Seminar Dewinta G34063443anitanet.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad...Ciri-ciri H. harpax adalah tubuh terdiri atas tiga bagian yaitu kepala, thoraks dan abdomen, karapas

Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/

Seminar Dewinta G34063443

Dewinta, Achmad Farajallah, dan Yusli Wardiatno. 2010. Pola Distribusi Geografispada Udang Mantis di Pantai Jawa Berdasarkan Genom Mitokondria. Seminardisampaikan tanggal 11 September 2010, Departemen Biologi FMIPA IPB.

PENDAHULUANLatar Belakang

Udang mantis atau udang ronggeng merupakan anggota Filum Arthropoda,Subfilum Crustacea, Ordo Stomatopoda, yang terdiri atas empat famili, yaituOdontodactylidae, Lysiosquillidae, Harpiosquillidae dan Squilidae. Sebagaimanaudang pada umumnya, kelompok udang ini dicirikan dengan tubuh yangbersegmen, di belakang kepala terdapat karapas pendek, kaki beruas-ruas, ukurantubuh yang besar dan mata seringkali berbentuk T (Carpenter dan Niem 1998).

Habitat sebagian besar udang mantis adalah pantai, senang hidup di dasar airterutama pasir berlumpur. Cara hidup udang mantis dengan menggali danbersembunyi di dasar air untuk berburu mangsa. Salah satu udang mantis yangbernilai ekonomi tinggi adalah Harpiosquilla harpax dari Famili Harpiosquillidae.Udang ini diekploitasi untuk diperdagangkan sebagai makanan eksotik. Jenis udangmantis lain yang sering diperdagangkan adalah Lysiosquillina maculata, Squillaempusa, dan S.mantis (Moosa 1997).

Karakteristik dari stomatopoda sebagai hewan pemangsa memiliki dua metodeuntuk menangkap mangsa. Kedua metode inilah yang kemudian akan membedakankelompok fungsional stomatopoda yang sangat luas, yaitu smashers (galak) dan spearers (sangat baik). H. Harpax sendiri tergolong kedalam spearers (Ahyong1997).

H. harpax banyak ditemukan di Pantai Utara Pulau Jawa, Selat Malaka sampai keLaut Pasifik (Ahyong et al. 2008). Ciri-ciri H. harpax adalah tubuh terdiri atas tigabagian yaitu kepala, thoraks dan abdomen, karapas dengan median carina, distal

page 1 / 286


segmen dari uropod memiliki garis tengah warna putih atau sedikit hitam, carinaintermediat tidak terlalu tajam, rostal dilengkapi dengan projeksi anterior, panjangtotal mencapai 30 cm, mata sangat besar dan berbentuk T, telson berduri danmedian carina pada telson memiliki dua bintik hitam (Carpenter dan Niem 1998).

Udang betina mampu menelurkan 50.000 hingga 1 juta telur, yang akan menetassetelah 24 jam menjadi larva nauplius (Choi dan Hong 2001). Tahap perkembanganlarva pada udang mantis terdiri dari empat fase. Fase pertama yaitu nauplius,larva nauplius tidak dapat berenang sehingga terbawa arus kemana saja arusbergerak, terutama arus sejajar garis pantai, bermetamorfosis dalam enam stagesberkisar selama dua hari. Fase ke dua yaitu protozoea, mempunyai tujuh pasanganggota tubuh, bermetamorfosis dalam tiga stages berkisar selama tujuh hari.Fase ketiga yaitu mysis bermetamorfosis dalam tiga stages berkisar selama tujuhhari. Fase terakhir yaitu postlarva, pada fase ini udang mulai memiliki karakteristikudang dewasa, dilanjuti menjadi juvenil dan udang dewasa (Choi, 2001).

Pergerakkan arus ini bergantung kepada arah/sudut gelombang yang datang. Padakawasan pantai yang diterjang gelombang menyudut, terhadap garis pantai, arusyang dominan terjadi adalah arus sejajar pantai. Pergerakan arus sejajar dengangaris pantai inilah yang menyebabkan pola penyebaran terus mengikuti garispantai. Persebaran larva yang hanyut terikut arus terus mengalami persebaranyang sangat luas bahkan antar samudera (Barber et al. 2002).

Dalam penelitian ini populasi H. harpax berusaha dipelajari menggunakan penandagenetik genom mitokondria, yaitu ruas genom yang dikenal dengan d-loop atau control region. Genom mitokondria hewan merupakan genom sitoplasmik yangdiwariskan secara uniparental, dan tidak mengalami rekombinasi. Genommitokondria atau mtDNA terdiri atas 2 gen penyandi rRNA, 22 tRNA, dan 13 genpenyadi protein yang terlibat dalam rangkaian rantai respirasi selular, dan saturuas yang berfungsi sebagai pengontrol transkripsi yang dikenal sebagai d-loop.Ruas d-loop dikenal mempunyai laju mutasi yang lebih cepat dibanding ruas-ruasgen lainnya, sehingga sangat cocok untuk digunakan sebagai penanda genetikuntuk mempelajari fenomena intraspesifik (Cook 2005).

Tujuan

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik udang mantis Harpiosquilla harpax di Pantai Jawa, berdasarkan genom mitokondria.

page 2 / 286

http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Mysis&action=edit&redlink=1


BAHAN DAN METODEMetode

Koleksi Udang dan Identifikasi sampel. Udang mantis H. harpax sebanyakdelapan ekor koleksi bapak Dr. Yusli Wardiatno dari Departemen ManajemenSumberdaya Perairan IPB yang dipreservasi dalam etanol. Kepastian spesies udangmantis sebagai Harpiosquilla harpax diidentifikasi berdasarkan kunci identifikasi(Carpenter dan Niem 1998).

Ekstraksi dan Isolasi DNA. Isolasi DNA dilakukan dari otot tungkai. Otot tungkaiyang disimpan dalam etanol dicuci dengan air destilata dua kali kemudiandihomogenasi dalam bufer STE (NaCl 1M, Tris-HCL 10mM, EDTA 0.1mM, pH 8).Sel-sel otot dilisis menggunakan proteinase K 0,125 mg/ml dan sodium dodesilsulfat 1%. Metode ekstraksi DNA selanjutnya mengikuti petunjuk Genomic DNA minikit for fresh blood.

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Bagian d-loop dari mtDNAdiamplifikasi menggunakan primer yang didesain menggunakan Primer 3 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/) dengan referensi beberapa mtDNA anggotastomatopoda yang ada di Gen Bank ( www.ncbi.nlm.nih.gov). Primer forwardAF180berada pada urutan 15102 nt dan primer reverse AF181 berada pada urutan15127 terhadap mtDNA H.harpax, dengan target DNA hasil amplifikasi berukuran929 bp.

Reaksi PCR dilakukan dalam volume 50 μL. Reaksi PCR dilakukan dengan kondisipredenaturasi pada suhu 94oC selama 5 menit, kemudian dilanjutkan 30 siklus yangterdiri atas denaturasi suhu 94oC selama 1 menit, penempelan primer suhu 54oCselama 1 menit, pemanjangan 72oC selama 2.30 menit dan diakhiri pemanjanganakhir suhu 72oC selama 7 menit. Produk PCR diuji menggunakan PAGE 6%,kemudian dilanjutkan dengan pewarnaan sensitif perak (Tegelstrom 1986).

Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequencing. Produk PCR berupapita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai desain primerdimurnikan, untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. PCR untuk

page 3 / 286

http://frodo.wi.mit.edu/primer3/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/


sequencing menggunakan primer yang sama seperti amplifikasi sebelumnyadengan metode big dye terminator cycle sequencing. Runutan nukleotida yangdiperoleh kemudian diedit secara manual. Runutan-runutan nukleotida yang telahdiedit kemudian saling disejajarkan dengan runutan nukleotida referensi, yaitu H.harpax yang ditangkap dari Pantai Vietnam dengan No akses AY699271 (Miller danAustin 2006) menggunakan program Clustal W 1.8 yang tertanam dalam program MEGA versi 4.00.

Analisis Filogeni. Analisis keragaman nukleotida dan filogenetik dilakukanmenggunakan MEGA (Kumar et al. 2008) berdasarkan model subtitusi Kimura-2-parameter. Analisis kekerabatan antar sampel menggunakan metode neighbourjoining (NJ) dengan bootstrap 1000x.

HASIL DAN PEMBAHASANIdentifikasi

Hasil identifikasi berdasarkan buku identifikasi Carpenter dan Niem (1998)menunjukkan bahwa sampel udang yang digunakan adalah spesies H. harpax.

Amplifikasi dan Visualisasi DNA

Dari kedelapan sampel yang digunakan, semuanya berhasil diamplifikasi.Amplifikasi menggunakan pasangan primer AF180 dan AF181 menghasilkan pitatunggal berukuran sekitar 1100bp (Gambar 1).

page 4 / 286


Gambar 1. Produk PCR berupa pita tunggal yang diuji dengan menggunakan polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) 6%. Keterangan: M = DNA marker 100bp, No urut sesuai dengan Gambar 2.

Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA SequencingPanjang basa nukleotida DNAsetelah ruas penempelan primer dibuang dan diedit, yakni sekitar 800-an. Setelahdisejajarkan, runutan nukleotida yang bisa dilanjutkan dianalisis berada pada posisi13496 nt sampai 14273 nt berdasarkan referensi mtDNA H. harpax (Miller danAustin 2006) sepanjang 787 nt. Dari 787 nukleotida, sebanyak 645 nt sama untuksemua sampel. Dari 142 nt yang berbeda, sebanyak 9 nt merupakan insersi/delesiyang hanya ditemukan pada satu sampel dan 84 nt substitusi yang hanyaditemukan pada satu sampel sehingga sebanyak 93 nt tidak diikutkan dalamanalisis berikutnya karena tidak bersifat parsimoni. Sisanya sebanyak 49 nt yangterdiri dari dua jenis mutasi, yaitu subsitusi dan insersi/delesi kemudian digunakandalam menghitung keragaman genetik (Gambar 2).

Gambar 2. Runutan nukleotida yang saling berbeda antar sampel yang digunakandalam analisis keragaman genetik dan membangun pohon filogeni. Nomor urut

page 5 / 286


nuleotida ditulis secara vertikal (5 baris paling atas) mengacu pada genommitokondria H. harpax No. akses AY699271.

Secara filogeografi H. harpax di Perairan Cirebon terpisah dengan H. harpax diPerairan Vietnam. Hal ini dibuktikkan oleh nilai jarak genetik terjauh adalah antara H. harpax Vietnam dan H. harpax 3 yaitu sebesar 10,5%, sedangkan jarak genetikpaling dekat adalah antara H. harpax 1dan 6 (kelompok 1) yaitu sebesar 1,8%.Keragaman genetik H.harpax di Perairan Cirebon berdasarkan ruas d-loop memilikinilai lebih besar yaitu 5.1% (±0,005) (Tabel 1) bila dibandingkan dengankeragaman genetik Halocyprida sp berdasarkan ruas C01 yaitu sebesar 2,27%. Nilaikeragaman genetik d-loop yang lebih besar membuktikkan bahwa ruas d-loop memiliki laju mutasi lebih tinggi dibandingkan ruas-ruas pada mtDNA lainnya danmutasi yang tinggi berbanding lurus dengan tingginya keragaman (Cook 2005).

Rata-rata komposisi nukleotida A=41,2% ; T=38,7% ; G=7,9% ; C=12,3%.Persentase A+T (79,9%) lebih besar daripada C+G (20,2%). Banyaknya basa A+Tpada genom mitokondria d-loop dibandingkan C+T berkaitan dengan d-loop sebagaipromotor titik awal transkripsi bagi utas berat maupun utas ringan (Hoelzoel et al. 1994). Hal lain yang menyebabkan basa AT lebih tinggi disebakan oleh adanyasekuens yang berulang dan panjangnya urutan T (Cook 2005).

Analisis Filogeni

Topologi pohon filogeni menggunakan metode NJ dengan bootstrap1000xmengelompokkan udang H. Harpax dalam satu percabangan dan H. Harpax Vietnam berada di luar percabangan. Struktur populasi yang digambarkan olehmtDNA ini setidaknya membagi populasi H. harpax di perairan Cirebon menjadi duayaitu kelompok 1 dan kelompok 2. H. harpax 1,4,6 dan 10 termasuk ke dalamkelompok 1 dan saling berkerabat dekat.

H. harpax 2, 3, 5, dan 8 termasuk ke dalam kelompok 2 dan saling berkerabatdekat. Titik nenek moyang (anchestral node) menunjukkan bahwa kekerabatan H.harpax 1, 2, 3, 4, 5, 6, 8 dan 10 adalah berasal dari satu nenek moyang/indukkan.Sedangkan populasi H harpax dari perairan Cirebon berbeda nenekmoyang/indukan dengan H. harpax di perairan Vietnam (Gambar 3). Hal inidisebabkan oleh pola penyebaran udang mantis sangat berkaitan erat dengan aruslaut. Arus pada Laut Jawa bergerak ke arah Kalimantan sedangkan arus dari LautChina Selatan bergerak ke Vietnam sehingga pergerakan arus dari Cirebon danVietnam tidak searah. Penyebaran udang mantis melalui tingkat larva yang terbawa

page 6 / 286


arus dan bergerak mengikuti garis pantai. Teluk Vietnam yang berada di sisi utaradari Laut China Selatan tidak terhubung/ saling terpisah dengan Laut Jawa(Cirebon), sehingga memiliki garis pantai yang tidak berhubungan (McCleave et al.1984).

Hal lain yang menyebabkan H. harpax di Perairan Cirebon berbeda nenekmoyang/indukkan dengan H. harpax dari Perairan Vietnam adalah arus dari Indo-Pasifik saling berhubungan karena arus yang datang dari Pasifik menujulautan Indonesia yang juga melewati Vietnam bergerak bolak-balik, hanya sajadikarenakan adanya bencana alam yang pernah terjadi menyebabkan polapenyebaran H. harpax hanya berkisar ±40km, sehingga menyebabkankeragamannya homogen dan pola penyebaran yang terbatas/tidak luas (Barber etal. 2002).

Dari data yang ada, kelompok 1 dan 2 mungkin sebagai spesies yang berbedadalam genus Harpiosquilla . Hal ini diperkuat dengan adanya beberapa perbedaanyaitu seperti intermediat carina pada bagian thoraks tanpa/ dilengkapi dengan duri,dari segi warna ada yang lebih gelap dan terang, dan segmen distal pada uropodada yang tidak/ bewarna sedikit hitam (data tidak diperlihatkan). Hal ini jugadisebabkan oleh spesies H. harpax yang tertangkap di Perairan Cirebon seringkalitertangkap bersamaan dengan H. raphidae.

Gambar 3. Hasil rekontruksi pohon filogeografi pengelompokan sampel H. harpaxberdasarkan ruas d-loop mtDNA menggunakan metode NJ dengan bootstrap 1000x.

page 7 / 286


Tabel 1.Jarak genetik antar sampel (di bawah diagonal) dan standar error (di atasdiagonal) berdasarkan model subtitusi K2P dengan bootstrap 1000x.

No Sampel 1 2 3 4 5 6 7 8 91 H. harpax 1 0.01

00.011

0.006

0.010

0.005

0.009

0.008

0.011

2 H. harpax 2 0.061

0.007

0.009

0.005

0.009

0.005

0.010

0.011

3 H. harpax 3 0.080

0.041

0.010

0.007

0.010

0.007

0.011

0.012

4 H. harpax 4 0.028

0.059

0.074

0.009

0.006

0.009

0.007

0.011

5 H. harpax 5 0.064

0.023

0.047

0.059

0.009

0.005

0.010

0.011

6 H. harpax 6 0.018

0.056

0.071

0.025

0.059

0.009

0.007

0.011

7 H. harpax 8 0.059

0.018

0.040

0.056

0.020

0.056

0.010

0.011

8 H. harpax 10 0.045

0.070

0.087

0.038

0.070

0.042

0.067

0.0119 H. harpax

Vietnam0.085

0.089

0.105

0.079

0.088

0.079

0.091

0.083

SIMPULANdanSARAN

Kera

page 8 / 286page 8 / 286


gamangenetik H.harpax diPerairanCirebonberdasarkanruasd-loop mtDNAadalah5,1%(±0,005).PopulasiH.harpax diPerairanCirebonsetidaknyabisadibagimenjadi2kelompo

page 9 / 286


k.PopulasiH.harpax diLautJawajauhkemungkinannyaberasaldariPerairanVietnam.Hubunganfilogeniberdasarkanruasd-loop mtDNA menempatkan H.harpax Cirebonberbedanenek

page 10 / 286


moyang/indukandengan H.harpax dariVietnam.

Saranbagipenelitian iniadalahdiperlukanpenelitianlebihlanjutmengunakanruasmitokondriayangberbedaatauselain

page 11 / 286


d-loopdanperluanalisispembandingsampel H.harpaxdariPantaiUtaraKalimantandandaerahsekitarSelatMalakauntukmembuktikkanhubungankekerabatanantara H.

page 12 / 286


harpax dariCirebondan H.harpax dariVietnam.

DAFTARPUSTAKA

AhyongST,ChanTY,danLiaoYC.2008. ACatalogue ofMan

page 13 / 286


tisShrimps(Stomatopoda)ofTaiwan.NationalTaiwanOceanUniversity:Keelung.

AhyongST.1997.PhilogeneticAnalysisoftheStomatopoda(Malacostraca). Journal

page 14 / 286


ofCrustaceansBiology 17(4):695-715.

AlRozi,F.2008. PenerapanBudidayaUdangRamadanBerkelanjutanMelaluiAplikasiBakteriAntagonisuntukBiokontrolVibri

page 15 / 286


osisUdangWindu(Penaeusmonodon)[skripsi].Yogyakarta:FakultasPertanian,UniversitasGadjahMada.

Barber P,MoosaMK,danPalumbiSR.2002.RapidRecoveryof

page 16 / 286


GeneticsDiversityofStomatopodPopulationsonKrakatau:Temporal andSpatialScales ofMarineLarvalDispersal. JournalofTheRoyalSociety269:1591-1597.

Carp

page 17 / 286


enter KEdanNiemVH.1998. TheLivingMarineResources ofTheWesternCentralPacificVolume2:Cephalopods,Crustacean,HolothuriansandShark.FoodandAgricultureOrganizat

page 18 / 286


ionofTheUnitedNation:Rome.

ChoiHJdanHongSY.2001.Larvaldevelopment ofthekishivelvetshrimp,metapenaeopsisdalei(rathbun)(decapoda:penaeidae),rear

page 19 / 286


ed inthelaboratory. FishBull 99:275-291.

Cook C.2005.TheCompleteMitochondrialGenomeofStomatopodCrustacean Squillamantis. JournalofBMCGenomics 6:1-9.

page 20 / 286


HoelzoelAR,Lopez JV,DoverGA,Brien JO.1994.Rapidevolution ofaheteroplasmicrepetitivesequences inthemitochondrialDNAcontrolregionofcarnivores. JMolEvol 39:191-199.

page 21 / 286


McCleaveJD,ArnoldGP,DodsonJJ,NeilWH.1984. MechanismofMigration inFishesh.PlneumPress:NewYorkdanLondon.

Miller ADdanAustinCM.2006.TheComplete

page 22 / 286


MitochondrialGenomeOfTheMantisShrimp H.Harpax,andAPhylogeneticInvestigationofTheDecapodaUsingMitochondrialSequences. MolPhylogenetEvol38:565–574.

page 23 / 286


Moosa,M.1997.StomatopodasebagaiSalahSatuPotensiSumberdayaHayatiLaut. PerwataOseana5:1-6.

Kumar S,Dudley J,NeiM,TamuraK.2008.MEGA: ABiolo

page 24 / 286


gist-CentricSoftwareforEvolutionary

AnalysisofDNAandProteinSequences. BriefingsinBioinformatics 9:299-306.

Tegelstrom H.1986.MitochondrialDNAinnatural

page 25 / 286


populations:animproveroutineforthescreening

ofgeneticvariationbased onsensitivesilverstaining. Elecytrophoresis 7:226-229.

Dewinta,AchmadFarajalla

page 26 / 286


h,danYusliWardiatno.2010.PolaDistribusiGeografispadaUdangMantis diPantaiJawaBerdasarkanGenomMitokondria.Seminardisampaikantanggal11September2010,Departe

page 27 / 286


menBiologiFMIPAIPB.

PENDAHULUAN

LatarBelakang

UdangmantisatauudangronggengmerupakananggotaFilumArthropoda,Subfilum

page 28 / 286


Crustacea,OrdoStomatopoda,yangterdiriatasempatfamili,yaituOdontodactylidae,Lysiosquillidae,HarpiosquillidaedanSquilidae.Sebagaimanaudang padaumumnya,kelompo

page 29 / 286


kudanginidicirikandengan tubuhyangbersegmen,dibelakangkepalaterdapatkarapaspendek,kaki beruas-ruas,ukurantubuhyangbesardanmataseringkaliberbentuk T(Carpent

page 30 / 286


erdanNiem1998).

Habitatsebagianbesarudangmantisadalahpantai,senanghidup didasar airterutama pasirberlumpur.Carahidupudangmantisdenganmen

page 31 / 286


ggalidanbersembunyididasar airuntukberburumangsa.Salahsatuudangmantisyangbernilaiekonomitinggiadalah Harpiosquillaharpax dariFamiliHarpiosquillidae.Udanginidiek

page 32 / 286


ploitasiuntukdiperdagangkansebagaimakananeksotik.JenisudangmantislainyangseringdiperdagangkanadalahLysiosquillina maculata,Squillaempusa, dan S.mantis(Moosa

page 33 / 286


1997).

Karakteristikdaristomatopodasebagaihewanpemangsamemiliki duametodeuntukmenangkapmangsa.Keduametodeinilahyangkemudianakanmembedaka

page 34 / 286


nkelompokfungsionalstomatopodayangsangatluas, yaitu smashers (galak)dan spearers (sangatbaik). H.Harpax sendiritergolongkedalam spearers(Ahyong1997).

page 35 / 286


H.harpax banyakditemukan diPantaiUtaraPulauJawa,SelatMalakasampaikeLautPasifik(Ahyong et al.2008).Ciri-ciri H.harpax adalahtubuhterdiriatastigabagi

page 36 / 286


anyaitukepala,thoraksdanabdomen,karapasdenganmediancarina,distalsegmendariuropodmemilikigaristengahwarnaputihatausedikithitam,carinaintermediat

page 37 / 286


tidakterlalutajam,rostaldilengkapidenganprojeksianterior,panjangtotalmencapai 30cm,matasangatbesardanberbentuk T,telsonberduridanmediancarinapadatelso

page 38 / 286


nmemiliki duabintikhitam(CarpenterdanNiem1998).

Udangbetinamampumenelurkan50.000hingga 1jutatelur,yangakanmenetassetelah24jammenjadilarv

page 39 / 286


a nauplius(Choi danHong2001).Tahapperkembanganlarvapadaudang mantisterdiridariempatfase.Fasepertamayaitu nauplius,larvanaupliustidakdapatbere

page 40 / 286


nangsehinggaterbawaaruskemanasajaarusbergerak,terutamaarussejajargarispantai,bermetamorfosisdalamenam stagesberkisarselamaduahari.Fasekeduayaitu prot

page 41 / 286


ozoea,mempunyaitujuh pasanganggotatubuh,bermetamorfosisdalam tiga stages berkisarselamatujuhhari.Faseketigayaitu mysisbermetamorfosisdalam tiga stag

page 42 / 286




es berkisarselamatujuhhari. Faseterakhiryaitu postlarva,padafaseiniudangmulaimemilikikarakteristikudangdewasa,dilanjuti menjadi juvenildan udangdewasa

page 43 / 286


(Choi,2001).

Pergerakkanarusini bergantungkepadaarah/sudutgelombangyangdatang.Padakawasanpantaiyangditerjanggelombangmenyudut,terhadapgarispantai,

page 44 / 286


arusyangdominanterjadiadalaharussejajarpantai.Pergerakanarussejajardengangarispantaiinilahyangmenyebabkanpolapenyebaranterusmengikutigarispantai.Persebaranlarv

page 45 / 286


ayanghanyutterikutarusterusmengalamipersebaranyangsangatluas bahkanantarsamudera(Barber etal. 2002).

Dalampenelitian inipopulasiH.harpaxberu

page 46 / 286


sahadipelajarimenggunakanpenandagenetikgenommitokondria,yaituruasgenomyangdikenaldengan d-loopataucontrolregion.Genommitokondriahewanmerupakangenom

page 47 / 286


sitoplasmikyangdiwariskansecarauniparental,dantidakmengalamirekombinasi.GenommitokondriaataumtDNAterdiri atas2 genpenyandi rRNA,22 tRNA,dan13genpenyadi

page 48 / 286


proteinyangterlibatdalamrangkaianrantai respirasiselular,dansaturuasyangberfungsisebagaipengontroltranskripsiyangdikenalsebagai d-loop.Ruasd-loopdikenalmempunyai

page 49 / 286


lajumutasiyanglebihcepatdibandingruas-ruasgenlainnya,sehinggasangatcocokuntukdigunakansebagaipenandagenetikuntukmempelajarifenomenaintraspesifik

page 50 / 286


(Cook2005).

Tujuan

Penelitianinibertujuanuntukmenganalisiskeragamangenetikudangmantis Harpiosquillaharpax diPantaiJawa,berdasarkangenom

page 51 / 286


mitokondria.

BAHANDANMETODE

Metode

KoleksiUdangdanIdentifikasisampel. Udangmantis H.harpaxsebanyakdelapanekorkoleksibapak

page 52 / 286


Dr.YusliWardiatnodariDepartemenManajemenSumberdayaPerairanIPByangdipreservasidalametanol.Kepastianspesiesudangmantissebagai Harpiosquillaharpaxdiidentifikasiberd

page 53 / 286


asarkankunciidentifikasi(CarpenterdanNiem1998).

EkstraksidanIsolasiDNA. IsolasiDNAdilakukandariotottungkai.Otottungkaiyangdisimpandalametanoldicu

page 54 / 286


cidenganairdestilataduakalikemudiandihomogenasidalambuferSTE(NaCl 1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8).Sel-selototdilisismenggunakanproteinase K0,125

page 55 / 286


mg/mldansodiumdodesilsulfat1%.MetodeekstraksiDNAselanjutnyamengikutipetunjuk GenomicDNAminikitforfreshblood.

AmplifikasidanVisualisasiFragmen

page 56 / 286


DNA. Bagian d-loopdarimtDNAdiamplifikasimenggunakanprimeryangdidesainmenggunakanPrimer 3(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/)denganreferensibeberapamtDNA

page 57 / 286










anggotastomatopodayangadadiGenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov). Primer forwardAF180beradapadaurutan15102ntdanprimer reverse AF181beradapadaurut

page 58 / 286







an15127terhadapmtDNA H.harpax,dengantargetDNAhasilamplifikasiberukuran929bp.

ReaksiPCRdilakukandalamvolume50μL. ReaksiPCRdilakukandengan

page 59 / 286


kondisipredenaturasipadasuhu94oCselama5menit,kemudiandilanjutkan30siklusyangterdiriatasdenaturasisuhu94oCselama1menit,penempelanprimersuhu54oCselama

page 60 / 286


1menit,pemanjangan 72oCselama2.30menitdandiakhiripemanjanganakhirsuhu72oCselama7menit.ProdukPCRdiujimenggunakanPAGE6%,kemudiandilanjutkan

page 61 / 286


denganpewarnaansensitifperak(Tegelstrom1986).

PerunutanProdukPCRdanAnalisisDNASequencing. Produk PCRberupapitatunggaldiatasgelpoliakrilamiddan

page 62 / 286


berukuransesuaidesainprimerdimurnikan,untukdijadikancetakandalam PCRforsequencing.PCRuntuksequencingmenggunakanprimeryangsamasepertiamplifikasisebe

page 63 / 286


lumnyadenganmetode bigdyeterminatorcyclesequencing.Runutannukleotidayangdiperolehkemudiandieditsecaramanual. Runutan-runutannukleotidayangtelahdiedit

page 64 / 286


kemudiansalingdisejajarkandenganrunutannukleotidareferensi,yaitu H.harpaxyangditangkapdariPantaiVietnamdenganNoaksesAY699271(MillerdanAustin2006)men

page 65 / 286


ggunakanprogramClustalW1.8yangtertanamdalamprogram MEGAversi4.00.

AnalisisFilogeni. Analisiskeragamannukleotidadanfilogenetikdilakukanmenggunaka

page 66 / 286


nMEGA(Kumar et al.2008)berdasarkanmodelsubtitusi Kimura-2-parameter. Analisiskekerabatanantarsampelmenggunakanmetode neighbourjoining (NJ)dengan boot

page 67 / 286


strap1000x.

HASILDANPEMBAHASAN

Identifikasi

Hasil identifikasiberdasarkanbukuidentifikasiCarpenterdanNiem(1998)

page 68 / 286


menunjukkanbahwasampeludangyangdigunakanadalahspesies H.harpax.

AmplifikasidanVisualisasiDNA

Darikedelapansam

page 69 / 286


pelyangdigunakan,semuanyaberhasildiamplifikasi.AmplifikasimenggunakanpasanganprimerAF180danAF181menghasilkanpitatunggalberukuransekitar1100bp(Gamba

page 70 / 286


r 1).

Gambar1.ProdukPCRberupapitatunggalyangdiujidenganmenggunakan polyacrilamidegelelectrophoresis (PAGE)

page 71 / 286


6%.Keterangan:M =DNAmarker100bp,NourutsesuaidenganGambar2.

PerunutanProdukPCRdanAnalisisDNA SequencingPanjangbasanukleotidaDNAsetelahruas

page 72 / 286


penempelanprimerdibuangdandiedit,yaknisekitar800-an.Setelahdisejajarkan,runutannukleotidayangbisadilanjutkandianalisisberadapadaposisi13496ntsampai142

page 73 / 286


73ntberdasarkanreferensimtDNA H.harpax(MillerdanAustin2006)sepanjang787nt.Dari787nukleotida,sebanyak645ntsamauntuksemuasampel.Dari142ntyangberb

page 74 / 286


eda,sebanyak9 ntmerupakaninsersi/delesiyanghanyaditemukanpada satusampeldan84ntsubstitusiyanghanyaditemukanpadasatusampelsehinggasebanyak93nttida

page 75 / 286


kdiikutkandalamanalisisberikutnyakarenatidakbersifatparsimoni.Sisanyasebanyak49ntyangterdiridariduajenismutasi,yaitusubsitusidaninsersi/delesikemudiandigunaka

page 76 / 286


ndalammenghitungkeragamangenetik(Gambar 2).

Gambar2.Runutannukleotidayangsalingberbedaantarsam

page 77 / 286


pelyangdigunakandalamanalisiskeragamangenetikdanmembangunpohonfilogeni.Nomorurutnuleotidaditulissecaravertikal(5barispalingatas) mengacupada

page 78 / 286


genommitokondria H.harpaxNo.aksesAY699271.

SecarafilogeografiH.harpax diPerairanCirebonterpisahdengan H.harpax diPerairanVietnam. Halinidibuktikkanoleh

page 79 / 286


nilaijarakgenetikterjauhadalahantara H.harpax Vietnamdan H.harpax 3yaitusebesar10,5%,sedangkanjarakgenetikpalingdekatadalahantara H.harpax 1dan 6(kelompo

page 80 / 286


k 1) yaitusebesar1,8%.Keragamangenetik H.harpaxdiPerairanCirebonberdasarkanruasd-loopmemilikinilailebihbesaryaitu5.1%(±0,005)(Tabel 1)biladibandingkanden

page 81 / 286


gankeragamangenetik Halocypridasp berdasarkanruasC01yaitusebesar2,27%.Nilaikeragamangenetik d-loop yanglebihbesarmembuktikkanbahwaruasd-loop memiliki laju

page 82 / 286


mutasilebihtinggidibandingkanruas-ruaspadamtDNAlainnyadanmutasiyangtinggiberbandinglurusdengantingginyakeragaman(Cook2005).

Rata-ratakomposi

page 83 / 286


sinukleotidaA=41,2% ;T=38,7% ;G=7,9%;C=12,3%.PersentaseA+T(79,9%)lebihbesardaripadaC+G(20,2%).BanyaknyabasaA+Tpadagenommitokondria d-loopdiba

page 84 / 286


ndingkanC+Tberkaitandengan d-loop sebagaipromotortitikawaltranskripsibagiutasberatmaupunutasringan(Hoelzoeletal. 1994).HallainyangmenyebabkanbasaATlebihtinggi

page 85 / 286


disebakanolehadanyasekuensyangberulangdanpanjangnyaurutan T(Cook2005).

AnalisisFilogeni

TopologipohonfilogenimenggunakanmetodeNJden

page 86 / 286


ganbootstrap1000xmengelompokkanudangH.Harpax dalamsatupercabangandan H.Harpax Vietnamberada diluarpercabangan.StrukturpopulasiyangdigambarkanolehmtDNAini

page 87 / 286


setidaknyamembagi populasiH.harpax diperairanCirebonmenjadiduayaitukelompok 1dankelompok 2. H.harpax 1,4,6dan10termasukkedalamkelompok 1dansalingberk

page 88 / 286


erabatdekat.

H.harpax 2,3, 5,dan8termasukkedalamkelompok 2dan salingberkerabatdekat.Titiknenekmoyang(anchestralnode) menunjukkanbahwakeke

page 89 / 286


rabatanH.harpax 1,2, 3,4, 5,6, 8dan10adalahberasaldarisatunenekmoyang/indukkan.SedangkanpopulasiHharpaxdariperairanCirebonberbedanenekmoyang/indukandengan

page 90 / 286


H.harpax diperairanVietnam(Gambar 3).Halinidisebabkanolehpolapenyebaranudangmantissangatberkaitaneratdenganaruslaut.AruspadaLautJawabergerakkearahKalimantan

page 91 / 286


sedangkanarusdariLautChinaSelatanbergerakkeVietnamsehinggapergerakanarusdariCirebondanVietnamtidaksearah.Penyebaranudangmantismelaluitingkatlarvayang

page 92 / 286


terbawaarusdanbergerak mengikutigarispantai.TelukVietnamyangberada disisiutaradariLautChinaSelatan tidakterhubung/salingterpisahdenganLautJawa(Cirebon),sehi

page 93 / 286


nggamemilikigarispantaiyangtidakberhubungan(McCleave etal.1984).

HallainyangmenyebabkanH.harpax diPerairanCirebonberbedanenekmoyang/indukkan

page 94 / 286


dengan H.harpax dariPerairanVietnamadalaharusdari Indo-PasifiksalingberhubungankarenaarusyangdatangdariPasifikmenujulautanIndonesiayangjugamelewatiVietnam

page 95 / 286


bergerakbolak-balik,hanyasajadikarenakanadanyabencanaalamyangpernahterjadimenyebabkanpolapenyebaran H.harpaxhanyaberkisar±40km,sehinggamenyebabkankeragamanny

page 96 / 286


ahomogendanpolapenyebaranyangterbatas/tidakluas(Barber etal. 2002).

Daridatayangada,kelompok 1dan2mungkinsebagaispesiesyangberbedadalamgenus

page 97 / 286


Harpiosquilla . Halinidiperkuatdenganadanyabeberapaperbedaanyaitusepertiintermediatcarinapadabagianthorakstanpa/dilengkapidenganduri,darisegiwarnaada

page 98 / 286


yanglebihgelapdanterang,dansegmendistalpadauropodadayangtidak/bewarnasedikithitam(datatidakdiperlihatkan).Halinijugadisebabkanolehspesies H.harpax

page 99 / 286


yangtertangkap diPerairanCirebonseringkalitertangkapbersamaandengan H.raphidae.

Gambar3.Hasilrekontruksipoh

page 100 / 286


onfilogeografipengelompokansampel H.harpaxberdasarkanruasd-loopmtDNA menggunakanmetodeNJdenganbootstrap1000x.

Tabel1.Jarak

page 101 / 286


genetikantarsampel(dibawahdiagonal)danstandarerror(diatasdiagonal)berdasarkanmodelsubtitusiK2Pdenganbootstrap1000x.


00.011

0.006

0.010

0.005

0.009

0.008

0.011

2 H. harpax 2 0.061

0.007

0.009

0.005

0.009

0.005

0.010

0.011

3 H. harpax 3 0.080

0.041

0.010

0.007

0.010

0.007

0.011

0.012

4 H. harpax 4 0.028

0.059

0.074

0.009

0.006

0.009

0.007

0.011

page 102 / 286


page 103 / 286


5

page 104 / 286


H. harpax 5

page 105 / 286


0.064

page 106 / 286


0.023

page 107 / 286


0.047

page 108 / 286


0.059

page 109 / 286


page 110 / 286


0.009

page 111 / 286


0.005

page 112 / 286


0.010

page 113 / 286


0.011

page 114 / 286


6

page 115 / 286


H. harpax 6

page 116 / 286


0.018

page 117 / 286


0.056

page 118 / 286


0.071

page 119 / 286


0.025

page 120 / 286


0.059

page 121 / 286


page 122 / 286


0.009

page 123 / 286


0.007

page 124 / 286


0.011

page 125 / 286


7

page 126 / 286


H. harpax 8

page 127 / 286


0.059

page 128 / 286


0.018

page 129 / 286


0.040

page 130 / 286


0.056

page 131 / 286


0.020

page 132 / 286


0.056

page 133 / 286


page 134 / 286


0.010

page 135 / 286


0.011

page 136 / 286


8

page 137 / 286


H. harpax 10

page 138 / 286


0.045

page 139 / 286


0.070

page 140 / 286


0.087

page 141 / 286


0.038

page 142 / 286


0.070

page 143 / 286


0.042

page 144 / 286


0.067

page 145 / 286


page 146 / 286


0.011

page 147 / 286


9

page 148 / 286


H. harpaxVietnam

page 149 / 286


0.085

page 150 / 286


0.089

page 151 / 286


0.105

page 152 / 286


0.079

page 153 / 286


0.088

page 154 / 286


0.079

page 155 / 286


0.091

page 156 / 286


0.083

page 157 / 286


SIMPULANdanSARAN

Keragamangenetik H.harpax diPerairanCirebonberdasarkanruasd-loop mtDNAadalah5,1%(±0,005)

page 158 / 286


.PopulasiH.harpax diPerairanCirebonsetidaknyabisadibagimenjadi2kelompok.PopulasiH.harpax diLautJawajauhkemungkinannyaberasaldariPerairanVietnam.Hubunganfilog

page 159 / 286


eniberdasarkanruasd-loop mtDNA menempatkan H.harpax Cirebonberbedanenekmoyang/indukandengan H.harpax dariVietnam.

Saranbagipenelitian iniadalahdipe

page 160 / 286


rlukanpenelitianlebihlanjutmengunakanruasmitokondriayangberbedaatauselain d-loopdanperluanalisispembandingsampel H.harpaxdariPantaiUtaraKalimantandandaer

page 161 / 286


ahsekitarSelatMalakauntukmembuktikkanhubungankekerabatanantara H.harpax dariCirebondan H.harpax dariVietnam.

DAFTARPU

page 162 / 286


STAKA

AhyongST,ChanTY,danLiaoYC.2008. ACatalogue ofMantisShrimps(Stomatopoda)ofTaiwan.NationalTaiwanOceanUniversity:Keelung.

Ahy

page 163 / 286


ongST.1997.PhilogeneticAnalysisoftheStomatopoda(Malacostraca). JournalofCrustaceansBiology 17(4):695-715.

AlRozi,F.2008. PenerapanBudidayaUdang

page 164 / 286


RamadanBerkelanjutanMelaluiAplikasiBakteriAntagonisuntukBiokontrolVibriosisUdangWindu(Penaeusmonodon)[skripsi].Yogyakarta:FakultasPertanian,UniversitasGadjah

page 165 / 286


Mada.

Barber P,MoosaMK,danPalumbiSR.2002.RapidRecoveryofGeneticsDiversityofStomatopodPopulationsonKrakatau:Temporal andSpatialScales ofMarine

page 166 / 286


LarvalDispersal. JournalofTheRoyalSociety269:1591-1597.

Carpenter KEdanNiemVH.1998. TheLivingMarineResources ofTheWesternCentralPacificVolume

page 167 / 286


2:Cephalopods,Crustacean,HolothuriansandShark.FoodandAgricultureOrganizationofTheUnitedNation:Rome.

ChoiHJdanHongSY.2001.Larvaldevelopmen

page 168 / 286


t ofthekishivelvetshrimp,metapenaeopsisdalei(rathbun)(decapoda:penaeidae),reared inthelaboratory. FishBull 99:275-291.

Cook C.2005.TheCompleteMitochondrialGen

page 169 / 286


omeofStomatopodCrustacean Squillamantis. JournalofBMCGenomics 6:1-9.

HoelzoelAR,Lopez JV,DoverGA,Brien JO.1994.Rapidevolution ofaheteroplasmic

page 170 / 286


repetitivesequences inthemitochondrialDNAcontrolregionofcarnivores. JMolEvol 39:191-199.

McCleaveJD,ArnoldGP,DodsonJJ,NeilWH.1984. MechanismofMigratio

page 171 / 286


n inFishesh.PlneumPress:NewYorkdanLondon.

Miller ADdanAustinCM.2006.TheCompleteMitochondrialGenomeOfTheMantisShrimp H.Harpax,andAPhylogenetic

page 172 / 286


InvestigationofTheDecapodaUsingMitochondrialSequences. MolPhylogenetEvol38:565–574.

Moosa,M.1997.StomatopodasebagaiSalahSatuPotensiSumberdaya

page 173 / 286


HayatiLaut. PerwataOseana5:1-6.

Kumar S,Dudley J,NeiM,TamuraK.2008.MEGA: ABiologist-CentricSoftwareforEvolutionary

AnalysisofDNAandProtein

page 174 / 286


Sequences. BriefingsinBioinformatics 9:299-306.

Tegelstrom H.1986.MitochondrialDNAinnaturalpopulations:animproveroutineforthescreening

ofgenetic

page 175 / 286


variationbased onsensitivesilverstaining. Elecytrophoresis 7:226-229.

Dewinta,AchmadFarajallah,danYusliWardiatno.2010.PolaDistribusiGeografispadaUdang

page 176 / 286


Mantis diPantaiJawaBerdasarkanGenomMitokondria.Seminardisampaikantanggal11September2010,DepartemenBiologiFMIPAIPB.

PENDAHULU

page 177 / 286


AN

LatarBelakang

UdangmantisatauudangronggengmerupakananggotaFilumArthropoda,SubfilumCrustacea,OrdoStomatopoda,yangterdiriatasemp

page 178 / 286


atfamili,yaituOdontodactylidae,Lysiosquillidae,HarpiosquillidaedanSquilidae.Sebagaimanaudang padaumumnya,kelompokudanginidicirikandengan tubuhyangbersegm

page 179 / 286


en,dibelakangkepalaterdapatkarapaspendek,kaki beruas-ruas,ukurantubuhyangbesardanmataseringkaliberbentuk T(CarpenterdanNiem1998).

Habitatsebagian

page 180 / 286


besarudangmantisadalahpantai,senanghidup didasar airterutama pasirberlumpur.Carahidupudangmantisdenganmenggalidanbersembunyididasar airuntukberburuman

page 181 / 286


gsa.Salahsatuudangmantisyangbernilaiekonomitinggiadalah Harpiosquillaharpax dariFamiliHarpiosquillidae.Udanginidiekploitasiuntukdiperdagangkansebagaimakanan

page 182 / 286


eksotik.JenisudangmantislainyangseringdiperdagangkanadalahLysiosquillina maculata,Squillaempusa, dan S.mantis(Moosa1997).

Karakteristikdaristomatopoda

page 183 / 286


sebagaihewanpemangsamemiliki duametodeuntukmenangkapmangsa.Keduametodeinilahyangkemudianakanmembedakankelompokfungsionalstomatopodayangsang

page 184 / 286


atluas, yaitu smashers (galak)dan spearers (sangatbaik). H.Harpax sendiritergolongkedalam spearers(Ahyong1997).

H.harpax banyakditemukan diPantaiUtar

page 185 / 286


aPulauJawa,SelatMalakasampaikeLautPasifik(Ahyong et al.2008).Ciri-ciri H.harpax adalahtubuhterdiriatastigabagianyaitukepala,thoraksdanabdomen,

page 186 / 286


karapasdenganmediancarina,distalsegmendariuropodmemilikigaristengahwarnaputihatausedikithitam,carinaintermediat tidakterlalutajam,rostaldilengkapi

page 187 / 286


denganprojeksianterior,panjangtotalmencapai 30cm,matasangatbesardanberbentuk T,telsonberduridanmediancarinapadatelsonmemiliki duabintikhitam(Carpenter

page 188 / 286


danNiem1998).

Udangbetinamampumenelurkan50.000hingga 1jutatelur,yangakanmenetassetelah24jammenjadilarva nauplius(Choi danHong2001).Tahap

page 189 / 286


perkembanganlarvapadaudang mantisterdiridariempatfase.Fasepertamayaitu nauplius,larvanaupliustidakdapatberenangsehinggaterbawaaruskemanasaja

page 190 / 286


arusbergerak,terutamaarussejajargarispantai,bermetamorfosisdalamenam stagesberkisarselamaduahari.Fasekeduayaitu protozoea,mempunyaitujuh pasanganggota

page 191 / 286


tubuh,bermetamorfosisdalam tiga stages berkisarselamatujuhhari.Faseketigayaitu mysisbermetamorfosisdalam tiga stages berkisarselamatujuhhari. Fasetera

page 192 / 286




khiryaitu postlarva,padafaseiniudangmulaimemilikikarakteristikudangdewasa,dilanjuti menjadi juvenildan udangdewasa(Choi,2001).

Pergerakkanarus

page 193 / 286


ini bergantungkepadaarah/sudutgelombangyangdatang.Padakawasanpantaiyangditerjanggelombangmenyudut,terhadapgarispantai,arusyangdominanterjadiadalaharussejajar

page 194 / 286


pantai.Pergerakanarussejajardengangarispantaiinilahyangmenyebabkanpolapenyebaranterusmengikutigarispantai.Persebaranlarvayanghanyutterikutarusterusmengala

page 195 / 286


mipersebaranyangsangatluas bahkanantarsamudera(Barber etal. 2002).

Dalampenelitian inipopulasiH.harpaxberusahadipelajarimenggunakanpenandagen

page 196 / 286


etikgenommitokondria,yaituruasgenomyangdikenaldengan d-loopataucontrolregion.Genommitokondriahewanmerupakangenomsitoplasmikyangdiwariskansecarauniparen

page 197 / 286


tal,dantidakmengalamirekombinasi.GenommitokondriaataumtDNAterdiri atas2 genpenyandi rRNA,22 tRNA,dan13genpenyadiproteinyangterlibatdalamrangkaianrant

page 198 / 286


ai respirasiselular,dansaturuasyangberfungsisebagaipengontroltranskripsiyangdikenalsebagai d-loop.Ruasd-loopdikenalmempunyailajumutasiyanglebihcepatdibandingruas

page 199 / 286


-ruasgenlainnya,sehinggasangatcocokuntukdigunakansebagaipenandagenetikuntukmempelajarifenomenaintraspesifik(Cook2005).

Tujuan

page 200 / 286


Penelitianinibertujuanuntukmenganalisiskeragamangenetikudangmantis Harpiosquillaharpax diPantaiJawa,berdasarkangenommitokondria.

BAH

page 201 / 286


ANDANMETODE

Metode

KoleksiUdangdanIdentifikasisampel. Udangmantis H.harpaxsebanyakdelapanekorkoleksibapakDr.YusliWardiatnodari

page 202 / 286


DepartemenManajemenSumberdayaPerairanIPByangdipreservasidalametanol.Kepastianspesiesudangmantissebagai Harpiosquillaharpaxdiidentifikasiberdasarkankunciidentifik

page 203 / 286


asi(CarpenterdanNiem1998).

EkstraksidanIsolasiDNA. IsolasiDNAdilakukandariotottungkai.Otottungkaiyangdisimpandalametanoldicucidenganairdestilata

page 204 / 286


duakalikemudiandihomogenasidalambuferSTE(NaCl 1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8).Sel-selototdilisismenggunakanproteinase K0,125mg/mldansodiumdod

page 205 / 286


esilsulfat1%.MetodeekstraksiDNAselanjutnyamengikutipetunjuk GenomicDNAminikitforfreshblood.

AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA. Bagian d-loop

page 206 / 286


darimtDNAdiamplifikasimenggunakanprimeryangdidesainmenggunakanPrimer 3(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/)denganreferensibeberapamtDNAanggotastomatopoda

page 207 / 286










yangadadiGenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov). Primer forwardAF180beradapadaurutan15102ntdanprimer reverse AF181beradapadaurutan15127terhadap

page 208 / 286







mtDNA H.harpax,dengantargetDNAhasilamplifikasiberukuran929bp.

ReaksiPCRdilakukandalamvolume50μL. ReaksiPCRdilakukandengankondisipredenaturasipad

page 209 / 286


asuhu94oCselama5menit,kemudiandilanjutkan30siklusyangterdiriatasdenaturasisuhu94oCselama1menit,penempelanprimersuhu54oCselama1menit,pemanjanga

page 210 / 286


n 72oCselama2.30menitdandiakhiripemanjanganakhirsuhu72oCselama7menit.ProdukPCRdiujimenggunakanPAGE6%,kemudiandilanjutkandenganpewarnaansens

page 211 / 286


itifperak(Tegelstrom1986).

PerunutanProdukPCRdanAnalisisDNASequencing. Produk PCRberupapitatunggaldiatasgelpoliakrilamiddanberukuransesuaidesa

page 212 / 286


inprimerdimurnikan,untukdijadikancetakandalam PCRforsequencing.PCRuntuksequencingmenggunakanprimeryangsamasepertiamplifikasisebelumnyadenganmetode

page 213 / 286


bigdyeterminatorcyclesequencing.Runutannukleotidayangdiperolehkemudiandieditsecaramanual. Runutan-runutannukleotidayangtelahdieditkemudiansalingdisej

page 214 / 286


ajarkandenganrunutannukleotidareferensi,yaitu H.harpaxyangditangkapdariPantaiVietnamdenganNoaksesAY699271(MillerdanAustin2006)menggunakanprogramClus

page 215 / 286


talW1.8yangtertanamdalamprogram MEGAversi4.00.

AnalisisFilogeni. AnalisiskeragamannukleotidadanfilogenetikdilakukanmenggunakanMEGA(Kumar et al

page 216 / 286


.2008)berdasarkanmodelsubtitusi Kimura-2-parameter. Analisiskekerabatanantarsampelmenggunakanmetode neighbourjoining (NJ)dengan bootstrap1000x.

page 217 / 286


HASILDANPEMBAHASAN

Identifikasi

Hasil identifikasiberdasarkanbukuidentifikasiCarpenterdanNiem(1998)menunjukkan

page 218 / 286


bahwasampeludangyangdigunakanadalahspesies H.harpax.

AmplifikasidanVisualisasiDNA

Darikedelapansampelyangdigu

page 219 / 286


nakan,semuanyaberhasildiamplifikasi.AmplifikasimenggunakanpasanganprimerAF180danAF181menghasilkanpitatunggalberukuransekitar1100bp(Gambar 1).

page 220 / 286


Gambar1.ProdukPCRberupapitatunggalyangdiujidenganmenggunakan polyacrilamidegelelectrophoresis (PAGE)6%.Keterangan:M =

page 221 / 286


DNAmarker100bp,NourutsesuaidenganGambar2.

PerunutanProdukPCRdanAnalisisDNA SequencingPanjangbasanukleotidaDNAsetelahruaspenempelanprimer

page 222 / 286


dibuangdandiedit,yaknisekitar800-an.Setelahdisejajarkan,runutannukleotidayangbisadilanjutkandianalisisberadapadaposisi13496ntsampai14273ntberdasarkan

page 223 / 286


referensimtDNA H.harpax(MillerdanAustin2006)sepanjang787nt.Dari787nukleotida,sebanyak645ntsamauntuksemuasampel.Dari142ntyangberbeda,sebanyak9 ntmer

page 224 / 286


upakaninsersi/delesiyanghanyaditemukanpada satusampeldan84ntsubstitusiyanghanyaditemukanpadasatusampelsehinggasebanyak93nttidakdiikutkandalam

page 225 / 286


analisisberikutnyakarenatidakbersifatparsimoni.Sisanyasebanyak49ntyangterdiridariduajenismutasi,yaitusubsitusidaninsersi/delesikemudiandigunakandalammenghit

page 226 / 286


ungkeragamangenetik(Gambar 2).

Gambar2.Runutannukleotidayangsalingberbedaantarsampelyangdigunakan

page 227 / 286


dalamanalisiskeragamangenetikdanmembangunpohonfilogeni.Nomorurutnuleotidaditulissecaravertikal(5barispalingatas) mengacupadagenommitokondria

page 228 / 286


H.harpaxNo.aksesAY699271.

SecarafilogeografiH.harpax diPerairanCirebonterpisahdengan H.harpax diPerairanVietnam. Halinidibuktikkanolehnilaijarakgenetik

page 229 / 286


terjauhadalahantara H.harpax Vietnamdan H.harpax 3yaitusebesar10,5%,sedangkanjarakgenetikpalingdekatadalahantara H.harpax 1dan 6(kelompok 1) yaitusebesar

page 230 / 286


1,8%.Keragamangenetik H.harpaxdiPerairanCirebonberdasarkanruasd-loopmemilikinilailebihbesaryaitu5.1%(±0,005)(Tabel 1)biladibandingkandengankeragamangen

page 231 / 286


etik Halocypridasp berdasarkanruasC01yaitusebesar2,27%.Nilaikeragamangenetik d-loop yanglebihbesarmembuktikkanbahwaruasd-loop memiliki lajumutasilebihtinggi

page 232 / 286


dibandingkanruas-ruaspadamtDNAlainnyadanmutasiyangtinggiberbandinglurusdengantingginyakeragaman(Cook2005).

Rata-ratakomposisinukleotidaA=4

page 233 / 286


1,2% ;T=38,7% ;G=7,9%;C=12,3%.PersentaseA+T(79,9%)lebihbesardaripadaC+G(20,2%).BanyaknyabasaA+Tpadagenommitokondria d-loopdibandingkanC+Tberkaita

page 234 / 286


ndengan d-loop sebagaipromotortitikawaltranskripsibagiutasberatmaupunutasringan(Hoelzoeletal. 1994).HallainyangmenyebabkanbasaATlebihtinggidisebakanolehada

page 235 / 286


nyasekuensyangberulangdanpanjangnyaurutan T(Cook2005).

AnalisisFilogeni

TopologipohonfilogenimenggunakanmetodeNJdenganbootstrap1000x

page 236 / 286


mengelompokkanudangH.Harpax dalamsatupercabangandan H.Harpax Vietnamberada diluarpercabangan.StrukturpopulasiyangdigambarkanolehmtDNAinisetidaknyamemba

page 237 / 286


gi populasiH.harpax diperairanCirebonmenjadiduayaitukelompok 1dankelompok 2. H.harpax 1,4,6dan10termasukkedalamkelompok 1dansalingberkerabatdekat.

page 238 / 286


H.harpax 2,3, 5,dan8termasukkedalamkelompok 2dan salingberkerabatdekat.Titiknenekmoyang(anchestralnode) menunjukkanbahwakekerabatanH.harpax 1,2, 3,4, 5,

page 239 / 286


6, 8dan10adalahberasaldarisatunenekmoyang/indukkan.SedangkanpopulasiHharpaxdariperairanCirebonberbedanenekmoyang/indukandengan H.harpax diperairanVietnam

page 240 / 286


(Gambar 3).Halinidisebabkanolehpolapenyebaranudangmantissangatberkaitaneratdenganaruslaut.AruspadaLautJawabergerakkearahKalimantansedangkanarusdariLautChin

page 241 / 286


aSelatanbergerakkeVietnamsehinggapergerakanarusdariCirebondanVietnamtidaksearah.Penyebaranudangmantismelaluitingkatlarvayangterbawaarusdanbergerak

page 242 / 286


mengikutigarispantai.TelukVietnamyangberada disisiutaradariLautChinaSelatan tidakterhubung/salingterpisahdenganLautJawa(Cirebon),sehinggamemilikigarispant

page 243 / 286


aiyangtidakberhubungan(McCleave etal.1984).

HallainyangmenyebabkanH.harpax diPerairanCirebonberbedanenekmoyang/indukkandengan H.harpax dariPera

page 244 / 286


iranVietnamadalaharusdari Indo-PasifiksalingberhubungankarenaarusyangdatangdariPasifikmenujulautanIndonesiayangjugamelewatiVietnambergerakbolak-balik,hanya

page 245 / 286


sajadikarenakanadanyabencanaalamyangpernahterjadimenyebabkanpolapenyebaran H.harpaxhanyaberkisar±40km,sehinggamenyebabkankeragamannyahomogendanpolapeny

page 246 / 286


ebaranyangterbatas/tidakluas(Barber etal. 2002).

Daridatayangada,kelompok 1dan2mungkinsebagaispesiesyangberbedadalamgenus Harpiosquilla . Halinidiperkua

page 247 / 286


tdenganadanyabeberapaperbedaanyaitusepertiintermediatcarinapadabagianthorakstanpa/dilengkapidenganduri,darisegiwarnaadayanglebihgelapdanterang,

page 248 / 286


dansegmendistalpadauropodadayangtidak/bewarnasedikithitam(datatidakdiperlihatkan).Halinijugadisebabkanolehspesies H.harpax yangtertangkap diPerairanCire

page 249 / 286


bonseringkalitertangkapbersamaandengan H.raphidae.

Gambar3.Hasilrekontruksipohonfilogeografipengelompo

page 250 / 286


kansampel H.harpaxberdasarkanruasd-loopmtDNA menggunakanmetodeNJdenganbootstrap1000x.

Tabel1.Jarakgenetikantarsampel(di

page 251 / 286


bawahdiagonal)danstandarerror(diatasdiagonal)berdasarkanmodelsubtitusiK2Pdenganbootstrap1000x.


00.011

0.006

0.010

0.005

0.009

0.008

0.011

2 H. harpax 2 0.061

0.007

0.009

0.005

0.009

0.005

0.010

0.011

3 H. harpax 3 0.080

0.041

0.010

0.007

0.010

0.007

0.011

0.012

4 H. harpax 4 0.028

0.059

0.074

0.009

0.006

0.009

0.007

0.011

5 H. harpax 5 0.064

0.023

0.047

0.059

0.009

0.005

0.010

0.011

6 H. harpax 6 0.018

0.056

0.071

0.025

0.059

0.009

0.007

0.011

7 H. harpax 8 0.059

0.018

0.040

0.056

0.020

0.056

0.010

0.011

page 252 / 286


8

page 253 / 286


H. harpax 10

page 254 / 286


0.04

page 255 / 286

0.07 0.08 0.03 0.07 0.04 0.06 0.01


5

page 256 / 286

0 7 8 0 2 7 1


9

page 257 / 286


H. harpaxVietnam

page 258 / 286


0.085

page 259 / 286


0.089

page 260 / 286


0.105

page 261 / 286


0.079

page 262 / 286


0.088

page 263 / 286


0.079

page 264 / 286


0.091

page 265 / 286


0.083

page 266 / 286


SIMPULANdanSARAN

Keragamangenetik H.harpax diPerairanCirebonberdasarkanruasd-loop mtDNAadalah5,1%(±0,005)

page 267 / 286


.PopulasiH.harpax diPerairanCirebonsetidaknyabisadibagimenjadi2kelompok.PopulasiH.harpax diLautJawajauhkemungkinannyaberasaldariPerairanVietnam.Hubunganfilog

page 268 / 286


eniberdasarkanruasd-loop mtDNA menempatkan H.harpax Cirebonberbedanenekmoyang/indukandengan H.harpax dariVietnam.

Saranbagipenelitian iniadalahdipe

page 269 / 286


rlukanpenelitianlebihlanjutmengunakanruasmitokondriayangberbedaatauselain d-loopdanperluanalisispembandingsampel H.harpaxdariPantaiUtaraKalimantandandaer

page 270 / 286


ahsekitarSelatMalakauntukmembuktikkanhubungankekerabatanantara H.harpax dariCirebondan H.harpax dariVietnam.

DAFTARPU

page 271 / 286


STAKA

AhyongST,ChanTY,danLiaoYC.2008. ACatalogue ofMantisShrimps(Stomatopoda)ofTaiwan.NationalTaiwanOceanUniversity:Keelung.

Ahy

page 272 / 286


ongST.1997.PhilogeneticAnalysisoftheStomatopoda(Malacostraca). JournalofCrustaceansBiology 17(4):695-715.

AlRozi,F.2008. PenerapanBudidayaUdang

page 273 / 286


RamadanBerkelanjutanMelaluiAplikasiBakteriAntagonisuntukBiokontrolVibriosisUdangWindu(Penaeusmonodon)[skripsi].Yogyakarta:FakultasPertanian,UniversitasGadjah

page 274 / 286


Mada.

Barber P,MoosaMK,danPalumbiSR.2002.RapidRecoveryofGeneticsDiversityofStomatopodPopulationsonKrakatau:Temporal andSpatialScales ofMarine

page 275 / 286


LarvalDispersal. JournalofTheRoyalSociety269:1591-1597.

Carpenter KEdanNiemVH.1998. TheLivingMarineResources ofTheWesternCentralPacificVolume

page 276 / 286


2:Cephalopods,Crustacean,HolothuriansandShark.FoodandAgricultureOrganizationofTheUnitedNation:Rome.

ChoiHJdanHongSY.2001.Larvaldevelopmen

page 277 / 286


t ofthekishivelvetshrimp,metapenaeopsisdalei(rathbun)(decapoda:penaeidae),reared inthelaboratory. FishBull 99:275-291.

Cook C.2005.TheCompleteMitochondrialGen

page 278 / 286


omeofStomatopodCrustacean Squillamantis. JournalofBMCGenomics 6:1-9.

HoelzoelAR,Lopez JV,DoverGA,Brien JO.1994.Rapidevolution ofaheteroplasmic

page 279 / 286


repetitivesequences inthemitochondrialDNAcontrolregionofcarnivores. JMolEvol 39:191-199.

McCleaveJD,ArnoldGP,DodsonJJ,NeilWH.1984. MechanismofMigratio

page 280 / 286


n inFishesh.PlneumPress:NewYorkdanLondon.

Miller ADdanAustinCM.2006.TheCompleteMitochondrialGenomeOfTheMantisShrimp H.Harpax,andAPhylogenetic

page 281 / 286


InvestigationofTheDecapodaUsingMitochondrialSequences. MolPhylogenetEvol38:565–574.

Moosa,M.1997.StomatopodasebagaiSalahSatuPotensiSumberdaya

page 282 / 286


HayatiLaut. PerwataOseana5:1-6.

Kumar S,Dudley J,NeiM,TamuraK.2008.MEGA: ABiologist-CentricSoftwareforEvolutionary

AnalysisofDNAandProtein

page 283 / 286


Sequences. BriefingsinBioinformatics 9:299-306.

Tegelstrom H.1986.MitochondrialDNAinnaturalpopulations:animproveroutineforthescreening

ofgenetic

page 284 / 286


variationbased onsensitivesilverstaining. Elecytrophoresis 7:226-229.

page 285 / 286


Documents

Seminar Dewinta G34063443anitanet.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad...Ciri-ciri H. harpax adalah tubuh terdiri atas tiga bagian yaitu kepala, thoraks dan abdomen, karapas