Pomohou matematické modely??
Evoluční distribuce tradičních „centrálních regulátorů cyklu“
Regulátor A. thaliana S. cerevisiae H. sapiens
CDK1
CDK2
CDKA
CDKB
CDK4/6
CDKC
CDK7
CDKD
CDK8
CDKE
Cyclin
CKI
Cdc25 (typic.)
Wee1
Rb, E2F atd.
?
Současný pohled na fylogenezi eukaryot: rostliny „mají nárok“ být jiné?
(Simpson and Roger, Curr. Biol. 14:R693, 2005)
Ale: co jsou „centrální regulátory“??
Tradiční pojetí: „core cell cycle genes“ – geny hojně studované a asi důležité
• CDK, cykliny, CKI• kinázy a fosfatázy působící na CDK
(Cdc25, Wee1)• transkripční regulátory (pRB, E2F...) –
klavně pokud jsou též onkogeny, případně kontrolují expresi cyklinů a CKI
Co můžeme čekat ve světle modelu?? • CDK/cykliny S/M třídy• Jádro APC• Regulační podjednotky APC
(Cdc20/Cdh1)• Další podtřídy CDK/cyklinů• CDK inhibitory• Fosforylace/defosforylace CDK
(Cdc25/Wee1)• Transkripční regulátory kontrolující
„klíčové“ geny (pRB atd.)• „Výstupy“
„core cell cycle genes“ e.g. Vandepoele et al., Plant Cell 14: 903-906, 2002
Mír
a ko
nzer
vace
Regulátor A. thaliana S. cerevisiae H. sapiens
CDK1
CDK2
CDKA
CDKB
CDK4/6
CDKC
CDK7
CDKD
CDK8
CDKE
Regulátor A. thaliana S. cerevisiae H. sapiens
CDK1/2/4/5/6/A/B
CDK7/D/F
CDK8/E
CDK9/C
CDK10/11
Co nacházíme?
CDK a cykliny jsou konzervativní!
(viz 3. přednáška)
Ostatní regulátory a „regulátory“:
• APC, Cdc20, Cdh1: „první pohled“ – konzervativní (Capron et al., TiPS 8:83-89, 2003)
• CDK inhibitory –i u savců VELMI rozmanité (fylogeneze dosud není)
• Wee1 u rostlin je, Cdc25 není (aspoň ne u Arabidopsis a ne klasická – jiná doménová struktura; Ostreococcus má)
• mnoho údajů o Rb a trans. faktorech (E2F) – dobře konzervovány kromě kvasinek
Evoluční distribuce centrálních regulátorů BC (bez uvozovek)
Regulátor O. tauri A. thaliana S. cerevisiae H. sapiens
CDK 4 11 3-4 (1) 6
Cyclin 4 30 15 (9 „cyklových“) min.22
APC1-6 každá 1x APC3 2x, ost. 1x každá 1x každá 1x
APC7 1 1 ? 1
APC8/Cdc23 1 1 1 1
APC9 ? ? 1 ?
APC10/Doc1p 1 1 1 1
APC11 1 1 1 1
Cdc20 1 5 1 1
Cdh1 1 3 1 2
CKI 1? 7 1 6
Cdc25 (typic.) 1 atyp. 1 3
Wee1 1 1 2 2
Rb, E2F atd. každá 1x každá 1x-3x 0 každá 1x-6x
Evoluční distribuce centrálních regulátorů buněčného cyklu dává smysl ...
... (jen?) ve světle CDK-APC modelu!
Jak tedy asi vypadal ancestrální cyklus?
Minimum:
• CDK + cyklin + APC + Cdc20/Cdh1
• zřejmě již od počátku spřaženo s transkripcí