Seminar Dewinta G34063443anitanet.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad...Ciri-ciri H....

Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/

Seminar Dewinta G34063443

Dewinta, Achmad Farajallah, dan Yusli Wardiatno. 2010. Pola Distribusi Geografispada Udang Mantis di Pantai Jawa Berdasarkan Genom Mitokondria. Seminardisampaikan tanggal 11 September 2010, Departemen Biologi FMIPA IPB.

PENDAHULUANLatar Belakang

Udang mantis atau udang ronggeng merupakan anggota Filum Arthropoda,Subfilum Crustacea, Ordo Stomatopoda, yang terdiri atas empat famili, yaituOdontodactylidae, Lysiosquillidae, Harpiosquillidae dan Squilidae. Sebagaimanaudang pada umumnya, kelompok udang ini dicirikan dengan tubuh yangbersegmen, di belakang kepala terdapat karapas pendek, kaki beruas-ruas, ukurantubuh yang besar dan mata seringkali berbentuk T (Carpenter dan Niem 1998).

Habitat sebagian besar udang mantis adalah pantai, senang hidup di dasar airterutama pasir berlumpur. Cara hidup udang mantis dengan menggali danbersembunyi di dasar air untuk berburu mangsa. Salah satu udang mantis yangbernilai ekonomi tinggi adalah Harpiosquilla harpax dari Famili Harpiosquillidae.Udang ini diekploitasi untuk diperdagangkan sebagai makanan eksotik. Jenis udangmantis lain yang sering diperdagangkan adalah Lysiosquillina maculata, Squillaempusa, dan S.mantis (Moosa 1997).

Karakteristik dari stomatopoda sebagai hewan pemangsa memiliki dua metodeuntuk menangkap mangsa. Kedua metode inilah yang kemudian akan membedakankelompok fungsional stomatopoda yang sangat luas, yaitu smashers (galak) dan spearers (sangat baik). H. Harpax sendiri tergolong kedalam spearers (Ahyong1997).

H. harpax banyak ditemukan di Pantai Utara Pulau Jawa, Selat Malaka sampai keLaut Pasifik (Ahyong et al. 2008). Ciri-ciri H. harpax adalah tubuh terdiri atas tigabagian yaitu kepala, thoraks dan abdomen, karapas dengan median carina, distal

segmen dari uropod memiliki garis tengah warna putih atau sedikit hitam, carinaintermediat tidak terlalu tajam, rostal dilengkapi dengan projeksi anterior, panjangtotal mencapai 30 cm, mata sangat besar dan berbentuk T, telson berduri danmedian carina pada telson memiliki dua bintik hitam (Carpenter dan Niem 1998).

Udang betina mampu menelurkan 50.000 hingga 1 juta telur, yang akan menetassetelah 24 jam menjadi larva nauplius (Choi dan Hong 2001). Tahap perkembanganlarva pada udang mantis terdiri dari empat fase. Fase pertama yaitu nauplius,larva nauplius tidak dapat berenang sehingga terbawa arus kemana saja arusbergerak, terutama arus sejajar garis pantai, bermetamorfosis dalam enam stagesberkisar selama dua hari. Fase ke dua yaitu protozoea, mempunyai tujuh pasanganggota tubuh, bermetamorfosis dalam tiga stages berkisar selama tujuh hari.Fase ketiga yaitu mysis bermetamorfosis dalam tiga stages berkisar selama tujuhhari. Fase terakhir yaitu postlarva, pada fase ini udang mulai memiliki karakteristikudang dewasa, dilanjuti menjadi juvenil dan udang dewasa (Choi, 2001).

Pergerakkan arus ini bergantung kepada arah/sudut gelombang yang datang. Padakawasan pantai yang diterjang gelombang menyudut, terhadap garis pantai, arusyang dominan terjadi adalah arus sejajar pantai. Pergerakan arus sejajar dengangaris pantai inilah yang menyebabkan pola penyebaran terus mengikuti garispantai. Persebaran larva yang hanyut terikut arus terus mengalami persebaranyang sangat luas bahkan antar samudera (Barber et al. 2002).

Dalam penelitian ini populasi H. harpax berusaha dipelajari menggunakan penandagenetik genom mitokondria, yaitu ruas genom yang dikenal dengan d-loop atau control region. Genom mitokondria hewan merupakan genom sitoplasmik yangdiwariskan secara uniparental, dan tidak mengalami rekombinasi. Genommitokondria atau mtDNA terdiri atas 2 gen penyandi rRNA, 22 tRNA, dan 13 genpenyadi protein yang terlibat dalam rangkaian rantai respirasi selular, dan saturuas yang berfungsi sebagai pengontrol transkripsi yang dikenal sebagai d-loop.Ruas d-loop dikenal mempunyai laju mutasi yang lebih cepat dibanding ruas-ruasgen lainnya, sehingga sangat cocok untuk digunakan sebagai penanda genetikuntuk mempelajari fenomena intraspesifik (Cook 2005).

Tujuan

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik udang mantis Harpiosquilla harpax di Pantai Jawa, berdasarkan genom mitokondria.

BAHAN DAN METODEMetode

Koleksi Udang dan Identifikasi sampel. Udang mantis H. harpax sebanyakdelapan ekor koleksi bapak Dr. Yusli Wardiatno dari Departemen ManajemenSumberdaya Perairan IPB yang dipreservasi dalam etanol. Kepastian spesies udangmantis sebagai Harpiosquilla harpax diidentifikasi berdasarkan kunci identifikasi(Carpenter dan Niem 1998).

Ekstraksi dan Isolasi DNA. Isolasi DNA dilakukan dari otot tungkai. Otot tungkaiyang disimpan dalam etanol dicuci dengan air destilata dua kali kemudiandihomogenasi dalam bufer STE (NaCl 1M, Tris-HCL 10mM, EDTA 0.1mM, pH 8).Sel-sel otot dilisis menggunakan proteinase K 0,125 mg/ml dan sodium dodesilsulfat 1%. Metode ekstraksi DNA selanjutnya mengikuti petunjuk Genomic DNA minikit for fresh blood.

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Bagian d-loop dari mtDNAdiamplifikasi menggunakan primer yang didesain menggunakan Primer 3 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/) dengan referensi beberapa mtDNA anggotastomatopoda yang ada di Gen Bank ( www.ncbi.nlm.nih.gov). Primer forwardAF180berada pada urutan 15102 nt dan primer reverse AF181 berada pada urutan15127 terhadap mtDNA H.harpax, dengan target DNA hasil amplifikasi berukuran929 bp.

Reaksi PCR dilakukan dalam volume 50 μL. Reaksi PCR dilakukan dengan kondisipredenaturasi pada suhu 94oC selama 5 menit, kemudian dilanjutkan 30 siklus yangterdiri atas denaturasi suhu 94oC selama 1 menit, penempelan primer suhu 54oCselama 1 menit, pemanjangan 72oC selama 2.30 menit dan diakhiri pemanjanganakhir suhu 72oC selama 7 menit. Produk PCR diuji menggunakan PAGE 6%,kemudian dilanjutkan dengan pewarnaan sensitif perak (Tegelstrom 1986).

Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequencing. Produk PCR berupapita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai desain primerdimurnikan, untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. PCR untuk

sequencing menggunakan primer yang sama seperti amplifikasi sebelumnyadengan metode big dye terminator cycle sequencing. Runutan nukleotida yangdiperoleh kemudian diedit secara manual. Runutan-runutan nukleotida yang telahdiedit kemudian saling disejajarkan dengan runutan nukleotida referensi, yaitu H.harpax yang ditangkap dari Pantai Vietnam dengan No akses AY699271 (Miller danAustin 2006) menggunakan program Clustal W 1.8 yang tertanam dalam program MEGA versi 4.00.

Analisis Filogeni. Analisis keragaman nukleotida dan filogenetik dilakukanmenggunakan MEGA (Kumar et al. 2008) berdasarkan model subtitusi Kimura-2-parameter. Analisis kekerabatan antar sampel menggunakan metode neighbourjoining (NJ) dengan bootstrap 1000x.

HASIL DAN PEMBAHASANIdentifikasi

Hasil identifikasi berdasarkan buku identifikasi Carpenter dan Niem (1998)menunjukkan bahwa sampel udang yang digunakan adalah spesies H. harpax.

Amplifikasi dan Visualisasi DNA

Dari kedelapan sampel yang digunakan, semuanya berhasil diamplifikasi.Amplifikasi menggunakan pasangan primer AF180 dan AF181 menghasilkan pitatunggal berukuran sekitar 1100bp (Gambar 1).

Gambar 1. Produk PCR berupa pita tunggal yang diuji dengan menggunakan polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) 6%. Keterangan: M = DNA marker 100bp, No urut sesuai dengan Gambar 2.

Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA SequencingPanjang basa nukleotida DNAsetelah ruas penempelan primer dibuang dan diedit, yakni sekitar 800-an. Setelahdisejajarkan, runutan nukleotida yang bisa dilanjutkan dianalisis berada pada posisi13496 nt sampai 14273 nt berdasarkan referensi mtDNA H. harpax (Miller danAustin 2006) sepanjang 787 nt. Dari 787 nukleotida, sebanyak 645 nt sama untuksemua sampel. Dari 142 nt yang berbeda, sebanyak 9 nt merupakan insersi/delesiyang hanya ditemukan pada satu sampel dan 84 nt substitusi yang hanyaditemukan pada satu sampel sehingga sebanyak 93 nt tidak diikutkan dalamanalisis berikutnya karena tidak bersifat parsimoni. Sisanya sebanyak 49 nt yangterdiri dari dua jenis mutasi, yaitu subsitusi dan insersi/delesi kemudian digunakandalam menghitung keragaman genetik (Gambar 2).

Gambar 2. Runutan nukleotida yang saling berbeda antar sampel yang digunakandalam analisis keragaman genetik dan membangun pohon filogeni. Nomor urut

nuleotida ditulis secara vertikal (5 baris paling atas) mengacu pada genommitokondria H. harpax No. akses AY699271.

Secara filogeografi H. harpax di Perairan Cirebon terpisah dengan H. harpax diPerairan Vietnam. Hal ini dibuktikkan oleh nilai jarak genetik terjauh adalah antara H. harpax Vietnam dan H. harpax 3 yaitu sebesar 10,5%, sedangkan jarak genetikpaling dekat adalah antara H. harpax 1dan 6 (kelompok 1) yaitu sebesar 1,8%.Keragaman genetik H.harpax di Perairan Cirebon berdasarkan ruas d-loop memilikinilai lebih besar yaitu 5.1% (±0,005) (Tabel 1) bila dibandingkan dengankeragaman genetik Halocyprida sp berdasarkan ruas C01 yaitu sebesar 2,27%. Nilaikeragaman genetik d-loop yang lebih besar membuktikkan bahwa ruas d-loop memiliki laju mutasi lebih tinggi dibandingkan ruas-ruas pada mtDNA lainnya danmutasi yang tinggi berbanding lurus dengan tingginya keragaman (Cook 2005).

Rata-rata komposisi nukleotida A=41,2% ; T=38,7% ; G=7,9% ; C=12,3%.Persentase A+T (79,9%) lebih besar daripada C+G (20,2%). Banyaknya basa A+Tpada genom mitokondria d-loop dibandingkan C+T berkaitan dengan d-loop sebagaipromotor titik awal transkripsi bagi utas berat maupun utas ringan (Hoelzoel et al. 1994). Hal lain yang menyebabkan basa AT lebih tinggi disebakan oleh adanyasekuens yang berulang dan panjangnya urutan T (Cook 2005).

Analisis Filogeni

Topologi pohon filogeni menggunakan metode NJ dengan bootstrap1000xmengelompokkan udang H. Harpax dalam satu percabangan dan H. Harpax Vietnam berada di luar percabangan. Struktur populasi yang digambarkan olehmtDNA ini setidaknya membagi populasi H. harpax di perairan Cirebon menjadi duayaitu kelompok 1 dan kelompok 2. H. harpax 1,4,6 dan 10 termasuk ke dalamkelompok 1 dan saling berkerabat dekat.

H. harpax 2, 3, 5, dan 8 termasuk ke dalam kelompok 2 dan saling berkerabatdekat. Titik nenek moyang (anchestral node) menunjukkan bahwa kekerabatan H.harpax 1, 2, 3, 4, 5, 6, 8 dan 10 adalah berasal dari satu nenek moyang/indukkan.Sedangkan populasi H harpax dari perairan Cirebon berbeda nenekmoyang/indukan dengan H. harpax di perairan Vietnam (Gambar 3). Hal inidisebabkan oleh pola penyebaran udang mantis sangat berkaitan erat dengan aruslaut. Arus pada Laut Jawa bergerak ke arah Kalimantan sedangkan arus dari LautChina Selatan bergerak ke Vietnam sehingga pergerakan arus dari Cirebon danVietnam tidak searah. Penyebaran udang mantis melalui tingkat larva yang terbawa

arus dan bergerak mengikuti garis pantai. Teluk Vietnam yang berada di sisi utaradari Laut China Selatan tidak terhubung/ saling terpisah dengan Laut Jawa(Cirebon), sehingga memiliki garis pantai yang tidak berhubungan (McCleave et al.1984).

Hal lain yang menyebabkan H. harpax di Perairan Cirebon berbeda nenekmoyang/indukkan dengan H. harpax dari Perairan Vietnam adalah arus dari Indo-Pasifik saling berhubungan karena arus yang datang dari Pasifik menujulautan Indonesia yang juga melewati Vietnam bergerak bolak-balik, hanya sajadikarenakan adanya bencana alam yang pernah terjadi menyebabkan polapenyebaran H. harpax hanya berkisar ±40km, sehingga menyebabkankeragamannya homogen dan pola penyebaran yang terbatas/tidak luas (Barber etal. 2002).

Dari data yang ada, kelompok 1 dan 2 mungkin sebagai spesies yang berbedadalam genus Harpiosquilla . Hal ini diperkuat dengan adanya beberapa perbedaanyaitu seperti intermediat carina pada bagian thoraks tanpa/ dilengkapi dengan duri,dari segi warna ada yang lebih gelap dan terang, dan segmen distal pada uropodada yang tidak/ bewarna sedikit hitam (data tidak diperlihatkan). Hal ini jugadisebabkan oleh spesies H. harpax yang tertangkap di Perairan Cirebon seringkalitertangkap bersamaan dengan H. raphidae.

Gambar 3. Hasil rekontruksi pohon filogeografi pengelompokan sampel H. harpaxberdasarkan ruas d-loop mtDNA menggunakan metode NJ dengan bootstrap 1000x.

Tabel 1.Jarak genetik antar sampel (di bawah diagonal) dan standar error (di atasdiagonal) berdasarkan model subtitusi K2P dengan bootstrap 1000x.

No Sampel 1 2 3 4 5 6 7 8 91 H. harpax 1 0.01

00.011

2 H. harpax 2 0.061

3 H. harpax 3 0.080

4 H. harpax 4 0.028

5 H. harpax 5 0.064

6 H. harpax 6 0.018

7 H. harpax 8 0.059

8 H. harpax 10 0.045

0.0119 H. harpax

Vietnam0.085

SIMPULANdanSARAN

/ 286page 8 / 286

gamangenetik H.harpax diPerairanCirebonberdasarkanruasd-loop mtDNAadalah5,1%(±0,005).PopulasiH.harpax diPerairanCirebonsetidaknyabisadibagimenjadi2kelompo

k.PopulasiH.harpax diLautJawajauhkemungkinannyaberasaldariPerairanVietnam.Hubunganfilogeniberdasarkanruasd-loop mtDNA menempatkan H.harpax Cirebonberbedanenek

moyang/indukandengan H.harpax dariVietnam.

Saranbagipenelitian iniadalahdiperlukanpenelitianlebihlanjutmengunakanruasmitokondriayangberbedaatauselain

d-loopdanperluanalisispembandingsampel H.harpaxdariPantaiUtaraKalimantandandaerahsekitarSelatMalakauntukmembuktikkanhubungankekerabatanantara H.

harpax dariCirebondan H.harpax dariVietnam.

DAFTARPUSTAKA

AhyongST,ChanTY,danLiaoYC.2008. ACatalogue ofMan

tisShrimps(Stomatopoda)ofTaiwan.NationalTaiwanOceanUniversity:Keelung.

AhyongST.1997.PhilogeneticAnalysisoftheStomatopoda(Malacostraca). Journal

ofCrustaceansBiology 17(4):695-715.

AlRozi,F.2008. PenerapanBudidayaUdangRamadanBerkelanjutanMelaluiAplikasiBakteriAntagonisuntukBiokontrolVibri

osisUdangWindu(Penaeusmonodon)[skripsi].Yogyakarta:FakultasPertanian,UniversitasGadjahMada.

Barber P,MoosaMK,danPalumbiSR.2002.RapidRecoveryof

GeneticsDiversityofStomatopodPopulationsonKrakatau:Temporal andSpatialScales ofMarineLarvalDispersal. JournalofTheRoyalSociety269:1591-1597.

enter KEdanNiemVH.1998. TheLivingMarineResources ofTheWesternCentralPacificVolume2:Cephalopods,Crustacean,HolothuriansandShark.FoodandAgricultureOrganizat

ionofTheUnitedNation:Rome.

ChoiHJdanHongSY.2001.Larvaldevelopment ofthekishivelvetshrimp,metapenaeopsisdalei(rathbun)(decapoda:penaeidae),rear

ed inthelaboratory. FishBull 99:275-291.

Cook C.2005.TheCompleteMitochondrialGenomeofStomatopodCrustacean Squillamantis. JournalofBMCGenomics 6:1-9.

HoelzoelAR,Lopez JV,DoverGA,Brien JO.1994.Rapidevolution ofaheteroplasmicrepetitivesequences inthemitochondrialDNAcontrolregionofcarnivores. JMolEvol 39:191-199.

McCleaveJD,ArnoldGP,DodsonJJ,NeilWH.1984. MechanismofMigration inFishesh.PlneumPress:NewYorkdanLondon.

Miller ADdanAustinCM.2006.TheComplete

MitochondrialGenomeOfTheMantisShrimp H.Harpax,andAPhylogeneticInvestigationofTheDecapodaUsingMitochondrialSequences. MolPhylogenetEvol38:565–574.

Moosa,M.1997.StomatopodasebagaiSalahSatuPotensiSumberdayaHayatiLaut. PerwataOseana5:1-6.

Kumar S,Dudley J,NeiM,TamuraK.2008.MEGA: ABiolo

gist-CentricSoftwareforEvolutionary

AnalysisofDNAandProteinSequences. BriefingsinBioinformatics 9:299-306.

Tegelstrom H.1986.MitochondrialDNAinnatural

populations:animproveroutineforthescreening

ofgeneticvariationbased onsensitivesilverstaining. Elecytrophoresis 7:226-229.

Dewinta,AchmadFarajalla

h,danYusliWardiatno.2010.PolaDistribusiGeografispadaUdangMantis diPantaiJawaBerdasarkanGenomMitokondria.Seminardisampaikantanggal11September2010,Departe

menBiologiFMIPAIPB.

PENDAHULUAN

LatarBelakang

UdangmantisatauudangronggengmerupakananggotaFilumArthropoda,Subfilum

Crustacea,OrdoStomatopoda,yangterdiriatasempatfamili,yaituOdontodactylidae,Lysiosquillidae,HarpiosquillidaedanSquilidae.Sebagaimanaudang padaumumnya,kelompo

kudanginidicirikandengan tubuhyangbersegmen,dibelakangkepalaterdapatkarapaspendek,kaki beruas-ruas,ukurantubuhyangbesardanmataseringkaliberbentuk T(Carpent

erdanNiem1998).

Habitatsebagianbesarudangmantisadalahpantai,senanghidup didasar airterutama pasirberlumpur.Carahidupudangmantisdenganmen

ggalidanbersembunyididasar airuntukberburumangsa.Salahsatuudangmantisyangbernilaiekonomitinggiadalah Harpiosquillaharpax dariFamiliHarpiosquillidae.Udanginidiek

ploitasiuntukdiperdagangkansebagaimakananeksotik.JenisudangmantislainyangseringdiperdagangkanadalahLysiosquillina maculata,Squillaempusa, dan S.mantis(Moosa

1997).

Karakteristikdaristomatopodasebagaihewanpemangsamemiliki duametodeuntukmenangkapmangsa.Keduametodeinilahyangkemudianakanmembedaka

nkelompokfungsionalstomatopodayangsangatluas, yaitu smashers (galak)dan spearers (sangatbaik). H.Harpax sendiritergolongkedalam spearers(Ahyong1997).

H.harpax banyakditemukan diPantaiUtaraPulauJawa,SelatMalakasampaikeLautPasifik(Ahyong et al.2008).Ciri-ciri H.harpax adalahtubuhterdiriatastigabagi

anyaitukepala,thoraksdanabdomen,karapasdenganmediancarina,distalsegmendariuropodmemilikigaristengahwarnaputihatausedikithitam,carinaintermediat

tidakterlalutajam,rostaldilengkapidenganprojeksianterior,panjangtotalmencapai 30cm,matasangatbesardanberbentuk T,telsonberduridanmediancarinapadatelso

nmemiliki duabintikhitam(CarpenterdanNiem1998).

Udangbetinamampumenelurkan50.000hingga 1jutatelur,yangakanmenetassetelah24jammenjadilarv

a nauplius(Choi danHong2001).Tahapperkembanganlarvapadaudang mantisterdiridariempatfase.Fasepertamayaitu nauplius,larvanaupliustidakdapatbere

nangsehinggaterbawaaruskemanasajaarusbergerak,terutamaarussejajargarispantai,bermetamorfosisdalamenam stagesberkisarselamaduahari.Fasekeduayaitu prot

ozoea,mempunyaitujuh pasanganggotatubuh,bermetamorfosisdalam tiga stages berkisarselamatujuhhari.Faseketigayaitu mysisbermetamorfosisdalam tiga stag

es berkisarselamatujuhhari. Faseterakhiryaitu postlarva,padafaseiniudangmulaimemilikikarakteristikudangdewasa,dilanjuti menjadi juvenildan udangdewasa

(Choi,2001).

Pergerakkanarusini bergantungkepadaarah/sudutgelombangyangdatang.Padakawasanpantaiyangditerjanggelombangmenyudut,terhadapgarispantai,

arusyangdominanterjadiadalaharussejajarpantai.Pergerakanarussejajardengangarispantaiinilahyangmenyebabkanpolapenyebaranterusmengikutigarispantai.Persebaranlarv

ayanghanyutterikutarusterusmengalamipersebaranyangsangatluas bahkanantarsamudera(Barber etal. 2002).

Dalampenelitian inipopulasiH.harpaxberu

sahadipelajarimenggunakanpenandagenetikgenommitokondria,yaituruasgenomyangdikenaldengan d-loopataucontrolregion.Genommitokondriahewanmerupakangenom

sitoplasmikyangdiwariskansecarauniparental,dantidakmengalamirekombinasi.GenommitokondriaataumtDNAterdiri atas2 genpenyandi rRNA,22 tRNA,dan13genpenyadi

proteinyangterlibatdalamrangkaianrantai respirasiselular,dansaturuasyangberfungsisebagaipengontroltranskripsiyangdikenalsebagai d-loop.Ruasd-loopdikenalmempunyai

lajumutasiyanglebihcepatdibandingruas-ruasgenlainnya,sehinggasangatcocokuntukdigunakansebagaipenandagenetikuntukmempelajarifenomenaintraspesifik

(Cook2005).

Tujuan

Penelitianinibertujuanuntukmenganalisiskeragamangenetikudangmantis Harpiosquillaharpax diPantaiJawa,berdasarkangenom

mitokondria.

BAHANDANMETODE

Metode

KoleksiUdangdanIdentifikasisampel. Udangmantis H.harpaxsebanyakdelapanekorkoleksibapak

Dr.YusliWardiatnodariDepartemenManajemenSumberdayaPerairanIPByangdipreservasidalametanol.Kepastianspesiesudangmantissebagai Harpiosquillaharpaxdiidentifikasiberd

asarkankunciidentifikasi(CarpenterdanNiem1998).

EkstraksidanIsolasiDNA. IsolasiDNAdilakukandariotottungkai.Otottungkaiyangdisimpandalametanoldicu

cidenganairdestilataduakalikemudiandihomogenasidalambuferSTE(NaCl 1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8).Sel-selototdilisismenggunakanproteinase K0,125

mg/mldansodiumdodesilsulfat1%.MetodeekstraksiDNAselanjutnyamengikutipetunjuk GenomicDNAminikitforfreshblood.

AmplifikasidanVisualisasiFragmen

DNA. Bagian d-loopdarimtDNAdiamplifikasimenggunakanprimeryangdidesainmenggunakanPrimer 3(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/)denganreferensibeberapamtDNA

anggotastomatopodayangadadiGenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov). Primer forwardAF180beradapadaurutan15102ntdanprimer reverse AF181beradapadaurut

an15127terhadapmtDNA H.harpax,dengantargetDNAhasilamplifikasiberukuran929bp.

ReaksiPCRdilakukandalamvolume50μL. ReaksiPCRdilakukandengan

kondisipredenaturasipadasuhu94oCselama5menit,kemudiandilanjutkan30siklusyangterdiriatasdenaturasisuhu94oCselama1menit,penempelanprimersuhu54oCselama

1menit,pemanjangan 72oCselama2.30menitdandiakhiripemanjanganakhirsuhu72oCselama7menit.ProdukPCRdiujimenggunakanPAGE6%,kemudiandilanjutkan

denganpewarnaansensitifperak(Tegelstrom1986).

PerunutanProdukPCRdanAnalisisDNASequencing. Produk PCRberupapitatunggaldiatasgelpoliakrilamiddan

berukuransesuaidesainprimerdimurnikan,untukdijadikancetakandalam PCRforsequencing.PCRuntuksequencingmenggunakanprimeryangsamasepertiamplifikasisebe

lumnyadenganmetode bigdyeterminatorcyclesequencing.Runutannukleotidayangdiperolehkemudiandieditsecaramanual. Runutan-runutannukleotidayangtelahdiedit

kemudiansalingdisejajarkandenganrunutannukleotidareferensi,yaitu H.harpaxyangditangkapdariPantaiVietnamdenganNoaksesAY699271(MillerdanAustin2006)men

ggunakanprogramClustalW1.8yangtertanamdalamprogram MEGAversi4.00.

AnalisisFilogeni. Analisiskeragamannukleotidadanfilogenetikdilakukanmenggunaka

nMEGA(Kumar et al.2008)berdasarkanmodelsubtitusi Kimura-2-parameter. Analisiskekerabatanantarsampelmenggunakanmetode neighbourjoining (NJ)dengan boot

strap1000x.

HASILDANPEMBAHASAN

Identifikasi

Hasil identifikasiberdasarkanbukuidentifikasiCarpenterdanNiem(1998)

menunjukkanbahwasampeludangyangdigunakanadalahspesies H.harpax.

AmplifikasidanVisualisasiDNA

Darikedelapansam

pelyangdigunakan,semuanyaberhasildiamplifikasi.AmplifikasimenggunakanpasanganprimerAF180danAF181menghasilkanpitatunggalberukuransekitar1100bp(Gamba

Gambar1.ProdukPCRberupapitatunggalyangdiujidenganmenggunakan polyacrilamidegelelectrophoresis (PAGE)

6%.Keterangan:M =DNAmarker100bp,NourutsesuaidenganGambar2.

PerunutanProdukPCRdanAnalisisDNA SequencingPanjangbasanukleotidaDNAsetelahruas

penempelanprimerdibuangdandiedit,yaknisekitar800-an.Setelahdisejajarkan,runutannukleotidayangbisadilanjutkandianalisisberadapadaposisi13496ntsampai142

73ntberdasarkanreferensimtDNA H.harpax(MillerdanAustin2006)sepanjang787nt.Dari787nukleotida,sebanyak645ntsamauntuksemuasampel.Dari142ntyangberb

eda,sebanyak9 ntmerupakaninsersi/delesiyanghanyaditemukanpada satusampeldan84ntsubstitusiyanghanyaditemukanpadasatusampelsehinggasebanyak93nttida

kdiikutkandalamanalisisberikutnyakarenatidakbersifatparsimoni.Sisanyasebanyak49ntyangterdiridariduajenismutasi,yaitusubsitusidaninsersi/delesikemudiandigunaka

ndalammenghitungkeragamangenetik(Gambar 2).

Gambar2.Runutannukleotidayangsalingberbedaantarsam

pelyangdigunakandalamanalisiskeragamangenetikdanmembangunpohonfilogeni.Nomorurutnuleotidaditulissecaravertikal(5barispalingatas) mengacupada

genommitokondria H.harpaxNo.aksesAY699271.

SecarafilogeografiH.harpax diPerairanCirebonterpisahdengan H.harpax diPerairanVietnam. Halinidibuktikkanoleh

nilaijarakgenetikterjauhadalahantara H.harpax Vietnamdan H.harpax 3yaitusebesar10,5%,sedangkanjarakgenetikpalingdekatadalahantara H.harpax 1dan 6(kelompo

k 1) yaitusebesar1,8%.Keragamangenetik H.harpaxdiPerairanCirebonberdasarkanruasd-loopmemilikinilailebihbesaryaitu5.1%(±0,005)(Tabel 1)biladibandingkanden

gankeragamangenetik Halocypridasp berdasarkanruasC01yaitusebesar2,27%.Nilaikeragamangenetik d-loop yanglebihbesarmembuktikkanbahwaruasd-loop memiliki laju

mutasilebihtinggidibandingkanruas-ruaspadamtDNAlainnyadanmutasiyangtinggiberbandinglurusdengantingginyakeragaman(Cook2005).

Rata-ratakomposi

sinukleotidaA=41,2% ;T=38,7% ;G=7,9%;C=12,3%.PersentaseA+T(79,9%)lebihbesardaripadaC+G(20,2%).BanyaknyabasaA+Tpadagenommitokondria d-loopdiba

ndingkanC+Tberkaitandengan d-loop sebagaipromotortitikawaltranskripsibagiutasberatmaupunutasringan(Hoelzoeletal. 1994).HallainyangmenyebabkanbasaATlebihtinggi

disebakanolehadanyasekuensyangberulangdanpanjangnyaurutan T(Cook2005).

AnalisisFilogeni

TopologipohonfilogenimenggunakanmetodeNJden

ganbootstrap1000xmengelompokkanudangH.Harpax dalamsatupercabangandan H.Harpax Vietnamberada diluarpercabangan.StrukturpopulasiyangdigambarkanolehmtDNAini

setidaknyamembagi populasiH.harpax diperairanCirebonmenjadiduayaitukelompok 1dankelompok 2. H.harpax 1,4,6dan10termasukkedalamkelompok 1dansalingberk

erabatdekat.

H.harpax 2,3, 5,dan8termasukkedalamkelompok 2dan salingberkerabatdekat.Titiknenekmoyang(anchestralnode) menunjukkanbahwakeke

rabatanH.harpax 1,2, 3,4, 5,6, 8dan10adalahberasaldarisatunenekmoyang/indukkan.SedangkanpopulasiHharpaxdariperairanCirebonberbedanenekmoyang/indukandengan

H.harpax diperairanVietnam(Gambar 3).Halinidisebabkanolehpolapenyebaranudangmantissangatberkaitaneratdenganaruslaut.AruspadaLautJawabergerakkearahKalimantan

sedangkanarusdariLautChinaSelatanbergerakkeVietnamsehinggapergerakanarusdariCirebondanVietnamtidaksearah.Penyebaranudangmantismelaluitingkatlarvayang

terbawaarusdanbergerak mengikutigarispantai.TelukVietnamyangberada disisiutaradariLautChinaSelatan tidakterhubung/salingterpisahdenganLautJawa(Cirebon),sehi

nggamemilikigarispantaiyangtidakberhubungan(McCleave etal.1984).

HallainyangmenyebabkanH.harpax diPerairanCirebonberbedanenekmoyang/indukkan

dengan H.harpax dariPerairanVietnamadalaharusdari Indo-PasifiksalingberhubungankarenaarusyangdatangdariPasifikmenujulautanIndonesiayangjugamelewatiVietnam

bergerakbolak-balik,hanyasajadikarenakanadanyabencanaalamyangpernahterjadimenyebabkanpolapenyebaran H.harpaxhanyaberkisar±40km,sehinggamenyebabkankeragamanny

ahomogendanpolapenyebaranyangterbatas/tidakluas(Barber etal. 2002).

Daridatayangada,kelompok 1dan2mungkinsebagaispesiesyangberbedadalamgenus

Harpiosquilla . Halinidiperkuatdenganadanyabeberapaperbedaanyaitusepertiintermediatcarinapadabagianthorakstanpa/dilengkapidenganduri,darisegiwarnaada

yanglebihgelapdanterang,dansegmendistalpadauropodadayangtidak/bewarnasedikithitam(datatidakdiperlihatkan).Halinijugadisebabkanolehspesies H.harpax

yangtertangkap diPerairanCirebonseringkalitertangkapbersamaandengan H.raphidae.

Gambar3.Hasilrekontruksipoh

onfilogeografipengelompokansampel H.harpaxberdasarkanruasd-loopmtDNA menggunakanmetodeNJdenganbootstrap1000x.

Tabel1.Jarak

genetikantarsampel(dibawahdiagonal)danstandarerror(diatasdiagonal)berdasarkanmodelsubtitusiK2Pdenganbootstrap1000x.

00.011

2 H. harpax 2 0.061

3 H. harpax 3 0.080

4 H. harpax 4 0.028

H. harpax 5

H. harpax 6

H. harpax 8

H. harpax 10

H. harpaxVietnam

SIMPULANdanSARAN

Keragamangenetik H.harpax diPerairanCirebonberdasarkanruasd-loop mtDNAadalah5,1%(±0,005)

.PopulasiH.harpax diPerairanCirebonsetidaknyabisadibagimenjadi2kelompok.PopulasiH.harpax diLautJawajauhkemungkinannyaberasaldariPerairanVietnam.Hubunganfilog

eniberdasarkanruasd-loop mtDNA menempatkan H.harpax Cirebonberbedanenekmoyang/indukandengan H.harpax dariVietnam.

Saranbagipenelitian iniadalahdipe

rlukanpenelitianlebihlanjutmengunakanruasmitokondriayangberbedaatauselain d-loopdanperluanalisispembandingsampel H.harpaxdariPantaiUtaraKalimantandandaer

ahsekitarSelatMalakauntukmembuktikkanhubungankekerabatanantara H.harpax dariCirebondan H.harpax dariVietnam.

DAFTARPU

AhyongST,ChanTY,danLiaoYC.2008. ACatalogue ofMantisShrimps(Stomatopoda)ofTaiwan.NationalTaiwanOceanUniversity:Keelung.

ongST.1997.PhilogeneticAnalysisoftheStomatopoda(Malacostraca). JournalofCrustaceansBiology 17(4):695-715.

AlRozi,F.2008. PenerapanBudidayaUdang

RamadanBerkelanjutanMelaluiAplikasiBakteriAntagonisuntukBiokontrolVibriosisUdangWindu(Penaeusmonodon)[skripsi].Yogyakarta:FakultasPertanian,UniversitasGadjah

Barber P,MoosaMK,danPalumbiSR.2002.RapidRecoveryofGeneticsDiversityofStomatopodPopulationsonKrakatau:Temporal andSpatialScales ofMarine

LarvalDispersal. JournalofTheRoyalSociety269:1591-1597.

Carpenter KEdanNiemVH.1998. TheLivingMarineResources ofTheWesternCentralPacificVolume

2:Cephalopods,Crustacean,HolothuriansandShark.FoodandAgricultureOrganizationofTheUnitedNation:Rome.

ChoiHJdanHongSY.2001.Larvaldevelopmen

t ofthekishivelvetshrimp,metapenaeopsisdalei(rathbun)(decapoda:penaeidae),reared inthelaboratory. FishBull 99:275-291.

Cook C.2005.TheCompleteMitochondrialGen

omeofStomatopodCrustacean Squillamantis. JournalofBMCGenomics 6:1-9.

HoelzoelAR,Lopez JV,DoverGA,Brien JO.1994.Rapidevolution ofaheteroplasmic

repetitivesequences inthemitochondrialDNAcontrolregionofcarnivores. JMolEvol 39:191-199.

McCleaveJD,ArnoldGP,DodsonJJ,NeilWH.1984. MechanismofMigratio

n inFishesh.PlneumPress:NewYorkdanLondon.

Miller ADdanAustinCM.2006.TheCompleteMitochondrialGenomeOfTheMantisShrimp H.Harpax,andAPhylogenetic

InvestigationofTheDecapodaUsingMitochondrialSequences. MolPhylogenetEvol38:565–574.

Moosa,M.1997.StomatopodasebagaiSalahSatuPotensiSumberdaya

HayatiLaut. PerwataOseana5:1-6.

Kumar S,Dudley J,NeiM,TamuraK.2008.MEGA: ABiologist-CentricSoftwareforEvolutionary

AnalysisofDNAandProtein

Sequences. BriefingsinBioinformatics 9:299-306.

Tegelstrom H.1986.MitochondrialDNAinnaturalpopulations:animproveroutineforthescreening

ofgenetic

variationbased onsensitivesilverstaining. Elecytrophoresis 7:226-229.

Dewinta,AchmadFarajallah,danYusliWardiatno.2010.PolaDistribusiGeografispadaUdang

Mantis diPantaiJawaBerdasarkanGenomMitokondria.Seminardisampaikantanggal11September2010,DepartemenBiologiFMIPAIPB.

PENDAHULU

LatarBelakang

UdangmantisatauudangronggengmerupakananggotaFilumArthropoda,SubfilumCrustacea,OrdoStomatopoda,yangterdiriatasemp

atfamili,yaituOdontodactylidae,Lysiosquillidae,HarpiosquillidaedanSquilidae.Sebagaimanaudang padaumumnya,kelompokudanginidicirikandengan tubuhyangbersegm

en,dibelakangkepalaterdapatkarapaspendek,kaki beruas-ruas,ukurantubuhyangbesardanmataseringkaliberbentuk T(CarpenterdanNiem1998).

Habitatsebagian

besarudangmantisadalahpantai,senanghidup didasar airterutama pasirberlumpur.Carahidupudangmantisdenganmenggalidanbersembunyididasar airuntukberburuman

gsa.Salahsatuudangmantisyangbernilaiekonomitinggiadalah Harpiosquillaharpax dariFamiliHarpiosquillidae.Udanginidiekploitasiuntukdiperdagangkansebagaimakanan

eksotik.JenisudangmantislainyangseringdiperdagangkanadalahLysiosquillina maculata,Squillaempusa, dan S.mantis(Moosa1997).

Karakteristikdaristomatopoda

sebagaihewanpemangsamemiliki duametodeuntukmenangkapmangsa.Keduametodeinilahyangkemudianakanmembedakankelompokfungsionalstomatopodayangsang

atluas, yaitu smashers (galak)dan spearers (sangatbaik). H.Harpax sendiritergolongkedalam spearers(Ahyong1997).

H.harpax banyakditemukan diPantaiUtar

aPulauJawa,SelatMalakasampaikeLautPasifik(Ahyong et al.2008).Ciri-ciri H.harpax adalahtubuhterdiriatastigabagianyaitukepala,thoraksdanabdomen,

karapasdenganmediancarina,distalsegmendariuropodmemilikigaristengahwarnaputihatausedikithitam,carinaintermediat tidakterlalutajam,rostaldilengkapi

denganprojeksianterior,panjangtotalmencapai 30cm,matasangatbesardanberbentuk T,telsonberduridanmediancarinapadatelsonmemiliki duabintikhitam(Carpenter

danNiem1998).

Udangbetinamampumenelurkan50.000hingga 1jutatelur,yangakanmenetassetelah24jammenjadilarva nauplius(Choi danHong2001).Tahap

perkembanganlarvapadaudang mantisterdiridariempatfase.Fasepertamayaitu nauplius,larvanaupliustidakdapatberenangsehinggaterbawaaruskemanasaja

arusbergerak,terutamaarussejajargarispantai,bermetamorfosisdalamenam stagesberkisarselamaduahari.Fasekeduayaitu protozoea,mempunyaitujuh pasanganggota

tubuh,bermetamorfosisdalam tiga stages berkisarselamatujuhhari.Faseketigayaitu mysisbermetamorfosisdalam tiga stages berkisarselamatujuhhari. Fasetera

khiryaitu postlarva,padafaseiniudangmulaimemilikikarakteristikudangdewasa,dilanjuti menjadi juvenildan udangdewasa(Choi,2001).

Pergerakkanarus

ini bergantungkepadaarah/sudutgelombangyangdatang.Padakawasanpantaiyangditerjanggelombangmenyudut,terhadapgarispantai,arusyangdominanterjadiadalaharussejajar

pantai.Pergerakanarussejajardengangarispantaiinilahyangmenyebabkanpolapenyebaranterusmengikutigarispantai.Persebaranlarvayanghanyutterikutarusterusmengala

mipersebaranyangsangatluas bahkanantarsamudera(Barber etal. 2002).

Dalampenelitian inipopulasiH.harpaxberusahadipelajarimenggunakanpenandagen

etikgenommitokondria,yaituruasgenomyangdikenaldengan d-loopataucontrolregion.Genommitokondriahewanmerupakangenomsitoplasmikyangdiwariskansecarauniparen

tal,dantidakmengalamirekombinasi.GenommitokondriaataumtDNAterdiri atas2 genpenyandi rRNA,22 tRNA,dan13genpenyadiproteinyangterlibatdalamrangkaianrant

ai respirasiselular,dansaturuasyangberfungsisebagaipengontroltranskripsiyangdikenalsebagai d-loop.Ruasd-loopdikenalmempunyailajumutasiyanglebihcepatdibandingruas

-ruasgenlainnya,sehinggasangatcocokuntukdigunakansebagaipenandagenetikuntukmempelajarifenomenaintraspesifik(Cook2005).

Tujuan

Penelitianinibertujuanuntukmenganalisiskeragamangenetikudangmantis Harpiosquillaharpax diPantaiJawa,berdasarkangenommitokondria.

ANDANMETODE

Metode

KoleksiUdangdanIdentifikasisampel. Udangmantis H.harpaxsebanyakdelapanekorkoleksibapakDr.YusliWardiatnodari

DepartemenManajemenSumberdayaPerairanIPByangdipreservasidalametanol.Kepastianspesiesudangmantissebagai Harpiosquillaharpaxdiidentifikasiberdasarkankunciidentifik

asi(CarpenterdanNiem1998).

EkstraksidanIsolasiDNA. IsolasiDNAdilakukandariotottungkai.Otottungkaiyangdisimpandalametanoldicucidenganairdestilata

duakalikemudiandihomogenasidalambuferSTE(NaCl 1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8).Sel-selototdilisismenggunakanproteinase K0,125mg/mldansodiumdod

esilsulfat1%.MetodeekstraksiDNAselanjutnyamengikutipetunjuk GenomicDNAminikitforfreshblood.

AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA. Bagian d-loop

darimtDNAdiamplifikasimenggunakanprimeryangdidesainmenggunakanPrimer 3(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/)denganreferensibeberapamtDNAanggotastomatopoda

yangadadiGenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov). Primer forwardAF180beradapadaurutan15102ntdanprimer reverse AF181beradapadaurutan15127terhadap

mtDNA H.harpax,dengantargetDNAhasilamplifikasiberukuran929bp.

ReaksiPCRdilakukandalamvolume50μL. ReaksiPCRdilakukandengankondisipredenaturasipad

asuhu94oCselama5menit,kemudiandilanjutkan30siklusyangterdiriatasdenaturasisuhu94oCselama1menit,penempelanprimersuhu54oCselama1menit,pemanjanga

n 72oCselama2.30menitdandiakhiripemanjanganakhirsuhu72oCselama7menit.ProdukPCRdiujimenggunakanPAGE6%,kemudiandilanjutkandenganpewarnaansens

itifperak(Tegelstrom1986).

PerunutanProdukPCRdanAnalisisDNASequencing. Produk PCRberupapitatunggaldiatasgelpoliakrilamiddanberukuransesuaidesa

inprimerdimurnikan,untukdijadikancetakandalam PCRforsequencing.PCRuntuksequencingmenggunakanprimeryangsamasepertiamplifikasisebelumnyadenganmetode

bigdyeterminatorcyclesequencing.Runutannukleotidayangdiperolehkemudiandieditsecaramanual. Runutan-runutannukleotidayangtelahdieditkemudiansalingdisej

ajarkandenganrunutannukleotidareferensi,yaitu H.harpaxyangditangkapdariPantaiVietnamdenganNoaksesAY699271(MillerdanAustin2006)menggunakanprogramClus

talW1.8yangtertanamdalamprogram MEGAversi4.00.

AnalisisFilogeni. AnalisiskeragamannukleotidadanfilogenetikdilakukanmenggunakanMEGA(Kumar et al

.2008)berdasarkanmodelsubtitusi Kimura-2-parameter. Analisiskekerabatanantarsampelmenggunakanmetode neighbourjoining (NJ)dengan bootstrap1000x.

HASILDANPEMBAHASAN

Identifikasi

Hasil identifikasiberdasarkanbukuidentifikasiCarpenterdanNiem(1998)menunjukkan

bahwasampeludangyangdigunakanadalahspesies H.harpax.

AmplifikasidanVisualisasiDNA

Darikedelapansampelyangdigu

nakan,semuanyaberhasildiamplifikasi.AmplifikasimenggunakanpasanganprimerAF180danAF181menghasilkanpitatunggalberukuransekitar1100bp(Gambar 1).

Gambar1.ProdukPCRberupapitatunggalyangdiujidenganmenggunakan polyacrilamidegelelectrophoresis (PAGE)6%.Keterangan:M =

DNAmarker100bp,NourutsesuaidenganGambar2.

PerunutanProdukPCRdanAnalisisDNA SequencingPanjangbasanukleotidaDNAsetelahruaspenempelanprimer

dibuangdandiedit,yaknisekitar800-an.Setelahdisejajarkan,runutannukleotidayangbisadilanjutkandianalisisberadapadaposisi13496ntsampai14273ntberdasarkan

referensimtDNA H.harpax(MillerdanAustin2006)sepanjang787nt.Dari787nukleotida,sebanyak645ntsamauntuksemuasampel.Dari142ntyangberbeda,sebanyak9 ntmer

upakaninsersi/delesiyanghanyaditemukanpada satusampeldan84ntsubstitusiyanghanyaditemukanpadasatusampelsehinggasebanyak93nttidakdiikutkandalam

analisisberikutnyakarenatidakbersifatparsimoni.Sisanyasebanyak49ntyangterdiridariduajenismutasi,yaitusubsitusidaninsersi/delesikemudiandigunakandalammenghit

ungkeragamangenetik(Gambar 2).

Gambar2.Runutannukleotidayangsalingberbedaantarsampelyangdigunakan

dalamanalisiskeragamangenetikdanmembangunpohonfilogeni.Nomorurutnuleotidaditulissecaravertikal(5barispalingatas) mengacupadagenommitokondria

H.harpaxNo.aksesAY699271.

SecarafilogeografiH.harpax diPerairanCirebonterpisahdengan H.harpax diPerairanVietnam. Halinidibuktikkanolehnilaijarakgenetik

terjauhadalahantara H.harpax Vietnamdan H.harpax 3yaitusebesar10,5%,sedangkanjarakgenetikpalingdekatadalahantara H.harpax 1dan 6(kelompok 1) yaitusebesar

1,8%.Keragamangenetik H.harpaxdiPerairanCirebonberdasarkanruasd-loopmemilikinilailebihbesaryaitu5.1%(±0,005)(Tabel 1)biladibandingkandengankeragamangen

etik Halocypridasp berdasarkanruasC01yaitusebesar2,27%.Nilaikeragamangenetik d-loop yanglebihbesarmembuktikkanbahwaruasd-loop memiliki lajumutasilebihtinggi

dibandingkanruas-ruaspadamtDNAlainnyadanmutasiyangtinggiberbandinglurusdengantingginyakeragaman(Cook2005).

Rata-ratakomposisinukleotidaA=4

1,2% ;T=38,7% ;G=7,9%;C=12,3%.PersentaseA+T(79,9%)lebihbesardaripadaC+G(20,2%).BanyaknyabasaA+Tpadagenommitokondria d-loopdibandingkanC+Tberkaita

ndengan d-loop sebagaipromotortitikawaltranskripsibagiutasberatmaupunutasringan(Hoelzoeletal. 1994).HallainyangmenyebabkanbasaATlebihtinggidisebakanolehada

nyasekuensyangberulangdanpanjangnyaurutan T(Cook2005).

AnalisisFilogeni

TopologipohonfilogenimenggunakanmetodeNJdenganbootstrap1000x

mengelompokkanudangH.Harpax dalamsatupercabangandan H.Harpax Vietnamberada diluarpercabangan.StrukturpopulasiyangdigambarkanolehmtDNAinisetidaknyamemba

gi populasiH.harpax diperairanCirebonmenjadiduayaitukelompok 1dankelompok 2. H.harpax 1,4,6dan10termasukkedalamkelompok 1dansalingberkerabatdekat.

H.harpax 2,3, 5,dan8termasukkedalamkelompok 2dan salingberkerabatdekat.Titiknenekmoyang(anchestralnode) menunjukkanbahwakekerabatanH.harpax 1,2, 3,4, 5,

6, 8dan10adalahberasaldarisatunenekmoyang/indukkan.SedangkanpopulasiHharpaxdariperairanCirebonberbedanenekmoyang/indukandengan H.harpax diperairanVietnam

(Gambar 3).Halinidisebabkanolehpolapenyebaranudangmantissangatberkaitaneratdenganaruslaut.AruspadaLautJawabergerakkearahKalimantansedangkanarusdariLautChin

aSelatanbergerakkeVietnamsehinggapergerakanarusdariCirebondanVietnamtidaksearah.Penyebaranudangmantismelaluitingkatlarvayangterbawaarusdanbergerak

mengikutigarispantai.TelukVietnamyangberada disisiutaradariLautChinaSelatan tidakterhubung/salingterpisahdenganLautJawa(Cirebon),sehinggamemilikigarispant

aiyangtidakberhubungan(McCleave etal.1984).

HallainyangmenyebabkanH.harpax diPerairanCirebonberbedanenekmoyang/indukkandengan H.harpax dariPera

iranVietnamadalaharusdari Indo-PasifiksalingberhubungankarenaarusyangdatangdariPasifikmenujulautanIndonesiayangjugamelewatiVietnambergerakbolak-balik,hanya

sajadikarenakanadanyabencanaalamyangpernahterjadimenyebabkanpolapenyebaran H.harpaxhanyaberkisar±40km,sehinggamenyebabkankeragamannyahomogendanpolapeny

ebaranyangterbatas/tidakluas(Barber etal. 2002).

Daridatayangada,kelompok 1dan2mungkinsebagaispesiesyangberbedadalamgenus Harpiosquilla . Halinidiperkua

tdenganadanyabeberapaperbedaanyaitusepertiintermediatcarinapadabagianthorakstanpa/dilengkapidenganduri,darisegiwarnaadayanglebihgelapdanterang,

dansegmendistalpadauropodadayangtidak/bewarnasedikithitam(datatidakdiperlihatkan).Halinijugadisebabkanolehspesies H.harpax yangtertangkap diPerairanCire

bonseringkalitertangkapbersamaandengan H.raphidae.

Gambar3.Hasilrekontruksipohonfilogeografipengelompo

kansampel H.harpaxberdasarkanruasd-loopmtDNA menggunakanmetodeNJdenganbootstrap1000x.

Tabel1.Jarakgenetikantarsampel(di

bawahdiagonal)danstandarerror(diatasdiagonal)berdasarkanmodelsubtitusiK2Pdenganbootstrap1000x.

00.011

2 H. harpax 2 0.061

3 H. harpax 3 0.080

4 H. harpax 4 0.028

5 H. harpax 5 0.064

6 H. harpax 6 0.018

7 H. harpax 8 0.059

H. harpax 10

0.07 0.08 0.03 0.07 0.04 0.06 0.01

0 7 8 0 2 7 1

H. harpaxVietnam

SIMPULANdanSARAN

Keragamangenetik H.harpax diPerairanCirebonberdasarkanruasd-loop mtDNAadalah5,1%(±0,005)

.PopulasiH.harpax diPerairanCirebonsetidaknyabisadibagimenjadi2kelompok.PopulasiH.harpax diLautJawajauhkemungkinannyaberasaldariPerairanVietnam.Hubunganfilog

eniberdasarkanruasd-loop mtDNA menempatkan H.harpax Cirebonberbedanenekmoyang/indukandengan H.harpax dariVietnam.

Saranbagipenelitian iniadalahdipe

rlukanpenelitianlebihlanjutmengunakanruasmitokondriayangberbedaatauselain d-loopdanperluanalisispembandingsampel H.harpaxdariPantaiUtaraKalimantandandaer

ahsekitarSelatMalakauntukmembuktikkanhubungankekerabatanantara H.harpax dariCirebondan H.harpax dariVietnam.

DAFTARPU

AhyongST,ChanTY,danLiaoYC.2008. ACatalogue ofMantisShrimps(Stomatopoda)ofTaiwan.NationalTaiwanOceanUniversity:Keelung.

ongST.1997.PhilogeneticAnalysisoftheStomatopoda(Malacostraca). JournalofCrustaceansBiology 17(4):695-715.

AlRozi,F.2008. PenerapanBudidayaUdang

RamadanBerkelanjutanMelaluiAplikasiBakteriAntagonisuntukBiokontrolVibriosisUdangWindu(Penaeusmonodon)[skripsi].Yogyakarta:FakultasPertanian,UniversitasGadjah

Barber P,MoosaMK,danPalumbiSR.2002.RapidRecoveryofGeneticsDiversityofStomatopodPopulationsonKrakatau:Temporal andSpatialScales ofMarine

LarvalDispersal. JournalofTheRoyalSociety269:1591-1597.

Carpenter KEdanNiemVH.1998. TheLivingMarineResources ofTheWesternCentralPacificVolume

2:Cephalopods,Crustacean,HolothuriansandShark.FoodandAgricultureOrganizationofTheUnitedNation:Rome.

ChoiHJdanHongSY.2001.Larvaldevelopmen

t ofthekishivelvetshrimp,metapenaeopsisdalei(rathbun)(decapoda:penaeidae),reared inthelaboratory. FishBull 99:275-291.

Cook C.2005.TheCompleteMitochondrialGen

omeofStomatopodCrustacean Squillamantis. JournalofBMCGenomics 6:1-9.

HoelzoelAR,Lopez JV,DoverGA,Brien JO.1994.Rapidevolution ofaheteroplasmic

repetitivesequences inthemitochondrialDNAcontrolregionofcarnivores. JMolEvol 39:191-199.

McCleaveJD,ArnoldGP,DodsonJJ,NeilWH.1984. MechanismofMigratio

n inFishesh.PlneumPress:NewYorkdanLondon.

Miller ADdanAustinCM.2006.TheCompleteMitochondrialGenomeOfTheMantisShrimp H.Harpax,andAPhylogenetic

InvestigationofTheDecapodaUsingMitochondrialSequences. MolPhylogenetEvol38:565–574.

Moosa,M.1997.StomatopodasebagaiSalahSatuPotensiSumberdaya

HayatiLaut. PerwataOseana5:1-6.

Kumar S,Dudley J,NeiM,TamuraK.2008.MEGA: ABiologist-CentricSoftwareforEvolutionary

AnalysisofDNAandProtein

Sequences. BriefingsinBioinformatics 9:299-306.

Tegelstrom H.1986.MitochondrialDNAinnaturalpopulations:animproveroutineforthescreening

ofgenetic

variationbased onsensitivesilverstaining. Elecytrophoresis 7:226-229.

Seminar Dewinta G34063443anitanet.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad...Ciri-ciri H....

Documents

Ciri-ciri politik Thailand

Lapres Butter - Lusia Dewinta - 13.70.0133 - b4

Ciri Ciri Istimewa

Ciri Ciri Powerpoint

Ciri ciri tumbuhan

Ciri Ciri Main

Ciri-ciri kepribadian

CIRI-CIRI KHUSUS TUMBUHAN

Ciri Ciri Pbs

Ciri-ciri Guru

Lapres Keju - Lucia Dewinta - 13.70.0133 (b4)

CIRI-CIRI HUTAN

Ciri-ciri Daging

Ciri Ciri Fungi

Ciri-ciri Tumbuhan

Model model belajar dan rumpun model mengajar by dewinta susanti

FIKOSIANIN Lusia Dewinta 13.70.0133 D1 UnikaSoegijapranata

ciri - ciri negara berkembang

Ciri Ciri Haiwan

Ciri-ciri peribahasa