R, cursos y asesorías

R, Cursos y Asesorıas

R, Cursos y Asesorıas

MSc. Juan Manuel [email protected]

23 de octubre de 2013

mailto:[email protected]

R, Cursos y AsesorıasPrologo

Prologo

Contar con software util y de calidad para procesar datos es unanecesidad creciente en la actualidad.

En la actualidad hay varias opciones comerciales y no comerciales.

R es una opcion no comercial de alta calidad, para la cual ofrezcoasesorıa y capacitacion.


Prologo

Contar con software util y de calidad para procesar datos es unanecesidad creciente en la actualidad.

En la actualidad hay varias opciones comerciales y no comerciales.

R es una opcion no comercial de alta calidad, para la cual ofrezcoasesorıa y capacitacion.


Outline

Prologo

1. ¿Por que R?

2. Cursos y Asesorıas

3. Formacion & Experiencia

4. El curso IMSER4.1 Repaso de la ultima edicion

R, Cursos y Asesorıas1. ¿Por que R?

¿Por que R?


Paquetes comercialesExisten varias soluciones comerciales para hacer estadıstica, comoSPSS, SAS, JMP o S+.

Pros:I Buenas interfaces graficas

(GUI): son ”user friendly”.I Suelen brillar en ciertos

aspectos, como salida grafica ociertas tipos de analisis.

I En ciertos cırculos tienen unagran base de usuarios,facilitando el intercambio yaprendizaje de iniciados.

Contras:I Implican costos, a veces muy

grandes, que incluyen licenciaso extensiones.

I La funcionalidad esta limitadaa lo que puede ofrecer laempresa que desarrolla elsoftware.

I La poblacion de usuarios,acotada por ser una opcionpaga, esta actualmente endecrecimiento.






















Paquetes comercialesLa alternativa por excelencia en el mundo del Software Libre es R:

“Un ambiente y lenguaje de computacion estadıstica ygraficos que provee una amplia variedad de tecnicasgraficas y estadısticas.”

http://www.r-project.org/



Paquetes comercialesLa alternativa por excelencia en el mundo del Software Libre es R:

“Un ambiente y lenguaje de computacion estadıstica ygraficos que provee una amplia variedad de tecnicasgraficas y estadısticas.”




¿Que virtudes ofrece R?

I Precio: es gratisI Libertad: (gratis), Codigo

abierto (Software Libre)I CalidadI Comunidad de usuarios.I Funcionalidad: miles de

paquetes.Veamos algunos ejemplos...










paquetes.Veamos algunos ejemplos... Ej.: RStudio es un IDE muy amigable,

nacido de la comunidad de usuarios de R.Tambien es Software Libre.






I Grupo selecto de expertos enestadıstica desarrollan ymantienen el codigo base.

I Requerimientos mınimos decalidad para nuevos paquetesde CRAN.

I Excelente documentacion.

CRAN: Comprehesive R Archive Network






Trafico en listas de correo, segun softwareestadıstico.

(fuente: http://r4stats.com/articles/popularity/)

http://r4stats.com/articles/popularity/






(fuente: http://r4stats.com/articles/popularity/;ver tambien:

http://prezi.com/s1qrgfm9ko4i/the-r-ecosystem/)

http://r4stats.com/articles/popularity/

http://prezi.com/s1qrgfm9ko4i/the-r-ecosystem/






Numero de paquetes (extensiones).La escala de los ejes es logarıtimica: es un

crecimiento exponencial.






Numero de paquetes (extensiones).La escala de los ejes es logarıtimica: es un

crecimiento exponencial.


Ejemplos

I Proyecto Bioconductor:Herramientas de analisis de datos genomicos, usando R.(http://www.bioconductor.org/)

I Ciencias sociales:Una pletora de paquetes que cubren multiples tipos de analisis: ModelosLineales Generalizados (funcion glm), Modelos Aditivos Generalizados(gam), Ecuaciones estructurales (sem) o Analisis de Redes (sna, igraph,network) son solo algunos ejemplos.(http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/SocialSciences.html)

http://www.bioconductor.org/

http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/SocialSciences.html


Ejemplos

I Proyecto Bioconductor:Herramientas de analisis de datos genomicos, usando R.(http://www.bioconductor.org/)

I Ciencias sociales:Una pletora de paquetes que cubren multiples tipos de analisis: ModelosLineales Generalizados (funcion glm), Modelos Aditivos Generalizados(gam), Ecuaciones estructurales (sem) o Analisis de Redes (sna, igraph,network) son solo algunos ejemplos.(http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/SocialSciences.html)

http://www.bioconductor.org/

http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/SocialSciences.html


Ejemplos

I Analisis espacial:R puede trabajar facilmente con Sistemas de Informacion Geografica(GIS), como GRASS o Arc GIS, a traves de varios paquetes: sp, spatial,geoR, spgrass6, rgdal, rgeos, maptools, raster, shapefiles y muchos otros.(http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/Spatial.html)

I Machine Learning:Arboles de Clasificacion (CART): rpart & tree; Redes Neurales: nnet;Regresion logıstica: funcion glm, Algorıtmos Geneticos: rgp, rgenoud; ymuchos mas.(http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/MachineLearning.html)

http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/Spatial.html

http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/MachineLearning.html


Ejemplos

I Analisis espacial:R puede trabajar facilmente con Sistemas de Informacion Geografica(GIS), como GRASS o Arc GIS, a traves de varios paquetes: sp, spatial,geoR, spgrass6, rgdal, rgeos, maptools, raster, shapefiles y muchos otros.(http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/Spatial.html)

I Machine Learning:Arboles de Clasificacion (CART): rpart & tree; Redes Neurales: nnet;Regresion logıstica: funcion glm, Algorıtmos Geneticos: rgp, rgenoud; ymuchos mas.(http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/MachineLearning.html)

http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/Spatial.html

http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/MachineLearning.html


Ejemplos

Muchos otros campos, incluyendo:

Econometrıa, Inferencia Bayesiana, EcuacionesDiferenciales, Multivariados, Optimizacion o Series deTiempo.

Por mas detalles, ver R Task Views:http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/

http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/


Ejemplos

Muchos otros campos, incluyendo:

Econometrıa, Inferencia Bayesiana, EcuacionesDiferenciales, Multivariados, Optimizacion o Series deTiempo.

Por mas detalles, ver R Task Views:http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/

http://cran-r.c3sl.ufpr.br/web/views/


Capacidades graficas

R se destaca por sus excelentes salidas graficas.El uso de scripts facilita el compartir y reusar graficos.



Diagramas de caja:



Paquete ggplot2:



Paquete lattice:Funcion persp (3D):


Personalizacion

Una de las caracterısticas mas sobresalientes de R es que es unlenguaje de programacion cuidadosamente disenado.

El lenguaje se usa en la sesion interactiva, por lo que es naturalla transicion a escribir scripts (secuencias de comandos).

De esta forma se logran personalizar los procedimientos,ajustandose a las necesidades del usuario.


Personalizacion





Personalizacion





Personalizacion

Estas necesidades pueden incluir:I Automatizacion de tareas

I ”Hacer X igual que mi software Y, pero con una modificacioncrucial”

I Aplicar un procedimiento ideado de cero

I Reciclar procedimientos (reproductibilidad)


Personalizacion






Personalizacion






Personalizacion






Personalizacion





R, Cursos y Asesorıas2. Cursos y Asesorıas

Cursos y Asesorıas


Cursos cortos

Entre 2 semanas y 1 mes, sobre alguno o varios de los siguientestemas:

I Introduccion rapida a la programacion, con R.I Creacion de graficos en R & edicion con herramientas

gratuitas.I Metodos estadısticos comunes en R (anova, regresion

lineal/no lineal, glm, etc) + scripting.I Investigacion reproducible.


Cursos cortos






Cursos cortos






Cursos cortos






Cursos cortos






Cursos largos/asesorıas

Duracion de 1 mes o +:

I Introduccion al Manejo del Software Estadıstico R (IMSER).I Un completo recorrido por todas los aspectos del uso de R.

I Asesorıa: migracion a R

I Opcionalmente, en combinacion con otras herramientas deSoftware Libre, como LibreOffice, LATEX, manejo de graficos,etc.














Opciones

I Cursos presenciales, semipresenciales o a distancia.

I Introduccion a ciertas herramientas estadısticas, como anovao glm.


Opciones

I Cursos presenciales, semipresenciales o a distancia.

I Introduccion a ciertas herramientas estadısticas, como anovao glm.

R, Cursos y Asesorıas3. Formacion & Experiencia

Formacion & ExperienciaUna resena de mi experiencia como usuario de R.


Resumen

I Tesina de grado para la Lic. en Ciencias Biologicas(Biomatematica), 2006-2008.

I Tesis para la Maestrıa en Ciencias Biologicas (Ecologıa), 2009-2012.

I Desde 2006, he programado y hecho analisis, principalmente con R,en mis trabajos de tesis y como investigador ayudante de variosproyectos.

I Se trata de simulaciones & analisis de datos principalmente.

I He creado y ejecutado varios cursos introductorios de programacionen R.

I Al momento son 5 cursos dados entre 2011 y 2013, incluyendovarios a distancia.


Resumen








Resumen








Simulaciones

Propagacion espacial

Desarrolle un modelo de simulacionde contagio muy flexible, conmultiples variables predictoras.

El modelo fue orientado a explorarlas problematicas de especiesinvasoras y enfermedadesemergentes.

(tesina de grado & proyectos de investigacion)


Simulaciones

Difusion en redes complejas

Simulamos dinamicas de contagio atraves varios tipos de redescomplejas.

Incluyo desarrollar el modelo y ponera prueba varias hipotesis de trabajo.

(proyecto de investigacion)


Simulaciones

Conectividad de paisajes (I)

Explore una una hipotesis ecologicausando un ”Modelo Basado enIndividuos”(IBM).

Modele cada individuoexplıcitamente, con reglas denacimiento, reproduccion y muerte,en un paisaje fraccionado.

(tesis de maestrıa)


Simulaciones

Conectividad de paisajes (II)

Analisis de la conectividad percibidaen paisajes fraccionados y condistribuciones aleatorias de habitat.

Aplicacion de teorıa de grafos yajustes no lineales para determinarpropiedades de Reglas denacimiento, reproduccion y muerte+ un paisaje fraccionado.

(tesis de maestrıa)


Analisis de datos

Mi experiencia analizando datos incluye los siguientes ıtems:I Regresiones lineales/no lineales.I Regresion con Modelos Lineales Generalizados (GLM).I Analisis multivariados, como PCA o CCA.I Procesamiento de imagenes satelitales, utilizando la

interaccion entre R y GRASS GIS.


Finalmente, una breve resena sobre el estado actual del curso deprogramacion en R.

R, Cursos y Asesorıas4. El curso IMSER

Introduccion al Manejo delSoftware Estadıstico R


Origen

Julio de 2011, 1er. curso en Facultad de Ciencias, UdelaR.

Inicialmente como propuesta para educacion permanente,

posteriormente como propuesta para proyectos CSE de promocionde TIC y REA1

1TIC: Tecnologıas de Informacion y ComunicacionREA: Recursos Educacionales Abiertos.


Origen

Desarrollado y ejecutado principalemnte por mı, pero tambien conla colaboracion de dos colegas:

Carla RiveraMauro Berazategui


Iteraciones del curso

I Modalidad presencial: 12 dıas, junio-julio de 2011a.I Modalidad a distancia: 17 dıas, julio-agosto de 2011a.I Modalidad semiprescencial, 2do. semestre de 2011b.I Modalidad a distancia, 2do. semestre de 2012b.

(Se incorporan videos en YouTube y un sistema de autocorreccion.)

I Modalidad a distancia: 1er. semestre de 2013a.a. Educacion permanente.

b. CSE, apoyo de TICs y REAs.


























4.1 Repaso de la ultima edicion

Repaso de la ultima edicion



Numeros mas elementales

Cantidad de anotados: 310Cantidad de activos al terminar: 142 (46%)Cantidad de aprobados : 82 (26%)

Normalmente en MOOCs un 10% aprox. termina el curso.

El curso IMSER logro 2.6 veces ese valor en aprobacion y 4.6veces en cantidad de estudiantes activos.

(MOOC: Massive Open Online Course.)(Mas estadısticas sobre MOOCs aquı:http://www.katyjordan.com/MOOCproject.html)

http://www.katyjordan.com/MOOCproject.html



























Anotados en el cursoNivel educativo de los participantes:

53% con nivel de egresado o superior53% = Egresado + Docente + Profesional



Anotados en el cursoNivel educativo de los participantes:

53% con nivel de egresado o superior53% = Egresado + Docente + Profesional



Anotados en el curso

Paises de origen1:

1No se hizo difusion por fuera de Uruguay



Encuesta al terminar el curso

Se hizo una encuesta rapida para evaluar el curso IMSER‘13, conlos siguientes ıtems:

I Nivel de satisfaccion con el cursoI Nivel de manejo de R al finalizarI Comentarios sobre puntos fuertes, debiles y/o cualquier otro

aspecto

Hubieron 53 respuestas, veamos los dos primeros puntos...






aspecto







aspecto







aspecto







aspecto




Encuesta: Satisfaccion

85% de evaluaciones positivas(72% en las dos mejores categorıas)

(Hubieron al menos dos valoraciones negativas por error, no corregidos aquı.)



Encuesta: Satisfaccion

85% de evaluaciones positivas(72% en las dos mejores categorıas)

(Hubieron al menos dos valoraciones negativas por error, no corregidos aquı.)



Encuesta: Nivel de manejo

Se propusieron 5 niveles de manejo, en orden creciente:

1. No me siento con confianza para usar R de forma efectiva en mi trabajodiario.

2. Puedo usar R para cosas puntuales, pero no para hacer las tareas quenormalmente hago con otros programas (o no me animo a intentarlo).

3. Puedo usar R para hacer la mayorıa de los analisis que normalmente hagocon otros programas (o me animo a intentarlo).

4. Puedo usar R para hacer analisis que con otros programas normalmenteNO podrıa (o me animo a intentarlo).

5. Me siento con confianza para usar R todo el tiempo que trabajo enaplicaciones relevantes (i.e.: estadıstica, simulaciones, etc.).




Se propusieron 5 niveles de manejo, en orden creciente:

1. No me siento con confianza para usar R de forma efectiva en mi trabajodiario.

2. Puedo usar R para cosas puntuales, pero no para hacer las tareas quenormalmente hago con otros programas (o no me animo a intentarlo).

3. Puedo usar R para hacer la mayorıa de los analisis que normalmente hagocon otros programas (o me animo a intentarlo).

4. Puedo usar R para hacer analisis que con otros programas normalmenteNO podrıa (o me animo a intentarlo).

5. Me siento con confianza para usar R todo el tiempo que trabajo enaplicaciones relevantes (i.e.: estadıstica, simulaciones, etc.).




Respuestas:

71% con un manejo adecuado71% = Niveles 3 + 4 + 5




Respuestas:

71% con un manejo adecuado71% = Niveles 3 + 4 + 5



Epılogo

Por mas informacion sobre mi, cursos o mi codigo en R, visite:

http://[email protected]

http://jumanbar.github.io

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