Upload
janne-peltola
View
638
Download
4
Embed Size (px)
DESCRIPTION
BioIT-kandidaattiseminaarissa pitämäni esitelmä transkriptiotekijöiden sitoutumiskohtien ennustamisesta Random Forest -algoritmilla.
Citation preview
Transkriptiotekijöiden sitoutumisen
mallintaminenKandidaattiseminaari 5.5.2008
Janne Peltola
Central Dogma
DNA RNA mRNA
mRNAproteiini
Transkriptionohjaus
RNA:nmuokkaus
RNA:nkuljetus
Translaationohjaus
Proteiinienmuokkaus
proteiini
5.5.2008 2Transkriptiotekijöiden
sitoutumisen ennustaminen
Transkription ohjaus
tehostaja promoottori eksoni
ACGTTAGCAAA CCTTTAACCATTG GGGGATCATATA GGTTAACCTTAA
RNA-polymeraasi
5.5.2008 3Transkriptiotekijöiden
sitoutumisen ennustaminen
Transkription reunaehdot
Sopiva kemiallinen ympäristö Sekvenssi Metylaatio Sentromeerien sijainti
DNA:n laskostuminen Muut vuorovaikutukset
Muut tuman molekyylit
5.5.2008 4Transkriptiotekijöiden
sitoutumisen ennustaminen
DNA-piirre
Nukleotidien jakauma
Kuvaa tietylle molekyylille sopivaa sitoutumiskohtaa
A [ 7 9 4 0 16 7 0 6 0 0 6 0 ] C [ 8 0 2 15 0 0 15 0 0 10 0 0 ] G [ 1 7 10 1 0 9 1 0 16 6 0 16 ] T [ 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 10 0 ]
5.5.2008 5Transkriptiotekijöiden
sitoutumisen ennustaminen
Piirteiden löytäminen
Kokeilla saadaan tietyn molekyylin sitoutumiskohtien sekvenssit
Jos kohdan sekvenssi ei vastaa piirrettä, on todennäköisesti löydetty vuorovaikutussuhde
5.5.2008 6Transkriptiotekijöiden
sitoutumisen ennustaminen
Ennustaminen
Kokeiden perusteella saadaan matriisi Piirteiden frekvenssit eri alueilla
Matriisista nähdään eri piirteiden vaikutus alueen geenin ilmentymiseen
ABI4 Agamous AGL3 Ar Arnt-Ahr Arnt ARR10
AllSet35_05_102 1 6 6 3 1 NA 6
AllSet35_05_103 1 11 7 2 NA NA 1
AllSet35_05_1075 NA 6 7 3 NA NA 4
AllSet35_05_1076 2 7 4 3 1 NA 2
AllSet35_05_1077 1 10 3 NA 2 NA 2
AllSet35_05_1078 1 9 7 NA 1 NA NA
AllSet35_05_1079 6 9 4 2 2 1 3
AllSet35_05_108 3 7 11 NA 4 NA 2
5.5.2008 7Transkriptiotekijöiden
sitoutumisen ennustaminen
Päätöspuuryppäät
Päätöspuurypäs on joukko päätöspuita Määrä kompensoi prediktorin epästabiiliutta Rypäs ei yliopi
Rypäs tuottaa Ennustuksen Arvion eri muuttujien
vaikutuksestaennusteeseen
5.5.2008 8Transkriptiotekijöiden
sitoutumisen ennustaminen
Tulos
Luettelo eri piirteiden merkittävyydestä geenin ilmentymistasoon
Voidaan tehdä jatkokokeita sitoutuvatko nämä
molekyylit juuri ennustettuihin kohtiin
RUNX1 0,00251runt-related transcription factor 1 (acute myeloid leukemia 1; aml1 oncogene)
FOXF2 0,001855 forkhead box F2
MZF1_1.4 0,001577 myeloid zinc finger 1
Klf4 0,001435 Kruppel-like factor 4 (gut)
BRCA1 0,001331 breast cancer 1, early onset
hb 0,001198 hunchback
NR3C1 0,001121nuclear receptor subfamily 3, group C, member 1
GATA3 0,0011 GATA binding protein 3
Fos 0,001057v-fos FBJ murine osteosarcoma viral oncogene homolog
Arnt.Ahr 0,001051aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator bound with aryl hydrocarbon receptor
NHLH1 0,001038 nescient helix loop helix 1
NFIL3 0,001027 nuclear factor, interleukin 3 regulated
PBX1 0,000952 pre-B-cell leukemia homeobox 1
HNF4A 0,000908 hepatic nuclear factor 4, alpha
5.5.2008 9Transkriptiotekijöiden
sitoutumisen ennustaminen
Tiivistelmä
Biologinen koePiirteiden
löytäminen
Ennustus
Sitoutumiskohdat ja ilmentymistasot
frekvenssimatriisimahdollisiatranskriptiotekijöitä
5.5.2008 10Transkriptiotekijöiden
sitoutumisen ennustaminen