国内外のデータベースを網羅するお仕事

@wakuteka

2011.3.18 AJACS本郷8

2011年3月18日金曜日

Self introduction統合データベース講習会

AJACS本郷１

対象:ライフサイエンス分野のデータベースに興味のある方

２００８年７月３日（木）１０：3０ー１７：３０

定員 : 約２４名

ライフサイエンス統合データベースセンター

大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)

ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)

（東京大学工学部１２号館４階４１３、４１５号室）

申込み :

統合データベース講習会：AJACS 本郷1　お申し込みフォームhttp://motdb.dbcls.jp/?AJACS3

AJACS1@ dbcls. rois. ac. jp

大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構

お問い合わせ：

生物系データベースサービスの効果的な利用法に関する講演および講習です。

〒113-0032 文京区弥生 2-11-16 東京大学工学部 12号館 4・5階　電話 : 03-5841-7957

参加費：無料

主催： 文部科学省 統合データベースプロジェクト　　　 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構

* 高木利久（ライフサイエンス統合データベースセンター）「統合データベースプロジェクトとは」 * 岡本忍、 中尾光輝、 藤澤貴智、 中村保一 （かずさDNA研究所）　　　　　　　　　　 　 「ソーシャルゲノムアノテーションと超絶美麗次世代ビューワによるライフサイエンスデータ統合」 * 上原啓史、阿部貴志、池村淑道（長浜バイオ大学）「学部学生による持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの構築」 * 大久保公策（国立遺伝学研究所） 「科学データは誰のものか？」 * 坊農秀雅（ライフサイエンス統合データベースセンター）　他

( 応募者多数の場合は追加開催の予定）

生命科学系修士１年です

AJACS本郷1(2008.7.3)で初めて参加

http://g86.dbcls.jp/̃wakuteka/

今までやったこと：横断検索, 統合TV, DBカタログ整備

2011年3月18日金曜日

そもそもデータベースってなに？

　

2011年3月18日金曜日

生命科学におけるデータベース

塩基配列

タンパク立体構造

代謝パスウェイ

組織や細胞の画像

文献情報 http://www.everystockphoto.com/photo.php?imageId=339445

10000以上のDBが存在！ (DBCLS調べ)2011年3月18日金曜日

生命科学データベースの問題点

DBが散在していて所在や利用法がわからない！

ばらばらに構築・管理され,検索・解析・応用が困難＞＜

DBやDBのエントリに信頼性の高い注釈がついていない

大型プロジェクトの成果公開が不十分

http://www.everystockphoto.com/photo.php?imageId=4916222

「生命科学系データベース情報の収集とポータルサイト構築（DBCLSポスター）」 より

2011年3月18日金曜日

どうする？

一箇所にまとめよう

一度に検索できるように

信頼度の高い注釈をつけよう

プロジェクトの成果公開を容易に

2011年3月18日金曜日

どうする？

一箇所にまとめよう　→　データベースカタログ

一度に検索できるように　→　横断検索

信頼度の高い注釈をつけよう　→　かずさアノテーション

プロジェクトの成果公開を容易に　→　togoDB

2011年3月18日金曜日

今回は...データベースカタログ http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?pg=1

2011年3月18日金曜日

どんな時に使うの？

自分の専門分野以外のデータベースを探す時

個別にアクセスしなくても稼働を確認できる

※使い方を知りたいときは統合TVへ！

2011年3月18日金曜日

休止中...

2011年3月18日金曜日

どうやって追加したの？

自分の知っているサイトで、無いものを個別に追加→論文を読んで、紹介されてたものを登録

NAR Database issueをクロールして、まとめて追加→このときにプログラミングを覚えました

2011年3月18日金曜日

http://nar.oxfordjournals.org/

NAR

2011年3月18日金曜日

2011年3月18日金曜日

今年度の成果！

このあたり2011年3月18日金曜日

これからのDBカタログの話をしよう

用語・項目を整理・統一させたい

たくさん収録されているが、根幹となるようなDBはどれか？

http://www.everystockphoto.com/photo.php?imageId=340281

2011年3月18日金曜日

http://biocurator.org/biodbcore.shtml

2011年3月18日金曜日

データベースを記述する17の項目

2011年3月18日金曜日

http://mibbi.org/

2011年3月18日金曜日

DBカタログもメタデータ整備中！

2011年3月18日金曜日

Acknowledgements

DBCLSスタッフのみなさん

@_shk, @bonohu, @chalkless, @h_ono

統合牧場のなかまたち

2011年3月18日金曜日