DanBIF danbif.dk Danish Biodiversity Information Facility

1

DanBIFwww.danbif.dk Danish Biodiversity Information Facility

Seminar om DanBIF og Amterne –Ny mulighed for samlet adgang til naturdata i

Danmark

Zoologisk Museum, København

8. november 2004

Isabel Calabuig - DanBIF Projektleder

icalabuig@zmuc.ku.dk

2

DanBIFwww.danbif.dk Danish Biodiversity Information Facility

Dansk knudepunkt i GBIF netværket per. 1. Juli 2001

Finansiering: Hidtidig kontrakt mellem det Naturvidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet og Statens Naturvidenskabelige Forskningsråd (SNF)

Vært: Zoologisk Museum, Københavns Universitet

3

DanBIF Organisation

Bestyrelse

Sekretariat

Netværk af grund- og sektorforskningsinstitutioner

Kreds af yderligere dataholdere

4

DanBIF Mål & Aktiviteter inkluderer bl.a.:

Opfylde GBIF medlemskrav, f.eks.– Deltage aktivt i GBIF bestyrelse og komité for netværket af knudepunkter

– Opbygge, køre og vedligeholde et IT system og et sekretariat for at opfylde kravene & anbefalinger (samarbejde i relevante internationale (EU) projekter)

– Gøre danske biologiske datasæt og oplysninger om dem tilgængelige for søgning via GBIF portal

Opbygge og organisere aktiviteter for et netværk af danske forskningsinstitutioner og andre dataleverandører

– Skabe forum for mulig skabelse af nye tværgående forskningssamarbejder

Blive Dansk videncenter og Internet gateway til information om biodiversitet

5

DanBIF Aktiviteter

Databaseret katalog for oversigt over naturhistoriske samlinger og andre typer af samlinger / datasæt fra forskning, forvaltning, industri, amatørbiologer etc.

– hvad enten de findes på digital form eller ej

– Online spørgeskema om naturhistoriske samlinger - Collections Metadata Inventory – som også publiceres og gøres søgbart

IT-Rådgivning/formidling: – digitalisering af naturhistoriske samlinger og andre naturdata

– database design og web-implementering

Identifikation og klargøring af biologiske databaser for søgning (eller link) via DanBIF/GBIF portalerne

Dansk Web-portal med samlet adgang til al informationen - http://www.danbif.dk

6

http://www.danbif.dk

7

8

9

10

Hvorfor har DanBIF indbudt Amterne til Seminar?

Naturovervågningsdata fra amter, DMU m.fl. relevant i DanBIF-sammenhæng:

– Større brugerflade - inkl. amter, kommuner, interesseorganisationer (& lodsejere, m.fl.)

– Amterne lettere adgang til hinandens data og mange andre datakilder!

– Lettere indrapportering af data til DMU – Lettere indrapportering fra DMU til Skov- og Naturstyrelsen – Lettere indrapportering fra S&N til EU

– BEDRE BREDT FUNDERET VIDENSBASIS FOR VIDTGÅENDE BESLUTNINGER OM BESKYTTELSE AF TRUEDE ARTER

– Bevarelse af, og bred adgang til, data, viden og kompetencer

– Link til andre datatyper, e.g. miljø, klima, habitatdata

11

GBIF henter følgende data via DanBIF

Primary biodiversity data:

– Eksemplarer

– Observationer

– Navne

• Arter

• Litteratur

Metadata om ovenstående

12

GBIF søgeportal PROTOTYPE -

http//www.gbif.net DATAGRUNDLAG, BRUGERFLADE, FUNKTIONALITET øges & udbygges, inkluderer for nuværende bl.a.:

– Data om Danmark fra globale leverandører

– Data fra Danmark om arter globalt

– Artslister for et land – Globalt ECAT – Synonymer

– Udbredelse

– HVEM har oplysningerne/eksemplarerne?

Senere kommer: – Species Bank

– Link til andre datatyper – økologi, abiotiske faktorer, genetik, litteratur, etc. etc.

13

GBIF PortalenFørste eksempel på

Rødlistearter fra Botanisk Musem, KU til

www.gbif.netPilledrager, Pilularia globulifera. Foto: B. Øllgaard.

14

Bemærk landevalg og andre valgmuligheder

15

Søgeresultat fra MANGE leverandører!

16

Stationære versus Dynamiske Kort!

17

18

19

20

21

22

PROTOTYPEmen unik ny mulighed, så

HUSK:Vi trækker data fra hele verden!

Vi trækker fra mange forskellige data formater!

Forskelle i skalering!

Kortgrundlag er for nuværende meget basalt

– samme format for hele verden = laveste fællesnævner, men senere direkte link

23

Dataudveksling inden for GBIF IT-Arkitekturen

Portal

Data providerProvider Services

Providerquery

RequestManager

QueryEngine

Availableproviders

UDDI Registry

InstitutionsServices (Providers)

AccessPoints

ResourceMetadata

ResourceMetadata

Index

Metadataand name

query

Metadataresponse

Dataquery

Dataresponse

Metadata and logs

Name providerProvider Services

ResourceMetadata

ResourceMetadata

Synonyms, GUIDs

Publishavailability

CacheMetadata

Accounting

SOAP

DiGIR

HTTP

24

DanBIF værktøjet Hvad kræves for at gøre data

søgbare online?Kobling (mapping) af datasæts felter/kolonner med Darwin Core 2 skema standarden

– Minimum: artsnavn men også gerne indsamler, indsamlingsår, -sted osv. (47 felter)

Rensning og evt. Konvertering af data til Darwin Core format (årstal 19?; 199?; formatering af georeference)

Eksport af datasæt til tekstfilformat

Oprettelse af struktur v. angivelse af standard oplysninger OM datasættet på DanBIF provider serveren

– Foregår decentralt via Internettet

– Inkl. standardoplysninger om dataleverandøren - Hvorfra kommer datasættet?

Uploading af datasættet i tekstfilformat til DanBIF provider serveren under den struktur oprettet i forrige punkt

Frigivelse af datasættet til offentliggørelse, f.eks. global søgning via GBIF portalen

DanBIF vil bistå under hele forløbet!

25

Data Exchange Format: Darwin Core2

– XML skema for data udveksling, e.g. ved forespørgsler fra bruger

– Passende for samlinger og observationsdata

– 48 koncepter (data elementer):DateLastModified * InstitutionCode * CollectionCode * CatalogNumber *

ScientificName * BasisOfRecord Kingdom Phylum

Class Order Family Genus

Species Subspecies ScientificNameAuthor IdentifiedBy

YearIdentified MonthIdentified DayIdentified TypeStatus

CollectorNumber FieldNumber Collector YearCollected

MonthCollected DayCollected JulianDay TimeOfDay

ContinentOcean Country StateProvince County

Locality Longitude Latitude CoordinatePrecision

BoundingBox MinimumElevation MaximumElevation MinimumDepth

MaximumDepth Sex PreparationType IndividualCount

PreviousCatalogNumber RelationshipType RelatedCatalogItem Notes

* = required element

26

Fremtiden

Data vil blive sikkert forvaltet, katalogiseret og vedligeholdt på DanBIF serveren

Udover GBIF, vil data fra DanBIF serveren kunne gøres søgbare på DanBIF portalen og/eller andre, e.g. miljøportalen

27

Fremtiden

Data bliver beriget ved rensning, intelligent indeksering, og sammenstilling med andre typer data

På sigt vil kunne udvikles software der muliggør udnyttelse af datagrundlaget i mange andre sammenhænge:

– så man f.eks. kun arbejder med danske data fra amter, f.eks. via miljøportalen

28

Eksempler på Internetportaler

Fishbase - http://www.fishbase.org/search.cfm

Freshwater Life - http://www.freshwaterlife.info

EEA - http://local.da.eea.eu.int/

NBN, UK, GBIF knudepunkt - http://www.nbn.org.uk/

Artportalen, Sverige - http://artportalen.se/

29

DanBIF – www.danbif.dk

Tak for opmærksomheden

SPØRGSMÅL?