TÜRKİYE CUMHURİYETİ ANKARA ÜNİVERSİTESİ

SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

BAZI YENİ SÜLFONAMİDO BENZOKSAZOL TÜREVİ

BİLEŞİKLERİN SENTEZ, YAPI AYDINLATMASI,

ANTİMİKROBİYAL ETKİ VE

MOLEKÜLER MODELLEME ÇALIŞMALARI

Tuğba ERTAN-BOLELLİ

FARMASÖTİK KİMYA ANABİLİM DALI

DOKTORA TEZİ

DANIŞMAN

Prof. Dr. İlkay YILDIZ

2012- ANKARA

TÜRKİYE CUMHURİYETİ ANKARA ÜNİVERSİTESİ

SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ

BAZI YENİ SÜLFONAMİDO BENZOKSAZOL TÜREVİ

BİLEŞİKLERİN SENTEZ, YAPI AYDINLATMASI,

ANTİMİKROBİYAL ETKİ VE

MOLEKÜLER MODELLEME ÇALIŞMALARI

Tuğba ERTAN-BOLELLİ

FARMASÖTİK KİMYA ANABİLİM DALI

DOKTORA TEZİ

DANIŞMAN

Prof. Dr. İlkay YILDIZ

2012- ANKARA

ii

Ankara Üniversitesi Saglik Bilimleri Enstitüsü

Farmasötik Kimya Doktora Programi

çerçevesinde yürütülmüs olan bu çalisma, asagidaki jüri tarafindan,Doktora Tezi olarak kabul edilmistir.

Tez Savunma Tarihi: 20/03/2012

Prof. Dr. Sevim DALKARA

Hacettepe ÜniversitesiEczacilik Fakültesi

Jüri Baskani

Pro~mail YALÇINAnkara ÜniversitesiEczacilik Fakültesi

Prof. Dr. Esin AKLAnkara ÜniversitesiEczacilik Fakültesi

(Raportör)

Prof. Dr. IlkayYILDIZAnkara ÜniversitesiEczacilik Fakültesi

Prof.Dr.~n .Gazi Üniverslidi

Eczacilik Fakültesi

iii

İÇİNDEKİLER Kabul ve Onay iiİçindekiler iiiÖnsöz viiSimgeler ve Kısaltmalar viiiŞekiller ixÇizelgeler xvi 1. GİRİŞ 1

1.1. Antibiyotiklere Ait Genel Etki Mekanizmaları 71.1.1. Bakteri Hücre Duvar Sentezini Bozan ve Litik Enzimleri Aktive

Edenler

7

1.1.2. Hücre Membranının Permeabilitesini Bozanlar (Deterjan Etkisi Yapanlar)

8

1.1.3. Ribozomlardaki Protein Sentezini Bozanlar 81.1.4. Genetik Materyal Üzerine Etki Yapanlar (DNA ve RNA Sentezini

Bozanlar)

10

1.1.5. Bakteriyel Antimetabolitler 101.1.5.1. Sülfonamidlerin Etki Mekanizması 111.1.5.2. Enoil-Açil Taşıyıcı Protein (ACP) Redüktaz Enzim İnhibitörleri 121.1.5.3. Enoil-ACP Redüktazlar 141.2. Mikroorganizmaların Direnç Mekanizmaları 191.2.1. Doğal (İntrinsik) Direnç 201.2.2. Genetiğe Bağlı Olmayan Direnç (Çevre ve Şartlara Bağlı Direnç) 201.2.3. Kazanılmış (Kalıtsal, Genetik) Direnç 211.2.3.1. Kromozomal Direnç 211.2.3.2. Ekstrakromozomal Direnç 211.2.3.2.1. Plazmidlere Bağlı Direnç 221.2.3.2.2. Transpozonlara Bağlı Direnç 231.2.3.2.3. İntegronlar ve Mobil Gen Kasetlerine Bağlı Direnç 231.2.4. Direncin Biyokimyasal (veya Biyolojik) Mekanizmaları 241.2.4.1. İlacın Bağlandığı Hedef Bölgelerinde Değişiklik

(Hedef Modifikasyonu)

25

1.2.4.2. Enzimatik inaktivasyon 251.2.4.3. Hücre Zarı Geçirgenliğinde (Permeabilite) Azalma 261.2.4.4. Dışa Atım Pompaları (DAP-Efflux Pump) ile İlacın Dışarı Atılması 261.2.4.4.1. Primer Taşıyıcılar (ABC transporters) 281.2.4.4.2. Sekonder Taşıyıcılar (Secondary transporters) 291.2.4.5. Hedefin Aşırı Üretimi 331.3. Kemoterapötik Etkili Benzoksazol Türevleri 341.3.1. Antibakteriyel Etkili Benzoksazol Türevleri 341.3.2. Antifungal Etkili Benzoksazol Türevleri 551.3.3. Antitümör Etkili Benzoksazol Türevleri 671.4. Benzoksazol Türevlerinin Genel Sentez Yöntemleri 791.5. Moleküler Modelleme Teknikleri 1011.5.1. Reseptör Tabanlı İlaç Tasarımı 1021.5.1.1. Doking Yöntemi 1021.5.1.1.1. CDocker Yöntemi 1041.5.2. Ligand Tabanlı İlaç Tasarımı 1051.5.2.1. Farmakofor Analizi 1051.5.2.1.1. HipHop Yöntemi 105

iv

2. GEREÇ VE YÖNTEM 108

2.1. Elde Edilen Bileşiklerin Sentez, Saflaştırma İşlemleri ve Yapı

Analizlerinde Kullanılan Gereçler

108

2.1.1. Sentez, Saflaştırma ve Analiz İşlemlerinde Kullanılan Kimyasal Maddeler

108

2.1.2. Elde Edilen Bileşiklerin Mikrobiyolojik Etki İncelemelerinde Kullanılan Gereçler

109

2.1.3. Kullanılan Mikroorganizmalar 1102.2. Elde Edilen Bileşiklerin Sentez ve Saflaştırma Yöntemleri 1102.2.1. Elde Edilen 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-aminobenzoksazol

Türevi Başlangıç Bileşiklerinin Sentezi, Reaksiyon Denklemleri ve Saflaştırma Yöntemleri (Yöntem 1)

112

2.2.2. Elde Edilen 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-(4-nitrobenzen sülfonamido)benzoksazol Türevi Bileşiklerin Sentezi, Reaksiyon Denklemleri ve Saflaştırma Yöntemleri (Yöntem 2)

112

2.2.2.1. Yöntem 2a 1122.2.2.2. Yöntem 2b 1132.2.3. 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)

benzoksazol Türevi Bileşiklerin Sentezi, Reaksiyon Denklemleri ve Saflaştırma Yöntemleri (Yöntem 3)

1142.2.3.1. Yöntem 3a 1142.2.3.2. Yöntem 3b 1142.3. Elde Edilen Bileşiklerin Yapı Analiz Yöntemleri 1152.3.1 Sentezlenen Bileşiklerin IR Spektral Analizleri 1152.3.2 Sentezlenen Bileşiklerin 1H-NMR Spektral Analizleri 1152.3.3 Sentezlenen Bileşiklerin Kütle Spektral Analizleri 1162.3.4 Sentezlenen Bileşiklerin Elementel Analizleri 1172.4. Elde Edilen Bileşiklerin Mikrobiyolojik Etki Tayini Yöntemleri 1172.4.1 Mikrodilüsyon Yöntemi 1172.4.2 Mikropleyt Alamar Mavisi Yöntemi (MABA) 1182.5. Sentezlenen Bileşiklerin Mikrobiyolojik Etkilerinin İncelenmesinde

Kullanılan Mikroorganizmalar ve Özellikleri 119

2.5.1. Pseudomonas aeruginosa 1192.5.2. Escherichia coli 1202.5.3. Enterococcus faecalis 1202.5.4. Staphylococcus aureus 1212.5.5. Acinetobacter baumannii 1222.5.6. Candida albicans 1222.5.7. Candida krusei 1232.5.8. Mycobacterium tuberculosis 1242.6. Moleküler Modelleme Çalışmaları 1252.6.1. Doking Çalışmaları (CDocker Yöntemi) 1252.6.1.1. Dihidropteroat Sentetaz Enzimi ile Yapılan Doking Çalışması 1252.6.1.2. Enoil ACP Redüktaz Enzimi ile Yapılan Doking Çalışması 1272.6.2. Farmakofor Modelleme Çalışmaları (HipHop Yöntemi) 1302.6.2.1. Dihidropteroat Sentetaz Enzim İnhibitörleri ile Yapılan HipHop

Çalışması

130

2.6.2.2. Enoil-ACP Redüktaz Enzim İnhibitörleri ile Yapılan HipHop Çalışması

133

v

3. BULGULAR 136

3.1. Elde Edilen Bileşiklerin Sentez ve Analiz Bulguları 1363.1.1. 2-Fenil-5-aminobenzoksazol (1a) 1363.1.2. 2-(4-Klorofenil)-5-aminobenzoksazol (1b) 1373.1.3. 2-(4-Florofenil)-5-aminobenzoksazol (1c) 1393.1.4. 2-(4-Bromofenil)-5-aminobenzoksazol (1d) 1403.1.5. 2-(4-Etilfenil)-5-aminobenzoksazol (1e) 1413.1.6. 2-(4-Metilfenil)-5-aminobenzoksazol (1f) 1423.1.7. 2-(4-Metoksifenil)-5-aminobenzoksazol (1g) 1443.1.8. 2-Benzil-5-aminobenzoksazol (1h) 1463.1.9. 2-(4-Klorobenzil)-5-aminobenzoksazol (1i) 1473.1.10. 2-(4-Florobenzil)-5-aminobenzoksazol (1j) 1483.1.11. 2-(4-Bromobenzil)-5-aminobenzoksazol (1k) 1493.1.12. 2-(4-Metilbenzil)-5-aminobenzoksazol (1l) 1503.1.13. 2-Fenil-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2a) 1513.1.14. 2-(4-Klorofenil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2b) 1543.1.15. 2-(4-Florofenil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2c) 1573.1.16. 2-(4-Bromofenil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2d) 1603.1.17. 2-(4-Etilfenil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2e) 1633.1.18. 2-(4-Metilfenil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2f) 1663.1.19. 2-(4-Metoksifenil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2g) 1693.1.20. 2-Benzil-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2h) 1723.1.21. 2-(4-Klorobenzil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2i) 1753.1.22. 2-(4-Florobenzil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2j) 1783.1.23. 2-(4-Bromobenzil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2k) 1813.1.24. 2-(4-Metilbenzil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2l) 1843.1.25. 2-Fenil-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3a) 1873.1.26. 2-(4-Klorofenil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3b) 1903.1.27. 2-(4-Florofenil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3c) 1933.1.28. 2-(4-Bromofenil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3d) 1963.1.29. 2-(4-Etilfenil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3e) 1993.1.30. 2-(4-Metilfenil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3f) 2023.1.31. 2-(4-Metoksifenil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3g) 2053.1.32. 2-Benzil-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3h) 2083.1.33. 2-(4-Klorobenzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3i) 2113.1.34. 2-(4-Florobenzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3j) 2143.1.35. 2-(4-Bromobenzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3k) 2173.1.36. 2-(4-Metilbenzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3l) 2203.2. Elde Edilen Bileşiklerin Gözlenen Antibakteriyel ve Antifungal

Etkileri

223

3.3. Elde Edilen Bileşiklerin Gözlenen DAP (Efflux Pump) İnhibitör Etkileri

224

3.4. Moleküler Modelleme Çalışmaları 2253.4.1. Doking Çalışmaları (CDocker Yöntemi) 2253.4.1.1. Dihidropteroat Sentetaz Enzimi ile Yapılan Doking Çalışması 2253.4.1.2. Enoil-ACP Redüktaz Enzimi ile Yapılan Doking Çalışması 2283.4.2. Farmakofor Modelleme Çalışmaları (HipHop Yöntemi) 2313.4.2.1. Dihidropteroat Sentetaz Enzim İnhibitörleri ile Yapılan HipHop

Çalışması

231

3.4.2.2. Enoil-ACP Redüktaz Enzim İnhibitörleri ile Yapılan HipHop Çalışması

233

vi

4. TARTIŞMA 236

4.1. Sentezlenen Bileşiklerde Gözlenen Antibakteriyel Etki 2374.2. Sentezlenen Bileşiklerde Gözlenen Antifungal Etki 2394.3. Sentezlenen Bileşiklerde Gözlenen Antimikobakteriyel Etki 2404.3.1. Dihidropteroat Sentetaz Enzimi ile Ilişkili Moleküler Modelleme

Çalışmaları 2434.3.2. Enoil-ACP Redüktaz Enzimi ile Ilişkili Moleküler Modelleme

Çalışmaları 2514.4. Sentezlenen Bileşiklerde Gözlenen DAP (Efflux Pump) İnhibitör

Etki 260

5. SONUÇ ve ÖNERİLER 262

ÖZET 271

SUMMARY 272KAYNAKLAR 273ÖZGEÇMİŞ 295

vii

ÖNSÖZ

Tüm farklı antibiyotik gruplarına karşı bakteriler direnç geliştirebilmektedir. Bu durum araştırmacıları daha etkili ve daha az yan etkili yeni antimikrobiyal etkili ilaçların tasarlanması ve sentezlenmesi çalışmalarına yönlendirmekte, bu amaçla, bilgisayar destekli ilaç etken madde tasarım ve geliştirme çalışmaları da artan bir hızla devam etmektedir. Bu bilgiler doğrultusunda tez çalışmamızda bazı yeni sülfonamido benzoksazol türevi bileşiklerin sentezlenmesi, yapılarının aydınlatılması, antibakteriyel aktivitelerinin araştırılması ve moleküler modelleme çalışmaları ile yeni biyolojik aktif moleküllerin tasarlanması planlanmıştır. Bana ailem kadar yakın olan, çalışmalarım süresince bilgi ve deneyimleriyle bana yol gösteren, sadece tez çalışmalarımla değil her türlü sorunumla yakından ilgilenen ve tezimde de en az benim kadar emeği olan çok sevgili hocam Ankara Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitü Müdür Yardımcısı ve Farmasötik Kimya Anabilim Dalı Başkanı Sayın Prof. Dr. İlkay YILDIZ’a sonsuz teşekkürlerimi sunarım. Çalışmalarım sırasında deneyimleriyle bana yol gösteren, her zaman destek olan hocalarım Ankara Üniversitesi Rektör Danışmanı Sayın Prof. Dr. Esin AKI ve Ankara Üniversitesi Rektör Danışmanı Sayın Prof. Dr. İsmail YALÇIN’a sonsuz teşekkürlerimi sunarım. Çalışmalarım sırasında bana rahat bir çalışma ortamı sağlayan önceki dönem Farmasötik Kimya Anabilim Dalı Başkanı Sayın Prof. Dr. Erdem BÜYÜKBİNGÖL’e, Farmasötik Kimya Anabilim Dalı öğretim üyelerine ve tüm Anabilim Dalı personeline içtenlikle teşekkür ederim. Tez İzleme Komite’sindeki katkılarından dolayı Hacettepe Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya Anabilim Dalı öğretim üyesi Sayın Prof. Dr. Sevim Dalkara’ya ve çalışmalarım sırasındaki katkılarından dolayı Sayın Prof. Dr. Özlem TEMİZ-ARPACI’ya sonsuz teşekkürlerimi sunarım.

1H-NMR ve MASS spekral analizlerinde yardımlarını esirgemeyen Sayın Prof. Dr. Hakan GÖKER’e, ve Elementel Analiz çalışmalarını titizlikle yürüten, Sayın Dr. Ecz Mehmet ALP’e içtenlikle teşekkür ederim. Çalışmalarım sırasında destek ve yardımlarını esirgemeyen çok sevgili arkadaşlarım Sayın Uzm. Ecz. Serap YILMAZ, Sayın Uzm. Kimyager Sanaz ATAEİ, Sayın Ecz. Özüm ÖZTÜRK ve tüm araştırma görevlisi arkadaşlarıma sonsuz teşekkürlerimi sunarım. Mikrobiyolojik çalışmaların yapılmasında yardımcı olan Gazi Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı araştırma görevlisi Sayın Uzm. Mikrobiyolog Selda ÖZGEN’e, Gazi Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya Anabilim Dalı öğretim üyesi Sayın Prof. Dr. Tijen ÖNKOL’a ve Marmara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı öğretim üyesi Sayın Prof. Dr. Münevver Ufuk HASDEMİR’e içtenlikle teşekkür ederim. Varlıklarıyla bana güç veren, her zaman yanımda olan sevgili annem, babam ve kardeşime; tezimin hazırlanmasında ve çalışmalarım sırasında -aslında her konuda- yanımda olup, desteğini ve yardımını tüm içtenliğiyle sunan sevgili eşim Uzm. Ecz. Kayhan BOLELLİ’ye, sadece varlığıyla bile hayata umutla bakmamı sağlayan sevgili kızım Nil’e teşekkürlerimi sunarım. Doktora eğitimim boyunca verdiği destekten dolayı TUBİTAK-BİDEB’e sonsuz teşekkürlerimi sunarım.

viii

SİMGELER ve KISALTMALAR

µg mikrogram ABC ATP-Binding Cassette ACP Acyl Carrier Protein / Açil Taşıyıcı Protein AG102 marR1 mutant of AG100 selected on tetracycline Arg Arjinin Asn Asparajin Asp Aspartik asit ATCC The American Type Culture Collection CFU Colony Forming Units / Koloni Oluşturan Birim DAP Dışa Atım Pompası (Efflux Pump) DMF Dimetilformamid DMSO Dimetilsülfoksit DMSO-d6 6 protonu, 6 dötoryum ile değiştirilmiş dimetilsülfoksit ESI Elektrosprey İyonizasyonu Gly Glisin HIV Human Immunodeficiency Virus / İnsan Bağışıklık Yetmezlik Virüsü IR Infrared (Kızılötesi) Lys Lizin MATE Multidrug and Toxic Compound Extrusion Met Metiyonin MFS Major Facilitator Superfamily MHA Müeller-Hinton Agar MHB Müeller-Hinton Broth MİK Minimum İnhibisyon Konsantrasyonu MOPS 3-[N-Morfolino]-propan-sülfonik asit MW Mikrodalga NAD+ Nikotinamid Adenin Dinükleotid NCPPB National Collection of Plant Pathogenic Bacteria NMR Nükleer Manyetik Rezonans NMT N-miristoiltransferaz Phe Fenilalanin PPA Polifosforik asit PPE Polifosfat esteri PPSE Trimetilsililpolifosfat esteri ppm parts per million / milyonda bir birim PtP Pteridin monofosfat RND Resistance-Nodulation Division RPMI Roswell Park Memorial Institute SBMox2 Second-Step Mutant SDA Sabouraud Dekstroz Agar Ser Serin SLM Sabouraud Liquid Medium SMR Small Multidrug Resistance TFA Trifloroasetat TMP-SXT Trimetoprim-Sülfametoksazol TTFA Tristirilfloroasetat THF Tetrahidrofuran Tyr Tirozin

ix

ŞEKİLLER

Şekil 1.1. Benzoksazol halkası (a), adenin (b) ve guanin (c) bazları. 2Şekil 1.2. Kalsimisin (a) ve UK-1 (b) bileşikleri 3Şekil 1.3. Flunoksaprofen (R: F) ve Benoksaprofen (R: Cl) yapıları. 3Şekil 1.4. Pardoprunoks (a) ve Klorzoksazon (b) yapıları. 4Şekil 1.5. 2-Aminobenzoksazol türevleri. 4Şekil 1.6. Sülfametoksazol (a), Sülfasetamid (b) ve Sülfadoksin (c) yapıları. 4Şekil 1.7. Doktora tezi kapsamında sentezlenmesi tasarlanan bileşikler. 5Şekil 1.8. Benzimidazoilbenzensülfonamid türevleri. 5Şekil 1.9. Enoil-ACP redüktaz enzim inhibitörleri. 6Şekil 1.10. Sülfametoksazol (a) ve Trimetoprim (b). 11Şekil 1.11. Sülfonamidlerin Etki Mekanizması. 12Şekil 1.12. Yağ asidi sentez basamakları. 13Şekil 1.13. Açil Taşıyıcı Protein (ACP). 14Şekil 1.14. AG205 kodlu bileşik. 18Şekil 1.15. 45298 kodlu bileşik. 18Şekil 1.16. AFN-1252 ve Diazepin türevi (16c). 19Şekil 1.17. Primer taşıyıcılar (ABC transporters). 29Şekil 1.18. RND familyası genel yapısı. 30Şekil 1.19. Sentezlenen bazı antibakteriyel etkili benzoksazol türevleri. 34Şekil 1.20. Sentezlenen bazı antibakteriyel etkili benzoksazol türevleri. 34Şekil 1.21. Antitüberküloz etkisi incelenmiş benzoksazol türevleri. 35Şekil 1.22. Antitüberküloz etkisi incelenmiş benzoksazol türevleri. 35Şekil 1.23. Kalsimisin. 36Şekil 1.24. Tinopal AN (a) ve A-33853 (b) yapıları. 39Şekil 1.25. 2-Sübstitüe benzoksazol türevleri (1). 40Şekil 1.26. 2-Sübstitüe benzoksazol türevleri (2). 41Şekil 1.27. 2-(Sübstitüefenil-2-tiyazolilamino) benzoksazol türevi bileşikler. 41Şekil 1.28. Antibakteriyel etkisi incelenmiş sefalosporin türevleri. 42Şekil 1.29. K. pneumoniae’ye karşı yapı-etki ilişkileri incelenen bazı benzoksazol

ve analogu yapısındaki bileşikler.

42Şekil 1.30. Antibakteriyel etkisi incelenen benzoksazol türevi bileşik. 43Şekil 1.31. Bazı 2-(4-sübstitüefenil)-5-(sübstitüekarbonilamino)benzoksazol türevi

bileşikler.

43Şekil 1.32. β-Laktamaz inhibisyon özellikleri incelenen bileşikler. 44Şekil 1.33. Gram-pozitif bakterilere karşı etkili çıkan bazı amidinobenzazollerin. 44Şekil 1.34. Bazı 2-benzilsülfanilbenzoksazol türevi bileşikler. 45

Şekil 1.35. Kolavi ve ark. (2006) tarafından sentezlenen bileşikler. 45Şekil 1.36. Sum ve ark. (2003) tarafından sentezlenen bazı mannopeptimisin-β (b)

glikopeptit antibiyotiklerinin benzoksazol türevleri (a).

46Şekil 1.37. Benzoksazoliletoksipiperidon türevi bileşikler. 47Şekil 1.38. 4,6-Di-tert-bütil-2-sübstitüebenzoksazol ve 5,7-di-tert-bütil-2-

sübstitüebenzoksazol türevi bileşikler.

48Şekil 1.39. Rida ve ark. (2005) tarafından sentezlenen etkili benzoksazol türevi

bileşikler.

48Şekil 1.40. 2-[(Ariliden)siyanometil]-5-halo benzoksazol. 48Şekil 1.41. Psödopteroksazol (a) ve İleabetoksazol (b). 49Şekil 1.42. 5a ve 5b kodlu bileşikler. 49Şekil 1.43. 2-(2'-Hidroksinaftil)benzoksazol ve metal kompleksi. 50Şekil 1.44. 5-Kloro-2(3H)-benzoksazolinon türevi bileşikler. 50Şekil 1.45. 2-(Sübstitüefenil/benzil)-5-[(2-benzofuril)karboksamido]benzoksazol

türevi bileşikler.

51

x

Şekil 1.46. 2-Sübstitüe-5-etilsülfonil-benzoksazol türevi bileşikler. 51Şekil 1.47. 2,5-Disübstituebenzoksazol türevi bileşikler 52Şekil 1.48. Karboksamisin 53Şekil 1.49. Bacillus subtilis ATCC 6633’e karşı yapı-etki ilişkileri incelenen bazı

benzoksazol türevi bileşikler.

53Şekil 1.50. González-Chávez ve ark. (2011) tarafından sentezlenmiş

benzimidazoil benzensülfonamid türevleri.

54Şekil 1.51. Benzoksazol ve analoğu yapısındaki antifungal etkili bileşikler. 56Şekil 1.52. 2,5-Disübstitüebenzoksazol türevleri 57Şekil 1.53. 2,5-Disübstitüebenzoksazol türevleri ve analogları 57Şekil 1.54. Antifungal etkileri incelenen bazı benzoksazol ve analogları olan

oksazolo(4,5-b)piridin, benzotiyazol ve benzimidazol türevleri

58Şekil 1.55. Antifungal etkili benzoksazol ve oksazolo(4,5-b)piridin türevi bileşikler. 58Şekil 1.56. Gershon ve arkadaşlarının fungusit etkili bulduğu bazı benzoksazol

türevi bileşikler.

59Şekil 1.57. Bazı 2-(4-sübstitüefenil)-5-(sübstitüekarbonilamino)benzoksazol türevi

bileşikler.

59Şekil 1.58. Antifungal etkileri incelenen bazı benzoksazol türevi bileşikler. 60Şekil 1.59. Antifungal etkileri incelenmiş bazı 2-[(benzazol-2-

il)tiyoasetilamino]tiyazol türevleri.

61Şekil 1.60. Benzoksazoliletoksipiperidon türevi bileşikler. 61Şekil 1.61. 2,5-Disübstituebenzoksazol türevi bileşikler. 62Şekil 1.62. 5a ve 5b kodlu bileşikler. 62Şekil 1.63. 2-(1'/2'-Hidroksinaftil)benzoksazol ve metal kompleksleri. 62Şekil 1.64. 5-Kloro-2(3H)-benzoksazolinon türevi bileşikler. 63Şekil 1.65. 2-(2'-Hidroksinaftil) benzoksazol ve 2-(2'-aminofenil)benzoksazol

bileşiklerinin organofosfat halleri.

63Şekil 1.66. 2-[(Benziliden)siyanometil]-5-halo benzoksazol türevleri. 64Şekil 1.67. 2-(Sübstitüefenil/benzil)-5-[(2-benzofuril)karboksamido]benzoksazol

türevi bileşikler.

64Şekil 1.68. 2-Sübstitüe-5-etilsülfonil-benzoksazol türevi bileşikler. 65Şekil 1.69. 6 kodlu bileşik. 65Şekil 1.70. 8a-h kodlu bileşikler. 65Şekil 1.71. 1-[(Benzoksazol-2-il)tiyoasetil]-3,5-diaril-2-pirazolin türevi bileşikler. 66Şekil 1.72. 2,5-Disübstitüe benzoksazol türevi. 66Şekil 1.73. 4-Siyano-N,N,5-trimetil-7-[(3S)-3-metil-3-(metilamino)pirolidin-1-il]-6-

fenil-1,3-benzoksazol-2-karboksamid (16b).

67Şekil 1.74. 2-(2-(Benzodioksan-5-il)sitiril)benzoksazol yapısı. 67Şekil 1.75. Flavon asetik asit (a) ve 2-fenil-7-benzoksazol asetik asit (b) yapıları. 67Şekil 1.76. Denny ve arkadaşlarının antitümöral etkilerini inceledikleri benzoksazol

türevleri.

68Şekil 1.77. Rao ve Lown’un (1991) sentezlediği bisbenzazol türevi bileşikler. 68Şekil 1.78. UK-1 ve türevleri. 69Şekil 1.79. Benzoksazol yapısı taşıyan kamptotesin türevi bileşik. 70Şekil 1.80. 3D-QSAR çalışması yapılan bazı benzazol türevi bileşiklerin genel

formülü.

71Şekil 1.81. 5-(4-Nitrobenzamido)-2-benzilbenzoksazol (a), 6-metil-2-(2-

klorofenil)benzoksazol (b) ve 5-(4-nitrofenoksiasetamido)-2-fenilbenzoksazol (c) bileşiği.

71Şekil 1.82. Rida ve arkadaşları tarafından antitümör etkileri incelenen benzoksazol

türevleri.

72Şekil 1.83. Huang ve ark. (2006) tarafından sentezlenen UK-1 türevi bileşik. 72Şekil 1.84. Sławiński ve Brzozowski (2006) tarafından sentezlenen bileşikler. 73Şekil 1.85. Antümöral etkili benzoksazol türevi bileşikler. 74Şekil 1.86. Tekiner-Gulbas ve ark. (2007) tarafından 2D-QSAR çalışması yapılan

bileşikler.

74Şekil 1.87. Oksuzoglu ve ark. tarafından 2007 yılında benzimidazol ve

benzoksazol türevi bileşikler.

75

xi

Şekil 1.88. 22 kodlu bileşik. 76Şekil 1.89. Benzoksazol ve benzimidazol türevleri (1-18). 76Şekil 1.90. 6k kodlu bileşik. 77Şekil 1.91. Jauhari ve ark. (2008) tarafından sentezlenen benzoksazol türevleri. 77Şekil 1.92. 5-Floro-2-sübstitüefenil benzoksazol türevleri. 78Şekil 1.93. Karboksamisin. 78Şekil 1.94. 2-((2-((Benz[d]oksazol-2-il)metoksi)fenoksi)metil)benzoksazol-metal

kompleksi.

78Şekil 1.95. Nakijinol B (3) ve onun asetilli türevi (6). 79Şekil 1.96. 2-(Siklikamino)-1,3-benzoksazol (5a–k), 5-kloro-3-(3-kloropropil)- 1,3-

benzoksazol-2(3H)-on (8) ve 3-[3-(siklikamino)-propil]-1,3-benzoksazol-2(3H)-on (9a–f) türevleri.

79Şekil 1.97. 2-Aminofenol ile asit anhidrit, amidin, açil klorür ve amid kullanarak

benzoksazol halkası eldesi.

80Şekil 1.98. Benzoksazol halkası sisteminin 2-aminofenol ve nitril kullanarak eldesi. 80Şekil 1.99. Desai ve arkadaşlarının (1934) 2-hidroksibenzoksazol eldesi. 80Şekil 1.100. 2-Fenilbenzoksazol sentezi. 81Şekil 1.101. Witkop ve Patrick’in (1952) 2-fenilbenzoksazol sentezi. 81Şekil 1.102. Hamer’ın (1959) 2-benzilbenzoksazol eldesi. 81Şekil 1.103. Iizuka ve arkadaşlarının (1963) 2-(4-nitrofenil)-5-metilbenzoksazol

sentezi.

82Şekil 1.104. Anilid yapılarından hareketle benzoksazol türevlerinin sentezi. 82Şekil 1.105. 2-Aminobenzoksazol ve 2-benzoilaminobenzoksazol eldesi. 82Şekil 1.106. Royer ve arkadaşlarının (1969) benzoksazol halkası eldesi. 83Şekil 1.107. 2-Aminofenolün uygun asit esteri ile reaksiyonu sonucu benzoksazol

halkası sentezi.

83Şekil 1.108. Benzoksazol-2-karboksilikasit metil esteri sentezi. 83Şekil 1.109. Wright’ın (1972) 2-(2-piridil)-5-benzoksazolilasetik asit eldesi. 84Şekil 1.110. 2-Aminofenolün uygun asit klorürü ile reaksiyonu sonucu benzoksazol

halkası eldesi.

84Şekil 1.111. Benzoksazol ve analoglarının sentezi. 84Şekil 1.112. Fokken ve arkadaşlarının (1977) 2-sübstitüebenzoksazol sentezi. 85Şekil 1.113. Rabilloud ve Sillon’un (1979) benzoksazol ve analog yapılarını sentezi. 85Şekil 1.114. Dryanska ve Ivanov’un (1980) benzoksazol katım ürünleri. 85Şekil 1.115. 5-Nitro-2-fenilbenzoksazol sentezi. 85Şekil 1.116. El-Sheikh ve arkadaşlarının (1981) 2-fenilbenzoksazol sentezi. 86Şekil 1.117. 2-Triklorometilbenzoksazol sentezi. 86Şekil 1.118. Piroliz yoluyla 2-fenilbenzoksazol sentezi. 86Şekil 1.119. 2-Alkoksibenzoksazol eldesi. 87Şekil 1.120. 2-(2-Feniletoksi)benzoksazol eldesi. 87Şekil 1.121. 2-Alkilaminobenzoksazol sentezi. 87Şekil 1.122. 3-Piridilmetiltiyobenzoksazol sentezi. 88Şekil 1.123. Aril/alkilaminobenzoksazol türevi bileşiklerin sentezi. 88Şekil 1.124. Taylor ve arkadaşlarının (1986) benzoksazol halkası sentezi. 88Şekil 1.125. 2-(3-Nitrofenil)oksimetilbenzoksazol eldesi. 89Şekil 1.126. Schiff bazı kullanarak benzoksazol halkası eldesi. 90Şekil 1.127. Bisbenzoksazol eldesi. 90Şekil 1.128. Polifosforik asit varlığında benzoik asit ve 2-aminofenolden hareketle

2-fenil benzoksazol yapısının oluşum mekanizması.

91Şekil 1.129. PPE (a) ve PPSE (b) yapıları. 92Şekil 1.130. PPA, PPE ve PPSE katalizörlüğünde benzoksazol halkası eldesi. 92Şekil 1.131. 2-Merkaptobenzoksazol sentezi. 93Şekil 1.132. Katı faz sentezi ile benzoksazol sentezi 93Şekil 1.133. DeLuca ve Kerwin (1997) tarafından yapılan 2-arilbenzoksazol sentezi 93Şekil 1.134. 2-(Bromodiflorometil)benzoksazol sentezi. 94Şekil 1.135. Kim ve arkadaşlarının (1999) sentezlediği benzoksazol ürünü. 94Şekil 1.136. Kim ve Lee’nin (2001) 2-fenilbenzoksazol sentezi. 95Şekil 1.137. Marcos-Fernandez ve arkadaşlarının (2001) benzoksazol eldesi. 95

xii

Şekil 1.138. Pardal ve arkadaşlarının (2002) benzoksazol halkasının kuaterner amonyum tuzlarını eldesi.

95

Şekil 1.139. Mikrodalga kullanarak benzoksazol halkası ve anologlarının sentezi. 96Şekil 1.140. 2-Aminofenol ile asit klorürlerin mikrodalga ile benzoksazol halkası

oluşturma denklemi.

96Şekil 1.141. Brom kullanılarak yapılan siklizasyon yöntemi ile benzotiyazol

türevlerinin eldesi.

96Şekil 1.142. Sun ve arkadaşlarının (2004a,b) benzoksazol halkası eldesi. 97Şekil 1.143. Wang ve ark. (2006) tarafından mikrodalga yöntemiyle benzoksazol ve

benzimidazol sentezi.

97Şekil 1.144. Brom kullanılarak yapılan siklizasyon yöntemi ile benzoksazol

türevlerinin eldesi.

98Şekil 1.145. Benzoksazol, benzotiyazol, benzimidazol ve oksazolo[4,5-b]piridin

türevi bileşiklerin sentezi.

98Şekil 1.146. Viirre ve ark. (2008) tarafından CuI katalizörlüğünde yapılan

benzoksazol sentezi.

99Şekil 1.147. 1-Bütil-3-metil imidazolyum tetraflouroborat [(bmim)BF4] kullanılarak

yapılan benzoksazol sentezi.

99Şekil 1.148. June Lee ve arkadaşları (2009) tarafından ortoesterler kullanılarak

yapılan benzoksazol sentezi.

100Şekil 1.149. In(OTf)3 [indiyum(III)triflorometansülfonat] varlığında yapılan

benzoksazol sentezi.

100Şekil 1.150. FeCl3 katalizli, aerobik bir oksidasyon reaksiyonu ile benzoksazol,

benzotiyazol ve benzimidazol türevi bileşiklerin sentezi.

100Şekil 1.151. Rasyonel ilaç etken madde tasarım yöntemleri. 101Şekil 1.152. Moleküler modelleme teknikleri kullanılarak geliştirilmiş ilaç molekülleri. 106Şekil 2.1. 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-aminobenzoksazol Türevi Başlangıç

Bileşiklerinin Sentezi

112Şekil 2.2. 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol

Türevi Bileşiklerin Sentezi.

113Şekil 2.3. 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol

Türevi Bileşiklerin Sentezi.

114Şekil 2.4. Pteridin monofosfat (PtP)(referans ligand). 125Şekil 2.5. Referans ligand (pteridin monofosfat) (PDB’tan alınan kristal yapı, yeşil

renk) ve doking sonucu bulunan en uygun konformasyon (pembe renk).

126

Şekil 2.6. PtP bağlanma yöresi. 126Şekil 2.7. Pteridin monofosfatın Asp21 (sarı), Ser53 (yeşil), Asn105 (mavi),

Asp177 (pembe), Lys213 (mor) ve 2 H2O ile yaptığı hidrojen bağları.

127Şekil 2.8. S1 kodlu pirolidin karboksamid yapısındaki referans ligand. 128Şekil 2.9. Referans ligand (S1) (PDB’tan alınan kristal yapı, yeşil renk) ve doking

sonucu bulunan en uygun konformasyon (pembe renk).

128Şekil 2.10. S1 kodlu molekülün Tyr158 (pembe) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen

bağları.

129Şekil 2.11. HipHop çalışması sonucu uygun bulunan hipotez (Hipotez 1). 131Şekil 2.12. Sülfametoksazolün Hipotez 1 ile haritalanması. 132Şekil 2.13. PABA’nın Hipotez 1 ile haritalanması. 132Şekil 2.14. HipHop çalışması sonucu uygun bulunan hipotez (Hipotez 2). 134Şekil 2.15. S1 kodlu bileşiğin Hipotez 2 ile haritalanması. 135Şekil 2.16. Gallokateşin gallatın Hipotez 2 ile haritalanması. 135Şekil 3.1. 1b kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 138Şekil 3.2. 1b kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 138Şekil 3.3. 1f kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu 143Şekil 3.4. 1f kodlu bileşiğin MASS spektrumu 143Şekil 3.5. 1g kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 145Şekil 3.6. 1g kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 145Şekil 3.7. 2a kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 152Şekil 3.8. 2a kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 153

xiii

Şekil 3.9. 2a kodlu bileşiğin IR spektrumu. 153Şekil 3.10. 2b kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 155Şekil 3.11. 2b kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 156Şekil 3.12. 2b kodlu bileşiğin IR spektrumu. 156Şekil 3.13. 2c kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu 158Şekil 3.14. 2c kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 159Şekil 3.15. 2c kodlu bileşiğin IR spektrumu. 159Şekil 3.16. 2d kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 161Şekil 3.17. 2d kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 162Şekil 3.18. 2d kodlu bileşiğin IR spektrumu. 162Şekil 3.19. 2e kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 164Şekil 3.20. 2e kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 165Şekil 3.21. 2e kodlu bileşiğin IR spektrumu. 165Şekil 3.22. 2f kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 167Şekil 3.23. 2f kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 168Şekil 3.24. 2f kodlu bileşiğin IR spektrumu. 168Şekil 3.25. 2g kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 170Şekil 3.26. 2g kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 171Şekil 3.27. 2g kodlu bileşiğin IR spektrumu. 171Şekil 3.28. 2h kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 173Şekil 3.29. 2h kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 174Şekil 3.30. 2h kodlu bileşiğin IR spektrumu. 174Şekil 3.31. 2i kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 176Şekil 3.32. 2i kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 177Şekil 3.33. 2i kodlu bileşiğin IR spektrumu. 177Şekil 3.34. 2j kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 179Şekil 3.35. 2j kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 180Şekil 3.36. 2j kodlu bileşiğin IR spektrumu. 180Şekil 3.37. 2k kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu 182Şekil 3.38. 2k kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 183Şekil 3.39. 2k kodlu bileşiğin IR spektrumu. 183Şekil 3.40. 2l kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu 185Şekil 3.41. 2l kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 186Şekil 3.42. 2l kodlu bileşiğin IR spektrumu. 186Şekil 3.43. 3a kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 188Şekil 3.44. 3a kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 189Şekil 3.45. 3a kodlu bileşiğin IR spektrumu. 189Şekil 3.46. 3b kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 191Şekil 3.47. 3b kodlu bileşiğin MASS spektrumu 192Şekil 3.48. 3b kodlu bileşiğin IR spektrumu. 192Şekil 3.49. 3c kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 194Şekil 3.50. 3c kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 195Şekil 3.51. 3c kodlu bileşiğin IR spektrumu. 195Şekil 3.52. 3d kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 197Şekil 3.53. 3d kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 198Şekil 3.54. 3d kodlu bileşiğin IR spektrumu. 198Şekil 3.55. 3e kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 200Şekil 3.56. 3e kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 201Şekil 3.57. 3e kodlu bileşiğin IR spektrumu. 201Şekil 3.58. 3f kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 203Şekil 3.59. 3f kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 204Şekil 3.60. 3f kodlu bileşiğin IR spektrumu. 204Şekil 3.61. 3g kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu 206Şekil 3.62. 3g kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 207Şekil 3.63. 3g kodlu bileşiğin IR spektrumu 207Şekil 3.64. 3h kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 209Şekil 3.65. 3h kodlu bileşiğin MASS spektrumu 210Şekil 3.66. 3h kodlu bileşiğin IR spektrumu. 210

xiv

Şekil 3.67. 3i kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 212Şekil 3.68. 3i kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 213Şekil 3.69. 3i kodlu bileşiğin IR spektrumu. 213Şekil 3.70. 3j kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 215Şekil 3.71. 3j kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 216Şekil 3.72. 3j kodlu bileşiğin IR spektrumu. 216Şekil 3.73. 3k kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 218Şekil 3.74. 3k kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 219Şekil 3.75. 3k kodlu bileşiğin IR spektrumu. 219Şekil 3.76. 3l kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu. 221Şekil 3.77. 3l kodlu bileşiğin MASS spektrumu. 222Şekil 3.78. 3l kodlu bileşiğin IR spektrumu. 222Şekil 3.79. 1a kodlu bileşiğin Asp86 (turuncu) ve 2H2O ile yaptığı hidrojen bağları. 226Şekil 3.80. 1f kodlu bileşiğin Ser53 (yeşil) ve 1H2O ile yaptığı hidrojen bağları. 227Şekil 3.81. 2c kodlu bileşiğin Asp86 (turuncu), Lys213 (mor) ve 2H2O ile yaptığı

hidrojen bağları.

227Şekil 3.82. 3k kodlu bileşiğin Asp86 (turuncu), Ser53 (yeşil) ve 3H2O molekülü ile

yaptığı hidrojen bağları.

228Şekil 3.83. 1a kodlu molekülün Gly96 (mavi) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen

bağları.

230Şekil 3.84. 2c kodlu molekülün NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen bağları. 230Şekil 3.85. 3g kodlu molekülün Met98 (yeşil) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen

bağları.

231Şekil 3.86. 1a kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. 232Şekil 3.87. 3k kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. 232Şekil 3.88. 2c kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. 233Şekil 3.89. 1a kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. 234Şekil 3.90. 1l kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. 234Şekil 3.91. 3l kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. 235Şekil 3.92. 2c kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. 235Şekil 4.1. Doktora tezi kapsamında sentezlenen bileşikler. 236Şekil 4.2. Reaksiyon denklemleri. 237Şekil 4.3. Sülfametoksazol molekülünün Lys213 (mor) ve Arg253 (kırmızı) ve

3H2O ile yaptığı hidrojen bağları.

245Şekil 4.4. PABA molekülünün Asp86 (turuncu) ve 2H2O ile yaptığı hidrojen

bağları.

246Şekil 4.5. 1a kodlu bileşiğin Asp86 (turuncu) ve 2H2O ile yaptığı hidrojen bağları. 246Şekil 4.6. 1f kodlu bileşiğin Ser53 (yeşil) ve 1H2O ile yaptığı hidrojen bağları. 247Şekil 4.7. 2c kodlu bileşiğin Asp86 (turuncu), Lys213 (mor) ve 2H2O ile yaptığı

hidrojen bağları.

247Şekil 4.8. 3k kodlu bileşiğin Ser53 (yeşil), Asp86 (turuncu) ve 3H2O molekülleri

ile yaptığı hidrojen bağları.

248Şekil 4.9. Sülfametoksazolün hipotez ile haritalanması. 249Şekil 4.10. PABA’nın hipotez ile haritalanması. 249Şekil 4.11. 1a kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. 250Şekil 4.12. 3k kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. 250Şekil 4.13. 2c kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. 251Şekil 4.14. Isoniazid molekülünün Tyr158 (pembe) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı

hidrojen bağları.

254Şekil 4.15. Gallokateşin Gallat’ın Gly96 (mavi), Met98 (yeşil) ve NAD+ (sarı) ile

yaptığı hidrojen bağları. 254

Şekil 4.16. 1a kodlu molekülün Gly96 (mavi) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen bağları.

255

Şekil 4.17. 2c kodlu molekülün NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen bağları. 255Şekil 4.18. 3g kodlu molekülün MET98 (yeşil) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen

bağları.

256Şekil 4.19. S1 kodlu bileşiğin Hipotez 2 ile haritalanması. 257Şekil 4.20. Gallokateşin gallatın Hipotez 2 ile haritalanması. 257

xv

Şekil 4.21. 1a kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. 258Şekil 4.22. 1l kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. 258Şekil 4.23. 3l kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. 259Şekil 4.24. 2c kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. 259Şekil 5.1. T1 kodlu bileşik. 265Şekil 5.2. T1 kodlu bileşiğin Ser53 (yeşil), Asp86 (turuncu), Lys213 (mor) ve H2O

molekülü ile yaptığı H bağları.

266Şekil 5.3. T1 kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. 266Şekil 5.4. Q1 kodlu bileşik. 268Şekil 5.5. Q1 kodlu bileşiğin Tyr158 (pembe) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen

bağları.

269Şekil 5.6. Q1 kodlu bileşiğin Hipotez 2 ile haritalanması. 269

xvi

ÇİZELGELER

Çizelge 1.1. Enoil-ACP Redüktazlar ve Bulundukları Bazı Bakteriler. 14Çizelge 1.2. Bilinen bazı Enoil-ACP Redüktaz İnhibitörleri. 15Çizelge 1.3. Bazı antibiyotiklere karşı gelişen direnç mekanizmaları. 24Çizelge 1.4. Antibiyotiklerin inaktivasyonunda gözlenen enzimatik yollar 26Çizelge 1.5. Bilinen bazı DAP inhibitörleri. 31Çizelge 1.6. DAP inhibitörü özellikleri tespit edilen antibiyotikler. 33Çizelge 1.7. Bazı kalsimisin türevi bileşikler. 37Çizelge 1.8. Frankamidin çeşitli bakteri kültürlerinde %50 büyüme inhibisyonu

(IC50) olarak belirlenmiş antibakteriyel aktivitesi.

38Çizelge 1.9. Bazı 2-[(benzazol-2-il)tiyoasetilamino]tiyazol türevi bileşiklerin ve

analog yapılarının saptanan MİK değerleri (μg/ml).

46Çizelge 1.10. Arısoy ve ark. (2008) tarafından yapılan QSAR çalışması sonucu

bulunan eşitlikler.

52Çizelge 1.11. QSAR çalışmaları sonucu bulunan eşitlikler. 54Çizelge 1.12. Frankamidin modifiye disk difüzyon yöntemiyle mantarların

büyümesi üzerindeki inhibitör etkisi.

60Çizelge 1.13. Lozano ve ark. (1998) tarafından sentezlenen bazı benzoksazol ve

benzotiyazol yapıları içeren cis-platin kompleksleri.

70Çizelge 1.14. Tekiner-Gulbas ve ark. tarafından yapılan QSAR çalışması sonucu

bulunan eşitlikler.

75Çizelge 2.1. Sentezlenen benzoksazol türevi bileşikler ve sentez yöntemleri. 111Çizelge 2.2. HipHop farmakofor modellemesi için kullanılan çalışma serisi. 130Çizelge 2.3. HipHop farmakofor çalışmasında kullanılan ve elde edilen değerler. 131Çizelge 2.4. HipHop farmakofor modellemesi için kullanılan çalışma serisi. 133Çizelge 2.5. HipHop farmakofor çalışmasında kullanılan ve elde edilen değerler. 134Çizelge 3.1. Sentezlenen bileşiklerin ve kullanılan standart antibiyotiklerin

gözlenen in vitro antimikrobiyal MİK değerleri (μg/ml).

223Çizelge 3.2. DAP inhibitör etkileri test edilen bileşiklerde A. baumanii SbMOX-2

ve E. coli AG102 suşlarına karşı gözlenen MİK değerleri (µg/mL).

224Çizelge 3.3. Siprofloksazin ve kloramfenikolün bazı test serisi bileşiklerle birlikte

kullanıldıklarında E. coli AG102 ve A. baumannii SBMox2 suşlarına karşı gözlenen MİK değerleri.

225Çizelge 3.4. Dihidropteroat sentetaz enzimi üzerinde yapılan CDOCKER

çalışması sonucu bulunan enerji değerleri ve H bağları.

225Çizelge 3.5. Enoil-ACP redüktaz enzimi üzerinde yapılan CDOCKER çalışması

sonucu bulunan enerji değerleri ve H bağları.

229Çizelge 4.1. Sentezlenen bileşiklerin ve kullanılan standart antibiyotiklerin

gözlenen in vitro antimikrobiyal MİK değerleri (μg/ml).

241Çizelge 4.2. Dihidropteroat sentetaz enzimi üzerinde yapılan CDOCKER

çalışması sonucu bulunan enerji değerleri ve H bağları.

243Çizelge 4.3. Enoil-ACP redüktaz enzimi üzerinde yapılan CDOCKER çalışması

sonucu bulunan enerji değerleri ve H bağları.

252Çizelge 4.4. DAP inhibitör etkileri test edilen bileşiklerde A. baumanii SbMOX-2

ve E. coli AG102 suşlarına karşı gözlenen MİK değerleri.

260Çizelge 4.5. Siprofloksazin ve kloramfenikolün bazı test serisi bileşiklerle birlikte

kullanıldıklarında E. coli AG102 ve A. baumannii SBMox2 suşlarına karşı gözlenen MİK değerleri.

261Çizelge 5.1. Dihidropteroat sentetaz enzimi üzerine yüksek etki gösterebileceği

düşünülen bileşikler ve moleküler modelleme çalışmaları sonuçları.

267Çizelge 5.2. Enoil-ACP redüktaz enzimi üzerine yüksek etki gösterebileceği

düşünülen bileşikler ve moleküler modelleme çalışmaları sonuçları.

270

1

1. GİRİŞ

Antibiyotikler tüm dünyada en çok kullanılan ilaçlar arasında ilk sıralarda yer

almaktadır. Gelişmekte olan ülkelerin sağlık bütçelerinin %35’i antibiyotiklere

harcanmaktadır. Ülkemizdeki ilaç pazarının %23 kadarını antibiyotikler

oluşturmaktadır. Ne yazık ki, bu denli sık kullanılan ve maliyetleri de oldukça yüksek

olan bu ilaçların gereksiz ve uygunsuz kullanımları sonucunda tedavi başarısızlığı,

mortalite, maliyet, direnç nedeni ile mevcut antibiyotiklerin artık kullanılamaması ve

yeni antimikrobiyallere gereksinim gibi sonuçlar ortaya çıkmaktadır. Oysa yeni bir

antibiyotiğin geliştirilmesi hem uzun yıllar almakta, hem de bu çalışmaların

maliyetleri oldukça yüksek olmaktadır. Bu nedenle, yeni antibiyotik geliştirilmesi için

olasılıklar giderek azalmaktadır (Saltoğlu, 2005).

Yeni rezistans mekanizmaları ile çok tehlikeli hale gelen metisilin-rezistans

Staphylococcus aureus (MRSA), multi-ilaç rezistans (MDR) Mycobacterium

tuberculosis gibi bakteri suşlarına etkili metisilin, vankomisin, rifamisin ve benzeri

çeşitli antibiyotik sınıflarına karşı eşzamanlı rezistans gelişimi bildirilmiştir (Alanis,

2005; Yoneyama ve ark., 2006). Bu durum, araştırmacıları daha etkili ve daha az

yan etkili yeni antimikrobiyal etkili ilaçların tasarlanması ve sentezlenmesi

çalışmalarına yöneltmektedir.

Araştırmalar, heterosiklik çekirdek taşıyan yapıların oldukça güçlü mikrobiyolojik

etkiye sahip olduğunu göstermektedir (Daidone ve ark., 1990). Benzoksazol halka

sistemi nükleik asitlerin yapısında yer alan heterosiklik adenin ve guanin bazlarının

yapısal benzeri olduğu için, bu halka sistemini taşıyan türevlerin mikrobiyolojik

aktivitelerini nükleik asit sentezini inhibe ederek gösterebilecekleri düşünülmektedir

(Şekil 1.1.). Bu nedenle, son yıllarda bu türevler üzerindeki çalışmalar giderek

artmaktadır. Bugüne dek yapılan araştırmalar benzoksazol halkasının 2.

konumundan sübstitüsyonunun etki şeklini (Bywater ve ark., 1945; Rips ve ark.,

1971; Dunwell ve Evans, 1977), 5. konumundan sübstitüsyonunun ise etki şiddetini

belirlediğini göstermektedir (Dunwell ve ark., 1975; Evans ve ark., 1975; Dunwell ve

Evans, 1977; Pedini ve ark., 1990). Yapılan araştırmalar benzoksazol ve

analoglarının mikrobiyolojik aktivite yönünden kayda değer sonuçlar veren bileşikler

olduğunu ortaya koymaktadır (Cutting ve ark., 1948; Cossey ve ark., 1963; Cossey

ve ark., 1966; Haskell ve ark., 1970; Şener ve ark., 1986a; Şener ve ark., 1987a;

2

Yalçın ve ark., 1990; Yalçın ve ark., 1992; Yalçın ve ark., 1993; Yıldız-Ören ve ark.,

2004a; Temiz-Arpacı ve ark., 2005a; Kolavı ve ark., 2006; Tekiner-Gülbaş ve ark.,

2007b; Hegde, 2007; Temiz-Arpacı ve ark., 2008; Jauhari ve ark., 2008 Arisoy ve

ark., 2008; Alper-Hayta ve ark., 2008; Ertan ve ark., 2009; Kumar ve ark., 2010;

Kuroyanagi ve ark., 2010; Özdemir ve ark., 2010; Anand ve ark., 2011; Kuroyanagi

ve ark., 2011).

Şekil 1.1. Benzoksazol halkası (a), adenin (b) ve guanin (c) bazları.

Yapısında benzoksazol halkası taşıyan Streptomyces chartreusis (NRRL 3882)

suşundan semisentetik olarak elde edilen kalsimisin (Şekil 1.2.) adlı bileşik, Bacillus

ve Micrococcus türlerinin de içinde bulunduğu bazı Gram-pozitif bakterilere karşı

etkili bulunmuştur (Prudhomme ve ark., 1986b; Boeckman ve ark., 1991; Smith ve

ark., 1976). Yine kalsimisinin 3-hidroksi-11,15-desmetil türevi olan rotienosin ve 3-

demetilaminokalsimisin yapısındaki sezomisin de Bacillus cereus, Bacillus

negaterium, Micrococcus luteus ve Streptomyces rimosus gibi suşlara karşı oldukça

etkili bulunmuştur (Albrecht-Gary ve ark., 1994; Yadav ve ark., 1998; Sarma ve ark.,

2003). Diğer bir kalsimisin analoğu olan 11-demetilsezomisin yapısındaki frankamid

(Çizelge 1.7.) ise, Bacillus subtilis, Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis

gibi mikroorganizmalara ve bazı patojenik fungus türlerine karşı son derece güçlüdür

(Haansuu ve ark., 2001; Klika ve ark., 2001). Kalsimisin, ayrıca iyonofor (iyon

taşıma) özelliğinden dolayı da kullanılmaktadır. Özellikle +2 yüklü iyonların (Ca+2,

Mg+2, Ba+2 v.s.) hücre zarından geçişini sağlarlar (Abbott ve ark., 1979). Bu

özelliklerinden dolayı bazı ilaçların lipozomlar içine hapsedilmesi sırasında

kullanılmaktadır. Yapılan bir çalışmada, topoizomeraz II inhibitörü olan topotekan

molekülü kalsimisin yardımı ile sfingomiyelin/kolesterol yapısındaki bir lipozomun

içine yerleştirilmiştir. Lipozom içindeki topotekanın %80 oranında hidrolizden

korunduğu ve böylece kandaki konsantrasyonunun daha uzun süre sabit kaldığı için

etkinliğinin serbest halde verilen topotekana göre daha yüksek olduğu gözlenmiştir

(Tardi ve ark., 2000). Kalsimisin, son yıllarda Sigma tarafından araştırma ve

geliştirme çalışmalarında kullanılmak üzere satışa sunulmuştur (Şekil 1.2.).

3

Benzoksazol halka sistemi sadece antimikrobiyal (Diez-Martinve ark., 1992) etki

açısından değil, aynı zamanda antiviral (Plemper ve ark., 2004), antiparkinson

(Wolf, 2003), non-steroidal antienflamatuar (Dong ve ark., 2005), topoizomeraz II

enzimi üzerindeki inhibitör etkileri nedeniyle antikanser (Pınar ve ark., 2004) ve daha

birçok kemoterapötik etki açısından da önemli bir halka sistemidir.

Actinomycetes 517-02 suşundan izole edilen ve benzoksazol çekirdeğine sahip UK-

1 adlı bileşiğin oldukça güçlü antitümöral aktiviteye sahip olduğu gözlenmiştir (Ueki

ve ark., 1993). 2008 yılında faz 1 klinik çalışmaları başarıyla tamamlanmıştır. WX-

UK1’in kapesitabin (Xeloda®) ile kombine olarak kullanımının test edildiği çalışmalar

sonucunda, ilaç kombinasyonu denenen 25 hastadan 23’ünün başarıyla tedavi

edildiği ve ciddi bir yan etkiye rastlanmadığı belirtilmiştir (Drug Information Online,

2012) (Şekil 1.2.).

Şekil 1.2. Kalsimisin (a) ve UK-1 (b) bileşikleri.

Günümüzde halen kullanımı devam eden veya geçmişte belli bir süre kullanılmış,

çeşitli terapötik etkilere sahip, benzoksazol halkası taşıyan ilaç molekülleri

bulunmaktadır. Örneğin; Benoksaprofen (Oraflex®, Opren®) ve Flunoksaprofen

(Priaxim®) (Şekil 1.3.) non-steroidal antienflamatuar etkili ilaçlardır. Osteoartrit ve

romatoit artrit tedavisinde kullanılmıştır. Hepatotoksik aktivite gösterdikleri

belirlendikten sonra kullanımları durdurulmuştur (Dong ve ark., 2005).

N

O

HO

OR

Şekil 1.3. Flunoksaprofen (R: F) ve Benoksaprofen (R: Cl) yapıları.

4

Pardoprunoks (SLV-308) Solvay firması tarafından geliştirilmiş antiparkinson etkili

bir bileşiktir (Şekil 1.4.). Faz 3 klinik çalışmaları yapılmıştır (Wolf, 2003; Bronzova ve

ark., 2010), fakat doza bağımlı olarak belirli yan etkiler gözlendiğinden daha ileri

çalışmaların yapılması gerektiği belirtilmiştir (Sampaio ve ark., 2011). Klorzoksazon

(Parafon®) oral yoldan kullanılan santral etkili kas gevşetici bir ilaçtır (Şekil 1.4.).

Periferik kaynaklı spazmlar olarak da isimlendirilen kas-iskelet kaynaklı spazmlara

karşı kullanılır. Tedaviye girdiği 1950'li yıllardan bu yana en yaygın kullanılan iskelet

kas gevşetici ilaç konumundadır (RxMediaPharma®, 2012). Patent alınmış bir

çalışmada da sülfonamid yapısı taşıyan bazı 2-aminobenzoksazol türevlerinin (Şekil

1.5.) HIV proteaz enzimi üzerinde oldukça iyi etkilerin olduğu gözlemlenmiştir.

Yapılan çalışmada HIV-1 ile enfekte olmuş ve denenen ilaç kombinasyonları ile

tedavi edilememiş hastalar üzerinde tedavi edici etkilerinin olduğu gözlenmiştir

(Tibotec Pharmaceuticals, 2003).

(a) (b)

Şekil 1.4. Pardoprunoks (a) ve Klorzoksazon (b) yapıları.

Şekil 1.5. 2-Aminobenzoksazol türevleri.

Ayrıca sülfonamid grubu taşıyan bileşiklerin yüksek antimikrobiyal etki gösterdikleri

bilinmektedir. Sülfametoksazol, sülfasetamid, sülfadoksin gibi sülfonamid türevi

antibiyotiklerin (Şekil 1.6.) klinikte halen kullanımları mevcuttur (Akgün ve ark., 2004;

RxMedia Pharma®, 2012)

(a) (b) (c)

Şekil 1.6. Sülfametoksazol (a), Sülfasetamid (b) ve Sülfadoksin (c) yapıları.

5

Tüm bu bilgiler ışığında; doktora tez çalışmamızda benzoksazol halka sisteminin 5.

konumundan sülfonamid grupları ile sübstitüsyonunun antimikrobiyal etkiyi arttırıcı

şekilde rol oynayacağı hipotezi ile 2. konumunda değişik elektronik, sterik ve

hidrofobik özelliklere sahip atom veya atom grupları ile sübstitüe edilmiş

benzoksazol türevi bileşikler tasarlanmıştır (Şekil 1.7.).

R: H, F, Cl, Br, CH3, OCH3, C2H5 R1: NO2, NH2 X: -, CH2

Şekil 1.7. Doktora tezi kapsamında sentezlenmesi tasarlanan bileşikler.

Yapılan bir çalışmada tasarladığımız benzoksazol türevi bileşiklerin yapısal analoğu

olan benzimidazol halkasına sahip benzimidazoilbenzensülfonamid türevi bileşiklerin

(Şekil 1.8.) yüksek antibakteriyel etki gösterdikleri tespit edilmiş ve hipotezimizi

destekler nitelikte olduğu görülmüştür (González-Chávez ve ark., 2011).

Şekil 1.8. Benzimidazoilbenzensülfonamid türevleri.

Sülfonamid türevi antibiyotiklerin dihidropteroat sentetaz enzimi üzerinden etki

gösteren PABA analogları oldukları bilinmektedir. Bu nedenle, dihidropteroat

sentetaz enzimi üzerinden yeni antibiyotiklerin geliştirilmesi için çalışmalar

yapılmaktadır (Nopponpunth ve ark., 1999; Babaoglu ve ark., 2004; Rao ve ark.,

2008; Hevener ve ark. 2009; Hevener ve ark., 2010; Qi ve ark., 2011; Krátký ve ark.,

2012). Ayrıca, son zamanlarda antibiyotik direncinin artmasıyla birlikte yeni

antibiyotiklerin geliştirilmesi çalışmalarında daha önce kullanılmamış hedefler de

belirlenmektedir; bu hedeflerden biri enoil-açil taşıyıcı protein (ACP) redüktaz

enzimidir. Bu konuda yapılan çalışmalarda sülfonamid grubu veya benzotiyazol,

benzimidazol gibi bisiklik halka sistemi taşıyan bazı moleküllerin (Şekil 1.9.) enoil-

6

ACP redüktaz inhibitör özelliklerinin bulunduğu tespit edilmiştir (Takahata ve ark.,

2006; Lu ve Tonge, 2008; Morde ve ark., 2009).

AG205

45298

Diazaborin C

Şekil 1.9. Enoil-ACP redüktaz enzim inhibitörleri.

Bu bilgiler doğrultusunda, doktora tez çalışması kapsamında, 2. konumunda değişik

elektronik, sterik ve hidrofobik özelliklere sahip atom veya atom grupları ile sübstitüe

edilmiş fenil veya benzil; 5. konumunda 4-nitro/amino-benzensülfonamido grupları

taşıyan tamamı orijinal bir seri benzoksazol türevi bileşiğin (Şekil 1.7.)

sentezlenmesi, ayrıca ara basamakta izole edilecek orijinal olmayan 5-amino-

benzoksazol türevi bileşiklerin 1H-NMR, IR, MASS, elementel analiz yöntemleri

kullanılarak yapılarının aydınlatılması ve in vitro ortamda Staphylococcus aureus,

Enterococcus faecalis gibi bazı Gram-pozitif, Escherichia coli ve Pseudomonas

aeruginosa gibi bazı Gram-negatif bakteriler ve Mycobacterium tuberculosis ile

bunların ilaçlara dirençli suşlarına karşı antibakteriyel etkilerinin; Candida albicans,

Candida krusei’ye karşı antifungal etkilerinin minimum inhibitör konsantrasyon (MİK)

değerinde araştırılması tasarlanmıştır. Ayrıca, dihidropteroat sentetaz ve enoil-ACP

redüktaz enzimleri üzerinden doking ve bu enzimler üzerinde inhibitör etkileri bilinen

moleküller ile HipHop yöntemi kullanılarak farmakofor analizi çalışmaları yapılarak

önemli konformasyonel özelliklerinin belirlenmesi ile daha etkili olabilecek yeni ilaç

etken maddelerinin tasarımlarının yapılması amaçlanmıştır.

7

1.1. Antibiyotiklere Ait Genel Etki Mekanizmaları

1.1.1. Bakteri Hücre Duvar Sentezini Bozan ve Litik Enzimleri Aktive Edenler

Bu tipte etki gösteren antibiyotikler genellikle bakterisid etki gösterirler. Hücre duvarı

bakteri hücresindeki yaşamsal yapılardan biridir. Bakteriler, konak hücrelerinden

farklı olarak vücut sıvıları ile izotonik değillerdir. Hücre içi ozmatik basınç, içinde

bulundukları ortama kıyasla çok yüksektir. Hücre duvarı sağlam yapısıyla bakterileri

ozmotik lizisten korur ve bakteriye şeklini verir. Bakteri hücre duvarı, gücünü

peptidoglikan (mürein, mukopeptid) yapısından almaktadır. Peptidoglikan yapısını

zayıflatan ajanlar, bakterinin şeklini ve bölünme özelliğini kaybetmesine ve ozmotik

lizisle ölmesine neden olur (Gülay, 2003).

Beta-Laktamlar (penisilinler, sefalosporinler, monobaktamlar (Aztreonam),

karbapenemler (İmipenem, Meropenem)), basitrasin, vankomisin, teikoplanin bu

tipte etki gösterirler (Akkan, 1997).

Beta-Laktam antibiyotikler bakteri hücre duvarı sentezini sitoplazmik membranın dış

yüzeyindeki, transpeptidaz ve karboksipeptidaz gibi peptidoglikan sentezinde rol

oynayan, penisilin bağlayan proteinler (PBP)’e bağlanarak ya da doğrudan inhibe

edebilirler. PBP’lere bağlanan antibiyotikler bu enzimleri inhibe eder ve duvar

sentezi durur. Penisilinler ve sefalosporinler bakterisid etki gösterirler (Yorgancıgil,

1999; Abbasoğlu ve Çevikbaş, 2011).

Glikopeptit antibiyotiklerden vankomisin, bölünmekte olan bakterilerin PBP’ye

bağımlı olmaksızın, doğrudan hücre duvarına bağlanarak transpeptidasyonu inhibe

ederek bakteri hücre duvarı sentezini bozar aynı zamanda RNA sentezini de inhibe

eder. Bakterisid etki gösterir. Teikoplanin de aynı şekilde hücre duvarı sentezini

inhibe eder. Polipeptid yapıdaki basitrasin ise, sitoplazmik membranı geçen

peptidoglikan öncülerinin taşınmasını önleyerek hücre duvarı sentezini inhibe eder

(Abbasoğlu ve Çevikbaş, 2011).

8

1.1.2. Hücre Membranının Permeabilitesini Bozanlar (Deterjan Etkisi Yapanlar)

Sitoplazma membranı bozulduğunda yaşamsal elektrolitler dışarı çıkar ve hücrenin

iç dengesi bozulur. Bu tip etki gösteren kemoterapötikler çok hızlı bakterisid etki

gösterirler. Polimiksinler, polien yapısındaki antifungaller (nistatin, amfoterisin B),

azol yapısındaki antifungaller (mikonazol, ketokonazol, flukonazol, itrakonazol, v.s.)

ve hekzaklorofen bu tipte etki gösterirler (Ghannoum ve Rice, 1999; Akkan, 1997).

Sitoplazma zarı mikroorganizma için gerekli maddelerin dış ortamdan difüzyon veya

aktif transportla alındığı osmotik bir engeldir. Buraya etkili antimikrobiyal maddeler

sitoplazma zarının geçirgenliğini artırıp, sitoplazma içindeki genellikle ufak moleküllü

bileşiklerin (aminoasitler, nükleotitler, potasyum) dışarı çıkmasına neden olup

mikroorganizmanın ölümüne neden olurlar. Bu maddeler üremesi tamamlanmış

mikroorganizmalara da etkili olurlar. Katyonik deterjan etkisi yapan polimiksinler

bakteri hücre zarındaki fosfolipidlerin fosfat bölümleriyle birleşir, kendi moleküllerinin

lipofilik bölümünü hücre zarı lipidlerine yerleştirir ve bozar. Sonuçta,

mikroorganizmanın geçirgenliği artar, osmotik denge bozulur ve hücre içeriği dışları

sızar (Öztürk, 1997).

Polien yapısındaki antifungaller (nistatin, amfoterisin B), hücre membranındaki

ergosterole bağlanarak hücre membranının yapısını bozar ve mantar hücresinin

lizisine yol açarlar (Abbasoğlu ve Çevikbaş, 2011). Azol yapısındaki antifungaller

(imidazoller ve triazoller) ise, lanosterolün ergosterole dönüştürülmesinde görev

yapan, sitokrom-P450 14-α-demetilaz enzimini inhibe ederek etki gösterirler.

Böylece ergosterol sentezini inhibe ederek zarın yapısını ve geçirgenliğini

bozmaktadırlar (Öztürk, 1997; Ghannoum ve Rice, 1999).

1.1.3. Ribozomlardaki Protein Sentezini Bozanlar

Bu grup antimikrobiyaller bakteri ribozomlarında protein sentezini inhibe ederek etkili

olurlar. Bunların bir kısmı bakterilerin ribozomları ile birleşip orada mesajcı RNA

(mRNA) tarafından yönetilen protein sentezini bozarlar. Memeli hücrelerindeki

ribozomlar (80S) bakterilerindekinden (70S ribozomu, 30S ve 50S alt birimlerine

ayrılır) farklı olduğundan bunlar memeli hücrelerindeki protein sentezini bozmazlar.

Bu grup ilaçlar ribozomlarda farklı etkilere neden olurlar (Öztürk, 1997):

9

a) Aminoasitlerin aktivasyonunu yani tRNA’ya bağlanmasını inhibe etme

b) mRNA’nın ribozomlara bağlanmasını veya aminoaçil-tRNA bileşiğinin

ribozom-mRNA kompleksine bağlanmasını inhibe etme

c) Peptidil transferaz etkinliğini azaltarak peptid bağları oluşumunu inhibe etme

d) mRNA üzerindeki kodonların, tRNA’lar tarafından yanlış okunmasına

(tercümesine) neden olma

Tetrasiklinler, aminoglikozitler (streptomisin, neomisin, kanamisin, gentamisin,

tobramisin, amikasin, v.s.), makrolidler (eritromisin, azitromisin, klaritromisin,

roksitromisin), amfenikoller (kloramfenikol, tiamfenikol), Linkozamitler (linkomisin,

klindamisin), fusidik asit bu tipte etki gösterirler (Akkan, 1997).

Tetrasiklinler 30S ribozomal alt birimlerine geri dönüşümlü bir şekilde bağlanırlar ve

aminoaçil taşıyıcı RNA (tRNA)’nın RNA-ribozom kompleksine bağlanmasını

engelleyip protein sentezini inhibe ederler. Bakteriyostatik etkilidirler (Connell ve

ark., 2003).

Aminoglikozitler bakterilerin 30S ribozomal alt birimlerindeki 16S ribosomal RNA

(rRNA)’nın aminoaçil kısmına bağlanarak bakteri protein sentezini inhibe ederler.

Bakterisid etkilidirler (Durante-Mangoni, 2009).

Makrolid grubu antibiyotikler, bakteri ribozomunun 50S alt birimine bağlanarak, bu

bölgeye tRNA molekülünün bağlanmasını ve peptid zincirinin uzamasını engellerler.

Böylece bakteri protein sentezini inhibe ederler. Bakteriyostatik etki gösterirler

(Abbasoğlu ve Çevikbaş, 2011).

Amfenikoller grubundan kloramfenikol, 50S ribozomunu etkiler; peptidil transferaz

etkinliğini azaltarak peptid bağı oluşumu ile ribozomun translokasyonu (mRNA

üzerindeki kayması) olayı arasındaki kenetlenmeyi bozar. Sonuçta, peptit bağı

oluşamaz. Ayrıca, mRNA’nın bakteri ribozomlarına bağlanmasını inhibe edebilir

(Öztürk, 1997).

Linkozamitler 50S ribozomal alt birimlerine dönüşümlü bir şekilde bağlanırlar,

böylece bu bölgeye tRNA’nın bağlanmasını ve peptit zincirine aminoasit eklenmesini

engelleyip uzamasını durdururlar. Bakteriyostatik etkilidirler (Abbasoğlu ve

Çevikbaş, 2011; Öztürk, 1997).

10

1.1.4. Genetik Materyal Üzerine Etki Yapanlar (DNA ve RNA Sentezini Bozanlar)

Rifampin, nalidiksik asit ve diğer kinolonlar (ofloksazin, siprofloksazin, norfloksazin,

pefloksazin, v.s.), vidarabin, asiklovir, griseofulvin, nitroimidazole türevleri

(metronidazole, tinidazole, ornidazole, v.s.) bu şekilde etki ederler. Bu grup

antimikrobiyaller DNA sentezini veya DNA sentezi altında yapılan mRNA sentezini

bozarak etki gösterirler. Bu grupta memeli hücresinin çekirdeğini etkileyen sitotoksik

ilaçlar vardır ve bir kısmı tümör tedavisinde kullanılırlar (antineoplastikler-mitomisin,

aktinomisin, doksorubisin, daunorubisin, bleomisin, metotreksat, v.s.). Memeli

hücreleri üzerinde fazla toksik olmayan rifamisinler ve kinolonlar antimikrobiyal

madde olarak kullanılırlar (Öztürk, 1997; Akkan, 1997).

Rifamisinler grubundan rifampisin, DNA’ya bağımlı RNA polimeraz enziminin β alt

birimine bağlanarak transkripsiyonu yani mRNA sentezini bozar. Bakterisid etki

gösterirler. Mikobakterilere etkilidir. Kinolonlar (nalidiksik asit) ve florokinolonlar,

bakteri DNA’sını süpersarmal halde tutan ve DNA’nın transkripsiyonunuda rol

oynayan DNA giraz (topoizomeraz II) ve topoizomeraz IV enzimlerinin sentezlerini

inhibe ederek etkili olurlar. Süpersarmal DNA yapısının bozulmasıyla DNA

fonksiyonları bozulur ve bakteri ölür. İnsan nükleik asit sentezinde kullanılan

enzimler ile bakteriyel topoizomerazlar farklı oldukları için seçici toksiktirler

(Abbasoğlu ve Çevikbaş, 2011; Öztürk, 1997).

Antiviral etkili asiklovir, viral DNA polimerazı inhibe ederek DNA sentezini önler (De

Clercq, 2004). 5-Nitroimidazole türevi bileşikler (metronidazole, tinidazole,

ornidazole, v.s.) ise, vücuda alındıklarında yapılarında bulunan nitro grubunun

indirgenmesiyle oluşan aktif metabolitlerin DNA’ya bağlanması sonucu nükleik asit

ve protein sentezini inhibe ederler (Mital, 2009).

1.1.5. Bakteriyel Antimetabolitler

Bu grupta sülfonamidler, PAS (p-amino salisilik asit), izoniazid (INH), etambutol,

dihidrofolat reduktaz inhibitorleri (trimetoprim, primetamin), bulunmaktadır.

Antimetabolitler yapıca normal substratlara benzer ve enzimlerin üzerindeki etkin

yerler için onlarla yarışırlar. Bunlar bakterilerin metabolizması için gerekli bazı

11

maddelerin sentezini bozarlar. Sülfonamidler, PABA analoglarıdır (antimetaboliti) ve

dihidropteroat sentetaz enzimi için onunla yarışarak folik asid sentezini inhibe

ederler. Trimetoprim, bu sentez yolağı üzerinde dihidrofolat redüktaz enzimini inhibe

ederek bakterisid etkiye neden olur. (Sülfonamid + trimetoprim) kombinasyonu

(Şekil 1.10.) (Bactrim®), folik asid sentez yolağında ardışık inhibisyonla bakterisid

etki yaparlar (Abbasoğlu ve Çevikbaş, 2011; Yamazhan, 2007; RxMediapharma®,

2012; Öztürk, 1997).

(a) (b)

Şekil 1.10. Sülfametoksazol (a) ve Trimetoprim (b).

PAS de, PABA analoğudur ve etkilerini sülfonamidlere benzer şekilde gösterir, fakat

daha zayıf etkilidir (Rengarajan, 2004). İzonazid ise, yağ asidi biyosentezinin son

basamağı olan redüksiyon reaksiyonunu katalizleyen bir enzim olan enoil-ACP

redüktaz enzimini (InhA) inhibe ederek etki göstermektedir (Zhang ve ark., 2004).

Bir antitüberküloz ilaç olan etambutol, mikobakterilerin hücre duvarına özgü

arabinogalaktan biyosentezinde görev yapan arabinozil transferaz enzimine etki

ederek bakteriyostatik etki gösterirler (Yendapally, 2008).

1.1.5.1. Sülfonamidlerin Etki Mekanizması

Bakteriler folik asidi memeliler gibi dışarıdan alamadıklarından, kendileri PABA’dan

sentezlerler. PABA’yı pteridin ile dihidropteroat sentetaz eşliğinde birleştirerek

dihidropteroik aside dönüştürürler. Sülfonamidler, PABA analoglarıdır

(antimetaboliti) ve dihidropteroat sentetaz enzimi için onunla yarışarak folik asid

sentezine girerler ve folik asid sentezini inhibe ederler. Tetrahidrofolat türevleri, pürin

bazları ve timidin yapımını sağlayan enzimlerin kofaktörüdür (Şekil 1.11.). Bu

maddenin yapımı engellendiğinde RNA ve DNA sentezi bozulur. Bakteriyostatik

etkilidirler. (Abbasoğlu ve Çevikbaş, 2011; RxMediapharma®, 2012; Öztürk, 1997).

12

Şekil 1.11. Sülfonamidlerin Etki Mekanizması.

1.1.5.2. Enoil-Açil Taşıyıcı Protein (ACP) Redüktaz Enzim İnhibitörleri

Çoklu ilaç direncinin artmasıyla birlikte yeni antibiyotiklerin geliştirilmesi çalışmaları

daha önce denenmemiş hücresel hedefler belirlenerek yürütülmeye başlanmıştır

(Zhang ve ark., 2004). Enoil-ACP Redüktaz, yağ asidi biyosentezinin son

basamağını katalizleyen bir enzimdir. Yağ asidi sentezi (FAS) memeliler, bitkiler,

funguslar ve bakterilerin yaşamlarını sürdürmeleri için zorunludur. Tüm bu

organizmalar benzer reaksiyonlar kullanarak her döngüde yağ asidi zincirine 2

karbon atomu eklemektedir. Yağ asidi sentezi sırasında gerçekleştirilen reaksiyonlar

farklı organizmalarda aynı şekilde gözlendiği halde, kullanılan enzimlerin yapısında

belirgin farklılıklar bulunmaktadır. Memeli hücrelerinin sitozolünde, enzimatik

reaksiyonlarda rol oynayan çok fonksiyonlu homodimerik yapıda protein içeren FAS

I (Tip I Yağ Asidi Sentezi) adı verilen sistem bulunmaktadır. Fakat funguslarda FAS

I, hekzamerik yapıda protein içermektedir. Bakteriler ise, yağ asidi sentezini, bir seri

tek fonksiyonlu protein yardımıyla gerçekleştirirler. Bu sisteme de FAS II (Tip II Yağ

Asidi Sentezi) adı verilir (Massengo-Tiass ve Cronan, 2009).

Sülfonamidler

p-Amino benzoik asit (PABA)

Dihidropteroik asit

Dihidrofolat sentetaz

Dihidrofolik asit

Dihidrofolat redüktaz

Tetrahidrofolik asit

Timidin

Pürin

Metionin

Dihidropteroat sentetaz Mg+2

Trimetoprim

6-Hidroksimetil-7,8-dihidropteridin pirofosfat

+

13

Bakteriyel FAS II sistemi memelilerdeki FAS I’den farklılıklar göstermektedir.

Böylece selektif inhibisyon yaparak antibakteriyel aktiviteye sahip bileşiklerin elde

edilmesi mümkündür. Son yıllarda, birçok bakteri için gen dizinlerinin tespit

edilmesiyle birlikte FAS II sisteminin genetik ve biyokimyasal açıdan

aydınlatılmasında büyük ilerlemeler kaydedilmiştir. Escherichia coli başta olmak

üzere, birçok Gram-negatif ve Gram-pozitif bakterilere ait FAS II sistemindeki

enzimlerin kristal yapıları aydınlatılmıştır. Bu protein yapıları temel alınarak

reseptöre bağlı tasarım ile yeni antibakteriyel ilaçların geliştirilmesinin mümkün

olacağı düşünülmektedir (Zhang ve ark., 2004).

Yağ asidi sentezi, ‘‘Yağ Asidi Sentetaz’’ sistemi denilen kompleks tarafından

yürütülmektedir. Bu enzim kompleksi hücre sitoplazmasına lokalize olmuştur.

Sistemin merkezinde Açil taşıyıcı protein (ACP) bulunmaktadır (Şekil 1.12.) (Fidancı,

2011).

Şekil 1.12. Yağ asidi sentez basamakları.

14

ACP (Şekil 1.13.) ısıya dayanıklı bir proteindir ve enzime bağlanan (prostetik)

grubunda 4'-fosfopantotein bulunmaktadır. 4'-Fosfopantotein yapısında pantotenik

asit ve sülfidril grubu bulunmaktadır. Yağ asidi zincirinin uzamasında ACP açil

grupları ile esterleşmektedir. ACP’e bağlı olan 4'-fosfopantotein kolu adeta yüzer

gibi hareket ederek açil grubunu sistemdeki bir enzimin aktif merkezinden diğer

enzimin aktif merkezine taşımaktadır (Fidanci, 2011)

Şekil 1.13. Açil Taşıyıcı Protein (ACP).

1.1.5.3. Enoil-ACP Redüktazlar

Enoil-ACP Redüktaz, yağ asidi biyosentezinin son basamağı olan redüksiyon

reaksiyonunu katalizleyen bir enzimdir. Triklosan, izoniazid ve tiyolaktomisin, FAS II

sistem üzerine etkili oldukları bilinen bazı antibiyotiklerdir (Zhang ve ark., 2004).

Bilinen ilk ENR enzimi FabI’dır. Fakat Streptococcus pneumoniae, Bacillus subtilis

ve Pseudomonas aeruginosa’da triklosana karşı direnç gelişimi gözlenmiştir. Bu

direnç mekanizmalarının incelenmesiyle, yeni iki ENR enzimi, FabK ve FabL

keşfedilmiştir (Massengo-Tiass ve Cronan, 2009).

Günümüzde 4 farklı ENR bulunduğu tespit edilmiştir (FabI, FabL, FabK ve FabV).

Vibrio cholerae’de bulunan FabV, bu enzim sınıfının en son üyesidir (Çizelge 1.1.)

(Lu ve Tonge, 2010).

Çizelge 1.1. Enoil-ACP Redüktazlar ve Bulundukları Bazı Bakteriler.

Enoil-ACP Redüktazlar

Bulundukları Bazı Bakteriler

FabI Echerichia colia, Bacillus subtilisa, Helicobacter pylori, Salmonella typhimurium, Staphylococcus aureusa,b, Mycobacterium tuberculosis (FabI/InhA)a,b, Plasmodium falciparumb

FabL Bacillus subtilisa

FabKa Streptococcus pneumonia, Saccharomyces cerevisiae, Thermomyces lanuginosus, Streptococci-Enterococci-Clostridia sp.

FabV Vibrio choleraea,c, Burkholderia malleic, a Massengo-Tiass ve Cronan, 2009 b Lu ve Tonge, 2008 c Lu ve Tonge, 2010

15

FabI, FabL ve FabV SDR (kısa zincirli dehidrogenaz redüktaz) süper familyasının

üyeleridir. FabV, SDR süperfamilyası üyesi olmasına rağmen (402 aminoasit), FabI

(262 aminoasit) ve FabL (250 aminoasit)’ye göre çok daha büyük bir yapıya sahiptir.

(Lu ve Tonge, 2010). Mitokondrial ENR ve memeli FAS ENR’leri ise, MDR (orta

uzunlukta zincire sahip dehidrogenaz redüktaz) familyasının üyeleridir (Ende ve ark.,

2008; Massengo-Tiass ve Cronan, 2009).

Bazı organizmalardaki FabK’nın keşfi, geniş spektrumlu Enoil-ACP Redüktaz

inhibitörlerinin geliştirilebilmesi ihtimalini azaltırken, selektif olarak M. tuberculosis,

P. falciparum ve ilaç dirençli S. aureus gibi hedef patojenlere karşı dar spektrumlu

antimikrobiyallerin geliştirilmesi yönünde FabI’nın mükemmel bir hedef olduğu

açıkca kanıtlanmıştır. FabI inhibitörleri, NAD+ kofaktörü ile kovalent bağlı olup

olmamalarına göre iki gruba ayrılmıştır. Diazaborin türevleri ve izoniazid kovalent

bağlı olan inhibitörlerdir. Kovalent bağlı olmayanlar daha büyük gruplar taşıyan

yapılardır (Lu ve Tonge, 2008).

InhA geni, Mycobacterium tuberculosis’de bulunan FabI analoğudur (Heath ve Rock,

1995; Lu ve Tonge, 2008). İzoniazid (Parikh ve ark., 2000) ve etiyonamid için

hücresel hedef olarak kodlanmıştır (Heath ve ark., 1999). InhA, NADH-bağımlı

Enoil-ACP Redüktaz enzimidir ve M. tuberculosis’in Tip II yağ asidi biyosentezinin

(FAS II) son basamağında anahtar rol oynar (Parikh ve ark., 2000; Sullivan ve ark.,

2006). Bilinen bazı Enoil-ACP Redüktaz inhibitörleri Çizelge 1.2.’de topluca

verilmiştir.

Çizelge 1.2. Bilinen bazı Enoil-ACP Redüktaz İnhibitörleri.

ENR İnhibitörünün adı Formülü

“Difenileter” türevleri FabI inhibitörü etkileri bilinmektedir. Triklosan bu grup içerisindedir (Zhang ve ark., 2004).

Triklosan Geniş spektrumlu bir antibakteriyel ajandır, yağ asidi sentezini FabI basamağında inhibe eder (Yadav ve ark., 2008; Heath ve ark., 1999; Kitagawa ve ark., 2007). InhA üzerinde inhibitör etkiye sahiptir (Parikh ve ark., 2000). Diş macunları (gingivit hastalığına karşı), deodorantlar, antiperspiranlar, sabunlar (0,10-1,00%), ağız banyoları, duş jelleri gibi benzer birçok ürün içerisinde bulunmaktadır

16

Çizelge 1.2.’nin devamı. Bilinen bazı Enoil-ACP Redüktaz İnhibitörleri.

ENR İnhibitörünün adı Formülü

Etiyonamid Etiyonamid bir prodrugdır. Aktif metaboliti ETA adıyla bilinen tiyoamid-S-oksit türevidir (Liberman ve ark., 1958; Vannelli ve ark., 2002).

İzoniazid İzoniazid (INH), ilk bilinen antitüberküloz etkili bileşiklerdendir. 1912 yılında keşfedilmiş, antitüberküloz etkisi ise, 1951 yılında tespit edilmiştir. Fakat çok çabuk direnç gelişimi gözlenmiştir. Bir ön ilaçtır. InhA inhibitör etkisi bilinmektedir (Ende ve ark., 2008; Parikh ve ark., 2000). FabI inhibitör etkisi bilinmektedir (Kitagawa ve ark., 2007).

“Diazaborin” türevleri Heterosiklik antibakteriyeller sınıfından olup, yağ asidi sentezini FabI basamağında inhibe ederler (Health ve ark., 1999; Kitagawa ve ark., 2007).

Triklokarban (TCC) Antibakteriyel ve antifungal aktivitelerinden dolayı dezenfektanlar ve sabunlar içerisinde kullanılmaktadır (McDonell ve Russel, 1999).

“1,4-disübstitüe imidazol” türevleri FabI inhibitörü etkileri bildirilmiştir (Zhang ve ark., 2004).

Heksaklorofen Heksaklorofen, dezenfektan ve ameliyat malzemelerinde kullanılan antimikrobiyal bir bileşiktir. Triklosan’a göre daha sınırlı bir etki spektrumu bulunmaktadır. Etkisini daha çok gram-pozitifler, özellikle Staphylococcus türleri üzerinde gösterir, Gram-negatifler üzerindeki aktivitesi daha düşüktür (Heath ve ark., 2000).

Gallokateşin gallat (GCG) Yeşil çaydan ekstre edilen bir madde olup, FabI inhibitör etkisi olduğu gözlenmiştir (Zhang ve Rock, 2004)

Luteolin E. coli’deki FabI (EcFabI) üzerinde inhibitör (yarışmasız) etkilerinin bulunduğu tespit edilmiştir (Yao ve ark., 2010).

17

Çizelge 1.2.’nin devamı. Bilinen bazı Enoil-ACP Redüktaz İnhibitörleri.

ENR İnhibitörünün adı Formülü

“Piridotiyon” türevleri FabI üzerinde inhibitör etkileri gözlenmiştir (Moir ve ark., 2007).

“4-piridon” türevleri EcFabI (E. coli’deki FabI) ve SaFabI (Staphylococcus aureus’daki FabI) üzerinde etkili oldukları tespit edilmiştir (Kitagawa ve ark., 2007).

"Tiyol piridin” türevleri FabI üzerinde inhibitör etkileri gözlenmiştir (Kitagawa ve ark., 2007; Moir ve ark., 2007).

Vinaksanton Penicillium türlerinden izole edilen bir FabI inhibitörüdür. Selektif olarak Staphylococcus aureus FabI (SaFabI) üzerine etkilidir (Zheng ve ark., 2009).

O

O

HOOC

HO

HO

O

O CH3

O

CH3

O

OH

OH

COOH

Kurkumin EcFabI üzerinde inhibitör (yarışmasız) etkilerinin bulunduğu tespit edilmiştir (Yao ve ark., 2010).

“Aminopiridin” türevleri FabI inhibitörü etkileri bilinmektedir. Aktivite için amid grubu ve çifte bağ gerekli, R1 ve R2 konumlarında metil bulunduğunda optimum etki gözlenmiştir (Zhang ve ark., 2004).

“İndol naftiridinon” türevleri FabI üzerinde inhibitör etkileri gözlenmiştir (Kitagawa ve ark., 2007).

CG400462 Selektif bir FabI inhibitörüdür. Stafilokoklara karşı yüksek aktivite göstermektedir. Fakat streptokok, enterokok ve Gram-negatif bakterilere karşı aktivite gözlenmemiştir (Park ve ark., 2007).

18

Enoil-ACP Redüktaz enzimi olan FabI, birçok patojen türün gelişimi için zorunlu bir

enzimdir ve memelilerde kayda değer bir homoloğu bulunmamaktadır. Yapılan

çalışmalar, FabI’nın antibiyotik geliştirilmesi konusunda mükemmel bir hedef

olduğunu ortaya koymuştur. Bu konudaki en büyük endişe, bazı türlerde alternatif

enoil-ACP redüktaz enzimlerinin bulunuşunun, inhibitörlerin beklenen etki

spektrumunu sınırlaması ve bazı türlerde de triklosanın, Dışa Atım Pompaları (Efflux

Pump) için substrat görevi yaptığının bilinmesidir. Bu iki sınırlama, olası spektrumun

daralmasına neden olmaktadır. Buna rağmen, uygun ilaç hedefi olması, hedef

yapılarının aydınlatılmış olması ve etki taramaların rahat yapılabilmesi ile

inhibitörlerin seçiciliği, FabI üzerinde özellikle MRSA/VRSA’ya karşı ileri çalışmalara

yönlendirmektedir. FabI şüphesiz uygun ilaç hedefidir. Bu konuda yakın gelecekte,

dar spektrumlu antibiyotiklerin geliştirilmesi ihtimalinin yüksek olduğu

düşünülmektedir (Moir 2005).

Yapılan çalışmalar sonucunda, selektif olarak M. tuberculosis, P. falciparum ve ilaç

dirençli S. aureus gibi hedef patojenlere karşı dar spektrumlu antimikrobiyallerin

geliştirilmesi yönünde FabI’nın mükemmel bir hedef olduğu açıkça kanıtlanmıştır (Lu

ve Tonge, 2008).

Takahata ve ark. tarafından yapılan bir çalışmada benzotiyazol yapısı taşıyan

AG205 kodlu bileşiğin (Şekil 1.14.), Streptococcus pneumoniae’ ye ait ENR enzimi

üzerinde güçlü bir etkiye sahip olduğu gözlenmiştir (Takahata ve ark., 2006). Ayrıca

veribankalarında ENR’ler üzerinde inhibitör etki açısından yapılan taramalar

sonucunda ilk 10 bileşik içinde sülfonamid grubu taşıyan 45298 kodlu bileşiğin (Şekil

1.15.) olduğu belirlenmiştir (Morde ve ark., 2009).

Şekil 1.14. AG205 kodlu bileşik.

Şekil 1.15. 45298 kodlu bileşik.

19

GlaxoSmithKline (GSK) tarafından kurulan “Affinium Pharmaceuticals” yeni

antiinfektif ilaç geliştirme ve ticarileştirme konusunda çalışma yapan bir kuruluştur.

GSK, geliştirdikleri FabI inhibitörleri için lisans almıştır (Moir, 2005). AFN-1252 kodlu

bileşik bu kuruluş tarafından geliştirilmiş, bakteriyel yağ asidi sentezini (FASII) inhibe

eden bir bileşiktir (Affinium Pharmaceuticals, 2010). Yine Affinium tarafından yapılan

diğer bir çalışmada da diazepin türevi FabI inhibitörleri geliştirilmiştir. Bu

bileşiklerden 16c kodlu olanı fareler üzerinde denenmiş ve linezolit ile

kıyaslanabilecek düzeyde bir aktivite gösterdiği belirlenmiştir (Şekil 1.16.)

(Ramnauth ve ark., 2009).

AFN-1252

Diazepin türevi (16c)

Şekil 1.16. AFN-1252 ve Diazepin türevi (16c).

1.2. Mikroorganizmaların Direnç Mekanizmaları

Direnç, bir mikroorganizmanın antimikrobiyal bir ajanın öldürücü veya üremeyi

durdurucu etkisine karşı koyabilme yeteneği olarak tanımlanır. Bir antimikrobiyal

maddeye karşı dirençli hale gelen bir mikroorganizma türünde bu kemoterapotik

maddeye yapıca veya etki tarzı bakımından yakın diğer antimikrobiyallere karşı da

direnç gelişebilir, bu duruma çapraz direnç (cross resistance) denir. Bu durum

genellikle yapıları benzer ilaçlar arasında gözlenmektedir: eritromisin-oleandomisin,

neomisin-kanamisin gibi. Ancak bazen tümüyle ilgisiz ilaçlar arasında görülebilir.

Eritromisin-linkomisin arasındaki çapraz direnç buna örnek olarak verilebilir.

Kromozomal veya ekstrakromozomal orijinli olabilir (Yüce, 2001).

Mikroorganizmanın yapısı ve etkisi farklı birçok antimikrobiyal madeye karşı dirençli

hale gelmesi durumuna ise, çoklu ilaç direnci (multiple-drug resistance) denir

(Öztürk, 2002).

20

1.2.1. Doğal (İntrinsik) Direnç

Kalıtsal özellikte olmayan direnç tipidir. Bir mikroorganizmanın yapısı nedeniyle

dirençli oluşu anlamına gelir. Burada genellikle antimikrobiyal maddenin bağlanarak

etkili olduğu hedef molekülün olmaması doğal dirençten sorumludur. Bir

antimikrobiyal maddeye doğal dirençli olan türün hiç bir kökeni o antibiyotikten

etkilenmez. Birçok Gram-negatif bakteri, peptidoglikan yapıya etki eden vankomisin

ve metisiline, duvar yapılarında peptidoglikanın çok az düzeyde olması nedeniyle

intrinsik direnç gösterirler. Aminoglikozitlerin hücre mebranından geçişi oksijen

bağımlı, enerji gerektiren bir olay olduğundan oksidatif fosforilasyonun olmadığı

zorunlu anaerop bakterilerde yeterli ilaç hücre içine giremediğinden anaeroplar

üzerine aminoglikozitler etki göstermezler. Genellikle ilaçların etkili olması için

mikroorganizmanın aktif üreme döneminde olması gerekmektedir. Bakteri sporları

veya dormant haldeki mikobakteriler gibi metabolik olarak inaktif mikroorganizmalar

ilaçlara fenotipik olarak dirençli görülebilir, ama bunlardan oluşan yeni kökenler

ilaçlara duyarlıdır. Buna benzer şekilde bakterilerin hücre duvarsız L şekilleri hücre

duvarı sentezini bozarak etkili olan antibiyotiklerden etkilenmezler. L şekilleri ana

şekle dönüp hücre duvarlarını yeniden kazanınca antibiyotiklere duyarlı hale gelirler

(Abbasoğlu ve Çevikbaş, 2011, Öztürk, 2002).

1.2.2. Genetiğe Bağlı Olmayan Direnç (Çevre ve Şartlara Bağlı Direnç)

Antimikrobiyal ilacın in vitro ve in vivo etkinliği arasındaki fark direnç olarak

değerlendirilir. Laboratuvarda mikroorganizmaya etkili bulunan bir antimikrobiyal

ilaç, dokudaki oksijen basıncı ve pH değişiklikleri veya infeksiyon bölgesine

ulaşamaması gibi nedenlerle in vivo olarak etki göstermez. Örneğin, 1. Kuşak

sefalosporinler kan-beyin bariyerini geçemedikleri için etken mikroorganizmaya etkili

olduğu halde menenjit tedavisinde kullanılamaz. Benzer şekilde düşük pH veya

anaerobik koşullar, aminoglikozitlerin in vivo etkinliğini kısıtlar. Bakteriler bir apse

içerisinde bulunduğunda ilaç bakteriye ulaşamaz. Bakteriler durgunluk fazındayken,

üreme olmadığından özellikle hücre duvarı inhibitörleri (penisilinler ve

sefalosporinler) etkisiz olur (Abbasoğlu ve Çevikbaş, 2011).

21

1.2.3. Kazanılmış (Kalıtsal, Genetik) Direnç

Sonradan kazanılan bir direnç tipidir. Burada bakteri popülasyonu antimikrobiyal

madde ile ilk temasa geldiğinde ilaç mikroorganizma üzerine etkilidir, ancak temas

süresinde veya tekrarlanan tedaviler sırasında mikroorganizma popülasyonunda

antimikrobiyal maddeye karşı direnç gelişir. Antimikrobiyallere karşı gelişen direnç

esas olarak bu yolla olmakta ve genetik değişim sonunda seleksiyonla dirençli

kökenler ortaya çıkıp yayılmaktadır. Genetik direnç kromozom, plazmid, transpozon

kontrolu altındadır. Mikroorganizmalar direnç mekanizmalarından birini, bazen bir

kaçını birlikte kullanarak antimikrobiyallere direnç kazanmaktadırlar.

Mikroorganizmalarda belirli antimikrobiyallere karşı tolerans gelişmektedir. Tolerans;

bir antimikrobiyal maddenin in vitro testlerde minimal bakterisidal

konsantrasyonunun (MBK) artması sonucu MBK/MİK oranının 32’nin üstüne çıkışını

ifade eder; bu oran normalde 2-4’tur. Tolerans, otolizinlerin etkinliğinin azalması

sonucu olup S. aureus ve bazı streptokoklarda görülmektedir. (Öztürk, 2002).

1.2.3.1. Kromozomal Direnç

Bu tip direnç kromozomda kendiliğinden (spontan) bir mutasyon sonucu

oluşmaktadır. Her hücre bölünmesinde mutasyon sıklığı 10-5 ile 10-10 civarındadır;

bazı antibiyotikler için bu oran daha yüksektir (örneğin; rifampisin için 10-5 ile 10-7).

Kromozomal mutasyonla kazanılan direnç bir aşamada veya çok aşamada

gerçekleşebilir. Örneğin; Enterobacter sp., Serratia sp., indol pozitif Proteus, P.

aeruginosa gibi bakterilerde sefalosporinlere karşı tek basamaklı, mutasyonla

birdenbire direnç gelişebilir. Mutasyon, bu mikroorganizmalarda sefalosporinleri

yıkan β-laktamaz salgılanmasında artışa yol açar. Çok aşamalı mutasyonda ise

direnç derecesi giderek artan yavaş bir şekilde gelişir (penisilin tipi direnç). Penisilin

ve tetrasikline direnç gelişimi bu şekilde olur (Öztürk, 2002).

1.2.3.2. Ekstrakromozomal Direnç

Ekstrakromozomal direnç, çeşitli yollarla aktarılan plazmid, transpozon ve integron

adı verilen genetik elementler aracılığı ile yabancı bir DNA parçasının

kazanılmasına bağlıdır. Bu mekanizmalarla herhangi bir ilaca direnç gelişebilir

22

(Abbasoğlu ve Çevikbaş, 2011, Kuyucu, 2007). Bakteriyofajlar, DNA ve protein

içeren viral partiküllerdir, transdüksiyonla bakteriyi enfekte edebilirler. Bu hareketli

genetik elementler de antibiyotiklere karşı direnç genleri içerebilirler. Bu genler

transpozonlardan veya daha önce enfekte olmuş bir bakterinin kromozomundan

edinilmiş olabileceği gibi kendilerine ait genler de olabilir (Levy ve Marshall, 2004;

Silva, 1996).

1.2.3.2.1. Plazmidlere Bağlı Direnç

Plazmidler kromozomdan bağımsız olarak kendi kendilerine çoğalabilen,

ekstrakromozomal genetik elementlerdir. Çift sarmal yapıda DNA molekülleridir. R-

plazmidi (konjugatif plazmid) denen direnç plazmidleri bir veya daha çok sayıda

(~10) antibiyotiğe karşı direnç genlerini taşımaktadır. Konjugatif plazmidler bir türden

diğer bir türe transfer olabilirler ve daha önce hassas olan türlerde yeni antibiyotik

direnci salgınlarının ortaya çıkmasına yol açabilirler (Silva, 1996). Plazmidlerdeki

direnç genleri küçük mobil genetik elementler (transpozonlar, integronlar, gen

kasetleri gibi) içinde yerleşebilirler ve bazen direnç topluluğundaki diğer direnç

genleri ile bağlantılı plazmidlere veya kromozomlara geçebilirler. Bu şekilde birbiri ile

ilişkisiz birden fazla ilaca karşı eş zamanlı direnç gelişebilir (çoklu ilaç direnci)

(Kuyucu, 2007). Direnç plazmidleri diğer duyarlı bakterilere transdüksiyon (direnç

plazmidleri bakteriyofajlarla birleşir ve bakteriyofajlar bu direnç genlerini taşıyarak

diğer bakterilere aktarır, örnek olarak β-laktamaz geninin hassas stafilokoklara

aktarımı, salmonella’larda direnç aktarımı), transformasyon (diğer bakterilerin

lizisiyle ortama dökülen plazmidler veya DNA kırıntıları duyarlı başka bakteriler

tarafından alınır) ve konjugasyon (temasla oluşan sitoplazma köprüsu aracılığı ile R-

plazmidleri dirençli bakteriden duyarlıya geçer) olaylarıyla geçerek direnç gen

paketini aktarır ve böylece direncin yayılmasına neden olur (Alanis, 2005).

Plazmidlere bağlı direnç bulaşıcıdır ve genellikle antibiyotiği inaktive eden veya

bakterinin geçirgenliğini değiştiren enzimler ile oluşmaktadır. Vücuttaki normal

floranın plazmid transferine karşı bir koruma sağladığı belirtilmektedir. Normal

barsak florasının çoğunluğunu anaerop organizmaların oluşturduğu ve anaerop

koşullarda plazmid transferinin inhibe edildiği, bu nedenle normal sağlıklı barsak

florasının R-plazmidlerine karşı en iyi savunma mekanizması olduğu

düşünülmektedir. Aminoglikozitler, sefalosporinler, kloramfenikol, makrolitler,

23

penisilinler, sülfonamidler, nitrofurantoin, fusidik aside karşı gelişen dirençten

genellikle plazmidler sorumludur (Öztürk, 2002).

1.2.3.2.2. Transpozonlara Bağlı Direnç

Transpozonlar (sıçrayıcı gen) bakteri kromozomunun değişik yerlerine yerleşebilen

veya kromozomdan plazmide, plazmidden plazmide, plazmidden DNA veya

bakteriyofaja aktarılabilen; kendi kendilerine replike olamayan, o nedenle

kromozom, plazmid veya bakteriyofaj gibi bir replikon üzerinde bulunan DNA

dizileridir. Direnç genlerini taşıyan genetik materyal ve plazmidler bir bakteriden

diğerine transdüksiyon, transformasyon, konjugasyon ve transpozisyon gibi

mekanizmalarla aktarılırlar (Yüce, 2001). Ampisilin, kloramfenikol, kanamisin,

tetrasiklinler ve trimetoprime karşı direç gelişiminden sorumludurlar. R plazmidleri ve

transpozonlar sadece aynı tür bakteriler arasında değil, başka türden bakterilere de

geçerler. Örnek olarak, gonokoklarda pensilinaz yapımını yöneten plazmidlerin

Haemophilus influenza’ya, Shigella cinsi bakterilerde tetrasiklin, kloramfenikol,

streptomisin ve ampisilin direncinden sorumlu plazmidin E.coli’ye geçişi verilebilir

(Öztürk, 2002).

1.2.3.2.3. İntegronlar ve Mobil Gen Kasetlerine Bağlı Direnç

İntegronlar spesifik yere lokalize bir veya daha fazla direnç geni ve mobil

elementlerdeki (gen kasetleri) direnç genlerini yakalayabilen, yere spesifik

rekombinasyon sistemleri için bir gen içeren mobil genetik elementlerdir. İntegronlar

plazmid veya transpozonun bir parçası olabilirler (Kuyucu, 2007). Özellikle çok kısa

süre içerisinde çok ilaca dirençli kökenlerin ortaya çıkıp yayılışında integronların rolü

vardır. En iyi bilinen integron familyası sülfonamid direncinden sorumlu olan

dihidropteroat sentetaz enzimini kodlayan sull genidir (Abbasoğlu ve Çevikbaş,

2011).

24

1.2.4. Direncin Biyokimyasal (veya Biyolojik) Mekanizmaları

Direncin biyokimyasal mekanizmaları 5 başlık altında toplanabilir (Abbasoğlu ve

Çevikbaş, 2011);

1- İlacın bağlandığı hedef bölgelerinde değişiklik (Hedefin modifikasyonu)

2- Enzimatik inaktivasyon

3- Hücre zarı geçirgenliğinde azalma

4- Antibiyotiğin aktif pompa sistemi (Dışa atım pompaları) ile dışarı atılması

5- Hedefin aşırı üretimi

Bazı antibiyotiklere karşı gelişen direncin biyokimyasal mekanizmaları topluca

Çizelge 1.3.’te gösterilmiştir (Tenover ve McGowan, 2008).

Çizelge 1.3. Bazı antibiyotiklere karşı gelişen direnç mekanizmaları.

Antimikrobiyal Sınıf

Molekül Direnç Mekanizması Bakteri

Aminoglikozit Gentamisin İlaç inaktivasyonu Enterobacteriaceae Pseudomonas Enterococci Staphylococci Amikasin Geçirgenliğin azalması Pseudomonas β-laktam ilaçlar Penisilin β-laktamaz üretimi Staphylococci Enterococci Enterobacteriaceae Pseudomonas Gonococci Hücre duvarı yapısının

değişmesi Pneumococci

Meningococci Florokinolonlar Siprofloksazin DNA giraz mutasyonu Staphylococci Pseudomonas Enterobacteriaceae Glikopeptitler Vankomisin DNA ligazın mutasyonu Enterococci Makrolidler Eritromisin RNA metilaz mutasyonu Staphylococci Pneumococci Streptococci Tetrasiklinler Doksisiklin DAP’lar ile atılma Streptococci Enterobacteriaceae Staphylococci Pseudomonas Trimetoprim Trimetoprim Gen mutasyonu Enterobacteriaceae Pseudomonas

25

1.2.4.1. İlacın Bağlandığı Hedef Bölgelerinde Değişiklik (Hedef Modifikasyonu)

Bakteri kromozomlarındaki genlerde antibiyotik varlığında kendiliğinden oluşan bir

takım mutasyonlar sonucunda hedefin yapısının değişmesi ile gelişen direnç

mekanizmasıdır. Bu direnç gelişimi direnç genlerinin diğer mikroorganizmalardan

konjugasyon, transdüksiyon veya transformasyon gibi yollarla geçişiyle de olabilir.

Gram-pozitif bakterilerde peptidoglikanlardaki değişiklikler betalaktamlara dirençten

sorumludur. Glikopeptitlere dirence yol açan hücre duvarı prekürsörlerindeki

değişiklik; florokinolonlara dirence yol açan DNAgiraz ve Topoizomeraz IV’ü

kodlayan genlerde oluşan nokta mutasyonlar; tetrasiklinlerde dirence yol açan

ribozomal koruma mekanizmaları (Ribozomal Korunma: Tetrasiklin direncine yol

açan ikinci önemli mekanizmadır. tetM, tetO, tetQ, tetS genlerince sentezlenen bir

sitoplazmik proteinin aktivitesi sonucu ilacın ribozoma bağlanamaması söz

konusudur. Bu genler Campylobacter, Mycoplasma, Ureaplasma, Bacteroides ve

Neisseria gibi birçok bakteride bulunur) ve rifampin direncine yol açan RNA

polimeraz mutasyonları hedef değişikliklerinin diğer önemli örnekleridir (Yüce, 2001;

Lambert, 2005; Abbasoğlu ve Çevikbaş, 2011).

Yukarıda açıklandığı üzere ilacın bağlandığı hedef bölgelerindeki değişiklikler;

1- Peptidoglikan tabakasında değişim,

2- Protein sentezinde görev alan ribozomların yapısal değişimi,

3- DNA sentezinde rol alan enzimlerin yapısal değişimi şeklinde özetlenebilir.

1.2.4.2. Enzimatik inaktivasyon

Bakterilerin çoğu birçok antibiyotiği parçalayan enzimler sentezlemektedirler. Bu

enzimler; hidroliz, grup transferi ve redoks gibi yollarla antibiyotikleri inaktive ederek

antibiyotiklere karşı direnç gelişimine neden olmaktadır (Çizelge 1.4.). Beta-

laktamlara karşı direnç gelişiminden sorumlu olan “hidroliz” klinik olarak ayrıca önem

taşımaktadır. Bazı antibiyotikler ve bunlara karşı gözlenen enzimatik inaktivasyon

yolları Çizelge 1.4.’te gösterilmiştir (Wright, 2005).

26

Çizelge 1.4. Antibiyotiklerin inaktivasyonunda gözlenen enzimatik yollar.

Hidroliz Amid hidrolizi β-Laktam antibiyotikleri Ester hidrolizi Makrolidler

Grup transferi

Açil Aminoglikozitler Kloramfenikol

Streptogramin A

Fosforil Aminoglikozitler

Makrolidler Rifamisin

Tiyol Fosfomisin

Nükleotidil Aminoglikozitler Linkozamidler

ADP-ribozil Rifamisin

Glikozil Makrolidller Rifamisin

Diğer Redoks

Tetrasiklin Rifamisin

Streptogramin A Liazlar Streptogramin B

1.2.4.3. Hücre Zarı Geçirgenliğinde (Permeabilite) Azalma

Gram-negatif bakteriler iç kısımda fosfolipit, dış kısımda lipopolisakkarit içeren bir

dış zara sahiptirler. Antibiyotiklerin hücre içine girmesi dış zardaki porinlerden veya

difüzyon yoluyla gerçekleşmektedir. Betalaktamlar, kloramfenikol ve florokinolonlar

bu porinler aracılığıyla hücre içine girmektedirler. Bu porinlerin sayısı veya seçiciliği

antibiyotiklerin difüzyonunda rol oynamaktadır. Porinlerin yapısını bozan

mutasyonlar betalaktam antibiyotiklere karşı gelişen dirençten sorumludurlar. Porin

sayılarındaki azalmanın Enterobacter cloacae’de sefepim, Klebsiella pneumoniae’de

sefoksitin ve sefazidim direncine neden olduğu saptanmıştır. Dış zarın yapısında

bulunan lipopolisakkaritler antibiyotiklere karşı bariyer görevi görürler. Bunlar

üzerinde oluşan mutasyonların, bakterileri antibiyotiklere karşı (eritromisin,

roksitromisin, klaritromisin ve azitromisin) en az 4 kat daha duyarlı hale getirdiği

gözlenmiştir (Dzidic, 2008).

1.2.4.4. Dışa Atım Pompaları (DAP-Efflux Pump) ile İlacın Dışarı Atılması

İlk olarak 1980’lerde Enterobakterlerin tetrasikline karşı direncini incelerken

keşfedilmişlerdir (Yüce, 2001). Dışa atım pompaları (DAP) (efflux pump, active

efflux) ksenobiyotik metabolizmanın bir parçası olarak hücre için toksik maddelerin

27

ve antibiyotiklerin hücre dışına atılması işlevini yürüten mekanizmalardır (Marquez,

2005). Antibiyotiklere direnç kazanma açısından oldukça önemlidirler. Glikopeptitler

haricindeki çoğu antibiyotiklere DAP’lar ile direnç kazanılması söz konusudur (Van

Bambeke ve ark., 2000).

DAP sisteminde yer alan proteinler yapısal olarak transport proteinlerine benzer ve

bazıları ATP’ye bağımlı olarak etkinlik gösterirler. Duyarlı ve dirençli tüm

bakterilerde, hatta mantar (Candida albicans’ta azol direnci) ve protozoonlarda

(Plasmodium falciparum’da klorokin direnci) da bulunur. Bakteri genlerinin % 5-10’u

transport yapar ve özellikle metabolit ya da gereksiz/zararlı maddeleri dışarı

pompalar. Pompa geni bir operonun (genellikle genlerin dışa vurumunun

düzenlenmesini denetleyen karmaşık sistemin elemanlarından biri) parçasıdır,

antibiyotiği ya da hedefini modifiye etmez. Bu gen kromozomal ve indüklenebilir

veya plazmidik olabilir. Pompa sistemi, ekspresyon düzenleyici bir gen kontrolunda

çalışır. Pompa substratı spesifik tek bir antibiyotik, farklı sınıflardan bir çok

antibiyotik veya biyosidler (dezenfektan, antiseptik ve koruyucular) olabilir.

Antibiyotik dışarı pompalanınca bakteride hücre içi antibiyotik düzeyi düşer, ribozom

antibiyotik etkisinden korunur ve protein yapımı yani bakteri üremesi devam eder.

Substratlardan herhangi biri ile karşılaşma sonucu DAP sistemi indüklenirse,

düzenleyici (baskılayıcı) gende mutasyon ile pompa proteinlerinin aşırı üretimi

başlayabilir ve sonuç bir ya da birden çok substrata direnç şeklinde (MDR/mar

fenotipi) olur. Gelişen direnç düşük düzeylidir, fakat bir mutasyon başka

mutasyonları tetikleyebildiği için, genellikle düzenleyici genlerde oluşan mutasyonlar,

DAP’ların aşırı yapımıyla sonuçlanabilir. Düzenleyici gen mutasyonunun ardından

da hedef molekül değişikliği, permeabilite azalması gibi diğer bir mutasyon daha

gelişir ve direnç düzeyi katlanarak artar (Bal, 2006).

DAP sistemleri; kinolonlar, 14 üyeli makrolidler, azalid ve streptograminler,

kloramfenikol ve beta-laktamlara dirençte de etkilidir ve pekçok bakteride bulunur.

Örneğin, Staphylococcus aureus’un norA geni bu mekanizma ile kinolon direncine

neden olurken, Escherichia coli de aynı mekanizma ile norfloksasine direnç kazanır

(Yüce, 2001).

28

DAP Sistemine Sahip Bazı Bakteriler: Gram (-): Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Salmonella typhimurium,

Shigella dysenteriae, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter aerogenes, Serratia

marcescens, Proteus vulgaris, Bacteroides fragilis, Neisseria gonorrhoeae, Vibrio

cholerae, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas putida, Haemophilus

influenzae, Helicobacter pylori.

Gram (+): Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus

pyogenes, Streptococcus agalactiae, Enterococcus sp., Mycoplasma hominis,

Bacillus subtilis, Listeria monocytogenes, Corynebacterium sp., Lactococcus lactis,

Lactobacillus brevis, Mycobacterium smegmatis, Mycobacterium tuberculosis.

Kullandıkları enerji türü ve yapısal özellikleri esas alınarak 2 ana aileye ayrılabilir:

(Marquez, 2005)

1- Primer taşıyıcılar: ATP’nin kullanımı ile enerji elde ederler (ATP-binding cassette

transporters, ABC).

2- Sekonder taşıyıcılar: Elektrokimyasal potansiyel farkından yararlanarak Na+ ya

da H+ iyonlarının hücre içine alımı (antiport) ile dışa atma görevini üstlenirler.

a- Temel Kolaylaştırıcı Üstfamilyası (Major Facilitator Superfamily (MFS))

b- Direnç-Düğümlenme-Hücre Bölünmesi Familyası (Resistance-Nodulation

Division (RND))

c- Küçük Çoklu-İlaç Direnci Familyası (Small Multidrug Resistance (SMR))

d- Çoklu-İlaç ve Toksik Bileşik Atılımı Familyası (Multidrug and Toxic

Compound Extrusion (MATE))

1.2.4.4.1. Primer Taşıyıcılar (ABC transporters):

Toksinlerin, metabolitlerin ve ilaçların hücre dışına atılımı gibi farklı taşıma

fonksiyonlarına sahip çok rastlanan membran transport sistemleridir. P-glikoprotein

en çok çalışılan örneklerinden bir tanesidir, antikanser ilaç direnci ile

ilişkilendirilmiştir. Bir taraftan ATP’ye bağlanırken diğer taraftan da 2 ayrı

transmembran bölgeye bağlanmaktadır. Bakteriyel primer taşıyıcılar çoğunlukla

29

ilaca spesifiktir. Bazıları antibiyotik üreten bakterilerde bulunmaktadır, böylece kendi

ürettikleri antibiyotikten kendilerini korurlar (Ör: Streptomyces spp.) (Şekil 1.17.).

Şekil 1.17. Primer taşıyıcılar (ABC transporters).

1.2.4.4.2. Sekonder Taşıyıcılar (Secondary transporters):

a) Temel Kolaylaştırıcı Üstfamilyası (MFS)

Tüm bakterilerde ve ökaryotik hücrelerde bulunan membran taşıyıcılarıdır.

Ortamdaki çözünmüş moleküllerin uniport (tek yönlü), antiport (zıt yönlü), symport

(aynı yönlü) şekilde taşınması görevini üstlenirler (Pao ve ark.,1998). Özellikle şeker

taşınmasını sağlayan, bunun yanı sıra metabolit ve ilaçların da hücre dışına

atımında görev alan proteinlerdir. Daha çok Gram-pozitif bakterilerde çoklu-ilaç

direncinin gelişmesinden sorumludurlar.

b) Direnç-Düğümlenme-Hücre Bölünmesi (RND) Familyası

Lipofilik ve amfifilik moleküllerin veya toksik divalan katyonların taşınmasına

katılırlar, ayrıca bazı bakteri suşlarının çözücülere karşı toleransından

sorumludurlar. Gram-negatif bakterilerde yaygın olarak bulunur ve çoklu ilaç

direncini sağlarlar. Üç bölümlü yapıları vardır; iç membran pompası, dış membran

kanalı ve bu ikisini bağlayan periplazmik bölgedeki füzyon protein (Mallea ve ark.,

2003). Bu grup pompaların birbirinden farklı yapılardaki antibiyotiklere karşı direnç

gelişiminde özellikle etkili olduğu düşünülmektedir (Şekil 1.18.) (Blair ve Piddock,

2009).

30

Şekil 1.18. RND familyası genel yapısı.

c) Küçük Çoklu-İlaç Direnci (SMR) Familyası

Lipofilik katyonik ilaçların taşınmasını sağlayan mekanizmalardır (Chung ve Saier,

2001). Bilinen en küçük ilaç DAP proteinleridir. Dışa atım ile birlikte hücre içine

proton alınımı gerçekleşir.

d) Çoklu-İlaç ve Toksik Bileşik Atılımı (MATE) Familyası

Diğer sekonder taşıyıcı sistemlerin aksine, bu sınıf ilaç/H+ antiporter olarak değil,

çoğunlukla ilaç/Na+ antiporter’ı olarak fonksiyonunu sürdürmektedir

(Brown ve ark., 1999).

DAP Aracılı Dirence Karşı Mücadele Seçenekleri,

1. İlacın DAP’ı baypas etmesi

2. Substrat bağlayan bölgeye inhibitörün bağlanması

3. Pompanın inhibisyonu

4. Dış membran kanalının bloke edilmesi

5. Pompa sisteminin (çok bileşenli) inhibisyonu

6. DAP geni ifadesinin inhibisyonu olarak özetlenebilir.

(Poole ve Lomovskaya, 2006; Mahamoud ve ark., 2007)

31

Bilenen bazı DAP inhibitörleri Çizelge 5.1.’de toplu olarak gösterilmiştir.

Çizelge 1.5. Bilinen bazı DAP inhibitörleri.

L-Phe-L-Arg-β-naftilamid (MC-207, 110) (PAβN) (Lomovskaya, ve Watkins, 2001; Miyamae ve ark., 2001; Marquez, 2005)

5’-Metoksihidnokarpin (5′-MHC) (bitkisel) (Marquez, 2005)

Piridokinolin Türevleri (Pages ve ark., 2005; Marquez, 2005)

Berberin (bitkisel) (Stermitz ve ark., 2000)

Feoforbid A (bitkisel) (Marquez, 2005)

Rezerpin (bitkisel) (Marquez, 2005)

X: NH (aminokinolin), S (tiyoalkoksikinolin),

O (alkoksikinolin)

Kinolin türevleri (Pages ve ark., 2005; Marquez, 2005)

Kumarin epoksit türevleri (Stavri ve ark., 2007)

32

Yukarıda (Çizelge 1.5.) belirtilen bileşikler dışında günümüzde tedavi amaçlı

kullanılan veya klinik çalışmaları devam eden bazı antibiyotiklerin (Çizelge 1.6.)

farklı etki mekanizmalarının yanında DAP inhibörü özelliklerinin de olduğu tespit

edilmiştir. Örneğin, tigesiklin (Tygacil®) 2005 yılında piyasaya sürülen tetrasiklinden

türetilmiş bir antibiyotiktir. Tetrasiklinlere karşı gelişen önemli iki direnç mekanizması

üzerinde (DAP inhibitörü ve ribozomal koruma mekanizmaları) etkilidir, geniş

spektrumlu antibiyotik olarak deri ve karın içi enfeksiyonlarında ve toplum kökenli

pnömoni tedavilerinde kullanılmaktadır (Fluit ve ark., 2005; Pfizer, 2012). Minosiklin

(Minomycin®) de Tygacil’e benzer şekilde DAP inhibitörü özelliği ve ribozomal

koruma mekanizmaları ile birçok bakterinin neden olduğu enfeksiyonların

tedavisinde, özellikle akne tedavisinde, kullanılan bir antibiyotiktir (Fluit ve ark.,

2005; Watson Laboratories Inc., 2008). Amadasiklin (PTK-0796) aminometisiklin

türevi bir bileşiktir, Linezolit ile kıyaslanabilir ölçüde güvenli ve yüksek aktiviteye

sahiptir. Klinik çalışmaları tamamlanmıştır (Wang ve ark., 2009). Telitromisin

(Ketek®) ketolid yapısında geniş spektrumlu bir antibiyotiktir. Diğer mekanizmaların

yanı sıra DAP inhibitörü aktiviteleri de bulunmaktadır. Kronik bronşitin akut

alevlenmesi durumunda, akut sinüzit ve toplum kökenli pnömonilerde

kullanılmaktadır (Aventis Pharmaceuticals, 2001; Bryskiev, 2000). Setromisin (ABT-

773) faz 3 klinik çalışmaları sonuçlarına göre klaritromisinle kıyaslandığında daha

fazla hasta üzerinde tedavi edici etki gösterdiği tespit edilmiştir. 5000 hasta üzerinde

yapılan çalışmalar toplum kökenli pnömoni ve şarbon hastalıkları üzerinde etkili

olduğunu göstermiştir (Garcia ve ark., 2003; Drug Market Developments, 2008).

Karaciğer üzerindeki toksik etkisiyle ilgili yeterli veri bulunmamaktadır eğer yapılan

çalışmalar sonucunda güvenli bulunursa, özellikle pnömoni tedavisinde umut vaad

eden bir ilaç olacağı düşünülmektedir (Rafie ve ark., 2010). Moksifloksasin

(Avelox®), florokinolon grubu, geniş spektrumlu ve bakterisid etkili, antibakteriyel bir

ajandır. Kronik bronşitin akut alevlenmesi durumunda, akut sinüzit ve toplum kökenli

pnömonilerde kullanılmaktadır (Lomovskaya ve Bostian, 2006; RxMedia Pharma®,

2012). Verapamil (Isoptin®) kalsiyum kanal blokörü olarak Kronik koroner yetmezlik,

Angina Pectoris ve esansiyel hipertansiyon tedavisinde kullanılmaktadır (VanVeen

ve ark., 1996; RxMedia Pharma®, 2012).

33

Çizelge 1.6. DAP inhibitörü özellikleri tespit edilen antibiyotikler.

Tigesiklin (Tygacil®)

Setromisin (ABT-773)

Minosiklin (Minomycin®)

Moksifloksazin (Avelox®)

Amadasiklin Garenoksazin (BMS 284756)

Telithromycin (Ketek®)

Verapamil (Isoptin®)

1.2.4.5. Hedefin Aşırı Üretimi

Sülfonamidler, p-aminobenzoik asid (PABA) analogları olup, bu metabolik yolda

dihidropteroat sentaz (DHPS) enzimini, trimetoprim ise dihidrofolat redüktaz (DHFR)

enzimini inhibe ederek bakterilerde tetrahidrofolik asid sentezini engeller. En sık

gözlenen sülfonamid ve trimetoprim direnci, bakterinin DHPS ve DHFR’ı aşırı

derecede sentezlemesi şeklinde olmaktadır.

34

1.3. Kemoterapötik Etkili Benzoksazol Türevleri

1.3.1. Antibakteriyel Etkili Benzoksazol Türevleri

Benzoksazol halkası üzerinde ilk antibakteriyel etki çalışmaları 1950’li yıllara

dayanmaktadır. Schraufstatter (1950) 2-merkaptobenzoksazol bileşiğinin

antibakteriyel etkisini incelemiş, Ballio (1950) da aynı halka sistemi üzerine yaptığı

araştırmada benzen halkasının etki için gerekli olmadığını; ancak oksazol halkasının

redüksiyonu sonucu etkinin kaybolacağını belirtmiştir. Beckett ve Kerridge (1956) ise

4. konumda hidroksil grubu taşıyan 2-alkilbenzoksazol türevlerinin antibakteriyel

etkiye sahip olduklarını belirtmişlerdir. Şekil 1.19. ve Şekil 1.20.’de görülen,

benzoksazol halkasının 2. konumundan kükürt köprüsü ile çeşitli sübstitüentler

taşıyan aril grubu bulunan türevlerin bazı Gram-negatif ve Gram-pozitif bakteriler

üzerinde bakterisit etkili olduğu bildirilmiştir (Cossey ve ark., 1966; Heindl ve ark.,

1975; Brown ve ark., 1978; Mahmoud ve ark., 1982). Palmer ve ark. 1971 yılında 2-

(p-aminometilfenil)benzoksazolün HCl tuzunun S. pyogenes’e karşı etkili olduğunu

bildirmişlerdir.

R: H, SH, CH3, C2H5, benzil, -CH2NH2,

-SCH3, SCH2CONH2, SCH(CH3)CONH2, R1: H, OH,

Şekil 1.19. Sentezlenen bazı antibakteriyel etkili benzoksazol türevleri (Schraufstatter,

1950; Ballio, 1950; Beckett ve Kerridge, 1956; Palmer ve ark., 1971; Brown ve ark., 1978; Heindl ve ark., 1975).

N

O

X

R2

R1Y

R5

R4R3

X: -, S, SCH2, S(CH2)3CONH, SCH2CONH Y: CH, N R1, R2: H, Cl R3: H, NO2

R4: H, Cl, Br R5: OCH2CH2N(C2H5)2, NO2, SO2NH-2-piridin

Şekil 1.20. Sentezlenen bazı antibakteriyel etkili benzoksazol türevleri

(Mahmoud ve ark., 1982; Cossey ve ark., 1966) Wagner ve arkadaşları, 6-amino-2-alkilbenzoksazol türevleri üzerine yaptıkları

incelemeler sonucu, bu bileşiklerin Mycobacterim smegmatis ve M. tuberculosis’in

gelişimini durdurarak tüberkülostatik etki gösterdiklerini saptamışlardır (Wagner ve

ark., 1949). Sycheva ve arkadaşları ise, yaptıkları araştırmalar sonucu 2-

aminobenzoksazolün düşük antitüberküler etkiye sahip olduğunu ve yapının 6.

konumunda etilamino veya nitro grupları bulunduğunda etkinin tamamen ortadan

35

kalktığını bildirmişlerdir. Aynı araştırmacılar, üzerinde çalıştıkları benzoksazolil-2-

tiyoamid yapısının 6. konumunda asetamido grubu taşıması halinde etkinin ortadan

kalktığını bildirmişlerdir (Sycheva ve Shchukina, 1965; Sycheva ve ark., 1966a;

Sycheva ve ark., 1966b; Sycheva ve ark., 1967). ilaveten, N-(benzoksazol-2-il)-N’-

feniltiyoüre türevlerinin de M. tuberculosis’e karşı etkisi incelenmiş ve benzoksazol

halkasının 6. konumundaki alkoksi grubunun etkide bir değişiklik oluşturmadığı,

ancak bileşikteki fenil halkasının para konumunda alkoksi grubu bulunması halinde

etkinin arttığı ve en etkili türevin N-(benzoksazol-2-il)-N’-(p-etoksifenil)tiyoüre olduğu

belirtilmiştir (Sycheva ve ark., 1966b). Yine Sycheva ve ark. (1967) 2-

hidrazinobenzoksazol türevlerinde düşük antitüberküler etki bildirmişlerdir (Şekil

1.21. ve Şekil 1.22.)

R: -CH3, -C2H5, -C3H7, -C4H9, -tiyoamid, -NH2, tiyazolilamino-, piridilamino-, -NH2NH2

R1: -, 6-NH2, 6-AcNH, 5-NO2, 5-AcNH

Şekil 1.21. Antitüberküloz etkisi incelenmiş benzoksazol türevleri (Wagner ve ark., 1949; Sycheva ve ark., 1965; Sycheva ve ark., 1967)

X: -NH, -NHNH, -NHNHCH2CH2, R1: H, 5-OEt, 5-Br, 5-OMe, 5-NO2

Şekil 1.22. Antitüberküloz etkisi incelenmiş benzoksazol türevleri (Sycheva ve ark., 1966b; Sycheva ve ark., 1967)

Streptomyces chartreusis NRRL 3882 suşundan semisentetik yolla hazırlanan,

yapısında benzoksazol halkası içeren A 23187 kodlu kalsimisin adlı bileşiğin

iyonofor özellik gösterdiği ve Gram-pozitif bakterilere karşı inhibitör etkili olduğu

saptanmıştır (Şekil 1.23.) (Cresp ve ark., 1978; Evans ve ark., 1978; Newman ve

ark., 1979; Ören ve Yalçın, 1992).

36

Şekil 1.23. Kalsimisin.

Kalsimisin, Şekil 1.20.’de görüldüğü üzere 3 temel birimden oluşmaktadır; α-

ketopirol yapısı, benzoksazol halkası ve spiro halka sistemi (Chaney ve ark., 1974;

Haansuu, 2002). Molekül içi oluşan 3 değişik hidrojen bağı ile psödosiklik bir

konformasyona sahiptir ve bu yapı sonucu heteroatomları taşıyan yüzeyler iç

kısımda, lipofilik bölgeler ise dış kısımda kalmaktadır. Bu da molekülün

membranlardan geçişi için gerekli olan çözünürlüğünü sağlamaktadır.

Araştırmacılar, sıçan karaciğer mitokondri membranı üzerindeki çalışmaları sonucu,

kalsimisindeki antibakteriyel etkinin Mg++ ve Ca++ gibi divalan katyonlarla oluşan

dimerik yapıdan kaynaklandığını ileri sürmüşlerdir (Abbott ve ark., 1979;

Prudhomme ve ark., 1986a). Yine bazı araştırmalar sonucu kalsimisinin divalan

katyonlarla oluşturduğu komplekslerde, Ca++ iyonunun iki kalsimisine bağlanarak

antibiyotik-divalan katyon kompleksi oluşturdukları saptanmıştır (Chaney ve ark.,

1974; Schaffer ve ark., 1974; Smith ve Duax, 1976; Deber ve Pfeifer,1976;

Alleaume ve Barrans, 1985; Gresh,1986; Prudhomme ve ark., 1986a; Prudhomme

ve ark., 1986b). Oluşan bu komplekste divalan katyonun her iki kalsimisin

molekülünde yer alan karboksil gruplarının birer oksijeni, pirol halkasına bağlı

karbonil oksijenleri ve benzoksazol halkasındaki azot atomları ile koordine kovalan

bağlar yaparak şelat kompleksi oluşturduğu belirlenmiştir. Bu komplekste ayrıca

molekül içi ve moleküller arası hidrojen bağları oluşturularak ve geri kalan kısımlar

da su molekülleriyle doldurularak dimer yapının bu konformasyonda kalması

sağlanmıştır. Oluşan bu kompleks yapı ile toprak alkali katyonlar membran fazından

spesifik olarak taşınırlar. Böylece bir monokarboksilik asit olan kalsimisinin doğal ve

doğal olmayan membranlardan divalan katyonları geçirebileceği bildirilmiştir (Smith

ve Duax, 1976).

37

Streptomyces chartreusis NRRL 3882 suşundan hazırlanan bir diğer kalsimisin

türevi 3-demetilaminokalsimisin yapısındaki bileşik, sezomisin olarak

isimlendirilmiştir. Sezomisin-Ca++ komplekslerinin kalsimisinden daha zayıf etkili

olduğu bildirilmiştir. Abbot ve ark. (1973), rastgele seçtikleri 200’den fazla

mikroorganizmanın kalsimisine direnç göstermediklerini belirtmişlerdir. Daha sonraki

araştırmalarda kalsimisinin esterli türevleri de hazırlanmıştır (Abbott ve ark., 1979;

Abbott ve Fukuda, 1981). Ester yapısının, karboksil grubundan kaynaklanan

iyonofor özelliğinin yok olmasına ve bileşiğin mitokondri membranında bulunan

divalan katyonlarla kompleks oluşturmadığı için etkisinin kaybolmasına sebep

olduğu ileri sürülmüştür. Ayrıca, kalsimisinin halojenli türevlerinde etkinin düştüğü

gözlemlenmiştir (Babcock ve ark., 1980; Debono ve ark. 1980). Ancak Debono ve

ark. (1981), 4-bromo kalsimisinin divalan katyon bağlama affinitesini ve taşıma

özelliklerini incelediklerinde, divalan katyon bağlama affinitesinin kalsimisine göre,

özellikle Ca++ iyonunun seçici taşınmasında yaklaşık 10 kat daha fazla olduğunu

bildirmişlerdir. Gresh (1986) ise, divalan katyonlara affinitenin artması için

benzoksazol halkasının 5. konumunda halkaya elektron veren bir sübstitüsyonun

gerektiğini bildirmiştir (Çizelge 1.7.).

Çizelge 1.7. Bazı kalsimisin türevi bileşikler.

No R1 R2 R3 R4 R5 R6 R7 R8 R9 Kaynak 1(a) COOH NHCH3 H H H H H CH3 CH3 Debono ve ark, 1981 2 COOH NHCH3 Br H H H H CH3 CH3 Debono ve ark, 1981 3 COOH NHCH3 H H Br H H CH3 CH3 Debono ve ark, 1981 4 COOH NHCH3 H H Br H Br CH3 CH3 Debono ve ark, 1981 5 COOH NHCH3 Br H Br Br Br CH3 CH3 Debono ve ark, 1981 6 COOH NHCH3 Cl H H H H CH3 CH3 Debono ve ark, 1981 7 COOH NHCH3 H H I H H CH3 CH3 Debono ve ark, 1981 8 COOH NHCH3 H H I H I CH3 CH3 Debono ve ark, 1981 9 COOH NHCH3 Br H Br H H CH3 CH3 Debono ve ark, 1981 10 H COOH H H H H H CH3 CH3 Prudhomme ve ark., 1986a

11(b) COOH H H H H H H CH3 CH3 Prudhomme ve ark., 1986a12 COOH H H CH3 H H H CH3 CH3 Prudhomme ve ark., 1986a13 COOH H CH3 H H H H CH3 CH3 Prudhomme ve ark., 1986a14 COOH CH3 H H H H H CH3 CH3 Prudhomme ve ark., 1986a

15(c) COOH OH H H H H H CH3 CH3 Prudhomme ve ark., 1986a

38

Çizelge 1.7.’nin devamı. Bazı kalsimisin türevi bileşikler. No R1 R2 R3 R4 R5 R6 R7 R8 R9 Kaynak 16 COOH N(CH3)2 H H H H H CH3 CH3 Prudhomme ve ark., 1986a17 COOH N(CH3)C2H5 H H H H H CH3 CH3 Prudhomme ve ark., 1986a18 COOH N(CH3)COCH3 H H H H H CH3 CH3 Prudhomme ve ark., 1986a19 COOH N(CH3)COCF3 H H H H H CH3 CH3 Prudhomme ve ark., 1986a

20(d) COOH OH H H H H H CH3 H Diez-Martin ve ark, 1992 21(e) COOH OH H H H H H H H Diez-Martin ve ark, 1992 22(f) COOH H H H H H H CH3 H Diez-Martin ve ark, 1992

(a) Kalsimisin (b) Sezomisin

(c) 3-Hidroksi Sezomisin (d) X-14885A

(e) Rotienosin (f) Frankamid

Çizelge 1.7.’de yer alan rotienosin adlı bileşik Celmer ve ark. (1985) tarafından

Streptomyces routieni ATCC 39446 suşundan hareketle, semisentetik olarak

hazırlanmış ve bileşiğin Gram-pozitif bakterilere karşı etkili olduğu bildirilmiştir.

Yapılan bir başka çalışmada Alnus, Casuarina, Comptonia ve Myrica bitkilerinin kök

iplikçiklerine yerleşerek yaptığı deformasyon sonucu nodüller oluşturan Frankia

adında nitrojen bağlayıcı simbiyotik konakçı bir bakterinin frankamid [demetil (C-11)

cezomisin] (Çizelge 1.7.) adı verilen kalsimisin sınıfı yeni bir antibiyotik yapısını

ürettiği anlaşılmıştır (Haansuu, 2002). Frankamid bakterinin AiPs1 ve AiPs3

suşlarından doğal yolla elde edilmektedir. Frankamid ile yapılan disk difüzyon

testlerinde Brevibacillus laterosporus’a karşı güçlü antimikrobiyal aktivite

saptanmıştır. Haansuu (2002), frankamidin antibakteriyel aktivitesini, çeşitli bakteri

kültürlerinin süspansiyonlarında %50 büyüme inhibisyonu (IC50) cinsinden

belirlemiştir (Çizelge 1.8.).

Çizelge 1.8. Frankamidin çeşitli bakteri kültürlerinde %50 büyüme inhibisyonu (IC50)

olarak belirlenmiş antibakteriyel aktivitesi.

Bakteri suşu μg/ml

AiPs1 AiPs3 Bacillus subtilis ATCC 6633 4,5 3,0

Brevibacillus laterosporus HMNM4 3,5 belirlenemedi Staphylococcus aureus Newman 3,5 belirlenemedi

S. aureus MRSA 1061 3,0 belirlenemedi Streptococcus pyogenes ATCC 12351 4,0 belirlenemedi

S. pyogenes Lun R17 erm TR CR 4,0 belirlenemedi S. pyogenes Anc R1 ermB IR 4,0 belirlenemedi S. pyogenes Kot R37 metA M 3,5 belirlenemedi

S. pyogenes Anc R50 ermB CR 4,0 belirlenemedi S. pyogenes Jvy R8 erm TR IR 3,5 belirlenemedi S. pyogenes ohi R8 ermB CR 5,5 belirlenemedi

S. pyogenes Kuo R21 ermB CR 6,5 belirlenemedi Clavibacter michiganensis subsp.

spedonicus NCPPB 4053 0,2 0,2

Enterococcus facealis ATCC 29212 3,5 belirlenemedi

39

Suşların çoğu için IC50 değerleri 3,0 ve 6,5 μg/ml arasında gözlenmiştir. Clavibacter

michiganensis subsp. spedonicus NCPPB 4053’ün frankamide IC50=0,2 μg/ml

değeri ile en hassas mikroorganizma olduğu belirlenmiş, eritromisine rezistans S.

pyogenes Ohi R8 erm CR ve S. pyogenes Kuo R21 ermB CR suşlarının ise sırasıyla

5,5 ve 6,5 μg/ml IC50 değerleri ile daha az hassasiyet gösterdiği saptanmıştır.

Elnima ve ark. (1981) tarafından yapılan bir çalışmada, 2-benzoksazolilmetilkarbinol

ve 2-(o-aminofenil)benzoksazol türevlerinin Staphylococcus aureus’a karşı MİK

değerleri sırasıyla 25 ve 50 μg/ml olarak saptanmıştır. Phillips ve Kell (1981) ise,

Tinopal AN (Şekil 1.21.) adlı 1,1-bis(3,5-dimetilbenzoksazol-2-il)metin p-

toluensülfonat tuzu yapısındaki bileşiğin, solunum yolları enfeksiyonlarında rol alan

Paracoccus denitrificans’a karşı oldukça güçlü bir bakterisit olduğunu bildirmişlerdir.

Bakteri ve virüslere karşı inhibitör etkili ve benzoksazol halkası taşıyan, A-33853

(Şekil 1.24.) kodlu bileşik Hoehn ve Michel (1982) tarafından incelenmiştir.

Şekil 1.24. Tinopal AN (a) ve A-33853 (b) yapıları.

Boev ve ark. (1990) tarafından yapılan bir çalışmada ise 5(6)-

izotiyosiyanobenzoksazol türevi bileşikler sentezlenmiş ve antibakteriyel etkileri

incelenmiştir. Çalışma sonucunda 2. konumunda metil taşıyan bileşiklerin, H taşıyan

bileşiklere göre yüksek etki gösterdiği tespit edilmiştir. Bazı araştırmacılar tarafından

5/6-sübstitüebenzoksazol türevlerinin 2. konumunda sübstitüe furil/tiyenil/fenil/piridil

grupları taşıyan bileşikler sentezlenmiştir. Bu bileşiklerin antibakteriyel ve antimikotik

etkileri incelendiğinde, dört aromatik halkanın da antimikrobiyal etki gösterdiği, fakat

2-furil türevlerinin 2-tiyenil türevlerine göre daha etkili olduğu, ayrıca furil ve tiyenil

halkalarının 5. konumunda NO2 grubu bulunmasının etkiyi arttırdığı bildirilmiştir

(Şekil 1.25.) (Bistocchi ve ark., 1984; Pedini ve ark., 1987; De Meo ve ark. 1989;

Pedini ve ark., 1990, Kumar ve ark., 2010).

Şener ve ark. tarafından 1994 yılında, 5-sübstitüe-2-(piridil)benzoksazol türevleri

(Şekil 1.25.) üzerine yapılan bir çalışmada ise, benzoksazol halkasının 2.

40

konumunda 3-piridil yapısı taşıyan türevlerin, 2-piridil ve 4-piridil yapıları taşıyan

bileşiklere oranla antibakteriyel aktivitelerinin daha iyi olduğu belirtilmiştir. Bileşiklerin

kuantum mekanik hesaplamaları içinde teorik LUMO enerji düzeylerini saptanarak

benzoksazol halkasının 3. konumunda yer alan azot atomunun elektrofilik özellikteki

süperdelokalize olabilme etkinliğinin aktivite ile olumlu yönde bir ilişkisinin olduğu

bildirilmiştir.

Aynı araştırma grubu, benzoksazol halkasının 2. konumunda siklohekzil ve feniletil

yapıları taşıyan bileşiklerin (Şekil 1.25.) referans ilaçlarla karşılaştırılabilir düzeyde

etki gösterdiklerini ve bisiklik halka sisteminde 2. konuma bağlı 2-feniletil ve 2-

siklohekziletil gruplarının etki açısından belirgin bir farklılık oluşturmadığını, 5.

konumun etki şiddetinde rol aldığını ve bu konumda nitro, amino grupları varlığında

etkinin arttığını bildirilmişlerdir (Bistocchi ve ark., 1984; Pedini ve ark., 1987; De Meo

ve ark. 1989; Pedini ve ark., 1990; Yalçın ve ark., 1992; Şener ve ark. 1994; Şener

ve ark., 1997; Kumar ve ark., 2010).

R1: H, 5(6)-Cl, 5-F, 5-Br, 5-NO2, 5-CH3, 5-CF3, 5(6)-NCS, 5-NH2

R: H, CH3, R'-2-tiyenil, R'-2-furil, R''-fenil, R'''-benzil, 3-piridil, siklohekzil, siklohekzilmetil, siklohekziletil

R': H, 3-NO2, 3-Br, 3-CH3, 5-CH3

R'': H, 4-NO2, 4-CH3, 3-OCH3-4-OH, OCH3, Br, Cl, NO2, NH2, C(CH3)3, CH3, C2H5 NHCH3, NH(CH3)2, NHCOCH3

R''': H, OCH3, Br, Cl, NO2

Şekil 1.25. 2-Sübstitüe benzoksazol türevleri (1).

Bir seri sentezlenmiş 5(6)-sübstitüe-2-(p-sübstitüefenil)benzoksazol ve 5-sübstitüe-

2-(p-sübstitüebenzil)benzoksazol türevi bileşiklerin in vitro antibakteriyel etkileri,

ampisilin, amoksisilin, eritromisin ve kloramfenikol referans ilaçları ile

karşılaştırılmalı olarak incelenmiş ve bileşiklerin 3,12 ile 200 μg/ml arasında değişen

MİK değerleriyle antibakteriyel etki gösterdikleri tespit edilmiştir (Şekil 1.26.) (Şener

ve ark., 1986a; Şener ve ark, 1986b; Yalçın ve ark., 1986; Şener ve ark., 1987a;

Yalçın ve ark., 1987b; Özden ve ark., 1987; Yalçın ve ark., 1990; Temiz, 1991; Ören

ve ark., 1997; Temiz ve ark., 1998; Yıldız-Ören ve ark. 2004d). 5-sübstitüe-2-(p-

sübstitüefenil)benzoksazol türevlerinde benzoksazol halkasının 2. konumunda p-

sübstitüebenzil grubu taşıyan türevlerde 5. konuma NO2, H, Cl sübstitüentleri yerine

CH3 grubunun getirilmesi ile denenen tüm Gram-pozitif ve Gram-negatif

mikroorganizmalara karşı aktivitenin genel olarak arttığı bildirilmiştir (Yalçın ve ark.,

1990). Ayrıca benzoksazol halkasının 5. konumunun NO2 sübstitüsyonunun E.

N

O

RR1

41

coli’ye karşı etkiyi artırdığı; X konumunda CH2NH grubunun bulunmasının S.

faecalis’e karşı antibakteriyel etkiyi azalttığı ve genel olarak S. aureus’a karşı

bileşikler arasında en etkili sonuçlara benzotiyazol çekirdeği taşıyan türevlerin sahip

olduğu tespit edilmiştir (Yıldız-Ören ve ark. 2004d)

X: -, CH2, CH2S, CH2O, CH2NH, C2H4 Y: O, S, NH Z: CH, N R: H, F, Cl, Br, OCH3, C(CH3)3, NO2, NH2, CH3, C2H5, NHCOCH3, NHCH3, N(CH3)2 R1: H, Cl, NO2, NH2, CH3, COOCH3

R2: H, NO2, CH3

Şekil 1.26. 2-Sübstitüe benzoksazol türevleri (2).

Khan ve Rastogi, bir seri 2-(sübstitüefenil-2-tiyazolilamino)benzoksazol türevi

bileşikleri sentezleyip E. coli ve S. aureus’a karşı antibakteriyel etkilerini incelemiş,

bileşiklerin 10-25 μg/ml MİK aralığında etkili olduklarını saptamışlardır (Şekil 1.27.)

(Khan ve Rastogi, 1989).

Şekil 1.27. 2-(Sübstitüefenil-2-tiyazolilamino) benzoksazol türevi bileşikler.

Jung ve ark. (1991), sefalosporinler üzerine yaptıkları bir çalışmada 7. konuma

benzimidazol, benzoksazol ve benzotiyazol yapılarını bağlayarak antibakteriyel

etkiyi incelemiş; sonuç olarak Gram-pozitif bakterilere karşı üç analog yapının

türevlerini de etkili bulurken Gram-negatif bakterilere karşı benzimidazol türevleri

içeren yapıyı daha etkin bulmuşlar ve Pseudomonas’a karşı genellikle aktivitenin

saptanamadığını belirtmişlerdir (Şekil 1.28.).

42

X: H, OAc Y: O, S, NH R1: H, CH3, NH2, OH R2: H, CH3, OH, COOH, CH2OH, CH2NH2, CH2CN, CF3, F

Şekil 1.28. Antibakteriyel etkisi incelenmiş sefalosporin türevleri.

Yalçın ve Şener (1993) tarafından gerçekleştirilen bir çalışmada daha önce

sentezlenmiş (Noyanalpan ve Şener, 1985; Yalçın ve ark., 1985; Noyanalpan ve

Şener, 1986a; Noyanalpan ve Şener, 1986b, Yalçın ve ark., 1986; Şener ve ark.,

1986a; Şener ve ark., 1987a; Yalçın ve ark.,1987a; Yalçın ve ark., 1988; Yalçın ve

ark., 1990) 59 adet benzoksazol, oksazolo(4,5-b)piridin ve benzimidazol türevi

bileşiklerin K. pneumoniae’ye karşı yapı-etki ilişkileri incelenmiştir (Şekil 1.29.).

Şekil 1.29. K. pneumoniae’ye karşı yapı-etki ilişkileri incelenen bazı benzoksazol ve analoğu yapısındaki bileşikler.

Hansch Analiz Metodu kullanılarak gerçekleştirilen bu analizde bağımsız

değişkenler olarak lipofilik, elektronik ve sterik özellikte bazı fizikokimyasal

sübstitüent sabiteleri ve yapısal indikatör parametreler kullanılmış, yapı ile etki

arasındaki kantitatif ilişki aşağıda verilen korelasyon denklemi aracılığıyla

saptanmıştır.

Log 1/C= 0,40(±0,02)Hakseptör-R + 0,33(±0,02)IY + 0,35(±0,01)IZ - 0,48(±0,02)FR

- 0,31(±0,02)IX + 4,26 [ n= 59; R2= 0,97; s= 0,04; F= 393 ]

43

Bu korelasyon denklemine göre; 2. konumdaki fenil grubunun halkaya metilen

köprüsü ile bağlanmasının ve heterosiklik halkanın 5. konumuna hidrojen akseptörü

olan, halka üzerinde negatif alan etkisi yaratan bir grubun sübstitüsyonunun

antibakteriyel etkiyi arttırdığı belirlenmiştir.

Demirayak ve Kiraz (1993), bazı aerobik ve anaerobik bakterilere karşı etkili

olabilecek bileşikler sentezlemişlerdir. Sentezlenen türevler içinde benzoksazol

yapısı taşıyan Şekil 1.30.’daki bileşiğin; B. subtilis’e karşı 16 μg/ml, S. aureus ve E.

coli’ye karşı 64 μg/ml MİK değerinde etkili olduğunu bildirmişlerdir.

Şekil 1.30. Antibakteriyel etkisi incelenen benzoksazol türevi bileşik.

Bir seri 2-(p-sübstitüefenil)-5-sübstitüekarbonil aminobenzoksazol türevlerinin (Şekil

1.31.) sentezleri gerçekleştirilerek antibakteriyel etkileri incelenmiş ve 12,5 ile 200

μg/ml arasında değişen MİK değerleriyle antibakteriyel etki gösterdikleri tespit

edilmiştir. Çalışmalar sonucunda benzoksazol halkasının 5. konumundaki karbonil

amino grubu üzerindeki değişikliklerin antibakteriyel etki üzerinde önemli bir etki

yapmadığı, fakat R konumunda F bulunan bileşiklerin daha yüksek etki gösterdikleri

gözlenmiştir. (Akı-Şener ve ark., 2000; Temiz-Arpacı ve ark., 2002a; Temiz-Arpacı

ve ark., 2002b; Temiz-Arpacı ve ark., 2002c; Yıldız-Ören ve ark. 2004c; Tekiner-

Gülbaş ve ark. 2007b).

X: -, CH2 Y: -, CH2, OCH2,SCH2,CH2CH2, C2H4 R: H, F, C2H5, N(CH3)2 A: R'-fenil, siklohekzil, 2-tiyenil, 5-metil-2-tiyenil, 2-furil R': H, 4-F; 4-Br; 4-Cl; 4-OMe; 4-Et; 4-NO2; 4-Me; 4-t-bütil; 2,4-diOMe; 2,4-diMe;

2-OMe; 2-Cl; 4-propoksi; 3,5-diOMe; 2,5-diMe; 3-nitro-4-kloro Şekil 1.31. Bazı 2-(p-sübstitüefenil)-5-(sübstitüekarbonilamino)benzoksazol türevi

bileşikler.

44

Yeni β-laktamaz inhibitörleri geliştirmek amacıyla Kumar ve ark. (2001) tarafından

yapılan çalışmada bir seri α-ketoheterosiklik türevler sentezlenmiş ve bileşikler

içinde en etkili olanın tetrazol halkası içeren bileşik olduğu saptanmıştır.

Benzoksazol halkası taşıyan türevlerde etkinin ortadan kalkma nedeninin yapının

hacimlenerek enzimin aktif yöresi ile gerekli hidrojen bağlarını yapamamasından

kaynaklandığı moleküler modelleme çalışması ile ortaya konmuştur (Şekil 1.32.).

Şekil 1.32. β-Laktamaz inhibisyon özellikleri incelenen bileşikler.

Weidner-Wells ve ark. (2001), bakterilerin çevrelerine uyum sağlaması için önemli

olan “iki-bileşen sistemleri” (Two-Component Systems) üzerine Gram-pozitif

bakterilere karşı amidinobenzimidazoller sentezleyerek yaptıkları çalışmada

benzimidazol halkasının etkideki önemini incelemek amacıyla benzoksazol çekirdeği

içeren bileşikler de sentezlemiş, benzimidazol çekirdeği ile karşılaştırılabilir sonuçlar

almışlardır. Oksasilin ve vankomisinin referans ilaç olarak kullanıldığı çalışmada, 5.

konumunda H veya amidin grubu taşıyan 2-(2-hidroksi-3,5-tert-

bütilfenil)benzoksazol yapısındaki iki bileşiğin referans ilaçlardan daha etkili olduğu

gözlenmiştir. Ayrıca araştırma benzimidazol çekirdeğinin etki için mutlaka gerekli

olmadığını ortaya koymuştur (Şekil 1.33.).

X: NH, NHCH3, O, CH Y: C(=NH)NH2, 1H-imidazol-2-il Z: H, C(=NH)NH2 R1: OH, OMe, H

R2: t-bütil, H R3: O(4-amidin)Ph, OPh,

NPh2, 2-OH-3,5-t-dibütil R4: t-bütil, H

Şekil 1.33. Gram-pozitif bakterilere karşı etkili çıkan bazı amidinobenzazoller.

45

Benzoksazol halkasının Mycobacterium tuberculosis’e karşı etkisi incelenen bir

araştırmada ise, 2-benzilsülfanilbenzoksazol ve benzotiyazol türevleri sentezlenmiş,

bileşikler arasında iki tane nitro grubu ya da bir tane tiyoamid grubu taşıyan

bileşiklerin dikkate değer derecede etkili olduğu bildirilmiştir (Şekil 1.34.) (Koci ve

ark., 2002).

X: O, S R: 3,5-diNO2; 2,4-diNO2; 4-CSNH2; 3-CSNH2

Şekil 1.34. Bazı 2-benzilsülfanilbenzoksazol türevi bileşikler.

Kolavi ve ark. tarafından 2006 yılında yapılan bir çalışmada bir seri benzazol türevi

bileşik sentezlenmiş ve antibakteriyel etkileri incelenmiştir. Sentezlenen bileşikler

içerisinde benzoksazol halkasına sahip 2. konumunda b sübstitüenti taşıyan 5b

kodlu benzoksazol türevi bileşiğin (Şekil 1.35.) E. coli ve B. cirrhosis’e karşı

norfloksazinle kıyaslanabilecek ölçüde iyi bir antimikrobiyal etki gösterdiği

belirlenmiştir.

X: O, S, NH

R:

a b c d

Şekil 1.35. Kolavi ve ark. (2006) tarafından sentezlenen bileşikler. Sum ve arkadaşları 2003 yılında, bir seri mannopeptimisin glikopeptit

antibiyotiklerinin benzoksazol türevlerini sentezlemiş (a) ve gram-pozitif bakteriler

üzerindeki antibakteriyel etkilerini incelemişlerdir. Etkileri mannopeptimisin-β (b) ile

karşılaştırıldığında 5b, 5d, 5m, 7b kodlu bileşiklerde Gram-pozitif bakterilere karşı iyi

bir etki gözlenmiştir (Şekil 1.36.).

46

(a) (b)

R: 5b: 4-dimetilaminofenil;

5d: 3-florofenil; 5m: 3-(4-toliloksi)fenil; 7b: ((4-klorobenzoil)metil)tiyo

Mannopeptimisin-β

Şekil 1.36. Sum ve ark. (2003) tarafından sentezlenen bazı mannopeptimisin-β (b)

glikopeptit antibiyotiklerinin benzoksazol türevleri (a).

2003 yılında yapılan bir çalışmada (Turan-Zitouni ve ark., 2003) bazı 2-[(benzazol-2-

il)tiyoasetilamino]tiyazol türevi bileşikler ve analog yapıları sentezlenmiş,

antimikrobiyal etkileri incelenmiş ve karides larvasında toksisite testleri yapılmıştır

(Çizelge 1.9.). Bileşiklerin tümünün etkili olduğu bulunmuş, 9 kodlu non-toksik

bileşiğin, bakteriler üzerine en etkili bileşiklerden olduğu bildirilmiştir.

Çizelge 1.9. Bazı 2-[(benzazol-2-il)tiyoasetilamino]tiyazol türevi bileşiklerin ve analog

yapılarının saptanan MİK değerleri (μg/ml).

Bileşik R R’ X S.a. E.c. B.s. S.f. S.e. Toksisite 1 H Cl NH 31,25 62,5 62,5 31,25 3,90 zararlı 2 H NO2 NH 15,62 62,5 62,5 31,25 7,81 zararlı 3 CH3 H NH 7,81 62,5 62,5 3,90 15,62 zararlı 4 CH3 CH3 NH 62,5 62,5 7,81 7,81 15,62 zararlı 5 COOC2H5 H NH 31,25 62,5 62,5 62,5 15,62 toksik 6 COOC2H5 Cl NH 31,25 62,5 62,5 62,5 15,62 çok toksik 7 COOC2H5 CH3 NH 15,62 62,5 62,5 15,62 15,62 toksik 8 COOC2H5 NO2 NH 62,5 125 62,5 62,5 31,25 toksik 9 H NO2 O 31,25 62,5 15,62 1,95 7,81 nontoksik 10 CH3 Cl O 62,5 62,5 31,25 62,5 15,62 zararlı 11 CH3 CH3 O 15,62 62,5 62,5 3,90 15,62 zararlı

47

Çizelge 1.9.’un devamı. Bazı 2-[(benzazol-2-il)tiyoasetilamino]tiyazol türevi bileşiklerin ve analog yapılarının saptanan MİK değerleri (μg/ml)

Bileşik R R’ X S.a. E.c. B.s. S.f. S.e. Toksisite

12 CH3 NO2 O 31,25 62,5 62,5 31,25 15,62 çok toksik 13 COOC2H5 H O 62,5 62,5 62,5 62,5 15,62 çok toksik 14 COOC2H5 Cl O 31,25 62,5 62,5 62,5 62,5 toksik 15 COOC2H5 NO2 O 31,25 62,5 62,5 62,5 31,25 toksik 16 CH3 H S 3,90 62,5 62,5 31,25 7,81 çok toksik 17 COOC2H5 H S 31,25 62,5 62,5 31,25 62,5 zararlı

kloramfenikol 7,81 62,5 31,25 31,25 1,95

S.a.: Staphylococcus aureus E.c.: Escherichia coli B.s.: Bacillus subtilis

S.f.: Streptococcus faecalis S.e.: Streptococcus epidermis

Yine benzoksazol yapısı üzerine gerçekleştirilen bir diğer çalışma Ramalingan ve

ark. (2004) tarafından yapılmış, sentezlenen benzoksazoliletoksipiperidon türevi

bileşiklerin (Şekil 1.37.) antimikrobiyal etkileri incelenmiş ve 6,25 ile 200 μg/ml

arasında değişen MİK değerleriyle etki göstredikleri tespit edilmiştir. R konumunda

bulunan Cl sübstitüentinin; R1 ve R2 konumlarında ise, CH3 sübstitüsyonunun etkiyi

artırıcı rol oynadığı tespit edilmiştir.

R1, R2: H, CH3 R: H, Cl, OCH3

Şekil 1.37. Benzoksazoliletoksipiperidon türevi bileşikler.

Vinsova ve ark. (2005), bir seri lipofilik özellikte 4,6-di-tert-bütil-2-

sübstitüebenzoksazol ve 5,7-di-tert-bütil-2-sübstitüebenzoksazol türevi bileşikler

(Şekil 1.38.) sentezleyerek mikobakteriyel hücre zarından daha kolay geçmesini

hedefledikleri bileşiklerin antitüberküler etkilerini incelemişlerdir. Bileşiklerin

Mycobacterium kansasii ve M. avium gibi izoniazidin fazla etkili olamadığı, klinik

ortamdan izole edilmiş suşlar üzerinde etki incelemelerini yapmışlar, bileşikler

arasında 5,7-di-tert-bütil-2-(p-hidroksifenil) benzoksazol yapısındaki 2h kodlu

bileşiğin Mycobacterium sp. üzerinde izoniazidden daha yüksek bir etki gösterdiği,

umut verici bir bileşik olduğu tespit edilmiştir.

48

R: H, CH2CH2SCH3,CH3, CH2C6H4(4-OH), C6H5, 1H-indol-

3-il(metil), CH2C6H5, CONH2, CH(CH3)2, CH2CH(CH3)2, 3-(5,7-di-tert-bütilbenzoksazol-2-il)-propil

Şekil 1.38. 4,6-Di-tert-bütil-2-sübstitüebenzoksazol ve 5,7-di-tert-bütil-2-sübstitüe benzoksazol türevi bileşikler

Rida ve arkadaşlarının 2005 yılında yaptığı bir çalışmada bazı 2-

sübstitüebenzoksazol türevleri sentezlenmiş ve antimikrobiyal etkileri incelenmiştir.

7c kodlu bileşik (MİK<50 μg/ml) referans ilaç olan ampisilin ve streptomisin (MİK=50

μg/ml) kadar etkili, 5 ve 8a-d kodlu bileşikler dört kat daha etkili (MİK<12,5 μg/ml);

4b kodlu bileşik ise referans ilaçlardan iki kat daha etkili (MİK<25 μg/ml)

bulunmuştur (Şekil 1.39.).

R: siklohekziliden (4b), (4-klorofenil)amino)

tiyoksometil (7c)

5

8a-d R: (CH2)3CH3, fenil, benzil,

p-klorofenil

Şekil 1.39. Rida ve ark. (2005) tarafından sentezlenen etkili benzoksazol türevi bileşikler.

Jauhari ve ark. tarafından 2008 yılında yapılan bir çalışmada 2-[(arilhidrazono)

siyanometil]-5-kloro benzoksazol, 2-[(ariliden)siyanometil]-5-halo benzoksazol ve 2-

[(sikloalkilidin)siyanometil]-5-klorobenzoksazol türevleri sentezlenmiş ve 11 ve 14

kodlu bileşiklerin (Şekil 1.40.) Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus ve

Klebsiella pneumoniae’ye karşı anlamlı bir antibakteriyel etki gösterdikleri tespit

edilmiştir.

X: Cl (11), F (14)

Şekil 1.40. 2-[(Ariliden)siyanometil]-5-halo benzoksazol

Rodriguez ve ark. bir deniz mercanı türü olan Pseudopterogorgia elisabethae’den

elde ettikleri psödopteroksazol (1999) ve ileabetoksazol (2006) adlı benzoksazol

yapısı içeren diterpen alkoloidlerin Mycobacterium tuberculosis üzerindeki etkilerini

49

incelemişlerdir. Yapılan çalışmalar sonucunda psödopteroksazol’ün M. tuberculosis’i

12,5 µg/ml konsantrasyonda %97 oranında inhibe ettiği ve toksik etki yapmadığı;

ileabetoksazol’ün ise 128–64 µg/ml konsantrasyonda %92 oranında inhibe ettiği

bildirilmiştir (Şekil 1.41.).

(a)

(b)

Şekil 1.41. Psödopteroksazol (a) ve İleabetoksazol (b)

2007 yılında yapılan bir çalışmada tiyadiazoilbenzoksazol türevi bileşikler

sentezlenmiş ve antitüberküloz etkileri incelenmiştir. Sentezlenen bileşiklerden

bazılarının Mycobacterium tuberculosis’i <6,25 μg/mL konsantrasyonda; %93 (5a),

ve %95 (5b) (Şekil 1.42.) oranlarında inhibe ettiğini bildirmişlerdir ve bu oran aynı

çalışmada sentezlenmiş olan benzotiyazol ve benzimidazol türevi bileşiklere kıyasla

oldukça yüksek bulunmuştur. Bu çalışmada, sentezlenen bileşiklerin Escherichia coli

ve Bacillus cirrhosis’e karşı antibakteriyel etkileri de incelenmiş ve ortalama düzeyde

etki gösterdikleri belirlenmiştir, ayrıca piridin taşıyan 5b kodlu bileşiğin, 5a kodlu

bileşiğe göre daha yüksek antibakteriyel etki gösterdiği tespit edilmiştir (Hegde,

2007).

R: (5a) benzil, (5b) 3-piridil

Şekil 1.42. 5a ve 5b kodlu bileşikler

Anil Kumar ve Devinder Kumar’ın 2007 yılında yaptıkları bir çalışmada 2-(1'/2'-

hidroksinaftil)benzoksazol türevlerinin metal kompleksleri [Mg(II), Fe(II), Co(II), Ni(II),

Zn(II) and Cd(II)] hazırlanmış (Şekil 1.43.) ve antimikrobiyal etkileri incelenmiştir.

50

Bileşiklerin B. subtilis, E. coli ve S. aureus’a karşı 6,25 μg/ml ile >50 μg/ml arasında

değişen değerlerde etki gösterdikleri tespit edilmiştir.

Şekil 1.43. 2-(2'-Hidroksinaftil)benzoksazol ve metal kompleksi.

Önkol ve arkadaşları tarafından 2008 yılında yapılan bir çalışmada, 5-kloro-2(3H)-

benzoksazolinon türevi bileşikler (Şekil 1.44.) mikrodalga yöntemi ile sentezlenmiş,

antimikrobiyal etkileri incelenmiştir. Çalışma sonucunda 62,5 μg/ml ile 250 μg/ml

arasında değişen MİK değerleri tespit edilmiştir. Sentezlenen bileşiklerden çoğunun

S. aureus’a karşı 62,5 μg/ml değeriyle referans ilaç olarak kullanılan ampisiline eşit

değerde etki gösterdikleri tespit edilmiştir.

R: H, CH3

R1: H, Br, Cl, F, CH3, OCH3, OH

Şekil 1.44. 5-Kloro-2(3H)-benzoksazolinon türevi bileşikler

Alper-Hayta ve ark. tarafından 2008 yılında gerçekleştirilen bir çalışmada bir seri 2-

(sübstitüefenil/benzil)-5-[(2-benzofuril)karboksamido]benzoksazol türevi bileşik

(Şekil 1.45.) sentezlenmiş ve antibakteriyel etkileri incelenmiştir. Bileşiklerin 15,625

ile 500 μg/ml arasında değişen değerlerde antibakteriyel etki gösterdikleri

belirlenmiştir. Yapısında 2-(p-bromobenzil)benzoksazol grubu taşıyan bileşiğin P.

aeruginosa izolatına karşı 15,625 μg/ml MİK değeriyle en yüksek antibakteriyel

etkiyi gösterdiği tespit edilmiştir. Bu değer referans ilaç olarak kullanılan ofloksazin

ve gentamisinden daha yüksek bulunmuştur. Ayrıca, sentezlenen bileşikler

üzerinden yapılan farmakofor analizi sonucunda bileşiklerin konformasyonel

51

özelliklerinin P. aureuginosa izolatına karşı etkide önemli olduğunu, ayrıca

antibakteriyel etki açısından hidrojen bağı akseptörü (HBA) özelliğinin hidrofobik

aromatiklik (HpAr) özelliğinden daha önemli olduğu tespit edilmiştir.

R1: Br, H

R2: H, F, Cl, Br, CH3, C2H5, C(CH3)3

Şekil 1.45. 2-(Sübstitüefenil/benzil)-5-[(2-benzofuril)karboksamido]benzoksazol türevi

bileşikler.

Temiz-Arpacı ve ark. tarafından 2008 yılında yapılan bir çalışmada bir seri 2-

sübstitüe-5-etilsülfonil-benzoksazol türevi bileşikler (Şekil 1.46.) sentezlenmiş ve

antibakteriyel etkileri incelenmiştir. 7,81 ile 250 μg/ml arasında değişen

konsantrasyonlarda antibakteriyel etki gösterdikleri belirlenmiştir. Sentezlenen tüm

bileşikler B. subtilis ve S. aureus izolatlarına karşı referans ilaç olarak kullanılan

gentamisin sülfata göre daha etkili bulunmuştur.

Y: -, CH2, CH2CH2 R1: H, F, Cl, Br, CH3 R2: H, CH3 R3: H, F, Cl, Br, CH3,C2H5, C(CH3)3, NO2 R4: H, Br

Şekil 1.46. 2-Sübstitüe-5-etilsülfonil-benzoksazol türevi bileşikler.

Arısoy ve ark. tarafından 2008 yılında yapılan çalışmada 2,5-disübstituebenzoksazol

türevi bileşikler (Şekil 1.47.) sentezlenmiş ve antibakteriyel etkileri incelenmiştir.

15,625 ile 250 μg/ml arasında değişen değerlerde antibakteriyel etki tespit edilmiştir.

Sentezlenen tüm bileşikler, Pseudomonas aeruginosa ve onun gentamisin dirençli

izolatına karşı referans ilaç olarak kullanılan ampisilin trihidrat ve rifampisine göre

daha etkili bulunmuştur. Ayrıca, bu bileşiklerle birlikte ve daha önceden

sentezlenmiş (Temiz-Arpacı ve ark., 2005a) bileşiklerin Staphylococcus aureus

(MRSA)’a karşı yapı etki ilişkileri incelenmiştir. Yapılan 2D-QSAR analizinde

bağımsız değişkenler olarak lipofilik, sterik ve yapısal (indikatör) parametreler

52

kullanılmış, yapı ile etki arasındaki kantitatif ilişki aşağıda verilen korelasyon

denklemleri aracılığıyla saptanmıştır (Çizelge 1.10.). Yapılan bu çoklu regresyon

analizine göre benzoksazol halkası ile p-sübstitüefenil halkası arasındaki metilen

köprüsünün ve benzoksazol halkasının 5. konumundaki asetamido grubuna bağlı

morfolino grubunun aktiviteyi azaltıcı; aynı konuma bağlı piperazin veya N-

metilpiperazin gruplarının ise aktiviteyi arttırıcı etki gösterdiği tespit edilmiştir. Ayrıca

R konumundaki sübstitüentin büyüklüğü ve hidrofobikliği ile biyolojik etki arasında

doğru orantı olduğu gözlenmiştir.

X: -, CH2

Y: O, CH2, NH, NCH3, NPh R: H, F, Cl, Br, CH3, C2H5, C(CH3)3

Şekil 1.47. 2,5-Disübstituebenzoksazol türevi bileşikler

Çizelge 1.10. Arısoy ve ark. (2008) tarafından yapılan QSAR çalışması sonucu bulunan eşitlikler

Eşitlik

No Eşitlik n r2 s F Q2 SPRESS

1 Log1/C= +3,609(±0,25) – 0,554(±0,12)IX – 0,320(±0,13)IYO + 0,402(±0,13)B1R

20 0,910 0,126 54,539 0,876 0,149

2

Log1/C= +3,697(±0,19) – 0,298(±0,17)IX + 0,262(±0,17)IYCH3 + 0,428(±0,31)IYNH + 0,273(±0,15)πR

20 0,872 0,156 25,615 0,743 0,222

Hohmann ve ark. tarafından 2009 yılında yapılan bir çalışmada, derin su

tortularından toplanan Streptomyces sp. NTK 937 suşlarından, “karboksamisin” adı

verilen benzoksazol halkasına sahip bir bileşik (Şekil 1.48.) elde edilmiştir. Yapılan

çalışma sonucunda karboksamisin bileşiğinin; Bacillus subtilis’e karşı 8 μM,

Xanthomonas campestris’e karşı 43 μM, Ralstonia solanacearum’a karşı 176 μM

IC50 değeriyle etki gösterdiği ve bu değerlerden Bacillus subtilis’e karşı olan

değerin, referans ilaç olarak kullanılan kloramfenikolden daha yüksek olduğu

gözlenmiştir.

53

Şekil 1.48. Karboksamisin

Ertan ve ark. tarafından 2009 yılında yapılan bir çalışmada bir seri 5 (veya 6)-

nitro/amino-2-(sübstitüefenil/benzil)-benzoksazol türevi 25 adet bileşik sentezlenmiş

ve antimikrobiyal etkileri incelenmiştir. >400 ile 12,5 mg/ml arasında değişen

konsantrasyonlarda antibakteriyel etki tespit edilmiştir. Bu bileşiklerle birlikte 1997

yılında Şener ve ark., 1998 yılında Temiz ve ark tarafından sentezlenmiş ve

antimikrobiyal aktiviteleri tespit edilmiş 11 adet benzer bileşik Gram-pozitif bir bakteri

olan Bacillus subtilis ATCC 6633’e karşı yapı-etki ilişkileri 2D-QSAR çalışması ile

incelenmiştir (Şekil 1.49.). Aynı moleküller ve aynı mikroorganizma üzerinden farklı

parametreler kullanılarak 2011 yılında da Prajapat ve ark. tarafından 2D-QSAR

çalışması yapılmıştır.

R1: H, CH3, C(CH3)3, C2H5, F, Cl, Br, NO2, R2, R3: H, NO2, CH3, NH2, R4: H, Cl, F, OCH3,NO2, CH3 Y: -, CH2

Şekil 1.49. Bacillus subtilis ATCC 6633’e karşı yapı-etki ilişkileri incelenen bazı

benzoksazol türevi bileşikler.

Ertan ve arkadaşlarının gerçekleştirdiği 2D QSAR analizinde bağımsız değişkenler

olarak hidrofobik, elektronik, sterik ve yapısal (indikatör) parametreler (Eşitlik 1);

Prajapat ve arkadaşlarının gerçekleştirdiği analizde ise çeşitli termodinamik

(Standart Gibbs serbest enerjisi), elektronik (HOMO ve Repulsiyon enerji-NRE) ve

uzaysal (spatial) parametreler kullanılmış (Eşitlik 2,3), yapı-etki arasındaki kantitatif

ilişki Çizelge 1.11.’de verilen korelasyon denklemleri aracılığıyla saptanmıştır.

Yapılan bu çoklu regresyon analizleri sonucunda benzoksazol halkasının 5. ve 6.

konumlarında nitro veya amin grubu yerine metil grubunun getirilmesinin ayrıca R1

konumunda elektron çekici bir grubun bulunmasının etkiyi artırıcı rol oynadığı tespit

edilmiştir (Ertan ve ark., 2009; Prajapat ve ark. 2011).

54

Çizelge 1.11. QSAR çalışmaları sonucu bulunan eşitlikler.

Eşitlik No

Eşitlik n r r2 s F Q2 SPRESS

1

Log1/C = +0,329(±0,12)IR2 +0,315(±0,13)IR3 + 0,577(±0,24)σR1 – 0,287(± 0,18)B1R4 – 0,410(± 0,12)Sr + 4,740(± 0,25)

33 0,923 0,108 31,028 0,783 0,131

2

Log1/C = G [0,0014( ± 0,00045)] +ElcE [4,593e-005( ± 1,854e-005)] -Homo [0,266( ± 0,102)] +[5,061( ± 0,895)]

21 0,931 0,868 0,087 37,268 0,807 0,105

3

Log1/C = G [0,00152( ± 0,000457)] -Homo [0,262( ± 0,103)] -NRE [5,160e-005( ± 2,133e-005)] + [5,028( ± 0,907)]

21 0,929 0,864 0,088 36,04 0,804 0,106

González-Chávez ve ark. tarafından 2011 yılında yapılan bir çalışmada bir seri

benzimidazoilbenzensülfonamid türevi bileşik (Şekil 1.50.) sentezlenmiş ve

antibakteriyel etkileri incelenmiştir. Yapılan yapı-etki ilişkileri analizleri sonucunda

benzimidazol halkasının elektron çekiçi gruplarla sübstitüe edilmesinin özellikle

benzimidazol halkasının 5. ve 7. konumlarında bulunan NO2 gruplarının

antibakteriyel etkiyi arttırdığı ve sentezlenen bileşikler içinde metisilin dirençli

Staphylococcus aureus ve Bacillus subtilis üzerinde en yüksek etkiyi benzimidazol

halkasının 5. konumunda NO2 ve 4. konumunda klor veya brom taşıyan 28 ve 29

kodlu bileşiklerin gösterdikleri tespit edilmiştir.

R1: H, Cl, Br R2: H, NO2, F, Cl, OCH3 R3: H, NO2, NH2

28 kodlu bileşik: R1=Br, R2=NO2, R3=H; 29 kodlu bileşik: R1=Cl, R2=NO2, R3=H

Şekil 1.50. González-Chávez ve ark. (2011) tarafından sentezlenmiş benzimidazoil benzensülfonamid türevleri

55

1.3.2. Antifungal Etkili Benzoksazol Türevleri

Benzoksazol halkasının antibakteriyel etkisinin yanısıra antifungal etkisi de yıllardır

incelenmektedir. Eckstein ve arkadaşları 1958 yılında, 2-merkaptobenzoksazol

türevlerinin Fusarium culmorum, Alternaria tenuis, Rhizotonia solani mantarlarına

karşı antifungal etkilerini incelemiş ve bileşiklerin antifungal etkili olduklarını

bildirmişlerdir (Eckstein ve ark., 1958). Prudhomme ve ark. (1986a,b), kalsimisinin

antibakteriyel etkisinin yanında antifungal etkisinin de olduğunu belirtmişlerdir (Şekil

1.2.). Cossey ve ark. (1963), 2-(p-dialkilaminoalkoksifenil)benzoksazol türevlerinin

kuaterner amonyum tuzlarının bazı funguslara karşı etkili olduklarını belirtmişlerdir.

Pianka (1968), yaptığı çalışmada 2-(2,4-dinitrofenil)tiyobenzoksazol ve analoğu olan

benzotiyazol, benzimidazol türevlerini Venturia inaegualis’e karşı incelemiş ve

benzimidazol halka sistemi içeren türevlerin daha az etkili olduğunu saptamıştır.

Strehlke ve Schröder (1973), 2-(5-nitro-2-tiyazolil)benzoksazol ve analogları

üzerinde gerçekleştirdikleri antifungal etki çalışmaları sonucunda, Candida albicans,

Trichophyton mentagrophyes ve Trichophyton rubrum’a karşı antifungal etki için 2.

gruptaki nitrotiyazol grubunun gerekli olduğunu bulmuşlardır. Heindl ve ark. (1975)

da 2-((2-nitro-1,3,4-tiyadiazol-5-il)tiyo)benzoksazol bileşiğinin in vivo koşullarda

Candida albicans, Trichophyton mentagrophyes ve Trichophyton rubrum’a karşı

etkili olduklarını bildirmişlerdir. Winkelmann ve ark. (1978) ise, 2-((1-metil-5-nitro-1H-

imidazol-2-il)metil) tiyobenzoksazol ve analoğu olan benzotiyazol ve benzimidazol

türevleri arasında Trichomonas’lara karşı en etkili türevlerin benzoksazol halkası

içeren bileşikler olduğunu saptamışlardır. 1982 yılında yapılan bir başka çalışmada

ise, 2. konumunda 2-piridil, 4-piridil, 2-kinolil, 2-benzotiyazolil, 2-benzimidazolil

grupları taşıyan benzoksazol, benzimidazol, benzotiyazol türevi bileşikler

sentezlenmiş ve bunların güçlü antifungal etkiye sahip oldukları saptanmıştır

(Hisano ve ark., 1982). Sadasivashankar ve ark. (1985) ise, 2-fenil-6-(1-fenil-3-

metilpirazol-5-il)-7-hidroksibenzoksazolün Alternatia alternata ve Drechslera

rostratave’ye karşı etkin antifungal özellikte olduğunu bildirmişlerdir (Şekil 1.51.).

56

X: O, S, NH R1: H, Cl

R:

SH, fenil, 2-piridil, 3-piridil

R2: H, Cl, NO2,

R3: H, OH

Şekil 1.51. Benzoksazol ve analoğu yapısındaki antifungal etkili bileşikler.

Bartsch ve Erker tarafından 1991 yılında yapılan bir çalışmada bazı 2-(2-sübstitüetil)

benzoksazol türevi bileşikler sentezlenerek antifungal etkileri araştırılmış ve

bileşiklerin fungusit etkiye sahip olduklarını belirlenmiştir. Şener ve ark. tarafından

1994 yılında 5. konumunda hidrojen, metil, nitro, klor, amin sübstitüentleri taşıyan 5-

sübstitüe-2-(3-piridil)benzoksazol türevleri C. albicans’a karşı antifungal etkileri

incelenmiş ve kayda değer antifungal aktiviteye sahip oldukları bildirilmiştir. Başka

bir çalışmada gerçekleştirdikleri kantitatif yapı-etki ilişkileri analizleri sonucunda 2.

konumunda 3-piridil ve fenil gruplarına sahip benzoksazol türevlerinin biyoizosterik

özellik gösterdiklerini tespit etmişlerdir. Anand ve ark., (2011) tarafından yapılan bir

çalışmada da benzoksazol halkasının 2. konumunda etil ve metil sübstitüentleri

taşıyan bileşiklerin Candida glabrata üzerinde referans ilaç olarak kullanılan

mikonazolden daha iyi antifungal etki gösterdikleri belirlenmiştir. Kumar ve ark.

tarafından 2010 yılında yapılan bir çalışmada, 2-arilbenzoksazol türevleri

sentezlenmiş ve Aspergillus flavus ve Aspergillus niger’e karşı antifungal etkileri test

edilmiştir. Benzoksazol halkasının 2. konumunda tiyenil veya p-nitrofenil grupları

bulunan bileşiklerde daha yüksek antifungal etki görülmüştür (Şekil 1.52.).

S

NH

N

NH

57

R: CH3, C2H5, C2H5-R', 2-tiyenil, 3-metil-2-tiyenil, 5-metil-2-thienyl, 3-piridil,

C6H5, 4-MeC6H4, 4-NO2C6H4, 3-OMe-4-OHC6H3, SH R': dietilamin, 1-morfolin, 1-pirolidin, 1-piperidin, 4-metil-1-piperazin, R1: H, Cl, CH3, NO2, NH2

Şekil 1.52. 2,5-Disübstitüebenzoksazol türevleri

Araştırmacılar, yaptıkları çeşitli çalışmalarda bazı 2,5-disübstitüebenzoksazol türevi

bileşikler (Şekil 1.53.) sentezleyerek Candida albicans üzerindeki antifungal etkilerini

incelemiş ve 6,25 ile 200 µg/ml arasında değişen MİK değerleriyle antifungal aktivite

gösterdiklerini bildirmişlerdir (Şener ve ark., 1986a; Şener ve ark., 1986c; Yalçın ve

ark., 1986; Şener ve ark., 1987a; Şener ve ark., 1987b; Özden ve ark., 1987; Yalçın

ve ark., 1990; Türker ve ark., 1990; Yıldız-Ören ve ark. 2004d). Bu bileşikler üzerine

yapılan kantitatif yapı-etki ilişkileri analizi sonucu benzoksazol halkasının elektron

akseptör özelliği arttıkça bileşiğin antifungal etkisinin arttığı (Türker ve ark., 1990),

heterosiklik halkanın 5. konumunun etki şiddetini arttırmada rolü olduğu ve burada

yer alan sübsititüentin halkadan elektron çekici özellikte olduğunda antifungal etkiyi

arttırdığı (Ören ve ark., 2002; Yıldız-Ören ve ark., 2004d), 5. konumun benzoksazol

halkasının 6. konumundan ve 2. konumuna bağlı fenil halkasının para konumundan

daha önemli olduğu ve benzoksazol halkasının 2. konumu ile fenil halkası

arasındaki metilen köprüsünün antifungal etkiyi artırdığı (Yalçin ve ark, 2000); ayrıca

metilen köprüsünün etil, fenoksimetil ve feniltiyometil gruplarından daha önemli

olduğu tespit edilmiştir (Temiz, 2001; Yıldız-Ören ve ark., 2004d).

X: -, CH2, CH2S, CH2O, CH2NH, C2H4 Y: O, S, NH Z: CH, N R: H, F, Cl, Br, OCH3, C(CH3)3, NO2, NH2, CH3, C2H5, NHCOCH3, NHCH3, N(CH3)2 R1: H, Cl, NO2, NH2, CH3, COOCH3

R2: H, NO2, CH3

Şekil 1.53. 2,5-Disübstitüebenzoksazol türevleri ve analogları

58

Benzoksazol halkasının antifungal etkisini araştıran bir başka çalışmada ise bazı

benzoksazol, oksazolo(4,5-b)piridin, benzotiyazol ve benzimidazol türevlerinin (Şekil

1.54.) C. albicans’a karşı antifungal etkisi incelenmiştir. Türevlerin çoğunda

kullanılan standart ilaçlarla karşılaştırılabilir düzeyde antifungal etki bulunmuştur

(Şener ve ark., 1987c; Yalçın ve ark., 1992; Ören ve ark., 1998)

X: O, S, NH Y: N, CH Z: -, CH2, C2H4, CH2NH R: H, Cl, NH2, NO2

R': H, CH3, NO2 R1: Cl, Br, CH3, C2H5, C(CH3)3, OCH3, OC2H5, NO2, NH2 A: fenil, siklohekzil, siklopentil

Şekil 1.54. Antifungal etkileri incelenen bazı benzoksazol ve analogları olan oksazolo(4,5-b)piridin, benzotiyazol ve benzimidazol türevleri

Şener ve ark. (1991), C. albicans’a karşı antifungal etki gösteren 46 adet

benzoksazol ve oksazolo(4,5-b)piridin türevi bileşik (Şekil 1.55.) üzerinde

gerçekleştirdikleri kantitatif yapı-etki ilişkileri analizlerinde bağımsız değişkenler

olarak lipofilik, elektronik, sterik özellikteki fizikokimyasal sübstitüent sabiteleri ve

yapısal indikatör parametreleri kullanarak şu sonuçları elde etmişlerdir:

Y N

O

Z

R

R1

Y: CH, N Z: CH2,- R: H, Cl, NO2, NH2, CH3 R1: H, Cl, NO2, NH2, CH3, Br, F, C2H5, OCH3,

C(CH3)3, OC2H5, NHCH3, N(CH3)2, NHCOCH3

Şekil 1.55. Antifungal etkili benzoksazol ve oksazolo(4,5-b)piridin türevi bileşikler.

Heterosiklik halkanın 5. konumundaki grup hidrojen akseptörü ise ve halkadan

elektron çekme özelliğine sahipse antifungal etki artmakta;

2. konumdaki fenil grubunun halkaya metilen köprüsü ile bağlanması etkiyi

arttırmakta;

R1 konumunun etkiye kayda değer bir katkısı bulunmamaktadır.

59

Gershon ve ark. (1993) da 2-metilbenzoksazol ve 6-kloro-2-metilbenzoksazol

molekülleri ile 2-benzoksazolon, N-metil-2-benzoksazolon, 6-kloro(6-bromo)-2-

benzoksazolon ve 6-kloro(6-bromo)-N-metil-2-benzoksazolonu sentezlemiş ve bu

türevlerin A. niger, A. oryzae, T. viride, M. cirinelloides, T. mentagrophytes gibi

funguslara karşı fungusit etkiye sahip olduklarını bulmuşlardır (Şekil 1.56.).

Şekil 1.56. Gershon ve arkadaşlarının fungusit etkili bulduğu bazı benzoksazol türevi

bileşikler.

Benzoksazol halkası üzerine yapılan çalışmalarda bazı 2-(p-sübstitüefenil)-5-

sübstitüekarbonilaminobenzoksazol türevlerinin (Şekil 1.57.) sentezi

gerçekleştirilerek bu bileşiklerin antifungal etkileri incelenmiş, 3,12 ile 100 μg/ml

arasında değişen MİK değerleriyle antifungal aktivite gösterdikleri tespit edilmiştir.

Çalışmalar sonucunda benzoksazol halkasının 5. konumunda p-bromo/kloro/metil-

fenil-asetamido gruplarının ve 2-benzilbenzoksazol yapısının p-kloro

süstitüsyonunun C. crusei ve C. glabrata üzerindeki antifungal etkiyi arttırdığı, ayrıca

C. albicans’a karşı 2-benzilbenzoksazol türevlerinin 2-fenilbenzoksazol türevlerine

göre daha yüksek antifungal etki gösterdikleri tespit edilmiştir (Akı-Şener ve ark.,

2000; Temiz-Arpacı ve ark., 2002a; Temiz-Arpacı ve ark., 2002b; Temiz-Arpacı ve

ark., 2002c; Yıldız-Ören ve ark., 2004c; Tekiner-Gülbaş ve ark., 2007b).

X: -, CH2 Y: -, CH2, OCH2,SCH2,CH2CH2, C2H4 R: H, F, C2H5, N(CH3)2 A: R'-fenil, siklohekzil, 2-tiyenil, 5-metil-2-tiyenil, 2-furil, R': H, 4-F; 4-Br; 4-Cl; 4-OMe; 4-Et; 4-NO2; 4-Me; 4-t-bütil; 2,4-diOMe;

2,4-diMe; 2-OMe; 2-Cl; 4-propoksi; 3,5-diOMe; 2,5-diMe; 3-nitro-4-kloro.

Şekil 1.57. Bazı 2-(p-sübstitüefenil)-5-(sübstitüekarbonilamino)benzoksazol türevi

bileşikler.

60

Araştırmacılar, bazı 2-p-sübstitüefenil-5-sübstitüekarbonilaminobenzoksazol türevi

bileşikler (Şekil 1.58.) sentezleyerek bileşiklerin C. albicans’a karşı antifungal

etkilerini incelemişlerdir (Akı-Şener ve ark., 2000; Temiz-Arpacı ve ark., 2002a,

Temiz-Arpacı ve ark., 2002b). Sentezlenen türevlerde 12,5-50 µg/ml arasında

değişen MİK değerleri saptanmıştır. 2. konumundaki fenil halkasının 4-tert-bütil ile

sübstitüsyonu sonucu antifungal etkinin azaldığı gözlenmiştir.

Y: CH2, OCH2, SCH2 R: H, C2H5, F A: fenil, 4-florofenil, 4-bromofenil, 4-klorofenil, 4-metoksifenil, 4-metilfenil,

4-etilfenil, 4nitrofenil, 4-tert-butilfenil, 2-metoksifenil, 2-klorofenil, 2,4-dimetoksifenil, 2,4-dimetilfenil, 3,5-dimetoksifenil, siklohekzil

Şekil 1.58. Antifungal etkileri incelenen bazı benzoksazol türevi bileşikler.

Haansuu 2002 yılında, benzoksazol halkası içeren frankamid adlı kalsimisin türevi

bileşiğin antifungal aktivitesini belirlemek amacı ile modifiye disk difüzyon yöntemi

kullanarak büyümenin inhibisyonunu incelemiş, bileşiğin çeşitli funguslar üzerinde

oldukça etkili olduğunu bulmuştur (Çizelge 1.12.). Frankamidin 10 µg içeren en

düşük miktarında dahi, mantarlardan Phtophora türlerinin, Botrytis cinera ve

Fusarium culmorum’un büyümesini inhibe ettiği belirlenmiştir. Ancak aynı bileşiğin

C. albicans üzerine etkili olmadığı saptanmıştır.

Çizelge 1.12. Frankamidin modifiye disk difüzyon yöntemiyle mantarların büyümesi

üzerindeki inhibitör etkisi.

Mantarlar μg / test diski (inhibisyon zon çapı, mm)

10 50 100 Phytophora PH5 6,0±0,3 7,5±0,2 9,0±0,2

Botrytis cinera HK2 5,5±0,2 8,0±0,0 9,0±0,2 Fusarium culmorum HK3 2,0±0,0 5,5±0,2 5,5±0,0 Rhizoctonia solani HK1 +(a) + 2,5±0,2

Rhizoctania 264 -(b) - + Heterobasidon annosum - - +

(a) Çok zayıf büyüme inhibisyonu (b) Büyüme inhibisyonu

Turan-Zitouni ve ark. (2003), bazı 2-[(benzazol-2-il)tiyoasetilamino]tiyazol türevi

bileşikler sentezlemiş, Candida albicans üzerindeki antifungal etkilerini de

incelemişlerdir. Bileşiklerin hepsinin oldukça güçlü antifungal etkili (4-16 μg/ml )

61

olduğu ve çoğu bileşiğin referans ilaç olarak kullanılan ketokonazol’e eşit ya da daha

yüksek bir etkiye sahip olduğu saptanmıştır (Şekil 1.59.).

X: O,S, NH R: H, CH3, COOC2H5 R': H, Cl, NO2, CH3

Şekil 1.59. Antifungal etkileri incelenmiş bazı 2-[(benzazol-2-il)tiyoasetilamino]tiyazol türevleri.

Ramalingan ve arkadaşları 2004 yılında sentezledikleri benzoksazoliletoksipiperidon

türevi bileşiklerin (Şekil 1.60.) antifungal etkilerini incelemişlerdir. R konumunda

OCH3 grubu taşıyan bileşiklerin Candida albicans, Aspergillus niger ve A. flavus’a

karşı güçlü in vitro antifungal etki gösterdiklerini bildirmişlerdir.

R1, R2: H, CH3 R: H, Cl, OCH3

Şekil 1.60. Benzoksazoliletoksipiperidon türevi bileşikler.

Bazı araştırmacıların yaptıkları çalışmalarda 2,5-disübstituebenzoksazol türevi

bileşikler (Şekil 1.61.) sentezlenmiş ve antifungal etkileri incelenmiştir. 7,8 ile 125

μg/ml arasında değişen konsantrasyonlarda antifungal etki tespit edilmiştir.

Sentezlenen bileşikler içinden Candida krusei’ye karşı en yüksek etkiyi R

konumunda t-bütil, Y konumunda ise NH veya NCH3 yapısı taşıyan 2-fenil

benzosazol türevi bileşiklerin gösterdiği ve bu etkilerin referans ilaç olarak kullanılan

flukanozolden bir dilüsyon daha yüksek olduğu tespit edilmiştir (Temiz-Arpacı ve

ark., 2005a; Arısoy ve ark., 2008).

62

X: -, CH2

Y: O, CH2, NH, NCH3, NPh R: H, F, Cl, Br, CH3, C2H5, C(CH3)3

Şekil 1.61. 2,5-Disübstituebenzoksazol türevi bileşikler.

2007 yılında yapılan bir çalışmada tiyadiazoilbenzoksazol türevi bileşikler

sentezlenmiş, Aspergillus niger ve Penicillium worthmanni’ye karşı antifungal etkileri

incelenmiştir. Ortalama düzeyde etki gösterdikleri belirtilen bileşiklerden piridin

taşıyan 5b kodlu bileşiğin, 5a kodlu bileşiğe (Şekil 1.62.) göre daha yüksek

antifungal etki gösterdiği belirtilmiştir (Hegde, 2007).

R: (a) benzil, (b) 3-piridil

Şekil 1.62. 5a ve 5b kodlu bileşikler.

Anil Kumar ve Devinder Kumar’ın 2007 yılında yaptıkları çalışmada 2-(1'/2'-

hidroksinaftil)benzoksazol türevlerinin metal kompleksleri [Mg(II), Fe(II), Co(II), Ni(II),

Zn(II) and Cd(II)] hazırlanmış (Şekil 1.63.) ve antimikrobiyal etkileri incelenmiştir.

Bileşiklerin A. ficuum, A. parasiticus, C. albicans ve A. niger’e karşı <3,12 μg/ml ile

25 μg/ml arasında değişen konsantrasyonlarda etki gösterdikleri tespit edilmiştir.

Şekil 1.63. 2-(1'/2'-Hidroksinaftil)benzoksazol ve metal kompleksleri.

63

Önkol ve arkadaşları tarafından 2008 yılında yapılan bir çalışmada, 5-kloro-2(3H)-

benzoksazolinon türevi bileşikler (Şekil 1.64.) mikrodalga yöntemi ile sentezlenmiş,

Candida albicans ve Candida parapsilosis antibakteriyel etkileri incelenmiştir.

Çalışma sonucunda 62,5 μg/ml ile 125 μg/ml arasında değişen MİK değerleri tespit

edilmiştir. Bileşiklerin tamamının referans ilaç olarak kullanılan flukonazole eşit veya

daha iyi etki gösterdikleri tespit edilmiştir.

R: H, CH3

R1: H, Br, Cl, F, CH3, OCH3, OH

Şekil 1.64. 5-Kloro-2(3H)-benzoksazolinon türevi bileşikler.

Soni ve ark., tarafından 2008 yılında yapılan bir çalışmada 2-(2'-hidroksinaftil)

benzoksazol ve 2-(2'-aminofenil)benzoksazol bileşiklerinin (Şekil 1.65.)

fosforilasyonu ve tiyofosforilasyonu gerçekleştirilerek oluşturulan organofosfat

bileşiklerinin Aspergillus niger ve Fusarium oxysporium’a karşı antifungal etkileri

incelenmiştir. Bileşiklerin organofosfat hallerinin ana yapılarına oranla daha etkili

fakat referans ilaç olarak kullanılan Dietan M-45’e göre daha düşük etkili oldukları

tespit edilmiştir.

n = 1, 2, 3 X = O/S

Şekil 1.65. 2-(2'-Hidroksinaftil) benzoksazol ve 2-(2'-aminofenil)benzoksazol bileşiklerinin

organofosfat halleri.

Jauhari ve ark. tarafından 2008 yılında yapılan bir çalışmada 2-[(arilhidrazono)

siyanometil]-5-kloro benzoksazol, 2-[(ariliden)siyanometil]-5-halo benzoksazol, ve 2-

[(sikloalkilidin)siyanometil]-5-klorobenzoksazol türevleri (Şekil 1.66.) sentezlenmiş ve

11 ve 14 kodlu bileşiklerin Aspergillus flavus ve Aspergillus niger’i %85-95 oranında

64

inhibe ettikleri tespit edilmiştir. Çalışma sonucunda 5. konumda flor veya klor

sübstitüentinin ve fenil halkasındaki üç metoksi grubunun aktiviteyi artırdığı

düşünülmüştür.

X: Cl (11), F (14)

Şekil 1.66. 2-[(Benziliden)siyanometil]-5-halo benzoksazol türevleri.

Alper-Hayta ve ark. tarafından 2008 yılında gerçekleştirilen bir çalışmada bir seri 2-

(sübstitüefenil/benzil)-5-[(2-benzofuril)karboksamido]benzoksazol türevi bileşik

(Şekil 1.67.) sentezlenmiş ve antibakteriyel etkileri incelenmiştir. 15,625 ile 500

μg/ml arasında değişen konsantrasyonlarda antifungal etki gösterdikleri

belirlenmiştir. Yapısında 2-benzilbenzoksazol grubu taşıyan 8 kodlu bileşiğin C.

krusei’ye karşı referans ilaç olarak kullanılan flukonazole göre sadece bir dilüsyon

daha düşük etki gösterdiği tespit edilmiştir.

R1: Br, H R2: H, F, Cl, Br, CH3, C2H5, C(CH3)3

Şekil 1.67. 2-(Sübstitüefenil/benzil)-5-[(2-benzofuril)karboksamido]benzoksazol türevi

bileşikler

Temiz-Arpacı ve ark. tarafından 2008 yılında yapılan bir çalışmada bir seri 2-

sübstitüe-5-etilsülfonil-benzoksazol türevi bileşik (Şekil 1.68.) sentezlenmiş ve

antifungal etkileri incelenmiştir. 15,625 ile 125 μg/ml arasında değişen değerlerde

antifungal etki gösterdikleri belirlenen bu bileşiklerin çoğu C. albicans izolatına karşı

referans ilaç olarak kullanılan flukonazole göre daha etkili bulunmuştur.

65

Y: -, CH2, CH2CH2 R1: H, F, Cl, Br, CH3 R2: H, CH3 R3: H, F, Cl, Br, CH3,C2H5, C(CH3)3, NO2 R4: H, Br

Şekil 1.68. 2-Sübstitüe-5-etilsülfonil-benzoksazol türevi bileşikler.

Kuroyanagi ve ark. tarafından 2010 yılında yapılan bir çalışmada sentezlenen 6

kodlu benzoksazol türevi bileşiğin (Şekil 1.69.) S. cerevisiae üzerinde, <0,016 μg/mL

MİK değeriyle; Candida sp. üzerinde ise <0,016 μg/mL ile 4 μg/mL arasıda değişen

MİK değerleriyle antifungal etki gösterdiği tespit edilmiştir ve bu değerlerin çoğunun

referans ilaç olarak kullanılan flukanozole (0,25-16 μg/mL) göre oldukça yüksek

oldukları gözlenmiştir.

N

O

CCH3

CH3

CH3

N

NMe2

Ph

H3C

CN

Şekil 1.69. 6 kodlu bileşik.

Sheng ve ark. tarafından 2010 yılında yapılan bir çalışmada N-mristol-transferaz

(NMT) enzimi üzerinden antifungal etki yapabileceklerini düşündükleri,

benzoheterosiklik (benzofuran, benzotiyazol) NMT inhibitörlerinin izosterik analoğu

olan, bir seri benzoksazol türevi (8a-h) (Şekil 1.70.) sentezlenmiştir. Çalışma

sonucunda R konumunda 2,3,4-triF taşıyan 8f kodlu bileşiğin, Candida sp. üzerinde

standart ilaç olarak kullanılan flukonazol ile eşit veya daha yüksek antifungal etki

gösterdiği belirlenmiştir.

R: H, 2-F, 4-F, 2,4-diF, 2,6-diF, 2,3,4-triF, 2,4,6-triF, 3-NO2

Şekil 1.70. 8a-h kodlu bileşikler.

66

Özdemir ve ark. tarafından 2010 yılında yapılan bir çalışmada bir seri 1-

[(benzoksazol-2-il)tiyoasetil]-3,5-diaril-2-pirazolin türevi bileşik (Şekil 1.71.)

sentezlenmiştir. Candida sp. üzerindeki antifungal etkileri incelenen bileşiklerin

çoğunun referans ilaç olarak kullanılan ketokonazolle kıyaslanabilir ölçüde antifungal

etki gösterdikleri tespit edilmiştir.

R1: H, Cl, O-CH2-O R2: H, Cl, CH3

Şekil 1.71. 1-[(Benzoksazol-2-il)tiyoasetil]-3,5-diaril-2-pirazolin türevi bileşikler.

Podunavac-Kuzmanović ve Velimirović tarafından 2010 yılında yapılan bir

çalışmada, bir seri benzoksazol türevinin (Şekil 1.72.) Candida albicans üzerinde

gösterdikleri antifugal etki ile bileşiklerin lipofilitesi arasındaki ilişkiyi değerlendirmek

üzere kantitatif yapı etki ilişkileri analizi yapılmıştır. LogP parametresi kullanılan

çalışmada sonucunda benzoksazol türevlerinin antifungal etkleri açısından, lipofilik

özelliğin önemli olduğu belirlenmiştir (Podunavac-Kuzmanović ve Velimirović, 2010).

log1/C = 0,1589logP + 3,4398; r = 0,9643; s = 0,0119

R1: H, Cl, F, CH3, C2H5, OCH3, C(CH3)3, NH2, NHCH3, N(CH3)2, NHCOCH3, NO2, R2: H, Cl, NH2, CH3

Şekil 1.72. 2,5-Disübstitüe benzoksazol türevi bileşikler.

Kuroyanagı ve ark. tarafından 2011 yılında yapılan bir çalışmada of 1,3-

benzoksazol-4-karbonitril türevi bileşikler sentezlenmiş ve Candida sp. üzerindeki

antifungal etkileri incelenmiştir. Sentezlenen bileşiklerden 16b kodlu bileşiğin (Şekil

1.73.) Candida sp. üzerinde invitro ortamda güçlü bir etki gösterdiği, suda

çözünürlüğünün ve preklinik çalışmalarda metabolik stabilitesinin yüksek olduğu

belirlenmiştir. Candida ile enfekte edilmiş fare modelleri üzerinde yapılan çalışmalar

sonucunda yine güçlü antifungal etki ve yüksek biyoyararlanım gösterdiği tespit

edilmiştir.

67

Şekil 1.73. 4-Siyano-N,N,5-trimetil-7-[(3S)-3-metil-3-(metilamino)pirolidin-1-il]-6-fenil-1,3-benzoksazol-2-karboksamid (16b).

1.3.3. Antitümör Etkili Benzoksazol Türevleri

1958 yılında, benzoksazol halkası ile sıçanlar üzerinde yapılan araştırmalarda

benzoksazol yapısının düşük antitümoral etkiye sahip olduğu saptanmıştır (Clayton,

1958). Bahner ve ark. (1981) ise, sentezledikleri 2-(2-(benzodioksan-5-il)sitiril)

benzoksazol bileşiğinin güçlü antitümoral etki gösterdiğini bildirmişlerdir (Şekil 1.74).

Şekil 1.74. 2-(2-(Benzodioksan-5-il)sitiril)benzoksazol yapısı.

Atwell ve ark. (1989), flavon asetik asitin bazı solid tümörlere etkili olmasını göz

önünde bulundurarak 2-fenil-7-benzoksazol asetik asit yapısını sentezlemiş ancak

bileşiğin etkisiz olduğunu saptamışlardır (Şekil 1.75.).

Şekil 1.75. Flavon asetik asit (a) ve 2-fenil-7-benzoksazol asetik asit (b) yapıları.

Denny ve arkadaşlarının yaptıkları çalışmalarda 7-sübstitüe-2-fenil benzoksazol,

analoğu olan benzimidazol türevi ile 4-sübstitüe-2-fenil benzoksazol bileşikleri

68

sentezlenmiş ve bileşiklerde S. typhimurium üzerinde DNA şelasyon ligandı özelliği

saptanmıştır. Bileşiklerin memeliler üzerinde, daha düşük DNA bağlanma özelliği ile

sitotoksik etkili olduğu belirtilmiştir (Şekil 1.76.) (Denny ve ark., 1990a; Denny ve

ark., 1990b).

N

X

R

X: O, NHR: 4(7)-CONH(CH2)2N(CH3)2

Şekil 1.76. Denny ve arkadaşlarının antitümöral etkilerini inceledikleri benzoksazol

türevleri.

Rao ve Lown, 1991 yılında bisbenzazol yapısı içeren Hoechst 33258 (X: CH, Y: NH,

R: 2-(4-hidroksifenil)benzimidazol-5-il) adlı sentetik bileşiğin güçlü antitümör etkili

sahip olduğunu belirtmişlerdir. Sentezledikleri bileşiklerin DNA ile bağlanmasında

moleküler ve global elektrostatiğin, Van der Waals etkileşmesinin ve hidrojen

bağlarının büyük rol oynadığını bildirmişlerdir (Şekil 1.77.) (Rao ve Lown, 1991).

R:

X: CH, NH Y: NH, O Z: O, NH R': OH, OCH3

Şekil 1.77. Rao ve Lown’un (1991) sentezlediği bisbenzazol türevi bileşikler.

Ueki ve ark. (1993) yılında Streptomyces 517-02 suşundan izole ettikleri UK-1 kod

adlı bileşiğin (Şekil 1.78.) B16, HeLa, P388 hücrelerine karşı güçlü sitotoksik etkiye

sahip olduğunu ancak antibakteriyel etkisinin olmadığını bildirmişlerdir. UK-1’den

hareketle sentezledikleri MUK-1 ve DMUK-1 kodlu bileşiklerden MUK-1’de hem

antibakteriyel hem de antifungal etkiye rastlarken DMUK-1’de sadece antibakteriyel

etki saptamışlardır (Şekil 1.78.) (Shibata ve ark., 1993). Reynolds ve ark. (1999) da

UK-1’in Mg++, Zn++, Ca++ ve Fe+3 iyonları ile kompleks oluşturabildiğini, Mg++ iyonları

varlığında DNA’ya 10 kat daha sıkı bağlanabildiğini saptamışlar ve UK-1’in de bir

topoizomeraz II enziminin inhibitörü olduğunu belirtmişlerdir. Sato ve ark. (2001),

Streptomyces sp. AC9561 suşundan elde edilen AJI9561 kodlu bileşiğin de

antitümör etki gösterdiğini bulmuşlardır. 2008 yılında ise, UK-1 için faz 1 klinik

çalışmaları başarıyla tamamlanmıştır. WX-UK1’in kapesitabin (Xeloda®) ile kombine

69

olarak kullanımının test edildiği çalışmalar sonucunda, ilaç kombinasyonu denenen 25

hastadan 23’ünün başarıyla tedavi edildiği ve ciddi bir yan etkiye rastlanmadığı

belirtilmiştir (Drug Information Online, 2011). Kumar ve ark. (2002) da UK-1

bileşiğinin lösemi, lenfoma ve bazı solid tümör hücreleri üzerinde geniş spektrumlu

ve etkili (IC50 değeri 20 nM civarında) güçlü antitümöral etki gösterdiğini

belirtmişlerdir. Yaptıkları çalışmada bir seri UK-1 türevi bileşikler (Şekil 1.78.)

sentezlemişler, UK-1 yapısı üzerinde bulunan karbometoksibenzoksazol

sübstitüentini karbometoksibenzimidazol grubu ile yer değiştirdikleri zaman bileşiğin

etkisiz hale geldiğini görmüşler; bunu da bileşiğin UK-1’e oranla 50 kat daha az Mg++

iyonu bağlamasının bir sonucu olarak düşünmüşlerdir. Çalışmalarında karbometoksi

benzoksazol sübstitüentini, karbometoksi grubu ile yer değiştirdiklerinde ise bileşiğin

etkisinin UK-1’e çok yakın olduğunu bildirmişler ve bu bileşiğin Mg++ bağlama

kapasitesinin UK-1 ile hemen hemen aynı olduğunu saptamışlardır. Wang ve ark.

(2004b) ise, UK-1 bileşiği üzerinde modifikasyonlar yaparak UK-1 yapısındaki

fonksiyonel grupların etkisini incelemişlerdir. Bu modifikasyonların ilkinde karboksilik

asit-metil ester grubunu, ikincisinde molekül üzerindeki o-hidroksil sübstitüentini,

sonuncusun da ise her iki grubu kaldırarak yeni bileşikler türetmişlerdir. İncelemeleri

sonucu ilk iki türevin sitotoksik etkisinin UK-1’e yakın olduğunu, son türevin ise

etkisiz hale geldiğini saptamışlar, buradan yola çıkarak molekül üzerindeki bu

grupların bileşiğin metallerle şelat bağı yaparak DNA’ya bağlanmasında rol aldığı

sonucuna varmışlardır. Sommer ve ark 2008 yılında Streptomyces sp. Tü 6176

suşundan nataksazol adı verilen UK-1 türevi bir bileşik elde etmişler ve birçok insan

tümör hücresi üzerinde UK-1 ve AJI9561’ye benzer şekilde güçlü etki gösterdiğini

tespit etmişlerdir.

N

O

O N

COOR1

OR2

R

Bileşik R R1 R2 UK-1 H CH3 H

MUK-1(a) H CH3 CH3 DMUK-1(a) H H H AJI9561 CH3 H H

Nataksazol CH3 CH3 H

Şekil 1.78. UK-1 ve türevleri.

Peel ve ark. (1995) tarafından sentezlenen benzoksazol yapısı taşıyan kamptotesin

türevi bileşik (Şekil 1.79.), kamptotesin gibi güçlü topoizomeraz I inhibitörü olarak

etki göstermiştir (IC50=150 nM).

70

Şekil 1.79. Benzoksazol yapısı taşıyan kamptotesin türevi bileşik.

Lozano ve ark. 1998 yılında bazı benzoksazol ve benzotiyazol yapıları içeren cis-

platin kompleksleri sentezleyerek U937 insan histiositik lenfoma hücreleri üzerindeki

sitotoksik etkilerini incelemişlerdir. Bu bileşikler içinde benzotiyazol içeren

kompleksler, benzoksazol içeren komplekslerden daha aktif bulunurken bu yapıların

taşıdığı stiril parçasındaki 2', 3' ve 3', 4' dimetoksi grubu içeren kompleksler, 2', 5'

içerenlere göre daha aktif bulunmuştur (Çizelge 1.13.).

Çizelge 1.13. Lozano ve ark. (1998) tarafından sentezlenen bazı benzoksazol ve

benzotiyazol yapıları içeren cis-platin kompleksleri.

Pınar ve ark. (2004) yaptıkları çalışmada, daha önceden sentezlenmiş 37 adet

2,5,6-trisübstitüe benzoksazol, benzimidazol, benzotiyazol ve oksazolo(4,5-b)piridin

türevi bileşiğin, topoizomeraz II enzimi inhibisyonu etkilerini incelemişlerdir. Bu

bileşikler içerisinde 2-fenoksimetilbenzotiyazol, 2-(2-metoksifenil)-6-nitro

benzoksazol, 2-(feniltiyometil)-5-(metilkarboksilat)benzimidazol ve 6-metil-2-(2-

nitrofenil)benzoksazol bileşiklerinin referans ilaç etopositten daha etkili olduğu

saptanmıştır. Temiz-Arpacı ve ark. (2005b), bu bileşiklerden 16 tanesi (Şekil 1.80.)

üzerine CoMFA analiz yöntemi ile yaptığı 3D-QSAR çalışmasında heterosiklik

halkanın 5. ve/veya 6. konumunda NO2 ya da COOCH3 gibi halkadan elektron

çeken grupların varlığında aktivitenin arttığını saptamışlardır. Tekiner-Gülbaş ve ark.

(2006) aynı bileşikler üzerine, CoMSIA yöntemiyle gerçekleştirdikleri 3D-QSAR

No X R

2a S 3’,4’-di-OMe 2b S 2’,3’-di-OMe 2c S 2’,5’-di-OMe 2d S 3’-OMe-4’OAc 2e O 3’,4’-di-OMe 2f O 2’,3’-di-OMe 2g O 2’,5’-di-OMe 2h O 3’-OMe-4’OAc 2i S 3’-OMe-4’OH 2j O 3’-OMe-4’OH 2k S 2’-OH

71

çalışmasında ise hidrofobik etkileşmelerin topoizomeraz II inhibisyonunun

artmasında baskın bir nitelikte olduğunu ve benzazol çekirdeğinin 5. ya da 6.

konumundaki sübstitüentin hidrofilik özellikte olmasının hidrofobik olmasından daha

önemli olduğunu saptamışlardır.

A: fenil, siklohekzil X: O, NH Y: CH2, CH2S, CH2O, C2H4 R: H, NH2, CH3, NO2, Cl, COOCH3

R1: NO2, H R2: H, C2H5, CH3, NHCH3,

OC2H5, Cl, OCH3, NH2 R3: OCH3, CH3, H

Şekil 1.80. 3D-QSAR çalışması yapılan bazı benzazol türevi bileşiklerin genel formülü.

Varga ve arkadaşlarının 2005 yılında yaptığı bir çalışmada, bazı benzazol ve

benzoksazin türevlerinin MDR-1 geni içeren fare lenfoma tümör hücreleri üzerindeki

apoptozis indüksiyonu/inhibisyonu etkileri incelenmiştir. Bu bileşiklerden; 5-(p-

nitrobenzamido)-2-benzilbenzoksazol (a), 6-metil-2-(o-klorofenil)benzoksazol (b) ve

5-(p-nitrofenoksiasetamido)-2-fenilbenzoksazol (c) (Şekil 1.81.) yüksek apoptotik

etki göstermiştir.

(a)

(b)

(c)

Şekil 1.81. 5-(p-Nitrobenzamido)-2-benzilbenzoksazol (a), 6-metil-2-(o-klorofenil)

benzoksazol (b) ve 5-(p-nitrofenoksiasetamido)-2-fenilbenzoksazol (c) bileşiği.

Rida ve arkadaşlarının 2005 yılında yaptığı bir çalışmada bazı benzoksazol türevleri

sentezlenmiş ve antitümör etkileri incelenmiştir. 2-[(ariliden)siyanometil]benzoksazol

(3a–c) türevleri için, fenil halkasının 3. ve 4. konumlarının dimetoksi veya

dioksimetilen ile sübstitüsyonunun antitümör etkiyi ortadan kaldırdığı, fakat 4.

72

konumda OH sübstitüenti taşıyan bileşiğin ortalama bir antitümör etki gösterdiği

belirtilmiştir (Şekil 1.79.). 2-[(sikloalkiliden)siyanometil]benzoksazol (4a, 4b) türevleri

için, sikloalkil grubu olarak siklopentil ve siklohekzil gibi hacimli grupların

bulunmasının bileşiklerde ortalama düzeyde antitümör etki sağladığı; 2-(4-amino-3-

sübstitüe-2-tiyokso-2,3-dihidrotiyazol-5-il)benzoksazol (8a–d) türevlerinde ise R

konumunda 4-kloro/4-bütil fenil gruplarının bulunmasının antitümör etkide artışa

fakat fenil veya benzil gruplarının etkinin ortadan kalkmasına neden olduğu

gözlenmiştir (Şekil 1.82.).

3a-c

R: OCH3, OCH2O R1: OH, OCH3, OCH2O

4a,b (n: 1, 2)

8a-d

R: (CH2)3CH3, fenil, benzil, p-klorofenil

7a-c

R: (CH2)3CH3, fenil, benzil, p-klorofenil Şekil 1.82. Rida ve arkadaşları tarafından antitümör etkileri incelenen benzoksazol türevleri

Huang ve ark. 2006 yılında sentezledikleri bir seri UK-1 benzeri bisbenzoksazol ve

analog yapıları olan bisbenzimidazol/benzotiyazol türevlerini UK-1 ile kıyaslayarak

antitümoral etkilerini incelemiş, Şekil 1.83.’te görülen UK-1 türevi bileşiğin A-549 ve

HeLa kanser hücrelerine UK-1’den daha etkili olduğunu bulmuşlardır.

Şekil 1.83. Huang ve ark. (2006) tarafından sentezlenen UK-1 türevi bileşik.

73

Sławiński ve Brzozowski tarafından 2006 yılında yapılan bir çalışmada 2.

konumunda sülfonamid grubu taşıyan bir seri benzoksazol, benzotiyazol ve

benzimidazol türevi bileşik (Şekil 1.84.) sentezlenmiş, antitümör etkileri incelenmiş,

yapı-etki ilişkileri incelenmiştir. Çalışma sonucunda, R1 konumundaki sübstitüentin

sitotoksisite bakımından önemli olduğu; bu konumda karbamil gruplarının

bulunmasının etkiyi yok ettiği, fakat ilginç bir şekilde sentezlenen bileşikler

içerisinden en yüksek etkiyi gösteren R1 konumunda karbamoil yapısı taşıyan N-(2-

benzoksazolil)-2-benziltiyo-4-kloro-5-(4-florofenilkarbamil)benzensülfonamid (18)

bileşiğinin, küçük hücreli akciğer kanser hücreleri (NCI-H522) ve melanoma (SK-

MEL-2) üzerinde belirgin bir antitümör etkisinin olduğu tespit edilmiştir. Bu sonuçlar

da antikanser etkinin sadece molekülün elektronik özellikleriyle değil, aynı zamanda

lipofilisite gibi diğer özellikleriyle de ilişkili olduğunu göstermiştir.

X: O, S, NH R1: CH3, NH2CO, PhNHCO, 4-F-PhNHCO, 4-CH3O-PhNHCO, CN R2: H, Cl, CH3, NO2

Şekil 1.84. Sławiński ve Brzozowski (2006) tarafından sentezlenen bileşikler.

Lage ve ark. (2006), yaptıkları çalışmada daha önceden sentezlenmiş olan bazı 2,5-

disübstitüebenzoksazol, sübstitüebenzoksazin ve benzamid türevi bileşiklerin,

hedefleri topoizomeraz II enzimi olan epipodofillotoksinler, mitoksantron,

antrasidinler gibi klasik ilaçlara çapraz dirençli ve multi-ilaç rezistans kanser

hücreleri üzerine etkinliklerini incelemişlerdir. Çalışma sonucunda bileşikler arasında

en etkili olanların benzoksazol çekirdeğine sahip bileşikler olduğu saptanmıştır. Şekil

1.85.’te verilen bileşiklerin mide, göğüs, pankreas, fibrosarkoma ve melanom kanser

hücrelerine karşı oldukça etkili olduğu bulunmuştur. Ayrıca, benzoksazol yapısının

olası metaboliti niteliğindeki benzamid türevi bileşiklerin de antineoplastik etki

gösterdiği, bu saptamanın benzoksazol türevi bileşiklerin uzun süreli antineoplastik

etki gösterebileceğini desteklediği belirtilmiştir.

74

Ar: fenil, 4-etilfenil, 4-nitrofenil, 4-bromofenil, 2-tiyenil R: H, Cl Y: -, CH2

Şekil 1.85. Antümöral etkili benzoksazol türevi bileşikler.

Tekiner-Gulbas ve ark. tarafından 2007a yılında gerçekleştirilen bir çalışmada daha

önce sentezlenmiş (Şekil 1.86.), 2,5-disübstitüe benzoksazol ve benzimidazol

türevlerinin genotoksik etkileri incelenmiştir. Çalışma sonucunda 5-metil-2-(p-

aminobenzil)benzoksazol bileşiğinin referans ilaç olarak kullanılan 4-nitrokinolin-1-

oksit (4-NQO) ile kıyaslanacak derecede yüksek genotoksik etki gösterdiği tespit

edilmiştir. Bu bileşikler üzerinden yapılan QSAR çalışması sonucunda (Eşitlik 1-4)

(Çizelge 1.14.), benzoksazol halkasının ikinci konumu ile fenil halkası arasındaki

C2H4 ve CH2O köprülerinin ve HOMO ve LUMO enerjiler arasındaki farkı ifade eden

kuantum mekanik bir parametre olan ∆E’nin genotoksik etkiyi artırıcı rol oynadığı

belirlenmiştir. Ayrıca, R1 konumundaki maksimum uzunluk ve minimum genişlik

özelliği gösteren alkil gruplarıyla birlikte, R konumundaki elektron verici grupların

etkiyi artırıcı rol oynadıkları belirtilmiştir.

X: O, NH Y: -, CH2, C2H4, CH2O R: H, Cl, CH3, NH2, NO2 R1: H, F, Cl, CH3, NH2, NO2, NHCH3

Şekil 1.86. Tekiner-Gulbas ve ark. (2007) tarafından 2D-QSAR çalışması yapılan bileşikler.

75

Çizelge 1.14. Tekiner-Gulbas ve ark. tarafından yapılan QSAR çalışması sonucu bulunan eşitlikler.

Eşitlik

No Eşitlik n r2 s F Q2 SPRESS

1

Log1/C= +0,31(±0,13)IYC2H4 + 0,33(±0,09)IYCH2O + 0,32(±0,06)∆E + 0,19(±0,06)logP + 5,57(±0,69)

16 0,960 0,055 32,601 0,800 0,088

2

Log1/C= +0,62(±0,16)IYC2H4 + 0,43(±0,11)IYCH2O + 0,15(±0,06)LR1 + 0,28(±0,07)∆E + 5,26(±0,76)

16 0,949 0,062 24,720 0,780 0,092

3

Log1/C= +0,63(±0,17)IYC2H4 + 0,44(±0,12)IYCH2O + 0,28(±0,07)∆E + 0,29(±0,12)B1R1 + 5,35(±0,79)

16 0,945 0,065 22,862 0,770 0,095

4 Log1/C= -0,25(±0,11)IYCH2 - 0,21(±0,19)σR - 0,22 (±0,07)ELUMO + 0,19(±0,08)logP + 2,17(±0,23)

16 0,927 0,074 16,737 0,733 0,102

Oksuzoglu ve ark. tarafından 2007b yılında yapılan bir çalışmada bir seri

benzimidazol ve benzoksazol türevi bileşiğin genotoksik etkileri incelenmiştir.

Çalışma sonucunda test edilen bileşikler içinde 6-metil-2-(o-klorofenil)benzoksazol

(9), 5-amino-2-(p-metilbenzil)benzoksazol (4), 5-(p-florobenzamido)-2-fenil

benzoksazol (13) ve 2-(p-metilaminofenil)benzoksazol bileşiklerinin Rec50 değerleri

sıra ile 1,85; 1,74; 1,60 ve 1,50 μM bulunmuş ve orta düzeyde etki gösterdikleri

belirtilmiştir. Ayrıca benzoksazol türevlerinin benzimidazol türevlerine göre daha

yüksek genotoksik etkiye sahip oldukları; benzoksazol halkasının 2. konumunda

fenoksimetil veya siklohekzil grupları yerine fenil veya benzil gruplarının

bulunmasının ve 6 konumunda metil; 5. konumunda ise p-florobenzamido grubunun

bulunmasının genotoksik etkiyi arttırdığı belirtilmiştir (Şekil 1.87.).

X= O, NH Y= , CH2, CH2O A= C6H11, C6H5, C6H4 R= H, 5-Cl, 5-CH3, 5-NH2, 5-NO2, 6-CH3, 6-NO2, 5-p-flurobenzamido,

5-(p-florofenil)asetamido, 5-(p-bromofenil)asetamido R1= H, 2-Cl, 2-NO2, 4-F, 4-Cl, 4-Br, 4-NH2, 4-C2H5, 4-NHCH3, 4-CH3, 4-OC2H5

Şekil 1.87. Oksuzoglu ve ark. tarafından 2007 yılında benzimidazol ve benzoksazol türevi

bileşikler.

76

Potashman ve ark. tarafından 2007 yılında yapılan bir çalışmada X ışınları

kristalografisi yardımı ile VEGFR-2 üzerinde etkili oldukları bilinen bazı bileşikler ile

doking çalışmaları yapılarak bir seri 2-aminobenzimidazol and 2-aminobenzoksazol

türevi bileşik tasarlanmış ve sentezlenmiştir. Çalışma sonucunda 22 kodlu

benzoksazol türevi bileşiğin (Şekil 1.88.) VEGFR-2 üzerinde seçici olarak inhibisyon

yaptığı ve farmakokinetik özelliklerinin iyi olduğu belirlenmiştir. Ayrıca fare tümör

hücre modeli (murine matrigel model) üzerinde (100 mg/kg konsantrasyonda % 79

inhibisyon) ve fare kornea anjiyogenez modeli üzerinde ((ED50) 16,3 mg/kg) etkili

olduğu tespit edilmiştir.

Şekil 1.88. 22 kodlu bileşik.

Oksuzoğlu ve ark. tarafından 2008 yılında yapılan bir çalışmada bir seri benzoksazol

ve benzimidazol türevi bileşiğin ökaryotik DNA topoizomeraz I ve II üzerindeki

inhibitör etkileri incelenmiştir. Çalışma sonucunda 5-amino-2-(p-

florofenil)benzoksazol (3), 5 amino-2-(p-bromofenil) benzoksazol (5), 2-(p-

klorobenzil)benzoksazol (10) ve 5- amino-2-fenilbenzoksazol (2) bileşiklerinin DNA

topoizomeraz I üzerinde referans ilaç olarak kullanılan kamptotesine (IC50 değeri:

526 μM) göre daha yüksek etki gösterdikleri (IC50 değerleri sıra ile 132,3; 134,1;

443,5 ve 495 μM); 5-kloro-2-(p-metilfenil)benzoksazol (4), 2-(p-

nitrobenzil)benzoksazol (6) ve 5-nitro-2-(p-nitrobenzil)benzoksazol (8) bileşiklerinin

ise DNA topoizomeraz II üzerinde referans ilaç olarak kullanılan etoposite (IC50

değeri: 170 μM) göre daha yüksek etki gösterdikleri (IC50 değerleri sıra ile 22,3;

17,4; 91,41 μM) tespit edilmiştir (Şekil 1.89.).

X: N, O Y: -, CH2, C2H4, CH2O R: H, Cl, CH3, NH2, NO2 R1: H, Cl, F, Br, CH3, NO2, OCH3, NHCH3

Şekil 1.89. Benzoksazol ve benzimidazol türevleri (1-18).

77

Wang ve ark. tarafından 2008 yılında yapılan bir çalışmada benzazol halkası taşıyan

bir seri bileşik sentezlenmiş ve KB, Bel7402, A2780 ve HT-29 hücre hatları

üzerindeki sitotoksik etkileri incelenmiştir. Çalışma sonucunda, 6k kodlu

benzoksazol halkası taşıyan bileşiğin (Şekil 1.90.) KB (IC50 = 1,31 μmol/L) ve A2780

(IC50 = 0,62 μmol/L) tümör hücreleri üzerinde topoizomeraz I inhibitörü olduğu

bilinen topotekan (IC50 = 0,57; 2,14 μmol/L) ile karşılaştırılabilir düzeyde etki

gösterdiği tespit edilmiştir.

Şekil 1.90. 6k kodlu bileşik.

Jauhari ve ark. tarafından 2008 yılında yapılan bir çalışmada 2-[(arilhidrazono)

siyanometil]-5-kloro benzoksazol, 2-[(ariliden)siyanometil]-5-halo benzoksazol, ve 2-

[(sikloalkilidin)siyanometil]-5-klorobenzoksazol türevleri (Şekil 1.91.) sentezlenmiş ve

antikanser etkileri incelenmiştir. Benzoksazol halkasının 5. konumunda flor taşıyan

14 kodlu bileşiğin test edilen HeLa, WiDr, Hepa 2 ve MCF-7 kanser hücreleri

üzerinde anlamlı bir etki gösterdiği tespit edilmiştir. Çalışma sonucunda 5. konumda

flor veya klor sübstitüentinin ve fenil halkasındaki üç metoksi grubunun aktiviteyi

artırdığı düşünülmüştür.

Şekil 1.91. Jauhari ve ark. (2008) tarafından sentezlenen benzoksazol türevleri.

Aiello ve ark. 2008 yılında yaptıkları bir çalışmada 5-floro-2-sübstitüefenil

benzoksazol türevleri (Şekil 1.92.) sentezlenmiş ve göğüs kanseri hücre hatları

(MCF-7 ve MDA 468) üzerindeki antitümör etkileri incelenmiştir. Çalışma sonucunda

bu bileşiklerin mikromolar düzeyden daha düşük değerlerde antitümör etki (GI50)

gösterdikleri tespit edilmiştir.

78

R: 2-OCH3; 3-OCH3; 4-OCH3; 3,4-diOCH3

Şekil 1.92. 5-Floro-2-sübstitüefenil benzoksazol türevleri.

Hohmann ve ark. tarafından 2009 yılında yapılan bir çalışmada, derin su

tortularından toplanan Streptomyces sp. NTK 937 suşlarından, “karboksamisin” adı

verilen benzoksazol halkasına sahip bir bileşik (Şekil 1.93.) elde edilmiştir. UK-1

kodlu bileşiğin bir parçası şeklinde bir yapıya sahip olan bu bileşiğin, yapılan

çalışma sonucunda sitotoksik etkisinin olduğu fakat bu etkinin UK-1’e göre daha

düşük olduğu belirlenmiştir.

Şekil 1.93. Karboksamisin.

Jiang ve ark. tarafından 2010 yılında yapılan bir çalışmada 2-((2-((benz[d]oksazol-2-

il)metoksi)fenoksi)metil)benzoksazol bileşiği sentezlenmiş ve oluşturulan metal (M=

Cu, Co, Ni, Zn) komplekslerinin antitümör etkileri incelenmiştir. Cu komplekslerinin

DNA’ya bağlanma oranlarının diğer metal komplekslerine ve yalın haldeki bileşiğe

(L) oranla çok daha yüksek olduğu tespit edilmiştir (Cu-L > Ni-L > Co-L > Zn-L > L)

(Şekil 1.94.).

Şekil 1.94. 2-((2-((Benz[d]oksazol-2-il)metoksi)fenoksi)metil)benzoksazol-metal kompleksi.

Ovenden ve ark. tarafından 2011 yılında yapılan bir çalışmada bir deniz süngeri türü

olan Dactylospongia elegans’tan seskiterpen yapısı taşıyan, nakijinol B (3) ve onun

asetilli türevi (6) (Şekil 1.95.) elde edilmiştir. Antitümör etkisi incelenen bu bileşiklerin

79

SF-268, H460, MCF-7 ve HT-29 kanser hücre hatlarına karşı 5,2 ile 35 μM arasında

değişen değerlerle etkili oldukları ve normal hücreler üzerinde etki göstermedikleri

tespit edilmiştir.

(3) R1= R2: H; (6) R1= R2: asetil

Şekil 1.95. Nakijinol B (3) ve onun asetilli türevi (6).

Murty ve ark. tarafından 2011 yılında yapılan bir çalışmada 2-(siklikamino)-1,3-

benzoksazol (5a–k), 5-kloro-3-(3-kloropropil)- 1,3-benzoksazol-2(3H)-on (8) ve 3-[3-

(siklikamino)-propil]-1,3-benzoksazol-2(3H)-on (9a–f) türevleri (Şekil 1.96.)

sentezlenmiş ve HeLa, MCF-7, A549 ve SW-480 tümör hücreleri üzerindeki

antitümör etkileri incelenmiştir. Çalışma sonucunda X konumunda N-benzil yapısı

taşıyan 5c kodlu bileşiğin referans ilaç olarak kullanılan kurkuminle kıyaslanacak

değerde antitümör etki gösterdiği tespit edilmiştir.

(5a-k) X = N-Me, N-Et, N-fenil, N-piridil, N-pirimidil, N-benzil, N-(3-klorofenil), CH2, O (9a-f) X = N-benzil, N-fenil, O, N-piridil, N-pirimidil, N-3-klorofenil Şekil 1.96. 2-(Siklikamino)-1,3-benzoksazol (5a–k), 5-kloro-3-(3-kloropropil)-1,3-

benzoksazol-2(3H)-on (8) ve 3-[3-(siklikamino)-propil]-1,3-benzoksazol-2(3H)-on (9a–f) türevleri.

1.4. Benzoksazol Türevlerinin Genel Sentez Yöntemleri

Benzoksazol halkasını sentezlemek amacıyla 1876 yılında Ladenburg o-aminofenol

ve asit anhidritlerini kullanmıştır (Ladenburg, 1876). Asit anhidritler dışında amidinler

(Wagner, 1940), amidler (Niementowski, 1897; Skraup ve Moser, 1922) ve açil

klorürler (Henrich, 1921) de kullanılarak benzoksazol halka sistemi elde edilmiştir

(Şekil 1.97.).

80

Şekil 1.97. o-Aminofenol ile asit anhidrit, amidin, açil klorür ve amid kullanarak

benzoksazol halkası eldesi.

Benzonitril ve o-aminofenol’ün kapalı bir tüp içerisinde ısıtılmasıyla 2-fenil

benzoksazol elde edilmiştir (Skraup ve Moser, 1922; Bywater ve ark., 1945).

Reaksiyon ısısının yükseltilmesiyle reaksiyon süresinin kısaldığı da saptanmıştır. Bu

reaksiyonda o-aminofenolün hidroklorür tuzunu kullanmak ise reaksiyonun verimini

arttıran bir etmen olmuştur (Şekil 1.98.) (Hölljes ve Wagner, 1944).

Şekil 1.98. Benzoksazol halkası sisteminin o-aminofenol ve nitril kullanarak eldesi.

Desai ve ark. (1934), 2-hidroksibenzoksazol eldesi için o-aminofenolün yanında

karbonil klorür (toluen içinde) ya da kloroformik ester (sodyum metoksit varlığında)

kullanmışlardır (Şekil 1.99.).

OH

NH2N

O

OHCOCl2 / toluen

ClCOOR / NaOMe

Şekil 1.99. Desai ve arkadaşlarının (1934) 2-hidroksibenzoksazol eldesi.

81

Galatis, o-aminofenol ile benzoik asidi geniş bir test tüpünün içine yerleştirerek, tüpe

karbondioksit gazı göndermiş ve 200C’de 10 saat ısıtarak 2-fenilbenzoksazolü elde

etmiştir (Galatis, 1948). Bazı araştırmacılar ise o-aminofenol ile fenilimidoester

hidroklorürü reaksiyona sokarak (Braz ve ark., 1965; Wamhoff ve Materne, 1973) ya

da o-aminofenol ile benzoik asidi borik asit katalizörlüğünde ısıtarak

(Duennenberger ve ark., 1965; Ciba, 1967) 2-fenilbenzoksazolü elde etmişlerdir

(Şekil 1.100.).

Şekil 1.100. 2-Fenilbenzoksazol sentezi.

Witkop ve Patrick (1952) ise N-asetil-O-benzoil-o-aminofenolü 2N HCl ile 1,5 saat

ısıtarak 2-fenilbenzoksazol sentezlemişlerdir (Şekil 1.101.).

Şekil 1.101. Witkop ve Patrick’in (1952) 2-fenilbenzoksazol sentezi.

Hamer da o-aminofenol ve fenilasetik asiti 3 saat 200-225C’de ısıtarak 2-

benzilbenzoksazol sentezini gerçekleştirmiştir (Şekil 1.102.) (Hamer, 1959).

Şekil 1.102. Hamer’ın (1959) 2-benzilbenzoksazol eldesi.

82

Iizuka ve ark. (1963), 2-(p-nitrofenil)-5-metilbenzoksazol yapısının sentezi amacıyla

N-(2-bromo-5-metilfenil)-p-nitrobenzamidi, nitrobenzen içinde bakır-I-klorür, bakır-II-

oksit ve sodyum asetat ile azot gazı altında 200 °C’de ısıtmışlardır (Şekil 1.103.).

Şekil 1.103. Iizuka ve arkadaşlarının (1963) 2-(p-nitrofenil)-5-metilbenzoksazol sentezi.

2009 yılında yapılan, bakır(II)triflorometansülfonat katalizörlüğünde rejiyoselektif

olarak yürüyen bir reaksiyonda da anilid yapılarından hareketle benzoksazol

türevleri sentezlenmiştir (Şekil 1.104.) (Ueda ve Nagasawa, 2009).

Şekil 1.104. Anilid yapılarından hareketle benzoksazol türevlerinin sentezi.

Sam ve Plampin (1964), o-aminofenolü siyanojenbromür ile muamele ederek 2-

aminobenzoksazol elde etmişlerdir (Lai ve ark., 2006). Harsanyi ve Töffler (1964) ise

benzoilsiyanamid kullanmak suretiyle 2-benzoilaminobenzoksazol sentezlemişlerdir

(Şekil 1.105.).

Şekil 1.105. 2-Aminobenzoksazol ve 2-benzoilaminobenzoksazol eldesi.

Royer ve ark. (1969), o-metoksifenil ketoksimi, piridin-HCl ile muamele ederek

Beckmann çevrilmesi ile benzoksazol halkasını elde etmişlerdir (Şekil 1.106.).

83

Şekil 1.106. Royer ve arkadaşlarının (1969) benzoksazol halkası eldesi.

Benzoksazol halkası, o-aminofenolün uygun asit esterinin ksilen içinde

dibutilkalayoksit katazörlüğünde muamelesiyle de elde edilebilmektedir (Şekil

1.107.) (Wolf ve ark., 1969; Rash ve Swanson, 1970).

Şekil 1.107. o-Aminofenolün uygun asit esteri ile reaksiyonu sonucu benzoksazol halkası sentezi.

Dickore ve ark. (1970), o-aminofenolü okzalil klorür ile 70ºC’de geri çeviren

soğutucu altında ısıtarak 2,3-diokso-4H-1,4-benzoksazin hazırladıktan sonra

dimetilformamid içinde tiyonilklorür ile muamele ederek 3-kloro-2-okso-4H-1,4-

benzoksazini elde etmişler, daha sonra da bunu sodyumbikarbonat ve metanol

karışımı içinde 17 saat geri çeviren soğutucu altında ısıtarak benzoksazol-2-

karboksilik asit metil esterini hazrlamışlardır (Şekil 1.108.).

OH

NH2

(COCl)2

NH

O O

O

SOCl2

NH

O O

ClDMF

MeOH /NaHCO3

N

O

COOCH3

Şekil 1.108. Benzoksazol-2-karboksilikasit metil esteri sentezi.

Wright (1972), 2-siyanopiridin ile 2-(3-amino-4-hidroksifenil)asetik asiti sodyum

metoksit varlığında ısıtarak 2-(2-piridil)-5-benzoksazolilasetik asit elde etmiştir. Yine

2-(3-amino-4-hidroksifenil)asetik asiti uygun imido ester (RC=NHOEt) ile muamele

ederek de aynı yapıya ulaşmıştır (Şekil 1.109.).

84

Şekil 1.109. Wright’ın (1972) 2-(2-piridil)-5-benzoksazolilasetik asit eldesi.

Bazı araştırmacılar o-aminofenol ile uygun asit klorürü, kuru piridin içinde ve soğuk

ortamda (0-3°C) karıştırmak suretiyle önce amidifikasyonu ardından da yağ

banyosunda ısıtıp siklizasyonu gerçekleştirerek benzoksazol halka sistemini

sentezlemişlerdir (Evans ve ark., 1972; Dunwell ve ark., 1975; Evans ve ark., 1977).

Karlsson ve ark. (2004) ise asit klorürü o-aminofenol ile kuru N-metil-2-pirolidinon

içinde 17 saat kadar 100°C’de ısıtarak % 65 verimle 2-(4-nitro)benzoksazol

halkasını elde etmişlerdir (Şekil 1.110.).

Şekil 1.110. o-Aminofenolün uygun asit klorürü ile reaksiyonu sonucu benzoksazol halkası eldesi.

George ve Papadopoulos (1977), N-etoksikarboniltiyoamidi, o-aminofenol, o-

fenilendiamin ve o-aminotiyofenol ile tetrahidrofuran içinde ısıtarak benzoksazol ve

analog yapılarını elde etmişlerdir (Şekil 1.111.).

Şekil 1.111. Benzoksazol ve analoglarının sentezi.

85

Fokken ve arkadaşları ise, 2-sübstitüebenzoksazol türevlerini, tiyomorfolidyum

tuzları ile o-aminofenolü toluen içinde ısıtarak hazırlamışlardır (Şekil 1.112.) (Fokken

ve ark., 1977).

Şekil 1.112. Fokken ve arkadaşlarının (1977) 2-sübstitüebenzoksazol sentezi.

Rabilloud ve Sillon (1979), benzoksazol ve analogu yapıları o-aminofenol, o-

fenilendiamin ve o-aminotiyofenol ile benzoik asidi, trifenilfosfit ve piridin karışımında

ısıtarak elde etmiştir (Şekil 1.113.).

Şekil 1.113. Rabilloud ve Sillon’un (1979) benzoksazol ve analog yapılarını sentezi.

Dryanska ve Ivanov (1980), α,β-doymamış keton, ester ve nitriller ile 2-

benzilbenzoksazolü reaksiyona sokarak çeşitli benzoksazol türevleri sentezlemiştir

(Şekil 1.114.).

Şekil 1.114. Dryanska ve Ivanov’un (1980) benzoksazol katım ürünleri.

Abramovitch ve ark. (1981), 5-nitro-2-fenilbenzoksazol yapısına ulaşmak için N-(p-

nitrofenoksi)piridinyum tetrafloroborat ile benzonitrili 180-200°C’ye kadar

ısıtmışlardır (Şekil 1.115.).

Şekil 1.115. 5-Nitro-2-fenilbenzoksazol sentezi.

+

XH

NH2

HOOC

N

XP

O

C6H5C6H5

C6H5

piridin

X: O, NH, S

86

2-Fenilbenzoksazol eldesinde kullanılan bir başka yöntem ise, El-Sheikh ve ark.

(1981) tarafından gerçekleştirilmiştir. Önce kloroanilin ile benzoilklorürü muamele

etmişler, ardından da oluşan sıvı ürünü amonyak içinde potasyumamidür ile

reaksiyona sokmuşlardır (Şekil 1.116.).

Şekil 1.116. El-Sheikh ve arkadaşlarının (1981) 2-fenilbenzoksazol sentezi.

Clifford ve ark. (1981) da o-aminofenol ile metiltrikloroasetimidatı etil alkol içerisinde

geri çeviren soğutucu altında ısıtmış ve herbisit özellikteki 2-triklorometilbenzoksazol

sentezini gerçekleştirmişlerdir (Şekil 1.117.).

Şekil 1.117. 2-Triklorometilbenzoksazol sentezi.

Ohsawa ve ark. (1982), 2-fenilbenzoksazolü difeniloksimi pirolizi ederek elde

etmişlerdir (Şekil 1.118.).

Şekil 1.118. Piroliz yoluyla 2-fenilbenzoksazol sentezi.

OH

NH2N

O

CCl3CCl3C

NH

OCH3

87

2-Alkoksibenzoksazol yapısına ulaşmak için çalışan Yamato ve arkadaşları,

benzoksazolin-2-tiyondan hareketle bu bileşiği dimetilformamid içinde alkil

halojenürlerle ve potasyum karbonatla muamele ederek 2-alkiltiyobenzoksazolleri

elde etmiş, bu yapıyı metanol içinde potasyum karbonatla reaksiyona sokarak da 2-

alkoksibenzoksazol yapısına ulaşmışlardır (Şekil 1.119.) (Yamato ve ark., 1983a;

Yamato ve ark., 1983b).

Şekil 1.119. 2-Alkoksibenzoksazol eldesi.

Takeuchi ve ark. 1986 yılında benzoksazolin-2-tiyondan hareketle 2-

alkiltiyobenzoksazol sentezini gerçekleştirmiş, ardından bunu sodyumhidrür ve

metiliyodür varlığında fenetilalkol ile reaksiyona sokmuşlardır (Şekil 1.120.).

Şekil 1.120. 2-(2-Feniletoksi)benzoksazol eldesi.

Yamato ve ark. (1984), 2-metiltiyobenzoksazoller ile sekonder aminleri muamele

etmiş veya 2-alkilaminobenzoksazol türevlerini DMF/K2CO3 varlığında

alkilhalojenürlerle muamele ederek 2-alkilaminobenzoksazollerin sentezini

gerçekleştirmiştir (Şekil 1.121.).

Şekil 1.121. 2-Alkilaminobenzoksazol sentezi.

88

Schickaneder ve ark. (1987), 3-piridilmetiltiyobenzoksazol sentezini, 2-

merkaptobenzoksazolü 3-pikolilklorür ile muamele ederek gerçekleştirmişlerdir

(Şekil 1.122.).

Şekil 1.122. 3-Piridilmetiltiyobenzoksazol sentezi.

Aril/alkilaminobenzoksazol türevi bazı bileşikler, 2-klorobenzoksazol ile uygun

aminlerin muamelesiyle sentezlenmiştir (Şekil 1.123.) (Katz ve Cohen, 1954; Sharpe

ve ark., 1972; Steel ve Constable, 1989; Monge ve ark., 1994).

Şekil 1.123. Aril/alkilaminobenzoksazol türevi bileşiklerin sentezi.

Taylor ve ark. (1986), sübstitüe p-klorobenzoilaminobenzen ile talyum

tristirilfloroasetat (TTFA)-trifloroasetat (TFA) karışımını muamele etmişler, sonra da

rayonet reaktöründe fotoliz ile benzoksazol halkasını elde etmişlerdir (Şekil 1.124.).

Şekil 1.124. Taylor ve arkadaşlarının (1986) benzoksazol halkası sentezi.

89

Musser ve ark. (1987), 2-fenoksimetilbenzoksazol eldesi için önce o-aminofenolü

metilkloroasetimidat ile reaksiyona sokarak 2-klorometilbenzoksazolü elde etmiş,

bunu da geri çeviren soğutucu altında 3-nitrofenol ile sezyumkarbonat varlığında

muamele ederek sentez işlemini gerçekleştirmişlerdir (Şekil 1.125.).

Şekil 1.125. 2-(3-Nitrofenil)oksimetilbenzoksazol eldesi.

Benzoksazol halkası, bir çok araştırmacı tarafından Schiff bazı kullanılarak da elde

edilmiştir (Desai ve ark., 1934; Rigby, 1949; Stephens, 1949; Stephens ve Bower,

1949; Stephens ve Bower, 1950; Osman ve Bassiouni, 1962; Dunn ve ark., 1966;

Crocker ve Raper, 1969; Tauer ve Grellmann, 1981). Araştırmacılar öncelikle o-

aminofenolü uygun aldehit/keton ile muamele ederek Schiff bazı elde etmişler,

ardından da oksitleyerek benzoksazol halkası sentezini gerçekleştirmişlerdir. Rigby

(1949), oksidasyon ajanı olarak bakır(II)asetat, persülfat, periyodik asit,

civa(II)asetat, sodyum bizmutat, benzokinon, N-bromo süksinimid ve benzoil

peroksit kullandığında Schiff bazının değişmeden kaldığını gözlemiştir. Persülfat ve

periyodik asit kullandığı zaman ise benzoksazol izole edilememiş, civa(II)asetat

kullanıldığında ise verimin düşük olduğu gözlenmiştir. Desai ve ark. (1934), hidrojen

peroksit ve potasyum hekzasiyanodemir(III) ile halka kapamanın gerçekleşmediğini

bildirmişlerdir. Birçok araştırmacı ise en uygun oksidasyon ajanının kurşun(IV)asetat

olduğunu bildirmişlerdir (Şekil 1.126.) (Stephens, 1949; Stephens ve Bower, 1949;

Osman ve Bassiouni, 1962; Crocker ve Raper, 1969; Temiz ve ark. 1998). Chen ve

ark. (2004) ise, Schiff bazı halindeki yapıyı önce NaOH ile muamele edip ardından

oksijen varlığında 313 nm dalga boyundaki ultraviyole ışığına maruz bırakarak

benzoksazol halkası elde ettiklerini bildirmişlerdir. Kumar ve arkadaşları ise, 2010

yılında yaptıkları bir çalışmada schiff bazlarından hareketle iyodobenzendiasetat

90

(IBD) ile metanollü ortamda siklizasyon sonucu benzoksazol türevlerini elde

etmişlerdir (Kumar ve ark., 2010) (Şekil 1.126.).

Şekil 1.126. Schiff bazı kullanarak benzoksazol halkası eldesi.

Weidenger ve Kranz (1964), o-aminofenolün okzaldiimidasitdimetil esteriyle

kondensasyonu ile Hünig ve ark. (1972) o-aminofenolü, okzalilklorür ile reaksiyona

sokarak; Çakır ve ark. (1989) ise, PPA varlığında o-aminofenolü,

dikarboksilliasitlerle muamele ederek bisbenzoksazol yapısına ulaşmışlardır (Şekil

1.127.).

Şekil 1.127. Bisbenzoksazol eldesi.

Benzoksazol halkasının sentezlenmesinde polifosforik asit (PPA) ve polifosfat esteri

(PPE) oldukça sık kullanılmaktadır (Şekil 1.128.) (Kissman ve ark., 1952; Bhari ve

Kale, 1967; Bevis ve ark., 1969; Preston ve ark., 1969; Eisenbraun ve ark., 1971;

91

Shotter ve Johnston, 1973; Laidlaw ve ark., 1973; Shen ve ark., 1976a; Shen ve

ark., 1976b; Shen ve ark., 1977; Shen ve ark., 1978; Clark ve ark., 1978). PPA,

viskoz bir sıvı olup %82-84 fosforik asit anhidritidir (Fieser, M. ve Fieser, L.F., 1973);

H2SO4’ten farklı olarak iyi bir çözücü ve su tutucudur, oksitlemez, reaksiyon sonunda

hidroliz olmaz, aromatik sübstitüsyonlara katılmaz. Dezavantajı ise 90°C veya daha

düşük sıcaklıklardaki reaksiyonlarda viskoz yapıda olmasından ötürü güçlük

çıkarabilmesidir. Bir çok araştırmacı o-aminofenol ile uygun asitleri PPA eşliğinde

ısıtarak benzoksazol yapısını elde etmişlerdir (Higginbottom ve Suschitsky, 1962;

Hein ve ark., 1957; Abel ve Imray, 1962a; Abel ve Imray, 1962b; Garner ve ark.,

1966; Orlando ve ark., 1970; Barni ve Savarino, 1977; Terashima ve Ishii, 1982; Kim

ve ark., 1999). PPA’nın katalizörlüğünde yürüyen reaksiyonların mekanizması Şekil

1.128.’de verilmiştir (Ying-Hung ve Heeschen, 1997).

Şekil 1.128. Polifosforik asit varlığında benzoik asit ve o-aminofenolden hareketle 2-fenil

benzoksazol yapısının oluşum mekanizması.

92

Polifosfat Esteri (PPE), Pollmann ve Schramm tarafından 1964 yılında hazırlanmış

bir siklizasyon reajanıdır. PPE, 90ºC veya daha yüksek ısı gerektirmeyen

reaksiyonlarda PPA yerine kullanılabilmektedir (Kanaoka ve ark., 1964a; Kanaoka

ve ark., 1964b; Cava ve ark., 1969; Kanaoka ve ark., 1970; Wagner ve Eppner,

1980). Benzoksazol halkası o-aminofenol ve uygun asitlerle PPE katalizörlüğünde

ısıtılarak hazırlanabilmektedir. PPE de iyi bir çözücü olup, oksitleyici özellikte

değildir (Şekil 1.129.).

Şekil 1.129. PPE (a) ve PPSE (b) yapıları.

Aizpurua ve Palomo (1984) benzoksazolleri, o-aminofenol ile uygun asidi

trimetilsililpolifosfat esteri (PPSE) katalizörlüğünde ısıtarak elde etmişlerdir. PPSE

(Şekil 1.129.), azot atmosferi altında 1,2-diklorobenzen içinde fosforpentoksit ve

hekzametilendisiloksanın ısıtılmasıyla elde edilmiş bir siklizasyon ajanıdır. PPA ve

PPE’ye göre daha çok su çekicidir ve kullanıldığı reaksiyonların verimini

arttırmaktadır. Bazı araştırmacılar da benzoksazol eldesi için PPSE kullanmayı

tercih etmiştir (Şekil 1.130.) (Akbay ve ark., 2003; Yıldız-Ören ve ark., 2004d; Wang

ve ark., 2004a).

Şekil 1.130. PPA, PPE ve PPSE katalizörlüğünde benzoksazol halkası eldesi.

Bazı araştırmacılar 2-merkaptobenzoksazol sentezi için karbonsülfit ve potasyum

hidroksit kullanarak sonuç ürünlerini elde etmişlerdir (Şekil 1.131.) (Lazer ve ark.,

1994; Yoshida ve ark., 2007).

93

Şekil 1.131. 2-Merkaptobenzoksazol sentezi.

Yapılan bir çalışmada benzoksazol türevlerinin sentezinde reçineler kullanılarak katı

faz sentezi yapılmıştır. 2-Aminofenol ile yürütülen reaksiyonda trifenilfosfin ve

dietilazodikarboksilat kullanılmış ve Mitsunobu reaksiyonu sonucunda benzoksazol

türevleri elde edilmiştir (Şekil 1.132.). (Wang ve Hauske, 1997).

a) CDI, THF b) diamin, THF c) dikarboksilik anhidrit, DMAP, piridin/CH2Cl2 (1:1)

d) PyBOP, NMM, DMF e) Ph3P, DEAD, THF f) TFA/CH2Cl2

Şekil 1.132. Katı faz sentezi ile benzoksazol sentezi

Yapılan bir başka çalışmada da N, O diaçil aminofenoller ile p-toluen sülfonik asit ile

ksilen veya benzenli ortamda yapılan reaksiyon sonucunda çeşitli 2-arilbenzoksazol

türevleri yüksek verimlerle sentezlenmiştir (Şekil 1.133.) (DeLuca ve Kerwin 1997).

Şekil 1.133. DeLuca ve Kerwin (1997) tarafından yapılan 2-arilbenzoksazol sentezi

94

Dolbier ve ark. (1999), CF2 grubu içeren “HIV Reverse Transcriptase” inhibitörlerinin

sentezi içinde bir ara ürün olan CBrF2 grubu taşıyan türevleri iki basamakta elde

etmişlerdir. Ge ve ark. (2007), aynı yapıya önce benzoksazol halkasını elde ederek,

ardından 2. konumda bulunan diflorometil sübstitüenti üzerindeki hidrojen atomunu

N-bromosüksinimid ve UV ışığı yardımıyla brom atomu ile değiştirerek elde

etmişlerdir (Şekil 1.134.).

Şekil 1.134. 2-(Bromodiflorometil)benzoksazol sentezi.

Kim ve ark. (1999), önce sentezlemiş oldukları p-toluensülfonik asit(S)-2-metil bütil

esterden alkali ortamda rezorsinol ile 3-[(S)-2-metilbütoksi]fenol bileşiğini elde

etmişler, ardından bu yapıyı nitrolayarak 5-[(S)-2-metilbütoksi]-2-nitrofenole ve bu

bileşiğin redüksiyonu ile de 2-amino[(S)-2-metilbütoksi]-fenole geçmişlerdir. Bu

bileşik ile 4-hidroksi benzaldehit yapısını Pb(OAc)4 ve glasiyal asetik asit varlığında

reaksiyona sokarak siklizasyon yolu ile hedefledikleri 4-{6-[(S)-2-metilbütoksi]-

benzoksazol-2-il}fenol bileşiğini elde etmişlerdir (Şekil 1.135.).

Şekil 1.135. Kim ve arkadaşlarının (1999) sentezlediği benzoksazol ürünü.

95

Kim ve Lee (2001), (1-kloro-2,2-disiyanovinil)benzen veya onun monomeri olan 1,4-

bis(1-kloro-2,2-disiyanovinil)benzen ile 2-aminofenolü N,N-dimetil asetamid (DMAC)

içinde muamele ederek 2-fenil benzoksazol bileşiklerini elde etmişlerdir (Şekil

1.136.).

Şekil 1.136. Kim ve Lee’nin (2001) 2-fenilbenzoksazol sentezi.

Marcos-Fernandez ve ark. (2001), benzoksazol çekirdeğini elde etmek için fosfor

pentoksit ile metan sülfonik asit (PMPA) karışımını kullanmış, 24 saat kuru azot gazı

altında 120 ºC’de reaksiyonu sürdürmüşler ve 2-(p-metilfenil) benzoksazol yapısına

ulaşmışlardır (Şekil 1.137.).

Şekil 1.137. Marcos-Fernandez ve arkadaşlarının (2001) benzoksazol eldesi.

Pardal ve ark. (2002), benzoksazol çekirdeğinin, iyodohekzan ya da iyododekan

kullanarak asetonitril içerisinde kuaterner amonyum tuzlarını oluşturmuşlardır (Şekil

1.138.).

Şekil 1.138. Pardal ve arkadaşlarının (2002) benzoksazol halkasının kuaterner amonyum

tuzlarını eldesi.

96

Son zamanlarda kullanılmakta olan mikrodalga teknolojisi ile kısa sürede yüksek

verimle sonuç ürünler elde edilebilmektedir. o-Sübstitüe anilinlerden mikrodalga

koşullarında çözücü olarak toluen kullanılmasıyla benzoksazol ve analog yapıları

benzimidazol/benzotiyazol, kolaylıkla elde edilmiştir (Katritzky ve Singh, 2003) (Şekil

1.139.).

Şekil 1.139. Mikrodalga kullanarak benzoksazol halkası ve anologlarının sentezi.

Pottorf ve arkadaşları da o-aminofenoller ile açil klorürleri kullanarak benzoksazol

halkası sentezini mikrodalga yöntemiyle gerçekleştirmişlerdir (Şekil 1.140.) (Pottorf

ve ark., 2003).

Şekil 1.140. o-Aminofenol ile asit klorürlerin mikrodalga ile benzoksazol halkası

oluşturma denklemi. Brom iyi bir siklizasyon ajanıdır, fakat toksik ve aşındırıcı özellikte olması nedeniyle,

sıvı broma alternatif olarak daha az toksik olan benziltrimetilamonyum tribromür aril

üre yapısınadan hareketle benzotiyazol halkalarıın sentezinde kullanılmıştır (Jordan

ve ark., 2003) (Şekil 1.141.).

Şekil 1.141. Brom kullanılarak yapılan siklizasyon yöntemi ile benzotiyazol türevlerinin

eldesi.

97

Sun ve arkadaşları 6-sübstitüe-2-nitrofenolden haraketle önce amidifikasyon ile

amid yapısını sağlamış, ardından pridinyum p-toluen sülfonat ve ksilen içinde halka

kapanmasını sağlayarak benzoksazol halkası sentezini gerçekleştirmişlerdir (Sun ve

ark., 2004a; Sun ve ark., 2004b) (Şekil 1.142.).

Şekil 1.142. Sun ve arkadaşlarının (2004a,b) benzoksazol halkası eldesi.

Wang ve ark. (2006) da mikrodalga yönteminde polistiren trifenilfosfin palladyum(0)

(PS-PPh3) reçinesi ve CCl3CN kullanarak yaklaşık %90 ve üzeri düzeylerde verimle

benzoksazol ve benzimidazol heterosiklik halkalarını sentezlemişlerdir (Şekil

1.143.).

Şekil 1.143. Wang ve ark. (2006) tarafından mikrodalga yöntemiyle benzoksazol ve benzimidazol sentezi.

Sıvı broma göre daha az toksik olan ve katı kristal halinde bulunan iyot da

benzotiyazol ve benzoksazol sentezinde siklizasyon ajanı olarak kullanılmaktadır.

Yapılan bir çalışmada yukarıdaki reaksiyona benzer şekilde 2-alkoksibenzamid

türevlerinden hareketle iyot varlığında siklizasyon sonucu benzoksazol türevleri

sentezlenmiştir (Downer-Riley ve Jackson, 2007) (Şekil 1.144.).

98

Şekil 1.144. Brom kullanılarak yapılan siklizasyon yöntemi ile benzoksazol türevlerinin

eldesi.

Yeni bir yöntem olarak; ortoesterler ile o-sübstitüe amino aromatiklerin ve 2-amino-

3-hidroksipiridinin, solvan kullanılmaksızın ZrOCl2.8H2O varlığında verdikleri

reaksiyonlar sonucu benzoksazol, benzotiyazol, benzimidazol ve oksazolo[4,5-

b]piridin türevi bileşikler sentezlenmiştir (Mohammadpoor-Baltork ve ark., 2007).

Yine aynı araştırmacıların yaptığı bir çalışmada da yine ortoesterlerden hareketle,

solvansız ortamda ve silika sülfürik asit varlığında benzoksazol, benzotiyazol,

benzimidazol ve oksazolo[4,5-b]piridin türevi bileşikleri sentezlenmiştir

(Mohammadpoor-Baltork ve ark., 2008). Anand ve arkadaşları 2011 yılında

benzoksazol türevlerini aynı reaksiyonu silika sülfürik asit varlığında mikrodalga

altında yapmışlardır (1-3 dk). 2011 yılında aynı reaksiyon bu kez DBDMH (1,3-

dibromo-5,5-dimetilhidantoin) katalizörlüğünde solvan kullanılmadan yürütülmüş ve

yüksek verimler gözlenmiştir (Hojati ve ark., 2011). Yapılan bu reaksiyonların

avantajları arasıda; kullanılan katalizörün ucuz ve kolay ulaşılabilir olması, çevreye

zararlı etkisinin olmaması, reaksiyonun kolay yürümesi ve reaksiyon veriminin

oldukça yüksek olması sayılabilir (Şekil 1.145.).

Şekil 1.145. Benzoksazol, benzotiyazol, benzimidazol ve oksazolo[4,5-b]piridin türevi

bileşiklerin sentezi.

Yapılan bir çalışmada CuI katalizörlüğünde yürüyen iki farklı yöntem kullanılarak

benzoksazol türevleri elde edilmiştir. İlk yöntem, 1,2-dihalobenzen ile primer

amidlerin verdiği reaksiyondur (A). Fakat bu reaksiyon rejiyoselektif olmadığı için

daha düşük verimle yürümüştür. Alternatif olarak bulunan ikinci yöntem ise 2-

99

haloanilin ile açil klorürlerin, CuI ile birlikte Cs2CO3 varlığında verdiği reaksiyondur

(B). Bu reaksiyon mikrodalga koşullarında yapıldığında verimin arttığı ve sürenin

kısaldığı gözlenmiştir. Bu reaksiyon ilk reaksiyona göre çok daha yüksek verimlerle

yürüdüğü gözlenmiştir (Viirre ve ark., 2008) (Şekil 1.146.).

Yöntem A: CuI, DMEDA (N,N-dimethylethylenediamine), K3PO4, toluen (verim iki farklı ürün

için toplam %71); Yöntem B: CuI, 1,10-phenanthroline, Cs2CO3, (verim %98) Şekil 1.146. Viirre ve ark. (2008) tarafından CuI katalizörlüğünde yapılan benzoksazol

sentezi.

Maradolla ve arkadaşları tarafından yapılan bir çalışmada, karboksilik asitler; 2-

aminofenol, 2-aminotiyofenol, 1,2-fenilendiamin türevleri ile iyonik yapıda bir sıvı

olan 1-bütil-3-metil imidazolyum tetrafloroborat [(bmim)BF4] –son zamanlarda

alkollerin oksidasyonu; alkol, fenol, aminlerin açilasyonu; alifatik karboksilik asit ve

alkollerin esterifikasyonu gibi reaksiyonlarda kullanılmaktadır- bulunan ortamda

reaksiyona sokularak benzoksazol, benzotiyazol ve benzimidazol türevi bileşikler

yüksek verimlerle (%79-96) elde edilmiştir (Maradolla ve ark., 2008) (Şekil 1.147.).

N

N

B

F F

FF

[(bmim)BF4]

Şekil 1.147. 1-Bütil-3-metil imidazolyum tetraflouroborat [(bmim)BF4] kullanılarak yapılan

benzoksazol sentezi.

100

June Lee ve arkadaşları tarafından yapılan bir çalışmada yine ortoesterler kullanılmış,

fakat farklı olarak 2-nitrofenoller ile indiyum, asetik asit varlığında reaksiyona sokularak

redüksiyon ve siklizasyon sonucu benzoksazol türevi bileşikler sentezlenmiştir (Lee ve

ark., 2009) (Şekil 1.148.).

Şekil 1.148. June Lee ve arkadaşları (2009) tarafından ortoesterler kullanılarak yapılan

benzoksazol sentezi. Yapılan bir çalışmada 2-aminofenol türevleri ile açil klorürlerin In(OTf)3 [indiyum(III)

triflorometansülfonat] varlığında verdikleri reaksiyondan yararlanılarak solvansız

ortamda benzoksazol türevi bileşikler sentezlenmiştir. Bu yöntemin basit, verimli,

çevreye dost ve pratik bir yötem oduğu belirtilmiştir (Wang ve ark., 2010) (Şekil

1.149.).

In(OTf)3

Şekil 1.149. In(OTf)3 [indiyum(III)triflorometansülfonat] varlığında yapılan benzoksazol sentezi.

Son zamanlarda FeCl3 katalizli, aerobik bir oksidasyon reaksiyonu ile benzoksazol,

benzotiyazol ve benzimidazol türevi bileşikler sentezlenmektedir. Yapılan bir

çalışmada, 2-aminofenol ve benzaldehitin kullanıldığı reaksiyon 1 atm basınç ve O2

gazı altında yürütülerek %70 verimle 2-fenilbenzoksazol bileşiği sentezlenmiştir.

Ayrıca daha önce bahsi geçen JTP-426467 kodlu benzoksazol türevi bileşik de bu

yöntemle sentezlenmiştir (Cao ve ark., 2010) (Şekil 1.150.).

Şekil 1.150. FeCl3 katalizli, aerobik bir oksidasyon reaksiyonu ile benzoksazol, benzotiyazol ve benzimidazol türevi bileşiklerin sentezi.

101

1.5. Moleküler Modelleme Teknikleri

Günümüzde farmasötik ve medisinal kimyacıların en önemli hedeflerinden biri ilaç

etken maddesi olabilecek spesifik etkili yeni kimyasal bileşiklerin rasyonel tasarımını

sağlayabilmektir. Bu amaçla bilgisayar destekli ilaç etken madde tasarım ve

geliştirme çalışmaları artan bir hızla devam etmektedir. Moleküler modellemenin

amacı, bir molekülün kimyasal ve fiziksel özellikleri arasındaki temel ilişkiyi, kimyasal

yapısını ve üç boyutlu (3D) yapısını anlamaktır. Bu anlayış, bu özelliklerin

moleküllerin kimyasal, katalitik veya biyolojik fonksiyonlarıyla ilişkilendirilmesi ve en

önemlisi değişen fonksiyona ait moleküllerin rasyonel olarak tasarlanmasına olanak

sağlamaktadır. Kimyasal yapı ve fonksiyon arasındaki bu bağlantı, moleküler

biyoloji, protein bilimi, ilaç tasarımı, kimyasal kataliz veya materyal ve polimer bilimi

gibi birçok bilimsel çaba için hayati önem taşımaktadır (Cohen, 1996).

Yeni ilaç etken madde geliştirme çalışmalarında moleküler modelleme oldukça

önemli bir yer tutmaktadır. Terapötik ajanların rasyonel tasarımı, moleküler

modelleme çalışmalarının, araştırmacının bakış açısını yansıtması bakımından da

önemlidir. Son yıllardaki bilgisayar donanım ve yazılımındaki gelişmeler moleküler

modelleme çalışmalarını kolay uygulanabilir bir hale getirmiştir. İlaç tasarımındaki

rasyonel yaklaşımlar, ligand yapısına dayalı tasarım ve hedef yapısına dayalı

tasarım olmak üzere ikiye ayrılmaktadır (Şekil 1.151.). Ligand yapısına dayalı

tasarımda etki gösteren moleküllerin yapısından faydalanılarak reseptör yapısının

yorumlanması amaçlanmaktadır. Hedef yapısına dayalı tasarımda ise, bilinen

reseptör yapısından hareketle etki gösterebilecek moleküllerin tasarlanması

amaçlanmaktadır (Young, 2009).

Şekil 1.151. Rasyonel ilaç etken madde tasarım yöntemleri.

102

Moleküler modelleme teknikleri kullanılarak;

- Molekülün üç boyutlu yapısı ve fizikokimyasal özellikleri hakkında bilgi

sağlanabilir.

- Molekülün başka moleküllerle kıyaslanması mümkün olabilir.

- İlaç reseptör etkileşimleri incelenebilir.

- Daha etkili bileşikler tasarlanabilir.

Yirminci yüzyılın ikinci yarısından itibaren araştırmacılar, yeni ilaç etken maddesi

bileşiklere ulaşabilmek amacıyla kimyasal bileşiklerin moleküler yapıları ile biyolojik

etkileri arasındaki ilişkileri tanımlama çalışmalarına yoğunlaşmışlardır. Bu yeni

teknikler, yeni ilaç etken maddesi niteliğindeki kimyasal bileşiklerin geliştirilmesi,

daha ideal etkili bileşiklere ulaşılması, etki mekanizmalarının tanımlanabilmesi

etkinliklerinin yürütülmesinde giderek önemli rol kazanmışlardır (Akı-Şener ve

Yalçın, 2003).

Reseptör yapısı belli olan hedeflere yönelik tasarlanan moleküllerin reseptördeki

kavitelere uyumu ve amino asit kalıntılarıyla etkileşimleri, çeşitli açılardan

irdelenebilmektedir. Bilgisayar ortamında 3D olarak ligand-reseptör etkileşmesi

olarak ele alınan ve bu nedenle “reseptör -ya da yapısal- tabanlı ilaç tasarımı” olarak

bilinen “doking” çalışmaları da bu sistem içinde yer almaktadır (Lengauer and Rarey,

1996). Bilgisayar destekli ilaç tasarımı genellikle mekanizmaya dayalı olarak

yapılmaktadır. Mekanizmaya dayalı tasarım için fizyolojik yolak bilinmeli ve tüm

çalışmalar moleküler düzeyde gerçekleştirilebilmelidir. Bir reseptörün yapısının

aydınlatılmasında ligandın aktif konformasyonunun seçimi ve moleküllerin

eşleştirilmesi oldukça önemlidir. Moleküller farklı sınıf bileşikler içinde olsalar bile, üç

boyutlu yapılarının düzenlenmesiyle ortak özellikler gösterebilirler. Bu ortak

özellikleri ortaya çıkarmak için yararlanılan metodlardan biri de HipHop yöntemidir.

1.5.1. Reseptör Tabanlı İlaç Tasarımı

1.5.1.1. Doking Yöntemi

Günümüzde medisinal kimya alanında bilgisayar kullanımı standart bir hal almıştır.

Protein-ligand doking yöntemlerinin, yapısal tabanlı ilaç tasarımı konusundaki önemi

tartışmasızdır. İlaç tasarımında, küçük moleküller ile reseptörler arasında yapılan

103

doking çalışmaları gittikçe artan bir önem kazanmaktadır. (Schneider ve Böhm,

2002; Waszkowycz, 2002; Toledo-Sherman ve Chen, 2002)

Doking, kararlı bir kompleks oluşturmak üzere birbirine bağlandıklarında, bir

molekülün ikinci bir moleküle tercih edildiği şekilde yönlendirilmesini tahmin eden bir

yöntemdir (Lengauer and Rarey, 1996). Küçük moleküllü ilaç adaylarının protein

hedeflerine karşı affinitesini, bu proteinlere bağlanmasını ve dolayısıyla biyolojik

aktivitesini önceden tahmin edebilmek için kullanılmaktadır. Bu nedenle, ilaçların

rasyonel tasarımında önemli bir yeri bulunmaktadır (Kitchen ve ark., 2004; Chikhi ve

Bensegueni, 2008).

Doking çalışmalarında reseptör olarak ele alınan yapı, protein yapısındadır.

Reseptörün yapısının tanımlanmasında en çok X ışınları kristallografisi ve nükleer

manyetik rezonans (NMR) teknikleri kullanılmaktadır. Kristal olarak elde edilebilen

bir protein üzerine X ışınları gönderilerek, bu proteinin yapısı belirlenebilmektedir.

Daha kompleks olan NMR yönteminde, su ortamında çözünen proteinin

konformasyonu saptanabilmektedir. Ancak, NMR yöntemi oldukça karışık ve

kompleks çözümlemelere gereksinim duymaktadır. Dolayısıyla, tercih edilen yöntem

X ışınları kristallografisidir. Bu yöntemin en önemli dezavantajı, her protein

bileşiğinin kristal olarak elde edilmesinin mümkün olmamasıdır. En tercih edilen

durum, ligand ile protein molekülünün yapmış olduğu kompleksin kristalinin elde

edilebilmesidir. Ancak, bu çok fazla rastlanan bir durum değildir. Reseptör

proteininin yapısının bilinmesi, ligand-reseptör kompleksinin kristal olarak elde

edilememesine rağmen, etkileşmenin belirlenmesi açısından, uygun bir yaklaşım

olarak karşımıza çıktığı için önemlidir.

Moleküler doking teknikleri, bilgisayar destekli rasyonel ilaç tasarımında ilaç ya da

ilaç adayları ile enzim, nükleik asit, reseptör proteinlerinin birbirine nasıl uyum

gösterdiklerini araştırmak için sıklıkla kullanılmaktadır (Jain; 2007; Spitzer ve ark.,

2007). Bu doking çalışmalarında, üç boyutlu yapısı belli olan reseptöre bağlanma

enerjileri belirlenebilmekte ve reseptörün bağlanma bölgesinde ligandın pozisyonu

canlandırılabilmektedir. Bu durum, bağlanma tipinin anlaşılması ve proteinleri

hedefleyen küçük moleküllü, daha uyumlu ligandların tasarlanması için faydalı

olabilmektedir (Holt ve ark., 2008).

104

Başka bir deyişle; Doking, ligandın uygun konformasyonu ile reseptör arasında

anahtar-kilit ilişkisine benzer bir uyum olması durumudur. Ligandlar genellikle

hareketlidir (flexible) ve çözücü içerisinde birçok farklı konformasyonda

bulunmaktadırlar. Bazı doking yöntemlerinde ligand ve reseptörün tek bir

konformasyonu kullanılmaktadır. Fakat bu yöntem diğer yöntemlere göre daha az

uygulanmaktadır. En çok kullanılan doking yöntemi; sabit tutulan proteinin aktif

yöresi ile ligandın bir seri konformasyonu arasında yapılan doking işlemidir.

Hareketli Doking yönteminde ise, seçilen yan zincirler doking sırasında hareketli

olarak optimize edilmektedir. Bu doking yönteminde yan zincir veya ana iskelet

hareketli yapılarak reseptörün farklı konformasyonları elde edilir. Aynı zamanda

ligand da hareketlidir. Bu yöntem daha gerçekçi bir yaklaşım olmasına rağmen çok

fazla zaman aldığı ve diğer doking yöntemlerine göre çok fazla veri elde edildiği için

diğer yöntemler daha sık kullanılmaktadır.

Teknik olarak, moleküllerin ilgili alana (örneğin; reseptör bağlanma yöresi)

yerleşmesi “Doking” olarak adlandırılırken, aralarındaki ilişkinin tahmin edilmesi ise,

“Skoring” olarak adlandırılmaktadır. “Doking” ve “Skoring” arasındaki ayrım doking

programlarına ait iki önemli noktayı aydınlatmaktadır: Molekülün bağlanma şeklinin

doğru olarak tahmini (pose prediction) (pose: molekülün reseptörün bağlanma yöresi

ile uyum gösteren konformasyonu) ve bileşiklerin bağlanma affinitelerinin güvenilir

tahminidir (Verkhivker, 2000; Stahl ve Rarey, 2001).

1.5.1.1.1. CDocker Yöntemi

Doking çalışmalarında sıklıkla kullanılan bir yöntem CDocker olarak bilinen

moleküler dinamik tabanlı bir algoritmadır. Bu docking yönteminde protein sabit

tutulurken ligandlar hareketli davranmaktadır.

Güç alanı (forcefield), deneysel ve kuantum mekanik hesaplamalara dayanarak elde

edilmiş, bir partikülün (atomun veya molekülün) potansiyel enerjisini tanımlamak için

kullanılan parametrelerdir. CDocker yönteminde kullanılan güç alanı CHARMm

(Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics) olarak adlandırılmaktadır

(Brooks ve ark., 1983). CHARMm güç alanı; proteinler, nükleik asitler, organik

moleküller ve kofaktörler için parametrelerin optimize edilmesinde ve atomlara ait

eksik parametrelerin tahmin edilmesinde kullanılır. CHARMm güç alanının protein-

105

ligand ve protein-protein etkileşimleri ile ilgili çalışmalarda yaygın kullanımı

mevcuttur (Discovery Studio 3.1.).

CDocker yönteminin başarısını belirlemek üzere yapılan bir çalışmada 41 adet

protein-ligand kompleksi kullanılarak docking işlemi uygulanmıştır. Doking

sonuçlarına göre, %66–76 oranında başarılı sonuç elde edildiği gözlenmiştir (Wu ve

ark., 2003).

1.5.2. Ligand Tabanlı İlaç Tasarımı

1.5.2.1. Farmakofor Analizi

İlaç tasarımında sık karşılaşılan, terapötik olarak söz konusu reseptörün üç boyutlu

yapısı bilinmediği durumlarda, moleküler modelleme çalışmalarıyla, ligatların yapıları

iyice karakterize edilir ve bazen biyolojik etkide rol oynayan konformasyonları kesin

bir biçimde ortaya çıkartılmaktadır. Reseptörün yapısı daha sonra bu tür

ligandlardan ortaya çıkartılabilmekte veya ‘haritalanabilmektedir’; böylelikle mevcut

yapı-etki ilişkilerini rasyonelize etmek ve yeni ilaç adaylarını tasarlamak için

kullanabilmektedir. Ligandların biyolojik aktiviteleri için gerekli olan temel fonksiyonel

grupların bağlı yönlendirimleri farmakoforu tanımlamaktadır. Diğer bir ifadeyle

farmakofor, belli bir biyolojik aktivite için gerekli olan yapısal elemanların uzaysal

düzenlemesidir. Oluşturulan model bağlanma veya inhibisyonu hakkında bilgi

verebilir, daha çok sayıda aktif bileşiğin oluşturulması için bir temel oluşturabilir ve

aynı farmakoforu içeren moleküllerin tanımlanmasına yardımcı olabilir. Bir

farmakofor, yapısal olarak farklı ligandların ortak bir reseptöre bağlanmasına

açıklama getirmektedir (Cohen, 1996).

1.5.2.1.1. HipHop Yöntemi

HipHop metodu, spesifik olarak tedavi edici etkisi bilinen yada bilinmeyen bir seri

molekülden hareketle; moleküllerin ortak özelliklerini gösteren farmakofor modelleri

veya hipotezleri oluşturur. HipHop yöntemi ile farmakofor analizi ancak Unix

sisteminde çalışan Catalyst paket programı yardımı ile uygulanabilmekteydi (Green

ve ark., 1994; Smellie ve ark., 1995; Barnum ve ark.,1996; Hahn, 1995 ve 1997;

106

Hirashima ve ark., 2001 ve 2002). Günümüzde PC tabanlı Discovery Studio 3.1.

programı ile de yapılmaktadır. Farmakofor modeli ise molekülün üç boyutlu yapısını

kapsayan; hidrofobik gruplar, yüklü veya iyonize olabilen gruplar, hidrojen bağı

donör ve akseptörleri gibi molekül özelliklerini gösterir. Bu özellikler, reseptöre

bağlanmak için gerekli olan karakteristik özelliklerle benzeşen kimyasal fonksiyonları

içerir. Oluşturulan farmakofor modeli ile uyumlu olan bileşikler 3D veri tabanları

olarak kullanılabilir ve sonuçta etkin yeni aday moleküllerin önerilmesini sağlar.

HipHop çalışmasına bir dizi molekülün konformasyonlarının aydınlatılması ile

başlanır. Bir konformasyon, molekülün üç boyutlu alandaki farklı konumlanışını ifade

eder. Bu konformasyonlardan en uygun ideal konumlu olan otomatik belirlenir ve

hipotezler oluşturulur. Oluşturulan hipotezlerden hareketle yeni etkin bileşikler

öngörülebilir.

Günümüzde moleküler modelleme teknikleri kullanılarak geliştirilmiş ilaç molekülleri

bulunmaktadır. Angiotensin II reseptör antagonisti olarak hipertansiyon tedavisinde

kullanılan Losartan (Cosaar®) (Duncia ve ark., 1990; Duncia ve ark., 1992) ve

Eprosartan (Teveten®)( Weinstock ve ark., 1991; Keenan ve ark., 1993); AIDS

tedavisinde kullanılan Indinavir (Crixivan®) (Dorsey ve ark., 1994; Reynolds ve ark.,

1995), karbonik anhidraz inhibitörü olarak glokom tedavisinde kullanılan

Dorzolamide (Trusopt®) (Greer ve ark., 1994) bu moleküllere örnek olarak

gösterilebilir. (Şekil 1.152.).

Losartan (Cosaar®) Dorzolamide (Trusopt®)

Indinavir (Crixivan®) Eprosartan (Teveten®)

Şekil 1.152. Moleküler modelleme teknikleri kullanılarak geliştirilmiş ilaç molekülleri.

107

Bu bilgiler ışığı altında, 2. konumunda değişik elektronik, sterik ve hidrofobik

özelliklere sahip atom veya atom grupları ile sübstitüe edilmiş fenil veya benzil; 5.

konumunda 4-nitro/amino-benzensülfonamido grupları taşıyan tamamı orijinal bir

seri benzoksazol türevi bileşiğin (Şekil 1.7.) sentezlenmesi, ayrıca ara basamakta

izole edilecek orijinal olmayan 2-(4-sübstitüefenil/benzil)-5-aminobenzoksazol türevi

bileşiklerin 1H-NMR, IR, MASS, elementel analiz yöntemleri kullanılarak yapılarının

aydınlatılması ve in vitro ortamda Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis

gibi bazı Gram-pozitif, Escherichia coli ve Pseudomonas aeruginosa gibi bazı Gram-

negatif bakteriler ve Mycobacterium tuberculosis ile bunların ilaçlara dirençli

suşlarına karşı antibakteriyel etkilerinin; Candida albicans, Candida krusei’ye karşı

antifungal etkilerinin minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerinde araştırılması

planlanmıştır. Ayrıca, dihidropteroat sentetaz ve enoil-ACP redüktaz enzimleri

üzerinden doking ve bu enzimler üzerinde inhibitör etkileri bilinen moleküller ile

HipHop yöntemi kullanılarak farmakofor analizi çalışmaları yapılarak önemli

konformasyonel özelliklerin belirlenmesi ve daha etkili olabilecek yeni ilaç etken

maddelerinin tasarımlarının yapılması amaçlanmıştır.

108

2. GEREÇ VE YÖNTEM

2.1. Elde Edilen Bileşiklerin Sentez, Saflaştırma İşlemleri ve Yapı Analizlerinde Kullanılan Gereçler

Sentezlenen bileşiklerin IR analizleri, Jasko FT/IR-420 spektrofotometre cihazında

KBr diski kullanılarak yapılmıştır. NMR analizleri, 1H-NMR spektrumları şeklinde,

Varian Mercury 400 High Performance Digital FT-NMR Spektrometre cihazı ile 400

MHz.’de yapılmıştır. İç standart madde olarak tetrametilsilan (TMS), çözücü olarak

dimetilsülfoksit-d6 (DMSO-d6) kullanılmıştır. Mass (Kütle) analizleri, Waters 2695

Alliance Mikromass ZQ marka LC/MS spektrometre cihazında, Elektrosprey

İyonizasyonu (ESI) yöntemi uygulanarak gerçekleştirilmiştir. Sentezlenen bileşiklerin

erime noktası tayini, Büchi B540 cihazı kullanılarak, kapiller yöntem ile belirlenmiştir.

Değerler düzeltilmeden verilmiştir. Elementel analizler, CHNS-932 (LECO)

Elementel Analiz cihazı kullanılarak yapılmıştır. Sentez çalışmaları sırasında,

reaksiyonlardaki gelişmeyi izlemek, elde edilen maddelerin saflık derecelerini ve Rf

değerlerini saptamak amacıyla, ince tabaka kromatografisinden (İTK)

yararlanılmıştır. Bu amaçla SilicaGel 60 GF254 alüminyum plaklar (Merck)

kullanılmıştır. Sentez edilen maddelerin uygun çözücü sisteminde sürüklenme işlemi

tamamlandıktan sonra plaklar açık havada kurutulmuştur. Lekelerin belirlenmesi için

254 ve 366 nm dalga boyundaki UV ışığı veren Camag UV Lambasından

faydalanılmıştır.

Mikrobiyoloji çalışmalarında, 96 kuyucuklu düz tabanlı mikropleyt (BioSter), steril

pipet ucu, 12 kanallı otomatik pipet (BioHit), tek kanallı otomatik pipet (Socorex)

kullanılmıştır.

2.1.1. Sentez, Saflaştırma ve Analiz İşlemlerinde Kullanılan Kimyasal Maddeler

Bu amaçla kullanılan kimyasal bileşikler şu şekildedir; 4-nitrobenzensülfonil klorür

(Acros), 2,4-diaminofenol dihidroklorür (Fluka), polifosforik asit (Acros), sodyum

hidroksit (Riedel-de Haën), benzoik asit (Aldrich), 4-klorobenzoik asit (Aldrich), 4-

florobenzoik asit (Aldrich), 4-bromobenzoik asit (Aldrich), 4-etilbenzoik asit (Aldrich),

109

4-metilbenzoik asit (Aldrich), 4-metoksibenzoik asit (Aldrich), fenilasetik asit

(Aldrich), 4-klorofenilasetik asit (Aldrich), 4-florofenilasetik asit (Aldrich), 4-

bromofenilasetik asit (Aldrich), 4-metilfenilasetik asit (Aldrich), susuz magnezyum

sülfat (Acros), bakır(II)sülfat (Merck), sodyum bikarbonat (Fluka), piridin (Carlo

Erba), diklorometan (BDH), demir tozu (Aldrich), amonyumklorür (Fluka), palladyum

karbon %10 (Aldrich), etil asetat (Riedel-de Haën), n-hekzan (Merck), metanol

(Riedel-de Haen), etanol (Riedel-de Haën), dimetilsülfoksit-d6 (DMSO-d6) (Merck).

2.1.2. Elde Edilen Bileşiklerin Mikrobiyolojik Etki İncelemelerinde Kullanılan Gereçler

Çalışmada Mueller Hinton Agar (MHA) (Merck), Mueller Hinton Broth (MHB)

(Merck), Sabouraud Dextrose Agar (SDA) (Merck), Sabouraud Liquid Medium

(SLM) (Merck) ve MOPS ile pH 7’ye tamponlanmış L-glutamin içeren RPMI 1640

besiyeri (Sigma) kullanılmıştır. MHA, MHB, SDA ve SLM 121ºC’de 15 dakika

otoklavlanarak, RPMI besiyeri, milipor filtreden süzülerek steril edilmiştir.

Antibakteriyel ve antifungal aktiviteleri belirlenecek olan maddelerin ve standart

antibiyotik maddelerin homojen bir süspansiyon oluşturacak şekilde çözünmesini

sağlamak için DMSO (Merck) kullanılmıştır.

Mikrobiyolojik etki incelemesinde standart madde olarak; meropenem (Astra

Zeneca), ampisilin (Mustafa Nevzat İlaç Sanayi), gentamisin sülfat (Paninkret

Chem.-Pharm.), ofloksazin (Zhejiang Huangyan East Asia Chemical Co. Ltd.),

siprofloksazin (Bayer), kloramfenikol (Carlo-Erba), tetrasiklin (Mustafa Nevzat),

seftriakson (Mustafa Nevzat) trimetoprim-sulfametoksazol (Fluka), sulfametoksazol

(Fluka), izoniazid (Sigma), etambutol (Sigma), flukonazol (Fako) ve amfoterisin B

(Bristol Myers Squibb) kullanılmıştır.

110

2.1.3. Kullanılan Mikroorganizmalar

Elde edilen bileşiklerin mikrobiyolojik etkilerinin incelenmesi için kullanılan

mikroorganizmalar Gazi Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Mikrobiyoloji

Anabilim Dalı’ndan temin edilmiştir. Sentezlenen bileşiklerin in vitro antibakteriyel

aktiviteleri Gram negatif bakterilerden; Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853,

Pseudomonas aeruginosa (gentamisine dirençli), Escherichia coli ATCC 25922

Escherichia coli (Geniş Spektrumlu Beta-Laktamaz enzimi -ESBL- içerir) üzerinde

ve Gram pozitif bakterilerden; Staphylococcus aureus ATCC 29213, Staphylococcus

aureus (metisiline dirençli -MRSA-) Enterococcus faecalis ATCC 29212 ve

Enterococcus faecalis (Vankomisine dirençli) ve Mycobacterium tuberculosis H37RV

ATCC 27294 suşu ve Mycobacterium tuberculosis hasta izolatın üzerinde

denenmiştir. Ayrıca antifungal aktiviteleri için Candida albicans ATCC 10231,

Candida krusei ATCC 6258 kullanılmıştır. Doktora tez kapsamında sentezlenen

bileşiklerden bir kısmının DAP (Efflux Pump) inhibitör etki incelemesi için kullanılan

Escherichia coli AG102 ve Acinetobacter baumannii SBMox2 Marmara Üniversitesi

Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’ndan temin edilmiştir.

2.2. Elde Edilen Bileşiklerin Sentez ve Saflaştırma Yöntemleri

Doktora tezi kapsamında hedeflenen 2-(4-sübstitüefenil/benzil)-5-(4-sübstitüe

benzensülfonamido)benzoksazol türevi bileşiklere ulaşabilmek için değişik sentez

yöntemleri gerçekleştirilmiştir, çalışma sırasında elde edilen bileşiklerin hangi

yöntemle sentezlendikleri Çizelge 2.1.’de verilmiştir. Öncelikle 2-(4-

sübstitüefenil/benzil)-5-aminobenzoksazol türevi bileşikler sentezlenmiş, bu

bileşiklerden hareketle hedeflenen moleküllerin sentezine geçilmiştir. Çizelge 2.1.’de

verilen bileşiklerin 24 tanesinin (2a-2l ve 3a-3l) sentezleri ilk defa bu çalışma ile

gerçekleştirilmiştir.

111

Çizelge 2.1. Sentezlenen benzoksazol türevi bileşikler ve sentez yöntemleri.

1

2-3

Kod X R R1 Sentez Yöntemi 1a - H - Yöntem1 1b - Cl - Yöntem1 1c - F - Yöntem1 1d - Br - Yöntem1 1e - C2H5 - Yöntem1 1f - CH3 - Yöntem1 1g - OCH3 - Yöntem1 1h CH2 H - Yöntem1 1i CH2 Cl - Yöntem1 1j CH2 F - Yöntem1 1k CH2 Br - Yöntem1 1l CH2 CH3 - Yöntem1 2a - H NO2 Yöntem2a 2b - Cl NO2 Yöntem2a 2c - F NO2 Yöntem2a 2d - Br NO2 Yöntem2a 2e - C2H5 NO2 Yöntem2a 2f - CH3 NO2 Yöntem2a 2g - OCH3 NO2 Yöntem2a 2h CH2 H NO2 Yöntem2b 2i CH2 Cl NO2 Yöntem2b 2j CH2 F NO2 Yöntem2b 2k CH2 Br NO2 Yöntem2b 2l CH2 CH3 NO2 Yöntem2b 3a - H NH2 Yöntem3a 3b - Cl NH2 Yöntem3b 3c - F NH2 Yöntem3b 3d - Br NH2 Yöntem3b 3e - C2H5 NH2 Yöntem3a 3f - CH3 NH2 Yöntem3a 3g - OCH3 NH2 Yöntem3a 3h CH2 H NH2 Yöntem3a 3i CH2 Cl NH2 Yöntem3b 3j CH2 F NH2 Yöntem3b 3k CH2 Br NH2 Yöntem3b 3l CH2 CH3 NH2 Yöntem3a

112

2.2.1. Elde Edilen 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-aminobenzoksazol Türevi Başlangıç Bileşiklerinin Sentezi, Reaksiyon Denklemleri ve Saflaştırma Yöntemleri (Yöntem 1)

0,01 mol 2,4-diaminofenol dihidroklorür ve 0,01 mol uygun karboksilik asit, 24g

polifosforik asit içerisinde 1,5 – 2,5 saat arası 120 – 200°C arası değişen

sıcaklıklarda geri çeviren soğutucu altında manyetik karıştırıcı ile karıştırıldı.

Reaksiyon bitiminde, reaksiyon içeriği buza döküldü ve %10’luk NaOH çözeltisi ile

ortam alkali yapıldı. Çökelek süzülerek alındı, nötr olana kadar distile su ile yıkandı,

etanolde çözüldü ve ısıtılarak aktif kömür ile rengi giderildi, safsızlıklardan arındırıldı.

Etanollü çözeltiye su ilavesiyle elde edilen kristaller süzüldü ve etüvde kurutuldu

(Akı-Şener ve ark., 2000; Yıldız-Ören ve ark., 2004d; Tekiner-Gülbaş ve ark.,

2007b).

Bu yöntemle sentezlenen başlangıç bileşiklerin elde ediliş yolu aşağıda verilen

reaksiyon denkleminde gösterilmiştir (Şekil 2.1.).

X: -, CH2

R: H, Cl, F, Br, CH3, C2H5, OCH3

Şekil 2.1. 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-aminobenzoksazol Türevi Başlangıç Bileşiklerinin

Sentezi.

2.2.2. Elde Edilen 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido) benzoksazol Türevi Bileşiklerin Sentezi, Reaksiyon Denklemleri ve Saflaştırma Yöntemleri (Yöntem 2)

2.2.2.1. Yöntem 2a

0,048 mmol 2-(4-sübstitüefenil)-5-aminobenzoksazol türevi bileşik 2 ml diklorometan

ile çözülerek üzerine 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-nitrobenzensülfonil klorür

ilave edilerek manyetik karıştırıcı ile oda ısısında 16 saat karıştırıldı. Reaksiyon

113

bitiminde çökmüş haldeki madde süzüldü ve önce bakır sülfatın, sonra da sodyum

bikarbonatın sudaki doygun çözeltileri ile yıkandı. Son olarak etil asetat n-hekzan

karışımından kristallendirildi (Wynne ve ark., 2007).

2.2.2.2. Yöntem 2b

0,048 mmol 2-(4-sübstitüebenzil)-5-aminobenzoksazol türevi bileşik 2ml

diklorometan ile çözülerek üzerine 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-

nitrobenzensülfonil klorür ilave edilerek manyetik karıştırıcı ile oda ısısında 16 saat

karıştırıldı. Reaksiyon bitiminde reaksiyon ortamına diklorometan ilave edilerek önce

bakır sülfatın sonra da sodyum bikarbonatın sudaki doygun çözeltileri ile ekstre

edildi. Daha sonra organik faz susuz magnezyum sülfat ile kurutuldu. 1 saat oda

sıcaklığında bekletildikten sonra çöken madde süzülerek etil asetat n-hekzan

karışımından kristallendirildi (Wynne ve ark., 2007).

Yöntem 2 ile elde edilen bileşiklerin sentez reaksiyon denklemi Şekil 2.2.’de

verilmiştir.

X: -, CH2 R: H, Cl, F, Br, CH3, C2H5, OCH3

Şekil 2.2. 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol Türevi Bileşiklerin Sentezi.

114

2.2.3. 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol Türevi Bileşiklerin Sentezi, Reaksiyon Denklemleri ve Saflaştırma Yöntemleri (Yöntem 3)

2.2.3.1. Yöntem 3a

0,5 mmol 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol

türevi bileşik etanolde çözüldü ve üzerine bir spatül ucu Pd/C (%10) ilave edilerek

H2 gazı ile muamele edildi. Genel olarak, 30 dakika ile 1,5 saat arasında değişen

sürelerde redüksiyon cihazında çalkalandıktan sonra alındı ve vakum yardımı ile

selitten süzüldü. Son olarak etil asetat n-hekzan karışımından kristallendirildi (Zheng

ve ark., 2007).

2.2.3.2. Yöntem 3b

4,65 mmol 2-(4-sübstitüefenil/benzil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol

türevi bileşik metanolde çözüldü ve üzerine 13,65 mmol (0,78 g) Fe tozu ve

amonyum klorürün sudaki çözeltisi (1,3 g; 23,3 mmol; 20 ml) ilave edilerek 70°C’de

2,5 ile 5 saat arası değişen sürelerde geri çeviren soğutucu altında manyetik

karıştırıcı ile karıştırıldı. Süre sonunda reaksiyon ortamı süzülerek Fe tozundan

kurtarıldı ve çözücüsü uçurulduktan sonra katı halde elde edilen madde etil asetat

ile çözülerek 3 defa su ile ekstre edildi. Son olarak etil asetat n-hekzan karışımından

kristallendirildi (Habens ve ark., 2005). Yöntem 3 ile elde edilen bileşiklerin sentez

reaksiyon denklemi Şekil 2.3.’te verilmiştir.

N

O

HN

X R

SO2O2N

Yöntem 3a: H2 / Pd-CYöntem 3b: Fe/ NH4Cl

N

O

HN

X R

SO2H2N

R: H, CH3, C2H5, OCH3 (Yöntem 3a); F, Cl, Br (Yöntem 3b)

Şekil 2.3. 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol Türevi Bileşiklerin Sentezi.

115

Sentez çalışmaları sırasında, reaksiyonu izlemek ve ürünün saflığını kontrol etmek

amacıyla İTK uygulamasında yararlanılan solvan sistemleri aşağıda verilmiştir:

Nitro taşıyan bileşikler için:

S1= n-Hekzan : Etil asetat (2:1)

Amin taşıyan bileşikler için:

S2= n-Hekzan : Etil asetat (1:1)

2.3. Elde Edilen Bileşiklerin Yapı Analiz Yöntemleri

2.3.1 Sentezlenen Bileşiklerin IR Spektral Analizleri

Sentezlenen bileşiklerin IR spektral analizleri KBr disk yöntemi kullanılarak

yapılmıştır. Tüm spektrumlarda, aşağıdaki ortak absorbsiyon bantları gözlenmiştir:

3478-3327 : NH (NH2) gerilim bandı (NH2 taşıyan bileşikler için) ,

3308-3106 : NH (SO2-NH) gerilim bandı,

3131-3031 : C-H (Ar-H) gerilim bandı

2968-2789 : C-H (alkil) gerilim bandı,

1685-1493 : C=C ve C=N bağı gerilim bandı,

1608-1578 : NH eğilim bandı,

1532-1524 : NO2 asimetrik gerilim bandı (NO2 taşıyan bileşikler için),

1498-1455 : Oksazol halkası vibrasyonu,

1350-1342 : NO2 simetrik gerilim bandı (NO2 taşıyan bileşikler için),

1326-1302 : SO2 asimetrik gerilim bandı,

1237-1223 : C-F gerilim bandı (F taşıyan bileşikler için),

1187-1142 : SO2 simetrik gerilim bandı,

1158-1051 : C-O-C gerilim bandı,

1093-1085 : C-Cl gerilim bandı (Cl taşıyan bileşikler için),

1074-1068 : C-Br gerilim bandı (Br taşıyan bileşikler için),

858-667 : Ar-H düzlem dışı eğilim bandı.

2.3.2 Sentezlenen Bileşiklerin 1H-NMR Spektral Analizleri

Sentezlenen bileşiklerin 1H-NMR spektrumları dimetilsülfoksit-d6 (DMSO-d6)

solvanında çözülerek alınmıştır. Bu çözücü % 100 döterolanmış olmayıp, % 98-99,8

116

oranından döteryum içerdiğinden spektrumlarda çözücülerin döterolanmamış

formlarının da pikleri mevcuttur. Spektrumlardaki 2,25-2,35 ppm’de gözlenen pik,

çözücü içindeki döterolanmamış DMSO’den, 3,35-3,60 ppm’de gözlenen pik ise

DMSO-d6 içindeki sudan kaynaklanmaktadır.

Bileşiklerin 1H-NMR spektrumları incelendiğinde; aromatik protonlar 6,47-8,39 ppm

arasında gözlenirken CH3 protonları 1,22-3,86 arasında gözlenmiştir. 4' konumunda

metoksi sübstitüenti taşıyan 1g, 2g ve 3g kodlu bileşiklerde metil protonlarının

heteroatoma doğrudan bağlı olması nedeniyle gölgelenmesi azalmış, paramagnetik

kayma göstererek bu pikler 3,86 ppm’de gözlenmiştir. 4' konumunda etil sübstitüenti

taşıyan 1e, 2e ve 3e kodlu bileşiklerdeki CH2 protonları 2,70 ppm’de gözlenirken, iki

halka arasında metilen köprüsü olarak bulunan protonlar 4,21-4,32 ppm arasında

pik vererek paramagnetik kayma göstermiştir. NH2 protonları 5,01-5,98 ppm’de

gözlenirken, sülfonamid yapısındaki NH protonu 9,83-9,97 ppm’de gözlenmiştir. 2a

kodlu bileşikte bu NH protonu gözlenmezken; 4'' konumunda NH2 sübstitüenti

taşıyan bileşiklerde 9,83-9,97 ppm arasında, 4'' konumunda NO2 sübstitüenti taşıyan

bileşiklerde ise gölgelenmenin azalması nedeniyle 10,63-10,76 ppm arasında

gözlenmiştir.

2.3.3 Sentezlenen Bileşiklerin Kütle Spektral Analizleri

Sentezlenen bileşiklere Elektrosprey İyonizasyonu (ESI) yöntemi uygulanarak Kütle

spektral analizleri alınmıştır. Bu yöntem ile tüm bileşikler iyonize olmuştur. Bazı

bileşiklerde moleküler iyon (M+) piki gözlenirken, çoğu bileşikte de M++H piki

gözlenmiştir. Ayrıca, bazı spektrumlarda gözlenen M++H+1 pikleri, moleküldeki 12C

atomunun 13C izotopu ile yer değiştirdiği anlamına gelmektedir. Yine ESI

yönteminde, bazı moleküller proton yerine Na+, K+, NH4+ katyonları ile iyonlaştığı için

M++23(Na), M++39(K), M++41(CH3CN) ve M++18(H2O) piklerini görmek de olasıdır.

Brom ve klor gibi, izotoplarının bağıl bollukları birbirine oldukça yakın hatta eşit olan

atomları içeren bileşiklerde de M++H+2 pikleri gözlenmiştir.(1)

(1) Bu atomların izotoplarının doğadaki bağıl bollukları şu orandadır;

79Br: % 50,69 ve 81Br: % 49,31; 35Cl: % 75,77 ve 37Cl: % 24,23.

117

2.3.4 Sentezlenen Bileşiklerin Elementel Analizleri

Sentezlenen bileşiklerin elementel analizleri yapılmış ve bileşiklerin içerdiği C, H, N

ve S elementlerinin yüzde miktarları bulunmuş, bu bulgular teorik hesaplamalarla

karşılaştırılarak bileşiklerin saflığı ve içerdikleri su miktarları belirlenmiştir. İncelenen

bileşiklerdeki C, H, N ve S elementlerinin miktarı ‰ ±4 sınırları içinde bulunmuştur.

2.4. Elde Edilen Bileşiklerin Mikrobiyolojik Etki Tayini Yöntemleri

Mikrobiyolojik çalışmalarda Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853,

Staphylococcus aureus ATCC 29213, E.coli ATCC 25922, Enterococcus faecalis

ATCC 29212, Mycobacterium tuberculosis H37RV ATCC 27294 standart suşları ve

hasta izolatları, Escherichia coli AG102, Acinetobacter baumannii SBMox2, Candida

albicans ATCC 10231 ve C.krusei ATCC 6258 standart suşları kullanılmıştır.

2.4.1 Mikrodilüsyon Yöntemi

Minimum inhibisyon değerlerinin (MİK) tespit edilebilmesi için 96 kuyucuklu

Microtiter Plate® mikropleytlerde mikrodilüsyon yöntemi, bakteriler için Clinical

Laboratory Standards Institute (CLSI) M100-S16 protokolüne göre, mayalar için

CLSI M27-A protokolüne göre çalışılmıştır (CLSI, 2006a,b). Yöntemde bakteriler için

MHB, mantarlar için 3-[N-morfolino]-propan sülfonik asid (MOPS) ile tamponlanmış

RPMI 1640 besiyeri kullanılmıştır. Tüm kuyucuklara 100µl besiyeri koyulduktan

sonra her maddenin 1024 µg/ml solüsyonundan ilk kuyucuklara eklenip çift katlı

dilüsyon yapılmıştır. İnokülasyon için kullanılacak olan Candida süspansiyonu (104

CFU/ml), McFarland 0,5 standardı kullanılarak hazırlanan ve 106 CFU/ml maya

içeren süspansiyonun sulandırılması ile hazırlanmıştır. İnokülasyon sonrası maya

hücrelerin son yoğunluğu 103 CFU/ml’dir. İnokülasyon için kullanılacak olan bakteri

süspansiyonları (106 CFU/ml), McFarland 0,5 standardı kullanılarak hazırlanan ve

108 CFU/ml bakteri içeren süspansiyonun sulandırılması ile hazırlanmıştır.

İnokülasyon sonrası bakteri hücrelerin son yoğunluğu 105 CFU/ml’dir. Bakteriler

37ºC’de 24 saat, mantarlar 35ºC’de 48 saat inkübasyona kaldırılmıştır. İnkübasyon

sonrası üremenin olduğu ilk kuyucuktan bir önceki kuyucuktaki madde miktarı MİK

118

değeri olarak tespit edilmiştir. Çalışmada besiyeri kontrolü, mikroorganizma kontrolü

ve kullanılan çözücülerin kontrolleri yapılmıştır. Tüm çalışma 3 kez tekrarlanmıştır.

Doktora tezi kapsamında sentezlenen bileşiklerde DAP inhibitör etkinliğinin olup

olmadığının araştırılması Escherichia coli AG102 ve Acinetobacter baumannii

SBMox2 suşları üzerinden mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak gerçekleştirilmiştir.

Sentezlenen bileşiklerin bu mikroorganizmalara karşı etki gösterdikleri MİK değerinin

yarısı konsantrasyonu ile siprofloksazinin ve kloramfenikolün değişen

konsantrasyonlarının birlikte kullanımları sonucunda ilaçların MİK değerleri tespit

edilmiştir.

2.4.2 Mikropleyt Alamar Mavisi Yöntemi (MABA)

Mycobacterium tuberculosis H37RV ATCC 27294 suşu ve Mycobacterium

tuberculosis hasta izolatının 7H11 Middlebrook agarda subkültürü yapılmıştır. Mc

Farland 1 standartına göre bakteri süspansiyonları hazırlanmıştır. Süspansiyon için

%0,04 Tween-80 ve %0,2 bovin serum albumin kullanılmıştır. Süspansiyon 1:25

oranında 7H9GC broth besiyerinde dilüe edilmiştir. Standart ilaçlar, izoniazid ve

etambutol distile suda çözülmüş ve son konsantrasyonları 8 µg/ml ve 128 µg/ml

olacak şekilde hazırlanmıştır.

96 kuyucuklu mikropleytin en dış sırasına buharlaşmayı engellemek için 200 µl steril

distile su, kalan kuyucuklara 100 µl 7H9GC sıvı besiyeri konmuştur. Maddeler ve

standart ilaçlar da 100 µl kuyucuklara konmuş ve ½ oranında dilüsyonları

yapılmıştır. Son kuyucuğun madde ve ilaç içermemesi sağlanarak mikroorganizma

kontrolü olarak kullanılmıştır. Bütün kuyucuklara 100µl Mycobacterium tuberculosis

suşları eklenmiş ve mikropleyt parafilmle kaplanarak 37ºC’de 5 gün inkübe

edilmiştir. İnkübasyon süresi sonunda alamar mavisi ve %10 tween 80 1:1 oranında

taze olarak hazırlanarak ve 50 µl mikroorganizma kontrol kuyucuklarından birine

konmuştur. Tekrar 37ºC’de 1 gece inkübasyona bırakılmış, ertesi gün rengin

pembeye dönüşmesi sonucunda diğer kuyulara da aynı şekilde hazırlanan alamar

mavisi süspansiyonu eklenerek 37ºC’de inkübasyona bırakılmıştır. Ertesi gün bütün

renkler izlenerek MİK değeri olarak maviden pembeye dönüşen en düşük

konsantrasyon belirlenmiştir.

119

2.5. Sentezlenen Bileşiklerin Mikrobiyolojik Etkilerinin İncelenmesinde Kullanılan Mikroorganizmalar ve Özellikleri

2.5.1. Pseudomonas aeruginosa

Pseudomonadaceae familyasından olan Pseudomonas aeruginosa; zorunlu aerob,

sporsuz, kapsülsüz basil veya kokobasil şeklindedir. Polar flagellası ile hareketlidir.

Gram-negatif olan bu bakteriler, adi besiyerlerinde optimum 30-37°C’de

üreyebilirken, 42°C’de de üreyebilirler. Kültürlerinde tatlı üzüm kokusu, 2-

aminoasetofenona aittir ve P. aeruginosa’ya özgüldür. Organik üreme faktörlerine

ihtiyacı yoktur ve izolasyonları oldukça kolaydır. Çoğu izolatlar β hemolitiktir ve

piyosiyanine bağlı olarak yeşil metalik bir parlaklık oluştururlar P. aeruginosa,

karbonhidratları fermente etmez, birçok şekeri oksidatif yolla yıkarken, maltozu

etkilemez. Nitrattan gaz yaparken, sitrat pozitiftir. Katalaz yapar, indol oluşturmazlar

(Bilgehan, 2000). Özellikle ampisilin ve sefalosporinlerin bazı türevlerine, ürettikleri

beta-laktamaz enzimi sayesinde yüksek direnç gösterirler. Metisilinin düşük

miktardaki dozu bu enzimi inhibe ettiği için bu antibiyotik, benzilpenisilin ve

sefalosporinlerle sinerjik etki göstermektedir. Ekzooksin A, proteolitik enzimler ve

enterotoksinler gibi hücre dışı toksik salgılarla etkili oldukları düşünülmektedir. P.

aeruginosa, özellikle savunma mekanizmalarının zayıfladığı immün yetmezlik

durumlarında, malign ve metabolik hastalığı bulunanlarda, uzun süreli kemoterapi ve

radyoterapi alanlarda, yaşlılarda ve ağır yanık durumlarında hastalık oluşturan ve

daha çok hastane infeksiyonlarına neden olabilen önemli bir patojendir (Fidan ve

ark, 2005). Doğada yaygın olarak sularda, toprakta, insan ve memeli hayvanların

bağırsağında bulunabilen P. aeruginosa’nın neden olduğu hastalıklar; bakteriyemi

ve sepsis, endokardit, trakeobronşit ve nekrotizan bronkopnömoni, kronik/malign

eksternal otit/kronik otitis media, üriner sistem, gastrointestinal sistem ve merkezi

sinir sistemi enfeksiyonları, osteoartiküler enfeksiyonlardır. Yara ve yanıklarda, lokal,

mavi renkte bir irin oluşmasına sebep olurlar. Önemli bir hastane mikrobu olan bu

bakteri ile mücadele edebilmek için hastane ortamında temizliğe en iyi derecede

uyulması gerekmektedir. P. aeruginosa, birçok direnç mekanizmasını birarada

bulundurduğu için çoğu antibakteriyele dirençlidir. Kombine antibakteriyel tedavisinin

gerektiği hastalıklara yol açtığı için; gentamisin veya amikasin ile bir anti-

pseudomonal penisilin (karbenisilin, mezlosilin, piperasilin) veya seftazidim veya

seftriakson gibi 3. kuşak sefalosporinler kombine edilir (Özgüven, 2002).

120

2.5.2. Escherichia coli

Enterobacteriaceae familyasından olan Escherichia coli, çomakçık şeklindedir

(Bilgehan, 1986). Karmaşık ancak iyi bir antijen yapısı ve değişik antijen tipleri

vardır. O somatik antijen, H kirpik antijeni, K kapsül antijen kompleksi bulunur.

Genellikle hareketli olmakla birlikte hareketleri yavaştır. Gram-negatif, sporsuz

bakterilerdir ve etraflarında kapsül bulunmaktadır. Aerob bakteriler olup, optimal

üreme 37°C'de, nötral pH varlığında olur. Ancak 18-44,5°C arasında, pH 5-8

sınırlarında da daha yavaş olarak ürer. 44°C'de laktozu fermente edebilmesi ve

indol oluşturması diğer koliform laktozu fermente eden bakterilerden ayırt

edilmesinde kullanılır (Bilgehan, 2000). E. coli, glikoz, laktoz, maltoz, mannitol,

ksiloz gibi şekerleri asit ve gaz yaparak parçalarlar; ancak, nişastadan gaz

oluşturmazlar. E. coli’ler bakteriyofajlarına göre faj tiplerine, bakteriyosin (Colisin)

salgılamasına göre Colisin tiplerine ayrılır. Salmonella ya da Shigella’nın sebep

olmadığı diyare salgınlarında E. coli’den şüphelenilir. Su kaynaklarında, besinlerde

ve sıcakkanlı hayvanlarda bağırsak sonu florasında bulunurlar. Burada diğer flora

bakterileri ve organizma ile bir denge halinde kaldığı sürece hastalık yapmaz. Bu

denge bozulduğu anda ortaya çıkabilecek enfeksiyonlar; sistit, piyelit, pyelonefrit,

appendisit, peritonit, septisemi, endokardit, yaşlılarda ve çocuklarda epidemik

diyaredir (Finegold ve Martin, 1982). E. coli’nin oluşturduğu hastalıklarda ampisilin,

kloramfenikol, tetrasiklinler, polimiksinler, sülfonamidler ve aminoglikozitlerden

yararlanılmaktadır (Akman ve Gülmezoğlu, 1980; O’Leary, 1989; Bilgehan, 1992).

2.5.3. Enterococcus faecalis

Enterokoklar Gram-pozitif, birkaç istisna dışında hareketsiz, aerobik veya fakültatif

anaerob, katalaz negatif (oksijen varlığında gelişen ve pseudokatalaz üreten bazı

türler hariç), oval kok formunda, genellikle diplokok veya kısa zincir

görünümündedirler. Gram-negatif bakterilere kıyasla, beslenme gereksinimleri daha

seçicidirler. Geliştirildikleri besiyerinde daha fazla üreme faktörüne gereksinim

duymaları açısından da diğer pek çok Gram-pozitif bakteriden ayrılırlar. Örneğin,

gelişebilmeleri için B vitaminleri ve bazı temel aminoasitler açısından pek çok Gram-

pozitif bakteriden çok daha fazla oranda besin maddesine ihtiyaç duyarlar. Belirli

türlerin üreme faktörü olarak bazı spesifik aminoasitlere gereksinim duymalarından

dolayı bu spesifik aminoasitlerin nicel olarak belirlenmesinde test organizması olarak

121

kullanılmaktadırlar. Enterokoklar hemen her zaman, her yerde bulunabilen

mikroorganizmalardır. Süt ürünlerinde ve diğer gıdalarda da yüksek oranlarda

bulunabilen bu bakterilerin, bakteriyosin üretimi, probiyotik karakteri, süt

endüstrisinde kullanılabilirlikleri gibi önemli biyoteknolojik özellikleri olduğu halde,

onların gıda kaynaklı patojenler olarak görülüp görülmeyeceği üzerine fikir birliği

yoktur. Ancak, son yayınlar E. faecalis'in ve diğer laktik asit Bakterilerinden bazı

türlerinin klinik enfeksiyonlara, özellikle de endokartitis oluşumuna katıldıkları

belirtilmektedir (Gıda Mikrobiyolojisi ve Uygulamaları, 2000).

2.5.4. Staphylococcus aureus

Staphylococcus aureus, Micrococcaceae familyasından kok şeklinde bir bakteridir.

Genellikle düzensiz kümeler ve üzüm salkımı şeklinde görülen bu bakteri, Gram-

pozitif, sporsuz, hareketsiz ve kapsülsüzdür (Bilgehan,1986). Doğada oldukça

yaygın olarak tozda, toprakta, eşya üzerinde, insan ve hayvan derisinde, ağız ve

nazofarinks floralarında bulunur. Fakültetif anaerop çoğunlukla aerop üreyen bir

bakteri olan S. aureus insanlarda ve sıcakkanlı hayvanlarda gıda zehirlenmesi ve

piyojenik enfeksiyonlar yapabilir. Optimal olarak 30-37ºC’lerde gelişirler, gelişme

sınırları ise 6-46ºC arasındadır. Optimum olarak 7,0-7,5 pH’yı tercih eden S. aureus,

4,0-9,3 pH sınırları arasında da gelişmesini sürdürebilir. Koagülaz ve hemoliz

pozitiftir ve mannitol, sükroz, maltoz ve trehalozdan asit yapabilirler. Oldukça

dayanıklıdırlar, diğer bakterilerin çoğu 60°C’de 30 dakika bekletilmekle öldükleri

halde, stafilokoklar bir saat sonra bile canlı kalabilirler. Sporsuz olmalarına rağmen,

kuruluğa karşı da dayanıklıdırlar. Büyümeleri için biotine ihtiyaçları yoktur. Penisilinin

keşfinden sonra S. aureus infeksiyonlarının tedavisi kolaylaşmış ancak daha

sonraları penisiline direnç gelişmesi sonucu tedavide güçlükler yaşanmıştır.

Metisilin, oksasilin, nafsilin gibi penisilinaza dirençli penisilinlerin 1950’lerde keşfi ile

bu sorun kısa sürede çözülmüş ise de 1961 yılında metisiline dirençli suşların tespit

edildiği bildirilmiş ve bunlar, metisiline rezistant Staphylococcus aureus (MRSA)

olarak tanımlanmıştır. Koagülaz enzimine sahiptirler; ayrıca, kanın hemoliz olmasına

sebep olurlar (Bilgehan, 1992; O’Leary, 1989; Franciolli ve ark., 1991; Smith, 1969).

S. aureus genelde göz, deri, burun, vajina, üretra ve gastrointestinal sistemde sınırlı

infeksiyonlara, bazen de hayatı tehdit edebilen ciddi infeksiyonlara neden

olabilmektedir. S. aureus’un neden olduğu hastalıklar; abseler, fronkül, sikozis, kan

122

çıbanı (carbuncle), panaris, hidroadenit, blefarit (göz kapağı iltihabı), hordeolum

(arpacık), farenjitler, peritonsiller abse, sepsis, endokardit, perikardit, plevra

ampiyemi, osteomyelit, periostit, septik artrit, bursit tromboflebit, otitis media,

menenjit, sinuzit, prostatit, perinefritik abse ve besin zehirlenmesidir. Tedavisinde

antibiyogram testi yapılarak uygun antibiyotikler seçilir. Metisiline dirençli olan

stafilokok enfeksiyonları çoklu direnç göstermeleri ve hastane kaynaklı olmaları

nedeniyle önemlidir. Metisiline dirençli olan stafilokoklar; nafcillin, oksacillin ve

sefalosporinler dahil, tüm betalaktam antibiyotiklere ve ayrıca gentemisin, tobramisin

gibi aminoglikozidlere, tetrasiklin, sulfamethoprim, siprofloksazin ve klindamisine de

dirençli olabilecekleri için tedavide vankomisin vaya onunla birlikte rifampin

kullanılabilir.

2.5.5. Acinetobacter baumannii

Acinetobacter aerobik koşullarda 35-37°C’de üremeyi seven Gram-negatif

nonfermentatif bir mikroorganizmadır. Üremenin logaritmik fazında 1-1,5 × 1,5-2,5

boyutlarında basil, duraklama fazında ise kok şeklinde görülmektedir. Acinetobakter

türleri Staphylococcus aureus ve Pseudomonas aeroginosa’ya oranla kuru yüzeyde

daha uzun süre yaşayabilmektedir. Hava, toprak, gıda, eşya, su ve lağımda

bulunabilmektedir. Sağlıklı insanda ağız florasında, üst solunum yolu, genitoüriner

sistem ve gastrointestinal sistemlerde bulunduğu belirtilmiştir. Hastane kökenli

enfeksiyon etkeni olan Acinetobacter baumannii’nin izolasyon sıklığı dünyada

gittikçe artmakta, tedavi ve kontrolünde ciddi zorluklar yaşanmaktadır. Günümüzde

Acinetobacter cinsi bakterilerde antibiyotik direnci giderek önem kazanan bir sorun

haline gelmiştir. Direnç mekanizması bölgeden bölgeye hatta hastaneden hastaneye

ve kullanılan antibiyotiğe göre değişmektedir (Torol, 2008).

2.5.6. Candida albicans

Cryptococcaceae familyasında yer alan Candida albicans, 3-6 μm çapında, oval,

tomurcuklanan, diploit, maya tipi bir mantar türü ve insanlarda oral ve vajinal fırsatçı

enfeksiyonların etmenidir. Bu mikroorganizmanın izolasyonu sorunsuzdur. İçerisinde

antifungal olmayan neredeyse her besiyerinde üreyebilirler. C. albicans glukoz,

galaktoz ve maltozu fermente ederler ve Germ tüp deneyi pozitiftir. Toprak ve

123

bitkilerden de üretilebilen mantarlar maya fazındayken tek hücrelidir, konağa

girdiklerinde basit tomurcuklanma ile oluşan blastosporlar ile çoğalırlar. C. albicans

hücre duvarında üç önemli yapı yer alır. Bunlar; β-glukan, kitin ve

mannoproteinlerdir Hücre duvarının yapısına katılan bu maddeler tomurcuklanma

sırasında önmeli rol oynarlar (Aydın, 2004). C. albicans, yalancı misel, blastospor

(blastokonidiler), klamidospor (klamidokonidiler) ve çok seyrek olarak gerçek misel

oluşturarak geliştiği görülür. Klamidosporlar C. albicans'ın en belirgin özelliğidir ve

herhangi başka bir candida türü tarafından nadiren meydana getirilir. C. albicans'ın

maya hücreleri serumda asıntı halinde 37oC'de bırakıldığı zaman 2 saatte fasulye

filizini andıran kısa uzantılar (çimlenme borusu) oluştururlar. Çimlenme boruları çok

çabuk (2 saatte) oluştuğundan C. albicans'ın çabuk tanınmasında süratle işleyen bir

deney olarak kullanılır. C. albicans kökenlerinde pozitif olan bu deneyin diğer sık

rastlanan hiçbir Candida türünde bu koşullarda görülmemesi son derecede önemlidir

(Yücel, 1999). C. albicans diğer kandidalar içerisinde ağız mukozası ve plastik

yüzeylere en iyi tutunan mantardır. Hiçbir hastalık oluşturmadan çok sayıda kandida

ağız, barsak, vajina, üst solunum yolu ve deri florasında bulunur, bu floraların doğal

bir üyesidir. İmmün sistemi ya da anatomik engelleri yetersiz kılan durumlarda

(kanser tedavileri, solit organ alıcılarına uygulanan tedaviler, kortikosteroit ve

sitotoksik kemoterapi uygulamaları, invazif girişimler (kateter, diyaliz, aspirasyon,

skopi uygulamaları), bazı viral infeksiyonlar, yanıklar, travmalar, HIV ile infekte

hastalar, bağ doku hastalıkları) yüzeyel ve derin mikozlara neden olur. Ayrıca, oral

kandidiytazlar, vajinit, onikomikoz, intertrigo, generalize deri kandidiyazı, pulmoner

ve bronkopulmoner kandidiyazlar, bunun yanısıra immun defektli bireylerde fungemi

ile endokardit, menenjit, beyin apseleri, piyelonefrit ve sistit oluşturabilir, yayılma

yoluyla üveit ve özefajit yapabilmektedirler. Tedavide, yüzeyel kandidiyazlar için %2

ketokonazol veya flukonazol seçilebilir, nistatin oral kandidiyazlar için tercih

edilebilir. Posakonazol, itrakonazol, flukonazol, terkonazol ve saperkonazol gibi azol

grubu antifungal bileşikler de tedavide kullanılımaktadır (Aydın, 2004).

2.5.7. Candida krusei

Cryptococcaceae familyasına ait kapsülsüz bir Candida türüdür. Candida krusei

nadiren yenidoğan diyareleri ile bazen de sistemik enfeksiyonlarla ilişkilendirilirler.

Sindirim, solunum ve idrar yollarında insanlarda hastalık etkeni olabilmektedirler.

Bira, deri, süt ve süt ürünleri, hayvan dışkısı gibi ortamlardan izole

124

edilebilmektedirler. Ayrıca, kakao üretiminde, kakao çekirdeklerinin bozulup acı

tadının giderilmesinde kullanılmaktadır (Lacassin ve ark., 1996). C. krusei

flukonazole karşı direnç gösterir. Bu dirençten birinci derecede sorumlu mekanizma

ilacın hücre dşına pompalanmasıdır. C. krusei genellikle amfoterisin-B’ye duyarlı

kabul edilmesine karşın C. albicans’a göre polienlerin MİK değerleri daha yüksektir

ve çok sayıda yeni bilgi bu türün de önemli orandaki izolatlarının amfoterisin-B’ye

dirençli olduğunu bildirmektedir. Amfoterisin-B’ye karşı dirençli olan C. krusei

enfeksiyonlarına karşı yeni bir antifungal ajan olan kaspofungin tedavide iyi bir

seçenek oluşturmaktadır (Ertuğrul ve ark., 2006).

2.5.8. Mycobacterium tuberculosis

Mycobacteriaceae familyasındandır. Aerob, hareketsiz, sporsuz, kapsülsüz, 0,2-0,6

μm eninde ve 1-10 μm boyunda ince çomaktır. Hücre duvarı lipit yönünden

zengindir. Bu yüzden boyanması zordur. Gram boyasıyla boyanmaz. Ancak yapı

olarak Gram pozitif özelliklidir. Jenerasyon süresi 800 dakikadır ve çok geç ürer.

Dallanmış yapıdadır. Güç ürediğinden besiyerine patates, yumurta, serum, asparajin

gibi zenginleştirici maddeler ilave edilir. Mikobakteriler doğrudan güneş ışığına

hassastır. Ancak, balgam içinde 20-30 saat aktif kalabilir (Abbasoğlu ve Çevikbaş,

2011). Yavaş büyüyen bir bakteridir. Her 18 saatte bir bölünür (pek çok diğer bakteri

1 saat veya daha az zamanda bölünür). Kültürünün negatif olması için 6-8 hafta

beklenmesi gerekir. M. tuberculosis zorunlu aerobtur. Bakterinin hücre duvarında 3

farklı uzun zincirli lipid bulunur. Bunlar, mikolik asit, wax D ve kazeöz nekrozda rol

oynayan fosfatidlerdir. M. tuberculosis asit ve bazlara karşı dirençlidir. Örneklerdeki

M. tuberculosis konstantrasyonunu arttırmak için sodyum hidroksit kullanılır. Bu

madde diğer canlı hücre ve bakterileri yok ederken M. tuberculosise zarar vermez.

M. tuberculosis susuz koşullara dayanıklıdır ve kuru balgamda hayatta kalabilir. Bu

özelliği bulaşıcılığını arttırır. Pek çok MDR (çoklu ilaç direnci) M. tuberculosis suşu

tespit edilmiştir. Bu suşların Isoniazide dayanıklı olmaları dünya çapında problem

teşkil etmektedir (Levinson ve ark, 2004).

125

2.6. Moleküler Modelleme Çalışmaları

2.6.1. Doking Çalışmaları (CDocker Yöntemi)

2.6.1.1. Dihidropteroat Sentetaz Enzimi ile Yapılan Doking Çalışması

Doktora tezi kapsamında sentezlenmiş olan bileşiklerin etkilerinin dihidropteroat

sentetaz enzimi üzerinden olabilirliğini değerlendirmek üzere yapılan doking

çalışmasında ön çalışma olarak, M. tuberculosis’e ait dihidropteroat sentetaz enzimi

ile referans ligand olarak pteridin monofosfat (Şekil 2.4.) kullanılmıştır. Protein Veri

Bankası (PDB)’ndan 1EYE kodlu kristal yapı alınmış (Rao ve ark., 2008); bu yapıda

eksik olan kısım (loop 2) E. coli’ye ait dihidropteroat sentetaz enzimi (PDB kodu

1AJZ) olan kristal yapıdan alınarak tamamlanmıştır. Discovery Studio 3.1. programı

ile CDocker yöntemi kullanılarak yapılan doking çalışması sonucunda bulunan en

uygun konformasyon X-ray kristalografisiyle karşılaştırılmıştır. Protein ile ligand

arasındaki H bağları: Asp21, Ser53, Asn105, Asp177, Lys213, 4H2O; ve en uygun

konformasyonla X ışınları kristalografisi arasındaki farklılığı ifade eden RMSD

değeri: 0,71 bulunarak literatüre uygun bir sonuç elde edilmiştir. Bu şekilde valide

edilen CDocker yöntemi kullanılarak doktora tezi kapsamında sentezlenmiş olan

moleküller üzerinden de doking işlemi uygulanmıştır.

Şekil 2.4. Pteridin monofosfat (PtP) (referans ligand).

126

Şekil 2.5. Referans ligand (pteridin monofosfat) (PDB’tan alınan kristal yapı, yeşil renk) ve doking sonucu bulunan en uygun konformasyon (pembe renk).

Baca ve ark. tarafından 2000 yılında yapılan X ışınları çalışması sonucunda ortaya

çıkarılan PtP bağlanma yöresi Şekil 2.6.’da verilmiştir. Doking sonucu ile bu yöre

karşılaştırıldığında yapılan doking yöntemi sonucunu destekler nitelikte olduğu

görülmektedir.

Şekil 2.6. PtP bağlanma yöresi (Baca ve ark., 2000).

127

Şekil 2.7. Pteridin monofosfatın Asp21 (sarı), Ser53 (yeşil), Asn105 (mavi), Asp177

(pembe), Lys213 (mor) ve 2 H2O ile yaptığı hidrojen bağları.

Doking işleminden önce, enzim (dihidropteroat sentetaz enzimi) ve doking yapılacak

tüm moleküller üzerinden minimizasyon ve moleküler dinamik çalışmaları

yapılmıştır. Öncelikle, Protein Veri Bankası (PDB)’ndan alınan 2H7I kodlu kristal

yapı içerisinden ligand (pteridin monofosfat) çıkarılmış ve enzime hidrojen atomları

eklenmiştir. Adopted Basis Newton Raphson (ABNR) yöntemi kullanılarak enzim

minimize edilmiştir. Doking yapılacak tüm moleküller ChemBioDraw Ultra 12.0.

programı ile çizilmiş, Discovery Studio 3.1. programı kullanılarak ABNR metodu ile

minimize edilmiş ve moleküler dinamik yöntemlerinden Heat and Cool (700K-200K)

ile moleküllerin farklı konformasyonları elde edilmiş ve doking işlemi uygulanmıştır.

Elde edilen sonuçlar Çizelge 3.4.’te gösterilmiştir.

2.6.1.2. Enoil ACP Redüktaz Enzimi ile Yapılan Doking Çalışması

Doktora tezi kapsamında sentezlenmiş olan bileşiklerin etkilerinin enoil-ACP

redüktaz enzimi üzerinden olabilirliğini değerlendirmek üzere yapılan doking

çalışmasında ön çalışma olarak, M. tuberculosis’e ait enoil-ACP redüktaz enzimi

(InhA/FabI) ile referans ligand olarak pirolidin karboksamid yapısındaki S1 molekülü

kullanılmıştır. Protein Veri Bankası (PDB)’ndan 2H7I kodlu kristal yapı alınmış (Rao

ve ark., 2008) ve Discovery Studio 3.1. programı ile CDocker yöntemi kullanılarak

128

doking çalışması yapılmıştır. Doking çalışması sonucunda bulunan en uygun

konformasyon X ışınları kristalografisiyle karşılaştırılmıştır. Protein ile ligand

arasındaki H bağları: Thr158, NAD400 ve en uygun konformasyonla X ışınları

kristalografisi arasındaki farklılığı ifade eden RMSD değeri: 0,61 bulunarak literatüre

uygun bir sonuç elde edilmiştir. Bu şekilde valide edilen CDocker yöntemi

kullanılarak doktora tezi kapsamında sentezlenmiş olan moleküller üzerinden de

doking işlemi uygulanmıştır.

N

O

HN

O

Şekil 2.8. S1 kodlu pirolidin karboksamid yapısındaki referans ligand.

Şekil 2.9. Referans ligand (S1) (PDB’tan alınan kristal yapı, yeşil renk) ve doking sonucu bulunan en uygun konformasyon (pembe renk).

129

Şekil 2.10. S1 kodlu molekülün Tyr158 (pembe) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen bağları.

Doking işleminden önce, enzim (Enoil ACP redüktaz enzimi) ve doking yapılacak

moleküller üzerinden minimizasyon ve moleküler dinamik çalışmaları yapılmıştır.

Öncelikle, Protein Veri Bankası (PDB)’ndan alınan 2H7I kodlu kristal yapı

içerisinden S1 kodlu ligand ve tüm su molekülleri çıkarılmış ve enzime hidrojen

atomları eklenmiştir. Adopted Basis Newton Raphson (ABNR) yöntemi kullanılarak

enzim minimize edilmiştir. Doking yapılacak tüm moleküller ChemBioDrow Ultra

12.0. programı ile çizilmiş, Discovery Studio 2.1. programı kullanılarak ABNR

metodu ile minimize edilmiş ve moleküler dinamik yöntemlerinden Heat and Cool

(700K-200K) ile moleküllerin farklı konformasyonları elde edilmiş ve doking işlemi

uygulanmıştır. Elde edilen sonuçlar Çizelge 3.5.’te gösterilmiştir.

130

2.6.2. Farmakofor Modelleme Çalışmaları (HipHop Yöntemi)

2.6.2.1. Dihidropteroat Sentetaz Enzim İnhibitörleri ile Yapılan HipHop Çalışması

Doktora tez çalışması kapsamında enzimin spesifikliğini açıklamak üzere,

dihidropteroat sentetaz enzimine karşı antibakteriyel etkileri bilinen bazı referans

ilaçlar üzerinden HipHop yöntemi kullanılarak moleküllerin ortak konformasyonel

özellikleri belirlenmiştir.

Çizelge 2.2. HipHop farmakofor modellemesi için kullanılan çalışma serisi.

Sülfametoksazol

Sülfasetamid

NH2

S

O

O

NH

N

N

OH3C

O

CH3

Sülfadoxine

Dapson

Sülfadimetoksin

H2N S

HN

N

N

O

O

Sülfadiazin

Asedapson

Referans olarak seçilen sülfametoksazolün MaxOmitFeat değeri 0, Principal değeri

2 olarak girilmiştir. Diğer bileşiklerin ise MaxOmitFeat değerleri 2, Principal değerleri

1 olarak girilmiştir. HipHop çalışması sonucu bileşiklerin farmakofora uyumunu

gösteren FitValue değerleri Çizelge 2.3.’te verilmiştir.

131

Çizelge 2.3. HipHop farmakofor çalışmasında kullanılan ve elde edilen değerler.

Bileşik adı MaxOmitFeat Principal FitValue

Sülfametoksazol 0 2 2,9999 Sülfadoksin 2 1 2,89446 Sülfadimetoksin 2 1 2,84414 Asedapson 2 1 2,33409 Sülfasetamid 2 1 2,1543 Dapson 2 1 1,9999 Sülfadiazin 2 1 1,66593 Hipotez 1 DAA Rank: 38.247 DH: 1111011 PH: 0000100 Max Fit: 3

Farmakofor hipotezinin oluşturulması için hidroien bağı alıcısı (HBA), hidrojen bağı

vericisi (HBD), hidrofobiklik ve aromatik halka özellikleri seçilmiştir. Sonuçta elde

edilen 10 hipotezden 1 numaralı hipotez uygun bulunmuştur.

Şekil 2.11. HipHop çalışması sonucu uygun bulunan hipotez (Hipotez 1). Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), pembe renk hidrojen bağı donörünü (HBD) gösterir.

132

Şekil 2.12. Sülfametoksazolün Hipotez 1 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), pembe renk hidrojen bağı donörünü (HBD) gösterir.

Şekil 2.13. PABA’nın Hipotez 1 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), pembe renk hidrojen bağı donörünü (HBD) gösterir.

133

2.6.2.2. Enoil-ACP Redüktaz Enzim İnhibitörleri ile Yapılan HipHop Çalışması

Doktora tez çalışması kapsamında enzimin spesifikliğini açıklamak üzere, M.

tuberculosis’e ait enoil-ACP redüktaz enzimi (FabI)’ne karşı antibakteriyel etkileri

bilinen bazı bileşikler üzerinden HipHop yöntemi kullanarak moleküllerin ortak

konformasyonel özellikleri belirlenmiştir.

Çizelge 2.4. HipHop farmakofor modellemesi için kullanılan çalışma serisi.

S1

AG205

Gallokatesin Gallat

CG400462

Diazoborin C

45298

Luteolin

Kurkumin

134

Referans olarak seçilen S1 kodlu bileşiğin MaxOmitFeat değeri 0, Principal değerini

2 olarak girilmiştir. Diğer bileşiklerin ise MaxOmitFeat değerleri 2, Principal değerleri

1 olarak girilmiştir. HipHop çalışması sonucu bileşiklerin farmakofora uyumunu

gösteren FitValue değerleri Çizelge 2.5.’te verilmiştir.

Çizelge 2.5. HipHop farmakofor çalışmasında kullanılan ve elde edilen değerler.

Bileşik adı MaxOmitFeat Principal FitValue S1 0 2 2,99986 Gallokatesin Gallat 2 1 2,80773 AG205 2 1 2,80393 45298 2 1 2,73623 Kurkumin 2 1 2,67362 Luteolin 2 1 2,62601 Diazoborinc 2 1 2,53443 CG400462 2 1 2,36821 Hipotez 2 RAA Rank: 42.863 DH: 11111111 PH: 00000000 Max Fit: 3

Farmakofor hipotezinin oluşturulması için hidroien bağı alıcısı (HBA), hidrojen bağı

vericisi (HBD), hidrofobiklik ve aromatik halka özellikleri seçilmiştir. Sonuçta, elde

edilen 10 hipotezden 1 numaralı hipotez (Hipotez 2) uygun bulunmuştur.

Şekil 2.14. HipHop çalışması sonucu uygun bulunan hipotez (Hipotez 2). Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

135

Şekil 2.15. S1 kodlu bileşiğin Hipotez 2 ile haritalanması Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

Şekil 2.16. Gallokateşin gallatın Hipotez 2 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

136

3. BULGULAR

3.1. Elde Edilen Bileşiklerin Sentez ve Analiz Bulguları

3.1.1. 2-Fenil-5-aminobenzoksazol (1a)

Yöntem 1’e göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,01 mol 2,4-

diaminofenoldihidroklorür, 0,01 mol benzoik asit ve 24 g polifosforik asit

kullanılmıştır. 180°C’de 2,5 saat süren reaksiyon sonucunda % 52,38 verimle 1,10 g

saf ürün elde edilmiştir.

Erime Noktası: 152-154ºC (153,1ºC; Şener ve ark., 1987a) Molekül Ağırlığı: 210,08 Kapalı Formül: C13H10N2O Elementel Analiz:

%C %H %N Hesaplanan: 74,27 4,79 13,33

Bulunan: 74,08 4,82 13,03

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 5,13 (s, 2H, NH2 protonları); 6,68 (dd,1H,

J6,7: 8,8; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 6,88 (d, 1H, J4,6: 2,0; 4 konumundaki

proton); 7,43 (d, 1H, J7,6: 8,8; 7 konumundaki proton); 7,57-7,60 (m, 3H, 3', 4' ve 5'

konumlarındaki protonlar); 8,13-8,15 (m, 2H, 2' ve 6' konumlarındaki protonlar)

(Wyne ve ark., 2009)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 211,7 (M++ H) (% 75), 252,7 (M++ H +

41(CH3CN)) (% 100)

137

3.1.2. 2-(4-Klorofenil)-5-aminobenzoksazol (1b)

Yöntem 1’e göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,01 mol 2,4-

diaminofenoldihidroklorür, 0,01 mol 4-klorobenzoik asit ve 24 g polifosforik asit

kullanılmıştır. 200°C’de 1,5 saat süren reaksiyon sonucunda % 81,83 verimle 2,01 g

saf ürün elde edilmiştir.

Erime Noktası: 193-195ºC Molekül Ağırlığı: 244,04 Kapalı Formül: C13H9ClN2O Elementel Analiz:

%C %H %N Hesaplanan: 63,81 3,71 11,45

Bulunan: 63,54 3,89 11,39

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 5,14 (s, 2H, NH2 protonları); 6,67 (dd,1H,

J6,7: 8,8; J6,4: 2,4; 6 konumundaki proton); 6,86 (d, 1H, J4,6: 2,4; 4 konumundaki

proton); 7,40 (d, 1H, J7,6: 8,8; 7 konumundaki proton); 7,63 (d, 2H, J3',2'=J5',6': 8,4; 3'

ve 5' konumlarındaki protonlar); 8,11(d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,8; 2' ve 6' konumlarındaki

protonlar) (Chancellor ve ark., 2011).

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 245,6 (M++ H) (% 40), 247,6 (M++ H + 2) (%

13), 286,7 (M++ H + 41(CH3CN)) (% 100), 288,7 (M++ H + 2 + 41 (CH3CN)) (% 36)

138

Şekil 3.1. 1b kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

Şekil 3.2. 1b kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

139

3.1.3. 2-(4-Florofenil)-5-aminobenzoksazol (1c)

Yöntem 1’e göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,01 mol 2,4-

diaminofenoldihidroklorür, 0,01 mol 4-florobenzoik asit ve 24 g polifosforik asit

kullanılmıştır. 200°C’de 2 saat süren reaksiyon sonucunda % 85,53 verimle 1,95 g

saf ürün elde edilmiştir.

Erime Noktası: 157-159ºC (156,8ºC; Şener ve ark., 1987a) Molekül Ağırlığı: 228,07

Kapalı Formül: C13H9FN2O

Elementel Analiz: %C %H %N

Hesaplanan: 68,42 3,97 12,27

Bulunan: 67,95 3,96 11,98

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 5,14 (s, 2H, NH2 protonları); 6,67 (dd, 1H,

J6,7: 8,8; J6,4: 2,4; 6 konumundaki proton); 6,87 (d, 1H, J4,6: 2,4; 4 konumundaki

proton); 7,41-7,45 (m, 3H, 7, 3' ve 5' konumlarındaki protonlar); 8,16-8,20 (m, 2H, 2'

ve 6' konumlarındaki protonlar)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 229,7 (M++ H) (% 55), 270,8 (M++ H +

41(CH3CN)) (% 100)

140

3.1.4. 2-(4-Bromofenil)-5-aminobenzoksazol (1d)

Yöntem 1’e göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,01 mol 2,4-

diaminofenoldihidroklorür, 0,01 mol 4-bromobenzoik asit ve 24 g polifosforik asit

kullanılmıştır. 200°C’de 2,5 saat süren reaksiyon sonucunda % 60,07 verimle 1,73 g

saf ürün elde edilmiştir.

Erime Noktası: 197-200ºC (201,2ºC; Şener ve ark., 1987a) Molekül Ağırlığı: 287,99

Kapalı Formül: C13H9BrN2O

Elementel Analiz: %C %H %N

Hesaplanan: 54,00 3,14 9,69

Bulunan: 53,70 3,08 9,37

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 5,14 (s, 2H, NH2 protonları); 6,67 (dd, 1H,

J6,7: 8,8; J6,4: 2,4; 6 konumundaki proton); 6,85 (d, 1H, J4,6: 2,4; 4 konumundaki

proton); 7,40 (d, 1H, J7,6: 9,2; 7 konumundaki proton); 7,77 (d, 2H, J3',2'=J5',6': 8,4; 3'

ve 5' konumlarındaki protonlar); 8,04 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,8; 2' ve 6' konumlarındaki

protonlar)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 289,6 (M++ H) (% 58), 291,7 (M++ H + 2) (%

48), 330,7 (M++ H+ 41(CH3CN)) (% 92), 332,7 (M++ H + 2 + 41(CH3CN)) (% 100)

141

3.1.5. 2-(4-Etilfenil)-5-aminobenzoksazol (1e)

Yöntem 1’e göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,01 mol 2,4-

diaminofenoldihidroklorür, 0,01 mol 4-etilbenzoik asit ve 24 g polifosforik asit

kullanılmıştır. 180°C’de 2 saat süren reaksiyon sonucunda % 80,67 verimle 1,92 g

saf ürün elde edilmiştir.

Erime Noktası: 127-128ºC (126,1ºC; Şener ve ark., 1987a) Molekül Ağırlığı: 238,11

Kapalı Formül: C15H14N2O

Elementel Analiz:

%C %H %N Hesaplanan: 75,61 5,92 11,76

Bulunan: 75,39 5,97 11,56

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 1,23 (t, 3H, CH3 protonları); 2,70 (q, 2H,

CH2 protonları); 5,11 (s, 2H, NH2 protonları); 6,66 (dd, 1H, J6,7: 8,4; J6,4: 2,0; 6

konumundaki proton); 6,86 (d, 1H, J4,6: 1,6; 4 konumundaki proton); 7,41 (t, 3H, 7, 3'

ve 5' konumlarındaki protonlar); 8,05 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,4; 2' ve 6' konumlarındaki

protonlar)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 239,7 (M++ H) (% 75), 280,8 (M++ H +

41(CH3CN)) (% 100)

142

3.1.6. 2-(4-Metilfenil)-5-aminobenzoksazol (1f)

Yöntem 1’e göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,01 mol 2,4-

diaminofenoldihidroklorür, 0,01 mol 4-metilbenzoik asit ve 24 g polifosforik asit

kullanılmıştır. 170°C’de 1,5 saat süren reaksiyon sonucunda % 91,52 verimle 2,05 g

saf ürün elde edilmiştir.

Erime Noktası: 172-174ºC Molekül Ağırlığı: 224,09

Kapalı Formül: C14H12N2O

Elementel Analiz:

%C %H %N Hesaplanan: 74,98 5,39 12,49

Bulunan: 75,15 5,28 12,02

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 2,40 (s, 3H, CH3 protonları); 5,12 (s, 2H,

NH2 protonları); 6,66 (dd, 1H, J6,7: 8,8; J6,4: 2,4; 6 konumundaki proton); 6,87 (d, 1H,

J4,6: 2,4; 4 konumundaki proton); 7,40-7,41 (m, 3H, 7, 3' ve 5' konumlarındaki

protonlar); 8,02 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,0; 2' ve 6' konumlarındaki protonlar) (Wyne ve

ark., 2009)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 225,7 (M++ H) (% 98), 266,7 (M++ H +

41(CH3CN)) (% 100)

143

Şekil 3.3. 1f kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

Şekil 3.4. 1f kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

144

3.1.7. 2-(4-Metoksifenil)-5-aminobenzoksazola (1g)

Yöntem 1’e göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,01 mol 2,4-

diaminofenoldihidroklorür, 0,01 mol 4-metoksibenzoik asit ve 24 g polifosforik asit

kullanılmıştır. 120°C’de 2 saat süren reaksiyon sonucunda % 41,04 verimle 0,99 g

saf ürün elde edilmiştir.

Erime Noktası: 156-158ºC Molekül Ağırlığı: 240,09

Kapalı Formül: C14H12N2O2 Elementel Analiz:

%C %H %N Hesaplanan: 69,99 5,03 11,66

Bulunan: 69,73 4,83 11,45 1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 3,86 (s, 3H, CH3 protonları); 5,09 (s, 2H,

NH2 protonları); 6,64 (dd, 1H, J6,7: 8,8; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 6,85 (d, 1H,

J4,6: 2,0; 4 konumundaki proton); 7,13 (d, 2H, J3',2'=J5',6': 9,2; 3' ve 5' konumlarındaki

protonlar); 7,38 (d, 1H, J7,6: 8,8; 7 konumundaki proton); 8,07 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,4;

2' ve 6' konumlarındaki protonlar)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 241,6 (M++ H) (% 100), 282,6 (M++ H +

41(CH3CN)) (% 100)

a Molekül literatürde verilmiştir, fakat moleküle ait herhangi bir analiz bulgusuna rastlanmamıştır (Chen ve ark., 2011).

145

Şekil 3.5. 1g kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

Şekil 3.6. 1g kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

146

3.1.8. 2-Benzil-5-aminobenzoksazol (1h)

N

O

H2N4

6

72' 3'

5'6'

CH2 4'

Yöntem 1’e göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,01 mol 2,4-

diaminofenoldihidroklorür, 0,01 mol fenilasetik asit ve 24 g polifosforik asit

kullanılmıştır. 180°C’de 1,5 saat süren reaksiyon sonucunda % 60,94 verimle 1,37 g

saf ürün elde edilmiştir.

Erime Noktası: 79-81ºC (82-83ºC; Yıldız-Ören ve ark., 2004c) Molekül Ağırlığı: 224,09

Kapalı Formül: C14H12N2O . 0,75 H2O

Elementel Analiz:

%C %H %N Hesaplanan: 70,72 5,72 11,78

Bulunan: 70,50 5,90 11,20

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 4,22 (s, 2H, CH2 protonları); 5,08 (s, 2H,

NH2 protonları); 6,59 (dd, 1H, J6,7: 9,2; J6,4: 2,4; 6 konumundaki proton); 6,79 (d, 1H,

J4,6: 2,4; 4 konumundaki proton); 7,26-7,35 (m, 6H, 7 konumundaki proton ve fenil

protonları) (Yıldız-Ören ve ark., 2004c)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 225,6 (M++ H) (% 68), 266,6 (M++ H +

41(CH3CN)) (% 100)

147

3.1.9. 2-(4-Klorobenzil)-5-aminobenzoksazol (1i)

Yöntem 1’e göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,01 mol 2,4-

diaminofenoldihidroklorür, 0,01 mol 4-klorofenilasetik asit ve 24 g polifosforik asit

kullanılmıştır. 200°C’de 1,5 saat süren reaksiyon sonucunda % 74,81 verimle 1,93 g

saf ürün elde edilmiştir.

Erime Noktası: 83-85ºC (85-87ºC; Yıldız-Ören ve ark., 2004c) Molekül Ağırlığı: 258,06

Kapalı Formül: C14H11ClN2O . 0,25 H2O

Elementel Analiz:

%C %H %N Hesaplanan: 63,88 4,40 10,64

Bulunan: 63,76 4,42 10,90

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 4,24 (s, 2H, CH2 protonları); 5,03 (s, 2H,

NH2 protonları); 6,58 (dd, 1H, J6,7: 8,8; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 6,77 (d, 1H,

J4,6: 2,0; 4 konumundaki proton); 7,55 (d, 1H, J7,6: 8,8; 7 konumundaki proton); 7,37-

7,43 (m, 4H, 2' ,3', 5' ve 6' konumlarındaki protonlar) (Yıldız-Ören ve ark., 2004c)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 259,7 (M++ H) (% 32), 261,7 (M++ H + 2) (%

10), 300,8 (M++ H+ 41(CH3CN)) (% 100), 302,7 (M++ H + 2 + 41(CH3CN)) (% 35)

148

3.1.10. 2-(4-Florobenzil)-5-aminobenzoksazol (1j)

Yöntem 1’e göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,01 mol 2,4-

diaminofenoldihidroklorür, 0,01 mol 4-florofenilasetik asit ve 24 g polifosforik asit

kullanılmıştır. 200°C’de 1,5 saat süren reaksiyon sonucunda % 71,49 verimle 1,73 g

saf ürün elde edilmiştir.

Erime Noktası: 76-77ºC (77ºC; Oksuzoglu ve ark., 2007) Molekül Ağırlığı: 242,09

Kapalı Formül: C14H11FN2O

Elementel Analiz:

%C %H %N Hesaplanan: 69,41 4,58 11,56

Bulunan: 69,23 4,35 11,48

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 4,23 (s, 2H, CH2 protonları); 5,02 (s, 2H,

NH2 protonları); 6,57 (dd, 1H, J6,7: 8,4; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 6,77 (d, 1H,

J4,6: 2,4; 4 konumundaki proton); 7,15-7,20 (m, 2H, 3' ve 5' konumlarındaki

protonlar); 7,27 (d, 1H, J7,6: 8,4; 7 konumundaki proton); 7,37-7,41 (m, 2H, 2' ve 6'

konumlarındaki protonlar) (Oksuzoglu ve ark., 2007)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 243,7 (M++ H) (% 58), 284,7 (M++ H +

41(CH3CN)) (% 100)

149

3.1.11. 2-(4-Bromobenzil)-5-aminobenzoksazol (1k)

Yöntem 1’e göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,01 mol 2,4-

diaminofenoldihidroklorür, 0,01 mol 4-bromofenilasetik asit ve 24 g polifosforik asit

kullanılmıştır. 200°C’de 1,5 saat süren reaksiyon sonucunda % 89,07 verimle 2,69 g

saf ürün elde edilmiştir.

Erime Noktası: 101-104ºC (104-107ºC; Arisoy ve ark., 2008) Molekül Ağırlığı: 302,01

Kapalı Formül: C14H11BrN2O

Elementel Analiz:

%C %H %N Hesaplanan: 55,47 3,66 9,24

Bulunan: 55,80 3,83 9,69

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 4,22 (s, 2H, CH2 protonları); 5,03 (s, 2H,

NH2 protonları); 6,58 (dd, 1H, J6,7: 8,4; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 6,76 (d, 1H,

J4,6: 2,0; 4 konumundaki proton); 7,27 (d, 1H, J7,6: 8,4; 7 konumundaki proton); 7,32

(d, 2H, J3',2'=J5',6': 8,0; 3' ve 5' konumlarındaki protonlar); 7,55 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,8;

2' ve 6' konumlarındaki protonlar) (Arisoy ve ark., 2008)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 303,5 (M++ H) (% 30), 305,5 (M++ H + 2) (%

40), 346,7 (M++ H + 2 + 41(CH3CN)) (% 100)

150

3.1.12. 2-(4-Metilbenzil)-5-aminobenzoksazol (1l)

N

O

H2N4

6

72' 3'

5'6'

CH2 CH3

Yöntem 1’e göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,01 mol 2,4-

diaminofenoldihidroklorür, 0,01 mol 4-tolilasetik asit ve 24 g polifosforik asit

kullanılmıştır. 180°C’de 1,5 saat süren reaksiyon sonucunda % 60,92 verimle 1,45 g

saf ürün elde edilmiştir.

Erime Noktası: 82-84ºC (85ºC; Oksuzoglu ve ark., 2007) Molekül Ağırlığı: 238,11

Kapalı Formül: C15H14N2O . 1 H2O

Elementel Analiz:

%C %H %N Hesaplanan: 70,29 6,29 10,93

Bulunan: 70,56 5,99 10,55

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 2,27 (s, 3H, CH3 protonları); 4,16 (s, 2H,

CH2 protonları); 5,01 (s, 2H, NH2 protonları); 6,57 (dd, 1H, J6,7: 8,4; J6,4: 2,0; 6

konumundaki proton); 6,76 (d, 1H, J4,6: 2,4; 4 konumundaki proton); 7,14 (d, 2H,

J3',2'=J5',6': 8,0; 3' ve 5' konumlarındaki protonlar); 7,22 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,0; 2' ve 6'

konumlarındaki protonlar); 7,25 (d, 1H, J7,6: 8,8; 7 konumundaki proton) (Oksuzoglu

ve ark., 2007)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 239,7 (M++ H) (% 50), 280,7 (M++ H +

41(CH3CN)) (% 100)

151

3.1.13. 2-Fenil-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2a)

SO2NH N

O

O2N4

6

7 2' 3'

4'

5'6'

2''3''

5'' 6''

Yöntem 2a’ya göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,048 mmol 2-fenil-5-

aminobenzoksazol (1a), 2 ml diklorometan, 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-

nitrobenzensülfonil klorür kullanılmıştır. Oda ısısında gerçekleştirilen reaksiyon

sonucunda % 56,96 verimle 0,45 g saf ürün elde edilmiştir.

Erime Noktası: 247-250ºC Molekül Ağırlığı: 395,06

Kapalı Formül: C19H13N3O5S

Elementel Analiz:

%C %H %N %S Hesaplanan: 57,72 3,31 10,63 8,11

Bulunan: 57,84 3,50 10,81 8,14

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 7,08 (dd, 1H, J6,7: 9,2; J6,4: 2,0; 6

konumundaki proton); 7,44 (d, 1H, J4,6: 1,6; 4 konumundaki proton); 7,60-7,64 (m,

4H, 3', 4', 5' ve 7 konumlarındaki protonlar); 7,98 (d, 2H, J2'',3''=J6'',5'': 8,8; 2'' ve 6''

konumlarındaki protonlar); 8,15 (dd, 2H, J2',3'=J6',5': 7,6; J2',6'': 1,6; 2' ve 6'

konumlarındaki protonlar); 8,33 (d, 2H, J3'',2''=J5',6': 8,8; 3'' ve 5'' konumlarındaki

protonlar)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(-); 394,25 (M+- H) (% 100)

152

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3264 NH gerilim bandı (SO2-NH); 3105 C-H (Ar-H)

gerilim bandı; 1618-1554 C=C ve C=N bağı gerilim bantları; 1606 NH eğilim bandı;

1532 NO2 asimetrik gerilim bandı; 1481 oksazol halkası vibrasyonu; 1346 NO2

simetrik gerilim bandı; 1326 SO2 asimetrik gerilim bandı; 1157 SO2 simetrik gerilim

bandı; 1108-1054 C-O-C gerilim bantları; 857-668 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.7. 2a kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

153

Şekil 3.8. 2a kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.9. 2a kodlu bileşiğin IR spektrumu.

154

3.1.14. 2-(4-Klorofenil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2b)

Yöntem 2a’ya göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,048 mmol 2-(4-klorofenil)-5-

aminobenzoksazol (1b), 2 ml diklorometan, 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-

nitrobenzensülfonil klorür kullanıldı. Oda ısısında gerçekleştirilen reaksiyon

sonucunda % 65,27 verimle 0,56 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 263-265ºC Molekül Ağırlığı: 429,02

Kapalı Formül: C19H12ClN3O5S

Elementel Analiz:

%C %H %N %S Hesaplanan: 53,09 2,81 9,78 7,46

Bulunan: 52,92 3,08 9,84 7,52

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 7,17 (dd, 1H, J6,7: 8,8; J6,4: 2,0; 6

konumundaki proton); 7,53 (d, 1H, J4,6: 2,0; 4 konumundaki proton); 7,66 (d, 2H,

J3',2'=J5',6': 8,8; 3' ve 5' konumlarındaki protonlar); 7,71 (d, 1H, J7,6: 9,2; 7

konumundaki proton); 8,02 (d, 2H, J2'',3''=J6'',5'': 8,4; 2'' ve 6'' konumlarındaki

protonlar); 8,14 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,8; 2' ve 6' konumlarındaki protonlar); 8,38 (d, 2H,

J3'',2''=J5'',6'': 9,2; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 10,75 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(-); 428,20 (M+ - H) (% 100); 430,22 (M+ - H + 2)

(% 40)

155

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3275 NH gerilim bandı (SO2-NH); 3131-3081 C-H

(Ar-H) gerilim bantları; 1679-1550 C=C ve C=N bağı gerilim bantları; 1608 NH eğilim

bandı; 1528 NO2 asimetrik gerilim bandı; 1480 oksazol halkası vibrasyonu; 1349

NO2 simetrik gerilim bandı; 1314 SO2 asimetrik gerilim bandı; 1161 SO2 simetrik

gerilim bandı; 1107-1051 C-O-C gerilim bantları; 1085 C-Cl gerilim bandı; 853-676

Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.10. 2b kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

156

Şekil 3.11. 2b kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.12. 2b kodlu bileşiğin IR spektrumu.

157

3.1.15. 2-(4-Florofenil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2c)

Yöntem 2a’ya göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,048 mmol 2-(4-florofenil)-5-

aminobenzoksazol (1c), 2 ml diklorometan, 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-

nitrobenzensülfonil klorür kullanıldı. Oda ısısında gerçekleştirilen reaksiyon

sonucunda % 46,01 verimle 0,38 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 230-232ºC Molekül Ağırlığı: 413,05

Kapalı Formül: C19H12FN3O5S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 55,21 2,93 10,17 7,76

Bulunan: 55,14 3,22 10,29 7,82

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 7,14 (dd, 1H, J6,7: 8,4; J6,4: 2,0; 6

konumundaki proton); 7,43-7,51 (m, 3H, 3' , 5' ve 4 konumlarındaki protonlar); 7,70

(d, 1H, J7,6: 8,4; 7 konumundaki proton); 8,00 (d, 2H, J2'',3''=J6'',5'': 9,2; 2'' ve 6''

konumlarındaki protonlar); 8,21 (q, 2H, 2' ve 6' konumlarındaki protonlar); 8,37 (d,

2H, J3'',2''=J5'',6'': 8,8; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar), 10,71 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(-); 412,30 (M+ - H) (% 100)

158

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3246 NH gerilim bandı (SO2-NH); 3118 C-H (Ar-H)

gerilim bandı; 1684-1559 C=C ve C=N bağı gerilim bantları; 1603 NH eğilim bandı;

1524 NO2 asimetrik gerilim bandı; 1476 oksazol halkası vibrasyonu; 1342 NO2

simetrik gerilim bandı; 1318 SO2 asimetrik gerilim bandı; 1223 C-F gerilim

bandı;1163 SO2 simetrik gerilim bandı; 1143-1063 C-O-C gerilim bantları; 857-672

Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.13. 2c kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

159

Şekil 3.14. 2c kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.15. 2c kodlu bileşiğin IR spektrumu.

160

3.1.16. 2-(4-Bromofenil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2d)

Yöntem 2a’ya göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,048 mmol 2-(4-bromofenil)-5-

aminobenzoksazol (1d), 2 ml diklorometan, 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-

nitrobenzensülfonil klorür kullanıldı. Oda ısısında gerçekleştirilen reaksiyon

sonucunda % 66,53 verimle 1,26 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 266-267ºC Molekül Ağırlığı: 472,97

Kapalı Formül: C19H12BrN3O5S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 48,12 2,55 8,86 6,76

Bulunan: 47,85 2,86 8,91 6,84

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 7,19 (d, 1H, J6,7: 8,0; 6 konumundaki

proton); 7,54 (s, 1H, 4 konumundaki proton); 7,70 (d, 1H, J7,6: 8,8; 7 konumundaki

proton); 7,79 (d, 2H, J3',2'=J5',6': 8,4; 3' ve 5' konumlarındaki protonlar); 8,02-8,06 (m,

4H, 2', 2'', 6' ve 6'' konumlarındaki protonlar); 8,39 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 8,0; 3'' ve 5''

konumlarındaki protonlar), 10,76 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(-); 472,13 (M+ - H) (% 100); 474,13 (M+ - H + 2)

(% 95)

161

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3275 NH gerilim bandı (SO2-NH); 3128 C-H (Ar-H)

gerilim bandı; 1675-1547 C=C ve C=N bağı gerilim bantları; 1607 NH eğilim bandı;

1526 NO2 asimetrik gerilim bandı; 1477 oksazol halkası vibrasyonu; 1348 NO2

simetrik gerilim bandı; 1312 SO2 asimetrik gerilim bandı; 1161 SO2 simetrik gerilim

bandı; 1146-1071 C-O-C gerilim bantları; 1071 C-Br gerilim bandı; 852-676 Ar-H

düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.16. 2d kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

162

Şekil 3.17. 2d kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.18. 2d kodlu bileşiğin IR spektrumu.

163

3.1.17. 2-(4-Etilfenil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2e)

Yöntem 2a’ya göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,048 mmol 2-(4-etilfenil)-5-

aminobenzoksazol (1e), 2 ml diklorometan, 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-

nitrobenzensülfonil klorür kullanıldı. Oda ısısında gerçekleştirilen reaksiyon

sonucunda % 53,19 verimle 0,90 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 217-219ºC Molekül Ağırlığı: 423,09

Kapalı Formül: C21H17N3O5S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 59,57 4,05 9,92 7,57

Bulunan: 59,50 4,30 9,95 7,60

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 1,22 (t, 3H, CH3 protonları); 2,70 (q, 2H,

CH2 protonları); 7,13 (dd, 1H, J6,7: 8,8; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 7,44 (d, 2H,

J3',2'=J5',6': 8,0; 3' ve 5' konumlarındaki protonlar); 7,50 (d, 1H, J4,6: 2,4; 4

konumundaki proton); 7,69 (d, 1H, J7,6: 8,4; 7 konumundaki proton); 8,01 (d, 2H,

J2'',3''=J6'',5'': 8,8; 2'' ve 6'' konumlarındaki protonlar); 8,06 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,0; 2' ve

6' konumlarındaki protonlar); 8,37 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 9,2; 3'' ve 5'' konumlarındaki

protonlar); 10,70 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(-); 422,25 (M+ - H) (% 100)

164

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3270 NH gerilim bandı (SO2-NH); 3125 C-H (Ar-H)

gerilim bandı; 2968 C-H (CH2CH3) gerilim bandı; 1673-1498 C=C ve C=N bağı

gerilim bantları; 1607 NH eğilim bandı; 1527 NO2 asimetrik gerilim bandı; 1476

oksazol halkası vibrasyonu; 1346 NO2 simetrik gerilim bandı; 1310 SO2 asimetrik

gerilim bandı; 1162 SO2 simetrik gerilim bandı; 1139-1086 C-O-C gerilim bantları;

854-675 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.19. 2e kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

165

Şekil 3.20. 2e kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.21. 2e kodlu bileşiğin IR spektrumu.

166

3.1.18. 2-(4-Metilfenil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2f)

Yöntem 2a’ya göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,048 mmol 2-(4-metil fenil)-5-

aminobenzoksazol (1f), 2 ml diklorometan, 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-

nitrobenzensülfonil klorür kullanıldı. Oda ısısında gerçekleştirilen reaksiyon

sonucunda % 42,79 verimle 0,70 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 244-245ºC Molekül Ağırlığı: 409,07

Kapalı Formül: C20H15N3O5S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 58,67 3,69 10,26 7,83

Bulunan: 58,58 3,79 10,26 7,85

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 2,41 (s, 3H, CH3 protonları); 7,12 (dd, 1H,

J6,7: 8,4; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 7,42 (d, 2H, J3',2'=J5',6': 8,4; 3' ve 5'

konumundaki protonlar); 7,47 (d, 1H, J4,6: 2,0; 4 konumundaki proton); 7,68 (d, 1H,

J7,6: 8,8; 7 konumundaki proton); 7,98 (d, 2H, J2'',3''=J6'',5'': 8,8; 2'' ve 6''

konumlarındaki protonlar); 8,04 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,4; 2' ve 6' konumlarındaki

protonlar); 8,36 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 8,4; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 10,69 (s,

1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 410,96 (M+ + H) (% 100)

167

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3281 NH gerilim bandı (SO2-NH); 3126 C-H (Ar-H)

gerilim bandı; 1646-1497 C=C ve C=N bağı gerilim bantları; 1608 NH eğilim bandı;

1529 NO2 asimetrik gerilim bandı; 1480 oksazol halkası vibrasyonu; 1348 NO2

simetrik gerilim bandı; 1313 SO2 asimetrik gerilim bandı; 1161 SO2 simetrik gerilim

bandı; 1138-1086 C-O-C gerilim bantları; 853-669 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.22. 2f kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

168

Şekil 3.23. 2f kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.24. 2f kodlu bileşiğin IR spektrumu.

169

3.1.19. 2-(4-Metoksifenil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2g)

Yöntem 2a’ya göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,048 mmol 2-(4-metoksifenil)-5-

aminobenzoksazol (1g), 2 ml diklorometan, 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-

nitrobenzensülfonil klorür kullanıldı. Oda ısısında gerçekleştirilen reaksiyon

sonucunda % 70,59 verimle 0,90 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 227-230ºC Molekül Ağırlığı: 425,07

Kapalı Formül: C20H15N3O6S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 56,47 3,55 9,88 7,54

Bulunan: 56,56 3,71 10,09 7,53

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 3,86 (s, 3H, CH3 protonları); 7,08 (dd, 1H,

J6,7: 8,8; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 7,15 (d, 2H, J3',2'=J5',6': 8,8; 3' ve 5'

konumlarındaki protonlar); 7,45 (d, 1H, J4,6: 2,0; 4 konumundaki proton); 7,66 (d, 1H,

J7,6: 8,4; 7 konumundaki proton); 7,98 (d, 2H, J2'',3''=J6'',5'': 8,8; 2'' ve 6''

konumlarındaki protonlar); 8,09 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 9,2; 2' ve 6' konumlarındaki

protonlar); 8,37 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 9,2; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 10.68 (s,

1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 426,80 (M+ + H) (% 100)

170

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3264 NH gerilim bandı (SO2-NH); 1684-1498 C=C

ve C=N bağı gerilim bantları; 1607 NH eğilim bandı; 1526 NO2 asimetrik gerilim

bandı; 1498 oksazol halkası vibrasyonu; 1349 NO2 simetrik gerilim bandı; 1308 SO2

asimetrik gerilim bandı; 1160 SO2 simetrik gerilim bandı; 1137-1086 C-O-C gerilim

bantları; 855-669 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.25. 2g kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

171

Şekil 3.26. 2g kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.27. 2g kodlu bileşiğin IR spektrumu.

172

3.1.20. 2-Benzil-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2h)

Yöntem 2b’ye göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,048 mmol 2-benzil-5-

aminobenzoksazol (1h), 2 ml diklorometan, 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-

nitrobenzensülfonil klorür kullanıldı. Oda ısısında gerçekleştirilen reaksiyon

sonucunda % 55,01 verimle 0,90 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 145-146ºC

Molekül Ağırlığı: 409,07

Kapalı Formül: C20H15N3O5S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 58,67 3,69 10,26 7,83

Bulunan: 58,32 3,96 10,26 7,90

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 4,30 (s, 2H, CH2 protonları); 7,06 (dd, 1H,

J6,7: 8,8; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 7,28-7,40 (m, 5H, fenil protonları); 7,40 (d,

1H, J4,6: 1,6; 4 konumundaki proton); 7,58 (d, 1H, J7,6: 8,8; 7 konumundaki proton);

7,96 (d, 2H, J2'',3''=J6'',5'': 9,2; 2'' ve 6'' konumlarındaki protonlar); 8,35 (d, 2H,

J3'',2''=J5'',6'': 8,4; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 10,66 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 410,22 (M+ + H) (% 100)

173

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3063 C-H (Ar-H) gerilim bandı; 2861 C-H (CH2)

gerilim bandı; 1568-1497 C=C ve C=N bağı gerilim bantları; 1607 NH eğilim bandı;

1526 NO2 asimetrik gerilim bandı; 1476 oksazol halkası vibrasyonu; 1349 NO2

simetrik gerilim bandı; 1310 SO2 asimetrik gerilim bandı; 1166 SO2 simetrik gerilim

bandı; 1114-1088 C-O-C gerilim bantları; 852-668 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.28. 2h kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

174

Şekil 3.29. 2h kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.30. 2h kodlu bileşiğin IR spektrumu.

175

3.1.21. 2-(4-Klorobenzil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2i)

SO2NH N

O

O2N4

6

7 2' 3'

5'6'

2''3''

5'' 6''

CH2 Cl

Yöntem 2b’ye göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,048 mmol 2-(4-klorobenzil)-5-

aminobenzoksazol (1i), 2 ml diklorometan, 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-

nitrobenzensülfonil klorür kullanıldı. Oda ısısında gerçekleştirilen reaksiyon

sonucunda % 40,06 verimle 0,71 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 179-181ºC Molekül Ağırlığı: 443,03

Kapalı Formül: C20H14ClN3O5S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 54,12 3,18 9,47 7,22

Bulunan: 54,07 3,31 9,43 7,20

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 4,32 (s, 2H, CH2 protonları); 7,06 (dd, 1H,

J6,7: 8,4; J6,4: 1,6; 6 konumundaki proton); 7,38-7,43 (m, 5H, 2', 3', 5', 6' ve 4

konumlarındaki protonlar); 7,58 (d, 1H, J7,6: 9,2; 7 konumundaki proton); 7,95 (d, 2H,

J2'',3''=J6'',5'': 9,2; 2'' ve 6'' konumlarındaki protonlar); 8,35 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 8,8; 3'' ve

5'' konumlarındaki protonlar); 10,66 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 444,18 (M+ + H) (% 100); 446,05 (M+ + H + 2)

(% 40)

176

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3115 NH gerilim bandı (SO2-NH); 3053 C-H (Ar-H)

gerilim bandı; 2860-2791 C-H (CH2) gerilim bantları; 1685-1493 C=C ve C=N bağı

gerilim bantları; 1606 NH eğilim bandı; 1526 NO2 asimetrik gerilim bandı; 1472

oksazol halkası vibrasyonu; 1350 NO2 simetrik gerilim bandı; 1312 SO2 asimetrik

gerilim bandı; 1167 SO2 simetrik gerilim bandı; 1115-1059 C-O-C gerilim bantları;

1085 C-Cl gerilim bandı; 847-670 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.31. 2i kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

177

Şekil 3.32. 2i kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.33. 2i kodlu bileşiğin IR spektrumu.

178

3.1.22. 2-(4-Florobenzil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2j)

Yöntem 2b’ye göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,048 mmol 2-(4-florobenzil)-5-

aminobenzoksazol (1j), 2 ml diklorometan, 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-

nitrobenzensülfonil klorür kullanıldı. Oda ısısında gerçekleştirilen reaksiyon

sonucunda % 52,69 verimle 0,90 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 151-153ºC

Molekül Ağırlığı: 427,06

Kapalı Formül: C20H14FN3O5S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 56,20 3,30 9,83 7,50

Bulunan: 55,95 3,52 9,88 7,57

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 4,30 (s, 2H, CH2 protonları); 7,06 (dd, 1H,

J6,7: 8,8; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 7,15-7,19 (m, 2H, 3' ve 5' konumlarındaki

protonlar); 7,39-7,42 (m, 3H, 2', 6' ve 4 konumlarındaki protonlar); 7,58 (d, 1H, J7,6:

8,4; 7 konumundaki proton); 7,96 (d, 2H, J2'',3''=J6'',5'': 9,2; 2'' ve 6'' konumlarındaki

protonlar); 8,35 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 8,8; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 10,64 (s,

1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 428,48 (M+ + H) (% 100)

179

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3252 NH gerilim bandı (SO2-NH); 3128-3039 C-H

(Ar-H) gerilim bantları; 2924 C-H (CH2) gerilim bandı; 1684-1509 C=C ve C=N bağı

gerilim bantları; 1607 NH eğilim bandı; 1527 NO2 asimetrik gerilim bandı; 1480

oksazol halkası vibrasyonu; 1348 NO2 simetrik gerilim bandı; 1308 SO2 asimetrik

gerilim bandı; 1223 C-F gerilim bandı; 1161 SO2 simetrik gerilim bandı; 1133-1086

C-O-C gerilim bantları; 856-672 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.34. 2j kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

180

Şekil 3.35. 2j kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.36. 2j kodlu bileşiğin IR spektrumu.

181

3.1.23. 2-(4-Bromobenzil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2k)

Yöntem 2b’ye göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,048 mmol 2-(4-bromobenzil)-5-

aminobenzoksazol (1k), 2 ml diklorometan, 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-

nitrobenzensülfonil klorür kullanıldı. Oda ısısında gerçekleştirilen reaksiyon

sonucunda % 40,98 verimle 0,80 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 187-189ºC

Molekül Ağırlığı: 486,98

Kapalı Formül: C20H14BrN3O5S

Elementel Analiz:

%C %H %N %S Hesaplanan: 49,19 2,89 8,61 6,57

Bulunan: 49,24 3,17 8,65 6,68

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 4,30 (s, 2H, CH2 protonları); 7,06 (dd, 1H,

J6,7: 8,8; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 7,33 (d, 2H, J3',2'=J5',6': 8,0; 3' ve 5'

konumlarındaki protonlar); 7,39 (d, 1H, J4,6: 2,0; 4 konumundaki proton); 7,54 (d, 2H,

J2',3'=J6',5': 8,8; 2' ve 6' konumlarındaki protonlar); 7,58 (d, 1H, J7-6: 8,8; 7

konumundaki proton); 7,96 (d, 2H, J2'',3''=J6'',5'': 9,2; 2'' ve 6'' konumlarındaki

protonlar); 8,35 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 8,8; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 10,64 (s,

1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 488,37 (M+ + H) (% 85); 490,37 (M+ + H + 2)

(% 100)

182

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3115 NH gerilim bandı (SO2-NH); 3057 C-H (Ar-H)

gerilim bandı; 2856-2789 C-H (CH2) gerilim bantları; 1684-1555 C=C ve C=N bağı

gerilim bantları; 1606 NH eğilim bandı; 1525 NO2 asimetrik gerilim bandı; 1488

oksazol halkası vibrasyonu; 1348 NO2 simetrik gerilim bandı; 1312 SO2 asimetrik

gerilim bandı; 1165 SO2 simetrik gerilim bandı; 1106-1087 C-O-C gerilim bantları;

1068 C-Br gerilim bandı; 849-671 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.37. 2k kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

183

Şekil 3.38. 2k kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.39. 2k kodlu bileşiğin IR spektrumu.

184

3.1.24. 2-(4-Metilbenzil)-5-(4-nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2l)

Yöntem 2b’ye göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,048 mmol 2-(4-metilbenzil)-5-

aminobenzoksazol (1l), 2 ml diklorometan, 0,95 mmol piridin ve 0,52 mmol 4-

nitrobenzensülfonil klorür kullanıldı. Oda ısısında gerçekleştirilen reaksiyon

sonucunda % 56,64 verimle 0,96 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 158-160ºC

Molekül Ağırlığı: 423,09

Kapalı Formül: C21H17N3O5S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 59,57 4,05 9,92 7,57

Bulunan: 59,44 4,12 9,98 7,44

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 2,27 (s, 3H, CH3 protonları); 4,23 (s, 2H,

CH2 protonları); 7,03 (dd, 1H, J6,7: 8,4; J6,4: 2,4; 6 konumundaki proton); 7,14 (d, 2H,

J3',2'=J5',6': 8,0; 3' ve 5' konumlarındaki protonlar); 7,22 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,4; 2' ve 6'

konumlarındaki protonlar); 7,37 (d, 1H, J4,6: 2,0; 4 konumundaki proton); 7,56 (d, 1H,

J7,6: 8,8; 7 konumundaki proton); 7,94 (d, 2H, J2'',3''=J6'',5'': 8,8; 2'' ve 6''

konumlarındaki protonlar); 8,34 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 8,8; 3'' ve 5'' konumlarındaki

protonlar); 10,63 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 424,70 (M+ + H) (% 100)

185

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3258 NH gerilim bandı (SO2-NH); 3076 C-H (Ar-H)

gerilim bandı; 2924-2790 C-H (CH2,CH3) gerilim bantları; 1673-1551 C=C ve C=N

bağı gerilim bantları; 1607 NH eğilim bandı; 1527 NO2 asimetrik gerilim bandı; 1472

oksazol halkası vibrasyonu; 1349 NO2 simetrik gerilim bandı; 1310 SO2 asimetrik

gerilim bandı; 1166 SO2 simetrik gerilim bandı; 1147-1087 C-O-C gerilim bantları;

852-667 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.40. 2l kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

186

Şekil 3.41. 2l kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.42. 2l kodlu bileşiğin IR spektrumu.

187

3.1.25. 2-Fenil-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3a)

Yöntem 3a’ya göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,5 mmol 2-fenil-5-(4-

nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2a), 20 ml etanol, bir spatül ucu Pd/C (% 10)

ve H2 gazı kullanıldı. % 40,76 verimle 0,08 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 266-269ºC

Molekül Ağırlığı: 365,08

Kapalı Formül: C19H15N3O3S . 0,1 CH3COOC2H5

Elementel Analiz:

%C %H %N %S Hesaplanan: 62,27 4,26 11,23 8,57

Bulunan: 61,96 4,20 11,43 8,64

1H-NMR Spektrumu (CDCl3); δ ppm: 5,98 (s, 2H, NH2 protonları); 6,51 (d, 2H,

J3'',2''=J5'',6'': 8,8; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 7,11 (dd, 1H, J6,7: 8,4; J6,4: 2,0; 6

konumundaki proton); 7,38 (d, 2H, J2'',3''=J6'',5'': 8,8; 2'' ve 6'' konumlarındaki

protonlar); 7,43 (d, 1H, J4,6: 2,0; 4 konumundaki proton); 7,60-7,66 (m, 4H, 3', 4', 5'

ve 7 konumlarındaki protonlar); 8,16 (dd, 2H, J2',3'=J6',5': 7,6; J2',6': 1,6; 2' ve 6'

konumlarındaki protonlar); 9,97 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 366,40 (M+ + H) (% 100)

188

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3343 NH gerilim bandı (NH2, dublet); 3247 NH

gerilim bandı (SO2-NH); 1638-1501 C=C ve C=N bağı gerilim bantları; 1594 NH

eğilim bandı; 1486 oksazol halkası vibrasyonu; 1307 SO2 asimetrik gerilim bandı;

1142 SO2 simetrik gerilim bandı; 1091-1057 C-O-C gerilim bantları; 858-682 Ar-H

düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.43. 3a kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

189

Şekil 3.44. 3a kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.45. 3a kodlu bileşiğin IR spektrumu.

190

3.1.26. 2-(4-Klorofenil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3b)

Yöntem 3b’ye göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 4,65 mmol 2-(4-klorofenil)-5-(4-

nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2b), 30 ml metanol, 13,65 mmol (0,78 g) Fe

tozu ve amonyum klorürün sudaki çözeltisi (1,3 g; 23,3 mmol; 20 ml) kullanıldı.

% 30,47 verimle 0,09 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 314-315ºC Molekül Ağırlığı: 399,04

Kapalı Formül: C19H14ClN3O3S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 57,07 3,53 10,51 8,02

Bulunan: 57,10 3,63 10,78 7,90

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 5,92 (s, 2H, NH2 protonları); 6,47 (d, 2H,

J3'',2''=J5'',6'': 8,4; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 7,08 (dd, 1H, J6,7: 8,8; J6,4: 2,0; 6

konumundaki proton); 7,34 (d, 2H, J2'',3''=J6'',5'': 8,8; 2'' ve 6'' konumlarındaki

protonlar); 7,39 (d, 1H, J4,6: 1,6; 4 konumundaki proton); 7,60-7,65 (m, 3H; 3', 5' ve 7

konumlarındaki protonlar); 8,11 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,0; 2' ve 6' konumlarındaki

protonlar); 9,92 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 400,70 (M+ + H) (% 100); 402,70 (M+ + H + 2)

(% 40)

191

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3419-3349 NH gerilim bantları (NH2, dublet); 3124

NH gerilim bandı (SO2-NH); 1634-1502 C=C ve C=N bağı gerilim bantları; 1596 NH

eğilim bandı; 1482 oksazol halkası vibrasyonu; 1311 SO2 asimetrik gerilim bandı;

1160 SO2 simetrik gerilim bandı; 1147-1055 C-O-C gerilim bantları; 1093 C-Cl

gerilim bandı; 834-684 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.46. 3b kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

192

Şekil 3.47. 3b kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.48. 3b kodlu bileşiğin IR spektrumu.

193

3.1.27. 2-(4-Florofenil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3c)

Yöntem 3b’ye göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 4,65 mmol 2-(4-florofenil)-5-(4-

nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2c), 30 ml metanol, 13,65 mmol (0,78 g) Fe

tozu ve amonyum klorürün sudaki çözeltisi (1,3 g; 23,3 mmol; 20 ml) kullanıldı.

% 32,47 verimle 0,08 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 280-282ºC Molekül Ağırlığı: 383,07

Kapalı Formül: C19H14FN3O3S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 59,52 3,68 10,96 8,36

Bulunan: 59,42 3,76 11,22 8,32

1H-NMR Spektrumu (CDCl3); δ ppm: 5,96 (s, 2H, NH2 protonları); 6,51 (d, 2H,

J3'',2''=J5'',6'': 8,8; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 7,11 (dd, 1H, J6,7: 8,8; J6,4: 2,4; 6

konumundaki proton); 7,38 (d, 2H, J3',2'=J5',6': 8,8; 2'' ve 6'' konumlarındaki protonlar);

7,42-7,47 (m, 3H, 3', 5' ve 4 konumlarındaki protonlar); 7,64 (d, 1H, J7,6: 8,8; 7

konumundaki proton); 8,19-8,22 (m, 2H, 2' ve 6' konumlarındaki protonlar); 9,95 (s,

1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 384,80 (M+ + H) (% 100)

194

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3408 ve 3341 NH gerilim bantları (NH2, dublet);

3106 NH gerilim bandı (SO2-NH); 1641-1499 C=C ve C=N bağı gerilim bantları;

1596 NH eğilim bandı; 1465 oksazol halkası vibrasyonu; 1313 SO2 asimetrik gerilim

bandı; 1237 C-F gerilim bandı; 1162 SO2 simetrik gerilim bandı; 1145-1090 C-O-C

gerilim bantları; 839-681 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.49. 3c kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

195

Şekil 3.50. 3c kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.51. 3c kodlu bileşiğin IR spektrumu.

196

3.1.28. 2-(4-Bromofenil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3d)

Yöntem 3b’ye göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 4,65 mmol 2-(4-bromofenil)-5-(4-

nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2d), 30 ml metanol, 13,65 mmol (0,78 g) Fe

tozu ve amonyum klorürün sudaki çözeltisi (1,3 g; 23,3 mmol; 20 ml) kullanıldı.

% 46,43 verimle 0,13 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 304-305ºC Molekül Ağırlığı: 442,99

Kapalı Formül: C19H14BrN3O3S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 51,36 3,18 9,46 7,22

Bulunan: 51,19 3,28 9,71 7,06

1H-NMR Spektrumu (CDCl3); δ ppm: 5,97 (s, 2H, NH2 protonları); 6,51 (d, 2H,

J3'',2''=J5'',6'': 8,8; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 7,12 (dd, 1H, J6,7: 8,8; J6,4: 2,0; 6

konumundaki proton); 7,38 (d, 2H, J2'',3''=J6'',5'': 9,2; 2'' ve 6'' konumundaki protonlar);

7,43 (d, 1H, J4,6: 2,4; 4 konumundaki proton); 7,65 (d, 1H, J7,6: 8,4; 7 konumundaki

proton); 7,81 (d, 2H, J3',2'=J5',6': 8,4; 3' ve 5' konumlarındaki protonlar); 8,07 (d, 2H,

J2',3'=J6',5': 8,4; 2' ve 6' konumundaki protonlar); 9,97 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 444,80 (M+ + H) (% 100); 446,80 (M+ + H + 2)

(% 80)

197

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3349 NH gerilim bandı (NH2, dublet); 1632-1501

C=C ve C=N bağı gerilim bantları; 1593 NH eğilim bandı; 1477 oksazol halkası

vibrasyonu; 1310 SO2 asimetrik gerilim bandı; 1160 SO2 simetrik gerilim bandı;

1146-1092 C-O-C gerilim bantları; 1071 C-Br gerilim bandı; 833-684 Ar-H düzlem

dışı eğilim bantları

Şekil 3.52. 3d kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

198

Şekil 3.53. 3d kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.54. 3d kodlu bileşiğin IR spektrumu.

199

3.1.29. 2-(4-Etilfenil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3e)

SO2NH N

O

H2N4

6

7 2' 3'

5'6'

2''3''

5'' 6''

CH2CH3

Yöntem 3a’ya göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,5 mmol 2-(4-etilfenil)-5-(4-

nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2e), 20 ml etanol, bir spatül ucu Pd/C (% 10)

ve H2 gazı kullanıldı. % 60,35 verimle 0,14 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 251-254ºC

Molekül Ağırlığı: 393,11

Kapalı Formül: C21H19N3O3S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 64,11 4,87 10,68 8,15

Bulunan: 63,92 5,16 10,70 7,93

1H-NMR Spektrumu (CDCl3); δ ppm: 1,22 (t, 3H, CH3 protonları); 2,70 (q, 2H, CH2

protonları); 5,96 (s, 2H, NH2 protonları); 6,52 (dd, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 7,2; J3'',5''=J2'',6'': 1,6;

3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 7,10 (dd, 1H, J6,7: 8,8; J6,4: 2,0; 6 konumundaki

proton); 7,38-7,45 (m, 5H, 3', 5', 2'', 6'' ve 4 konumlarındaki protonlar); 7,62 (d, 1H,

J7,6: 9,2; 7 konumundaki proton); 8,06 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,0; 2' ve 6' konumundaki

protonlar); 9,93 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 394,43 (M+ + H) (% 100)

200

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3407-3339 NH gerilim bantları (NH2, dublet); 3188

NH gerilim bandı (SO2-NH); 2963 C-H (CH2CH3) gerilim bandı; 1596-1499 C=C ve

C=N bağı gerilim bantları; 1578 NH eğilim bandı; 1462 oksazol halkası vibrasyonu;

1310 SO2 asimetrik gerilim bandı; 1158 SO2 simetrik gerilim bandı; 1144-1092 C-O-

C gerilim bantları; 831-682 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.55. 3e kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

201

Şekil 3.56. 3e kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.57. 3e kodlu bileşiğin IR spektrumu.

202

3.1.30. 2-(4-Metilfenil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3f)

Yöntem 3a’ya göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,5 mmol 2-(4-metil fenil)-5-(4-

nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2f), 20 ml etanol, bir spatül ucu Pd/C (% 10)

ve H2 gazı kullanıldı. % 32,46 verimle 0,08 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 289-291ºC

Molekül Ağırlığı: 379,10

Kapalı Formül: C20H17N3O3S . 0,1 CH3COOC2H5

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 63,11 4,62 10,82 8,26

Bulunan: 62,75 4,61 11,06 8,23

1H-NMR Spektrumu (CDCl3); δ ppm: 2,40 (s, 3H, CH3 protonları); 5,97 (s, 2H, CH2

protonları); 6,52 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 9,2; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 7,09 (dd,

1H, J6,7: 8,8; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 7,39 (t, 5H, 3', 5', 2'', 6'' ve 4

konumlarındaki protonlar); 7,62 (d, 1H J7,6: 8,8; 7 konumundaki proton); 8,04 (d, 2H,

J2',3'=J6',5':8,4; 2' ve 6' konumlarındaki protonlar); 9,93 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 380,80 (M+ + H) (% 100)

203

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3406-3335 NH gerilim bantları (NH2, dublet); 3108

NH gerilim bandı (SO2-NH); 2872 C-H (CH3) gerilim bandı; 1639-1499 C=C ve C=N

bağı gerilim bantları; 1595 NH eğilim bandı; 1466 oksazol halkası vibrasyonu; 1309

SO2 asimetrik gerilim bandı; 1187 SO2 simetrik gerilim bandı; 1158-1091 C-O-C

gerilim bantları; 824-680 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.58. 3f kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

204

Şekil 3.59. 3f kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.60. 3f kodlu bileşiğin IR spektrumu.

205

3.1.31. 2-(4-Metoksifenil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3g)

Yöntem 3a’ya göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,5 mmol 2-(4-metoksifenil)-5-(4-

nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2g), 20 ml etanol, bir spatül ucu Pd/C (% 10)

ve H2 gazı kullanıldı. % 43,17 verimle 0,12 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 273-274ºC

Molekül Ağırlığı: 395,09

Kapalı Formül: C20H17N3O4S

Elementel Analiz:

%C %H %N %S Hesaplanan: 60,75 4,33 10,63 8,11

Bulunan: 60,79 4,31 10,75 8,01

1H-NMR Spektrumu (CDCl3); δ ppm: 3,86 (s, 3H, CH3 protonları); 5,97 (s, 2H, NH2

protonları); 6,51 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 8,8; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 7,06 (dd,

1H, J6,7: 8,4; J6,4: 1,6; 6 konumundaki proton); 7,14 (d, 2H, J3',2'=J5',6': 8,8; 3' ve 5'

konumlarındaki protonlar); 7,37 (d, 3H, J2'',3''=J6'',5'': 8,8; 4, 2'' ve 6'' konumlarındaki

protonlar); 7,60 (d, 1H, J7,6: 9,2; 7 konumundaki proton); 8,09 (d, 2H, J2',3'=J6',5': 8,8;

2' ve 6' konumlarındaki protonlar); 9,91 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 396,70 (M+ + H) (% 100)

206

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3396-3329 NH gerilim bantları (NH2, dublet); 3056

C-H (Ar-H) gerilim bandı; 2838 C-H (CH3) gerilim bandı; 1596-1501 C=C ve C=N

bağı gerilim bantları; 1465 oksazol halkası vibrasyonu; 1310 SO2 asimetrik gerilim

bandı; 1187 SO2 simetrik gerilim bandı; 1158-1091 C-O-C gerilim bantları; 829-680

Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.61. 3g kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

207

Şekil 3.62. 3g kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.63. 3g kodlu bileşiğin IR spektrumu.

208

3.1.32. 2-Benzil-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3h)

Yöntem 3a’ya göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,5 mmol 2-benzil-5-(4-

nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2h), 20 ml etanol, bir spatül ucu Pd/C (% 10)

ve H2 gazı kullanıldı. % 67,57 verimle 0,25 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 154-156ºC

Molekül Ağırlığı: 379,10

Kapalı Formül: C20H17N3O3S . 0,1 CH3COOC2H5

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 63,11 4,62 10,82 8,26

Bulunan: 62,67 4,43 11,15 8,40

1H-NMR Spektrumu (CDCl3); δ ppm: 4,25 (s, 2H, CH2 protonları); 5,92 (s, 2H, NH2

protonları); 6,47 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 8,4; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 6,99 (dd,

1H, J6,7: 8,8; J6,4: 2,4; 6 konumundaki proton); 7,25-7,32 (m, 8H, 2'', 6'', 4 ve fenil

protonları); 7,47 (d, 1H, J7,6: 8,4; 7 konumundaki proton); 9,83 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 380,80 (M+ + H) (% 100)

209

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3410-3344 NH gerilim bantları (NH2, dublet); 3154

NH gerilim bandı (SO2-NH); 3031 C-H (Ar-H) gerilim bandı; 1637-1500 C=C ve C=N

bağı gerilim bantları; 1594 NH eğilim bandı; 1455 oksazol halkası vibrasyonu; 1311

SO2 asimetrik gerilim bandı; 1186 SO2 simetrik gerilim bandı; 1154-1089 C-O-C

gerilim bantları; 828-681 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.64. 3h kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

210

Şekil 3.65. 3h kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.66. 3h kodlu bileşiğin IR spektrumu.

211

3.1.33. 2-(4-Klorobenzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3i)

SO2NH N

O

H2N4

6

7 2' 3'

5'6'

2''3''

5'' 6''

CH2 Cl

Yöntem 3b’ye göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 4,65 mmol 2-(4-klorobenzil)-5-(4-

nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2i), 30 ml metanol, 13,65 mmol (0,78 g) Fe

tozu ve amonyum klorürün sudaki çözeltisi (1,3 g; 23,3 mmol; 20 ml) kullanıldı.

% 32,28 verimle 0,06 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 176-178ºC

Molekül Ağırlığı: 413,06

Kapalı Formül: C20H16ClN3O3S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 58,04 3,90 10,15 7,75

Bulunan: 58,13 3,89 10,34 7,51

1H-NMR Spektrumu (CDCl3); δ ppm: 4,30 (s, 2H, CH2 protonları); 5,95 (s, 2H, NH2

protonları); 6,50 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 8,8; 3'' ve 5'' konumunlarındaki protonlar); 7,03

(dd, 1H, J6,7: 8,4; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 7,31-7,40 (m, 7H, 2', 3', 5', 6', 2'',

6'' ve 4 konumlarındaki protonlar); 7,51 (d, 1H, J7,6: 8,8; 7 konumundaki proton);

9,87 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 414,70 (M+ + H) (% 100); 416,70 (M+ + H + 2)

(% 40)

212

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3464-3327 NH gerilim bantları (NH2, dublet); 3218

NH gerilim bandı (SO2-NH); 1643-1496 C=C ve C=N bağı gerilim bantları; 1619 NH

eğilim bandı; 1478 oksazol halkası vibrasyonu; 1311 SO2 asimetrik gerilim bandı;

1183 SO2 simetrik gerilim bandı; 1157-1091 C-O-C gerilim bantları; 1091 C-Cl

gerilim bandı; 822-699 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.67. 3i kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

213

Şekil 3.68. 3i kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.69. 3i kodlu bileşiğin IR spektrumu.

214

3.1.34. 2-(4-Florobenzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3j)

Yöntem 3b’ye göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 4,65 mmol 2-(4-florobenzil)-5-(4-

nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2j), 30 ml metanol, 13,65 mmol (0,78 g) Fe

tozu ve amonyum klorürün sudaki çözeltisi (1,3 g; 23,3 mmol; 20 ml) kullanıldı.

% 77,24 verimle 0,29 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 187-190ºC Molekül Ağırlığı: 397,09

Kapalı Formül: C20H16FN3O3S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 60,44 4,06 10,57 8,07

Bulunan: 60,36 3,98 10,80 7,95

1H-NMR Spektrumu (CDCl3); δ ppm: 4,28 (s, 2H, CH2 protonları); 5,95 (s, 2H, NH2

protonları); 6,50 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 8,8; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 7,03 (dd,

1H, J6,7: 8,8; J6,4: 2,4; 6 konumundaki proton); 7,15-7,19 (m, 2H, 3' ve 5'

konumlarındaki protonlar); 7,31-7,42 (m, 5H, 2', 6', 2'', 6'' ve 4 konumlarındaki

protonlar); 7,50 (d, 1H, J7,6: 8,8; 7 konumundaki proton); 9,86 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 398,70 (M+ + H) (% 100)

215

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3464-3327 NH gerilim bantları (NH2, dublet); 3216

NH gerilim bandı (SO2-NH); 1643-1510 C=C ve C=N bağı gerilim bantları; 1598 NH

eğilim bandı; 1478 oksazol halkası vibrasyonu; 1311 SO2 asimetrik gerilim bandı;

1182 SO2 simetrik gerilim bandı; 1155-1090 C-O-C gerilim bantları; 1223 C-F gerilim

bandı; 825-697 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.70. 3j kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

216

Şekil 3.71. 3j kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.72. 3j kodlu bileşiğin IR spektrumu.

217

3.1.35. 2-(4-Bromobenzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3k)

SO2NH N

O

H2N4

6

7 2' 3'

5'6'

2''3''

5'' 6''

CH2 Br

Yöntem 3b’ye göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 4,65 mmol 2-(4-bromobenzil)-5-(4-

nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2k), 30 ml metanol, 13,65 mmol (0,78 g) Fe

tozu ve amonyum klorürün sudaki çözeltisi (1,3 g; 23,3 mmol; 20 ml) kullanıldı.

% 65,73 verimle 0,28 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 170-172ºC

Molekül Ağırlığı: 457,01

Kapalı Formül: C20H16BrN3O3S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 52,41 3,52 9,17 6,99

Bulunan: 52,21 3,62 9,53 6,86

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 4,28 (s, 2H, CH2 protonları); 5,95 (s, 2H,

NH2 protonları); 6,50 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 8,4; 3'' ve 5'' konumlarındaki protonlar); 7,03

(dd, 1H, J6,7: 8,4; J6,4: 2,0; 6 konumundaki proton); 7,31-7,35 (m, 5H, 3', 5', 2'', 6'' ve

4 konumlarındaki protonlar); 7,51 (d, 1H, J7,6: 8,8; 7 konumundaki proton); 7,54 (d,

2H, J2',3'=J6',5': 8,4; 2' ve 6' konumlarındaki protonlar); 9,86 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 458,70 (M+ + H) (% 100); 460,70 (M+ + H + 2)

(% 90)

218

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3478-3380 NH gerilim bantları (NH2, dublet); 3308

NH gerilim bandı (SO2-NH); 1632-1501 C=C ve C=N bağı gerilim bantları; 1593 NH

eğilim bandı; 1490 oksazol halkası vibrasyonu; 1302 SO2 asimetrik gerilim bandı;

1187 SO2 simetrik gerilim bandı; 1148-1090 C-O-C gerilim bantları; 1074 C-Br

gerilim bandı; 827-687 Ar-H düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.73. 3k kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

219

Şekil 3.74. 3k kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.75. 3k kodlu bileşiğin IR spektrumu.

220

3.1.36. 2-(4-Metilbenzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3l)

Yöntem 3a’ya göre gerçekleştirilen reaksiyonda, 0,5 mmol 2-(4-metilbenzil)-5-(4-

nitrobenzensülfonamido)benzoksazol (2l), 20 ml etanol, bir spatül ucu Pd/C (% 10)

ve H2 gazı kullanıldı. % 34,17 verimle 0,10 g saf ürün elde edildi.

Erime Noktası: 192-193ºC Molekül Ağırlığı: 393,11

Kapalı Formül: C21H19N3O3S

Elementel Analiz: %C %H %N %S

Hesaplanan: 64,11 4,87 10,68 8,15

Bulunan: 63,98 4,95 10,67 7,98

1H-NMR Spektrumu (DMSO-d6); δ ppm: 2,27 (s, 3H, CH3 protonları); 4,21 (s, 2H,

CH2 protonları); 5,95 (s, 2H, NH2 protonları); 6,49 (d, 2H, J3'',2''=J5'',6'': 8,8; 3'' ve 5''

konumlarındaki protonlar); 7,01 (dd, 1H, J6,7: 9,2; J6,4: 2,4; 6 konumundaki proton);

7,14 (d, 2H, J3',2'=J5',6': 8,0; 3' ve 5' konumlarındaki protonlar); 7,22 (d, 2H, J2',3'=J6',5':

8,0; 2' ve 6' konumlarındaki protonlar); 7,30 (d, 1H, J4,6: 2;0; 4 konumundaki proton);

7,33 (d, 2H, J2'',3''=J6'',5'': 9,2; 2'' ve 6'' konumlarındaki protonlar); 7,49 (d, 1H, J7,6: 8,4;

7 konumundaki proton); 9,85 (s, 1H, NH protonu)

MASS Spektrumu m/z (% X): ES(+); 394,80 (M+ + H) (% 100)

221

IR Spektrumu (KBr Disk); cm-1: 3463-3412 NH gerilim bantları (NH2, dublet); 3216

NH gerilim bandı (SO2-NH); 1642-1502 C=C ve C=N bağı gerilim bantları; 1597 NH

eğilim bandı; 1477 oksazol halkası vibrasyonu; 1311 SO2 asimetrik gerilim bandı;

1183 SO2 simetrik gerilim bandı; 1154-1091 C-O-C gerilim bantları; 832-698 Ar-H

düzlem dışı eğilim bantları

Şekil 3.76. 3l kodlu bileşiğin 1H-NMR spektrumu.

222

Şekil 3.77. 3l kodlu bileşiğin MASS spektrumu.

Şekil 3.78. 3l kodlu bileşiğin IR spektrumu.

223

3.2. Elde Edilen Bileşiklerin Gözlenen Mikrobiyolojik Etkileri Sentezlenen bileşiklerin ve kullanılan standart antibiyotiklerin, MİK değerleri

şeklindeki antimikrobiyal etkileri Çizelge 3.1.’de verilmiştir.

Çizelge 3.1. Sentezlenen bileşiklerin ve kullanılan standart antibiyotiklerin gözlenen in vitro

antimikrobiyal MİK değerleri (μg/ml).

1 2-3

Bileşikler Mikroorganizmalar

Kod X R R1 Gram-negatif Bakteriler Gram-pozitif Bakteriler Mantarlar MikobakterilerE.c. E.c.* P.a. P.a.* S.a. S.a.* E.f. E.f.* C.a. C.k. M.t. M.t.*

1a - H - 64 64 32 32 64 64 64 32 64 64 8 8

1b - Cl - 64 64 32 64 64 64 64 32 32 64 16 8

1c - F - 64 64 32 64 64 64 64 32 32 64 8 8

1d - Br - 64 64 32 64 64 64 64 32 32 64 8 32

1e - C2H5 - 64 64 32 64 64 64 64 32 32 64 16 8

1f - CH3 - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 8 8

1g - OCH3 - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 64 8

1h CH2 H - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 32 32

1i CH2 Cl - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 16 8

1j CH2 F - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 16 32

1k CH2 Br - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 16 16

1l CH2 CH3 - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 32 64

2a - H NO2 128 128 128 32 256 128 128 128 128 64 64 32

2b - Cl NO2 128 128 128 32 256 128 128 128 128 64 64 32

2c - F NO2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 64 64 64

2d - Br NO2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 64 64 32

2e - C2H5 NO2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 64 64 16

2f - CH3 NO2 64 128 128 32 128 128 128 128 128 64 64 64

2g - OCH3 NO2 128 128 128 64 256 128 128 128 64 64 64 16

2h CH2 H NO2 128 128 128 64 128 128 128 128 64 64 32 16

2i CH2 Cl NO2 128 128 128 64 128 128 128 128 32 64 32 16

2j CH2 F NO2 128 128 128 64 128 128 128 128 256 64 32 16

2k CH2 Br NO2 128 128 128 64 128 128 128 128 128 128 32 16

2l CH2 CH3 NO2 128 128 128 64 256 128 128 128 64 64 32 16

3a - H NH2 128 128 128 32 128 128 128 128 128 64 64 32

3b - Cl NH2 128 128 128 32 256 128 128 128 128 64 64 64

3c - F NH2 128 128 128 32 256 128 128 64 128 64 64 64

3d - Br NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 64 64 64

3e - C2H5 NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 64 64 16

3f - CH3 NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 64 64 64

3g - OCH3 NH2 128 128 128 64 64 128 128 128 64 64 64 64

3h CH2 H NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 64 64 32 16

3i CH2 Cl NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 64 64 16 16

3j CH2 F NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 128 32 16

3k CH2 Br NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 64 128 16 16

3l CH2 CH3 NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 128 16 16

224

Standartlar Mikroorganizmalar

Gram-Negatif Bakteriler Gram-Pozitif Bakteriler Mantarlar MikobakterilerE.c. E.c.* P.a. P.a.* S.a. S.a.* E.f. E.f.* C.a. C.k. M.t. M.t.*

Meropenem <2 <2 <2 8 <2 <2 8 8 - - - - Ampisilin 8 64 - - <2 32 <2 4 - - - - Seftriakson <2 128 16 32 8 64 - - - - - - Gentamisin <2 128 <2 32 <2 64 4 4 - - - - Tetrasiklin <2 128 16 32 1 32 2 64 - - - - TMP-SXT <2 128 32 32 <2 32 <2 <2 - - - - Sülfametoksazol 16 128 - - <2 8 64 64 - - 8 8 Ofloksazin <2 16 <2 32 <2 <2 <2 <2 - - - - Siprofloksazin <2 16 <2 16 <2 <2 <2 <2 - - - - Flukonazol - - - - - - - - 1 64 - - Amfoterisin B - - - - - - - - <0,25 0,5 - - İzoniazid - - - - - - - - - - <0,25 <0,25Etambutol - - - - - - - - - - 2 2

E.c.: E.c.*: P.a.: P.a.*: S.a.: S.a.*:

E.coli ATCC 25922 E.coli izolat (ESBL) Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 P.aeruginosa izolat Staphylococcus aureus ATCC 29213 S.aureus izolat (MRSA)

E.f.: E.f.*: C.a.: C.k.: M.t.: M.t.*

Enterococcus faecalis ATCC 29212 E. faecalis izolat (VRE) Candida albicans ATCC 10231 C.krusei ATCC 6258 M. tuberculosis H37RV ATCC 27294 M. tuberculosis izolat

3.3. Elde Edilen Bileşiklerin Gözlenen DAP (Efflux Pump) İnhibitör Etkileri

DAP (Efflux Pump) inhibitör etkileri test edilen bileşiklerin AdeABC’yi yüksek

düzeyde eksprese eden Acinetobacter baumanii SbMOX-2 ve AcrAB-TolC’yi yüksek

düzeyde eksprese eden Escherichia coli AG102 suşlarına karşı tek başlarına

gösterdikleri etkilere ait MİK değerleri Çizelge 3.2.’de; siprofloksazin veya

kloramfenikol ile birlikte kullanımları sonucu siprofloksazin ve kloramfenikolün

aktivitesindeki değişiklikleri gösteren MİK değerleri ise Çizelge 3.3.’te verilmiştir.

Çizelge 3.2. DAP inhibitör etkileri test edilen bileşiklerde A. baumanii SbMOX-2 ve E. coli AG102 suşlarına karşı gözlenen MİK değerleri (µg/mL).

Bil. No E. coli AG102 A. baumannii

SBMox2 2b 128 128 2c 128 128 2h 256 128 3e 64 128

Kloramfenikol 64 256 Siprofloksazin 0.125 128

225

Çizelge 3.3. Siprofloksazin ve kloramfenikolün bazı test serisi bileşiklerle birlikte kullanıldıklarında E. coli AG102 ve A. baumannii SBMox2 suşlarına karşı gözlenen MİK değerleri (µg/mL).

Kombinasyon Test Bileşik No

E. coli AG102 A. baumannii SBMox2 Siprofloksazin Kloramfenikol Siprofloksazin Kloramfenikol

— 0,125 64 128 256 2b — <0,5 2 — 2c 0,125 32 32 4 2h — 64 16 128 3e <0,5 64 4 256

3.4. Moleküler Modelleme Çalışmaları

3.4.1. Doking Çalışmaları (CDocker Yöntemi)

3.4.1.1. Dihidropteroat Sentetaz Enzimi ile Yapılan Doking Çalışması

Dihidropteroat sentetaz enzimi ile Discovery Studio 3.1. programı kullanılarak

yapılan Doking çalışması sonuçları Çizelge 3.4.’te verilmiştir. 1a, 1f, 2c ve 3k kodlu

bileşiklerin dihidropteroat sentetaz enzimi ile yapılmış olan doking çalışmalarına ait

fotoğraflar sırasıyla Şekil 3.97- Şekil 3.100 arasında verilmiştir.

Çizelge 3.4. Dihidropteroat sentetaz enzimi üzerinde yapılan CDOCKER çalışması sonucu bulunan enerji değerleri ve H bağları.

Bileşik – CDocker

Enerji – Etkileşim

Enerjisi H Bağları

1a 12,573 24,599 Asp86, 2H2O 1b 12,908 26,707 Lys213,1H2O 1c 13,988 26,957 Lys213, 1H2O 1d 12,578 25,964 Lys213, 1H2O 1e 15,374 29,220 Asp86, 2H2O 1f 12,262 26,314 Ser53 1g 17,047 32,592 Lys213, 2H2O 1h 23,620 28,590 Ser53 1i 7,925 18,976 Asn105, Asp177 1j 17,468 23,602 Ser53 1k 25,298 30,697 Asn105, Asp177, Lys213 1l 27,159 31,890 Lys213 2a 3,350 29,314 Ser53, Asn105, 2H2O 2b -13,445 28,007 Lys213, 2H2O 2c -16,147 15,851 Asp86, Lys213, 2H2O 2d -12,712 29,992 Asp86, Arg253, 2H2O 2e -11,527 30,282 Asp86, Arg253 (2H), 2H2O 2f -12,504 29,841 Asp86, Arg253 (2H), 2H2O 2g -8,054 31,114 Lys213, 1H2O

226

Çizelge 3.4.’ün devamı. Dihidropteroat sentetaz enzimi üzerinde yapılan CDOCKER çalışması sonucu bulunan enerji değerleri ve H bağları.

Bileşik – CDocker

Enerji – Etkileşim

Enerjisi H Bağları

2h -6,929 32,501 Asp86, Arg253 (2H),1H2O 2i -6,198 33,553 Asp86, Arg253 (2H),1H2O 2j 2,341 32,339 Ser53, Asn105, 2H2O 2k -5,807 32,339 Asp86, Arg253 (2H),1H2O 2l -5,949 33,293 Asp86, Arg253 (2H),1H2O 3a 10,228 34,383 Ser53, Asp86, Arg 253, 1H2O 3b 9,734 30,965 Ser53, Asp86, 3H2O 3c -4,109 29,637 Asp86, Asp177, Arg253, 2H2O 3d -2,834 30,879 Asp86, Asp177, Arg253, 1H2O 3e -2,834 30,276 Asp86, Asp177, Arg253, 1H2O 3f -2,273 29,647 Asp86, Asp177 (2H), Arg253 (2H), 2H2O 3g -2,474 31,074 Lys213, 1H2O 3h 24,896 41,760 Asn105, Lys213 (2H), Arg253, 2H2O 3i 4,381 34,075 Asp86, Asp177 (2H), Arg253(2H), 2H2O 3j 24,211 41,994 Asp86, Asn105, Lys213 (2H), 2H2O 3k 26,912 42,499 Ser53, Asp86, 3H2O 3l 28,368 44,960 Asp86, Asp177 (2H), Arg253 (2H), 2H2O PABA 23,456 25,614 Asp86, 2H2O PtP 49,642 59,430 Asp21, Ser53, Asn105, Asp177, Lys213, 2H2O Sülfametoksazol 21,516 36,798 Lys213, Arg253, 3H2O Asedapson 5,263 24,866 Ser53, Asp86, Lys213, Arg253, 1H2O Dapson 19,820 31,369 Ser53, Asp86, 2H2O Sülfasetamid 29,569 35,391 Ser53, Lys213, 2H2O Sülfadiazin 31,344 27,680 Ser53, Lys213, 2H2O Sülfadimetoksin 9,674 25,462 Ser53, Lys213, Asp86 (2H), 2H2O Sülfadoksin 11,150 34,122 Ser53, Lys213, Arg253, 2H2O Sülfamerazin 37,779 45,225 Ser53, Lys213, 2H2O Sülfisomidin 32,863 39,856 Ser53, Lys213, 2H2O

Şekil 3.79. 1a kodlu bileşiğin Asp86 (turuncu) ve 2H2O ile yaptığı hidrojen bağları.

227

Şekil 3.80. 1f kodlu bileşiğin Ser53 (yeşil) ve 1H2O ile yaptığı hidrojen bağları.

Şekil 3.81. 2c kodlu bileşiğin Asp86 (turuncu), Lys213 (mor) ve 2H2O ile yaptığı hidrojen bağları.

228

Şekil 3.82. 3k kodlu bileşiğin Asp86 (turuncu), Ser53 (yeşil) ve 3H2O molekülü ile yaptığı hidrojen bağları.

3.4.1.2. Enoil-ACP Redüktaz Enzimi ile Yapılan Doking Çalışması

Enoil-ACP redüktaz enzimi ile Discovery Studio 2.1. programı kullanılarak yapılan

doking çalışması sonuçları Çizelge 3.5.’te verilmiştir. 1a, 2c ve 3g kodlu bileşiklerin

enoil-ACP redüktaz enzimi ile yapılmış olan doking çalışmalarına ait fotoğraflar

sırasıyla Şekil 3.101- Şekil 3.103 arasında verilmiştir.

229

Çizelge 3.5. Enoil-ACP redüktaz enzimi üzerinde yapılan CDOCKER çalışması sonucu bulunan enerji değerleri ve H bağları.

Bileşik – CDocker

Enerji – Etkileşim

Enerjisi H Bağları

1a 22,536 30,419 Gly96, NAD+ 1b 24,552 33,214 Gly96, NAD+ 1c 22,646 31,001 Gly96, NAD+ 1d 26,003 33,979 Gly96, NAD+ 1e 28,053 35,751 Gly96, NAD+ 1f 26,109 33,648 Gly96, NAD+ 1g 23,128 34,480 Gly96, NAD+ 1h 28,521 33,618 Gly96, NAD+ (2H) 1i 31,170 37,140 Gly96, NAD+ (2H) 1j 29,759 35,347 Gly96, NAD+ (2H) 1k 31,25 36,871 Gly96, NAD+ (2H) 1l 32,561 37,228 Gly96, NAD+ (2H) 2a 24,215 47,438 NAD+ 2b 27,117 50,667 NAD+ 2c 24,614 48,480 NAD+ (2H) 2d 23,237 46,662 NAD+ 2e 30,951 53,888 NAD+ 2f 27,856 50,680 NAD+ (2H)2g 26,539 52,932 NAD+ (2H)2h 29,695 49,602 NAD+ 2i 29,237 52,054 NAD+ 2j 28,505 49,096 NAD+ 2k 30,784 52,891 NAD+ 2l 31,057 52,225 NAD+ 3a 28,844 45,980 NAD+ (2H)+ 3b 32,796 50,185 Met98, NAD+ 3c 30,241 47,741 Met98, NAD+ 3d 33,572 50,922 NAD+ (2H) 3e 37,027 53,017 Met98, NAD+ 3f 34,155 49,902 Met98, NAD+ 3g 32,236 52,004 Met98, NAD+ 3h 35,161 49,245 Met98, NAD+ 3i 34,721 50,893 Met98, NAD+ 3j 34,448 49,038 Met98, NAD+ 3k 36,115 51,948 Met98, NAD+ 3l 36,485 49,849 Met98, NAD+ S1 31,523 45,979 Tyr158, NAD+ İzoniazid 16,009 24,887 Tyr158, NAD+ Triklosan 24,043 34,869 Tyr158, NAD+ (2H) Hekzaklorofen 8,175 32,790 Tyr158, NAD+ Thr196, Ile94 Diazaborin C 19,135 33,379 Tyr158, NAD+ (2H) Kurkumin 39,006 49,678 Tyr158 (2H), NAD+ (2H) Gallokateşin gallat 47,900 55,687 Gly96, Met98, NAD+ (3H) Luteolin 38,451 45,091 NAD+ (3H) 45298 35,439 40,837 Tyr158, Phe97, NAD+

230

Şekil 3.83. 1a kodlu molekülün Gly96 (mavi) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen bağları.

Şekil 3.84. 2c kodlu molekülün NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen bağları.

231

Şekil 3.85. 3g kodlu molekülün Met98 (yeşil) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen bağları.

3.4.2. Farmakofor Modelleme Çalışmaları (HipHop Yöntemi)

3.4.2.1. Dihidropteroat Sentetaz Enzim İnhibitörleri ile Yapılan HipHop Çalışması

Bilinen dihidropteroat sentetaz enzim inhibitörleri üzerinden yapılan HipHop

çalışması sonucu bulunan en uygun hipotez ile doktora tezi kapsamında

sentezlenen bileşiklerden bazılarının haritalanması Şekil 3.104. - Şekil 3.106.’da

verilmiştir.

232

Şekil 3.86. 1a kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), pembe renk hidrojen bağı donörünü (HBD) gösterir.

Şekil 3.87. 3k kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), pembe renk hidrojen bağı donörünü (HBD) gösterir.

233

Şekil 3.88. 2c kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), pembe renk hidrojen bağı donörünü (HBD) gösterir.

3.4.2.2. Enoil-ACP Redüktaz Enzim İnhibitörleri ile Yapılan HipHop Çalışması

Bilinen enoil-ACP redüktaz enzim inhibitörleri üzerinden yapılan HipHop çalışması

sonucu bulunan en uygun hipotez ile doktora tezi kapsamında sentezlenen

bileşiklerden bazılarının haritalanması Şekil 3.107. - Şekil 3.110.’da verilmiştir.

234

Şekil 3.89. 1a kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

Şekil 3.90. 1l kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

235

Şekil 3.91. 3l kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

Şekil 3.92. 2c kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

236

4. TARTIŞMA

Doktora tez çalışması kapsamında; 2. konumunda sübstitüe fenil veya sübstitüe

benzil yapısı taşıyan; 5. konumunda 4-nitro/aminobenzensülfonamido grubu taşıyan

tamamı orijinal 24 adet (2a-2l ve 3a-3l) ve 5. konumunda amino grubu taşıyan ve

ara basamakta elde edilen orijinal olmayan 12 adet (1a-1l) bileşikle birlikte toplam

36 adet benzoksazol türevi bileşik (Şekil 4.1.) sentezlenmiş; yapıları 1H-NMR, IR

(2a-2l ve 3a-3l kodlu bileşikler için), MASS, elementel analiz yöntemleri kullanılarak

aydınlatılmış ve in vitro ortamda Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis gibi

bazı Gram-pozitif, Escherichia coli ve Pseudomonas aeruginosa gibi bazı Gram-

negatif bakteriler ve Mycobacterium tuberculosis ile bunların ilaçlara dirençli

suşlarına karşı antibakteriyel etkileri; Candida albicans, Candida krusei’ye karşı

antifungal etkileri MİK değerinde araştırılmış ve referans ilaçlarla karşılaştırılmıştır.

Ayrıca, direnç mekanizması DAP (Efflux Pump) üzerinden olduğu belirlenmiş

Escherichia coli AG102 ve Acinetobacter baumannii SBMox2 suşları üzerinden

yapılan pilot bir çalışma ile bu grup bileşiklerde DAP inhibitör etkinliğinin olup

olmadığı araştırılmıştır.

1a-1l 2a-2l ve 3a-3l

R: H, F, Cl, Br, CH3, OCH3, C2H5 R1: NO2, NH2 X: -, CH2

Şekil 4.1. Doktora tezi kapsamında sentezlenen bileşikler.

2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-aminobenzoksazol türevi başlangıç bileşiklerinin (1a-1l)

sentezinde 2,4-diaminofenol dihidroklorür ile uygun karboksilik asitin polifosforik asit

içerisinde verdiği reaksiyondan; 2-(4-sübstitüefenil/benzil)-5-(4-nitrobenzen

sülfonamido)benzoksazol türevi bileşiklerin (2a-2l) sentezinde ise 2-(4-

sübstitüefenil)-5-aminobenzoksazol türevi bileşik ile 4-nitrobenzensülfonil klorürün

piridinli ortamda verdiği reaksiyondan yararlanılmıştır. 2-(4-Sübstitüefenil/benzil)-5-

(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3a-3l) türevi bileşiklerin sentezinde ise

2a-2l kodlu bileşiklerdeki nitro grubunun Pd/C (%10) ve H2 gazı veya Fe tozu ve

237

amonyum klorürün sudaki çözeltisi ile amin grubuna indirgenme reaksiyonundan

yararlanılmıştır (Şekil 4.2.).

X= , CH2 R= H, Cl, F, Br, CH3, C2H5, OCH3

Şekil 4.2. Reaksiyon denklemleri.

Ayrıca, dihidropteroat sentetaz ve enoil-ACP redüktaz enzimleri üzerinden moleküler

modelleme çalışmaları yapılarak daha etkili olabilecek yeni ilaç etken maddelerinin

tasarımları gerçekleştirilmiştir.

Sentezlenen bileşiklerin antimikrobiyal etkileri 3 başlık altında incelenmiştir.

4.1. Sentezlenen Bileşiklerde Gözlenen Antibakteriyel Etki

Bileşiklerin antimikrobiyal etkileri MİK değerleri olarak incelendiğinde sentezlenen

tüm bileşiklerin 32 ile 256 µg/ml arası değişen konsantrasyonlarda etki gösterdikleri

tespit edilmiştir. Genel olarak; 5. konumda amin grubu taşıyan benzoksazol türevi

(1a-1l kodlu) bileşiklerin 32 ve 64 µg/ml MİK değerleriyle, 5. konumunda sülfonamid

yapısı taşıyan (2a-2l ve 3a-3l kodlu) diğer bileşiklere göre daha etkili oldukları

görülmüştür.

238

E.coli ATCC 25922 suşuna karşı 1a-1l kodlu bileşiklerin tamamı ve 2f kodlu bileşik

64 µg/ml MİK değeriyle referans olarak kullanılan ilaçlara göre daha düşük bir etki

gösterirken; E.coli izolatına (ESBL) karşı 1a-1l kodlu bileşiklerin tamamı 64 µg/ml

MİK değerleriyle sentezlenen diğer bileşiklere ve referans olarak kullanılan

ilaçlardan seftriakson, gentamisin, tetrasiklin, TMP-SXT ve sülfametaksazol’e göre

daha etkili bulunmuştur. Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 suşuna karşı 1a-1l

kodlu bileşiklerin tamamı 32 µg/ml MİK değerleriyle referans ilaç olarak kullanılan

TMP-SXT (trimetoprim-sülfametoksazol)’e eşit etki gösterirken; diğer bileşiklerin

tamamı ise 128 µg/ml MİK değeriyle daha düşük bir etki göstermiştir. Pseudomonas

aeruginosa izolatına karşı ise; 1a, 2a, 2b, 2f, 3a, 3b ve 3c kodlu bileşikler 32 µg/ml

MİK değeriyle referans ilaç olarak kullanılan seftriakson, gentamisin, tetrasiklin,

TMP-SXT ve ofloksasine eşit etki göstermiş, diğer bileşiklerde ise 64 µg/ml MİK

değeriyle daha düşük bir etki gözlenmiştir. Staphylococcus aureus ATCC 29213

suşuna karşı, 1a-1l kodlu bileşiklerin tamamı ve 3g kodlu bileşik 64 µg/ml MİK

değerleriyle; diğer bileşikler ise 128 ve 256 µg/ml MİK değerleriyle referans olarak

kullanılan ilaçlardan daha düşük bir etki göstermiştir. S. aureus izolatına karşı ise

1a-1l kodlu bileşiklerin tamamı 64 µg/ml MİK değeri ile referans ilaç olarak kullanılan

seftriakson ve gentamisine eşit etki gösterirken; diğer bileşikler 128 µg/ml MİK

değeriyle daha düşük bir etki göstermiştir. Enterococcus faecalis ATCC 29212

suşuna karşı 1a-1l kodlu bileşiklerin tamamı 64 µg/ml MİK değeri ile referans ilaç

olarak kullanılan sülfametoksazole eşit etki gösterirken, diğer bileşikler 128 µg/ml

MİK değerleriyle daha düşük bir etki göstermiştir. E. faecalis izolatına karşı ise, 1a-1l

kodlu bileşiklerin tamamı 32 µg/ml MİK değeri ile referans ilaç olarak kullanılan

tetrasiklin ve sülfametoksazolden daha yüksek etki gösterirken; 3c kodlu bileşik 64

µg/ml MİK değeri ile tetrasiklin ve sülfametoksazole eşit, diğer bileşikler ise 128

µg/ml MİK değerleriyle daha düşük bir etki göstermiştir.

Mikrobiyolojik etki sonuçları doğrultusunda bileşiklerin yapı-etki ilişkileri

incelendiğinde; genel olarak benzoksazol halkasının 5. konumunda amin

sübstitüentinin bulunmasının Gram-negatif bir bakteri olan Pseudomonas

aeruginosa izolatı dışındaki tüm bakteriler üzerinde antibakteriyel etkiyi artırdığı

gözlenmiştir. Pseudomonas aeruginosa izolatına karşı ise benzoksazol halkasının 2.

konumu ile fenil halkası arasındaki metilen köprüsünün antibakteriyel etkiyi azalttığı;

sülfonamid grubuna bağlı fenil halkasının para konumunda bulunan NO2 ve NH2

gruplarının ise antibakteriyel etki üzerinde önemli bir değişiklik yapmadığı

239

gözlenmiştir. Ayrıca, benzoksazol halkasının 2. konumunda bulunan fenil halkasının

para pozisyonunda (R); 1a-1l kodlu bileşikler için H; 2a-2l kodlu bileşikler için H, Cl,

CH3; 3a-3l kodlu bileşikler için ise H, Cl, F sübstitüentlerinin varlığı antibakteriyel

etkiyi arttırıcı yönde olmuştur. E.coli ATCC 25922 suşuna karşı benzoksazol

halkasının 5. konumunda sülfonamid grubu taşıyan bileşikler arasından R

konumunda CH3, sülfonamid grubuna bağlı fenil halkası üzerinde NO2 grubu taşıyan

ve metilen köprüsü taşımayan 2f kodlu bileşiğin diğer bileşiklere göre daha yüksek

etki gösterdiği tespit edilmiştir. E. faecalis izolatına karşı ise benzoksazol halkasının

5. konumunda sülfonamid grubu taşıyan bileşikler içerisinden R konumunda F,

sülfonamid grubuna bağlı fenil halkası üzerinde NH2 grubu taşıyan ve metilen

köprüsü taşımayan 3c kodlu bileşiğin diğer bileşiklere göre daha yüksek etki

gösterdiği tespit edilmiştir.

4.2. Sentezlenen Bileşiklerde Gözlenen Antifungal Etki

Bileşiklerin antifungal etkileri MİK değerleri olarak incelendiğinde sentezlenen tüm

bileşiklerin 32 ile 256 µg/ml arası değişen MİK değerleriyle etki gösterdikleri ve bu

etkilerin referans ilaçlardan daha düşük olduğu tespit edilmiştir. Candida albicans

ATCC 10231 suşuna karşı 5. konumda amin grubu taşıyan benzoksazol türevi

bileşiklerin (1a-1l), 5. konumunda sülfonamid yapısı taşıyan bileşiklere (2a-2l ve 3a-

3l) göre daha etkili oldukları gözlenirken; Candida krusei ATCC 6258 suşuna karşı

sentezlenen tüm bileşiklerde benzer etkiler gözlenmiştir.

Sentezlenen bileşikler içerisinde Candida albicans ATCC 10231 suşuna karşı en

yüksek antifungal etkiyi 32 µg/ml MİK değeriyle 1b, 1c, 1d, 1e ve 2i kodlu

bileşiklerin gösterdiği, ancak bileşiklerin hiçbirinin standart ilaçlardan daha etkili

olmadığı; Candida krusei ATCC 6258 suşuna karşı ise sentezlenen bileşiklerin

çoğunun standart ilaç olan flukonazol ile aynı MİK değerinde (64 µg/ml) etki

gösterdiği; 2k, 3j, 3k ve 3l kodlu bileşiklerin ise 128 µg/ml MİK değeriyle diğer

bileşiklere göre bir dilüsyon daha düşük etki gösterdikleri tespit edilmiştir.

Antifungal etki sonuçları doğrultusunda bileşiklerin yapı-etki ilişkileri incelendiğinde;

1a-1l kodlu bileşiklerde genel olarak benzoksazol halkasının 2. konumu ile fenil

halkası arasında bulunan metilen köprüsünün C. albicans karşı gözlenen antifungal

etkiyi azallttığı fakat sentezlenen diğer bileşiklerde metilen köprüsünün etki üzerinde

240

önemli bir değişiklik yapmadığı gözlenmiştir. Ayrıca, yapısında metilen köprüsüyle

birlikte R konumunda; 2a-2l kodlu bileşikler içerisinde Br sübstitüenti, 3a-3l kodlu

bileşikler içerisinde ise F, Br ve CH3 sübstitüentleri taşıyan bileşiklerin Candida

krusei üzerinde sentezlenen diğer bileşiklere göre daha düşük antifungal etki

gösterdikleri tespit edilmiştir.

4.3. Sentezlenen Bileşiklerde Gözlenen Antimikobakteriyel Etki

Mikrobiyolojik etki sonuçları genel olarak değerlendirildiğinde, sentezlenen

bileşiklerin çoğunun en yüksek antimikrobiyal etkiyi 8 ile 64 µg/ml arası değişen MİK

değerleriyle Mycobacterium tuberculosis H37RV ATCC 27294 suşu ve izolatına

karşı gösterdikleri tespit edilmiştir. Yine diğer etkilerde olduğu gibi genel olarak; 5.

konumda amin grubu taşıyan benzoksazol türevi bileşiklerin (1a-1l), 5. konumunda

sülfonamid yapısı taşıyan diğer bileşiklere (2a-2l ve 3a-3l) göre daha etkili oldukları

gözlenmiştir.

M. tuberculosis H37RV ATCC 27294 suşuna karşı 1a, 1c, 1d ve 1f kodlu; M.

tuberculosis izolatına karşı ise 1a, 1b, 1c, 1e, 1f ve 1i kodlu bileşiklerin 8 µg/ml MİK

değeriyle etki gösterdikleri ve bu etkinin referans ilaç olan sülfametoksazole eşit

olduğu tespit edilmiştir.

241

Çizelge 4.1. Sentezlenen bileşiklerin ve kullanılan standart antibiyotiklerin gözlenen in vitro antimikrobiyal MİK değerleri (μg/ml).

1 2-3

Bileşikler Mikroorganizmalar

Kod X R R1 Gram-negatif Bakteriler Gram-pozitif Bakteriler Mantarlar MikobakterilerE.c. E.c.* P.a. P.a.* S.a. S.a.* E.f. E.f.* C.a. C.k. M.t. M.t.*

1a - H - 64 64 32 32 64 64 64 32 64 64 8 8

1b - Cl - 64 64 32 64 64 64 64 32 32 64 16 8

1c - F - 64 64 32 64 64 64 64 32 32 64 8 8

1d - Br - 64 64 32 64 64 64 64 32 32 64 8 32

1e - C2H5 - 64 64 32 64 64 64 64 32 32 64 16 8

1f - CH3 - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 8 8

1g - OCH3 - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 64 8

1h CH2 H - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 32 32

1i CH2 Cl - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 16 8

1j CH2 F - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 16 32

1k CH2 Br - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 16 16

1l CH2 CH3 - 64 64 32 64 64 64 64 32 64 64 32 64

2a - H NO2 128 128 128 32 256 128 128 128 128 64 64 32

2b - Cl NO2 128 128 128 32 256 128 128 128 128 64 64 32

2c - F NO2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 64 64 64

2d - Br NO2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 64 64 32

2e - C2H5 NO2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 64 64 16

2f - CH3 NO2 64 128 128 32 128 128 128 128 128 64 64 64

2g - OCH3 NO2 128 128 128 64 256 128 128 128 64 64 64 16

2h CH2 H NO2 128 128 128 64 128 128 128 128 64 64 32 16

2i CH2 Cl NO2 128 128 128 64 128 128 128 128 32 64 32 16

2j CH2 F NO2 128 128 128 64 128 128 128 128 256 64 32 16

2k CH2 Br NO2 128 128 128 64 128 128 128 128 128 128 32 16

2l CH2 CH3 NO2 128 128 128 64 256 128 128 128 64 64 32 16

3a - H NH2 128 128 128 32 128 128 128 128 128 64 64 32

3b - Cl NH2 128 128 128 32 256 128 128 128 128 64 64 64

3c - F NH2 128 128 128 32 256 128 128 64 128 64 64 64

3d - Br NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 64 64 64

3e - C2H5 NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 64 64 16

3f - CH3 NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 64 64 64

3g - OCH3 NH2 128 128 128 64 64 128 128 128 64 64 64 64

3h CH2 H NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 64 64 32 16

3i CH2 Cl NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 64 64 16 16

3j CH2 F NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 128 32 16

3k CH2 Br NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 64 128 16 16

3l CH2 CH3 NH2 128 128 128 64 256 128 128 128 128 128 16 16

242

Çizelge 4.1.’in devamı. Sentezlenen bileşiklerin ve kullanılan standart antibiyotiklerin gözlenen in vitro antimikrobiyal MİK değerleri (μg/ml).

Standartlar Mikroorganizmalar

Gram-negatif Bakteriler Gram-pozitif Bakteriler Mantarlar MikobakterilerE.c. E.c.* P.a. P.a.* S.a. S.a.* E.f. E.f.* C.a. C.k. M.t. M.t.*

Meropenem <2 <2 <2 8 <2 <2 8 8 - - - - Ampisilin 8 64 - - <2 32 <2 4 - - - - Seftriakson <2 128 16 32 8 64 - - - - - - Gentamisin <2 128 <2 32 <2 64 4 4 - - - - Tetrasiklin <2 128 16 32 1 32 2 64 - - - - TMP-SXT <2 128 32 32 <2 32 <2 <2 - - - - Sülfametoksazol 16 128 - - <2 8 64 64 - - 8 8 Ofloksazin <2 16 <2 32 <2 <2 <2 <2 - - - - Siprofloksazin <2 16 <2 16 <2 <2 <2 <2 - - - - Flukonazol - - - - - - - - 1 64 - - Amfoterisin B - - - - - - - - <0,25 0,5 - - İzoniazid - - - - - - - - - - <0,25 <0,25Etambutol - - - - - - - - - - 2 2

E.c.: E.c.*: P.a.: P.a.*: S.a.: S.a.*:

E.coli ATCC 25922 E.coli izolat (ESBL) Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 P.aeruginosa izolat Staphylococcus aureus ATCC 29213 S.aureus izolat (MRSA)

E.f.: E.f.*: C.a.: C.k.: M.t.: M.t.*

Enterococcus faecalis ATCC 29212 E.faecalis izolat (VRE) Candida albicans ATCC 10231 C.krusei ATCC 6258 M. tuberculosis H37RV ATCC 27294 M. tuberculosis izolat

Daha önce de belirtildiği gibi, genel olarak sentezlenen bileşiklerin çoğu en yüksek

antimikrobiyal etkiyi M. tuberculosis H37RV ATCC 27294 suşu ve izolatına karşı

göstermiştir. Dolayısıyla doktora tez kapsamında, M. tuberculosis için aktif yöreleri

belli olan enoil ACP-redüktaz ve dihidropteroat sentetaz enzimleri üzerinden

moleküler modelleme çalışmaları yapılarak sentezlenen bileşiklerin

antimikobakteriyel etki açısından önemli olabileceği tahmin edilen konformasyonel

özellikleri araştırılmıştır. Bu amaçla Discovery Studio 2.1. ve Discovery Studio 3.1.

programları yardımı ile Doking (CDocker) çalışmaları yapılarak sentezlenen

bileşiklerin etkilerinin bu enzimler üzerinden olabilirliği değerlendirilmiştir.

Ayrıca yine bu enzimler üzerinden inhibitör etki gösterdikleri bilinen bazı bileşikler

üzerinden HipHop yöntemi kullanılarak farmakofor analizi çalışmaları yapılarak

önemli konformasyonel özellikler belirlenmiş ve doktora tez kapsamında

sentezlenen bileşikler test serisi olarak kullanılmış ve bu bilgiler ışığında daha etkili

olabileceği düşünülen ilaç etken maddelerinin tasarımları gerçekleştirilmiştir.

243

4.3.1. Dihidropteroat Sentetaz Enzimi ile İlişkili Moleküler Modelleme Çalışmaları

Doktora tezi kapsamında sentezlenmiş olan bileşiklerin etkilerinin dihidropteroat

sentetaz enzimi (DHPS) üzerinden olabilirliğini değerlendirmek üzere moleküler

modelleme çalışmaları yapılmıştır. CDocker yöntemi kullanılarak yapılan doking

çalışması sonucunda elde edilen veriler Çizelge 4.2.’de gösterilmiştir.

Çizelge 4.2. Dihidropteroat sentetaz enzimi üzerinde yapılan CDOCKER çalışması sonucu

bulunan enerji değerleri ve H bağları.

Bileşik – CDocker

Enerji – Etkileşim

Enerjisi H Bağları

1a 12,573 24,599 Asp86, 2H2O 1b 12,908 26,707 Lys213,1H2O 1c 13,988 26,957 Lys213, 1H2O 1d 12,578 25,964 Lys213, 1H2O 1e 15,374 29,220 Asp86, 2H2O 1f 12,262 26,314 Ser53 1g 17,047 32,592 Lys213, 2H2O 1h 23,620 28,590 Ser53 1i 7,925 18,976 Asn105, Asp177 1j 17,468 23,602 Ser53 1k 25,298 30,697 Asn105, Asp177, Lys213 1l 27,159 31,890 Lys213 2a 3,350 29,314 Ser53, Asn105, 2H2O 2b -13,445 28,007 Lys213, 2H2O 2c -16,147 15,851 Asp86, Lys213, 2H2O 2d -12,712 29,992 Asp86, Arg253, 2H2O 2e -11,527 30,282 Asp86, Arg253 (2H), 2H2O 2f -12,504 29,841 Asp86, Arg253 (2H), 2H2O 2g -8,054 31,114 Lys213, 1H2O 2h -6,929 32,501 Asp86, Arg253 (2H),1H2O 2i -6,198 33,553 Asp86, Arg253 (2H),1H2O 2j 2,341 32,339 Ser53, Asn105, 2H2O 2k -5,807 32,339 Asp86, Arg253 (2H),1H2O 2l -5,949 33,293 Asp86, Arg253 (2H),1H2O 3a 10,228 34,383 Ser53, Asp86, Arg253, 1H2O 3b 9,734 30,965 Ser53, Asp86, 3H2O 3c -4,109 29,637 Asp86, Asp177, Arg253, 2H2O 3d -2,834 30,879 Asp86, Asp177, Arg253, 1H2O 3e -2,834 30,276 Asp86, Asp177, Arg253, 1H2O 3f -2,273 29,647 Asp86, Asp177 (2H), Arg253 (2H), 2H2O 3g -2,474 31,074 Lys213, 1H2O 3h 24,896 41,760 Asn105, Lys213 (2H), Arg253, 2H2O 3i 4,381 34,075 Asp86, Asp177 (2H), Arg253(2H), 2H2O 3j 24,211 41,994 Asp86, Asn105, Lys213 (2H), 2H2O 3k 26,912 42,499 Ser53, Asp86, 3H2O 3l 28,368 44,960 Asp86, Asp177 (2H), Arg253 (2H), 2H2O

244

Çizelge 4.2.’nin devamı. Dihidropteroat sentetaz enzimi üzerinde yapılan CDOCKER çalışması sonucu bulunan enerji değerleri ve H bağları.

Bileşik – CDocker

Enerji – Etkileşim

EnerjisiH Bağları

PABA 23,456 25,614 Asp86, 2H2O PtP 49,642 59,430 Asp21, Ser53, Asn105, Asp177, Lys213, 2H2O Sülfametoksazol 21,516 36,798 Lys213, Arg253, 3H2O Asedapson 5,263 24,866 Ser53, Asp86, Lys213, Arg253, 1H2O Dapson 19,820 31,369 Ser53, Asp86, 2H2O Sülfasetamid 29,569 35,391 Ser53, Lys213, 2H2O Sülfadiazin 31,344 27,680 Ser53, Lys213, 2H2O Sülfadimetoksin 9,674 25,462 Ser53, Lys213, Asp86 (2H), 2H2O Sülfadoksin 11,150 34,122 Ser53, Lys213, Arg253, 2H2O Sülfamerazin 37,779 45,225 Ser53, Lys213, 2H2O Sülfisomidin 32,863 39,856 Ser53, Lys213, 2H2O

Baca ve ark. tarafından 2000 yılında yapılan bir çalışmada M. tuberculosis’e ait

DHPS enziminin PABA bağlanma yöresi içerisinde en çok Ser53, Arg54, Pro55,

Phe182 ve Lys213 aminoasitlerinin; fosfat veya pirofosfat bağlanma yöresi

içerisinde Asn13, Asp21, His255; pteridin bağlanma yöresi içerisinde ise Asp86,

Asn105, Asp177, Lys213 aminoasitlerinin gözlendiği bildirilmiştir (Şekil 2.6.).

Çizelge 4.2’deki sonuçlar değerlendirildiğinde pteridin monofosfatın Asp21, Ser53,

Asn105, Asp177, Lys213 ve 2H2O molekülleri ile H bağları yaptığı gözlenmiştir.

DHPS inhibitörü oldukları bilinen referans bileşiklerin, sülfametoksazol hariç ortak

olarak Ser53, Lys213 ve H2O molekülleri ile ayrıca bazılarının Asp86, ve/veya

Arg253 ile de H bağları yaptıkları gözlenmiştir. Sülfametoksazolün ise Lys213,

Arg253 ve 3H2O molekülü ile H bağı yaptığı gözlenmiştir (Şekil 4.3.). PABA’ nın ise

Asp86 ve 2H2O molekülü ile H bağı yaptığı gözlenmiştir (Şekil 4.4.).

Doktora tezi kapsamında sentezlenen bileşiklerin doking sonuçları incelendiğinde,

M. tuberculosis’e karşı antibakteriyel etkisi en yüksek olan bileşiklerden 1a (Şekil

4.5.) ve 1e kodlu bileşiklerin Asp86 ve 2H2O molekülü ile (PABA ile aynı) 1b, 1c ve

1d kodlu bileşiklerin Lys213 ve 1H2O ile; 1f (Şekil 4.6.) ve 1j kodlu bileşiklerin ise

Ser53 ile H bağı yaptıkları gözlenmiştir. Ayrıca, yine M. tuberculosis’e karşı en etkili

bileşiklerden olan 1i’nin ise Asn105 ve Asp177 ile H bağı yaptığı gözlenmiştir. 16

μg/ml MİK değeriyle etki gösteren; 3i kodlu bileşiğin Asp86, Asp177, Arg253 ve

2H2O molekülü ile; 3l kodlu bileşiğin ise Asp86, Asp177, Arg253 ve 2H2O molekülü

ile H bağları yaptıkları gözlenmiştir; ayrıca yine 16 μg/ml MİK değeriyle etki gösteren

3k kodlu bileşiğin Ser53, Asp86 ve 3H2O molekülü ile H bağı yaptığı gözlenmiştir

(Şekil 4.8.). Sentezlenen bileşikler içerisinde gözlenen en düşük etki değeri olan 64

245

μg/ml MİK değeriyle etki gösteren diğer tüm bileşiklerin genel olarak Ser53, Asp86,

Lys213, Arg253 ve H2O moleküllerinden biri veya birkaçı ile H bağları yaptıkları

gözlenmiş, fakat doking yapılan moleküllerin uygun konformasyonlarının enzim ile

etkileşimi için gerekli olan enerjiyi ifade eden CDocker enerji değerlerinin (Chandra

ve ark., 2010) oldukça yüksek olduğu görülmüştür. Bu bileşiklerden 2c kodlu

olanının enzimle yaptığı H bağları Şekil 4.7.’de verilmiştir. Bu sonuçlar sentezlenen

bileşiklerin antimikobakteriyel etkilerinin bu enzim üzerinden olabileceği hipotezimizi

destekler nitelikte bulunmuştur.

Şekil 4.3. Sülfametoksazol molekülünün Lys213 (mor) ve Arg253 (kırmızı) ve 3H2O ile yaptığı hidrojen bağları.

246

Şekil 4.4. PABA molekülünün Asp86 (turuncu) ve 2H2O ile yaptığı hidrojen bağları.

Şekil 4.5. 1a kodlu bileşiğin Asp86 (turuncu) ve 2H2O ile yaptığı hidrojen bağları.

247

Şekil 4.6. 1f kodlu bileşiğin Ser53 (yeşil) ve 1H2O ile yaptığı hidrojen bağları.

Şekil 4.7. 2c kodlu bileşiğin Asp86 (turuncu), Lys213 (mor) ve 2H2O ile yaptığı hidrojen bağları.

248

Şekil 4.8. 3k kodlu bileşiğin Ser53 (yeşil), Asp86 (turuncu) ve 3H2O molekülleri ile yaptığı hidrojen bağları.

Ayrıca, dihidropteroat sentetaz enzimi üzerinden etki gösterdikleri bilinen bazı

antibiyotikler üzerinden HipHop yöntemi kullanılarak farmakofor analizi çalışması

yapılmıştır. Bu çalışma sonucunda elde edilen Hipotez 1 ile referans ilaç olarak

kullanılan sülfametoksazolün haritalanması Şekil 4.9.’da gösterilmiştir. HipHop

sonuçları değerlendirildiğinde; PABA’nın hipotezin sadece 2 özelliği ile çakıştığı

gözlenmiştir, bu durum doking sonuçları ile karşılaştırıldığında gerçekten sadece

aynı iki bölgede H bağlarının bulunduğu görülmektedir (Şekil 4.4.). Ayrıca M.

tuberculosis’e karşı en yüksek etki gösteren bileşiklerden 1a (Şekil 4.5. – Şekil

4.11.) ve 1e kodlu bileşiğin hem doking hem de HipHop çalışmaları sonuçlarının

PABA ile benzer olduğu gözlenmiştir. Yine etkili bileşiklerden 3k’nın da hipotez 1 ile

uyumlu olduğu gözlenmiştir (Şekil 4.12.). Sentezlenen bileşikler içerisinden en

düşük etkiye sahip olan bileşiklerden sülfonamid grubu taşıyan 2c kodlu bileşiğin

hipotez ile uyumlu olmadığı gözlenmiştir (Şekil 4.13.).

249

Şekil 4.9. Sülfametoksazolün hipotez ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), pembe renk hidrojen bağı donörünü (HBD) gösterir.

Şekil 4.10. PABA’nın hipotez ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), pembe renk hidrojen bağı donörünü (HBD) gösterir.

250

Şekil 4.11. 1a kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), pembe renk hidrojen bağı donörünü (HBD) gösterir.

Şekil 4.12. 3k kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), pembe renk hidrojen bağı donörünü (HBD) gösterir.

251

Şekil 4.13. 2c kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), pembe renk hidrojen bağı donörünü (HBD) gösterir.

Tüm bu çalışmaların sonuçları değerlendirildiğinde, doktora tezi kapsamında

sentezlenen maddelerin M. tuberculosis’e karşı gösterdikleri antibakteriyel etkilerin

bu enzim üzerinden olabileceği hipotezimizi destekler nitelikte oldukları görülmüştür.

4.3.2. Enoil-ACP Redüktaz Enzimi ile İlişkili Moleküler Modelleme Çalışmaları

Doktora tezi kapsamında sentezlenmiş olan bileşiklerin etkilerinin enoil-ACP

redüktaz enzimi üzerinden olabilirliğini değerlendirmek üzere moleküler modelleme

çalışmaları yapılmıştır. CDocker yöntemi kullanılarak yapılan doking çalışması

sonucunda elde edilen veriler Çizelge 5.3.’de gösterilmiştir.

252

Çizelge 4.3. Enoil-ACP redüktaz enzimi üzerinde yapılan CDOCKER çalışması sonucu

bulunan enerji değerleri ve H bağları.

Bileşik – CDocker

Enerji– Etkileşim

EnerjisiH Bağları

1a 22,536 30,419 Gly96, NAD+ 1b 24,552 33,214 Gly96, NAD+ 1c 22,646 31,001 Gly96, NAD+ 1d 26,003 33,979 Gly96, NAD+ 1e 28,053 35,751 Gly96, NAD+ 1f 26,109 33,648 Gly96, NAD+ 1g 23,128 34,480 Gly96, NAD+ 1h 28,521 33,618 Gly96, NAD+ (2H) 1i 31,170 37,140 Gly96, NAD+ (2H) 1j 29,759 35,347 Gly96, NAD+ (2H) 1k 31,25 36,871 Gly96, NAD+ (2H) 1l 32,561 37,228 Gly96, NAD+ (2H) 2a 24,215 47,438 NAD+ 2b 27,117 50,667 NAD+ 2c 24,614 48,480 NAD+ (2H) 2d 23,237 46,662 NAD+ 2e 30,951 53,888 NAD+ 2f 27,856 50,680 NAD+ (2H)2g 26,539 52,932 NAD+ (2H)2h 29,695 49,602 NAD+ 2i 29,237 52,054 NAD+ 2j 28,505 49,096 NAD+ 2k 30,784 52,891 NAD+ 2l 31,057 52,225 NAD+ 3a 28,844 45,980 NAD+ (2H)+ 3b 32,796 50,185 Met98, NAD+ 3c 30,241 47,741 Met98, NAD+ 3d 33,572 50,922 NAD+ (2H) 3e 37,027 53,017 Met98, NAD+ 3f 34,155 49,902 Met98, NAD+ 3g 32,236 52,004 Met98, NAD+ 3h 35,161 49,245 Met98, NAD+ 3i 34,721 50,893 Met98, NAD+ 3j 34,448 49,038 Met98, NAD+ 3k 36,115 51,948 Met98, NAD+ 3l 36,485 49,849 Met98, NAD+ S1 31,523 45,979 Tyr158, NAD+ İzoniazid 16,009 24,887 Tyr158, NAD+ Triklosan 24,043 34,869 Tyr158, NAD+ (2H) Hekzaklorofen 8,175 32,790 Tyr158, NAD+ Thr196, Ile94 Diazaborin C 19,135 33,379 Tyr158, NAD+ (2H) Kurkumin 39,006 49,678 Tyr158 (2H), NAD+ (2H) Gallokateşin gallat 47,900 55,687 Gly96, Met98, NAD+ (3H) Luteolin 38,451 45,091 NAD+ (3H) 45298 35,439 40,837 Tyr158, Phe97, NAD+

Çizelge 4.3’teki sonuçlar değerlendirildiğinde Enoil ACP redüktaz inhibitörü oldukları

bilinen referans bileşiklerin çoğunun (izoniazid, triklosan, hekzaklorofen, diazaborin

C, kurkumin, 45298) Tyr158 ve NAD+ kofaktörü ile H bağları yaptıkları; bitkisel

253

kaynaklı bir flavonoid olan luteolinin sadece NAD+ kofaktörü ile, yeşil çaydan elde

edilen gallokateşin gallatın ise Gly96, Met98, NAD+ ile H bağları yaptığı gözlenmiştir.

Ayrıca Tyr158 ve NAD+ ile birlikte hekzaklorofenin Thr196 ve Ile94 ile; 45298’in de

Phe97 ile H bağı yaptığı gözlenmiştir. Bu sonuçlar gözönünde bulundurulduğunda

Enoil ACP redüktaz enzimi inhibisyonu için en önemli iki yapının Tyr158 ve NAD+

kofaktörü olduğu, ayrıca aktif yörede bulunan diğer aminoasitlerden Gly96, Met98,

Thr196, Ile94 ve Phe97’nin önemli olabileceği sonucu ortaya çıkmaktadır. İzoniazid

ve gallokateşin gallatın enzim ile yaptığı H bağları Şekil 4.14. ve 4.15.’te

gösterilmiştir.

Doktora tezi kapsamında sentezlenen bileşiklerin doking sonuçları genel olarak

incelendiğinde, bileşiklerin tamamının NAD+ kofaktörü ile, ayrıca bazı bileşiklerin

NAD+ kofaktörü ile birlikte Gly96 veya Met98 ile H bağı yaptıkları gözlenmiştir.

Mycobacterium tuberculosis H37RV ATCC 27294 suşu ve izolatına karşı en yüksek

etki gösteren bileşiklerin (1a, 1c ve 1f) Gly96 ve NAD+ ile; en düşük etki gösteren

bileşiklerin bir kısmının (2c, 2f, 3d) sadece NAD+ kofaktörü ile, diğer kısmının ise

(3b, 3c, 3f, 3g) Met98 ve NAD+ kofaktörü ile H bağı yaptıkları görülmektedir. Bu

bileşiklerden 1a, 2c ve 3g’nin enzim ile yaptığı H bağları Şekil 4.16. - 4.18’de

gösterilmiştir. Elde edilen tüm sonuçlar sentezlenen bileşiklerin antimikobakteriyel

etkilerinin bu enzim üzerinden de olabileceği düşünülmektedir.

Doking yapılan moleküllerin uygun konformasyonlarının enzim ile etkileşimi için

gerekli olan enerjiyi ifade eden CDocker enerji değerleri (Chandra ve ark., 2010)

incelendiğinde, genel olarak aynı aminoasitler üzerinden H bağı yapan bileşiklerden

etkisi yüksek olan bileşiğin CDocker enerji değerinin daha düşük olduğu

gözlenmiştir.

254

Şekil 4.14. Isoniazid molekülünün Tyr158 (pembe) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen bağları.

Şekil 4.15. Gallokateşin Gallat’ın Gly96 (mavi), Met98 (yeşil) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı

hidrojen bağları.

255

Şekil 4.16. 1a kodlu molekülün Gly96 (mavi) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen bağları.

Şekil 4.17. 2c kodlu molekülün NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen bağları.

256

Şekil 4.18. 3g kodlu molekülün MET98 (yeşil) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen bağları.

Enoil-ACP redüktaz enzimi üzerinden etki gösterdikleri bilinen bazı bileşikler

üzerinden HipHop yöntemi kullanılarak yapılan farmakofor analizi çalışması

sonucunda elde edilen Hipotez 2 ile doking çalışmalarında referans molekül olarak

kullanılan S1 kodlu bileşik ile haritalanması Şekil 4.19.’da gösterilmiştir. HipHop

sonuçları değerlendirildiğinde; gallokateşin gallat molekülünün hipotezle uyumlu

olduğu görülmektedir (Şekil 4.20.), ayrıca M. tuberculosis’e karşı en yüksek etki

gösteren bileşiklerden 1a kodlu bileşiğin (Şekil 4.21.), en düşük etki gösteren

bileşiklerden 1l kodlu bileşiğe (Şekil 4.22.) göre hipotez 2 ile daha uyumlu olduğu

görülmektedir. Sülfonamid grubu taşıyan bileşiklerden M. tuberculosis’ e karşı daha

yüksek etki gösteren 3l kodlu bileşiğin (Şekil 4.23.); daha düşük etki gözlenen 2c

kodlu bileşiğe (Şekil 4.24.) göre Hipotez 2 ile daha uyumlu olduğu gözlenmiştir.

257

Şekil 4.19. S1 kodlu bileşiğin Hipotez 2 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

Şekil 4.20. Gallokateşin gallatın Hipotez 2 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

258

Şekil 4.21. 1a kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

Şekil 4.22. 1l kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

259

Şekil 4.23. 3l kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

Şekil 4.24. 2c kodlu bileşiğin hipotez 2 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

260

Tüm bu çalışmaların sonuçları değerlendirildiğinde, doktora tezi kapsamında

sentezlenen maddelerin M. tuberculosis’e karşı gösterdikleri antibakteriyel etkilerin

bu enzim üzerinden olabileceği hipotezimizi destekler nitelikte oldukları görülmüştür.

4.4. Sentezlenen Bileşiklerde Gözlenen DAP (Efflux Pump) İnhibitör Etki

Doktora tezi kapsamında sentezlenen bileşiklerde DAP inhibitör etkinliğinin olup

olmadığını araştırmak üzere, direnç mekanizması DAP (Efflux Pump) üzerinden

olduğu belirlenmiş Escherichia coli AG102 ve Acinetobacter baumannii SBMox2

suşları kullanılarak pilot bir çalışma yapılmıştır. Bu çalışmaya göre, siprofloksazin ve

kloramfenikolun AdeABC’yi yüksek düzeyde eksprese eden Acinetobacter baumanii

SbMOX-2 ve AcrAB-TolC’yi yüksek düzeyde eksprese eden Escherichia coli AG102

suşlarına karşı tek başlarına gösterdikleri etkiler; kloramfenikol için 64 µg/mL (E.coli

AG102), 256 µg/mL (A. baumannii SBMox2), siprofloksazin için 0,125 µg/mL (E.coli

AG102), 128 µg/mL (A. baumannii SBMox2) MİK değerinde olduğu belirlenmiştir

(Çizelge 4.4.). Doktora tez kapsamında sentezlenmiş ve aynı mikroorganizmalara

karşı test edilmiş bileşiklerin 64 ile 256 µg/mL arası değişen konsantrasyonlarda etki

gösterdiği gözlenmiştir. Test edilen bileşiklerin etki gösterdiği MİK değerinin yarısı

konsantrasyonu ile ilaçların birlikte kullanımları sonucunda bazı bileşiklerin

siprofloksazin ve kloramfenikolün MİK değerlerini düşürdükleri belirlenmiştir (Çizelge

4.5.).

Çizelge 4.4. DAP inhibitör etkileri test edilen bileşiklerde A. baumanii SbMOX-2 ve E. coli AG102 suşlarına karşı gözlenen MİK değerleri (µg/mL).

Bil. No X R R1 E. coli AG102

A. baumannii SBMox2

2b - Cl NO2 128 128 2c - F NO2 128 128 2h CH2 H NO2 256 128 3e - C2H5 NH2 64 128

Kloramfenikol 64 256 Siprofloksazin 0.125 128

261

Çizelge 4.5. Siprofloksazin ve kloramfenikolün bazı test serisi bileşiklerle birlikte kullanıldıklarında E. coli AG102 ve A. baumannii SBMox2 suşlarına karşı gözlenen MİK değerleri (µg/mL).

Kombinasyon Test Bileşik No

E. coli AG102 A. baumannii SBMox2 Siprofloksazin Kloramfenikol Siprofloksazin Kloramfenikol

— 0,125 64 128 256 2b — <0,5 2 — 2c 0,125 32 32 4 2h — 64 16 128 3e <0,5 64 4 256

Çalışma sonuçları değerlendirildiğinde, kloramfenikolün Escherichia coli AG102

suşuna karşı gözlenen 64 µg/mL MİK değerini, 2b kodlu bileşiğin <0,5 µg/mL; 2c

kodlu bileşiğin ise 32 µg/mL’ye düşürdüğü gözlenmiştir. Acinetobacter baumannii

SBMox2 suşuna karşı ise, siprofloksazinin 128 µg/mL MİK değerini; 2b kodlu

bileşiğin 2 µg/mL’ye, 3e kodlu bileşiğin 4 µg/mL’ye, 2h kodlu bileşiğin 16 µg/mL’ye

ve 2c kodlu bileşiğin 32 µg/mL’ye düşürdüğü; kloramfenikolün 256 µg/mL MİK

değerini, 2c kodlu bileşiğin 4 µg/mL’ye, 2h kodlu bileşiğin ise 128 µg/mL’ye

düşürdüğü gözlenmiştir.

Yapılan bu pilot çalışma; DAP inhibitörü olabilecek molekül geliştirme çalışmalarına

ışık tutacak bir araştırma olarak değerlendirilmiştir.

262

5. SONUÇ ve ÖNERİLER

Doktora tez çalışması kapsamında; 2. konumunda sübstitüe fenil veya sübstitüe

benzil yapısı; 5. konumunda 4-nitro/aminobenzensülfonamido grubu taşıyan tamamı

orjinal 24 adet (2a-2l ve 3a-3l) ve 5. konumunda amino grubu taşıyan ve ara

basamakta elde edilen 12 adet (1a-1l) bileşikle birlikte toplam 36 adet benzoksazol

türevi (Şekil 4.1.) sentezlenmiş; yapıları 1H-NMR, IR (2a-2l ve 3a-3l kodlu bileşikler

için), MASS, elementel analiz yöntemleri kullanılarak aydınlatılmış ve in vitro

ortamda Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis gibi bazı Gram-pozitif,

Escherichia coli ve Pseudomonas aeruginosa gibi bazı Gram-negatif bakteriler ve

Mycobacterium tuberculosis ile bunların ilaçlara dirençli suşlarına karşı

antibakteriyel etkileri; Candida albicans, Candida krusei’ye karşı antifungal etkileri

MİK değerinde araştırılmış ve referans ilaçlarla karşılaştırılmıştır. Ayrıca, direnç

mekanizması DAP (Efflux Pump) üzerinden olduğu belirlenmiş Escherichia coli

AG102 ve Acinetobacter baumannii SBMox2 suşları üzerinden yapılan pilot bir

çalışma ile bu grup bileşiklerde DAP inhibitör etkinliğinin olup olmadığı

araştırılmıştır. Ayrıca, dihidropteroat sentetaz ve enoil-ACP redüktaz enzimleri

üzerinden doking çalışmaları ve bu enzimler üzerinde inhibitör etkileri bilinen

bileşikler kullanılarak farmakofor analizi çalışmaları yapılmış, önemli konformasyonel

özellikler ortaya çıkarılarak daha etkili olabilecek önder yeni ilaç etken maddelerinin

tasarımları gerçekleştirilmiştir.

Bileşiklerin antimikrobiyal etkileri MİK değerleri olarak incelendiğinde sentezlenen

tüm bileşiklerin Gram-negatif bakterilere karşı 32 ile 128 µg/ml arası değişen

konsantrasyonlarda; Gram-pozitif bakterilere karşı 32 ile 256 µg/ml arası değişen

konsantrasyonlarda etki gösterdikleri ve bu etkilerin referans ilaçlardan bazılarına

göre yüksek, bazılarına eşit ve bazılarına göre de daha düşük olduğu tespit

edilmiştir. Genel olarak; 5. konumda amin grubu taşıyan benzoksazol türevi (1a-1l

kodlu) bileşiklerin 32 ve 64 µg/ml MİK değerleriyle, 5. konumunda sülfonamid yapısı

taşıyan (2a-2l ve 3a-3l kodlu) diğer bileşiklere göre Gram-negatif bir bakteri olan

Pseudomonas aeruginosa izolatı dışındaki tüm bakteriler üzerinde daha etkili

oldukları görülmüştür. Pseudomonas aeruginosa izolatına karşı benzoksazol

halkasının 2. konumu ile fenil halkası arasındaki metilen köprüsünün antibakteriyel

etkiyi azalttığı; sülfonamid grubuna bağlı fenil halkasının para konumunda bulunan

NO2 ve NH2 gruplarının ise, antibakteriyel etki üzerinde önemli bir değişiklik

263

yapmadığı gözlenmiştir. Ayrıca, benzoksazol halkasının 2. konumunda bulunan fenil

halkasının para pozisyonunda (R); 1a-1l kodlu bileşikler için H; 2a-2l kodlu bileşikler

için H, Cl ve CH3; 3a-3l kodlu bileşikler için ise H, Cl ve F sübstitüentlerinin varlığı

antibakteriyel etkiyi arttırıcı yönde olmuştur. E.coli ATCC 25922 suşuna karşı

benzoksazol halkasının 5. konumunda sülfonamid grubu taşıyan bileşikler arasından

R konumunda CH3, sülfonamid grubuna bağlı fenil halkası üzerinde NO2 grubu

taşıyan ve metilen köprüsü taşımayan 2f kodlu bileşiğin diğer bileşiklere göre daha

yüksek etki gösterdiği tespit edilmiştir. E. faecalis izolatına karşı ise benzoksazol

halkasının 5. konumunda sülfonamid grubu taşıyan bileşikler içerisinden R

konumunda F, sülfonamid grubuna bağlı fenil halkası üzerinde NH2 grubu taşıyan ve

metilen köprüsü taşımayan 3c kodlu bileşiğin diğer bileşiklere göre daha yüksek etki

gösterdiği tespit edilmiştir.

Bileşiklerin antifungal etkileri MİK değerleri olarak incelendiğinde sentezlenen tüm

bileşiklerin 32 ile 256 µg/ml arası değişen MİK değerleriyle etki gösterdikleri ve bu

etkilerin referans ilaçlardan daha düşük olduğu tespit edilmiştir. Candida albicans

ATCC 10231 suşuna karşı 5. konumda amin grubu taşıyan benzoksazol türevi

bileşiklerin (1a-1l), 5. konumunda sülfonamid yapısı taşıyan bileşiklere (2a-2l ve 3a-

3l) göre daha etkili oldukları gözlenirken; Candida krusei ATCC 6258 suşuna karşı

sentezlenen tüm bileşiklerde benzer etkiler gözlenmiştir. 1a-1l kodlu bileşiklerde

genel olarak benzoksazol halkasının 2. konumu ile fenil halkası arasında bulunan

metilen köprüsünün C. albicans’a karşı gözlenen antifungal etkiyi azallttığı fakat

sentezlenen diğer bileşiklerde metilen köprüsünün etki üzerinde önemli bir değişiklik

yapmadığı gözlenmiştir. Ayrıca, yapısında metilen köprüsüyle birlikte R konumunda;

2a-2l kodlu bileşikler içerisinde Br sübstitüenti, 3a-3l kodlu bileşikler içerisinde ise F,

Br ve CH3 sübstitüentleri taşıyan bileşiklerin Candida krusei üzerinde sentezlenen

diğer bileşiklere göre daha düşük antifungal etki gösterdikleri tespit edilmiştir.

Mikrobiyolojik etki sonuçları genel olarak değerlendirildiğinde, sentezlenen

bileşiklerin çoğunun en yüksek antimikrobiyal etkiyi 8 ile 64 µg/ml arası değişen MİK

değerleriyle Mycobacterium tuberculosis H37RV ATCC 27294 suşu ve izolatına

karşı gösterdikleri tespit edilmiştir. Yine diğer etkilerde olduğu gibi genel olarak; 5.

konumda amin grubu taşıyan benzoksazol türevi bileşiklerin (1a-1l), 5. konumunda

sülfonamid yapısı taşıyan diğer bileşiklere (2a-2l ve 3a-3l) göre daha etkili oldukları

gözlenmiştir.

264

M. tuberculosis H37RV ATCC 27294 suşuna karşı 1a, 1c, 1d ve 1f kodlu; M.

tuberculosis izolatına karşı ise 1a, 1b, 1c, 1e, 1f ve 1i kodlu bileşiklerin 8 µg/ml MİK

değeriyle etki gösterdikleri ve bu etkinin referans ilaç olan sülfametoksazole eşit

olduğu tespit edilmiştir.

Doktora tezi kapsamında sentezlenen bileşiklerin M. tuberculosis H37RV ATCC

27294 suşu ve izolatına karşı gözlenen antibakteriyel etkilerinin dihidropteroat

sentetaz enzimi üzerinden olabilirliğini değerlendirmek üzere yapılan doking

sonuçları incelendiğinde, M. tuberculosis’e karşı antibakteriyel etkisi en yüksek olan

bileşiklerden 2-fenil-5-aminobenzoksazol (1a); ve 2-(4-etilfenil)-5-aminobenzoksazol

(1e)’ün Asp86 ve 2H2O molekülü ile (PABA ile aynı); 2-(4-klorofenil)-5-

aminobenzoksazol (1b), 2-(4-florofenil)-5-aminobenzoksazol (1c) ve 2-(4-

bromofenil)-5-aminobenzoksazol (1d)’ün Lys213 ve 1H2O ile; 2-(4-metilfenil)-5-

aminobenzoksazol (1f) ve 2-(4-florobenzil)-5-aminobenzoksazol (1j)’ün ise Ser53 ile

H bağı yaptıkları gözlenmiştir. Ayrıca, yine M. tuberculosis’e karşı en etkili

bileşiklerden olan 2-(4-klorobenzil)-5-aminobenzoksazol (1i)’ün ise Asn105 ve

Asp177 ile H bağı yaptığı gözlenmiştir. 16 μg/ml MİK değeriyle etki gösteren; 2-(4-

klorobenzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3i)’ün Asp86, Asp177,

Arg253 ve 2H2O molekülü ile; 2-(4-metilbenzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)

benzoksazol (3l)’ün ise Asp86, Asp177, Arg253 ve 2H2O molekülü ile H bağları

yaptıkları gözlenmiştir; ayrıca yine 16 μg/ml MİK değeriyle etki gösteren 2-(4-

bromobenzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol (3k)’ün Ser53, Asp86 ve

3H2O molekülü ile H bağı yaptığı gözlenmiştir. Sentezlenen bileşikler içerisinde

gözlenen en düşük etki değeri olan 64 μg/ml MİK değeriyle etki gösteren diğer tüm

bileşiklerin genel olarak Ser53, Asp86, Lys213, Arg253 ve H2O moleküllerinden biri

veya birkaçı ile H bağları yaptıkları gözlenmiş, fakat doking yapılan moleküllerin

uygun konformasyonlarının enzim ile etkileşimi için gerekli olan enerjiyi ifade eden

CDocker enerji değerlerinin (Chandra ve ark., 2010) oldukça yüksek olduğu

görülmüştür. Ayrıca yine bu enzim üzerinden antimikrobiyal etki gösterdikleri bilinen

bazı referans ilaçlar ile de HipHop metodu kullanılarak farmakofor analizi çalışmaları

yapılmıştır. Bu çalışmaya göre, M. tuberculosis’e karşı en yüksek etki gösteren

bileşiklerden 1a ve 1e kodlu bileşiklerin HipHop sonuçlarının PABA ile benzer

olduğu ve 2 özelliğin (HBA ve HBD) çakıştığı gözlenmiştir. Buna göre benzoksazol

halkasının 5. konumundaki amin grubunun HBD alanına tam olarak uyum gösterdiği

ve bu durumun doking sonuçları ile de tutarlı olduğu gözlenmiştir. Bunun dışında

oksazol halkasındaki “N” ve “O” atomlarının hidrojen bağı akseptör özellikleri

265

karşılaştırılmak üzere yapılan bir ab initio çalışmasına göre “N” atomunun “O”

atomuna göre çok daha yüksek akseptör özellik gösterdiği bildirilmiştir (Böhm ve

ark. 1996). Ancak, 1a ve 1e kodlu bileşiklerin benzoksazol halkasındaki “N”

atomunun HBA alanına yerleşmesi beklenirken “O” atomunun bu alanla daha

uyumlu olduğu ve doking sonuçları ile de tutarlı olduğu görülmüştür. Sülfonamid

grubu taşıyan etkili bileşiklerden 3k’nın Hipotez 1 ile uyumlu olduğu, fakat daha

düşük etkili 2c kodlu bileşiğin ise Hipotez 1 ile uyumlu olmadığı gözlenmiştir.

Bu enzim üzerinden daha yüksek etki gösterebilecek yeni ilaç etken maddesi

tasarlamak amacıyla birçok bileşik için doking çalışmaları ve bu bileşiklerin Hipotez

1’e uyumlulukları test edilmiştir. Bu araştırma sonucunda, Şekil 5.1.’de görülen T1

kodlu bileşiğe ulaşılmıştır. Yapılan doking çalışmasına göre, T1 kodlu bileşiğin,

DHPS enzimi inhibisyonunda önemli olan ve PABA bağlanma yöresi içerisinde

bulunan aminoasitlerden Ser53 (2H) ile ayrıca PABA’nın yaptığı bağlar olan Asp86

(2H) ve 1H2O molekülü ile ve doking çalışmalarında referans olarak kullanılan

ilaçların çoğunda ortak olarak gözlenen Lys213 aminoasiti ile H bağları yaptığı

gözlenmiştir (Şekil 5.2.). CDocker enerjisi –25,533; etkileşim enerjisi ise –37,560

olarak bulunmuştur (Çizelge 5.1.). T1 kodlu bileşiğin, hipotez 1 ile haritalanması

sonucu bileşiğin 2,677 FitValue değeriyle hipoteze uyum sağladığı ve 3 özellik ile

çakıştığı gözlenmiştir (Şekil 5.3.).

T1 kodlu bileşiğin DHPS enziminin aktif yöresi içinde yaptığı H bağları ve CDocker

enerji değeri gözönünde bulundurulduğunda M. tuberculosis’e karşı yüksek etki

gösterebilecek aday bir bileşik olabileceği düşünülmektedir.

Şekil 5.1. T1 kodlu bileşik.

266

Şekil 5.2. T1 kodlu bileşiğin Ser53 (yeşil), Asp86 (turuncu), Lys213 (mor) ve H2O molekülü ile yaptığı H bağları.

Şekil 5.3. T1 kodlu bileşiğin hipotez 1 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), pembe renk hidrojen bağı donörünü (HBD) gösterir.

267

T1 molekülündeki benzoksazol halkasının, yapısal analogları olan benzimidazol ve

benzotiyazol halkaları ile değiştirilmesinin enzim üzerinde gözlenebilecek aktiviteyi

nasıl etkileyebileceğini tahmin etmek amacıyla T2 ve T3 kodlu bileşiklerin de aynı

enzim üzerinden doking çalışmaları ve Hipotez 1’e uyumluluğu araştırılmıştır. Elde

edilen sonuçlar Çizelge 5.1.’de verilmiştir.

Çizelge 5.1. Dihidropteroat sentetaz enzimi üzerine yüksek etki gösterebileceği düşünülen

bileşikler ve moleküler modelleme çalışmaları sonuçları.

Kod X –CDocker

Enerji –Etkileşim

Enerjisi H Bağları

FitValue (Hipotez 1)

T1 O 25,533 37,560 Ser53, Asp86 (2H), Lys213 ve H2O 2,622

T2 S 19,787 33,911 Ser53, Asp86 (2H), Asn105, Asp177 (2H), Lys213

2,646

T3 NH 17,310 27,662 Asp86 (2H), 2 H2O 2,680

Bu sonuçlar değerlendirildiğinde benzoksazol halkası taşıyan T1 ve benzotiyazol

halkası taşıyan T2 kodlu bileşiklerin yüksek antibakteriyel etki gösterebileceği ve

dihidropteroat sentetaz enzimi üzerinden yeni ilaç geliştirme çalışmalarına ışık

tutacak bileşikler olabilecekleri düşünülmektedir.

Ayrıca, doktora tezi kapsamında sentezlenen bileşiklerin M. tuberculosis H37RV

ATCC 27294 suşu ve izolatına karşı gözlenen antibakteriyel etkilerinin enoil-ACP

redüktaz enzimi üzerinden olabilirliğini değerlendirmek üzere yapılan doking

çalışmaları incelendiğinde, bileşiklerin tamamının NAD+ kofaktörü ile, ayrıca bazı

bileşiklerin NAD+ kofaktörü ile birlikte Gly96 veya Met98 ile H bağı yaptıkları

gözlenmiştir. Mycobacterium tuberculosis H37RV ATCC 27294 suşu ve izolatına

karşı en yüksek etki gösteren bileşiklerin (1a, 1c ve 1f) Gly96 ve NAD+ ile; en düşük

etki gösteren bileşiklerin bir kısmının (2c, 2f, 3d) sadece NAD+ kofaktörü ile, diğer

kısmının ise (3b, 3c, 3f, 3g) Met98 ve NAD+ kofaktörü ile H bağı yaptıkları

görülmüştür. Ayrıca bu enzim üzerinden etki gösterdikleri bilinen bazı bileşikler

kullanılarak yapılan farmakofor analizi (HipHop) çalışması sonuçları

değerlendirildiğinde; M. tuberculosis’e karşı en yüksek etki gösteren bileşiklerden 1a

kodlu bileşiğin Hipotez 2 ile uyumlu olduğu fakat benzoksazol halkasındaki “N”

atomu ile çakışması beklenen HBA alanının “O” atomuna daha yakın olduğu

268

gözlenmiştir. En düşük etki gösteren bileşiklerden 1l’nin Hipotez 2 ile uyumlu

olmadığı, sülfonamid grubu taşıyan bileşiklerden M. tuberculosis’ e karşı daha

yüksek etki gösteren 3l kodlu bileşiğin daha düşük etki gözlenen 2c kodlu bileşiğe

göre Hipotez 2 ile daha uyumlu olduğu gözlenmiştir.

Bu enzim üzerinden daha yüksek etki gösterebilecek yeni ilaç etken maddesi

tasarlamak amacıyla birçok bileşik için doking çalışmaları ve bu bileşiklerin Hipotez

2’ye uyumlulukları test edilmiştir. Bu araştırma sonucunda, Şekil 5.4’te görülen Q1

kodlu bileşiğe ulaşılmıştır. Yapılan doking çalışmasına göre, Q1 kodlu bileşiğin,

enoil-ACP redüktaz enzimi inhibisyonunda önemli olduğu düşünülen Tyr158 ve

NAD+ kofaktörü (3H) ile H bağları yaptığı gözlenmiştir (Şekil 5.5.). CDocker enerjisi

–37,452; Etkileşim enerjisi ise –50,392 olarak bulunmuştur. Q1 kodlu bileşiğin,

hipotez 2 ile haritalanması sonucu bileşiğin 2,677 FitValue değeriyle hipoteze uyum

sağladığı ve Hipotez 2’de ortaya çıkan 3 özellik ile çakıştığı gözlenmiştir (Şekil 5.6.).

Bu sonuçlar değerlendirildiğinde, Q1 kodlu bileşiğin enoil ACP-redüktaz enziminin

aktif yöresi içinde yaptığı H bağları ve CDocker enerji değeri gözönünde

bulundurulduğunda M. tuberculosis’e karşı yüksek etki gösterebilecek aday bir

bileşik olabileceği düşünülmektedir.

N

O

O

HN

HN

OH

Şekil 5.4. Q1 kodlu bileşik.

269

Şekil 5.5. Q1 kodlu bileşiğin Tyr158 (pembe) ve NAD+ (sarı) ile yaptığı hidrojen bağları.

Şekil 5.6. Q1 kodlu bileşiğin Hipotez 2 ile haritalanması. Yeşil renk hidrojen bağı akseptörünü (HBA), turuncu renk aromatik halkayı (RA) gösterir.

270

Q1 molekülündeki benzoksazol halkasının, yapısal analogları olan benzimidazol ve

benzotiyazol halkaları ile değiştirilmesinin enzim üzerinde gözlenebilecek aktiviteyi

nasıl etkileyebileceğini tahmin etmek amacıyla Q2 ve Q3 kodlu bileşiklerin de aynı

enzim üzerinden doking çalışmaları ve Hipotez 2’ye uyumluluğu araştırılmıştır. Elde

edilen sonuçlar Çizelge 5.2.’de verilmiştir.

Çizelge 5.2. Enoil-ACP redüktaz enzimi üzerine yüksek etki gösterebileceği düşünülen

bileşikler ve moleküler modelleme çalışmaları sonuçları

Kod X -CDocker

Enerji -Etkileşim

Enerjisi H Bağları

FitValue (Hipotez 2)

Q1 O 37,452 50,392 Tyr158, NAD+(3H) 2,677 Q2 S 32,956 50,019 Tyr158, NAD+(2H) 2,398 Q3 NH 42,547 52,142 Tyr158(2H), NAD+(2H) 2,543

Bu sonuçlar değerlendirildiğinde; her 3 bileşik de enoil-ACP redüktaz enzimi

üzerinden yeni ilaç araştırma geliştirme çalışmalarında önder bileşik olarak

değerlendirilebilecek nitelikte olmakla beraber, özellikle benzimidazol halkası

taşıyan Q3 bileşiğinin öncelikli olarak incelenmesi önerilebilmektedir.

Ayrıca, doktora tezi kapsamında sentezlenen bileşiklerde DAP inhibitör etkinliğinin

olup olmadığını araştırmak üzere, direnç mekanizması DAP (Efflux Pump)

üzerinden olduğu belirlenmiş Escherichia coli AG102 ve Acinetobacter baumannii

SBMox2 suşları üzerinden pilot bir çalışma yapılmıştır. Test edilen bileşiklerin etki

gösterdiği MİK değerinin yarısı konsantrasyonu ile ilaçların birlikte kullanımları

sonucunda bazı bileşiklerin siprofloksazin ve kloramfenikolün MİK değerlerini

düşürdükleri belirlenmiştir (Çizelge 3.3.). Dolayısıyla bu grup bileşikler üzerinde

ileriye dönük daha fazla çalışmaların yapılmasının DAP üzerinden direnç kazanmış

mikroorganizmalara karşı etkisini yitiren ilaçlar için yeni bir açılım olacağı

düşünülmektedir.

271

271

ÖZET

Bazı Yeni Sülfonamido Benzoksazol Türevi Bileşiklerin Sentez, Yapı Aydınlatması, Antimikrobiyal Etki ve Moleküler Modelleme Çalışmaları Bu çalışmada, 24 tanesi orijinal olmak üzere toplam 36 adet bileşik sentezlenerek in vitro ortamda mikrobiyolojik etkileri saptanmış ve moleküler modelleme çalışmaları yapılmıştır. 5-Aminobenzoksazol türevi bileşiklerin sentezi, 2,4-diaminofenol dihidroklorür ile uygun karboksilik asidin PPA içinde ısıtılması ile elde edilmiştir. 5-(4-Nitrobenzen sülfonamido)benzoksazol türevi bileşiklerin sentezi, 5-aminobenzoksazol türevi bileşik ile 4-nitrobenzensülfonil klorür’ün piridin içerisinde oda sıcaklığında karıştırılması ile elde edilmiştir. Nitro grubunun amin grubuna redüksiyonu ile, 2-(4-sübstitüefenil/benzil)-5-(4-aminobenzensülfonamido)benzoksazol türevleri elde edilmiştir.

Sentezlenen bileşiklerin saflıkları İnce Tabaka Kromatografisi ile kontrol edildikten sonra erime noktaları saptanmış ve yapıları IR, 1H-NMR, MASS ve elementel analiz sonuçları ile aydınlatılmıştır. Sentezlenen bileşiklerin in vitro antibakteriyel aktiviteleri Gram-negatif bakterilerden; Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Pseudomonas aeruginosa izolatı (gentamisine dirençli), Escherichia coli ATCC 25922 Escherichia coli izolatı (Geniş Spektrumlu Beta Laktamaz enzimi-ESBL) ve Gram pozitif bakterilerden; Staphylococcus aureus ATCC 29213, Staphylococcus aureus izolatı (metisiline dirençli -MRSA-) Enterococcus faecalis ATCC 29212 ve Enterococcus faecalis izolatı (vankomisine dirençli) ve Mycobacterium tuberculosis H37RV ATCC 27294 suşu ve Mycobacterium tuberculosis hasta izolatın üzerinde denenmiştir. Ayrıca antifungal aktiviteleri için Candida albicans ATCC 10231, Candida krusei ATCC 6258 kullanılmıştır. Bileşiklerin antibakteriyel etkileri referans ilaçlar olarak seçilen meropenem, ampisilin, seftriakson, gentamisin, tetrasiklin, sülfametaksazol, TMP-SXT, siprofloksasin ve ofloksazin ile; antifungal etkileri, amfoterisin B ve flukonazol ile; antimikobakteriyel etkileri ise, izoniazid ve etambutol ile aynı yöntem ve şartlarda test edilmiş ve bileşiklerin gösterdiği aktivitelerle karşılaştırılarak incelenmiştir. Doktora tezi kapsamında sentezlenen bileşiklerden 4 adetinde DAP (Efflux Pump) inhibitör etkinlik olup olmadığı, Escherichia coli AG102 ve Acinetobacter baumannii SBMox2 suşları üzerinden yapılan pilot bir çalışma ile araştırılmıştır. Ayrıca mikrobiyolojik etkileri tespit edilen benzoksazol türevi bileşiklerin moleküler modelleme teknikleri ile de önemli konformasyonel özellikleri belirlenmiştir.

Bu çalışma sonucunda, benzoksazol halkasının 5. konumunda amin grubu taşıyan 1a-1l kodlu bileşiklerin diğer bileşiklere oranla daha iyi antimikrobiyal etki gösterdikleri tespit edilmiştir. Ayrıca, mikrobiyolojik etkileri tespit edilen benzoksazol türevi bileşiklerin, dihidropteroat sentetaz ve enoil-ACP redüktaz enzimleri üzerinden yapılan doking çalışmaları ve bu enzimler üzerinden etkili oldukları bilinen bileşikler kullanılarak yapılan farmakofor analizi (HipHop) çalışmaları sonucunda elde edilen bilgiler doğrultusunda daha etkili olabileceği düşünülen ilaç etken maddelerinin tasarımları gerçekleştirilmiştir.

Anahtar Sözcükler: Antimikrobiyal Etki, Benzoksazol, Doking, HipHop, Sülfonamid

272

SUMMARY Synthesis, Structure Elucidation, Antimicrobial Activity, and Molecular Modeling of Some New Sulfonamido Benzoxazole Derivatives In this research, 36 compounds were synthesized, 24 of them were synthesized for the first time. Their in vitro antimicrobial activities were determined and molecular modeling studies were applied. 5-Aminobenzoxazole derivatives were synthesized by condensing of 2,4-diaminophenol dihydrochloride and suitable acids in polyphoshoric acid by heating. 5-(4-Nitrobenzen sulfonamido)benzoxazole derivatives were synthesized by condensing of 5-aminobenzoxazole derivatives and 4-nitrobenzensulfonyl chloride in pyridine at room temperature. 2-(4-Substitutedphenyl/benzyl)-5-(4-aminobenzensulfonamido)benzoxazole derivatives were obtained by the reduction of nitro groups to amine groups. The purity of the compounds was controlled by TLC and melting points were determined. Chemical structures of the compounds were elucidated by using IR, 1H-NMR, MASS and elemental analysis methods. Antimicrobial activities of these compounds, against some Gram-negative bacteria such as Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Pseudomonas aeruginosa isolate (rezistant of gentamicin), Escherichia coli ATCC 25922, Escherichia coli isolate (include ESBL), some Gram-positive bacteria such as Staphylococcus aureus ATCC 29213, Staphylococcus aureus isolate (MRSA), Enterococcus faecalis ATCC 29212 and Enterococcus faecalis isolate (rezistant of vancomycin), the antifungal activity against Candida albicans ATCC 10231, Candida krusei ATCC 6258 and the antimycobacterial activity against Mycobacterium tuberculosis H37RV ATCC 27294 and Mycobacterium tuberculosis isolate were observed as the Minimum Inhibitory Concentration (MIC) values and the MIC values all of the derivatives were compared with some antibacterial (meropenem, ampicillin, ceftriaxone, gentamicin, tetracycline, sulfamethoxazole, TMP-SXT, ciprofloxacin and ofloxacin), antifungal (amphotericin B and fluconazole), antimycobacterial (isoniazide and ethambutol) drugs. Four of the synthesized compounds were tested for Efflux Pump inhibitor activity against Escherichia coli AG102 and Acinetobacter baumannii SBMox2 as a pilot study. Conformational features of synthesized compounds were also defined by molecular modelling methods. As a result of this study, compounds 1a-1l which have amino groups at the 5th position of benzoxazole ring were found more active than the other synthesized compounds. Besides, docking studies of dihydropteroate synthase and enoyl-ACP reductase enzymes for the synthesized compounds were carried out and pharmacophore analyses were performed by using the HipHop method for the compounds which were known as inhibitor of these enzymes. The designs of the new lead compounds were suggested by the results of the study. Keywords: Antimicrobial Activity, Benzoxazole, Docking, HipHop, Sulfonamide

273

KAYNAKLAR

ABBASOĞLU, U., ÇEVİKBAŞ, A. (2011). Farmasötik Mikrobiyoloji; Efil Yayınevi, Ankara,

ISBN:978-605-4334-79-7. ABBOTT, B.J., FUKUDA, D.S. (1981). Microbiological Modification of Antibiotic A 23187

Esters. U.S. 4,247, 703, 27 Jan., Ref: CA: 94: 190314s, 1981. ABBOTT, B.J., FUKUDA, D.S., DORMAN, D.E., OCCOLOWITZ, J.L., DEBONO, M.,

FARHNER, L. (1979). Microbial Transformation of A 23187 A Divalent Cation Ionophore Antibiotic. Antimicrob. Agents Chemother., 16(6): 808-812.

ABEL, IMRAY (1962a). A Method of Protecting Organic Materials against the Action of Ultraviolet Light. Pat. Spesification, 901, 648, 25 July.

ABEL, IMRAY (1962b). New Oxazole Compounds and Process for their Manufacture. Pat. Spesification, 895, 431, 2 May.

ABRAMOVITCH, R. A., ALVERME, G., BARTNIK, R., DASSANAYAKE, N. L., INBASEKARAN, M. N., KATO, S. (1981). Aryl Oxenium Ions. Generation from N-(Aryloxy) Pyridium Tetrafluoroborates and Reaction with Anisole and Benzonitrile. J. Ame. Chem. Soc., 103: 4558-4565.

AFFINIUM Pharmaceuticals. (2010). FabI Inhibitors. Erişim: [http://www.afnm.com/programs/afn-1252.htm]. Erişim Tarihi: 15.12.2011

AIELLO, S., WELLS, G., STONE, E.L., KADRI, H., BAZZI, R., BELL, D.R., STEVENS, M.F.G., MATTHEWS, C.S., BRADSHAW, T.D., WESTWELL, A.D. (2008). Synthesis and Biological Properties of Benzothiazole, Benzoxazole, and Chromen-4-one Analogues of the Potent Antitumor Agent 2-(3,4-Dimethoxyphenyl)-5-fluorobenzothiazole (PMX 610, NSC 721648). J. Med. Chem., 51(16): 5135–5139.

AIZPURUA, J. M., PALOMO, C. (1984). Reagents and Synthetic Methods. 27: Improved Synthesis of 2-Substituted-benzoxazoles Induced by Trimethylsilylpolyphosphate (PPSE). Soc. Chimique de France Bull., 142-144.

AKBAY, A., ÖREN, İ., TEMİZ, Ö., AKI-ŞENER, E., YALÇIN, İ. (2003). Synthesis and HIV-1 Reverse Transcriptase Inhibitor Activity of Some 2,5,6-Substituted-benzoxazole, Benzimidazole, Benzothiazole and Oxazolo(4,5-b)pyridine Derivatives. Arzneim.-Forsch./Drug Research, 53(4): 266-271.

AKGÜN, H., BALKAN, A., BİLGİN, A.A., ÇALIŞ, Ü.,GÖKHAN, N., DALKARA, S., ERDOĞAN, H., DEMİR EROL, D., ERTAN, M., ÖZKANLI, F., PALASKA, E., SARAÇ, S., ŞAFAK, C., TOZKOPARAN, B. (2004) Farmasötik Kimya, Hacettepe Üniversitesi, Ankara.

AKI-ŞENER, E. ve YALÇIN, İ. (2003). Kantitatif Yapı-Etki İlişkileri Analizleri (QSAR). Ankara Üniversitesi Basımevi.

AKI-ŞENER, E., ARPACI-TEMİZ, Ö., YALÇIN, İ., ALTANLAR, N. (2000). Synthesis and Microbiological Activity of Some Novel 5-Benzamido- and 5-phenylacetamido- substituted 2-phenylbenzoxazole Derivatives. Il Farmaco, 55: 397-405.

AKKAN, A.G. (1997). Antibiyotiklerin Sınıflandırılmaları. İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Sürekli Tıp Eğitimi Etkinlikleri Pratikte Antibiyotik Kullanımı Simpozyumu, 2-3 Mayıs 1997, İstanbul, s. 53-62.

AKMAN, M., GÜLMEZOĞLU, E. (1980). Tıbbi Mikrobiyoloji. Hacettepe Üniversitesi Yayınları / A-15, 3. Baskı.

ALANIS, A.J. (2005). Resistance to Antibiotics: Are we in the post-antibiotic era? Arc. of Med. Res., 36: 697-705.

ALBRECHT-GARY, A.M., BLANC, S., DAVID, L., JEMINET, G. (1994). Closely Related Ionophores Cezomycin and Calcimycin. Inorganic Chem., 33: 518-524.

ALLÉAUME, M., BARRANS, Y. (1985). Structure Cris Allimé du Complexe de Magnésium um de la Calcymycine (A 23187). Can. J. Chem., 63: 3482-3485.

ALPER-HAYTA, S., ARISOY, M., TEMIZ-ARPACI, O., YILDIZ, I., AKI, E., OZKAN, S., KAYNAK, F. (2008). Synthesis, Antimicrobial Activity, Pharmacophore Analysis of Some New 2-(Substitutedphenyl/benzyl)-5-[(2-benzofuryl)carboxamido]benzoxazoles. Eur. J. Med. Chem., 43(11): 2568-2578.

274

ANAND, M., RANJITHA, A., HIMAJA, M. (2011). Silica Sulfuric Acid Catalyzed Microwave-Assisted Synthesis of Substıtuted Benzoxazoles and their Antimicrobial Activity. International Research Journal of Pharmacy, 2(4): 211-213.

ARISOY, M., TEMIZ-ARPACI, O., YILDIZ, I., KAYNAK-ONURDAG, F., AKI, E., YALCIN, I., ABBASOGLU, U. (2008). Synthesis, Antimicrobial Activity and QSAR Studies of 2,5-Disubstituted Benzoxazoles. SAR and QSAR in Environmental Research, 19(5–6): 589-612.

ATWELL, G. J., REWCASTLE, G. W., BOGULEY, B. C., DENNY, W. A. (1989). Synthesis and Antitumour Activity of Topologically-related Analogues of flavonacetic acid. Anti-cancer Drug Design, 4: 161-169.

AVENTIS PHARMACEUTICALS (2001). KETEK™ (telithromycin), Briefing Document for the FDA Anti-Infective Drug Products Advisory Committee Meeting, Bridgewater, NJ, USA.

AYDIN, M. (2004). Candida Cinsi Mantarlar (Candida albicans). Tıp ve Diş Hekimliğinde Genel ve Özel Mikrobiyoloji. Konu 133. s:1109-1118. Güneş Yayınevi, Ankara.

BABAOGLU K., QI J., LEE R.E., WHITE S.W. (2004) Crystal structure of 7,8-dihydropteroate synthase from Bacillus anthracis: mechanism and novel inhibitor design. Structure, 12:1705–1717.

BABCOCK, D.F., DEBER, C.M., DEBONO, M., MOLLOY, R.M., PFEIFFER, D.R. (1980). Halo A 23187 Derivatives. U. S. 4, 227, 003, 07 Oct., Ref: CA: 94: 84099r, 1981.

BAHNER, C. T., RIVES, L. M., McGAHA, S. W., RUTLEDGE, D., FORD, D., GOOCH, E., WESTBERRY, D., ZIEGLER, D., ZIEGLER, R. (1981). Di- and Tri-methoxystyryl Derivatives of Heterocyclic Nitrogen Compounds. Arzneim.-Forsch., 31(3): 404-406.

BAL, Ç. (2006). Toplum Kökenli İnfeksiyonlarda Gram Negatif Çomak Direnci. Ankem Derg., 20(2): 278-281.

BALLIO, A. (1950). Bacteriostatic Activity of Thiol Compounds. Ricerca Sci., 20: 1268-1974, Ref: CA: 45: 3902i-1951.

BARNI, E., SAVARINO, P. (1977). 2-(Methylpyridyl or Quinolyl) benz-X-azoles(I). J. Heter. Chem., 14: 937-940.

BARNUM, D., GREENE, J., SMELLIE, A., SPRAGUE, P. (1996) Identification of common functional configurations among molecules. J Chem Inf Comput Sci 36:563–571.

BARTSCH, H., ERKER, T. ( 1991). Synthese und Biologische Aktivitat von 2-Substituierten 2-Ethylbenzoxazolen. Arch. Der. Pharm., 342(2): 79-82.

BECKETT, A.H., KERRIDGE, K.A. (1956). 4-Hydroxybenzazoles: Preparation and Antibacterial Activities. J. Pharm. Pharmacol, 8: 661-665.

BEVIS, M. J., FORBES, E. J., UFF, B. C. (1969). The Use of Polyphosphoric Acid in the Pomeranz-fritsch Synthesis of Isoquinolis. Tetrahedron, 25: 1585-1589.

BHARI, A., KALE, N. (1967). Cyclization of Acid Chlorides by Polyphosphoric Acid. Angew. Chem. Internat Edit., 6(12): 1086-1087.

BISTOCCHI, A., DE MEO, G., PEDINI, M., RICCI, A., PITZURRA, M., CAVALLO, R., SPOSINI, T., RICCARDI, C., JACQUIGNON, P. (1984). Nouveaux Derives Heterocycliques du Benzimidazole A'activité Germicide. Il Farmaco, 39(8): 660-673.

BİLGEHAN, H. (1986). Klinik Mikrobiyoloji, Özel Bakteriyoloji ve Bakteri Enfeksiyonları. Barış Yayınları Fakülteler Kitabevi, Bilgehan Basımevi, Bornova-İzmir.

BİLGEHAN, H. (1992). Klinik Mikrobiyoloji, Özel Bakteriyoloji ve Bakteri Enfeksiyonları. İzmir: Barış Yayınları Fakülteler Kitabevi.

BİLGEHAN, H. Klinik Mikrobiyoloji Özel Bakteriyoloji Ve Bakteri Enfeksiyonları (2000) Fakülteler Barış Yayınları, 10. Baskı, İzmir.

BLAIR, J.M.A., PIDDOCK, L.J.V. (2009). Structure, Function and Inhibition of RND Efflux Pumps in Gram-negative Bacteria: an Update. Current Opinion in Microbiology, 12(5): 512-519.

BOECKMAN, R,K., CHARETTE, A.B., ASBEROM, T., JOHNSTON, B.H. (1991). A Convergent General Synthetic Protocol for Construction of Spirocyclic Ketal Ionophores. J. Am. Chem. Soc., 113: 5337-5353.

BOEV, V. I., MASLENKOVA, T. N.,PILKO, E. I., LYUBICH, M. S., ALPEROVICH, M. A., DAEVA, E. D. (1990). Synthesis and Antimicrobial Activity of 5(6)-Isothiocyanatobenzazoles. Khim. Farm. Zh., 24(11): 40-44.

BÖHM H.-J., BRODE S., HESSE U., KLEBE G., (1996). Oxygen and nitrogen in competitive situations: Which is the hydrogen-bond acceptor? Chem. Eur. J,. 2: 1509-1513

275

BRAZ, G. I., MYASNIKOVA, G. V., YAKUBOVICH, A. Y. (1965). Synthesis of 2-Alkyl(aryl)-substituted-benzoxazoles from Imido Esters. Khim. Geterotsikl. Soedin, Akad. Nauk Latv. SSR, 1: 147., Ref: CA: 63: 5622f, 1965.

BRONZOVA, J., SAMPAIO, C., HAUSER, R.A., LANG, A.E., RASCOL, O., THEEUWES, A., VAN DE WITTE, S.V., VAN SCHARRENBURG, G. (2010). Double-Blind Study of Pardoprunox, a New Partial Dopamine Agonist, in Early Parkinson's Disease. Movement Disorders: Official Journal of the Movement Disorder Society, 25(6): 738–746.

BROOKS, B. R.; BRUCCOLERI, R. E.; OLAFSON, B. D.; STATES, D. J.; SWAMINATHAN, S.; KARPLUS, M. (1983). CHARMM: A program for macromolecular energy minimization and dynamics calculations. J. Comp. Chem. 4:187-217.

BROWN, D.J., DUNLOP, W.C., GRIGG, G.W., DANCKWERTS, L. (1978). Purine Analogues as Amplifiers of Phleomycin. III. Some 2-Alkylthio Derivatives of Imidazole, Benzimidazole, Benzoxazole and Benzothiazole. Aust. J. Chem., 31: 447-450.

BROWN, M.H., PAULSEN, I.T., SKURRAY, R.A. (1999). The Multidrug Efflux Protein NorM is a Prototype of a new Family of Transporters. Molecular Microbiology, 31(1): 393-395.

BRYSKIEV, A. (2000). Ketolides-telithromycin, an example of a new class of antibacterial agents. Clinical Microbiology and Infection, 6(12): 661-669.

BYWATER, W. G., COLEMAN, W. R., KAMM, O., MERRITT, H. H. (1945). Synthetic Anticonvulsants. The Preparation and Properties of Some Benzoxazoles. J. Ame. Chem. Soc., 67: 905-907.

CAO, K., TU, Y.-Q., ZHANG, F.-M. (2010). Synthesis of substituted benzoxazoles by the iron(III)-catalyzed aerobic oxidation process. Sci. China Chem., 53(1): 130-134.

CAVA, M. P., LAKSHMIKANTHAM, M. V., MITCHELL, M. J. (1969). The Synthesis of Caseadine Methyl Ether. J. Org. Chem., 34: 2665-2667.

CELMER, W.D., CULLEN, W.P., MAEDA, H., TONE, J. (1985). Polyether Antibiotic from Streptomyces. U. S. 4, 547, 523, 15 Oct, Ref: CA: 104: 49844h, 1986.

CHANCELLOR, D.R., DAVIES, K.E., DE MOOR, O., DORGAN, C.R., JOHNSON, P.D., LAMBERT, A.G., LAWRENCE, D., LECCI, C., MAILLOL, C., MIDDLETON, P.J., NUGENT, G., POIGNANT, S.D., POTTER, A.C., PRICE, P.D., PYE, R.J., STORER, R., TINSLEY, J.M., VAN WELL, R., VICKERS, R., VILE, J., WILKES, F.J., WILSON, F.X., WREN, S.P., WYNNE, G.M. (2011). Discovery of 2-Arylbenzoxazoles as Upregulators of Utrophin Production for the Treatment of Duchenne Muscular Dystrophy, J. Med. Chem., 54: 3241–3250.

CHANDRA, K.U., HARİPRİYA, M., SHAİK, M. (2010) 2D Qsar, Pharmacophore and Docking Studies Of Mycobacterium Tuberculosis Enoyl Acyl Carrier Proteın Reductase Inhibitors. Journal of Global Pharma Technology. 2(5): 73-89.

CHANEY, M.O., DEMARA, P.V., JONES, N.D., OCCOLOWITZ, J.L. (1974). THE Structure of A 23187, A Divalent Cation Ionophore. J. Ame. Chem. Soc., 96: 1932-1933.

CHEN, C.-J., WANG, I.-W., SHEU, H.-S., LEE, G.-H., LAI, C.K. (2011). Metallomesogens Derived from Benzoxazoles-salicylaldimine Conjugates. Tetrahedron, 67(42): 8120-8130.

CHEN, Y., ZENG, D.X. (2004). Study on Photochromic Diarylethene with Phenolic Schiff Base: Preparation and Photochromism of Diarylethene with Benzoxazole. J. Org. Chem., 69: 5037.

CHIKHI, A., BENSEGUENI, A. (2008) Comparative study of the efficiency of three protein-ligand docking programs. Journal of Proteomics & Bioinformatics, 1(3): 161-165.

CHUNG, Y.J., SAIER, M.H. Jr. (2001). SMR-type Multidrug Resistance Pumps. Curr. Opin. Drug Discov. Devel., 4(2): 237-245.

CIBA LTD (1967). 2-Phenylbenzoxazole Derivatives Cosmetic Ultraviolet Screens., Fr. 1, 494, 097, 08 Sep, Ref: CA: 70: 4101b, 1969.

CLARK, R. L., PESSOLONO, A. A., WITZEL, B., LANZA, T., SHEN, T. Y. (1978). 2-(Substituted-phenyl)oxazolo[4,5-b]pyridines and 2-(Substituted-phenyl)oxazolo(5,4-b)pyridines as Nonacidic Antiinflammatory Agents. J. Med. Chem., 21(11): 1158-1162.

276

CLAYTON, C.C. (1958) Effect of certain benzimidazoles and related compounds upon azo dye destruction by liver homogenates (23789). Proceed. Soc. Exp. Biol. Medic, 97:510-512.

CLIFFORD, D. P., EDWARDS, R. V., HEWSON, R. T. (1981). Synthesis and Plant Growth Regulatory Properties of Substituted-2-(2,2,2-trichloroethylideneamino)phenols, 2-(trichloromethyl)benzoxazoles and benzothiazoles. J. Agric. Food Chem., 29: 640-643.

CLSI, Clinical and Laboratory Standarts Institute (formerly NCCLS). (2006a). Performance Standarts for Antimicrobial Disk Susceptibility Testing: 16th Informational Supplement. CLSI M100-S16. Clinical and Laboratory Institute, 940 West Valley Road, Wayne, Pennsylvania, USA.

CLSI, Clinical and Laboratory Standarts Institute (formerly NCCLS). (2006b). Reference Method for Broth Dilution Antifungal Susceptibility Testing Yeast: Approved Standard, M27-A. Clinical and Laboratory Institute, 940 West Valley Road, Wayne, Pennsylvania, USA.

COHEN, N. C. (1996)Guidebook on Molecular Modeling in Drug Design. Academic Press Inc.,San Diago, California.

CONNELL, S.R., TRACZ, D.M., NİERHAUS, K.H., TAYLOR, D.E. (2003) Ribosomal Protection Proteins and Their Mechanism of Tetracycline Resistance. Antimicrobial Agents And Chemotherapy 47(12): 3675–3681.

COSSEY, H.D., GARTSIDE, R.N., STEPHENS, F.F. (1966). The Antimicrobial Activity of Benzothiazole Basic Ethers and Related Compounds. Arzneim.-Forsch., 16(1): 33-40.

COSSEY, H.D., SHARPE, C.J., STEPHENS, F.F. (1963). Some Antimicrobial Compounds in the Heterocyclic Series. Part III. Basic Ethers of the Benzothiazole and Benzoxazole Series. J. Chem. Soc., 4322-4330.

CRESP, T.M., PROBERT, C., SONDHEIMER, F. (1978). An Approach to the synthesis of Ionophores Related to A 23187. Tetrahedron Lett., 41: 3955-3958.

CROCKER, H. P., RAPER, W. G. C. (1969). Production of 2-Substituted-benzoxazoles. U. S., 3, 452, 036, 24 June.

CUTTING, W. C., ROBERT, M. D., DREISBACH, M. D., NEFF, B. J. (1948). Antiviral Chemotherapy: Further Trials. Stanford Bed. Bull., 6: 481-487.

ÇAKIR, B., UÇUCU, Ü., BÜYÜKBİNGÖL, E., ABBASOĞLU, U. (1989) Benzoxazoles, Bisbenzoxazole Derivatives Synthesis, Antifungal Activities and QSARs. Gazi Ecz. Fak. Der., 6(1): 15-21.

DAIDONE, G., MAGGIO, B., SCHILLACI, D. (1990). Salicylanilide and Its Heterocyclic Analogues. A Comparative Study of their Antimicrobial Activity. Pharmazie, 45(6): 441-442.

DE MEO, G., PEDINI, M., RICCI, A., BASTIANINI, L., SPOSINI, T., JACQUIGNON, P. C. (1989). Nuovi Derivati Eterociclici ad Attività Germicida. VI-sintesi ed Attività di Nuovi 2-Benzossazolil-2'-furani e-Tiofeni, Variamente Sostituiti in 5 e 5'. Il Farmaco, 44(5): 475-482.

DEBER, C.M., PFEIFFER, D.R. (1976). Ionophore A 23187, Solution Conformations of the Calcium Complex and Free Acid Deduced from Proton and Carbon-13 Nuclear Magnetic Resonance Studies. Biochemistry, 15(1): 132-141.

DEBONO, M., MOLLOY, R.M. (1980). Bromo-A 23187 Derivatives. U. S. 4, 227, 003, 07 Oct, Ref: CA: 94: 84100j, 1981.

DEBONO, M., MOLLOY, R.M., DORMAN, D.E..,PASCHAL, J.W., BABCOCK, D.F., DEBER, C.M., PFEIFFER, D.R. (1981). Synthesis and Characterization of Halogenated Derivatives of the Ionophore A 23187: Enchanced Calcium Ion Transport Specificity by the 4-Bromo Derivate. Biochemistry, 20: 6865-6872.

DELUCA, M.R., KERWIN, S.M. (1997). The para-Toluenesulfonic Acid-Promoted Synthesis of 2-Benzoxazoles and Benzimidazoles from Diacylated Precursors. Tetrahedron, 53(2): 457-464.

DEMİRAYAK, Ş., KİRAZ, N. (1993). Some Nitroimidazole Derivatives as Possible Antibacterial Agents. Il Farmaco, 48(3): 443-446.

DENNY, W. A., REWCASTLE, G. W., BAGULEY, B. C. (1990a). Potential Antitumor Agents, 59. Structure-Activity Relationships for 2-Phenylbenzimidaxole-4-carboxamides, A New Class of Minimal DNA-Intercalating Agents which may not Act via Topoisomerase II. J. Med. Chem., 33: 814-819.

277

DENNY, W. A., TURNER, P. M., ATWELL, G. J., REWCASTLE, G. W., FERGUSON, L. R. (1990b). Structure-Activity Relationships for the Mutagenic Activity of Tricyclic Intercalating in Salmonella Typhimurium. Mutation Research, 232(2): 233-241.

DESAI, R. D., HUNTER, R. F., KHALIDI, R. K. (1934). The Unsaturation and Tautomeric Mobility of Heterocyclic Compounds. Part V. Benzoxazoles. J. Chem. Soc., 1186-1190.

DICKORE, K., SASSE, K., BODE, K. D. (1970). Benzoxazole-2-carbonsaure Derivative aus 2,3-Dioxo-1,4-benzoxazinen. Liebigs. Ann. Chem., 733: 70-87.

DIEZ-MARTIN, D., KOTECHA, N.R., LEY, S.V., MANTEGANI, S., MENENDEZ, J.C., ORGAN, H.M., WHITE, A.D. (1992). Total Syntesis of the Ionophore Antibiotic CP-61,405 (Routiennocin). Tetrahedron, 48(37): 7899-7938.

DISCOVERY STUDIO 2.1. Accelrys, Inc. (2009). DISCOVERY STUDIO 3.1. Accelrys, Inc. (2012). DOLBIER, W.R., BURKHOLDER, C.R., MEDEBIELLE, M. (1999). Syntheses of 2-

(bromodifluoromethyl)benzoxazole and 5-(bromodifluoromethyl)-1,2,4-oxadiazoles. Journal of Fluorine Chemistry, 95:(1-2) 127-130.

DONG, J.Q., LIU, J., SMITH, P.C. (2005). Role of Benoxaprofen and Flunoxaprofen Acyl Glucuronides in Covalent binding to Rat Plasma and Liver Proteins in vivo. Biochemical Pharmacology, 70(6): 937–948.

DORSEY, B.D., LEVIN, R.B. MCDANIEL, S.L., VACCA, J.P., GUARE, J.P., DARKE, P.L., ZUGAY, J.A., EMINI, E.A., SCHLEIF, W. A. QUINTERO, J.C., LIN, J.H., CHEN, W., HOLLOWAY, K.M., FITZGERALD, P.M.D., AXEL, M.G., OSTOVIC, D., ANDERSON, P.S., HUFF, J.P. (1994) L-735,524: The Design of a Potent and Orally Bioavailable HIV Protease Inhibitor. Journal of Medicinal Chemistry, 37(21):3443-3451

DOWNER-RILEY, N.K., JACKSON, Y.A. (2007). Iodine-mediated Cyclisation of Thiobenzamides to produce Benzothiazoles and Benzoxazoles. Tetrahedron,63: 10276-10281.

DRUG INFORMATION ONLINE, DRUGS.COM (2011). Phase I Study with uPA Inhibitor WX-UK1 Successfully Completed. Erişim: [http://www.drugs.com/clinical_trials/phase-study-upa-inhibitor-wx-uk1-successfully-completed-3256.html]. Erişim Tarihi: 25.10.2011

DRYANSKA, V., IVANOV, C. (1980). Michael Condensation of 2-Benzylbenzazoles. Synthesis, 317-318.

DUENNENBERGER, M., MAEDER, E., SIEGRIST, A.E., LIECHTI, P. (1965). New 2-Phenylbenzoxazoles as skin-protective agents toward ultraviolet radiation, Ger. 1,201,953, 30 Sept., Ref:CA:64:5099e, 1966.

DUNCIA, J.V., CARINI, D.J., CHIU, A.T., JOHNSON, A.L., PRICE, W.A., WONG, P.C., Wexler, R.R., TIMMERMA, P.M.W.M. (1992) The discovery of DuP 753, a potent, orally active nonpeptide angiotensin II receptor antagonist. Medicinal Research Reviews 12(2):149–191.

DUNCIA, J.V., CHIU, A.T., CARINI, D.J., GREGORY, G.B., JOHNSON, A.L., PRICE, W.A., WELLS, G.J., WONG, P.C., CALABRESE, J.C., TIMMERMA, P.M.W.M. (1990) The discovery of potent nonpeptide angiotensin II receptor antagonists: a new class of potent antihypertensives J. Med. Chem., 33(5): 1312–1329.

DUNN, G. L., ACTOR, P., DIPASQUA, V. J. (1966). Antiparasitic Agents. I. 2-(Nitro-heterocyclic)benzimidazoles, Benzoxazoles and Benzothiazoles. J. Med. Chem., 9: 751-753.

DUNWELL, D. W., EVANS, D. (1977). Synthesis and Atiinflammatory Activity of Some 2-Aryl-6-Benzoxazoleacetic Acid Derivatives. J. Med. Chem., 20: 797-801.

DUNWELL, D. W., EVANS, D., HICKS, T. A. (1975). 2-Aryl-5-Benzoxazoleacetic Acid Derivatives with Notable Antiinflammatory Activity. J. Med. Chem., 18: 53-58.

DURANTE-MANGONI, E., GRAMMATIKOS, A., UTILI, R., FALAGAS, M.E. (2009) Do we still need the aminoglycosides? International Journal of Antimicrobial Agents 33: 201–205.

DŽIDIĆ, S., ŠUŠKOVIĆ, J., KOS, B. (2008). Antibiotic Resistance Mechanisms in Bacteria: Biochemical and Genetic Aspects. Antibiotic Resistance in Bacteria, Food Technol. Biotechnol., 46(1): 11–21.

278

ECKSTEIN, Z., HETNARSKI, B., URBANSKI, T. (1958). Chemical Compounds as Fungicides. II. 3-Alkyl Mercuri- and 3-Phenylmercuri-2-benzoxazolinones and -6-Halo-2-benzoxazolinones. III. 5-Alkylmercuri- and 5-Phenylmercuri-2-mercaptobenzimidazoles and -2-Mercaptobenzoxazoles. Przemyst. Chem., 37: 44-46, 160-161, Ref: CA: 52: 3239b, Ref: CA: 52: 13173d, 1958.

EISENBRAUN, E. J., HINMAN, C. W., SPRINGER, J. M.,BURNHOM, J. W., CHOU, T. S., FLANAGAN, P. W., HAMMING, M. C. (1971). The Synthesis of Polyalkyl-1-tetralones and the Corresponding Naphthalanes. J. Org. Chem., 36(17): 2480-2485.

ELNIMA, E. I., ZUBAIR, M. U., AL-BADR, A. A. (1981). Antibacterial and Antifungal Activities of benzimidazole and benzoxazole derivatives. Antimicrobial Agents Chemother., 19(1): 29-32, Ref: CA: 94: 133032z, 1981.

EL-SHEIKH, M. I., MARKS, A., BIEHL, E. R. (1981). Investigation of the Synthesis of Benzoxazole via Aryne Reaction. J. Org. Chem., 46: 3256-3259.

ENDE, C.W.am, KNUDSON, S.E., LIU, N., CHILDS, J., SULLIVAN, T.J., BOYNE, M., Xu, H., GEGINA, Y., KNUDSON, D.L., JOHNSON, F., PELOQUIN, C.A., SLAYDEND, R.A., TONGE, P.J. (2008). Synthesis and in vitro Antimycobacterial Activity of B-ring Modified Diaryl Ether InhA Inhibitors. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 18(10): 3029-3033.

ERTAN, T., YILDIZ, I., TEKINER-GULBAS, B., BOLELLI, K., TEMIZ-ARPACI, O., OZKAN, S., KAYNAK, F., YALCIN, I., AKI, E. (2009). Synthesis, Biological Evaluation and 2D-QSAR Analysis of Benzoxazoles as Antimicrobial Agents. European Journal of Medicinal Chemistry, 44(2): 501-510.

ERTUĞRUL, M.B., GÜLTEKİN, B., UYAR, G., ÖNCÜ, S., SAKARYA, S. (2006). Amfoterisin-B’ye Dirençli C. krusei’de Kaspofungin Kullanımı Çözüm Olabilir mi? Olgu Eşliğinde Tartışma. Ankem Derg., 20(1): 31-33.

EVANS, D., DUNWELL, D. W., HICKS, T. A. (1972). o-Aminophenol Derivatives. U. S. 1, 435, 722, 18 May.

EVANS, D., DUNWELL, D. W., HICKS, T. A. (1975). Synthesis and Antiinflammatory Activity of Some 2-Heteroaryl-α-methyl-5-benzoksazoleacetic Acids. J. Med. Chem., 18: 1158-1159.

EVANS, D., SMITH, C. E., WILLIAMSON, W. R. N., (1977). Synthesis and Antiinflammatory Activity of Some 2-Substituted 4- and 7-Benzoksazoleacetic and α-Methylacetic Acids. J. Med. Chem., 20(1): 169-171.

EVANS, D.A., SACKS, C.E., WHITNEY, R.A., MANDEL, N.G. (1978). Studies Directed Towards the Total Synthesis of the Ionophore Antibiotic A 23187. Tetrahedron Letters, 8: 727-730.

FIESER, M., FIESER, L. F. (1973). Polyphosphoric Acid. Reagents for Organic Synthesis. 1: 894-905.

FINEGOLD, S.M., MARTIN, W.J. (1982). Diagnostic Microbiology, Sixth Edition. The CV. Mosby Company St. Lovis. Toronto, London.

FİDAN, I., ÇETİN-GÜRELİK, F., YÜKSEL, S., SULTAN, N. (2005). Pseudomonas aeruginosa Suşlarında Antibiyotik Direnci ve Metallo-Beta-Laktamaz Sıklığı. Ankem. Derg., 19(2): 68-70.

FİDANCI, U.R. (2011). Yağ Asitlerinin Biyosentezi. Erişim: [http://80.251.40.59/veterinary.ankara.edu.tr/fidanci/]. Erişim Tarihi: 14.12.2011

FLUIT, A.C., FLORIJN, A., VERHOEF, J., MILATOVIC, D. (2005). Presence of Tetracycline Resistance Determinants and Susceptibility to Tigecycline and Minocycline. Antimicrobial Agents And Chemotherapy, 49(4): 1636-1638.

FOKKEN, B., WOOSSMANN, D., BRAUNIGER, H., PESEKE, K., KRISTEN, H. (1977). Beitrag zur Darstellung von Verbindungen mit Amidino- bzw. Amidoximstruktur. Pharmazie, 32(10): 566-569.

FRANCIOLLI, M., BILLE, J., GLAUSER, M.R., MOREILLON, P. (1991) β-Lactam Resistance Mechanisms of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus. J Infect Dis. 163 (3): 514-522.

GALATIS, L. C. (1948). Preparation of 2-Phenylbenzoxazole. J. Ame. Soc., 70: 1967. GARCIA, I., PASCUAL, A., BALLESTA, S., DEL CASTILLO, C., PEREA, E.J. (2003).

Accumulation and Activity of Cethromycin (ABT-773) within Human Polymorphonuclear Leucocytes. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 52(1): 24-28.

279

GARNER, R., MULLOCK, E. B., SUSCHITZKY, H. (1966). Synthesis of Heterocyclic Compounds Part XIV. Oxazoles from the pyrolysis of Aryl Azidesin A Mixture of A Carboxylic and Polyphosphoric Acid. J. Chem. Soc. (C), 1980-1983.

GEORGE, B., PAPADOPOULOS, E. P. (1977). Heterocycles from N-Ethoxycarbonyl Thioamides and Dinucleophilic Reagents. 2. Five-Membered Rings Containing Two Heteroatoms at 1,3 Positions. J. Org. Chem., 42(3): 441-443.

GERSHON, H., CLARKE, D. D., GERSON, M. (1993). Reexamination of the Thermolytic Rearrangement of 4-Halophenyl Azides to 2-Aminophenols and Other Products. Monatshefte fur Chemie, 124(4): 367-379.

GHANNOUM, M.A., RICE, L.B. (1999). Antifungal Agents: Mode of Action, Mechanisms of Resistance, and Correlation of These Mechanisms with Bacterial Resistance. Clin. Microbiol. Rev.,Clin. Microbiol. Rev., 12(4): 501-517.

GIDA MİKROBİYOLOJİSİ VE UYGULAMALARI, (2000). Genişletilmiş 2. Baskı; Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi Gıda Mühendisliği Bölümü yayını. Sim Matbaası, Ankara 522 s 17. Bölüm.

GONZÁLEZ-CHÁVEZ, M. M., MÉNDEZ, F., MARTINEZ, R., PÉREZ-GONZÁLEZ, C., MARTINEZ-GUTIÉRREZ, F. (2011). Design and Synthesis of Anti-MRSA Benzimidazolylbenzenesulfonamides. QSAR Studies for Prediction of Antibacterial Activity. Molecules, 16: 175-189.

GREENE, J., KAHN, S., SAVOJ, H., SPRAGUE, P., TEIG, S. (1994) Chemical Function Queries For 3D Database Search. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 34: 1297-1308.

GREER, J., ERICKSON, J.W., BALDWIN, J.J., VARNEY, M.D. (1994) Application of the Three-Dimensional Structures of Protein Target Molecules in Structure-Based Drug Design. J. Med. Chem., 37(8):1035–1054.

GRESH, N. (1986). The Effect of 3- and 4- Ring Substituents on the Cation Binding Properties of the 1-Carboxybenzoxazole Ring. Nouv. J. Chim., 10: 201-204.

GÜLAY, Z. (2003). Hücre Duvar Sentezini etkileyen Antibakteriyeller. ANKEM Derg., 17(3): 192-204.

HAANSUU, J.P. (2002). Demethyl (C-11) Cezomycin: A Novel Antibiotic from the Symbiotic, N2-Fixing Actinomyces Frankia. Faculty of Science Department of Biosciences Division of General Microbiology, Graduate School in Microbiology Viiki Graduate School Biosciences University of Helsinki, Academic Dissertation in General Microbiology.

HAANSUU, J.P., KLIKA, K.D., OCHAVERANKO, V.V., PIHLAJA, K., HAATELA, K.K., VOURELA, P.M. (2001): Isolation and Biological Activity of Frankamide. J. of Indst. Mic. & Biotech., 27: 62-66.

HABENS, F., SRINIVASAN, N., OAKLEY, F., MANN, D.A., GANESAN, A., PACKHAM, G. (2005). Novel Sulfasalazine Analogues with Enhanced NF-kB Inhibitory and Apoptosis Promoting Activity. Apoptosis, 10(3): 481-491.

HAHN, M. (1995) Receptor Surface Models. 1. Definition and Construction. J. Med. Chem., 38(12): 2080–2090.

HAHN, M. (1997) Three-Dimensional Shape-Based Searching of Conformationally Flexible Compounds. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 37(1):80–86.

HAMER, F. M. (1959). Some Chain-Substituted Methincyanines and Styryl Dyes. J. Chem. Soc., 1480-1498.

HARSANYI, K., TÖFFLER, F. (1964). Reazione Delle Acilcianammidi. Nuova Sintesi dei 2-Acilammino-benzossazol-derivati. Ann. Chim. Rome, 54(11): 1060-1065.

HASKELL, T. H., PETERSON, F. E., WATSON, D., PLESSAS, N. R., CULBERTSON, T. (1970). Neuraminidase Inhibition and Viral Chemotherapy. J. Med. Chem., 13: 97-704.

HEATH, R.J., LI, J., ROLAND, G.E., ROCK, C.O. (2000). Inhibition of the Staphylococcus aureus NADPH-dependent Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase by Triclosan and Hexachlorophene. The Journal of Biological Chemistry, 275(7): 4654-4659.

HEATH, R.J., ROCK, C.O. (1995). Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase (FabI) Plays a Determinant Role in Completing Cycles of Fatty Acid Elongation in Escherichia coli. The Journal of Biological Chemistry, 270(44): 26538-26542.

HEATH, R.J., RUBIN, J.R., HOLLAND, D.R., ZHANG, E., SNOW, M.E., ROCK, C.O. (1999). Mechanism of Triclosan Inhibition of Bacterial Fatty Acid Synthesis. The Journal of Biological Chemistry, 274(16): 11110-11114.

280

HEGDE, V.S., KOLAVI, G.D., LAMANI, R.S., KHAZI, I.A.M. (2007). Dimethyldithioimido carbonates-Mediated Heterocyclizations: Synthesis of Imidazolidines and Benzheterocycles as Potent Antitubercular Agents. Phosphorus, Sulfur, and Silicon, 182(4): 911–920.

HEIN, D. W., ALHEIM, R. J., LEAVITT, J. J. (1957). The Use of Polyphosphoric Acid in the Synthesis of 2-Aryl- and 2-Alkyl-substituted-benzimidazoles and Benzothiazoles. J. Ame. Chem. Soc., 79: 427-429.

HEINDL, J., SCHROEDER, E., KELM, H.W. (1975). Chemotherapeutic nitro-heterocycles. XX. Substituted-2-nitro-1,3,4-thiadiazole. Chem.-Chim. Ther. 10(2): 121-124, Ref: CA: 83: 164088z, 1975.

HENRICH, F. (1921). Über einen Zusammenhang zwischen Fluorescenz und Chemischer Konstitution bei Benzoxazol-Derivaten. Ber., 54B: 2492-2511.

HEVENER, K.E., YUN, M.K., QI, J., KERR, I.D., BABAOGLU, K., HURDLE, J.G., BALAKRISHNA, K., WHITE, S.W., LEE, R.L. (2010) Structural Studies of Pterin-Based Inhibitors of Dihydropteroate Synthase. J Med Chem. 14; 53(1): 166–177.

HEVENER, K.E., ZHAO, W., BALL, D.M., BABAOGLU, K., QI, J., WHITE, S.W., LEE, R.L. (2009) Validation of Molecular Docking Programs for Virtual Screening against Dihydropteroate Synthase. J. Chem. Inf. Model. 49: 444–460.

HIGGINBOTTOM, R., SUSCHITZKY, H. (1962). Synthesis of Heterocyclic Compounds. Part III. Cyclization of o-Nitrophenyl Oxygen Ethers. J. Chem. Soc., 2367-2370.

HIRASHIMA, A., EIRAKU, T., WATANABE, Y., KUWANO, E., TANIGUCHI, E., ETO, M. (2001) Identification of novel inhibitors of calling and in vitro [14C]acetate incorporation by pheromone glands of Plodia interpunctella. Pest Manag Sci, 57:713–720.

HIRASHIMA, A., MORIMOTO, M., OHTA, H., KUWANO, E., TANIGUCHI, E., ETO, M. (2002). Three-Dimensional Common-Feature Hypotheses for Octopamine Agonist 1-Arylimidazolidine-2-Thiones. International Journal of Molecular Sciences, 3: 56-68.

HISANO, T., ICHIKAWA, M., TSUMOTO, K., TASAKI, M. (1982). Synthesis of Benzoxazoles, Benzothiazoles and Benzimidazoles and Evalution of their Antifungal, Insecticidal and Herbicidal Activities. Chem. Pharm. Bull., 30: 2906-3004.

HOEHN, M. M., MICHEL, K. H., (1982). Antibiotic A-33853. U. S. 4, 293, 649, 06 Oct., Ref: CA: 96: 33349f, 1982.

HOHMANN, C., SCHNEIDER, K., BRUNTNER, C., IRRAN, E., NICHOLSON, G., BULL, A.T., JONES, A.L., BROWN, R., STACH, J.E.M., GOODFELLOW, M., BEIL, W., KRÄMER, M., IMHOFF, J.F., SÜSSMUTH, R.D., FIEDLER, H.-P. (2009). Caboxamycin, a New Antibiotic of the Benzoxazole Family Produced by the Deep-Sea Strain Streptomyces sp. NTK 937. The Journal of Antibiotics, 1-6.

HOJATI, S.F., MALEKI, B., BEYKZADEH, Z. (2011). 1,3-Dibromo-5,5-dimethylhydantoin as an Efficient Homogeneous Catalyst for Synthesis of Benzoxazoles, Benzimidazoles, and Oxazolo[4,5-b]pyridines. Monatsh Chem., 142: 87-91.

HOLT, P. A., CHAIRES, J. B., TRENT, J. O. (2008). Molecular Docking of Intercalators and Groove-Binders to Nucleic Acids Using Autodock and Surflex. J. Chem. Inf. Model., 48: 1602-1615.

HÖLLJES, E. L., WAGNER, E. C. (1944). Some Reactions of Nitriles as Acid anammonides. J. Org. Chem., 9: 31-49.

HUANG, S.T., HSEI, I.J., CHEN, C. (2006). Synthesis and Anticancer Evaluation of Bis(benzimidazoles), Bis(benzoxazoles) and Bis(benzothiazoles). Bioorganic and Medicinal Chemistry, 14: 6106-6119.

HÜNİG, S., SCHEUTZAW, D., SCHLAF, H., QUAST, H. (1972). Synthese Heterocyclish Tetrasubstituierter Athylene und Ihrer Höheren Oxidationsstufen. Liebigs Ann. Chem., 765: 110-125.

IIZUKA, M., YAMAMOTO, M., MATSUMURA, J. (1963). Oxazole Compounds. Japan 1426(67), Jan 24, Appl. Dec. 12, 1963, Ref: CA: 66: 95028q, 1967.

JAIN, A. N. (2007). Surflex-Dock 2.1: robust performance from ligand energetic modeling, ring flexibility, and knowledge-based search. J. Comput.- Aided Mol. Des., 21: 281–306.

281

JAUHARI, P.K., BHAVANI, A., VARALWAR, S., SINGHAL, K., RAJ, P. (2008). Synthesis of Some Novel 2-Substituted Benzoxazoles as Anticancer, Antifungal, and Antimicrobial Agents. Med. Chem. Res., 17(2-7): 412-424.

JIANG, J., TANG, X., DOU, W., ZHANG, H., LIU, W., WANG, C., ZHENG, J. (2010). Synthesis and Characterization of the Ligand based on Benzoxazole and its Transition Metal Complexes: DNA-binding and Antitumor Activity. Journal of Inorganic Biochemistry, 104(5): 583–591.

JORDAN, A.D., LUO, C., REİTZ, A.B. (2003) Efficient Conversion of Substituted ArylThioureas to 2-Aminobenzothiazoles Using Benzyltrimethylammonium Tribromide . J. Org. Chem, 68: 8693-8696.

JUNG, F., DELVARE, C., BOUCHEROT, D., HAMON, A. (1991). Synthesis and Structure-Activity Relationship of New Cephalosporins with Amino Heterocycles at C-7. Depedence of the Antibacterial Spectrum and β-Lactamase Stability on the pKa of the C-7 Heterocycle. J. Med. Chem., 34: 1110-1116.

KANAOKA, Y., HAMADA, T., YONEMITSU, O. (1970). Polyphosphate Esther as A Synthetic Agent. XIII. Synthesis of 2-Substituted-benzoxazoles and Benzothiazoles with PPE. Chem. Pharm. Bull., 18(3): 587-590.

KANAOKA, Y., SATO, E., YONEMITSU, O., BAN, Y. (1964a). Bischler-Napieralski Reaction by means of Polyphosphate Esters and Synthesis of 5H-2-Benzazepine Derivatives. Tetrahedron Letters, 35: 2419-2422.

KANAOKA, Y., YONEMITSU, O., TANIZAWA, K., BAN, Y. (1964b). Polyphosphate Esters as Synthetic Reagent. I. Synthesis of 2-Substituted-benzimidazoles. Chem. Pharm. Bull., 12(7): 773-778.

KARLSSON, H.J., BERGQVIST, M.H., LINCOLN, P., WESTMAN, G. (2004). Syntheses and DNA-binding Studies of a Series of Unsymmetrical Cyanine Dyes: Structural Influence on the Degree of Minor Groove Binding to Natural DNA. Bioorganic & Medicinal Chemistry, 12: 2369–2384.

KATRITZKY, A.R., SINGH, S.K. (2003). Microwave-Assisted Heterocyclic Synthesis. Arkivoc, (xiii)68-86.

KATZ, L., COHEN, M. S. (1954). Benzoxazole Derivatives. II. 2-(Dialkylaminoalkyl) mercaptobenzoxazoles. J. Org. Chem., 19: 767-772.

KEENAN R.M., WEINSTOCK,J., J., FINKELSTEIN, FRANZ, R.G, GAITANOPOULOS, D.E., GIRARD, G.R., HILL, D.T., MORGAN, T.M., SAMANEN, J.M. (1993) Potent nonpeptide angiotensin II receptor antagonists. 2. 1-(Carboxybenzyl)imidazole-5-acrylic acids. J. Med. Chem., 36(13): 1880–1892.

KHAN, R. H., RASTOGI, R. C. (1989). Synthesis and Biological Activity of 2-(4-Aryl-2-thiazolylamino)benzothiazoles/ benzoxazoles/ benzimidazoles/ imidazolidines. Indian Jour. Chem. Sect. B., 28B(6): 529-531.

KIM, JI-H., LEE, J. K. (2001). Hydroxy-substituted-polyenaminonitrile as A Soluble Precursor for Righid-Rod Polybenzoxazole. Bull. Korean Chem. Soc., 22(9): 999-1004.

KIM, S., SOHN, J., PARK, S. Y. (1999). Synthesis of Liquid Crystalline Monomers and Side-chain Polymers Containing 2-Phenylbenzoxazole in Mesogenic Unit. Bull. Korean Chem., 20(4): 473-477.

KISSMAN, H. M., FARNSWORTH, D. W., WITKOP, B. (1952). Fischer Indole Synthesis with Polyphosphoric Acid. J. Ame. Chem. Soc., 74: 3948-3949.

KITAGAWA, H., KUMURA, K., TAKAHATA, S., IIDA, M., ATSUMI, K. (2007). 4-Pyridone Derivatives as New Inhibitors of Bacterial Enoyl-ACP Reductase FabI. Bioorganic & Medicinal Chemistry, 15(2): 1106-1116.

KITCHEN, D.B., DECORNEZ, H., FURR, J.R., BAJORATH, J. (2004) Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: methods and applications. Nature Reviews Drug Discovery, 3:935-949.

KLIKA, K.D., HAANSU, J.P., OCHAVERANKO, V.V., HAATELA, K.K., VOURELA, P.M., PIHLAJA, K. (2001): Frankamide a Highly Unusual Macrocycle Containing the Imide and Orthoamide Functionalities from the Symbiotic Actinomycete Frankia., J. Org. Chem., 66: 4065-4068.

282

KOČΊ, J., KLIMESOVA, V., WAISSER, K., KAUSTOVΆ, J., DAHSE, H.-M., MÖLLMANN, U. (2002). HETEROCYCLİC Benzazole Derivatives with Antimycobacterial in vitro Activity. Bioorg. Med. Chem. Lett., 12: 3275-3278.

KOLAVI, G., HEGDE, V., KHAZI, I.A. (2006). Heterocycles Derived from Dimethyldithioimidocarbonates of thiadiazole and thiazole. Journal of Sulfur Chemistry, 27(3): 1-7.

KRÁTKÝ, M., VINSOVÁ, J., VOLKOVÁ, M., BUCHTA, V., TREJTNAR, F., STOLARIKOVÁ, J. (2012) Antimicrobial activity of sulfonamides containing 5-chloro-2- hydroxybenzaldehyde and 5-chloro-2-hydroxybenzoic acid scaffold. European Journal of Medicinal Chemistry xxx (in press)1-8.

KUMAR, A., KUMAR, D. (2007). Synthesis and Antimicrobial Activity of Metal Complexes from 2-(1'/2'-Hydroxynaphthyl)benzoxazoles. Arkivoc, XIV: 117-125.

KUMAR, D., JACOB, M. R., REYNOLDS, M. B., KERWIN, S. M. (2002). Synthesis and Evaluation of Anticancer Benzoxazoles and Benimidazoles Related to UK-1. Bioorg. Med. Chem., 10: 3997-4004.

KUMAR, R., NAIR, R.R., DHIMAN, S.S., SHARMA, J., PRAKASH, O. (2010). Iodine (III)-mediated Synthesis of Some 2-Aryl/hetarylbenzoxazoles as Antibacterial/antifungal Agents. Med. Chem. Res., 19: 541-550.

KUMAR, S., PEARSON, A.L., PRATT, R.F. (2001). Design, Synthesis, and Evaluation of α-Ketoheterocycles as Class C β-Lactamase Inhibitors. Bioorganic & Medicinal Chemistry, 9: 2035–2044.

KUROYANAGI, J., KANAI, K., HORIUCHI, T., TAKESHITA, H., ACHIWA, I., YOSHIDA, K., NAKAMURA, K., KAWAKAMI, K. (2011) Structure–Activity Relationships of 1,3-Benzoxazole-4-carbonitriles as Novel Antifungal Agents with Potent in Vivo Efficacy. Chem. Pharm. Bull. 59(3) 341-352.

KUROYANAGI, J., KANAI, K., SUGIMOTO, Y., HORIUCHI, T., ACHIWA, I., TAKESHITA, H., KAWAKAMI, K. (2010) 1,3-Benzoxazole-4-carbonitrile as a novel antifungal scaffold of b-1,6-glucan synthesis inhibitors. Bioorganic & Medicinal Chemistry, 18:7593–7606.

KUYUCU, N. (2007). Antibiyotik Direnci. J. Pediatr. Inf., 1(1): 33-38. LACASSIN, F., DAMOND, F., CHOCHILLON, C., LONGUET, P., LEBRAS, J., VILDE, J.-L.,

LEPORT, C. (1996). Response to Fluconazole by 23 Patients with Human Immunodeficiency Virus Infection and Oral Candidiasis: Pharmacological and Mycological Factors. Antimic. Agents Chemother., 40(8): 1961-1963.

LADENBURG, A. (1876). Derivate des Orthotoluidins. Ber., 9: 1525-1530. LAGE, H., AKI-SENER, E., YALCIN, I. (2006). High Antineoplastic Activity of New

Heterocyclic Compounds in Cancer Cells with Resistance against Classical DNA Topoisomerase II-Targeting Drugs. Int. J. Cancer, 119: 213–220.

LAI, C., GUM, R.J., DALY, M., FRY, E.H., HUTCHINS, C., ABAD-ZAPATERO, C., von GELDERN, T.W. (2006). Benzoxazole benzenesulfonamides as allosteric inhibitors of fructose-1,6-bisphosphatase. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 16: 1807–1810.

LAIDLAW, G. M., COLLINS, J. C., ARCHER, S., SCHULENBERG, J. W. (1973). The Synthesis of Hycantone. J. Org. Chem., 38(9): 1743-1745.

LAMBERT, P.A. (2005). Bacterial Resistance to Antibiotics: Modified Target Sites. Advanced Drug Delivery Reviews, 57: 1471-1485.

LAZER, E. S., MIAO, C. K., WONG, H. C., SORCEK, R., SPERO, D. M., GILMAN, A., PAL, K. (1994). Benzoxazolamines and Benzothiazolamines: Patent Enantioselective Inhibitors of Leukotriene Biosynthesis with A Novel Mechanism of Action. J. Med. Chem., 37: 913-923.

LEE, J.J., KIM, J., JUN, Y.M., LEE, B.M., KIM, B.H. (2009). Indium-mediated One-pot Synthesis of Benzoxazoles or Oxazoles from 2-Nitrophenols or 1-Aryl-2-nitroethanones. Tetrahedron, 65: 8821-8831.

LENGAUER,T., RAREY, M. (1996). Computational methods for biomolecular docking. Current Opinion in Structural Biology, 6(3): 402–406

LEVINSON, W.E. (2004). Medical Microbiology and Immunology. McGraw-Hill/Appleton & Lange, 8 ed. p.:156, ISBN 0-07-111472-6.

283

LEVY, S.B., MARSHALL, B. (2004) Antibacterial resistance worldwide:causes, challenges and responses. Nature Medicine Supplement 10(12): 122-129.

LIBERMAN, D., RIST, N., GRUMBACH, F., CALS, S., MOYEUX, M., ROUAIX, A. (1958). Bull. Soc. Chim. Fr., 52: 687.

LOMOVSKAYA, O., BOSTIAN, K.A. (2006). Practical Applications and Feasibility of Efflux Pump Inhibitors in the Clinic—A Vision for Applied Use. Biochemical Pharmacology, 71(7): 910-918.

LOMOVSKAYA, O., WATKINS, W. (2001). Inhibition of Efflux Pumps as a Novel Approach to Combat Drug Resistance in Bacteria. J. Mol. Microbiol. Biotechnol., 3(2): 225-236.

LOZANO, C. M., COX, O., MUIR, M. M., MORALES, J. D., RODRIGUES-CABAN, J. L., VIVAS-MEJIA, P. E., GONZALEZ, F. A. (1998) Cytotoxic Anionic Tribromoplatinum(II)complexes Containing Benzothiazole and Benzoxazole Donors: Synthesis, Characterization and Structure-Activity Correlation. Inorganica Chimica Acta., 271: 137-144.

LU, H., TONGE, P.J. (2008). Inhibitors of FabI, an Enzyme Drug Target in the Bacterial Fatty Acid Biosynthesis Pathway. Accounts Of Chemical Research, 41(1): 11-20.

LU, H., TONGE, P.J. (2010). Mechanism and Inhibition of the FabV Enoyl-ACP Reductase from Burkholderia mallei. Biochemistry, 49(6): 1281-1289.

MAHAMOUD, A., CHEVALIER, J., ALIBERT-FRANCO, S., KERN, W.V.,PAGÈS, J.-M. (2007). Antibiotic Efflux Pumps in Gram-negative Bacteria: the Inhibitor Response Strategy. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 59(6): 1223-1229.

MAHMOUD, A.M., EL-EZBAWY, S. R., ABDELWAHAP, A.A., EL-SHERIEF, H.A. (1982). Synthesis of Some New Aryl- and Aralkylmercaptobenzoxazoles, -benzimidazoles and benzothiazoles of Biological Interest. Acta Pharm. Jugosl., 32: 45-51, Ref: CA: 97: 6219c, 1982.

MALLÉA, M., MAHAMOUD, A., CHEVALIER, J., ALIBERT-FRANCO, S., BROUANT, P., BARBE, J., PAGÈS, J.-M. (2003). Alkylaminoquinolines inhibit the Bacterial Antibiotic Efflux Pump in Multidrug-Resistant Clinical Isolates. Biochem. J., 376: 801-805.

MARADOLLA, M.B., ALLAM, S.K., MANDHA, A., CHANDRAMOULI, G.V.P. (2008). One Pot Synthesis of Benzoxazoles, Benzthiazoles and Benzimidazoles from Carboxylic Acids using Ionic Liquids. Arkivoc, XV: 42-46.

MARCOS-FERNANDEZ, A., LOZANO, A.E., ABAJO, J., CAMPA, J. (2001). Novel Aromatic Polyamides with 1,3-Benzoxazole Groups in the Main Chain. 1. Polymers Derived from 2-(4-Carboxyphenyl)benzoxazole-5- and 6-Carboxylic Acids. Synthesis and Characterization. Polymer, 42: 7933-7941.

MARQUEZ, B. (2005). Bacterial Efflux Systems and Efflux Pumps Inhibitors. Biochimie, 87(12): 1137-1147.

MASSENGO-TIASS, R.P., CRONAN, J.E. (2009). Diversity in Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductases. Cell.Mol.Life Sci., 66(9): 1507-1517.

McDONELL, G., RUSSEL, A.D. (1999). Antiseptics and Disinfectants: Activity, Action, and Resistance, Clin. Microbiol. Rev. 12(1): 147-179.

MITAL, A. (2009). Synthetic Nitroimidazoles: Biological Activities and Mutagenicity Relationships. Sci Pharm., 77(3): 497–520.

MIYAMAE, S., UEDA, O., YOSHIMURA, F., HWANG, J., TANAKA, Y., NIKAIDO, H. (2001). A MATE Family Multidrug Efflux Transporter Pumps out Fluoroquinolones in Bacteroides thetaiotaomicron. Antimicrob. Agents Chemother., 45(12): 3341-3346.

MOHAMMADPOOR-BALTORK, I., KHOSROPOUR, A.R., HOJATI, S.F. (2007). ZrOCl2•8H2O as an Efficient, Environmentally Friendly and Reusable Catalyst for Synthesis of Benzoxazoles, Benzothiazoles, Benzimidazoles and Oxazolo[4,5-b]pyridines under Solvent-free Conditions. Catalysis Communications, 8: 1865-1870.

MOHAMMADPOOR-BALTORK, I., MOGHADAM, M., MIRKHANI, V., ZOLFIGOL, M.A., HOJATI, S.F. (2008). Silica Sulfuric Acid Catalyzed Synthesis of Benzoxazoles, Benzimidazoles and Oxazolo[4,5-b]pyridines under Heterogeneous and Solvent-Free Conditions. J. Iran. Chem. Soc., 5: S65-S70.

MOIR, D.T. (2005). Identification of Inhibitors of Bacterial Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase. Current Drug Targets – Infectious Disorders, 5(3): 297-305.

284

MOIR, D.T., XIANG, Y., ARVANITES, A.C., ALI, S.M., GENG, B., ASHWELL, M.A., ORGUEIRA, H.A., KAPLAN, A.P. (2007). Antibacterial FabI Inhibitors. United States Patent Application Publication, US 2007/0027190 A1.

MONGE, A., PENA, M. C., PALOP, J. A.,CALDERO, J. M., ROCA, J., GARCIA, E., ROMERO, G., RIO, J., LASHERAS, B. (1994). Synthesis of 2-Piperazinyl Benzothiazole and 2-Piperazinyl Benzoxazole Derivatives with 5-HT3 Antagonist and 5-HT4 Agonist Properties. J. Med. Chem., 37: 1320-1325.

MORDE, V.A., SHAIKH, M.S., PISSURLENKAR, R.R.S., COUTINHO, E.C. (2009). Molecular Modeling Studies, Synthesis, and Biological Evaluation of Plasmodium falciparum Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR) Inhibitors. Mol. Divers., 13(4): 501-517.

MURTY, M.S.R., RAM, K.R., RAO, R.V., YADAV, J.S., RAO, J.V., CHERIYAN, V.T., ANTO, R.J. (2011). Synthesis and Preliminary Evaluation of 2-Substituted-1,3-benzoxazole and 3-[(3-Substituted)propyl]-1,3-benzoxazol-2(3H)-one Derivatives as Potent Anticancer Agents. Med. Chem. Res., 20(5): 576–586.

MUSSER, J. H., KUBRAK, D. M., CHANG, J., DIZIO, S. M., HITE, M., HAND, J. M., LEWIS, A. J. (1987). Leukotriene D4 Antagonists 5-Lipoxygenase Inhibitors. Synthesis of benzoheterocyclic ((methoxyphenyl)amino) oxoalkanoic acid esters. J. Med. Chem. 30: 400-405.

NEWMAN, M.S., KHANNA, V.K., KANOKARAJAN, K. (1979). Polyether Antibiotics Synthesis. Total Synthesis and Absolute Configuration of the Ionophore A 23187. J. Ame. Chem. Soc., 101: 6789-6791.

NIEMENTOWSKI, S. V. (1897). Neue Methoden der Darstellung der Anhydro-Verbindungen. Ber., 30: 3062-3071.

NOPPONPUNTH, V., SIRAWARAPORN, W., GREENE, P.J., SANTI, D.V. (1999) Cloning and Expression of Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium leprae Dihydropteroate Synthase in Escherichia coli J. Bacteriol. 181(21):6814.

NOYANALPAN, N., ŞENER, E. (1985). 2-(p-Sübstitüebenzil)benzoksazol Türevlerinin Sentez, Yapı Aydınlatması ve Antihistaminik Etkileri. FABAD Farm. Bil. Der.., 10: 275-286.

NOYANALPAN, N., ŞENER, E. (1986a). 5-Kloro-2-(p-sübstitüe-benzil)benzoksazol Türevlerinin Sentez, Yapı Aydınlatması ve Antihistaminik Etkileri. FABAD, Farm. Bil. Der., 11: 22-30.

NOYANALPAN, N., ŞENER, E. (1986b). 5-Kloro-2-(p-sübstitüe-benzil)benzoksazol Türevlerinin Sentez, Yapı Aydınlatması ve Antihistaminik Etkileri. FABAD, Farm. Bil. Der., 11: 111-119.

O’LEARY W. (1989). Practical Handbook of Microbiology. 3rd Ed. Florida: CRC Press Inc. O’LEARY W. (1989). Practical Handbook of Microbiology. 3rd Ed. Florida: CRC Press Inc. OHSAWA, A., KAWAGUCHI, T., IGETA, H. (1982). Flash Vacuum pyrolysis of Aromatic

Oximes. Chem. Pharm. Bull., 30(12): 4352-4358. OKSUZOGLU, E., TEKINER-GULBAS, B., ALPER, S., TEMIZ-ARPACI, O., ERTAN, T.,

YILDIZ, I., DIRIL, N., SENER-AKI, E., YALCIN, I. (2008). Some Benzoxazoles and Benzimidazoles as DNA Topoisomerase I and II Inhibitors. J. Enz. Inh. and Med. Chem., 23(1): 37-42.

OKSUZOGLU, E., TEMIZ-ARPACI, O., TEKINER-GULBAS, B., EROGLU, H., SEN, G., ALPER, S., YILDIZ, I., DIRIL, N., AKI-SENER, E., YALCIN, I. (2007). A Study On The Genotoxic Activities of Some New Benzazoles. Med. Chem. Res., 16(1): 1-14.

ORLANDO, C. M. J., WRITH, J. G., HEATH, D. R. (1970). Methyl Aryl Ether Cleavage in Benzazole Synthesis in Polyphosphoric Acid. J. Org. Chem., 35(9): 3147-3149.

OSMAN, A., BASSIOUNI, I. (1962). 2-Arylnaphthoxazoles and Some Other Condensed Oxazoles. J. Org. Chem., 27: 558-561.

OVENDEN, S.P.B., NIELSON, J.L., LIPTROT, C.H., WILLIS, R.H., TAPIOLAS, D.M., WRIGHT, A.D.,MOTTI, C.A. (2011). Sesquiterpene Benzoxazoles and Sesquiterpene Quinones from the Marine Sponge Dactylospongia elegans. J. Nat. Prod., 74(1): 65–68.

ÖNKOL, T., GÖKÇE, M., TOSUN, A.U., POLAT, S., SERİN, M.S., TEZCAN, S. (2008). Microwave Synthesis And Antimicrobial Evaluation of 5-Chloro-2(3H)-Benzoxazolinone-3-Acetyl-2-(p-Substituted Benzal) Hydrazone and 5-Chloro-2(3H)-

285

Benzoxazolinone-3-Acetyl-2-(p-Substituted Acetophenone) Hydrazone Derivatives. Turk J. Pharm. Sci., 5(3): 155-166.

ÖREN, İ., TEMIZ-ARPACI, Ö., YALÇIN, İ., AKI-ŞENER, (2002). QSARs of Some Novel Benzoxazole, Benzimidazole and Oxazolo(4,5-b)pyridine Derivatives against C. albicans. J. Fac. Pharm. Ankara, 31(1): 21-32.

ÖREN, İ., TEMİZ, Ö., YALÇIN, İ., ŞENER, E., AKIN, A., UÇARTÜRK, N. (1997). Synthesis and Microbiological Activity of 5(or 6)-Methyl-2-substituted-benzoxazole and Benzimidazole Derivatives. Arzneim.-Forsch./Drug Res., 47(12): 1393-1397.

ÖREN, İ., TEMİZ, Ö., YALÇIN, İ., ŞENER, E., ALTANLAR, N. (1998). Synthesis and Antimicrobial Activity of Some Novel 2,5- and/or 6-substituted-benzoxazole and Benzimidazole Derivatives. European Journal of Pharmaceutical Sciences, 7: 153-160.

ÖREN, İ., YALÇIN, İ. (1992). Yeni Bir Antibiyotik, Kalsimisin. Ank. Üniv. Ecz. Fak. Der., 21: 53-65.

ÖZDEMİR, A., TURAN-ZITOUNI, G., KAPLANCIKLI, Z.A., REVIAL, G., DEMİRCİ, F., İŞCAN, G. (2010) Preparation of some pyrazoline derivatives and evaluation of their antifungal activities. Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, 25(4): 565–571.

ÖZDEN, T., ÖZDEN, S., ŞENER, E., YALÇIN, İ., AKIN, A., YILDIZ, S. (1987). 5-Nitro-2-(p-sübstitüe-fenil)benzoksazol Türevlerinin Sentez, Yapı Açıklamları ve Mikrobiyolojik Etkileri-III. FABAD, Farm. Bil. Der., 12: 39-47.

ÖZGÜVEN, V. (2002). Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji. Atlas Kitapçılık, Sıhhiye-Ankara: Barışcan Ofset.

ÖZTÜRK, R. (1997). Antibiyotiklerin Etki Mekanizmaları, Antimikrobik İlaçlara Karşı Direnç Gelişmesi ve Günümüzde Direnç Durumu. İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Sürekli Tıp Eğitimi Etkinlikleri Pratikte Antibiyotik Kullanımı Simpozyumu, 2-3 Mayıs 1997, İstanbul, s. 27-51.

ÖZTÜRK, R. (2002). Akılcı Antibiyotik Kullanımı ve Erişkinde Toplumdan Edinilmiş Enfeksiyonlar. İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Sürekli Tıp Eğitimi Etkinlikleri, Sempozyum Dizisi, 31: 83-100.

PAGÈS, J.-M., MASI, M., BARBE, J. (2005). Inhibitors of Efflux Pumps in Gram-negative Bacteria. Trends in Molecular Medicine, 11(8): 382-390.

PALMER, P.J., WARD, R.J., WARRINGTON, J.V. (1971). Antimicrobials. 2-Substituted-benzothiazolylbenzylamines and Related Compounds. J. Med. Chem., 14(12): 1226-1227.

PAO, S.S., PAULSEN, I.T., SAIER,M.H. Jr. (1998) Major Facilitator Superfamily. Microbiol. Mol. Biol. Rev., 62(1): 1-34.

PARDAL, A. C., RAMOS, S. S., SANTOS, P. F., REIS, L. V., ALMEIDA, P. (2002). Molecules, 7: 320-330.

PARIKH, S.L., XIAO, G., TONGE, P.J. (2000). Inhibition of InhA, the Enoyl Reductase from Mycobacterium tuberculosis, by Triclosan and Isoniazid. Biochemistry, 39(26): 7645-7650.

PARK, H.S., YOON, Y.M., JUNG, S.J., YUN, I.N.R., KIM, C.M., KIM, J.M., KWAK, J.-H. (2007). CG400462, a New Bacterial Enoyl–Acyl Carrier Protein Reductase (FabI) Inhibitor. International Journal of Antimicrobial Agents, 30: 446-451.

PEDINI, M., BISTOCCHI, G. A., DE MEO, G., RICCI, A., JACQUIGNON, P., RICCARDO, C., BASTIANIN, L., SPOSINI, T. (1987). New Heterocyclic Derivatives of Benzimidazole with Germicid Activity. IV. In vivo Anticandida Activity of 5-Fluoro-2-(5'-nitro-2'-furyl)benzimidazole (F-O-NO2). Il Farmaco, 42(7): 541-547.

PEDINI, M., DE MEO, G., RICCI, A., BASTIANIN, L., JACQUIGNON, P. (1990). New Heterocyclic Derivatives of Benzimidazole with Germicid Activity. VII. 2-(5'-nitro-2'-furyl or thienyl)benzimidazoles with Different Substituents in the 5-Position. Il Farmaco, 45(3): 303-312.

PEEL, M.R., MILSTEAD, M.W., STERNBACH, D.D., BESTERMAN, J.M., LEITNER, P., MORTON, B. (1995). Novel A-ring modified camptothecins as topoisomerase I inhibitors. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 5(18): 2129-2132.

286

PFIZER (2012). Pfizer for Professionals, Tygacyl Home. Erişim: [http://www.pfizerpro.com/hcp/tygacil] Erişim Tarihi: 08.03.2012

PHILLIPS, M. K., KELL, D. B. (1981). A Benzoxazole Inhibitor of NADH Dehydrogenase in Paracoccus denitrificans. FEMS Microbiology Letters, 11: 111-113.

PIANKA, N. (1968). Studies in Fungi Toxicity. VII. Fungicidal Activity of certain Ethylenes and Heterocyclic Compounds Substituted with the 2,4-Dinitrophenylthio Group. J. Sci. Food Agr., 19: 507-512.

PINAR A., YURDAKUL P., YILDIZ, İ., TEMİZ-ARPACI, Ö., AÇAN, N. L., AKI-ŞENER, E., YALÇIN, İ. (2004). Some Fused Heterocyclic Compounds as Eukaryotic Topoisomerase II Inhibitors. Biochemical and Biophysical Research Communications, 317(2): 670-674.

PLEMPER, R.K., ERLANDSON, K.J., LAKDAWALA, A.S., SUN, A., PRUSSIA, A., BOONSOMBAT, J., AKI-SENER, E., YALCIN, I., YILDIZ, I., TEMIZ-ARPACI, O., TEKINER, B., LIOTTA, D.C., SNYDER, J.P., COMPANS, R.W. (2004). A Target Site for Template-Based Design of Measles Virus Entry Inhibitors. PNAS, 101(15): 5628–5633.

PODUNAVAC-KUZMANOVIĆ, S.O., VELIMIROVIĆ, S.D. (2010) Correlation Between The Lipophilicity And Antifungal Activity Of Some Benzoxazole Derivatives. APTEFF, 41:1-203.

POLLMANN, W., SCHRAMM, G. (1964) Biochim. Biophys. Acta, 80, 1. POOLE, K., LOMOVSKAYA, O. (2006). Can efflux inhibitors really counter resistance? Drug

Discovery Today: Therapeutic Strategies, 3(2): 145-152. POTASHMAN, M.H., BREADY, J., COXON, A., DEMELFI, JR., T.M., DIPIETRO, L.,

DOERR, N., ELBAUM, D., ESTRADA, J., GALLANT, P., GERMAIN, J., GU, Y., HARMANGE, J.-C., KAUFMAN, S.A., KENDALL, R., KIM, J.L., KUMAR, G.N., LONG, A.M., NEERVANNAN, S., PATEL, V.F., POLVERINO, A., ROSE, P., VAN DER PLAS, S., WHITTINGTON, D., ZANON, R., ZHAO, H. (2007). Design, Synthesis, and Evaluation of Orally Active Benzimidazoles and Benzoxazoles as Vascular Endothelial Growth Factor-2 Receptor Tyrosine Kinase Inhibitors. J. Med. Chem., 50(18): 4351-4373.

POTTORF, R.S., CHADHA, N.K., KATKEVICS, M., OZOLA, V., SUNA, E., GHANE, H., REGBERG, T., PLAYER, M.R. (2003). Parallel synthesis of benzoxazoles via microwave-assisted dielectric heating. Tetrahedron Letters, 44: 175–178.

PRAJAPAT, R.P., SONI, B., BHANDARI, A., SONI, L.K., KASKHEDIKAR, S.G. (2011) QSAR modeling of benzoxazole derivatives as antimicrobial agents. Der Pharmacia Lettre, 3(3):161-170.

PRESTON, J., DEWINTER, W. F., HOFFERBERT, Jr., W. L. (1969). Heterocyclic Intermediates for the Preparation of Thermally Stable Polymers. III. Unsymmetrical Benzoxazole, Benzothiazole and Benzimidazole Diamines. J. Heterocycles Chem., 6: 119-121.

PRUDHOMME, M., DAUPHIN, G., JEMINET, G. (1986a). Semisynthesis of A 23187 (Calcimycin) Analogs III. Modification of Benzoxazole Ring Substituents Ionophorous Properties in An Organic Phase. J. Antibiotics, 39: 922-933.

PRUDHOMME, M., GUYOT, J., JEMINET, G. (1986b). Semisynthesis of A 23187 (Calcimycin) Analogs IV. Cation Carrier Properties in Mitochondria of Analogs with Modified Benzoxazole rings. J. Antibiotics, 39: 934-937.

QI, J., Virga, K.G., Das, S., ZHAO, Y., YUN, M.K., WHITE, S.W., LEE, R.L. (2011) Synthesis of bi-substrate state mimics of dihydropteroate synthase as potential inhibitors and molecular probes. Bioorganic & Medicinal Chemistry 19: 1298–1305.

RABILLOUD, G., SILLON, B. (1979). Reactions of Benzoic Acid and with ortho-substituted-anilinesin A Triphenyl Phosphite-Pyridine Mixture, C. R. Hebd. Seances. Acad. Sci. Ser. C., 288(23): 559-560, Ref: CA: 91: 192954n, 1979.

RAFIE, S., MACDOUGALL, C., JAMES, C.L. (2010). Cethromycin: a Promising New Ketolide Antibiotic for Respiratory Infections. Pharmacotherapy, 30(3): 290-303.

RAMALINGAN, C., BALASUBRAMANIAN, S., KABILAN, S., VASUDEVAN, M. (2004). Synthesis and Study of antibacterial and Antifungal Activities of Novel 1-[2-(benzoxazol-2-yl)ethoxy]-2,6-diarylpiperidin-4-ones. Eur. J. Med. Chem., 39: 527-533.

287

RAMNAUTH, J., SURMAN, M.D., SAMPSON, P.B., FORREST, B., WILSON, J., FREEMAN, E., MANNING, D.D., MARTIN, F., TORO, A., DOMAGALA, M., AWREY, D.E., BARDOUNIOTIS, E., KAPLAN, N., BERMAN, J., PAULS, H.W. (2009). 2,3,4,5-Tetrahydro-1H-pyrido[2,3-b and e][1,4]diazepines as Inhibitors of the Bacterial Enoyl ACP Reductase, FabI. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 19(18): 5359-5362.

RAO, G.S., KUMAR, M. (2008) Structure-Based Design of a Potent and Selective Small Peptide Inhibitor of Mycobacterium tuberculosis 6-Hydroxymethyl-7,8-Dihydropteroate Synthase: A Computer Modelling Approach. Chem Biol Drug Des. 71: 540–545.

RAO, K. E., LOWN, J. W. (1991). Molecular Recognition between Ligands and Nucleic Acids, DNA Binding Characteristics of Analogues of Hoechst 33258 Designed to Exhibit Tltered Base and Sequence Recognition. Chem. Res. Toxicol., 4: 661-669.

RASH, F. H., SWANSON, C. E. (1970). 2-Substituted-benzoxazoles. Ger. Offen 1, 939, 072, 05 Feb, Ref: CA: 72: 121510m, 1970.

RENGARAJAN, J., SASSETTI, C.M., NARODITSKAYA, V., SLOUTSKY, A., BLOOM, B.R., RUBIN, E.J. (2004). The Folate Pathway is a Target for Resistance to the Drug para-Aminosalicylic Acid (PAS) in Mycobacteria. Molecular Microbiology, 53(1): 275–282.

REYNOLDS, C.H., SHABER, S.H. (1995) Rational design of novel ergosterol biosynthesis inhibitor fungicides. ACS Symposium Series589(Computer-Aided Molecular Design), 171-82 2 Plates - 230a-230b.

REYNOLDS, M. B., DELUCA, M. R., KERWIN, S. M. (1999). The Novel Bis(benzoxazole) Cytotoxic Natural Product UK-1 is A Magnesium Ion-Dependent DNA Binding Agent and Inhibitor of Human Topoisomerase II. Bioorg. Chem., 27: 326-337.

RIDA, S.M., ASHOUR, F.A., EL-HAWASH, S.A.M., ELSEMARY, M.M., BADR, M.H., SHALABY, M.A. (2005). Synthesis of Some Novel Benzoxazole Derivatives as Anticancer, Anti-HIV-1 and Antimicrobial Agents. Euro. J. Med. Chem., 40: 949-959.

RIPS, R., LACHAIZE, M., ALBERT, O., DUPONT, M. (1971). Aryl-2-benzoxazoles An Action Antiinflammatoire. Chim. Ther., 6(2): 126-130.

RODRIGUEZ, A.D., RAMIREZ, C., RODRIGUEZ, I.I., GONZALES, E. (1999). Novel Antimycobacterial Benzoxazole Alkaloids, from the West Indian Sea Whip Pseudopterogorgia elisabethae. Organic Letters, 1(3): 527-530.

RODRIGUEZ, I.I., RODRIGUEZ, A.D., WANG, Y., FRANZBLAU, S.G. (2006). Ileabethoxazole: A Novel Benzoxazole Alkaloid with Antimycobacterial Activity. Tetrahedron Letters, 47: 3229–3232.

ROYER, R., COLIN, G., DEMERSEMAN, P., COMBRISSON, S., CHEUTIN, A. (1969). Réactions Induites par ie Chlorhydrate de Pyridine. III. In Nouveau Procédé de Synthése des Benzoxazoles. Bull. Soc. Chim. Fr. 8: 2785-2792.

RXMEDIAPHARMA® (2012). Klorzoksazon (Parafon®). SADASIVASHANKAR, M., REDDY, Y. D., CHARYA, M., REDDY, S. M. (1985). Antifungal

and Antibacterial Activity of Some Substituted-benzoxazoles, Part I. Indian Phytopathol, 37(2): 366-367, Ref: CA: 130: 3514b, 1985.

SALTOĞLU, N. (2005). Antibiyotiklere Direnç Problemi ve Etkileri. Klimik 2005, XII. Türk Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Kongresi.

SAM, J., PLAMPIN, J. (1964). Benzoxazoles: Potent Skeletal Muscle Relaxants. J. Pharm. Sci., 53(5): 538-544.

SAMPAIO, C., BRONZOVA, J., HAUSER, R.A., LANG, A.E., RASCOL, O., VAN DE WITTE, S.V., THEEUWES, A. (2011). Pardoprunox in Early Parkinson’s Disease: Results from 2 Large, Randomized Double-Blind Trials. Movement Disorders, 26(8): 1464–1476.

SARMA, H.K., SHARMA, B.K., TIWARI, S.C. (2003). A novel Calcimycin antibİotic from Gram-positive Actinomycete Frankia Microsymbiont. Current Science, 85(10): 1401-1403.

SATO, S., KAJIURA, T., MISATO, N., TAKEHANA, K., KOBAYASHI, T., TSUJI, T. (2001). AJI9561, A New Cytotoxic Benzoxazole Derivative Produced by Streptomyces sp. J. Antibio., 54(1): 102-104.

SCHAFFER, S., SAFER, B., SCARPA, A., WILLIAMSON, J.R. (1974). Mode of Action of the Calcium Ionophores X-537 A and A 23187 on Cardiac Contractility. Biochem. Pharmacol., 23: 1609-1617.

288

SCHICKANEDER, H., ENGLER, H., SZELENYI, I. (1987). 2-((3-Pyridinylmethyl)thio)pyrimidine Derivatives: New Bronchosecretolytic. J. Med. Chem., 30: 574-551.

SCHNEIDER, G. AND BOHM, H.-J. (2002) Virtual screening and fast automated docking methods. Drug Discovery Today, 7:64–70.

SCHNÜRCH, M., HÄMMERLE, J. STANETTY, P. (2010). Benzoxazoles and Other Annulated Oxazoles. Science of Synthesis Updates, Section 11.13: 1-56.

SCHRAUFSTATTER, E. (1950). Schwermetallkomplexbildung und antibakterielle Wirkung. Z. Naturforsch, 5B: 190-195.

SCRIP, DRUG MARKET DEVELOPMENTS. (2008). 19(8): 1-32. SHARPE, C. J., PALMER, P. J., EVANS, D., BROWN, G. R., GILLIAN, K., SHADBOLT, R.

S., TRIGG. R. B., WARD, R. J. (1972). Basic Ethers of 2-Anilinobenzothiazoles and 2-Anilinobenzoxazoles as Potential Antidepressants. J. Med. Chem., 15(5): 523-529.

SHEN, T. Y., CLARK, R. L., PESSOLANO, A. A., WITZEL, B. E., LANZA, T. J. (1976a). Oxazolo[4,5-b]pyridine. Ger. Offen. 2, 527, 321, 23 Dec.

SHEN, T. Y., CLARK, R. L., PESSOLANO, A. A., WITZEL, B. E., LANZA, T. J. (1977). Antiimflammatory Oxazolo[4,5-b]pyridines. U. S. 4, 038, 396, 26 Jul.

SHEN, T. Y., CLARK, R. L., PESSOLANO, A. A., WITZEL, B. E., LANZA, T. J. (1978). Oxazolo[4,5-b]pyridines. Canadian Patent. 1, 032, 166, 30 May.

SHEN, T. Y., LI, J. P., DORN, C. P. J. (1976b). Phenylacetic Acid Compounds in Treating Abnormal Platelet Aggregation. U. S. 3, 947, 582, 30 Mar., Ref: CA: 84: 184926v, 1976.

SHENG, C., XU, H., WANG,W., CAO, Y., DONG, G., WANG, S., CHE, X., JI, H., MIAO, Z., YAO, J. ZHANG, W. (2010) Design, synthesis and antifungal activity of isosteric analogues of benzoheterocyclic N-myristoyltransferase inhibitors. European Journal of Medicinal Chemistry 45: 3531-3540.

SHIBATA, K., KAZHIWADA, M., UEKI, M., TANIGUCHI, M. (1993). UK-1, A Novel Cytotoxic Metabolite from Streptomyces sp. 517-02 II. Structural Elucidation. J. Antibiot., 46(7): 1095-1100.

SHOTTER, R. G., JOHNSTON, K. M., WILLIAMS, H. J. (1973). Polyphosphoric Acid Catalysed Cyclisations of Aryl Sytryl Ketones. Tetrahedron, 29: 2163-2166.

SILVA, J. (1996). Mechanisms of Antibiotic Resistance. Current Therapeutic Research, 57(13): 30-35.

SKRAUP, S., MOSER, M. (1922). Über Benzoxazole Derivate. Ber., 55: 1088-1101. SŁAWIŃSKI, J., BRZOZOWSKI, Z. (2006). Synthesis and in vitro Antitumor Activity of Novel

Series 2-Benzylthio-4-chlorobenzenesulfonamide Derivatives. European Journal of Medicinal Chemistry, 41: 1180–1189.

SMELLIE, A., TEIG, S.L., TOWBIN, P. (1995) Poling: Promoting conformational variation. Journal of Computational Chemistry, 16(2): 171–187.

SMITH G.D., DUAX, W.L. (1976). Crystal and Molecular Structure of the Calcium Ion Complex of A 23187. J. Ame. Chem. Soc., 98: 1578-1580.

SMITH, A.L. (1969). Principles of Microbiology. 6th Ed. USA: The C.V. Mosby Company. SOMMER, P.S.M., ALMEIDA, R.C., SCHNEIDER, K., BEIL, W., SÜSSMUTH, R.D.,

FIEDLER, H.-P. (2008). Nataxazole, a New Benzoxazole Derivative with Antitumor Activity Produced by Streptomyces sp. Tü 6176. J. Antibiot., 61(11): 683–686.

SONI, K., SAMOTA, M.K., JHAJHARIA, P., SETH, G. (2008). Phosphorylation and Thiophosphorylation of 2-Substituted Benzoxazoles and Their Biological Activities. Phosphorus, Sulfur, and Silicon, 183(11): 2845–2853.

SPITZER, G. M., WELLENZOHN, B., LAGGNER, C., LANGER, T., LIEDL, K. R. (2007). DNA minor groove pharmacophores describing sequence specific properties. J. Chem. Inf. Model., 47: 1580-1589.

STAHL, M., RAREY, M. (2001) Detailed analysis of scoring functions for virtual screening. J. Med. Chem. 44: 1035–1042.

STAVRI, M., PIDDOCK, L.J.V., GIBBONS, S. (2007). Bacterial Efflux Pump Inhibitors from Natural Sources. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 59(6): 1247-1260.

STEEL, J. P., CONSTABLE, E. C. (1989). Synthesis of New Pyrazole Derived Chelating Ligands. J. Chem. Research(s), 1601-1611.

STEPHENS, F. F. (1949). Heterocyclic Compounds from Schiff’s Bases. Nature, 164: 243.

289

STEPHENS, F. F., BOWER, J. D. (1949). The Preparation of Benzimidazoles, etc. Part I: The Preparation of Benzimidazoles and Benzoxazoles from Schiff’s Bases Part I. J. Chem. Soc., 2971-2972.

STEPHENS, F. F., BOWER, J. D. (1950). The Preparation of Benzimidazoles and Benzoxazoles from Schiff’s Bases Part II. J. Ame. Chem. Soc., 1722-1726.

STERMITZ, F.R., TAWARA-MATSUDA, J., LORENZ, P., MUELLER, P., ZENEWICZ, L., LEWIS, K. (2000). 5′-Methoxyhydnocarpin-D and Pheophorbide A: Berberis Species Components that potentiate Berberine Growth ,Inhibition of Resistant Staphylococcus aureus. J. Nat. Prod., 63(8): 1146-1149.

STREHLKE, P., SCHRÖDER, E. (1973). Chemotherapeutische Nitroheterocyclen XIV. 2-(5-Nitro-2-thiazolyl)benzimidazole und Verwandte Verbindungen. Chim. Therapeutique., 5: 571-573.

SULLIVAN, T.J., TRUGLIO, J.J., BOYNE, M.E., NOVICHENOK, P., ZHANG, X., STRATTON, C.F., LI, H.-J., KAUR, T., AMIN, A., JOHNSON, F., SLAYDEN, R.A., KISKER, C., TONGE, P.J. (2006). High Affinity InhA Inhibitors with Activity against Drug-Resistant Strains of Mycobacterium tuberculosis. ACS Chemical Biology, 1(1): 43-53.

SUM, P.-E., HOW, D., TORRES, N., NEWMAN, H., PETERSON, P. J., MANSOUR, T. S. (2003). Synthesis and Activity of Novel Benzoxazole Derivatives of Mannopeptimycin Glycopeptide Antibiotics. Bioorg. Med. Chem. Lett., 13: 2607-2610.

SUN, L.-Q., CHEN, J., BRUCE, M., DESKUS, J.A., EPPERSON, J.R., TAKAKI, K., JOHNSON, G., IBEN, L., MAHLE, C.D., RYAN, E., Xu, C. (2004a). Synthesis and Structure–Activity Relationship of Novel Benzoxazole Derivatives as Melatonin Receptor Agonists. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 14: 3799–3802.

SUN, L.-Q., CHEN, J., TAKAKI, K., JOHNSON, G., IBEN, L., MAHLE, C.D., RYAN, E., XU, C. (2004b). Design and Synthesis of Benzoxazole Derivatives as Novel Melatoninergic Ligands. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 14: 1197–1200.

SYCHEVA, T. P., KISELEVA, I. D., SHCHUKINA, M. N. (1966a). Compounds with Potential Antitubercular Activity XI. Synthesis of Some Derivatives of 2-Aminobenzoxazole. Khim. Geterotsikl. Soedin., Akad. Nauk Latv. S. S.R.., 2: 205-211, Ref: CA: 65: 2241b, 1966.

SYCHEVA, T. P., KISELEVA, I. D., SHCHUKINA, M. N. (1966b). Compounds with Potential Antitubercular Activity XIII. N-(benzoxazol-2-yl)-N'-phenylthioureas. Khim. Geterotsikl. Soedin., 5: 687-689, Ref: CA: 66: 104937q, 1967.

SYCHEVA, T. P., KISELEVA, I. D., SHCHUKINA, M. N. (1967). Compounds with Potential Antitubercular Activity XIV. Benzoxazol-2-yl Hydrazines. Khim. Geterotsikl. Soedin., 1: 43-47, Ref: CA: 67: 64274h, 1967.

SYCHEVA, T. P., SHCHUKINA, M. N. (1965). Compounds with Potential Antitubercular Activity X. Derivatives of Benzoxazole-2-carboxylic Acid. Biol. Aktivn Soedin., Akad. Nauk Latv.SSSR 46-51, Ref: CA: 64: 6633d, 1966.

ŞENER, E., ÖZDEN, S., YALÇIN, İ., ÖZDEN, T., AKIN, A., YILDIZ, S. (1986a). 2-(p-Sübstitüe-fenil)benzoksazol Türevlerinin Sentez, Yapı Aydınlatması ve Mikrobiyolojik Etkileri-I. FABAD, J. Pharm. Sci., 11: 190-202.

ŞENER, E., TURGUT, H., YALÇIN, İ., ÖREN, İ., TÜRKER, L., ÇELEBİ, N., AKIN, A. (1994). Structural-Activity Relationships of Some Antimicrobial 5-Substituted-2-(3-pyridyl)benzoxazoles Using Quantum-Chemical Calculations. Int. J. Pharm., 110:109-115.

ŞENER, E., YALÇIN, İ., AKIN, A., NOYANALPAN, N. (1987b). Antifungal Activity of 2-Benzylbenzoxazole Derivatives and QSARs be Free-Wilson Analysis. Gazi Ecz. Fak. Der., 4(1): 1-9.

ŞENER, E., YALÇIN, İ., ÖZDEN, S., ÖZDEN, T. (1986b). The Quantitative Structure-Activity Relationships of Antibacterial Activity 2-(p-Substituted-phenyl)benzoxazole Derivatives against Garm(-) Bacteria Using the Combinations of Some Hydrofobic, Electronic and Steric Parameters. Gazi Ecz. Fak. Der., 2(2): 133-142.

ŞENER, E., YALÇIN, İ., ÖZDEN, S., ÖZDEN, T. (1986c). The Quantitative Structure-Activity Relationships of Antibacterial Activity 2-(p-Substituted-phenyl)benzoxazole Derivatives against Candida albicans Using the Combinations of Some Hydrofobic, Electronic and Steric Parameters. Ank. Ecz. Fak. Der., 16: 24-30.

290

ŞENER, E., YALÇIN, İ., ÖZDEN, S., ÖZDEN, T., AKIN, A., YILDIZ, S. (1987a). Synthesis and Antimicrobial Activities of 5-Amino-2-(p-substituted-phenyl)benzoxazole Derivatives. Doğa Bil. Der., 11(3): 391-396.

ŞENER, E., YALÇIN, İ., ÖZDEN, S., ÖZDEN, T., AKIN, A., YILDIZ, S. (1987c). The Antifungal Activity of 2-(p-Substituted-phenyl)oxazolo(4,5-b)pyridine Derivatives against Candida albicans and The Quantitative Structure-Activity Relationships. FABAD, Farm.Bil.Der.,12: 281-288.

ŞENER, E., YALÇIN, İ., SUNGUR, E. (1991). QSAR of Some Antifungal Benzoxazoles and Oxazolo(4,5-b)pyridines against C. albicans. Quant. Struct.-Act. Relat.10: 223-228.

ŞENER, E., YALÇIN, İ., TEMİZ, Ö., ÖREN, İ., AKIN, A., UÇARTÜRK, N. (1997). Synthesis and Structure-Activity Relationships of Some 2,5-Disubstituted-benzoxazoles and Benzimidazoles as Antimicrobial Agents. Il Farmaco, 52(2): 99-103.

TAKAHATA, S., IIDA, M., OSAKI, Y., SAITO, J., KITAGAWA, H., OZAWA, T., YOSHIDA, T., HOSHIKO, S. (2006). AG205, a Novel Agent Directed against FabK of Streptococcus pneumoniae. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 50(8): 2869-2871.

TAKEUCHI, Y., SAKAGAWA, K., KUBO, M., YAMATO, M. (1986). One-Flask Synthesis and Sulfides from Alcohols and Alkyl Halides Using Benzoxazoline-2-thione. Chem. Pharm. Bull., 34(3): 2985-2993.

TARDI, P., CHOICE, E., MASIN, D., REDELMEIER, T., BALLY, M., MADDEN, T.D. (2000). Liposomal Encapsulation of Topotecan Enhances Anticancer Efficacy in Murine and Human Xenograft Models. Cancer Research, 60: 3389–3393.

TAUER, E., GRELLMANN, K. H. (1981). Protochemical and Thermal Reactions of aromatic Schiff Bases. J. Org. Chem., 46: 4252-4258.

TAYLOR, E. C., KATZ, A., ALVARADO, S. I. (1986). Thallium in Organic Synthesis 65. A Novel Synthesis of Benzoxazoles from Anilides. J. Org. Chem., 51: 1607-1609.

TEKINER-GULBAS, B., TEMIZ-ARPACI, O., YILDIZ, I., AKI-SENER, E., YALCIN, I. (2006). 3D-QSAR Study on Heterocyclic Topoisomerase II Inhibitors using CoMSIA. SAR and QSAR in Environmental Research, 17(2): 121–132.

TEKINER-GULBAS, B., TEMIZ-ARPACI, O., OKSUZOGLU, E., EROGLU, H., YILDIZ, I., DIRIL, N., AKI-SENER, E., YALCIN, I. (2007a). QSAR of Genotoxic Active Benzazoles. SAR and QSAR in Environmental Research, 18(3-4): 251–263.

TEKİNER-GULBAS, B., TEMİZ-ARPACI, O., YILDIZ, I., ALTANLAR, N. (2007b). Synthesis and in vitro antimicrobial activity of new 2-[p-substituted-benzyl]-5-[substituted-carbonylamino]benzoxazoles. Eur. J. Med. Chem., baskıda.

TEMIZ-ARPACI, O., TEKINER-GULBAS, B., YILDIZ, İ., AKI-ŞENER, E., YALÇIN, İ. (2005b). 3D-QSAR Analysis on Benzazole Derivatives as Eukaryotic Topoisomerase II Inhibitors by using Comparative Molecular Field Analysis Method. Bioorganic & Medicinal Chemistry, 13: 6354–6359.

TEMIZ-ARPACI, Ö., YILDIZ, I., OZKAN, S., KAYNAK, F., AKI-SENER, E., YALÇIN, I. (2008). Synthesis and Biological Activity of Some New Benzoxazoles. European Journal of Medicinal Chemistry, 43(7): 1423-1431.

TEMİZ, Ö. (1991). 5-Metil-2-(p-sübstitüe-benzil)benzoksazol Sentez, Yapı Aydınlatması ve Mikrobiyolojik Etkileri. A. Ü. Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Yüksek Lisans Tezi.

TEMİZ, Ö. (1998). 5-(2-Furilkarboksamido)-, 5-(2-tiyenilkarboksamido)-, 5-benzamido ve 5-fenilasetamido-2-fenilbenzoksazol Türevlerinin Sentezi, Yapılarının Aydınlatılması Antimikrobiyal Etkileri ve Kantitatif Yapı-Etki İlişkileri Analizi. A. Ü. Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Doktora Tezi.

TEMİZ, Ö., ÖREN, İ., ŞENER, E., YALÇIN, İ., UÇARTÜRK, N. (1998). Synthesis and Microbiological Activity of Some Novel 5- or 6-Methyl-2-(2,4-disubstituted-phenyl)benzoxazole Derivatives. Il Farmaco, 53: 337-341.

TEMİZ-ARPACI, Ö., AKI-ŞENER, E., YALÇIN, İ., ALTANLAR, N. (2002b). Synthesis and Microbiological Activity of Some Novel N-[2-(p-Substituted-phenyl)-5-benzoxazolyl]-cyclohexyl Carboxamide, -Cyclohexyl Acetamide and -Cyclohexyl Propionamide Derivatives. Il Farmaco, 57: 771-775.

TEMİZ-ARPACI, Ö., AKI-ŞENER, E., YALÇIN, İ., ALTANLAR, N. (2002c). Synthesis and Antimicrobial Activity of Some 2-(p-Substituted-phenyl)benzoxazol-5-yl-arylcarboxyamides. Arch. Pharm. Med. Chem.,6: 283-288.

291

TEMİZ-ARPACI, Ö., ÖREN, İ., ALTANLAR, N. (2002a). Synthesis and Microbiological Activity of Some Novel 2-(p-Substituted-phenyl)-5-substituted-carbonylaminobenzoxazoles. Il Farmaco, 57: 175-181.

TEMİZ-ARPACI, Ö., ÖZDEMİR, A., YALÇIN, İ., YILDIZ, İ., AKI-ŞENER, E., ALTANLAR, N. (2005a). Synthesis and Antimicrobial Activity of Some 5-[2-(Morpholin-4-yl)acetamido] and/or 5-[2-(4-Substituted piperazin-1-yl)acetamido]-2-(p-substituted phenyl) benzoxazoles. Arch. Pharm. Chem. Life Sci., 338: 105-111.

TENOVER F.C. ve McGOWAN J.E (2008). Jr., International Encyclopedia of Public Health, 211-219

TERASHIMA, M., ISHII, M. (1982). A Facile Synthesis of 2-Substituted-benzoxazoles. Synthesis, 6: 484-485.

TIBOTEC PHARMACEUTICALS LTD. (2003). 2-Amino-Benzoxazole Sulfonamides As HIV Protease Inhibitors. Expert Opin. Ther. Patents, WO02092595, 13(5): 717-720.

TOLEDO-SHERMAN, L.M. AND CHEN, D. High-throughput virtual screening for drug discovery in parallel (2002) Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 5: 414–421.

TOROL, S. (2008). Acinetobacter baumannii Kökenli Beta-Laktamaz OXA-23 Geninin Klonlanması ve Enzim Karakterizasyonu. Kocaeli Üniversitesi Yüksek Lisans Tezi.

TURAN-ZITOUNI, G., DEMİRAYAK, Ş., ÖZDEMİR, A., KAPLANCIKLI, Z.A., YILDIZ, M.T. (2003). Synthesis of Some 2-[(Benzazole-2-yl)thioacetylamino]thiazole Derivatives and Their Antimicrobial Activity and Toxicity. Euro. J. Med. Chem., 39: 267-272.

TÜRKER, L., ŞENER, E., YALÇIN, İ., AKBULUT, U., KAYALIDERE, I. (1990). QSAR of Some Antifungal Active Benzoxazole Using the Quantum Chemical Parameters. Sci. Pharm., 58: 107-113.

UEDA, S:, HAGASAWA, H. (2009). Copper-Catalyzed Synthesis of Benzoxazoles via a Regioselective C-H Functionalization/C-O Bond Formation under an Air Atmosphere. J. Org. Chem., 74: 4272-4277.

UEKI, M., UENO, K., MIYADOH, S., ABE, K., SHIBATA, K., TANIGUCHI, M. (1993). UK-1, A Novel Cytotoxic Metabolite from Streptomyces sp. 517-02. I. Taxonomy, Fermentation, Isolation, Physico-Chemical and Biological Properties. J. Antibiot., 46(7): 1089-1094.

VAN BAMBEKE, F., BALZI, E., TULKENS, P.M. (2000). Antibiotic Efflux Pumps. Biochemical Pharmacology, 60(4): 457–470.

VANNELLI T.A., DYKMAN, A., MONTELLANO, P.R.O. (2002) The Antituberculosis Drug Ethionamide Is Activated by a Flavoprotein Monooxygenase. The Journal Of Biological Chemistry. 277(15): 12824–12829.

VANVEEN, H.W., VENEMA, K., BOLHUIS, H., OUSSENKO, I., KOK, J., POOLMAN, B., DRIESSEN, A.J., KONINGS, W.N. (1996). Multidrug Resistance mediated by a Bacterial Homolog of the Human Multidrug Transporter MDR1. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93(20): 10668-10672.

VARGA, A., AKI-SENER, E., YALCIN, I., TEMIZ-ARPACI, O., TEKINER-GULBAS, B., CHEREPNEV, G., MOLNAR, J. (2005). Induction of Apoptosis and Necrosis by Resistance Benzazoles and Benzoxazines on Tumour Cell Line Mouse Lymphoma L5718 Mdr+cells. In Vivo, 19: 1087-1092.

VERKHIVKER, G.M., BOUZIDA, D., GEHLHAAR, D.K., REJTO, P.A., ARTHURS, S., COLSON, A.B., FREER, S.T., LARSON, V., LUTY, B.A., MARRONE, T. AND ROSE, P.W. (2000) Deciphering common failures in molecular docking of ligand-protein complexes. J. Comput. Aided Mol. Design 14:731–751.

VIIRRE, R.D., EVINDAR, G., BATEY, R.A. (2008). Copper-Catalyzed Domino Annulation Approaches to the Synthesis of Benzoxazoles under Microwave-Accelerated and Conventional Thermal Conditions. J. Org. Chem., 73: 3452-3459.

VINSOVA, J., HORAK, V., BUCHTA, V., KAUSTOVA, J. (2005). Highly Lipophilic Benzoxazoles with Potential Antibacterial Activity. Molecules, 10: 783-793.

WAGNER, E. C. (1940). Some Reactions of Amidines as Ammon-Carboxylic. J. Org. Chem., 5: 133-141.

WAGNER, G., EPPNER, B. (1980). Synthesis of 2-(4-Amidinophenyl)benzofuran, -Benzoxazole and -Benzothiazole as well as of 2-(4-Amidinophenyl)benzoxazole. Pharmazie, 35: 285-288.

292

WAGNER, H. W., VONDERBANK, H. (1949). Tuberculostatic Effect of Primary amines. Z. Ges. Exptl. Med., 115: 66-81, Ref: CA: 44: 9070g, 1950.

WAMHOFF, H., MATERNE, C. (1973). Zur Synthese von ..2-Thiazolinyl-, ..2-Oxazolinyl-, Benzoxazolyl- und Perimidinyl-2-essigsäure-äthylestern. Liebigs Ann. Chem., 573-577.

WANG, B., VERNIER, J.-M., RAO, S., CHUNG, J., ANDERSON, J.J., BRODKIN, J.D., JIANG, X., GARDNER, M.F., YANGA, X., MUNOZA, B. (2004a). Discovery of Novel Modulators of Metabotropic Glutamate Receptor Subtype-5. Bioorganic & Medicinal Chemistry,12: 17–21.

WANG, B., ZHANG, Y., LI, P., WANG, L. (2010). An Efficient and Practical Synthesis of Benzoxazoles from Acyl Chlorides and 2-Aminophenols Catalyzed by Lewis Acid In(OTf)3 under Solvent-Free Reaction Conditions. Chin. J. Chem., 28: 1697-1703.

WANG, B.B., MAGHAMI, N., GOODLIN, V.L., SMITH, P.J. (2004b). Critical structural motif for the catalytic inhibition of human topoisomerase II by UK-1 and analogs. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 14: 3221–3226.

WANG, F., HAUSKE, J.R. (1997). Solid-Phase Synthesis of Benzoxazoles via Mitsunobu Reaction. Tetrahedron Letters, 38(37): 6529-6532.

WANG, H., YOU, Q.D., LI, Z.Y., ZOU, Y.Q. (2008). Design, Synthesis and Antitumor Activity of 3-Substituted Quinolone Derivatives (I). Chinese Chemical Letters, 19(12): 1395–1397.

WANG, Y., CASTANER, R., BOLOS, J., ESTIVILL, C. (2009). Amadacycline. Drugs Fut., 34(1): 11.

WANG, Y., SARRIS, K., SAUER, D.R., DJURIC, S.W. (2006). “A Simple and Efficient One Step Synthesis of Benzoxazoles and Benzimidazoles from Carboxylic Acids”. Tetrahedron Letters, 47: 4823-4826.

WASZKOWYCZ, B. (2002). Structure-based approaches to drug design and virtual screening. Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 5 (3):407-413.

WATSON LABORATORIES INC. (2008). Minocycline hydrochloride. Erişim: [http://pi.watson.com/data_stream.asp?Product_group=1276&p=pi&language=E]. Erişim Tarihi: 10.11.2011

WEIDINGER, H., KRANZ, J. (1964). Synthesen mit Imidsaureestern, IV. Synthesen mit Oxaldiimidsaure-dialkylestern. Chem. Ber., 97: 1599-1608.

WEIDNER-WELLS, M.A., OHEMENG, K.A., NGUYEN, V.N., FRAGA-SPANO, S., MACIELAG, M.J., WERBLOOD, H.M., FOLENO, B.D., WEBB, G.C., BARRETT, J.F., HLASTA, D.J. (2001). Amidino Benzimidazole Inhibitors of Bacterial Two-Component Systems. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 11: 1545-1548.

WEINSTOCK,J., KEENAN R.M., SAMANEN, J., HEMPEL, J., FINKELSTEIN, J.A., FRANZ, R.G, GAITANOPOULOS, D.E., GIRARD, G.R., GLEASON, J.G. (1991). 1-(Carboxybenzyl)imidazole-5-acrylic acids: potent and selective angiotensin II receptor antagonists. J. Med. Chem., 34(4): 1514–1517.

WINKELMANN, E., RAETHER, W., SINHANAY, A. (1978). A Chemotherapeutically Active Nitro Compounds. Arzneim. Forsch., 28(1): 351-366.

WITKOP, B., PATRICK, J. B. (1952). Acid- and Base- Catalyzed Rearrangements of A Ring-Chain Tautomeric Ozonide, J. Ame. Chem. Soc., 74: 3861-3866.

WOLF, W., BARTELS, H., BRANDES, J., HELD, M. (1969). Verfahren zur Herstellung Substituierter Benzoxazole. Ger. Offen. 1, 939, 072, 31 Juli.

WOLF, W.A. (2003). SLV-308. Solvay. Current Opinion in Investigational Drugs, 4(7): 878–882.

WRIGHT, G.D. (2005). Bacterial Resistance to Antibiotics: Enzymatic Degradation and Modification. Advanced Drug Delivery Reviews, 57: 1451-1470.

WRIGHT, J. B. (1972). The Synthesis of Benzoxazole-5-acetic Acid Derivatives. J. Heterocyc. Chem., 9: 681-682.

WU G., ROBERTSON D.H., BROOKS C.L., VIETH M. (2003). Detailed Analysis of Grid-Based Molecular Docking: A Case Study of CDOCKER—A CHARMm-Based MD Docking Algorithm. Journal of Computational Chemistry, 24(13): 1549-1562.

WYNNE, G.M., WREN, S.P., JOHNSON, P.D., PRICE, P.D., DE MOOR, O., NUGENT, G., STORER, R., PYE, R.J., DORGAN, C.R. (2007). Treatment of Duchenne Muscular Dystrophy. WIPO, Patentscope, WO/2007/091106.

293

WYNNE, G.M., WREN, S.P., JOHNSON, P.D., PRICE, P.D., DE MOOR, O., NUGENT, G., STORER, R., PYE, R.J., DORGAN, C.R. (2009). Treatment of Duchenne Muscular Dystrophy. United States Patent Application, US 2009/075938 A1.

YADAV, G.D., MOTIRALE, B.G. (2008). Novelties of Solid Liquid Phase Transfer Catalyzed Synthesis of Triclosan from Potassium 2,4-Dichlorophenolate and 2,5-Dichlorophenol. Ind. Eng. Chem. Res., 47: 9055–9060.

YADAV, J.S., MURALIDHAR, B. (1998): Stereoselective Synthesis of Spiroketal Moiety of Ionophore Antibiotic Routiennocin. Tetrahedron Letters, 39: 2867-2868.

YALÇIN, İ., ÖREN, İ., ŞENER, E., AKIN, A., UÇARTÜRK, N. (1992). The Synthesis and the Structure-Activity Relationships of Some Substituted-benzoxazoles, Oxazolo(4,5-b)pyridines, Benzothiazoles and Benzimidazoles as Antimicrobial Agents. Eur. J. Med. Chem., 27: 401-406.

YALÇIN, İ., ÖREN, İ., TEMİZ, Ö., ŞENER, E.A. (2000). QSARs of Some Novel Isosteric Heterocyclics with Antifungal Activit. Acta Biochimica Polonica, 47(2): 481-486.

YALÇIN, İ., ŞENER, E. (1993). QSARs of Some Novel Antibacterial Benzimidazoles, Benzoxazoles and Oxazolopyridines against An Enteric Gram-Negative Rod; K. pneumoniae.Int. J. Pharm., 98: 1-8.

YALÇIN, İ., ŞENER, E., ÖZDEN, S., AKIN, A., YILDIZ, S. (1987a). 2-(p-Sübstitüe-fenil) oksazolo(4,5-b)piridin Türevlerinin Streptococcus faecalis ve Staphylococcus aureus’a karşı Antibakteriyal Etkileri ve Kantitatif Yapı-Etki İlişkileri. FABAD, Farm. Bil. Der., 12: 213-221.

YALÇIN, İ., ŞENER, E., ÖZDEN, S., ÖZDEN, T., AKIN, A., YILDIZ, S. (1986). 5-Kloro-2-(p-Sübstitüe-fenil)benzoksazol Türevlerinin Sentez, Yapı Açıklamaları ve Mikrobiyolojik Etkileri-II. FABAD, Farm. Bil. Der., 11: 257-269.

YALÇIN, İ., ŞENER, E., ÖZDEN, T. (1985). 2-(p-Sübstitüe-fenil)oksazolo(4,5-b)piridin Türevlerinin Sentez ve Yapı Açıklamaları. Ank. Ecz. Fak. Der., 15: 69-78.

YALÇIN, İ., ŞENER, E., ÖZDEN, T., AKIN, A., YILDIZ, S. (1988). The Antibacterial Activity of 2-Phenyloxazolo(4,5-b)pyridine Derivatives against Gram Negative Bacteria and the Quantitative Structure-Activity Relationships. FABAD, Farm. Bil. Der., 13: 441-449.

YALÇIN, İ., ŞENER, E., ÖZDEN, T., ÖZDEN, S., AKIN, A. (1990). Synthesis and Microbiological Activity of 5-Methyl-2-(p-substituted-phenyl)benzoxazoles. Eur. J. Med. Chem., 25: 705-708.

YAMATO, M., TAKEUCHI, Y., HASHIGAKI, K., HIROTA, T. (1983a). Reaction of Benzoxazoline-2-thiones with Alkyl Halides. Chem. Pharm. Bull., 31(2): 733-736.

YAMATO, M., TAKEUCHI, Y., HATTORI, K., HASHIGAKI, K. (1983b). A New Method for the Preparation of 2-Alkoxybenzoxazoles. Chem. Pharm. Bull., 31(11): 3946-3950.

YAMATO, M., TAKEUCHI, Y., HATTORI, K., HASHIGAKI, K. (1984). A New Method for the Preparation of 2-(Alkylamino)benzoxazoles and 2-(alkylamino)benzoxazolines. Chem. Pharm. Bull., 32(8): 3053-3060.

YAMAZHAN, T. (2007). Sulfonamidler ve Aminoglikozidler. ANKEM Derg., 21(2): 52-56. YAO, J., ZHANG, Q., MIN, J., HE, J., YU, Z. (2010). Novel Enoyl-ACP Reductase (FabI)

Potential Inhibitors of Escherichia coli from Chinese Medicine Monomers. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 20: 56–59.

YENDAPALLY, R., LEE, R.E. (2008). Design, Synthesis, and Evaluation of Novel Ethambutol Analogues. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 18(5): 1607–1611.

YILDIZ-ÖREN, İ., AKI-ŞENER, E., ERTAŞ, C., TEMİZ-ARPACI, Ö., YALÇIN, İ., ALTANLAR, N. (2004a). Synthesis and Microbiological Activity of Some Substituted-N-(2-hydroxy-4-nitrophenyl)benzamides and Phenylacetamides as the Possible Metabolites of Antimicrobial Active Benzoxazoles. Turk J. Chem., 28: 441-449.

YILDIZ-ÖREN, İ., TEKİNER-GULBAŞ, B., YALÇIN, İ., TEMİZ-ARPACI, Ö., AKI-ŞENER, E., ALTANLAR, N. (2004c). Synthesis and Antimicrobial Activity of New 2-[p-Substituted-benzyl]-5-[substituted-carbonylamino]benzoxazoles. Arch. Pharm. Pharm. Med. Chem., 337: 402-410.

YILDIZ-ÖREN, İ., TEKİNER-GÜLBAŞ, B., TEMİZ-ARPACI, Ö., YALÇIN, İ., AKI-ŞENER, E. (2004b). Quantitative Structure-Activity Relationships Using Comparative Molecular Field Analysis Studies on 2-(p-Substituted-benzyl)-5-(substituted-carbonylamino)benzoxazoles as Antibacterial Agents against Staphylococcus aureus. Asian J. Chem., 16(3-4): 1359-1366.

294

YILDIZ-ÖREN, İ., YALÇIN, İ., AKI-ŞENER, E., UÇARTÜRK, N. (2004d). Synthesis and Structure-Activity Relationships of New Antimicrobial Active Multisubstituted-benzazole Derivatives. Eur. J. Med. Chem., 39: 291-298.

YING-HUNG, S. and HEESCHEN, J.P. (1997). Mechanism of Polyphosphoric Acis and Phosphorus Pentoxide-Methanesulfonic Acid as Synthetic Reagents for Benzoxazole Formation. J. Org. Chem., 62 (11), 3552-3561.

YONEYAMA, H., KATSUMATA, R. (2006): Antibiotic Resistance in Bacteria and its Future for Novel Antibiotic Development. Biosci. Biotech. Biochem., 70: 1060-1075.

YORGANCIGİL, B. (1999). Beta-Laktam Antibiyotiklere karşı oluşan Direnç Mekanizmaları, Turgut Özal Tıp Merkezi Dergisi, 6(2): 176-182.

YOSHIDA, S., WATANABE, T., SATO, Y. (2007) Regulatory molecules for the 5-HT3 receptorion channel gating system. Bioorganic & Medicinal Chemistry, 15:3515–3523.

YOUNG, D.C. (2009) Computational Drug Design: A Guide for Computational and Medicinal Chemists. John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, New Jersey.

YÜCE, A. (2001). Antimikrobik İlaçlara Direnç Kazanma Mekanizmaları. Klimik Dergisi, 14(2): 41-46.

YÜCEL, A., KANTARCIOĞLU, A.S. (1999). Some Important Changes in Taxonomy of Candida albicans. Cerrahpaşa J. Med., 30(3): 236-246.

ZHANG, Y.-M., LU, Y.-J., ROCK, C.O. (2004). The Reductase Steps of the Type II Fatty Acid Synthase as Antimicrobial Targets. Lipids, 39(11): 1055-1060.

ZHANG, Y.-M., ROCK, C.O. (2004). Evaluation of Epigallocatechin Gallate and Related Plant Polyphenols as Inhibitors of the FabG and FabI Reductases of Bacterial Type II Fatty Acid Synthase. The Journal of Biological Chemistry, 279(30): 30994-31001.

ZHENG, C.J., SOHN, M.-J., KIM, W.-G. (2009). Vinaxanthone, a New FabI Inhibitor from Penicillium sp. Journal of Antimicrobial Chemotherapy (2009) 63: 949-953.

ZHENG, X., ODA, H., TAKAMATSU, K., SUGIMOTO, Y., TAI, A., AKAHO, E., ALI, H.I., OSHIKI, T., KAKUTA, H., SASAKI, K. (2007). Analgesic Agents without Gastric Damage: Design and Synthesis of Structurally Simple Benzenesulfonanilide-type cyclooxygenase-1-selective Inhibitors. Bioorganic & Medicinal Chemistry, 15(2): 1014-1021.

295

ÖZGEÇMİŞ

I- Bireysel Bilgiler

Adı: Tuğba Soyadı: Ertan-Bolelli Doğum Tarihi: 13.05.1980 Uyruğu: T.C. İletişim Adresi: Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya Anabilim Dalı Tandoğan / Yenimahalle TR-06100 ANKARA İş telefonu (312) 2033193 GSM (533) 2473338 e-mail: Tugba.Ertan@pharmacy.ankara.edu.tr

II- Eğitimi

2005 – 2012

Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Kimya Anabilim Dalı (Doktora) (3,81/4)

2002 – 2005

Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Kimya Anabilim Dalı (Yüksek Lisans) (3,48/4)

1998 – 2002

Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi (83.70/100)

1995 – 1998

Sivas Fen Lisesi (4,93/5)

1991 – 1995

Turhal Anadolu Lisesi (Orta Kısım)Yabancı Dili: İngilizce

1986 – 1991 Kahraman Cengiz İlkokulu (Turhal/TOKAT) III- Ünvanları: Uzm. Eczacı IV- Mesleki Deneyim:

07.2004 – ….

Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmasötik Kimya Anabilim Dalı (Araştırma Görevlisi)

04.2004 – 07.2004 Güner Eczanesi (Mesul Müdürlük) 07.2003 – 12.2003 T.C. Emekli Sandığı Sağlık Hizmetleri Daire Başkanlığı,

Reçete Kontrol Bölümü

296

V- Üye Olduğu Bilimsel Kuruluşlar: Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı ve Geliştirme Derneği (2005) Farmasötik ve Medisinal Kimya Derneği (2004)

VI- Bilimsel ilgi alanları

Yayınları 1- K. Bolelli, I. Yalcin, T. Ertan-Bolelli, S. Ozgen, F. Kaynak-Onurdag, I. Yildiz, E. Aki Synthesis of novel 2-[4-(4-substitutedbenzamido/ phenylacetamido)phenyl] benzothiazoles as antimicrobial agents, Medicinal Chemistry Research, 20(9): 1-8, (2011).

2- Y.S. Mary, C.Y. Panicker, H.T. Varghese, K. Raju, T. Ertan Bolelli, I. Yildiz, C.M. Granadeiro, H.I.S. Nogueira Vibrational spectroscopic studies and computational study of 4-fluoro-N-(2’-hydroxy-4’-nitrophenyl)phenylacetamide, Journal of Molecular Structure 994, 223–231, (2011). 3- J. Karolak-Wojciechowska, M. Szczesio, T. Ertan-Bolelli, E. Aki and I. Yalçin. Crystal structure of 4-fluoro-N-(2-hydroxy-4-nitrophenyl)benzamide, C13H9FN2O4, Z. Kristallogr., 225, 533-534, (2010). 4- C.Y. Panicker, H.T. Varghese, L. Ushakumari, T. Ertan, I. Yildiz, C.M. Granadeiro, H.I.S. Nogueirad and Y.S. Mary FT-IR, FT-Raman, SERS spectra and computational calculations of 4-ethyl-N-(2’-hydroxy-5’-nitrophenyl) benzamide J. Raman Spectrosc. 41, 381–390, (2010). 5- T. Ertan, I. Yildiz, B. Tekiner-Gulbas, K. Bolelli, O. Temiz-Arpaci, S. Ozkan, F. Kaynak, I. Yalcin, E. Aki, Synthesis, biologicalevaluation and 2D-QSAR analysis of benzoxazoles as antimicrobial agents, European Journal of Medicinal Chemistry, 44, 501-510, (2009). 6- C.Y. Panicker, H.T. Varghese, A. Raj, K. Raju, T. Ertan-Bolelli, I. Yıldız, O. Temız-Arpacı, C.M. Granadeırof, H.I.S. Nogueıra, “IR, Raman and SERS spectra of 2-phenoxymethylbenzothiazole”, Spectrachimica Acta Part A, 74, 132–139, (2009). 7- I. Yildiz, T. Ertan, K. Bolelli, O. Temiz-Arpaci, I. Yalcin, E.Aki, QSAR and pharmacophore analysis on amides against drug-resistant S. aureus, SAR and QSAR in Environmental Research, 19(1-2), 101-113, (2008). 8- E. Oksuzoglu, B. Tekıner-Gulbas, S. Alper, O. Temız-Arpacı, T. Ertan, I. Yıldız, N. Dırıl, E. Sener-Akı, I. Yalcın. "Some Benzoxazoles and Benzimidazoles as DNA Topoisomerase I and II Inhibitors", Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, 23(1), 37-42, (2008). 9- Y.S. Mary, H.T. Varghese, C.Y. Panıcker, T. Ertan, I, Yıldız, O, Temız-Arpacı. “Vibrational spectroscopic studies and ab initio calculations of 5-nitro-2-(p-fluorophenyl) benzoxazole”, Spectrachimica Acta Part A, 71, 566–571, (2008).

297

10- L. Ushakumarı, H.T.Varghese, C.Y. Panıcker, T. Ertan, I. Yıldız. “Vibrational spectroscopic studies and DFT calculations f 4-fluoro-N-(2-hydroxy-4-nitrophenyl)benzamide”, Journal of Raman Spectroscopy, 39, 1832-1839, (2008). 11- T. Ertan, I. Yıldız, S. Ozkan, O. Temız-Arpacı, F. Kaynak, I. Yalcın, E. Akı-Sener, U. Abbasoglu. "Synthesis and Biological Evaluation of New N-(2-Hydroxy-4(or 5)-nitro/aminophenyl)benzamides and Phenylacetamides as Antimicrobial Agents", Bioorganic and Medicinal Chemistry, 15, 2032-2044, (2007). Bildirileri 1- QSAR Analysis of Some 2-Substituted Benzothiazoles as Antibacterial Agents against Multidrug-Resistant Staphylococcus aureus, NTCA-2011, 08-11 October 2011, PP-37: p64. 2- Docking Studies of GST Inhibitory Active 2-Substituted Benzazoles, CMTPI-2011, 03-07 September 2011, Maribor, Slovenia. 3- Kemoterapötik Etkili Heterosiklik Bileşiklerin Bilgisayar Destekli İlaçTasarım Çalışmaları, UKK-25, 27 Haziran - 02 Temmuz 2011, Erzurum. 4- BaziYeni 2-[4-(4-Sübstitüebenzamido)fenil] benzotiyazol Türevlerinin 1H-NMR Spektroskopi Çalişmaları, USK-12, 18-22 Mayıs 2011, Antalya, P-210. 5-Three-Dimensional Common-Feature Hypotheses on Benzoxazine Derivatives as Topoisomerase I Inhibitors, ICOS-18, 1st-6th August 2010, Bergen, Norway. 6-Computer Aided Drug Design Studies On Chemotherapeutically Active Heterocyclic Compounds, IMPPS-3, 9th-12thJune 2010, Istanbul, Turkey, PL-2. 7- DNA-Topoisomerase Inhibitory Activity of Some Heterocyclic Compounds and Their Structure-Activity Relationships, CTDDR-4, 17th-21stFebruary2010, Lucknow, India, S6. 8- Synthesis, Structure Elucidation and Microbiological Activity of Some New 2-[4-(4-SubstitutedBenzamido/Phenylacetamido)phenyl] Benzothiazole Derivatives, UFKK-2, 13rd-15thNovember 2009, Mersin, P-11. 9- Pharmacophore Analysis on Some Benzoxazoles against Drug-Resistant Escherichia coli, CMTPI-5, 4th-8th July 2009, Istanbul, PO-41: p108. 10- Pharmacophore Analysis on Some Benzoxazoles against Drug-Resistant Bacillus subtilis, RICT-45, 1st-3rd July2009, Orléans,France, SL-11: p111. 11- Synthesis, Structure Elucidation and Microbiological Activity of Some New 2-[4-(4-SubstitutedPhenylacetamido)phenyl] benzothiazole Derivatives, RICT-45,1st-3rd July 2009, Orléans,France, SL-12: p112.

298

12- Molecular Modelling Studies on Some Benzazoles as Eukaryotic DNA Topoisomerase II Inhibitors, 4th Central European Conference Chemistry towards Biology (CTB4), 8th-11thSeptember 2008, Dobogoko, Hungary, p135. 13- Synthesis, Structure Elucidation and Microbiological Activity of Some New 2-[4-(4-Substitutedbenzamido)phenyl] benzothiazole Derivatives, IMMPC-3 2007, P61. 14- Three-Dimensional Common-Feature Hypotheses and 2D-QSAR Studies on SomeAntimicrobiologically Active Amides against Drug-Resistance Staphylococcus aureus, CMTPI-4 2007, OC-15: p52. 15- Synthesis and in vitro Antibacterial Activity against Pseudomonas aeruginosa of SomeNovel 2-Phenyl Benzoxazoles, ISOPS-8 2006, P197: p315. 16- Synthesis and Antibacterial Activity of Some 4-Substituted-N-(2-Hydroxy-5(or 6)-nitrophenyl)benzamide Derivatives, MCRD 2005, P81: p105.