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综合性设计性实验 -1. 生物基因组序列比对分析,分子进化 兔肝 DNA 的提取与二苯胺显色法测定 DNA 含量 目的基因 SNP 位点的鉴定及其意义. 此实验共包括如下三个部分 第一部分:生物基因组序列比对分析,分子进化 第二部分:兔肝 DNA 的提取和测定 第三部分:目的基因 SNP 位点的鉴定及其意义. 第一部分:生物基因组序列比对分析、分子进化. - PowerPoint PPT Presentation
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DNADNASNP-1
DNASNP
,,, (Comparative Genomics)GC%
cDNAsyntenycollinearity
tree of life
DNA
1
2Clustal X
3MEGAPHYLIPPAUPhttp://www.megasoftware.net/
4
DNA UV-120
DNA
0.15M0.15MDNA
DNA 1. 2. DNADNADNADNA
15% SDSSDSSDSCHCl3/IAA--DNACHCl3/IAA
10min95-10s1
DNADNA---r595nmml20400gDNA
8100595nmDNAg/ml.DNAUB10min, 595nmBDNA
220-320nm260nmA260/A280 A260/A280 1.8 DNA > 1.8 RNA < 1.8
3601000nm150400nm UV-120
UV-120UVHeatON10min0-100%T0% TABS 0-20% A
0.01N NaOH 260nm280nmA260/A280DNA
SNPSNP(single nucleotide polymophism) 1 % SNP SNP1000
SNPSNP SNP(coding SNP, cSNP)SNPSNP(regulatory SNP, rSNP)cSNPcSNP (synonymous cSNP)cSNP (non-synonymous cSNP)cSNPPRKCHcSNP(1425G/A)GA cSNP1(MDR1)3435 SNP(3435C/T)MDR1 mRNA mRNA SNP(GCKR)16 SNP(rs780094, T/C)CT2rSNPIFN-rSNP(-764G/C)C G IFN-g 2~3
SNP
NCBISNPFascinEzrinNGAL receptorSNPSNPSNPSNPSNPSNPSNP
P1