Фокин А. Анализ и визуализация генных сетей

MirOB:

инструмент анализа генных сетей для

решения задач персонализированной

медицины

http://mirob.interactome.ru

Визуализция данных

Вначале была база данных

Надо бы это все визуализировать

Генная сеть TP53 на GraphViz

Много статичной и однородной

информации на одном экране.

Что делать?

Создали графическую и цветовую нотацию:

Опять инфохаос

Связали Ген-РНК-Белок-микроРНК в единые сущности

А что будет, если использовать открытые базы?

данных?ç

Еще улучшили графическую нотацию

Информация об узле Информация о ребре

Информация о генной сети

Все равно все очень сложно и непонятно.

Фильтры

Планируем добавить фильтры:

● Тканевая специфичность

● Cut-off по уровням экспрессии

● По сигнальным каскадам

● Другие

Колоректальный рак

Gene Ontology?

MirOB Ontology!

Cisplatin resistance gene network

Диаграмма уровней экспрессии микроРНК

Случайно уронили SNPPer

Лекартсва, действующие на мишени

MirOB -- инструмент анализа генных сетей

http://mirob.interactome.ru

Что дальше

● Динамическая визуализация генных сетей

● Градации по экспрессионным уровням на генной сети

● Анализ “сырых” данных NGS в облаке

● GWAS анализ

● База данных генных сетей для совместного обсуждения

● Распределенные вычисления

Полноценный workflow от загрузки любых данных, до

понятного отчета.

Александр Фокин, CEO MirOB

bifurc8@gmail.com

http://mirob.interactome.ru

+7 910 452 44 84