Введение в эволюционную и медицинскую геномику, часть ...

Введение в эволюционную и медицинскую геномику, часть II

ФББ МГУ, весна 2008

Василий Евгеньевич Раменский, Институт молекулярной биологии РАН ramensky@imb.ac.ru

Что, где, когда

ФББ МГУ, весна 2008, вторники, 17-30, ауд. 406

www: (1) УНЦБ «Биоинформатика», раздел «Обучение», X семестр, http://www.rtcb.iitp.ru/training_r.htm

(2) http://www.imb.ac.ru/~ramensky

Часть II, весна 2008. План курса* Полиморфизм генома человека. Однонуклеотидные

полиморфизмы (SNP) и мутации, их типы и роль в формировании фенотипа.

* Менделевские заболевания. Сложные заболевания. Примеры. Ассоциативные исследования.

* Предсказание эффекта мутаций с помощью вычислительных методов.

* Конструирование лекарств. Основные требования к лекарствам. Поиск белков-мишеней и вычислительное конструирование ингибиторов.

* Дополнительные темы: обсуждение. GATTACA.

Литература

1. Генетика. В.И.Иванов и др., Академкнига, 2006

2. Психогенетика. И.В.Равич-Щербо, Т.М.Марютина, Е.Л.Григоренко., Аспент-пресс, 2004

3. Геномика – медицине. Под ред. В.И.Иванова и Л.Л.Киселева, Академкнига, 2005

4. Evolution in Health and Disease, Ed. by Stephen C. Stearns, Oxford University Press, 2007

5. Human Genetics - Concepts and Applications. R. Lewis, McGraw-Hill, 2003

6. Fundamentals of medicinal chemistry. G.Thomas, Wiley, 2003

Эволюция:

* передача генетического материала

* отсутствие «нормального состояния»

Медицина:

* забота об «оболочке»

* существование нормы

Медицина vs эволюция

Медицина vs эволюция

Медицина – эволюции: * Данные о фенотипах

Эволюция – медицине: * Что действительно является заболеванием?

(непереносимость лактозы)

* Неприсобленность тел к современности (ожирение, астма, онкология, репродуктивная медицина)

* Инфекция с точки зрения патогена (коэволюция патогена, хоста и фармацевтической индустрии)

* Тело как система «сдержек и противовесов» (фенотипические признаки являются компромиссом)

…Геномика!

…caccagctcctgtgGggggaggccctgct… …caccagctcctgtgGggggaggccctgct… …caccagctcctgtgGggggaggccctgct… …caccagctcctgtgCggggaggccctgct… …caccagctcctgtgCggggaggccctgct…

2008 – «год геномного полиморфизма»

1000 Genomes: A Deep Catalog of Human Genetic Variation http://www.1000genomes.org/

Фенотипические проявления геномного полиморфизма

1. Никак не проявляющиеся (нейтральная вариабельность)

2. Нейтральные с т.зр. приспособленности (внешний вид)

3. Менделевские (моногенные) заболевания

4. Сложные заболевания

5. Реакция на факторы окружающей среды

6. Реакция на лекарственные препараты

Факторы, формирующие геномный полиморфизм

1. Мутационный процесс, рекомбинация и пр.

2. Отбор (положительный, стабилизирующий, балансирующий; географически локализованный; глобальный, но разной силы; изменяющийся во времени)

3. Генетический дрейф

4. Демографические факторы («бутылочное горлышко», расширение популяции, изоляция, миграция)

Распространенность геномного полиморфизма

1. Отдельные индивидуумы (редкие мутации)

2. Популяция («private SNPs»)

3. Все популяции с различными частотами

Основные виды геномного полиморфизма

1. STR (short tandem repeats, 2-10bp x10-100, ~10,000 описанных случаев в геноме)

2. SNP (single nucleotide polymorphisms, ~3-5 млн с частотой >1%)

3. CNV (copy number variants, >40kb, 3,654 случаев у 95 индивидуумов, макс. различие 9Mb)

Определение

SNP (single nucleotide polymorphism): существование в популяции на одной и той же позиции геномной ДНК двух нуклеотидных вариантов с частотой более редкого варианта (аллеля) ≥1%

5’---------------A---------------3’ |||||||||||||||||||||||||||||||3’---------------T---------------5’

5’---------------G---------------3’ |||||||||||||||||||||||||||||||3’---------------C---------------5’

Na

Ng

Na+Ng = N, Na/N ≥0.01, Ng/N ≥0.01

SNP в геноме человека

SNP в геноме человека

* Самый частый (~90%) тип геномного полиморфизма

* Средняя гетерозиготность: ~10-4, т.е. 3-5 млн различий между случайными гапл. геномами

* У H.s. как вида ~10 млн полиморфных сайтов с SNP (≥1%) (Kruglyak & Nickerson, 2001)

* Кроме того, существуют многие миллионы редких SNPs

* Очень небольшое число сайтов в геноме (~0.1%, Г.Крюков, 2008, личное сообщение) абсолютно консервативны

T, млн лет

~5.0

H.Sapiens / P.Troglodytes Выход H.S. из Африки

0.1-0.2

Характерные времена и следствия

Жизненный цикл SNP

* Нет общего полиморфизма с другими видами

* Большая часть SNP (~85%) одинакова у всех людей

* Основное различие между популяциями в частотах SNP

Genome build 36.2

Number of submissions (ss #’s) 34,434,159

Number of RefSNP Clusters (rs#'s) (# validated)

11,883,685 (6,262,709)

Number of (rs#'s) in gene 4,671,723

Number of (ss#'s) with frequency 737,679

dbSNP build 128 (Oct. 2007) Statistics:

Классификация SNP по положению в геноме

1. Гены1.1 UTR1.2 Экзоны (cSNP)

1.2.1 синонимичные(sSNP)1.2.2 несинонимичные (nsSNP)

1.3 Интроны1.4 Сайты сплайсинга

2. Регуляторные участки генов (rSNP)3. Межгенные участки

Summary of Annotation on human Genome Build 33 dbSNP Build 124 :

FUNCTION CLASS CODE

SNP COUNTGENE

COUNT

FUNCTIONAL

CLASSIFICATION

1 338787 26210 Locus region

3 39214 14342Allele synonymous to contig nucleotide

4 50772 15710Allele nonsynonymous to contig nucleotide

5 546965 17898 untranslated region

6 2925773 19332 intron

7 832 769 splice site

8 89554 18655 Allele is same as contig nucleotide

9 7111 1006 Coding: synonymy unknown