8
BİYOFİZİK KONU BAŞLIKLARI Prof. Dr. Rüstem Nurten, Türk Biyofizik Derneği Eğitim Komisyonu Başkanı, [email protected] Sevgili Türk Biyofizik Derneği üyeleri, Derneğimiz Yönetim Kurulu’nun görevlendirilmesi ile Eğitim Komisyonu’nun oluşturduğu Biyofizik Ders Konuları Belirleme Kurulu (Rüstem Nurten, M. Can Akyolcu, Erol Atalay ve Yunus Karakoç) bir süredir yaptığı çalışmaları tamamlamıştır. Bu çalışma sonucu oluşan Türkiye’de biyofizik anabilim dallarında verilen ders konu başlıklarının bir araya getirildiği metin aşağıda sunulmuştur. Bu çalışmada ders programları, basılı ders notları ve kitaplar değerlendirilmiştir. Çalışmada eksiklikler olabilir. Gözden kaçan konu başlıkları için sizden geri bildirim bekliyoruz. Sizlerin katkıları önemlidir. Yapacağınız eleştiriler, eklemeler ya da çıkartımlar sonrasında oluşacak “Biyofizik Konu Başlıkları” metni bu yıl yapılacak olan Genel Kurul’ da tartışılarak son şekline getirilecektir. Bu nedenle katkılarınızı Genel Kurul’a kadar olan sürede beklemekteyiz. Konu başlıklarının oluşturulmasında aşağıda belirtilen kitaplar temel kaynak olarak kullanılmıştır. Derneğimiz tarafından, bu çalışmanın önümüzdeki dönemde bir el kitabına dönüştürülerek basılması ve üyelerimizin bir “başvuru” kitabı olarak kullanması sürecini başlatması dileklerimle. Sevgi ve saygılarımla. Rüstem Nurten Kaynaklar: -Biyofizik Ders Notları, Engin Bermek, Rüstem Nurten, Sina Gökçe, Demir Tiryaki, İstanbul, 1997, -Biyofizik, Ferit Pehlivan, Ankara, 1997, -Biyofizik Ders Kitabı, Editör: Şefik Dursun, İstanbul, 2010, -Biyofizik 1,2, Gürbüz Çelebi, İzmir, 2011, Başkanın köşesı BİYOFİZİK KONULARI Değerli Üyelerimiz, Türk Biyofizik Topluluğumuzun rahatsızlıklarından bir kısmı dış kaynaklı ise de kendi içimizden kaynaklanan rahatsızlıklarımız da az değildir. Bazı üst yöneticiler biyofizik anabilim dallarına biyofizikçi olmayan kişileri atamak isteyebilirler. Bu bir dış faktördür. Ancak biyofizikçi olup da böyle bir atamaya karşı çıkmayıp tersine yandaş olmak veya öyle görünmek bizim önemli iç rahatsızlıklarımızdan birisidir. Bu konuda Genel Kurulumuz 29 Eylül 2010 da Aydın'da yaptığı toplantıda, biyofizik anabilim dalları yardımcı doçent, doçent ve profesör kadrolarına yapılacak atamalarla ilgili ilke kararları almıştır (Bakınız: Türk Biyofizik Derneği Bülteni, 2010-17(3), s: 3). Üst yöneticilere bir yaptırım uygulamamız olanaklı değil, ancak jüri üyesi olup Genel Kurul kararımıza uymayanlar hakkında soruşturma açabiliriz. Bu konuda yönetimimize başvurabilirsiniz. Bir diğer rahatsızlığımız, biyofizikçi olacak kişinin neleri bilmesi gerektiği konusundaki tereddütlerimizdir. Bu konuda benim geçmiş kongrelerimizden birinde yaptığım konuşmam çıkardığım kısa bir metni bültenimizin eski bir sayısında bulabilirsiniz (Bakınız: Türk Biyofizik Derneği Bülteni, 2009-15(2), s: 1). Prof. Dr. Rüstem Nurten Başkanlığında Eğitim Komisyonumuz, biyofizik konu başlıkları'nın neler olması gerektiği konusunda bir çalışma gerçekleştirdi. Bu çalışmanın sonuçları bu bültenimizin ana konusunu oluşturmaktadır ve diğer sütunlarımızda bulacaksınız. Bu çalışmayı bir taslak metin olarak kabul edip eksiklik ve fazlalıklarını Komisyon Başkanımız Prof. Dr. Rüstem Nurten ile iletişim kurarak bu listeye katkıda bulununuz. Katkılarınızla Komsiyonca son şeklini alacak metin Yönetim Kurulu'nca de görüşülerek Genel Kurul'da sizlerin tekrar onayına sunulacaktır. Bu belge biyofizikte dıktora veya doçentlik sınavlarına girecek adaylar için bir kaynak olacağı gibi, bazı tıp fakültelerinin biyofizik eğitimini dışlama eğilimlerine karşı da bir kaynak olarak kullanılabilecektir.. Prof. Dr. Ferit Pehlivan Türk Biyofizik Derneği Yayın Organı Nisan 2012 Yıl: 18 Sayı: 1 TÜRK BİYOFİZİK DERNEĞİ BÜLTENİ Bulletin of the Turkish Biophysical Society TÜRK BİYOFİZİK DERNEGİ BÜLTENİ Nisan 2012; 18(1) Dört ayda bir, yılda üç sayı yayınlanır 1 l Başkanın Köşesi: Biyofizik Konuları, Prof. Dr. Ferit Pehlivan l Biyofizik Konu Başlıkları, Prof. Dr. Rüstem Nurten l Editörden: Bültenler, Prof. Dr. Ferit Pehlivan l Prof. Dr. İlhami Demirel Emekli oldu, Prof. Dr. Nizamettin Dalkılıç İçindekiler

TÜRK BİYOFİZİK DERNEĞİ · 2019-05-01 · -Biyofizik Ders Notları, Engin Bermek, Rüstem Nurten, Sina Gökçe, Demir Tiryaki, İstanbul, ... Serbest enerji ve denge dursayısı

  • Upload
    others

  • View
    31

  • Download
    8

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: TÜRK BİYOFİZİK DERNEĞİ · 2019-05-01 · -Biyofizik Ders Notları, Engin Bermek, Rüstem Nurten, Sina Gökçe, Demir Tiryaki, İstanbul, ... Serbest enerji ve denge dursayısı

BİYOFİZİK KONU BAŞLIKLARIProf. Dr. Rüstem Nurten, Türk Biyofizik Derneği Eğitim Komisyonu Başkanı, [email protected]

Sevgili Türk Biyofizik Derneği üyeleri,Derneğimiz Yönetim Kurulu’nun görevlendirilmesi

ile Eğitim Komisyonu’nun oluşturduğu Biyofizik Ders Konuları Belirleme Kurulu (Rüstem Nurten, M. Can Akyolcu, Erol Atalay ve Yunus Karakoç) bir süredir yaptığı çalışmaları tamamlamıştır. Bu çalışma sonucu oluşan Türkiye’de biyofizik anabilim dallarında verilen ders konu başlıklarının bir araya getirildiği metin aşağıda sunulmuştur. Bu çalışmada ders programları, basılı ders notları ve kitaplar değerlendirilmiştir. Çalışmada eksiklikler olabilir. Gözden kaçan konu başlıkları için sizden geri bildirim bekliyoruz. Sizlerin katkıları önemlidir. Yapacağınız eleştiriler, eklemeler ya da çıkartımlar sonrasında oluşacak “Biyofizik Konu Başlıkları” metni bu yıl yapılacak olan Genel Kurul’ da tartışılarak son şekline getirilecektir. Bu nedenle katkılarınızı Genel Kurul’a kadar olan sürede beklemekteyiz. Konu başlıklarının oluşturulmasında aşağıda belirtilen kitaplar temel kaynak olarak kullanılmıştır. Derneğimiz tarafından, bu çalışmanın önümüzdeki dönemde bir el kitabına dönüştürülerek basılması ve üyelerimizin bir “başvuru” kitabı olarak kullanması sürecini başlatması dileklerimle.

Sevgi ve saygılarımla.Rüstem Nurten

Kaynaklar:-Biyofizik Ders Notları, Engin Bermek, Rüstem Nurten, Sina

Gökçe, Demir Tiryaki, İstanbul, 1997,-Biyofizik, Ferit Pehlivan, Ankara, 1997,-Biyofizik Ders Kitabı, Editör: Şefik Dursun, İstanbul, 2010,

-Biyofizik 1,2, Gürbüz Çelebi, İzmir, 2011,

Başkanın köşesı

BİYOFİZİK KONULARIDeğerli Üyelerimiz,

Türk Biyofizik Topluluğumuzun rahatsızlıklarından bir kısmı dış kaynaklı ise de kendi içimizden kaynaklanan rahatsızlıklarımız da az değildir. Bazı üst yöneticiler biyofizik anabilim dallarına biyofizikçi olmayan kişileri atamak isteyebilirler. Bu bir dış faktördür. Ancak biyofizikçi olup da böyle bir atamaya karşı çıkmayıp tersine yandaş olmak veya öyle görünmek bizim önemli iç rahatsızlıklarımızdan birisidir. Bu konuda Genel Kurulumuz 29 Eylül 2010 da Aydın'da yaptığı toplantıda, biyofizik anabilim dalları yardımcı doçent, doçent ve profesör kadrolarına yapılacak atamalarla ilgili ilke kararları almıştır (Bakınız: Türk Biyofizik Derneği Bülteni, 2010-17(3), s: 3). Üst yöneticilere bir yaptırım uygulamamız olanaklı değil, ancak jüri üyesi olup Genel Kurul kararımıza uymayanlar hakkında soruşturma açabiliriz. Bu konuda yönetimimize başvurabilirsiniz.

Bir diğer rahatsızlığımız, biyofizikçi olacak kişinin neleri bilmesi gerektiği konusundaki tereddütlerimizdir. Bu konuda benim geçmiş kongrelerimizden birinde yaptığım konuşmam çıkardığım kısa bir metni bültenimizin eski bir sayısında bulabilirsiniz (Bakınız: Türk Biyofizik Derneği Bülteni, 2009-15(2), s: 1).

Prof. Dr. Rüstem Nurten Başkanlığında Eğitim Komisyonumuz, biyofizik konu başlıkları'nın neler olması gerektiği konusunda bir çalışma gerçekleştirdi. Bu çalışmanın sonuçları bu bültenimizin ana konusunu oluşturmaktadır ve diğer sütunlarımızda bulacaksınız. Bu çalışmayı bir taslak metin olarak kabul edip eksiklik ve fazlalıklarını Komisyon Başkanımız Prof. Dr. Rüstem Nurten ile iletişim kurarak bu listeye katkıda bulununuz. Katkılarınızla Komsiyonca son şeklini alacak metin Yönetim Kurulu'nca de görüşülerek Genel Kurul'da sizlerin tekrar onayına sunulacaktır. Bu belge biyofizikte dıktora veya doçentlik sınavlarına girecek adaylar için bir kaynak olacağı gibi, bazı tıp fakültelerinin biyofizik eğitimini dışlama eğilimlerine karşı da bir kaynak olarak kullanılabilecektir..

Prof. Dr. Ferit Pehlivan

Türk Biyofizik Derneği Yayın Organı Nisan 2012 Yıl: 18 Sayı: 1

TÜRK BİYOFİZİK DERNEĞİ

BÜLTENİ

Bulletin of the Turkish Biophysical Society

TÜRK BİYOFİZİK DERNEGİ BÜLTENİ Nisan 2012; 18(1) Dört ayda bir, yılda üç sayı yayınlanır 1

l Başkanın Köşesi: Biyofizik Konuları, Prof. Dr. Ferit Pehlivanl Biyofizik Konu Başlıkları, Prof. Dr. Rüstem Nurtenl Editörden: Bültenler, Prof. Dr. Ferit Pehlivanl Prof. Dr. İlhami Demirel Emekli oldu, Prof. Dr. Nizamettin Dalkılıç

İçindekiler

Page 2: TÜRK BİYOFİZİK DERNEĞİ · 2019-05-01 · -Biyofizik Ders Notları, Engin Bermek, Rüstem Nurten, Sina Gökçe, Demir Tiryaki, İstanbul, ... Serbest enerji ve denge dursayısı

BİYOFİZİK KONU BAŞLIKLARI

1. Biyofiziğe giriş 2. Canlı sistemlerin molekül yapısı 2.1. Madde yapısı 2.1.1. Atom yapısı Ana kuantum sayısı Açısal kuantum sayısı Magnet kuantum sayısı Spin (dönme impulsu) sayısı 2.1.2. Atom altı tanecikler arası ilişkisi Atom altı tanecikler Temel kuvvetler Bu elementlerin birbiri ile bağlanması Organizmanın iskeleti olarak karbon Konfigürasyon çeşitliliği 2.1.3. Organik moleküllerin fonksiyonel grupları 2.1.4. Kimyasal bağlar ve moleküllerin oluşumu 2.1.4.1. Kimyasal değerlilik 2.1.4.2. Kimyasal bağ çeşitleri Kovalent bağlar Iyonik bağlar Koordinasyon bağları London-van der Waals (Dipol-Dipol) bağı Hidrojen bağları Hidrofobik etkileşimler 3. Radyoaktiflik ve ışın biyofiziği 3.1. Atom çekirdeği 3.2. Radyoaktifliğin bulunuşu 3.3. Çekirdek kuramı 3.4. Radyoaktif parçalanma ve ışınlar 3.5. Radyoizotopların özellikleri 3.5.1. Yarılanma süresi (Yarı ömür) 3.5.2. Radyoaktiflik 3.5.3. Radyoaktif ışınların madde ile etkileşimi (girginliği ve iyonlaştırıcı etkinliği) 3.6. Radyoaktif ışınların yol açtığı kimyasal değişiklikler 3.7. Soğurulan ışın enerjisi ile ilgili kavramlar 3.8. Radyoizotopların araştırmalarda kullanımı 3.9. Radyoizotopların belirtiminde kullanılan yöntem ve araçlar 3.10. Radyoaktif ışınların tanı ve sağaltımda kullanımı 3.11. Işın Biyofiziği 3.11.1. Soğurum (absorpsiyon) spektrometresi 3.11.2. Işıltı (floresans) spektrometresi 3.11.3. Sirküler dikroizm 3.11.4. Nükleer magnetik rezonans 4. Hücre yapıtaşları 4.1. Giriş 4.2. Su 4.2.1. Suyun fiziksel ve kimyasal özellikleri 4.2.1.1. Suyun özgül ısısı 4.2.1.2. Suyun buharlaşma ısısı 4.2.1.3. Suyun erime ısısı 4.2.1.4. Suyun dielektrik dursayısı 4.2.1.5. Suyun çözücü özelliği 4.2.1.6. Suyun iyonlaşması4.3. Vücut Sıvıları4.3.1. Vücut sıvılarının dağılımı ve özellikleri Vücut sıvılarının vücut ağırlığına göre % değerleri mEq., mMol. tanımı ve arasındaki ilişkiler Total vücut sıvısının genel bileşimi 4.3.2. Vücut sıvılarının tayini Dilüsyon prensibi Total vücut sıvısının tayini Total vücut sıvısı miktarına etkili faktörler Ekstrasellüler sıvı hacmi tayini Kan hacmi tayini Plazma hacmi tayini Şekilli elemanların hacminin tayini4.3.3. Maddelerin vücut sıvılarındaki yayılış biçimleri (polifazik sistemler)

Kaba dispers sistemler Kolloid dispers sistemler İnce dispers sistemler4.3.4. Canlı yapının biyofiziksel özellikleri Vizkozite tanımı, tayini Yüzey gerilim tanımı, tayini Elastisite Plastisite Imbibisyon Sineresis Ekstansibilite Adsorbsiyon Absorbsiyon4.4. Asid – Baz Dengenin Düzenlenmesi4.4.1. pH ve Vücudun Normal Reaksiyonu 4.4.2. Asit-Baz Dengenin Düzenlenmesi 4.4. 3. Asit-Baz Denge Bozuklukları4.4.4. Asit-Baz Denge Bozukluklarının Kompansasyonu 4.4.5. Kan Gazları Ölçüm Yöntemleri4.5. Canlı Yapının Biyofiziksel Özellikleri 4.6. Makromoleküller 4.6.1. Giriş 4.6.2. Proteinler Enzimler (katalitik proteinler) Immunproteinler Protein hormonlar Düzenleyici proteinler Taşıyıcı proteinler Kontraktil proteinler 4.6.2.1. Proteinlerin yapısal özellikleri 1. Apolar ya da hidrofobik R-grupları içeren amino asitler 2. Açık bir elektrik yükü taşımayan, ancak polar nitelikte R-grupları içeren amino asitler 3. R-grubu negatif elektrik yüklü (asidik) amino asitler 4. R-grubu pozitif elektrik yüklü (bazik gruplar) amino asitler 4.6.2.2. Amino asitlerin asit-baz özellikleri 4.6.2.3. Peptit bağı 4.6.2.4. Aktif proteinlerin ligantlarıyla etkileşimi 4.6.2.5. Denge diyalizi ve bağlanmanın sayısal belirtimi 4.6.3. Aktif protein örneğinde yapı-işlev ilişkileri 4.6.3.1. Miyoglobin ve hemoglobin-oksijen taşıyan proteinler 4.6.3.2. Miyoglobin ve hemoglobinin yapısal ve işlevsel özellikleri 4.6.4. Nükleik asitler 4.6.4.1. DNA molekülü 4.6.5. Karbonhidratlar(Polisakkaritler) 4.6.6. Lipitler 4.6.7. Makromolekül yapıtaşları ve ara moleküller5. Biyoenerjetik 5.1. Giriş 5.2. Termodinamik kuralları 5.2.1. Termodinamiğin birinci kuralı 5.2.2. Termodinamiğin ikinci kuralı 5.3. Serbest enerji ve denge dursayısı 5.4. Canlılarda enerji akımı 5.5. ATP ve kimyasal enerji iletimi 5.6. Hücre metabolizmasında ATP-ADP sisteminin önemi 5.7. Enerji iletimi ve ortak ürünü ilkesi 5.8. ATP’nin hücre içinde oluşması 5.9. Glikolizin bilançosu 5.10. Glikolizin düzenlenmesi 5.11. Glikolizin ve solunumun enerjetiğinin karşılaştırılması 5.12. Hücre solunumu 5.12.1. Asetil-CoA’nin oluşması 5.12.2. Krebs döngüsü

TÜRK BİYOFİZİK DERNEGİ BÜLTENİ Nisan 2012; 18(1) Dört ayda bir, yılda üç sayı yayınlanır 2

Page 3: TÜRK BİYOFİZİK DERNEĞİ · 2019-05-01 · -Biyofizik Ders Notları, Engin Bermek, Rüstem Nurten, Sina Gökçe, Demir Tiryaki, İstanbul, ... Serbest enerji ve denge dursayısı

5.12.3. Elektrontransportu ve solunum zinciri 5.12.4. Elektron iletiminin enerjetiği 5.12.5. Oksidatif fosforillenme 5.13. Glikozun oksitlenmesinin enerji bilançosu 5.14. Solunum hızının düzenlenmesi 5.15. Redoks potansiyeli ve ölçülmesi 5.16. Biyolojik işler 5.16.1. Kimyasal iş (biyosentez) 5.12.2. Aktif iletim (transport) ya da ozmotik işlem 5.17. Membran yapısı 5.18. Biyoenerjetik ilkeleri ve moleküllerin membrandan iletisi 5.18.1. Pasif iletim 5.18.1.1. Basit difüzlenme 5.18.1.2. Kolaylaştırılmış difüzlenme 5.18.2. Aktif iletim 5.19. Difüzlenme ve ozmoz 5.20. Biyoenerjetik açıdan moleküllerin membrandan iletimi 5.21. Gibbs-Donnan dengesi 5.22. Membran potansiyeli 5.23. Difüzlenme potansiyelleri 5.24. Membran dinlenim potansiyeli 5.25. Aksiyon potansiyeli 5.26. Mekanik iş 5.26.1. Miyozin filamenti 5.26.2. Aktin filamenti 5.26.3. Kas kasılmasının enerji kaynağı 6. Bilgi Kuramı 6.1. Canlılar ve entropi 6.2. Bilgi ve entropi 6.3. Bilgi kuramı 6.4. Bir mesajın ikili sistemde anlatımı 6.5. Kanal kapasitesi 6.6. Hücrenin bilgi içeriği 6.7. Kibernetik ilkeleri 7. Enzimler-Fiziksel ilkeler 7.1. Giriş 7.2. Tepkime hızları 7.3. Tepkime hızı ve aktifleşme enerjisi 7.4. Kataliz kavramı-enzimlerin etki mekanizması 7.5. Enzim kinetikleri 7.6. Enzim inhibisyonu 7.7. Enzim etkinliğinin düzenlenmesi 7.8. Hücreler arası haberleşme7.8.1. Hücrelerarası haberleşmede temel ilkeler Reseptörler Reseptör sayısının düzenlenmesi Haberleşme çeşitleri Haberleşme sistemlerinde temel haberleşme hücreleri Haberci üretim mekanizmaları Habercilerin genel özellikleri 7.8.2. Hücre içi haberleşmenin temel ilkeleri Siklik adenozin monofosfat (cAMP) hattı Fosfotidil inozitol bifosfat (PIP2) hattı Haberleşme hatlarında haber' in amplifikasyonu 7.8.3. Reseptör ve duyu organları biyofiziği Duyu Farketmek Algı Uyaran Translasyon 7.8.4. Reseptör ve duyu organlarının sınıflandırılması Duysal reseptörler Genel duysal reseptörün yapısı Reseptörlerin sınıflandırılması Lokasyona göre İşlevine göre Yapısal özelliğe göre (kompleksite) 7.8.5. Duyu Reseptörlerin özellikleri Duysal reseptörlerde transduksiyon(dönüştürme) Enerji dönüşümü ilkeleri

Reseptör/jeneratör potansiyeli Duysal reseptör adaptasyonu Duysal reseptörden gelen bilginin işlenmesi 8. Molekülsel Biyofizik 8.1. Giriş 8.2. Nükleik asitler;DNA ve RNA 8.3. Kalıtsal bilginin anlatımı(gen ekspresyonu) 8.4. Prokaryotik ve ökaryotik DNA’nın özellikleri 8.5. Eşleme(Replikasyon) 8.6. DNA’nın enzimatik oluşma mekanizması 8.7. DNA polimeraz çeşitleri 8.8. DNA sentezinin enerjetiği 8.9. Komplementer bazlar arasındaki hidrojen köprülerinin DNA yapısının kahlımlılığında ve şifrenin doğru okunmasındaki önemi 8.10. DNA’nın transkripsiyonu (Kayıt aşaması)-RNA sentezi 8.11. Transkripsiyonun düzenlenmesi 8.12. RNA’nın işlenmesi (“splicing”) 8.13. Kolineerlik ve kalıtsal şifre 8.14. Protein sentezi (Translasyon) 8.15. Protein sentezinin enerjetiği 8.16. Gen ekspresyonunun düzenlenmesi 8.17. RNA yazılımı (“editing”) 8.18. Ters Transkripsiyon 8.19. Prion hastalıkları 8.20. Mutasyonlar 8.21. Baskılama (Supresyon) 8.22. DNA onarım mekanizmaları 9. Gen mühendisliği 9.1. Restriksiyon nükleazları 9.2. Yüksek organizmalara özgü mRNA’ların saflaştırılması ve radyoaktif cDNA’ların hazırlanması 9.3. Kalıtım Mühendisliği 9.4. Gen mühendisliğinin uygulama alanları 9.5. Zincirleme Polimeraz Reaksiyonu (PCR) 9.6. DNA dizi analizi (Sanger Yöntemi) 9.7. Kalıtımsal hastalıkların doğum öncesi (prenatal) tanısı 9.8. Doğum öncesi tani yöntemleri 9.9. Insan Gen Tedavisi 10. Hücreden yüksek canlılara geçiş 10.1. Çekirdekli(ökaryot) hücre ve genomu 10.2. Diployitlik ve eşemsel çoğalma 10.3. Embriyonik gelişme 11. Hücre farklılaşması açısından lenfosit modeli 11.1. Antikorlar-yapıları,sınıfları ve oluşum mekanizmaları 11.2. Antikor-antijen etkileşimi 11.3. Antikorların çeşitliliğini belirleyen molekülsel mekanizmaları 11.4. T-lenfositleri 11.5. T-lenfositleri ve ana doku uyuşum kompleksi (“major histokom patability complex (MHC)”) 11.6. Bağışık yanıtın oluşumunda hücresel molekülsel mekanizmalar 11.7. Bağışık yanıtın düzenlenmesi 11.8. Anti-idiyotipik sistem 11.9. Bağışık tolerans 11.10. Otoimmün hastalıklar (öze bağışıklıktan kaynaklanan hastalıklar) 12. Hücre çogalması ve kanser problemi 12.1. Hücre kültürü sistemleri 12.2. Hücre siklüsü 12.3. Hücre çoğalma faktörleri-sinyal iletim yolları 12.4. Fosfolipaz C, diasilgliserol, inositol trifosfat yolu 12.5. G-proteinleri-hücre uyarıcılarının aracısı düzenleyici proteinler 12.6. Adenilat siklaz-cAMP yolu 12.7. Reseptör-tirosin kinaz (RTK) sistemi 12.8. Hücre siklüsü ve siklinler

TÜRK BİYOFİZİK DERNEGİ BÜLTENİ Nisan 2012; 18(1) Dört ayda bir, yılda üç sayı yayınlanır 3

Page 4: TÜRK BİYOFİZİK DERNEĞİ · 2019-05-01 · -Biyofizik Ders Notları, Engin Bermek, Rüstem Nurten, Sina Gökçe, Demir Tiryaki, İstanbul, ... Serbest enerji ve denge dursayısı

12.9. G1 evresi-çoğalma faktörleri ile siklin/CDK etkileşimleri 12.10. P53 ve apoptoz 12.11. Mitoz-siklin/CDK düzenlenmesi 12.12. Hücre kültürlerinde kanser hücrelerinin davranışı 12.13. Hücre hibritlemesi ve uygulama alanları 12.14. Kanser problemi 12.14.1. Somatik mutasyonlar ve kanser 12.14.2. Viral karsinogenez 12.15. DNA tümör virüsleri 12.16. RNA tümör virüsleri 12.17. Onkogenler(ve proto-onkogenler) 12.18. Proto-onkogenlerin onkogenlere dönüşmesi 12.19. Onkogenlerin şifrelediği proteinler-Kanser proteinleri 12.20. Süpresör genler13. Hücrenin çoğalması ve farklılaşmanın biyofiziği13.1. Gelişim için Temel Olaylar ve Organizasyon Düzeyleri13.2. Gebelik Dönemleri ve Kritik Aşamalar13.3. Kök Hücre Kavramı ve Farklılaşma13.4. Genetik Düzenlemede Somatik Kalıtım Evreleri13.5. Epigenetik Mekanizmalar13.6. Biyofizikçiler Hangi Araçları Kullanır?13.7. Farklılaşmanın Muhtemel Mekanizmaları ve Etkenler13.8. Hücre Çoğalması ve Invazyonda Matematik Modeller14. İmmünobiyofizik14.1. Hücresel bağışık yanıt14.2. İmmün tolerans, otoimmünite14.3. Hastalık immün sistem ilişkileri14.4.Temel bilim (biyofizik) hastalık ilişkileri (Behçet, hemoglobinopati vb)14.5. İmmün sistem modelinde molekülsel etkileşimler14.6. İmmün sistem modelinde sinyal iletimi14.7. Membran-protein etkileşimleri ve hücre haberleşmesi14.8. İmmün sistemin biyofiziksel özellikleri15. Sistem biyofiziği 15.1. Dolaşım Dinamiği15.1.1. Dolaşım Sistemi Yapı ve İşlevi 15.1.2. Dolaşımda Hidrostatik Faktör 15.1.3. Hemodinamiğin Temel Kavramları15.1.4. İç Sürtünmeli Akış ve Viskozluk Katsayısı15.1.5. Girdaplı Akış15.1.6. Kanın Akışkanlık Özellikleri15.1.7. Damar Genişleyebilirliği ve Laplace Yasası15.1.8. Kalbin Etkinliği ve Gücü15.1.9. Kalp Devri15.1.10. Arteriyel Basınç Pulsu ve Yayılması15.1.11. Basınç Gradyenti15.1.12. Kan Basıncının Ölçülmesi15.1.13. Kan Akışı Ölçülmesi15.2. Solunum Dinamiği15.2.1. Solunum Sistemi ve İşlevi15.2.2. Solunumla İlgili Gaz Yasaları15.2.3. Solunum Kaslarının İşlevleri15.2.4. Yüzey Gerilim ve Alveol Mekaniği15.2.5. Dış Solunum Sistemi Mekaniği15.2.6. Akciğer ve Göğüs Kompliyansı15.2.7. Solunumda Direnç Faktörü15.2.8. Solunum Sırasında Hacim ve Basınç Değişimleri, Solunum İşi15.2.9. Kan Gazlarının Çözünürlüğü ve Alveollerle Kan Arasında Gaz Alış verişi15.2.10. Akciğer Hacim ve Kapasiteleri15.2.11. Fonksiyonel Artık Kapasite Tayini15.3. Görme Biyofiziği15.3.1. Işık ve Görme15.3.2. Işığın Eğri Yüzeylerden Kırılması ve Görüntü Oluşumu

TÜRK BİYOFİZİK DERNEGİ BÜLTENİ Nisan 2012; 18(1) Dört ayda bir, yılda üç sayı yayınlanır 4

15.3.3. Gözün Yapısı ve Görüntü Oluşumu15.3.4. Gözün Uyum Yapması (Akomodasyon)15.3.5. Görüntü İyileştirilmesinde İrisin İşlevleri15.3.6. Görünüm Açısı15.3.7. Görme Keskinliğini Sınırlayan Faktörler ve Retina Yapısı15.3.8. Fotoreseptörler ve Çevirim15.3.9. Retinal Hücrelerde Potansiyeller ve Elektroretinogram (ERG)15.3.10. Derinlikli Görme ve Strereoskopik Görüntüler15.3.11. Renk ve Renklilik Teorileri15.4. İşitme Biyofiziği15.4.1. Ses ve İşitme15.4.2. Ses Dalgaları İle İlgili Temel Kavramlar15.4.3. Rezonans, Kararlı Dalgalar ve Dış Kulak Borusu15.4.4. Bileşik Sesler ve Fourier Analizi15.4.5. Sesin Duyusal Özellikleri15.4.6. Ses Şiddet Düzeyi ve Şiddet Ayrımı15.4.7. İşitmede Frekans Ayrımı ve Sınırları15.4.8. Ses Dalgalarının Kulakta İşlenmesi15.4.9. İç Kulakta Çevirim ve İç Kulak Potansiyelleri15.4.10. Çift Kulakla İşitme15.4.11. İnsan Sesi ve Konuşma 15.5. Kulak'ta mekanik enerjinin aksiyon potansiyeline dönüşümü Dış kulak Orta kulak Empedans uyumu mekanizması Ses şiddetinin kontrolü Sesin kemik yoluyla iletilmesi İç kulak ve kokleaSes dalgalarının koklea içinde ilerlemesiBaziler membranEndokolear potansiyelTüy hücrelerinin uyarılmasıSes frekansının saptanmasıSesin şiddetinin saptanmasıSesin yönünün saptanması Yanlardan gelen sesler (soldan, karşıdan, sağdan) Düşük frekanslı ses dalgalarının yönünün saptanmasıYüksek frekanslı seslerin yönünün saptanmasıOdyogram Koklear implantlar15.6. Kas iskelet Sistemi Eklem Biyomekaniği Esneklik ve elastiklik İskelet kasının yapı ve işlevi Kasın mekanik özellikleri EMG nin temeli Biyomekanik ve Doku Mekaniği 16. Biyofiziksel yöntemler16.1. Molekülser Biyofizik Yöntemler16.1.1. Biyomolekül Özellikleri ve Tayin Yöntemleri16.1.2. Makromoleküllerin Hacim, Biçim ve Molekül Ağırlıklarını BelirlemeYöntemleri16.1.3. Biyomoleküllerin Kimlik ve İnce Yapılarının Belirlenmesi16.1.4. Nükleer Magnetik Rezonans (NMR) Spektroskopisi 16.2. Tıbbi Görüntülüme Yöntemlerinin Temel İlkeleri16.2.1. X-Işını Görüntüleme Teknikleri16.2.2. Bilgisayarlı Tomografi16.2.3. Magnetik Rezonans Görüntüleme (MRI) Tekniği16.2.4. Nükleer Tıp Görüntüleme Teknikleri16.2.5. Pozitron Salma Tomografisi (PET)16.2.6. Ultrasonik Görüntüleme Teknikleri16.2.7. Diğer Görüntüleme Yöntemleri 16.2.8. EKG, EMG, EEG ölçüm yöntemleri 16.4. Spektroskopi Ölçme işlemiSpektrum 16.4.1. Spektroskopi çeşitleri 16.4.2.Absorbsiyon spektroskopisi16.4.3. Floresans

Page 5: TÜRK BİYOFİZİK DERNEĞİ · 2019-05-01 · -Biyofizik Ders Notları, Engin Bermek, Rüstem Nurten, Sina Gökçe, Demir Tiryaki, İstanbul, ... Serbest enerji ve denge dursayısı

TÜRK BİYOFİZİK DERNEGİ BÜLTENİ 7(3), Aral›k 2011 Dört ayda bir, yılda üç sayı yayınlanır 5

Genetik EtkilerDokuların Radyasyona DuyarlılığıHücrelerin Radyasyona Karşı Reaksiyonlarıİzleyici (Tracer)Radyofarmasötikler Radyonüklid Metodları18.18. Radyasyonun Moleküler Düzeydeki EtkisiHücresel Radyasyon HasarıRadyosensitivite GörüşüHücre Döngüsüne Radyasyonun EtkisiHücre BölünmesiRadyasyonun Moleküler Düzeydeki EtkisiRadyasyonun Metabolizma Üzerine EtkisiRadyasyona Bağlı Genetik Hasar

KONGRELERTAKVİMİ

2012 World Congress on Medical Physics & Biomedical

EngineeringMay 26th to 31st in 2012, Beijing

International Convention Center, Beijing, China

34th Annual International Conference of the IEEE Engineering in

Medicine and Biology Society August 28 - September 1, 2012 Hilton

Bayfront Hotel, San Diego, California,

EBSA 20139th European Biophysics

Congress LISBON, PORTUGAL

July 13-17, 2013. www.ebsa2013.org

IUPAB 2014 International Biophysics Congress in Australia

The 18th IBC will be at the Brisbane Convention & Exhibition Centre, Brisbane,

Queensland August 3-7, 2014.

XXI National Congress of the Italian Society of Pure and

Applied Biophysics (SIBPA)September 17-20, 2012

Ferrara, Italy. http://www.unife.it/convegno/sibpa2012/

16.4.4. X-ışını spektroskopisi16.4.5. Alev(Flame) spektrofotometresi16.4.6. Atomik absorpsiyon spektroskopisi (AA)16.4.7. Görünür ışık spektroskopisi16.4.8. Ultraviyole spektroskopisi16.4.9. Infrare spektroskopisi (İR)16.4.10. Yakın infrare spektroskopisi (NIR)16.4.11. Raman spektroskopis16.4.12. Zayıflatılmış (Attenuated) total reflektans spektroskopisi16.4.13. Elektron paramanyetik spektroskopi16.4.14. Elektron spektroskopi16.4.15. Gamma-ışını spektroskopisi16.4.16. Astronomik spektroskopi16.4.17. Kütle spektroskopisi16.4.18. Multipleks veya frekans-modulasyon spektroskopisi16.4.19. X-ışığı spektroskopisi16.5. Görünür ışık ile görüntüleme (Endoskopi)17. Nanoteknoloji ve tıp alanında uygulamaları17.1. Nanoteknoloji kavramı ve kısa tarihçe17.2. Nanoteknoloji alanındaki faaliyetler 17.3. Nanotıp tanımı ve uygulamaları18. Elektrik akımlarının dokular üzerindeki etkileri 18.1. ElektrodiyagnozAlçak Frekanslı AkımlarOrta Frekanslı AkımlarYüksek Frekanslı AkımlarAlçak Frekanslı AkımlarDoğru Akımlar (Galvanik Akımlar)Progressif Akımlar (Eksponansiyel Akımlar)Alternatif Akımlarİndüksiyon Akımları (Faradik Akımlar)18.2. Doğru Akımın Fiziksel ve Kimyasal Etkileri18.3. Elektroliz 18.4. iyontoforez 18.5. Elektroforez18.6. Elektroozmoz18.7. Doğru Akımın Dokuya Etkisi Akımın Yönü Akımın Şiddeti Akımın Dokudan Geçme Zamanı Akımın Değişme Hızı 18.8. İnsanda Doğru Akımlarla Uyarma 18.9. Elektroterapi18.10. Medikal Galvanizasyon, Antifibrilasyon, Elektroşok18.11. İyontoforez18.12. Cerrahi Galvanizm18.13. Yüksek Frekanslı AkımlarFizyolojik Etkiler a) Genel etkiler, b) Lokal etkiler18.14. Divatermi,Kısa dalga divatermiMikro dalga divaterm18.15. Elektrik yaralanmaları18.16. Non İyonizan Radyasyonun Biyolojik Etkileri ve Korunma İlkeleri Elektromanyetik Spektrum tanımı ve ilgili frekans aralığı Elektromanyetik alanların genel özellikleri Cep telefonları ve baz istasyonlarının çalışma şekilleri Elektromanyetik alanların sağlık üzerindeki etkileri Elektromanyetik alanlardan korunma yöntemleri18.17. İyonizan Radyasyonun Biyolojik etkileriRadyasyonun Direkt ve Indirekt EtkileriRadyasyonun Hücreler Üzerine EtkileriAkut ve Kronik Radyasyon DozuSomatik Etkiler

TÜRK BİYOFİZİK DERNEGİ BÜLTENİ Nisan 2012; 18(1) Dört ayda bir, yılda üç sayı yayınlanır 5

Page 6: TÜRK BİYOFİZİK DERNEĞİ · 2019-05-01 · -Biyofizik Ders Notları, Engin Bermek, Rüstem Nurten, Sina Gökçe, Demir Tiryaki, İstanbul, ... Serbest enerji ve denge dursayısı

TÜRK BİYOFİZİK DERNEGİ BÜLTENİ 7(3), Aral›k 2011 Dört ayda bir, yılda üç sayı yayınlanır 6

International Congress of the Spanish Biophysical Society

July 3-6, 2012Barcelona, Spain

www.sbe-bcn2012.org

Annual Meeting of the German Biophysical Society

(DGfB)23-26 September 2012Goettingen, Germany

60 Years of Hodgkin and Huxley

In celebration of the 60th anniversary of the publication of the Hodgkin-Huxley model of the

action potential12-13 July 2012Cambridge, UK

The 57th Annual Meeting of the Biophysical Society

February 2-6, 2013 Philadelphia, Pennsylvania.

eDİTöRDen

BÜLTENLERİMİZTürk Biyofizik Derneğinin 1995-2001 yılları

arasında kağıda basılı olarak sürdürdüğü bülten-lerden mizanpajı var olanlar bilgisayar ortamında, mizanpajı bulunmayanlar ise scannerde taranarak pdf formatına dönüştürülmüş ve derneğimiz web sitesinde topluca sunulmuştur.

Bir dönem yayınlayamadığımız için eksik kalan sayılardan hepsini ya da bir kısmını tamamalama girişimimi sürdürüyorum. Derneğin başkanı olmadığım bu dönemlere ait sayılar için o dönem başkanları sayın Prof. Dr. Pekcan Ungan ve Prof. Dr. Salih Çelik'i görüş ve onaylarını alarak bu işi sürdüreceğim açıktır. Bunlardan bir örneği Bülten 2009 15(2)" olarak pdf formatında sizlere yollamış bulunuyorum.

Bültenlerin ciddiye alınmasını; haber, yorum ve derleme tipi yazılarınızla desteklenmesini; her türlü yazınızın, ve bülten hakkındaki önerilerinizin "Bülten editörü" olarak doğrudan Prof. Dr. Ferit Pehlivan ([email protected]) adresine yollanmasını rica ederim.

Bültenin kurumsallaşması açısından bültendeki herhagi bir belgenin bülten kaynak gösterilerek alıntılanmasına özen gösterilmesini rica ediyorum.

Sevgi ve saygılarımla,

Prof. Dr. Ferit PehlivanTürk Biyofizik Derneği Bülteni Editörü

Türk Biyofizik Derneği

24. Ulusal Biyofizik KongresiMarmara Üniversitesi Tıp Fakültesi

Biyofizik Anabilim Dalı'nın Ev Sahipliğinde25-28 Eylül 2012

Marmara Üniversitesi'nin Göztepe ve Haydarpaşa KampüslerindeTüm Üyelerimizi Kongremize Bekliyoruz.

Türk Biyofizik Derneği Yönetim Kurulu

TÜRK BİYOFİZİK DERNEGİ BÜLTENİ Nisan 2012; 18(1) Dört ayda bir, yılda üç sayı yayınlanır 6

ESKİ-YENİ TÜM BÜLTENLERİMİZ WEB SAYFALARIMIZDA.http://www.turkbiyofizik.com

BÜLTENLERİMİZDEKİ HER TÜRLÜ YAZI, RESİM ANCAK KAYNAK BELİRTİLEREK ALINTILANABİLİR.

BÜLTENLERİMİZDE YAYINLANMAK ÜZERE HABER, YORUM VE DERLEME TİPİ YAZILARINIZI BEKLİYORUZ.

Page 7: TÜRK BİYOFİZİK DERNEĞİ · 2019-05-01 · -Biyofizik Ders Notları, Engin Bermek, Rüstem Nurten, Sina Gökçe, Demir Tiryaki, İstanbul, ... Serbest enerji ve denge dursayısı

TÜRK BİYOFİZİK DERNEGİ BÜLTENİ 7(3), Aral›k 2011 Dört ayda bir, yılda üç sayı yayınlanır 7

tamamlamış, 1980 yılında da biyofizik dalından doçent ünvanını almış, ve 1984 yılına kadar Dicle Üniversitesinde çalışmıştır.

Prof. Dr. İlhami Demirel, 1984 yılında yeni kurulmakta olan Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyofizik Anabilim Dalı'nda kurucu öğretim üyesi olarak göreve başlamıştır. Yeni kurulma aşamasında bulunan bir tıp fakültesinin imkanlarını öncelikle temel sağlık araçlarını karşılamak için kullanmak durumunda olması nedeniyle uzun yıllar laboratuar kurulumu ile ilgili imkanlar sağlanamamıştır. Prof. Dr. İlhami Demirel, araştırma olanaklarının çok kısıtlı olduğu 2000 yılına kadar geçen dönemde, tek başına eğitim öğretimi üstlenip, tıp fakültesinin, diş hekimliği fakültesinin, veteriner fakültesinin ilgili derslerini okutmuştur. Bu dönemde, Biyofizik ve Fizyoloji ABD Başkanlığı yanında, Temel Tıp Bilimleri Başkanlığı, Sağlık Bilimleri Enstitüsü Müdürlüğü görevlerini de yapmıştır.

2000 yılının başlarında anabilim dalına tahsis edilen bir laboratuar yeri ve ayrılan bir miktar bütçe ile laboratuar alt yapısı oluşturulabilmiştir. Yine aynı yıl Dr. Nizamettin Dalkılıç'ın anabilim dalına Yrd. Doç. Dr. olarak atanması ile gelişim süreci hızlanmıştır. Araştırma projeleri ve Yüksek lisans tez çalışmaları ile bu gelişim desteklenmiştir. 2005 yılında Dr. Murat Ayaz'ın da öğretim kadrosuna katılmasıyla 2007 yılında anabilim dalında doktora programı açma olanağı da doğmuştur.

Yirmialtı yıl önce tek başına başladığı bu yolculukta, Prof.Dr. İlhami Demirel, arkasında Prof. Dr. Nizamettin Dalkılıç, Öğr. Gör. Seçkin Tuncer ve Ar. Gör. İlksen Burat ve 2 doktora öğrencisinin de yer aldığı güçlü bir kadroyla eğitim öğretim ve araştırmayı başaran, ve uyum içinde

Prof. Dr. İlhami Demirel, 23 Ekim 1944 tarihinde Eskişehir Sivrihisar- Karakaya Köyünde doğmuş ve ilkokulu köyünde okumuştur. İlkokuldan sonra bir yıl süreyle köyünde çiftçilik yapan ailesinin yanında kalarak, o yıllarda henüz yeni başlamakta olan motorize ekipmanlarla, aile büyükleri o yaştaki bir çocuğun iş gücü olarak belki farkında olmasalar bile, ailesine yardım etmeye çalışmıştır.

Orta öğrenimine eski köy enstitülerinden biri olan ve Eskişehir Yunusemre İlkğretmen Okulu’nda başlamış olup 5 yıllık başarılı bir öğrencilik sonrası, 5 yıllık not ortalaması göz önüne alınarak öğretmenler kurulu tarafından Yüksek Öğretmen Okulu’na gönderilmek üzere seçilmiş, Ankara Yüksek Öğretmen Okulu’nda öğrenimine devam etmiştir.

Lisans eğitimini Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Fizik Bölümü’nde tamamladıktan sonra, ilk meslek hayatına o zamanki adıyla Diyarbakır Milli Eğitim Koleji’nde öğretmen olarak başlamıştır. Bu sırada Ankara Üniversitesi’ne bağlı olarak açılan Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Medikal Fizik Asistanlığı sınavını kazanarak Dicle Üniversitesi’nde 1971 yılında asistanlığa başlamıştır.

Aynı üniversitede 1975 yılında doktorasını

Prof. Dr. İLHAMİ DEMİREL

Emekli Oldu

TÜRK BİYOFİZİK DERNEGİ BÜLTENİ Nisan 2012; 18(1) Dört ayda bir, yılda üç sayı yayınlanır 7

Prof. Dr. İlhami Demirel

Page 8: TÜRK BİYOFİZİK DERNEĞİ · 2019-05-01 · -Biyofizik Ders Notları, Engin Bermek, Rüstem Nurten, Sina Gökçe, Demir Tiryaki, İstanbul, ... Serbest enerji ve denge dursayısı

TÜRK BİYOFİZİK DERNEGİ BÜLTENİ 7(3), Aral›k 2011 Dört ayda bir, yılda üç sayı yayınlanır 8

çalışan bir Anabilim Dalını arkasında bırakarak 23 Ekim 2011 tarihinde yaş haddinden emekli olmuştur.

Kendisine emeklilik yaşamında sağlık ve mutluluklar dileriz.

Prof. Dr. Nizamettin DalkılıçMeram Tıp Fakültesi Biyofizik AD Başkanı

Biyofizik Demeği Adına Sahibi: Ferit PehlivanYayın Kurulu: Ferit Pehlivan, Necla Öztürk, Nizamettin Dalkılıç

Editör: Ferit [email protected]

Yönetim Merkezi: Türk Biyofizik DerneğiElektronik Ortamda Yayın Tarihi: 17/Nisan/2012

TÜRK BİYOFİZİK DERNEGİ BÜLTENİ Nisan 2012; 18(1) Dört ayda bir, yılda üç sayı yayınlanır 8

Türk Biyofizik Derneğinin Kurucu Üyeleri arasında da yer alan

Prof. Dr. İlhami Demirel'eemeklilik yaşamında sağlık ve esenlikler

dileriz.Türk Biyofizik Derneği Yönetim Kurulu

Prof. Dr. İlhami Demirel, Anabilim Dalı Öğretim Elemanları ile.

Prof. Dr. İlhami Demirel, Anabilim Dalı Öğretim Elemanları ve Doktora Öğrencileri ile.