Upload
others
View
3
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
YÜKSEK LİSANS TEZİ
Yasemin KAYA
SEYHAN BARAJ GÖLÜ’NDEN İZOLE EDİLEN ENTEROBACTERIACEAE GRUBU BAKTERİLERDE ANTİBİYOTİK DİRENÇLİLİĞİ VE PLAZMİD PROFİLLERİNİN BELİRLENMESİ
BİYOLOJİ ANABİLİM DALI
ADANA, 2009
ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
SEYHAN BARAJ GÖLÜ’NDEN İZOLE EDİLEN
ENTEROBACTERIACEAE GRUBU BAKTERİLERDE ANTİBİYOTİK DİRENÇLİLİĞİ VE PLAZMİD PROFİLLERİNİN BELİRLENMESİ
Yasemin KAYA
YÜKSEK LİSANS
BİYOLOJİ ANABİLİM DALI
Bu tez …./…./2009 Tarihinde Aşağıdaki Jüri Üyeleri Tarafından Oybirliği/Oyçokluğu İle Kabul Edilmiştir.
İmza ……………………. Prof. Dr. Sadık DİNÇER DANIŞMAN
İmza…………………. Doç Dr. Hatice GÜVENMEZ ÜYE
İmza……………… Doç. Dr. Hüseyin ERTEN
ÜYE
Bu tez Enstitümüz Biyoloji Anabilim Dalında hazırlanmıştır. Kod No:
Prof. Dr. Aziz ERTUNÇ Enstitü Müdürü İmza-Mühür Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: FEF2007YL6 Not: Bu tezde kullanılan özgün ve başka kaynaktan yapılan bildirişlerin, çizelge, şekil ve fotoğrafların kaynak gösterilmeden kullanımı, 5846 sayılı Fikir ve Sanat Eserleri Kanunundaki hükümlere tabidir
I
ÖZ
YÜKSEK LİSANS TEZİ
SEYHAN BARAJ GÖLÜ’NDEN İZOLE EDİLEN
ENTEROBACTERIACEAE GRUBU BAKTERİLERDE ANTİBİYOTİK DİRENÇLİLİĞİ VE PLAZMİD
PROFİLLERİNİN BELİRLENMESİ
Yasemin KAYA
ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
BİYOLOJİ ANABİLİM DALI
Danışman : Prof. Dr. Sadık DİNÇER
Yrd. Danışman Yrd. Doç. Dr. Fatih MATYAR
Yıl : 2009 Sayfa: 58
Jüri : Prof. Dr. Sadık DİNÇER
Doç. Dr. Hatice GÜVENMEZ
Doç. Dr. Hüseyin ERTEN
Bu çalışmada Seyhan Baraj Gölü’den izole edilen Enterobacteriaceae grubu 88
bakteri suşunun çoklu antibiyotik dirençliliği (MAR) belirlenmiştir. İzolatların plazmidleri
izole edilerek her bakteriye ait plazmid profili belirlenmiştir. İzolatlardan MAR indeksi 1
olan tek bir bakteri belirlenmiş ve bu suş Escherichia coli olarak tanımlanmıştır. İzolatlardan
14 tanesinin MAR indeksinin 0.142 olduğu belirlenmiştir.
Plazmid izolasyonunda 40 izolatın (% 45.5) plazmid içerdiği belirlenmiştir.
Antibiyotik sayılarının plazmid ile ilşkilerine bakıldığında 7 antibiyotiğe karşı dirençli olan
Escherichia coli suşunda hiç plazmid DNA bandı gözlenmemiştir. Tek antibiyotiğe dirençli
olan diğer bir Escherichia coli suşunda ise toplam 7 plazmid DNA bandı olduğu
belirlenmiştir. Beş farklı antibiyotiğe dirençli olan yine bir diğer Escherichia coli suşunda
ise 14 plazmid DNA bandı gözlenmiştir.
Anahtar Kelimeler: Enterobacteriaceae, Seyhan Baraj Gölü, Antibiyotik Dirençliliği, Plazmid izolasyonu, Elektroforez
II
ABSTRACT
M.Sc. THESIS
ANTIBIOTIC RESISTANCES OF ENTEROBACTERIACEAE ISOLATED FROM SEYHAN DAM AND DETERMINATION OF
PLASMID PROFILE
Yasemin KAYA
DEPARTMENT OF BIOLOGY INSTITUE OF NATURAL APPLIED
SCIENCES UNIVERSITY OF CUKUROVA
Supervisor : Prof. Dr. Sadık DİNÇER
Co. Supervisor Assoc. Asist. Prof. Dr. Fatih MATYAR
Year : 2009 Pages: 58
Jury : Prof. Dr. Sadık DİNÇER
Assist. Prof. Dr. Hatice GÜVENMEZ
Assist. Prof. Dr. Hüseyin ERTEN
In this study, Multiple antibiotic resistance was determined 88 Enterobacteriaceae
strains which were isolated from Seyhan Dam. Plasmids of these strains were isolated and
each of these strains plasmide profile was determined.
MAR index of one strain was determined to be 1 and this strain was identified as
Escherichia coli. MAR index of 14 strains in total 88 isolates were determined to be 0.142.
It was determined that 40 isolates contain plasmid in 88 total isolates. It were seen
that relationship with antibiotic count and plasmid profile, Escherichia coli, which was resist
to 7 antibiotic, has not any plasmid. But another strain of Escherichia coli, which was resist
to 1 antibiotic, has contain total 7 plasmid bands. Moreover, the other Escherichia coli strain
resist to 5 antbiotics. But it has 14 plasmid bands.
Key Words: Enterobacteriaceae, Seyhan Dam, Antibiotic Resistance, Plasmid isolation, Electrophoresis.
III
TEŞEKKÜR
Çalışmalarım esnasında her türlü desteğini ve yardımını esirgemeyen, bilgi
ve deneyimleriyle bana yol gösteren danışman hocam Prof. Dr. Sadık DİNÇER’e
ve ikinci danışmanım olan Yrd. Doç. Dr. Fatih MATYAR’a teşekkürlerimi bir
borç bilirim.
Tezimin deney ve yazım aşamalarında benden yardımlarını esirgemeyen
bütün bölüm hocalarıma teşekkür ederim.
Çalışmam boyunca benden desteklerini esirgemeyen Dr. Osman
GÜLNAZ’a, Arş. Gör. Ayşenur KAYA’ya, Uzman Biyolog Emel
KARADENİZ’e, Uzman Biyolog Esen BİLGİN’e, Uzman Biyolog Sinem
BALCI’ya ve aynı laboratuarı paylaştığım bütün arkadaşlarıma teşekkür ederim.
Bugüne kadar beni destekleyen, çalışmalarım boyunca maddi ve manevi
desteklerini benden esirgemeyen annem Nadire UÇAK, babam Hikmet Öner
UÇAK’a ve değerli eşim Ömer KAYA’ya teşekkürlerimi bir borç bilirim.
IV
İÇİNDEKİLER
ÖZ …………………………………………………………………………………..I
ABSTRACT ............................................................................................................ II
TEŞEKKÜR…………………………………………………………………………III
İÇİNDEKİLER .......................................................................................................IV
ÇİZELGELER DİZİNİ ...........................................................................................VI
ŞEKİLLER DİZİNİ .............................................................................................. VII
1. GİRİŞ .............................................................................................................. 1
1.1. Antibiyotikler .......................................................................................... 2
1.1.1. Penisilinler ........................................................................................ 3
1.1.2. Sefalosporinler .................................................................................. 3
1.1.3. Karbapenemler .................................................................................. 3
1.1.4. Tetrasiklinler ..................................................................................... 4
1.1.5. Aminoglikozitler ............................................................................... 4
1.2. Antibiyotiklere karşı direnç gelişimi ........................................................ 4
1.3. Bakteriyel Ekstra Kromozomal Genetik Elamanlar .................................. 5
1.3.1. F faktörleri......................................................................................... 7
1.3.2. F
1.3.3. Col plazmidleri (Kolisinojenik faktörleri) .......................................... 7
1.3.4. R plazmidleri-RTF faktörleri ............................................................. 8
1.3.5. Staphylococcus plazmidleri ............................................................... 8
1.3.6. Virülans plazmidleri .......................................................................... 9
1.4. Mikroorganizmalar Arası Genetik Madde Aktarımı ................................. 9
1.4.1. Transformasyon ............................................................................... 10
1.4.2. Konjugasyon ................................................................................... 10
1.4.3. Transdüksiyon ................................................................................. 11
1.5. Agaroz Jel Elektroforezi ........................................................................ 11
1.6. Çalışmanın Amaçları ............................................................................. 12
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR .............................................................................. 13
3. MATERYAL ve METOD .............................................................................. 20
SAYFA
V
3.1. Materyal ................................................................................................ 17
3.1.1. Bakteri Suşları……………………………………………………….17
3.1.2. Kullanılan Besiyerleri ...................................................................... 17
3.1.2.1. LB (Luria-Bertoni) Buyyon..................................................... 17
3.1.2.2. PCA Agar ................................................................................ 17
3.1.3. Kullanılan Çözeltiler........................................................................ 18
3.1.3.1. Plazmid izolasyon Kiti ............................................................. 18
3.1.3.2. 10 X TBE (Tris-Borik asit-EDTA) Solüsyonu .......................... 19
3.1.3.3. Agaroz jel (%1) 70 mL ...................................................... 19
3.1.3.4. Örnek Yükleme (Loading Buffer) Tamponu............................. 20
3.1.3.5. Yürütme Tamponu 1x .............................................................. 20
3.1.3.6. Stok Boyama Solüsyonu (Staining) (Ethidium Bromür) ....... …20
3.1.3.7. Boyayı Geri Alma Solüsyonu ................................................... 20
3.2. Metod .................................................................................................... 21
3.2.1. Örnek Toplama İstasyonlarının Özellikleri ...................................... 22
3.2.2. Çoklu Antibiyotik Direnci (MAR) İndeksi ....................................... 22
3.2.3. Bakterilerden Plazmid İzolasyonu .................................................... 22
3.2.4. Agaroz Jelin Hazırlanması ve Örneklerin Jele Uygulanması……….24
3.2.5. DNA'nın Ethidium Bromid ile Boyanması…………………………25
4. BULGULAR ve TARTIŞMA ......................................................................... 26
4.1. Bakterilerin Antibiyotik Dirençlilik Profillerinin Çıkarılması ................ 26
4.2. Çoklu Antibiyotik Dirençliliği (MAR) İndeksi ...................................... 30
4.3. Plazmid Profillerinin Analizi ................................................................. 31
5. SONUÇ ve ÖNERİLER ................................................................................. 50
KAYNAKLAR ....................................................................................................... 52
ÖZGEÇMİŞ ........................................................................................................... 58
VI
ÇİZELGELER DİZİNİ
Çizelge 3.1. Örnek toplama istasyonlarının özellikleri (Balcı, 2007) ....................... 22
Çizelge 4.1. Bakterilerin gösterdikleri dirençlilik dağılımları (Balcı, 2007) ............. 26
Çizelge 4.2. Bakterilerin MAR indeksi-1 ................................................................ 30
Çizelge 4.3. Bakterilerin MAR indeksi-2 ................................................................ 31
Çizelge 4.4. Bakterilerin MAR indeksi-3 ................................................................ 32
Çizelge 4.5. Bakterilerin MAR indeksi-4 ................................................................ 33
Çizelge 4.6. Bakterilerin MAR indeksi-5 ................................................................ 34
Çizelge 4.7. Bakterilerin MAR indeksi-6 ................................................................ 35
SAYFA
VII
ŞEKİLLER DİZİNİ
Şekil 3.1. Örnek toplama istasyonları...................................................................... 21
Şekil 4.1. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-1 ....................................... 37
Şekil 4.2. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-2 ....................................... 38
Şekil 4.3. Bakteilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-3 ........................................ 40
Şekil 4.4. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-4 ....................................... 41
Şekil 4.5. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-5 ....................................... 42
Şekil 4.6. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-6 ....................................... 43
Şekil 4.7. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-7 ....................................... 45
Şekil 4.8. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-8 ....................................... 46
SAYFA
1. GİRİŞ Yasemin KAYA
1
1.GİRİŞ
Mikroorganizmalar değişen çevre koşullarına hızla uyum sağlayabilme
yeteneklerine sahip yeryüzünün en eski canlılarıdır (Demirtürk ve Demirdal, 2004).
Akuatik çevrelerde bakteriler ekosistemin doğal bir parçasıdır (Robinson ve
Tuovinen, 1984). Yüzey sularına fekal bakteri bulaştıran kirliliğin kaynağının
bilinmemesi, tanımlanmasının güç olduğu ispatlanmıştır (Hagedorn ve ark., 1999).
Kirlilik kaynağının bilinmesi su kalitesinin normal haline gelmesine yardım
edebilir, su havzasına ayrılan nutrientlerin miktarını azaltabilir ve kontamine olmuş
sulara maruz bırakılmasından dolayı ortaya çıkan bulaşıcı hastalıkların tehlikesi
azaltılabilir (Hagedeorn ve ark., 1999). İnsanların günlük yaşam gereği harcadığı ve
kullanım sularının oluşturduğu atık sular, çeşitli şekillerde yerleşim birimlerinden
çevre sularına katılmaktadırlar. Bu nedenle sucul ortamlar, katılan suların içerdiği
kirlilik etkenlerine bağlı olarak organik ve inorganik maddeler tarafından
kirletilmektedir (Karayakar ve ark., 2004).
Akuatik alan üzerinde etkili olan çevresel faktörlere göre bakterilerde
meydana gelen değişiklikler, ekosistem ve insan sağlığı ile ortamın ekonomik
kullanılabilirliğinde olumsuzluklara yol açar (Robinson ve Tuovinen, 1984). Atık
suların herhangi bir arıtma işlemi uygulanmadan çevre sularına katılımı, içerdikleri
organik maddelerin mikroorganizmalarca parçalanması sonucu çevre sularında doğal
yaşam koşullarının bozulmasına neden olurken içerdikleri çeşitli toksik maddeler ve
patojen mikroorganizmalar nedeniyle de insan sağlığı açısından da önemli tehlikeler
oluşturur (Karayakar ve ark., 2004).
Özellikle evsel atıklar, R-plazmidi taşıyan ve çoğunluğu insan barsak
florasından kaynaklanan bakteriler içerir. Bu bakterilerde antibiyotiklere dirençlilik
kazandıran R-plazmidleri yaygın olarak bulunduğundan, atık suların çevre sularına
deşarjı, bu tip dirençli bakterilerin çevreye yayılmasına neden olmaktadır (Karayakar
ve ark., 2004). Antibiyotik çağından önce izole edilip saklanan bakterilerde direnç
faktörlerinin bulunmadığı ve bugün pratikte kullanılan hemen hemen tüm
antibiyotiklere bu bakterilerin duyarlı oldukları kanıtlanmıştır (Doğancı, 2001)
1. GİRİŞ Yasemin KAYA
2
Bakteriler çevresel değişikliklere çok çabuk cevap verebildiklerinden, bu
yetenekleri akuatik ekosistemde köklü değişikliklere yol açabilmektedir (Giuliano,
2003). Bu özellikleri geliştirilen her yeni antibiyotiğe direnç geliştirebilmelerine de
yol açmakta ve infeksiyonlarla mücadelede en önemli engel olan antibiyotiklere
direnç sorunu ortaya çıkmaktadır (Vahaboğlu, 2004).
Son yıllarda antibiyotiklere karşı giderek artan direnç sorunu tüm dünyayı
tehdit eder hale gelmiştir (Akçam ve ark., 2004). Bugün için ise klinik önemi
bulunan bakterilerde antibiyotik dirençliliği ile ilgili 100’den fazla gen bulunduğu
bilinmektedir. Bir diğer yönden dirençlilik yayılabilir bir özelliktir ve oluştuktan
sonra, büyük bir hızla sadece aynı tür ve cinsler içinde değil, plazmid ve
transpozonlar gibi aktarılabilir genetik materyallerle diğer bakterilere de
geçebilmektedir (Doğancı, 2001).
1.1. Antibiyotikler
İnfeksiyon etkeni olan mikroorganizmalara karşı etkin bir mücadele
yapılması eski çağlardan beri tıbbın en önemli amaçlarından biri olagelmiştir
(Baştürk, 2005).
Tedavi amaçlı olarak doğal yollardan elde edilen bitkiler ve özütleri
kullanılmakta iken bu durum 1908’ de Paul Ehrlich’in bazı bakteriler üzerine kesin
olarak zararlı, konak hücreye ise daha az zararlı bazı kimyasal maddeleri bilimsel
metodlarla araştırıp ortaya koymasına kadar sürmüştür (Baştürk, 2005). İlk defa
İskoç bakteriyolog Alexander Fleming’in 1929’da gözlediği ve 1940 yılında Chain
ve Flarey’in Penicillium notatum’un salgılarından elde ettiği ve penisilin adını
verdikleri ilacın birçok mikroba öldürücü etkide bulunmasının keşfedilmesi bir
devrim olmuştur. İnfeksiyon hastalıklarının tedavisinde antibiyotikler son 50 yılda
son derece faydalı olmuşlar ve eskiden öldürücü olduğu bilinen pek çok hastalığın
tedavisi için vazgeçilmez unsurlar haline gelmişlerdir (Berzeg, 2005).
Antibiyotikler, bazı bakteri ve mantar türü mikroorganizmalar tarafından
üreme ortamlarında oluşturulan ve başka mikroorganizmalar için mikrobiyostatik ya
da mikrobisid etki gösteren ve sağaltımda kullanılan maddelerdir (Bilgehan, 1994).
1. GİRİŞ Yasemin KAYA
3
İkinci Dünya Savaşı sırasında savaşla ilişkili yaraların sekonder bakteriyel
infeksiyonların ve pnömoni, sepsis gibi sistemik infeksiyonların tedavisinde
başarıyla kullanılarak, enfeksiyonlara bağlı ölümler azaltılmıştır (Tanır ve Göl,
1999).
1.1.1. Penisilinler
Yapılarındaki etkinlikleri için esas oluşturan beta-laktam halkası nedeniyle
beta-laktam antibiyotikler olarak adlandırılırlar. Bakterilerde hücre duvarı sentezini
seçici olarak inhibe ederler. Penisilinler en yüksek etkiyi aktif olarak çoğalan
bakteriler üzerinde gösterirler; bölünmeyen bakterilerde etkileri ya çok azdır ya da
hiç yoktur. Bakterisid etkilidirler (Strohl ve ark., 2006).
1.1.2. Sefalosporinler
Cephalosporicum acremonium isimli bir mantardan elde edilen sürekli
geliştirilerek antibakteriyel tedavide yaygın kullanılan antibiyotik türlerinden biridir
(Öncül, 2002). Gerek yapısal gerekse işlevsel olarak penisilinlere çok yakın beta-
laktam antibiyotikler olup bakterisid etkilidirler (Strohl ve ark., 2006). Bakterisid
etkilerini penisilinlerde olduğu gibi hücre duvar sentezinde rolü olan PBP (penisilin
bağlayıcı protein)’leri inhibe ederek ve otolitik enzimleri aktive ederek gösterirler
(Öncül, 2002). Bunlar, bazı bakteriler tarafından üretilen beta-laktamaz enzimlerinin
inaktive edici etkilerine karşı daha dayanıklıdırlar. Sefalosporinler birinci, ikinci,
üçüncü ve dördüncü kuşak olarak sınıflandırılırlar (Strohl ve ark., 2006).
1.1.3. Karbapenemler
Beta laktam grubu antibiyotiklerden olan karbapenemler, bugüne kadar
geliştirilen en geniş spektrumlu antibiyotiklerdir. Hem gram-pozitif hem de gram-
negatif aerob ve anaerob bakterilere etkilidir. Klinik kullanımda bulunan iki üyesi
1. GİRİŞ Yasemin KAYA
4
imipenem ve meropenemdir. Streptomyces cattleya’dan (bir toprak mantarı) üretilen
tienamisin bu grubun ilk etken maddesidir (Öncül, 2002).
1.1.4. Tetrasiklinler
Tetrasiklinler, aminoglikozitler ve makrolitler gibi bazı antibiyotikler, yapısal
olarak memeli ribozomlarından farklı alt birimlerden oluşan bakteri ribozomlarını
hedef alan etki mekanizmalarına sahiptirler. Tetrasiklinler, bakterilerde ribozomların
30S alt birimine bağlanarak bakterilerde protein sentezini inhibe ederler. Bunlar
geniş spektrumlu antibiyotikler olup bakteriyostatik etki gösterirler (Strohl ve ark.,
2006).
1.1.5. Aminoglikozitler
Aminoglikozitler, bakterilerde protein sentezini engellerler. Duyarlı
bakterilerde oksijene bağımlı bir sistemle hücre içine alınırlar. Tüm aminoglikozitler
bakterisid etkilidir. Sadece aerob bakterilere etkilidirler (Strohl ve ark., 2006).
1.2. Antibiyotiklere Karşı Direnç Gelişimi
Antibiyotik direnci; bir mikroorganizma türünün bazı suşlarının
antibiyotikten etkilenmemesi ya da antibiyotiğe duyarlı bir suşun çeşitli direnç
mekanizmalarından biri ile dirençli hale dönmesi olarak tanımlanır (Demirtürk ve
Demirdal, 2004).
Antimikrobik kemoterapötik maddeler günümüzde etki mekanizmalarına göre
5 gruba ayrılır;
1. Hücre duvarı sentezini inhibe edenler
2. Sitoplazmik membranın yapı ve fonksiyonunu inhibe edenler
3. Protein sentezini inhibe edenler
4. Kimyasal yapılarındaki benzerlik dolayısı ile bakteri metabolizmasını
bozanlar
1. GİRİŞ Yasemin KAYA
5
5. Nükleik asit sentezini inhibe edenler (Baştürk, 2005).
Kazanılmış antibiyotik direnci, ya mikroorganizma kromozomunda oluşan
mutasyonlarla ya da dirençli bir mikroorganizmanın direnç genini duyarlı
mikroorganizmalara aktarması ile ortaya çıkar. Enterobacteriaceae üyelerinde
görülen direncin en önemli kaynağı (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae,
Enterobacter spp.) beta-laktamaz enzimlerdir. Beta-laktamazlar en çok gram-negatif
bakteriler tarafından sentezlenen, dizi analizleri benzediği için penisilin bağlayıcı
proteinlerden türediğine inanılan ve beta-laktam halkası taşıyan antibiyotiklere karşı
dirence neden olan enzimlerdir. Bazı mikroorganizmalar beta-laktamazları doğal
kromozomal bir enzim olarak salgılarken bazıları bakteriler arasında aktarılabilen
plazmidler aracılığı ile salgılanmaktadır (Demirtürk ve Demirdal, 2004).
Direnç sorununu aşacak antibiyotiklerin geliştirilmesinin direnç gelişimine
göre daha yavaş olması ve önemli miktarda ekonomik kaynak gerektirmesi konunun
önemini ortaya koymaktadır. Ayrıca, bugün için Enterococcus, Staphylococcus gibi
bazı bakterilerin neden olduğu infeksiyonların varolan antibiyotiklerin hiçbiri ile
tedavi edilememesi potansiyel bir tehlikedir (Tanır ve Göl, 1999).
Beta-laktam antibiyotiklerini hidrolize eden ve inaktif hale getiren beta-
laktamaz üretimi, başta Enterobacteriaceae üyeleri olmak üzere birçok bakteri
türünün en önemli direnç mekanizmalarından birisidir. Sayıları 350’ye ulaşan beta-
laktamazlardan yaklaşık 150 tanesi geniş spektrumlu beta-laktamazlar olup
plazmidik özellikleri nedeniyle bakteriler arasında aktarılabilirler (Akçam ve ark.,
2004). Tatlı su sistemleri, zayıf karakterli ve antibiyotik dirençliliğe katkısı az olarak
bilinen bakteri populasyonlarını içerir. Bunun yanında birçok tatlı su sisteminde fekal
bakteriler önemli bir sayısal varlığa sahip değildir. Çevresel dirençlilik havuzu hangi
mükemmeliyet derecesi ile ölçülürse ölçülsün fekal orjinli bakteriler dışında kalanlar
da hesaba katılmalıdır (Jones, 1986).
1.3. Bakteriyel Ekstra Kromozomal Genetik Elemanlar
Yapılan yoğun çalışmalar, 1940’lı yılların ortalarından itibaren bakterilerin de
yüksek organizmalar gibi genetik materyale sahip olduğunu ve bakterilerin gen
1. GİRİŞ Yasemin KAYA
6
transfer mekanizmalarını ortaya koymuştur. Bakteriler aseksüel olarak ürer ve
ortadan ikiye bölünme sırasında belirli karakterler nesilden nesile geçer. Bu
özellikler kromozom üzerindeki genler aracılığıyla aktarılır (Akan, 1992).
Kromozom dışında, bakterilerin içinde bulunan, DNA yapısında içinde
bulunduğu hücreye bazı önemli özellikler kazandıran ve bu özellikleri genetik
kontrol altında tutan elementlere plazmid denilmektedir. Plazmidler çift iplikli DNA
molekülünden yapılmış, sitoplazma içinde dairesel yapıda bir uçları ile bakteri
sitoplazmasının bir noktasına bağlanmış şekilde, bakteri kromozomundan ayrı olarak
replike olabilen bakteri kromozomundan daha küçük genetik elementlerdir
(Bilgehan, 2002).
Plazmidler antimikrobiklere ve ağır metallere direnç genleri yanında değişik
virulans faktörlerini de taşıyabilirler. R-plazmidi denen direnç plazmidleri bir veya
daha çok sayıda antibiyotiğe karşı direnç genlerini taşımaktadır. Direnç plazmidleri
diğer duyarlı bakterilere transdüksiyon, transformasyon ve konjugasyon olaylarıyla
geçerek direnç gen paketini aktarır ve böylece direncin yayılmasına neden olur (Gür,
1994).
Plazmid büyüklüklerinin 1-2 milyon dalton arasında değişebildiği
belirtilmektedir (Olgun ve Topal, 1999). Plazmidlerin hepsi kendini replike edebilme
yeteneğinde olup, üzerinde 1-2 veya daha fazla gen taşıyabilirler. Plazmidlerin
bazıları bakteriden bakteriye kendinin transferini sağlayacak transfer genleri taşırlar.
Bu tip plazmidlere konjugatif plazmidler denilmektedir. Bu tür genleri
bulundurmayan plazmidlere ise konjugatif olmayan plazmidler denilmektedir.
Plazmidler kromozom dışında sitoplazmada serbest halde bulunabileceği gibi bakteri
kromozomuyla bütünleşmiş halde epizomik olarak da bulunabilir. F plazmidleri
özelikle konjugasyon olaylarında bulundukları hücreye erkeklik ve dişilik özelliği
kazandırır. F plazmidi bulunan bakterilere verici (erkek), F plazmidi bulunmayan
bakterilere alıcı (dişi) bakteriler denilmektedir. Plazmidler taşıdıkları dirençlilik
genlerini bir bakteriden başka bir bakteriye plazmidlerin aktarılması yolu ile
taşımaktadırlar (Akman, 1983; Bilgehan, 2002).
Plazmidlerin bir genom olmaları bulundukları bakterilerde bazı genetik
olayların kontrolünü yapma özelliği vermektedir. Bazı plazmidlerin hücredeki
1. GİRİŞ Yasemin KAYA
7
fonksiyonları bilinmeyebilir bu tür plazmidlere gizli plazmidler (Cryptic plazmid)
denilmektedir. Plazmidler bir bakteride kendiliğinden oluşabildiği gibi bir başka
bakteriden aktarılma yolu ile meydana gelebilirler. Bir plazmid hücrede
kendiliğinden kaybolabileceği gibi kimyasal ve fiziksel yollarla da yok olabilirler
(Bilgehan, 2002).
Bilinen başlıca plazmidler şunlardır:
1. F faktörleri (Fertilite=Cinsel=Seks faktörleri)
2. F’ faktörleri
3. Col plazmidleri (Kolisinojenik faktörleri)
4. R plazmidleri-RTF faktörleri
5. Stafilokok plazmidleri
6. Virülans plazmidleri
1.3.1. F Faktörleri
Kromozom dışında bağımsız olarak bulunabildiği gibi kromozomla
bütünleşmiş olarak da (epizomik durum) bulunabilmesi, bakteride cinsel olarak
verici (erkek) hücre olma özelliğini kontrol altında tutması ve bakteriden bakteriye
aktarılması gibi özellikleri vardır.
1.3.2. F’ Faktörleri
Kendi genleri ile bakteriye ait genleri taşıyan F faktörleridir. Bu durum hfr
bakterilerde F faktörü epizomik durumdan bağımsız duruma geçerken beraberinde
bakteri DNA’sından bazı genleri de kendine yapışmış olarak alabildiği durumlarda
gözlenir. F faktörünü taşıyan bakteriye F-prime ya da F’ hücresi denir.
1.3.3. Col Plazmidleri (Kolisinojenik Faktörleri)
Koli basillerinin bazı kökenlerinde yine başka koli basillerini eriten maddeleri
(kolisin) oluşturma özellikleri hücrelerin içinde bulunabilen DNA yapısında ve tipik
1. GİRİŞ Yasemin KAYA
8
plazmid niteliği gösteren elementler tarafından sağlanır. Bu elementlere col
plazmidleri adı verilir.
1.3.4. R Plazmidleri-RTF Faktörleri
Bakterilerde antibiyotiklere ve kemoterapötik ilaçlara karşı ekstra
kromozomal dirençliliğin bakteriden bakteriye aktarılmasını yöneten kromozom dışı
elementlerin bulunduğu belirlenmiştir. Bu faktörlere kısaca RTF (rezistans transfer
faktörü) adı verilir. Bakteri hücresi içinde çembersel ya da düz olarak bulunurlar
(Bilgehan, 1994). Bakteri kromozomu ile de integre olabilirler (Arda, 1995). RTF
faktörü bulunduran bakterilerden bu faktörü olmayanlara kemoterapötiklere karşı
direnç genlerinin aktarılması, bu faktörlerin kontrolü altında yapılır (Bilgehan, 1994).
R faktörleri iki bölümden oluşurlar. Biri konjugasyonu ve aktarılmayı
yöneten transfer faktörü (TF) ve diğeri de çeşitli ilaçlara karşı dirençliliği tayin eden
rezistanslık faktörü (RF) veya R determinanttır. Bu faktörler birbirinden bağımsız
olarak aktarılabilirler. Eğer RF transfer edilirse alıcı hücre ilaçlara karşı dirençli hale
gelir. Ancak, RF’nin, TF olmadan tek başına aktarılması olanaksızdır. Bu nedenle
RF’nin aktarılması diğer mekanizmalar tarafından yönetilir.
R faktörünün bir kısmı, zamanla, spontan olarak veya antibiyotik baskısının
kalkması sonu, konakçı bakteriden ayrılabilir. Spontan kaybolmalarda R faktörünün,
kromozomla aynı anda bölünerek kardeş hücrelere aktarılması da rol oynar.
Mutasyonlar sonu da, antibiyotiklere karşı dirençlilik oluşabilmektedir.
Ancak, bu tarz rezistanslık, ekstrakromozomal değil, kromozomaldir. Bazı
durumlarda, yabancı DNA segmentleri hücrelere girer ve kromozomla da birleşebilir
ve mutasyonlara yol açabilir (Arda, 1995).
1.3.5. Staphylococcus Plazmidleri
İçerdikleri plazmidler yönünden Staphylococcus bazı değişik durumlar
göstermektedirler. Genellikle bu plazmidler tek genli plazmidler olup, sık sık bakteri
kromozomu ile bütünleşebilme ve yine ayrılma özelliği gösterebilirler. Bu plazmidler
1. GİRİŞ Yasemin KAYA
9
bakteriyofajlar aracılığı ile transdüksiyon yoluyla bir bakteriden diğerine aktarılırlar.
Bilinen Staphylococcus plazmidlerinin başlıcaları penisilinaz plazmidleri, tetrasiklin
plazmidleri, kloramfenikol plazmidleri, neomisin, kanamisin plazmidleridir
(Bilgehan, 1994).
1.3.6. Virülans Plazmidleri
Bakterilerin sahip oldukları virülans faktörlerin bir kısmı kromozomlarında
kodlanmasına karşın bazıları da plazmid orjinlidir (Arda,1995). Virülans plazmidleri
bakterilerin virülansını etkilerler (Bilgehan, 1994).
1.4. Mikroorganizmalar Arası Genetik Madde Aktarımı
Mikroorganizmalar arasında gerek in vitro ve gerekse in vivo koşullarda gen
veya genetik madde aktarımı meydana gelmektedir. Mikroorganizmalar arasında
genetik madde aktarımı beş farklı tipte meydana gelmektedir. Bunlar;
1- Transformasyon
2- Konjugasyon
3- Transdüksiyon
4- Elektroporasyon
5- Protoplast füzyon
Bu gen transfer mekanizmalarının bazı ortak özellikleri bulunmaktadır (Akan,
1992).
1. Genellikle verici hücre diye adlandırılan ana hücrenin kromozom
parçalarının alıcı hücre diye adlandırılan yavru hücreye transfer edilmesi,
2. Alıcı hücrenin kromozomunun homolog bölgelerinin verici
kromozomunun parçaları ile çiftleşmesini üstlenmesi,
3. Çiftleşme sonunda vericinin genetik materyalinin genellikle haploid
rekombinantlar oluşturmak için alıcı kromozomunda alleik materyalin yerine
geçmesi (buna replacement integration denir),
1. GİRİŞ Yasemin KAYA
10
4. Bazı özel durumlarda plazmid veya bakteriyofaj gibi genetik elementlerin
genetik materyalin tümüne sahip karma bir molekül oluşturmak için bakteri
kromozomu ile rekombine olabilmesi (bu tip rekombinasyon ise additive
recombination diye adlandırılır) dir (Akan, 1992).
1.4.1. Transformasyon
Verici bir hücre tarafından ortama salınan erimiş haldeki çıplak DNA’nın
alıcı bir hücre tarafından alınması sonucu meydana gelen gen transferine
transformasyon adı verilir. Streptococcus pneumonia,Bacillus subtilis, Neisseria spp
ve Haemophilus influenza gibi bazı bakteriler diğer bakterilerin erimesi ile çevreye
yayılan solubl DNA’yı kolaylıkla alırlar. E. coli ve Pseudomonas aeruginosa gibi
bazı bakteriler ise yüksek konsantrasyondaki kalsiyum ve magnezyum gibi divalent
katyonlarda tutulduklarında yabancı DNA’yı alabilirler (Akan, 1992).
1.4.2. Konjugasyon
Bir bakteriye ait genetik maddenin (DNA), aynı cins içinde bulunan veya
aynı türden diğer mikroorganizmaya direk temas veya seks pilusları aracılığı ile
transfer edilmesine konjugasyon denir. Konjugasyon olayı bazı transfer genler
tarafından gerçekleştirilmektir. Bu konuda bilinen en iyi örnek E. coli’deki F-
faktörünü (fertilite faktörü) kodlayan seks pilusu gen transferinde bir köprü
görevindedir (Ippen-Ihler ve Minkley, 1986).
Konjugasyon plazmidle ilişkili olarak 10-8’de 1’e kadar olan bir sıklıkla
değişebilmektedir. Ayrıca herhangi bir plazmidin transfer sıklığı çevresel faktörlerle
de ilişkilidir (Singleton ve Anson, 1985).
Konjugasyon ile genlerin aktarımının doğal ortamlarda, karasal ortamlarda ve
sucul ortamlarda gerçekleştiği bilinmektedir (Dinçer, 1994).
1. GİRİŞ Yasemin KAYA
11
1.4.3. Transdüksiyon
Bir bakteriyofaj aracılığı ile bir bakteriden diğerine genetik materyal
aktarılması olayına transdüksiyon denir (Bilgehan, 1994).
Gram-negatif ( Salmonella sp., E. coli, Shigella sp., Proteus sp. vs) ve gram-
pozitif mikroorganizmalarda (Staphylococcus sp., basiller, vs) bu tarz gen transferine
rastlanmaktadır. Bakterilerde transdüksiyon doğal ortamlarda, karasal ortamlarda ve
sucul ortamlarda gerçekleşebilmektedir (Arda, 1995).
1.5. Agaroz Jel Elektroforezi
DNA molekülünün analizlerinde çok çeşitli yöntemler kullanılmakla beraber
bunların arasında en yaygın ve sık kullanılanı, agaroz jel elektroforezidir. DNA’nın
elektroforetik analizinin temeli, DNA molekülünün elektriksel alanda jel içerisinde
hareketine dayanmaktadır. Jel elektroforezinde ayırıcı ortam agar veya agaroz
olabilir. Bazı durumlarda agaroz-poliakrilamid karışık jel sistemleri kullanılsa da en
yaygın kullanılan agaroz jel sistemidir.
Agaroz kırmızı bir alg türü olan Agar agar’dan elde edilen lineer bir
polisakkarittir. Sıcak suda çözünerek jel haline geçer. Polimerleşmede polisakkaritler
arasında hidrojen bağlarının kurulmasıyla jel yapısı meydana gelir. Ticari olarak
üretilen agarozların saflık dereceleri farklı olmaktadır. Kullanılan agarozun saflık
derecesine göre DNA molekülünün jeldeki göç hızı etkilenmektedir. Kimyasal yapısı
değiştirilerek düşük sıcaklıklarda eriyebilen agaroz tipleri de elde edilmiştir. Bu tip
agarozların ayırım özellikleri oldukça fazladır ve DNA jelden geri kazanılacaksa bu
tip agaroz kullanımı uygundur. Agaroz konsantrasyonu %0.5-1.5 değiştirilerek jelin
por çapı ayarlanabilir. Bu sayede küçük DNA fargmentleri için yüksek, büyük DNA
fragmentleri için düşük agaroz konsantrasyonu kullanılarak DNA molekülünün daha
rahat yürümesi sağlanabilir. Bir DNA molekülünün agaroz jelde görünür hale
gelmesi için ethidium bromürün DNA bağları arasına bağlanarak 300 veya 360
nm’deki UV ışığını absorblaması sonucu floresan etki göstermesi ile olur. Bu etki
1. GİRİŞ Yasemin KAYA
12
DNA konsantrasyonuna bağlı olarak az veya kuvvetli olabilir (Olgun ve Topal,
1999).
1.6. Çalışmanın Amaçları
Günümüzde çevre kirliliği giderek artmakta ve çözülmesi gerekli olan bir
problem halini almaktadır. Çevre kirliliğinde önemli bir boyutu daha çok endüstriyel
faaliyetler alsa da ilaçların çevreye verdiği zararlar ve bunun sonucunda oraya çıkan
çevre kirliliği de önemli bir sorunu ortaya çıkarmaktadır. İlaç kullanımında en
önemli grubu antibiyotikler oluşturmaktadır. Bakteriyel infeksiyonların tedavisinde
kullanılan antibiyotiklerin bilinçli ve bilinçsiz olarak çevreye verilmesi ve
bakterilerde bu antibiyotiklere karşı çeşitli direnç mekanizmalarının gelişmesine
neden olmaktadır.
Bu çalışmada;
Seyhan baraj gölünden izole edilen, Enterobacteriaceae grubu bakterilerin
antibiyotiklere karşı dirençlilik profillerinin belirlenmesi ve bu bakterilerde
antibiyotik dirençliliklerinin kromozomal veya plazmid kökenli olup olmadıklarının
belirlenmesi amaçlanmıştır.
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yasemin KAYA
13
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR
Grabow ve arkadaşları (1975), R-faktörlerinin epidemiyolojisi, antibiyotik
dirençliliğinin tipleri ve R-faktörlerinin orijinleri ile su kalitesi arasındaki ilişkiyi
detaylı olarak araştırıp, yüzey ve kanalizasyon sularının enterik rezervuarı şeklinde
davrandıklarını ve suların kanalizasyon suları ile kontamine olması neticesinde R-
faktörlerinin geniş çaplı alanlara yayıldıklarını bildirmişlerdir.
Cooke (1976), kanalizasyon suları ile kontamine olmuş deniz suyundan izole
ettikleri koliform bakterilerde yüksek frekansta çoklu antibiyotik dirençliliğinin
geliştiğini tespit etmişleridir.
Stewart ve Koditsihek (1980), deniz suyundan izole ettikleri bakterilerle
Escherichia coli’nin laboratuar suşları arasında, antibiyotik direçliliğinin transfer
edilebildiğini ortaya koymuşlardır.
Bell ve arkadaşları (1980), Red Nehri’nden izole ettikleri fekal koliformların
12 antibiyotiğe karşı, Salmonella izolatlarının ise %18’nin bir veya daha fazla
antibiyotiğe karşı dirençli olduklarını saptamışlardır.
Casawell ve Philips (1981), Klebsiella pneumoniae suşlarının transfer
edilebilir antibiyotik dirençliliğinin önemli bir kaynağını oluşturduklarını, 1970’li
yıllarda çok antibiyotiğe dirençli Klebsiella pneumoniae suşlarının salgın halinde
çeşitli hastane infeksiyonlarına sebep olduklarını gentamisin ve sefalotin
dirençliliğinin plazmidler aracılığı ile edilebildiğini bildirmişlerdir.
Knothe ve ark., (1983), sefalosporin dirençliliğinin plazmid kökenli olduğunu
ve Klebsiella pneumoniae suşlarından izole edilen plazmidin, sefotaksim, sefuroksim
diğer sefalosporinler, penisilinler ve gentamisin dirençliliğini hassas suşlara
aktarabildiğini bildirmişlerdir. sefotaksim ve diğer son kuşak beta-laktam antibiyotik
dirençliliklerinin Escherichia coli bakterisine çok kolay aktarabildiğini
belirtmişlerdir.
Kryalikovya ve arkadaşları (1984), Yugoslavya’da atık suların deşarj edildiği
bir nehirden izole ettikleri Enterobactericeae üyelerinin gentamisine dirençli suşlar
olduğunu tespit etmişlerdir.
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yasemin KAYA
14
Finch ve Smith (1987), bazı antibiyotiklere karşı simultan dirençlilik
gelişiminin, plazmidler tarafından meydana getirildiğini bildirmişlerdir.
Büscher ve arkadaşları (1987), kliniksel Enterobacter cloacae izolatlarının
çeşitli beta-laktam grubu antibiyotiklere karşı direnç geliştirdiklerini ve beta-
laktamaz ürettiklerini tespit etmişlerdir.
Rinker ve arkadaşları (1988), ABD’de Monacacy nehrinden aldıkları
numunelerden izole ettikleri 24 adet örneğin 22’sinde beş veya daha fazla
antibiyotiğe dirençli gram-negatif bakteri tespit etmişlerdir.
Çetin ve arkadaşları (1999), hastane infeksiyonu etkeni olarak izole edilen
Enterobacteriaceae ailesinden 117 gram-negatif bakteri suşunun 38’inde (%32.5)
GSBL saptanmıştır. 51 Klebsiella pneumoniae suşunun 24’ünde (%47), Escherichia
coli suşunun altısında (%15.8), 9 Enterobacter aerogenes suşunun dördünde, 7
Enterobacter cloacea suşunun birinde, bir Citrobacter freundii ve bir Enterobacter
sakazakii suşunda GSBL oluşumunu gözlemişlerdir. Çalışma sonucunda denenen
suşlara en etkili antibiyotikleri karbapenem grubunun oluşturduğunu ve bunları
kinolon ve aminoglikozidlerin izlediğini saptamışlardır.
Mathew ve arkadaşları (1999), domuzlardan izole edilen Escherichia coli’nin
farklı yaşlarda ki domuzlar arasında antibiyotik kullanım derecesine bağlı olarak
Echerichia coli’nin gösterdiği antibiyotik dirençliliğini farklı düzeylerde
belirlemişlerdir.
Go-Ni-Urriza ve arkadaşları (2000), İspanya’da evsel ve endüstriyel atık
suların deşarj edildiği Arga nehrinden izole ettikleri Enterobacteriaceae sp.
suşlarının %72’sinin, Aeromonas sp. suşlarının ise %20’sinin nalidiksik asite karşı
dirençli olduğunu tespit etmişleridir. Enterobacteriaceae sp izolatlarının tetracycline
%24.3, beta-laktamlara %20.5 dirençli oldukların, Aeromonas sp izolatlarının ise
tetrasikline %27.5, co-trimoksazole %26.6 dirençli bulmuşlardır.
Cesur ve arkadaşları (2001), yaptıkları çalışmada yatan hastalara ait idrar
örneklerinden izole edilen Escherichia coli, Klebsiella türleri ve Pseudomonas
aeruginosa suşlarının antibiyotiklere duyarlılıklarını izlemişler ve suşlarda ampisilin
ve trimetoprim/ sulfametoksazole direnç oranını yüksek bulmuşlardır.
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yasemin KAYA
15
Karbapenemler, kinolonlar ile 3. ve 4. kuşak sefalosporinlerin suşlara en etkili
antibiyotikler olduklarını bulmuşlardır.
Otkun ve arkadaşları (2001), Salmonella typhimurium’un klinik
infeksiyonlardan izole edilen 75 suşun dirençlilik mekanizmasını araştırmışlar,
üretilen 22 suşun 20 tanesinin aminoglikozitlere, 12 suşun ise
trimethoprimsulfamethoksazol’e karşı dirençlilik gösterdiğini belirlemişlerdir.
Thimm ve arkadaşları (2001), atık sular ile sulanmış arazilerde bazı
antibiyotiklere karşı dirençli olan Escherichia coli’lere yüksek miktarda
rastlamışlardır.
Çiftçi ve arkadaşları (2003), yanık ünitesinde yatan hastaların yara ve kan
kültürlerinde üreyen mikroorganizmalar ve bunların çeşitli antibiyotiklere
duyarlılıklarını belirlemişlerdir. Hastaların toplam 108 kültüründen en sık izole
edilen mikroorganizmalar, sıklık sırasıyla, Pseudomonas aeruginosa (50/%46.2),
Acinetobacter spp. (24/%22.2) ve metisiline dirençli Stapylococcus aureus (9/%8)
olarak tespit etmişlerdir. İzole edilen bakterilerde yüksek oranda ve çoklu antibiyotik
direncini saptamışlardır.
Aslım ve arkadaşları (2004), Türkiye’deki farklı köy ve kasabalardan
toplanan yoğurt örneklerinden 34 suş Streptococcus thermophilus olarak teşhis
etmişlerdir. 34 S. thermophilus suşunun antibiyotik dirençlilikleri ve plazmid
içeriklerini incelemişlerdir. Bir çok suş gentamisin (%79) ve penisilin G’ye (%64)
dirençlilik gösterdiğini belirlemişler, suşların %88 oranında tetrasikline, %94
oranında da kloramfenikole duyarlılık gösterdiğini tespit etmişlerdir. Plazmid DNA
analizlerinde ise 7 suşun plazmid DNA içermediğini, plazmid DNA’sı içeren
suşlarda ise sayısının 1 ve 5 arasında, moleküler ağırlıklarının ise 1,88-19,89 kb
arasında olduğunu tespit etmişlerdir. Bir veya hiç plazmide sahip olmayan suşların
birçok antibiyotiğe duyarlı olduğunu belirlemişlerdir. Beş plazmid DNA’ya sahip 3
suşun da bir çok antibiyotiğe dirençli olduğunu belirlemişlerdir.
Karayakar ve arkadaşları (2004), Mersin kıyı şeridinden aldıkları su
örneklerinden izole edilen Escherichia coli bakterilerinin, III. Kuşak
antibiyotiklerden Sefazol (CF), Seftriakson (CRO) ve Sefizoks (ZOX)'a karşı doğal
dirençlilik frekansları saptamışlardır. Doğal ve plazmide bağlı dirençlilik, en fazla
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR Yasemin KAYA
16
Sefazol (CF) antibiyotiğine karşı gelişirken bunu sırasıyla Sefizoks (ZOX) ve
Seftriakson (CRO)'a karşı dirençliliğin izlediğini ortaya koymuşlardır.
Yılmaz ve arkadaşları (2005), idrar yolu infeksiyonu etkenlerini ve bunların
antibiyotiklere duyarlılıklarını saptamışlardır. İdrar örneklerinden sık izole edilen
etkenler sırasıyla, Escherichia coli (%51.5), Klebsiella pneumoniae (%11) ve
Enterococcus faecalis (%6.2) olarak bulmuşlardır. Poliklinik hastalarından izole
edilen E. coli’nin antibiyotik duyarlılığı seftriaksona %92.6, gentamisine %90.2,
siprofloksasine %82.5, kotrimoksazole %47.4 olarak bulmuşlardır. Yatan hastalarda
en etkili antibiyotikler E. coli için meropenem %98.9, imipenem %96.4, sefepim
%95.7, amikasin %94.6, seftriakson %87, Klebsiella pneumoniae için meropenem
%97.8, imipenem %96, amikasin %80.7, Acinetobacter baumannii için meropenem
%85.8 ve imipenem %81 olarak bulmuşlardır.
Erkan ve Vural (2006), Dicle Nehri’nin hijyenik kalitesi üzerine yapmış
oldukları çalışmada su numunelerini toplam mezofilik aerob bakteri,
Enterobactericeae, koliform, Escherichia coli, Staphylococcus-Micrococcus,
Staphylococcus aureus, küf-maya, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae,
Yersinia enterocolitica ve anaerob bakteri sayısı yönünden incelemişler ve
örneklerdeki koliform ve E.coli kontaminasyonunu sırasıyla, %100 ve %90 olarak
bulmuşlardır.
3. MATERYAL ve METOD Yasemin KAYA
17
3. MATERYAL ve METOD
3.1. Materyal
3.1.1. Bakteri Suşları
Balcı (2007) tarafından Seyhan Baraj Gölü’nden 02.11.2005,
29.12.2005,22.03.2006 ve 20.06.2006 tarihlerinde, arazi üzerinde belirlenen 7 farklı
istasyondan alınan su örnekleri laboratuara getirilip, bakteri izolasyon yöntemleri
uygulanarak saf kültür halinde elde edilen, identifikasyonları ve antibiyogramları
yapılan bakteri suşları çalışmamızda kullanılmıştır.
3.1.2. Kullanılan Besiyerleri
3.1.2.1. LB (Luria-Bertoni) Buyyon (pH:7.5)
LB buyyon izole edilen bakterilerin zenginleştirilmesi için kullanılmıştır
(Manniatis ve ark., 1982).
Bileşimi g/L
Tripton 10
Maya 5
NaCl 10
3.1.2.2. Plate Count Agar (PCA)
PCA agar elde edilen bakteri suşlarının stok kültürünü yapmak için
kullanılmıştır (Halkman, 1995).
3. MATERYAL ve METOD Yasemin KAYA
18
Bileşimi g/L
Pepton 5 g
Yeast extract 2,5 g
D(+) Glukoz 1 g
Agar 12 g
3.1.3. Kullanılan Çözeltiler
3.1.3.1. Plazmid izolasyon Kiti
Çalışmamızda kullandığımız bakteri suşlarının plazmidlerinin izolasyonunda
hazır plazmid izolasyon kiti kullanılmıştır (Roche applied science high pure plazmid
isolation kit. Cat no: 11 754 777 001).
Çalışmalarda kullanılan plazmid izolasyon test kiti içeriği aşağıdaki gibidir.
Süspansiyon Çözeltisi (25 mL): 50 mM Tris-HCl ve 10 mM EDTA, pH 8.0
(25°C)
RNase A (2,5 mg): Süspansiyon çözeltisi içerisinde çözdürülmüştür.
Lizis Çözeltisi (25 mL): 0.2 M NaOH ve %1 SDS
Binding Buffer (25 mL): 4 M guanidin hidroklorit ve 0.5 M potasyum
asetat, pH 4.2
Yıkama Çözeltisi I: 5 M guanidin hidroklorit, 20 mM Tris-HCl, pH 6.6
(25°C). 33 mL. Yıkama çözeltisi I’i kullanmadan önce içerisine 20 mL susuz etil
alkol eklenmiştir.
3. MATERYAL ve METOD Yasemin KAYA
19
Yıkama Çözeltisi II: 20 mM NaCl, 2 mM Tris-HCl, pH 7.5 (25°C). 10 mL.
Yıkama çözeltisi II’i kullanmadan önce çözelti içerisine 40 mL susuz etil alkol
eklenerek hazırlanmıştır.
Elusyon Çözeltisi (40 mL): 10 mM Tris-HCl, pH 8.5 (25°C)
Filtrasyon Tüpü: 700 µL hacimli 50 tüp
Toplama Tüpü: 2 mL’lik 50 polipropilen tüp
3.1.3.2. 10 X TBE (Tris-Borik asit-EDTA) Solüsyonu
Tris 21.6 g
Borik Asit 11 g
EDTA 1.86 g
Tartılarak son hacim 200 mL olacak şekilde saf suda çözülür ve pH 8,3’e
ayarlanır (Manniatis ve ark., 1982).
3.1.3.3. Agaroz jel (%1) 70 mL
Agaroz 0,7 g
10x TBE Solüsyonu 7 mL
Distile su 63 mL
Agaroz, homojen bir karışım oluşuncaya kadar ısıtılarak eritilir (Manniatis ve
ark., 1982).
3. MATERYAL ve METOD Yasemin KAYA
20
3.1.3.4. Örnek Yükleme Tamponu
Brom fenol mavisi % 0.25
Gliserol % 10
100 mL saf suda çözülerek elde edilir (Manniatis ve ark., 1982).
3.1.3.5. Yürütme Tamponu 1x
10x TBE tamponunun 10 kat sulandırılmasıyla elde edilir (Manniatis ve ark.,
1982).
3.1.3.6. Stok Boyama Solüsyonu
Ethidium bromür 1 g
Distile su 100 mL
Boya tamamen çözündükten sonra koyu renkli şişede +4 C’de saklanır
(Manniatis ve ark., 1982).
3.1.3.7. Boyayı Geri Alma Solüsyonu
MgSO4 0.04 g
Distile su 200 mL
200 ml distile su içerisinde MgSO4 çözülmüştür. Elde edilen çözelti 1 mM
MgSO4 çözeltisidir.
3. MATERYAL ve METOD Yasemin KAYA
21
3.1. Metod
3.2.1. Örnek Toplama İstasyonlarının Özellikleri
Şekil 3.1. Örnek toplama istasyonları (Balcı, 2007)
3. MATERYAL ve METOD Yasemin KAYA
22
Çizelge 3.1. Örnek Toplama İstasyonlarının Özellikleri (Balcı, 2007) İstasyonlar Özellikleri
Birinci istasyon Seyhan nehrinin ilk giriş noktasıdır.
İkinci istasyon Seyhan nehrinin baraj suyuyla karıştığı nokta olup yeni yapılmış henüz kullanımda olmayan yerleşim yerlerinin bulunduğu istasyondur.
Üçüncü istasyon Çakıt nehrinin baraja döküldüğü ilk noktadır.
Dördüncü istasyon Çakıt nehrinin yerleşim yerlerine olan başlangıç noktasıdır.
Beşinci istasyon Çakıt ile Seyhan nehrinin baraj suyuyla birleştiği yerdir.
Altıncı istasyon İki su kaynağının gölün suyuyla karıştığı bölge, Adnan Menderes yarımadasının orta bölgesidir
Yedinci istasyon Suyun drenaj noktasına gittiği bölge, Kayıkhanenin karşısıdır.
3.2.2. Çoklu Antibiyotik Direnci (MAR) İndeksi
Çoklu antibiyotik dirençliliği (MAR) indeksi test organizmalarının dirençli
olduğu antibiyotik sayısının toplam denenen antibiyotik sayısına oranı ile
hesaplanmaktadır. Çoklu antibiyotik dirençliliği (MAR) indeksi verilen
populasyonlarda bakteri direnç yayılımını göstermektedir. Hesaplanan MAR indeksi
sonucu eğer 0.2’den daha büyükse birkaç antibiyotiğin kullanıldığı ortam kökenli
bakteri suşlarının varlığını gösterir (Ehinmidu, 2003).
3.2.3. Bakterilerden Plazmid İzolasyonu
1. Plazmid izole edilecek mikroorganizmanın LB buyyon besiyerinde bir
gecelik taze kültürü hazırlanarak bu kültürden 0.1 mL alınıp 10 mL’lik LB buyyon
besiyerine inokulasyonu yapılmıştır. 4-6 saat 37°C’de üretildikten sonra, örneğin
tamamı 100 mL’lik LB buyyon besiyerine aktarılmış ve 2 saatlik inkübasyondan
sonra ortama son konsantrasyon 170 µg/mL olacak şekilde chloramphenicol ilave
edilerek bir gece üremeye bırakılmıştır.
2. Prosedüre başlamadan önce binding buffer buz üzerinde bekletilmiştir.
3. MATERYAL ve METOD Yasemin KAYA
23
3. Başlama materyalleri hazırlanır:
Bakteri kültürünün 0.5-4 mL’si steril mikrosantrifüj tüplerine aktarılmış
6000xg’de santrifüj edilmiştir.
Bakteri hücreleri çökelti haline geldikten sonra üst faz atılmıştır.
Çökeltinin üzerine 250 µL RNase A eklenmiş olan süspansiyon çözeltisi
eklenmiştir.
Bakteriyal pelet resüspanse edilmiştir.
4. Resüspanse edilmiş bakteri çökeltisine aşağıdaki maddeler sırasıyla
uygulanmıştır.
Tüplere 250 µL lizis çözeltisi eklenip, 3-6 defa yavaşça alt üst ederek
karıştırılmıştır.
5 dakika +15- +25 °C’de inkübe edilmiştir. 5 dakikadan fazla inkübe edilmez.
5. Lize edilmiş solüsyona sırasıyla şu işlemler uygulanmıştır.
Tüplere 350 µL soğutulmuş binding buffer eklendikten sonra tüpler yavaşça
alt üst edilmiştir ve buz üzerinde 5 dakika bekletilmiştir.
Buz üzerinde bekletildikten sonra yaklaşık olarak 10 dakika 13000xg’de
santrifüj edilir.
6. Santrifüj edildikten sonra;
Bir filtrasyon tüpü bir toplama tüpü içerisine yerleştirilerek elde edilen bütün
süpernatant filtrasyon tüpü içerisine aktarılmıştır.
Bütün toplama tüplerinin içerisine yerleştirilmiş olan filtrasyon tüpleri
mikrosantrifüj içerisine yerleştirilip, 1 dakika 13000xg’de santrifüj edilmiştir.
7. Santrifüjden sonra;
Toplama tüpünden filtrasyon tüpü taşınıp, toplama tüpü içerisindeki akışkan
sıvı atılmıştır ve yeniden filtrasyon tüpü aynı toplama tüpü içerisine yerleştirilmiştir.
Eğer bakteri kültürü yüksek miktarda nükleaz içeriyorsa isteğe bağlı yıkama
adımı uygulanır, yoksa bir sonraki adıma geçilir.
İsteğe bağlı yıkama adımı:
Yüksek nükleaz aktivitesini preparasyondan elimine edilmiştir ve 500 µL
yıkama çözeltisi-I filtrasyon tüpüne eklenmiştir.
1 dakika 13000xg’de santrifüj edilir.
3. MATERYAL ve METOD Yasemin KAYA
24
8. Hücreleri yıkama:
700 µL yıkama çözeltisi-II filtrasyon tüpüne eklenmiştir.
30-60 saniye 13000xg’de santrifüj edilmiş ve toplama tüpü içerisine toplanan
akışkan sıvı atılmıştır.
9. Akışkan sıvı atıldıktan sonra;
Bütün filtrasyon tüpleri içerisine hiçbir madde eklenmeden ek olarak 1 dakika
daha santrifüj edilmiştir.
Ekstra santrifüj zamanı yıkama solüsyonunun kalıntısının taşınmasını
sağlamak için yapılmıştır.
10. DNA’yı elüt etmek için;
Filtrasyon tüpleri 1,5 mL’lik steril mikrosantrifüj tüplerinin içerisine
yerleştirilerek, 100 µL elüsyon çözeltisi veya ddw (pH=8,0-8,5) filtrasyon tüplerinin
içerisine aktarılmıştır ve 1 dakika 13000xg’de santrifüj edilmiştir.
11. Mikrosantrifüj tüpü elde edilmiş plazmid DNA’sını içermektedir. +2-
+8°C’de veya daha sonra yapılacak analizler için (-15)- (-25) °C’de saklanmıştır.
3.2.4. Agaroz Jelin Hazırlanması ve Örneklerin Jele Uygulanması
1. % 1’lik jel hazırlamak için 0.7 g agaroz 7 mL 10x TBE tamponu ve 63 mL
saf suda çözüldükten sonra ısıtılarak eritilmiştir.
2. Çözelti yaklaşık 40°C’ye kadar soğutulup, 15x20x5 cm boyutlarındaki jel
kutusuna dökülmüştür ve üzerine jel tarağı yerleştirilmiştir.
3. Jel tamamen donduktan sonra tarak dikkatlice ayrılmıştır.
4. 20-25 µL’lik miktarlarda DNA örnekleri alınarak 5 µL yükleme
tamponuyla karıştırıldıktan sonra mikropipet ile örnek çukurlarına doldurulmuştur.
5. Separe edilen nükleik asitlerin moleküler ağırlıklarını belirlemek amacı ile
jeldeki çukurlardan birine 3 µL marker DNA (Sıgma Lambda DNA Hınd III Digest
Aqueous Solution) yüklenmiştir.
6. Jel agaroz aparatına yerleştirilmiştir.
7. Aparata jelin üzerini kaplayacak kadar yürütme tamponu konulmuştur. 10
V/ cm2 voltaj uygulanarak 4 saat yürütme işlemi gerçekleştirilmiştir. Separasyon
3. MATERYAL ve METOD Yasemin KAYA
25
zamanını sonlandırmak için, yükleme tamponunda bulunan brom fenol mavisinin
jelde katettiği mesafe bize yol gösterir.
3.2.5. DNA’nın Ethidium Bromid ile Boyanması
1. Elektroforez işlemi tamamlanınca jel elektroforez aparatından alınıp
boyama kabına konulmuştur ve jel üzerine 0.5 µg/mL konsantrasyonda ethidium
bromid boyama solüsyonu konarak 45 dk. boyanmıştır.
2. Boyanın fazlası jeli 1 mM MgSO4 solüsyonu ile 15 dk. muamele etmek
suretiyle geri alınmıştır.
3. Jel daha sonra U.V. transillüminatör üzerine konarak fotoğrafları
çekilmiştir (Manniatis ve ark., 1982).
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
26
4. BULGULAR ve TARTIŞMA
4.1. Bakterilerin Antibiyotik Dirençlilik Profillerinin Çıkarılması
Çizelge 4.1. Bakterilerin gösterdikleri dirençlilik dağılımları (Balcı, 2007)
BAKTERİ NO
BAKTERİ ADI
ANTİBİYOTİKLER
CRO 30
µg/mL
GEN 30
µg/mL
CZ 30
µg/mL
CEF 30
µg/mL
AMP 25
µg/mL
STR 10
µg/mL
IPM 10
µg/mL 1 E.coli H H H H R H H 2 E.coli R H H H H H H 3 T.E H R H H H H H 4 T.E H H H H H R H 5 E.coli H H H R H H H 6 En.clo H H H H H H R 7 Citro. H H R H H H H 8 Kleb. R H H H H R H 9 En.clo H H H H H R R
10 E.coli H H H H R R H 11 E.coli R H H H H H R 12 E.coli H R R H H H H 13 E.coli H H H R H R H 14 En.aer H H R H H R H 15 En.clo H H R H R H H 16 T.E H H R H H H R 17 Citro. H H R R H H H 18 Citro. H H R R H H H 19 E.coli R H H H H R R 20 E.coli R H R H H H R 21 En.clo R H R R H H H 22 E.coli R H R R H H H 23 T.E H R R R H H H 24 T.E H H R R H R H 25 T.E H H R R H H R 26 T.E H H R H R H R
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
27
Çizelge 4.1.’in devamı
BAKTERİ NO
BAKTERİ ADI
ANTİBİYOTİKLER
CRO 30
µg/mL
GEN 30
µg/mL
CZ 30
µg/mL
CEF 30
µg/mL
AMP 25
µg/mL
STR 10
µg/mL
IPM 10
µg/mL 27 En.clo R H R H H R H 28 En.clo H H R H R R H 29 Kleb. H H R R H R H 30 Kleb. H H R R R H H 31 En.clo R H R H H R H 32 Citro. H H R R H H R 33 En.clo H H R R R H H 34 En.clo H H R H R H R 35 Citro. R H R H R R H 36 En.clo R H R H R R H 37 En.clo R H R R R H H 38 En.clo R H R R R H H 39 En.clo R H R R R H H 40 En.clo R H R R R H H 41 En.clo R H R R R H H 42 En.clo R H R R R H H 43 En.clo R H R R R H H 44 En.clo R H R R R H H 45 En.clo R H R R R H H 46 En.clo R H R R R H H 47 E.coli R R R R H H H 48 E.coli R R R R H H H 49 E.coli H R R R H R H 50 T.E R H R R H R H 51 E.coli R H R R H R H 52 T.E R H R R H R H 53 T.E R H R R H R H 54 T.E R H R R H R H 55 T.E R H R R H R H 56 T.E R H R R H R H
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
28
Çizelge 4.1.’in devamı
BAKTERİ NO
BAKTERİ ADI
ANTİBİYOTİKLER CRO
30 µg/mL
GEN 30
µg/mL
CZ 30
µg/mL
CEF 30
µg/mL
AMP 25
µg/mL
STR 10
µg/mL
IPM 10
µg/mL 57 En.clo R R R H R H H 58 E.coli R R R H R H H 59 En.clo R R R H R H H 60 En.clo R R R H R H H 61 Citro. H H R R R H R 62 En.clo R H R R R R H 63 E.coli R R R R R H H 64 E.coli R R R R R H H 65 En.clo R R R R R H H 66 En.clo R R R R R H H 67 T.E R H R R R R H 68 E.coli R H R H R R R 69 E.coli R H R R R R H 70 E.coli R H R R R R H 71 E.coli R H R R R R H 72 E.coli R H R R R R H 73 En.clo H H R H H H H 74 E.coli R R R R R R R 75 E.coli H H H R H H H 76 E.coli H R H H H H H 77 Citro. H H H H H R H 78 E.coli H H H H H H R 79 En.clo R R R R R H R 80 En.clo R R R R R H R 81 En.clo H H H H R H H 82 E.coli R H H H H H H 83 E.coli R H R R R R H 84 E.coli R H R R R R H 85 E.coli R H R R R R H 86 E.coli R H R R R R H 87 E.coli R H R R R R H 88 E.coli R H R R R R H
CRO: Ceftriaxon, GEN: Gentamisin, CZ: Cefazolin, CEF: Cefuroksim, AMP: Ampicilin, STR: Streptomisin, IPM: Imipenem. E.coli: Escherichia coli, En.clo: Enterobacter cloacae, En.aer: Enterobacter aerogeneses, Kleb.: Klebsiella, pneumoniae, Citro.:Citrobacter freundii, T.E: Tespit Edilemedi, R: Dirençli, H: Hassas
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
29
Çalışılan bakteri suşlarında 33 bakteri suşunun Escherichia coli (% 37.5), 30
bakteri suşunun Enterobacter cloacae (% 34.1), 3 bakteri suşunun Klebsiella (%
3.4), 7 bakteri suşunun Citrobacter freundii (% 7.95), 1 bakteri suşunun
Enterobacter aerogenesis (% 1.14) olduğu görülmüştür ve 14 bakteri suşunun (%
15.91) tanımlaması yapılamamıştır.
Bu bakterilerin dirençlilik analizi yapıldığında bakterilerin antibiyotiklere
karşı gösterdikleri dirençlilik düzeyleri şu şekilde gerçekleşmiştir.
CRO antibiyotiğine karşı toplam 55 bakteri suşunda (% 62.5), GEN
antibiyotiğine karşı toplam 18 bakteri suşunda (% 20.45), CZ antibiyotiğine karşı
toplam 70 bakteri suşunda (% 79.5), CEF antibiyotiğine karşı toplam 54 bakteri
suşunda (% 61.36), AMP antibiyotiğine karşı toplam 46 bakteri suşunda (% 52.27),
STR antibiyotiğine karşı toplam 37 bakteri suşunda (42.05), IPM antibiyotiğine karşı
toplam 16 bakteri suşunda (% 18.2) direnç gözlenmiştir.
Seyhan baraj gölünden izole edilen 88 bakterinin kullanılan 7 antibiyotiğe
karşı gösterdikleri direçlilikte bir bakterinin kullanılan tüm antibiyotiklere karşı
dirençli olduğu görülmüştür. Benzer şekilde yapılan çalışmalarda kanalizasyon suları
ile kontamine olmuş yüzey suyundan izole edilen fekal kökenli koliform bakterilerde
yüksek frekansta çoklu antibiyotik dirençliliğinin olduğu belirtilmektedir (Cooke,
1976). Bell ve arkadaşları (1980), Red nehrinden izole ettikleri fekal koliformların 12
antibiyotiğe karşı dirençli olduklarını belirtmektedirler.
Armstrong ve arkadaşları (1982), çeşitli içme suyu sistemlerindeki
bakterilerde çoklu antibiyotik dirençliliğinin önemli derecede arttığını
göstermişlerdir. Yaptığımız bu çalışmada farklı bölgelerden farklı zamanlarda izole
edilen benzer özelliklere sahip olan Enterobacteriaceae grubu bakterilerin
gösterdikleri antibiyotik dirençlilik düzeylerinin farklı olduğu görülmektedir.
Çalışmamızda 14 bakterinin tek bir antibiyotiğe karşı direnç gösterdiği bunun
yanında tek bir izolatın ise kullanılan tüm antibiyotiklere karşı dirençli olduğu
görülmektedir. Bu durum Armstrong ve arkadaşlarının (1982) belirttiği gibi zamanla
organizmaların multiple antibiyotik dirençliliğinin geliştiğini göstermektedir.
Karayakar ve arkadaşları (2004), Mersin kıyı şeridinden aldıkları su örneklerinden
izole edilen Escherichia coli bakterilerinin, III. Kuşak antibiyotiklerden Sefazol
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
30
(CF), Seftriakson (CRO) ve Sefizoks (ZOX)'a karşı doğal dirençlilik frekanslarını
saptamışlardır. Doğal ve plazmide bağlı dirençlilik, en fazla Sefazol (CF)
antibiyotiğine karşı gelişirken bunu sırasıyla Sefizoks (ZOX) ve Seftriakson (CRO)'a
karşı dirençliliğin izlediği ortaya koymuşlardır.
4.2. Çoklu Antibiyotik Dirençliliği (MAR) İndeksi
Çizelge 4.2. Bakterilerin MAR indeksi-1
0,000
0,050
0,100
0,150
0,200
0,250
0,300
1- E.co
li
2- E
.coli
3- T.E
.
4- T.E
.
5- E
.coli
6-En.cl
o
7- C
itro
8- K
leb.
9- En.c
lo
10- E.co
li
11- E.co
li
12- E
.coli
13- E
.coli
14- En.ae
r
15- En.c
lo
MA
R İN
DE
KS
İ
Yapılan hesaplamalara göre bu çizelgede, 7 bakteri suşunun MAR indeksi
0.142 olarak tespit edilmiş olup, bu bakteri suşları Escherichia coli, Enterobacter
cloacae, Citrobacter freundii olarak belirlenmiş ve 2 bakteri suşunun ise tespiti
yapılamamıştır. Diğer 8 bakteri suşunun MAR indeksi ise 0.285 olup bu bakteri
suşlarını ise Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae, Escherichia coli,
Enterobacter aerogeneses oluştumaktadır.
Buradaki bakteri suşlarından 1 numaralı Escherichia coli 7. istasyonun dip
bölgesinden, 2 numaralı Escherichia coli 5. istasyonun dip bölgesinden, 3 numaralı
T.E. 3. istasyonun dip bölgesinden, 4 numaralı T.E. 1. istasyonun dip bölgesinden, 5
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
31
numaralı Escherichia coli 1. istasyonun yüzey bölgesinden, 6 numaralı Enterobacter
cloacae 7. istasyonun dip bölgesinden, 7 numaralı Citrobacter freundii 1. istasyonun
yüzey bölgesinden, 8 numaralı Klebsiella pneumoniae 5. istasyonun dip bölgesinden,
9 numaralı Enterobacter cloacae 5. istasyonun yüzey bölgesinden, 10 numaralı
Escherichia coli 7. istasyonun dip bölgesinden, 11 numaralı Escherichia coli 5.
istasyonun dip bölgesinden, 12 numaralı Escherichia coli 7. istasyonun dip
bölgesinden, 13 numaralı Escherichia coli 6. istasyonun dip bölgesinden, 14
numaralı Enterobacter aerogeneses 4. istasyonun dip bölgesinden, 15 numaralı
Enterobacter cloacae 2. istasyonun yüzey bölgesinden izole edilmiştir.
Çizelge 4.3. İzole edilen bakterilerin MAR indeksi-2
0
0,05
0,1
0,15
0,2
0,25
0,3
0,35
0,4
0,45
16- T.E
.
17- C
itro
18- C
itro
19- E.co
li
20- E.co
li
21- E
n.clo
22-E
.coli
23- T
.E.
24- T
.E.
25- T.E
.
26- T
.E.
27- En.cl
o
28- En.c
lo
29- K
leb.
30- K
leb .
MA
R İN
DE
KS
İ
Bu çizelgede 3 bakteri suşunun MAR indeksi 0.285 olup, bu bakteri
suşlarının 2 tanesi Citrobacter freundii olup diğeri tespit edilememiştir. Diğer 12
suşun MAR indeksi 0.428 olup bu bakteri suşlarını Escherichia coli, Enterobacter
cloacae ve Klebsiella pneumoniae oluşturmaktadır. MAR indeksi 0.428 olarak
belirlenen suşlardan 4 tanesi ise tanımlanamamıştır.
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
32
Buradaki bakteri suşlarından 16 numaralı T.E. 2. istasyonun yüzey
bölgesinden, 17 numaralı Citrobacter freundii 1. istasyonun dip bölgesinden,18
numaralı Citrobacter freundii 1. istasyonun yüzey bölgesinden, 19 numaralı
Escherichia coli 5. istasyonun dip bölgesinden,20 numaralı Escherichia coli 4.
istasyonun yüzey bölgesinden, 21 numaralı Enterobacter cloacae 4. istasyonun dip
bölgesinden, 22 numaralı Escherichia coli 7. istasyonun yüzey bölgesinden, 23
numaralı T.E. 3. istasyonun yüzey bölgesinden, 24 numaralı T.E. 3. istasyonun yüzey
bölgesinden, 25 numaralı T.E. 4. istasyonun yüzey bölgesinden, 26 numaralı T.E. 2.
istasyonun yüzey bölgesinden, 27 numaralı Enterobacter cloacae 4. istasyonun dip
bölgesinden, 28 numaralı Enterobacter cloacae 4. istasyonun yüzey bölgesinden, 29
numaralı Klebsiella pneumoniae 3. istasyonun dip bölgesinden,30 numaralı
Klebsiella pneumoniae 3. istasyonun dip bölgesinden izole edilmiştir.
Çizelge 4.4. İzole edilen bakterilerin MAR indeksi-3
0
0,1
0,2
0,3
0,4
0,5
0,6
31- E
n.clo
32- C
itro
33- E
n.clo
34- En.c
lo
35- C
itro
36- E
n.clo
37- En.c
lo
38- En.c
lo
39- E
n.clo
40- E
n.c lo
41- E
n.clo
42- E
n.clo
43- E
n.clo
44- E
n.clo
45- En.c
lo
MA
R İN
DE
KSİ
Bu çizelgede 4 bakteri suşunun MAR indeksi 0.428 olarak hesaplanmıştır. Bu
bakteri suşlarını Enterobacter cloacae ve Citrobacter freundii oluşturmaktadır. Diğer
11 bakteri suşunun MAR indeksi ise 0.571 olarak belirlenmiştir. Bu bakteri suşlarını
ise Enterobacter cloacae türü oluşturmaktadır.
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
33
Buradaki bakteri suşlarından 31 numaralı Enterobacter cloacae 4. istasyonun
dip bölgesinden, 32 numaralı Citrobacter freundii 7. istasyonun yüzey bölgesinden,
33 numaralı Enterobacter cloacae 2. istasyonun dip bölgesinden, 34 numaralı
Enterobacter cloacae 2. istasyonun yüzey bölgesinden, 35 numaralı Citrobacter
freundii 7. istasyonun dip bölgesinden, 36 numaralı Enterobacter cloacae 6.
istasyonun dip bölgesinden, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43 ve 44 numaralı Enterobacter
cloacae 6. istasyonun dip bölgesinden, 45 numaralı Enterobacter cloacae 4.
istasyonun dip bölgesinden izole edilmiştir.
Çizelge 4.5. İzole edilen bakterilerin MAR indeksi-4
0
0,1
0,2
0,3
0,4
0,5
0,6
46- E
n.clo
47- E
.coli
48- E
.coli
49- E.co
li
50- T
.E.
51- E
.coli
52- T.E
.
53- T
.E.
54- T
.E.
55- T
.E.
56- T.E
.
57- E
n.clo
58- E
.coli
59- E
n.clo
60- En.c
lo
MA
R İN
DE
KSİ
Bu çizelgede bütün bakteri suşlarının MAR indeksleri 0.571 olarak tespit
edilmiştir. Bu bakteri suşlarını Enterobacter cloacae, Escherichia coli ve tespit
edilemeyen bakteri türleri oluşturmaktadır.
Buradaki bakteri suşlarından 46 numaralı Enterobacter cloacae 4. istasyonun
dip bölgesinden, 47 ve 48 numaralı Escherichia coli 7. istasyonun dip bölgesinden,
49 numaralı Escherichia coli 6. istasyonun dip bölgesinden, 50 numaralı T.E.
4.istasyonun dip bölgesinden, 51 numaralı Escherichia coli 4. istasyonun dip
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
34
bölgesinden, 52, 53, 54, 54, 55 ve 56 numaralı T.E. 4. istasyonun dip bölgesinden, 57
numaralı Enterobacter cloacae , 58 numaralı Escherichia coli, 59 ve 60 numaralı
Enterobacter cloacae 6. istasyonun dip bölgesinden izole edilmiştir.
Çizelge 4.6. İzole edilen bakterilerin MAR indeksi-5
0
0,2
0,4
0,6
0,8
1
1,2
61- C
itro
62- E
n.clo
63- E
.coli
64- E.co
li
65- E
n.clo
66- En.c
lo
67- T
.E.
68- E.co
li
69- E
.coli
70- E
.coli
71- E
.coli
72- E
.coli
73- E
n.clo
74- E
.coli
75- E.co
li
MA
R İN
DE
KSİ
Bu çizelgede bir bakteri suşunun Mar indeksi 0.485 olup, bu bakteri suşu
Citrobacter freundii’dir. Geriye kalan bakteri suşlarından 11 tanesinin MAR indeksi
0.714’tür. bu bakteri suşları arasında Enterobacter cloacae, Escherichia coli ve tespit
edilemeyen bakteri suşu bulunmaktadır. İki bakteri suşunun MAR indeksi 0.142 olup
bu bakteriler Enterobacter cloacae ve Escherichia coli’dir. Bir bakteri suşu ise bütün
antibiyotiklere dirençli olup MAR indeksi 1.000’dır.
Buradaki bakteri suşlarından 61 numaralı Citrobacter freundii 2. istasyonun
dip bölgesinden, 62 numaralı Enterobacter cloacae, 63 ve 64 numaralı Escherichia
coli, 65 ve 66 numaralı Enterobacter cloacae 6. istasyonun dip bölgesinden, 67
numaralı T.E. 4. istasyonun dip bölgesinden, 68 numaralı Escherichia coli 4.
istasyonun yüzey bölgesinden, 69, 70, 71 ve 72 numaralı Escherichia coli 2.
istasyonun dip bölgesinden, 73 numaralı Enterobacter cloacae 5. istasyonun dip
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
35
bölgesinden, 74 numaralı Escherichia coli 5. istasyonun yüzey bölgesinden, 75
numaralı Escherichia coli 6. istasyonun dip bölgesinden izole edilmiştir.
Çizelge 4.7. İzole edilen bakterilerin MAR indeksi-6
0
0,1
0,2
0,3
0,4
0,5
0,6
0,7
0,8
0,9
76- E
.coli
77- C
itro
78- E.co
li
79- E
n.c lo
80- E
n.clo
81- En.c
lo
82- E
.coli
83- E
.coli
84- E
.coli
85- E
.coli
86- E.co
li
87- E.co
li
88- E
.coli
MA
R İN
DE
KSİ
Bu çizelgede 5 bakteri suşunun MAR indeksi 0.142 olarak belirlenmiştir. Bu
bakteri suşları Escherichia coli, Citrobacter freundii ve Enterobacter cloacae
türleridir. Geriye kalan bakteri suşlarından 6 tanesinin MAR indeksi 0.714 olarak
belirlenmiş olup, bu bakteri suşlarını ise Escherichia coli türü oluşturmaktadır. Diğer
2 bakterinin ise MAR indeksi 0.857 olup, bu bakteri suşlarını ise Enterobacter
cloacae oluşturmaktadır.
Buradaki bakteri suşlarından 76 numaralı Escherichia coli 7. istasyonun
yüzey bölgesinden, 77 numaralı Citrobacter freundii 3. istasyonun yüzey
bölgesinden, 78 numaralı Escherichia coli 5. istasyonun dip bölgesinden, 79 ve 80
numaralı Enterobacter cloacae 6. istasyonun dip bölgesinden, 81 numaralı
Enterobacter cloacae 4. istasyonun yüzey bölgesinden, 82 numaralı Escherichia coli
7. istasyonun dip bölgesinden, 83, 84, 85, 86, 87 ve 88 numaralı Escherichia coli 2.
istasyonun dip bölgesinden izole edilmiştir.
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
36
Çalışmada izole edilen bakterilerin toplamı hesaba katıldığında 14 bakteri
suşunun (% 15.90) MAR indeksi 0.142, 11 bakteri suşunun (% 12.5) MAR indeksi
0.285, 16 bakteri suşunun (% 18.2) MAR indeksi 0.428, 27 bakteri suşunun (%
30.68) 0.571, 17 bakteri suşunun (% 19.32) 0.714, 2 bakteri suşunun (% 2.27) 0.857
ve bir bakteri suşunun (% 1.14) 1,000’dir.
Yüzey sularından izole edilen bakterilerin antibiyotik kullanımına bağlı
olarak gösterdikleri çoklu antibiyotik dirençliliği artmaktadır. Benzer konularda
yapılan çalışmalarda elde edilen bulgular sonuçları desteklemektedir. Go-Ni-Urriza
ve arkadaşları (2000), nehrinden izole edilen Enterobacteriaceae spp. suşlarının
%72’sinin, Aeromonas sp. suşlarının ise %20’sinin nalidiksik aside karşı dirençli
olduğunu tespit etmişlerdir. Enterobacteriaceae sp izolatlarının tetrasikline %24.3,
beta-laktamlara %20.5 dirençli olduklarını, Aeromonas sp izolatlarının ise
tetrasikline %27.5, co-trimoksazole %26.6 dirençli olduklarını bulmuşlardır.
Bakterilerde çoklu antibiyotik dirençliliğinin gelişmesinde çeşitli faktörler rol
oynamaktadır. Colamiris ve ark., (1984), zararsız olarak tanımlanan bazı bakterilerde
R-faktörlerine bağlı MAR dirençliliği olduğunu tespit etmişlerdir. Antibiyotiklere
karşı geliştirilen direnç kromozomal olabileceği gibi ekstrakromozomal kökenli de
olabilmektedir. Bou ve arkadaşları (2000), hastalardan izole ettikleri Acinetobacter
baummannii suşlarından birinin hem imipeneme hemde meropeneme karşı dirençli
olduğunu ve bu suşun karbapenemi hidrolize uğratıcı bir enzim taşıdığını tespit
etmişlerdir. Bu dirençliliğin sadece kromozomal DNA’da kodlanan bir D sınıfı beta-
laktamazdan kaynakladığını da bildirmişlerdir. Grace ve ark., (1987), Klavulanik
asit, Sulbaktam ve sefamisin bileşiklerinin krozomal ve plazmid kodlu beta-
laktamazlar üzerine olan inhibitör etkisini incelemişler ve inhibisyon oranlarını lineer
olmayan regrasyon analizleri ile göstermişlerdir. klavulanik acit ve sulbaktamın
SHV-1, TEM-1 ve PSE-4 gibi plazmid kodlu, saflaştırılmış beta-laktamazlara karşı
yüksek afiniteye sahip oldukları ve bu ajanların asıl potansiyel inhibisyon
özelliklerinin düşük Ki değerlerinden kaynakladığını tespit etmişlerdir. klavulanik
acit ve sulbaktamın ise krozomal beta-laktamazlara karşı etkisiz olduğunu
belirtmişlerdir.
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
37
4.3. Plazmid Profillerinin Analizi
Çalışmada izole edilen 88 Enterobacteriaceae grubu bakterilerin tamamı
kullanılarak plazmid izolasyonları gerçekleştirilmiştir.
Seçilen bakteri suşlarından izole edilen plazmidlerin büyüklükleri agaroz
jelde yürütülen marker DNA’sına göre belirlenmiştir.
Şekil 4.1. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-1
1. ve 14. sütunlar marker plazmid DNA’sı olup 7 tane DNA bandı jelde
görülmektedir. Agaroz jel görüntüleme sistemine marker DNA’nın bç’si kontrol
olarak kullanılmış ve sistemde örneklerin DNA büyüklükleri hesaplanmıştır.
Marker DNA’nın band büyüklükleri sırasıyla 23130 bç, 9416 bç, 6557 bç,
4361 bç, 2322 bç, 2032 bç ve 564 bç’dir.
1 numaralı Escherichia coli bakterisinde bir DNA bandı görünmekte olup
büyüklüğü 25632 bç’dir.
2 numaralı Escherichia coli bakterisinde 7 DNA bandı görünmekte olup
büyüklükleri sırasıyla 39155 bç, 26299 bç, 8434 bç, 3958 bç, 3157 bç, 2896 bç ve
2092 bç’dir.
6 numaralı Enterobacter cloacae bakterisinde 1 DNA bandı görülmekte olup
büyüklüğü 2451 bç’dir.
23130 9416 6557
2322 2027
564
4361
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
38
8 numaralı Klebsiella pneumoniae bakterisinde 7 DNA bandı görülmekte
olup büyüklükleri sırasıyla 40756 bç, 27331 bç, 8598 bç, 4044 bç, 3174 bç, 2991 bç
ve 2081 bç’dir.
10 numaralı Escherichia coli bakterisinde bir DNA bandı görünmekte olup
büyüklüğü 29143 bç’dir.
11 numaralı Escherichia coli bakterisinde 7 DNA bandı görünmekte olup
büyüklükleri sırasıyla 41751 bç, 26985 bç, 9246 bç, 4110 bç, 3225 bç, 3007 bç ve
2102 bç’dir.
Bir antibiyotiğe karşı dirençli olan Escherichia coli, iki antibiyotiğe dirençli
olan Escherichia coli ve 2 antibiyotiğe diençli olan Klebsiella pneumoniae bakteri
suşlarında yedi plazmid DNA bandı görülmüştür ve bu DNA bandlarının
büyüklüklerine bakıldığında birbirine çok yakın değerler olduğu görülmüştür. Diğer
tek ve iki antibiyotiğe dirençli olan bakteri suşlarında ise ya bir plazmid DNA bandı
görülmüştür ya da hiç DNA bandı görülmemiştir. Plazmid DNA’sı görülen bakteriler
beşinci ve yedinci istasyondan izole edilmişlerdir. Antibiyotiklere karşı direnç
gösterdikleri halde plazmid DNA’sı olmayan bakteri suşları ise birinci, üçüncü,
beşinci ve yedinci istasyondan izole edilmişlerdir.
Şekil 4.2. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-2
23130
9416
6557 4361
2322 2027
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
39
1. ve 14. sütunlar marker plazmid DNA’sı olup 6 tane DNA bandı jelde
görülmektedir. Agaroz jel görüntüleme sistemine marker DNA’nın bç’si kontrol
olarak kullanılmış ve sistemde örneklerin DNA büyüklükleri hesaplanmıştır.
Marker DNA’nın band büyüklükleri sırasıyla 23130 bç, 9416 bç, 6557 bç,
4361 bç, 2322 bç ve 2032 bç’dir.
13 numaralı Escherichia coli bakterisinde bir DNA bandı görünmekte olup
büyüklüğü 2852 bç’dir.
19 numaralı Escherichia coli bakterisinde 3 DNA bandı görünmekte olup
büyüklükleri 4170 bç, 3320 bç ve 2017 bç’dir.
20 numaralı Escherichia coli bakterisinde bir DNA bandı görünmekte olup
büyüklüğü 2155 bç’dir.
24 numaralı T.E. bakteride bir DNA bandı görünmekte olup büyüklüğü 3780
bç’dir.
İki antibiyotiğe dirençli olan bir Escherichia coli bakterisinde bir plazmid
DNA bandı görülmüştür. Üç antibiyotiğe dirençli olan iki Escherichia coli
bakterisinin birinde 3 plazmid DNA bandı görülürken diğerinde tek band
gözlenmiştir. Yine üç antibiyotiğe karşı dirençli olan T.E. bakteride tek DNA bandı
görülmüştür. Plazmid DNA’sı görülen bakteriler üçüncü, dördüncü, beşinci ve altıncı
istasyondan izole edilmişlerdir. Antibiyotiklere karşı dirençli oldukları halde direnç
göstermeyen bakteri suşları birinci, ikinci, üçüncü, dördüncü ve yedinci istasyondan
izole edilmişlerdir.
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
40
Şekil 4.3. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-3
1. ve 14. sütunlar marker plazmid DNA’sı olup 6 tane DNA bandı jelde
görülmektedir. Agaroz jel görüntüleme sistemine marker DNA’nın bç’si kontrol
olarak kullanılmış ve sistemde örneklerin DNA büyüklükleri hesaplanmıştır.
Marker DNA’nın band büyüklükleri sırasıyla 23130 bç, 9416 bç, 6557 bç,
4361 bç, 2322 bç ve 2032 bç’dir.
28 numaralı Enterobacter cloacae bakterisinde 2 DNA bandı görünmekte
olup büyüklükleri 4065 bç ve 2315 bç’dir.
29 ve 30 numaralı Klebsiella pneumoniae bakterisinde tek DNA bandı
görülmekte olup büyüklüğü 2315 bç’dir.
35 numaralı Citrobacter freundii bakterisinde 3 DNA bandı görülmekte olup
büyüklükleri sırasıyla 6411 bç, 5562 bç ve 3404 bç’dir.
Üç antibiyotiğe dirençli olan Enterobacter cloacae bakterisinde 2 plazmid
DNA bandı görülmüştür. Yine 3 antibiyotiğe dirençli olan iki Klebsiella pneumoniae
bakterisinde tek band görülmüş olup görülen bandların büyüklüğü aynıdır. Dört
antibiyotiğe dirençli olan Citrobacter freundii bakterisinde ise 3 plazmid DNA bandı
görülmüştür. Plazmid DNA bandı görülen bakteri suşları üçüncü, dördüncü ve
yedinci istasyondan izole edilmişlerdir. Antibiyotiklere karşı direnç gösterdikleri
23130
9416
6557
4361
2322 2027
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
41
halde plazmid DNA’sı görülmeyen bakteri suşları ise ikinci, dördüncü, altıncı ve
yedinci istasyondan izole edilmişlerdir.
Şekil 4.4. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-4
1. ve 14. sütunlar marker plazmid DNA’sı olup 6 tane DNA bandı jelde
görülmektedir. Agaroz jel görüntüleme sistemine marker DNA’nın bç’si kontrol
olarak kullanılmıştır.
Marker DNA’nın band büyüklükleri sırasıyla 23130 bç, 9416 bç, 6557 bç,
4361 bç, 2322 bç ve 2032 bç’dir.
Hepsi 4 antibiyotiğe dirençli olan 10 Enterobacter cloacae ve 2 Escherichia
coli suşunun hiçbirinde plazmid DNA bandı görülmemiştir. Bu bakteri suşları
dördüncü, altıncı ve yedinci istasyondan izole edilmişlerdir.
23130
9416 6557
4361
2322 2027
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
42
Şekil 4.5. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-5
1. ve 14. sütunlar marker plazmid DNA’sı olup 6 tane DNA bandı jelde
görülmektedir. Agaroz jel görüntüleme sistemine marker DNA’nın bç’si kontrol
olarak kullanılmış ve sistemde örneklerin DNA büyüklükleri hesaplanmıştır.
Marker DNA’nın band büyüklükleri sırasıyla 23130 bç, 9416 bç, 6557 bç,
4361 bç, 2322 bç ve 2032 bç’dir.
49 numaralı Escherichia coli bakterisinde 2 plazmid DNA bandı görülmekte
olup büyüklükleri 3836 bç ve 2622 bç’dir.
57 numaralı Enterobacter cloacae bakterisinde 4 plazmid DNA bandı
görülmekte olup büyüklükleri 10046 bç, 4182 bç, 3881 bç ve 2858 bç’dir.
58 numaralı Escherichia coli bakterisinde 4 plazmid DNA bandı görülmekte
olup büyüklükleri 9965 bç, 4172 bç, 3881 bç ve 2838 bç’dir.
59 numaralı Enterobacter cloacae bakterisinde 4 plazmid DNA bandı
görülmekte olup büyüklükleri 9965 bç, 4182 bç, 3890 bç ve 2852 bç’dir.
60 numaralı Enterobacter cloacae bakterisinde 4 plazmid DNA bandı
görülmekte olup büyüklükleri 9805 bç, 4152 bç, 3872 bç ve 2852 bç’dir.
Dört antibiyotiğe dirençli olan Escherichia coli bakterisinde 2 plazmid DNA
bandı görülmüştür. Yine 4 antibiyotiğe dirençli olan Escherichia coli ve 2
23130
9416
6557
4361
2322 2027
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
43
Enterobacter cloacae suşlarında 4 plazmid DNA bandı görülmüştür ve bu bandların
büyüklüklerinin hemen hemen aynı olduğu görülmüştür. Plazmid DNA’sı görülen
bakteri suşları altıncı istasyondan izole edilmişlerdir. Antibiyotiklere karşı dirençli
olan fakat plazmid DNA’sı görülmeyen suşlar ise dördüncü istasyondan izole
edilmişlerdir.
Şekil 4.6. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-6
1. ve 14. sütunlar marker plazmid DNA’sı olup 6 tane DNA bandı jelde
görülmektedir. Agaroz jel görüntüleme sistemine marker DNA’nın bç’si kontrol
olarak kullanılmış ve sistemde örneklerin DNA büyüklükleri hesaplanmıştır.
Marker DNA’nın band büyüklükleri sırasıyla 23130 bç, 9416 bç, 6557 bç,
4361 bç, 2322 bç ve 2032 bç’dir.
62 numaralı Enterobacter cloacae bakterisinde tek plazmid DNA bandı
görülmüş olup büyüklüğü 4411 bç’dir.
63 numaralı Escherichia coli bakterisinde 6 plazmid DNA bandı görülmüş
olup büyüklükleri 58694 bç, 23636 bç, 6605 bç, 5302 bç, 3514 bç ve 3352 bç’dir.
64 numaralı Escherichia coli bakterisinde 5 plazmid DNA bandı görülmüş
olup büyüklükleri 23130 bç, 6701 bç, 5302 bç, 3560 bç ve 3308 bç’dir.
23130
9416 6557
4361
2322 2027
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
44
65 numaralı Enterobacter cloacae bakterisinde 3 plazmid DNA bandı
görülmüş olup büyüklükleri 6701 bç, 5425 bç, ve 3323 bç’dir.
66 numaralı Enterobacter cloacae bakterisinde 6 plazmid DNA bandı
görülmüş olup büyüklükleri 59333 bç, 24417 bç, 6848 bç, 5394 bç, 3560 bç ve 3337
bç’dir.
68 numaralı Escherichia coli bakterisinde 4 plazmid DNA bandı görülmüş
olup büyüklükleri 11319 bç, 7049 bç, 4305 bç ve 2445 bç’dir.
69 numaralı Escherichia coli bakterisinde 14 plazmid DNA bandı görülmüş
olup büyüklükleri 58694 bç, 48826 bç, 24154 bç, 9727 bç, 6948 bç, 6653 bç, 5425
bç, 4781 bç, 4305 bç, 4052 bç, 3514 bç, 3351 bç, 2724 bç ve 2488 bç’dir.
70 numaralı Escherichia coli bakterisinde 8 plazmid DNA bandı görülmüş
olup büyüklükleri 50438 bç, 23382 bç, 9940 bç, 6557 bç, 4808 bç, 4386 bç, 4035 bç
ve 3576 bç’dir.
71 numaralı Escherichia coli bakterisinde 12 plazmid DNA bandı görülmüş
olup büyüklükleri 58062 bç, 47780 bç, 23382 bç, 9519 bç, 6557 bç, 4836 bç, 4437
bç, 4000 bç, 3560 bç, 3351 bç, 2701 bç, 2488 bç’dir.
72 numaralı Escherichia coli bakterisinde 13 plazmid DNA bandı görülmüş
olup büyüklükleri 58694 bç, 50987 bç, 23636 bç, 9727 bç, 6848 bç, 6519 bç, 4892
bç, 4437 bç, 4000 bç, 3545 bç, 3351 bç, 2712 bç ve 2488 bç’dir.
Beş antibiyotiğe dirençli olan Enterobacter cloacae suşlarında 1, 3 ve 6
plazmid DNA bandı görülmüştür. Beş antibiyotiğe dirençli olan Escherichia coli
suşlarında 4, 5, 6, 8, 12, 13 ve 14 plazmid DNA bandı görülmüştür. Plazmid DNA’sı
bulunan suşlar ikinci, dördüncü ve altıncı istasyondan izole edilmişlerdir.
Antibiyotiklere karşı direnç gösterdikleri halde plazmid DNA’sı görülmeyen bakteri
suşları ise ikinci ve dördüncü istasyondan izole edilmişlerdir.
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
45
Şekil 4.7. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-7
1. ve 12. sütunlar marker plazmid DNA’sı olup 6 tane DNA bandı jelde
görülmektedir. Agaroz jel görüntüleme sistemine marker DNA’nın bç’si kontrol
olarak kullanılmış ve sistemde örneklerin DNA büyüklükleri hesaplanmıştır.
Marker DNA’nın band büyüklükleri sırasıyla 23130 bç, 9416 bç, 6557 bç,
4361 bç, 2322 bç ve 2032 bç’dir.
73 numaralı Enterobacter cloacae bakterisinde tek plazmid DNA bandı
görülmüş olup büyüklüğü 9618 bç’dir.
78 numaralı Escherichia coli bakterisinde 6 plazmid DNA bandı görülmüş
olup büyüklükleri 16586 bç, 15021 bç, 9964 bç, 3520 bç, 3007 bç ve 2175 bç’dir.
79 numaralı Enterobacter cloacae bakterisinde 2 plazmid DNA bandı
görülmüş olup büyüklükleri 9550bç ve 2886 bç’dir.
80 numaralı Enterobacter cloacae bakterisinde 2 plazmid DNA bandı
görülmüş olup büyüklükleri 9483 bç ve 2877 bç’dir.
81 numaralı Enterobacter cloacae bakterisinde tek plazmid DNA bandı
görülmüş olup büyüklüğü 3007 bç’dir.
Bir antibiyotiğe dirençli olan 2 Enterobacter cloacae bakteri suşunda birer
plazmid DNA bandı görülmüştür. Yine bir antibiyotiğe dirençli olan Escherichia coli
23130
9416 6557
4361
2322 2027
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
46
bakterisinde 6 plazmid DNA bandı gözlenirken, 7 antibiyotiğe dirençli olan
Escherichia coli bakterisinde plazmid DNA bandı gözlenmemiştir. Altı antibiyotiğe
direçli olan 2 Enterobacter cloacae suşunda ikişer plazmid DNA bandı görülmüştür.
Plazmid bandları görülen bakteri suşları dördüncü, beşinci ve altıncı istasyondan
izole edilirken antibiyotiklere karşı dirençli oldukları halde plazmid bandları
gözlenmeyen bakteri suşları ise üçüncü, beşinci, altıncı ve yedinci istasyonlardan
izole edilmişlerdir.
Şekil 4.8. Bakterilerin agaroz jel elektroforez sonuçları-8
1. sütun marker plazmid DNA’sı olup 6 tane DNA bandı jelde görülmektedir.
Agaroz jel görüntüleme sistemine marker DNA’nın bç’si kontrol olarak kullanılmış
ve sistemde örneklerin DNA büyüklükleri hesaplanmıştır.
23130
9416
6557
4361
2322 2027
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
47
Marker DNA’nın band büyüklükleri sırasıyla 23130 bç, 9416 bç, 6557 bç,
4361 bç, 2322 bç ve 2032 bç’dir.
83 numaralı Escherichia coli bakterisinde 7 plazmid DNA bandı görülmekte
olup büyüklükleri sırasıyla 25678 bç, 8070 bç, 3764 bç, 3182 bç, 2551 bç, 2351 bç
ve 2192 bç’dir
84 numaralı Escherichia coli bakterisinde 7 plazmid DNA bandı görülmekte
olup büyüklükleri sırasıyla 7975 bç, 3748 bç, 3143 bç, 2530 bç, 2370 bç ve 2192
bç’dir.
85 numaralı Escherichia coli bakterisinde 8 plazmid DNA bandı görülmekte
olup büyüklükleri sırasıyla 39413 bç, 8215 bç, 6525 bç, 6008 bç, 3764 bç, 3156 bç,
2530 bç ve 2370 bç’dir.
86 numaralı Escherichia coli bakterisinde 8 plazmid DNA bandı görülmekte
olup büyüklükleri sırasıyla 41527 bç, 26220 bç, 8022 bç, 3810 bç, 3156 bç, 2541 bç,
ve 2370 bç’dir.
87 numaralı Escherichia coli bakterisinde 6 plazmid DNA bandı görülmekte
olup büyüklükleri sırasıyla 41527 bç, 26496 bç, 3841 bç, 3221 bç, 2380 bç, ve 2238
bç’dir.
88 numaralı Escherichia coli bakterisinde 6 plazmid DNA bandı görülmekte
olup büyüklükleri sırasıyla 42404 bç, 27055 bç, 3810 bç, 3156 bç, 2469 bç, ve 2219
bç’dir.
Beş antibiyotik dirençliliği gözlenen 6 Escherichia coli suşunda 6, 7 ve 8
plazmid DNA bandı gözlenmiştir ve bu bakteriler ikinci istayondan izole
edilmişlerdir.
Çalışmada izole edilen 88 bakteriden gerçekleştirilen plazmid izolasyonunda
40 bakteride (% 45.5) plazmid saptanmıştır.
Plazmid izole edilen bakterilerde, 5 farklı antibiyotiğe dirençli olan 1
bakterinin (% 1.14) izole edilen 14 plazmid bandı olduğu, 1 bakterinin (% 1.14) 13
plazmid bandı olduğu ve bir bakterinin de (% 1.14) 12 plazmid bandı olduğu
belirlenmiştir. 6 farklı antibiyotiğe direnç gösteren 2 bakteride (% 2.27) ise 2
plazmid bandı olduğu belirlenmiştir. 2 farklı antibiyotiğe dirençli olan 2 bakteride
(% 2.27) ise 7 plazmid bandı olduğu belirlenmiştir. Tek antibiyotiğe dirençli olan 1
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
48
bakteride (% 1.14) ise 7 plazmid bandı olduğu belirlenmiştir. 5 farklı antibiyotiğe
dirençli olan 1 bakteride (%1.14) ise tek plazmid bandı olduğu belirlenmiştir.
7 farklı antibiyotiğe direnç olan 1 bakteride (% 1.14) ise plazmid bandı
gözlenmemiştir. Yine 4 farklı antibiyotiğe dirençli olan 21 bakteride de (% 23.86)
plazmid bandı gözlenmemiştir.
İzole edilen bakterilerin gösterdikleri antibiyotik dirençlilik özelliklerinin
kromozomal veya plazmidik oldukları gözlenmektedir. Kromozom dışında,
bakterilerde bulunan hücreye bazı önemli özellikler kazandıran ve bu özellikleri
genetik kontrol altında tutan plazmidler bulunmaktadırlar. Plazmidler
mikroorganizmalara antibiyotik ve ağır metal dirençliliği gibi özellikler
kazandırmaktadırlar ve üzerinde 1-2 veya daha fazla gen taşıyabilirler (Bilgehan,
2002). Plazmid büyüklükleri 1-2 milyon dalton arasında değişebildiği
belirtilmektedir (Akman, 1983; Olgun ve Topal, 1999). Plazmidler bir bakteride
kendiliğinden oluşabildiği gibi bir başka bakteriden aktarılma yolu ile meydana
gelebilirler. Bir plazmid hücrede kendiliğinden kaybolabileceği gibi kimyasal ve
fiziksel yollarla da yok olabilirler (Bilgehan, 2002).
Shah ve Stille (1983), yaptıkları çalışmalar sonucunda Almanya’da beta-
laktam antibiyotiklere karşı Klebsiella pneumoniae ve Escherichia. coli suşlarının
dirençlilik kazandıklarını tespit etmişlerdir. Saunders (1984), farklı konaklardan izole
edilen suşlar arasında antibiyotik dirençliliğinin plazmidlerle aktarıldığını
bildirmiştir.
Sanders ve Sanders (1985), bir hastanede yaptıkları çalışmada
Enterobacteriaceae üyelerinin cephalosporinlere karşı transfer edilebilir bir
dirençlilik geliştirdiklerini ortaya koymuşlardır. Knothe ve ark., (1983),
cephalosporin dirençliliğinin plazmid kökenli olduğunu ve Klebsiella pnemoniae
suşlarından izole edilen plazmidin, Cefotaxime, Cefuroxime diğer Cephalosporinler,
Penicilinler ve Gentamicin dirençliliğini hassas suşlara aktarabildiğini
bildirmişlerdir. Cefotaxime ve diğer son kuşak beta-laktam antibiyotik
dirençliliklerinin E. coli bakterisine çok kolay aktarabildiğini belirtmişlerdir.
4. BULGULAR ve TARTIŞMA Yasemin KAYA
49
Beta-laktam antibiyotiklerini hidrolize eden ve inaktif hale getiren beta-
laktamaz üretimi, başta Enterobacteriaceae üyeleri olmak üzere birçok bakteri
türünün en önemli direnç mekanizmalarından birisidir (Akçam ve ark., 2004).
Plazmidler kromozomdan bağımsız olarak çoğalan, kromozom dışı genetik
elementlerdir. Plazmidler antimikrobiklere ve ağır metallere direnç genleri yanında
değişik virulans faktörlerini de taşıyabilirler. Klinikte görülen direncin ana
sorumlusu plazmide bağlı dirençtir. R-plazmidi denen direnç plazmidleri bir veya
daha çok sayıda antibiyotiğe karşı direnç genlerini taşımaktadır. Direnç plazmidleri
diğer duyarlı bakterilere transdüksiyon, transformasyon ve konjugasyon olaylarıyla
geçerek direnç gen paketini aktarır ve böylece direncin yayılmasına neden olur.
5. SONUÇ ve ÖNERİLER Yasemin KAYA
50
5. SONUÇ ve ÖNERİLER
Bu çalışmada, Seyhan Baraj Gölünden izole edilen ve antibiyotik dirençlilik
düzeyleri tespit edilmiş Enterobacteriaceae grubu bakterilerdeki ve bu dirençliliğin
plasmid kökenli olup olmadıkları, izole edilen plasmidlerin büyüklükleri elektroforez
yapılarak ortaya konmuştur.
Örneklemeler Seyhan Baraj Gölü üzerindeki belirlenen bölgelerden alınmış
olup toplam yedi istasyon bölgesi belirlenmiştir. Birinci istasyon olarak Seyhan
Nehri’nin ilk giriş noktası, İkinci istasyon Seyhan Nehri’nin baraj suyuyla karıştığı
nokta, üçüncü istasyon olarak Çakıt Nehri’nin baraja döküldüğü nokta, dördüncü
istasyon olarak Çakıt Nehri’nin yerleşim yerlerine olan başlangıç noktası, beşinci
istasyon noktası olarak Çakıt ile Seyhan Nehri’nin baraj suyuyla birleştiği yer, altıncı
istasyon olarak iki su kaynağının gölün suyuyla karıştığı bölge, yedinci istasyon
olarak suyun drenaj noktasına gittiği bölge seçilmiştir.
Özellikle 2. 4. ve 6. istasyonlar insan aktivitelerinin en fazla olabileceği
bölgeler olup bu bölgelerden izole edilen Enterobacteriaceae grubu bakterlerde
antibiyotik dirençlilik düzeyinin yüksek olduğu belirlenmiştir.
İzolatların 14’ü bir antibiyotiğe dirençli iken 5. istasyondan izole edilen ve
Escherichia coli olarak tanımlanan 88 izolatın 1 tanesinin çalışmada kullanılan 7
antibiyotiğe karşı dirençli olduğu tespit edilmiştir. Diğer izolatların ise en az 2
antibiyotiğe dirençli olduğu belirlenmiştir. Mikrobiyal genetik maddelerin
aktarılmasında doğada çeşitli yöntemler bulunmaktadır. Bunlar arasında en önemli
olanlardan bir tanesi konjugasyonla plasmidlerin bakteriler arasında alış veriş
yapılarak aktarılmasıdır. Çalışmamızda izole ettiğimiz 88 bakteriden 40 tanesi
plazmid taşımaktadır. Bu durum bakterilerin doğada bu plasmidleri aktararak
bakteriler arasında antibiyotik dirençliliğinin artmasında önemli bir rol oynayabilir.
Yoğun antibiyotik kullanımı genellikle plazmide bağlı dirençliliğinin ortaya
çıkmasında önemli rol oynamaktadır. Seyhan Nehri’nin mikrobiyal kontaminasyona
maruz kalması, izole edilen bakteriler arasında 7 antibiyotiğe dirençli organizma
izole edilmiş olması bu durumların halk sağlığı açısından ciddi problemler teşkil
edebileceğini düşündürebilir. Baraj gölünün çevresinde yaşayan halkın ve göl
5. SONUÇ ve ÖNERİLER Yasemin KAYA
51
çevresinde otlatılan hayvanların dışkılarının suya karışması bu kirliliğin önemli
sebeplerinden olabilir. Sulak alanların mikrobiyal kirlilikten kurtarılması ve daha
fazla kirlenmesini engellemek için göle giren fekal kökenli kirlilik kaynaklarının ve
atık su deşarjlarının önlenmesi büyük öneme sahip olacaktır. Bu sulak alanlara yakın
bölgelerde imara açılacak olan sitelerin özellikle atık suların sulak alanlara
verilmemesi ve kaçaklardan kaynaklanacak kirlenmenin önüne geçilmesi öneriler
arasında sunulabilir.
Ülkemiz üç tarafı sularla çevrili olup, sulak alanları bakımından dünyanın
önemli bir bölgesidir. Kullanılabilir su ve su kaynaklarının korunması, bu su
kaynaklarının mikrobiyal ve diğer kimyasal kirlenmenin önlenmesi gelecekte
doğabilecek olan su sıkıntısının önüne geçilmesinde stratejik bir öneme sahiptir. Bu
nedenle bilinçli yapılanma ve bilinçli olarak su kaynaklarının kullanılması, arıtma
tesislerinin kurulması gelecek nesiller için büyük önem arz etmektedir.
52
KAYNAKLAR
AKAN, E., 1992. Genel Mikrobiyoloji ve İmmünoloji. Çukurova Üniversitesi Tıp
Fakültesi Yayınları No:16. 404:81-200
AKÇAM, F. Z., GÖNEN, İ., KAYA, O., ve YAYLI, G., 2004. Hastane İnfeksiyonu
Etkeni Enterobakterilerde Beta-laktam Antibiyotiklere Duyarlılık ve ESBL
Sıklığının Araştırılması. Süleyman Demirel Üniversitesi Tıp Fak. Dergisi,
11(1):6-9
AKMAN, M., 1983. Bakteri Genetiği, Cumhuriyet Ünv. Tıp Fak. Yayını, No:8
Sivas, sf: 560.
ARDA, M., 1995. Biyoteknoloji. Kükem Derneği Bilimsel Yayınlar No: 3, 3. Baskı,
Ankara. s.432.
ARMSTRONG, J. L., SHIGENO, D. S., COLAMIRIS, J. J., and SEIDLER, R. J. ,
1981. Antibiotic- resistant Bacteria in Drinking-water . Appl. Env. Microbiol.
, 42: 277–283.
ASLIM, B., ve BEYATLI, Y., 2004. Antibiotic Resistance and Plasmid DNA
Contents of Streptococcus thermophilus Strains Isolated from Turkish
Yogurts. Turk J Vet Anim Sci Tübitak 28:257-263
BAŞTÜRK, S., 2005. Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas
aeruginosa ve Acinetobacter baumannii Suşlarında Çeşitli Kinolon Grubu
Antibiyotiklerin Duyarlılıklarının Araştırılması. Haseki Eğitim ve Araştırma
Hastanesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği Uzmanlık
Tezi, 61:7
BALCI, R. S., 2007. Seyhan Baraj Gölünün Bakteriyolojik Kirlilik Düzeyinin
Belirlenmesi ve Enterobacteriaceae Üyelerinde Antibiyotik Dirençliliği.
Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Yüksek Lisans Tezi.
BELL, J. B., MACRAE, W. R., ELLIOT, G. E., 1980. Incidence of R Factors in
Coliform, Fecal Coliform, and Solmonella Populations of The Red River in
Canada. Appl. Env. Microbio., 40: 486-491.
BERZEG, D., 2005. Çeşitli Klinik Materyallerden İzole Edilen Enterokok Suşlarında
Antibiyotik Direnci, Yüksek Düzey Aminoglikozid Direnci ve E Test ile
53
Vankomisin MİK Değerlerinin Değerlendirilmesi. Haseki Eğitim ve
Araştırma Hastanesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği
Uzmanlık Tezi, 95:5-6
BİLGEHAN, H., 1994. Temel Mikrobiyoloji ve Bağışıklık Bilimi. Fakülteler Kitap
Evi Barış Yayınları, 589:145-178.
BİLGEHAN, H., 2002. Klinik Mikrobiyolojik Tanı, Fakülteler Kitap Evi Barış
Yayınları, 777s.
BOU, G., CERVERO, G., DOMINGUEZ, M. A., QEREDA, C., MARTINEZ-
BELTRAN, J., 2000. Characterization of a Nosocomial Outbreak Caused by
a Multiresistant Acinatobacter baumannii Strain with a Carbapenem-
Hydrolyzing Enzyme: High- Level Carbepenem Resistance in a A. baumannii
is not due Solely to the Presence of Beta-Lactamases. J. Clin. Mic., 38: 3299-
3305.
BÜSCHER, K. H., CULLMANN, W., DICK, W., STIEGLITZ, M., 1987. Selection
Frequancy of Resistant Variants by Various Beta-Lactam Antibiotics in
Clinical Enterobacter Cloacae Isolates. Chemother., 33:40-51.
CASAWELL, M. W., PHILIPS, I., 1981. Aspect of the Plasmid-Mediated Antibiotic
Resistance and Epidemiology of Klebsiella Species, Ann. J. Med. 70:459–
460
CESUR, S., ALBAYRAK, F., ÖZDEMİR, D., KOLCU, Z., ve TEKELİ, E., (2001)
Türk Mikrobiyal Cem Derg 32:174-176
COLAMIRIS, J. J., ARMSTRONG, J. L., SEIDLER, R. J., 1984. Association of
Metal Tolerance with Multiple-Antibiotic Resistance of Bacteria Isolated
from Drinking Water, Apply. Environ. Microbiol. 47:1238–1242.
COOKE, M. D., 1976. Antibiotic Resistance Among Coliform and Fecal Coliform
Bacteria Isolated from Sewage, Seawater and Marina Shell Fish, Antimicrob.
Agent and Chemorther. 9:879–944.
ÇETİN, B., GÜNDÜZ, A., ŞENSOY, A., KORKMAZ, F., ve SEBER, E., 1999.
Hastane İnfeksiyonu Etkeni Gram Negatif Bakterilerin Genişlemiş
Spektrumlu Beta-Laktamaz ve Antibiyotik Duyarlılık Özelliklerinin
54
Araştırılması. Şişli Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi İnfeksiyon
Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği İstanbul
ÇİFTÇİ, A., AKSARAY, S., ve CESUR, S., (2003). Yanık Ünitesinde Yatan
Hastaların Yara ve Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mikroorganizmalar ve
Antibiyotik Duyarlılıkları. İnfeksiyon Dergisi. 17(3):293-296
DEMİRTÜRK, N., ve DEMİRDAL, T., 2004. Antibiyotiklerde Direnç Sorunu.
Kocatepe Tıp Dergisi 5 sf:17-21
DİNÇER, S., 1994. Hastane Laboratuarı Ve Kanalizasyondan İzole Edilen
Enterobacteriaceae Cinslerinde Plasmid-Kodlu III. Kuşak Cephalosporin
Dirençliliğinin Dağılımı, R-Plazmidlerinin Konjugasyon ve Transformasyon
ile Aktarabilirliğinin Saptanması. Ç.Ü. Fen. Bil. Enst. Biyoloji ABD. Doktora
Tezi.
DOĞANCI, L., 2001. Antibiyotik Direncinin Sıklığı Üzerine Antibiyotik
Kullanımının Etkisi. Klinik Dergisi Cilt 14(2) sf:57-61
EHINMIDU, J. O., 2003. Antibiotics Susceptibility Patterns of Urine Bacterial
Isolates in Zaria, Nigeria. Tropical Journal of Pharmaceutical Research,
2(2):223-228
ERKAN, M. E., VURAL, A., 2006. Dicle Nehrinin Hijyenik Kalitesi Üzerine Bir
Araştırma. Dicle Tıp Dergisi. 33(4): 205–209.
FINCH, G. R., SMITH, D. W., 1987. The Response of Fecal Coliform and
Antibiotic-Resistance Escherichia coli. to İncremental Doses of Ozone
6During Disinfection of Activated Sludge Effluent. Env. Technol. Lett., 8:1-
18.
GIULIANO, L. 2003. Bacterial diversity in the Mediterranian and the Black seas: a
comparative approach. International Conference on the Sustainable
Development of the Mediterranian and Black Sea Environment 1-3, Greece
GO-NI-URIZZA, M., CAPTEPUY, M., APRIN, C., RAYMOND, N., CAUMETTE,
P.,QENTIN, C., 2000. Impact of an Urban Effluent on Antibiotic Resistance
of Riverine Enterobacteriaceae and Aeromonas spp. Appl. Env. Mic., 66:
125-132.
55
GRABOW, O. K., PROZESKY, O. W., BURGER, J. S., 1975. Behavior in a River
and Dam of Coliform Bacteria with Transferable or Non-Tranferable Drug
Resistance, Water Research, 13:145-148
GRACE, M. E., FU, K. P., GREGORY, F. J., HUNG, P. P., 1987. Interraction of
Clavulanic Acid, Sulbactam and Cephamycin Antibiotics with Beta-
Lactamases. Drugs Explt. Clin. Res. 13:145–148.
GÜR, D., 1994. Antibiyotiklere Direnç Gelişmesi. Klinik Uygulamalarda
Antibiyotikler ve Diğer Antimikrobiyal İlaçlar. Güneş Kitabevi Limitet
Şirketi. Ankara, s.19–37
HALKMAN, K., A., 2005. Gıda Mikrobiyolojisi Uygulamaları (Editör, Halkman).
Merc Gıda Mikrobiyolojisi Uygulamarı. s. 261-281.
HAGEDORN, C., ROBINSON, S. L., FILTZ, J.R., GRUBBS, S.M., ANGİER, T.A.,
and RENEAU, R.B., 1999. Determining Sources of Fecal Pollutıon in a
Virginia Watershed with Antibiotic Resistance Patterns in Fecal Streptococci.
Applied and Environmental Microbiology, Vol. 65 p. 5522-5531
JONES, J. G., 1986. Antibiotic Resistance in Aquatic Bacteria. Journal of
Antimicrobial Chemotherapy, 18. Suppl. C. 149-154
KARAYAKAR, F., AY, Ö., CİCİK, B., 2004. Mersin Kıyı Şeridinden Alınan Su
Örneklerinden İzole Edilen Escherichia coli Suşlarının Bazı Antibiyotiklere
Karşı Plasmid Kökenli Dirençliliğin Saptanması. Eko. Çev. Kor. 13,52: 28–
32.
KNOTHE, P., SHAH, P., KREMERY, V., ANTAL, M., MITSIUHASHI, S., 1983.
Tranferable Resistance to Cefotaxime, Cefoxitine, Cefamandole and
Ceforoxime in Clinical Isolates of Klebsiella pneumoniae and Serratia
marcessens Infections, 11: 315-317.
KRYALIKOVYA, K., KRYCMYERY, V., KRYCMYERY, V. Jr., 1984.
Transferable Resistanece To Gentamicin And Other Antibiotics in
Enterobacteriaceae Isolates from Municipal Wastewater. Jour. Hyg.
Epidemiol. Immunol., 28: 161-166.
MANNIATIS, T., FRITSCH,E.F., SAMBROOK, J., 1982. Molecular Cloning a
Labarotory Manual. Cold Spring Harbour Laboratory. NY. sf : 545.
56
MATHEW, A. G., SAXTON, A. M., UPCHURCH, W. G., AND CHATTIN, S.
E.,1999. Multiple Antibiotic Resistance Patterns of Escherichia coli Isolates
from Swine Farms, APPLIED AND ENVIRONMENTAL
MICROBIOLOGY, p. 2770–2772
OLGUN, A., TOPAL, A., 1999. DNA’nın analizi. (Ed: G.Temizkan, N. Arda)
Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler. Nobel Kitap Evi, sf: 236.
OTKUN, M., ERDEM, B., AKATA, F., TATMAN-OTKUN, M., GERÇEKER, D.,
YAĞCI, S., ve ÖZKAN, E., 2001. Antibiotic Resistance Patterns and Plasmid
Profiles of Salmonella typhimurium Isolates in Turkey, Eur J Clin Microbiol
Infect Dis 20 :206–209
ÖNCÜL, O., 2002. Antibiyotikler I. İ.Ü. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Sürekli Tıp
Eğitimi Etkinlikleri, Akılcı Antibiyotik Kullanımı ve Erişkinde Toplumdan
Edinilmiş İnfeksiyonlar Sempozyum Dizisi, 31: 23-28.
ROBINSON, J. B., TUOVINEN, O. H., 1984. Mechanism of microbial resistance
and detoxification of mercury and organomercury compounds: Physiological,
Biochemical, and Genetic Analyses. Microbiological Reviews 48(2), 95-124.
RINKER, A. G., Jr., BOYD, A. L., GARY, N. D., KUNDIG, W., 1988. Isolation of
Multiple Antibiotic Resistant Enterobacteriaceae from River Water.
Microbios., 56: 169-175.
SANDERS, C. C., SANDERS, W. E., 1985. Microbial Resistance to Newer
Generation Beta-Lactam Antibiotics : Clinical and Laboratory Implications J.
Infect. Dis., 151: 399-406.
SHAH, P. M ., STILLE, W., 1983. Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae
Strains More Suspectible to Cefoxitin than to III-Generation Cephalsporins .
J. Antimicrob cChemother., 11: 597-598.
STEWART, K. R., KODITCHEK, L., 1980. Drug Resistance Transfer in
Escherichia coli. in New York Bignt Sediment, Mar. Pollut. Bull. 11:130–
133.
STROHL, W. A., ROUSE, H., ve FISHER, B. D., 2006. Lippincott’s Illustrated
Reviews: Microbiology (R. A. HARVEY ve P. A. CHAMPE editör). Nobel
Tıp Kitapevleri. 516:44-47
57
TANIR, G., ve GÖL, N., 1999. Antibiyotik Direnci. Klinik Dergisi Cilt:12(2) sf:47-
54
THIMM, T., HOFFMAN, A., FRITZ, I., TEBBE, C. C., 2001. Contribution of the
Earthworm Lumbricus rubellus (Annelida, Oligachaeta) to the Establishment
of Plasmids in Soil Bacterial Communities. Microbial Ecology.
VAHABOĞLU, H., 2004. Antibiyotiklerde Direnç Sorunu. Türkiye Klinikleri
Farmakoloji Özel, 2: 92-96.
YILMAZ, E., ÖZAKIN, C., SINIRTAŞ, M., ve GEDİKOĞLU, S., (2005). Uludağ
Üniversitesi Tıp Fakültesi Bakteriyoloji Laboratuvarı’nda 1999-2002 Yılları
Arasında İdrar Örneklerinden İzole Edilen Mikroorganizmalar ve Antibiyotik
Duyarlılıkları. İnfeksiyon Dergisi. 19(1):91-96
58
ÖZGEÇMİŞ
1982 yılında Adana’da doğdum. İlk ve orta öğrenimimi Adana’da
tamamladım. 2000 yılında Çukurova Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji
Bölümü’ne kaydoldum. 2004 yılında aynı bölümden mezun oldum. 2006 yılında
Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı’nda Yüksek
Lisans öğrenimime başladım.