BioGén tábor 2006
DNS szekvencia analízis, internetes adatbázisok a genetika szolgálatában
Kósa János
Semmelweis Egyetem ÁOK I.sz Belgyógyászati Klinika
BioGén tábor 2006
Nukleinsav adatbázisok
Nucleotide Sequence Databases RNA sequence databases Protein sequence databases Structure Databases Genomics Databases (non-vertebrate) Metabolic and Signaling Pathways Human and other Vertebrate Genomes Human Genes and Diseases Microarray Data and other Gene Expression Databases Proteomics Resources Other Molecular Biology Databases Organelle databases Plant databases Immunological databases …
BioGén tábor 2006
Néhány ismertebb genom adatbázis
NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov
EBI www.ebi.ac.uk
DDBJ www.ddbj.nig.ac.jp
Ensembl www.ensembl.org
GeneCards www.genecards.org
KEGG http://www.genome.jp/kegg/
HPRD http://www.hprd.org/
TESS http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess Transcription Element Search System
BioGén tábor 2006
Példa I: Adott gén szekvenciájának letöltése, értelmezése
Feladat: a humán Bmp8a gén megtalálása, letöltése, e/i határok, leolvasási keret, fehérje szekvencia azonosítása, mRNS letoltese
GenBank: http://www.ncbi.nih.gov/Genbank/ Search: Gene/Bmp8a, > human NCBI ref seq: NM_181809 (mRNA) Elmentjük a kódoló részt, PCR primer
tervezéshez
BioGén tábor 2006
BioGén tábor 2006
BioGén tábor 2006
BioGén tábor 2006
Példa II: PCR primer tervezés
Feladat: a humán Bmp8a gén konvencionális PCR-ben való monitorozásához PCR primereket terveznénk
Primer3 http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3.cgi
BioGén tábor 2006
BioGén tábor 2006
BioGén tábor 2006
Példa III: Ismeretlen szekvencia azonosítása
Feladat: egy beteg kutya lépéből univerzális 18S riboszómális RNS primereket használva egy ismeretlen kórokozó DNS szekvenciáját azonosítottuk (szekvenátorral) a kérdés az, hogy melyik fajról (fajokról) van szó
http://www.ncbi.nih.gov/BLAST/Basic Local Alignment Search Tool
Szekvencia:AGACCAGACCAAATGGTCAAACCGCTAACGCAAAAATACAACTACGAGCTTTTTAACTGCAACAAGTTTAATATACGCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATTGCTACTCTGGTGAGGGT
BioGén tábor 2006
BioGén tábor 2006
BioGén tábor 2006
BioGén tábor 2006
BioGén tábor 2006
BioGén tábor 2006
BioGén tábor 2006
BioGén tábor 2006