Upload
others
View
5
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
YENİ BAKTERİYEL VE FUNGAL ETKENLER
Dr. Behice Kurtaran
Ç.Ü.T.F. Enfeksiyon hastalıkları ve klinik mikrobiyoloji AD
Son üç dekatta her yıl yeni patojenler
2
3
4
Yeni veya yeniden önem kazanan patojenlerin oluşmasına katkıda bulunan faktörler :
1. Kültür yöntemlerinde gelişme, mikrobiyolojide kütle spektrometri
(MALDI-TOF) ve moleküler tekniklerin kullanımı ile yeni tanısal
yöntemlerin geliştirilmesi
2. Sosyodemografik ve çevresel değişikliklerin sonucu olarak insanların
patojenlerle daha fazla temas etmesi
3. Özellikle immünkompromize popülasyonu etkileyen daha vürülan
mikroplar ve fırsatçı enfeksiyonların ortaya çıkması
5
6
AEROCOCCUS TÜRLERİ
• Bu prokaryot yüksek insidansı ve ciddi morbiditesi ile dikkati çekmekte
• Özellikle A.urinae, 1992 yılında raporlanmış
• Çok yenilerde göreceli olarak sık görülen bir üriner sistem enfeksiyon etkeni
• Bu etken daha önceleri streptokok ya da KNS (Gram pozitif hemolitik
bakteri) olarak yanlış identifiye edilmiş
• MALDI-TOF’un çoğu modern mikrobiyoloji laboratuvarında kullanımı ile bu
bakteriyel türün gerçek patojen olarak identifikasyonu mümkün olmuş
7
A.urinae
• Özellikle altta yatan üriner sistem patolojisi olan yaşlı erkek
hastalarda ürosepsis ve enfektif endokardite neden olmakta
• Bunun dışında osteomyelit ve artrit nedeni
• A.urinae izolatlarına penisilin ve aminoglikozidlerin sinerjistik etki
göstermekte ve bu kombinasyon aerokokkal endokardit tedavisinde
sıklıkla kullanılmakta
• Çoğu Aerococcus izolatı ikinci kuşak kinolonlara dirençli olup, A.urinae
sulfametoksazole dirençli
8
AEROCOCCUS TÜRLERİ
• Aynı şekilde Aerococcus sanguinicola da insan kan ve idrarından patojen
olarak izole edilmekte
• Aerokokkal enfeksiyonların prognozu, hastaların ileri yaşı ve
komorbiditelerine karşın kötü değil
• Henüz antibiyotiklerin klinik breakpointleri belirlenmemiş olsa da,
aerokokların penisilinler, karbapenem ve vankomisine duyarlı oldukları
düşünülmekte
9
10
Actınotıgnum türleri
• Daha önceleri Actinobaculum olarak isimlendirilmiş
• Farkedilmesi, MALDI-TOF ve moleküler amplifikasyon yöntemleri
sayesinde olmuş
• Actinotignum genusu üç tür; Actinotignum schaalii, Actinotignum urinale ve
Actinotignum sanguinis
• Lotte ve arkadaşları özellikle Actinotignum schaalii nin patojenik rolünü
tartışmışlar
• En sık izole edilen tür de bu tür 11
• Bu fakültatif anaerobik Gram-pozitif basil sağlıklı hastaların üriner
mikrobiyotasının bir parçası
• Bu mikroorganizma daha önceleri nadiren tür düzeyinde identifiye
edilirken ve kontaminant olduğu düşünülürken üriner sistem
kültürlerinden izolasyonunun patojenik rolü tartışılmaya başlamış
• Özellikle ileri yaştaki erkeklerde ve küçük çocuklarda üriner sistem
enfeksiyonu etkeni olarak saptanmakta
Actınotıgnum türleri
12
• Mikroorganizmanın idrarda konvansiyonel kültürden izole edilmemesinin
nedeni müşkülpesent üreme özelliğinden
• Uzun süre inkübasyon gerektirmekte
• Bu yavaş üreyen bakterinin üremesi için kandan zengin bir besiyeri ve
anaerobik ya da %5 CO2 atmosferde 48 saat inkübe edilmesi gerekmekte
• MALDI-TOF ise bu mikroorganizmanın rutin identifikasyonuna en uygun
yöntem
Actınotıgnum türleri
13
• Bu ajan üriner sistem enfeksiyonları yanı sıra bakteremi ve endokardit gibi
ciddi enfeksiyonlara da neden olmakta
• Cattoir ve arkadaşlarının özetinde Actinotignum’un sık kullanılan
antibiyotikleri içerecek geniş direnç özelliği, tedavi seçeneklerini
kısıtlamakta ve özellikle Actinotignum ilişkili endokarditte bu durumun önem
taşıdığı ifade edilmekte
• Beta laktam antibiyotiklerin iki hafta üzerinde verilmesi en etkili tedavi
Actınotıgnum türleri
14
• Özet olarak;
• Uygun alınmış ve uygun identifikasyon yöntemleri ile değerlendirilmiş
idrar örneği kültüründe A. schaalii varlığında, direkt mikroskopide
küçük kokkoid basillerin görülmesi, idrar tahlilinde lökositüri ve nitrit
negatifliği olması, trimetoprim sülfametoksazol ya da florokinolon ile
tedavi başarısızlığı ve tekrarlayan üriner sistem enfeksiyon öyküsü
durumunda, bu etkenin patojen olması söz konusudur
Actınotıgnum türleri
15
16
Clostridium butyricum
• Bu anaerop, spor oluşturan basil sıklıkla insan ve hayvanların barsaklarında
kommensal bir bakteri olarak yaşamakta ve ayrıca çevrede de bulunmakta
• Non-toksijenik suşları Asya’da probiyotik olarak kullanılsa da, diğer suşlar
infantlarda botulism ya da preterm yenidoğanlarda nekrotizan enterokolit
gibi patolojik durumlarla ilişkilendirilmekte
• Yani aynı türün içinde intestinal mukozaya antagonist etki gösteren farklı
suşlar bulunmakta !
• Patolojik suşlarda toksin genleri genom sekanslama yöntemi gösterilmiştir
• Bu suşlarla asemptomatik taşıyıcılık da bildirilmiş
17
Borrelıa mayonıı
• CDC, insanlarda Lyme hastalığına neden olan yeni bir bakteri bildirdi
• Şimdiye kadar sadece Borrelia burgdorferi’nin neden olduğu düşünülen
Lyme hastalığına neden olan yeni etken Borrelia mayonii olarak
kaydedilmiştir
• Bu etkenden, Rochester Minesota’da Lyme hastalığı şüpheli altı hastanın
laboratuvar test sonuçlarına dayanılarak şüphelenilmiştir
• Genetik testler sonucu şimdilik etkene B.mayonii adı verilmiştir ve etken
B.burgdorferi ile benzerlik göstermektedir 18
Corynebacterıum ulcerans
• Gelişmiş ülkelerde giderek önemi artan difteri benzeri hastalık etkeni
olarak kabul edilmekte
• Avrupa’da difteri etkeni olarak kabul edilmiştir
• İnsanlar hariç kedi, köpek, domuz, inek gibi konakları bulunan ve
köpekten insana geçen ilk olgusu 2005’te yayınlanan bu etkenin
C.diphtheriae’dan en önemli farkı, insan dışı konaklarının olması, ortak
noktaları ise difteri toksini üretiyor olmalarıdır
• Toksijenik C.ulcerans bu özelliği ile hayvanlardan insanlara taşınabilen
yeni bir patojen olarak kabul edilmektedir
19
20
21
22
http://hmi-us.com/research/applied-microbiology-programs/novel-bacterial-pathogens-humans.html
23
Bacillus obstructivus VT-16-70
• Alt solunum yolu hastalıkları öz. KOAH’ta problem
• Patojenin KOAH alevlenmelerindeki rolü araştırılıyor
• Çeşitli direnç genleri ve toksin kodlayan genlere sahip
• Gelecek araştırmalar alevlenme ile ilişkisini ve farklı hasta gruplarındaki
prevalansını ortaya koymaya yönelik olacak
24
Kluyvera intestini GT-16
• Kanser gelişimine katkıda bulunan intestinal mikroorganizma olarak biliniyor
• Kanserin gelişimindeki rolü araştırılıyor
• Genetik analizlerde direnç genleri ve toksin kodlayan genleri tespit edilmiş
• Gastrointestinal malignitelerdeki rolü gelecek araştırmaların konusu
• kanserogenisite
25
Bacillus sp. VT-712
• Duodenal kanserli hastalardaki varlığı, bu mikroorganizmanın kansere
gidişte bir rolü olabileceğini düşündürmekte
• Çeşitli direnç genleri ve toksin kodlayan genlere sahip
• Ek olarak spor oluşturan bir bakteri olup, sporları antibiyotiklere
dirençlidir
• Gastrointestinal hastalıklardaki rolünün araştırılması için daha çok
çalışmaya ihtiyaç var
• Gelecekte farklı kanser hasta grupları ile sağlıklı bireylerde ve
mikrobiyota ilişkili hastalıkları olanlarda prevalansı araştırılacaktır
26
Acinetobacter sp. VT-511
• Gastrik kanserli bir hastanın midesinden izole edilmiş
• Yeni bir Acinetobacter türü
• Çeşitli direnç genleri ve toksin kodlayan genlere sahip
27
Bacilli bacterium VT-13-104
• Duodenal kanserli hastaların barsaklarından izole edilmiş
• Çeşitli direnç genleri ve toksin kodlayan genlere sahip
• Antibiyotiklere dayanıklı sporlar üretmekte
• Gelecekte farklı kanser hasta grupları ile sağlıklı bireylerde ve
mikrobiyota ilişkili hastalıkları olanlarda prevalansı araştırılacaktır
28
Paenibacillus sp. VT-400/ Streptococcus sp.V-162
• Akut lösemili hastaların oral kavitesinden izole edilen ve spor oluşturan yeni
bakteri türleri
• Özellikle immünkompromize hastalarda pnömoni ve diğer fırsatçı
enfeksiyonlardan sorumlu
• Mortaliteyle seyreden dissemine enfeksiyon oluşturma kapasitesine sahip
• Ağız yıkamak/çalkalamak ile bakteri yükü azalmamaktadır
• Hematolojik hastalık gibi komorbiditesi olan riskli hastalarda yaşamı tehdit
eden enfeksiyonları tetikleyebilen ve patojenik bakteri genetik yapısına sahip
olduğu gösterilen mikroorganizmalar
29
30
31
A Dangerous 'Superbug' Fungus Is Spreading Through US Health Care Facilities
32
33
Candıda aurıs • Candida auris ilk defa 2009 yılında Japon bir hastanın dış kulak yolundan izole
edilmiş bir Candida türü
• Sonrasında Kore’de bu patojenin etken olduğu 15 otitis media olgusu bildirilmiş
• Bundan 2 yıl sonra da Güney Kore’de 3 fungemi izolatı olarak belirlenmiş
• Bunu Güney Afrika ve Hindistan olguları izlemiş
• Geriye dönük bakıldığında C.auris’in ilk izolasyonunun 1996 yılında Kore’de kandidemili bir pediyatrik cerrahi hastasının kanında ürediği gösterilmiş
• Fenotip olarak C.haemulonii’ye benzeyen, flukonazole dirençli, amfoterisin B ve ekinokandinlere değişken duyarlılığa sahiptir
34
Candıda aurıs • 2015 yılında CDC, Pakistan’da idrardan üreyen ve Saccharomyces olarak
adlandırılan patojenin de aslında C.auris olduğunu tespit etmiştir
• C. auris özetle 2009’dan sonra global olarak ortaya çıkan, invaziv
enfeksiyonlara neden olabilen ve çok ilaca dirençli olma özelliği olan bir maya
• Bu şekilde ortaya çıkışın nedeni net olmamamakla birlikte, yeni ve artan
antifungal kullanımı, hayvanlar, insanlar ve çevresel faktörlerin neden
olabileceği düşünülmektedir
35
• Bu etken hakkındaki araştırmalar ve direnç mekanizması ile ilgili
çalışmalar bu mikrororganizmanın yayılımını durdurma konusunda
oldukça yardımcı olacak
• C.auris Hindistan!daki yoğun bakım ünitelerinin kandidalarının %5 ini
oluşturmakta
• Burdanda anlaşılacağı gibi yaygınlaşma eğiliminde
• C.auris in hala nasıl rotaya çıktığı, klonal yayılması, küresel yayılımının
devam edip etmeyeceği, bulaş yolları, bulaşın engellenmesi için gerekli
olan tedbirler hakkında cevaplanmamış bir çok soru var
• C.auris son 7 yılda 3 kıtada tespit edildi
• Muhtemelen bu mikroorganizma çoktan beri o bölgede bulunuyordu
ancak tanımlanmamış ya da rapor edilmemiş
• Muhtemelen yeni bölgelerdede ileride ortaya çıkacak
• Çoklu ilaç direnci olan ve yüksek mortalite oranlarıyla ilişkili olan
C.auris global bir tehdit
• Bu etkene sekonder ortalama mortalite oranı %60
• Hastane içi toplam mortalite oranı ülkelere veya bölgelere göre şu
şekilde bildirildi; Pakistan’da %52, Hindistan’da %44, Güney Afrika’da
%46, Güney Amerika’da %72
UDS
• Bazı fungal enfeksiyonlarda, patojenin nadir olması, in vitro üremeyi
sağlamak için özel koşullar gerektirmesi ya da örnekte çeşitli türlerin bir
arada olması nedeniyle etken belirlenememekte
• Ultra-Deep Sequencing (UDS) tanılama yöntemi bu patojenlerin
belirlenmesi ve tedavinin yönlendirilmesi adına fayda sağlamakta
39
40
Basidiobolus meristosporus
• Bu yöntemle yakın zamanda tanınan bir fungal patojen
• Bu etkenle gastrointestinal basidiobolomikoz tanımlanmış
• Histopatolojik inceleme sonrası duyulan şüphe üzerine ve konvansiyonel
yöntemlerde tanıya ulaşılamaması nedeniyle UDS dayalı yaklaşımla,
hemikolektomi materyalinden etken gösterilmiştir
41
42