の使い方

基礎から学ぶ

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京都大学医学図書館

2016.5.23 一部更新

内容

• PubMedとは

• 基本編

– 文献を検索する・評価する・入手する・保存する

• 応用編

– 知っていると便利な検索ワザ！

1. MeSHを使って検索するには

2. Evidenceとなる文献を探すには

3. 特定の文献を簡単に探すには

4. 特定の検索を定期的に行うには

• もっとPubMedのことを知るには

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PubMedとは

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PubMedとは(1)

• 世界の主要な医学関連雑誌（5,635誌)に掲載された 学術論文情報2,500万件以上を調べることができる (2015.11現在)

• Webで無料公開(1997年～)

• 収録範囲・更新頻度

– 1946年～現在まで

– 週5日更新

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• 医学文献データベース「MEDLINE」がベース

（MEDLINE収録前・MEDLINE収録対象外のレコードも一部含まれている）

• アメリカのNLM(National Library of Medicine)にある NCBI(National Center for Biotechnology Information)が作成

※ PubMedはNLMの統合検索システム”Entrez”の一部

Q. 継続収録中の日本の雑誌は？ ・日本語の雑誌は69誌

・発行地が日本の雑誌は161誌 (2016.2現在)

PubMedとは(2)

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Point! 日本語の論文や1945年以前の論文は、PubMed以外のデータベース で検索しましょう。

検索対象

– 1946年～

– 医学関連分野に特化

– 引用情報は収録なし

cf. Web of Science

検索言語

– 英語

– 収録データのうち、 英語論文が９割

cf. 医中誌Web

利用上の注意（電子リソースの利用にあたって）

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禁止事項

• 個人利用の範囲を超えた大量ダウンロードはできません

- プログラム等を使った一括大量ダウンロード

- 特定の雑誌の巻号をまとめてダウンロード

• 個人利用以外の利用

• データの複製・改変・再配布

「友人に電子ジャーナルのPDF

をメール送信」はダメ！

不正利用とみなされると･･･

• 京都大学全体が利用制限、利用停止などのペナルティを

課せられることがあります

• 出版社との契約に違反すると、損害賠償の恐れもあります

基本編

文献を検索する・評価する・入手する・保存する

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文献検索～利用までの基本ステップ

1. 検索

• キーワードを選ぶ

• PubMedを検索する

2. 評価 • 求める検索結果が出ているか確認する

3. 入手 • 文献の本文を入手する

4. 保存

• 必要な文献情報をメモ・印刷・メールする

• 文献管理ツールなどに保存する

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PubMedにアクセスする

京大外からアクセス http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

京大内からアクセス → ログインが必要です

「PubMed京大専用入口」が便利です http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=ijpktolib

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=ijpktolib [2016.5.23変更]

①京大医学図書館サイトの「PubMed@京大」からアクセス

②認証画面が表示されたらSPS-IDまたはECS-IDとパスワードでログインする 9

京大Article Linker(p.23)は使えません

Step1：例 題 ①

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「出生前診断」に関する

文献を調べてみよう

Step1：検索語の英訳を調べよう

ライフサイエンス辞書：

通常のWeb翻訳サービスでは翻訳しにくい医学関連用語の英訳に役立つオンライン辞書です。

http://lsd-project.jp/cgi-bin/lsdproj/ejlookup04.pl

※ 京都大学薬学部の金子先生が代表の 研究プロジェクトで作成されています

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Step1：検索(1)：キーワード検索

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途中まで打ち込むと 予測変換が出てきます

キーワード(prenatal diagnosis)を入力してSearch

1 2

Step1：検索(2)：キーワード検索

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検索結果一覧を確認しよう

オンライン速報版（まだ巻号ページ付けがない）

著者名

雑誌名

論文名

著者名

雑誌名

論文名

年 月 日 ; 巻(号):ページ

Step1：検索(3)：検索のルール

1. 曖昧な語の検索：前方一致検索 ＝ 語尾に「*」をつける 例： pollin* = pollinosis , pollinotic , pollination …… ※PubMedでは中間一致検索・後方一致検索はできません

2. 熟語の検索：ダブルクォーテーション「”」でくくる 例：”gastric cancer” / “quality of life”

3. 著者名の検索：姓はフルネーム、ファーストネームと ミドルネームはイニシャルで入力 例：Smith R / yamanaka s ※2002年以降出版の文献はフルネームで検索可能

4. 雑誌名の検索：完全な雑誌名でも略誌名でもOK 例：「BMJ」でも「british medical journal」でも同じ結果

5. キーワードや条件の掛け合わせ（論理演算）

• 検索フィールドをタグで指定 例：文献が記述された言語を指定するタグ：Japanese[LA]

• 「AND」「OR」などでつなぐ（スペースで区切ると自動的にAND検索）

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タグは小文字でもOK

例：japanese[la]

検索のルールを確認しておこう

Step1：検索(4)：絞り込み「Filter」

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2

1

検索を一度リセットしたいときは、フィルターを解除しよう (Clear all かフィルターを再度クリックして解除)

出生前診断に関する、なるべく新しい概説的な論文を調べたい

＋「レビュー（概説）」の「最近5年間」に絞り込む

フィルター

フィルターの種類を追加するには、Show additional filtersを

Step1：検索(5)： PubMed検索の裏側：Search Details

下にスクロール

検索式を見てみよう

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Step1：検索(6)： PubMed検索の裏側：Search Details

検索式を見てみよう

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実行された検索式は、Search Details から確認できます。

FilterやAdvancedを使えば、[タグ]や論理演算(ANDやOR)を意識しなくても簡単に検索式が作れますが、どんな検索式

で検索しているのかを意識すると、検索の精度が上がります。

Step1：例 題 ②

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「出生前診断(prenatal diagnosis)」に

関する最近5年間のレビュー論文の中から

「ダウン症(down syndrome)」

に関連するものに絞り込もう

Step1：検索(7) ：Advancedを使った検索

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ダウン症(down syndrome)を入力してSearch→Advancedをクリック

2 3

Clear allでフィルターを 解除しておきます

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1

Step1：検索(8) ：Advancedを使った検索

検索履歴を組み合わせよう

2

4

↑下のBuilderやHistoryの式が自動反映されます

1

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Step1：検索(9) ：Advancedを使った検索

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出生前診断に関する最近5年分のレビュー論文のうち ダウン症に関するものが検索できました

Step2：評価(1)：抄録・本文を読んでみよう(一覧画面で)

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表示形式の変更

検索結果一覧の表示形式を変えてみよう

FormatをデフォルトのSummaryからAbstractに変更してみよう。

Abstract形式なら一覧のまま抄録や本文リンクアイコンが確認できる。

Step2：評価(2)：抄録・本文を読んでみよう(詳細画面で)

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本文へのリンク

個々の論文のレコード詳細を確認しよう

本文が読みたいときは、画面右上の リンクアイコンをクリックしよう

1.本文が無料で読めるリンク

例：

“FREE”や“OPEN ACCESS”が目印

1.がなければ

2.京大で読める電子ジャーナル へのリンク 京大アーティクルリンカー

このアイコンはPubMed京大専用URL

からアクセスしたときにだけ表示されます

Step3：入手(1)：本文を入手 電子ジャーナルで読める場合

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画面左側に電子ジャーナルの画面が表示されます。

本文を入手するには「PDF」「本文」「Fulltext」

をクリックしてみてください。

電子ジャーナルの画面が出たら、「PDF」「本文」などから入手しよう

Step3：入手(2)：本文を入手 電子ジャーナルがない場合

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リンクが失敗する場合 「電子版が利用できない」場合

1

2

まずここを変えてみる

ダメなら役立つリンクをクリック

1

2

電子ジャーナルで読めない場合は

① KULINE で学内に紙媒体がないか確認します

→紙媒体があれば、所蔵する図書館でご覧ください

② 離れたキャンパスや学外から文献を取寄せたい場合

はMyKULINEからお申込みください

Step4：保存(1)： Clipboardに結果を保存

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Send toメニュー

検索結果をClipboardに一時的に保存しておこう

Clipboardには最大500件まで検索結果を保存できます。

検索終了後8時間経つと、自動的に消去されます。

検索を何度も行うときは、必要なレコードをClipboardに一時的に保存し、最後にまとめてメールやダウンロードすると便利です。

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Step4：保存(2)：検索結果をメール送信する

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必要な検索結果を自分宛にメールしておこう

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Step4：保存(3)：文献管理ツールに保存する

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■文献管理ツールとは？・・・文献管理・論文執筆支援のツール！

• 論文執筆に必要な文献を効率よく蓄積・管理できる

• 論文リストを複数名で共有できる

• 論文の引用文献リストを簡単に作成できる

名称 概要 料金

EndNote Basic ウェブ上で使う文献管理ツール。 “Web of Science”と連動利用できる。

京大構成員は無料 （要アカウント作成）

EndNote (CD-ROM版)

デスクトップで使う文献管理ツール。文献情報にPDFを添付するといった機能が使える。

有料 （生協等で購入可能）

RefWorks ウェブ上で使う文献管理ツール。論文リストのグループ共有機能が利用できる。

京大構成員は無料 （要アカウント作成）

代表的な文献管理ツール

他にも、 Mendeley（無料） Zotero（無料）Papers（有料）など 様々な文献管理ツールがあります。

必要な文献情報を文献管理ツールに保存しておこう！

Step4：保存(4)：文献管理ツールに保存する

必要な文献情報を文献管理ツールに保存しておこう！ (例：EndNote Basic) ※あらかじめEndNote Basicでアカウントを作成し、ログインしておく必要があります

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EndNote Basicのアカウントとパスワード 29

Step4：保存(5)：文献管理ツールに保存する

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文献管理ツールで保存した文献情報を確認しよう(例：EndNote Basic)

PubMedの文献情報がとりこまれました

文献検索～利用の基本ステップまとめ

1. 検索

2. 評価

3. 入手

4. 保存

• 基本は検索窓からキーワード検索！

• 検索結果の絞り込みは”Filter”

• より詳細な検索式は”Advanced”

• 表示形式を変更できる

• 標準はSummary形式

• 抄録付きはAbstract形式

• 京大ArticleLinkerをクリック！

• 電子ジャーナルがあればリンクを たどって全文を入手

• なければ冊子体を探す・複写申込

• “Send to”から

Clipboardやメール、

文献管理ツールに

保存できる

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Let’s Try! – 基本編

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エボラ出血熱に関する論文のうち、

“Lancet”という雑誌に掲載されたレビュー論文を探してください。

• PubMedで検索し、適切な文献に絞り込んでください。

• 検索結果のレコードをClipboardに一時保存してください。

• Abstractを見ながら1件選び、文献の全文PDFを入手してください。

検索のHint!

• キーワード：

• エボラ出血熱 （英語はライフサイエンス辞書などでチェック）

• 絞り込み条件

• レビュー

• 掲載雑誌名：

• Lancet

Let’s Try! – 基本編 検索例

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1. 「Ebola hemorrhagic fever 」でキーワード検索

2. 画面左の“Filter”のArticle typesをReviewに指定

3. “Advanced”から Advanced Search Builderを使い、

以下の検索式を作る

4. Journalを”Lancet”に指定 (式には“Lancet”[Journal]と出る)

5. Historyから、手順2と手順4で行った検索履歴を指定し、

「AND」で掛け合わせる

・検索式の例： ("Lancet"[Journal]) AND #2

他にも、以下のような方法もあります：

• タグなどを用いて検索式を立て、直接検索： ("Lancet"[Journal]) AND (Ebola hemorrhagic fever AND Review[ptyp])

• Advance SearchのSearch Builderですべての条件を入れて「AND」でつなぐ

応用編

PubMedをもっと使いこなすために

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知っていると便利な検索ワザ！

1. MeSHを使って検索するには

2. Evidenceとなる文献を探すには

3. 特定の文献を簡単に探すには

4. 特定の検索を定期的に行うには

検索ワザ1： MeSHを使って検索するには①

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MeSHでdown syndromeを検索してみよう

2 1 3

4

検索ワザ1： MeSHを使って検索するには②

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用語の定義

「Down Syndrome」の定義。

同義語｜Entry Terms これらの用語でキーワード検索すると

「Down Syndrome」という言葉に 結びつけられます。

Mesh Termsの階層構造: 上位概念や下位概念を確認できます。

サブヘディング｜Subheading

組み合わせて検索に使える共通概念

例：therapy (治療)

nursing (看護) diagnosis (診断) など

検索ワザ1： MeSHを使って検索するには③

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1

3

2

MeSHを使って、ダウン症の診断(diagnosis)に関する文献を探そう！

検索ワザ1： MeSHを使って検索するには④

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MeSHを使って文献が検索できました

論文のタイトルをクリックして 詳細画面をみてみよう

検索ワザ1： MeSHを使って検索するには⑤

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論文データの詳細画面で、MeSH Termsを確認しよう

1

2

非表示になっているので、クリックして表示させよう

MeSH Termsに付与されたキーワードをみれば、文献がどんなテーマを扱っているかが分かる。

＊がついているものがMajor Topic

検索ワザ1： MeSHを使って検索するには⑥

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MeSH検索の強みと弱みを知っておこう

• 確実にテーマに合った文献を

拾い上げることができる

• ノイズ(関係のない文献)を減らすことができる

MeSH検索の「強み」 MeSH検索の「弱み」

• 新しい文献には付与されていない場合がある(検索漏れが生じる)

• 固有名詞や医学用語でない言葉はMeSHにない場合がある

同じ意味を表す言葉が複数あるときは、MeSH検索だけでなく、キーワード検索を併せて行うと検索漏れを減らすことができる。

例：down syndrome OR down’s syndrome

prenatal screening is…

trimester screening

New method for…

…down’s syndrome…

Maternal blood test…

検索ワザ2：Evidenceとなる文献を探すには①

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Clinical Queries：

– 主に臨床医学領域の文献検索を想定した検索機能

– 入力したキーワードについて、比較的根拠の確かな 文献に絞って検索できる

– 3つの検索フィルター

• Search by Clinical Study Category：臨床研究の分野による検索

• Find Systematic Reviews ：システマティックレビューの検索

• Medical Genetics Searches ：遺伝学関係の文献検索

Q ：あるテーマについて、エビデンスとなる文献を簡単に探すには？

A1：「Clinical Queries」を使うと、簡単にEBM文献を検索できます。

A2：FilterのArticle types(文献タイプ)をエビデンスレベルが高いとされる 研究デザインに限定します。

例：Meta-Analysis (メタアナリシス) Systematic Reviews (システマティックレビュー) Randomized Controlled Trial (ランダム化比較試験)

検索ワザ2：Evidenceとなる文献を探すには②

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Clinical Queriesで、ダウン症（down syndrome）に関する文献を探そう！

1

2 3

検索ワザ2：Evidenceとなる文献を探すには③

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Medical Genetics:

遺伝学関連文献を検索

Topicで絞り込める • Diagnosis

• Differential Diagnosis

• Clinical Description

• Management

• Genetic Counseling

• Molecular Genetics

• Genetic Testing

Systematic Reviews: メタアナリシス、 Evidence-Based Medicine、臨床試験のレビュー、コンセンサス形成会議、ガイドラインなど、 システマテックレビューに関連があると思われる文献を検索

Clinical Study Categories:

臨床研究のカテゴリーを選んで検索

Category • Etiology (病因)

• Diagnosis (診断)

• Therapy (治療)

• Prognosis (予後)

• Clinical prediction guides (臨床予見指針)

Scope • Broad (より幅広い検索)

• Narrow (より限定的な検索)

検索ワザ3：特定の文献を簡単に探すには①

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Q：著者名、出版年、掲載誌が分かっている文献を簡単に探すには？

A：「Single Citation Matcher」が便利です。

PubMedトップページ Single Citation Matcher

をクリック！

検索ワザ3：特定の文献を簡単に探すには②

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分かっている情報を入力 • Journal：cell • Date：2007 • Author name：yamanaka s →「Search」をクリック！

山中伸弥教授のiPS細胞に関する論文をPubMedで探そう！2007年雑誌”Cell”に掲載

検索ワザ4： 特定の検索を定期的に行うには①

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Q：検索のテーマはいつも決まっています。

以前に調べた文献より新しいものを網羅的に調べたいのですが。

A：「My NCBI」によく使う検索式を登録しておくと、

登録した検索の結果を定期的にメールで受け取ることができます。

あらかじめMy NCBIのアカウントを作成し、ここからSign inしておくとスムーズです。

よく使う検索式をMyNCBIに保存しよう。（要アカウント作成）

登録した検索式で自動的に検索し、新しい文献があればメールが

届くように設定してみよう。

検索ワザ4： 特定の検索を定期的に行うには②

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1

2

3

① ログインした状態で 保存したい検索を行った後、 Create alertをクリック

② 必要であればそのままメールアラートの設定（送信頻度・形式など）を登録

③ Save

④ 定期的に登録した検索式で 検索される。 新しい文献がヒットすると、結果がメールで届く！

知っていると便利な検索ワザ！まとめ

1. MeSH

2. Clinical Queries

3. Single Citation Matcher

4. MyNCBI（要アカウント登録）

MeSHの階層構造＋統制語を使って、精度の高い検索が可能。 自然語検索も合わせて行いましょう。

3つの検索フィルターで、簡単・効率的にEBM文献を検索できる。

出版年や雑誌名、著者名などが分かっている特定の文献を一発で

探したいときに便利なツール。

検索式を保存できる。また保存した検索式で自動的にPubMedを

検索し、新しい文献があればメールで届くように設定できる。

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Let’s Try! – 応用編

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2010年以降に出された、花粉症の治療に関するエビデンスレベルの高いEBM文献を探しましょう。

（検索のしかたはひとつではありません）

検索のHint!

• キーワード：

• 花粉症

• カテゴリー：

• 治療

• 絞り込み条件

• 2010年以降に刊行

Let’s Try! – 応用編 検索例

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検索例1：Clinical Queries ＋ Filter 1. Clinical Queriesの検索ボックスに”hayfever”と入力

2. Clinical Study CategoriesのCategoryを”Therapy”に指定 (例としてScopeはBroadを選びます)

3. Resultsの下にある「See all」をクリック

4. 画面左Filterで出版年を2010年以降に指定 Publication dates ＞ Custom range ＞ 2010 01 01 to

検索例2：MeSH ＋ Filter 1. “hayfever”でMeSHを検索

→ “Rhinitis, Allergic, Seasonal”がヒットする

2. Subheadings「治療」に関連する「therapy」に☑

3. Add to Search Builder > Search PubMed

4. 文献の種類(Article types)を「Meta-Analysis」「Randomized Controlled Trial」「Systematic Reviews」等に指定

5. 画面左Filterで出版年を2010年以降に指定

もっとPubMedのことを知るには

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• “PubMed Help” http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/,

(accessed 2015-06-16).

• “ PubMed Tutorial“ http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmed.html, (accessed 2015-06-16).

• 岩下愛、山下ユミ. 図解PubMedの使い方 : インターネットで医学文献を探す. 改訂第6版, 日本医学図書館協会, 2013.

• シソーラス研究会. MeSH入門.一般社団法人 情報科学技術協会, 2013.

• レファレンスガイド – PubMedの使い方（基礎編）http://www.kulib.kyoto-u.ac.jp/modules/refguide/docs/RefGuide_PubMed_basic.pdf, (accessed 2015-06-16)