YENİ BAKTERİYEL VE FUNGAL ETKENLER · Yeni veya yeniden önem kazanan patojenlerin olumasına...

YENİ BAKTERİYEL VE FUNGAL ETKENLER

Dr. Behice Kurtaran

Ç.Ü.T.F. Enfeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji AD

Son üç dekatta her yıl yeni patojenler

2

3

4

Yeni veya yeniden önem kazanan patojenlerin oluşmasına katkıda bulunan faktörler :

1. Kültür yöntemlerinde gelişme, mikrobiyolojide kütle spektrometri

(MALDI-TOF) ve moleküler tekniklerin kullanımı ile yeni tanısal

yöntemlerin geliştirilmesi

2. Sosyodemografik ve çevresel değişikliklerin sonucu olarak insanların

patojenlerle daha fazla temas etmesi

3. Özellikle immünkompromize popülasyonu etkileyen daha vürülan

mikroplar ve fırsatçı enfeksiyonların ortaya çıkması

5

6

AEROCOCCUS TÜRLERİ

• Bu prokaryot yüksek insidansı ve ciddi morbiditesi ile dikkati çekmekte

• Özellikle A.urinae, 1992 yılında raporlanmış

• Çok yenilerde göreceli olarak sık görülen bir üriner sistem enfeksiyon etkeni

• Bu etken daha önceleri streptokok ya da KNS (Gram pozitif hemolitik

bakteri) olarak yanlış identifiye edilmiş

• MALDI-TOF’un çoğu modern mikrobiyoloji laboratuvarında kullanımı ile bu

bakteriyel türün gerçek patojen olarak identifikasyonu mümkün olmuş

7

A.urinae

• Özellikle altta yatan üriner sistem patolojisi olan yaşlı erkek

hastalarda ürosepsis ve enfektif endokardite neden olmakta

• Bunun dışında osteomyelit ve artrit nedeni

• A.urinae izolatlarına penisilin ve aminoglikozidlerin sinerjistik etki

göstermekte ve bu kombinasyon aerokokkal endokardit tedavisinde

sıklıkla kullanılmakta

• Çoğu Aerococcus izolatı ikinci kuşak kinolonlara dirençli olup, A.urinae

sulfametoksazole dirençli

8

AEROCOCCUS TÜRLERİ

• Aynı şekilde Aerococcus sanguinicola da insan kan ve idrarından patojen

olarak izole edilmekte

• Aerokokkal enfeksiyonların prognozu, hastaların ileri yaşı ve

komorbiditelerine karşın kötü değil

• Henüz antibiyotiklerin klinik breakpointleri belirlenmemiş olsa da,

aerokokların penisilinler, karbapenem ve vankomisine duyarlı oldukları

düşünülmekte

9

10

Actınotıgnum türleri

• Daha önceleri Actinobaculum olarak isimlendirilmiş

• Farkedilmesi, MALDI-TOF ve moleküler amplifikasyon yöntemleri

sayesinde olmuş

• Actinotignum genusu üç tür; Actinotignum schaalii, Actinotignum urinale ve

Actinotignum sanguinis

• Lotte ve arkadaşları özellikle Actinotignum schaalii nin patojenik rolünü

tartışmışlar

• En sık izole edilen tür de bu tür 11

• Bu fakültatif anaerobik Gram-pozitif basil sağlıklı hastaların üriner

mikrobiyotasının bir parçası

• Bu mikroorganizma daha önceleri nadiren tür düzeyinde identifiye

edilirken ve kontaminant olduğu düşünülürken üriner sistem

kültürlerinden izolasyonunun patojenik rolü tartışılmaya başlamış

• Özellikle ileri yaştaki erkeklerde ve küçük çocuklarda üriner sistem

enfeksiyonu etkeni olarak saptanmakta

Actınotıgnum türleri

12

• Mikroorganizmanın idrarda konvansiyonel kültürden izole edilmemesinin

nedeni müşkülpesent üreme özelliğinden

• Uzun süre inkübasyon gerektirmekte

• Bu yavaş üreyen bakterinin üremesi için kandan zengin bir besiyeri ve

anaerobik ya da %5 CO2 atmosferde 48 saat inkübe edilmesi gerekmekte

• MALDI-TOF ise bu mikroorganizmanın rutin identifikasyonuna en uygun

yöntem

Actınotıgnum türleri

13

• Bu ajan üriner sistem enfeksiyonları yanı sıra bakteremi ve endokardit gibi

ciddi enfeksiyonlara da neden olmakta

• Cattoir ve arkadaşlarının özetinde Actinotignum’un sık kullanılan

antibiyotikleri içerecek geniş direnç özelliği, tedavi seçeneklerini

kısıtlamakta ve özellikle Actinotignum ilişkili endokarditte bu durumun önem

taşıdığı ifade edilmekte

• Beta laktam antibiyotiklerin iki hafta üzerinde verilmesi en etkili tedavi

Actınotıgnum türleri

14

• Özet olarak;

• Uygun alınmış ve uygun identifikasyon yöntemleri ile değerlendirilmiş

idrar örneği kültüründe A. schaalii varlığında, direkt mikroskopide

küçük kokkoid basillerin görülmesi, idrar tahlilinde lökositüri ve nitrit

negatifliği olması, trimetoprim sülfametoksazol ya da florokinolon ile

tedavi başarısızlığı ve tekrarlayan üriner sistem enfeksiyon öyküsü

durumunda, bu etkenin patojen olması söz konusudur

Actınotıgnum türleri

15

16

Clostridium butyricum

• Bu anaerop, spor oluşturan basil sıklıkla insan ve hayvanların barsaklarında

kommensal bir bakteri olarak yaşamakta ve ayrıca çevrede de bulunmakta

• Non-toksijenik suşları Asya’da probiyotik olarak kullanılsa da, diğer suşlar

infantlarda botulism ya da preterm yenidoğanlarda nekrotizan enterokolit

gibi patolojik durumlarla ilişkilendirilmekte

• Yani aynı türün içinde intestinal mukozaya antagonist etki gösteren farklı

suşlar bulunmakta !

• Patolojik suşlarda toksin genleri genom sekanslama yöntemi gösterilmiştir

• Bu suşlarla asemptomatik taşıyıcılık da bildirilmiş

17

Borrelıa mayonıı

• CDC, insanlarda Lyme hastalığına neden olan yeni bir bakteri bildirdi

• Şimdiye kadar sadece Borrelia burgdorferi’nin neden olduğu düşünülen

Lyme hastalığına neden olan yeni etken Borrelia mayonii olarak

kaydedilmiştir

• Bu etkenden, Rochester Minesota’da Lyme hastalığı şüpheli altı hastanın

laboratuvar test sonuçlarına dayanılarak şüphelenilmiştir

• Genetik testler sonucu şimdilik etkene B.mayonii adı verilmiştir ve etken

B.burgdorferi ile benzerlik göstermektedir 18

Corynebacterıum ulcerans

• Gelişmiş ülkelerde giderek önemi artan difteri benzeri hastalık etkeni

olarak kabul edilmekte

• Avrupa’da difteri etkeni olarak kabul edilmiştir

• İnsanlar hariç kedi, köpek, domuz, inek gibi konakları bulunan ve

köpekten insana geçen ilk olgusu 2005’te yayınlanan bu etkenin

C.diphtheriae’dan en önemli farkı, insan dışı konaklarının olması, ortak

noktaları ise difteri toksini üretiyor olmalarıdır

• Toksijenik C.ulcerans bu özelliği ile hayvanlardan insanlara taşınabilen

yeni bir patojen olarak kabul edilmektedir

19

20

21

22

http://hmi-us.com/research/applied-microbiology-programs/novel-bacterial-pathogens-humans.html

23

Bacillus obstructivus VT-16-70

• Alt solunum yolu hastalıkları öz. KOAH’ta problem

• Patojenin KOAH alevlenmelerindeki rolü araştırılıyor

• Çeşitli direnç genleri ve toksin kodlayan genlere sahip

• Gelecek araştırmalar alevlenme ile ilişkisini ve farklı hasta gruplarındaki

prevalansını ortaya koymaya yönelik olacak

24

Kluyvera intestini GT-16

• Kanser gelişimine katkıda bulunan intestinal mikroorganizma olarak biliniyor

• Kanserin gelişimindeki rolü araştırılıyor

• Genetik analizlerde direnç genleri ve toksin kodlayan genleri tespit edilmiş

• Gastrointestinal malignitelerdeki rolü gelecek araştırmaların konusu

• kanserogenisite

25

Bacillus sp. VT-712

• Duodenal kanserli hastalardaki varlığı, bu mikroorganizmanın kansere

gidişte bir rolü olabileceğini düşündürmekte

• Çeşitli direnç genleri ve toksin kodlayan genlere sahip

• Ek olarak spor oluşturan bir bakteri olup, sporları antibiyotiklere

dirençlidir

• Gastrointestinal hastalıklardaki rolünün araştırılması için daha çok

çalışmaya ihtiyaç var

• Gelecekte farklı kanser hasta grupları ile sağlıklı bireylerde ve

mikrobiyota ilişkili hastalıkları olanlarda prevalansı araştırılacaktır

26

Acinetobacter sp. VT-511

• Gastrik kanserli bir hastanın midesinden izole edilmiş

• Yeni bir Acinetobacter türü

• Çeşitli direnç genleri ve toksin kodlayan genlere sahip

27

Bacilli bacterium VT-13-104

• Duodenal kanserli hastaların barsaklarından izole edilmiş

• Çeşitli direnç genleri ve toksin kodlayan genlere sahip

• Antibiyotiklere dayanıklı sporlar üretmekte

• Gelecekte farklı kanser hasta grupları ile sağlıklı bireylerde ve

mikrobiyota ilişkili hastalıkları olanlarda prevalansı araştırılacaktır

28

Paenibacillus sp. VT-400/ Streptococcus sp.V-162

• Akut lösemili hastaların oral kavitesinden izole edilen ve spor oluşturan yeni

bakteri türleri

• Özellikle immünkompromize hastalarda pnömoni ve diğer fırsatçı

enfeksiyonlardan sorumlu

• Mortaliteyle seyreden dissemine enfeksiyon oluşturma kapasitesine sahip

• Ağız yıkamak/çalkalamak ile bakteri yükü azalmamaktadır

• Hematolojik hastalık gibi komorbiditesi olan riskli hastalarda yaşamı tehdit

eden enfeksiyonları tetikleyebilen ve patojenik bakteri genetik yapısına sahip

olduğu gösterilen mikroorganizmalar

29

30

31

A Dangerous 'Superbug' Fungus Is Spreading Through US Health Care Facilities

32

33

Candıda aurıs • Candida auris ilk defa 2009 yılında Japon bir hastanın dış kulak yolundan izole

edilmiş bir Candida türü

• Sonrasında Kore’de bu patojenin etken olduğu 15 otitis media olgusu bildirilmiş

• Bundan 2 yıl sonra da Güney Kore’de 3 fungemi izolatı olarak belirlenmiş

• Bunu Güney Afrika ve Hindistan olguları izlemiş

• Geriye dönük bakıldığında C.auris’in ilk izolasyonunun 1996 yılında Kore’de kandidemili bir pediyatrik cerrahi hastasının kanında ürediği gösterilmiş

• Fenotip olarak C.haemulonii’ye benzeyen, flukonazole dirençli, amfoterisin B ve ekinokandinlere değişken duyarlılığa sahiptir

34

Candıda aurıs • 2015 yılında CDC, Pakistan’da idrardan üreyen ve Saccharomyces olarak

adlandırılan patojenin de aslında C.auris olduğunu tespit etmiştir

• C. auris özetle 2009’dan sonra global olarak ortaya çıkan, invaziv

enfeksiyonlara neden olabilen ve çok ilaca dirençli olma özelliği olan bir maya

• Bu şekilde ortaya çıkışın nedeni net olmamamakla birlikte, yeni ve artan

antifungal kullanımı, hayvanlar, insanlar ve çevresel faktörlerin neden

olabileceği düşünülmektedir

35

• Bu etken hakkındaki araştırmalar ve direnç mekanizması ile ilgili

çalışmalar bu mikrororganizmanın yayılımını durdurma konusunda

oldukça yardımcı olacak

• C.auris Hindistan!daki yoğun bakım ünitelerinin kandidalarının %5 ini

oluşturmakta

• Burdanda anlaşılacağı gibi yaygınlaşma eğiliminde

• C.auris in hala nasıl rotaya çıktığı, klonal yayılması, küresel yayılımının

devam edip etmeyeceği, bulaş yolları, bulaşın engellenmesi için gerekli

olan tedbirler hakkında cevaplanmamış bir çok soru var

• C.auris son 7 yılda 3 kıtada tespit edildi

• Muhtemelen bu mikroorganizma çoktan beri o bölgede bulunuyordu

ancak tanımlanmamış ya da rapor edilmemiş

• Muhtemelen yeni bölgelerdede ileride ortaya çıkacak

• Çoklu ilaç direnci olan ve yüksek mortalite oranlarıyla ilişkili olan

C.auris global bir tehdit

• Bu etkene sekonder ortalama mortalite oranı %60

• Hastane içi toplam mortalite oranı ülkelere veya bölgelere göre şu

şekilde bildirildi; Pakistan’da %52, Hindistan’da %44, Güney Afrika’da

%46, Güney Amerika’da %72

UDS

• Bazı fungal enfeksiyonlarda, patojenin nadir olması, in vitro üremeyi

sağlamak için özel koşullar gerektirmesi ya da örnekte çeşitli türlerin bir

arada olması nedeniyle etken belirlenememekte

• Ultra-Deep Sequencing (UDS) tanılama yöntemi bu patojenlerin

belirlenmesi ve tedavinin yönlendirilmesi adına fayda sağlamakta

39

40

Basidiobolus meristosporus

• Bu yöntemle yakın zamanda tanınan bir fungal patojen

• Bu etkenle gastrointestinal basidiobolomikoz tanımlanmış

• Histopatolojik inceleme sonrası duyulan şüphe üzerine ve konvansiyonel

yöntemlerde tanıya ulaşılamaması nedeniyle UDS dayalı yaklaşımla,

hemikolektomi materyalinden etken gösterilmiştir

41

42