The world leader in serving science

Thermo Fisher Connect Omics Comparator ＆Pathway Over-representation マニュアル

2

•各アプリケーションでできること

• Omics Comparator

→最大五つのベン図を簡単に作成

→目的のマージデータの抽出とGOヒストグラムの作成

• Pathway Over-representation

→遺伝子またはタンパク質のList（Accession No.群）を用いた

Pathway解析、ParhwayごとのProtein/Gene Listの取得

※GO（Gene Ontology）

Omics Comparator とPathway Over-representationについて

Omics ComparatorとPathway Over-representationの活用

①遺伝子またはタンパク質のAccession No.データでベン図を作成

②ベン図のマージデータ内でPathway解析が実行可能

3

Omics Comparator とPathway Over-representationのはじめ方

Thermo Fisher Connectのホーム画面で「Omics

Comparator 」 or「Pathway Over-representation」を選択

※ホーム画面：Thermo Fisher Connectにサインインして最初に表示される画面のこと

4

Omics Comparatorの使い方

5

使用規約を確認後、「Accept」をクリック

6

Omics Comparator - Add New List -

Accession No.を入力するだけ

(Protein： Uniprot accession

NCBI protein sequence GI number

Ensembl Protein ID

Gene： NCBI Entrez Gene ID が使用可能)

※コピー&ペーストで入力する他、

txt, csv形式でimportも可能

①「Add New List」をクリック後、②～④の項目を入力、

最後に「Confirm」をクリック

②List name

①Add New List

③Description

④Accession No.

最後に「Confirm」をクリック！

※目的のList Typeを選択！！

Protein or Gene

7

Omics Comparator - Compare -

①Ctrl Keyを押しながらクリックでListを複数選択

（選択されたListは青色で表示される）

※注意！

異なるTypeのListでは比較はできない。

(Protein ListとGene Listの比較は×)

比較したいList(最大五つまで)を選択し、「Compare」をクリック

②Compare

8

Omics Comparator – ベン図 -

ベン図内の数値をクリックすることで、

該当のProtein/Gene Listを展開できる

下記の様に簡単にベン図を作成できます

9

Omics Comparator - Protein/Gene List -

前ページで選択した該当のProtein/Gene Listがこちらです

「Export」をクリックし、

CSV形式でリストを出力可能

10

Omics Comparator - GO ヒストグラム -

GOヒストグラムに切り替え、表示が可能

「Histogram」をクリックするとGOヒストグラムが表示されます

「Histogram」

11

Pathway Over-representationの使い方

12

使用規約を確認後、「Accept」をクリック

13

Pathway Over-representation - Add -

Accession No.を入力するだけ

(Protein： Uniprot accession

NCBI protein sequence GI number

Ensembl Protein ID

Gene： NCBI Entrez Gene ID が使用可能)

Omic comparatorの様に「①＋Add 」をクリック後、

②～④の項目を入力、最後に「Create」をクリック

最後に「Create」をクリック！

①「＋Add 」をクリック

②List name

③Description

④Accession No.

※目的のList Typeを選択！！

Protein or Gene

14

Pathway Over-representation - Open -

List Nameをクリックし、解析結果を開く

15

Pathway Over-representation - Pathways -

↑List内のProtein/Geneに関わるPathwayが表示される

Countをクリックすることで、

PathwayごとのProtein/Gene Listを展開

※発現が上昇している（Over-representation）または低下している

(Under-representation)Pathway一覧の切り替え、表示が可能

16

Pathway Over-representation - Protein/Gene in Pathway -

「Export」をクリックすることで、CSV形式でリストを出力可能

展開されたPathwayごとのProtein/Gene List

17

Pathway Over-representation - GO Histgram -

「Histogram」をクリックすることで

GOヒストグラムに切り替え、表示が可能

18

Thermo Fisher Connect Powered by Thermo Fisher Cloud

※各アプリケーションの最新情報は、随時Webサイトに掲載予定。