SciFinder Web使用介绍俞靓 SciFinder培训专员 2014lib.cpu.edu.cn/_upload/article/files/c2/40/5957ad514d2db... · 2016-11-15 · SciFinder中的亚结构检索，获得的是包含所绘制结构片段的所有化合物

CAS is a division of the American Chemical Society. Copyright 2013 American Chemical Society. All rights reserved.

SciFinder Web使用介绍

俞靓

SciFinder培训专员

2015.4



• 介绍

– SciFinder Web中的内容

• SciFinder Web中的检索和后处理

– SciFinder Web中的药物信息及结构检索

– SciFinder Web中的药物专利评估

– SciFinder Web中的反应检索与反应设计

• SciFinder Web检索注意事项

2

提纲

CAS is a division of the American Chemical Society. Copyright 2013 American Chemical Society. All rights reserved.3

美国化学文摘社—Chemical Abstracts Service

•创建于1907年

•ACS的分支机构

•密切关注，索引和提炼着全球化学相关的文献和专利

•最早创立了《化学文摘》

•总部坐落于俄亥俄州的哥伦布市


SciFinder的覆盖内容

4

SciFinder Reactions

References

Markush Structures

• >106万专利中的Markush结构• 回溯到1961年• 每天更新

CHEMCATS®

• CHEMCATS 提供物质的供应商信息• >9400万商业信息• >2800万不同种类物质• >880 个全球范围内的供应机构• >990 商品目录的覆盖• 每周更新

CAS REGISTRYSM

• >9100万有机无机物质• >6500万生物序列• >4亿条实验和预测数据• 物质报道文献，回溯到1802年• 每天更新

References from CAplusSM

• >4000万期刊，专利，学位论文记录.• >1万种科技期刊的覆盖• 63家专利发行机构的专利• 1997年以来的3.65亿条引文记录• 回溯到1800年• 每天更新References from MEDLINE®

• > 1900万条生命科学相关文献• > 5600 期刊• 回溯到1946年• 每天更新

CASREACT®

• CAS提供的反应信息包含:– 反应中的结构信息

– 反应中所有物质的CAS No

– 详细的反应条件

– 实验过程

• >6340万单步多步反应• >1340万物质合成制备信息• 反应回溯到 1840

• 反应条件起始于 2003

• 每天更新CHEMLIST®

• 全球范围内的法规信息

• >31.2万的化合物• 1980至今的数据• 每周更新


PatentPak快速打开专利—2015年新功能


PatentPak快速定位专利中的化合物—2015年新功能


• Windows自带的浏览器是最慢的，其他IE核浏览器都比它快

• XP用户不建议使用IE7，IE8浏览器

• Windows 7以上用户建议升级IE到9以上

• Chrome和FireFox浏览器在所有系统上的表现都优于IE及IE核浏

览器

• 不建议使用360浏览器检索SciFinder，即使在使用其他浏览器

的同时也请关闭360安全卫士

7

SciFinder Web使用浏览器选择建议


• 介绍







8

提纲


SciFinder中的物质结果界面

9

一个完整的物质结果界面包含：

•物质详情连接•文献连接•反应连接•商品信息连接•管制品信息连接•谱图连接•实验性质连接


SciFinder中的物质详情界面


SciFinder中的物质详情界面（续：实验性质与谱图）


SciFinder中的物质详情界面（续：文献角色分类）

检索Tips：1. 这是根据CAS Role做的一张文献分类表

2. 可以快速的通过这个表，获得物质在专利和非专利文献中在特定领域的文献报道


物质有关的反应

13

检索Tips：

1. 检索到物质后，可以通过绿色三角瓶，直接获得该物质的反

2. 需要选取物质在反应中的角色3. 有绿色三角瓶，表示SciFinder中一

定可以找到该物质的反应，但是不一定是作为产物的反应


物质有关的文献信息

14

检索Tips：1. 一键获得文献，可以获得全部，也可以勾

选特别感兴趣的内容2. 不勾选，默认获得全部


获得文献后的处理


• 功能方面

– 物质名称，CAS No

– 分子式

– 结构式

– 理化性质

• 推荐的物质检索功能

– 有机物，天然产物及衍生物 ---结构比较方便

– 无机物 ---分子式比较方便

– 高分子化合物 ---首先分子式，其次结构

16

SciFinder中的物质检索方法


物质名称检索

17

检索Tips：1. 直接输入物质的名称，CAS No，俗名，都能检索2. 一次最多检索25个物质，用换行换开3. 建议一次最多检索3-5个，因为给出结果的顺序和输

入的顺序是不一样的。


理化性质检索

18


分子式检索

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检索Tips：1. 分子式的检索，需要按照HILL排序进行，简单的说CH写前面，其他的按照字母顺

序排序2. 多组分物质，需要用“.”分开


结构式检索—精确检索

20

检索Tips：1. 启动Java面板，电脑中需要安装Java2. 建议将Java升级到最高版本后，停止Java自动更新3. 初次使用Java会有插件弹出，选择允许即可4. 不用使用360浏览器或开着360安全卫士，因为他们会禁止Java的启动


精确结构检索—检索物质的盐

21

检索Tips：1. SciFinder精确结构检索，获得

物质的所有的盐，聚合物，混合物等等


对含有构型的物质，会提供构型选择

22

选择构型完全匹配的物质


获得所有包含该结构的所有的物质，包括盐

23

Ca盐

Na盐


• 检索包含以下核心结构的所有物质

24

亚结构检索—检索包含核心结构的物质


SciFinder中的检索结果

检索Tips：1. SciFinder中的亚结构检索，获得的是包含所绘制结构片段的所有化合物2. 与所绘制结构不同的可能是原子上面的取代会不同，又或者环系发生稠环等3. 可以使用结构的Analyze/Refine功能对检索到的结果进行处理


SciFinder中的结构结果后处理—Analyze

检索Tips：1. 分析方面，提供6种分析手段

2. 提供靶点标记，生物活性分析，帮助快速对检索到的物质进行筛选

3. Substance Role分析，帮助获得物质研究角色的文献


SciFinder中的结构结果后处理—Refine

检索Tips：1. 限定方面，提供7种限定手段2. Isotope-Containing，用于获得是否包含同位素的物质3. Property Value，用于通过理化性质的数值对物质进行

限定4. Atom Attachment，用于通过对结构取代的限定，帮助

获得某位点的不同取代基团分布。


相似结构检索—检索和绘制结构相似的物质

这是一个不存在的化合物，有没有办法通过寻找类似物的方法，找到这个化合物的合成方法


相似结构检索

SciFinder会依据相似度给出相似度表格，选择高分值的看


和原本结构相似的结构

检索Tips：1. 相似结构检索检索到的结果，与所

绘制的结构只是相似2. 母体结构可以一样，也可以不一样


精确结构，亚结构，相似结构检索区别

31

精确结构检索

亚结构检索

相似结构检索


• 精确结构

– 检索到结构的盐，混合物，配合物，聚合物等

– 母体结构不能改变，不能修饰

• 亚结构

– 检索到结构的本身，衍生物结构

– 母体结构不能改变，但可以修饰

• 相似结构

– 检索到和结构本身相似度在60分以上的物质

– 母体结构可以改变，可以修饰，用相似度控制结果范围

32

精确结构，亚结构，相似结构检索区别


• 介绍







33

提纲


具体化合物专利的追踪—一个值得思考的问题

34

• 我们要求的到底是什么专利

很多科研人员是不分这两个结构的，因为检索的出发点不同，所以导致最后的结果有很大的差异。


如何获得和Lipitor有效成分有关的所有专利呢？

35

SciFinder精确结构检索，获得物质的所有的盐，聚合物，混合物等等


对含有构型的物质，会提供构型选择

36

选择构型完全匹配的物质


获得所有包含Lipitor有效成分的物质

37

Ca盐

Na盐


获得有关的文献

38

所有的这些含有Lipitor有效成分物质的文献


所有包含Lipitor有效成分物质的文献

39

Refine获得文献中的专利


涉及全新化合物专利—评估和以下结构有关的专利

40

这是3个不存在的物质，如何找保护了这3个结构的专利？

（或者还有更多的想评估的结构）


分析这些结构的共性

41

用这个结构将上述结构全部包含


可以继续的定义结构中的要求

42

AK：1-4个C原子的无取代的直链HY：3-6元的无取代杂环，杂原子是N，且杂原子需要最多1个，且接在Ak上Ph：不允许有取代


SciFinder中的Markush检索

43

Markush检索的结构定义，采用仅在可变位置发生变化的检索模式


Markush检索结果(获得Claim中保护该结构的专利）

44


其中的一条记录，一键获得专利中的实施例

45

需要去看Claim才能知道具体是什么情况下被保护了，但是从给出的II结构看，是和我们做的结构很类似

继续看该篇专利中给出的实施例，更好的了解专利所做物质的情况


专利中的实施例

46

用这个结构去限定，看是否有和这个结构匹配的实施例


限定的结果

47

这说明这篇专利保护了这个通式结构，但是专利权人没有做和这个通式结构有关的实施例。


没有实施例符合，为什么能检索到

48

这两部分可以认为是匹配的，那么，R1是为什么的时候，我们的结构被保护了，需要仔细阅读Claim，才能有更多的认识


为什么能检索到

49

专利中的Claim中的大段文字，被CAS科研人员编译成了结构，从而做的检索匹配。

以下的记录（部分）是源自CAS的marpat数据库中的记录，这是专门用来检索专利Claim中的通式结构的数据库，但是SciFinder中只能做初步的评估。


• 介绍







50

提纲


SciFinder中的反应筛选策略

51

• 吡啶环的3,4位存在任意的非C,H原子或基团

• 检索在6位引入Cl的反应

N N

Q

Q

Q

Q

Cl


定义反应结构

52

大多数科研工作者，刚开始都会画成这样。

但是，这样足够吗？

尝试SciFinder中的初步检索。


亚结构检索，帮助获得所有的相关反应

53

亚结构检索反应，帮助在最大范围内获得刚兴趣的内容


SciFinder中的反应筛选

54

我们获得5400+ 反应

反应筛选第一步是Group By Document，这样可以让来自同一篇文献的反应合并掉


简单的看一下这些反应

55

吡啶环系发生破坏，不是我们想要的


反应中的Refine工具，添加环锁定

56

环锁定工具，当使用亚结构检索时，不允许发生稠环。


锁定环后的结果—继续浏览

57

这条反应，完全符合我们的要求



58

这条反应，原来的6位上就有Cl，不符合我们的要求



59

这条反应，或许符合我们的要求


思考：什么样的反应是我们想要的

60

第一条反应：6位H变成6位Cl—肯定是我们想要的

第二条反应：6位Cl变成6位Cl—肯定不是我们想要的

第三条反应：6位非H非Cl变成6位Cl—有可能是我们想要的

不同的人在这里的选择不一样，我们先假设只想获得第一类的反应。


继续使用Refine

61


这是我们想要的反应

62

所有的反应都符合我们的结构要求

在吡啶环的6位存在H到Cl的变化


一些值得思考的问题

63

• 并不是所有的科研工作者，一开始就能准确的定义反应结构。

• 建议先大致浏览下反应结果集，然后去思考如何去除我们不想要的反应。

• 使用Analyze/Refine工具，或其他的检索策略，去除不想要的反应.


案例的衍生

64

在刚才的检索过程中，我们认为以下的反应不是我们想要的反应。

但是，如果我们认为，符合要求，那该如何处理？


将结果保存在网络上

65

使用导航条返回曾经检索过的界面.

保存结果到网络上.


Refine工具来获取不需要的反应

66

因为我们很明确的知道，我们不需要这类反应。所以可以先获得这些反应，然后去除他们既可。


使用Combine去除不想要的反应

67

这些是我们不想要的

如果将这些反应去除掉，那么剩下的就是我们的目标反应


需要的反应结果集

68


• 介绍







69

提纲


• 单次下载只能下载50条记录，严禁过量下载SciFinder中的记

录，如遇大量记录，请使用Analyze/Refine工具缩小检索范

围，或使用Save功能，保存在网上

• 请合理使用SciFinder，检索完，点击Sign Out退出

• 不要使用360浏览器登录SciFinder，即使使用Firefox等浏览

器，也请关闭360安全卫士

• 欢迎加入化学资源交流QQ群：258225168

70

SciFinder检索注意事项


Thank You

俞靓

SciFinder 培训专员

Mail：[email protected]

Tel:021-64453167-8004

71

mailto:[email protected]

Documents

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