Present. bioinformatica final

BIOL 4368 – Sección 040

Dr. Carlos Ríos

Roger Torres Luvir Lugo

Cristina Hernández Omayra Ramírez

Lourdes Miguel Yaneska Seín

Luis Acevedo Xavier Albino

http://microgroup8.blogspot.com

Enfermedad Gen Cromosoma

Parkinson

PARK10 1

PARK3 2

PARK8 12

PARK11 2

PARK12 X

PARK16 1

PARK2 6

PARK7 1

PARK6 1

PARK4 4

PARK9 1

PRK1 11

Enfermedad Gen Cromosoma

Anemia Falciforme

HBB 11

Enfermedad Gen Cromosoma

Alzheimer

PSEN2 1

AD14 1

AD13 1

AD15 3

COL25A1 4

HF3 6

HFE 6

AD10 7

AD12 8

AD11 9

AD6 10

AD7 10

AB128931 11

AD5 12

PSEN1 14

BPPF 17

Enfermedad Gen Cromosoma

Alzheimer

AD9 19

AD2 19

AD8 20

APP 21

BG319612.1 21

AK295373.1 21

AK312336.1 21

DN995202.1 21

DN998302.1 21

Enfermedad Gen Cromosoma

Cystic Fibrosis

S100A8 1

HS489756 7

R00050.1 13

CFM1 19

a. Organismo del cual proviene la secuencia :•Rhodobacter sphaeroides

b. Número de genes presentes en la secuencia: •Hay 2 genes presentes en la secuencia: ccmF y ccmH.

c. Función sugerida de alguno de los genes:•ccmF – putatitive heme lyase•ccmH – putative c- tipe cytochrome disulfide oxidoreductase

d. Seleccione 20 nucleótidos de cualquier región de uno de los genes.

•ccmF – Comienza en la posición 725•MIVEFGHFAL VLSLAVAFVQ

e. Seleccione los amino ácidos que desee de una de las secuencias de proteínas presentes.

•mrlaalllaa llatpafavq pdeilpdpal earardisqg lrclvcrneniddsnaqlar

¿Cuáles fueron los tres primeros “hits” obtenidos?

Nucleótidos

Proteínas

Los primeros“hints” de secuencias de nucleótidos, como podemos ver corresponden a diferentes especies de bacterias.

El valor de ∆E value más bajo es de la bacteria Rhodobacter.

Este valor nos ayuda a comprobar que la identidad de la secuencia de nucleótidos que utilizamos le pertenece a esta especie de bacteria mencionada en la premisa anterior.

Los primero “hints” de secuencias de aminoácidos que podemos ver son componentes del citocromo c de la bacteria Rhodobacter sphaeroides .

Los “hints” que podemos observar nos ayudan a comprobar nuevamente la identidad de la bacteria ya antes mencionada, ya que poseen valores de ∆E valuemenores de 0.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Genome

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

http://expasy.cbr.nrc.ca/tools/scnpsit1.html