Transkriptiotekijöiden sitoutumisen mallintaminen

Transkriptiotekijöiden sitoutumisen

mallintaminenKandidaattiseminaari 5.5.2008

Janne Peltola

Central Dogma

DNA RNA mRNA

mRNAproteiini

Transkriptionohjaus

RNA:nmuokkaus

RNA:nkuljetus

Translaationohjaus

Proteiinienmuokkaus

proteiini

5.5.2008 2Transkriptiotekijöiden

sitoutumisen ennustaminen

Transkription ohjaus

tehostaja promoottori eksoni

ACGTTAGCAAA CCTTTAACCATTG GGGGATCATATA GGTTAACCTTAA

RNA-polymeraasi

5.5.2008 3Transkriptiotekijöiden

sitoutumisen ennustaminen

Transkription reunaehdot

Sopiva kemiallinen ympäristö Sekvenssi Metylaatio Sentromeerien sijainti

DNA:n laskostuminen Muut vuorovaikutukset

Muut tuman molekyylit

5.5.2008 4Transkriptiotekijöiden

sitoutumisen ennustaminen

DNA-piirre

Nukleotidien jakauma

Kuvaa tietylle molekyylille sopivaa sitoutumiskohtaa

A [ 7 9 4 0 16 7 0 6 0 0 6 0 ] C [ 8 0 2 15 0 0 15 0 0 10 0 0 ] G [ 1 7 10 1 0 9 1 0 16 6 0 16 ] T [ 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 10 0 ]

5.5.2008 5Transkriptiotekijöiden

sitoutumisen ennustaminen

Piirteiden löytäminen

Kokeilla saadaan tietyn molekyylin sitoutumiskohtien sekvenssit

Jos kohdan sekvenssi ei vastaa piirrettä, on todennäköisesti löydetty vuorovaikutussuhde

5.5.2008 6Transkriptiotekijöiden

sitoutumisen ennustaminen

Ennustaminen

Kokeiden perusteella saadaan matriisi Piirteiden frekvenssit eri alueilla

Matriisista nähdään eri piirteiden vaikutus alueen geenin ilmentymiseen

ABI4 Agamous AGL3 Ar Arnt-Ahr Arnt ARR10

AllSet35_05_102 1 6 6 3 1 NA 6

AllSet35_05_103 1 11 7 2 NA NA 1

AllSet35_05_1075 NA 6 7 3 NA NA 4

AllSet35_05_1076 2 7 4 3 1 NA 2

AllSet35_05_1077 1 10 3 NA 2 NA 2

AllSet35_05_1078 1 9 7 NA 1 NA NA

AllSet35_05_1079 6 9 4 2 2 1 3

AllSet35_05_108 3 7 11 NA 4 NA 2

5.5.2008 7Transkriptiotekijöiden

sitoutumisen ennustaminen

Päätöspuuryppäät

Päätöspuurypäs on joukko päätöspuita Määrä kompensoi prediktorin epästabiiliutta Rypäs ei yliopi

Rypäs tuottaa Ennustuksen Arvion eri muuttujien

vaikutuksestaennusteeseen

5.5.2008 8Transkriptiotekijöiden

sitoutumisen ennustaminen

Tulos

Luettelo eri piirteiden merkittävyydestä geenin ilmentymistasoon

Voidaan tehdä jatkokokeita sitoutuvatko nämä

molekyylit juuri ennustettuihin kohtiin

RUNX1 0,00251runt-related transcription factor 1 (acute myeloid leukemia 1; aml1 oncogene)

FOXF2 0,001855 forkhead box F2

MZF1_1.4 0,001577 myeloid zinc finger 1

Klf4 0,001435 Kruppel-like factor 4 (gut)

BRCA1 0,001331 breast cancer 1, early onset

hb 0,001198 hunchback

NR3C1 0,001121nuclear receptor subfamily 3, group C, member 1

GATA3 0,0011 GATA binding protein 3

Fos 0,001057v-fos FBJ murine osteosarcoma viral oncogene homolog

Arnt.Ahr 0,001051aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator bound with aryl hydrocarbon receptor

NHLH1 0,001038 nescient helix loop helix 1

NFIL3 0,001027 nuclear factor, interleukin 3 regulated

PBX1 0,000952 pre-B-cell leukemia homeobox 1

HNF4A 0,000908 hepatic nuclear factor 4, alpha

5.5.2008 9Transkriptiotekijöiden

sitoutumisen ennustaminen

Tiivistelmä

Biologinen koePiirteiden

löytäminen

Ennustus

Sitoutumiskohdat ja ilmentymistasot

frekvenssimatriisimahdollisiatranskriptiotekijöitä

5.5.2008 10Transkriptiotekijöiden

sitoutumisen ennustaminen