Sveučilište u Splitujuretic/pdf/Biof_dr_hr82a.pdf · međutim samo kao jedno od usmjerenja u studiju fizike. U praksi, studentima biologije, biokemije i molekularne biologije nije

Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i kineziologije

PRIJEDLOG POSLIJEDIPLOMSKOG STUDIJSKOG PROGRAMA

Doktorski studij iz biofizike

Sveučilište u Splitu

1

Split, 30. ožujka 2006.

P O S T D I P L O M S K I S T U D I J : D O K T O R S K I S T U D I J B I O F I Z I K E

0

N A S T A V N I P L A N I P R O G R A M

Poslijediplomski studij: Doktorski studij iz biofizike

Fakultet prirodoslovno matematičkih znanosti i kineziologije Nikole Tesle 12, HR-21000 Split

Telefon: + 385 21 385 133 Telefaks: + 385 21 385 431

[email protected] http: //www.pmfst.hr


1

1. Uvod

1.1. Razlozi za pokretanje ovog studija

Procjena svrhovitosti:

• Interdisciplinarne znanosti poput biofizike imaju sve važniju ulogu u razvoju znanosti i društva.

Interdisciplinarne bio-znanosti poput biofizike, bioinformatike, bioenergetike, medicinske

fizike, ekologije ... sve su važnije kada se želi pružiti racionalan odgovor na kompleksne izazove modernog vremena. Stoga mnoga poznata inozemna sveučilišta omogućuju studij takvih znanosti, a biotehnološke i farmaceutske kompanije sve više traže kadrove takvih obrazovnih profila. U našoj dosadašnjoj praksi interdisciplinarnim poslijediplomskim studijima nije se posvećivala dovoljna pažnja.

Istraživanja iz interdisciplinarnih bio-znanosti sigurno imaju dobru perspektivu i u našoj zemlji,

premda smo do sada bili spori u izlasku izvan tradicionalnih okvira podjele prirodnih znanosti na fiziku, kemiju i biologiju, koja je nastala još u 19. stoljeću. Molekularna biofizika ima vrlo sličan predmet istraživanja kao i biokemija - biološke makromolekule i njihove interakcije, samo mu pristupa na drugačiji način, koristeći punu snagu fizikalnih principa, instrumentacije, matematičkih metoda, i načina razmišljanja koje su razvili fizičari za riješavanje problema iz fizike. Normalno je da biofizičari fino podešavaju alate fizičara da budu prikladni riješavanju problema u biologiji i medicini. To se dogodilo sa spektroskopskim metodama kao što je nuklearna magnetska rezonancija i ultrazvučno oslikavanje organa, bez kojih je više teško i zamisliti modernu medicinu, ali i s primjenama NMR spektroskopije i rentgenske spektroskopije za rješavanje strukture biomakromolekula. Danas je i biotehnološku revoluciju teško zamisliti bez stručnjaka koji su vični korištenju biofizike i u eksperimentima i u stvaranju matematičkih modela koji su najbolji kompromis između idealizacije i pojednostavljenja stvarnosti i otkrivanja uzročno-posljedičnih veza u biologiji.

Redovita je praksa u zemljama gdje je biofizika dobro razvijena da se studentima omogući ulazak u doktorski pogram iz biofizike nakon što su dobili diplomu i izvrsne ocjene na nekom studiju prirodnih znanosti. Time je osigurana interdisciplinarnost i u studentskom tijelu u kojem osim fizičara ima biokemičara, molekularnih biologa, pa čak i inženjera elektrotehnike i diplomiranih liječnika.

Takvi interdisciplinarni doktorski programi do sada nisu bili dovoljno poticani u Hrvatskoj. To

je točno za bioinformatiku, čija neophodnost u svim biološkim znanostima nije još kod nas došla do izražaja u obliku poslijediplomskog, odnosno doktorskog programa studija iz bioinformatike. Očigledno opravdanje u slučaju bioinformatike je mladost te nove interdisciplinarne znanosti koja nije starija od oko 15 godina. Zbog toga je, naravno, teško naći dovoljno eksperata iz bioinformatike u Hrvatskoj koji bi sastavili takav program studija.


2

Za razliku od bioinformatike, biofizika u Hrvatskoj postoji već 35 godina. Nešto kraće vrijeme

postoji i poslijediplomski studij biofizike na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu u Zagrebu, međutim samo kao jedno od usmjerenja u studiju fizike. U praksi, studentima biologije, biokemije i molekularne biologije nije dozvoljen upis u taj studij. Jasno je da je interdisciplinarnost biofizike u dobroj mjeri uništena, ako se toj znanstvenoj disciplini ne dozvoljava izlazak izvan fizike. Proučavanje bioloških sustava i pojava korištenjem fizikalnih principa i metoda i tada spada u biofiziku, ali istraživači odgojeni kroz postojeći posljediplomski program iz biofizike (u okviru studija fizike) često nemaju dovoljno poštovanja i uvažavanja prema postignućima biokemije, ili se pak plaše bioloških problema.

U SAD i EU, gdje su životne znanosti izvrsno razvijene, normalna je praksa da studenti s

magisterijem iz fizike ili biokemije mogu ravnoprano upisati doktorski studij iz biofizike, naravno, uz obavezu polaganja razlikovnih kolegija iz biologije (za fizičare) ili fizike i matematike (za biokemičare). Držimo da bi takvu praksu trebalo uspostaviti i u Hrvatskoj, pa smo tu ideju ugradili u ovaj prijedlog doktorskog studija. Smatramo da je poticanje interdisciplinarnih sudija u dugoročnom interesu naše zemlje. Kako se kvalitetni edukacijski programi ne prave samo za idućih 3-5 godina, nego traju i mnogo duže, važno je već na početku konstrukcije programa što bolje predvidjeti nacionalne i globalne dugoročne prioritete. Važni dugoročni nacionalni interesi Hrvatske povezani su s biotehnološkom revolucijom, s biomedicinom i s očuvanjem izvanrednog genetskog bogatstva zemlje zbog sadašnje široke raznolikosti živih vrsta na našem teritoriju i sve bržih globalnih i lokalnih promjena prirodne okoline. Naš program studija namjerava odgojiti eksperte vične korištenju interdisciplinarnih metoda i načela kakve će upravo tražiti spomenuti izazovi.

Na doktorskom studiju biofizike slušat će se kombinacija specijaliziranih interdisciplinarnih predmeta koji izravno vode prema izradi doktorskog rada i predmeta koji daju «opću kulturu» potrebnu biofizičarima. Izbor predmeta ovisi i o međunarodno prepoznatljivim istraživačima koji su nositelji tih predmeta. Prednost se daje kolegijima i nastavnicima, koji imaju uhodanu međunarodnu suradnju i ambiciozni program istraživanja. Interdisciplinarnost studija i ponuđenih predmeta dolazi do izražaja i u kreativnom povezivanju fizike, kemije, biologije, ekologije, matematike, informatike i medicine s ciljem boljeg razumijevanja bioloških procesa i struktura na svim nivoima od biološki važnih malih molekula preko, biomakromolekula do biosfere.

• Program doktorskog studija biofizike kao dio inicijative povezivanja hrvatskih

znanstvenika u zemlji i inozemstvu, i inicijative za ravnomjerniji razvoj znanosti unutar Hrvatske kroz jačanje studija bioloških znanosti u gradovima na obali Jadrana.

Predloženi poslijediplomski studij, studij je Fakulteta prirodoslovno-matematskih znanosti i

kineziologije Sveučilišta u Splitu u čijoj izvedbi ravnopravno sudjeluje i Institut «Ruđer Bošković» u Zagrebu. U izvedbi ovog studija sudjeluju i kolege nastavnici drugih fakulteta i znanstvenih institucija iz Splita, Zagreba, pa i izvan Hrvatske (što je neophodno baš zbog interdisciplinarnosti ovog studija). Kolegiji se u pravilu slušaju na Sveučilištu u Splitu i na Institutu «Ruđer Bošković» u Zagrebu. Studenti će imati mogućnost dio svog istraživačkog rada izvoditi i na znanstvenim institucijama izvan Hrvatske. Predloženi studij je znanstveno-nastavna jezgra jedne šire inicijative povezivanja prirodoznanstvenika iz Hrvatske s hrvatskim znanstvenicima u inozemstvu, da bi nakon uspješnog PKHZ-a u studenom 2004. (www.mzos.hr/pkhz/) bitno ojačali splitski studiji bio-znanosti. Ističemo važnost korisnih savjeta


3

iskusnih kolega seniora iz inozemstva prilikom razvoja novih programa interdisciplinarnih studija i novih eksperimentalnih i teorijskih programa istraživanja, a također i pri pisanju konkurentnih zahtjeva za financiranje međunarodnim institucijama (EU, EMBA, NIH). Te kolege, uglavnom renomirane istraživače u inozemstvu porijeklom iz Hrvatske, nastojali smo uključiti u ovaj prijedlog studija na razne načine. Tako smo naše renomirane kolege iz inozemstva, eksperte za biofiziku, nanofiziku, statističku fiziku, fiziku okoliša, molekularnu dinamiku, fiziku čvstog stanja, kvantnu kemiju i neuroznanost uključili izravno u naše obvezne i izborne kolegije, u predviđene kolokvije iz interdisciplinarnih bio-znanosti i u izobrazbu i usavršavanje naših studenata u inozemnim laboratorijima. Ponudili smo komplementarni program studija koji ne oponaša slične programe Sveučilišta u Zagrebu, nego ispravlja neke nedostatke tih programa (npr. ograničenje na upis studenata fizike) i stimulira bolje povezivanje naših znanstvenika zainteresiranih za biofiziku bilo da su u zemlji ili u inozemstvu.

Kako je splitska regija uz već postojeće vrlo dobre institucije u Splitu (IZOR, MedILS,

Sveučilište) prirodno u položaju na kojem će se razvijati bio-znanosti, držimo da bi ponuđeni doktorski studij biofizike otvorio put i za druge takve studije. Ponuđeni prijedlog studija već je na diplomskoj razini (Diplomski studij fizike – usmjerenje biofizika) dobio široku podršku hrvatskih znanstvenika u zemlji, iz inozemstva i inozemnih biofizičara. Taj program studija usklađen s Bolonjskom reformom (3 godine studija fizike i 2 godine specijalizacije iz biofizike do magisterija) već je odobren, jer je recenzija bila vrlo povoljna. Za ponuđeni doktorski studij biofizike skupili smo još širu podršku renomiranih biofizičara iz zemlje i iz inozemstva.

Također smo nastojali objediniti znanstvenike Sveučilišta u Splitu iz raznih fakulteta i znanstvenih

institucija, koji se bave istraživanjima iz modernih bio-znanosti. Tako su u naš program ušli istraživači iz Splita koji se bave istraživanjima iz biofizike, medicinske fizike, genetike, molekularne biologije, biokemije, mikrobiologije, ekologije i biomehanike. Ti kolege nisu samo s našeg Fakulteta prirodoslovno-matematičkih znanosti i kineziologije, nego i s Medicinskog fakulteta, s FESB-a, s Kemijsko-Tehnološkog fakulteta i s Oceanografskog instituta u Splitu.

Razvoj interdisciplinarnih poslijediplomskih studija u Splitu poslužit će kao poticaj i za razvoj biotehnoloških primjena, zadržat će nadarene studente u zemlji (smanjujući «bijeg mozgova») i smanjit će troškove studenata iz Splita koji žele dobiti kvalitetno visoko obrazovanje. Važno je istaknuti da «bijeg mozgova» postoji i unutar Hrvatske, uglavnom u korist Zagreba kao metropole. Tako na primijer od 100 najboljih srednjoškolaca u Splitu, koji se zanimaju za prirodne znanosti i matematiku, već desetak godina ih manje od 10 ostane studirati na Sveučilištu u Splitu.

• Sadašnji planovi gradnje novih zgrada na Campusu Sveučilišta u Splitu, gdje su

predviđeni laboratoriji i praktikumi za različite prirodne znanosti, nisu u dovoljnoj mjeri usklađeni s paralelnim razvojem istraživačkih i pedagoških programa rada u tim novim lokacijama, gdje će postojati mnogo bolji uvjeti za eksperimentalni rad.

Inicijativa za ovaj studij usko je povezana i sa planiranom gradnjom nove zgrade Fakulteta

prirodoslovno-matematičkih znanosti i Kemijsko-tehnološkog fakulteta na Campusu sveučilišta u Splitu kroz narednih nekoliko godina, u kojoj su predviđeni i laboratoriji za biofiziku, računarsku fiziku, fiziku okoliša, biokemiju i molekularnu biologiju. Uz osigurana sredstva, izgradnja laboratorija za prirodne znanosti na Campusu neusporedivo je lakši zadatak nego opremanje planiranih laboratorija s modernim instrumentima koji bi služili i za produktivan istraživački rad i za napredne praktikume. Da bi kupljena oprema bila efikasno iskorištena u istraživanjima i za rad studenata pri kraju Diplomskog i prilikom Doktorskog studija, neophodno je već sada planirati i


4

što bolje definirani nastavno-istraživački rad koji bi se odvijao u tim laboratorijima i koji bi zahtijevao određenu opremu. U pravilu je oprema za interdisciplinarna istraživanja iz bio-znanosti dosta jeftinija nego oprema za istraživanja iz čiste fizike. Međutim, planiranje nabave znanstvene opreme i sakupljanje potrebnih financijskih sredstava za tu nabavu ne može obaviti bilo tko, nego samo eksperti za određena područja istraživanja koji već imaju jasne programe i projekte rada iz svojih područja istraživanja. Naš ponuđeni doktorski program studija iz biofizike anticipira ovu potrebu kroz planiranu međunarodnu suradnju i kroz planirane kolokvije o izazovima bio-znanosti, koje bi vodili renomirani znanstvenici iz inozemstva. Takvi kolokviji bi sigurno jako pomogli u cilju boljeg povezivanja znanstvenika i ponudi realnijih i produktivnijih programa istraživanja, koji bi brzo isplatili svaku investiciju u opremi budućih laboratorija. Kao što smo već spomenuli, budući se radi o renomiranim stručnjacima s laboratorijima po svijetu naši bi studenti jedan dio svog staža mogli provesti kod njih na mjerenjima i profesionalnom usavršavanju. Time bismo odlično pripremili i budućnost i umrežavanje naše domaće (i inozemne) stručnosti.

Kompetitivna istraživanja iz biofizike stimulirat će razvoj društva utemeljen na prikupljanju i primjeni znanstvenih spoznaja

Fokus ovog studija je biofizika stanica i makromolekula. Istraživanja iz biofizike stanica i

makromolekula su slijedeći važni korak koji je potaklo dekodiranje genoma čovjeka i velikog broja drugih vrsta. Poznavanje redoslijeda aminokiselina u proteinima, za koje dekodirani geni kodiraju, nije ni izdaleka dovoljno za moderne primjene tog znanja u biotehnologiji i medicini. Potrebno je otkriti ili izračunati i vjerojatnu strukturu proteina, koja manje više spontano nastaje u stanici na temelju još nedovoljno poznatih pravila popularno poznatih kao «druga polovina genetskog koda». Modeliranje strukture i rada topljivih i membranskih proteina od iznimnog je interesa za biotehnološke, farmaceutske i medicinske primjene. U slučaju membranskih proteina, predviđanje njihove strukture i djelovanja nije samo neophodna nadopuna eksperimentima, nego je često i najbolja mogućnost da se na racionalan način planiraju i izvode eksperimenti. Više od 50% svih lijekova imaju kao svoj biokemijski cilj djelovanje na membranske proteine.

To su vrlo kompetitivna istraživanja u kojima bi i Hrvatska trebala imati osiguran ulaz, da ne

bi stalno morala kupovati tuđe znanje. Pametnim ulaganjem u interdisciplinarne studije iz bio-znanosti Hrvatska bi mogla postati izvoznik intelektualnih usluga iz tog područja, što bi se prije ili poslije odrazilo i na poslovne uspjehe u biotehnologiji, farmakologiji i medicini. Jedan takav malo poznati primjer je naš web poslužitelj SPLIT za predviđanje topologije integralnih membranskih proteina. SPLIT svakodnevno prima mnoge zahtjeve za analizu sekvencija (iz, do sada, 238 različitih sveučilišta u koje spadaju i skoro sva najbolja sveučilišta u svijetu) i vraća rezultate analize (izvozi intelektualnu uslugu) u sekundama. Popularnost tog poslužitelja naglo se povećala nakon publicirane analize (Cuthbertson i suradnici, Protein Engineering, Design & Selection vol. 18 no. 6 pp. 295–308, 2005) prema kojoj je program SPLIT najbolji na svijetu među svim drugim programima za predviđanje sekventne lokacije uzvojnica pridruženih membrani.

Tijekom studija, studenti će imati mogućnost kombiniranja teorijskog s eksperimentalnim radom. U prvom periodu izvođenja planiranog doktorskog studija studenti će moći raditi na doktorskoj tezi u laboratorijima biofizičara sa Instituta “Ruđer Bošković” u Zagrebu (V. Svetličić, G. Pifat, D. Vikić-Topić, I. Weber, A. Ambriović Ristov, D. Ražem i drugi), na Institutu za Oceanografska istraživanja u Splitu (N. Krstulović), na Medicinskom fakultetu u Splitu (D. Eterović, Z. Đogaš, J. Terzić), i u laboratorijima biofizičara iz inozemstva kao što su prof. dr. Alex Tossi iz Sveučilišta u Trsta, prof. dr. Milan Brumen iz Sveučilišta u Mariboru, prof. dr. Rudi


5

Podgornik iz Sveučilišta u Ljubljani i Nacionalnih instituta za zdravlje, SAD, prof. dr. Boris Martinac iz Queensland sveučilišta u Australiji, prof. dr. Frances Šeparović iz Melbourne sveučilišta u Australiji, prof. dr. Davor Pavuna, ETF, Švicarska, dr. Roderick Dewar iz INRE i Sveučilišta u Bordeauxu, Bordeaux, Francuska i drugi.

Na nešto duži rok, do pet godina, planiramo ujediniti snage i za ambiciozniji poduhvat

osnivanja Centra interdisciplinarnih studija bio-znanosti u Splitu. Takve centre u kojima se prostorno ujedinjuje na razini Sveučilišta skuplja oprema potrebna za interdisciplinarna istraživanja, imaju skoro sva modernija Sveučilišta. Takva inicijativa prirodno proizlazi iz predloženog interdisciplinarnog studija biofizike, te se savršeno uklapa i u međunarodne trendove, jer većina vodećih svjetskih Sveučilista razbija barijere među disciplinama, i suradnja važnih priprema mlade za izazove bio-znanosti u biofizici, bioinformatici i sličnim interdisciplinarnim studijima.

Planiranje i uspostavljanje kolaboracija relevantnih za predloženi studijski program.

Istog su dana, 20. listopada 2005. , Znanstveno vijeće Instituta Ruđer Bošković u Zagrebu i Fakultetsko vijeće Fakulteta prirodoslovno-matematičkih znanosti i kineziologije u Splitu primili na znanje i u načelu odobrili suradnju na ovom doktorskom studiju. Dogovorena suradnja na našem doktorskom studiju i diplomskom studiju biofizike već uključuje veći broj kolega sa IRB-a Zagreb (A. Graovac, V. Svetličić, G. Pifat, D. Vikić-Topić, A. Ambriović-Ristov, D. Ražem, I. Weber, B. Pokrić, P. Konjevoda …). U tijeku je dogovor oko formalng sporazuma naše dvije institucije u cilju što kvalitetnije izvedbe ovog doktorskog studija.

Očekujemo da će se uspostaviti obostrano korisna suradnja sa institutom MedILS u Splitu

odnosno sa kolegama Miroslavom Radmanom i Ivanom Đikićem. Poticat ćemo naše studente da sudjeluju u kvalitetnim interdisciplinarnim međunarodnim

konferencijama/školama, koje organiziraju kolege Ivan Đikić (Dubrovnik), Davor Pavuna (Cavtat), Greta Pifat (Rovinj), Ante Graovac (Dubrovnik). Za sudjelovanje u konferencijama/školama kao što je International Summer School on Biophysics: “Supramolecular Structure and Function” (Master Classes of UNESCO) naši će studenti dobiti 8 ECTS kredita. Posebno ćemo pozivati istaknute sudionike takvih konferencija da održe kolokvije u Splitu za naše studente i istraživače (Dorothee Kern, Peter F. Stadler, Milan Randić,….). Ti će kolokviji biti obavezni za naše studente.

Za sada je dogovorena neformalna suradnja na našem doktorskom studiju i s kolegama s PMF-

a u Zagrebu (V. Paar, S. Supek, M. Vrtar) i s kolegama na Institutu za fiziku u Zagrebu (S. Tomić). Ostvarit će se suradnja s poslijediplomskim studijem biofizike na PMF-u u Zagrebu tako da će njihovi studenti moći upisivati naše ponuđene predmete, a naši će studenti moći upisivati njihove ponuđene predmete (Igor Weber). Ostvarit ćemo suradnju i s kolegama biofizičarima s Medicinskog (J. Brnjas-Kraljević) i Farmaceutskog fakulteta u Zagrebu (J. Herak).

U susjednoj Sloveniji osigurali smo suradnju s R. Podgornikom iz Ljubljane (obavezni premet

na Diplomskom studiju usmjerenja biofizika, kojeg smo zbog naprednih svojstava tog predmeta usvojili i kao izborni predmet na predloženom doktorskom studiju biofizike, naravno za one studente koji nisu prošli kroz usmjerenje Biofizika iz Diplomskog studija fizike u Splitu), kao i sa


6

M. Brumenom iz Maribora (izborni predmet na doktorskom studiju i vježbe modeliranja na računalu). Sveučilište u Splitu ima trajni ugovor o znanstveno-nastavnoj suradnji sa Sveučilištem u Mariboru, koji će nam biti koristan prilikom razmjene posjeta studenata i predavača.

Suradnja je također uspostavljena s drugim uglednim istraživačima iz inozemstva kao što su R.

Dewar iz Francuske (izborni predmet i praktične vježbe modeliranja na računalu), H. Lutz iz Njemačke (izborni predmet), B. Žagrović iz Švicarske (izborni predmet), F. Sokolić iz Francuske (više izbornih predmeta), G. Kilić i V. Parpura iz SAD (izborni predmeti), B. Martinac iz Australije (kolokviji), A. Tossi iz Trsta, Italija (istraživački rad studenata), …..

Predloženi doktorski studij biofizike već je stimulirao potakao suradnju između različitih

institucija Sveučilišta u Splitu, koje su kroz svoje nastavnike ponudile izborne kolegije za ovaj studij. To su D. Eterović, Z. Đogaš i J. Terzić s Medicinskog fakulteta, I. Tominić s Kemijsko-Tehnološkog fakulteta, S. Krešić s FESB-a (sada na našem fakultetu) te N. Krstulović s Oceanografskog instituta.

Predloženi interdisciplinarni studij biofizike ima vrlo dobar potencijal za poticanje suradnje između

sastavnica sveučilišta, istraživačkih instituta i biotehnoloških ili farmaceutskih tvrtki. Vjerujemo da će kroz 5 do 10 godina postojati rutinska suradnja PMF-a u Splitu, Instituta «Ruđer Bošković» u Zagrebu, Medicinskih fakulteta u Splitu i Zagrebu, PMF-a u Zagrebu, MedILS instituta u Splitu, Oceanografskog instituta u Splitu, i neke farmaceutske tvrtke kao što je PLIVA na projektima razvoja i patentiranja antibiotika i drugih lijekova, koji će početni poticaj dobiti upravo kroz kreativnu suradnju nastavnika i studenata predloženog poslijediplomskog studija biofizike.

Usporedba sa sličnim studijskim programima koje nude poznata strana sveučilišta.

Programe slične predloženom programu lakše je naći u SAD nego u zemljama Europske unije, jer i Europa nešto zaostaje za Amerikom u uvođenju interdisciplinarnih doktorskih studija, kao što je studij biofizike. Predloženi program studija u skladu je s reformom III. ciklusa Bolonjske deklaracije koja potiče stvaranje interdisciplinarnih doktorskih studija u Europi prema uzoru najboljih takvih studija u SAD. Ipak, takvi kvalitetni programi postoje ne samo u Engleskoj i Njemačkoj, nego i u manjim Europskim državama kao što je Danska, Irska, Portugal ili Slovenija. Potrebno je istaknuti da se većina takvih programa razlikuje od predloženog programa po tome što su to najvećim dijelom programi eksperimentalnih istraživanja iz biofizike. To je i za očekivati, jer je biofizika u svijetu uglavnom znanost posvećena eksperimentima. Zbog toga je i normalno da se u doktorski studij biofizike često ulazi nakon diplome ili magisterija iz biokemije. Studenti jednostavno nastavljaju raditi sa sustavima koji su im već vrlo dobro poznati (biomakromolekule ili određeni tipovi stanica), samo što nauče primjenjivati nove biofizikalne metode, matematičko modeliranje i drugačiji način razmišljanja o problemima koji je više karakterističan za fizičare. Predloženi studij je za sada koncentriran na modeliranje bio-sustava, ali će u dogledno vrijeme (do 3-4 godina) dobiti sve važniju eksperimentalnu komponentu, koja je naravno neophodna da bi se ostvarila predviđena suradnja s Medicinskim fakultetima, istraživačkim institutima i farmaceutskim tvrtkama.


7

1.2. Dosadašnja iskustva u provođenju odgovarajućih ili sličnih programa

U skladu s Bolonjskom reformom naš je fakultet ponudio Diplomski studij fizike s raznim usmjerenjima, između kojih je i dvogodišnji studij biofizike. Taj prijedlog studija dobio je pozitivne recenzije, tako da je Diplomski studij fizike započeo u školskoj godini 2005/2006. Rad na profiliranju usmjerenja biofizika donio nam je vrijedna iskustva i kontakte s biofizičarima unutar i izvan Hrvatske, koja su pomogla i u izradi prijedloga doktorskog studija iz biofizike. Institut «Ruđer Bošković» u Zagrebu ima već dugu tradiciju ne samo u istraživanjima iz različitih područja biofizike nego i u dodiplomskoj i poslijediplomskoj nastavi iz biofizike koju bi u Hrvatskoj teško bilo zamisliti i izvesti bez sudjelovanja stručnjaka s IRB-a.

U početnom razdoblju Studij bi neposredno vodilo Povjerenstvo redovitih profesora Sveučilišta u Splitu: D. Juretić (PMF-Split) i V. Svetličić (IRB), voditelji Povjerenstva, S. Marčelja (PMF u Splitu), A. Graovac (IRB i PMF u Splitu) i D. Eterović (Medicinski fakultet u Splitu), članovi Povjerenstva. Prof. Graovac je s 50% radnog vremena zaposlen na Institutu «Ruđer Bošković» (IRB), a s 50% na našem fakultetu. S vremenom bi u ovo povjerenstvo ušli dodatni stručnjaci s IRB-a, zainteresirani za istraživanja i nastavu iz biofizike, a i stručnjaci s MedILS instituta u Splitu koje zanima biofizika.. Prof. D. Juretić je nakon doktorata iz biofizike u SAD publicirao teorijske i eksperimentalne radove iz biofizike, fizike, bioenergetike, mikrobiologije i bioinformatike. Profesor S. Marčelja najpoznatiji je hrvatski biofizičar, s više od 5000 citata radova i s izvrsnim kontaktima s biofizičarima u zemlji i u svijetu. Prof. A. Graovac pokazao je u svojih 110 istraživačkih radova da ima zavidno iskustvo u kreativnim interdisciplinarnim istraživanjima koja povezuju fiziku, kemiju, biologiju i matematiku. Prof. D. Eterović vrhunski je stručnjak za medicinske primjene biofizike. Dr. V. Svetličić predsjednik je Hrvatskog biofizičkog društva i renomirani biofizičar. Nedavno uvedeni parametar iskazivanja međunarodne prepoznatljivosti znanstvenika, tzv. h-broj, za članove predloženog povjerenstva je redom: 36 (S. M.), 16 (V. S.), 15 (A. G.), 13 (D. J), 7 (D. E.) (h-broj je maksimalni broj od h članaka nekog znanstvenika koji svi imaju h ili više citata).

1.3. Otvorenost studija prema pokretljivosti studenata

Svi predloženi predmeti mogu se održavati i na engleskom jeziku, što će omogućiti participaciju stranih studenata kojima hrvatski jezik nije materinji jezik. Studij će biti otvoren svim studentima koji su diplomirali neku prirodnu znanost u bilo kojoj Europskoj zemlji, uključujući naravno i nama susjedne zemlje. Dosljedno uvođenje bodovanja prema ECTS sustavu poticat će pokretljivost studenata. Bitna je želja studenta da se bavi biofizikom, dobre ocjene iz prethodnog studija i na neki način pokazana sklonost prema istraživačkom radu. Našim studentima bit će otvoreni laboratoriji kolega biofizičara u Europi, SAD i Australiji, s kojima već imamo dogovorenu suradnju. Od njih će se i očekivati da jedan dio studija provedu u nekom inozemnom laboratoriju. Takvi prethodni dogovori o razmjeni/pokretljivosti studenata postignuti su s prof. dr. Milanom Brumenom (Maribor, Slovenia) prof. dr. Alexom Tossijem (Trst, Italija), dr. Roderickom Dewarom (Bordeaux, Francuska), prof. dr. Borisom Martincem (Australija), dr. Gordanom Kilićem (SAD), a i s drugim kolegama.


8

1.4. Mogućnost uključivanja studija ili njegovog dijela u zajednički (združeni) program s inozemnim sveučilištima.

Uspostavili smo kontakte s više kolega biofizičara na stranim sveučilištima koji su spremni pomoći u izvedbi našeg studijskog programa (vidi prethodni paragraf o pokretljivosti studenata). Većina je zainteresirana pomoći nam i u nastavi i u istraživačkom radu. Također, većina od tih kolega spremna je primiti naše studente u svoj laboratorij na ograničeni vremenski rok, od nekoliko mjeseci do godinu dana. Svi su spomenuti kolege na stranim sveučilištima spremni povremeno dolaziti do Splita radi istraživačkih seminara, radionica, konferencija, te nastavne i znanstvene suradnje. Smatramo da bi takva praksa značajno proširila nastavno i istraživačko iskustvo naših studenata i smanjila troškove studija. Za kolege s nekih sveučilišta, kao što je Sveučilište u Mariboru, Slovenija (prof. dr. Milan Brumen) i Sveučilište u Trstu, Italija (prof. dr. Alex Tossi) već postoji formalni sporazum o suradnji u nastavi, istraživanjima, razmjeni nastavnika i studenata. Kao primjer navodimo “Sporazum o suradnji na neodređeno vrijeme”, koji su prije 8 godina sklopili rektor prof. dr. Petar Slapničar za Sveučilište u Splitu i rektor prof. dr. Ludvik Toplak za Sveučilište u Mariboru. Sličan sporazum o suradnji Sveučilišta u Splitu postoji i s drugim sveučilištima u susjednim zemljama i neke od tih sporazuma o međunarodnoj znanstveno-nastavnoj suradnji naš je fakultet već koristio (Sveučilište u Moliseu, Italija). Takve sporazume sa sveučilištima u raznim EU zemljama namjeravamo iskoristiti za privlačenje studenata i za nalaženje dodatnih kolega-partnera u istraživanju i nastavi iz biofizike. Kada takvi među-sveučilišni sporazumi ne postoje, to nije prepreka za suradnju, jer već imamo mnogo primjera diplomiranih studenata iz Splita koji na ograničeni rok rade u laboratorijima istraživača u stranim zemljama (uglavnom hrvatskog porijekla), dobivajući tako vrlo vrijedno nastavno iskustvo i dovoljno zanimljivih novih rezultata s kojima mogu lakše završiti rad na doktorskoj tezi. Medicinski fakultet iz Splita s uspjehom koristi takvu praksu već duže vrijeme. Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i kineziologije također će omogućiti takvu razmjenu studenata i nastavnika na kvalitetnim istraživačkim i nastavnim programima rada.

U svakom slučaju, ponuđeni doktorski studij mora u dogledno vrijeme postati lako prepoznatljiv internacionalni europski studij koji će se dobrim dijelom odvijati u vrlo privlačnim lokacijama u Hrvatskoj kao što su Zagreb (IRB) i Split (PMF i MedILS). Burzu potencijalnih mentora za ovaj studij i tema koje su oni ponudili na izradu doktorske disertacije (vidi 4.3) bilo bi moguće organizirati u okviru neke od ljetnih škola na obali Jadrana, o čemu će se nastojati postići dogovor s organizatorima tih škola.


9

1.5. Ostale informacije o ponuđenom programu studija

Vrlo je važno svojstvo predloženog studija iz biofizike da se omogućuje upis na studij, nakon položene odgovarajuće grupe razlikovnih kolegija (matematike i fizike za biologe, te biokemije i molekularne biologije za fizičare) diplomiranim studentima iz različitih polja prirodoslovlja. Potrebni razlikovni kolegiji određivat će se individualno za svakog studenta. Završeni studenti dobit će jednakovrijedan doktorat iz biofizike. Držimo da je ovo svojstvo karakteristika predloženog studija od ključne važnosti za razvoj modernih interdisciplinarnih studija u našoj zemlji (kao što su biofizika i bioinformatika) jer se interdisciplinarnost potiskuje i gubi ako se i dalje zadržava dosadašnja praksa da se znanost poput biofizike smatra isključivo granom fizike. Smatramo da i titula koju student dobije nakon obrane doktorskog rada treba glasiti „Doktorat iz prirodoslovlja, biofizika“. Drugim riječima, držimo da bi Hrvatska trebala što prije, osim tradicionalnih znanstvenih polja prirodoslovlja fizike, kemije i biologije, ravnopravno prihvatiti i interdisciplanarne grane znanosti kao što su biokemija, biofizika ili bioinformatika. Isto tako dobra alternativa bila bi prihvatiti biofiziku kao jedno od mogućih usmjerenja (područja) za poslijediplomski studij ne samo u okviru fizike nego i drugih relevantnih znanosti kao što su biologija i medicina. Tada bi titula koju studenti dobiju nakon obrane doktorskog rada mogla uzimati u obzir i njihov diplomski studij. Diplomirani fizičar nakon obrane doktorata iz biofizike dobio bi titulu: «Doktor fizike: biofizika i biomedicina ». Diplomirani biolog nakon obrane doktorske disertacije iz biofizike bio bi: «Doktor biologije: biofizika».....Bilo da se prihvati prvi ili drugi prijedlog biofizika u Hrvatskoj bila bi prihvaćena kao ravnopravna između drugih prirodnih znanosti.

Diplomirani studenti, koji već imaju specijalizaciju iz biofizike neće trebati polagati razlikovne kolegije. To će biti slučaj za završene studente našeg 3+2 programa studija fizike u Splitu s biofizikalnom orijentacijom. Taj program studija, koji je potpuno u skladu s Bolonjskom reformom, već je prihvaćen. Preklapanje Diplomskog studija fizike s orijentacijom biofizika i predloženog Doktorskog studija biofizike postoji samo u nekim kvalitetnim izbornim kolegijima, koji su po svom naprednom karakteru mogli ući i u lepezu ponuđenih izbornih kolegija na Doktorskom studiju biofizike. Kako imamo veliki broj ponuđenih izbornih kolegija, diplomirani studenti našeg 3+2 programa, koji se odluče nastaviti sa studijem biofizike do doktorata, lako će izabrati izborne kolegije koje još nisu slušali.

Važno je napomenuti da su ova dva programa studija iz biofizike međusobno potpuno neovisna. Biofizikalna orijentacija (dvije godine) u okviru petogodišnjeg studija fizike do magisterija ne može započeti prije školske godine 2007/2008 ili 2008/2009. To znači da diplomirani studenti fizike s biofizikalnom orijentacijom ne mogu upisati ponuđeni doktorski studij biofizike prije školske godine 2009/2010. Međutim, ponuđeni Doktorski studij biofizike može početi već u školskoj godini 2006/2007, naravno, ukoliko bude odobren i ako studenti pokažu zanimanje za taj studij.


10

2. Opći dio

Naziv Doktorski studij iz biofizike Znanstvena područja, polja i grane

Područje: interdisciplinarno iz prirodnih znanosti Polja: fizika, biologija, medicina Grana: biofizika i biomedicina Predlagač Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i

kineziologije, Sveučilište u Splitu

Nositelji

Izvođači Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i kineziologije, Sveučilište u Splitu, Institut «Ruđer Bošković» u Zagrebu

Trajanje 3 godine (maksimalno 4 godine) ECTS 180 Institucijska strategija razvoja

Razvoj doktorskih programa s posebnim naglaskom na interdisciplinarne kolaborativne programe studija (strategija Fakulteta prirodoslovno matematičkih znanosti i kineziologije Sveučilišta u Splitu i Instituta Ruđer Bošković u Zagrebu). Veća mobilnost doktorskih studenata na nacionalnoj i međunarodnoj razini osigurat će se i kroz široku međunarodnju suradnju uz obavezno uvođenje ECTS kreditnog sustava. Članovi predloženog povjerenstva ovog studija: Davor Juretić, Vesna Svetličić, Stjepan Marčelja, Ante Graovac i Davor Eterović visoko su citirani i produktivni znanstveni radnici, koji stalno objavljuju radove iz biofizike i iz graničnih područja fizike, biokemije i medicine u vrlo kvalitetnim časopisima. Svi su oni voditelji i suradnici na dosadašnjim kao i na predloženim projektima i programima interdisciplinarnih istraživanja iz biofizike.

Inovativnost doktorskog programa

Interdisciplinarnost i široka suradnja s istraživačkim i akademskim institucijama u Splitu, u Hrvatskoj, i u inozemstvu. Moguć je ulaz u ovaj doktorski program iz različitih prirodnih znanosti a ne samo iz fizike.

Uvjeti za upis Magisterij u nekoj od prirodnih znanosti ili odgovarajući petogodišnji diplomski studij. Pokazana sklonost prema istraživačkom radu. Pozitivan ishod izbora kandidata od strane Povjerenstva studija.


11

Upis u prvu godinu doktorskog studija uključuje sljedeće dokumente/izjave:

- obrazac sveučilišta za upis na doktorski studij - dvije preporuke priznatih stručnjaka - pismenu izjavu o razlozima za upis na doktorski studij (opis svog

znanstvenog interesa, razlog odabiranja biofizike za doktorski studij, planovi u budućnosti (do dvije stranice teksta) )

- službeni prijepis ocjena (magistarska diploma (M.Sc.) ili završen petogodišnji sudij iz biologije, fizike, kemije, informatike ili medicine)

- u pravilu, prosjek ocjena u tijeku studija mora biti najmanje 4.0 - razgovor s nekoliko članova Povjerenstva - održano kratko predavanje - objavljeni znanstveni radovi u međunarodnim časopisima i/ili

posteri na međunarodnim konferencijama Studenti se biraju putem javnog natječaja i analize gore navedenih dokumenata/izjava od strane Povjerenstva za ovaj studij. Ako neki od gore navedenih dokumenata (recimo prosjek niži od 4.0) nisu najpovoljniji Povjerenstvo zadržava sebi pravo da uzme u obzir druge dokumente koji su povoljniji po kandidata (recimo jake preporuke priznatih stručnjaka ili već objavljene radove).

Kompetencije koje se stječu završetkom studija

Učinkovit doktorski studij visoke međunarodne kvalitete, kao što je predloženi studij biofizike, osigurava završenim studentima prednost prilikom zapošljavanja u obrazovnim, medicinskim, farmaceutskim i biotehnološkim ustanovama kao i u istraživačkim institutima koji trebaju široko obrazovane mlade stručnjake vične istraživačkom radu. Stečene kompetencije omogućit će post-doktorsko usavršavanje bilo gdje u svijetu, međutim, organizatori ovog studija dat će prednost usavršavanju kod voditelja laboratorija s kojima je postignut dogovor o takvom usavršavanju, uz osigurane uvjete zaposlenja i istraživačkog rada u zemlji nakon povratka tih stručnjaka.

Akademski naziv koji se stječe završetkom studija

Doktor znanosti (dr. sc.), ekvivalent Ph.D. U diplomi će pisati da se dodjeljuje doktorat znanosti kao priznanje za završen doktorski studij iz biofizike, a iz popratnih dokumenata vidjet će se iz kojeg je polja znanosti (fizike, kemije, biologije, biomedicine) doktorski student ušao u napredni studij biofizike.


12

3. Opis programa

3.1. Struktura i organizacija doktorskog programa

Studij u punom radnom vremenu, ne računajući eventualnu pripremnu godinu u slučaju da student treba slušati veći broj razlikovnih kolegija, završava nakon najviše četiri godine studija. Studij s dijelom radnog vremena završava nakon najviše sedam godina studija.

Velika većina ponuđenih predmeta izravno vodi prema istraživanjima na doktorskom studiju biofizike. Postoje ipak i neki opći obvezni i izborni predmeti u kojima studenti mogu naučiti standardne moderne eksperimentalne tehnike u biofizici, biomedicini i molekularnoj biologiji. Izbor ponuđenih predmeta napravljen je i s obzirom na međunarodni ugled kolega koji nude te predmete i s obzirom na relevantnost za biofiziku. Naš je cilj bio ponuditi predmete, čiji nositelji imaju dobro razvijenu međunarodnu suradnju, ambiciozni istraživački projekt i jednu ili više istraživačkih tema pogodnih za izbor teme doktorskog rada. Drugim riječima svaki naš nositelj obveznog ili izbornog kolegija može biti i mentor za izradu doktorskog rada. Shodno tome, od svih voditelja predmeta, bilo da se radi o obveznim ili izbornim predmetima, zatražili smo da ponude najmanje jednu istraživačku temu koja bi mogla voditi prema kvalitetnom doktoratu. Lista voditelja predmeta i istraživačkih tema koje su ponudili stavit će se na raspolaganje studentima odmah na početku studija, kako bi im olakšali odluku kojeg istraživača žele izabrati kao mentora. U poglavlju 4.3 lista je onih nastavnika/istraživača koji su već priložili naslove mogućih tema za izradu doktorskog rada koje bi oni mogli voditi. Povjerenstvo studija imat će obavezu potvrditi svakog potencijalnog mentora.

Interdisciplinarnost većine ponuđenih predmeta i čitavog studijskog programa nije samo formalne prirode, nego je prirodna posljedica kreativnog povezivanja fizike, biologije, kemije, medicine, matematike, informatike i okoliša, uvijek s ciljem boljeg razumijevanja bioloških procesa i struktura na svim razinama organizacije .

Od nastavnika koji drže obvezne predmete tražit će se da postave što veći dio svojih predavanja na internetske stranice dostupne upisanim studentima. To će olakšati studij svim studentima, a posebice part-time studentima, koji neće biti uvijek u mogućnosti pohađati redovitu nastavu. Potaknut će se i moderni koncept daljinske nastave tako da će s vremenom studij moći upisati part-time studenti, koji žive i rade daleko od Splita ili Zagreba. Oni bi imali obvezu doći do Splita (PMF) ili Zagreba (IRB) jednom ili dvaput godišnje kako bi sudjelovali u intenzivnom programu istraživačkih radionica (workshop-a) i eksperimenata.


13

3.2. Popis obveznih, izbornih i razlikovnih predmeta

I. semestar: obvezni predmeti

Kod Naziv predmeta Nastava * P+S+V+L

ECTS

Eksperimentalne metode fizike u biofizici (A. Bilušić, D. Juretić, V. Svetličić, M. Kveder, B. Rakvin, G. Pifat, G. Baranović, J. Brnjas-Kraljević, I. Weber, D. Vikić-Topić)

12+4+0+30 10

Biofizika stanice I (I. Weber i I. M. Tolić-Norrelykke 15+5+0+5 6 Izborni predmet I 6 Istraživački rad iz biofizike 8UKUPNO: 30* P = predavanja, S = seminar,V = vježbe,L = laboratorijske vježbe.

I. semestar: izborni predmeti


ECTS

Repeticije višeg reda u humanom genomu (V. Paar) 20+5+10+15 6 Struktura i dinamika molekula, spektroskopija i simulacije (F.

Sokolić) 30+0+15+15 6

Neravnotežna termodinamika (P. Županović) 30+0+30+0 6 Primjena zračenja u radioterapijskoj onkologiji (M. Vrtar) 20+15+0+0 6 Fizičko-kemijski temelji radiobiologije (D. Ražem) 24+6+6+0 6 Multifaktorske statističke metode u biomedicini (D. Eterović) 12+0+0+16 6 Fizika DNK, kromatina i virusa (R. Podgornik) 20+0+20+0 6 Molekularna genetika (J. Terzić) 24+10+0+12 6 Mikroorganizmi i okoliš (N. Krstulović) 30+0+0+30 6 Modeli i metode u strukturnoj bioinformatici(B. Lučić) 15+5+15+0 6 Istraživački rad iz biofizike 0+6+0+20 6* P = predavanja, S = seminar, V = vježbe, L = laboratorijske vježbe.


14

II. semestar: obvezni predmeti


ECTS

Modeliranje biomakromolekula i njihovih kompleksa (S. Tomić i A. Graovac) ili Bioinformatika, biofizika i bioenergetika membranskih proteina (D. Juretić)

26+6+12+6

20+5+10+10

8

8 Izborni predmet II 6 Istraživanja iz biofizike 8 do 12 Sudjelovanje na međunarodnoj ljetnoj školi 4 do 8 UKUPNO: 30* P = predavanja, S = seminar, V = vježbe, L = laboratorijske vježbe.

II. semestar: izborni predmeti


ECTS

Metode u molekularnoj biologiji i medicini (A. Ambriović-Ristov)

0+0+0+30 6

Teorija i eksperiment u izučavanju procesa smatanja proteina (B. Žagrović)

20+6+0+10 6

Primjene principa maksimalne proizvodnje entropije u fizici i biologiji (R. Dewar, P. Županović, S. Botrić, D. Juretić, S. Marčelja..)

5+5+0+10 6

Fizika medicinske dijagnostike (D. Eterović) 7+8+0+15 6 Biofizika stanice II (G. Kilić) 20+0+10+0 6 Matematičko modeliranje bioloških procesa; Odabrane teme

(M. Brumen) 6

Struktura i interakcije u polielektrolitima: osnove teorije i eksperimentalna provjera (Silvija Tomić)

6

Signalizacija u mozgu (V. Parpura) 10+5+0+0 6 Temelji neuroznanosti (Z. Đogaš) 10+15+0+15 6 Metode funkcionalnog oslikavanja mozga (S. Supek) 20+15+0+10 6 Nanofizika i nanotehnologija (H. Lutz) 20+10+10+0 6 Termodinamika i statistička mehanika vodenih otopina (F.

Sokolić) 15+0+0+15 6

Modeli i metode u strukturnoj bioinformatici(B. Lučić) 15+5+15+0 6 Biomehanika (M. Dželalija) 20+0+0+10 6 Istraživački rad iz biofizike 6* P = predavanja, S = seminar, V = vježbe, L = laboratorijske vježbe.


15

Razlikovni kolegiji

Učinkovit znanstveni rad u interdisciplinarnom području biofizike – bioznanosti zahtijeva osnovna znanja iz fizike, kemije i biologije.

Stoga se studentima koji žele interdisciplinarno raditi u prirodnim znanostima preporuča što ranije planirati stjecanje takvih znanja. Za studente fizike to znači upis osnovnih kolegija biokemije i molekularne biologije, dok će studenti biologije trebati proširiti znanje u području fizike (što uključuje i prateću osnovu iz matematike).

Razlike u potrebnom znanju mogu se najlakše savladati upisom odgovarajućih kolegija tijekom ranijih faza studija na sveučilištima s kojih student dolazi na doktorski studij biofizike. Voditelji doktorskog studija biofizike preporučuju tu praksu i rado će razgovarati s potencijalnim studentima da im pomognu pri izboru. Za one studente koji to nisu ranije uradili, predviđena je mogućnost da nedostatna znanja steknu upisom razlikovnih kolegija prije početka doktorskog studija ili tijekom prve godine studija.

Kao primjer, u slijedećoj tablici navedeni su kolegiji koji su ponuđeni na Sveučilištu u Splitu. Nekoliko od kolegija u tablici razmjerno su specijalizirani, i bit će zanimljivi samo studentima koji planiraju istraživački rad koji zahtijeva slična znanja. Slični kolegiji mogu se pratiti i u Zagrebu ili drugdje.

Razlikovni kolegiji koji će se obvezno tražiti uključuju samo osnove fizikalnih ili bioloških znanosti, i moguću potrebu za polaganjem tih predmeta utvrdit će povjerenstvo studija u dogovoru sa studentom.

Primjer: Razlikovni kolegiji koji se mogu upisati u Splitu

Razlikovni predmeti u neparnom (zimskom) semestru *

Kod Naziv predmeta Nastava ** P+S+V+L

ECTS

Modeliranje u kemiji (A. Graovac) 20+0+10+10 6 51PMP105 Matematika III (Lj. Dedić) 45+0+45+0 9PMT010 Osnove elektronike I (V. Papić) 30+0+15+0 4PMI003 Programiranje I (S. Stankov) 15+30+30+? 6PMP114 Statistička fizika (S. Kilić) 30+15+15+0 5PMP246 Molekularna genetika (J. Terzić) 24+10+0+12 6KTA201 Organska kemija (J. Mastelić) 60+15+0+45 10PMC115 Biokemija I (M. Pavela-Vrančić) 30+0+15+0 6PMP149 Fizikalna kemija I (I. Tominić) 30+0+15+0 6PMB010 Biologija stanice (N. Bezić) 30+0+0+15 4PMP274 Molekularno modeliranje (S. Tomić) 15+0+15+0 6* Predmeti se upisuju na prirodoslovno-matematičkim fakultetima u dogovoru s Povjerenstvom doktorskog studija biofizike. U ovoj Tablici prikazana je ponuda u Splitu. ** P = predavanja, S = seminar, V = vježbe, L = laboratorijske vježbe.


16

Razlikovni predmeti u parnom (proljetnom) semestru *

Kod Naziv predmeta Nastava ** P+S+V+L

ECTS

PMP072 Programiranje u struci 30+0+30+0 5PMM113 Matematika IV (T. Vučićić) 30+0+30+0 6PMP110 Klasična mehanika I (Ž. Antunović) 30+0+15+0 4PMP116 Kvantna fizika I (S. Kilić) 30+15+15+0 6PMC116 Biokemija II (M. Pavela-Vrančić) 30+0+15+0 6PMB068 Molekularna biologija (J. Puizina) 30+0+0+15 6PMP167 Život i fizički okoliš (M. Šolić) 2* Predmeti se upisuju na prirodoslovno-matematičkim fakultetima u dogovoru s Povjerenstvom doktorskog studija biofizike. U ovoj Tablici prikazana je ponuda u Splitu. ** P = predavanja, S = seminar, V = vježbe, L = laboratorijske vježbe.


17

III. semestar: obvezni predmeti


ECTS

Istraživački rad iz biofizike (prema predloženim temama za doktorska istraživanja u biofizici – vidi Poglavlje 4.3)

0+0+0+10 26

Interdisciplinarni seminari i tečajevi iz bio-znanosti (M. Radman, J. Peter-Katalinić, N. Ban, B. Žagrović, R. Dewar, A. Tossi, D. Pavuna, S. Vuk-Pavlović, Ž. Bajzer, B. Martinac, J. Herak, B. Pifat, L. Forro, Z. Bačić, I. Štagljar, I. Đikić, D. Krajinc, G. Kilić, R. Podgornik, A. Parsegian, M. Brumen, V. Parpura, N. Juranić, M. Randić, J. Wolfe, ...) (organizatori S. Marčelja i D. Juretić)

0+10+0+0 4

UKUPNO: 30* P = predavanja, S = seminar, V = vježbe, L = laboratorijske vježbe.

IV. semestar: obvezni predmeti

Kod Naziv predmeta Nastava *

P+S+V+L

ECTS

Istraživački rad iz biofizike i studentski seminari (prema predloženim temama za doktorska istraživanja u biofizici – vidi Poglavlje 4.3). Seminar studenta o istraživačkom radu na temi koju je student u dogovoru s mentorom izabrao za izradu doktorskog rada.

0+5+0+10 26

Interdisciplinarni seminari i tečajevi iz bio-znanosti (M. Radman, J. Peter-Katalinić, N. Ban, B. Žagrović, R. Dewar, A. Tossi, D. Pavuna, S. Vuk-Pavlović, Ž. Bajzer, B. Martinac, J. Herak, B. Pifat, L. Forro, Z. Bačić, I. Štagljar, I. Đikić, D. Krajinc, G. Kilić, R. Podgornik, A. Parsegian, M. Brumen, V. Parpura, N. Juranić, M. Randić, J. Wolfe ...) (organizatori S. Marčelja i D. Juretić)

0+10+0+0 4



18

V. semestar: obvezni predmeti


P+S+V+L

ECTS

Istraživački rad i rad na izradi doktorata u kojemu studenta vodi izabrani mentor

0+0+0+10 24

Seminar studenta o istraživačkom radu studenta i prvi seminar o predloženoj temi doktorske disertacije

0+10+0+0 6


VI. semestar: obvezni predmeti


P+S+V+L

ECTS

Istraživački rad i rad na izradi doktorata u kojemu studenta vodi izabrani mentor

0+0+0+10 24

Dva seminara studenta o rezultatima istraživačkog rada na doktorskoj tezi studenta i obrana doktorske disertacije.

0+10+0+0 6



19

3.3. Obvezatne i izborne aktivnosti

Doktorski studij fokusira se na izobrazbu studenata za izvođenje originalnih i nezavisnih istraživanja u izabranom polju rada. Obvezni i izborni predmeti ograničeni su na 36 ECTS (od ukupno 180 ECTS), što iznosi 1/5 od ukupnog broja potrebnih kredita. Od tih je predmeta 61% u prvom semestru studija. Za posebno napredne studente, koji mogu u dogovoru s Povjerenstvom za ovaj studij odmah uzeti veće istraživačke obaveze na račun izbornih predmeta, nastavno se opterećenje reducira na 30 ECTS (ako uzmu samo jedan izborni kolegij) ili na svega 24 ECTS (ako ne uzmu nijedan izborni kolegij). U ovom posljednjem slučaju nastavno opterećenje iznosilo bi samo 13% , a istraživački rad 87% od ukupnog broja kredita tijekom studija. Ukoliko student želi upisati jedan ili više izbornih predmeta više od potrebnog nastavnog opterećenja Povjerenstvo studija može i to odobriti.

Svi su ponuđeni predmeti jednosemestralni osim predviđenih interdisciplinarnih seminara i tečajeva koji se mogu slušati tijekom cijele godine u trećem i četvrtom semestru studija. Eksperimentalne metode fizike u biofizici predmet je koji je podijeljen u dva modula teorijski (4 ECTS) i praktični (6 ECTS). Praktični dio tog predmeta izvodit će grupa istraživača u laboratorijima na Institutu “Ruđer Bošković” u Zagrebu. Studenti ukupno slušaju 4 obvezna i 2 izborna predmeta, s tim da je obvezni predmet u drugom semestru zapravo izbor između dva predmeta, a obvezni predmet u drugoj godini studija predstavlja veći broj interdisciplinarnih seminara kurseva i radionica. Umjesto jednog ili dva izborna predmeta napredni studenti mogu izabrati istraživački rad. Fleksibilnost izbora vrlo je velika za izborne predmete. Trenutačno su u nacrtu studija ponuđena čak 26 izborna predmeta. Povjerenstvo studija imat će mogućnost dozvoliti studentima upis nekog od izbornih predmeta koji sada nije u priloženoj listi, bilo zbog toga što će se uzeti u obzir u međuvremenu postignuti dogovor oko tih predmeta s drugim fakultetima ili sveučilištima, ili zbog toga što će se pojaviti nova ponuda vrlo zanimljivih i kvalitetnih predmeta za studente biofizike.

Aktivno sudjelovanje na konferencijama i ljetnim školama obavezno je za studente pri kraju drugog semestra studija i donosi im četri do osam ECTS ovisno o duljini trajanja škole i intezivnosti sudjelovanja studenta u znanstvenom radu škole (posteri, okrugli stolovi, usmena prezentacija istraživačkih rezultata). U dogovoru s organizatorima Međunarodne ljetne škole iz biofizike u Rovinju (G. Pifat, Mrzljak, J. Brnjas-Kraljević) studenti će za aktivno sudjelovanje u toj školi (s posterom) dobiti 8 ECTS. U dogovoru s organizatorima Ljetne škole MedILSa u Splitu studenti će za aktivno sudjelovanje u toj školi (s posterom) dobiti 5 ECTS. Kada student dobije više ECTS bodova za ljetnu školu, smanjuje mu se broj bodova za istraživački rad. Moguće kombinacije u drugom semestru su: 4 ECTS za školu, 12 ECTS za istraživanje; 5 ECTS za školu, 11 ECTS za istraživanje; 6 ECTS za školu, 10 ECTS za istraživanje; 7 ECTS za školu, 9 ECTS za istraživanje; 8 ECTS za školu i 8 ECTS za istraživanje.

Napredne seminare te kratke tečajeve i radionice u drugom i trećem semestru uglavnom će voditi ugledni fizičari, biofizičari i molekularni biolozi iz zemlje i inozemstva. Seminari će biti javno oglašeni više mjeseci unaprijed, tako da će se studenti moći pripremiti. Od studenata će se očekivati da postavljaju pitanja iz kojih će biti vidljiv i njihov interes i dublje razumijevanje problema. Od nastavnika interdisciplinarnih bio-seminara očekivat će se da budu na raspolaganju studentima taj tjedan dana u Splitu, dok traju seminari. Tijekom četvrtog semestra od studenata će se očekivati da i sami održe jedan ili više seminara o izabranom istraživačkom problemu, koji ne mora nužno biti u neposrednoj vezi s izabranom temom doktorske disertacije. Kroz treću godinu studija studenti će održati još najmanje tri dodatna istraživačka seminara, iz kojih će se vidijeti koliko dobro napreduju u istraživanjima na izabranoj temi doktorske disertacije. Zadnji od tih seminara bit će sama obrana doktorske teze.


20

Tijekom doktorskog studija od studenata se očekuje i da nauče opisivati svoje rezultate istraživanja u obliku najmanje jednog znanstvenog rada namijenjenog relevantnom časopisu visokog faktora odjeka i kvalitetnog postupka recenzije. Student će pripraviti prvu verziju rada i usko surađivati s mentorom kroz nekoliko ciklusa kritike, poboljšavanja i skraćivanja rada bez gubitaka u jasnoći rada. U pravilu bi rad studenta kao prvog autora trebao biti prihvaćen i objavljen u dobro poznatom međunarodnom CC časopisu, prije obrane doktorske disertacije. Prihvaćeni ili objavljeni radovi studenta, koji su izrađeni u tijeku doktorskog studija, svakako će olakšati i ubrzati predviđeni postupak obrane doktorske disertacije.


21

3.4. Opis svakog predmeta i/ili modula

Obvezni kolegiji

Naziv predmeta Eksperimentalne metode fizike u biofizici

Kod

Vrsta Obavezni

Razina Doktorski studij, temeljni

ECTS (uz odgovarajuće obrazloženje)

10 ECTS

Nastavnik Goran Baranović, Ante Bilušić, Davor Juretić, Boris Rakvin, Vesna Svetličić, Dražen Vikić-Topić, Igor Weber

Kompetencije koje se stječu

Razumijevanje teorijske pozadine eksperimentalnih metoda koji se koriste u biofizici. Uporaba eksperimentalnih uređaja u biofizici kao i razumijevanje i interpretacija eksperimentalnih podataka. Studenti će biti upoznati sa novim fizikalnim metodama i instrumentima koji se na institutu “Ruđer Bošković” u Zagrebu koriste za istraživanja u biofizici. Odabrani biofizikalni eksperimenti izvršit će se u laboratorijima nastavnika ovog kolegija.

Preduvjeti za upis

Nema preduvjeta

Sadržaj Teorijski uvod u odabrana poglavlja spektroskopije (nuklearna magnetska rezonancija; elektronska paramagnetska rezonancija; röntgenska, vidljiva, infracrvena, ultraljubičasta, Raman, fluorescentna, masena spektroskopija, te spektroskopija s ionskom mobilnošću); Biofizika i nanotehnologija; Biofizika i bioenergetika. Metode mjerenja biopotencijala i protonske sile u bioenergetici. Eksperimentalni dio. Pet eksperimentalnih modula ovog kolegija pokrivaju spektroskopske metode: elektronska paramagnetska rezonancija (EPR), nuklearna magnetska rezonancija, infracrvena spektroskopija, mikroskopija u vidljivom području svjetla i spektroskopija atomskih sila (AFM). EPR teme: Manipulacija spinskim stanjima u eksperimentu; Snimanje EPR spektara na principu kontiuiranog vala i u impulsnom modu; EPR metodologija u biofizici – spinske probe, spinske stupice, paramagnetski defekti FT IR: spektroskopija vodenih smjesa Svetlosna mikroskopija: Osnove optike svjetlosnog mikroskopa. Specijalne metode moderne svjetlosne mikroskopije. Laserska pretražna konfokalna mikroskopija. Uvod u digitalnu obradu slika. Trodimenzionalno predočenje prostornih raspodjela flourescencije. Odabrane metode biofotonike.


22

AFM oslikavanje živih stanica, biomolekula i gel faze.

Preporučena literatura Theory

B. Nölting: Methods in Modern Biophysics, Springer Verlag, 2004

Electron paramagnetic resonance

L.J. Berliner: Spin labeling, The next millenium, Plenum Press 1998.

Infrared and Raman Spectroscopy

J. M. Hollas: Modern spectroscopy, John Wiley & Sons, Chicester, 2004. Light microscopy Douglas B. Murphy, Fundamentals of light microscopy and electronic imaging, Wiley-Liss, Inc., 2001. Atomic Force Microscopy B. Nölting: Methods in Modern Biophysics, Springer Verlag, 2004 (selected chapters). Santos, N.C. & M.A. Castanho (2004). An overview of the biophysical applications of atomic force microscopy. Biophys Chem 107(2), 133-149.

Dopunska literatura Theory

A. Carrington, A. McLachlan: Introduction to magnetic resonance, Harper and Row, 1978.

C. Slichter, Principles of Magnetic resonance, Springer, 1996.

J. R. Lakowicz, Principles of fluorescence Spectroscopy, Plenum Press, 1986.

D. Juretić: Bioenergetika – rad membranskih proteina, Informator, Zagreb, 1997.

Electron paramagnetic resonance

Abragam, B. Bleaney: Electron paramagentic resonance of transition ions, Clarendon Press, Oxford 1970

Light microscopy Methods in Enzymology, Vols. 360-361, Biophotonics, G. Marriott and I. Parker, eds., Academic Press, 2003. (selected chapters)

Methods in Enzymology, Vol. 307, Confocal Microscopy, P. Michael Conn, ed., Academic Press, 1999. (selected chapters)

Oblici provođenja nastave

Predavanja, izvođenje pokusa i seminarski rad na zadanu temu gradiva. Nakon uvodnih predavanja studenti će individualno izvoditi ciljane biofizikalne eksperimente u odgovarajućim laboratorijima Instituta “Ruđer Bošković” i Instituta za fiziku u Zagrebu. Studenti će napisati izvještaj o izvršenom eksperimentalnom radu iz svakog od pet modula.

Način polaganja ispita

Ispit ima usmeni, pismeni i laboratorijski dio. Ukupna ocjena se određuje na temelju ocjene iz usmenog ispita, održanog seminara, ocjene snalaženja u


23

laboratorijskom radu i ocjene studentovih izvještaja.

Jezik poduke i mogućnosti praćenja na drugim jezicima

Hrvatski. Engleski (mogućnost).

Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvdbe svakog predmeta i /ili modula

Kao mjera uspješnosti vrednovat će se znanje koje studenti pokažu na ispitu. U skladu s time će se prilagođavati pristup obradi pojedinih tema. Studenti će tijekom i na kraju nastave biti anketirani o kvaliteti predavanja, laboratorijskog rada i ponuđene literature.


24

Naziv predmeta Biofizika stanice I

Kod

Vrsta Obvezni kolegij

Razina Doktorski studij


6 ECTS bodova. Radi se o materiji i konceptima koje studenti rijetko susreću tijekom dodiplomskog školovanja. Literatura postoji isključivo na engleskom jeziku. Predviđeno je 15 sati predavanja, 5 sati seminara i 5 sati laboratorijskih vježbi.

Nastavnik Igor Weber; Iva Marija Tolić-Nørrelykke


Uvid u multidisciplinarni pristup istraživanju bioloških sustava na primjeru eukariotske stanice. Naglasak je na fizikalnim principima i metodama istraživanja kao dopuni prevladavajućeg biokemijskog pristupa staničnoj biologiji.

Preduvjeti za upis Odslušani predmeti Stanična biologija i Opća fizika

Sadržaj Supramolekularna građa eukariotskih stanica. Dimenzije i unutarnja organizacija stanica i njihovih dijelova. Hijerarhija sila u svijetu stanica. Struktura i funkcija staničnog skeleta. Viskoelastična svojstva stanice. Biološki molekularni motori, stanično kretanje. Struktura i dinamika biomembrana. Mehanizmi transporta kroz biomembrane. Mehanizmi transporta tvari u citoplazmi. Signalni putevi i prijenos informacija u stanici. Eksperimentalne metode u biofizici stanice. Citomika.

Preporučena literatura

J. Howard, Mechanics of Motor Proteins and the Cytoskeleton, Sinauer Associates, 2001

Dopunska literatura

D. Boal, Mechanics of the Cell, Cambridge University Press, 2002


Predavanja, kolokviji i seminari.


Pismeni i usmeni ispit, obavezno održavanje seminara.


Hrvatski / Engleski / Njemački.



25

Naziv predmeta Modeliranje biomakromolekula i njihovih kompleksa

Kod

Vrsta Obvezni

Razina Poslijediplomski doktorski studij

Godina I. Semestar/trimestar II


8 ECTS 26 sati predavanja, 6 sati seminara, 12 sati vježbi i 6 sati vježbi na računalu ~ 2 ects. Oko 160 sati priprema za seminar i za ispit ~ 6 ECTS

Nastavnik Dr. sc. Sanja Tomić i Prof. dr. sc. Ante Graovac i


Uvodno upoznavanje s najpopularnijim tradicionalnim i suvemenim modelima u biologiji i medicini. Uočavanje da relativno mali broj modela objedinjuje najrazličitija znanstvena područja. Razumijevanje algoritama i tehnika koje se koriste u modeliranju biomakromolekula i njihovih kompleksa, praktično znanje i mogućnost korištenja postojećih programa.

Preduvjeti za upis

Položene osnove biologije, osnove fizike i osnove informatike.

Sadržaj Kolegij se sastoji od dva modula. Prvi modul je općenitijeg karaktera i opisuje tradicionalne i suvremene modele u biologiji i medicini, od jednostavnih statističkih modela povezivanja strukture, svojstva i biološke aktivnosti molekula do neuronskih mreža i faktorske analize. Posebno se ističe uloga računarske kemije, molekularne mehanike i molekularne dinamike prilikom modeliranja strukture proteina i DNK, koje ima za cilj dizajniranje ljekova. Navesti će se i primjeri uporabe matematičkih alata (teorija grafova) prilikom modeliranja, analize sličnosti biomolekula i izrade filogenetskih stable. Drugi je modul fokusiran na modeliranje biomakromolekula. Modeliranje biomakromolekula nova je znanstvena disciplina koja posljednjih desetljeća bilježi gotovo eksponencijalni razvoj ali i popularnost među biofizičarima, biokemičarima pa i biolozima. Tijekom kolegija studenti će se upoznati s s bazama podataka koje koristimo u modeliranju biomakromolekula, s tehnikama modeliranja i s poljimima sila koja se koriste u modeliranju biomakromolekula i njihovih kompleksa, te načinom dizajniranja virtualnog (in silico) eksperimenta. Teme predavanja prilagoditi će se znanju i potrebama studenata, a svakako će obuhvatiti: gradnju kompleksa, važnost otapala, pronalaženje aktivnog mjesta i smještanje supstrata u to mjesto, parametrizaciju i optimizaciju struktura (sustava), moguće promjene oblika (receptora, liganda, kompleksa) i kako ih modelirati (molekularna mehanika i dinamika, Monte Carlo, analiza normalnih modova), prikaz aproksimativnih pristupa koji se koriste u računu slobodne energije otapanja i rotacijske entropije prilikom stvaranje kompleksa. Biti će govora o računanju pKa vrijednosti pojedinih aminokiselina u proteinu/kompleksu, o simulaciji Brownovog gibanja kod proteina koje prethodi nastajanju kompleksa. Na konkretnim primjerima studenti će se upoznati s tehnikama koje se koriste u iznalaženje kvantitativnog odnosa o strukturi ovisnih veličina s biološkom aktivnošću. Interpretacija modela, kako na temelju dobivenih rezultata predvidjeti biološki odgovor, odnosno sugerirati mutacije u receptoru koji bi dovele do željenog ishoda.

Preporučena Andrew R. Leach ‘Molecular Modelling: Principles and Applications’, 2nd


26

literatura edition, Pretince Hall, Harlow, 2001. Van Gunsteren W. F. , Weiner P. K., and Wilkinson A. J. (Eds) ’Computer Simulation of Biomolecular Systems’, Spinger, London, 1997. E.A. Lord and C.B. Wilson, The Mathematical Description of Shape and Form, Ellis Horwood, Chichester, England, 1984. G.H. Grant and W.G. Richards, Computational Chemistry, Oxford University Press, Oxford. 1998. M. Mintas, S. Raić-Malić, i N. Raos, Načela dizajniranja lijekova, Hinus, Zagreb, 2000.

Dopunska literatura

Van Gunsteren W. F., Klebe G. and Kubinyi H. ’3D QSAR Methods in Drug Design’, ’Molecular Modeling and Prediction of Bioactivity’, Eds. Gundertofte K. and Jorgensen F. S. Plenum (2000), Kluwer Academic/Plenum Publishers, New York. ’From Molecular Structure towards Biology’, ed. Quinkert Wiley-, J. Med. Chem. 43 (2000), 1780-1792. M. Tišler, Sporočilnost molekul, Državna založba Slovenije (DZS), Ljubljana, 1998. A. Graovac, I. Gutman, and N. Trinajstić, Topological Approach to the Chemistry of Conjugated Molecules, Springer, Berlin, 1977. I. Pavlić, Statistička teorija i primjena, Tehnička knjiga, Zagreb, 1985. + relevantne publikacije (radovi u časopisima).


Izvedba nastave: predavanja, seminari, laboratorijske vježbe (na računalu). Predavanja uz korištenje raznih oblika prezentacije. Diskusija za vrijeme i nakon predavanja. Odabir aktualnih i zanimljivih problema objavljenih u recentnim časopisima i knjigama ili na Internetu za teme auditornih vježbi. Rješavanje problema i modeliranje u učionici.

Način provjere znanja i polaganja ispita

Ispit: Usmeni i praktični dio provjere sposobnosti korištenja postojećih programa za modeliranje biomakromolekula. Provjera znanje kroz auditorne vježbe i kućne zadatke te moguće kroz seminare. Konačni usmeni ispit.


HRV., ENGL. ovisno o studentima koji upišu ovaj kolegij.

Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe svakog predmeta i /ili modula

Anketa prije i nakon održane nastave


27

Naziv predmeta Bioinformatika, biofizika i bioenergetika membranskih proteina

Kod

Vrsta Obavezni predmet. Većim dijelom teorijska izlaganja gradiva.

Razina Doktorski studij, prva godina drugi semestar


8 ECTS 20 sati predavanja, 5 sati seminara, 10 sati riješavanja problema uz pomoć računala ~ 2 ECTS. Oko 150 sati priprema za predavanja, za seminare i za ispit ~ 6 ECTS.

Nastavnik Prof. dr. Davor Juretić


Nakon položenog ispita studenti će znati koristiti koristiti principe i alate koji su razvili bioinformatičari, biofizičari i bioenergetičari da bi povezali strukturu i djelovanje integralnih membranskih proteina ključnih u životu stanica i organizama.

Preduvjeti za upis Opća fizika, posebno elektromagnetizam i termodinamika, biokemija ili molekularna biologija, osnove informatike

Sadržaj Raznolikost i važnost membranskih proteina kao 75% mogućih ciljeva dijelovanja novih lijekova. Praktičan prilaz bioinformatici membranskih proteina. SPLI T GARLIC kao primjeri predviđanja 2D topologije integralnih membranskih proteina i vizualizacije 3D structure proteina. Kako koristiti evolucijske informacije da bi se poboljšalo predviđanje 2D i 3D structure proteina. Biofizikalni primjeri strukturalnih motive za koje je utvrđena jasna veza između structure I funkcije proteina. Primjeri kako membranski proteini stvaraju i koriste elektrokemijski gradijent protona za vrijeme fotosinteze i respiracije. Modeliranje kinetike rada proteina - crpka i voltažnih kanala korištenjem dijagramatske metode. Informacijska (Shannonova) entropija, proizvodnja entropije i efikasnost pridružena radu integralnih membranskih proteina koji u bioenergetici stanice ili organele djeluju kao molekularni motori (prirodni nanostrojevi). Djelovanje lijekova i toksina. Membranski proteini i genetske bolesti.


Juretić, D.: “Bioenergetika – rad membranskih proteina.” Informator. Zagreb, 1997. Glaser, R. “Biophysics”. Springer-Verlag, Berlin, 2001. D.C. Nicholls i S.J. Ferguson, “Bioenergetics3”, Academic Press, Amsterdam 2001. Lesk Arthur, M.: “Introduction to Bioinformatics”, Oxford Univ. Press. 2002.

Dopunska literatura

F. M. Ashcroft: Ion Channels and Disease. Channelopathies”. Acad. Press, London, 2000. Hill, T.L. Free “Energy Transduction in Biology”, Academic Press, New York 1977.


Predavanja, seminari, vježbe i numeričke vježbe na računalu


Usmeni ispit. Uzet će se u obzir i aktivnost i inicijativa studenata a ne samo znanje pokazano na seminaru i ispitu


28


Hrvatski ali i engleski jezik kao jezik poduke u slučaju heterogenog studentskog tijela iz raznih zemalja.


Na kraju semestra sudenti će ispuniti anketni upitnik kojemu će biti cilj da otkrije slaba mjesta u načinu izlaganja gradiva ili u korištenim metodama poduke.


29

Naziv predmeta Interdisciplinarni seminari i kursevi iz bio-znanosti

Kod

Vrsta Obavezni predmet

Razina Doktorski studij, druga godina oba semestra


8 ECTS Planiramo oko 10 sati seminara u svakom semestru, s obveznim čitanjem preglednih i najvažnijih izvornih članaka i aktivnim sudjelovanjem slušatelja u radu s predavačima.

Nastavnik Kao primjer navodimo domaće ili strane uspješne znanstvenike koji rade u RH ili već imaju vezu s RH a nisu zastupljeni u redovitim kolegijima na studiju: Z. Bačić, Ž. Bajzer, N. Ban, M. Brumen, R. Dewar, I. Đikić, M. Gutman, N. Juranić, G. Kilić, D. Krajinc, T. Legović, B. Lenhard, B. Martinac, V. Parpura, A. Parsegian, R. J. Peter-Katalinić, Podgornik, J. Prost, M. Radman, M. Randić, I. Štagljar, A. Tossi, S. Vuk-Pavlović, J. Wolfe, B. Žagrović... U budućnosti će biti novih mogućnosti, i tad ćemo zamoliti prikladne predavače za sudjelovanje u ovom kolegiju.


U izravnoj komunikaciji s vrsnim znanstvenicima studenti će steći osjećaj za uspješni pristup znanstvenom radu u biofizici.

Preduvjeti za upis

Sadržaj Široki spektar problema gdje se metodama biofizike može uspješno doprinijeti novim saznanjima.


Literaturu će preporučiti predavači.

Dopunska literatura


Predavanja, seminari, vježbe.


Aktivno sudjelovanje na seminarima


Engleski jezik


Na kraju semestra sudenti će ispuniti anketni upitnik o vrijednosti kolegija i sugestijama za poboljšanja.


30

Izborni kolegiji

Naziv predmeta Repeticije višeg reda u humanom genomu

Kod

Vrsta Izborni kolegij



6 ECTS

Nastavnik Vladimir Paar


Razumijevanje i operacijske vještine za identifikaciju i analizu repeticija višeg reda u danim genomskim sekvencama. Izražene u smislu rezultata i osposobljenosti (learning outcomes and competences).

Preduvjeti za upis Bazično poznavanje temelja kompjutorske genomike.

Sadržaj Repeticije i repeticije višeg reda u centromernom i pericentromernom području. Identifikacija repeticija višeg reda u GenBank sekvencama. Kromozomski-specifične i HOR-specifične strukture u humanom genomu. Distribucija Cenp-B kutija i pJalfa motiva u humanom genomu. Različiti kompjutorski algoritmi za tretiranje HORova. Supstitucije, adicije i delecije u strukturi HORa. Polimorfizam u strukturi HORa.


1. Robert H. Tamarin: “Principles of Genetics”, McGraw-Hill, 7th Edition 2001, ISBN: 0072334193 2. K. H. Andy Choo: “The Centromere”, Oxford University Press, Oxford 1997, ISBN: 019857780x 3. selected scientific papers

Dopunska literatura Izabrani znanstveni članci


Predavanja, prikaz znanstvenih publikacija, test kompjutorski računi


Usmeni ispiti, seminari


Hrvatski/engleski

Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvdbe svakog


31

Naziv predmeta predmeta

Struktura i dinamika molekula, spektroskopija i simulacije

Kod




6 ECTS

Nastavnik Franjo Sokolić


Izraženi u smislu rezultata i osposobljenosti (learning outcomes and competences).

Preduvjeti za upis Poznavanje osnova kvantne i statisticke mehanike.

Sadržaj Kvantna teorija atoma i molekula

Spektroskopske metode

Metode numeričkih simulacija


Peter Atkins and Ronald Friedman: Molecular Quantum Mechanics; Fourth Edition, 2004; Oxford University Press.

Dopunska literatura Jeffrey I. Steinfeld: Molecules and Radiation (An Introduction to Modern Molecular Spectroscopy), Second Edition, 2005, Dover Publications


Predavanja, numericke vjezbe, eksperimentalni rad, rad na racunalu.


Rad na projektu, seminarski rad, ispit.


Hrvatski, engleski, francuski, talijanski.


Napredovanje rada na projektu ce biti redovito praceno.


32

Naziv predmeta Neravnotežna termodinamika

Kod

Vrsta Teorijska

Razina Napredna

Godina I Semestar II


AKTIVNOST Broj školskih sati Broj sati ECTS Predavanja 30 22.5 1 Auditorne vježbe 30 22.5 1 Samostalni rad 100 3.5 Konzultacije 3 0.475 UKUPNO 6.0

Nastavnik Doc. dr. sc. Paško Županović


Razumijevanje nepovratnih procesa u fizici i biologiji.

Preduvjeti za upis Termodinamika nepovratnih procesa

Sadržaj Termodinamički zakoni. Princip lokalne ravnoteže. Proizvodnja entropije. Načelo najveće proizvodnje entropije. Termodinamičke sile i konjugirani tokovi. Onsagerove relacije reciprociteta. Linearna neravnotežna termodinamika. Difuzija, prijenos topline i viskoznost. Termoelektrični efekti. Difuzija većeg broja tekućina. Kemijske reakcije većeg broja komponenti. Kirchhoffovo pravilo petlje i neravnotežna termodinamika. Kinetika rotacije enzima ATP i načelo najveće proizvodnje entropije. Boltzmannova transportna jednadžba. Markovljevi procesi. Stohastički procesi..


1.P. Županović: Predavanja iz Opće fizike IV, skripta za internu uporabu 2.E.T.Jaynes, Phys.Rev. 106 (1957) 620-630. 3.E.T.Jaynes, Phys. Rev. 108 (1957) 171-190. 4.E.T.Jaynes, Information theory and statistical mechanics, in Statistical mechanics, ed. K.W. Ford, W.A. Benjamin, Inc. NY, (1962), pp 181-218. 5. L.D. Landau and E.M. Lifšic: Statistical physics, Pergamnom press, New York, 1972. 6.R. Dewar: Information theory explanation of the fluctuation theorem, maximum entropy production and self-organized critically in non-equilibrium stationary states, J. Phys. A 36 (2003) 631-641. 7.L.M. Martiyshev: Maximum entropy production principle in physics, chemistry and bilogy, Physics reports 426 (2006) 1-45. 8. P.Županović, S. Botrić and D. Juretić: Relaxation processes, MaxEnt formalism andEinstein’s formula for the probability of fluctuations, CCA 2006 9. N.G. Van Kampen: Stohastic processes in physics and chemistry, Noth-Holland, New York, 1981. 10.L. Onsager, Phys. Rev. 37 (1931), 405-426 11.S.R. de Groot and P. Mazur: Non-equilibrium thermodynamics, Dover publications, New York, 1984.

Dopunska literatura

1..I. Prigogine: Uvod u termodinamiku neravnotežnih procesa, Građevinska knjiga, Beograd, 1967. 2.D. Kondepudi and I. Prigogine: Modern thermodynamics, John Wiley & Sons, NY, 2002

Oblici provođenja Predavanja. Rješavanje zadataka na auditornim vježbama. Zadavanje zadataka


33

nastave studentima za samostalno rješavanje. Provjera rješenja i diskusija na satovima predviđenim za konzultacije.


Kolokviji, pismeni ispit iz cjelokupnog gradiva. Usmeni ispit koji može obuhvaćati cjelokupno gradivo ili pojedine dijelove.


Hrvatski


Studentske ankete


34

Naziv predmeta Primjena zračenja u radioterapijskoj onkologiji

Kod PMP145

Vrsta Predavanja (20)+Seminar (15)

Razina Poslijediplomski doktorski studij, Napredna razina

Godina I. Semestar I. (elective course)


- 6 ECTS - 35 šk. sati nastave ~ 2 ECTS - oko 120 sati samostalnog rada studenta 4 ECTS

Nastavnik Prof. dr. sc. Mladen Vrtar


Upoznavanje s primjenom fizikalnih metoda u radioterapijskoj onkologiji

Preduvjeti za upis Položeni predmeti iz fizike u okviru diplomskog studija.

Sadržaj Nastanak i svojstva ionizirajućeg zračenja. Veličine koje opisuju međudjelovanje zračenja i materije : fotonski snop, kerma, fluenca energije, koeficijenti atenuacije, prijenosa i apsorpcije, zakočna moć, ekspozicija, apsorbirana doza. Jedinice u dozimetriji i zaštiti od zračenja. Izvori zračenja u medicinskoj radioterapiji: fotonsko i elektronsko zračenje, linearni akcelerator, zračenje radionuklidima, kobalt jedinica, zračenje malih tumora mozga (gamma-knife). Osnove primjene snopova teških čestica: neutronski generatori, protonski i pionski generatori. Vrste mjernih uređaja i detektora. Bragg-Grey teorija šupljine. Teorija ionizacijske komorice. Dozimetrijski protokoli pri određivanju apsorbirane doze. Sustav dozimetrijskih mjerenja i proračuna u fantomu. Empirijske dozimetrijske funkcije. Planiranje izodozne raspodjele u bolesnika. Standardna radioterapija. Dozimetrija zračenja širokim snopovima.


3.1.1.1. 1. Podgorsak E.B. Review of radiation oncology physics, IAEA, Vienna, Austria 2003. Adresa na web-u: http://www-naweb.iaea.org//nahu/dmrp/pdf_files/ToC.pdf 2. Vrtar M. Medicinska fizika. Interna skripta fizičkog odsjeka PMF-a, Zagreb 2004.

Dopunska literatura Khan F.M., The physics of radiation therapy, Williams &Wilkins, Baltimore, Marylend, USA, 1994


Predavanja i seminarske obrade nekih tema iz medicinske fizike


Usmeni ispit


Hrvatski, Engleski (ovisno o studentima)




35

Naziv predmeta Fizičko-kemijski temelji radiobiologije

Kod

Vrsta Predavanja (26) + Seminar (6) + Vježbe (6)

Razina Izborni kolegij. Poslijediplomski-doktorski studij

Godina I. Semestar I.


6 ECTS - 33 sata nastave (44 šk.sata) i šest sati vježbi ~ 2 ECTS - oko 100 sati samostalnog rada studenta ~ 4 ECTS

Nastavnik Prof. dr. sc. Dušan Ražem


Razumijevanje molekularnih mehanizama biološkog djelovanja zračenja

Preduvjeti za upis Poznavanje osnova nuklearne fizike i fizikalne kemije

Sadržaj UVOD Prirodni izvori ionizirajućih zračenja u biosferi; radioekologija. Umjetni izvori ionizirajućih zračenja i njihove primjene. Vrste ionizirajućih zračenja. Značaj učinaka ionizirajućih zračenja u osnovnim i primjenjenim znanostima. Predmet i metode nuklearne kemije, radiokemije i radijacijske kemije i odnos prema radiobiologiji. Povijesni pregled razvoja radijacijske kemije. MEĐUDJELOVANJA ZRAČENJA I TVARI Gubitak energije zračenja u tvari. Čestična zračenja: neutroni; električki nabijene čestice: elektroni i ioni. Elektromagnetska zračenja. Gradijent gubitka energije (LET). Apsorpcija energije zračenja u tvari. OPAŽANJE I MJERENJE UČINAKA ZRAČENJA Detekcija i mjerenje količine apsorbirane energije ionizirajućeg zračenja (dozimetrija zračenja). Vremenski razlučene tehnike opažanja reaktivnih kratkoživećih čestica. FIZIČKO-KEMIJSKI UČINCI IONIZIRAJUĆIH ZRAČENJA Prostorna i vremenska raspodjela događaja u ozračenoj tvari. Struktura tragova ionizirajućih zračenja. Nastajanje i kemijske reakcije reaktivnih kratkoživećih čestica: elektrona, iona, pobuđenih molekula i slobodnih radikala. DJELOVANJE ZRAČENJA NA VODU I VODENE OTOPINE Primarni prinosi reaktivnih čestica u radiolizi vode. Utjecaj pH i LET. DJELOVANJE ZRAČENJA NA BIOLOŠKE MOLEKULE Biološke makromolekule i DNK. Utjecaj doze, brzine doze, sredine, koncentracije, kisika, temperature, LET. DJELOVANJE ZRAČENJA NA STANICE I JEDNOSTANIČNE ORGANIZME Izravni i neizravni učinci. Teorija mete. Molekularna teorija.


36

DJELOVANJE ZRAČENJA NA BIOLOŠKE SUSTAVE Odnos doze i učinka. Somatski i genetski učinci. Nestohastički i stohastički učinci. Radijacijska epidemiologija. Rizik od ozračenja. ELEMENTI ZAŠTITE OD ZRAČENJA Linearna hipoteza. Usporedba rizika. Analiza rizika i dobiti. Sustav ograničenja doza. Načelo ALARA.


MOZUMDER, A. HATANO, Y., Charged Particle and Photon Interactions with Matter. Chemical, Physicochemical, and Biological Consequences with Applications. Marcel Dekker, Inc., 2004. JONAH, C.D. and RAO, B.S.M., (Editors): Radiation Chemistry. Present Status and Future Trends. Elsevier, 2001. MOZUMDER, A., Fundamentals of Radiation Chemistry. Academic Press, 1999.

Dopunska literatura Knjige: J.W.T. Spinks and R.J. Woods: An Introduction to Radiation Chemistry, 3rd Ed.,Wiley, New York (1990). Farhataziz and M.A.J. Rodgers (Editors): Radiation Chemistry, VCH, Weinheim (1987). Članci iz Tehničke enciklopedije Leksikografskog zavoda Miroslav Krleža: V. Paar: Nuklearna fizika, TE 9,448. K. Ilakovac: Radioaktivnost, TE 11, 398. M. Vlatković: Radiokemija i radionuklidi, TE 11, 415. K. Ilakovac: Nuklearno zračenje, TE 9, 535. D. Ražem: Radijacijska kemija, TE 11, 374. J. Galić, A. Milojević: Dozimetrija zračenja, TE 3, 387. M. Turk: Biološko djelovanje nuklearnog zračenja, TE 9, 555.


Izvedba nastave: predavanja, auditorne vježbe i seminarska obrada neke od predloženih tema.


Ispit: usmeni


hrvatski ili engleski, ovisno o studentima koji upišu kolegij.


Anketa prije i nakon održane nastave.


37

Naziv predmeta Multifaktorske statističke metode

Kod

Vrsta predavanja (12), laboratorijske vježbe (16)

Razina postdiplomska

Godina prva Semestar/trimestar prvi

ECTS 6 ECTS

Nastavnik Prof. dr. Davor Eterović


Student se upućuje u istraživačke aspekte uporabe naprednih statističkih metoda u biomedicini, kako izabrati uzorke sukladno istraživačkom dizajnu, kako procijeniti njihove potrebne veličine, te samostalno nauči koristiti i interpretirati rezultate najvažnijih multifaktorskih statističkih metoda.

Preduvjeti za upis

poznavanje matematičke analize i osnova statistike

Sadržaj Repetitorij elementarne statistike, postupci uzorkovanja i pridruživanja istraživačkim skupinama (randomizacija i minimizacija), veličina uzorka i snaga istraživanja, analiza varijance i GLM modeli, višestruka regresija, logistička regresija, analize preživljenja, faktorska analiza


1. Eterović D, Kardum G: Biostatistika za studente medicine (III. izdanje), Medicinski fakultet Sveučilišta u Splitu, skripta, 2003. 2. Dawson-Saunders B and Trapp RG: Basic and clinical biostatistics. Appleton & Lange, Connecticut, 1990.

Dopunska literatura

1. Kirkwood BR: Essentials of medical statistics. Blackwell Scientific Publications, Oxford, 1988. 2. Rosner B: Fundamentals of biostatistics. Duxbury Press, Belmont, 1995.


predavanja i laboratorijske i vježbe (mjerenja i anketno prikupljanje podatka, te rad na računalu)


pismeni ispit, nakon kolokvija (rad na računalu)


hrvatski i engleski

Način praćenja izvedbe svakog predmeta i /ili modula

anketa


38

Naziv predmeta Fizika DNK, kromatina i virusa

Kod

Vrsta Predavanja i vježbe

Razina Napredni

Godina I Semestar I


6 ECTS -20 šk. sati predavanja i 20 šk. sati vježbi ~ 1 ECTS - oko 120 sati samostalnog rada studenta ~ 5 ECTS

Nastavnik Prof. dr. sc. Rudolf Podgornik


Operativno znanje modernih aspekata fizike DNK in vitro, kromatina i virusa.

Preduvjeti za upis

Završen studij preddiplomske fizike i odslušan kolegij iz opće biofizike.

Sadržaj Razmatrat će se raznovrsni fizikalni problemi povezani s ponašanjem DNK u raznim okolinama. Uvest će se osmotska jednadžba stanja DNK, fazni dijagram DNK i diskutirat će se priroda različitih kondenziranih mezofaza DNK. Posebno će se detaljnije razmotriti eksperimentalni i teorijski aspekti interakcije DNK-DNK molekula i elasticitet DNK. Za svaki od spomenutih problema diskutirat će se fizikalna pozadina i mogući biološki interes. Diskutirat će se priroda eukariotskog genoma i struktura genoma na raznim nivoima organizacije. Najviše pažnje posvetit će se najnižem stupnju organizacije na nivou NCP čestica u jezgri. Opisat će se nedavni eksperimenti sa NCP česticama u otopini pri niskim i visokim koncentracijama. Za male koncentracije povezat će se ponašanje drugog virijalnog koeficijenta s interakcijama polielektrolita koje omogućuju N krajevi NCP čestica. Za velike NCP koncentracije opisat će se eksperimentalni fazni dijagram i diskutirat će se priroda opaženih mezofaza. Uvest će se jednostavni Landau model koji nam omogućuje da povežemo i shvatimo uređenost opaženu u različitim mezofazama. Izložit će se osnove fizike virusa počevši od Caspar-Klug broja i ikozaedralne simetrije proteinske ovojnice malih virusa. Pokazat će se detaljno kako svojstva simetrije definiraju strukturu malih virusa. Za veće viruse diskutirat će se primjena velikih Caspar-Klug brojeva. Uvest će se teorija elastičnosti za velike viruse i opisat će se rješenja Karmanove jednadžbe za velike viruse. Nadalje, opisat će se termodinamika i mehanika DNK unutar kapsida virusa i transformacije elastične i osmotske energije u jednostavnom bakteriofagu u skladu s modelom stisnute zavojnice. Na kraju, pokušat će se povezati fizika DNK in vitro i fizika DNK in vivo.


R. Podgornik, D.Harries, H. H. Strey and V. A. Parsegian, Molecular interactions in lipids, DNA and DNA-lipid complexes, Gene and Cell Therapy, Second Edition. Ed. Nancy Smyth Templeton. M. Dekker, New York, 2004. Edward L. Wolf: Nanophysics and Nanotechnology. Wiley VCH , Weinheim, 2004.

R.Podgornik, Polyelectrolyte-mediated bridging interactions, Journal of


39

Polymer Science Part B: Polymer Physics Volume 42, Issue 19 , 3539 - 3556.

A. Zlotnick, Viruses and the physics of soft condensed matter, PNAS (101) no. 44 | 15549-15550

H. Schiessel, The physics of chromatin, 2003 J. Phys.: Condens. Matter 15 R699-R774.

Dopunska literatura

Bilo koji udžbenik biofizike.


Predavanja


Napisani i riješeni testovi.


Engleski



40

Naziv predmeta Molekularna genetika

Kod PMP246

Vrsta Izborni kolegij, predavanja (24), seminari (10), laboratorijske vježbe (12)


Godina I. Semestar I.


6 ECTS: - 46 šk. sati nastave ~35 h ~ 2 ECTS - oko 115 sati samostalnog rada studenta ~ 4 ECTS

Nastavnik Doc. dr. Janoš Terzić


Studenti će se upoznati s poviješću i evolucijom genetike. Slijedi upoznavanje s građom molekule DNA i ljudskog genoma. Poseban naglasak biti će na razumijevanju nastanka mutacija i njihovom medicinskom i evolucijskom značaju. To uključuje nastanak različitih genetski bolesti, nastanak tumora, gensku terapiju, DNA identifikaciju, kloniranje. Studenti će biti upoznati s GM organizmima. Studente će se osposobiti za pretraživanje relevantnih baza podataka i bioinformatičku analizu molekule DNA. Studente će se usmjeriti na kritički način razmišljanja te će biti stavljeni pred neke etičke dvojbe. Nakon završenog kolegija studenti će moći pratiti budući razvoj genetike te kritički promatrati nove genetske fenomene. Seminarska nastava će osposobiti studente da sami razumiju kako nastaju otkrića u genetici te će ih osposobiti za razumijevanje modernih znanstvenih radova te rješavanje genetskih problema. Laboratorijske vježbe će osposobiti studente da sami testiraju bilo koju mutaciju u genomu.

Preduvjeti za upis Temeljna biološka znanja

Sadržaj PREDAVANJA (24 sata) Stanica. Povijest genetika i evolucija DNA. Građa molekule DNA. Geni. Genom čovjeka. Načini oštećenja i popravka DNA. PubMed. Onkogeni i tumor-supresor geni. Pokretni geni Pronalaženje gena u genomu. Regulacija aktivnosti gena Genetski inženjering. Genetski modificirani organizmi (GMO). Genetika razvoja. Kloniranje Genska terapija. Genetika imunog sustava. Neobični načini nasljeđivanja. Medicinski značaj moderne genetike. Bioinformatika DNA. Etičke dvojbe. Udvajanje i prepisivanje nasljednog materijala u bjelančevine. Proteini i proteom čovjeka. Prioni.

SEMINARI (10) PCR, RT-PCR. In situ hibridizacija. Elektroforeza i «blotting» DNA i bjelančevina. Imunohistokemija. Sekvenciranje DNA Stanične kulture. Transgenični organizmi, knock-out modeli DNA i cDNA biblioteke. Centrifugiranje i dijaliza DNA čip, 2D elektroforeza. Kromatografske tehnike. Znanstveni članak 1 Znanstveni članak 2


41

Rješavanje problema 1 Rješavanje problema 2

PRAKTIČNE LABORATORIJSKE VJEŽBE (12) 1. Izolacija DNA 2. Umnažanje željenog dijela DNA (PCR) 3. Cijepanje DNA restrikcijskim endonukleazama. 4. Elektroforeza DNA. 5. Utvrđivanje genotipa.


1. Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M, Losick R. Molecular Biology of the Gene. 5. izd.Menlo Park: Benjamin Cummings;2003.

2. Strachan T, Read A. Human Molecular Genetics. 3. izd. Garland Science;2003.

Dopunska literatura


Dio nastave (24 sata) je organiziran kao predavanja. Seminare će pripremati i držati sami studenti, te će o svojoj sem. temi trebati napisati kratki esej koji će biti ispitno gradivo. Vježbe će izvoditi samostalno uz nadzor nastavnika.


Pismeni ispit od 60 pitanja. Praktični dio ispita biti će vezan uz vježbe i pretraživanje interneta. Završno dio ispita bit će usmeni.


Hrvatski ili engleski


Anonimna studentska anketa u kojoj će se ocjenjivati nastavnik, nastavni sadržaj i postignuće planiranih ciljeva.


42

Naziv predmeta Mikroorganizmi i okoliš

Kod

Vrsta Predavanja, auditorne vježbe, seminarski radovi

Razina Doktorski studij-izborni

Godina Semestar/trimestar

ECTS 6 ECTS

Nastavnik Prof.dr.sc. Nada Krstulović


Studenti stječu spoznaje o ulozi mikroorganizama u okolišu, procesima mikrobne razgradnje i sinteze tvari u okolišu, a što im omogućava i bolje razumijevanje svih drugih odnosa i procesa u okolišu.

Preduvjeti za upis

Temeljna znanja iz ekologije

Sadržaj Struktura i ekologija mikrobnih zajednica u različitim ekosustavima. Mikroorganizmi konenih ekosustava. Mikroorganizmi vodenih i ekstremnih ekosustava. Uloga mikroorganizama u svakome od njih, posebice u kruženju životno važnih elemenata. Biogeokemijsko kruženje tvari. Uzajamna djelovanja između mikrobnih populacija, te mikroorganizama i makroorganizama. Mikroorganizmi kao zagađivala u pojedinim ekosustavima i njihov utjecaj na ekosustave. Mikroorganizmi i organska zagađivala. Mikroorganizmi i teške kovine.


Mayer, R.M., Pepper, I.L. and Gerba, C.P. 2000. Environmental Microbiology, Academic Press, 585 p.

Perry, J.J. and Staley J.T. 1997. Microbiology: Dynamics & Diversity, Saunders College Publishing, 1027 p.

Dopunska literatura

Objavljeni znanstveni članci i informacije s weba


Predavanja i seminari uz korištenje PowerPoint, video i sličnih prezentacija, te praktični rad u suvremeno opremljenom mikrobiološkom laboratoriju.

Načini provjere znanja i polaganja ispita

Testovi i usmeni ispit


Hrvatski jezik Mogućnost praćenja na engleskom jeziku

Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe svakog predmeta i/ili modula

Putem anketa studenata


43

Naziv predmeta Modeli i metode u strukturnoj bioinformatici

Kod

Vrsta Izborni predmet

Razina

Godina I.ili II. Semestar/trimestar 1. ili 2.


6 ECTS 15 sati predavanja, 5 sati seminara, 15 sati analize skupa podataka i prikaz rezultata

Nastavnik dr. sc. Bono Lučić


Razumijevanje načela modeliranja structure i svojstava proteina i svojstava i aktivnosti bioaktivnih molekula. Ovladavanje metodologijom koja je potrebna za ispravnu provedbu modeliranja skupa podataka koji će tijekom rada biti dobiven u laboratoriju, kao i podataka iz literature. Stjecanje znanja za kritičku prosudbu kvalitete i ograničenja teorijskih bioinformatičkih metoda i modela (u obliku računalnih programa ili poslužitelja dostupnih putem interneta) koje će koristiti u svome radu.

Preduvjeti za upis

Osnove biokemije (molekularne biologije), osnove fizike, osnove statističke analize i osnove informatike.

Sadržaj Pregled metoda za modeliranje svojstava i stukture proteina i bioaktivnih molekula. Algoritmi za izbor modela. Izbor reprezentativnog skupa poteina i bioaktivnih molekula za analizu, i uključivanje sličnosti. Opisivanje strukturnih posebnosti skupa proteina i bioaktivnih molekula s pomoću molekularnih strukturnih deskriptora. Modeliranje skupinom (ansamblom) modela. Izbor najboljeg modela, Akaikeov informacijski kriterij i pravilo izbora što jednostavnijeg modela. Linearni i nelinearni modeli. Korištenje sličnosti između proteina/molekula u poboljšanju modela. Izračun/procjena 'točnosti' odgovarajućeg slučajnog modela. Procjena statističke značajnosti parametara za iskazivanje točnosti modela. Parametri kvalitete modela s obzirom na provedbu postupka učenja i provjeru točnosti predviđanja modela. Stabilnost modela. Postupci i statistički parametri u izboru najboljeg modela. Parametri točnosti modela u postupku prilagodbe, križne provjere, i vanjske provjere. Pregled točnosti postojećih metoda i modela u predviđanju farmakoloških svojstava bioaktivnih molekula i svojstava i stukture proteina. Modeliranje sekundarne strukture, konstanti savijanja i razmotavanja proteina, strukturalne klase, udjela sekundarne strukture, položaja proteina u stanici, i drugih globalnih svojstava proteina. Modeliranje 3D strukture na temelju sličnosti. Modeliranje strukture i topologije membranskih proteina. Pregled baza podataka, modela i poslužitelja za modeliranje u strukturnoj bioinformatici, i njihova uporaba. Modeliranje fizikalno-kemijskih svojstava (topljivost, lipofilnost, transport, apsorpcija), biološke aktivnosti i toksičnosti bioaktivnih molekula.


1. K. P. Burnham; D. R. Anderson: “Model Selection and Multi-Model Inference : A Practical Information-Theoretic Approach (2Rev ed)” Springer, Berlin, 2004.

2. C. Gibas; P. Jambeck: “Developing Bioinformatics Computer Skills”


44

O'Reilly and Assoc. Inc., Sebastopol, CA, USA, 2001. 3. EDITORS: E. Parzen; K. Tanabe; G. Kitagawa: “Selected Papers of

Hirotugu Akaike (Springer Series in Statistics / Perspectives in Statistics) “ Springer-Verlag, New York, Berlin Heidelberg, 1998.

4. Najvažniji znanstveni i radovi iz područja stukturne bioinformatike i modeliranja svojstava proteina i bioaktivnih molekula:

Dopunska literatura

1. D. Juretić: “Bioenergetika – rad membranskih proteina” Informator. Zagreb, 1997.

2. D. J. Livingstone: “Data Analysis for Chemists – Application to QSAR and Chemical Product Design” Oxford Univerity Press, UK, 1995.


Predavanja, seminarski rad, otvorena rasprava, laboratorijske vježbe (na računalu) i pomoć u objavljivanje rezultata.


Usmeni dio ispita, ocjena seminarskoga rada, ocjena za praktični dio provedbe analize na odabranome skupu molekula/proteina.


Hrvatski ili engleski, ovisno o studentima koji upišu ovaj kolegij. Mogućnost praćenja znanstveno-stručne literature na engleskom jeziku od strane studenta.


Upitnici nakon održanih 10 sati i na kraju predavanja/vježbi. Rasprava sa studentima i kolegama. Praćenje napredovajna svakoga studenta. Uspješnost kolegija evaluirat će svake godine zajedničko stručno povjerenstvo studija.


45

Naziv predmeta Metode u molekularnoj biologiji i medicini

Kod

Vrsta Predavanja i vježbe



6 ECTS

Nastavnik Dr. sc. Andreja Ambriović-Ristov Suradnici: Dr. sc. Maja Herak Bosnar, Dr. sc. Oliver Vugrek, Dr. sc. Bojana Vukelić, Dr. sc. Neda Slade, Dr. sc. Brankica Mravinac, Dr. sc. Anamaria Brozović, PhD


Cilj je predmeta poboljšanje, teoretsko i praktično, znanja o metodama koje se koriste u biologiji i medicini. Izbor prave metode je ključan za kvalitetno istraživanje. Prema tome, dobro znanstveno obrazovanje treba uključivati teoretsku i praktičnu poduku. Ovaj predmet se temelji na dvogodišnjem iskustvu obrazovnog projekta pod nazivom «Metodološki tečajevi u biologiji i medicini» koje organizira A. Ambriović-Ristov u Institutu Ruđer Bošković: www.metode.avalon.hr Vježbe će se izvoditi u laboratorijima voditelja predmeta i suradnika, ali u budućnosti se nadamo ustanoviti namijenski laboratorij u Institutu Ruđer Bošković.

Preduvjeti za upis B.Sc. u prirodnim znanostima, medicini, veterini ili agronomiji

Sadržaj Predmet uključuje sljedeće metode: natrij dodecil sulfat poliakrilamid gel elektroforeza (SDS-PAGE), Western blot, ekspresija proteina u bakulovirusnom sustavu i njihovo pročišćavanje, Phastsystem proteinska analiza, imunofluorescencija, molekularna filogenija, transfekcija, detekcija apoptoze fluorescentnim mikroskopom.


-Sambrook J, Fritsch, E., Maniatis, T. (1989) Molecular cloning laboratory manual, 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y. -Ausbel FM, Brent R, Kingston RE, Moore DD, Seidman JG, Smith JA, Struhl K. (1992) Short protocols in molecular biology, Harvard Medical School, Greene Publishing Associates and John Wiley and Sons, USA -Innis MA, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ. (1990) PCR Protocols. A guide to methods and applications. Academic Press, Inc. USA

Dopunska literatura Andreja Ambriović Ristov i sur. (2003-2005) Metodološki tečajevi u biologiji i medicini, Institut Ruđer Bošković, Zagreb


Svaki nastavnik započinje teoretskim uvodom, nakon čega slijedi praktični laboratorijski rad.

Način polaganja ispita Pismeni ispit koji sastavljaju svi nastavnici zajedno.




Voditelj predmeta će dobiti povratnu informaciju o programu, te o uspješnosti nastavnika putem ankete.


46

Naziv predmeta Teorija i eksperiment u izučavanju procesa smatanja proteina

Kod



Godina I. Semestar/trimestar II.


6 ECTS 20 sati predavanja, 10 sati vježbi, 10 sati analize literature

Nastavnik Dr. sc. Bojan Žagrović


Razumijevanje osnova izučavanje procesa smatanja proteina iz združene teorijsko-eksperimentalne perspektive; poznavanje i mogućnost kritičkog praćenja recentne stručne literature iz područja

Preduvjeti za upis

Položene osnove biokemije, osnove fizike i osnove informatike

Sadržaj Upoznavanje s problematikom i značajem procesa smatanja proteina. Osnove teorijsko-analitičkog razumijevanja smatanja proteina i njihove dinamike (analogija sa teorijom spinskih stakala i frustriranih sistema, pojam «energetskog krajolika» i «lijevka smatanja»). Značaj računarskih simulacija u izučavanju smatanja proteina (molekularna i stohastička dinamika) – osnovni rezultati, ograničenja i izazovi. Korištenje distribuiranog računanja u biomolekularnim simulacijama (primjer «Folding@Home projekt»). Osnovne metode za predviđanje nativne strukture proteina (ab initio, homološko modeliranje, osnove Rosetta algoritma, CASP natjecanja). Osnove eksperimentalnog proučavanja smatanja proteina – temeljne metode (NMR, CD, «T-jump» fluorescencija), najvažniji rezultati, ograničenja i izazovi. Prijelazno stanje reakcije smatanja («analiza �-vrijednosti»). Analiza formiranja sekundarne strukture proteina. «New view» nasuprot «Old view» procesa smatanja (pojam konformacijskog ansambla, sekvencijalnost nasuprot stohastičnosti). Nesavijeno i denaturirano stanje proteina (pitanje rezidualne strukture, odstupanja od modela slučajne šetnje). Kinetika smatanja (pojam «kontaktnog stupnja», strukturalne odrednice brzine smatanja). Interakcija između teorije i eksperimenta – dosadašnji uspjesi i neuspjesi.


Alan Fersht «Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding» W. H. Freeman, 1998

Dopunska literatura

Roger H. Pain(Editor): «Mechanisms of Protein Folding», Frontiers in Molecular Biology, 2000 Jochannes Buchner & Thomas Kiefhaber (Editor): «Protein Folding Handbook», Wiley, 2005 Znanstveni radovi iz područja

Oblici provođenja

Izvedba nastave: predavanja, otvorena diskusija, laboratorijske vježbe (na računalu).


47

nastave


Ispit: usmeni ispit iz osnova područja smatanja proteina; seminarski rad (5-10 stranica) o odabranoj temi iz područja smatanja proteina (analiza literature i prijedlog originalnog istraživanja).


HRV., ENGL. ovisno o studentima koji upišu ovaj kolegij. Obavezna znanje čitanja stručne literature na engleskom.




48

Course title Applications of the maximum entropy production principle in physics and biology

Course code

Type of course Elective, Theoretical

Level of course Graduate, Advanced

ECTS 6 ECTS

Name of lecturer R. Dewar, P. Županovic, D. Juretić, S. Marčelja ....

Learning outcomes and competences

Theoretical understanding of the principle of maximum entropy production (MEP); practical experience in applying MEP to physical and biological systems ; appreciation of the wider implications of MEP for biological and thermodynamic evolution.

Prerequisites Key concepts of thermodynamics and statistical physics ; basic knowledge of biology ; basic mathematics up to variational calculus ; elementary programming skills.

Course contents The course gives balanced coverage to theoretical aspects (1-2), current applications (3-4) and wider implications (5) of MEP. Introduction : the prediction problem for equilibrium and non-equilibrium

systems ; statistical physics ; the MaxEnt formalism. Non-equilibrium predictions of MaxEnt : the Fluctuation Theorem,

maximum entropy production (MEP), maximum transport principles, self-organized criticality.

Physical applications : planetary climates, turbulence, electrical networks. Biological applications : biochemical reaction networks, cellular

bioenergetics, biological adaptation, biological evolution. Wider implications for the relation between biological and thermodynamic

evolution. Recommended reading

Lecture/seminar notes. Selected bibliography of papers on MaxEnt and MEP. Kleidon A, Lorenz RD (eds). Non-equilibrium Thermodynamics and the

Production of Entropy : Life, Earth, and Beyond. Springer, 2005. Supplementary reading

Other background references to MaxEnt will be useful, including : Jaynes ET. Probability Theory : the Logic of Science. Cambridge

University Press, 2003. Jaynes' papers at http://bayes.wustl.edu/etj/node1.html

Teaching methods Lectures (5) Seminars (5) Practical exercises (10)

Assessment methods

Language of instruction

English

Quality assurance methods


49

Naziv predmeta Fizika medicinske dijagnostike

Kod

Vrsta predavanja (7), seminari (8), laboratorijske vježbe (15)

Razina osnovni predmet

Godina I Semestar/trimestar II

ECTS 6 ECTS

Nastavnik Prof. dr. Davor Eterović


Student nauči da je dijagnostička slika određena međuodnosom fizikalnih svojstava dijagnostičkog sustava i biofizičkih svojstava i funkcije tkiva. Student nauči razlikovati radiogram od scintigrama, ehograma i slike dobivene magnetskom rezonancom ili kompjuteriziranom tomografijom, te kako su dobiveni, što predstavljaju i čemu služe ti osnovni slikovni prikazi metoda medicinske dijagnostike.

Preduvjeti za upis

položene osnove fizike i biologije

Sadržaj osnove nuklearne fizike, prolaz zračenja kroz materiju, polje zračenja, biološki učinci, oslikavanje metodom magnetske rezonance, fizikalne osnove nuklearne medicine, radiološka fizika, fizika ultrazvuka, što je zajedničko metodama slikovne dijagnostike


D. Eterović: Fizikalne osnove slikovne dijagnostike, u: S. Janković i D. Eterović: Fizikalne osnove i klinički aspekti slikovne dijagnostike, Medicinska naklada, Zagreb, 2002.

Dopunska literatura

S Webb (urednik): The physics of medical imaging, Institute of Physics Publishing, Bristol and Philadelphia, 2000


predavanja (teme koje su ili osobito važne, ili preteške ili nedovoljno dostupne u literaturi), seminari (teme za koje se studenti mogu prethodno spremiti), laboratorijske vježbe


pismeni ispit, nakon odrađenih vježbi i uz uvažavanje seminarskih aktivnosti


hrvatski i engleski

Način praćenja izvedbe svakog predmeta i /ili modula

anketa


50

Naziv predmeta Biofizika stanice II

Kod




6 ECTS

Nastavnik Gordan Kilić


Preduvjeti za upis Osnove fizike, biokemije i biologije stanice

Sadržaj Struktura stanice. Raznolikost stanica i njezinih funkcije. Lipidi i stanicna membrana. Elektricni potencijal membrane. Ionski kanali i pumpe u stanicnoj membrani. Vaznost membranskog potencijala u razlicitim stanicnim funkcijima. Eksocitoza i endocitoza. Uloga eksocitoze i endocitoze u stanicnim funkcijama. Komuniciranje stanice s vanjskim svijetom. Signalne molekule izvan stanice. Komuniciranje stanice s drugim stanicama. Signalne molekule unutar stanice. Stanicna membrana i komunikacija. Vaznost membranskih proteina u stanicnoj komunikaciji. Receptori i G proteini. Primjena biofizike i njezinih metoda u istrazivanju stanicne komunikacije. Defekti u stanicnoj komunikaciji su jedan od glavnih uzroka ljudskih bolesti. Primjeri iz medicine. Rak i secerna bolest.


1. Molecular Biology of the Cell. 4th edition, Alberts and others. New York: Garland Publishing; 2002. 2. Biochemistry. 5th edition, Berg, Jeremy M., Tymoczko, John L., and Stryer Lubert, New York: W. H. Freeman and Co.; 2002

Dopunska literatura


Predavanja.


Usmeno ispitivanje examinations.


Engleski



51

Course title Mathematical modeling of biological systems; selected topics

Course code

Type of course Elective course

Level of course Graduate

ECTS 6 ECTS

Name of lecturer

Milan Brumen


Understanding of biological processes by computer simulation and mathematical modelling. Knowledge of the process studied in such details which may lead to further research. Transferable/Key Skills and other attributes: Ability of mathematical modelling and computer simulation of the model.

Prerequisites General physics and computer science

Course contents Objectives: A student gets acquainted with a basic knowledge of mathematical modelling of various biological processes in the living cell as well as in the human body. However, the major aim is to study selected biological processes in details by this method so that research could lead to an original contribution to science, and concomitantly, to a work on doctoral thesis. Therefore, the syllabus outline contains traditional examples as well as some actual problems focused on current research. Content (Syllabus outline): 1. Introduction to methods of mathematical modelling of biological systems.2. Selected topics from different levels of complexity and organisation of biological systems: - Biochemical reactions (enzyme kinetics, cooperative ligand binding, glycolysis and glycolitic oscillations) - Membrane transport (ionic and water transport, passive and active transport, cell volume regulation) - Calcium dynamics (diffusion, oscillations, calcium signalling from agonist effect to muscle contraction) - Intracellular communication (gap junctions, chemical synapses) - Circulatory system (blood flow and transport of respiratory gases between lungs and tissue) - Cardiac rhythmicity These are some of examples of selected topics, others can be included according to closer direction of studies of students interested.

Recommended reading

Selected chapters from: J. Keener, J. Sneyd: Mathematical Physiology, Springer 1998 A. Goldbeter: Biochemical Oscillations and Cellular Rhythms, Cambridge


52

University Press 1996 J.D. Murray: Mathematical Biology, Springer 1993 F.C. Hoppensteadt, C.S. Peskin: Modeling and Simulation in Medicine and Life Sciences, Springer 2001

Supplementary reading

- S. Bromberg, K.A. Dill: Molecular Driving Forces: Statistical thermodynamics in chemistry and biology, Garland Publishing 2002 - J.A. Tuszynski, M. Kurzynski: Introduction to molecular biophysics, CRC Press 2003 - relevant publications in journals - university textbooks on cell and human physiology, and biochemistry

Teaching methods

Lectures, seminars, tutorial, individual work – research project Coursework Individual study-research project

Assessment methods

Examination, oral, coursework, project: Coursework Project: the student must prove his/her competence in using mathematical modeling and computer simulation to solve specific problem.


English


Student questionnaires and free discussion with students.


53

Naziv predmeta Struktura i interakcije u polielektrolitima: osnove teorije i eksperimentalna

provjera Kod




6 ECTS

Nastavnik Dr.sc.Silvia Tomić


Praktično znanje dielektrične spektroskopije i njene primjene u proučavanju strukture i interakcija u polielektrolitima (biopolimerima u otopinama); Neke osnovne vještine u eksperimentalnoj biofizici: baratanje s osnovnim tehnikama kao mjerenje pH faktora, vodljivosti, dijalize, elektroforeze i ultraljubičaste spektrofotometrije te mjerenje dielektrične spektroskopije u frekventnom području od 40 Hz do 100 MHz; računalni programi razvijeni za procesiranje podataka i njihovu analizu; prezentacija eksperimentalnih rezultata, njihova uporedba s teorijskim modelima te postavljanje linije istraživanja u budućnosti

Preduvjeti za upis

Završen studij preddiplomske fizike; znanje korištenja osnovnih računalnih programa za analizu i prezentaciju podataka

Sadržaj Nabijeni polimeri u mekoj materiji i biološkom kontekstu (DNK kao primjer krutog, jako nabijenog polimera); veza između funkcije, strukture i okoliša; opis elektrostatskih interakcija u polielektrolitima s monovalentnim protuionima i dodanom soli u vodenim otopinama putem Poisson - Boltzmann (PB) teorije; Manning-Oosawa (MO) kondenzacija protuiona; zasjenjenje elektrostatskih interakcija opisanih s Debye-Hueckel jednadžbom; polivalentni protuioni, korelacije i inverzija odbojne interakcije u privlačnu; elastičnost polimera opisana putem dužine perzistencije; Odijk-Skolnick-Fixman (OSF) teorija; fundamentalne prostorne skale i zakoni potencija u razrijeđenim i semirazrijeđenim otopinama polielektrolita; de Gennes-Pfeuty-Dobrynin (dGPD) teorija; Dielektrična spektroskopija polielektrolitskih otopina


1.M.Daune, Molecular Biophysics (Oxford University Press, New York, 2003). 2. A.V.Dobrynin and M.Rubinstein, Prog.Polym.Sci. 30, 1049-1118 (2005) 3. F.Bordi, C.Cametti and R.H.Colby, J.Phys.: Condens. Matter 16, R1423-R1463 (2004) 4. T.Vuletić, T.Ivek and S.Tomić, Dielectric Spectroscopy Center – Manuel (2006). 5. S.Dolanski Babić, T.Vuletić and S.Tomić, Priprema i karakterizacija biouzoraka u otopini – Priručnik (2006).

Dopunska literatura

relevantne aktualne znanstvene publikacije

Oblici provođenja

Kolegij se sastoji od predavanja (tutorials ovisno o broju studenata), studentskih seminara i slijeda laboratorijskih vježbi/eksperimenata koji


54

nastave uključuju: pripremu i karakterizaciju uzoraka (dijaliza, pH i mjerenja vodljivosti, elektroforezu i ultraljubičastu spektrofotometriju) i mjerenja dielektrične spektroskopije (DS), analizu mjernih podataka i prezentaciju rezultata


Konačni ispit se sastoji od usmene prezentacije laboratorijskog rada i pisanog izvještaja. Studenti trebaju pokazati određenu kompetenciju u korištenju postojećih programa za obradu DS eksperimentalnih podataka, analizu i prezentaciju, kao i rezumijevanje veze između eksperimenta i teorije.


Hrvatski, Engleski


Studenti će bit praćeni tijekom kolegija, a posebno laboratorijskog rada. Na kraju će biti zamoljeni da popune upitnik kako bi izrazili svoje mišljenje i sugestije.


55

Naziv predmeta Signalizacija u mozgu Kod Vrsta izborni Razina Poslijediplomski doktorski studij ECTS (uz odgovarajuće obrazloženje)

6 ECTS

Nastavnik Vladimir Parpura Kompetencije koje se stječu

Izraženi u smislu rezultata i osposobljenosti (learning outcomes and competences). Razunjevanje komplesknosti signalizacije izmedju stanica u mozgu.

Preduvjeti za upis Temelji neuroznanosti ili ekvivalentni kolgij Sadržaj Tijekom kolegija studenti ce se upoznati s temeljnim i novijim

spoznajama o vrstama signalizacije u mozgu. Klasicno ucenje kaze da neuroni predstavljaju racunarsku moc mozga. Ova moc proizlazi iz upotrebe sinapsi koje mogu biti kemijske (otpustanje neurotransmitera) ili elektricne (putem pukotinskih spojeva). Prema ovome ucenju glia stanice sluze kao "cement koji povezuje zivcani sustav". U ovome kolegiju studenti ce se upoznati s novijim oblicima signalizacije u kojima su ukljucene i glia stanice. Glia stanice su sposobne odgovarati na neurotransmitere otpustene iz neurona i ovi odgovori ukljucuju mijenjanje membranskih potencijala kao i koncentracije citoplasmatskog kalcija. Odgovori na neuronski podrazaj u jednoj glia stanici mogu se prenjeti na drugu glia stanicu buduci da su ove stanice povezane pukotinskim spojevima. Ne sarno da glija odgovara na neuronske podrazaje, vec je glija sposobna otpustati iste neurotransmitere i taka podrazivati obliznje neurone. Jedna od posljedica podrazaja neurona od strane glije je modulacija sinapticke transmisije. Dakle, svi vidovi komunikacije izmedju glije i neurona su moguci sto uvodi dodatnu slozenost u vec ionako slozenom sredisnjem zivcanom sustavu. Poseban osvrt ce biti stavljen na upotrebu biofizickih metoda u istrazivanju obostranih glija-neuronskih interackcija.


Hatton, G.I, Parpura, V. (Eds.) Glial Neuronal Signaling. Kluwer Academic Publishers, Boston, MA. (May 2004, 456 pp)

Dopunska literatura

Odabrani clanci iz znanstvenih casopisa.


10 sati predavanja i 5 sati seminara


pismeni


Engleski ili Hrvatski


Studnetska evaluacija


56

Naziv predmeta Temelji neuroznanosti

Kod

Vrsta Izborni predmet, Predavanja, seminari, laboratorijske i računalne vježbe

Razina Temeljni, doktorski studij

Godina I. Semestar II.


6 ECTS - 40 šk sati nastave (10 predavanja, 15 seminara i 15 laboratorijskih vježbi) = 30 sati direktne nastave ~ 2 ECTS - 120 sati samostalnog rada studenta uz konzultacije ~ 4 ECTS

Nastavnik Prof. dr. sc. Zoran Đogaš


Po završetku nastave iz temelja neuroznanosti od studenta se očekuje da je primjenom stečenih spoznaja usvojio znanje o normalnoj funkciji živčanog sustava u opsegu prilagođenom studiju biofizike. Pored toga student usvaja i stavove kako znanstvenim metodama pristupiti problemima iz ovog područja.

Preduvjeti za upis

Poznavanje elementarne fizike i biologije

Sadržaj Neuroznanost jedna je od temeljnih medicinskih znanosti koja se bavi proučavanjem morfologije i funkcija zdravog živčanog sustava s naglaskom na mehanizmima kojima se ostvaruje njegova uloga glavnog kontrolnog i upravljačkog sustava našeg organizma. Cilj nastave temelja neuroznanosti jest da student primjenom stečenih spoznaja usvoji znanje o normalnoj funkciji živčanog sustava u opsegu prilagođenom studiju biofizike. Sadržaj iz nastavnog plana: Neuron je temeljna strukturno-funkcijska jedinica središnjega živčanog sustava Temelji elektrofiziologije Biofizički temelji ekscitabilnosti Signalni mehanizmi, signalne molekule i njihovi receptori Načela ustrojstva osjetnih sustava, vrste osjeta i osjetnih receptora

Mirisi i okusi - kemijski osjeti; Fiziologija oka i fototransdukcije Opće ustrojstvo motoričkih sustava Sustav za pokretanje očiju i usmjeravanje pogleda Stanična membrana, ionski kanali, pasivna i aktivna svojstva neurona Građa i funkcija sinapsi i stanični temelji ponašanja (neuronski nizovi, putovi, krugovi, mreže, sustavi) 3.1.1.2. Neurotransmitori, neuropeptidi i njihovi receptori Slušni i vestibularni sustav Ustrojstvo mrežnice, primarnog vidnog puta i primarne vidne moždane kore Opće moždane funkcije: uzlazni aktivacijski sustavi, EEG, stupnjevi budnosti i stanja svijesti Stanični mehanizmi učenja i pamćenja


57

NeuroSim i Electrophysiology neurona Računalni modeli membranskog potencijala mirovanja i akcijskog potencijala Računalni modeli postsinapsnih potencijala Računalni modeli snimanja neuronske aktivnosti metodom priljubljenih elektroda Računalni modeli neuronske akcije Računalni modeli živčane mreže Temelji EEG i EMG signala te evociranih potencijala Snimanje živčanih aktivnosti na pokusnoj životinji Fiziologija osjeta Računalni psihodijagnostički sustav


•Judaš, M. i Kostović, I.: TEMELJI NEUROZNANOSTI, 1. izd. MD; Zagreb, 2005. (slobodan web pristup)., izabrana poglavlja •Đogaš i sur.: VODIČ KROZ VJEŽBE IZ TEMELJA NEUROZNANOSTI, Split, 2004.

Dopunska literatura

•Kandel, E.R., Schwartz, J.H. i Jessel, T.M.: PRINCIPLES OF NEURAL SCIENCE, 4.ed., McGraw-Hill; New York, U.S.A., 2000. •Shepherd, Gordon M. NEUROBIOLOGY, 3.ed., Oxford University Press, New York, U.S.A., 1994.


Predavanja, seminari, vježbe na računalu i laboratorijske vježbe


Redoviti kolokviji po završenim vježbama te pismeni test na kraju predmeta


Hrvatski


Studentska anketa


58

Naziv predmeta Metode funkcionalnog oslikavanja mozga Kod Vrsta Izborni kolegij

Predavanja 20 sati, seminari 15 sati, laboratorijske vježbe na računalu 10 sati Razina Napredni, doktorski studij Godina I. Semestar II. ECTS (uz odgovarajuće obrazloženje)

6 ECTS bodova Na nastavi se provodi 20 školskih sati, odnosno 15 punih sati. Za uspješno savladavanje tog materijala potrebno je dodatnih 60 sati. Laboratorijske vježbe se izvode 10 školskih sati (7,5 punih sati), a pripreme za njih i izrada tri pisana izvještaja zahtijevaju ukupno 30 puna sata. Seminari se održavaju 15 školskih sati (oko 11 sati). Za pregled literature, pisanje seminarske radnje i pripremu prezentacije potrebno je ukupno 50 sati. To daje: 15h + 60 h + 7,5h + 30 h + 11h + 50h = 173,5h ~ 6 ECTS bodova

Nastavnik doc. dr. sc. Selma Supek Kompetencije koje se stječu

Uvid u napredne metode za funkcionalno oslikavanje, mogućnost kritičkog evaluiranja njihove primjene, mogućnost oblikovanja eksperimenata i odabira alata za prikaz i analizu podataka

Preduvjeti za upis Osnove neuroznanosti. Biofizika stanice. Sadržaj Magnetoencefalografija (MEG): biomagnetizam, neurofiziološke osnove MEG-a,

instrumentacija, biomagnetski inverzni problem, prostorno-vremensko lokaliziranje evocirane neuromagnetske aktivnosti, neuromagnetska ispitivanja funkcionalne organizacije ljudskog korteksa, kliničke primjene. Funkcionalna magnetska rezonancija (fMRI): fiziološke i fizikalne osnove BOLD-fMRI metode, mjerenje BOLD signala, oblikovanje fMRI eksperimenta, statističke parametarske mape, primjene fMRI-a u proučavanju normalnih i patoloskih funkcija mozga. Pozitronska emisijska tomografija (PET): fizikalni princip, radiofarmaci, instrumentacija, fiziološke i biokemijska mjerenja PET-om i primjene. Transkranijska magnetska stimulacija (TMS). Optičko oslikavanje mozga. Prostorno-vremenske rezolucije neinvazivnih metoda za funkcionalno oslikavanje mozga. Multi-modalno integriranje - prednosti i ograničenja u praćenju i lokaliziranju funkcija mozga. Biološki učinci ionizirajućeg i neionizirajućeg zračenja.


Arthur W. Toga, John C. Mazziotta (Eds), Brain Mapping: The Methods, 2nd ed., Elsevier Science, 2002

Dopunska literatura C.T.W. Moonen and P.A. Bandettini (Eds.), Functional MRI, Springer-Verlag, Berlin, 1999. W.W. Orrison, J.D. Lewine, J.A. Sanders, and M.F. Hartshorne, Functional Brain Imaging, Mosby-Year Book, St. Louis, 1995. Izbor preglednih i istraživačkih recentnih članaka.


Predavanja, laboratorijske vježbe (računalne simulacije, upoznavanje sa softwarskim paketima za prikaz i analizu podataka), seminarska obrada, izlaganje i diskusija recentnih istraživanja


Provjera znanja: pismeni izvještaji sa laboratorijskih vježbi i pisanje i izlaganje seminara Polaganje ispita: pismeni ispit




Razgovor i e-mail komunikacija sa studentima tijekom održavanja nastave i vježbi te anketa po završetku nastave.


59

Course title Nanophysics and Nanotechnology

Course code

Type of course

Level of course

Year of study I (Ph.D study in Physics – orientation Biophysics)

Semester/trimestar II (spring)

ECTS (Number of credits allocated)

6 ECTS

Name of lecturer

Prof. Dr. Hans O. Lutz


Basic understanding of the physics of nanostructures and their application to modern technological developments

Prerequisites Elementary knowledge of quantum mechanics

Course contents Nanostructure physics is a very interdisciplinary subject. We will have to look into several of the well-known “ladice” of physics, in particular atomic, molecular, nuclear and solid state physics. ●Introduction: from condensed matter to molecules and atoms; classical size effects and scaling relations. ●Probing the properties: spectroscopy; microscopy; scanning probe techniques. ●Geometrical structures and quantum size effects: tiling; electron energies, localization and confinement. ●Free nanoparticles, properties and production: metal, semiconductor and rare gas clusters; molecules and carbon structures; gas aggregation; plasma, chemical and laser methods. Applications. ●Nanostructures in the bulk and on surfaces, properties and production: electronic structure and magnetism; cluster growth and deposition; nanopatterning and lithography; atom-by-atom production. Applications. ●Self-organization; nanomachines and molecular assemblers. ●Outlook.

Recommended reading

Lecture notes shall be available. In addition, reference will be made to some recommendable internet addresses.

Supplementary reading

From among the many books on nanophysics and nanotechnology, in particular contents of the following will be used: Edward L. Wolf: Nanophysics and Nanotechnology. Wiley VCH ,

Weinheim, 2004. Charles P. Poole and Frank J. Owens: Introduction to

Nanotechnology. Wiley and Sons, NJ, 2003. Mark Ratner and Daniel Ratner: Nanotechnology. Prentice Hall PTR ,

NJ, 2003. R. Schmidt, H.O. Lutz and R. Dreizler: Nuclear Physics Concepts in the


60

Study of Atomic Cluster Physics. Lecture Notes in Physics Vol. 404, Springer, Berlin, 1992.

S.N. Khanna and A.W. Castleman: Quantum Phenomena in Clusters and Nanostructures. Springer Series in Cluster Physics, Berlin, 2003.

K.-H. Meiwes-Broer: Metal Clusters at Surfaces. Springer Series in Cluster Physics, Berlin. 2000.

Teaching methods

Lectures (30 hours) Seminars (10 hours) Exercises (10 hours)

Assessment methods

Participation and performance in the course; final examination


Understandable English; this will allow the students to practice the «lingua franca» of physics.


Continuous feedback by the students; course rating by the participants at the end of the course


61

Naziv predmeta Termodinamika i statistička mehanika vodenih otopina

Kod





6 ECTS

Nastavnik Franjo Sokolic


Razumijevanje fizikalne kemije otopina. Vladanje metodama numericke simulacije.

Preduvjeti za upis

Poznavanje termodinamike i klasicne statisticke mehanike.

Sadržaj Termodinamika otopina. Separacija faza. Gornja i donja kriticna tocka. Struktura tekucina i Kirkwood-Buff integrali. Mjerenja rasprsenja neutrona i X-zraka na otopinama. Fluktuacije gustoce i koncentracije u otopinama. Kriticka analiza metoda numerickih simulacija.


J.S.Rowlinson and F.L.Swinton: Liquids and Liquid Mixtures, Butterworth Scientific, London, 1982

Dopunska literatura

A.Ben-Naim: Statistical Thermodynamics for Chemists and Biochemists, Plenum Press, New York, 1992.


Predavanja, vjezbe, rad na racunalu.


Studenti ce interpretirati konkretne rezultate numerickih simulacija. Na kraju ce imati pismeni i usmeni ispit.


Jezik poduke moze biti hrvatski, engleski, francuski ili talijanski.


Napredak ce biti pracen preko sudjelovanja i motiviranosti na racunarskim vjezbama.


62

Naziv predmeta Biomehanika

Kod

Vrsta Teorijski s vježbama

Razina Napredna razina



6 ECTS

Nastavnik Prof. dr. sc. Mile Dželalija


Razumijevanje osnovnih veličina zakona klasične mehanike, te sposobnost njihove primjene na gibanje lokomotornog sustava. Kompetencije u izvođenju antropometrijskih, kinematičkih, kinetičkih i elektromiografskih mjerenja vezano za športske aktivnosti. Kompetencije u stvaranju fizikalnih modela, simulacija te vizualizacije športskih aktivnosti.

Preduvjeti za upis

Kompetencije iz Klasične mehanike.

Sadržaj Uvod. O fizici. O biomehanici. Izvorišta biomehanike. Elementi lokomotornog sustava. Koštani sustav. Zglobni sustav. Mišićni sustav. Kinematika. Referentni sustavi. Gibanja u više dimenzija. Rotacijska gibanja. Newtonovi zakoni gibanja. Newtonov zakon gravitacije. Primjeri sila: sila teže, sila pritiska podloge, sila trenja, sila napetosti, sila uzgona, sila otpora, aerodinamička sila, magnusova sila, elastična sila. Sustavi čestica. Rotacijska gibanja. Ravnoteža. Dinamička ravnoteža. Kinetička energija. Rad. Potencijalna energija. Očuvanje mehaničke energije. Snaga. Biomehanička mjerenja. Jednostavni primjeri iz fizike športa. Antropometrijska mjerenja. Kinematička mjerenja. Kinetička mjerenja. Mjerenja elektromiografskih signala. Opći principi modeliranja. Fizikalni modeli. Simulacije. Vizualizacija. Primjeri u športu. Primjena biomehaničkih principa u športu. Kvalitativne biomehaničke analize.


1. M. Dželalija, Biomehanika, Sveučilište u Splitu, u izradi.

Dopunska literatura

1. P.M. McGinnis, Biomechanics of Sport and Exercises, Human Kinetics, ChampaignCollege Physics, Fifth Edition, Saunders College Publishing, Orlando, 2000.

2. Biomechanics of the Musculo-skeletal system, Second Edition, ed. B.M. Nigg, W. Herzog, John Wiley & Sons, Weinheim,1999


Kombinirani oblici: frontalna predavanja, zajedničko ili grupno riješavanje postavljenih problema i zaključivanje. Izvođenje odabranih demonstracijskih pokusa i mjerenja. Korištenje modernih tehnologija.


Redovita provjera tijekom nastave. Ispit: pismeni i praktični (riješavanje jednostavnih numeričkih i konceptualnih problema i izvođenje mjerenja) i usmeni (razumijevanje veličina i zakona, te primjene na lokomotornog sustava). seminarski rad (postavljanje problema, stvaranje fizikalnog modela, izvođenje simulacije; prezentacija).


63


Hrvatski. Engleski (mogućnost).


Prije početka i po završetku nastavnog procesa, provođenje anketa s prikladnim pitanjima o usvojenim kompetencijama te o provođenju nastave. nastavnog procesa.


64

Neki razlikovni predmeti

Naziv predmeta Modeliranje u kemiji

Kod

Vrsta P-S-V-L :20+0+10+10

Razina Razlikovni kolegij


5 ECTS

Nastavnik Prof. Ante Graovac


Preduvjeti za upis

Sadržaj Tradicionalni i suvremeni modeli u kemiji. Kemijska veza. Bliskost atoma u molekuli. Osnovne diferencijalne jednadžbe kemije. Geometrija, simetrija i topologija molekula. Risanje molekula. Osnove matematičke kemije. Energija i svojstva izolirane molekule: kvantna i računarska kemija. Konformacija molekula: molekularna mehanika. Ansambli molekula: primjena statističke mehanike. Reaktivnost molekula. Modeliranje biomolekula. Sličnost molekula. Dizajniranje lijekova. Jednostavni modeli: topološki deskriptori u modeliranju odnosa struktura-svojstva i struktura-aktivnost.


Literatura:

1. G.H. Grant and W.G. Richards, Computational Chemistry, Oxford University Press, Oxford. 1998.

2. N. Trinajstić, Molekularne orbitale u kemiji, Suvremena kemija, Školska knjiga, Zagreb, 1974

3. N. Raos, Konformacijska analiza, Školska knjiga, Zagreb, 1985. 4. M. Mintas, S. Raić-Malić, i N. Raos, Načela dizajniranja lijekova,

Hinus, Zagreb, 2000. 5. A. Graovac, I. Gutman, and N. Trinajstić, Topological Approach

to the Chemistry of Conjugated Molecules, Springer, Berlin, 1977- Dopunska literatura


Način polaganja


65

ispita




66

Naziv predmeta Molekularno modeliranje Kod PMP274 Vrsta Izborni, Predavanja s računarskim vježbama Razina Napredni Godina I. Semestar I.


5 ECTS - 30 šk. sati nastave ~ 1 ECTS - oko 125 sati samostalnog rada studenta ~ 4 ECTS

Nastavnik Dr. sc. Sanja Tomić Kompetencije koje se stječu

Razumijevanje osnovnih algoritama i tehnika koje se koriste u molekularnom modeliranju, praktično znanje i mogućnost korištenja postojećih programa.

Preduvjeti za upis Položene osnove biologije, osnove fizike i osnove informatike. Sadržaj Upoznavanje s metodama molekularnog modeliranja, njihovim razlikama

i praktičnom primjenom. Fizikalne osnova molekularnog modeliranja. Pojam i vrste polja sila, parametrizacija. Osnove molekularne mehanike, molekularne dinamike i stohastičke dinamike. Značaj otapala kod simulacije bioloških molekula. Tretiranje dugodosežnih, elektrostatskih interakcija. Pojam ansambla (makrokanonskog i mikrokanonskog, ergotska hipoteza). Računanje makroskopskih i termodinamičkih veličina na temelju rezultata simulacije. Komplementarnost molekularnog modeliranja i eksperimentalnih istraživanja. Mogućnosti i ograničenja difrakcijskih, spektroskopskih, mikroskopskih i NMR tehnika u proučavanju bioloških molekula, te njihova povezanost s molekularnim modeliranjem.

Preporučena literatura Andrew R. Leach ‘Molecular Modelling: Principles and Applications'

Dopunska literatura Kenny B. Lipkowitz and Donald B. Boyd, (Eds): Reviews in Computational Chemistry, Indiana University-Purdue University of Indiapolis, Vols. 3-5. Poglavlja iz knjige: Nenad Raos, 'Konformacijska analiza'Milan Mintas, Silvana Raić-Malić, Nenad Raos, 'Načela dizajniranja lijekova'.


Izvedba nastave: predavanja, laboratorijske vježbe (na računalu).


Ispit: usmeni iz fizikalnih osnova molekularnog modeliranja i praktični dio provjere sposobnosti korištenja postojećih programa za molekularno modeliranje


HRV., ENGL. ovisno o studentima koji upišu ovaj kolegij.




67

Naziv predmeta Programiranje u struci

Kod PMP072

Vrsta Razlikovni predmet, Praktični

Razina Osnovni

Godina I. Semestar II.


5 ECTS: - 60 šk. sati = 45 h nastave ~ 1.5 ECTS - 105 h samostalnog rada studenta na savladavanju gradiva ~ 3.5 ECTS

Nastavnik Nastavnik sa Zavoda za fiziku


Usvajaju se temeljni pojmovi o programiranju, algoritamskim strukturama i metodama programiranja na primjeru programskog jezika C. Sposobnost rješavanja jednostavnih problema u fizici korištenjem programiranja.

Preduvjeti za upis Nema.

Sadržaj Računalni programi. Moj prvi C program. Tipovi podataka u C programskom jeziku. Operatori i izrazi. Kontrola tijeka programa. Funkcije. Polja. Pokazivači. Strukture. Ulazno-izlazne operacije (Jednostavni ulaz i izlaz. Formatirani ulaz i izlaz. Rad s datotekama.). Primjeri korištenja u fizici.


Interna skripta.

Dopunska literatura

1. Tihomir Čukman i Vlatko Bolt: "C/C++ kroz primjere", PROCON, Zagreb, 1993. 2. Chuck Allison: "Thinking in C - Foundations for Java and C++", Multimedia Seminar on CD ROM, © 2000 MindView, Inc. 3. Julijan Šribar i Boris Motik: “Demistificirani C++ (Dobro upoznajte protivnika da biste njime ovladali)", Element, Zagreb, 2001. 4. Paul F. Kunz: "BABAR C++ Course", http://www.slac.stanford.edu/BFROOT/doc/www/ProgC++class.html


Frontalna predavanja uz korištenjem modernih tehnologija s vježbama na računalu.


Usmeni i praktični ispit (zadatci na računalu).


Hrvatski, engleski (mogućnost)


Prije početka i po završetku nastavnog procesa, provođenje anketa s prikladnim pitanjima o usvojenim kompetencijama, te o kvaliteti provođenja nastavnog procesa.


68

3.5. Ritam studiranja i obveze studenata. Uvjeti za napredovanje kroz studij, upisa u slijedeći semestar, odnosno slijedeću godinu studija, te preduvjeti upisa pojedinog predmeta ili skupine predmeta

Studenti se biraju nakon javnog natječaja. Studenti su obavezni upisati, odslušati i položiti razlikovne predmete koje im odredi Povjerenstvo studija. Obavezni su sudjelovati u svim oblicima planirane nastave i nakon održane nastave polagati ispit. Uvjeti upisa druge godine studija su položeni ispiti iz svih razlikovnih predmeta, iz svih predmeta iz prvog semestra prve godine studija i ostvaren izbor mentora koji će dalje voditi studenta do doktorata. Uvjeti upisa treće godine su položeni ispiti iz svih upisanih predmeta i pozitivna ocjena Povjerenstva studija nakon studentovog seminara o istraživačkom radu na prijavljenoj temi disertacije.

Studenti prve godine dobivaju savjetnike koji im pomažu u svim odlukama i problemima povezanim s doktorskim studijem. Prije upisa druge godine studija od studenta se očekuje da postigne dogovor sa mentorom koji će dalje voditi studenta do doktorata. Tijekom druge godine studija od doktorskih kandidata se očekuje da uz pomoć mentora napišu prijedlog istraživačkog projekta koji bi vodio prema doktoratu iz biofizike. Nakon uspješno održanog kvalifikacijskog seminara na kraju druge godine studija i od strane Povjerenstva studija prihvaćenog projekta izrade doktorskog rada student može upisati treću godinu studija. Praćenje izvođenja projekta prati Povjerenstvo za obranu doktorske disertacije koje će u pravilu imati jednog čana sa Sveučilišta u Splitu, jednog sa Instituta Ruđer Bošković i jednog inozemnog biofizičara.


69

3.6. Sustav savjetovanja i vođenja kroz studij

Kako predloženi studij izvode PMF u Splitu i Institut «Ruđer Bošković» u Zagrebu program bi zajednički nadzirali voditelj u Splitu prof. dr. s. Davor Juretić i voditelj u Zagrebu znanstveni savjetnik Vesna Svetličić. Voditelji studija odgovorni su za sve aspekte organizacije studija. Voditelji imaju krajnju odgovornost za akademske i znanstvene komponente programa, pripremu i distribuciju informacija o programu, odabir studenata, pohranu dokumenata o studiju i organizaciju seminara gostujućih nastavnika/znanstvenika.

Odluke o važnijim pitanjima vezanim za ovaj studij donosilo bi šire Povjerenstvo studija u kojem su osim D. Juretića i V. Svetličić još pristali učestvovati Stjepan Marčelja i Ante Graovac, redoviti profesori PMF-a u Splitu, kao i Davor Eterović, redoviti profesor Medicinskog fakulteta u Splitu. Stjepan Marčelja je bivši ravnatelj tog Instituta Ruđer Bošković i vodeći biofizičar u Hrvatskoj koji sada radi 50% na Fakultetu prirodoslovno matematičkih znanosti i kineziologije u Splitu i 50% na Nacionalnom sveučilištu Australije u Canberri, Australija. Ante Graovac radi 50% na Institutu Ruđer Bošković a 50% na Fakultetu prirodoslovno matematičkih znanosti i kineziologije u Splitu. Povjerenstvo odlučuje kojim studentima će se dozvoliti upis u ovaj studij i koje će razlikovne predmete student morati upisati, što će naravno ovisiti o predznanju svakog studenta. Popis razlikovnih kolegija, koji prilažemo, nije fiksan, nego služi zato da studenti lako vide skup kolegija između kojih bi im Povjerenstvo moglo preporučiti nekoliko kao razlikovne. Kako slični općeniti kolegiji iz prirodnih znanosti i matematike postoje na svim sveučilištima, studenti sa drugih sveučilišta mogu prije diplomiranja upisati i položiti predmete koji im očito nedostaju (biokemija za fizičare, neka dodatna fizika za biologe), ako se odluče da će poslije diplome studirati biofiziku. Povjerenstvo će im u pravilu to priznati kao već položene razlikovne kolegije.

Efikasan trogodišnji studij za doktorat vrlo je zahtjevan. Zbog toga je neophodna provjera studenata nakon prve i nakon druge godine studija. Upisani razlikovni predmeti i svi predmeti iz prvog semestra prve godine moraju se položiti prije upisa druge godine ovog doktorskog studija. Prije upisa druge godine studija student mora imati svog mentora koji ga pristaje voditi do doktorata. Položeni kvalifikacijski seminar uvjet je za upis treće godine studija. Ako još nisu izabrali mentora za doktorat studenti obavezno biraju mentora prilikom upisa druge godine studija. Nakon druge godine studija treću će moći upisati samo studenti, koji su položili sve ispite i čiji istraživački rad, prema ocjeni Povjerenstva studija, vodi prema kvalitetnoj publikaciji. Studenti koji ne dobiju pozitivnu ocjenu kvalifikacijskog seminara ili niti nakon četiri godine studiranja ne ispune sve obaveze potrebne za upis treće godine studija gube pravo na daljnji studij do doktorata, ali će im se pomoći da se, ukoliko to žele, prebace na srodni specijalistički studij.

Opravdanost rada na doktorskoj tezi prosuđuje Povjerenstvo za obranu doktorske disertacije, Povjerenstvo studija, mentor rada na tom istraživačkom problemu, i stručnjaci za problematiku iz predložene teme doktorskog rada. Ključno pitanje na koje je potrebno odgovoriti je koliko je obećavajući studentov napredak u postizanju novih i važnih rezultata u izabranoj temi istraživanja. Krajem treće godine studija student bi već morao imati preprint ili reprint rada u kojem opisuje svoje istraživačke rezultate. Jedan prihvaćeni ili publicirani rad u poznatom međunarodnom časopisu sa studentom kao prvim autorom je minimalni uvjet da student može zatražiti pristupanje obrani doktorske teze. Student može javno braniti predloženu doktorsku tezu već u trećoj godini studija, a najkasnije krajem četvrte godine ako je redoviti student. Osim studentovog mentora, Povjerenstvo za obranu će nastojati da prilikom obrane doktorske teze bude prisutan i jedan priznati međunarodni ekspert za izabranu tematiku rada.


70

Studentova obaveza je da se upozna sa svim pravilima doktorskog studija i da ima česte dogovore sa mentorom i profesorima savjetnicima s obzirom na planiranje i izvođenje istraživanja, kako bi studij mogao završiti u za to predviđenom vremenskom periodu. Od redovitog studenta u drugoj i trećoj godini studija očekivati će se da će provoditi oko 40 sati tjedno u istraživačkom radu. Program studija ohrabrivat će studente da učestvuju u svim intelektualnim aktivnostima koje ne bi usporavale studiranje. Studentova obaveza je da informira mentora i Povjerenstvo studija o svim promjenama koje mogu imati negativni utjecaj na tijek istraživanja i studija. Najmanje jednom godišnje student će napisati izvještaj o napretku u studiju za mentora, savjetnike, Povjerenstvo studija, i za pročelnika Zavoda.

Povjerenstvo pravi selekciju kandidata za ovaj studij na osnovu njihovih ocjena u prethodnom studiju, na osnovu jasno pokazanog interesa za biofiziku, i na osnovu već izvršenih istraživanja u dodiplomskom studiju ili prilikom izrade magistarskog rada. Svakako će se uzimati u obzir i dobre preporuke stručnjaka. Od studenata se očekuje da pokažu inicijativu u komunikaciji s mogućim mentorima da bi postigli dogovor s mentorom oko teme istraživačkog rada koji bi vodio prema doktorskom radu. Student bi to trebao postići prije upisa druge godine studija.

Svaki će student imati tri savjetnika. Jedan od njih će biti studentov mentor s odgovornošću da nadgleda i vodi studenta prilikom izrade doktorskog rada. Mentor bi u pravilu trebao biti jedan od voditelja ponuđenih obaveznih ili izbornih predmeta, koji je prihvatio obavezu da se brine o svom dijelu studijskog programa za vrijeme od četiri ili sedam godina koliko maksimalno može trajati studiranje redovitog studenta ili studenta koji studira uz rad. Mentor će voditi malo Povjerenstvo od tri studentova savjetnika. Svi naši voditelji predmeta, koji žele biti i mentori za doktorske radove, imat će kvalitetne istraživačke projekte i programe rada, u kojima će u principu biti lako uključiti i studenta kao znanstvenog novaka.

Mentorova obaveza je da vrlo jasno objasni studentu/studentici što se od nje/njega očekuje. Mentor će redovito diskutirati studentov napredak s dva savjetnika i nakon postizanja sporazuma s savjetnicima, obavezno će jednom godišnje podnijeti pismeni izvještaj Povjerenstvu za ovaj studij, pročelniku Zavoda i Fakultetskom vijeću. Od mentora i studenta očekivat će se da što prije postignu sporazum koliko će se često sretati radi diskusije o studentovom napretku, o svim problemima koji iskrsnu tijekom istraživanja, i o tome koji će biti objektivni kriteriji za ocjenjivanje napretka u studentovom radu. Mentor i student trebaju postići sporazum i o tome koliki će dio financijskih sredstava za istraživanja, s kojima mentor raspolaže, biti stavljen na raspolaganju studentu radi istraživanja povezanih s izradom doktorskog rada i radi sudjelovanja studenta u znanstvenim konferencijama, školama i radionicama. Mentor će odmah na početku suradnje sa studentom objasniti koje nove metode student treba naučiti i pomoći će studentu da uspostavi kontakte sa stručnjacima koji rade na tematici koju je student izabrao za svoj doktorski rad. Također, u samom početku suradnje između studenta i mentora postići će se dogovor o tome na koji način će studentovi istraživački rezultati biti publicirani, odnosno na koji će se način kroz autorstvo publiciranih radova poštovati mentorov doprinos. Ako mentor ima potpisan ugovor o financiranim istraživanjima na kojima će sudjelovati i student, tada studenta treba upoznati sa svim detaljima i obavezama koji proističu iz tog ugovora.

Mentorova obaveza je da objasni studentu sva etička pravila i pravila o sigurnosti na radu relevantna za izabranu temu istraživanja. Mentor će ukazati studentu na potrebu da student čuva izravne rezultate istraživanja uredno i kompletno u laboratorijskim bilježnicama kroz dugi niz godina, bez obzira da li su ti rezultati publicirani ili ne.

Važnije odluke u vezi studentovog rada mentor treba napisati, podijeliti ostalim savjetnicima i studentu i uvrstiti ih u godišnji izvještaj o studentovom napretku. Mentor treba studentu osigurati uvjete


71

koji su neophodni u izabranoj temi istraživanja da bi se rad mogao nesmetano odvijati i da bi student mogao doći do zanimljivih i originalnih rezultata. Ako student ipak ne napreduje na zadovoljavajući način mentor će u pisanom obliku utvrditi da nije zadovoljan studentovim napretkom i zatražit će od studenta da poduzme određene korake kako bi se suradnja mogla glatko nastaviti. Prema unapred dogovorenom planu mentor će od studenta redovito tražiti da mu dostavlja napisana izvješća o rezultatima rada, ponudit će kritične komentare, dati podršku, ili zatražiti određene promjene.


72

3.7. Popis predmeta ili modula koje studenti mogu upisati s drugih poslijediplomskih doktorskih i specijalističkih studijskih programa

U popisu izbornih predmeta već je naveden veći broj predmata sa drugih studija koji su prilagođeni potrebama ovog studija biofizike. Tu spadaju « Temelji neuroznanosti » , « Multifaktorske statističke metode u biomedicini » i « Fizika medicinske dijagnostike » (studij medicine), « Modeliranje u kemiji » (studij kemije), « Termodinamika nepovratnih procesa » (studij fizike), « Biomehanika » (studij kineziologije), « Mikrobiologija i okoliš » (studij .....) i drugi.

« Praktikum iz metoda biokemije i molekularne biologije» je predmet koji se redovito drži na Institutu «Ruđer Bošković» u Zagrebu, a biti će vrlo koristan i za naše studente ako izaberu taj izborni predmet. Osim toga gledat ćemo da postignemo dogovor s PMF-om u Zagrebu da naši studenti mogu izabrati neke njihove predmete relevantne za studij biofizike i da njihovi studenti mogu izabrati neke naše predmete.

Preostali izborni kolegiji ponuđeni su namjenski za naš doktorski studij biofizike. Kako se u pravilu radi o vrlo kvalitetnim i modernim predmetima kao što su “Teorija i eksperiment u izučavanju procesa smatanja proteina”, “Modeliranje staničnih procesa”, “Biofizika stanice”, “Signalizacija u mozgu”, “Nanofizika i nanotehnologija” , “Primjene principa maksimalne proizvodnje entropije u fizici i biologiji” i “Bioinformatičko istraživanje repeticija i repeticija višeg reda u genomskoj sekvenci ”, bilo bi zaista poželjno da drugi fakulteti Sveučilišta u Splitu, PMF u Zagrebu i relevantni fakulteti u Rijeci, Osijeku, Mostaru i Sarajevu dozvole svojim studentima poslijediplomcima upis tih izbornih predmeta. Organizatori ovog doktorskog studija poduzet će potrebne korake da se takva suradnja ostvari.


73

3.8. Popis predmeta i/ili modula koji se mogu izvoditi na stranom jeziku

Većina ponuđenih predmeta mogu se izvoditi bilo na engleskom ili na hrvatskom jeziku. Izuzetak su izborni predmeti koje su ponudili professor Hans Lutz iz Njemačke, prof. Milan Brumen iz Slovenije i dr. Roderick Dewar iz Francuske, koji će se održavati na engleskom jeziku. Razlikovni kolegiji će se držati u Splitu isključivo na hrvatskom jeziku, međutim već prije smo spomenuli da će Povjerenstvo ovog studija u pravilu priznavati analogne razlikovne kolegije, koje je student položio na nekom drugom sveučilištu. Strane studente ćemo nastojati privući i ohrabriti da upišu naš doktorski studij biofizike. Ukoliko su dovoljno unapred upoznati s našim programom studija ti će studenti moći upisati i polagati potrebne razlikovne kolegije na njihovom sveučilištu prije nego što magistriraju. Kada se upišu na naš studij moći će slušati svu nastavu na engleskom jeziku. To naravno znači da će i naši studenti iz Hrvatske ili iz Bosne i Hercegovine slušati nastavu na engleskom jeziku ako nam se ostvari plan da privučemo strane studente.

3.9. Kriteriji i uvjeti prijenosa ECTS-bodova

Pripisivanje ECTS bodovne vrijednosti predmetima koje studenti mogu izabrati s drugih studija na sveučilištu ili drugim sveučilištima.

Predloženi studij zamišljen je fleksibilno, tako da Povjerenstvo ovog studija za svakog studenta može odlučiti koji mu se dio ECTS bodova može priznati ako su već polagali neke predmete iz biofizike, ili koje predmete mogu izabrati s drugih studija (osim navedenih predmeta u opisu ovog studija) ako student i Povjerenstvo smatraju da bi ti predmeti olakšali i ubrzali planirani rad studenta na doktorskoj tezi.

Nastojat će se postići i formalni dogovor s PMF-om u Zagrebu oko međusobnog priznavanja položenih kolegija na poslijediplomskom studiju biofizike.

3.10. Način završetka studija i uvjeti za prijavu teme doktorskog rada

Tijekom treće ili najkasnije četvrte godine studija (za redovite studente) student javno brani predloženu doktorsku tezu. Opravdanost rada na doktorskoj tezi prosuđuje Povjerenstvo, mentor rada na tom istraživačkom problemu, ostala dva sudentova savjetnika i stručnjaci za problematiku iz predložene teme doktorskog rada. Detaljniji podaci o postupcima i uvjetima za prihvaćanje teme doktorskog rada navedeni su u Poglavlju 3.6 (Sustav savjetovanja i vođenja tijekom studija). Studentu je potreban najmanje jedan kvalitetni istraživački rad prihvaćen ili već publiciran u CC časopisu da bi mogao prići obrani doktorske teze. To je logična obaveza studenta koji tijekom poslijediplomskog studija treba naučiti ne samo da izvodi samostalna i originalna istraživanja, nego i da najvažnije rezultate izloži u obliku znanstvenog rada napisanog u skladu s prihvaćenom metodologijom u izabranom području istraživanja i prema zahtijevima urednika izabranog časopisa kojemu će taj rad biti ponuđen.


74

3.11. Uvjeti nastavka studija

Redovitim studentima će samo u iznimnim slučjevima biti dozvoljen prekid studiranja (bolest). Ako ipak dođe do dužeg prekida, koji se ne može opravdati bolešću, Povjerenstvo za ovaj studij će odlučiti da li se studentu ili studentici može dozvoliti nastavak studiranja ili ne. Takva praksa je neophodana da bi se osigurala efikasnost studija u skladu s Bolonjskom reformom, odnosno da doktorski studij ne bio bio duži od maksimalno četiri godine za redovite studente.

3.12. Uvjeti stjecanja potvrde (certfikata) o apsolviranom dijelu programa

Studenti mogu završiti bilo koju logičku cjelinu iz našeg doktorskog programa studija i dobiti odgovarajuću potvrdu o tome koji su dio studija završili, ako žele ranije napustiti program, ili ako su apsolvirali samo dio programa u okviru svog plana o cjeloživotnom obrazovanju. Ako to žele, studentima koji se odluče ranije napustiti program, pružit će se potrebna pomoć da pređu na neki drugi doktorski studij ili na odgovarajuće specijalističke studije.

3.13. Uvjeti i način stjecanja doktorata znanosti sa ili bez pohađanja nastave

Najmanje dva visoko kvalitetna rada publicirana u CC časopisu sa studentom-kandidatom kao prvim autorom, potrebna su kao minimalni preduvjet ako student želi da ga se oslobodi obaveznog pohađanja nastave. U tom slučaju Povjerenstvo za ovaj studij može odlučiti da je studentova obaveza da napiše doktorski rad na engleskom jeziku i da ga ponudi Povjerenstvu za obranu na prosudbu zajedno s publiciranim radovima. U slučaju povoljnog ishoda prosudbe moguće je prići izboru Povjerenstva za obranu doktorske teze i samoj obrani. Obrana doktorske teze u pravilu se odvija u prisutnosti poznatog međunarodnog eksperta za izabranu temu istraživanja.

3.14. Maksimalna duljina trajanja studiranja

Za redovite studente su četiri godine maksimalna duljina trajanja studija do doktorata. Za izvanredne (part-time) studente, koji mogu samo dio svog radnog vremena posvetiti studiranju, maksimalna duljina trajanja studija je sedam godina. Krajnji rokovi koje redoviti studenti moraju poštovati prilikom apsolviranja neke studijske cjeline (vidi Poglavlje 3.6) udvostručavaju se u duljini trajanja za izvanredne studente.


75

4. Uvjeti izvođenja studija

4.1. Mjesta izvođenja studijskog programa

Obvezni i izborni kolegiji se slušaju na Sveučilištu u Splitu i na institutu «Ruđer Bošković». Studenti će imati mogućnost dio svog istraživačkog rada izvoditi i na znanstvenim institucijama izvan Splita ili izvan Hrvatske. Neki od obaveznih seminara, konferencija, ljetnih škola i znanstvenih radionica održavat će se u Splitu (PMF u Splitu, Medicinski fakultet u Splitu, MedILS, Oceanografski institut, ...), Zagrebu (Institut Ruđer Bošković) i Dubrovniku, ali u i drugim gradovima koji ponude dobre uvjete boravka i rada.

4.2. Podaci o prostoru i oprema predviđena za izvođenje studija, posebno podaci o istraživačkim resursima (istraživačka oprema, ljudski resursi)

4.1.1.1. I. Infrastruktura/oprema Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i kineziologije u Splitu i Institut “Ruđer Bošković” u Zagrebu raspolažu potrebnim prostorom i opremom za izvođenje programa poslijediplomskog doktorskog studija iz biofizike. 4.1.1.2. II. Administrativni troškovi 4.1.1.3. Administrativne poslove doktorskog studija obavljat će osoba koja će biti zaposlena na Fakultetu u Zavodu za fiziku. Fakultet i Institut će također pokriti troškove hladnog pogona, dok će se iz 5% školarine pokriti sitni administrativni troškovi (indeks, papir, korespondencija, itd.).


76

4.3. Popis znanstvenih i razvojnih projekata na kojima se temelji doktorski program

Andrea Ambriović-Ristov Institut Ruđer Bošković, Zagreb Projekti:

1. Stanični odgovor na genotoksične agense (voditelj dr. sc. Maja Osmak broj 0098076). 2. Otpornost tumora na citostatike i adenovirusni vektori za gensku terapiju tumora.

Milan Brumen University of Maribor Projekti: 1. Biophysics of polymers, membranes, gels, colloids and cells ( Prof. dr. Rudolf Podgornik, University of Ljubljana and Jožef Stefan Institute, Ljubljana; chairperson of the research programme); founded by the Slovenian Research Agency. Moguće istraživačke teme za izradu doktorskog rada:

1. Mathematical modelling of isometric and isotonic force development in smooth muscle cells.

2. Different pathways of calcium signalling in smooth muscle cells; a study by mathematical modelling.

3. Thermodynamic aspects of smooth muscle contraction. Roderick Dewar EPHYSE-INRA, Bordeaux, Francuska Projekti: 1) Evaluating the hypothesis of maximum entropy production for terrestrial ecosystems Zoran Đogaš Medicinski fakultet Sveučilište u Splitu Projekti:

1. Neurotransmiteri u kontroli disanja (0216003, stari). 2. Neuralna kontrola disanja u budnosti, spavanju i anesteziji (novi mogući program)

Davor Eterović Medicinski fakultet Sveučilište u Splitu


77

Projekti:

1. Regulacija krvnog optoka u poprečnoprugastom mišičju (0216007, stari) 2. Mehanizmi neželjenih učinaka vantjelesne urinarne litotripsije (novi mogući projekt).

Ante Graovac Institut Ruđer Bošković u Zagrebu i Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i kineziologije, Sveučilište u Splitu Projekti:

1. Modeliranje novih ugljikovih materijala (stari projekt) 2. Modeliranje i spektroskopija bioaktivnih materijala (novi mogući program koji okuplja

istraživače šest projekata). Moguće istraživačke teme za izradu doktorskog rada: 1. Klusteriranje vode 2. Graf-teorijske metode za opis DNA i proteina Davor Juretić Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i kineziologije Sveučilište u Splitu Projekti: 1. Predviđanje strukture i djelovanja membranskih poilipeptida (0177163, stari). 2. Razvoj i primjene principa maksimalne proizvodnje entropije (novi projekt ponuđen u okviru programa istraživanja: Razvoj i primjena novih biofizikalnih postupaka i modela). Ukoliko ponuđeni projekti i program budu odobreni D. Juretić će idućih pet godina voditi jaku istraživačku grupu biofizičara u kojoj je desetak istraživača iz Zagreba i pet iz Splita. Moguće teme za istraživački rad koji bi vodio doktoratu:

1) Principi konstrukcije selektivnih antimikrobskih peptida. 2) Primjena principa maksimalne proizvodnje entropije prilikom selekcije efikasnih

kinetičkih modela za rad prirodnih nanostrojeva. 3) Predviđanje konformacije membranskih polipeptida.

Bono Lučić Institut "Ruđer Bošković", Zagreb Projekti: 1. Razvoj i primjena modela u kemiji i bioinformatici (0098034, stari) 2. Razvoj metoda za modeliranje svojstava bioaktivnih molekula i proteina (novi projekt ponuđen u okviru programa istraživanja: Razvoj i primjena novih biofizikalnih postupaka i modela). Moguće teme za istraživački rad koji bi vodio doktoratu:


78

1) Razvoj metode za modeliranje globalnih svojstava proteina na temelju informacija iz primarne strukture: (a) udio pojedine sekundarne strukture (alfa, beta, nepravilna); (b) strukturalna klasa (alfa, beta, alfa/beta, alfa+beta); (c) razvrstavanje (klasifikacija) proteina na temelju strukture (npr. topljivih i membranskih); (c) predviđanje konstante savijanja i konstante razmotavanja proteina

2) Razvoj nove metode za modeliranje sekundarne strukture topljivih proteina te za modeliranje strukture membranskih proteina s transmembranskim segmentom u konformaciji beta (membranski proteini beta klase)

Stjepan Marčelja Sveučilište u Splitu i Nacionalno sveučilište Australije u Canberri (The Australian National University Canberra, ACT 0200, Australia) Projekti:

1) Surface forces in aqueous electrolytes 2) Development and application of nonlinear dynamics methods in environmental sciences

(Razvoj i primjene metoda nelinearne dinamike u znanosti u okolišu) Moguće istraživačke teme za izradu doktorskog rada:

1) Multiscale prediction of time series with environmental applications 2) Ion-specific interaction of hydrophobic surfaces in simple electrolytes

Boris Martinac Professor and Foundation Chair of Biophysics School of Biomedical Sciences The University of Queensland Brisbane, QLD 4072 Phone: 61-7-3365-3113 Fax: 61-7-3365-1766 E-mail: [email protected] Projekti: 1. Early evolutionary origins of mechanosensory transduction:structure, function and phylogenetic studies of the family of mechanosensitive channels in cell-walled organisms. 2. The role of mechanosensitive (MS) ion channels in magnetoreception. 3. Biologically inspired sensory systems: towards an intelligent tactile sensor. 4. Force from lipids: the role of the lipid bilayer in mechanosensory transduction. Moguća tema za istraživački rad koja bi vodila doktoratu: 1) Uloga lipida u funkciji mehanozenzitivnih kanala Rudi Podgornik Rudi Podgornik


79

Laboratory of Physical and Structural Biology National Institute of Child Health and Human Development National Institutes of Health 9 Memorial Drive, MSC 0924 Bldg. 9, Rm. 1E116 Također zaposlen na: University of Ljubljana and Jožef Stefan Institute, Ljubljana, Slovenija Projekti: 1. Biophysics of polymers, membranes, gels, colloids and cells ( Prof. dr. Rudolf Podgornik, University of Ljubljana and Jožef Stefan Institute, Ljubljana; chairperson of the research programme); founded by the Slovenian Research Agency. 2. Fizika granularne snovi 3. Interfacial Materials - Computational and Experimental Multi-Scale Franjo Sokolić Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i kineziologije, Sveučilište u Splitu (od jeseni 2006). Mogući projekt:

1. Mikroskopska struktura i dinamika vodenih otopina Selma Supek Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb Projekti: 1. Funkcionalno oslikavanje mozga neurodinamičkim metodama 2. Kognitivna neurodinamika Janoš Terzić Medicinski fakultet Sveučilište u Splitu Projekti: 1. Studije povezanosti i izražaja gena kod čovjeka Moguće istraživačke teme za izradu doktorskog rada: 1. Molekularna osnova ronjenja Bojan Žagrović Institut za Fizikalnu Kemiju, Švicarski Federalni Institut za Tehnologiju (ETH), Zürich, 8093, Švicarska (Swiss Federal Institute of Technology, Zurich)


80

Potential projects for a doctoral student (03. 02. 2006.):

1) one potential project would deal with the application of Bayesian methods from statistics in

structural biology. Bayesian statistics, as a paradigm for making inferences under uncertain

conditions, offers an alternative approach to solving biomolecular structures from incomplete

experimental data. For instance, using the principle of maximum entropy, it allows one to extract

a maximal amount of useful information from a given set of data. Such an approach is ideally

suited for solving molecular structures when the set of experimental observables (NOE intensities

in the case of NMR, or structure factors in the case of X-ray crystallography) does not uniquely

constrain the structure. Michael Nilges' group (Institute Pasteur, Paris) has in the past several

years developed several algorithms for solving NMR structures based on Bayesian principles. A

potential doctoral project would include testing and further development of such NMR algorithms,

and development of algorithms for solving X-ray structures. Specifically, the project would

include application of different methods for sampling posterior structural distributions, such as

local elevation or replica exchange, or in other words, take advantage of the already existing

methods for sampling highly dimensional spaces in the context of solving biomolecular structures

based on Bayesian principles.

2) the second potential project would deal with development of atomistic force fields with an aid

of Bayesian methods. The empirical force fields in use today (Gromos, Amber or Charmm) are

developed and parameterized based on fitting experimental data and quantum-mechanical

calculations, but in most cases, without a uniform and consistent statistical framework. Finally,

force fields are models based on certain a amount of data, and as such should be treated with an

equal amount of rigor as any other statistical models. The problem is that force fields are highly

dimensional models with a multitude of parameters, while the experimental (or ab inition

theoretical) data is scarce. Bayesian methods are ideally suited for exactly such situations, and a

potential doctoral project would deal with their application. Development of a complete force

field for the simulation of biomolecules is an ambitious project, and in the beginning the student

would work on a simpler problem such as for instance development of a satisfactory atomistic

model of water and other solvents such as methanol or DMSO.

3) the third potential project would deal with dynamic activation of enzymatic function. The

dominant paradigm for explaining the function of proteins is currently the idea of "conformational


81

change". Analogously to, say, open and closed doors, enzymatic activation is explained by

invoking a conformational change of the protein from inactive to active structure. Dynamic

activation of proteins, on the other hand, postulates that the free energy of activation can be

obtained by changing the dynamics of the protein with no change in the average structure of the

protein. As a 1-dimensional example, a pendulum which oscillates with two different frequencies,

has the same "average structure", but is found in two different energetic states. Recently, several

experimental groups (Joshua Wand, University of Pennsylvania; Dorothee Kern, Brandeis

University and others) have demonstrated the importance of the dynamics activation of enzymes

by using NMR. The potential doctoral project would deal with this problem with an aid of

atomistic computer simulations of several important enzymes and most advanced theoretical

methods for calculating free energy and entropy.

The common denominator of my research is studying structure and dynamics of proteins with an

aid of atomistic computer simulations. Regarding the computational infrastructure for such

research, in the course of my PhD project I have worked on the development and use of the

Folding@Home distributed computing network that uses volunteer processors from all around the

world coordinated through the world wide web. The network currently includes approximately

200,000 active processors, and based on the sheer amount of computational power, it is one of the

largest computational mega-clusters in the world. The leader of the Folding@Home project, Vijay

S. Pande (my doctoral mentor), agrees that a fraction of the Folding@Home network can be used

for my own research. Initially, this would include approximately 5,000 processors, and in

connection with that, in the first phase of the doctoral project, my potential student would work on

establishing and stabilizing this mini network, and adjusting the algorithms and software that we

use to the demands of such network.

Paško Županović

Projekt br 0177165 :

Dielektrična i fotoemisijska svojstva sistema s više elektronskih vrpci

Istraživačke teme rada koje mogu voditi prema doktoratu znanosti iz biofizike:

1. Information entropy and relaxation processes. Informacijska entropija i relaksacijski procesi.


82

2. Information entropy and exactly solvable many body problems. Informacijska entropija i egzaktno rješivi monogočestićni problemi.

3. Maximum entropy production principle and phenomenological intermolecular potentials. Načelo največe proizvodnje entropije i fenomenološki međumolekularni potencijali.


83

4.4. Institucijsko rukovođenje doktorskim programom

Za sada su dvije institucije i formalno uključene u izvedbi predloženog doktorskog programa: Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i kineziologije u Splitu (PMFST) i Institut Ruđer Bošković u Zagrebu (IRB). Držimo da bi bilo poželjno da se uključe još neke znanstvene institucije iz Splita. To su MedILS, IZOR i Medicinski fakultet u Splitu. Dok se to ne ostvari PMFST i IRB će dogovorno podijeliti ovlasti i zaduženja u vezi s ovim studijem.

Vođenje studija Voditelj studija. Program će biti nadziran od strane voditelja u Splitu (prof. dr. Davor Juretić) i u Zagrebu (znanstveni savjetnik dr. Vesna Svetličić). Dr. Juretić je objavio 58 znanstvenih radova, koji se bave biofizikom, bioenergetikom, bioinformatikom, fizikom i ekologijom, a citirani su oko 700 puta. Dr. Svetličić je objavila 60 radova koji se bave transportom iona kroz membrane, samorganizacijom organskih molekula (monoslojevi, vezikule, gelovi), adhezijom stanica, biofizikom mora, a citirani su oko 400 puta. Voditelji studija odgovorni su za sve aspekte organizacije studija. Voditelji imaju krajnju odgovornost za akademske i znanstvene komponente programa, pripremu i distribuciju informacija o programu, odabir studenata, pohranu dokumenata o studiju i organizaciju seminara gostujućih nastavnika/znanstvenika. 4.1.1.4. Zamjenici voditelja studija. Prof. dr. Stjepan Marčelja i prof. dr. Ante Graovac će biti zamjenici voditelja studija. Dr Marčelja ima više od 5000 citata svojih 70 CC radova, a Dr. Graovac ima 110 CC radova. Zamjenici voditelja usko će surađivati sa voditeljem studija u svim aspektima studija. Povjerenstvo studija. Povjerenstvo studija sačinjavaju voditelji studija, njihovi zamjenici i prof. dr. Davor Eterović, medicinski fizičar i biofizičar na Medicinskom fakultetu u Splitu. Povjerenstvo studija odlučuje o svim vežnijim pitanjima vezanim za ovaj studij, a članovi povjerenstva u stalnom su međusobnom kontaktu ili izravno ili putem e-mail poruka. Savjetodavno povjerenstvo. Predložiti !!!!!! 4.1.1.5. Odgovornost savjetodavnog povjerenstva. Funkcije povjerenstva su analiza materijala koje su pripremili voditelji studija i Povjerenstvo studija o (1) javnoj prezentaciji programa, (2) osiguranju dovoljnog broja kvalitetnih vrhunskih mentora koji se mogu posvetiti razvoju doktorskih studenata, (3) nadziranju napredovanja studenata kroz studij i (4) obavještavanju voditelja studija o napredovanju istraživačkog projekta svakog studenta. Povjerenstvo će pomoći završenim studentima pronaći adekvatno zaposlenje. Sljedeća funkcija povjerenstva je nadziranje svih aspekata programa na godišnjoj razini.

4.5. Ugovorni odnosi između studenata i nositelja doktorskog studija, odnosno suradnih institucija: za stjecanje kreditnih bodova, izvođenje istraživačkog rada, obranu doktorske disertacije, ostvarivanje obvezatnih i izbornih aktivnosti.

Studenti će s organizacijom nositeljem doktorskog studija sklopiti ugovor o radu za vrijeme trajanja studija. Tim ugovorom biti će definirana uzajamna prava i obveze u skladu s Pravilnikom studija (Prilog II).


84

4.6. Podaci o svakom angažiranom nastavniku

Nastavnik Dr. sc. Andreja Ambriović-Ristov

Ustanova zaposlenja

Institut Ruđer Bošković

E-mail [email protected]

Osobna web-stranica

-

Kratki životopis (opis kretanja u struci)

Rođena u Zagrebu, 1967, Obrazovanje: 1989 – dipl. ing. medicinske biokemije, Farmaceutsko-biokemijski fakultet, Sveučilište u Zagrebu, 1993 – magisterij iz molekularne i stanične biologije, Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu, 1997 – doktorat iz molekularne biologije, Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu, Glavni istraživački interesi: preusmjeravanje adenovirusnih vektora u genskoj terapiji tumora, mehanizmi adenovirusne infekcije, mehanizmi rezistencije tumorskih stanica na citostatike, integrini; Zaposlenja: 1990, znanstveni novak, Hrvatski Veterinarski institut, Zagreb; 1991 – 2001, znanstveni novak, Zavod za molekularnu biologiju, IRB, Zagreb, znanstveni suradnik 2001–danas, Zavod za molekularnu biologiju, IRB. Stručno usavršavanje: Poslijedoktorska stipendija, «Institut National de la Recherche Agronomique», ožujak-kolovoz, 2001, Ecole Nationale Veterinaire D’Alfort, Maisons-Alfort, France; FEBS kratkotrajna stipendija, lipanj, 2000, Ecole Nationale Veterinaire D’Alfort, Maisons-Alfort, Francuska; Stipendije Francuske vlade, rujan-listopad, 1999, listopad-studeni 1996, studeni 1994- kolovoz 1995, Ecole Nationale Veterinaire D’Alfort, Maisons-Alfort, Francuska. Nastavna aktivnost: Nositelj predmeta 2002- „Molekularne osnove genske terapije“ u okviru poslijediplomskog studija Prirodoslovno-matemetičkog fakulteta, Sveučilišta u Zagrebu, sudjelovanje na doktorskom studiju Medicinskog fakulteta, u okviru predmeta Dr. sc. Olivera Vugreka «Od bolesti do gena-od gena do funkcije: uloga rekombinantnih proteina u funkcionalnoj genomici»; idejni začetnik i voditelj obrazovnog projekta «Metodološki tečajevi u biologiji i medicini”.

Popis radova u zadnjih 5 godina

1. Breljak D., Ambriović-Ristov A., Kapitanović S., Čačev T., Gabrilovac J.: Comparison of three RT-PCR methods for relative quantification of mRNA, Food Technology and Biotechnology, u štampi.

2. Gabrilovac J., Breljak D., Čupić B., Ambriović-Ristov A.: Regulation of aminopeptidase N (EC 3.4.11.2.; APN; CD13) by interferon � on the HL-60 cell line, Life Sciences, 76: 2681-2697, 2005.

3. Vuković L., Ambriović-Ristov A., Čimbora-Zovko T., Ćetković H., Brozović A., Majhen D., Osmak M.: Expression of apoptotic genes in low, clinically relevant levels of drug resistance, Periodicum Biologorum, 106: 173-177, 2004.

4. Ambriović-Ristov A., Gabrilovac J., Čimbora-Zovko T., Osmak M.: Increased adenoviral transduction efficacy in human laryngeal carcinoam cells resistant to cisplatin isassociated with increased expression of integrin �v�3 and coxsackie adenovirus receptor,


85

International Journal of Cancer, 110: 660-667, 2004. 5. Ambriović-Ristov A., Mercier S., Eloit M.: Shortening adenovirus type

5 fiber shaft decreases the efficiency of post binding steps in CAR-expressing and non-expressing cells, Virology, 312: 425-433, 2003.

6. Šprem M., Babić D., Abramić M., Vrhovec I., Škrk J., Miličić D., Ambriović Ristov A., Kalafatić D., Osmak M.: Glutathione and Glutathione S-Transferases as Early Markers for Ovarian Carcinomas: Case Series, Croatian Medical Journal., 42: 624-629, 2001.

7. Monteil M., Le Pottier M. F., Ambriović Ristov A., Cariolet R., L'Hospitalier R., Klonjkowski B., Eloit M.: Single inoculation of replication-defective adenovirus-vectored vaccines at birth in piglets with maternal antibodies induces high level of antibodies and protection against pseudorabies, Vaccine, 18: 1738-1742, 2000.

8. Osmak M., Bordukalo T., Ambriović Ristov A., Jernej B., Košmrlj J., Polanc S.: Diazenes as modificators of drug-resistance in tumor cells, Neoplasma, 47: 390-395, 2000.

Radovi i ostalo što nastavnika kvalificira za izvođenje nastave

Idejni pokretač i voditelj obrazovnog projekta «Metodološki tečajevi u biologiji i medicini», 2002- www.metode.avalon.hr

Datum zadnjeg izbora u zvanje

svibanj, 2001, znanstveni suradnik

Predmet(-i) koje izvodi

METODE U MOLEKULARNOJ BIOLOGIJI I MEDICINI

* Ako nastavnik nije zaposlen u visokoškolskoj ustanovi koja predlaže program, pismena izjava nastavnika da je spreman izvoditi nastavu te pismena dozvola čelnika ustanove u kojoj je nastavnik zaposlen s navođenjem predmeta i razdoblja za koje se dozvola izdaje.


86

Nastavnik Dr. sc. Goran Baranović

Ustanova zaposlenja

Institut R. Bošković


Osobna web-stranica

http://www.irb.hr/en/home/baranovi/


2002 – sada Voditelj projekta "Prošireni �-sistemi i molekularne spektroskopije"

1999 – sada Voditelj Laboratorija za molekularnu spektroskopiju, Zavod za organsku kemiju i biokemiju, Institut R. Bošković, Zagreb

2004 – sada Znanstveni savjetnik, Institut R. Bošković, Zagreb 1998 – 2004 Viši znanstveni suradnik, Institut R. Bošković, Zagreb 1995 – 1998 Znanstveni suradnik u Laboratoriju za molekularnu

spektroskopiju, Institut R. Bošković, Zagreb 1975 – 1995 Znanstveni suradnik i asistent u Laboratoriju za

molekularnu fiziku, Institut R. Bošković, Zagreb


Baranović, Goran. Resonance Raman spectra of deuterated cis-stilbene. J. Raman Spectrosc. 32 (2001) 293-299. Ouillon, Robert; Pinan-Lucare, Jean-Paul; Ranson, Piere; Baranović, Goran. Low-temperature Raman spectra of nitromethane single crystal. Lattice dynamics and Davydov splittings. J. Chem. Phys. 116 (2002) 4611-4625. Volovšek, Vesna; Bistričić, Lahorija; Kirin, Davor; Baranović, Goran. Low-frequency lattice vibrations and dynamics of 4,4‘-dibromobenzophenone. J. Raman Spectrosc. 33 (2002) 761-768. Bistričić, Lahorija; Pejov, Ljupčo; Baranović, Goran. A density-functional theory analysis of Raman and IR spectra of 2-adamantanone. J. Mol. Struct. Theochem. 594 (2002) 79-88. Baranović, Goran. Thermochemistry of spin-crossover Fe(II)complexes calculated with density functional methods. Chem. Phys. Lett. 369 (2003) 668-672. W.M. Kwok, C. Ma, D. Phillips, A. Beeby, T.B. Marder, R.Ll. Thomas, C. Tschuschke, Baranović, Goran, Matousek, Pavel, M. Towrie and A.W. Parker. Time resolved resonance Raman study of S1 cis-stilbene and its deuterated isotopomers, J. Raman Spectrosc. 34 (2003) 886-891. Biliškov, Nikola; Zimmermann, Boris and Baranović, Goran. Vibrational spectroscopy of macrocyclic oligo(phenyldiacetylenes) – I. A theoretical and experimental study of octadehydrodibenzo[12]annulene and dodecadehydrotribenzo[18]annulene, J. Mol. Struct. 661/662 (2003) 65-80.


87

Baranović, Goran and Babić, Darko. Vibrational study of the Fe(phen)2(NCS)2 spin-crossover complex by density functional calculations, Spectrochim. Acta Part A 60 (2004) 1013-1025.

Bistričić, Lahorija; Baranović, Goran and Ilijić, Saša. Raman study of structural relaxation and boson peak in amorphous films of adamantane, Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy 61 (2005) 1537-1546. Zimmermann, Boris and Baranović, Goran. Two-Dimensional Infrared Correlation Spectroscopic Study on Thermal Polymerization of Diphenylbutadiyne, Vibrational Spectroscopy 41 (2006) 126-135. Zimmermann, Boris; Baranović, Goran; Štefanić, Zoran and Rožman, Marko. Spectroscopic Properties of Macrocyclic Oligo(Phenyldiacetylenes)-II. Synthesis and Theoretical Study of Diacetylenic Dehydrobenzoannulene Derivatives with Weak Electron-Donor and -Acceptor Groups, Journal of Molecular Structure (2006, in press).


1998 – sada Predavač na postdiplomskom studije iz fizičke kemije, Sveučilište u Zagrebu, Molekularna spektroskopija

1990 – sada Doktorati (fizika i kemija) i diplomski radovi (fizika i kemija), voditelj


2004


EKSPERIMENTALNE METODE U BIOFIZICI



88

Nastavnik Ante Bilušić

Ustanova zaposlenja

Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i odgojnih područja Sveučilišta u Splitu


Osobna web-stranica http://www.pmfst.hr/~bilusic/


o Rođen: 09. lipnja 1972. u Splitu o Diplomirao: 1997., PMF, Sveučilište u Zagrebu, smjer: Inženjerska fizika o Magistrirao: 1999., PMF, , Sveučilište u Zagrebu, smjer: fizika čvrstog stanja o Doktorirao: 2003.., PMF, , Sveučilište u Zagrebu, smjer: fizika čvrstog stanja o Zaposlenje: 1997-2004: Institut za fiziku, Zagreb; 2004.- FPMZiOP, Split o Voditelj jednog međunarodnog projekta (HR-SLO bilateralni projekt) o Suradnik na dva (jedan tekući i jedan završeni) domaća te tri (dva tekuća i jedan

završeni) međunarodna projekta o Usavršavanja u inozemstvu: CNRS-Grenoble, (1 mjesec), ETH-Zürich (9

mjeseci), EPF-Lausanne (2 mjeseca) o Koautor 19 radova objavljenih u časopisima s popisa Current Contents. o Citiranost radova: 56.


Izbor radova objavljenih zadnjih pet godina: o M. Prester, ..., A. Bilušić, ... Physical Review B, 69 (2004) 180401(R)/1-4 o A.V. Sologubenko, ..., A. Bilušić, ... Physical Review Letters, 91 (2003)

197005/1-4 o J. C. Lasajunias, ..., A. Bilušić, ...Physical Review B 66 (2002) 014302/1-11 o A. Bilušić, ... Journal of Alloys and Compounds 342 (2002) 413-415 o J. Dolinšek, ..., A. Bilušić, ... Journal of Physics: Condensed Matter 14 (2002)

6975-6988 o Smontara, I. Tkalčec, A. Bilušić, ... Physica B 316-317 (2002) 279-282 o A. Bilušić, D. Pavuna, A. Smontara, Vacuum 61 (2001) 345-348 o A. Bilušić, Ž. Budrović, A. Smontara, Fizika A 10 (2001) 121-128 o Smontara, ..., A. Bilušić, ..., Materials Science and Engineering A294-A296

(2000) 706-710 o A. Bilušić, I. Tkalčec, H. Berger, L. Forró, A. Smontara, Fizika A 9 (2000) 169-

176


Svi gore navedeni radovi.


22. listopada 2003. (znanstveno područje Prirodnih znanosti, polje Fizika)


Eksperimentalne metode fizike u biofizici I


89

Nastavnik Srećko Botrić

Ustanova zaposlenja

Sveučilište u Splitu, Fakultet elektrotehnike,strojarstva i brodogradnje


Osobna web-stranica


1972 Split Sveučilište u Zagrebu, Elektrotehnički fakultet u Splitu Diplomirani inženjer elektrotehnike 1982 Zagreb Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet Magistar znanosti i fizike 1997 Sarajevo Prirodno-matematički fakultet Univerziteta u Sarajevu, Odjel za teorijsku fiziku Doktor znanosti iz fizike 1972-1999 Sveučilište u Splitu, Fakultet elektrotehnike,strojarstva i brodogradnje, R.Boškovića b.b. ,Split Asistent 1999-2004 Sveučilište u Splitu, Fakultet elektrotehnike,strojarstva i brodogradnje, R.Boškovića b.b. ,Split Viši asistent 2004-2006 Sveučilište u Splitu, Fakultet elektrotehnike,strojarstva i brodogradnje, R.Boškovića b.b. ,Split Viši predavač







90

Lecturer Prof. Dr. Milan Brumen

Institution University of Maribor, Faculty of Education, Department of Physics and Medical Faculty, Department of Biophysics, Maribor and Jožef Stefan Institute, Ljubljana, Slovenia


Personal web-page

-

Biography 1951 born in Maribor, Slovenia 1976,1980,1985 graduated in physics, master’s in physics ( biophysics),

doctor’s in physics (biophysics), University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia

university and research career, employment: 1976-1983 research assistant, Jožef Stefan Institute, Ljubljana 1982-1987 teaching and research assistant of biophysics, Medical Faculty, University of Ljubljana 1982- researcher (part-time position), Jožef Stefan Institute, Ljubljana 1987- 1992 assistant professor, University of Maribor, Faculty of Education 1992-1997 associated professor, University of Maribor, Faculty of Education 1997- professor of physics, University of Maribor, Faculty of Education and 2004- professor of biophysics, University of Maribor, Medical Faculty professional training: 1978-1999 regular 1- to 2-months stay at Institute of Biophysics,

Humboldt University of Berlin Germany 1985, 1986 5-months stay at Department of Biochemistry, University La

Sapienza, Rome scientific collaboration: see relevant references below research topics: biophysics: theoretical research of biological systems: cell, cell membrane, macromolecular systems; osmotic and metabolic states of the cell, membrane dynamic structure, intracellular calcium oscillations and signaling; mathematical modeling soft matter physics: mechanisms of polymer membrane formation; distribution of ions in polyelectrolyte hollow shells

Publication list (last 5 years)

- M. Brumen, A. Fajmut, M. Marhl: Calcium oscillations in the living cell : biological relevance of multi-compartment mathematical models. Nonlinear phenom. complex syst. 2001, Vol. 4, 280-284. - N. Vogrin, Č. Stropnik, V. Musil, M. Brumen: The wet phase separation: the effect of cast solution thickness on the appearance of macrovoids in the membrane forming ternary cellulose acetate/acetone/water system. J. membr. sci. 2002, Vol. 207, 139-141. - S. Svetina, M. Brumen, M. Gros, S. Vrhovec, T. Žnidarčič: On the variation of parameters that


91

characterize the state of a physiological system. Red blood cells as an example. Adv. comput. bioeng. ser. 2003, Vol. 7, 3-14. - J. Dobnikar, D. Haložan, M. Brumen, H.-H. von Grünberg, R. Rzehak: Poisson-Boltzmann Brownian dynamics of charged colloids in suspension. Comput. phys. commun. 2004, Vol. 159, 73-92. - G. B. Sukhorukov, A. Fery, M. Brumen, H. Möhwald: Physical chemistry of encapsulation and release. PCCP. Phys. chem. chem. phys. (Print), 2004, Vol. 6, 4078-4089. - Č. Stropnik, V. Kaser, V. Musil, M. Brumen: Wet-phase-separation membranes from the polysulfone/N, N-dimethylacetamide/water ternary system: the formation and elements of their structure and properties. J. appl. polym. sci. 2005, Vol. 96, 1667-1674. - R. Šoster, K. Stana-Kleinschek, M. Brumen, V. Ribitsch: Measurements of zeta potential of poly(tetrafluoroethylene) foils. Mater. sci. forum, 2005, Vol. 480/481, 89-94. - M. Brumen, A. Fajmut, A. Dobovišek, E. Rou: Mathematical modelling of Ca[sup]2+ oscillations in airway smooth muscle cells. Journal of biological physics. 2005, Vol. 31, 515-524. - D. Haložan, C. Déjugnat, M. Brumen, G. B. Sukhorukov: Entrapment of a weak polyanion and H+/Na+ exchange in confined polyelectrolyte microcapsules. Journal of chemical information and modeling (formerly Journal of chemical information and computer sciences) 2005, Vol. 45, 1589-1592. - A. Fajmut, M. Jagodič, M. Brumen: Mathematical modeling of the myosin light chain kinase activation. Journal of chemical information and modeling (formerly Journal of chemical information and computer sciences) 2005, Vol. 45, 1605-1609. - A. Fajmut, A. Dobovišek, M. Brumen: Mathematical modeling of the relation between myosin phosphorylation and stress development in smooth muscles. Journal of chemical information and modeling (formerly Journal of chemical information and computer sciences), 2005, Vol. 45, 1610-1615. - A. Fajmut, M. Brumen, S. Schuster: Mathematical modelling of the interactions between Ca[sup]2+, calmodulin and myosin light chain kinase. FEBS lett.. 2005, Vol. 579, 4361-4366.

Relevant references for teaching this courses

Scientific publications from the personal total list. International and domestic scientific colaboration with: Max-Planck Institute of coloids and interfaces, Golm; Institute of Physics and Medical Physics, University of Leipzig, Leipzig; Institute of Biology, Humboldt University, Berlin; Laboratory of Respiratory Physiology, University of Bordeaux II, Bordeaux; Institute of Chemistry, University of Graz, Graz; Institute of Biophysics, Medical Faculty, University of Ljubljana, Ljubljana. Position of full professor at University of Maribor, giving different lecture/courses in general physics, statistical thermodynamics and biophysics as well as specialized lectures in graduate and postgraduate study programs at Faculty of Education and Medical Faculty.

Last election Full professor, from 1997, permanent election

Teaching courses

Mathematical modeling of biological systems


92

Lecturer Roderick Dewar

Institution Unité EPHYSE, INRA Centre de Bordeaux-Aquitaine, B.P. 81 33883 Villenave d'Ornon, France


Personal web-page

-

Biography CV 1997-present : Unité EPHYSE, INRA Bordeaux (Directeur de Recherches

since 2003). 1994-1997 : School of Biological Sciences, University of New South Wales,

Sydney, Australia (Senior Research Fellow) 1989-1994 : Institute of Terrestrial Ecology, Edinburgh, UK (Senior

Scientific Officer) 1986-1988 : Dept. of Theoretical Physics, University of Oxford, UK

(Postdoctoral Research Assistant) 1986 : PhD in Condensed Matter Physics, University of Edinburgh, UK 1982 : BSc Hons. (1st) Mathematical Physics, University of Edinburgh, UK Current projects and responsibilities MEREGROWTH (Univ. Helsinki, INRA-EPHYSE) Prediction of the

regional variation of forest productivity using process-based models (2004-2007). Project co-leader.

MEP (INRA-EPHYSE, Univ. Maryland, CEH Edinburgh) Evaluating the hypothesis of maximum entropy production for terrestrial ecosystems (2004-05). Project leader.

Introduction to plant population modelling. Teaching course (20h/yr), ENITA-Bordeaux (2003-present). Course leader.

Modelling plant populations. Teaching module (20h/yr) for MASTER “Systèmes Ecologiques”, Univ. Bordeaux I. (2004-present). Module leader.


[1] Champion I., Dewar R.C., Loustau D., Bert D. & Danjon F. 2000. Coupling SAR data with forest growth models. International Journal of Remote Sensing 21, 1763-1766.

[2] McMurtrie R.E., Dewar R.C., Medlyn B.E. & Jeffreys M.P. 2000. Effects of elevated [CO2] on forest growth and carbon storage : a modelling analysis of the consequences of changes in litter quality/quantity and root exudation. Plant and Soil 224, 135-152.

[3] Medlyn B.E., McMurtrie R.E., Dewar R.C. & Jeffreys M.P. 2000. Soil processes dominate the long-term response of forest net primary productivity to increased temperature and atmospheric CO2 concentration. Canadian Journal of Forest Research 30, 873-888.

[4] Dewar R.C. 2000. A model of the coupling between respiration, active processes and passive transport. Annals of Botany 86, 279-286.

[5] McMurtrie R.E., Medlyn B.E. & Dewar R.C. 2001. Increased understanding of nutrient immobilisation in soil organic matter is critical for predicting the carbon sink strength of forest ecosystems over the next 100 years. Tree Physiology 21, 831-839.

[6] Quereix A., Dewar R.C., Gaudillere J.-P., Dayau S. & Valancogne C.


93

2001. Sink feedback regulation of photosynthesis in vines : measurements and a model. Journal of Experimental Botany 52, 2313-2322.

[7] Dewar R.C. 2001. The sustainable management of temperate plantation forests : from mechanistic models to decision-support tools. Proceedings of the IEFC Workshop Models for the sustainable management of temperate forest plantations, INRA Bordeaux, 7-9 September 2000. European Forest Institute Proceedings 41 :119-137

[8] McMurtrie R.E., Halliday J.C., Dewar R.C., Tate K.R., Corbeels M. & Scott N.A. 2001. Modelling long-term changes in forest productivity due to altered soil nitrogen supply. Proceedings of the IEFC Workshop Models for the sustainable management of temperate forest plantations, INRA Bordeaux, 7-9 September 2000. European Forest Institute Proceedings 41 : 59-70.

[9] Dewar R.C. 2002. The Ball-Berry-Leuning and Tardieu-Davies stomatal models : synthesis and extension within a spatially aggregated picture of guard cell function. Plant, Cell and Environment 25, 1383-1398.

[10] Dewar R.C. 2003. Information theoretic explanation of maximum entropy production, the fluctuation theorem and self-organized criticality in non-equilibrium stationary states. Journal of Physics A 36 :631-641.

[11] Dewar R.C. 2004. Maximum entropy production and non-equilibrium statistical mechanics. In Non-Equilibrium Thermodynamics and Entropy Production : Life, Earth and Beyond (eds. Kleidon A, Lorenz R), Springer-Verlag, pp. 41-55.

[12] Delzon S., Sartore M., Burlett R., Dewar R.C., Loustau D. 2004. Hydraulic responses to height growth in maritime pine trees. Plant, Cell and Environment 27, 1077-1087.

[13] Dewar R.C. 2005. Maximum entropy production and the fluctuation theorem. Journal of Physics A: Mathematical and General 38, L371-L381.

[14] Dewar R.C. , Juretić D., Županović P. 2005. Maximum entropy production as a selection principle for the evolution of chloroplast ATP synthase. Science (submitted Sept 2005).


Refs [10], [11], [13], [14] above. Jaynes ET. Probability Theory : the Logic of Science. Cambridge University Press, 2003. Jaynes' papers at http://bayes.wustl.edu/etj/node1.html

Last election ??

Teaching courses

See biography above ??


94

Nastavnik Prof. dr. sc. Zoran Đogaš, dr. med.

Ustanova zaposlenja

Medicinski fakultet Sveučilišta u Splitu


Osobna web-stranica


DATUM I MJESTO ROĐENJA: 29. ožujka 1966.; Split, Hrvatska TRENUTNE FUNKCIJE NA MF SPLIT: Pročelnik katedre za neuroznanost, Voditelj Laboratorija za kliničku neuroznanost, Predsjednik povjerenstva za informatiku i telemedicinu, Predsjednik knjižničnog vijeća NASTAVNA AKTIVNOST: Voditelj kolegija:

elji neuroznanosti, diplomski studij, MF Split d u znanstveni rad u medicini, diplomski studij, MF Split

-Medicinska informatika, Metode prikupljanja i analize podataka, stručni studiji MF Split -Kolegiji: Neuroznanost, GABA i glutamatni receptori, te Medicina spavanja, postdiplomski studij, MF Split

elji neuroznanosti, MF Mostar icinska informatika, MF Mostar

elovanje u nastavi: ologija, MF Split d u znanstvenu metodologiju, medicinska informatika, MF Mostar ove elektrofiziologije, Postdiplomski studij, MF Zagreb

PROJEKTI: Neurotransmiteri u kontroli disanja, znanstvenoistraživački projekt MZT RH, voditelj, 2002- Opstrukcijska sleep apnea - dijagnostika i kirurška terapija, tehnologijsko-razvojni projekt MZT RH, istraživač, 2000- Razvoj mrežne aplikacije za skupno psihologijsko testiranje, projekt primjene ionformacijske tehnologije MZT RH, voditelj, 2002- IZOBRAZBA: Matematičko-informatički obrazovni centar Split (1984) Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu (1992) Postdoctoral Fellowship in Neurophysiology, Medical College of Wisconsin, SAD (1992-1995) Doktorat znanosti, Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu (1997) NAGRADE: Rektorova nagrada Sveučilišta u Zagrebu (1988)

Znanstvena nagrada “Borislav Nakić” Akademije medicinskih znanosti Hrvatske i Plive za najbolji znanstveni rad za 1997/98. (2000) ČLANSTVA: American Physiological Society, Society for Neuroscience, Svjetski zbor hrvatskih liječnika, Hrvatsko društvo za neuroznanost, Hrvatski liječnički zbor, Hrvatsko somnološko društvo (predsjednik), Hrvatsko društvo fiziologa, Hrvatsko društvo za medicinsku informatiku


1. Tonković-Ćapin M, Zuperku E, Stuth EAE, Bajić J, Đogaš Z, and Hopp F. The effect of central drive on the lung inflation responses of expiratory bulbospinal (EBS) neurons in dogs. Am J Physiol (Regul Integr Comp Physiol.) 279(5):R1606-18, 2000. 2. Šitum M, Đogaš Z, Vujnović Z, Erceg M, Terzić J, Marušić JM, Mirić D. Increased Incidence of Colorectal Cancer in the Split-Dalmatia County: Epidemiological Study. Croat Med J. 42(2):181-7, 2001. 3. Terzić J, Meštrović J, Đogaš Z, Furlan D, Biočić M. Children War Casualties


95

during the 1991-1995 Wars in Croatia and Bosnia and Herzegovina. Croat Med J. 42(2):156-160, 2001. 4. Tadin I, Bojić L, Mimica M, Karelović D, Đogaš Z. Hypertensive retinopathy and pre-eclampsia. Coll Antropol. 25 Suppl:77-81, 2001 5. Kovačić Z, Marendić M, Šoljić M, Pecotić R, Kardum G, Đogaš Z. Knowledge and attitude regarding sleep medicine of medical students and physicians in Split, Croatia. Croat Med J 43(1):71-4, 2002 6. Đogaš Z, Kardum G, Mirić L, Ševo V, Tolić T, Ursić A, Vasiljević P, Zekić S. Attitudes towards science and alternative medicine of medical, economics and business, and electrical engineering students in Split, Croatia. Croat Med J.44(1):75-9, 2003 7. Librenjak D, Šitum M, Eterović D, Đogaš Z, Gotovac J. Immunoprophylactic intravesical application of bacillus calmette-guerin after transurethral resection of superficial bladder cancer. Croat Med J.44(2):187-92, 2003 8. Račić G, Kurtović D, Roje Z, Tomić S and Đogaš Z. Primary mucosal melanoma of the eustachian tube. European Archives of Oto-Rhino-Laryngology 10.1007/s00405-003-0633-8 (online), 2003. 9. Maričević A, Đogaš Z. Landmine injury: functional testing outcome. Mil Med 2004;169(2):147-50. 10. Račić G, Maslovara S, Roje Z, Đogaš Z, and Tafra R. Hyperbaric oxygen in the treatment of sudden hearing loss. ORL J Otorhinolaryngol Relat Spec, 2003;65(6):317-20. 11. Karanovic N, Jukic M, Carev M, Kardum G, Đogaš Z. Rocuronium attenuates oculocardiac reflex during squint surgery in children anesthetized with halothane and nitrous oxide. Acta Anaesthesiol Scand. 2004 Nov;48(10):1301-5. 12. Đogaš Z. Teaching scientific methodology at a medical school: experience from Split, Croatia. Natl Med J India. 2004 Mar-Apr;17(2):105-7. 13. Račić G, Matulić J, Roje Z, Đogaš Z, and Vilović K. Abnormally high bifurcation of the brachiocephalic trunk as a potential operative hazard: case report. Otolaryngol Head Neck Surg (In Press), 2005.


DOKTORSKA DISERTACIJA: Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 1997. Đogaš, Z. Uloga NMDA i GABAA receptora u regulaciji respiracijskih bulbospinalnih neurona, Doktorska disertacija, 87 str.

TAVNA ŠTIVA: on i Hall, Medicinska fiziologija 9. i 10. izdanje, Medicinska naklada, Zagreb

(prijevod četiri poglavlja udžbenika) Elektrofiziološke metode u medicinskim istraživanjima (uvodno poglavlje), Medicinska naklada, Zagreb, 2001. Marušić M i sur. Uvod u znanstveni rad u medicini (10. poglavlje), Medicinska naklada, Zagreb, 2004. Đogaš Z i sur. Vodič za vježbe iz Temelja neuroznanosti, Medicinski fakultet Sveučilišta u Splitu, 2002. Đogaš Z, Kardum G. Osnove informatike za medicinare, Medicinski fakultet Sveučilišta u Splitu, 2004. USTROJSTVO NOVIH LABORATORIJA: Laboratorij za neuroznanost (MF Split), Laboratorij za poremećaje spavanja (MF Split/KB Split)

Datum zadnjeg izbora u zvanje 03.06.2004., izvanredni profesor


Temelji neuroznanosti


96

Nastavnik Mile Dželalija Ustanova zaposlenja

Sveučilište u Splitu, Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i odgojnih područja Nikole Tesle 12, HR-21000 Split

E-mail [email protected], [email protected] Osobna web-stranica www.pmfst.hr/~mile Kratki životopis (opis kretanja u struci)

1964: rođen, Unešić, Hrvatska. 1987: diplomirao, Sveučilište u Splitu, Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i odgojnih područja (FPMZiOP) 1991: magistrirao, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Fizika 1995: doktorirao, Sveučilište u Zagrebu, Prirodoslovno-matematički fakultet, Fizika 1997: docent iz fizike, Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i odgojnih područja 2000: izvanredni profesor iz fizike, FPMZiOP 2004: redoviti profesor iz fizike, Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i odgojnih područja 1997-2000: pročelnik Zavoda za fiziku, FPMZiOP 2001-2005: prodekan za znanost, Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i odgojnih područja Znanstveni radovi: više od 80, od čega 40 u časopisima koje registrira Current Contents. SCI citiranost: više od 650 citata. Voditelj znanstvenih projekata: domaći: 177064, 0177162 MZOŠ; međunarodni: UNESCO-HP. Znanstveni skupovi: više od 10 javnih priopćenja; u organizacijskim odborima: više od 15 puta. Voditelj stručnih projekata: 2 u primjeni informacijske tehnologije. Voditelj poslijediplomskog studija iz Didaktike prirodnih znanosti (2001-2005). Voditelj međunarodnog preddiplomskog studija (2001-2005) «Science and Technology of the Environment and Territory». Usavršavanja: CERN-Ženeva (18 mj.); GSI-Darmstadt (24 mj.); Goethe Institut-Freiburg (4 mj.); ICTP Trieste (2 mj.); IRB-Zagreb (4 mj.) Voditelj ili suradnik u mnogim povjerenstvima Fakulteta, Sveučilišta, Ministarstva i međunarodnih institucija i kolaboracija; recenzent projekata, znanstvenih i stručnih časopisa, udžbenika, i drugo.


1. M. Dželalija, Z. Basrak, R. Čaplar, “Cell-size and generalized entropy determination in heavy-ion reactions”, Nuclear Physics A 738 (2004) 483-486. 2. W. Reisdorf,..., M. Dželalija,..., “Nuclear Stopping from 0.09 to 1.93 GeV and Its Correlation to Flow”, Physical Review Letters 92 (2004) 232301:1-4. 3. W. Reisdorf,…, M. Dželalija,..., “Droplet formation in expanding nuclear matter: a system size dependent study”, PhysicsLetters B 595 (2004) 118-126. 4. G. Stoicea ,..., M. Dželalija,..., “Azimuthal Dependence of Collective Expansion for Symmetric Heavy-Ion Collisions”, Physical Review Letters 92 (2004) 071303:1-5. 5. M. Dželalija, N. Rausavljević, B. Jošt, “Relationship between jump length and the position angle in ski jumping”, Kinesiologia Slovenica 9 (2003) 81-90. 6. M. Dželalija, N. Rausavljević, M. Žvan, “Influence of body mass on performance in downhill skiing”, Kinesiologia Slovenica 9 (2003) 74-80. 7. A. Andronic,..., M. Dželalija,..., “Directed flow Au+Au, Xe+CsI, and Ni+Ni collisions and the nuclear equation of state”, Physical Review C 67 (2003) 034907:1-19. 8. M. Dželalija, Z. Basrak, R. Čaplar, “Determination of Generalized Entropy in Heavy-ion Collisions”, Fizika B 12 (2003) 73-80. 9. S. Abdullin,..., M. Dželalija,..., “Discovery potential for supersymmetry in CMS”, Journal of Physics G 28 (2002) 469-594.


97

10. B. Hong, …, M. Dželalija,…, “Proton and deuteron rapidity distributions and nuclear stopping in 96Ru(96Zr)+96Ru(96Zr) collisions at 400A MeV”, Physical Review C 66 (2002) 034901:1-9. 11. A. Andronic,..., M. Dželalija,..., “Differential directed flow in Au+Au collisions”, Physical Review C 64 (2001) 041604:1-5. 12. P. Crochet,..., M. Dželalija,..., “Results from FOPI on strangeness in nuclear matter at SIS energies”, Journal of Physics G 27 (2001) 267-273. 13. A. Andronic,..., M. Dželalija,..., “Transition from in-plane to out-of-plane azimuthal enhancement in Au + Au collisions”, Nuclear Physics A 679, (2001) 765-792. 14. M. Dželalija, Ž. Antunović, S. Abdullin, F. Charles, “Low luminosity SUSY searches at large tanβ in CMS”, Modern Physics Letters A 15, (2000) 465-473. 15. P. Crochet,…, M. Dželalija,…, “Sideward flow of K- mesons in Ru + Ru and Ni + Ni reactions near threshold”, Physics Letters B 486 (2000) 6-12. 16. M. Dželalija, “Observability of HSUSY → ττ decays in CMS at the LHC”, CMS CR 2000/009 (2000) 1-5.


M. Dželalija, Uvod u Nuklearnu fiziku, skripta, FPMZOP, Sveučilište u Splitu, 2005.

M. Dželalija, Ionizirajuće zračenje u biosferi, skripta, FPMZOP, Sveučilište u Splitu, 2005.

M. Dželalija, Numeričke metode u fizici visokih energija, skripta, FPMZOP, Sveučilište u Splitu, (u pripremi)

- uz sve radove navedene u popisu radova u zadnjih 5 godina (1-16), te aktivnosti navedene u Kratkom životopisu.


30. rujna 2004., Redoviti profesor, polje: Fizika, grana: Opća fizika i Primijenjena fizika


Biomehanika


98

Nastavnik Davor Eterović Ustanova zaposlenja

Medicinski fakultet Sveučilišta u Splitu

E-mail [email protected] Osobna web-stranica Kratki životopis (opis kretanja u struci)

Diplomirao teorijsku fiziku na PMF u Zagrebu 1980. godine. Od 1983. radim kao fizičar na Odjelu za nuklearnu medicinu, KB Split. Doktorsku disertaciju: Kinetika indikatora u pulzirajućim vaskularnim prostorima obranio sam 1993. godine na PMF u Zagrebu. Od 1997. godine pročelnik sam Katedre za biofiziku i znanstvenu metodologiju na Medicinskom fakultetu u Splitu. Od 1999. godine pomoćnik sam voditelja Poslijediplomskog znanstvenog studija: Temeljne i kliničke medicinske znanosti. Koautor sam u 47 radova objavljenih u CC/SCI citiranim časoposima. Voditelj sam znanstveno-istraživačkog projekta: Regulacija krvnog optoka u poprečno-prugastom mišičju, kojeg sponzorira Ministarstvo znanosti i tehnologije RH. Dobitnik sam državne nagrade za znanost u području biomedicine i zdravstva za 2003. godinu.


4.1.1.6. CC/SCI radovi:1. Čulić V, Eterović D, Mirić D, Rumboldt Z, Hozo I. Gender differences in triggering of acute myocardial infarction. Am J Cardiol 2000; 85:753-756. 2. Strinić T, Kuzmić-Prusac, Eterović D, Jakić J, Šćukanec M. Leiomyomatosis peritonealis disseminata in a postmenopausal women. Arch Gynecol Obstet 2000; 264: 97-98.3. Strinić T, Tomić L, Pejković D, Eterović D, Ilić Forko J, Karelović D. A cure from the small cell neuroendocrine carcinoma of the uterine cervix following conventional surgery. Zentarlbl Gynecol 2000: 122: 387-389. 4. Ivanišević M, Bojić L, Eterović D. Epidemiological study of nontraumatic phakic rhegmatomatogenous retinal detachment. Ophtalmic Res 2000; 237-239. 5. Pintarić I, Eterović D, Tocilj J, Reiner Ž. Effect of Simvastatin on Micropulmonary Red Cell Mass in Patients with Hyperlipoproteinemia. Atherosclerosis 2001; 154: 493-496. 6. Čulić V, Mirić D, Eterović D. Correlation between symptomatology and site of acute myocardial infarction. Int J Cardiol 2001; 77: 163-168. 7. Čulić V, Mirić D, Eterović D. Different circumstances, timing, and symptom presentation at onset of Q-wave non-Q-wave acute myocardial infarction. Am J Cardiol 2002; 89: 456-490. 8. Čulić V, Eterović D, Mirić D, Silić N. Symptom presentation of acute myocardial infarction: influence of sex, age and risk factors. Am Heart J 2002; 144: 1012-1017. 9. Strinic T, Bukovic D, Eterovic D, Stipic I, Silovski H, Stanceric T, Videc L. Pulmonary ventilatory function in premenopausal women with and without genital descensus. Coll Antropol 2002; 26: 139-142.10. Librenjak D, Šitum M, Eterović D, Đogaš Z, Gotovac J. Post-transurethral-resection immunoprophylaxis in patients with superficial bladder cancer using six week + six month course of intravesical application of Bacillus Calmette-Guerin. Croat Med J 2003; 44: 187-192. 11. Strinić T and Eterović D. Oral contraceptives improve lung mechanics. Fertil Steril 2003; 79: 1070-1073. 12. Baković D, Valić Z, Eterović D, Vuković I, Obad A, Marinović-Terzić I, Dujić Ž. Spleen volume and blood flow response to repeated breath-hold apneas. J Appl Physiol 2003; 95: 1460-1466. 13. Dujić Ž, Duplančić D, Marinović-Terzić I, Baković D, Ivančev V, Valić Z, Eterović D, Petri NM, Wisloff U, Brubakk AO. Aerobic exercise before diving reduces venous gas bubble formation in humans. J Physiol 2004; 555.3: 637-642. 14. Dujić Ž, Baković D, Marinović-Terzić I, Eterović D. Acute effects of single open-sea air dive and post-dive body posture on cardiac output and pulmonary gas exchange in recreational divers. British Journal of Sports Medicine, 2004, accepted.


99

15. Valic, Z, Duplančić D, Baković D, Ivančev V, Eterović D, Wisløff U, Brubakk AO, Dujić.Diving-induced venous gas emboli do not increase pulmonary artery pressure. International Journal of Sports Medicine, 2004, accepted. 16. Čulić V, Eterović D. Triggering of ventricular tachycardia by meterological and emotional stress. Protective effect of beta-blockers and anxiolitics in elderly. Am J Epidemiol, 2004; 160:1047-1058.17. Eterović D, Šitum M, Juretić-Kuščić Lj, Dujić Ž. A decrease in blood pressure following pyelolithotomy, but not extracorporeal lithotripsy. Urol Res, 24. 12. 2004. e-pub. 18. Čulić V, Eterović D, Mirić D. Meta analysis of possible external triggers of acute myocardial infarction. Int J Cardiol; 2005; 99:1-8.


1. Eterović D, Tukić A, Tocilj J, Čapkun V. Perfect-mixer retention function by analytical deconvolution of tracer histograms: application to evaluation of left-ventricular contractility and competence. Phys Med Biol 1991; 36:1585-1597. 2. Eterović D, Dujić Ž. First-pass versus gated equilibrium radioangiography. J Nucl Med 1992; 33:2056-2058. 3. Dujić Ž, Eterović D, Denoble P, Krstačić G, Tocilj J. Lung diffusing capacity in a hyperbaric environment: assessment by a rebreathing technique. Brit J Ind Med 1992; 49:254-259. 4. Dujić Ž, Eterović D, Denoble P, Krstačić G, Tocilj J, Gošović S. The effect of a single air-dive on pulmonary diffusing capacity in professional divers. J Appl Physiol 1993; 74:55-62. 5. Eterović D, Dujić Ž, Tocilj J, Čapkun V. High resolution pulmonary computed tomography scans quantified by analyisis of density distributions: application to asbestosis. Brit J Ind Med 1993; 50:514-519. 6. Dujić Ž, Eterović D, Tocilj J, Kusić Z, Čapkun V. About mechanisms of prostaglandin E1 induced deterioration of pulmonary gas exchange in COPD patients. Clin Physiol 1993; 13:497-506. 7. Eterović D, Popović S, Dujić Ž. Non-stationary theory of blood-borne tracers. Nucl Med Comm 1994; 15:786-794. 8. Eterović D, Dujić Ž. Theoretical considerations on the validity of the Stewart-Hamilton principle in measuring cycle-averaged flows via histogram of indicator in the pulsating compartment. Med Phys 1994; 21:293-298. 9. Eterović D, Dujić Ž, Tocilj J, Popović S. Model for radionuclide quantification of left-to-right ductal shunts. Clin Physiol 1994; 14:87-101. 10. Eterović D, Dujić Ž, Popović S. Deconvolving out indicator smearing in the right ventricle facilitates left-to-right shunt quantification. Eur J Nucl Med 1994; 21:525-530. 12. Eterović D, Dujić Ž, Popović S. Gated versus first-pass radioangiography in the evaluation of left-to-right shunts. Clin Nucl Med 1995; 20:534-537. 13. Pintarić I, Eterović D, Tocilj J, Reiner Ž, Lipovac V. An increase in micropulmonary red cell mass in hyperlipidemic patients. Clin Physiol 1995; 15:365-376. 14. Eterović D, Pintarić I, Tocilj J, Reiner Ž. Determinants of plasma viscosity in primary hyperlipoproteinemias. Clin Hemorheol 1995; 15:841-850. 15. Strinić T, Eterović D, Dujić Ž, Marković V, Tocilj J. Spirometric disorders in women with genital descensus. Acta Obstet Gynecol Scand 1997; 76:879-883. 16. Eterović D, Juretić-Kuščić Lj, Čapkun V, Dujić Ž. Pyelolithotomy improves while extracorporeal lithotripsy impairs kidney function. J Urol 1999; 161: 39-44. 17. Eterović D, Strinić T, Dujić Ž, Boban M. Blood gases and sex hormones in women with and without genital descensus. Respiration 1999; 66: 400-406. 18. Pintarić I, Eterović D, Tocilj J, Reiner Ž. Effect of Simvastatin on Micropulmonary Red Cell Mass in Patients with Hyperlipoproteinemia. Atherosclerosis 2001; 154:493-496. 19. Strinić T and Eterović D. Oral contraceptives improve lung mechanics. Fertil Steril 2003; 79: 1070-1073. 21. Čulić V, Eterović D. Triggering of ventricular tachycardia by meterological and emotional stress. Protective effect of beta-blockers and anxiolitics in


100

elderly. Am J Epidemiol, 2004; 160:1047-1058 21. Čulić V, Eterović D, Mirić D. Meta analysis of possible external triggers of acute myocardial infarction. Int J Cardiol 2005; 99:1-8. 22. Eterović D, Šitum M, Juretić-Kuščić Lj, Dujić Ž. A decrease in blood pressure following pyelolithotomy, but not extracorporeal lithotripsy. Urol Res, 24. 12. 2004. e-pub. Urednik sam i autor 6 poglavlja udžbenika: S. Janković i D. Eterović: Fizikalne osnove i klinički aspekti slikovne dijagnostike, Medicinska naklada, Zagreb, 2002, kao i skripte: D. Eterović i G. Kardum: Biostatistika za studente medicine, te nastavnih tekstova koji se rabe u dodiplomskoj (Priručnik za vježbe iz biofizike) i poslijediplomskoj nastavi (Kliničko mjerenje: Priručnik za vježbe). Stalni sam statistički recenzent časopisa Lancet.


13. 07. 2001. –izvanredni profesor


Multifaktorske statističke metode u biomedicini Istraživački rad iz biofizike


101

Nastavnik Prof. dr. sc. Ante Graovac

Ustanova zaposlenja

Fakultet prirodoslovno--matematičkih znanosti & odgojnih područja, Sveučilište u Splitu


Osobna web-stranica http://www.irb.hr/hr/str/zfk/labs/GTK/clanovi/ (u izgradnji)


Sadašnji status: (Reizabrani) znanstveni savjetnik Instituta “R. Bošković” u Zagrebu; (reizabrani) redoviti profesor kemije na Fakultetu prirodoslovno-matematičkih znanosti & odgojnih područja, Sveučilište u Splitu; profesor na Poslijediplomskom studiju kemije, Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu & profesor na Poslijediplomskom studiju kemije & fizike, Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti & odgojnih područja, Sveučilište u Splitu; vanjski suradnik na Inštitutu za matematiko, fiziko in mehaniko, Ljubljana, R. Slovenija. Obrazovanje: Dipl. ing. fizike, Prirodoslovno-matematički fakultet, 1970.; mr. (teorijske) kemije, Centar za poslijediplomske studije iz kemije, 1972.; dr. (teorijske) kemije, Prirodoslovno-matematički faultet, 1974.; sve na Sveučilištu u Zagrebu. Zaposlenja: 1970-76, asistent; 1977-79, znanstveni suradnik; 1980-88, viši znanstveni suradnik; 1989-, znanstveni savjetnik; sve na Institutu “R. Bošković” u Zagrebu; 1999- (djelomično zaposlenje), redoviti profesor kemije na Fakultetu prirodoslovno-matematičkih znanosti & odgojnih područja, Sveučilište u Splitu.


86. Patrick W. Fowler, Tomaz Pisanski, Ante Graovac, and Janez Zerovnik, A Generalized Ring Spiral Algorithm for Coding Fullerenes and Other Cubic Polyhedra, DIMACS Series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science 51 (2000) 175-187. 87. Ante Graovac, Dejan Plavsic, Matjaz Kaufman, Tomaz Pisanski, and Edward C. Kirby, Application of the Adjacency Matrix Eigenvectors Method to Geometry Determination of Toroidal Carbon Molecules, J. Chem. Phys. 113 (2000) 1925-1931. 88. Dejan Plavsic and Ante Graovac, On Calculation of Molecular Descriptors Based on Various Graphical Bond Orders, in: Mircea V. Diudea, Ed., QSAR/QSPR Studies by Molecular Descriptors, Nova Science Publishers, Inc., Huntington, New York, 2001, pp. 39-61.


102

89. Ivan Gutman, Tanja Soldatovic, Ante Graovac, and Slavko Vukovic, Approximating the Total pi-Electron Energy by Means of Spectral Moments, Chem. Phys. Lett. 334 (2001) 168-172. 90. Ante Graovac, Ivan Gutman, Peter E. John, Dusica Vidovic, and Ivana Vlah, On Statistics of Graph Energy, Z. Naturforsch. 56a (2001) 307-311. 91. Istvan Laszlo, Andre Rassat, P.W. Fowler, and Ante Graovac, Topological Coordinates for Toroidal Structures, Chem. Phys. Lett.342 (2001) 369-374. 92. Mircea V.Diudea and Ante Graovac, Generation and Graph-Theoretical Properties of C4-Tori, MATCH Commun. Math. Comput. Chem. 44 (2001) 93-102. 93. Ante Graovac, Alen Orbanic, and Tomaz Pisanski, Geometry versus Topology: Overlapping Spheres Model Corrected for Angles, MATCH Commun. Math. Comput. Chem. 44 (2001) 305-317. 94. Istvan Laszlo, Andre Rassat, Patrick W. Fowler, and Ante Graovac, Topological Coordinates for Carbon Nanostructures, in: H. Kuzmany et al., Eds., Electronic Properties of Molecular Nanostructures, American Institute of Physics Conference Proceedings (AIP CP) 591 (2001) 438-441. 95. Istvan Lukovits, Ante Graovac, Erika Kalman, Gyorgy Kaptay, Peter Nagy, Sonja Nikolic, Jaroslav Sytchev, and Nenad Trinajstic, Nanotubes: Number of Kekule Structures and Aromaticity, J. Chem. Inf. Comp. Sci. 43 (2003) 609-614. 96. Mircea V. Diudea, Peter E. John, Ante Graovac, Miljenko Primorac, and Tomaz Pisanski, Leapfrog and Related Operations on Toroidal Fullerenes, Croat. Chem. Acta 76 (2003) 153-159. 97. M.V. Diudea, B. Parv, P.E. John, O. Ursu, and A. Graovac, Distance Counting in Tori, MATCH Commun. Math. Comput. Chem. 49 (2003) 23-36. 98. Ante Graovac, Martin Juvan, Marko Petkovsek, Aleksandar Vesel, and Janez Zerovnik, The Szeged Index of Fasciagraphs, MATCH Commun. Math. Comput. Chem. 49 (2003) 47-66. 99. Mircea V. Diudea, Teodor Silviu Balaban, Edward C. Kirby, and Ante Graovac, Energetics and pi-Electronic Structure of Polyhex Nanotubes, Phys. Chem. Chem.Phys. 5 (2003) 4210-4214. 100. Damir Vukicevic and Ante Graovac, On Modified Wiener Indices of Thorn Graphs, MATCH Commun. Math. Comput. Chem. 50 (2004) 93-108.


103

101. Tomaz Pisanski, Marko Boben, Dragan Marusic, Alen Orbanic, and Ante Graovac, The 10-Cages and Derived Configurations, Discr. Math. 275 (2004) 265-276. 102. Ivan Gutman, Damir Vukicevic, Ante Graovac, and Milan Randic, On Algebraic Kekule Structures of Benzenoid Hydrocarbons, J. Chem. Inf. Comp. Sci. 44 (2004) 296-299. 103. Damir Vukicevic and Ante Graovac, On Molecular Graphs with Valencies 1, 2 and 4 with Prescribed Number of Bonds, Croat. Chem. Acta 77 (2004)b 313-319. 104. Damir Vukicevic and Ante Graovac, Which Valence Connectivities Are Realizing Monocyclic Graphs: Generating Algorithm and Its Application to Test Discriminative Properties of Zagreb and Modified Zagreb Index, Croat. Chem. Acta 77 (2004) 481-490. 105. Damir Vukicevic and Ante Graovac, Valence Connectivity Versus Randic, Zagreb and Modified Zagreb Index: A Linear Algorithm to Check Discriminative Properties of Indices in Acyclic Molecular Graphs, Croat. Chem. Acta 77 (2004) 501-508. 106. Mircea V. Diudea, Dusanka Janezic, and Ante Graovac, Topology Counting in Nanostructures, Carpath. J. Math. 20 (2004) 223-234. 107. Mircea V. Diudea, Csaba L. Nagy, Ioan Silaghi-Dumitrescu, Ante Graovac, Dusanka Janezic, and Drazen Vikic-Topic, Periodic Cages, J. Chem. Inf. Model. 45 (2005) 293-299. 108. Damir Vukicevic and Ante Graovac, Compact Valence Sequences for Molecules with Single, Double and Triple Covalent Bonds, to be submitted.


Monografija: A. Graovac, I. Gutman, and N. Trinajstić, Topological Approach to the Chemistry of Conjugated Molecules, Springer, Berlin, 1977. Niz popularizatorskih i stručnih radova. Članak *Fullereni* u priručniku kemije za nastavnike, Nenad Raos, urednik, *Nove slike iz kemije*, Školska knjiga, Zagreb, 2004, str. 107-116. Istraživanja u anorganskoj kemiji novih ugljikovih materijala, posebno fullerena i ugljikovih nanocjevčica. Osim onih među gore navedenim radovima 86-108 koji se bave novim ugljikovim materijalima, navodim dolje i istaknutije starije radove iz istog područja, te par radova iz teorije molekularnih orbitala, NMR spektroskopije i teorije pregradnji. Ranije sam istraživao razna molekularna svojstva, te također razvijao razne postupke za račun elektronske strukture molekula, polimera i jednostavnih kristala. 63. D. Babic, A. Graovac, and N. Trinajstic, On the HOMO-LUMO Separation in Fullerenes, Croat. Chem. Acta 66 (1993) 35-47. 65. D. Babic, A. Graovac, and I. Gutman, Comment on "Characteristic Polynomials of Fullerene Cages", Chem. Phys. Lett. 206 (1993) 584-585. 69. N. Trinajstic, Z. Mihalic, and A. Graovac, The Interplay Between Graph


104

Theory and Molecular Orbital Theory, in: D. Bonchev and O. Mekenyan, Eds., Graph Theoretical Approaches to hemical Reactivity, Kluwer Academic Publishers, 1994, pp. 37-72. 71. D. Babic, S. Bassoli, M. Casartelli, F. Cataldo, A. Graovac, O. Ori, and B. York, Generalized Stone-Wales Transformations, Mol. Sim. 14 (1995) 395-401. 72. D.J. Klein, A. Graovac, N. Trinajstic, and Z. Mihalic, Excitation Spectra for Degenerate Rearrangements, J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 341 (1995) 157-164. 74. D. Vikic-Topic, Edwin D. Becker, M. Hodoscek, and A.Graovac, Lowdin Atomic Charges for Modeling Long Range Deuterium Isotope Shifts in C-13 NMR Spectra of BinuclearAromatic Compounds, Croat. Chem. Acta 68 (1995) 193-203. 75. Tomaz Pisanski, Bor Plestenjak, and Ante Graovac, NiceGraph Program and Its Applications in Chemistry, Croat. Chem. Acta 68 (1995) 283-292. 76. Bor Plestenjak, Tomaz Pisanski, and Ante Graovac, Generating Fullerenes at Random, J. Chem. Inf. Comp. Sci. 36 (1996) 825-828. 77. Bor Plestenjak, Tomaz Pisanski and Ante Graovac, The Minimal Non-Fullerene Voronoi Polyhedra, MATCH Commun. Math. Chem. 33 (1996) 157-168. 78. Tomaz Pisanski, Marko Razinger and Ante Graovac, Geometry versus Topology: Testing Self-Consistency of the NiceGraph Program, Croat. Chem. Acta 69 (1996) 827-836. 79. Matjaz Kaufman, Tomaz Pisanski, Dragan Lukman, Branko Borstnik, and Ante Graovac, Graph Drawing Algorithms versus Molecular Mechanics Geometries in Fullerenes, Chem. Phys. Lett. 259 (1996) 420-424. 83. Tomaz Pisanski, Matjaz Kaufman, Drago Bokal, Edward C. Kirby, and Ante Graovac, Isoperimetric Quotient for Fullerenes and Other Polyhedral Cages, J. Chem. Inf. Comp. Sci. 37 (1997) 1028-1032.


1999. god.


Modeliranje biomakromolekula i njihovih kompleksa Modeliranje u kemiji Istraživački rad iz biofizike


105

Nastavnik Davor Juretić

Ustanova zaposlenja

Fakultet prirodoslovno-matematskih znanosti i odgojnih područja, Nikole Tesle 12, 21000 Split


Osobna web-stranica

http://www.pmfst.hr/~juretic/


4.1.1.7. Rođen sam 23. listopada 1944. godine u Splitu. Diplomirao sam na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu u Zagrebu – studij Teorijske fizike 1968. godine. Odmah nakon diplomiranja zaposlio sam se kao asistent u Odjelu teorijske fizike u Grupi za čvrsto stanje Instituta "Ruđer Bošković ". Magistrirao sam 1971. godine na PMF-u sa samostalnim radom iz teorijske fizike čvrstog stanja. Studij za doktorat nastavio sam na Odjelu za biofiziku Državnog sveučilišta Pennsylvanije od 1972 do 1976. Doktorirao sam biofiziku 1976. Nakon postdoktorskog boravka na Odjelu za biofiziku Državnog sveučilišta u Michiganu, SAD, vratio sam se 1977. godine na Institut "Ruđer Bošković ". Iste godine izabran sam za nastavnika (docent) teorijske fizike u Rijeci na Pedagoškom fakultetu. Držim tri kolegija (teorijsku mehaniku, statističku fiziku i kvantnu fiziku), osnivam laboratorij za fluorescentnu spektroskopiju i radim i dalje eksperimentalno i teorijski iz područja biofizike i bioenergetike membrana. Laboratorij smo koristili većinom za istraživanja iz biofizike membrana ljudskih stanica, no također i za istraživanja i brojne analize i ekspertize u vezi sa ekologijom. Tijekom 1984. pola godine sam proveo na Odjelu za Biokemiju u Parmi, gdje sam koristio fluorescentnu spektroskopiju za određivanje strukture proteina. Od početka 1986-te pa do proljeća 1989. boravio sam ponovo u SAD kao gostujući istraživač na dvije razne znanstvene ustanove. Na vojnoj medicinskoj školi USUHS u Bethesdi bavio sam se predviđanjem strukture proteina, dok sam na Nacionalnim Institutima za Zdravlje, takoder u Bethesdi, SAD, radio eksperimentalno i teorijski u grupi za bioenergetiku. U eksperimentima smo ispitivali mehanizam djelovanja jedne nove vrste antibiotika nazvanih magainini. Predmet teorijskog rada bili su nelinearni pretvarači slobodne energije, poput membranskih protonskih crpki, koje mogu djelovati daleko izvan stanja termodinamičke ravnoteže. Po povratku postajem viši znanstveni suradnik i izvanredni profesor na Fakultetu prirodoslovno-matematičkih znanosti i odgojnih područja u Splitu. Opsežne nastavne obaveze iz osnova fizika kombiniram sa teorijskim radom iz područja predviđanja strukture membranskih proteina korištenjem vlastite metode sklonosnih funkcija. U razdoblju 1993-1995 vršim dužnost pročelnika Zavoda za fiziku. Godine 1994 dobio sam godišnju nagradu "Ruđer Bošković " za značajno znanstveno otkriće iz područja predviđanja strukture membranskih proteina. Iste godine postajem znanstveni savjetnik. Godine 1995 postajem redoviti profesor fizike. Školske godine 1995/96 držim dva poslijediplomska kolegija (iz bioenergetike i medicinske biofizike) na Tehnološkom fakultetu u Splitu i jedan na PMF-u u Zagrebu (termodinamika nepovratnih procesa). U 1996. godini dobio sam visoko državno odlikovanje za znanost: red Danice hrvatske s likom Ruđera Boškovića. Godine 1997 izašla mi je iz tiska prva knjiga o bioenergetici u Hrvatskoj. U 1998 uspostavio sam zajedno sa dr.


106

Damirom Zucićem prvi znanstveni poslužitelj u Hrvatskoj, koji i danas na adresama http://garlic.mefos.hr i http://split.pmfst.hr/split/4 služi znanstvenicima iz čitavog svijeta za proračune iz bioinformatike i biofizike. Te godine sam dobio i nagradu Matice Hrvatske za znanost za knjigu “Bioenergetika”. Držim predavanja iz bioenergetike i bioinformatike na poslijediplomskim studijima u Splitu (Tehnološki fakultet) i u Zagrebu (PMF). Član sam Matičnog povjerenstva za polje fizike Rektorskog zbora Hrvatske i Područnog vijeća za prirodne znanosti Ministarstva znanosti i tehnologije. Od 2002. godine redoviti sam profesor fizike u trajnom zvanju. 4.1.1.8. Moja znanstvena aktivnost obuhvaća problematiku fizike nepovratnih procesa, biofizike, bioenergetike i bioinformatike. U zadnje dvije godine vodio sam dva magistarska rada.


D. Juretić, L. Zoranić i D. Zucić: “Basic charge clusters and predictions of membrane protein topology”. J. Chem. Inf. Coput. Sci. 42, 620-632 (2002). D.Juretić i P. Županović: “Photosynthetic Models with Maximum Entropy Production in Irreversible Charge Transfer Steps”, Computational Biology and Chemistry 27, 541-553 (2003). P. Županović i D. Juretić: "The chemical cycle kinetics close to the equilibrium state and electrical circuit analogy". Croatica Chemica Acta 77, 561-571 (2004). P. Županović, D. Juretić i S. Botrić: "Kirchhoff's loop law and the maximum entropy production principle". Phys. Rev. E70, 056108 (2004).


Ukupno sam publicirao oko 100 znanstvenih i stručnih radova koji su dobili visoki broj citata (oko 400). Publicirao sam knjigu: Bioenergetika-rad membranskih proteina, Informator, Zagreb, 1977. Imam vrlo široko iskustvo u dodiplomskoj i poslijediplomskoj nastavi iz osnova fizike, teorijskih fizika, biofizike, bioenergetike i bioinformatike.


16. siječnja 2002. redoviti profesor fizike u trajnom zvanju.


Bioinformatika, bioenergetika i biofizika polipeptida Istraživački rad iz biofizike


107

Lecturer Gordan Kilić, Ph.D.

Institution University of Texas Southwestern Medical Center


Personal web-page

None

Biography Positions and Employment 1993-96 Postdoctoral Fellow at Max-Planck Institute for Medical Research, Heidelberg 1996-99 Postdoctoral Fellow at Department of Physiology and

Biophysics, University of Colorado, Denver 2000-01 Research Fellow at Department of Medicine, University of Colorado, Denver 2001-01 Instructor at Department of Medicine, University of Colorado,

Denver 2001-04 Assistant Professor at Department of Medicine, University of

Colorado, Denver 2004-present Assistant Professor at Department of Internal Medicine,

University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas Publication list (last 5 years)

9. Kilic G, Angleson JK, Cochilla AJ, Nussinovitch I and Betz WJ (2001) Sustained stimulation of exocytosis triggers continuous membrane retrieval in rat pituitary somatotrophs. Journal of Physiology (Lond.) 532(3):771-83. 10. Kilic G, Doctor RB, Fitz JG (2001) Insulin stimulates membrane conductance in a liver cell line: evidence for insertion of ion channels through a phosphoinositide 3-kinase-dependent mechanism. Journal of Biological Chemistry 276(29):26762-8. 11. Roman R, Feranchak AP, Troetsch M, Dunkelberg JC, Kilic G, Schlenker T, Schaack J, Fitz JG (2002) Molecular characterization of volume-sensitive SK(Ca) channels in human liver cell lines. American Journal Physiology (Gastrointest. Liver Physiol.) Jan;282(1):G116-22. 12. Kilic G and Fitz JG (2002) Heterotrimeric G-proteins activate Cl- channels through stimulation of a cyclooxygenase-dependent pathway in a model liver cell line. Journal of Biological Chemistry 277(14):11721-7. 13. Doctor RB, Dahl R, Fouassier L, Kilic G and Fitz G (2002) Cholangiocytes exhibit dynamic, actin-dependent apical membrane turnover. American Journal Physiology (Cell Physiol.) May;282(5):C1042-52. 14. Kilic G (2002) Exocytosis in bovine chromaffin cells. studies with patch-clamp capacitance and FM1-43 fluorescence. Biophysical Journal 83:849-57. 15. Fernachak AP, Kilic G, Wojtaszek PA, Qadri I and Fitz JG (2003) Volume-sensitive tyrosine kinases regulate liver cell volume through effects on vesicular trafficking and membrane Na+ permeability. Journal of Biological Chemistry 278(45):44632-8. 16. Gatof D, Kilic G and Fitz JG (2004) Regulation of volume-sensitive ATP release in biliary cells through vesicular exocytosis. American Journal


108

Physiology (Gastrointest. Liver Physiol.) April;286(4):G538-46. 17. Puljak L, Pagliassotti MJ, Wei Y, Qadri I, Parameswara V, Esser V, Fitz JG and Kilic G (2005) Inhibition of cellular responses to insulin in a rat liver cell line. A role for PKC in insulin resistance. Journal of Physiology (Lond.) 563(2):471-82. 18. Puljak L and Kilic G (2006) Emerging roles of chloride channels in human diseases. Biochimca Biophysica Acta. 1762(4):404-13.


Last election 6/1/04

Teaching courses

Cell Biophysics II


109

Nastavnik Nada Krstulović

Ustanova zaposlenja

Institut za oceanografiju i ribarstvo Split


Osobna web-stranica


Školovanje: • Sveučilište u Beogradu, PMF, Doktor prirodnih znanosti, polje biologija,

1989. • Sveučilište u Zagrebu, PMF, Magistar prirodnih znanosti, polje

geoznanosti, grana oceanologija, 1975. • Sveučilište u Zagrebu, PMF, Diplomirani inženjer biologije, 1973. Radna iskustva i važnije dužnosti: • Institut za oceanografiju i ribarstvo, Split od 1973. • Voditelj Laboratorija za mikrobiologiju od 1984. • Znanstveni savjetnik, trajno zvanje od 2003. • Sveučilište u Splitu, Odjel za studij mora Sveučilišta u Splitu, Redoviti

profesor, trajno zvanje (predmeti Opća mikrobiologija i Mikrobiologija mora).

• Predavač na poslijediplomskim studijima Kemijsko-tehnološkog fakulteta Sveučilišta u Splitu (predmet Sanitarna mikrobiologija, Oceanologija na PMF-u Sveučilišta u Zagrebu (predmet Mikrobiologija mora).


1. Krstulović, N., M. Šolić, 2001. Distribution of phototrophic sulfur bacteria throughout the time scale of the anoxic water renewal in the Rogoznica Lake. Fresenius Env. Bulletin, 10: 586-589.

2. Bojanić, N., M. Šolić, N. Krstulović, I. Marasović, Ž. Ninčević and O. Viđak. 2001. Seasonal and vertical distribution of the ciliated protozoa and micrometazoa in Kaštela Bay (central Adriatic). Helgol. Mar. Res., 55: 150-159.

3. Šolić, M., N. Krstulović and S. Šestanović. 2001. The roles of predation, substrate supply and temperature in controlling bacterial abundance: interaction between spatial and seasonal scale. Acta Adriatica, 42: 35-48.

4. Krstulović, N. and M. Šolić. 2001. Total and sulfur bacteria during holomictic period and period of stratification in the saline Rogoznica Lake (Central Adriatic). Rapp. Comm. int. Mer Medit., 36: 194-195.

5. Šestanović, S., M. Šolić and N. Krstulović, 2004. Seasonal and vertical distribution of planktonic bacteria and heterotrophic nanoflagellates in the middle Adriatic Sea. Helgol. Mar. Res. 58: 83-92.

6. Šestanović, S., M. Šolić and N. Krstulović. 2004. Bacterial biomass in sediments of coastal Adriatic Sea. Rapp. Comm. int. Mer Medit., 37: 289-290.

7. Bojanić, N., M. Šolić, N. Krstulović, S. Šestanović, I. Marasović & Ž. Ninčević. 2005. Temporal variability in abundance and biomass of ciliates and copepods in the eutrophicated part of Kaštela Bay (Middle Adriatic Sea). Helgolander Marine Research, 59: 107-120.

8. Šestanović, S., M. Šolić, N. Krstulović, D. Šegvić, I. Ciglenečki. 2005. Vertical structure of microbial community in an eutrophic meromictic


110

saline lake. Fresenius Environmental Bulletin, 14: 668-675. 9. Šestanović, S., M. Šolić, N. Krstulović and D. Bogner. 2005. Volume,

abundance, and biomass of sediment bacteria in the eastern mid Adriatic Sea. Acta Adriat., 46: 177-193.


Objavljene 2 knjige (1 sveučilišni priručnik, 1 sveučilišni udžbenik), 70-tak znanstvenih radova iz područja mikrobiologije mora, niz popularnih stručnih radova, iskustvo u nastavi na dodiplomskim i poslijediplomskim studijima, vođenje doktorata, magisterija i diplomskih radova.


05. 2003. Znanstveni savjetnik - trajno zvanje, područje prirodnih znanosti, polje biologija 10. 2005. Redoviti profesor – trajno zvanje


Mikroorganizmi i okoliš


111

Lecturer Prof. Dr. Hans O. Lutz

Institution Bielefeld University, Germany


Personal web-page

http://www.physik.uni-bielefeld.de/experi/d0/Holutz.html

Biography 1956 -High-school graduation (Abitur) 1958-First university degree (Vordiplom) Technical University München 1961-Second university degree (Hauptdiplom) Technical University München 1964-Dr. rer. nat., Technical University München 1970-Habilitation, Technical University Aachen 1964 – 1965-Research Associate, Technical University München 1965 – 1967-Research Associate, Oak Ridge National Laboratory, U. S. A. 1968 – 1973-Research Associate, Nuclear Physics Institute,Nuclear Research Center (KFA) Jülich 1974 – 1977-Associate Professor, University Bielefeld 1977 – 2002-Full Professor, University Bielefeld

Since 1.10.2002-Professor emeritus University Bielefeld


190. M. Ye. Zhuravlev, H. O. Lutz, A. V. Vedyayev, Phys. Rev. 63,174409 (2001) Size effects in the giant magnetoresistance of segmented nanowires 191. U. Werner, B. Siegmann, R. Mann, N. M. Kabachnik, H. O. Lutz, Physica Scripta T92, 244 (2001) Kinetic energy release distributions in the fragmentation of O2 molecules induced by fast highly charged ions 192. B. Siegmann, U. Werner, H. O. Lutz, R. Mann, J. Phys. B 34, L587 (2001) Multiple ionization and fragmentation of H2O in collisions with fast highly charged Xe-ions 193. A. Reinköster, U. Werner, N. M. Kabachnik, H. O. Lutz, Phys. Rev. A 64, 023201 (2001) Experimental and theoretical study of ionization and fragmentation of C60 by fast-proton impact 194. M. Ye. Zhuravlev, H. O. Lutz, A. V. Vedyayev, J. Phys. A 34, 8383 (2001)


112

The construction of the Green Function for GMR structures of complex geometry 195. Z. Kaliman, N. Orlic, N. M. Kabachnik, H. O. Lutz, Phys. Rev. A 65, 012708 (2001) Theoretical study of orientation effects in multiple ionization of molecules by fast ion impact 196. B. Siegmann, U. Werner, R. Mann, Z. Kaliman, N. M. Kabachnik, H. O. Lutz, Phys.Rev. A 65, 010704 (R) (2001) Orientation dependence of multiple ionization of diatomic molecules in collisions with fast highly-charged ions 197. M. Ehrich, U.Werner, H. O. Lutz, T. Kaneyasu, K. Ishii, K. Okuno, U. Saalmann, Phys. Rev. A 65, 030702 (R) (2002) Simultaneous polarization and fragmentation of N2 molecules in slow keVcollisions with Kr8+ ions 198. M. Ye. Zhuravlev, W. Schepper, S. Heitmann, H. Vinzelberg, P. Zahn, I. Mertig, H.O. Lutz, A. V. Vedyayev, G. Reiss, A. Hütten, Phys. Rev. B65, 144428 (2002) Reliable prediction of Giant Magnetoresistance (GMR) characteristics 199. M. Ye. Zhuravlev, W. Schepper, S. Heitmann, H. O. Lutz, A. V. Vedyayev, G. Reiss, A. Hütten, Lecture Notes in Physics 593 43 (2002) Model Calculation of the Giant Magnetoresistance in Multilayers with an Arbitrary Number of Layers. 200. B. Siegmann, U. Werner, H.O. Lutz, R. Mann, J. Phys. B 35, 3755 (2002) Complete Coulomb fragmentation of CO2 in collisions with 5.9 MeV u-1 Xe18+ and Xe43+ 201. B. Siegmann, U. Werner, Z. Kaliman, Z. Roller-Lutz, N.M. Kabachnik, H.O. Lutz, Phys. Rev. A 66, 052701 (2002) Multiple ionization of diatomic molecules in collisions with 50 - 300 keV hydrogen and helium ions 202. A. Reinköster, B. Siegmann, U. Werner, B.A. Huber, H.O. Lutz, J. Phys.


113

B 35, 4989 (2002) Multifragmentation of C60 after collisions with Arz+ ions


190. M. Ye. Zhuravlev, H. O. Lutz, A. V. Vedyayev, Phys. Rev. 63,174409 (2001) Size effects in the giant magnetoresistance of segmented nanowires 191. U. Werner, B. Siegmann, R. Mann, N. M. Kabachnik, H. O. Lutz, Physica Scripta T92, 244 (2001) Kinetic energy release distributions in the fragmentation of O2 molecules induced by fast highly charged ions 192. B. Siegmann, U. Werner, H. O. Lutz, R. Mann, J. Phys. B 34, L587 (2001) Multiple ionization and fragmentation of H2O in collisions with fast highly charged Xe-ions 193. A. Reinköster, U. Werner, N. M. Kabachnik, H. O. Lutz, Phys. Rev. A 64, 023201 (2001) Experimental and theoretical study of ionization and fragmentation of C60 by fast-proton impact 194. M. Ye. Zhuravlev, H. O. Lutz, A. V. Vedyayev, J. Phys. A 34, 8383 (2001) The construction of the Green Function for GMR structures of complex geometry 195. Z. Kaliman, N. Orlic, N. M. Kabachnik, H. O. Lutz, Phys. Rev. A 65, 012708 (2001) Theoretical study of orientation effects in multiple ionization of molecules by fast ion impact 196. B. Siegmann, U. Werner, R. Mann, Z. Kaliman, N. M. Kabachnik, H. O. Lutz, Phys.Rev. A 65, 010704 (R) (2001) Orientation dependence of multiple ionization of diatomic molecules in collisions with fast highly-charged ions 197. M. Ehrich, U.Werner, H. O. Lutz, T. Kaneyasu, K. Ishii, K. Okuno, U. Saalmann, Phys. Rev. A 65, 030702 (R) (2002) Simultaneous polarization and fragmentation of N2 molecules in slow


114

keVcollisions with Kr8+ ions 198. M. Ye. Zhuravlev, W. Schepper, S. Heitmann, H. Vinzelberg, P. Zahn, I. Mertig, H.O. Lutz, A. V. Vedyayev, G. Reiss, A. Hütten, Phys. Rev. B65, 144428 (2002) Reliable prediction of Giant Magnetoresistance (GMR) characteristics 199. M. Ye. Zhuravlev, W. Schepper, S. Heitmann, H. O. Lutz, A. V. Vedyayev, G. Reiss, A. Hütten, Lecture Notes in Physics 593 43 (2002) Model Calculation of the Giant Magnetoresistance in Multilayers with an Arbitrary Number of Layers.

Last election Permanent professor

Teaching courses

Regular lectures on numerous topics, in particular Basic physics course Solid state physics Nanostructure and cluster physics Atomic physics Molecular physics Atomic collision physics

and others


115

Nastavnik Stjepan Marčelja

Ustanova zaposlenja

Department of Applied Mathematics The Australian National University


Osobna web-stranica


Rođen 22. 9. 1941. 1965-1967: Teaching Assistant, Department of Physics,University of Zagreb 1967-1970: Graduate Student and Teaching Assistant, Department of Physics and Astronomy, University of Rochester,Rochester, New York 1970-1971: Research Associate/Associate Instructor,Department of Physics University of Utah,Salt Lake City, Utah 1971-1975 Lecturer at Department of Physics 1977-1978: University of Zagreb, Zagreb, Croatia 1973-1974: Guest Scientist, Institut für Theoretische Physik, Freie Universitat Berlin, Germany 1975-1977: and 1978 - 1982 Senior Research Fellow 1983 - 1994 Senior Fellow 1994 - 2002 Professor, Department of Applied Mathematics, Research School of Physical Sciences, Institute of Advanced Studies, Australian National University, Canberra, Australia 2002 - 2004 Director General, Ruđer Bošković Institute,Zagreb, Croatia 2005 - Visiting Fellow, Australian National University Visiting Professorships Université de Paris-Sud Orsay, May-July 1981 Collège de France, October-November 1993 Göteborg University, April 1998-March 1999 Tel Aviv University (‘Sackler Scholar’) October 1999-January 2000 Honours and Awards Eastman Kodak Award, University of Rochester, Rochester, New York, 1969. Ruđer Bošković Award, Science Research Council, Croatia, Croatia, 1974. Fellow, Australian Academy of Science, 1991 Corresponding Fellow, Croatian Academy of Sciences and Arts, 1997


67. Marčelja, S. “Exact description of electrical double layers” Langmuir 16 (2000) 6081-6083. 68. R. Kjellander, A. P. Lyubartsev and S. Marčelja "Calculation of pressure in electrical double layers" Journal of Chemical Physics 114 (2001) 9565-9577. 69. L. Arleth, S. Marčelja and Th. Zemb “Gaussian random fields with two level cuts - Model for asymmetric microemulsions with nonzero spontaneous curvature” Journal of Chemical Physics 115 (2001) 3923-3936 70. Marrink, S-J. and Marčelja, S. “Potential of mean force computations of ions approaching a surface” Langmuir 17 (2001) 7929-7934 71. Lyubartsev, A. P. and Marčelja, S. “Evaluation of effective ion-ion potentials in aqueous electrolytes” Physical Review E 65 (2002) 041202-1 72. Marčelja, S.“Short-range forces in surface and bubble interaction” Current Opinion in Colloid and Interface Science 9 (2004) 165-167


Svi navedeni radovi i aktivnosti. Više od 5000 citata znanstvenih radova iz biofizike i fizike.

Datum zadnjeg izbora u zvanje 1994.


Istraživački rad iz biofizike Izabrana poglavlja biofizike


116

Nastavnik Vladimir Paar

Ustanova zaposlenja

Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i odgojnih područja Sveučilišta u Splitu


Osobna web-stranica http://mahazu.hazu.hr/~paar/


Rođen 1942. godine u Zagrebu. Diplomirao fiziku na PMF-u u Zagrebu, magistrirao 1965, magistrirao 1969 i doktorirao 1971. Od 1966. do 1976. zaposlen na Institutu R. Bošković u Zagrebu, i od 1976. do danas je profesor na Fizičkom odsjeku PMF-a u Zagrebu. Kao gostujući znanstvenik ili profesor proveo ukupno sedam godina na inozemnim institucijama (Niels Bohr Institute, Copenhagen; FA Juelich; Technical University, Muenich; Lawrewnce Livermore National Laboratory; University of Maryland; Natuurkuntig Laboratorium, Free University, Amsterdam, itd.). Od 1992. godine je akademik Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti.

Autor 200 CC znanstvenih publikacija te niza publikacija i TV emisija iz popularizacije znanosti i školskih udžbenika iz fizike. Područja na kojima je objavio CC znanstvene publikacije: teorijska nuklearna fizika, klasični i kvantni deterministički kaos, kompjutorske simulacije u biologiji, kliničkoj medicini, robotici, kemiji, i kompjutorska genomika. Bavi se i problematikom razvoja školstva. Broj SCI citata: oko 3,000


Neki od radova u zadnjih 5 godina: 1. Paar V. Pavin N. Basar I. Rosandic M. Luketin I. Zinic SD., Croatica Chemica Acta. 77(1-2):73-81, 2004 May. 2. Paar V. Pavin N., Physical Review E. 6803(3 Part 2):6222, 2003 Sep. 3.Paar V. Pavin N., Modern Physics Letters B. 17(17):941-948, 2003 Jul 20. 4. Rosandic M. Paar V. Gluncic M. Basar I. Pavin N., Croatian Medical Journal. 44(4):386-406, 2003 Aug. 5. Rosandic M. Paar V. Basar I., Journal of Theoretical Biology. 221(1):29-37, 2003 Mar 7. 6. Paar V. Pavin N. Rubcic A. Rubcic J., Chaos Solitons & Fractals. 14(6):901-916, 2002 Oct. 7. Buljan H. Paar V., Physical Review E. 6503(3 Part 2A):6218, 2002 Mar. 8. Paar V. Pavin N. Rosandic M. Journal of Theoretical Biology. 212(1):47-56, 2001 Sep 7. 9. Buljan H. Paar V. Physical Review E. 6306(6 Part 2):6205-+, 2001 Jun.


Svi radovi i aktivnosti.


1985. (znanstveno područje Prirodnih znanosti, polje Fizika)


Odabrana granična područja fizika Istraživački rad iz biofizike


117

Nastavnik Vladimir Parpura

Ustanova zaposlenja

University of California Riverside


Osobna web-stranica

http://www.cbns.ucr.edu/index.php?content=people/faculty/parpura/parpura.html


09/84-07/89 School of Medicine in Split, University of Zagreb, Croatia;

received M.D. degree in July 1989; Major Professors: Drs. I. Kracun and C. Cosovic

01/90-12/93 Dept. of Zoology & Genetics and Program for Neuroscience, Iowa State University, Ames, IA; received Ph.D. degree in December 1993; Major Professor Dr. Philip G. Haydon

01/94-11/94 Postdoctoral research associate. Glia-neuron signaling. Dept. of Zoology & Genetics, Iowa State University, Ames, IA (Dr. P.G. Haydon)

09-10/94 Visiting postdoctoral research associate. Dept. of Pharmacology and Cell Biology, Yale University Medical School, New Haven, CT (Dr. R Jahn).

12/94-11/96 Postdoctoral research fellow. Dept. of Physiology & Biophysics, Mayo Clinic, Rochester, MN (Mentor: Dr. J.M. Fernandez)

01/96- 07/02 Visiting scientist, Cornell Nanofabrication Facility, Knight Laboratory, Cornell University, Ithaca, NY

12/96-7/00 Affiliate Assistant Professor. Dept. of Zoology & Genetics, Iowa State University, Ames,IA

05/98-7/00 A Graduate Faculty in Dept. of Zoology & Genetics, Iowa State University, Ames, IA

10/98-7/00 A Graduate Faculty in Program for Neuroscience, Iowa State University, Ames, IA

7/00-6/05 Assistant Professor, Dept. of Cell Biology and Neuroscience, Univ. of California, Riverside, CA

9/00- Member, Graduate Program in Neuroscience, Univ. of California, Riverside, CA

9/00- Member, Graduate Program in Cell, Molecular and Developmental Biology, Univ. of California, Riverside, CA

7/05-present Associate Professor (with tenure), Dept. of Cell Biology and Neuroscience, Univ. of California, Riverside, CA

12/05- Member, Biomedical Sciences Graduate Program, Univ. of California, Riverside, CA


ARTICLES (PEER-REVIEWED JOURNALS): • Parvizi, J., Parpura, V., Greenleaf, J.F., Bolander, M.E. (2002). Calcium

signaling is required for ultrasound-stimulated aggrecan synthesis by rat chondrocytes J. Orthopaedic Res. 20:51-57.

• Grima G., Benz B., Parpura V., Cuenod M., Do K.Q. (2003).Dopamine-induced oxidative stress in neurons with glutathione deficit: implication for schizophrenia. Schizophr Res. 62:213-24.

• Liu, W., Montana, V., Chapman, E.R., Mohideen U., Parpura, V. (2003).


118

Botulinum Toxin type B • Micromechanosensor, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100: 13621-13625. • Li, Q.-J., Yao, M., Wong, L., Parpura, V., Martins-Green, M. (2004). N-

and C- terminal peptides of hIL-8/CXCL8 are ligands for hCXCR1 and hCXCR2. FASEB J. 18:776-778. (full version of this article available at http://www.fasebj.org, The FASEB Journal Express Article doi:10.1096/fj.02-1175fje)

• Parpura, V., Scemes, E., Spray, D.C. (2004). Mechanisms of glutamate release from astrocytes: gap junction "hemichannels", purinergic receptors and exocytotic release. Neurochem Int. 45:259-264.

• Hua, X., Malarkey E.B., Sunjara, V., Rosenwald, S.R., Li, W-H., Parpura, V. (2004). Ca2+-dependent glutamate release involves two classes of endoplasmic reticulum Ca2+ stores in astrocytes. J. Neurosci. Res. 76: 86-97.

• Prasad, S., Zhang. X., Yang, M., Ni, Y., Parpura, V., Ozkan, C.S., Ozkan, M. (2004). Separation of

• individual neurons using dielectrophoretic alternative current fields. J. Neurosci. Meth. 135:79-88.

• Montana, V., Ni, Y., Sunjara, V., Hua, X., Parpura. V. (2004). Vesicular glutamate transporter-dependent glutamate release from astrocytes, J. Neurosci. 24:2633-2642.

• Hu, H., Ni. Y., Montana, V., Haddon, R.C., Parpura, V. (2004). Chemically functionalized carbon nanotubes as substrates for neuronal growth. Nano Lett. 4: 507-511.

• Parpura, V. (2005). Nanofabricated carbon-based detector. Anal. Chem. 77:681-686.

• Bekyarova, E., Ni, Y., Malarkey, E.B., Montana, V., McWilliams, J.L., Haddon, R.C., Parpura, V. (2005). Applications of carbon nanotubes in biotechnology and biomedicine. J. Biomed. Nanotech. 1:3-17.

• Li, Q.-J., Yao, M., Dueck, M., Fuegate, J.E., Parpura V., Martins-Green, M. (2005). cCXCR1 is a receptor for cIL8 (9E3/cCAF) and its N- and C-terminal peptides, and is also activated by hIL8 (CXCL8). J. Leukoc. Biol. 77: 421-431.

• Hu, H., Ni. Y., Mandal, S.K., Montana, V., Zhao, B., Haddon, R.C., Parpura, V. (2005). Polyethyleneimine functionalized single-walled carbon nanotubes as a substrate for neuronal growth. J. Phys. Chem. B 109:4285-4289.

• Ni, Y., Hu, H., Malarkey E.B., Zhao, B., Montana, V., Haddon, R.C., Parpura, V. (2005). Chemically functionalized water soluble single-walled carbon nanotubes modulate neurite outgrowth. J Nanosci. Nanotechnol. 5: 1707-1712.

• Parpura, V., Chapman, E.R. (2005) Detection of botulinum toxins: micromechanical and fluorescence- based sensors. Croat. Med. J. 46:491-497.

• Ponzio. T.A., Ni, Y., Montana, V., Parpura, V., Hatton, G.I. (2006). Vesicular glutamate transporter expression in supraoptic neurons suggests a glutamatergic phenotype. J. Neuroendocrinol. 18:253-265.

• Liu, W., Montana, V., Bai, J., Chapman, E.R., Mohideen U., Parpura, V. (2006). Single molecule mechanical probing of the SNARE protein interactions. Biophys J In Press

• Montana, V., Malarkey E.B., Verderio, C., Matteoli, M. Parpura, V.


119

(2006) Vesicular transmitter release from astrocytes. Glia In Press OTHER PUBLICATIONS (PEER-REVIEWED

• Prasad, S., Yang, M., Zhang, X., Ni, Y., Parpura, V., Ozkan, C.S., Ozkan, M. (2003) Electric Field Assisted Localization of Neurons on Pt Microelectrode Arrays, Mat. Res. Soc. Symp. Proc. 773: N4.6.1-9.

• Cardullo, R.A., Parpura, V. (2003). Fluorescence Resonance Energy Transfer: Theory and Instrumentation, Methods Cell Biol. 72:415-430.

• Parpura, V. (2004). Glutamate-mediated bi-directional signaling between neurons and astrocytes. In: Glial Neuronal Signaling (Hatton, G.I, Parpura, V., eds). Kluwer Academic Publishers, Boston, MA, pp. 365-395.

• Bekyarova, E., Haddon, R.C., Parpura, V. (2005). Biofunctionalization of Carbon Nanotubes. In: Nanotechnologies for the Lifesciences. Vol. 1 Biofunctionalization of Nanomaterials (Kumar, C.S.S.R., ed.) Wiley-VCH, Wienhein-Berlin, Germany, pp 41-71.

• Malarkey, E.B., Parpura, V. (2006) Glutamate release from astrocytes: impact on neuronal function. In: Hepatic Encephalopathy and Nitrogen Metabolism. (Häussinger, D., Kircheis, G., Schliess, F., eds.) Springer, London-Heidelberg, pp 59-86.

• Lee, W., Parpura, V. (2006) Exocytotic release of glutamate from astrocytes: comparison to neurons. In: Protein trafficking in neurons (Bean, A., ed.) Elsevier, Amsterdam, The Nederlands, In Press.

EDITED VOLUMES:

• Hatton, G.I, Parpura, V. (Eds.) Glial Neuronal Signaling. Kluwer Academic Publishers, Boston, MA. (May 2004, 456 pp)

4.1.1.9. DISCLOSURES AND PATENTS: 4.1.1.10.

• Mohideen, U., Parpura, V. Micromechanical Sensor for Rapid Botulinum Toxin Detection. UC Case No.: 2003-440-1; Disclosure, Date Disclosed: May 2, 2003

• Parpura, V. Nanofabricated carbon-based detector. UC Case No.: 2005-015-1; Disclosure, Date Disclosed: July 20, 2004

• Parpura, V. Water soluble carbon nanotubes as modulators of calcium influx and neuronal growth. UC Case No. 2005-669-1; Disclosure, Date Disclosed: May 10, 2005

• Parpura, V., Mohideen, Umar. Botulinum toxin type B sensor based on nanomanipulation. UC Case No. 2006-531-1; Disclosure, Date Disclosed: March 23, 2006

• Parpura, V., Mohideen, Umar. Biological nanozippers and nanocuffs. UC Case No. 2006-532-1; Disclosure, Date Disclosed: March 23, 2006

Radovi i ostalo što nastavnika kvalificira za izvođenje

• Hatton, G.I, Parpura, V. (Eds.) Glial Neuronal Signaling. Kluwer Academic Publishers, Boston, MA. (May 2004, 456 pp)

• Malarkey, E.B., Parpura, V. (2006) Glutamate release from astrocytes: impact on neuronal function. In: Hepatic Encephalopathy and Nitrogen Metabolism. (Häussinger, D., Kircheis, G., Schliess, F., eds.) Springer,


120

nastave London-Heidelberg, pp 59-86. • Lee, W., Parpura, V. (2006) Exocytotic release of glutamate from

astrocytes: comparison to neurons. In: Protein trafficking in neurons (Bean, A., ed.) Elsevier, Amsterdam, The Nederlands, In Press.

• Parpura, V., Basarsky, T.A., Liu, F., Jeftinija, K., Jeftinija, S., Haydon, P. G. (1994). Glutamate-mediated astrocyte-neuron signalling. Nature 369: 744-747.

• Basarsky, T.A., Parpura, V., Haydon, P. G. (1994). Hippocampal synaptogenesis in cell culture: Developmental time course of synapse formation, calcium influx and synaptic protein distribution. J. Neurosci. 14: 6402-6411.

• Parpura, V., Doyle, R.T., Basarsky, T.A., Henderson, E., Haydon, P.G. (1995). Dynamic imaging of individual purified synaptic vesicles. Neuroimage, 2: 3-7.

• Parpura, V., Liu, F., Brethorst, S., Jeftinija, K., Jeftinija, S., Haydon, P.G. (1995). �- latrotoxin stimulates glutamate release from cortical astrocytes. FEBS Lett., 360: 266-270.

• Parpura, V., Liu, F., Jeftinija, K., Haydon, P.G., Jeftinija, S. (1995). Neuroligand-evoked calcium-dependent release of excitatory amino acids from Schwann cells. J. Neurosci. 15: 5831-5839.

• Tan, W., Parpura, V., Haydon, P.G., Yeung, E.S. (1995). Neurotransmitter imaging in living cells based on native fluorescence detection. Anal. Chem. 67: 2575-2579.

• Parpura, V., Fang, Y., Basarsky, T. A., Jahn, R., Haydon, P.G. (1995). Expression of synaptobrevin II, cellubrevin and syntaxin in cultured astrocytes. FEBS Lett. 377:489-492.

• Araque, A., Parpura, V., Sanzgiri, R.P., Haydon, P.G. (1998). Glutamate-dependent astrocyte modulation of synaptic transmission between cultured hippocampal neurons. Eur. J. Neurosci. 10: 2129-2142.

• Araque, A., Sanzgiri, R.P., Parpura, V., Haydon, P.G. (1998). Calcium elevation in astrocytes causes an NMDA receptor-dependent increase in the frequency of miniature synaptic currents in cultured hippocampal neurons. J. Neurosci. 18: 6822-6829.

• Parpura, V., Haydon, P.G. (1999). UV photolysis using a micromanipulated optical fiber to deliver UV energy directly to the sample. J. Neurosci. Meth. 87: 25-34.

• Araque, A., Parpura, V., Sanzgiri, R.P., Haydon, P.G. (1999). Tripartite synapses: Glia, the unacknowledged partner. Trends Neurosci. 22: 208-215.

• Trudeau, L-E., Parpura, V., Haydon, P.G. (1999). Activation of neurotransmitter release in hippocampal nerve terminals during recovery from intracellular acidification. J. Neurophysiol. 81: 2627-2635.

• Parpura, V., Haydon, P.G. (1999). “Uncaging” using optical fibers to deliver UV-light directly to the sample. Croat. Med. J. 40: 340-345.

• Araque, A., Sanzgiri, R.P., Parpura, V., Haydon, P.G. (1999). Astrocyte-induced modulation of synaptic transmission. Can. J. Physiol. Pharmacol. 77: 699-706.

• Innocenti, B., Parpura, V., Haydon, P.G. (2000). Imaging extracellular waves of glutamate during calcium signaling in cultured astrocytes. J. Neurosci. 20: 1800-1808.


121

• Parpura, V., Haydon, P.G. (2000). Physiological astrocytic calcium levels stimulate glutamate release to modulate adjacent neurons. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 97: 8629-8634.

• Parpura, V., Scemes, E., Spray, D.C. (2004). Mechanisms of glutamate release from astrocytes: gap junction "hemichannels", purinergic receptors and exocytotic release. Neurochem Int. 45:259-264.

• Hua, X., Malarkey E.B., Sunjara, V., Rosenwald, S.R., Li, W-H., Parpura, V. (2004). Ca2+-dependent glutamate release involves two classes of endoplasmic reticulum Ca2+ stores in astrocytes. J. Neurosci. Res. 76: 86-97.

• Montana, V., Ni, Y., Sunjara, V., Hua, X., Parpura. V. (2004). Vesicular glutamate transporter-dependent glutamate release from astrocytes, J. Neurosci. 24:2633-2642.

• Ponzio. T.A., Ni, Y., Montana, V., Parpura, V., Hatton, G.I. (2006). Vesicular glutamate transporter expression in supraoptic neurons suggests a glutamatergic phenotype. J. Neuroendocrinol. 18:253-265.

• Montana, V., Malarkey E.B., Verderio, C., Matteoli, M. Parpura, V. (2006) Vesicular transmitter release from astrocytes. Glia In Press


July 1, 2006 promoted to Asscoiate Professor with tenure


01/96-06/96 Taught in 8300 Nrsci. Concepts in Neurophysiology. Mayo Graduate School, Mayo Foundation

02/97 Taught in Neuro557. Techniques in Neuroscience. Program for Neuroscience. Iowa State Univ.

08/98-12/98 In charge of combined Neuro 690 (Journal Club in Neuroscience) and ZOOL 690/696C (Seminars and Research Seminars in Neurobiology). Program for Neuroscience and Dept. of Zoology & Genetics, Iowa State University. 12 graduate students enrolled.

02/99 Taught in Neuro557. Techniques in Neuroscience. Program for Neuroscience. Iowa State Univ.

08/99-12/99 In charge of combined ZOOL 690C (Seminars in Neurobiology) and ZOOL 690D (Seminars in Physiology). Dept. of Zoology & Genetics, Iowa State University. 7 graduate students enrolled.

1/00-5/00 In charge of combined ZOOL 690/696D (Seminars and Research Seminars in Physiology). Dept. of Zoology & Genetics, Iowa State University. 5 graduate students enrolled.

10/00-12/00 In charge of NRSC 289 (Special Topics in Neuroscience, “Synaptic plasticity”). Dept of Cell Biology and Neuroscience, University of California Riverside. 1 undergraduate and 17 graduate students.

4/01-6/01 Co-charge (with R.A. Cardullo) of CMDB 281E (Seminars in Cell Biology: “Regulated exocytosis: From sectretagogue to secretion”), Dept of Cell Biology and Neuroscience, University of California Riverside. 5 undergraduate and 6 graduate students.

10/01-12/01 In charge of NRSC 289 (Special Topics in Neuroscience, “Glia-more than just a glue”). Dept of Cell Biology and Neuroscience, University of California Riverside. 16 graduate students.

3/27-6/14/02 In charge of NRSC 106 (Introduction to Neuroscience). Dept of Cell Biology and Neuroscience, University of California Riverside. 153 undergraduate and 3 graduate students.


122

9/24-12/15/02 In charge of NRSC 289 (Special Topics in Neuroscience), “Trilogy: Stem Cells, Apoptosis and Classical Paper in Neuroscience”. Dept of Cell Biology and Neuroscience, University of California Riverside. 1 undergraduate and 22 graduate students.

3/26/-6/13/03 In charge of NRSC 106 (Introduction to Neuroscience). Dept of Cell Biology and Neuroscience, University of California Riverside. 161 undergraduate and 1 graduate students.

9/22-12/13/03 -In charge of NRSC 289 (Special Topics in Neuroscience), “Toxins as tools in neuroscience”. Dept of Cell Biology and Neuroscience, University of California Riverside. 26 graduate students.

-Taught in NRSC 201 (Advanced Techniques in Neuroscience). Dept. of Cell Biology and Neuroscience. 4 graduate students.

3/24/-6/11/04 In charge of NRSC 106 (Introduction to Neuroscience). Dept of Cell Biology and Neuroscience, University of California Riverside. 176 undergraduate students.

9/20/-12/11/04 In charge of NRSC 289 (Special Topics in Neuroscience), “Glial Neuronal Interactions”. Dept of Cell Biology and Neuroscience, University of California Riverside. 11 graduate students.


9/26/-12/17/05 -In charge of NRSC 289 (Special Topics in Neuroscience), “Neuroscience in the news”. Dept of Cell Biology and Neuroscience, University of California Riverside. 17 graduate students.

-Taught in NRSC 201 (Advanced Techniques in Neuroscience). Dept. of Cell Biology and Neuroscience. 3 graduate students.



123

Nastavnik Rudolf Podgornik

Ustanova zaposlenja

Univerza v Ljubljani, Fakulteta za matematiko in fiziko, Jadrnska 19, Ljubljana


Osobna web-stranica

http://www-f1.ijs.si/~rudi/


• 1977-1982 Research Assistant, Institute of Biophysics, Medical

Faculty, Ljubljana, Slovenia. • 1983-1986 Research Assistant, Institute Jozef Stefan, Ljubljana,

Slovenia. • 1986-1987 Staff Member, J. Stefan Institute, Ljubljana, Slovenia. • 1987-1989 Visiting Fellow, Laboratory of Molecular Forces and

Assembly, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland 20892, USA • 1990-1992 Senior Staff Member, J. Stefan Institute, Ljubljana, Slovenia. • 1992-1993 Visiting scientist, Division of Physical Chemistry II,

University of Lund, Lund S - 22100, Sweden. • 1993-1995 Visiting Scientist, Laboratory of Structural Biology, DCRT,

National Institutes of Health, Bethesda, Maryland 20892, USA. • 1995- 1998 Assistant Professor, Dept. of Physics, University of

Ljubljana, Slovenia. • 1995-1997 Visiting Scientist, Laboratory of Structural Biology, DCRT,

National Institutes of Health, Bethesda, Maryland 20892, USA. • 1997- Senior Fellow, Laboratory of Physical and Structural Biology,

National Institute of Child Health and Human Developement, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland 20892-5626, USA.

• 1997 A three month sabbatical at Aspen Institute for Physics, Colorado • 1998 A four month sabbatical at Institute of Theoretical Physics,

University of California at Santa Barbara • 1998- 2001 Associate Professor of Physics, Dept. of Physics, University

of Ljubljana, Slovenia • 2001- Full Professor, Dept. of Physics, University of Ljubljana, Slovenia • 2002 A three month sabbatical at Laboratoire de Physique des Solides,

Universite Paris Sud, Orsay. • 2004 Starting Jan 1st member of the Editorial Board of Physical Review E

in the areas of polyme physics and biological physics.


51. PODGORNIK, Rudolf, HANSEN, Per Lyngs, PARSEGIAN, V. Adrian. Elastic moduli renormalization in self-interacting stretchable polyelectrolytes. J. chem. phys., 2000, 113, str. 9343-9350. [COBISS.SI-ID 1231460] 52. ZIHERL, Primož, PODGORNIK, Rudolf, ŽUMER, Slobodan. Pseudo-Casimir structural force drives spinodal dewetting in nematic liquid crystals.


124

Phys. rev. lett., 2000, 84, str. 1228-1231. [COBISS.SI-ID 1109604] 53. STREY, H. H., WANG, J., PODGORNIK, Rudolf, RUPPRECHT, A., YU, L., PARSEGIAN, V. A., SIROTA, E. B. Refusing to twist : demonstration of a line hexatic phase in DNA liquid crystals. Phys. rev. lett., 2000, 84, str. 3105-3198. [COBISS.SI-ID 1146468] 54. ZIHERL, Primož, KARIMI HADDADAN POUR, F., PODGORNIK, Rudolf, ŽUMER, Slobodan. Pseudo-Casimir effect in nematic liquid crystals in frustrating geometries. Phys. rev., E Stat. phys. plasmas fluids relat., 2000, 61, str. 5361-5371. [COBISS.SI-ID 1165412] 55. DOBNIKAR, Jure, PODGORNIK, Rudolf. Pseudo-Casimir force in confined nematic polymers. Europhys. lett., 2001, 53, str. 735-741. [COBISS.SI-ID 1288804] 56. HANSEN, Per Lyngs, PODGORNIK, Rudolf. Wormlike chains in the large-d limit. J. chem. phys., 2001, 114, str. 8637-8648. [COBISS.SI-ID 1302884] 57. PODGORNIK, Rudolf, DOBNIKAR, Jure. Casimir and pseudo-Casimir interactions in confined polyelectrolytes. J. chem. phys., 2001, 115, str. 1951-1959. [COBISS.SI-ID 1352804] 58. LORMAN, V., PODGORNIK, Rudolf, ŽEKŠ, Boštjan. Positional, reorientational, and bond orientational order in DNA mesophases. Phys. rev. lett., 2001, letn. 87, str. 218101-1-4. [COBISS.SI-ID 1387620] 59. HANSEN, Per Lyngs, PODGORNIK, Rudolf, PARSEGIAN, V. Adrian. Osmotic properties of DNA : critical evaluation of counterion condensation theory. Phys. rev., E Stat. phys. plasmas fluids relat., 2001, 64, str. 021907-1-4. [COBISS.SI-ID 1358180] 60. HANSEN, Per Lyngs, COHEN, Joel A., PODGORNIK, Rudolf, PARSEGIAN, V. Adrian. Osmotic properties of poly(ethylene glycols) : quantitative of brush and bulk scalling laws. Biophys. j., 84, str. 350-355. [COBISS.SI-ID 1583716] 61. PODGORNIK, Rudolf, HANSEN, P. L. Membrane pinning on a disordered substrate. Europhys. lett., 2003, 62, str. 124-130. [COBISS.SI-ID 1625188]


125

62. PODGORNIK, Rudolf. Two-body polyelectrolyte-mediated bridging interactions. J. chem. phys., 2003, 118, str. 11286-11296. [COBISS.SI-ID 1674852] 63. PODGORNIK, Rudolf, HANSEN, Per Lyngs, PARSEGIAN, V. Adrian. On a reformulation of the theory of Lifshitz-van der Waals interactions in multilayered systems. J. chem. phys., 2003, 119, str. 1070-1077. [COBISS.SI-ID 1670244] 64. KUTNJAK, Zdravko, FILIPIČ, Cene, PODGORNIK, Rudolf, NORDENSKIÖLD, Lars, KOROLEV, Nikolay. Electrical conduction in native deoxyribonucleic acid : hole hopping transfer mechanism?. Phys. rev. lett., 2003, 90, str. 098101-1-4. [COBISS.SI-ID 1608804] 65. MKRTCHIAN, Vanik, PARSEGIAN, V. Adrian, PODGORNIK, Rudolf, SASLOW, Wayne M. Universal thermal radiation drag on neutral objects. Phys. rev. lett., 2003, 91, str. 220801-1-4. [COBISS.SI-ID 1707364] 66. PODGORNIK, Rudolf, PARSEGIAN, V. Adrian. van der Waals interactions across stratified media. J. chem. phys., 2004, 120, str. 3401-3405. [COBISS.SI-ID 1726308] 67. PODGORNIK, Rudolf, PARSEGIAN, V. Adrian. Van der Waals interactions in a dielectric with continously varying dielectric function. J. chem. phys., 2004, 121, str. 7467-7473. [COBISS.SI-ID 1776228] 68. PODGORNIK, Rudolf. Polyelectrolite-mediated bridging interactions. J. polym. sci., B, Polym. phys., 2004, 42, str. 3539-3556. [COBISS.SI-ID 1775204] 69. PODGORNIK, Rudolf. Electrostatic contibution to the persistence length of a semilexible dipolar chain. Phys. rev., E Stat. nonlinear soft matter phys. (Print), 2004, 70, str. 031801-1-11. [COBISS.SI-ID 1774948] 70. LORMAN, V., PODGORNIK, Rudolf, ŽEKŠ, Boštjan. Correlated and decorrelated positional and orientational order in the nucleosomal core particle mesophases. Europhys. lett., 2005, 69, str. 1017-1023. [COBISS.SI-ID 1811300]


126


BORŠTNIK, Anamarija, PODGORNIK, Rudolf, VENCELJ, Matjaž. Rešene naloge iz mehanike kontinuov, (Zbirka izbranih poglavij iz fizike, 35). Ljubljana: DMFA - založništvo, 2001. 155 str., ilustr. ISBN 961-212-118-4. [COBISS.SI-ID 112974592]


1.1.2001


Mehanika kontinuov, Elektromagnetno polje, Biofizika, Fizika mehke snovi



127

Nastavnik Boris Rakvin

Ustanova zaposlenja

Institut ''Ruđer Bošković''


Osobna web-stranica

http://www.irb.hr/hr/str/zfk/labs/LMR/03/001/


Rođen 1948. u Zagrebu gdje se i školovao. God 1972. diplomirao fiziku na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu u Zagrebu, Sveučilišta u Zagrebu, god. 1974. obranio magistarski rad, a 1980. doktorat iz fizike (Sveučilište u Zagrebu). Od 1972 stalno zaposlen na Institutu "Ruder Boskovic", Zagreb i trenutno je u statusu znanstvenog savjetnika i djeluje kao voditelj Laboratorija za magnetske rezonancije u Zavodu za fizičku kemiju, IRB. Kao redovni profesor fizike od 1997 predaje na dodiplomskom i poslijediplomskom studiju Veterinarskog fakulteta, Sveučilišta u Zagrebu. Na postdoktorskom usavršavanju boravio je na University of Alabama, Tascoolusa, Alabama, USA (1981-1982) a kao gostujući profesor u više navrata boravio je na West Virginia University, West Virginia, SAD i Florida State University, Florida, SAD. Znanstvena aktivnost vezana je uz višegodišnja istraživanja u molekularnoj fizici, fizici čvrstog stanja i EPR spektroskopiji. Do sada je objavio 100 znanstvenih cc radova i s više od 900 citata u znanstvenoj literaturi iz područja EPR spektroskopije i primjene u molekularnoj i fizici čvrstog stanja.


1. (100) Boris Rakvin, Dijana Žilić, Naresh S. Dalal, Andrew Harter, Yiannis Sanakis; Low-field EPR Studies of Levels Near the Top of the Barrier in Mn12-Acetate Reveal a New Magnetization Relaxation Pathway; Solid State Communications. xx (2006), xxx-xxx.

2. (99) Marina Kveder, Mladen Andreis, Janja Makarević,

Milan Jokić, Boris Rakvin; EPR study of low molecular weight organogels by means of nitroxide spin probe. Chemical Physics Letters. 420 (2006); 443-447.

3. (98) N. Maltar-Strmečki, B. Rakvin; Evidence for disorder

in L-alanine lattice detected by Pulsed-EPR spectroscopy at cryogenic temperatures. Spectrochimica Acta Part A. 63 (2006); 784-787.

4. (97) E. Tkalčec, B. Gržeta, J. Popović, H. Ivanković, B.

Rakvin ; Structural studies of Cr-doped mullite derived from single-phase precursors, Journal of Physics and Chemistry of Solids. 67 (2006); 828-835.

5. (96) Kveder, Marina; Merunka, Dalibor; Ilakovac, Amon;

Makarević, Janja; Jokić, Milan; Rakvin, Boris.


128

Direct evidence for the glass-crystalline transformation in solid ethanol by means of a nitroxide spin probe. Chemical Physics Letters. 419 (2005); 91-95.

6. (95) Rakvin, Boris; Žilić, Dijana; Dalal Naresh S.; Spin-echo

EPR spin-probe measurement of the microsecond-range magnetic field fluctuations near the surface of crystals of the nanomagnet Mn12-Ac: Solid State Communications. 136 (2005), 518-522.

7. (94) Rakvin B., Maltar-Strmecki N., Study of the first stable

L-alanine paramagnetic center by 2D-HYSCORE spectroscopy: Detection of 14N hyperfine and quadrupole splitting; Chemical Physics Letters. 415 (2005); 3; 375-380.

8. (93) Maltar-Strmecki N., Rakvin B., Thermal stability of

radiation-induced free radicals in gamma-irradiated L-alanine single crystals; Appl. Radiat. Isotopes. 63 (2005), 3; 375-380.

9. (92) Bermanec V. Wegner R. Kniewald G. Rakvin B.

Palinkas LA. Rajic M. Tomasic N. Furic K. The role of uranium(V) ion in the chemical composition of meta-autunite from pegmatites of Quintos de Baixo, Brazil. [Article] Neues Jahrbuch fur Mineralogie-Abhandlungen. 181 (2005), 1; 27-38.

10. (91) 5. Merunka, Dalibor; Rakvin, Boris.

Displacive and order-disorder behavior of KDP-type ferroelectrics on the local scale. Solid State Communications. 129 (2004), 6; 375-377.

11. (90) Merunka, Dalibor; Rakvin, Boris.

Correlation between hydrogen bond geometry and phase transition temperature in KDP-type ferroelectrics. 393 (2004), 4-6; 558-562.

12. (89) 7. Merunka, Dalibor; Rakvin, Boris.

Modified strong dipole-proton coupling model and local properties of EPR probe in the KDP-type ferroelectrics. Applied Magnetic Resonance. 27 (2004); 215-224.

13. (88) Merunka, Dalibor; Rakvin, Boris.

Development and application of the modified strong dipole-proton coupling model for KDP-type crystals. Ferroelectrics. 313 (2004); 99-103.

14. (87) Rakvin, Boris; Maltar-Strmečki, Nadica; Ramsey, Chris

M.; Dalal, Naresh S. Heat capacity and electron spin echo evidence for low


129

frequency vibrational modes and lattice disorder in L-alanine at cryogenic temperatures. Journal of Chemical Physics. 120 (2004), 14; 6665-6673.

15. (86) Rakvin, Boris; Žilić, Dijana; Dalal Naresh S.; North,

J.Micah; Cevc, Pavle; Arčon, Denis; Zadro, Krešo. An EPR method for probing surface magnetic fields, dipolar distances, and magnetization fluctuations in single molecule magnets. Spectrochimica Acta Part A. 60 (2004); 1241-1245.

16. (85) Rakvin B, Žilić D, North JM, Dalal NS, Probing

magnetic fields on crystals of the nanomagnet Mn12-acetate bz electron paramagnetic resonance. J. Mag. Res. 165 (2003); 260-264 .

17. (84) Cage B. Cotton FA. Dalal NS. Hillard EA. Rakvin B,

Ramsey CM. EPR probing of bonding and spin localization of the doublet-

quartet states in a spin frustrated equilateral triangular lattice: Cu-

3(O2C16H23)(6) center dot 1.2C(6)H(12). Comptes Rendus Chimie. 6 (2003); 1; 39-46.

18. (83) Cage B, Cotton FA, Dalal NS, Hillard EA, Rakvin B,

Ramsey CM. Observation of symmetry lowering and electron localization in the doublet- states of a spin-frustrated equilateral triangular lattice: Cu- 3(O2C16H23)center dot 1.2C(6)H(12). Journal of the American Chemical Society. 125 (2003); 18; 5270-5271.

19. (82) Merunka D, Rakvin B. Molecular dynamics simulation of the soft mode for

hydrogen-bonded Ferroelectrics. Phys. Rev. B 66 (2002); 17; art no.174101. 20. (81) Maltar-Strmecki N., Rakvin B., Cevc P. et al.

Relaxation mechanism in gamma–ray-irradiated L-alanine studied by transfer Saturation EPR and pulse EPR. Appl. Magn. Reson. 22 (2002); 4; 551-560.

21. (80) Gil A.M., Alberti E., Perreira C., Rakvin B. et al. A fast MAS H-1 NMR study of amino acids and proteins J. Mol. Struct. 602 (2002); 357-266 22. (79) Pivac B., Rakvin B., Tonini R. Et al.

Reply to comments on ′EPR study of He-implanted Si′ by Pivac, B. Rakvin, R.Tonini, F. Corni, G. Ottaizani, Published in Mater. Sci. Eng. B73 (200) 60-63.

Written by M. Kakazey, M. Vlasova, and J. G. Gonzales-


130

Reply to discussion Mat. Sci. Eng.B-Solid 90 (2002); 1-2; 211-212.

23. (78) Mikšić V. Pivac B., Rakvin B., et al. DLTS and EPR study of defects in H implanted silicon. Nucl. Instrum. Meth. B 186 (2002); 36-40.


Rakvin B., Maltar-Strmecki N., Study of the first stable L-alanine paramagnetic center by 2D-HYSCORE spectroscopy: Detection of 14N hyperfine and quadrupole splitting; Chemical Physics Letters. 415 (2005); 3; 375-380. Rakvin, Boris; Maltar-Strmečki, Nadica; Ramsey, Chris M.;Dalal, Naresh S. Heat capacity and electron spin echo evidence for low frequency vibrational modes and lattice disorder in L-alanine at cryogenic temperatures. Journal of Chemical Physics. 120 (2004), 14; 6665-6673.

Iskustvo u dodiplomskoj i postdiplomskoj nastavi fizike i biofizike na Veterinarski fakultet Sveučilišta u Zagrebu (1997- )


18. 03. 2004 znanstveni savjetnik reizbor


Eksperimentalne metode fizike u biofizici



131

Nastavnik Dušan Ražem Ustanova zaposlenja

Institut Ruđer Bošković, Zagreb, Bijenička cesta 54

E-mail [email protected] Osobna web-stranica


1944. Rođen u Splitu 1968. Diplomirao na Kemijsko-tehnološkom fakultetu u Splitu i zaposlen u Institutu Ruđer Bošković u Zagrebu 1971. Magistrirao na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu u Zagrebu 1975. Doktorirao na istom fakultetu 1975/77 proveo na postdoktorskom usavršavanju u Radiation Laboratory, University of Notre Dame, Indiana, SAD 1985. voditelj Laboratorija za radijacijsku kemiju i dozimetriju IRB Voditelj više nacionalnih i međunarodnih znanstvenih projekata. Član više domaćih (HKD, HDZZ) i inozemnih znanstvenih i stručnih društava (AIII, ASTM, SFRR) i tajnik Hrvatskoga kemijskoga društva. Član organizacijskih odbora domaćih i međunarodnih znanstvenih i stručnih sastanaka. Predavač na dodiplomskoj i poslijediplomskoj nastavi na sveučilištima u Zagrebu i Splitu. Voditelj diplomskih, magistarskih i doktorskih radova. Član uredništva međunarodnog časopisa Radiation Physics and Chemistry. Predstavnik Republike Hrvatske u Međunarodnoj savjetodavnoj skupini za ozračivanje namirnica. Ekspert Međunarodne agencije za atomsku energiju, Akademije znanosti trećeg svijeta te Food & Agriculture Planning Committee of NATO/Euro-Atlantic Partnership Council


Radiation sterilization of ketoprofen. Radiat. Phys.Chem., 73(2005)111-116. Twenty years of radiation sterilization in Croatia. Radiat. Phys.Chem., 71(2004)595-600. Optoelectronic reader for CET dosimeter, a radiation accident chemical dosimetry system.. Radiat. Phys.Chem., 68(2003)1005-1010. Monothiocyanatoiron(III) complex in dichloromethane-methanol solvent mixture. Croat. Chim.Acta, 76(2003)249-255. Oxidation kinetics of iron(II) ion with t-butoxyl radical. Radiat.Phys.Chem. ,67(2003)269-274. Availability of oxygen in radiation-induced peroxidation of unsaturated fatty acids. Radiat.Phys.Chem. ,67(2003)475-478. Microbial decontamination of cosmetic raw materials and personal care products by irradiation. Radiat.Phys.Chem., 66(2003)309-316. Dose requirements for microbial decontamination of botanical materials by irradiation. Radiat.Phys.Chem., 63(2002)697-701. Application of the alkaline comet assay in biodosimetry: Assessment of in vivo DNA damage in human peripheral leucocytes after a gamma radiation incident. Radiat. Prot. Dosim., 98(2002)407-416. Microbiological decontamination of botanical raw materials and corresponding pharmaceutical products by irradiation. Radiat.Phys.Chem., 62(2001)261-275. Absolute rate constants of elementary reaction steps in radiation-induced peroxidation of unsaturated fatty acids. J.Phys.Chem. A104(2000)1482-1494.


Vidi dvije prethodne rubrike

Datum zadnjeg izbora u zvanje i područje/polje/grana

Znanstveni savjetnik – trajni izbor 17. 03. 2004. Područje prirodnih znanosti, polje kemija, grana fizička kemija


Fizičko – kemijski temelji radiobiologije

Nastavnik Franjo Sokolić

Ustanova LASIR, USTL, 59655 Villenuve d'Ascq, Francuska.


132

zaposlenja Od slijedece godine: PMF, Nikole Tesle 12, 21000 Split.


Osobna web-stranica

http://lasir.univ-lille1.fr/pages/Page_Perso.php?NomVar=Sokolic&PrenomVar=Franjo


Od 1979. do 1989. radi na Institutu Rudjer Boskovic, u Laboratoriju za molekularnu fiziku. Od 1989. do 1992. radi na Univerzitetu Pariz VI u Laboratoriju teorijske fizike tekucina, a od 1992. do dans na Univerzitetu Lille I u Laboratoriju za infra-crvenu i Raman spektroskopiju.


1. A. Perera, F. Sokolic, L. Almasy, Y. Koga: Kirkwood-Buff integrals of aqueous alcohol binary mixtures, J. Chem. Phys. 124, (2006) 124515.

2. A. Perera, F. Sokolic, L. Almasy, P. Westh, Y. Koga: On the evaluation of Kirkwood-Buff integrals of aqueous acetone mixtures, J. Chem. Phys. 122, (2005) 024503.

3. A. Perera, F. Sokolic: Modeling nonionic aqueous solutions: The acetone-water mixture, J. Chem. Phys. 121, (2004) 11272.

4. F. Sokolic, A. Idrissi, A. Perera: Concentrated aqueous urea solutions: A molecular dynamics study of different models, J. Chem. Phys. 116, (2002) 1636.

5. F. Sokolic, A. Idrissi, A. Perera: A molecular dynamics study of structural properties of aqueous urea solutions, J. Mol. Liquids, 101, (2002) 81.

6. A. Idrissi, S. Longelin, F. Sokolic: Study of aqueous acetone solutions at vaious concentrations: Low-frequency Raman and molecular dynamics simulations, J. Phys. Chem. B105, (2001) 6004

7. A. Idrissi, F. Sokolic, A. Perera: A molecular dynamics study of urea/water mixture, J. Chem. Phys. 112, (2000), 9479.


Gore navedeni radovi. Praksa u nastavi predmeta ovog sadrzaja na univerzitetu u Lille-u.


2006


Struktura i dinamika molekula, spektroskopija i simulacije


Nastavnik Vesna Svetličić

Ustanova zaposlenja

Institut Ruđer Bošković


133


Osobna web-stranica http://nereus.irb.hr/lem/vesna.htm www.biofizika.hr


Doktorirala: 1984, Institut Ruđer Bošković-Sveučilllište u Zagrebu, naslov rada: Elektrokemijsko ispitivanje brzih reakcija organskih molekula u adsorbiranom stanju Magistrirala: 1976, Fizička kemija i radiokemija, Poslijediplomski studij Sveučilišta u Zagrebu, naslov rada: Transport cinka kroz ionsko-izmjenjivačke membrane 4.1.1.11. Diplomirala: 1973, Kemijski odjel Tehnološkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, naslov rada: Neka elektrokemijska svojstva ionsko-izmjenjivačkih memebrana Usavršavanje:Ljetna postdiplomska škola Strukturna Biofizika, Sveučilište u Zagrebu u suradnji s Univerzom u Ljubljani, Ilidža, 1973, Biomembranes – Lipids, Proteins and Receptors, Advanced Study Institute, Portugal, 1974, Površinska elektrokemija, 1978 i 1979, Laboratoire d'Electrochimie, Université Pierre et Marie Curie, CNRS, Paris i Laboratoire d’Electrochimie Interfaciale Centre National de la Recherche Scientifique, Meudon, Francuska Istraživanja u inozemstvu: Scripps Institution of Oceanography, Marine Biology Research Division, UCSD, SAD, gostujući znanstvenik, 2004- (Struktura i funkcija organske tvari u moru, oslikavanje na nanoskali) University of Minnesota, Chemistry Department, Minneapolis, MN, SAD 1985/1986, 1987-1989 znanstveni suradnik; 1991–1999 (ukupno 3 godine) gostujući profesor;1999 – 2003 pridruženi sveučilišni nastavnik (Elektrosinteza i karakterizacija novih materijala:organo-metalni spojevi, dendrimeri, polimeri, senzori:umjetni nos, molekularna elektronika) Sudjelovanje u nastavi: 1998- V. Žutic i V. Svetličić: Oksido-redukcijski procesi u moru , Poslijediplomski studij Oceanologije, Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu 1991–1999 gostujući profesor, Specijalizirani kursevi iz elektrokemije, Poslijediplomski studij, University of Minnesota, Chemistry Department, Minneapolis, SAD Mentorstvo: u postupku su 3 doktorske disertacije Znanstveni interes: Oslikavanje površina na nano-skali upotrebom mikroskopije s pretražnom probom (AFM); Supramolekularna organizacija organskih molekula na elektrodi i na prirodnim granicama faza; Uvođenje nove discipline – biofizika mora. Autor sam preko 50 znanstvena radova u časopisima koje navodi Current Contents.


Svetličić V, Ivošević N, Kovač S, Žutić V. Charge displacement by adhesion and spreading of a cell. Bioelectrochem. 2001; 53: 79-86. Svetličić V, Hozić A. Probing cell surface charge by scanning electrode potential. Electrophoresis. 2002; 23: 2080-2086. Smodlaka N., Degobbis D., Svetličić V.(urednici), Effect of phosphorus on


134

particle dynamics during phytoplankton blooms. Northern Adriatic mesocosmos experiment Rovinj 2003. Special issue Period Biolog. 2004; 106, 79 str. Svetličić V, Žutić V, Hozić Zimmermann A. Biophysical Scenario of Giant Gel Formation in the Northern Adriatic Sea. Ann NY Acad Sci. 2005; 1048: 524–527. Svetličić V, Žutić V. Formation and function of giant gel network in marine ecosystem. Eur Biophys J with Biophys Lett. 2005; 34:729. Svetličić V, Balnois E, Žutić V, Chevalet J, Hozić Zimmermann A, Kovač S, Vdović N. Electrochemical Detection of Gel Microparticles in Seawater. Croat Chem Acta. 2006;79,107-113.


Popis radova u zadnjih 5 godina; Voditeljica Grupe u kojoj se nalazi jedini AFM uređaj u Hrvatskoj


2003. znansveni savjetnik, trajno zvanje




Nastavnik Doc.dr. sc. Selma Supek

Ustanova zaposlenja

Fizički odsjek, Prirodoslovno-matematički fakultet, Sveučilište u Zagrebu


135


Osobna web-stranica

www.phy.hr, www.brain.hr


Selma Supek je diplomirala i magistrirala fiziku a, 1993. godine je na Fizičkom odsjeku PMF-a u Zagrebu obranila doktorsku disertaciju o istraživanjima funkcionalne organizacije ljudskog vidnog korteksa i prostorno-vremenske rezolucije magnetoencefalografije koju je napravila u Biophysics Group u Los Alamos National Laboratory gdje je provela 6 godina (NIH/NEI EY08610). Po povratku u Zagreb surađuje sa laboratorijima za funkcionalno oslikavanje mozga u Los Alamosu, Heidelbergu i Helsinkiju gdje je boravila u više kraćih posjeta. Glavni je istraživač na projektu MZOS 0119265. Objavila je 26 znanstvenih radova citiranih više od 160 puta, 49 sažetaka na međunarodnim i domaćim skupovima, urednik je NFSI-99 Proceedings and Book of Abstracts, bila je pozvani predavač na 13 međunarodnih konferencija i tečajeva, održala je 18 seminara i javnih predavanja, organizator je 2nd Internatiional Symposium on Noninvasive Functional Source Imaging (NFSI-99) (www.brain.hr) koji je održan u Zagrebu od 3.-7. rujna 1999., direktor serije Internationa course on Mind and Brain (www.brain.hr) koji se održavaju u InterUniverzitetskom centru u Dubrovniku, recenzent 7 međunarodna časopisa i serije knjiga IMIA Yearbook of Medical Informatics, član je znanstvenih vijeća više međunarodnih skupova te član 8 znanstvenih društava (SFN, IBRO, OHBM, ISBET, HFD, HBD, HDN, HDMBT). Koordinirala je ili sudjelovala u više okruglih stolova o biofizici i funkcionalnom oslikavanju mozga. Bila je voditelj i su-voditelj 18 diplomskih radova. Mentor je dvoje studenata poslijediplomskog studija fizike, smjer biofizika. Suorganizator je, a od 2003. do kraja 2004. suvoditelj i član Koordinacijskog vijeća, prvog sveučilišnog interdisciplinarnog poslijediplomskog studija ''Jezična komunikacija i kognitivna neuroznanost'' Sveučilišta u Zagrebu.


1. Supek, S.: Dynamic imaging of the working human brain, In: R. Magjarevic (ed.) IFMBE Proceedings - MEDICON 2001, IX Mediterranean Conference on Medical and Biological Engineering and Computing, Volume I, pp. 27-30, 2001.

2. Supek, S.: Dynamic MSI: Temporally constrained vs. temporally unconstrained models, Biomedizinische Technik, 46-S2, 233-236, 2001.

3. Supek, S.: Are temporally restricted models advantageous in MSI?, 7th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping, June 10-14, 2001, Brighton, UK, NeuroImage, 13, S262, 2001.

4. Supek, S.: Timecourse estimation in magnetoencephalography, Society for Neuroscience 32nd Annual Meeting, Orlando, Florida, November 2-7, 2002

5. Kult, A., Rupp, A., Pressnitzer, D., Scherg, M., and Supek, S.: MEG study on temporal asymmetry processing in the human auditory cortex. NeuroImage, 19(2),2003.

6. Sušac, A., Ilmoniemi, R., and Supek, S.: Faces in the visual oddball paradigm: A possible mismatch negativity. NeuroImage, 19(2), 2003.

7. Sušac A, Ilmoniemi RJ, Pihko E, Supek S. Neurodynamic Studies on Emotional and Inverted Faces in an Oddball Paradigm. Brain Topogr., 16(4):265-68, 2004.


136

8. Sušac A, Ilmoniemi RJ, Supek S. Early visual responses to upright and inverted faces. Proceedings of the 14th International Conference on Biomagnetism Biomag 2004, Halgren E, Ahlfors S, Hamalainen M, Cohen D. (Eds), Boston, 2004, pp 445-46

9. Susac, A., Ilmoniemi, J. R., Sams, M., Supek, S.: Faces in the visual oddball paradigm: A possible mismatch response (Clin. Neurophysiol., 2005, accepted pending revision)


1. Aine, C.J., George, J.S., Medvick, P.A., Supek, S., Flynn, E.R., Bodis-Wallner, I.: Identification of multiple sources in transient evoked neuromagnetic responses. In: Advances in Biomagnetism, Plenum Press, New York, 1989, pp. 193-196.

2. Supek, S., Aine, C.J.: Simulation studies of multiple dipole neuromagnetic source localization: Model order and limits of source resolution. IEEE Transactions on Biomedical Engineering, 40:529-540, 1993.

3. Aine, C.J., Supek, S., George, J.S.: Temporal dynamics of visual-evoked neuromagnetic sources: Effects of stimulus parameters and selective attention. Intern. J Neuroscience, 80:79-104, 1995.

4. Aine, C.J., Supek, S., George, J.S., Ranken, D., Lewine, J., Sanders, J., Best, E., Tiee, W., Flynn, E.R., and Wood, C.C.: Retinotopic organization of human visual cortex: Departures from the classical model. Cerebral Cortex, 6:354-361, 1996.

5. Supek, S., Aine, C.: Spatio-temporal modeling of neuromagnetic data: I. Multi-source location vs timecourse estimation accuracy, Human Brain Mapping, 5: 139-153, 1997.

6. Supek, S., Aine, C.: Spatio-temporal modeling of neuromagnetic data: II. Multi-source resolvability of a MUSIC-based location estimator, Human Brain Mapping, 5: 154-167, 1997.

7. Supek, S., Aine, C.J.: Temporal dynamics of multiple neuromagnetic sources: Simulation and empirical studies. Biomedizinische Technik, 42-S1: 64-67, 1997.

8. Huang, M., Aine, C.J., Supek, S., Best, E., Ranken, D., Flynn, E.R.: Multi-start Downhill Simplex Method for Spatio-temporal Source Localization in Magnetoencephalography, Electroencephalography and Clinical Neurophysiology - Evoked Potentials, 108/1, 32-44, 1998.

9. Supek, S. (Ed.) The NFSI-99 Proceedings: 2nd International Symposium on Noninvasive Functional Source Imaging within the Human Brain and Heart, September 3-7, 1999, Zagreb, Croatia, Biomedizinische Technik, Vol. 44. Supplement 2, 1999


1. siječnja 2005.


Metode fukcionalnog oslikavanja mozga

Nastavnik Janoš Terzić. doc. dr. Ustanova zaposlenja

Medicinski fakultet, Sveučilište u Splitu


137

E-mail [email protected] Osobna web-stranica


1991. diploma Medicinskog fakulteta, doktor medicine 1991.-1993. postdoktorski boravak na University of Connecticut, USA 1995. kratka stipendija na Max Planck institutu u Goettingenu, DE 1997. kratka stipendija na Imperial College of Science, London, UK 1999. kratka stipendija na Max Planck institutu u Tuebingenu, DE 2002. kratka stipendija na Ludwig Institute, Uppsala, SE 2004. kratka stipendija na University of Frankfurt, DE


1. Vedrana Čikeš, Irina Abaza, Vjekoslav Krželj, Ivana Marinović Terzić, Robert Tafra, Silvija Trlaja, Eugenija Marušić, Janoš Terzić. The prevalence of factor V-Leiden and G6PD 1311-silent mutation in Dalamatian population. Arch Med Res 2004;35:546-548. 2. Kowanetz K, Terzic J, Dikic I. Dab2 links CIN85 with clathrin-mediated receptor internalization. FEBS Lett 2003;554:81-87. 3. Marinovic Curin J, Terzić J, Bujas Petković Z, Zekan Lj, Marinović Terzić I, Marasović Šušnjara I. Lower cortisol and higher ACTH levels in individuals with autism. J Autism Dev Disord 2003;33:443-448. 4. Skrabic V, Zemunik T, Situm M, Terzic J. Vitamin D receptor polymorphism and susceptibility to type 1 diabetes in the Dalmatian population. Diabetes Res Clin Pract 2003;59:31-5. 5. Kalajzic I+, Terzic J+, Rumboldt Z, Mack K, Naprta A, Ledgard F, Gronowicz G, Clark SH, Rowe DW. Osteoblastic response to the defective matrix in the osteogenesis imperfecta murine (oim) mouse. Endocrinology 2002;143(5):1594-601. +equal contribution. 6. Mayer WE, O’Huigin C, Tichy H, Terzic J, Saraga-Babic M. Identification of two Ikaros-like transription factors in lamprey. Scand J Immunol 2002;55:162-71. 7. Krzelj V, Zlodre S, Terzic J, Mestrovic M, Jaksic J, Pavlov N. Prevalence of G-6-PD deficiency in the Croatian Adriatic Coast population. Arch Med Res. 2001;32:454-7. 8. Terzic J, Mestrovic J, Dogas Z, Furlan D, Biocic M. Children war casualties during the 1991-1995 wars in Croatia and Bosnia and Herzegovina. Croat Med J. 2001;42:156-60. 9. Šitum M, Đogaš Z, Vujinović Z, Erceg M, Terzić J, Marušić J, Mirić D. Increased incidence of colorectal cancer in the Split-Dalmatia county: Epidemiological study. Craot Med J 2001;42:181-187. 10. Shintani S, Terzic J, Sato A, Saraga Babic M, O’hUigin C, Tichy H, Klein J. Do lampreys have lymphocytes? The Spi evidence. Proc Natl Acad Sci U S A. 2000;97:7417-22. 11. Terzić J, Saraga-Babić M. Expression pattern of PAX3 and PAX6 genes during human embryogenesis. Int J Dev Biol 1999;43:501-8.


Cijeli znanstveni rad vezan je uz različite aspekte molekularne genetike. Iz tog znanstvenog područja objavio sam dosta znanstvenih radova. Za taj rad dobio sam dvije nagrade (inozemnu i tuzemnu). Višegodišnje izvođenje nastave iz genetike. Izuzetno visoke ocjene za nastavni rad od strane studenata (u anonimnim anketama).


11. prosinca 2001. godine


Molekularna genetika

Nastavnik Iva Tolic-Norrelykke

Ustanova Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics, D-01307 Dresden,


138

zaposlenja Pfotenhauerstr. 108, Njemacka


Osobna web-stranica

http://www.mpi-cbg.de/research/groups/tolic-norrelykke/tolic-norrelykke.html


• 1992-1996: Sveuciliste u Zagrebu: Diplomirani inzenjer molekularne biologije • 1996-1999: Institut Rugjer Boskovic i Sveuciliste u Zagrebu. Doktorski studij iz biomatematike. Znanstveni asistent u grupi akademika Nenada Trinajstica (teorijska kemija) • 1999-2001: Harvard School of Public Health, Boston, MA, SAD. Doktorski rad u laboratoriju prof. Ninga Wanga (stanicne sile i tensegricni modeli) • 2001-2002: Niels Bohr Institute, Kopenhagen, Danska. Postdoktorsko istrazivanje u laboratoriju prof. Lene Oddershede (mehanika stanice) • 2003-2004. LENS - European Laboratory for Non-Linear Spectroscopy, Firenca, Italija. Postdoktorsko istrazivanje u laboratoriju prof. Francesca Pavonea (laserska ablacija mitotickog vretena; kretanje limfocita) • 2004-sada: Voditeljica grupe na Max Planck Institutu za Molekularnu Stanicnu Biologiju i Genetiku u Drezdenu


1. Sacconi, L., I.M. Tolic-Nørrelykke, M. D’Amico, F. Vanzi, M. Olivotto, R. Antolini, and F.S. Pavone. (2006) Cell imaging and manipulation by nonlinear optical microscopy. Cell Biochem. Biophys. 45, in press. 2. Hansen, P.M., I.M. Tolic-Nørrelykke, H. Flyvbjerg, and K. Berg-Sørensen. (2006) tweezercalib 2.0: Faster version of MatLab package for precise calibration of optical tweezers. Comput. Phys. Commun. 174: 518–520. 3. Galimberti, M., I.M. Tolic-Nørrelykke, R. Favillini, R. Mercatelli, F. Annunziato, L. Cosmi, F. Liotta, V. Santarlasci, E. Maggi, and F.S. Pavone. (2006) Hypergravity speeds up the development of T-lymphocyte motility. Eur. Biophys. J. 35: 393-400. 4. Tolic-Nørrelykke, I.M., L. Sacconi, C. Stringari, I. Raabe, and F.S. Pavone. (2005) Nuclear and division-plane positioning revealed by optical micromanipulation. Curr. Biol. 15: 1212-1216. 5. Sacconi, L., I.M. Tolic-Nørrelykke, C. Stringari, R. Antolini, and F.S. Pavone. (2005) Optical micromanipulations inside yeast cells. Appl. Opt. 44: 2001-2007. 6. Sacconi, L., I.M. Tolic-Nørrelykke, R. Antolini, and F.S. Pavone. (2005) Combined intracellular three-dimensional imaging and selective nanosurgery by a nonlinear microscope. J. Biomed. Opt. 10: 014002. 7. Tolic-Nørrelykke, I.M. and N. Wang. (2005) Traction in smooth muscle cells varies with cell spreading. J. Biomech. 38: 1405-1412. 8. Tolic-Nørrelykke, I.M., L. Sacconi, G. Thon, and F.S. Pavone. (2004) Positioning and elongation of the fission yeast spindle by microtubule-based pushing. Curr. Biol. 14: 1181–1186. 9. Tolic-Nørrelykke, I.M., E.-L. Munteanu, G. Thon, L. Oddershede, and K. Berg-Sørensen. (2004) Anomalous diffusion in living yeast cells. Phys. Rev. Lett. 93: 078102. 10. Tolic-Nørrelykke, I.M., K. Berg-Sørensen, and H. Flyvbjerg. (2004) MatLab program for precision calibration of optical tweezers. Comput. Phys. Commun. 159: 225-240. 11. Tolic–Nørrelykke, I.M. and N. Wang. (2003) Traction, trypsin, and tensegrity.


139

Internet Electron. J. Mol. Des. 2: 642–652. 12. Stamenovic, D., S.M. Mijailovich, I.M. Tolic-Nørrelykke, and N. Wang. (2003) Experimental tests of the cellular tensegrity hypothesis. Biorheology 40: 221-225. 13. Butler, J.P., I.M. Tolic-Nørrelykke, B. Fabry, and J.J. Fredberg. (2002) Traction fields, moments, and strain energy that cells exert on their surroundings. Am. J. Physiol.-Cell Ph. 282(3): C595-605. 14. Wang, N., I.M. Tolic-Nørrelykke, J. Chen, S.M. Mijailovich, J.P. Butler, J.J. Fredberg, and D. Stamenovic. (2002) Cell prestress. I. Stiffness and prestress are closely associated in adherent contractile cells. Am. J. Physiol.-Cell Ph. 282(3): C606-616. 15. Stamenovic, D., S.M. Mijailovich, I.M. Tolic-Nørrelykke, J. Chen, and N. Wang. (2002) Cell prestress. II. Contribution of microtubules. Am. J. Physiol.-Cell Ph. 282(3): C617-624. 16. Tolic-Nørrelykke, I.M., J.P. Butler, J. Chen, and N. Wang. (2002) Spatial and temporal traction response in human airway smooth muscle cells. Am. J. Physiol- Cell Ph. 283(4): C1254-1266. 17. Wang, N., K. Naruse, D. Stamenovic, J.J. Fredberg, S.M. Mijailovich, I.M. Tolic-Nørrelykke, T. Polte, R. Mannix, and D.E. Ingber. (2001) Mechanical behavior in living cells consistent with the tensegrity model. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98(14): 7765-7770.


Objavila 24 znanstvena rada u publikacijama s medjunarodnom recenzijom, od toga 20 radova citiranih u bazi Current Contents. Radovi su citirani više od 200 puta. Održala preko 25 priopćenja na medjunarodnim znanstvenim skupovima. Održala preko 15 pozvanih predavanja na medjunarodnim znanstvenim skupovima i institucijama. Clanica Hrvatskog Biofizickog Drustva. Voditeljica istraživačke grupe na Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics, Dresden. Voditeljica projekta "Mehanika stanične diobe" na Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics, Dresden. Voditeljica jednog magistarskog i jednog doktorskog rada čije su izrade u tijeku na Technical University Dresden. Sudjelovala u nastavi na visokim učilištima u Hrvatskoj: voditeljica vježbi kolegija “Molekularna biofizika“ na diplomskom studiju Prirodoslovno-matematičkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Aktivno znanje engleskog, talijanskog i danskog; pasivno znanje njemačkog jezika.


Studeni 2004: voditeljica grupe.


Biofizika stanice I



140

Nastavnik Sanja Tomić

Ustanova zaposlenja

Institut 'Ruđer Bošković'


Osobna web-stranica

http://www.irb.hr/hr/str/zfk/labs/LKBK/zaposlenici/sanja/


Diplomski i magistarski rad obranila sam na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu u Zagrebu (Odjel fizika). Doktorsku disertaciju "Konformacijska analiza glikozidnih konjugata indol-3-octene kiseline i triptofola metodama rendgenske difrakcije i računalske kemije", obranila sam 1993. godine na Institutu “Ruđer Bošković”. Poslijedoktorsko usavršavanje: U razdoblju od 1. 9. 1996. do 30. 6.1998., kao stipendista Alexander von Humboldt zaklade boravila sam u grupi dr R. C. Wade, European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg, Zaposlena sam na Institutu "Ruđer Bošković" od 1.9.1982. godine. Kao glavni istraživač sudjelujem na bilateralnim projekatima s Njemačkom, Austrijom i Slovenijom. Sudjelujem u nastavi na poslijediplomskom studiju Prirodoslovno-matematičkog fakulteta sveučilišta u Zagrebu.


Tomić S., Nilsson L. and Wade R. C., Nuclear receptor-DNA binding Specificity: A Combine and Free-Wilson QSAR Ananlysis, J. Med. Chem. 43 (2000), 1780-1792. Tomić S., Nilsson L. and Wade R. C., Combine and Free-Wilson QSAR analysis of nuclear receptor-DNA binding in ´Molecular Modeling and Prediction of Bioactivity´ (2000), Eds. Gudertofte K. and Jorgensen F. S., publisher: Kluwer Academic/Plenum Publishers, New York. Tomić S.¸ Dobovičnik V., Šunjić V., Kojić-Prodić B., Enantioselectivity of the Pseudomonas cepacia lipase towards 2-methyl-3-(or 4)-arylalkanols: an approach based on stereoelectronic theory and the molecular modeling, Croatica Chemica Acta, 74 (2001), 343-357. Tomić S., Luić M., Šepac D., Leščić I., Ljubović E., Kojić-Prodić B., Šunjić V., Enantioselectivity of the Pseudomonas cepacia lipase towards 2-methyl-3-(or 4)-arylalkanols: an approach based on stereoelectronic theory and the molecular modeling, In ´Rational Approaches to Drug Design’ Eds. Holtje, H-D., Sippl,W. (2001), Prous Science S.A., Barcelona, pp69.-73. . Ljubović E., Tomić S., Kojić – Prodić B. i Šunjić V.Current Approach to Study of Biocatalytic Reactions: Experiment and Molecular Modeling of Lipase Catalyzed Reactions, Kemija u industriji , 50 (2001), 139-156. Tomić S. and Wade C. R., COMBINE analysis of nuclear receptor-DNA binding specificity: Comparison of two datasets, Croatica Chemica Acta, 74 (2001), 295-314.


141

Ramek M. and Tomić S., Ab initio Hatree-Fock investigation of 1-H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-3-yl acetic acid, Spectrochimica Acta A, 57 (2001), 1951-1957. Luić M , Tomić S., Leščić I., Ljubović E., Šepac D., Šunjić V., Vitale Lj., Saenger W., and Kojić-Prodić B., Complex of Burkholderia cepacia lipase with transition state analogue of 1-phenoxy-2-acetoxybutane, Eur. J. Biochem. 268 (2001), 3964-3973. Tomić S., and Kojić-Prodić B., A Quantitative Model for Predicting Enzyme Enantioselectivity: Application to Burkholderia cepacia lipase and 3-(Aryloxy)-1,2-propanediol Derivatives, Journal of Molecular Graphics and Modelling, 21 (2002), 3; 241-252. Antoloć S., Dolušić E, Kožić E., Kojić-Prodić B. Magnus V., Ramek M., Tomić S. Auxin activity and molecular structure of 2-alkylindole-3-acetic acids, Plant Growth regulation, 39 (2003), 3; 235-252. Tomić S., Enantioselectivity of Burkholderia cepacia lipase towards primary and secondary alcohols: molecular modelling and 3D QSAR analysis, In ”Designing Drugs and Crop Protectants: processes, problems and solutions” Eds. M. Ford, D. Livingstone, J. Dearden, H. van de Waterbeemd (2003), Blackwell Publishing Ltd. Oxford, 326-328. Bertoša B., Kojić-Prodić B., Ramek M., Piperaki S., Tsantili-Kakoulidou A., Wade R., and Tomić S. A new approach to predict the biological activity of molecules based on similarity of their interaction fields and the logP and logD values: application to auxins, The Journal of Chemical Information Computer Sciences 43 (2003), 1532-1541. Tomić S., Bertoša B., Kojić-Prodić B. and Kolosvary I., Stereoselectivity of Burkholderia cepacia lipase towards secondary alcohols: molecular modelling and 3D QSAR approach, Tetrahedron: Asymmetry 15 (2004), 1163-1172. Ramek M., and Tomić S., Ab initio Hartree-Fock investigation of 2-methyl-3-indole acetic acid, Croatica Chemica Acta 77 (2004), 371-376. Wang T., Tomić S., Gabdouline R. R., Wade C. R., How optimal are the binding energetics of barnase and barstar?, Biophysical J. 87 (2004), 1618-1630.


Vidi radove zadnjih 5 godina, vodila sam izradu diplomskog rada studenta fizike Vladimira Dobovičnika, voditelj sam postdiplomanta Branimira Bertoše, Od 2001. sudjelujem u nastavi poslijediplomskog studija PMF sveučilišta u Zagrebu. Kao asistent sudjelovala sam u izvođenju nastave iz biofizike za biologe na PMF-u.


15.07.2003. viša znanstvena suradnica


Modeliranje biomakromolekula i njihovih kompleksa Molekularno modeliranje Istraživački rad iz biofizike


142

Nastavnik Dražen Vikić-Topić

Ustanova zaposlenja

Institut Ruđer Bošković, NMR centar


Osobna web-stranica

www.irb.hr nmr.center


Rođen 4. svibnja 1954. u Zagrebu, oženjen-supruga Smiljka, djeca Maša (20), Nikola (18) i Ema (10). 1979.- Radi na Institutu Ruđer Bošković (IRB): 13C NMR servis, Lab za molekulsku spektroskopiju.

1996.-2003. Voditelj NMR laboratorija na IRB-u.

1996.- Predavač na poslijediplomskoj nastavi PMF, Zagreb, Sveučilište u Zagrebu.

1998.-2002. Viši znanstveni suradnik IRB-a.

2000.- Naslovni izvanredni profesor kemije, Visoka zdrastvena škola, Zagreb. 2002.- Znanstveni savjetnik IRB-a. 2003.- Osnivač i voditelj Centra za NMR na IRB-u. 2002.-2004. Savjetnik ravnatelja IRB-a za organizaciju. 2004.-2005. Predsjednik Znanstvenog vijeća IRB-a. 2005.-2005. Savjetnik ravnatelja IRB-a za znanost i obrazovanje. 2005.- Državni tajnik za znanost i tehnologiju, Ministarstvo znanosti, obrazovanja i športa RH

Obrazovanje:

Osnovno i srednje školovanje (V. gimnazija) u Zagrebu. 1978. Diplomirao, PMF, Zagreb, anorganska kemija. 1986. Magistrirao, PMF; Zagreb, teorijska i fizikalno-organska kemija. 1988. Doktorirao, PMF; Zagreb, kemija-NMR spektroskopija. Aktivno znanje engleskog, služi se njemačkim i talijanskim. Usavršavanje: 1989. Postdoktor na Institutu Boris Kidrič s prof. Jurkom Kidrič, Ljubljana; Jugoslavija. 1990. Gostujući znanstvenik, Indian Institute of Science, s prof. C. L. Khetrapalom, Bangalore, India. 1990. Gost znanst. NIH (National Institutes of Health) s prof. E. D. Beckerom, Bethesda, MD, USA. 1991.-1993. Visiting Associate s prof. E. D. Beckerom, NIH, Bethesda, MD, USA. 1993.-1994. Senior Res. Associate s prof. S. I. Macurom, Mayo Clinic, Rochester, Minnesota, USA. 1999. Gostujući profesor s prof. Janezom Plavcem, Kemijski inštitut, Ljubljana, Slovenija. Znanstvene aktivnosti: Objavio 86 CC/SCI znanstvenih radova, 3 skripte iz


143

NMR, 5 stručnih članaka i 4 znanstveno-popularna članka. Održao preko dvadeset predavanja u inozemstvu i više od trideset tuzemnih predavanja. Nastavne aktivnosti: 1985.-1987. Asistent na Zavodu za Opću i anorgansku kemiju, PMF, Sveučilište u Zagrebu. 1996.- Pokrenuo novi kolegij (nositelj) iz NMR spektroskopije na poslijediplomskoj nastavi organske kemije, PMF, Sveučilište u Zagrebu. 1996.- Sunositelj kolegija na poslijediplomskoj nastavi analitičke kemije, PMF, Sveučilište u Zagrebu. 1999.- Vanjski suradnik, dodiplomski, Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta, Sveučilište u Zagrebu. 2000.- Nositelj kolegija, dodiplomski, Visoka zdrastvena škola, Zagreb. 2002.- Sunositelj kolegija na poslijediplomskoj nastavi "Zaštita prirode i okoliša", Sveučilište u Osijeku. 2004.- Supredavač na poslijediplomskoj nastavi Medicinskog fakulteta, Zagreb, Sveučilište u Zagrebu. 2005.- Sunositelj kolegija na dodiplomskoj nastavi, Filozofski fakultet, Rijeka, Sveučilište u Rijeci. Mentor/komentor 18 diplomskih radova, 2 magistarska rada i 1 doktorskog rada. Organizacijske aktivnosti:

1. Konferencije 1991. Član organizacijskog odbora European Congress on Molecular Spectroscopy, Zagreb. 1993.-2005. Član org. odbora međunarodnih konferencija Math/Chem/Comp, IUC, Dubrovnik. 1997.- 2005. Ko-direktor međunarodnih konferencija Math/Chem/Comp, IUC, Dubrovnik. 2000., 2003. Ko-direktor međunarodnih konferencija CECM u Varaždinu. 2003. Član International Advisory Board of Summer School on Biomolecular Structure and Dynamics, Otočec, Slovenija. 1999., 2000. i 2003. Osnivač i direktor Dubrovačkih međunarodnih NMR konferencija, IUC 2004. Član znanstvenog odbora međunarodne škole Separation, Detection and Characterization Principles and Applications in Pharmaceutical Chemistry and Life Sciences, u organizaciji Austrijskog farmaceutskog društva/Austrijskog društva za analitičku kemiju, Seggau (Graz), Austrija. 2005. Član International Advisory Board of International Summer School on Solid State NMR for Liquid State NMR Spectroscopists, Niederöblarn, Austrija.

A ) M EĐUNA RODNI ČA S O P I S I 2000. Gost kourednik Journal of Chemical Information & Computer Sciences (prvi časopis za računalne znanosti u svijetu), koji izdaje American Chemical Society. 1996., 1998.-2006. Gost kourednik 11 specijalnih brojeva međunarodnog znanstvenog CC časopisa Croatica Chemica Acta. 1999.- Član uredništva međunarodnog znanstvenog CC časopisa Croatica Chemica Acta. 2003.-2005. Pomoćni urednik Croatica Chemica Acta.

B) STRUKOVNA DRUŠTVA


144

2. Član Hrvatskog kemijskog društva 1997.-1998. Moderator kolokvija Hrvatskog kemijskog društva (HKD). 2000.- Voditelj Sekcije za opću i primijenjenu spektroskopiju HKD-a. 2000.- Član Upravnog odbora HKD-a. Član Hrvatskog društva kemijskih inženjera i tehnologa (HDKI). Projekti: Temeljni, primijenjeni i tehnološki projekti, usluge/analitika. Ugovori i projekti s industrijom: Pliva, Belupo, SMS. Suradnje: Znanstvene suradnje Slovenija, Austrija, Mađarska, Makedonija, Češka, Rusija, USA. Područja znanstvenog interesa: Spektroskopija nuklearne magnetske rezonancije (NMR). Izotopni efekti. Teorijski računi molekularne strukture i NMR spektralnih parametara-izotopni i kemijski pomaci, prijenos magnetizacije, NOE. Organometalni i kompleksni spojevi s metalima Hg, Pt, Pd. Njihovo biološko djelovanje. Kombinirana primjena spektroskopskih metoda (NMR, IR, MS) u biološkoj kemiji i farmaceutici. Farmaceutske i bioorganske molekule: nukleotidi, nukleozidi, mali peptidi. Primjena spektroskopskih metoda u prehrambenoj tehnologiji i biotehnologiji.


1. Z. Popović, D. Matković-Čalogović, G. Pavlović, Ž. Soldin, G. Giester, M. Rajić and D. Vikić-Topić: Mercury(II) Complexes of Heterocyclic Thiones. Preparation, Thermal Analysis and Spectral Characterisation of the 1:1 Complexes of Mercury(II) Halides and Pseudohalides with 3,4,5,6-Tetrahydropyrimidine-2-Thione. Crystal Structures of Bis(3,4,5,6-Tetrahydro pyrimidinium-2-Thiolato-S)Mercury(II) Tetrachloro and Tetrabromomercurate (II). Croat. Chem. Acta 74, 359-380 (2001)

2. D. Vikić-Topić and Lj. Pejov: Computational Studies of Chemical Shifts Using Density Functional Optimized Geometries. II. Isotropic 1H and 13C Chemical Shifts and Substitutent Effects on 13C Shieldings in 2-Adamantanone.

Croat. Chem. Acta 74, 277-293 (2001) 3. B. Žinić, I. Krizmanić, D. Vikić-Topić, D. Srzić and M. Žinić:

Synthesis, NMR and MS Study of Novel N-Sulfonylated Purine Derivatives.

12. Croat. Chem. Acta 74, 399-414 (2001)

4. D. Vikić-Topić and Lj. Pejov:

4.1.1.12. On the Choice of Optimal Methodology for Calculating of 13C and 1H NMR Isotropic Chemical Shifts in Cage-like Systems. Case Studies of Adamantane, 2-Adamantanone and 2,4-Methano-2,4-Dehydroadamantane.

4.1.1.13. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 41, 1478-1487 (2001) 5. V. Pilepić, M. Lovrek, D. Vikić-Topić and S. Uršić: An Unusual Case of Carbon-Nitrogen Bond Formation. Reactivity of C-

Nitroso Group toward Acyl Chlorides.


145

Tetrahedron Lett. 42, 8519-8522 (2001) 6. V. Smrečki, P. Novak, D. Vikić-Topić, T. Hrenar, and Z. Meić:

Deuterium Isotope Effects in 13C NMR Spectra of trans-N-Salicylideneaniline Isotopomers. Croat. Chem. Acta 75, 41-49 (2002)

7. G. Pavlović, J. Matijević Sosa, D. Vikić-Topić and I. Leban: N-(3-Chlorophenyl)-2-Hydroxy-1-Naphthaldimine at 200 K. Acta Cryst. E58, 317-320 (2002) 8. B. Nigović, N. Kujundžić, D. Vikić-Topić and K. Sanković: Complex Formation between Transition Metals and 2-Pyrrolidone-5-

Hydroxamic Acid. Acta Chim. Slovenica 49, 525-535 (2002)

9. D. Fleš, R. Vuković, A. Erceg Kuzmić, G. Bogdanić, V. Piližota, D. Karlović, K. Markuš, K. Wolsperger, and D. Vikić-Topić: Synthesis and Spectroscopic Evidences of N-Arylmaleimides and N-Aryl-2,3-Dimethylmaleimides. Croat. Chem. Acta 76, 69-74 (2003)

10. Ž. Marinić, M. Ćurić, D. Vikić-Topić and Lj. Tušek-Božić: Assignment of 1H and 13C NMR Data for Diethyl 2- and 8-

Quinolylmethylphosphonates and their Palladium(II) Dihalide Complexes.

Magn. Reson. Chem. 41, 969-973 (2003) 11. M. Jadrijević-Mladar Takač, D. Vikić-Topić and T. Govorčinović:

FT-IR and NMR Spectroscopic Studies of Salicylic Acid Derivatives. I. Gentisamide – a Metabolite of Salicylamide. Acta Pharm. 54, 163-176 (2004)

12. J. Mastelić, I. Jerković, M.Vinković, Z .Džolić and D.Vikić-Topić: Synthesis of Selected Naturally Occurring Glucosides of Volatile

Compounds.Their Chromatographic and Spectroscopic Properties. Croat. Chem. Acta 77, 491-500 (2004)

13. M Jadrijević-Mladar Takač and D. Vikić-Topić: FT-IR and NMR Spectroscopic Studies of Salicylic Acid Derivates. II. Comparison of 2-Hydoxy- and 2, 4- and 2, 5-Dihydroxy Derivatives. Acta Pharm. 54, 177-191 (2004)

14. I. Nemet, D. Vikić-Topić and L. Varga-Defterdarović: Spectroscopic Studies on Methylglyxal in Water and Dimethylsulfoxide. Bioorg. Chem. 32, 560-570 (2004)

15. P. Konjevoda, N. Štambuk, D. Tješić-Drinković, D. Tješić-Drinković, N. Gotovac, D. Ježek, D. Vikić-Topić, A. Votava-Raić: Effects of α-MSH on Experimentally Induced Mucosal Injury of Rat Gastrointestinal System. Period. Biol. 106, 355-359 (2004)

16. I. Jerković, J. Mastelić, I. Blažević, M. Šindler-Kulyk and D. Vikić-Topić: GC-MS Characterization of Acetylated O-Glucofuranosides: Direct Glucosylation of Volatile Alcohols from Unprotected Glucose. Croat. Chem. Acta 78, 313-318 (2005)


146

17. M. V. Diudea, C. L. Nagy, I. Silaghi-Dumitrescu, A. Graovac, D. Janežić and D. Vikić-Topić: Periodic Cages.

J. Chem. Inf. Model. 45, 293-299 (2005) 18. V. Šimunić-Mežnarić, E. Meštrović, V. Tomišić, M. Žgela, D.

Vikić-Topić, H. Čičak, P. Novak, and H. Vančik: Nitrosobenzene Library: A Model for Studying Selectivity in the Solid State Nitroso-Azoxide Dimerization. Croat. Chem. Acta 78, 511-518 (2005)

19. D. Tješić-Drinković, D. Tješić-Drinković, N. Štambuk, P. Konjevoda, A. Votava-Raić, M. Vinković, and D. Vikić-Topić: Alfa-Melanocyte Stimulating Hormone Reduces Colonic Damage in Rat Model of Inflammatory Bowel Disease. Croat. Chem. Acta 78, 535-539 (2005)

20. M. Randić, D. Vikić-Topić, A. Graovac, N. Lerš, D. Plavšić:

Novel Graphical and Numerical Representations of DNA. Period. Biol. 107, 437-444 (2005)

21. G. Pavlović, V. Tralić-Kulenović, M. Vinković, D. Vikić-Topić,

I. Matanović and Z. Popović: Supramolecular Amide and Thioamide Synthons in Hydrogen Bonding Patterns of N-Aryl-Furamides and N-Aryl-Thiofuramides. Struct. Chem. (2005) in press

22. V. Pilepić, C. Jakobušić, D. Vikić-Topić and S. Uršić: Evidence for Proton Transfer from Carbon to Chloride Ion in Solution.

Tetrahedron. Lett. 47, 371-375 (2006) 23. Z. Popović, D. Matković-Čalogović, Ž. Soldin, D. Vikić-Topić,

G. Giester: On the Interaction Between Mercury(II) Salts and 3-Methylpyrazoline-5-one. The First Crystal Structure of a Cyclic Organomercuric Compound with a Dimercurated Methylenic Carbon Atom. Struct. Chem. (2006) in press

24. M. Kveder, Ž. Marinić, A. Krišto, D. Vikić-Topić, G. Pifat: Lipid-Protein Interactions in Human Plasma LDL Evidenced by Magnetic Resonance. Chem. Phys. Lipids (2006) in press 25. Popović, G. Pavlović, M. Vinković, D. Vikić-Topić and M. Rajić Linarić: Coordination modes of 3-hydroxypicolinic acid (OH-picH): synthesis and characterization of cadmium(II) complexes. Crystal and molecular structures of [CdX(OH-pic)(OH-picH)(H2O)]2 X = Cl−, Br−. Polyhedron (2006) in press


Gore navedeni radovi, područje znanstvenog interesa i dosadašnja nastavna djelatnost


147


2000. naslovni izvanredni profesor kemija, PMF; 2002. znanstveni savjetnik IRB-a





148

Nastavnik Prof.dr.sc. Mladen Vrtar

Ustanova zaposlenja

Stalno: Klinika za onkologiju KBC Zagreb Vanjski suradnik: Fizički odsjek PMF Zagreb


Osobna web-stranica

nema


1963. Završio sam gimnaziju u Zagrebu. 1968. Završio sam studij fizike na PMF-u u Zagrebu i stekao naslov

diplomiranog inženjera fizike 1968. - 1972. radio sam kao asistent na Odjelu teorijske fizike “Instituta Ruđer Bošković”. 1971. Magistrirao sam na PMF-u i time stekao naslov magistra fizike. 1972. - do danas, zaposlen sam kao radiofizičar u Centru za radioterapiju Klinike za onkologiju i radioterapiju Medicinskog fakulteta, KBC Rebro. 1974. - 1983. bio sam na stručnim usavršavanjima iz radioterapijske fizike u: Manchesteru, (1974), Londonu (1982), Parizu (1982) i Uppsali (1983). 1987. - danas, rukovoditelj sam Jedinice za radiofiziku na Klinici za onkologiju i radioterapiju KBC-a Rebro u Zagrebu 1989. - Doktorirao sam na PMF-u u Zagrebu i stekao naslov doktora znanosti iz

područja fizike. 1992. Izabran sam u znanstveno zvanje: znanstveni suradnik iz područja fizike

na PMF-u. 1993. - do danas, predsjednik sam Sekcije za medicinsku fiziku pri HDMBT-

u (Hrvatsko društvo za medicinsku i biološku tehniku ) i stalni hrvatski delegat pri EFOMP-u (European Federation of Organisations of Medical Physicists). 1995. - danas, nastavnik sam na 4. godini studija (inženjerski smjer) iz “Medicinska fizike” i “Praktikuma iz dozimetrije i medicinske fizike" te na poslije diplomskom studiju Medicinske fizike na PMF-u iz predmeta. “Radiološka fizika” i “Dozimetrija i zaštita od zračenja”. 1999. - Izabran sam u znanstveno-nastavno zvanje docent (naslovni) u odsjeku za fiziku PMF-a 2000. - do danas, voditelj sam znanstvenog smjera na poslije diplomskom studija Medicinske fizike PMF-a. 2003. - do danas, osnivač sam i voditelj interdisciplinarnog sveučilišnog specijalističkog studija iz Medicinske fizike u organizaciji PMF-a u Zagrebu


2005. - Izabran sam u znanstveno-nastavno naslovno zvanje izvanredni profesor u odsjeku za fiziku PMF-a.


149


Preko 100 znanstvenih i stručnih publikacija, sažetaka s konferencija i drugih aktivnosti : 29 znanstvenih članaka, od toga 14 CC, 27 recenziranih radova na međunarodnim konferencijama, 34 rada na na domaćim skupovima, 8 znanstvenih i stručnih izdanja u knjigama, priručnicima i skriptama, 8 stručnih radova na domaćim i međunarodnim skupovima 2 voditeljstva znanstvenih projekata (od toga 1 IAEA projekt), 3 sudjelovanja u realizaciji znanstvenih projekata, 2 puta recenzent znanstvenog projekta, 5 pozivnih predavanja na međunarodnom skupu, 9 na domaćem. Sažetak: ukupan broj pisanih radova 106, ukupan broj ostalih aktivnosti (znanstveni projekti, nastava, novi studiji, pozivna predavanja) 25, broj citata prema SCI: 85. Voditeljstvo: 5 puta diplomski rad, 4 puta magistarski (3 u tijeku) i 2 puta doktorski rad (1 u tijeku).


Samo u časopisima: 1.Vrtar M. Total body irradiation dosimetry of a low dose rate 60Co gamma field. Fizika B Vol 10, No 4, 255-268, 2001. 2. Vrtar M. A dosimetric method of total body irradiation. Cellular & Molecular Biology Letters 7: No.2, 337-340, 2002 3. Labar B., Bogdanić V., Nemet D., Mrsić M., Serventi-Seiwerth R., Sertić D., Golubić-Čepulić B., Vrtar M., Šantek F., Batinić D., Mikulić M., Pulanić D. Allogeneic Stem Cell Transplantation in Treatment of Aggressive Lymphomas: Case Series. Cro Med J. 43 (5): 565-568, 2002. 4. Faj D., Vrtar M. , Krajina Z. Jurković S., Margaretić D. Model of Total Skin Electron Treatment Using the "Six-Dual-Field" Technique. Coll. Antropol. 27: 713-721, 2003. 5. Kovačević N., Vrtar M., Vekić B. A simple calculation method for 106Ru-106Rh eye applicators. Radiotherapy and Oncology 74 : 293-299, 2005.


Nastavnik sam na 4. godini studija (inženjerski smjer) iz “Medicinska fizike” i “Praktikuma iz dozimetrije i medicinske fizike" te na poslije diplomskom studiju Medicinske fizike na PMF-u iz predmeta. “Radiološka fizika” i “Dozimetrija i zaštita od zračenja”. voditelj sam znanstvenog smjera na poslije diplomskom studija Medicinske fizike PMF-a, osnivač sam i voditelj interdisciplinarnog sveučilišnog specijalističkog studija iz Medicinske fizike u organizaciji PMF-a u Zagrebu



150

Nastavnik Igor Weber

Ustanova zaposlenja

Institut ″Ruđer Bošković″, Zavod za molekularnu biologiju


Osobna web-stranica http://www.irb.hr/hr/str/zmg/


• Diplomirani inženjer fizike, PMF Zagreb, 1988. • Magistar fizike, smjer molekulska biofizika, PMF Zagreb, 1991. • Doktor prirodnih znanosti iz područja fizike, Technische Universität München,

1995. • Postdoktorand na Odjelu za biologiju stanice, Max-Planck-Institut für

Biochemie, Martinsried, Njemačka, 1995.- 1999. • Znanstveni asistent u Grupi za staničnu dinamiku, Max-Planck-Institut für

Biochemie, Martinsried, Njemačka, 1999.- 2002. • Trenutno zaposlen kao viši znanstveni suradnik u Laboratoriju za elektronsku

mikroskopiju, na Zavodu za molekularnu biologiju Instituta „Ruđer Bošković“ u Zagrebu, 2002.-


1) Weber, I. (2005). Receptor occupancy on ellipsoidal cell in the presence of a point source of chemoattractant. J. Chem. Inf. Model. 45, 1647-1651.

2) Weber, I. (2005). Cryoelectron tomography: implications for actin cytoskeleton research. Croat. Chem. Acta 78, 325-331.

3) Htun van der Horst, E., Weber, I. and Ulrich, A. (2005). Tyrosine phosphorylation of PYK2 mediates Heregulin-induced glioma invasion: Novel Heregulin/HER3-stimulated signaling pathway in glioma. Int. J. Cancer 113, 689-698.

4) Herak Bosnar, M., De Gunzburg, J., Bago, R., Brečević, L., Weber, I. and Pavelić, J. (2004). Subcellular localization of A an B Nm23/NDPK subunits. Exp. Cell Res. 298, 275-284.

5) Barišić, K. and Weber, I. (2004). Dictyostelium discoideum: a model organism on the eve of the genome sequencing completion. Period. Biol. 106, 103-114.

6) Gerisch, G., Benjak, A., Köhler, J., Weber, I. and Schneider, N. (2004). GFP-golvesin constructs to study Golgi tubulation and post-Golgi vesicle dynamics in phagocytosis. Eur. J. Cell Biol. 83, 297-303.

7) Weber, I. (2003). Reflection interference contrast microscopy. In: Biophotonics (G. Marriott and I. Parker, eds.), Methods in Enzymology, Vol. 361, pp. 34-47. Elsevier Science (USA), ISBN 0-12-182264-8.

8) Schneider, N., Weber, I., Faix, J., Prassler, J., Müller-Taubenberger, A., Köhler, J., Burghardt, E., Gerisch, G. and Marriott, G. (2003). A Lim protein involved in the progression of cytokinesis and regulation of the mitotic spindle. Cell Motil. Cytoskeleton 56, 130-139.

9) Weber, I. (2003). Confocal microscopy of the plant cytoskeleton. Period. Biol. 105, 237-249.

10) Weber, I. (2003). Dynamic organization of the actin cytoskeleton in Dictyostelium. Recent Res. Devel. Mol. Cell. Biol. 4, 273-295.

11) Weber, I., Niewöhner, J., Du, A., Röhrig, U. and Gerisch, G. (2002). A talin fragment as an actin trap visualizing actin flow in chemotaxis, endocytosis, and cytokinesis. Cell Motil. Cytoskeleton 53, 136-149.


151

12) Medalia, O., Weber, I., Frangakis, A.S., Nicastro, D., Gerisch, G. and Baumeister, W. (2002). Macromolecular architecture in eukaryotic cells visualized by cryoelectron tomography. Science 298, 1209-1213.

13) Bretschneider, T., Jonkman, J., Köhler, J., Medalia, O., Barišić, K., Weber, I., Stelzer, E.H.K., Baumeister, W. and Gerisch, G. (2002). Dynamic organization of the actin system in the motile cells of Dictyostelium. J. Muscle Res. Cell Motil. 23, 639-649.

14) Müller-Taubenberger, A., Bretschneider, T., Faix, J., Konzok, A., Simmeth, E. and Weber, I. (2002). Differential localization of the Dictyostelium PAKa kinase during cytokinesis and cell migration. J. Muscle Res. Cell Motil. 23, 751-763.

15) Albrecht, R. and Weber, I. (2002). Interference reflection microscopy. In: Encyclopedia of Life Sciences, Vol. 10, pp. 369-371 (www.els.net). Nature Publishing Group, London, ISBN 0-333-72621-9.

16) Weber, I. and Gerisch, G. (2002). Cortexillins. In: Wiley Encyclopedia of Molecular Medicine, Vol. 1, pp. 914-916. John Wiley & Sons, Inc., New York, ISBN 0-471-37494-6.

17) Tuxworth, R. I., Weber, I., Wessels, D., Addicks, G. C., Soll, D. R., Gerisch, G. and Titus, M. A. (2001). A role for myosin VII in dynamic cell adhesion. Curr. Biol. 11, 318-329.

18) Faix, J., Weber, I., Köhler, J., Mintert, U., Lottspeich, F. and Marriott, G. (2001). The recruitment of cortexillins to the cleavage furrow is controlled by IQGAP-related proteins DGAP1/GAPA and links Rac1-signaling to cytokinesis. EMBO J. 20, 3705-3715.

19) Insall, R., Müller-Taubenberger, A., Machesky, L., Köhler, J., Simmeth, E., Atkinson, S. J., Weber, I. and Gerisch, G. (2001). Dynamics of the Dictyostelium Arp2/3 complex in endocytosis, cytokinesis and chemotaxis. Cell Motil. Cytoskeleton 50, 115-128.

20) Weber, I. (2001). On the mechanism of cleavage furrow ingression in Dictyostelium. Cell Struct. Funct. 26, 595-602.


Objavio 35 znanstvenih radova u publikacijama s međunarodnom recenzijom, od toga 28 radova citiranih u bazi Current Contents. Radovi su citirani više od 660 puta. Glavni istraživač u tri projekta, od toga jedan bilaterani s Njemačkom. Voditelj tri diplomska rada, jedan diplomski rad i doktorska disertacija u izradi. Sudjeluje u dodiplomskoj i poslijediplomskoj nastavi fizike i biologije na Sveučilištima u Zagrebu i Osijeku. Održao preko 20 priopćenja na međunarodnim znanstvenim skupovima. Održao preko 15 pozvanih predavanja na međunarodnim i domaćim znanstvenim skupovima, društvima i institucijama. Aktivno znanje engleskog i njemačkog jezika.


20. ožujak 2005., viši znanstveni suradnik


Biofizika stanice I Eksperimentalne metode fizike u biofizici II


152

Nastavnik Bojan Žagrović

Ustanova zaposlenja

Institut za Fizikalnu Kemiju, Švicarski Federalni Institut za Tehnologiju (ETH), Zürich, 8093, Švicarska


Osobna web-stranica

http://wwi.igc.ethz.ch/~zagrovic


Rođen sam 8. listopada 1974. godine u Zagrebu. Nakon završene srednje matematičke škole MIOC u Zagrebu, započeo sam 1993. kao stipendist Pacem in Terris Instituta paralelni studij kemije i biologije na sveučilištu La Roche College, Pittsburgh, PA, USA. Godine 1995. nastavio sam studij na sveučilištu Harvard University, Boston, MA, USA i tamo 1997. diplomirao iz interdisciplinarnog studija biokemijskih znanosti (Biochemical Sciences) magna cum laude. Na Harvardu nagrađivan sam za akademske uspjehe sa John Harvard Academic Scholarship (1995-1996) i Ford Summer Research Grant (1996). Diplomski rad sa temom «Aktivnost adenilil ciklaze u mozgu G0-knockout miševa» napravio sam u grupi dr. Eve Julie Neer pri Harvard Medical School. Godine 1997. kao stipendist Howard Hughes Medical Instituta i Stanford Graduate Fellowship-a započinjem doktorski studij iz biofizike na sveučilištu Stanford University, Palo Alto, CA, USA. U grupi Prof. Richarda W. Aldricha i Williama I. Weisa od 1997. do 2000. bavim se kristalografskom analizom molekularne strukture ionskog kanala Mslo. Godine 2000. započcinjem rad u grupi Prof. Vijaya S. Pande u odjelu teorijske kemije na Stanfordu. Pod njegovim sam mentorstvom doktorirao 2004. sa temom «Primjena distribuiranog računanja u proučavanju procesa smatanja proteina». U sklopu svog doktorskog projekta bio sam dio tima znanstvenika koji su dizajnirali i uspostavili distribuirano grid-gnijezdo od 170,000 račcunala distribuiranih po cijelom svijetu (Folding@Home projekt), i koristili ga za simulaciju molekularne dinamike proteina. Za svoj doktorski rad nagrađen sam 2002. prvom nagradom Sun Microsystems na BCATs simpoziju, Stanford, CA, te 2003. prvom nagradom McGraw-Hill Italia za nabolje predavanje mladog istraživača na simpoziju Protein Society u Firenci. Godine 2004., kao stipendist European Molecular Biology Organization započinjem postdoktoralni studij u grupi Wilfreda van Gunsterena u odjelu fizikalne kemije na Švicarskom Federalnom Institutu za Tehnologiju (ETH), Zürich, Švicarska. Od akademsko-mentorskih aktivnosti, radio sam kao asistent na kolegiju «Molekularna biofizika» Prof. Aldricha na Stanfordu, na kolegijima «Uvod u informatiku» i «Računarska kemija» Prof. van Gunsterena na ETH, te nadzirao izradu jednog magistarskog rada na ETH. Član sam američkog biofizikalnog društva te vanjski suradnik za Europen Physical Journal E.

Popis radova u zadnjih 5

1. Zagrovic B, Sorin EJ, Pande, VS (2001) “�-hairpin folding simulations in atomistic detail using an implicit solvent model”, Journal of Molecular Biology, 313(1): 151-169.


153

godina 2. Zagrovic B, Snow CD, Khaliq S, Shirts MR, Pande VS (2002) “Simulation of folding of a small alpha-helical protein using worldwide distributed computation”, Journal of Molecular Biology, 323(5): 927-937.

3. Zagrovic B, Snow CD, Khaliq S, Shirts MR, Pande VS (2002) “Native-like mean structure in the unfolded ensemble of small proteins”, Journal of Molecular Biology, 323(1): 153-164.

4. Snow CD, Zagrovic B, Pande VS (2002) “Trp Cage: Folding kinetics and unfolded state topology”, Journal of the American Chemical Society, 24(49): 14548-14549. 5. Pande VS, Baker I, Chapman J, Elmer S, Khaliq S, Larson SM, Rhee YM,

Shirts MR, Snow CD, Sorin EJ, Zagrovic B. (2002) "Atomistic protein folding simulations on the hundreds of microsecond timescale using worldwide distributed computing." Biopolymers 68 (1), 91-109.

6. Zagrovic B & Pande VS (2003) “Solvent Viscosity Dependence of the Folding Rate of a Small Protein: Distributed Computing Study”, Journal of Computational Chemistry 24, 1432-1436.

7. Zagrovic B & Pande VS (2003) “How Can Proteins be Unfolded and yet Have Native-like Properties: Structural Correspondence between the Alpha Helix and the Random-flight Chain”, Nature Structural Biology 10 (11), 955-961.

8. Lenz P, Zagrovic B, Shapiro J & Pande VS (2004) “Folding Probabilities: A Novel Approach to Folding Transitions and the Two-dimensional Ising Model”, Journal of Chemical Physics 120 (14) 6769-6778.

9. Kohn J, Millett IS, Jacob J, Zagrovic B, Dillon TM, Cingel N, Dothager RS, Seifert S, Thiyagarajan P, Sosnick TR, Hasan ZM, Pande VS, Ruczinski I, Doniach S & Plaxco KW (2004) “Do the dimensions of chemically unfolded proteins differ significantly from the expectations of a random-coil model?”, PNAS 101 (34), 12491-6.

10. Zagrovic B & Pande VS (2004) “How does averaging affect protein structure comparison on the ensemble level?”, Biophysical Journal 87, 2240-6.


Ukupno sam publicirao 12 znanstvenih radova iz teorijske i eksperimentalne biofizike koji su samo u protekle četiri godine dobili znacajan broj citata (ukupno preko 240). Aktivno se bavim teorijskom i eksperimentalnom biofizikom smatanja proteina.


01. lipnja 2004 status postdoktoranda u grupi Wilfreda F. van Gunsterena.


Smatanje proteina, Računarska biofizika



154

Nastavnik Doc. dr. sc. Paško Županović

Ustanova zaposlenja

Sveučilište u Splitu. Faklultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i odgojnih područja


Osobna web-stranica http://www.pmfst.hr/~pasko/


Rođen sam 23. siječnja 1954. u Splitu. Diplomirao sam 1977. na Fakultetu elektrotehnike, strojarstva i brodogradnje u Splitu. Magistrirao sam 1985. na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu u Zagrebu iz fizike čvrstog stanja s temom Kvazijednodimenzionalni vodiči s dvije vrste lanaca. Doktorirao sam 1998. na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu u Zagrebu iz fizike čvrstog stanja s temom Dielektrična svojstva kristala s većim brojem elektronskoh vrpci. Od 1977 do 1982 radio sam na Kemijsko-tehnološkom fakultetu u Splitu, a od 1982 do danas na Fakultetu prirodoslovno-matematičkih znanosti i odgojnih područja u Splitu. Suradnik sam na znanstvenom projektu Ministarsstva znansoti, obrazovanja i športa RH.


1 P. Županović and D. Juretić: The Chemical Cycle kinetics Close to the Equiliobrium State and Electrical Circuit Analogy, CCA, 77, 561 (2004) 2. P. Županović D. Juretić and S. Botrić: Kirchhoff's loop law and the maximum entropy production principle, Phys. Rev. E, 70, 056108 (2004) 3. Ž. Agić, P. Županović, and A. Bjeliš: Effects of transverse electro dispersion on photo-emission spectra of quasi-one-dimensional systems, J. Phys. IV, 114, 95 (2004) 4.D. Juretić and P. Županović: Photisynthetic models with maximum entropy production in irreversible charge transfer steps, Comp. Biol. And Chem., 27, 541, (2003) 5. Ž. Agić, P. Županović, and A. Bjeliš: Photo-emission propeerties of quasi.one-imensional conductors, J. Phys. IV,12,Pr9-53 (2002) 6.P. Županović, A. Bjeliš and Ž. Agić: Discrete approach to incoherent excitations in conductors, Fizika A (Zagreb), 10, 203 (2001)


1. D. Juretić and P. Županović: The Freee-energy Transduction and Entropy production in Initial Photosynthetic Reactions, poglavlje u knjizi Non.equilibrium Thermodynamics and the Production of Entropy, eds. Axel Kleidon and Ralph D. Lorenz, 2004, Springer, Berlin. 2. M. Grbac,T. Dadić i P. Županović Demonstracija prijelaza potencijalne gravitacijske energije u kinetičku pomoću mjerača deformacije, VII simpozij o nastavi fizike, Šibenik 2005. 3. M. Grbac,T. Dadić i P. Županović Princip rada elektroničke vage, VII simpozij o nastavi fizike, Šibenik 2005. 4. M. Grbac,T. Dadić i P. Županović Mjerači deformacije (tenzometri, rastezne trakice) VII simpozij o nastavi fizike, Šibenik 2005.

Datum zadnjeg izbora u zvanje 23. siječnja 2003


Termodinamika nepovratnih procesa Istraživački rad iz biofizike


155

4.7. Popis nastavnih radilišta te popis i kvalifikacija suradnika koji će izvoditi studij (nastavu i istraživački rad).

Popis radilišta za provođenje studija, suglasnost rukovoditelja ustanove u kojoj se odvija studijska aktivnost, izjava o postojanju potrebne opreme i prostora za izvođenje praktične nastave sukladno studijskom programu, te popis i kvalifikacija suradnika koji će izvoditi praktičnu nastavu.

Studij će se provoditi na Fakultetu prirodoslovno matematičkih znanosti i kineziologije Sveučilišta u Splitu i na Institutu «Ruđer Bošković» u Zagrebu. Istraživački laboratorijski rad će se dijelom izvoditi i u inozemnim laboratorijima s kojima je postignut dogovor o kolaboraciji, ukoliko student izabere inozemnog mentora za svoj istraživački rad. U pravilu će mentori biti voditelji ponuđenih obaveznih ili izbornih kolegija, pa se njihov popis, CV, i kvalifikacije mogu naći u točkama .....

U prvom trogodišnjem periodu, prije prelaza na Campus Sveučilišta u Splitu, u Splitu će biti manji naglasak na eksperimentalnim a veći na teorijskim istraživačkim temama (modeliranje), tako da će u tom početnom periodu dostajati informatička oprema, kakva već postoji na našem Fakultetu u Splitu. Studenti će međutim imati obavezu (dva obavezna kolegija) i dodatnu mogućnost (veći broj izbornih kolegija) da se upoznaju sa raznim eksperimentalnim metodama iz biofizike na Institutu Ruđer Bošković u Zagrebu. Upoznavanje prakse eksperimentalnog rada iz biofizike biti će za naše studente izvrsna priprema za predviđene kraće periode rada u inozemnim laboratorijima iz biofizike (za one studente koji izaberu neke od inozemnih mentora za ovaj studij), koji su u pravilu više orijentirani na eksperimente nego na teoriju ili pokušavaju skladno kombinirati i jedno i drugo.

4.8. Optimalni broj studenata

Optimalan je broj je oko deset studenata u prvoj godini studija .

4.9. Procjena troškova izvedbe doktorskog programa i trošak studija po studentu.

S obzirom da se tijekom prve tri godine izvedbe doktorskog programa ne planira opremanje praktikuma i laboratorija iz biofizike u Splitu, očekuje se da će osnovni trošak studija po studentu biti sličan trošku studija po studentu Diplomskog studija fizike u Splitu, a pokretljivost studenata će se financirati iz domaćih i stranih stipendija koje ćemo posebno zatražiti.

4.10. Financiranje doktorskog programa

Navesti izvore financiranja, statusi studenata (ugovori sa studentima, plaće ili stipendije, socijalna i zdravstvena zaštita, zaštita na radu, izobrazba u inozemnim institucijama)..

Studenti koje već financira MZOŠ kao znanstvene novake ili asistente i dalje će koristiti taj izvor financiranja. Efikasan studij, kakav je predviđen u ovom programu studija, mogao bi i smanjiti troškove MZOŠ-a, jer će se od studenta očekivati da doktoriraju kroz najviše 4 godine. Nakon toga bi studentima pomogli da dobiju inozemne stipendije u trajanju od jedne do dvije godine i istovremeno bi im nastojali osigurati takvo radno mjesto prilikom povratka u zemlju, na kojem bi mogli najbolje koristiti svoje iskustvo u interdisciplinarnim istraživanjima. Za studente bi također nastojali osigurati što veći broj domaćih stipendija bez obzira na nacionalnost ili državljanstvo. Postići će se i dogovor o podijeli troškova između domaćih i inozemnih institucija, koje su pristale da sudjeluju u izvođenju ovog studija.


156

4.11. Kvaliteta doktorskog programa

• Način praćenje kvalitete i uspješnosti izvedbe doktorskog programa, a posebno način sudjelovanja studenata u ocjenjivanju programa:

• Kao i za svaki drugi doktorski program kvalitetu će ocjenjivati tim stručnjaka na nacionalnoj razini. U taj tim svakako ćemo tražiti da uđu i poznati inozemni biofizičari. Svi nastavnici koji su pristali sudjelovati u doktorskom programu predvidjeli su i način kako će studenti ocjenjivati njihovu nastavu (najčešće anketa na kraju semestra, vidi dio. ..). Cjelokupni program studenti će moći ocjenjivati, bilo opisno ili kroz anketu, kada se približe završetku studija.

• Praćenje realizacije ciljeva doktorskog programa (stjecanje kompetencija – learning outcomes and competencies):

• Jedan od važnih ciljeva ovog programa je da postignemo kod studenata što veću fleksibilnost, snalaženje i pokretljivost između raznih prirodnih znanosti koje graniče sa fizikom i biologijom. Zbog toga očekujemo da će naši studenti lako ispunjavati nove potrebe za stručnjacima iz medicinske fizike, ekologije i bio-nanotehnologije, a ne samo biofizike. Tražit ćemo redovite izvještaje o radu naših studenata i postdoktoranada od šefova laboratorija kod kojih će studenti vršiti izradu doktorata, specijalizaciju ili praksu. Doktorandima ćemo pomagati sa preporukama prilikom zaposlenja. Izvještaje mentora, šefova laboratorija i povratna pisma poslodavaca iskoristit ćemo tako da otklanjamo nedostatke u doktorskom programu, na koje nam ukažu sami doktorandi ili njihovi poslodavci.

• Koristiti ćemo razne institucijske mehanizme za praćenje i unapređenje kvalitete doktorskog programa (samoevaluacijski postupci, evaluacijski postupci, anketiranje studenata, istraživanje uspješnosti provođenja programa, indikatori uspješnosti).

• Kvaliteta doktorskog programa bitno ovisi o kvaliteti istraživanja i istraživačkih projekata i programa institucija koje provode taj program. Neće nam biti dovoljni cilj da se studentovo ime pojavi na radu publiciranom u nekom CC časopisu (kao dio njegovog ili njezinog doktorskog rada), nego će nam cilj biti da od studentovog rada bude što više koristi bilo za daljnja istraživanja (visoka citiranost), bilo u vidu uspostavljanja novog servisa (poslužitelja) za znanstvene proračune, bilo za neke praktične primjene u biotehnologiji i medicini (patenti, veza sa farmaceutskom industrijom). Dakle na duži rok, dobri indikatori uspješnosti naših studenata i našeg doktorskog programa, biti će povećanje u ranije spomenutom h-broju (najvećem broju od h radova nekog autora koji imaju najmanje h citata) raznih sudionika programa, broj novih poslužitelja i drugih software alata za znanstvene proračune, te broj i raznolikost veza sa farmaceutskom i drugom industrijom koje naš doktorski program ostvari. Širenje kruga suradnih institucija u zemlji i u inozemstvu, koje učestvuju u izvedbi ovog doktorskog programa, također će biti dobar indikator uspješnosti provođenja programa.


157

5. Ostale napomene

Documents

Sveučilište u Splitujuretic/pdf/Biof_dr_hr82a.pdf · međutim samo kao jedno od usmjerenja u studiju fizike. U praksi, studentima biologije, biokemije i molekularne biologije nije