FDT + FNIRT - probabilisztikus traktográfia 2.

1

2

34a

5

6

1: a már feldolgozott, BedpostX-bedpostX könyvtár útvonala

2: SEED maszk. Esetünkben a Harvard-Oxford atlasz egy régiója.

3: A "seed space is not diffusion" kapcsoló beállitásával ÉS a NONLINEAR bekapcsolása jelzi azt, hogy nemlináris transzformáció történt (warp).

4: Két, ún. warp-field megadása kötelező. Az egyik a referenciaképet regisztrálja a diffúziós képhez, a másik ennek inverze (invwarp parancs).

ref2diff-warpdiff2ref-warp

(javasolt nomenklatura)

5: TARGET maszk megadása (itt: waypoint)

A TARGET maszkok listán történő

megadása is lehetséges, egy egyszerü text file szerkesztésével.

6: Traktográfia kimenő könyvtára..

Cél: Adott régióból inditott probabilisztikus traktográfia, standard atlasz terében. A standard atlaszhoz (MNI152 templát) történő regisztráció nem lineárisan történt, hanem a FNIRT algoritmussal (warping). Traktográfia SEED és TARGET között.

MÁSODIK OLDAL, OPTIONS

6

7

8

9

6: A traktográfia "pontossága": a kibocsájtott virtuális részecskék száma a seed maszk voxeleként.

Az alapérték 5000, ami a DTI-k átlagos voxelméretéhez, 2x2x2 mm-hez van kalkulálva. Amennyiben atlasz terében dolgozunk, ennél kisebb érték elégséges, pl. 1x1x1 mm esetén 500-1000 (1/8 térfogat).

7: loopcheck: a kibocsájtott tracer részecskék nem juthatnak vissza a seed maszkba.

8: Euler streamlining: pontosabb útvonalkövetés (ld. fsl web)

9: Use Distance Correction.Kvantitativ vizsgálatok esetén nem bejelölendő. A probabilisztikus traktográfia azon jelenségét védi ki, ami során a seedtől való távolság függvényében lecsökken a becsapódási valószinüség.

4b