Структура РНК

Рибонуклеиновая кислота

Матричная РНК

Транспортная РНК

Рибосомольная РНК

Малые интерферирующие ДНК

МикроРНК

Малые ядрышковые РНК

Вирусная РНК

Шпилька(стебель-петля)

Мультипетля(перекресток)

Выпяченная петля

Одиночная цепь

Внутренняяпетля

Двойная спираль(стебель)

Псевдоузел

Вторичная структура РНК

Представления вторичной структуры

Описания вторичной структуры

Алгоритм максимизации спаренных пар(Нуссинов)

𝑠 𝑖, 𝑗 = max

𝑠 𝑖 + 1, 𝑗

𝑠 𝑖, 𝑗 − 1

𝑠 𝑖 + 1, 𝑗 − 1 + 1, если 𝑖, 𝑗 − парные

max𝑖<𝑘<𝑗

𝑠 𝑖, 𝑘 + 𝑠 𝑘 + 1, 𝑗

𝑠 𝑖, 𝑗 = max

𝑠 𝑖 + 1, 𝑗

𝑠 𝑖, 𝑗 − 1

𝑠 𝑖 + 1, 𝑗 − 1 + 1, если 𝑖, 𝑗 − парные

max𝑖<𝑘<𝑗

𝑠 𝑖, 𝑘 + 𝑠 𝑘 + 1, 𝑗

Алгоритм максимизации спаренных пар(Нуссинов)

Задача – РНК выравниваниеНаписать программу, реализующую алгоритм Нуссинов нахождения оптимальной структуры РНК с помощью максимизации количества спаренных оснований..

Минимизация свободной энергии

Алгоритм минимизации энергии (MFE)

Реализации: unafold, RNAfold

В 1999 году появилась реализация для учета псевдоузлов (PKNOTS), время алгоритма увеличилось до O(N6).

Учет информации о других структурах - ковариация

Сделаем выравнивание нашей последовательности с известными структурами.

— заменяет 1 в алгоритме Нуссинов

— частота спаренных N1 и N2 в позициии i,j

— частота N1 и N2 в позициях i и j соответственно

State-of-the-art алгоритмы

Учитывают не только вторичную, но и третичную структуру.

Учитывают все пары, не только базовые.