Embed Size (px)
DESCRIPTION
Обзор полезных онлайн-курсов для биологов, биоинформатиков и других людей в биотехе. Акцент сделан на идущих сейчас курсах или стартующих в ближайшее время. Презентация для зимней научной школы "Современная биология & биотехнологии будущего 2014" (Future Biotech), 27.01.2014
Citation preview
MOOC: Что это такое?
MOOC
➔ Massive (1000-100000+ студентов)
➔ Open (открытый доступ, бесплатный?)
➔ Online (через веб)
➔ Course
В реальности с терминологией всё сложнее…
MOOC: Что это такое?
MOOC: Что это такое?
Что это обычно собой представляет:
➔ Видеолекции.
➔ Задания (автоматически проверяемые и peer-review, с дедлайнами).
➔ Community на форумах.
➔ Сертификат по успешному завершению.
MOOC: Видеолекции
MOOC: Quiz
MOOC: Задания с автопроверкой
MOOC: Задания с автопроверкой
MOOC: Задания с peer-review
MOOC: Вычислительные задачи
MOOC: Форумы
MOOC: Сертификаты
MOOC: Сертификаты
Чем это лучше youtube, книг …?
Иногда ничем.
Но как правило:
➔ мотивация (дедлайны, иногда элементы соревнования и игры)
➔ интерактивность
➔ коммьюнити (легче искать ответы на вопросы)
➔ сертификат
Чем это лучше плохого вуза?
Лекции читают топовые профессора, часто авторы классических учебников или много сделавшие сами в своей области:
➔ Neural Networks for Machine Learning / Geoffrey Hinton
➔ Machine Learning / Andrew Ng
➔ Natural Language Processing / Dan Jurafsky, Christopher Manning
➔ Automata / Jeffrey Ullman
Зачем это нужно?
Студентам:
➔ изучить нужную/интересную тему
➔ присмотреться к университету
➔ блеснуть перед работодателями
➔ [добавьте сюда, зачем это нужно именно вам]
Зачем это нужно?
Преподавателям:
➔ за один “выпуск” можно обучить тысячи и десятки тысяч студентов. Это больше, чем за 20 лет в вузе.
Зачем это нужно?
Университетам:
➔ пиар и реклама
➔ привлечение толковых студентов на master- и PhD-программы
➔ обкатка онлайн-образования (уже есть платные магистерские онлайн-программы)
Зачем это нужно?
➔ Платформе — в конечном счёте, видимо, заработать денег. Также называется миссия: “Сделать образование доступным всем”.
➔ Государству — сделать образование более доступным (образование в США сильно дорожает, много долгов по кредитам).
Что это даёт выпускникам?
➔ знания и умения (есть курсы где надо, например, много программировать или работать с данными)
➔ сертификат — для повышения самооценки и продемонстрировать работодателю (теоретически, есть курсы, дающие college credits в США)
➔ возможность включиться в какую-то деятельность — стать TA или тьютором, вовлечься в research (MOOR у Певзнера), …
Кто всё это делает?
Множество провайдеров:➔ Coursera➔ Udacity➔ edX➔ KhanAcademy (не MOOC в чистом виде)➔ Stanford, NovoED➔ FutureLearn➔ Canvas➔ Santa Fe Institute➔ Iversity➔ и многие другие.
Как во всём этом ориентироваться?
➔ ходить по сайтам, подписываться на обновления и регистрироваться на курсы
➔ пользоваться специальными поисковиками и агрегаторами (eclass.cc)
Как во всём этом ориентироваться?
➔ пользоваться специальными поисковиками и агрегаторами (eclass.cc)
◆ курсы от разных провайдеров в одном месте
◆ удобный поиск с параметрами
◆ рейтинги и отзывы (coursetalk.org, knollop.com)
◆ подборки курсов и индивидуальный план обучения
Что нужно, чтобы участвовать?
➔ знать английский (как вариант можно знать китайский)
➔ иметь свободное время или желание и волю его регулярно находить (2-20 часов в неделю на протяжении 4-16 недель)
➔ иметь хорошую мотивацию и уметь её поддерживать (особенно если 16 недель)
➔ понимать, зачем именно вы берёте этот курс
Что делать, если не успел на курс?
➔ Не расстраиваться, многие курсы повторяются и их качество со временем только растёт. Следите за анонсами.
➔ Попытаться догнать.
➔ Некоторые курсы оставляют материал доступным, можно просмотреть хотя бы в режиме видеолекций.
➔ Но некоторые хорошие курсы, к сожалению, были только один раз.
Теперь собственно про курсы
Биология (elementary)
Курсы: Биология (elementary)
Зачем?
➔ не все пришли сюда из биологии, нужно быстро войти в тему
➔ полезно в целях популяризации науки и просвещения (родственникам, друзьям и знакомым)
Курсы: Биология (elementary)
7.00x: Introduction to Biology -The Secret of Life (edX)
Автор — Eric Lander, профессор MIT и участник Human Genome Project.
Качественный материал, интересные интерактивные задания “собери белок”, “поправь ДНК” и т.п. Увидите танцевальный перформанс про синтез белка.
Курсы: Биология (elementary)
Fundamentals of Biology(MIT OpenCourseWare)
Подобие предыдущего курса от того же автора, проходить можно в свободном графике.
Курсы: Биология (elementary)
Tales from the Genome.Adventures in DNA, Identity,and Health (Udacity)
Вводный курс от Udacity и 23andme. Красиво и интерактивно, но очень тривиально и малый темп. Для тех, кто хоть сколько-то в теме, может быть скучно.
Курсы: Биология (elementary)
Introduction to Genetics and Evolution (Coursera)
Автор — Mohamed Noor, Duke University
Базовые вещи про генетику и эволюцию. В каждом курсе есть подробное расписание, смотрите список тем и решайте.
Идёт сейчас, 3 неделя.
Курсы: Биология (elementary)
Useful Genetics I, II (Coursera)
Автор — Rosemary Redfield, The University of British Columbia.
Более продвинутый и ёмкий курс про генетику, разбитый на две части.
“it is equivalent in content and difficulty to a typical second-year course in Genetics at a Canadian or American university.”
Биология (advanced)
Курсы: Биология (advanced)
Epigenetic Control of Gene Expression (Coursera)
Автор — Dr Marnie Blewitt, The University of Melbourne.
Хороший курс про основные эпигенетические механизмы, опирается на самые свежие данные, вплоть до ещё не опубликованных.
28 апреля 2014, 8 недель
Курсы: Биология (advanced)
Programmed cell death(Coursera)
Автор — Barbara Conradt, Ludwig-Maximilians-Universität München.
Курс про апоптоз. Разбирают историю изучения вопроса и основные известные механизмы. Узнаете много интересного про каспазы и митохондрии.Дата неизвестна.
Курсы: Биология (advanced)
Experimental Genome Science (Coursera)
Авторы — John Hogenesch, John Isaac Murray, University of Pennsylvania.
Современные методы анализа генома, курс для тех, кто уже в теме. Каждую неделю summary либо pros&cons по научной статье.
Закончился недавно.
Биология (miscellaneous)
Курсы: Биология (miscellaneous)
What a Plant Knows(and other things you didn’t know about plants)(Coursera)
Авторы — Daniel Chamovitz, Aviva Katz, Tel Aviv University.
Очень лёгкий и очень интересный курс про растения. Прошедшие курс люди очень его хвалят. 26 октября 2014, 7 недель
Курсы: Биология (misc.)
«Восторг. Просто восторг. В 2 дня во вторник я начинала безумно кликать обновление страницы, чтобы увидеть следующую серию ))) Курс полезный для кого угодно, с отличными параллелями с Homo Sapiens и эволюционными отступлениями. Надеюсь, что будет продолжение )) Очень легкий курс, годится вместо сериальчика.»
Курсы: Биология (miscellaneous)
Virology I: How Viruses Work,Virology II: How Viruses CauseDisease (Coursera)
Автор — Vincent Racaniello, Columbia University.
Про устройство вирусов и про вызываемые болезни. Первая часть содержит множество материала про молекулярную биологию, вторая про иммунологию.9 января 2014, 12 недель
Курсы: Биология (miscellaneous)
Astrobiology and the Search for Extraterrestrial Life (Coursera)
Автор — Charles Cockell, The University of Edinburgh.
Простой курс, хорош тем, что это ещё один взгляд на живое со стороны различных граничных условий. Узнаете про множество экстремофилов.20 января 2014, 5 недель
Статистика и Анализ данных
Курсы: Статистика и Анализ данных
Computing for Data Analysis(Coursera)
Roger Peng, Johns Hopkins University.
Короткий 4-недельный курс по основам R. Простой и хороший, годится для быстрого старта.
6 января 2014, 4 недели
Курсы: Статистика и Анализ данных
Data Analysis (Coursera)
Jeff Leek, Johns Hopkins University.
Логическое продолжение предыдущего курса. Есть большие и сложные задания.
Закончился недавно.
Курсы: Статистика и Анализ данных
Mathematical Biostatistics Boot Camp 1&2 (Coursera)
Brian Caffo, Johns Hopkins University.
Хороший курс по статистике, предполагает минимальные начальные знания. Покрывает много разных подходов и методов, включая маленькие кусочки байесовской статистики.
3 марта 2014, 7 недель28 апреля 2014, 7 недель
Курсы: Статистика
«Каффо отличный педагог: до теста предлагается домашка, где вопрос - это или первая половина решения теста, или аналогичная задачка, но это не оценивается, зато довольно подробно расписано, почему - правильно - это правильно, а то, что неправильно - нередко люди так считают и это неверно.»
Курсы: Статистика и Анализ данных
PH207x: Health in Numbers:Quantitative Methods in Clinical & Public HealthResearch (edX)
Earl Francis Cook, Marcello Pagano, Harvard.
“Огромный дополнительный плюс - вся статистика заточена именно на медиков-биологов, все примеры и особенности только по теме”
Дата неизвестна.
Курсы: Статистика и Анализ данных
Statistics One (Coursera)
Andrew Conway, Princeton University
“Покрывает разные темы включая ANOVA, GLM и прочее. Рекомендуется биологам, которые не очень хотят вдаваться в глубины, но хотят освоить много практических методов.”
Закончился недавно, 12 недель.
Курсы: Статистика и Анализ данных
Stat2.* Introduction to Statistics:Descriptive Statistics, Probability, Inference(edX)
Ani Adhikari, Philip B. Stark UC Berkeley
Семейство коротких курсов (4-5 недель).От основ статистики и теории вероятностей до проверки гипотез.
Февраль 2014.
Курсы: Статистика и Анализ данных
Introduction to Data Science(Coursera)
Bill Howe, University of Washington
Знакомит с базами данных (SQL и noSQL), MapReduce и Hadoop, машинным обучением, текстовой и графовой аналитикой.
Дата неизвестна.
Курсы: Статистика и Анализ данных
Introduction to Statistics. Making Decisions Based on Data(Udacity)
Свободный график, много интерактива.
Простой и совсем вводный с упором на визуализацию.
Курсы: Статистика и Анализ данных
Statistics. The Science of Decisions(Udacity)
Свободный график, много интерактива.
Стандартный набор тем: описание данных, проверка гипотез, регрессия, корреляция.
Курсы: Статистика и Анализ данных
Udacity: раздел Data Science
➔ Intro to Data Science. Learn What It Takes to Become a Data Scientist.
➔ Exploratory Data Analysis. Investigate, Visualize, and Summarize Data Using R.
➔ Intro to Hadoop and MapReduce.
➔ Data Wrangling with MongoDB.
Курсы: Статистика и Анализ данных
Probability and Statistics(KhanAcademy)
Стандартный набор тем: описание данных, проверка гипотез, регрессия.
Свободный график.
Курсы: Статистика и Анализ данных
Machine Learning (Coursera)
Andrew Ng, Stanford
Рекомендуется для вхождения в тему, чтобы знать что такое и для чего нужны линейная и логистическая регрессии, нейросети, SVM, кластеризация, уменьшение размерности, поиск аномалий и другое.
Дата неизвестна.
Курсы: Статистика и Анализ данных
CS1156x: Learning From Data(edX)
Yaser S. Abu-Mostafa,Caltech
Когда освоились с курсом Ng, можно переходить к этому. Больше рассказывают про суть методов и машинного обучения в целом.
Дата неизвестна.
Курсы: Статистика и Анализ данных
Probabilistic Graphical Models (Coursera)
Daphne Koller, Stanford
Содержит полезные биоинформатикам темы как HMM, MCMC, Gibbs sampling, Maximum likelihood и Bayesian inference, Expectation Maximization method.
Тяжёлый курс (11 недель, до 20 ч/нед),Дата неизвестна.
Биоинформатика
Курсы: Биоинформатика
Computational Molecular Evolution (Coursera)
Anders Gorm Pedersen,Technical University of Denmark (DTU)
Введение в анализ филогении, используя готовый софт. Курс лёгкий, больше похож на набор из лабораторных работ.
13 января 2014, 6 недель
Курсы: Биоинформатика
Bioinformatic Methods I & II(Coursera)
Nicholas James Provart,University of Toronto
Выравнивания, филогения, базы данных, RNA-seq. Судя по всему, полезен для мокрых биологов, желающих использовать BLAST и базы данных белков и геномов.6 января 2014, 6 недель
Курсы: Биоинформатика
PH525x: Data Analysis for Genomics (edX)
Rafael Irizarry, Michael LoveHarvard
Анализ данных микрочипов и NGS в биомедицинских задачах. Будет статистика, PCA, кластеризация, элементы Байесовского анализа. R, Bioconductor.
coming soon, 2014.
Курсы: Биоинформатика
Bioinformatics Algorithms (Part 1) (Coursera)
Pavel Pevzner and Phillip E. C. Compeau, UC San Diego
Тяжёлый программистский курс (>10 ч/нед).
Интересные темы: поиск точек начала репликации, секвенирование циклических пептидов, поиск мотивов, сборка геномов, выравнивания, картирование ридов.
Курсы: Биоинформатика
MOOR
➔ Massive
➔ Open
➔ Online
➔ Research !
Курсы: Биоинформатика
MOOR
➔ 5 problems
➔ “The goal of each project is to produce a research paper co-authored by YOU!”
Курсы: Биоинформатика
“Узнаете изнутри как работают современные биоинформатические программы (например, ассемблеры, использующие графы де Брёйна или картирование ридов с помощью Burrows-Wheeler Transform).”
Участник 1
Курсы: Биоинформатика
“Я прошел курс до конца. Курс заполнил большую брешь в моем биоинформати-ческом образовании, а именно умение читать и понимать псевдокоды и алгоритмы и превращать их в эффек-тивные коды. А чтение форума к этому курсу добавило еще и умение воплощать идеи других в эффективные коды.”
Участник 2
Курсы: Биоинформатика
“Теперь про нагрузку. Это реально главная проблема курса. По-видимому, создатели не очень подумали о том, кого они собираются учить. Потому что в лекциях упоминается, что курс и для биологов и для программистов. Но ни один биолог точно не сможет справиться с нагрузкой. Программист м.б. сможет, но…”
Участник 3
Курсы: Биоинформатика
Bioinformatics Algorithms (Part 2)
Заявлена вторая часть про машинное обучение (кластеризация и анализ экспрессии, протеомика, алгоритмические методы в генетике, молекулярная эволюция, HMM и предсказание генов, сравнительная геномика).
Курсы: Биоинформатика
Моделирование биологическихмолекул на GPU (Coursera)
Артём Жмуров, МФТИ
В требованиях: “Знания основ программирования на языке C. Доступ к ПК, который можно не выключать в течении ~5 дней. Крайне рекомендуется наличие графической карты компании NVidia”
14 марта 2014, 7 недель
Курсы: Биоинформатика
Введение в биоинформатику: биоинформатика в биологии и медицине (Coursera)
Алла Львовна Лапидус, СПбГУ
Очень широкий список тем.
Даты неизвестны.
Курсы: Биоинформатика
Большая подборка по системной биологии от Icahn School of Medicine at Mount Sinai (Coursera):
➔ Introduction to Systems Biology (31.03)
➔ Network Analysis in Systems Biology
➔ Dynamical Modeling Methods for Systems Biology (31.03)
➔ Experimental Methods in Systems Biology
➔ Integrated Analysis in Systems Biology
Биоинформатика (bonus)
Курсы: Биоинформатика (bonus)
Introduction to Complexity(Santa Fe Institute)
Melanie Mitchell
Широкий список тем, от фракталов до теории хаоса через сетевые модели, клеточные автоматы и генетические алгоритмы.
Весна 2014.
Курсы: Биоинформатика (bonus)
Social and Economic Networks:Models and Analysis (Coursera)
Matthew O. Jackson, Stanford
Про анализ сложных сетей и графов.
6 января 2014, 9 недель
Курсы: Биоинформатика (bonus)
Графы и комбинаторика: от жемчужин теории к современным приложениям(Universarium)
Андрей Михайлович Райгородский
Математика больших графов.
20 января 2014
Программирование
Курсы: Программирование
Зачем?
➔ не все пришли сюда из математики или инженерии, нужно ориентироваться
➔ в качестве подготовки к курсу Певзнера :)
Курсы: Программирование
Algorithms: Design and Analysis,Part 1&2 (Coursera)
Tim Roughgarden, Stanford
«Это один из лучших курсов, из тех, что я слышал как в интернете, так и в реальной жизни. Отличный язык, прекрасные видео. Слайды. Первая часть несколько проще, чем вторая. Но не потому, что лекции хуже, просто материал сложнее.»
Курсы: Программирование
Algorithms, Part I & II(Coursera)
Kevin Wayne and Robert Sedgewick, Princeton University
Другой классический курс по алгоритмам, ориентирован на Java.
Начинается в эту пятницу, 31.01.2014
Курсы: Программирование
Ещё два курса от этого же автора
➔ Analysis of Algorithms
Оценка сложностиалгоритмов7 февраля 2014, 6 недель
➔ Analytic Combinatorics
Комбинаторные струтурыи их анализ28 марта 2014, 6 недель
Курсы: Программирование
Discrete Optimization(Coursera)
Pascal Van Hentenryck,The University of Melbourne
Устали решать судоку вручную?
Курс про решение NP-сложных задач (которых в биологии тоже достаточно).
Курсы: Программирование
“Самый сложный и одновременно самый весёлый курс из всех, что я проходил.”
Курсы: Программирование
“NP-сложная задача каждую неделю”
Курсы: Программирование
Discrete Optimization(Coursera)
Зажигательный лектор, продуманная система баллов, только один общий дедлайн на все задачи. Нагрузка также больше 10 часов в неделю.
Стартует в марте 2014.
Бизнес
“Когда я пытался определиться, чем хочу заниматься в жизни, я был убеждён, что если не изучу экономику, мне придётся работать на кого-то, кто её изучил, и они будут знать всякие особенные вещи, которых я не знаю. Это выглядело не очень приятно, так что я хотел быть уверен, что тоже буду знать всё это.”
Элон Маск, основатель и сооснователь PayPal, SpaceX, Tesla Motors
Курсы: Бизнес
Зачем?
➔ кто-то из вас создаст свой бизнес в биотехе
Курсы: Бизнес
How to Build a Startup.The Lean LaunchPad (Udacity)
Автор — Стив Бланк,серийный предприниматель и автор книги “The Startup Owner's Manual”.
Курс — это введение в Customer Development process и раскрывает ту же тему, что и книга «Построение бизнес-моделей». Пройти можно прямо сейчас, у курса свободный график (как у всего на Udacity).
Курсы: Бизнес
Developing Innovative Ideas forNew Companies: The First Step in Entrepreneurship (Coursera)
James V. Green, University of Maryland
Как превратить идею в компанию.
Начало курса через неделю: 3 февраля 2014, это уже 6-я итерация курса.
Курсы: Бизнес
Поиск и выбор бизнес-идеи(Universarium)
Михаил Хомич, Юрий Митин,основатели бизнес-инкубатора МГУ
Практическое руководство по предпринимательству, подробная «инструкция», как с нуля создать собственный бизнес.
Курс только что начался, можно включиться.
Курсы: Бизнес
Entrepreneurship 101:Who is your customer?(edX)
Bill Aulet, MIT
Как перейти от идеи или технологии к пониманию того, кто ваш клиент и почему он хочет купить ваш продукт.
Курс начинается 18 марта 2014.
Курсы: Бизнес
Technology Entrepreneurship 1, 2(NovoED, ex. Stanford Venture Lab)
Chuck Eesley, Stanford
Ещё два стэнфордских курса про предпринимательство.
Последняя сессия только закончилась в начале января. Следите за обновлениями.
Курсы: Бизнес
Ещё два курса, которые только начались
➔ What’s Your Big Idea?
Про проверку идеи
➔ How to Change the World
В частности рассматриваютздравохранение
Курсы: Бизнес
Introduction to Finance(Coursera)
Gautam Kaul, University of Michigan
Хороший курс для получения базовой финансовой грамотности. Нацелен на понимание, а не на перемалывание чисел.
Начало курса через неделю: 3 февраля 2014, продлится 15 недель. 5-я итерация курса.
Другое
Курсы: Другое
SciWrite: Writing in the Sciences (Stanford/Coursera)
Kristin Sainani, Stanford
Как писать хорошо, быстро, что такое формат научной статьи, как происходит процесс публикации и peer-review.
Курс только закончился. Следите за обновлениями.
Курс: Writing in the Sciences
“Writing in Sciences - это лучшее, что со мной произошло в прошлом году. Этот курс вообще must для начинающих и полезен даже для продвинутых. Занимает не так много времени, рассказывается просто, доступно и с примерами. Настроен на регулярные занятия - понедельные блоки с простыми упражнениями и две "курсовые".”
Ещё
Курсы: Нейробиология
➔ Computational Neuroscience
➔ Medical Neuroscience
➔ Fundamentals of Neuroscience, Part I
➔ Drugs and the Brain
➔ Synapses, Neurons and Brains
➔ Neuroethics
➔ ...
Курсы: Фармакология
➔ Introduction to Pharmacy
➔ Generation Rx: The Science Behind Prescription Drug Abuse
➔ Fundamentals of Pharmacology
➔ Drug Discovery, Development& Commercialization
➔ Medicinal Chemistry: The Molecular Basis of Drug Discovery
➔ ...
Курсы: Физиология и Медицина
➔ Introductory Human Physiology
➔ Epidemiology: The Basic Science of Public Health
➔ Vaccines
➔ Genomic Medicine Gets Personal
➔ Diabetes: Diagnosis,Treatment, and Opportunities
➔ Genomic and Precision Medicine
➔ ...
Курсы: Динозавры!
➔ Dino 101: Dinosaur Paleobiology
Подборки курсов:http://www.eclass.cc/courselists/52_futurebiotech_biology_elementaryhttp://www.eclass.cc/courselists/53_futurebiotech_biology_advancedhttp://www.eclass.cc/courselists/54_futurebiotech_biology_mischttp://www.eclass.cc/courselists/55_futurebiotech_statisticshttp://www.eclass.cc/courselists/56_futurebiotech_bioinformaticshttp://www.eclass.cc/courselists/57_futurebiotech_programminghttp://www.eclass.cc/courselists/58_futurebiotech_business_and_startupshttp://www.eclass.cc/courselists/59_futurebiotech_other
