A-I – Základní informace o žádosti o akreditaci · Mäsožravé rastliny si v priebehu evolúcie vytvorili schopnosť vábiť a tráviť živočíšnu korisť. Pretože syntéza

1/113

A-I – Základní informace o žádosti o akreditaci Název vysoké školy: Univerzita Palackého v Olomouci

Název součásti vysoké školy: Přírodovědecká fakulta

Název spolupracující instituce: -

Název studijního programu: Biofyzika

Typ žádosti o akreditaci: udělení oprávnění uskutečňovat studijní program

Schvalující orgán: Rada pro vnitřní hodnocení UP

Datum schválení žádosti:

• Vědecká rada PřF UP – schválení návrhu žádosti o udělení oprávnění uskutečňovat studijní program: …..

• Rada pro vnitřní hodnocení Univerzity Palackého v Olomouci – schválení žádosti o udělení oprávnění uskutečňovat studijní program: …..

Odkaz na elektronickou podobu žádosti: UPShare: portal.upol.cz

Odkazy na relevantní vnitřní předpisy: UPShare: portal.upol.cz

ISCED F: 0533

2/113

B-I – Charakteristika studijního programu Název studijního programu Biofyzika Typ studijního programu doktorský Profil studijního programu akademicky zaměřený Forma studia Prezenční, kombinovaná Standardní doba studia 4 roky Jazyk studia Čeština Udělovaný akademický titul Ph.D. Rigorózní řízení Udělovaný akademický titul Garant studijního programu doc. RNDr. Dušan Lazár, Ph.D. Zaměření na přípravu k výkonu regulovaného povolání

Ne

Zaměření na přípravu odborníků z oblasti bezpečnosti České republiky

Ne

Uznávací orgán

Oblast(i) vzdělávání a u kombinovaného studijního programu podíl jednotlivých oblastí vzdělávání v % Fyzika Cíle studia ve studijním programu Cílem doktorského studijního programu Biofyzika je příprava vysoce kvalifikovaných odborníků v oblasti výzkumu biologických procesů, kteří ovládají principy i aplikaci optických, luminiscenčních, mikroskopických, gazometrických, analytických a biochemických metod. Doktorské studium vede studenty k detailnímu pochopení fyzikální podstaty vybraných jevů a procesů v živé přírodě z oblasti fotosyntézy a stresu rostlin, reaktivních forem kyslíku v živých systémech, strukturně-funkčních vlastností nukleových kyselin a proteinů, lidský hlas a funkce hlasivek a z oblasti nanomateriály pro spektroskopickou detekci biomolekul. Studium a vědecká příprava jsou směrovány k dosažení maximální adaptability a kreativity při řešení koncepčních otázek a problémů teoretického i aplikačního charakteru. Dalším cílem studia je tedy naučit studenty definovat a vysvětlit problém, navrhnout možná řešení problému, včetně použití experimentálních metod k tomu určených, zrealizovat měření a vyhodnotit výsledky, pracovat s vědeckými databáze, psát odborné texty a ústně prezentovat a popularizovat výsledky své práce a svého pracoviště. Cílem je také nabytí zkušeností a praktických pracovních dovedností během absolvování až tříměsíční zahraniční stáže a stáže u potenciálního zaměstnavatele v ČR a dále nabytí zkušeností s výukou a s vedením závěrečných prací studentů bakalářského a magisterského studia. V neposlední řadě je cílem také naučit studenta odborně komunikovat v anglickém jazyce. Profil absolventa studijního programu Biofyzika je hraničním oborem mezi fyzikou, biologii, chemií a matematikou, který díky své multidisciplinaritě poskytuje komplexní pohled na procesy probíhající v živých systémech. Pod vedením svého školitele a konzultanta disertační práce nabude absolvent doktorského studia biofyziky velmi detailní znalosti tématu své disertační práce, které může být zvoleno z oblasti fotosyntézy a stresu rostlin, reaktivních forem kyslíku v živých systémech, strukturně-funkčních vlastnosti nukleových kyselin a proteinů, lidský hlas a funkce hlasivek a z oblasti nanomateriály pro spektroskopickou detekci biomolekul. Kromě toho absolvent bude také velmi dobře rozumět podstatě důležitých procesů probíhajících v živých organismech a bude mít teoretické znalosti principů měření moderních fyzikálních metod, jako jsou metody optické, luminiscenční, mikroskopické, gazometrické, analytické a biochemické, včetně praktické zkušenosti s těmito metodami. Absolvent bude umět plánovat samostatnou výzkumnou činnost, zpracovávat grantové projekty, formulovat vědecké cíle takových projektů a hledat a použít teoretické a experimentální metody k jejich řešení. V rámci toho také nabude dovednosti ve vyhledávání zdrojů vědeckých informací v časopisech a databázích. Prohloubí své dovednosti ve zpracování literárních rešerší, naučí se kriticky hodnotit výsledky vlastní i závěry jiných autorů. Absolvent bude umět psát odborné texty a ústně prezentovat a popularizovat výsledky své práce. Během absolvování zahraniční stáže absolvent také získá znalosti o průběhu výzkumu na zahraničním pracovišti a nabude praktické pracovní zkušenosti během absolvování stáže u potenciálního zaměstnavatele v ČR. Absolvent bude mít i zkušenosti s pedagogickou činností v rámci zapojení do výuky v bakalářském a magisterském studiu a získá manažerské dovedností díky vedení bakalářských a diplomových prací. Důležitým prvkem doktorského studia je i zvládnutí schopnosti odborně komunikovat v anglickém jazyce. Zmíněné nabyté dovednosti a zkušenosti zvýší

3/113

pravděpodobnost uplatnění absolventa v multidisciplinárních vědeckovýzkumných týmech v ČR i v zahraničí.

Pravidla a podmínky pro tvorbu studijních plánů Každý student v doktorském studijním programu studuje na základě individuálního studijního plánu, který plánem sestavuje a každoročně aktualizuje školitel spolu se studentem. Individuální studijní plán doktorského studia stanoví časovou a obsahovou posloupnost studijních aktivit (zejména výběr a termín absolvování jednotlivých povinných a povinně volitelných předmětů), formu studia těchto studijních aktivit a způsob ověřování studijních výsledků studenta doktorského studia. Individuální studijní plán rovněž specifikuje rámcově vymezené téma vědeckého bádání studenta v souladu s tématem jeho dizertační práce, a případné studium a praxe na jiných pracovištích, včetně zahraničních. Individuální studijní plán doktorského studia a jeho případné úpravy schvaluje předseda oborové komise a jeho plnění je každoročně kontrolováno a projednáváno na pravidelných zasedáních oborové komise. V individuálním studijním plánu může být ustanoven konzultant disertační práce, který se spolu se školitelem bude podílet na vědecké výchově studenta a který bude studentovi předávat specifické odborné znalosti a dovednosti klíčové pro úspěšnou realizaci jeho plánovaných výzkumných aktivit. Doktorské studium probíhá v kreditovém systému ECTS a nastavená struktura předmětů motivuje studenty do zapojení v rámci širších vědecko-pedagogických aktivit, které přispívají k jejich vědecké výchově. Studijní plán je konstruován v souladu s pravidly kreditového systému, kdy kromě bloku povinných předmětů si studenti vybírají ze 3 bloků povinně volitelných předmětů, kdy pro každý blok povinně volitelných předmětů je stanovený minimální limit na požadovaný počet dosažených kreditů. Studijní povinnosti jsou rozepsané níže v části B-IIb a detailní studijní plán je uvedený níže na konci části B-II. Podmínky k přijetí ke studiu Pro studium doktorského oboru biofyzika je doporučené absolvování navazujícího magisterského studia přírodovědného, matematicko-fyzikálního, nebo lékařského směru univerzity nebo vysoké školy. Student je doporučený ke studiu přijímací komisi na základě přijímacího pohovoru, ve kterém student demonstruje znalosti související s tématem disertační práce a postupů a metod pro jeho řešení. Přijímací komisi tvoří garant oboru (doc. Lazár), budoucí školitel doktoranda a minimálně 2 další členové Katedry biofyziky, kteří mají právo školit doktorandy. Je provedena také orientační zkouška znalosti anglického jazyka formou čtení odborného anglického textu a jeho překladu do češtiny. O přijetí rozhoduje děkan na základě doporučení komise. Návaznost na další typy studijních programů Studium přímo navazuje na navazující magisterské programy oblasti vzdělávání Fyzika, zvláště pak programy Biofyzika a Molekulární biofyzika. V doktorském studiu v programu Biofyzika je možné pokračovat i po absolvování jiných programů blízkého zaměření (viz podmínky přijetí). To je předmětem přijímacího řízení, kdy komise zjišťuje připravenost a odborné předpoklady kandidáta pro vědeckou práci. To, že studenti nejsou vybírání jen z řad absolventů navazujícího studia Biofyziky a Molekulární biofyziky zajišťuje významný mezioborový překryv, který je důležitý pro vědeckou výchovu a rozvoj oboru.

4/113

B-IIb – Studijní plány a návrh témat prací (doktorské studijní programy) Studijní povinnosti Povinné předměty zahrnují zejména nosný předmět Disertační práce 1-4, který zastřešuje výzkumnou činnost studenta směřující ke zpracování jeho dizertační práce. Tyto předměty jsou studentům uznávány garantem oboru po dohode se školitelem, který njelpépe ví, jak student na disertační práci pracoval. Do bloku povinných předmětů dále patří vypracování rešerše na téma disertační práce, a to v prvním roku studia a dále pak vypracovaní tezí disertační práce, ktereé jsou nezbytné pro príhlášení se na státní doktorsokou zkoušku. Do povinných aktivit patří i zahraniční vědecko-výzkumná stáž o délce jednoho měsíc, tři prezentace doktoranda v anglickém jazyce na odborných seminářích na školícím pracovišti a prezentace vědeckých výsledků studenta na konferenci (vývěska nebo přednáška). Výběrem z povinně volitelných aktivit spojených s jazykovou přípravou, student musí prokázat znalost anglického jazyka. Podle specializace realizované disertační práci si student po dohodě se školitelem zvolí nejméně 4 předměty z nabídky povinně volitelných oborových předmětů. Dalším blokem povinně volitelných aktivit je publikační činnost studenta. Poslední blok předmětů pak zahrnuje volitelné předměty, jež pokrývají aktivity studentů v oblasti popularizace vědy, prezentace výsledků, vedení a oponování kvalifikačních prací, stáž u potenciálního zaměstnavatele, ale i nadstandardní publikační činnost. Požadavky na tvůrčí činnost Během doktorského studia musí být student prvním autorem dvou publikaci v časopise s nenulovým IF, nebo prvním autorem jedné publikace v časopise s nenulovým IF a spoluautorem dalších dvou publikací v časopise s nenulovým IF. Časopisy s nenulovým IF jsou uvedené v databazi JCR WOS. Požadavky na absolvování stáží Student musí během studia absolvovat zahraniční stáž v celkové délce trvání alespoň 1 měsíc.

Další studijní povinnosti Mezi další povinnosti patří v návaznosti na konstrukci individuálního studijního plánu studenta aktivní účast na vědecko-pedagogických aktivitách školicího pracoviště, zvláště pak zapojení ve vedení a oponování kvalifikačních prací studentů bakalářského a navazujícího studia, a zapojení v popularizačních aktivitách. Státní doktorská zkouška Složení státní doktorské zkoušky není kreditově hodnoceno. Podmínky pro podání přihlášky a průběh státní doktorské zkoušky jsou stanoveny vnitřním předpisem č. A-10/2011-ÚZ03 „Studijní a zkušební řád Univerzity Palackého v Olomouci“ a vnitřní normou č. PřF-B-18/04 „Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci, kterým se se upravuje organizace doktorského studia v kreditovém systému v rámci Institucionální akreditace na Přírodovědecké fakultě UP“. Státní doktorská zkouška se uskutečňuje jako vědecká rozprava, přičemž odborně navazuje na téma disertační práce a souvisí s náplní povinně volitelncáýh oboroých předmětů, které studnet absolvoval během doktorského studia. Obhajoba disertační práce Obhajoba disertační práce není kreditově hodnocena. Podmínky pro podání přihlášky, jmenování komise pro obhajobu a vlastní průběh obhajoby disertační práce jsou stanoveny vnitřním předpisem č. A-10/2011-ÚZ03 „Studijní a zkušební řád Univerzity Palackého v Olomouci“ a vnitřní normou č. PřF-B-18/04 „Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci, kterým se se upravuje organizace doktorského studia v kreditovém systému v rámci Institucionální akreditace na Přírodovědecké fakultě UP“. Návrh témat disertačních prací a témata obhájených prací

Nově navrhovaná témata disertačních prací Téma: Ochranný elektronový transport v tylakoidních membránách Anotace: Fotosyntetický přenos elektronů v tylakoidních membránách chloroplastů směřuje obvykle k asimilaci CO2. Za podmínek, kdy Calvinův cyklus není schopen elektrony využít k asimilaci CO2 (zavřené průduchy rostlin, neaktivované enzymy Calvinova cyklu, …), jsou tyto „fotosyntetické“ elektrony nadbytečné a také pro tylakoidní membrány nebezpečné. Evolučně nižší (nekvetoucí) rostliny se jich zbavují například formou enzymatické reakce s kyslíkem. Práce bude zaměřena na studium různých forem ochranného (alternativního) elektronového transportu spojených s redukcí molekulárního kyslíku při náhlé změně světelných podmínek.

5/113

Školitel: prof. RNDr. Petr Ilík, Ph.D. Téma: Strukturní změny fotosyntetického aparátu při optimalizaci konverze světelné energie u rostlin a řas Anotace: Jak suchozemské rostliny, tak i vodní řasy, mají schopnost optimalizovat fotosyntetickou aktivitu při různých okolních podmínkách. Na úrovni tylakoidní membrány je tato optimalizace doprovázena specifickými strukturními změnami fotosyntetického aparátu. Charakterizace těchto strukturních změn pomocí elektronové mikroskopie a obrazové analýzy pomůže lépe porozumět mechanismu aklimace fotosyntetických organizmů na měnící se vnější podmínky. Školitel: RNDr. Roman Kouřil, Ph.D. Téma: Strukturní charakterizace proteinů buněčného jádra rostlin pomocí elektronové mikroskopie Anotace: Jaderné proteiny hrají důležitou roli v uspořádání DNA v buněčném jádře, kde se dále podílí na celé řadě procesů jako např. replikace a reparace DNA nebo regulace genové exprese. U rostlin je problematika funkce jaderných proteinů stále značně neprobádána. Biochemická charakterizace a strukturní analýza vybraných proteinových komplexů/superkomplexů pomocí elektronové mikroskopie pomůže lépe porozumět jejich funkci v biochemických a genetických procesech uvnitř buněčných jader rostlin. Školitel: RNDr. Roman Kouřil, Ph.D. Téma: Signálne dráhy mäsožravých rastlín Anotace: Mäsožravé rastliny si v priebehu evolúcie vytvorili schopnosť vábiť a tráviť živočíšnu korisť. Pretože syntéza tráviacich enzýmov je pomerne energeticky náročná, mäsožravé rastliny si vytvorili schopnosť ako ich syntézu regulovať. Dôležitú úlohu v tomto procese zohrávajú elektrické signály a fytohormóny zo skupiny jasmonátov, čím sa táto signálna dráha nápadne podobá obranným reakciám rastlín. Cieľom dizertačnej práce bude sledovať, aké stimuli dokážu túto signálnu dráhu aktivovať a ako je táto signalizačná dráha rozšírená u rôznych fylogeneticky nepríbuzných vývojových líniach masožravých rastlín. Školitel: doc. Mgr. Andrej Pavlovič, Ph.D. Téma: Studium struktury, funkce a molekulárních interakcí membránových ATPáz Anotace: Membránové ATPázy zajišťují transport látek přes buněčnou membránu a hrají tedy zásadní roli v buněčném metabolismu. Cílem práce bude studium struktury a funkce vybraných enzymů a také analýza interakcí s molekulami, které mohou fungování enzymu ovlivnit. Přitom budou využity techniky molekulární biologie, biochemie a spektroskopické metody. Školitel: doc. RNDr. Martin Kubala, Ph.D. Téma: Studium kinetiky membránových enzymů Anotace: Cílem práce bude studium kinetiky membránových enzymů na různých časových škálách, včetně měření velmi rychlých kinetik metodou stopped-flow. Kromě analýzy jednotlivých reakčních kroků v přirozeném fungování enzymu bude studován i vliv xenobiotických látek, které mohou fungování enzymu ovlivnit. Školitel: doc. RNDr. Martin Kubala, Ph.D. Téma: Interakce polyfenolických látek s biomolekulami Anotace: Cílem práce bude spektroskopická charakterizace vybraných polyfenolických molekul z rostlin používaných v tradiční medicíně a analýza jejich interakcí s vybranými molekulami, na které mohou efektivně působit v organismu. Školitel: doc. RNDr. Martin Kubala, Ph.D. Téma: Mechanismy kombinovaného účinku cytostatik na bázi přechodných kovů a jiných protinádorově působících léčiv Anotace: Cílem studia bude vyvinout nové kombinace protinádorově účinných látek schopných synergického cytostatického působení a porozumět tomu, jak tyto kombinace protinádorově působících agens ovlivňují vlastnosti biomakromolekul s využitím moderních metod molekulární a buněčné biofyziky a farmakologie. Školitelka: prof. RNDr. Jana Kašpárková, Ph.D. Téma: Ovlivnění mechanismu protinádorového účinku vybraných metalofarmak ionizujícím zářením Anotace: Budou studovány nové kombinace vybraných protinádorově působících metalofarmak a ionizujícího záření, a to zejména kombinace schopné duálního ovlivňování mechanismů rezistence nádorových buněk a současně vlastností genetického materiálu; provedeny budou detailní studie mechanismů cytotoxicity, poškození DNA, účinnosti ovlivňovat opravu DNA, buněčné odpovědi a signální dráhy. K dosažení těchto cílů budou využity moderní metody biochemie, molekulární biofyziky a onkologie a buněčné farmakologie. Budou tedy studovány nové přístupy vedoucí ke zdokonalení účinnosti metalofarmak usmrcovat nádorové buňky.

6/113

Školitel: prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc. Téma: Bimetalické a trimetalické nanoklastry: syntézy, fyzikálně chemické a biologické vlastnosti Anotace: Kompozitní nanomateriály obsahující biokompatibilní organickou složku a funkční anorganickou složku jsou hojně zkoumané a v mnohých případech již používané v běžné praxi, např. v katalýze či zobrazování. Nanoklastry obsahující desítky až několik desítek atomů vzácných kovů jsou jistým velikostním mezistupněm mezi atomy a nanočásticemi, svým chováním bývají přirovnávány k molekulám. Cílem této disertační práce je laboratorní příprava nových bimetalických a trimetalických nanoklastrů, jejich charakterizace a testy jejich interakcí s buňkami. Školitelka: doc. RNDr. Karolína Machalová Šišková, Ph.D. Téma: Role singletního kyslíku v signálních drahách rostlin Anotace: Singletní kyslík tvořený přenosem excitační energie z tripletního chlorofylu na molekulární kyslík hraje významnou roli v signálních drahách rostlin během aklimace a programované smrti buněk. Role singletního kyslíku v regulaci tvorby rostlinných hormonů spojenou s expresí obranných genů bude studována během působení fotooxidačního stresu u Arabidopsis thaliana. Školitel: doc. RNDr. Pavel Pospíšil, Ph.D. Téma: Antioxidační vlastnosti prenylipidů u Arabidopsis thaliana Anotace: Prenyllipidy (karotenoidy a prenylchinony) jsou antioxidanty singletního kyslíku tvořeného ve fotosystému II vyšších rostlin během fotooxidativního stresu. Bude studován molekulární mechanismus antioxidační funkce karotenoidů, tokoferolů a plastochinonů během působení fotooxidačního stresu u Arabidopsis thaliana. Školitel: doc. RNDr. Pavel Pospíšil, Ph.D. Téma: Tvorba volných kyslíkových radikálů v lidských nádorových buňkách Anotace: Přenos elektronu v mitochondriální membráně je spojen s tvorbou volných kyslíkových radikálů. Cílem této práce bude studovat tvorbu superoxidového aniontového radikálu v komplexu I a III v mitochondriích lidských nádorových buněk. Školitel: doc. RNDr. Pavel Pospíšil, Ph.D. Obhájené práce od počátku PhD studia Biofyziky na PřF UP: 1) Tomáš Klinkovský (1994): Modelování a počítačové analýzy v oblasti fluorescence chlorofylu a zelených rostlin. (školitel L. Dvořák) 2) Petr Ilík (1995): Vysokoteplotní změny fluorescence chlorofylu a in vivo a jejich použití k charakteristice stavu fotosyntetického aparátu rostlin. (školitel J. Nauš) 3) Jiří Kalina (1996): Analýza funkce fotosyntetického aparátu smrku pod vlivem zvýšené koncentrace CO2 a synergického působení nadměrné ozářenosti a nízkých teplot. (školitel J. Nauš) 4) Jan Švec (1996): Studium mechano-akustických vlastností zdroje lidského hlasu. (školitel J. Pospíšil) 5) Martin Čajánek (1998): Změny distribuce excitační energie v thylakoidní membráně v listu pod vlivem fyzikálních stresů. (školitel J. Nauš) 6) Pavel Pospíšil (1998): Temperature dependence of chlorophyll fluorescence in vivo – experimental and theoretical approach. (školitel J. Nauš) 7) Robert Kuropatwa (1998): Temperature dependence of chlorophyll a fluorescence in vivo. (školitel J. Nauš) 8) Dušan Lazár (1999): Experimental and theoretical studies of the in vivo chlorophyll a fluorescence transient : OKJIP. (školitel J. Nauš) 9) Hana Bartošková (2000): Dynamic changes in the photosynthetic apparatus of the moss Rhizomnium punctatum (Hedw.) induced by water and osmotic stresses. (školitel J. Nauš) 10) Martina Matoušková (2000): Chlorophyll fluorescence induction as a tool for study of water deficit and herbicide effects on plants. (školitel J. Nauš) 11) Jiří Skotnica (2000): Thermoluminescence of higher plant leaves. (školitel L. Dvořák) 12) Robert Bajgar (2002): Identification and Reconstitution of Mitochondrial ATP-Sensitive Potassium Channel. (školitel L. Dvořák) 13) Miroslav Vařecha (2002): Structural and Functional Characterization of Uncoupling Proteuins UCO1, UCP2, and UCP3. (školitel L. Dvořák) 14) Otmar Urban (2002): Spatial differentiation of the CO2 assimilation activity within Norway spruce canopy under the impact of elevated CO2 concentration. (školitel M. V. Marek) 15) Irena Kurasová (2002): Acclimation of the photosynthetic apparatus of higher plants to different irradiances. (školitel V. Špunda)

7/113

16) Jan Vrána (2002): Analýza a třídění chromozómů rostlin pomocí průtokové cytometrie. (školitel J. Doležel) 17) Roman Kouřil (2002): Effect of heat stress on photosynthetic apparatus of plants studied by means of chlorophyll a fluorescence temperature curve. (školitel J. Nauš) 18) Pavel Tomek (2003): Chlorophyll a fluorescence rise and its application for study of photosystem II heterogeneity. (školitel J. Nauš) 19) Mirka Šprtová (2004): Studium odezvy asimilačního aparátu lesních dřevin na dlouhodobě působící zvýšený příkon UV-B radiace. (školitel M. V. Marek) 20) Jan Bartoš (2004): Využití průtokové cytometrie pro analýzu jaderného genomu rostlin. (školitel J. Doležel) 21) Michal Štroch (2006): Photochemical and non-photochemical deexcitation processes in relation to acclimation of the photosynthetic apparatus of higher plants to different irradiances. (školitel V. Špunda) 22) Pavlína Kovářová (2006): Analýza gemonu rostlin pomocí laserové průtokové cytometrie. (školitel . J. Doležel) 23) Radek Kaňa (2007): Influence of higher temperatures on the photosynthetic rate and light dependency of this rate. (školitel O. Prášil) 24) Vladimíra Hlaváčková (2007): Systemic response of plants to local wounding and related signalling pathways. (školitel J. Nauš) 25) Petr Sušila (2008): Theoretical models of the fluorescence curves on leaves. (školitel J. Nauš) 26) Martin Navrátil (2008): Spectral characteristics of solar radiation within plant canopies. (školitel J. Nauš) 27) Eva Kotabová (2008): Mechanismy zapojené do ochrany fotosyntetického aparátu před oxidativním poškozením. (školitel P. Ilík) 28) Iva Šnyrychová (2008): Production of reactive oxygen species in thylakoids: EPR spin trapping approach. (školitel P. Pospíšil) 29) Alexandra Husičková (2010): A cytokinin potion in plant lives: almost as miraculous as light. (školitel M. Špundová) 30) Marika Janovská (2010): Interaction of small organic molecules with the sodium pump. (školitel M. Kubala) 31) Jiří Jablonský (2010): Mathematical modeling of the photosynthetic processes. (školitel D. Lazár) 32) Jiří Frolec (2010): Changes in higher plants induced by a defined heating regime and heat stress-related plant recovery. (školitel J. Nauš) 33) Vítězslav Jiřík (2012): Vliv nízkofrekvenčního magnetického pole na výskyt dětské leukemie v České republice. (školitel L. Pekárek) 34) Christian T. Herbst (2012): Investigation of glottal configurations in singing. (školitel J. G. Švec) 35) Jitka Prokopová (2012): Vliv biotrofních houbových patogenů na fotosyntézu hostitele. (školitel M. Špundová) 36) Tereza Suchánková (2012): Interaction of selected transion-metal based complexes with biomacromolecules. (školitel J. Kašpárková) 37) Rakesh Kumar Sinha (2012): Generation of reactive oxygen species by photosystem II. (školitel P. Pospíšil) 38) Anshu Rastogi (2012): Involvement of reactive oxygen species in biophoton emission from living system. (školitel P. Pospíšil) 39) Jarmila Mlčoušková (2012): Biophysical analysis of mechanism underlying antitumor effects of new anticancer drugs. (školitel V. Brabec) 40) Helena Kyseláková (2012): Obranné mechanismy rostlin proti oxidativnímu stresu. (školitel P. Ilík) 41) Tereza Muchová (2013): Factors affecting biological effects of metallodrugs. (školitel V. Brabec) 42) Ankush Prasad (2013): Ultra-weak photon emission as a non-invasive method for monitoring oxidative radical reaction. (školitel P. Pospíšil) 43) Radana Olivová (2013): The study of interactions between antitumor effective heavy metal compleses with biomacromolecules using molecular biophysics methods. (školitel V. Brabec) 44) Deepak Kumar Yadav (2013): Molecular mechanisms of production and scavenging of reactive oxygen species in photosystem II of higher plants. (školitel P. Pospíšil) 45) Jitka Prachařová (2013): Role modifikací DNA komplexy kovů v terapii rakoviny. (školitel J. Kašpárková) 46) Jan Hlavinka (2014): The study of physical and chemical signaling pathways related to light, abiotic and biotic stresses.(školitel J. Nauš) 47) Michaela Frýbortová (2014): Molekulární biofyzika a farmakologie nových protinádorově účinných metalofarmak. (školitel V. Brabec) 48) Miroslav Huličiak (2014): Interakcie Na+/K+-ATPázy s biologicky aktívnymi látkami. (školitel M. Kubala) 49) Marek Rác (2015): The formation of electronically excited species in cell suspension. (školitel P. Pospíšil) 50) Vojtěch Novohradský (2015) Modifikace biomakromolekul metalofarmaky: zdokonalení teoretického zázemí pro vývoj nových léčiv proti rakovině. (školitel J. Kašpárková) 51) Pedro Amarante Andrade (2015) Investigations on semi-occluded vocal tract excercises in therapy and on head posture in singing. (školitel J. G. Švec) 52) Vít Hampala (2015) Vibration and morphology of the vocal folds studied by excised larynx experiments,

8/113

electroglottography, high-speed imaging, and computed tomography. (školitel J. G. Švec) 53) Michal Biler (2017) Tracking optical properties and antioxidant activities of polyphenols by joint theoretical and experimental approaches. (školitel M. Kubala a P. Trouillas, ceskofrancouzské double-degree studium) 54) Lukáš Nosek (2017) Structural characterization of photosynthetic supercomplexes in plants. (školitel R. Kouřil) 55) Václav Karlický (2017) Spectral characteristics of photosynthetic pigments and their relation to structure-functional aspects of pigment-protein complexes in vivo and in vitro. (školitel V. Špunda) 56) Juraj Zajac (2017) Mechanistické studie zaměřené na poznání mechanismu toxických účinků komplexů přechodných kovů v nádorových buňkách. (školitel V. Brabec) 57) Hui Lyu (2017) Mathematical modelling of photosynthetic processes - studies on the light-induced electric potential difference (ΔΨ), the pH difference (ΔpH), the proton motive force (pmf) and the counter-ion movement across the thylakoid membrane in leaves of the C3 plants. (školitel D. Lazár) 58) Ravindra Sonajirao Kale (2017) Role of reactive oxygen species in oxidative damage and dynamic nature of PSII-LHCII supercomplexes. (školitel P. Pospíšil) 59) Jaroslava Šeflová (2018) The sodium-potassium ATPase - expression, purification and its interactions with small molecules. (školitel M. Kubala) 60) Tibor Stolárik (2018) Light-independent biosynthesis of chlorophylls in gymnosperms. (školitel A. Pavlovič) 61) Petra Čechová (2018) Computational simulations of Na+/K+-ATPase and its interactions with small molecules. (školitel M. Kubala)

9/113

Návrh studijního plánu v kreditovém systému Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Název studijního programu Biofyzika

Kreditní limit: 240

Kód Název předmětu Počet kreditů Rozsah Zakončení Semestr Profil.

základ Povinné předměty Počet kreditů: 140 KBF/PGD1 Disertační práce 1 20 - Zp L ZT KBF/PGD2 Disertační práce 2 30 - Zp L ZT KBF/PGD3 Disertační práce 3 30 - Zp L ZT KBF/PGD4 Disertační práce 4 20 - Zp L ZT KBF/PGR Rešerše k disertační práci 10 - Zp L ZT KBF/PGT Teze k disertační práci 5 - Zp L/Z ZT KBF/PGST1 Zahraniční vědeckovýzkumná stáž 1 5 30D Zp L/Z PZ KBF/PGOS1 Odborný seminář 1 5 - Zp L PZ KBF/PGOS2 Odborný seminář 2 5 - Zp L PZ KBF/PGOS3 Odborný seminář 3 5 - Zp L PZ KBF/PGPK1 Prezentace na konferenci 1 5 - Zp L/Z PZ

Povinně volitelné předměty 2 - jazyková průprava Volba min. 15 kreditů VCJ/PGAJ Anglický jazyk pro doktorské studium 15 0+20S+0 Zk L/Z PZ KBF/PGST2 Zahraniční vědeckovyzkumná stáž 2 15 60D Zp L/Z PZ KBF/PGAP Přednáška v AJ na mezinárodní konferenci 10 - Zp L/Z PZ VCJ/PGAS1 Odborný seminář v AJ 5 - Zp L/Z PZ

Povinně volitelné předměty 2 - oborové Volba min. 20 kreditů KBC/PGBC Biochemie 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT KBF/PGBH Biomechanika hlasu 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT KBF/PGEB Experimentální metody biofyziky 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT KBF/PGEF Experimentální metody fotosyntézy 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT KBF/PGFM Fluorescenční metody ve fotosyntéze 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT KBF/PGFS Fotosyntéza 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT KBF/PGIB Interakce biomolekul 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT KBF/PGMP Modelování fotosyntetických procesů 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT KBF/PGMB Molekulární biofyzika 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT KBF/PGBM Molekulární biologie mutagenů 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT KBF/PGSR Stresy rostlin 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT KBF/PGNK Struktura, vlastnosti a funkce nukl. kyselin 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT KBF/PGHR Vědy o hlasu, řeči a sluchu 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT KBF/PGVR Volné radikály v biologii a biomedicíně 5 20S+0+0 Zk L/Z ZT PRF/PGMVV Management vědy a výzkumu 5 0+20H+0 Zk L/Z PZ KBF/PGOP1 Odborný předmět z NMgr. 1 5 20S+0+0 Zk L/Z PZ KBF/PGV1 Výuka odborného předmětu na UP 1 5 0+0+0 Zp L/Z PZ

Povinně volitelné předměty 3 - publikační činnost Volba min. 50 kreditů KBF/PGIM1 První autor publikace v časopise s IF 1 25 - Zp L/Z PZ KBF/PGIM2 První autor publikace v časopise s IF 2 25 - Zp L/Z PZ KBF/PGIC1 Spoluautor publikace v časopise s IF 1 13 - Zp L/Z PZ KBF/PGIC2 Spoluautor publikace v časopise s IF 2 13 - Zp L/Z PZ

10/113

Volitelné předměty KBF/PGIM3 První autor publikace v časopise s IF 3 25 - Zp L/Z KBF/PGIM4 První autor publikace v časopise s IF 4 25 - Zp L/Z KBF/PGIM5 První autor publikace v časopise s IF 5 25 - Zp L/Z KBF/PGIC3 Spoluautor v časopise s IF 3 13 - Zp L/Z KBF/PGIC4 Spoluautor v časopise s IF 4 13 - Zp L/Z KBF/PGIC5 Spoluautor v časopise s IF 5 13 - Zp L/Z KBF/PGVP1 Vedení bakalářské nebo diplom. práce 1 10 - Zp L KBF/PGVP2 Vedení bakalářské nebo diplom. práce 2 10 - Zp L KBF/PGSZ1 Stáž u potenciálního zaměstnavatele 1 5 1T Zp L/Z KBF/PGSZ2 Stáž u potenciálního zaměstnavatele 2 5 1T Zp L/Z KBF/PGOP2 Odborný předmět z NMgr. 2 5 20S+0+0 Zp L/Z KBF/PGV2 Výuka odborného předmětu na UP 2 5 0+0+0 Zp L/Z KBF/PGPK2 Prezentace na konferenci 2 5 - Zp L/Z KBF/PGOS4 Odborný seminář 4 5 - Zp L KBF/PGO1 Oponování závěrečné práce 1 3 - Zp L KBF/PGO2 Oponování závěrečné práce 2 3 - Zp L KBF/PGPA1 Popularizační aktivity na UP 1 2 - Zp L/Z KBF/PGPA2 Popularizační aktivity na UP 2 2 - Zp L/Z KBF/PGPA3 Popularizační aktivity na UP 3 2 - Zp L/Z

11/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGD1 – Disertační práce 1 Typ předmětu Povinný předmět, ZT doporučený ročník / semestr 1/L Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 20 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence

Způsob ověření studijních výsledků

Zápočet Forma výuky s

Forma způsobu ověření studijních výsledků a další požadavky na studenta

Student získává zápočet na základě kladného hodnocení působení studenta v daném akademickém roce oborovou radou doktorského studijního programu, kdy podkladem pro toto hodnocení je zpracovaný dokument Hodnocení studenta za uplynulý akademický rok, který sumarizuje aktivity a výsledky studenta a obsahuje vyjádření a doporučení školitele. Zápočet uděluje garant studijního programu na základě výsledku jednání oborové rady.

Garant předmětu Doc. RNDr. Dušan Lazár, Ph.D. – garant programu Zapojení garanta do výuky předmětu

10%, garant jako předseda oborové rady dohlíží na řádný průběh doktorského studia a organizuje každoroční hodnocení studentů doktorského studia oborovou radou.

Vyučující Jednotliví školitelé a konzultanti disertačních prací

Stručná anotace předmětu Náplní předmětu je zahájení výzkumné činnosti studenta směřující k dosažení cílů dle zadání disertační práce. Aktivity studenta zahrnují důkladné zeznámení se s měřící aparaturou, dále pak teoretický či experimentální výzkum, numerické modelování, analýzu dat a vyhodnocení dosažených výsledků. Studijní literatura a studijní pomůcky Odborná časopisecká a knižní literatura dle zadání tématu disertační práce.

Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím Výuka probíhá formou průběžných individuálních konzultací studenta se školitelem a případně i s konzultantem disertační práce, pokud je ustaven.

12/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGD2 – Disertační práce 2 Typ předmětu Povinný předmět, ZT doporučený ročník / semestr 2/L Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 30 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence

Prerekvizita: KBF/PGD1, KBF/PGR


Zápočet Forma výuky






Stručná anotace předmětu Náplní předmětu je pokračování samostatné výzkumné činnosti studenta pod vedením školitelem a případně i konzultanta. Aktivity studenta zahrnují zejména teoretický či experimentální výzkum, numerické modelování, analýzu dat, vyhodnocení dosažených výsledků, stanovení dalších cílů a směrů výzkumu a rešerši a studium odborné literatury. Studijní literatura a studijní pomůcky Odborná časopisecká a knižní literatura dle zadání tématu disertační práce.


13/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGD3 – Disertační práce 3 Typ předmětu Povinný předmět, ZT doporučený ročník / semestr 3/ L Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 30 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence

Prerekvizita: KBF/PGD2








Stručná anotace předmětu Náplní předmětu je pokračování samostatné výzkumné činnosti studenta pod vedením školitele a případně i konzultanta. Aktivity studenta zahrnují zejména teoretický či experimentální výzkum, numerické modelování, analýzu dat, vyhodnocení dosažených výsledků výzkumu studenta. Studijní literatura a studijní pomůcky Odborná časopisecká a knižní literatura dle zadání tématu disertační práce.


14/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGD4 – Disertační práce 4 Typ předmětu Povinný předmět, ZT doporučený ročník / semestr 4/ L Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 20 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence

Prerekvizita: KBF/PGD3




Student získává zápočet na základě kladného doporučení školitele studenta.




Stručná anotace předmětu Náplní předmětu je pokračování samostatné výzkumné činnosti studenta pod vedením školitele a případně i konzultanta. Aktivity studenta zahrnují zejména teoretický či experimentální výzkum, numerické modelování, analýzu dat, vyhodnocení dosažených výsledků výzkumu studenta. K aktivitám také patří sepisování disertační práce. Studijní literatura a studijní pomůcky Odborná časopisecká a knižní literatura dle zadání tématu disertační práce.


15/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGR – Rešerše k disertační práci Typ předmětu Povinný předmět, ZT doporučený ročník / semestr 1/L Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 10 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Student získává zápočet na základě vypracování rešerše na téma řešené disertační práce. Kvalitu rešerše posuzuje školitel studenta. Zápočet uděluje garant studijního programu na základě doporučení školitele.




Stručná anotace předmětu Náplní předmětu je vypracování důkladné rešerše na téma řešené disertační práce. Studijní literatura a studijní pomůcky Odborná časopisecká a knižní literatura dle zadání tématu disertační práce.


16/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGT – Teze k disertační práci Typ předmětu Povinný předmět, ZT doporučený ročník / semestr 4/L Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Student získává zápočet na základě vypracování tezí budoucí disertační práce, které jsou nezbytné pro konání státní doktorskou zkoušku. Zápočet uděluje garant studijního programu na základě doporučení školitele.




Stručná anotace předmětu Náplní předmětu je vypracování písemných tezí k disertační práci obsahujících souhrn vědeckých výsledků dosažených studentem a návrh struktury disertační práce. Studijní literatura a studijní pomůcky Odborná časopisecká a knižní literatura dle zadání tématu disertační práce.


17/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGOS1 Odborný seminář 1 Typ předmětu Povinnný, PZ doporučený ročník / semestr 1/L Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Ústní


50%, garant organizuje a moderuje odborný seminář.

Vyučující Školitelé a konzultanti jednotlivých doktorandů

Stručná anotace předmětu Příprava prezentace v anglickém jazyce na odborném semináři konaném na Katedře biofyziky. PřF UP. Téma prezentace musí souviset s tématem disertační práce studenta a cílem prezentace je poskytnout informace o dosavadním průběhu a výsledcích výzkumu studenta během doktorského studia. Prezentace na odborném semináři a zodpovězení otázek posluchačů z řad akademických a vědeckých pracovníků a studentů, vyhodnocení průběhu semináře se školitelem a reflexe zpětné vazby od školitele. Studijní literatura a studijní pomůcky Dle tématu odborného semináře.

Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím Individuální konzultace studenta se školitelem a případně i konzultantem disertační práce.

18/113


Prerekvizity: KBF/PGOS1




Ústní






19/113






Ústní






20/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGST1- Zahraniční vědeckovýzkumná stáž 1 Typ předmětu Povinný, PZ doporučený ročník / semestr 3/L/Z Rozsah studijního předmětu 30 D hod. 168 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Písemná. Zpráva studenta z odborné stáže posouzená školitelem.


5%

Vyučující Školitelé a konzultanti jednotlivých doktorandů a zahraniční mentor doktoranda.

Stručná anotace předmětu Naplánování vědeckovýzkumné stáže na zahraniční univerzitě či výzkumné instituci ve spolupráci se školitelem. Stanovení výzkumných úkolů realizovaných během stáže ve spolupráci se zahraničním pracovištěm, kde se stáže uskuteční. Absolvování stáže na zahraničním pracovišti. Zpracování zprávy o absolvované stáži a reflexe průběhu stáže a jejího přínosu se školitelem. Celková délka stáže musí činit nejméně 30 dnů. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální časopisecká a knižní odborná literatura dle odborného zaměření vědeckovýzkumné stáže.

Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím Individuální konzultace studenta se školitelem během přípravy stáže i během vyhodnocení průběhu stáže.

21/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGPK1 – Prezentace na konferenci 1 Typ předmětu Povinný, PZ doporučený ročník / semestr 2/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Písemná. Zpráva o účasti na konferenci, elektronická verze prezentace.


5%

Vyučující Školitelé a konzultanti jednotlivých doktorandů.

Stručná anotace předmětu Výběr vhodného aktuálního vědeckého výsledku dosaženého studentem pro prezentaci na konferenci a výběr vhodné konference pro prezentaci tohoto výsledku. Příprava materiálů pro zaslání příspěvku na konferenci (abstrakt). Příprava prezentace na konferenci ve formě posteru nebo ústní přednášky. Aktivní účast na konferenci a prezentace výsledku formou přednášky či posteru. Aktivní komunikace s účastníky konference, odpověď na otázky týkající se prezentovaného výsledku. Zpracování stručné zprávy o účasti na konferenci. Vyhodnocení prezentace na konferenci se školitelem a případně i konzultantem. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální časopisecká a knižní literatura dle tématu prezentace.

Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím Individuální konzultace studenta se školitelem a případně i s konzultantem disertační práce.

22/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu VCJ/PGAJ – Anglický jazyk pro doktorské studium Typ předmětu Povinně volitelný, PZ doporučený ročník / semestr 3/L/Z Rozsah studijního předmětu 0+20S+0 hod. kreditů 15 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence


Zkouška Forma výuky c


Na písemnou část zkoušky (Writing, Listening a Reading) se studenti ve STAGU zapisují jako na zápočet před zkouškou. Na ústní část zkoušky (Presentation ín English) se studenti zapisují jako na zkoušku. Před ústní zkouškou je student povinen zaslat mailem zkoušejícímu přehled snímků své prezentace, abstrakt v rozsahu maximálně 200 slov a přehled klíčové terminologie (30 - 50 výrazů) s přepisem výslovnosti podle IPA (International Phonetic Alphabet) a překladem termínů. Zkouška VCJ/PGAJ se koná šestkrát ročně v pevně daných termínech.

Garant předmětu Mgr. Lucie Vaňková, Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu

50 % kontaktní výuky

Vyučující Mgr. Alena Fridrichová, Mgr. Lucie Vaňková, Ph.D.

Stručná anotace předmětu Cílem zkoušky VCJ/PGAJ Anglický jazyk pro doktorské studium je zaručit, že student doktorského studijního programu má znalosti a jazykové dovednosti minimálně na úrovni B2 podle Evropského referenčního rámce pro jazyky. Zkouška testuje poslech s porozuměním, čtení s porozuměním, písemné vyjadřování a součástí zkoušky je také prezentace v angličtině. Studenti doktorského studia mohou využít nabídky KCJ a účastnit se výuky garantované Kabinetem cizích jazyků, ale tato příprava není povinná. Je na zvážení studenta, aby zhodnotil své jazykové znalosti a dovednosti na základě výsledků rozřazovacího testu, který student absolvuje u zápisu do 1. ročníku studia, a zvolil způsob přípravy. Podrobné informace ke zkoušce včetně ukázkových testů jsou na stránkách Kabinetu cizích jazyků PřF UP http://kcj.upol.cz Studijní literatura a studijní pomůcky literatura dle doporučení vyučujícího

Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím Vyučující i garant jsou trvale přítomni na pracovišti PřF UP Olomouc (osobní konzultace) + komunikace prostřednictvím e-mailu, nebo telefonu

23/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGST2 – Zahraniční vědeckovýzkumná stáž 2 Typ předmětu Povinně volitelný, PZ doporučený ročník / semestr 3/L/Z Rozsah studijního předmětu 60D hod. 336 kreditů 15 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence

Prerekvizity: KBF/PGST1




Písemná. Zpráva studenta z odborné stáže posouzená školitelem. Během stáže musí student prokazatelně komunikovat v anglickém jazyce, což doloží potvrzením zahraniční strany, že stáž absolvoval výlučně v anglickém jazyce. Tato stáž může být součástí delší stáže o celkové délce nejméně 90 dnů, čímž student současně absolvuje předměty KBF/PGST1 a KBF/PGST2.


5%

Vyučující Školitelé a konzultanti jednotlivých doktorandů a zahraniční mentoři doktorandů.

Stručná anotace předmětu Naplánování vědeckovýzkumné stáže na zahraniční univerzitě či výzkumné instituci ve spolupráci se školitelem. Stanovení výzkumných úkolů realizovaných během stáže ve spolupráci se zahraničním pracovištěm, kde se stáže uskuteční. Absolvování stáže na zahraničním pracovišti. Zpracování zprávy o absolvované stáži a reflexe průběhu stáže a jejího přínosu se školitelem. Celková délka stáže musí činit nejméně 30 dnů. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální časopisecká a knižní odborná literatura dle odborného zaměření vědeckovýzkumné stáže.

Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

24/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGAP – Přednáška v AJ na mezinárodní konferenci Typ předmětu Povinně volitelný, PZ doporučený ročník / semestr 3/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 10 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence






5%

Vyučující Školitelé a konzultanti jednotlivých doktorandů.

Stručná anotace předmětu Výběr vhodného aktuálního vědeckého výsledku dosaženého studentem pro prezentaci na konferenci a výběr vhodné konference pro prezentaci tohoto výsledku. Příprava materiálů pro zaslání příspěvku na konferenci (abstrakt). Příprava prezentace na konferenci ve formě ústní přednášky v anglickém jazyce. Aktivní účast na konferenci a prezentace výsledku formou přednášky v anglickém jazyce. Aktivní komunikace s účastníky konference, odpověď na otázky týkající se prezentovaného výsledku. Zpracování stručné zprávy o účasti na konferenci. Vyhodnocení prezentace na konferenci se školitelem a případně i konzultantem. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální časopisecká a knižní literatura dle tématu prezentace.


25/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu VCJ/PGAS1 – Odborný seminář v AJ Typ předmětu Povinně volitelný, PZ doporučený ročník / semestr 3/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. Kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence


Zápočet Forma výuky Seminář


Účasti na semináře DSP a aktivní prezentace v anglickém jazyce na semináři, ověření schopnosti diskutovat v anglickém jazyce.


30%, organizace a moderování semináře.

Vyučující Mgr. Alena Fridrichová, Mgr. Lucie Vaňková, Ph.D.

Stručná anotace předmětu Cílem předmětu je ověřit, že student doktorského studijního programu je schopen prezentovat výsledky svého výzkumu v anglickém jazyce na interním semináři na pracovišti, za účasti zástupce kabinetu cizích jazyků PřF UP, dalších akademických nebo vědeckovýzkumných pracovníků školících pracovišť a ostatních doktorandů na pracovišti. Povinností doktoranda je prezentovat postup prací na disertaci a dílčí výsledky v 20-ti minutové prezentaci v anglickém jazyce a v následné diskuzi reagovat anglicky na odborné i laické dotazy. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální časopisecká a knižní literatura dle tématu prezentace.

Rozsah konzultací (soustředění) hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím Vyučující i garant jsou trvale přítomni na pracovišti PřF UP Olomouc (osobní konzultace) + komunikace prostřednictvím e-mailu, nebo telefonu.

26/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBC/PGBC – Biochemie Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence


Zkouška Forma výuky Konzultace


Ústní zkouška

Garant předmětu doc. RNDr. Lenka Luhová, Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu

Konzultace

Vyučující doc. RNDr. Lenka Luhová, Ph.D. Stručná anotace předmětu Struktura a funkce proteinů. Enzymy a hemoglobin. Sacharidy. Lipidy a buněčné membrány. Katalytické strategie. Regulační strategie. Regulace metabolických drah: glykolýza a glukoneogeneze, citrátový cyklus, oxidativní fosforylace, světelné reakce fotosyntézy, Calvinův cyklus, pentosafosfátová dráha, metabolismus glykogenu, metabolismus mastných kyselin, obrat proteinů a katabolismus aminokyselin, biosyntéza aminokyselin, biosyntéza a odbourávání nukleotidů. Replikace DNA, rekombinace a oprava. Syntéza RNA a jejich funkce. Syntéza proteinů. Funkce tRNA, mRNA a ribosomů. Prokaryotní a eukaryotní syntéza proteinů. Inhibitory biosyntézy proteinů. Kontrola genové exprese. Integrace a regulace savčího energetického metabolismu. Structure and function of proteins. Enzymes and hemoglobin. Carbohydrates. Lipids and cell membranes. Catalytic strategies. Regulatory strategy. Regulation of metabolic pathways: glycolysis and gluconeogenesis, citrate cycle, oxidative phosphorylation, photosynthesis light reactions, Calvin cycle, pentosaphosphate pathway, glycogen metabolism, fatty acid metabolism, protein turnover and amino acid catabolism, amino acid biosynthesis, biosynthesis and nucleotide degradation. DNA replication, recombination and repair. Synthesis of RNA and their function. Synthesis of proteins. Function of tRNA, mRNA and ribosomes. Prokaryotic and eukaryotic protein synthesis. Protein biosynthesis inhibitors. Gene expression control. Integration and regulation of mammalian energy metabolism. Studijní literatura a studijní pomůcky Heldt H. W., Piechulla B. Plant Biochemistry. Elsevier Academic Press, San Diego, 2010, ISBN: 9780128102145. Buchanan B. B., Gruissem W., Jones R. L. Biochemistry and Molecular Biology of Plants. Courier Companies, USA, 2015, ISBN: 978-0-470-71421-8. Dey P. M., Harbone J. B. (eds.). Plant Biochemistry, Academic Press San Diego, CA, USA, 1997. Prasad B.D., Sahni S., Kumar P., Siddiqui M.W. Plant Biotechnology vydavatelství: Taylor & Francis, 2018, ISBN: 9781771885829 Jones R, Ougham H., Thomas H., Waaland S. The molecular life of plants. Wiley-Blackwell, 2013, ISBN: 8780470870129

Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

27/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGBH – Biomechanika hlasu Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence


Zkouška Forma výuky Přednášky, studium literatury a konzultace


Ústní zkouška, vypracování zadaných úkolů

Garant předmětu RNDr. Jan Švec, Ph.D. et Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu

Konzultace, přednášky

Vyučující RNDr. Jan Švec, Ph.D. et Ph.D. Stručná anotace předmětu - Základy biomechaniky. - Anatomie hlasového ústrojí, chrupavčitá kostra hrtanu, svaly a nervy hrtanu. - Typické mechanické vlastnosti tkání hlasového ústrojí: viskoelasticita, nehomogenita, anizotropie, adaptabilita, napětí vs. deformace materiálu, modul pružnosti a mez pevnosti. - Šlachy a vazy, elastinová a kolagenní vlákna ve šlachách a vazech, deformace kolagenních vláken, důsledek viskoelasticity - 2 efekty u šlach a vazů - napěťová relaxace a tečení. - Tři druhy chrupavek, jejich funkce, struktura a vlastnosti, tečení a napěťová relaxace chrupavky. - Svalový systém hlasového ústrojí, typy svalů a jejich funkce a vlastnosti, svalová kontrakce, motorická jednotka, twitch a tetanus, typy svalových vláken (motorických jednotek), 2 základní mechanismy zvyšování svalového napětí, kombinace prostorové a časové sumace pro zvyšování napětí svalu (Hennemanovo pravidlo), Hillův tříprvkový model svalu, závislost velikosti svalové síly na parametrech svalu (délce sarkomery, protažení svalu, rychlosti kontrakce, době kontrakce). - Neuron: 3 typy neuronu a jejich zapojení do reflexního oblouku, morfologie neuronu, přenos vzruchu z nervu do svalu, extrafuzální a intrafuzální svalová vlákna, zpětnovazebné receptory (svalová vřeténka - jejich stavba, funkce a patelární reflex, Golgiho tělíska), nervový systém hlasového ústrojí. - Anatomická měření hrtanu (chrupavka štítná, prstencová, chrupavky arytenoidní, trachea, epiglottis). - Geometrie glotis a hlasivek (rozměry hlasivek, rozměry tkáňových struktur, odlitky glottis, radiografické robrazování, matematický model prefonačního postavení glottis). - Experimenty s preparáty hrtanu, upevnění struktur, metody zvlhčování vzduchu a tkání, hemilaryngeální uspořádání, metody sledování kmitů hlasivek: videostroboskopie, vysokofrekvenční video. - Kinetická a kinematická data o kmitání hlasivek: měření tlaku a průtočného množství vzduchu, amplituda kmitání, frekvence, slizniční vlna a vertikální fázový posun, vyzářený výkon a intenzita, kontaktní tlak, asymetrie kmitů, rezonanční vlastnosti hlasivek a okolních tkání. - Modely hlasivek: matematické - jednohmotnostní, dvouhmotnostní, tříhmotnostní, model slizniční vlny, translačně-rotační model, aeroelastický model, konečnoprvkový model. Fyzikální modely. - Biomechanika dýchání, anatomie a fyziologie dýchacích svalů, inspirace, expirace, vitální kapacita, měřící metody. - Basics of biomechanics. - Anatomy of the vocal system, cartilaginous skeleton of the larynx, muscles and larynx nerves. - Typical mechanical properties of the tissues of the vocal system: viscoelasticity, inhomogeneity, anisotropy, adaptability, tension vs. material deformation, modulus of elasticity and strength limit. - Tendons and ligaments, elastin and collagen fibers in tendons and ligaments, deformation of collagen fibers, consequence of viscoelasticity - 2 effects on tendons and ligaments - stress relaxation and creep. - Three types of cartilage, their function, structure and properties, creep and tension cartilage relaxation. - Muscular system of the vocal system, muscle types and their functions and properties, muscle contraction, motor unit, twitch and tetanus, types of muscle fibers (motor units), 2 basic mechanisms of muscle tension increase, combination of spatial and temporal summation to increase muscle tension (Hennemanovo Hill's three-element muscle model, dependence of muscle size on muscle parameters (sarcomer length, muscle stretching, contraction rate, contraction time). - Neuron: 3 types of neuron and their involvement in the reflex arc, neuron morphology, nerve to muscle transduction, extrafusal and intrafusal muscle fibers, feedback receptors (muscular spindles - their structure, function and patellar reflex, Golgi body) device.

28/113

- Anatomical measurements of the larynx (thyroid cartilage, annular cartilage, arytenoid, trachea, epiglottis). - Geometry of glotis and vocal cords (dimensions of vocal cords, dimensions of tissue structures, glottis castings, radiographic robbery, mathematical model of glottis). - Experiments with laryngeal preparations, fixation of structures, methods of air and tissue humidification, hemilaryngeal arrangement, methods of monitoring vocal vibrations: videostroboscopy, high-frequency video. - Kinetic and kinematic data on vocal vibration: measurement of pressure and flow rate of air, oscillation amplitude, frequency, mucous wave and vertical phase shift, radiated power and intensity, contact pressure, oscillation asymmetry, resonance properties of vocal cords and surrounding tissues. - Vocal models: mathematical - single, two-mass, three-mass, mucous wave model, translational-rotational model, aeroelastic model, finite-element model. Physical models. - Biomechanics of breathing, anatomy and physiology of respiratory muscles, inspiration, expiration, vital capacity, measuring methods. Studijní literatura a studijní pomůcky [1] Patobiomechanika a Patokinesiologie: KOMPENDIUM. [2] Titze, I. R. Principles of voice production (second printing). Iowa City, IA: National Center for Voice and Speech, 2000. [3] Švec. J. Studium mechanicko-akustických vlastností lidského hlasu. Olomouc: Univerzita Palackého, Přírodovědecká fakulta, Katedra experimentální fyziky, 1996. [4] Titze, I. R. The myoelastic aerodynamic theory of phonation. Denver CO and Iowa City IA: National Center for Voice and Speech, 2006. [5] Janura, M. Úvod do biomechaniky pohybového systému člověka. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2003. ISBN 80-244-0644-6. [6] English: literature will be supplied by Dr. Švec.

Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 40 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím Skype, e-mail

29/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGEB – Experimentální metody biofyziky Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Ústní zkouška

Garant předmětu Prof. RNDr. Petr Ilík, Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu

10%, konzultace, přednášky

Vyučující prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc., prof. RNDr. Petr Ilík, Ph.D., prof. RNDr. Jana Kašpárková, Ph.D., doc. RNDr. Martin Kubala, Ph.D., doc. RNDr. Dušan Lazár, Ph.D., prof. RNDr. Jan Nauš, CSc., doc. RNDr. Pavel Pospíšil, Ph.D., Ankush Prasad, M.Sc., Ph.D., RNDr. Jan Švec, Ph.D. at Ph.D.

Stručná anotace předmětu Nativní a denaturační elektroforéza proteinů a pigment-proteinových komplexů. Gel skenery a zobrazování. HPLC fotosyntetických pigmentů. Metody EPR, spin-rapping, spin-labelling, elektronové spinové echo, opticky detekovaná magnetická rezonance, metoda ENDOR. Lineární a cirkulární dichroismus. FTIR a rezonanční Ramanova spektroskopie. Fotoakustická spektroskopie. Gazometrické metody. Kinetika luminiscencí, termoluminiscence a chemiluminiscence, biofotonová emise. Mikroskopie atomárních sil, blízkého pole a STM. Optické nůžky, mikromanipulace s molekulami. Fluorescenční mikroskopie a fluorescenční zobrazovací metody (imaging). Instrumentální technika pro fluorescenční spektroskopii, měření dob života excitovaného stavu v časové a frekvenční doméně, efekty solventu, reakce v excitovaném stavu, zhášení fluorescence, anizotropie fluorescence, FRET, autofluorescence proteinů. Chromatografie (HPLC) při studiu biopolymerů. Elektroforéza DNA a proteinů. Metody molekulární biofyziky při studiu modifikací DNA biologicky významnými agens: vazba na DNA, stanovení meziřetězcových můstků, úhlu rozvinutí doušrobovice, využití chemických sond konformace DNA, metody studia interakce proteinů s DNA, metody studia oprav DNA in vitro a in vivo. Metody cytometrie s vysokým rozlišením. Ramanova optická aktivita (ROA). Vibrační spektroskopie biopolymerů: infračervená a Ramanova spektroskopie. Absorpční, LD a CD spektroskopie - principy metod a využití pro studium vlastností biopolymerů. Fluorescenční techniky - FRET a jejich využití při studiu DNA. SPM (AFM ...) pro studium biopolymerů. Faktorová analýza vibračních spekter. Kalorimetrie biopolymerů. Flowcytometrie. Laryngoskopické metody (laryngoskopie, laryngostroboskopie, vysokofrekvenční videolaryngoskopie, videokymografie), fyziologické metody (elektroglotografie, fotoglotografie, pneumografie, pneumotachografie, měření subglotického tlaku), akustické metody (mikrofonní záznam, akustická spektrografie, hlasové pole, MDVP, DSI). Měření hlasové zátěže (hlasová dozimetrie, dávka časová, dávka kmitů a vzdálenosti, vyzářená a disipativní energie při fonaci, použití akcelerometrů pro záznam hlasu). Native and denaturation electrophoresis of proteins and pigment-protein complexes. Gel scanners and imaging. HPLC of photosynthetic pigments. EPR methods, spin-rapping, spin-labeling, electron spin echo, optically detected magnetic resonance, ENDOR method. Linear and circular dichroism. FTIR and Raman Resonance Spectroscopy. Photoacoustic spectroscopy. Gasometric methods. Kinetics of luminescence, thermoluminescence and chemiluminescence, biofoton emission. Atomic force microscopy, near field and STM. Optical shears, micromanipulation with molecules. Fluorescence microscopy and fluorescence imaging. Instrumental technique for fluorescence spectroscopy, measurement of excited state times in the time and frequency domain, solvent effects, excited reaction, quenching fluorescence, fluorescence anisotropy, FRET, autofluorescence of proteins. Chromatography (HPLC) in the study of biopolymers. DNA and protein electrophoresis. Methods of molecular biophysics in the study of DNA modifications of biologically important agents: DNA binding, inter-chain bridging, angiogenesis, chemistry of DNA conformation probes, methods of study of protein interactions with DNA, DNA repair methods in vitro and in vivo. High resolution cytometry methods. Raman's optical activity (ROA). Vibrational spectroscopy of biopolymers: infrared and Raman spectroscopy. Absorption, LD and CD spectroscopy - principles of methods and applications for the study of the properties of biopolymers. Fluorescence techniques - FRET and their use in DNA study. SPM (AFM ...) for the study of biopolymers. Factor analysis of vibrational spectra. Calorimetry of biopolymers. Flow cytometry.

30/113

Laryngoscopic methods (laryngoscopy, laryngostroboscopy, high-frequency videolaryngoscopy, videokymography), physiological methods (electroglotography, photoglotography, pneumography, pneumotachography, subglatical pressure measurement), acoustic methods (microphone recording, acoustic spectrography, , DSI). Measurement of voice load (voice dosimetry, time dose, oscillation and distance dose, radiated and dissipative energy in phoning, use of accelerometers for voice recording).

Studijní literatura a studijní pomůcky Amesz J., Hoff A. J.(ed.). Biophysical Techniques in Photosynthesis. Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, Boston, London, 1996. Baken, R. J., Orlikoff, R. F. Clinical measurement of speech and voice. San Diego, CA: Singular Publishing Group, 2000. Prosser, V. a kol. Experimentální metody biofyziky. Academia Praha, 1989. García-Campana A. M., Bayens W. R. G. Chemiluminescence in Analytical Chemistry. Marcel Dekker, Inc. New York, Basel, 2001. Isenberg G.(ed.). Modern Optics, Electronics and High Precision Techniques in Cell Biology. Springer, Berlin, 1998. Valeur, B. Molecular fluorescence. Wiley-VCH, Weinheim, 2006. Lakowitz, J. R. Principles of fluorescence spectroscopy (2.ed). Kluwer Academic/Plenum Publishers, New York, 1999. Švec, J. Studium mechanicko-akustických vlastností lidského hlasu. PřF UP Olomouc, 1996.


31/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGEF – Experimentální metody fotosyntézy Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 33 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence


Zkouška Forma výuky Přednáška, praktické ukázky


Ústní zkouška

Garant předmětu prof. RNDr. Petr Ilík, Ph.D., RNDr. Martina Špundová, Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu

Každý 10%, přednášky, praktické ukázky, konzultace

Vyučující prof. RNDr. Petr Ilík, Ph.D., doc. RNDr. Dušan Lazár, Ph.D., doc. RNDr. Pavel Pospíšil, Ph.D., doc. Mgr. Andrej Pavlovič, Ph.D., RNDr. Roman Kouřil., Ph.D., RNDr. Martina Špundová, Ph.D., Mgr. Alexandra Husičková, Ph.D., Mgr. Vladimíra Nožková, Ph.D., Mgr. Lukáš Nosek, Ph.D., Mgr. Marek Rác, Ph.D.

Stručná anotace předmětu Sylabus předmětu bude obsahovat témata: 1. Pěstování a popis modelových rostlin 2. Analytické a separační metody 3. Strukturní analýza proteinových komplexů, buněčných membrán a struktur pomocí transmisní elektronové

mikroskopie 4. Aktivita fotosystémů 5. Měření rychlosti fotosyntézy pomocí gazometrických metod 6. Vodní stav rostlin 7. Fluorescence chlorofylu 8. Termoluminiscence a chemiluminiscence 9. Elektronová paramagnetická rezonanční spektroskopie 10. Detekce a charakterizace frakcí separovaných pomocí HPLC

Metodiky (praktická část): 1. Pěstování rostlin v regulovaných podmínkách (1 h) 2. Měření rychlosti fotosyntézy pomocí měření vývinu kyslíku (2 h) 3. Měření rychlosti fotosyntézy pomocí měření asimilace oxidu uhličitého (2 h) 4. Měření termoluminiscence chlorofylu (2 h) 5. Měření fluorescence chlorofylu fluorescenčním zobrazovacím systémem (2 h) 6. Strukturní analýza proteinových komplexů, buněčných membrán a struktur pomocí transmisní elektronové

mikroskopie (2 h) 7. Detekce a charakterizace frakcí separovaných pomocí HPLC (2 h) The syllabus will include the following topics: 1. Growing and description of model plants 2. Analytical and separation methods 3. Structural analysis of protein complexes, cell membranes and structures using transmission electron microscopy 4. Activity of photosystems 5. Measurement of rate of photosynthesis by gasometric methods 6. Plant water status 7. Chlorophyll fluorescence 8. Thermoluminescence and chemiluminescence 9. Electron paramagnetic resonance spectroscopy 10. Detection and characterization of fractions separated by HPLC

Methods (practical part): 1. Plant growing under regulated conditions (1 h) 2. Measurement of photosynthetic rate using measurement of oxygen evolution (2 h) 3. Measurement of photosynthetic rate using measurement of CO2 assimilation (2 h)

32/113

4. Measurement of thermoluminescence of chlorophyll (2 h) 5. Measurement of chlorophyll fluorescence by fluorescence imaging system (2 h) 6. Structural analysis of protein complexes, cell membranes and structures using transmission electron microscopy

(2 h) 7. Detection and characterization of fractions separated by HPLC (2 h)

Studijní literatura a studijní pomůcky 1. Lambers H, Chapin III FS, Pons TL (1998) Plant Physiological Ecology. Springer. New York. 2. Nosek L, Semchonok D, Boekema EJ, Ilík P, Kouřil R (2017) Structural variability of plant photosystem II

megacomplexes in thylakoid membranes. Plant Journal 89, 104-111 3. Hanson DT, Stutz SS, Boyer JS (2016) Why small fluxes matter: the case and approaches for improving

measurements of photosynthesis and (photo) respiration. Journal of Experimental Botany 67, 3027-3039 4. Govender M, Dye PJ, Weiersbye IM, Witkowski ETF, Ahmed F (2009) Review of commonly used remote sensing

and ground-based technologies to measure plant water stress. WATER SA 35, 741-752 5. A word or two about chlorophyll fluorescence and its relation to photosynthesis research - a text for Ph.D. students.

http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.1.4243.0329 6. Amesz J, Hoff AJ (1996) Biophysical Techniques in Photosynthesis. Kluwer Academic Publishers, Dordrecht,

Boston, London. 7. Hemminga MA, Berliner LJ (2007) ESR Spectroscopy in Membrane Biophysics. Series: Biological Magnetic

Resonance, Vol. 27. 8. Halliwell B, Gutteridge J (2007) Free Radicals in Biology and Medicine. Oxford University Press.


33/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGFM – Fluorescenční metody ve fotosyntéze Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence


Zkouška Forma výuky Přednáška, praktické ukázky, konzultace


Ústní zkouška, účast na přednáškách a na praktických ukázkách.

Garant předmětu Doc. RNDr. Dušan Lazár, Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu

Přednášky, konzultace.

Vyučující Doc. RNDr. Dušan Lazár, Ph.D. Stručná anotace předmětu Předmět obsahuje následující okruhy: Typy luminiscencí, Jablonského schéma pro organické molekuly. Fluorescence, fosforescence a zpožděné emise světla chlorofylu v modelových systémech. Fluorescence chlorofylu a, chlorofylu b, karotenoidů a fykobilinů. Parametry fluorescence in vivo. Emisní a excitační spektra při pokojové teplotě a 77K, jejich interpretace a použití. Reabsorpce fluorescence a její řešení. Fluorescenční indukční jev (velmi rychlý, rychlý a pomalý), Centra QB- redukující a neredukující, alfa, beta a další centra. Zhášení fluorescence - fotochemické a nefotochemické. Parametry stanovované z indukčních křivek a indukce zhášení a jejich interpretace. Fluorescenční teplotní křivka, její fáze, parametry a jejich interpretace. Kinetika fluorescence v ps a ns oblasti, doba života fluorescence. Experimentální metody měření jednotlivých parametrů fluorescence chlorofylu. Following topics will be dealt with: Types of luminescence, Jablonski diagram. Fluorescence, phosphorescence and delayed light emission. Chlorophyll a, b, carotenoid and phycobilin fluorescence. Parameters of fluorescence in vivo. Fluorescence emission and excitation spectra at 77K and at room temperature and their interpretation and usage. Fluorescence reabsorption and its solution. Fluorescence induction (very fast, fast, slow). QB-reducing and nonreducing centers, alpha and betta centers. Fluorescence quenching – photochemical and nonphotochemical. Parameters determined from fluorescence induction and their interpretation. Fluorescence temperature curve, its phases, parameters and interpretation. Fluorescence kinetics in picosecond and nanosecond time domain, fluorescence lifetime. Experimental methods for measurement of particular chlorophyll fluorescence parameters. Studijní literatura a studijní pomůcky - Papageorgiou C.C., Govindjee (eds.). Chlorophyll a Fluorescence. A signature of Photosynthesis. Springer, Dordrecht, 2004. - Amesz J., Hoff, A.J. (eds.) Biophysical Techniques in Photosynthesis. Kluwer, Dordrecht, 1996. - Govindjee. Sixty-three Years Since Kautsky: Chlorophyll a fluorescence. Aust. J. Plant Physiol. 22, 131-160, 1995. - jednotlivé vědecké články na daná témata


34/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGFS – Fotosyntéza Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Ústní zkouška

Garant předmětu Prof. RNDr. Petr Ilík, Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu


Vyučující prof. RNDr. Petr Ilík, Ph.D. Stručná anotace předmětu 1. Úvod do fotosyntézy (FS) Základní charakteristika a energetická bilance FS, základní koncept FS, obecná rovnice FS, světelná a temnotní fáze FS, fotosyntetizující organismy (halobaktérie, baktérie, sinice, řasy a vyšší eukaryotické organismy), vztah FS k dalším funkcím rostlin, evoluce FS. 2. Světlo - hnací síla fotosyntézy Fotosynteticky aktivní záření, absorpce a emise fotonů - Jablonského schéma 3. Světlosběrné pigmenty Bakteriochlorofyly a chlorofyly, absorpční spektra - interpretace pásů, chlorofyly v reakčním centru, přídavné pigmenty a jejich funkce (chlorofyl b, fykobiliny, karotenoidy) 4. Přenos excitační energie Mechanismy přenosu energie, koherentní a nekoherentní přenos energie, zobecněná mistrovská rovnice, rezonanční mechanismus - Försterova teorie, rozdělení přenosu dle intenzity interakce, jiné mechanismy přenosu energie, homogenní a heterogenní přenos energie. 5. Stavba fotosyntetického aparátu Typy listů (C3 a C4 rostliny), chloroplasty, příprava suspenze chloroplastů, thylakoidní membrány (TM), grana, struktura a složení TM: lipidy - fázová separace, separace frakcí obohacených o PSII a PSI, bílkoviny v TM, pigment-proteinové komplexy (PPC), nativní elektroforéza PPC, světlosběrné komplexy LHC, struktura a organizace LHC v TM. 6. Přenos elektronů a protonů Halobaktérie, bakteriorhodopsin, reakční centrum - obecný princip činnosti, bakteriální reakční centrum, sinice a vyšší rostliny: fotosystém II, fotosystém I. 7. Regulační mechanismy na úrovni thylakoidních membrán Emersonův efekt, přechod stav 1 - stav 2, xantofylový cyklus. 8. Fluorescence chlorofylu Parametry a vlastnosti fluorescence, spektrofluorimetry, kvalita spekter, zkreslující efekty, fluorescence chlorofylu a "in vivo" - kvantový výtěžek, spektrum při různých teplotách, interpretace emisních pásů, kinetika fluorescence chlorofylu a, fluorescenční indukční jev (FIJ) - měření, charakteristický průběh, parametry FIJ, kvantový výtěžek fotochemie fotosystému II, zhášení fluorescence, heterogenita fotosystémů I a II. Fosforescence, zpožděná fluorescence a termoluminiscence chlorofylu. 9. Stres rostlin a fotosyntéza Pojetí stresu rostlin, aklimace, aklimatizace a adaptace rostlin, fotoinhibice, vysokoteplotní, nízkoteplotní a mrazový stres, stres ultrafialovým zářením a další stresy. 1. Introduction to photosynthesis (FS) Basic characteristics and energy balance FS, basic FS concept, FS equation, light and dark phase FS, photosynthetic organisms (halobacteria, bacteria, cyanobacteria, algae and higher eukaryotic organisms), FS relation to other plant functions, FS evolution. 2. Light - The driving force of photosynthesis Photosyntetically active radiation, absorption and photon emission - Jablonski diagram 3. Light-source pigments Bacteriochlorophylls and chlorophylls, absorption spectra - strip interpretation, chlorophylls in the reaction center, additional pigments and their functions (chlorophyll b, phycobilins, carotenoids)

35/113

4. Transmit excitatory energy Energy transmission mechanisms, coherent and incoherent energy transfer, generalized master equations, resonance mechanism - Förster theory, transmission distribution according to intensity of interaction, other mechanisms of energy transfer, homogeneous and heterogeneous energy transmission. 5. Construction of the photosynthetic apparatus Types of leaves (C3 and C4 plants), chloroplasts, preparation of chloroplast suspensions, thylakoid membranes (TM), grana, structure and composition TM: lipids - phase separation, separation of PSII and PSI enriched fractions, TM proteins, pigment protein complexes PPC), native PPC electrophoresis, LHC light complexes, LHC structure and organization in TM. 6. Transmission of electrons and protons Halobacteria, bakterihodopsin, reaction center - general principle of activity, bacterial reaction center, cyanobacteria and higher plants: photosystem II, photosystem I. 7. Regulation mechanisms at the level of thylakoid membranes Emerson effect, transition status 1 - state 2, xanthophyll cycle. 8. Chlorophyll fluorescence Parameters and properties of fluorescence, spectrofluorometry, quality spectra, distortion effects, chlorophyll fluorescence and "in vivo" - quantum yield, spectrum at different temperatures, emission of emission bands, chlorophyll fluorescence kinetics, fluorescence induction (FIJ) FIJ parameters, quantum yield of photochemistry of photosystem II, quenching fluorescence, heterogeneity of photosystems I and II. Phosphoresence, delayed fluorescence and chlorophyll thermoluminescence. 9. Plant stress and photosynthesis Concepts of plant stress, acclimation, acclimatization and adaptation of plants, photoinhibition, high temperature, low temperature and freezing stress, ultraviolet radiation stress and other stress. Studijní literatura a studijní pomůcky Buchnan, B., Grussem, W., Jones, R.:. Biochemistry & Molecular Biology of Plants, Wiley 2002. Kaplanová a kol. Fyzikální základy fotosyntézy. UK Praha, 1987. Blankenship, R.E. Molecular Mechanisms of Photosynthesis. Blackwell Science, 2002. Hall, D.O., Rao K.K. Photosynthesis. 6th edition, Cambridge University Press 1999. Lawlor, D.W. Photosysnthesis: Molecular, Physiological and Environmental Processes. BIOS Scientific Publishers, 2001. Taiz, L., Zeiger, E.. Plant Physiology. 5th edition. Sinauer Associates, Inc. 2010.


36/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGIB – Interakce biomolekul Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Ústní zkouška

Garant předmětu Doc. RNDr. Martin Kubala, Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu


Vyučující Doc. RNDr. Martin Kubala, Ph.D. Stručná anotace předmětu Typy vazeb, iontové interakce, interakce iontů s dipóly, interakce iontů s indukovanými dipóly, van der Waalsovy interakce, dipól-dipólové interakce, interakce dipólů s indukovanými dipóly, interakce indukovaných dipólů, kovalentní vazby, teorie molekulových orbitalů, vodíkové vazby. Proteiny a nukleové kyseliny, interakce stabilizující jejich strukturu, vodíkové vazby, solné můstky, hydrofobní interakce, vliv okolního prostředí (pH, iontová síla). Reaktivní skupiny proteinů a nukleových kyselin, jejich kovalentní interakce, kvantitativní charakteristika kovalentních interakcí. Nekovalentní interakce proteinů a nukleových kyselin, kvantitativní charakterizace nekovalentních interakcí, vazebné konstanty, modely s více vazebnými místy vazba do malého a velkého žlábku DNA, interkalace. Strukturní motivy nekovalentních interakcí, vazba do malého a velkého žlábku DNA, interkalace, vazebné kapsy. Design spektroskopického experimentu pro zkoumání molekulárních interakcí, přímý experiment, kompetitivní experiment, značení biomolekul a ligandů, vyhodnocení experimentu. Nerovnovážné interakce, kinetika reakcí, mechanismy inhibice enzymových reakcí, experimentální metody sledování kinetiky na různých časových škálách. Modelování molekulárních interakcí, molekulární docking, kvantově-chemické metody. Bonding types, ion interactions, dipole ion interactions, dipole-induced ion interactions, van der Waals interactions, dipole-dipole interactions, dipole-induced dipole interactions, induced dipole interactions, covalent linkages, molecular orbital theory, hydrogen bonds. Proteins and nucleic acids, structure-stabilizing interactions, hydrogen bonds, salt bridges, hydrophobic interactions, environmental influences (pH, ionic strength). Reactive groups of proteins and nucleic acids, their covalent interactions, quantitative characterization of covalent interactions. Non-covalent interactions of proteins and nucleic acids, quantitative characterization of non-covalent interactions, binding constants, models with multiple binding sites binding to small and large DNA grooves, intercalations. Structural motifs of non-covalent interactions, binding to small and large DNA grooves, intercalations, binding pockets. Design of spectroscopic experiment for the investigation of molecular interactions, direct experiment, competitive experiment, labeling of biomolecules and ligands, evaluation of the experiment. Non-equilibrium interactions, reaction kinetics, mechanisms of inhibition of enzyme reactions, experimental methods of kinetic monitoring on different time scales. Modeling of molecular interactions, molecular docking, quantum-chemical methods. Studijní literatura a studijní pomůcky P. R. Bergethon, The Physical Basis of Biochemistry, Springer, New York (1998) A. Pingoud et al., Biochemical Methods, Wiley-VCH; Weinheim (2002). J.A. Tuszynski and M. Kurzynski, Introduction to Molecular Biophysics. CRC Press, Boca Raton (2003). M. Kubala et al., Limitations in linearized analyses of binding equilibria: binding of TNP-ATP to the H4-H5 loop of Na / K-ATPase, Eur. J. Biophys. 32, 363-369 (2003) M. Kubala et al., Fluorescence Competition Assay for the Assessment of ATP Binding to an Isolated Domain of Na+, K+-ATPase, Physiol. Res., 53, 109-113 (2004).

Informace ke kombinované nebo distanční formě

37/113

Rozsah konzultací (soustředění) 40 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

38/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGMP – Modelování fotosyntetických procesů Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence


Zkouška Forma výuky Přednáška, konzultace


Ústní zkouška, účast na přednáškách.

Garant předmětu Doc. RNDr. Dušan Lazár, Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu

Přednáška, konzultace.

Vyučující Doc. RNDr. Dušan Lazár, Ph.D. Stručná anotace předmětu Předmět obsahuje následující okruhy: Vyhodnocování experimentálních data a statistika. Modelování přenosu excitací a primární fotochemie. Modelování přenosu elektronu v thylakoidní membráně. Modelování fotosyntetických temnostních reakcí. Metabolická kontrolní analýza. Oscilující systémy. Following topics will be dealt with: Evaluation of experimental data and statistics. Modelling of energy transfer and primary photochemistry. Modelling of electron transport in thylakoid membrane. Modelling of photosynthetic dark reactions. Metabolic control analysis. Oscillating systems.

Studijní literatura a studijní pomůcky - Laisk A., Nedbal L., Govindjee (eds). Photosynthesis in Silico. Kluwer, Dordrecht, 2008. - von Caemmerer C. Biochemical Models of Leaf Photosynthesis. CSIRO Publishing, Collingwood, Australia, 2000. - jednotlivé vědecké články na daná témata


39/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGMB – Molekulární biofyzika Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Ústní zkouška

Garant předmětu prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc., prof. RNDr. Jana Kašpárková, Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu

Každý 50%, konzultace.

Vyučující prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc., prof. RNDr. Jana Kašpárková, Ph.D. Stručná anotace předmětu Sylabus předmětu obsahuje témata jako: Vznik a vývoj života. Buňka, buněčné organely. Biologické membrány-základní funkce a struktura. Fyzikální vlastnosti biologických membrán. Organizace membránových lipidů. Fázové přechody. Pohyblivost membránových komponent. Membránový transport. Základní charakteristika hlavních transportních mechanismů. Prostá difúze. Přenos iontů přes membránu. Zprostředkovaná difúze (přenašeče, kanály). Aktivní transport. Sekundární aktivní transport. Příjem a zpracování informace membránami. Fyzikální signály. Vnější chemické signály. Molekuly buněčného povrchu. Buněčné rozpoznávání. Receptory, receptorová odpověď. Endocytóza zprostředkovaná receptory. Buněčná adheze. Dynamika buňky, cytoskelet. Buněčné kontakty. Molekulární motory. Aktivní pohyb. Složení a struktura chromozómů. Genové manipulace, technologie rekombinantní DNA. Origin and evolution of life. Cell, cellular organelle. Biological membranes - basic function a structure. Physical properties of biological membranes. Organization of membrane lipids. Phase transitions. Mobility of membrane components. Membrane transport. Basis characteristics of major transport mechanisms. Diffusion. Transfer of ions across membrane. Mediated diffusion (carriers, channels).Active transport. Secondary active transport. Reception and processing of information by membranes. Physical signals. External chemical signals. Molecules of cell surface. Cellular recognition. Receptors, receptor response. Endocytosis mediated by receptors. Cellular adhesion. Cell dynamics: Cytoskeleton. Cellular contacts. Molecular motors. Active motion. Composition and structure of chromosomes. Gene manipulations, recombinant DNA technology. Studijní literatura a studijní pomůcky

1) Tuszynski, J. A., & Kurzynski, M. (2003). Introduction to molecular biophysics. Boca Raton: CRC Press. 2) Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., Walter, P., Wilson, J., & Hunt, T. (2008).

Molecular biology of the cell. New York, N.Y: Garland Science. 3) Creighton, T. E. (2010). The physical and chemical basis of molecular biology. [Great Britain]:

Helvetian Press. 4) Bergethon, P. R. (1998). The physical basis of biochemistry: the foundations of molecular biophysics.

New York: Springer. Informace ke kombinované nebo distanční formě

Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím

http://library.upol.cz/i2/i2.search.cls?ictx=upol&src=upol_us_cat-0&show_lim=0&field=T001&zf=UF_UPOL&term=m0123783



http://library.upol.cz/i2/i2.search.cls?ictx=upol&src=upol_us_cat-0&show_lim=0&field=T001&zf=UF_UPOL&term=0041209

http://library.upol.cz/i2/i2.search.cls?ictx=upol&src=upol_us_cat-0&show_lim=0&field=T001&zf=UF_UPOL&term=0041209



40/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGBM – Molekulární biologie mutagenů Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Ústní zkouška

Garant předmětu prof. RNDr. Jana Kašpárková, Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu

Konzultace

Vyučující prof. RNDr. Jana Kašpárková, Ph.D. Stručná anotace předmětu Přednáška bude diskutovat roli mutagenů v živých organizmech, mechanismy jejich reakcí s nukleovými kyselinami a mechanismy oprav poškození vzniklých jejich působením Zvláštní kapitola bude věnována metodám studia interakcí mutagenů s nukleovými kyselinami. Probíraná problematika bude členěna následujícím způsobem: Chemické látky jako mutageny a kancerogeny, mutace, vznik a typy mutací. Základní vlastnosti nukleových kyselin: Chemické složení, struktura a vlastnosti nukleových kyselin. Mechanismus přenosu genetické informace a jejích změn (replikace, transkripce). Určení sekvence nukleových kyselin (endonukleázy, exonukleázy, restriktázy, chemická /Maxam-Gilbertova/ metoda, terminační /Sangerova/ metoda) - stručné opakování znalostí z molekulární biologie a biofyziky. Reakce mutagenů, kancerogenů a cytostatik: přímé reakce, metabolické aktivace; cytostatika- typy nejčastěji používaných cytostatik. Oprava poškození DNA v savčích buňkách (bázové excisní opravy, nukleotidové excisní opravy, oprava chybného párování, oprava dvořetězcových zlomů, tolerantní opravy). Metody studia reakcí mutagenů, kancerogenů a cytostatik s DNA - vazba na DNA, detekce a charakterizace aduktů DNA-karcinogen, sekvenční preference vazby, tvorba meziřetězcových můstků, změny konformace a stability DNA, reakce s buněčnými proteiny a opravy poškozené DNA, metody a postupy pro určení mutagenity chemických látek. The course will discuss the role of mutagens in living organisms, mechanisms underlying their reactions with nucleic acids and mechanisms of repair of the damage induced by their action. A particular chapter will be devoted to the methods used in the studies of interactions of mutagens with nucleic acids. The issues will be divided in the following way: Chemical compounds as mutagens and carcinogens, mutations, origin and types of mutations Basic properties of nucleic acids: Chemical composition, structure and properties of nucleic acids. Mechanism of transfer of genetic information and its changes (replication, transcription). Determination of nucleotide sequence of nucleic acids (endonucleases, exonucleases, restriction enzymes, chemical /Maxam-Gilbert/ method, the chain-termination /Sanger/ method) - brief repetition of knowledge from molecular biology and biophysics Reactions of mutagens, carcinogens and cytostatics: direct reactions, metabolic activation; cytostatics- types of most frequently used cytostatics. Repair of damaged DNA in mammalian cells; total repair, excision repair (base excision repair, nucleotide excision repair), mismatch repair, repair of double strand breaks, tolerant repair 5. Methods used to study reactions of mutagens, carcinogens and cytostatics with DNA; DNA binding, detection and characterizations of DNA adducts of carcinogens, sequence preference of DNA binding, formation of interstrand cross-links, alterations of conformation and stability of DNA, reactions with cellular proteins and repair of damaged DNA, methods and procedures for determination of mutagenicity of chemical compounds. Studijní literatura a studijní pomůcky

1) Nicolini, C. Biophysics of Cancer. Plenum Press, New York, 1983. 2) Rick, N. G. Drugs. From Discovery to Approval. Wiley, Hoboken, 2004. 3) Singer, B., Grunberger, D. Molecular Biology of Mutagens and Carcinogens. Plenum Press, New York,

1983.


41/113

42/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGSR – Stresy rostlin Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence


Zkouška Forma výuky Seminář, konzultace


Ústní zkouška; průběžné studium a aktivní účast na seminářích

Garant předmětu RNDr. Martina Špundová, Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu

Vedení semináře, konzultace

Vyučující RNDr. Martina Špundová, Ph.D. Stručná anotace předmětu Definice stresu u rostlin (koncepce stresu, stresové faktory, stresová reakce, aklimace a adaptace). Společné mechanismy stresových reakcí rostlin (stresové proteiny, reaktivní formy kyslíku, stresové hormony, osmoregulační látky). Oxidativní stres. Fotoinhibice. Stres vyvolaný UV zářením. Vysokoteplotní a nízkoteplotní stres. Senescence a programovaná buněčná smrt. Vodní deficit, osmotický stres, zasolenost půdy. Herbicidy. Zvýšená koncetrace CO2. Stres vyvolaný toxickými látkami ve vzduchu (ozón) a v půdě (těžké kovy). Stres nedostatkem výživy. Biotický stres, fytopatogenní organismy. Definition of stress (conception of stress, stress factors, stress reaction, acclimation and adaptation). Common mechanisms of plant stress reactions (stress proteins, reactive oxygen forms, stress phytohormones, osmo-regulating compounds). Oxidative stress. Photoinhibition. Stress induced by UV radiation. High-temperature and low-temperature stress. Senescence and programmed cell death. Water deficit, osmotic stress, soil salinity. Herbicides. Increased CO2 concentration. Stress induced by toxic substances in air (ozone) and in soil (heavy metals). Stress induced by nutrient deficiency. Biotic stress, phytopathogenic organisms. Studijní literatura a studijní pomůcky 1. Jenks M.A., Hasegawa P. M. (Eds.) Plant Abiotic Stress. Blackwell, Oxford, 2005. 2. Inzé D., van Montagu M. (Eds.) Oxidative Stress in Plants. Taylor & Francis, London, 2002. 3. Gan S. (Ed.) Senescence Processes in Plants. Annual Plant Reviews, Vol. 26. Blackwell, Oxford, 2007. 4. Demmig-Adams B., Adams W.W.III, Mattoo A.K. (Eds.) Photoprotection, Photoinhibition, Gene Regulation, and

Environment. Springer, Netherlands, 2006. 5. Huang J.-S. (Ed.) Plant Pathogenesis and Resistance. Biochemistry and Physiology of Plant-Microbe Interactions.

Kluwer Academic Publishers, 2001.

Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 20 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím [email protected]

43/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGNK – Struktura, vlastnosti a funkce nukleových kyselin Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Ústní zkouška

Garant předmětu prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc. Zapojení garanta do výuky předmětu

Konzultace

Vyučující prof. RNDr.Viktor Brabec, DrSc. Stručná anotace předmětu Sylabus předmětu obsahuje témata jako: Struktura monomerních složek nukleových kyselin. Konformace DNA. A-, B-, Z-DNA. Roll, slide, tilt, twist, rise, propeller twist. Neobvyklé struktury DNA. Zakřivení DNA. Přechod šroubovice-klubko, síly stabilizující dvoušroubovici DNA, hypochromní a hyperchromní efekt. Vyšší organizace DNA, nadšroubovice. Replikace, transkripce a translace. Nukleosomy, chromosomy, chromatin. Enzymy ovlivňující vlastnosti DNA. Oprava poškození DNA. Struktura a vlastnosti RNA. Typy RNA. Ribosomy. Replikace, transkripce, translace. Structure of monomer units of nucleic acids. DNA conformation. A-, B-, Z-DNA. Roll, slide, tilt, twist, rise, propeller twist. Unusual DNA structures. DNA curvature. Helix-coil transition, forces stabilizing DNA double helix, hypochromic and hyperchromic effect. Higher organization of DNA, supercoiled DNA. Replication, transcription and translation. Nucleosomes, chromosomes, chromatin. Enzymes affecting properties of DNA. Repair of DNA damage. Structure and properties of RNA. Types of RNA. Ribosomes. Replication, transription and translation. Studijní literatura a studijní pomůcky 1. M.G. Blackburn, M.J. Gait, D. Loakes, D.M. Williams Nucleic Acids in Chemistry and Biology. 3rd Ed., Oxford:

Oxford University Press, 2006. 2. R.R. Sinden, Richard R. DNA structure and function. San Diego: Academic Press, 1994. xxiii, 398. ISBN 0-12-

645750-6. 3. R.L.P. Adams, J.T. Knowler, D.P. Leader, The Biochemistry of Nucleic Acids. 10th edit. London : Chapman and Hall,

1986. 4. Z. Šípal, P. Anzenbacher, P. Peč, J. Pospíšil, I. Růžička, Biochemie, SPN, 1992. 5. S. Rosypal: Úvod do molekulární biologie, díl I.-IV., Vydavatel: S. Rosypal, 1997, 1998. 6. J. D. Watson, N.H. Hopkins, J.W. Roberts, J. Argetsinger Steitz, A. M. Weiner, Molecular biology of the gene, The

Benjamin/Cummings Publishing Company, Inc., 1987. 7. B. Lewin, Genes V, Oxford University Press, 1994. 8. B. Alberts a kol., Základy buněčné biologie, Espero Publishing, Ústí nad Labem, 2005. 9. W. Saenger, Principles of Nucleic Acid Structure, Springer-Verlag New York Inc, 1984.


44/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGHR – Vědy o hlasu, řeči a sluchu Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Ústní zkouška, vypracování zadaných úkolů

Garant předmětu RNDr. Jan Švec, Ph.D. et Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu


Vyučující RNDr. Jan Švec, Ph.D. et Ph.D. Stručná anotace předmětu - Anatomie a fyziologie hlasového a řečového ústrojí, dýchací cesty a hrtan, chrupavčitá kostra, svaly a nervy ovládající nastavení hlasivek, struktura hlasivek, nastavení výšky a síly tónu. - Anatomie a fyziologie dýchání. - Akustika hlasu a řeči - hlas jako akustický signál, základy akustiky, kmity a vlny, tvorba hlasu a řeči v hlasovém ústrojí člověka, teorie zdroje a filtru. - Tvorba samohlásek v dutinách vokálního traktu, rezonance dutin, akustické rozlišení samohlásek - formanty. - Objektivní a subjektivní vlastnosti tónu, sluchové pole, základy psychoakustiky (frekvence vs. výška tónu, akustický tlak, hladina akustického tlaku, hladiny stejné hlasitosti [fon]). - Sluch: anatomie sluchového orgánu (vnější, střední a vnitřní ucho), teorie slyšení, vnitřní a vnější vláskové buňky, vzdušné a kostní slyšení. - Metody vyšetření sluchu, základy audiologie: sluchové zkoušky ladičkami, audiogram, tympanografie, otoakustické emise, BERA. - Sluchové vady a jejich korekce, sluchadla. - Akustický záznam hlasu a řeči - zařízení pro záznam hlasu, druhy mikrofonů a jejich charakteristiky, požadavky na vlastnosti mikrofonů (frekvenční charakteristika, směrová charakteristika, proximity efekt, dynamický rozsah - šum a přebuzení), předzesilovač a jeho nastavení pro záznam hlasu, analogově-digitální převod (vzorkovací frekvence, bitové rozlišení), typy zvukových souborů (wav, mp3 a další), spojovací kabely a konektory. - Akustické vlastnosti hlasu a řeči - frekvence, síla a spektrum (pravidelnost hlasu - perturbace, jitter, shimmer, tři typy hlasů z hlediska pravidelnosti a jejich rozpoznání, energie hlasu, intenzita, hladina intenzity, hladina akustického tlaku, vliv vzdálenosti mikrofonu od úst, vliv místnosti, kalibrace záznamu akustického tlaku). - Kmitání hlasivek. - Hlasové rejstříky: terminologie, vnímání rejstříků zpěvákem a posluchačem, tvorba hlasových rejstříků - 4+1 faktorů (hlasivky a jejich kmitání, vokální trakt, subglotický trakt a zpětné vazby na kmity hlasivek), spojité a náhlé přechody mezi rejstříky, teorie nelineární dynamiky, bifurkace hlasu, přeskoky z hrudního rejstříku do falzetu a subharmonická fonace, charakteristický interval přeskoku mezi hrudním a falzetovým rejstříkem, módy kmitání hlasivek. - Hlasový rozsah člověka a jeho měření, hlasové pole. - Mikrofony, Akustické a fyziologické metody vyšetření hlasu: snímání mikrofonem, spektrální analýza, elektroglotografie, pneumografie, pneumotachografie, laryngoskopie, videokymografie, fotoglotografie, přímé a nepřímé měření subglotického tlaku. - Hlasové poruchy a principy jejich léčby, hlasová hygiena. - Řeč: samohlásky versus souhlásky, artikulace, akustická analýza řeči, spektroskopie, automatické rozpoznávání řeči. - Anatomy and physiology of voice and speech system, airways and larynx, cartilaginous skeleton, muscles and nerves controlling vocal adjustment, vocal structure, height adjustment and tone. - Anatomy and breathing physiology. - Acoustics of voice and speech - Voice as acoustic signal, acoustics, vibrations and waves, Voice and speech creation in human voice, Source theory and filter. - Creation of vowels in vocal cavity, cavity resonance, acoustic resolution of vowels - formants. - Objective and subjective tone, hearing, basics of psychoacoustics (frequency vs. tone, sound pressure, sound pressure levels, levels of the same volume [phon]). - Hearing: anatomy of hearing organ (outer, middle and inner ear), hearing theory, internal and external hair cells, air and

45/113

bone hearing. - Hearing methods, basics of audiology: auditory auditory tests, audiogram, tympanography, otoakustic emission, BERA. - Hearing defects and corrections, hearing aids. - Voice and Speech Acoustic Recording - Voice Recording Equipment, Microphone Types and Their Characteristics, Microphone Features (Frequency Response, Directional Characteristics, Nearness Effect, Dynamic Range - Noise and Overclocking), Preamplifier and Voice Recording Settings, digital conversion (sampling rate, bit resolution), audio file types (wav, mp3 and more), connecting cables and connectors. - Acoustic properties of voice and speech - frequency, strength and spectrum (regularity of voice - perturbation, jitter, shimmer, three types of voices in terms of regularity and their recognition, voice energy, intensity, intensity level, sound pressure level, microphone distance from mouth, Room influence, Calibration of sound recording). - Vibration of vocal cords. - Voice registers: terminology, perceptions of vocalists and listener, creation of voice registers - 4 + 1 factors (vocal cords and their vibrations, vocal tract, subglotic tract and feedback on vocal vibrations), continuous and sudden transitions between registers, bifurcation of the voice, jumps from the chest index to the phalzet and subharmonic phonation, characteristic interval of jump between the chest and phalzet register, voice vocalization modes. - Voice range of human and its measurement, voice field. - Microphones, Acoustic and Physiological Methods of Voice Examination: Microphone Scanning, Spectral Analysis, Electroglotography, Pneumography, Pneumotachography, Laryngoscopy, Videokymography, Photoglotography, Direct and Indirect Subglotic Pressure Measurement. - Voice disorders and principles of their treatment, voice hygiene. - Speech: vowels versus consonants, articulation, acoustic speech analysis, spectroscopy, automatic speech recognition. Studijní literatura a studijní pomůcky [1] Palková, Z. Fonetika a fonologie češtiny. Praha: Karolinum, 1994. [2] Dršata, J. a kol. Foniatrie - hlas, Havlíčkův Brod: Tobiáš, 2011. [3] Švec. J. Studium mechanicko-akustických vlastností lidského hlasu. Olomouc: Univerzita Palackého, Přírodovědecká fakulta, Katedra experimentální fyziky, 1996. [4] Pdf přednášek [5] Titze, I. R. Principles of voice production (second printing). Iowa City, IA: National Center for Voice and Speech, 2000 [6] Švec, J. Studium mechanicko-akustických vlastností lidského hlasu. PřF UP Olomouc, 1996. [7] Sedláček, K. Základy audiologie. Státní zdravotnické nakladatelství, Praha, 1956. [8] Mrázková, E., Mrázek, J., Lindovská, M. Základy audiologie a objektivní audiometrie. Medicínské a sociální aspekty sluchových vad, Ostrava: Ostravská univerzita, Zdravotně sociální fak., 2006. [9] Vybrané časopisecké publikace. [10] English: literature will be supplied by Dr. Švec.

Informace ke kombinované nebo distanční formě Rozsah konzultací (soustředění) 40 hodin Informace o způsobu kontaktu s vyučujícím Skype, e-mail

46/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGVR – Volné radikály v biologii a biomedicíně Typ předmětu Povinně volitelný, ZT doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence


Zkouška Forma výuky Přednáška


Ústní zkouška

Garant předmětu doc. RNDr. Pavel Pospíšil, Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu


Vyučující doc. RNDr. Pavel Pospíšil, Ph.D. Stručná anotace předmětu 1. Charakterizace reaktivních forem kyslíku (ROS). Definice ROS, molekulární kyslík, rozdělení ROS podle elektronové konfigurace a tvorby. Tvorba ROS, excitované formy molekulárního kyslíku, reakce typu II a dekompozice peroxide (dioxetanu a tetroxidů), redukované formy molekulárního kyslíku, redukce molekulárního kyslíku (jednoelektronová a dvouelektronová), oxidace vody (jednoelektronová a dvouelektronová). Eliminace ROS, eliminace excitovaných forem molekulárního kyslíku (fyzikální a chemická), eliminace redukovaných forem molekulárního kyslíku (neenzymatická a enzymatická). ROS reakce, oxidace biomolekul (protein, lipidů a nukleových kyselin) radikálovými a neradikálovými ROS. 2. Tvorba ROS. Tvorba ROS přenosem excitační energie. Tvorba singletního kyslíku reakcí typu II v kůži a fotosyntetických systémech. Dekompozice peroxide v buňce (dioxetan a tetroxide). Tvorba ROS přenosem elektronu, tvorba superoxidového aniontového radikálu jednoelektronovou redukcí molekulárního kyslíku v mitochondriích, chloroplastech, plazmatické membráně, mikrotělíscích, endoplazmatickém retikulu, tvorba peroxidu vodíku jednoelektronovou redukcí superoxidového aniontového radikálu v mitochondriích, chloroplastech, plazmatické membráně, tvorba peroxidu vodíku dvouelektronovou redukcí molekulárního kyslíku a dvouelektronovou oxidací vody. Tvorba hydroxylového radikálu redukcí peroxidu vodíku volnými a vázanými kovy. 3. Antioxidační systém. Neenzymatické antioxidanty, bilirubin, kyselina alfa lipoová, koenzyme Q10, kyselina močová, melanin, glutathione, kyselina askorbová, alfa-tokoferol, karotenoidy. Enzymatické antioxidanty, superoxid dismutasa, typy SOD, peroxidasa, typy peroxidas. 4. Oxidativní poškození biomolekul. Radikálem-indukované oxidativní poškození biomakromolekul, oxidace lipidů hydroxylovým radikálem a superoxidovým aniontovým radikálem, oxidace proteinů hydroxylovým radikálem a superoxidovým aniontovým radikálem, oxidace bází hydroxylovým radikálem a superoxidovým aniontovým radikálem. Neradikálové oxidativní poškození biomakromolekul, oxidace lipidů singletním kyslíkem a peroxidem vodíku, oxidace proteinů singletním kyslíkem a peroxidem vodíku, oxidace bází singletním kyslíkem a peroxidem vodíku. 5. Volné radikály na buněčné úrovni. Fáze oxidativního stresu v buňce, vznik oxidativního stresu v buňce, adaptace buňky na oxidativní stress, buněčné poškození, buněčná smrt, oxidativní poškození biomolekul, oxidativní poškození protein, lipidů a nukleových kyselin. 6. Molekulární mechanismus tvorby volných radikály u některých nemocí a stárnutí. Arteioskleróza, cukrovka, ischemie, Alzheimerova a Parkinsonova nemoc, Nádorová onemocnění (buněčný cyklus a volné radikály, karcinogeny, oxidativní stres a chemoterapie). Proces stárnutí, molekulární mechanismus stárnutí, výživa, antioxidační terapie. 7. Metody detekce volných radikálů. EPR spin-trapping spektroskopie, detekce superoxidového aniontového radikálu, hydroxylového radikálu a singletního kyslíku. Detekce ROS pomocí absorpčních a luminiscenčních metod, biomarkery oxidativního poškození proteinů, lipidů a nukleových kyselin. 1. ROS characterization. ROS definition, characterization of molecular oxygen, characterization of ROS, classification according to electron configuration and formation. ROS formation, excited form of molecular oxygen, type II reaction, decomposition of peroxides (dioxetane and tetroxide), reduced form of molecular oxygen, reduction of molecular oxygen (one-electron and two-electron reduction), oxidation of water (one-electron and two-electron oxidation). ROS scavenging, scavenging of excited form of molecular oxygen (physical and chemical), scavenging of reduced form of molecular oxygen (non-enzymatic and enzymatic scavenging). ROS reaction, characterization of biomacromolecule oxidation, radical-induced oxidation of biomacromolecule, radical-induced oxidation of amino acid and lipids, radical-induced oxidation of bases, non-radical-induced oxidation of biomacromolecule, non-radical-induced oxidation of amino acid and lipids, non-radical-induced oxidation of bases. 2. ROS formation. ROS formation by energy transfer, type II reaction (skin photosensitizers and chlorophylls), decomposition of peroxides (dioxetane and tetroxide), ROS formation by electron transport, superoxide anion radical in

47/113

mitochondria, chloroplasts, plasma membranes, microbodies and endoplasmic reticulum, hydrogen peroxide in mitochondria, chloroplasts, plasma membranes, hydroxyl radical (free and bound metals). 3. Antioxidant defense system. Non-enzymatic antioxidant, bilirubin, lipoic acid, coenzyme Q10, uric acid, melanin, glutathione, ascorbate, alfa-tocopherol, carotenoids. Enzymatic antioxidant, Superoxide dismutase, types of SOD, peroxidases, types of peroxidases. 4. Oxidative damage of biomolecules. Radical-induced oxidative damage to biomolecules, oxidation of lipids, proteins and nucleic acids by hydroxyl radical and superoxide anion radical, non-radical-induced oxidative damage of biomolecules, oxidation of lipids, proteins and nucleic acids by singlet oxygen and hydrogen peroxide. 5. Oxidative damage to biomolecules and cells. Oxidative damage to biomolecules, oxidative damage to nuclei acid, lipid peroxidation, oxidative damage to proteins, cellular responds to oxidative stress (proliferation, adaptation, cell damage, cell death). 6. Molecular mechanisms of free radical production in disease. Arteriosclerosis, diabetes, ischaemia, Parkinson’s and Alzheimer’s disease, cancer (cell cycle and free radicals, carcinogens, oxidative stress and chemotherapy). 7. Spectroscopic ROS detection. EPR spin-trapping spectroscopy (superoxide anion radical, hydroxyl radical and singlet oxygen). Detection of ROS by absorption and emission methods (superoxide anion radical, singlet oxygen and hydrogen peroxide). Studijní literatura a studijní pomůcky Štípek, S. a kolektiv. Antioxidanty a volné radikály ve zdraví a nemoci. Praha, Grada Publishing, 2000. Halliwell, B., Gutteridge, J.M.C. Free radicals in biology and medicine. Oxford University Press, 2007.


48/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu PRF/PGMVV – Management vědy a výzkumu Typ předmětu Povinně volitelný, PZ doporučený ročník / semestr 1/ L/Z Rozsah studijního předmětu hod. 20 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence


Kolokvium Forma výuky Přednáška


Ústní zkouška

Garant předmětu prof. Mgr. Ondřej Bábek, Ph.D. Zapojení garanta do výuky předmětu

30%, přednášky a konzultace.

Vyučující prof. Mgr. Ondřej Bábek, Ph.D., Ing. Michaela Holecová, prof. MVDr. Emil Tkadlec, CSc.

Stručná anotace předmětu Student získá základní přehled z problematiky projektového managementu, které mu umožní podávat vlastní projektové návrhy. Dále student získá přehled základních principů vědecké práce, nutné pro vlastní výzkumnou činnost, získá nformace o scientometrii a vědecké etice a získá informace o systému financování výzkumu. The student will get a basic overview of project management issues, which will allow him / her to submit his own project proposals. Students will also get an overview of basic principles of scientific work necessary for their own research activities, gain information on scientometry and scientific ethics and obtain information on the research funding system.

Studijní literatura a studijní pomůcky Tkadlec, E. Strategie a metody vědecké práce v přírodních vědách: filozofické názory a komunikační dovednosti.

Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2011. ISBN 978-80-244-2675-4


49/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGOP1 – Odborný předmět z NMgr. 1 Typ předmětu Povinně volitelný, PZ doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu 50 hod. 50 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Ústní zkouška

Garant předmětu doc. RNDr. Dušan Lazár, Ph.D. – garant programu Zapojení garanta do výuky předmětu

5%

Vyučující Garant daného předmětu.

Stručná anotace předmětu Student po dohodě se školitelem navštěvuje přednášky a složi zkoušku z předmětu z nabídky pro navazující magisterské studium, který není v nabídce povinně volitelných odborných předmětů Katedry biofyziky pro doktorské studium a znalost daného předmětu je vyžadována vzhledem k řešení disertační práce a dosavadnim znalostem studenta. Studijní literatura a studijní pomůcky Relevantní odborná knižní literatura dle daného vyučovaného předmětu.


50/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGV1 – Výuka odborného předmětu na UP 1 Typ předmětu Povinně volitelný, PZ doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu 50 hod. 50 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Participace studenta na výuce vybraného předmětu v rozsahu minimálně 2 vyučovacích hodin týdně po dobu jednoho semestru.


5%

Vyučující Garant předmětu, na jehož výuce se student podílí

Stručná anotace předmětu Zapojení studenta do výuky vybraného předmětu v bakalářském či magisterském fyzikálním studijním programu na PřF UP v Olomouci. Příprava studenta na výuku. Výukové aktivity dle formy výuky (cvičení, semináře, praktická cvičení, laboratorní cvičení) s důrazem na individuální charakter této výuky a práci s jednotlivými bakalářskými a magisterskými studenty. Studijní literatura a studijní pomůcky Relevantní odborná knižní literatura dle daného vyučovaného předmětu.


51/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGIM1 – První autor publikace v časopise s IF 1 Typ předmětu Povinně volitelný, PZ doporučený ročník / semestr 3/S/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 25 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Písemná Hlavní autor publikace v mezinárodním vědeckém časopise s nenulovým impaktním faktorem evidovaný v databázi WOS.

Garant předmětu doc. RNDr. Dušan Lazár, Ph.D.. – garant programu Zapojení garanta do výuky předmětu

1%

Vyučující Školitelé a konzultanti jednotlivých studentů

Stručná anotace předmětu Získání nových teoretických a/nebo experimentálních vědeckých výsledků. Příprava vědecké publikace na základě dosažených výsledků. Publikování této publikace jako hlavní autor v mezinárodním vědeckém časopise s nenulovým impaktním faktorem evidovaném v databázi WOS. Studijní literatura a studijní pomůcky Odborná časopisecká a knižní literatura dle zaměření a tématu připravované vědecké publikace.


52/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGIM2 – První autor publikace v časopise s IF 2 Typ předmětu Povinně volitelný, PZ doporučený ročník / semestr 4/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 25 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence

Prerekvizita: KBF/PGIM1






1%




53/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGIC1 – Spoluautor publikace v časopise s IF 1 Typ předmětu Povinně volitelný, PZ doporučený ročník / semestr 2S/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 13 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence






1%


Stručná anotace předmětu Získání nových teoretických a/nebo experimentálních vědeckých výsledků. Příprava vědecké publikace na základě dosažených výsledků. Publikování této publikace jako spoluautor v mezinárodním vědeckém časopise s nenulovým impaktním faktorem evidovaném v databázi WOS. Studijní literatura a studijní pomůcky Odborná časopisecká a knižní literatura dle zaměření a tématu připravované vědecké publikace.


54/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGIC2 – Spoluautor publikace v časopise s IF 2 Typ předmětu Povinně volitelný, PZ doporučený ročník / semestr 2/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 13 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence

Prerekvizita: KBF/PGIC1






1%




55/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGIM3 – První autor publikace v časopise s IF 3 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 4/S/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 25 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence







1%




56/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGIM4 – První autor publikace v časopise s IF 4 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 4/S/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 25 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence







1%




57/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGIM5 – První autor publikace v časopise s IF 5 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 4/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 25 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence







1%




58/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGIC3 – Spoluautor publikace v časopise s IF 3 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 4L/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 13 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence







1%




59/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGIC – Spoluautor publikace v časopise s IF 4 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 4/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 13 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence







1%




60/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGIC5 – Spoluautor publikace v časopise s IF 5 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 4/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 13 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence







1%




61/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGVP1 – Vedení bakalářské nebo diplomové práce 1 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 2/L Rozsah studijního předmětu 26p+13c hod. 39 kreditů 10 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Kombinovaná


5%


Stručná anotace předmětu Stanovení aktuálního a odborně významného tématu bakalářské nebo diplomové práce souvisejícího s výzkumnými aktivitami doktoranda. Systematické vedení studenta bakalářského nebo navazujícího magisterského studijního programu při řešení bakalářské nebo diplomové práce za odborného dohledu školitele, pravidelné konzultace s vedeným studentem, předávání poznatků a zkušeností formou individuální výuky bakalářského nebo magisterského studenta a jeho zapojování do výzkumu. Organizace postupu prací při vedení kvalifikační práce. Rozvoj pedagogických a komunikačních dovedností při této činnosti. Kontrola a připomínkování obsahu a struktury výsledné bakalářské nebo diplomové práce. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální odborná časopisecká a knižní literatura dle tématu kvalifikační práce.


62/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGVP2 – Vedení bakalářské nebo diplomové práce 2 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 3/L Rozsah studijního předmětu 26p+13c hod. 39 kreditů 10 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence

Prerekvizita: KBF/PGVP1




Kombinovaná


5%


Stručná anotace předmětu Stanovení aktuálního a odborně významného tématu bakalářské nebo diplomové práce souvisejícího s výzkumnými aktivitami doktoranda. Systematické vedení studenta bakalářského nebo navazujícího magisterského studijního programu při řešení bakalářské nebo diplomové práce za odborného dohledu školitele, pravidelné konzultace s vedeným studentem, předávání poznatků a zkušeností formou individuální výuky bakalářského nebo magisterského studenta a jeho zapojování do výzkumu. Organizace postupu prací při vedení kvalifikační práce. Rozvoj pedagogických a komunikačních dovedností při této činnosti. Kontrola a připomínkování obsahu a struktury výsledné bakalářské nebo diplomové práce. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální odborná časopisecká a knižní literatura dle tématu kvalifikační práce.


63/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGSZ1 – Stáž u potenciálního zaměstnavatele 1 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 2/L/Z Rozsah studijního předmětu 40 hod. 40 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Kombinovaná Zpracování stručné zprávy o absolvované stáži. Vyhodnocení průběhu stáže se školitelem.


5%

Vyučující Školitelé a konzultanti jednotlivých studentů, na pracovišti potenciálního zaměstanvatele zodpovedný pracovník k tomu určený

Stručná anotace předmětu Odborná stáž u budoucích zaměstnavatelů relevantních pro studijní program Biofyzika například Photon Systems Instruments, Drásov (vývoj a výroba přístrojů na měření funkce rostlin), nebo příslušné ústavy AV ČR. Minimální délka stáže činí 5 pracovních dnů. Studijní literatura a studijní pomůcky Propagační materiály daného zamětsnavatele a informace a meteriály poskytnuté odpovědným pracovníkem daného zamestnavatele


64/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGSZ2 – Stáž u potenciálního zaměstnavatele 2 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 3/L/Z Rozsah studijního předmětu 40 hod. 40 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence

Prerekvizita: KBF/PGSZ1




Kombinovaná Zpracování stručné zprávy o absolvované stáži. Vyhodnocení průběhu stáže se školitelem.


5%

Vyučující Školitelé a konzultanti jednotlivých studentů, na pracovišti potenciálního zaměstanvatele zodpovedný pracovník k tomu určený

Stručná anotace předmětu Odborná stáž u budoucích zaměstnavatelů relevantních pro studijní program Biofyzika například Photon Systems Instruments, Drásov (vývoj a výroba přístrojů na měření funkce rostlin), nebo příslušné ústavy AV ČR. Minimální délka stáže činí 5 pracovních dnů. Studijní literatura a studijní pomůcky Propagační materiály daného zamětsnavatele a informace a meteriály poskytnuté odpovědným pracovníkem daného zamestnavatele


65/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGOP2 – Odborný předmět z NMgr. 2 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 2/L/Z Rozsah studijního předmětu 50 hod. 50 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence

Prerekvizita: KBF/PGOP1




Ústní zkouška


5%

Vyučující Garant daného předmětu.

Stručná anotace předmětu Student po dohodě se školitelem navštěvuje přednášky a složi zkoušku z předmětu z nabídky pro navazující magisterské studium, který není v nabídce Volitelných odborných předmětů Katedry biofyziky pro doktorské studium a znalost daného předmětu je vyžadována vzhledem k řešení disertační práce a dosavadnim znalostem studenta. Studijní literatura a studijní pomůcky Relevantní odborná knižní literatura dle daného vyučovaného předmětu.


66/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGV2 – Výuka odborného předmětu na UP 2 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 2/L/Z Rozsah studijního předmětu 50 hod. 50 kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence

Prerekvizita: KBF/PGV1




Participace studenta na výuce vybraného předmětu v rozsahu minimálně 2 vyučovacích hodin týdně po dobu jednoho semestru.


5%

Vyučující Garant předmětu, na jehož výuce se student podílí

Stručná anotace předmětu Zapojení studenta do výuky vybraného předmětu v bakalářském či magisterském fyzikálním studijním programu na PřF UP v Olomouci. Příprava studenta na výuku. Výukové aktivity dle formy výuky (cvičení, semináře, praktická cvičení, laboratorní cvičení) s důrazem na individuální charakter této výuky a práci s jednotlivými bakalářskými a magisterskými studenty. Studijní literatura a studijní pomůcky Relevantní odborná knižní literatura dle daného vyučovaného předmětu.


67/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGPK2 – Prezentace na konferenci 2 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 3/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence

Prerekvizita: KBF/PGPK1






5%


Stručná anotace předmětu Výběr vhodného aktuálního vědeckého výsledku dosaženého studentem pro prezentaci na konferenci a výběr vhodné konference pro prezentaci tohoto výsledku. Příprava materiálů pro zaslání příspěvku na konferenci (abstrakt). Příprava prezentace na konferenci ve formě posteru nebo ústní přednášky. Aktivní účast na konferenci a prezentace výsledku formou přednášky či posteru. Aktivní komunikace s účastníky konference, odpověď na otázky týkající se prezentovaného výsledku. Zpracování stručné zprávy o účasti na konferenci. Vyhodnocení prezentace na konferenci se školitelem a případně i konzultantem. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální časopisecká a knižní literatura dle tématu prezentace.


68/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGOS4 Odborný seminář 4 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 4/L Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 5 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence





Ústní



Vyučující školitelé a konzultanti jednotlivých doktorandů



69/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGO1 – Oponování závěrečné práce 1 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 2/L Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 3 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Písemná. Napsání oponentského posudku a účast na obhajobě závěrečné práce.


5%

Vyučující Školitelé a konzultanti jednotlivých bakalářských a magisterských studentů

Stručná anotace předmětu Přečtení bakalářské nebo diplomové práce a napsání posudku na tuto práci. Účast na obhajobě závěrečné práce, přečtení posudku a účast v hlasování o výsledku obhajoby závěrečné práce. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální časopisecká a knižní literatura dle tématu prezentace.


70/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGO2 – Oponování závěrečné práce 2 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 3/L Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 3 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence

Prerekvizita: KBF/PGO1




Písemná. Napsání oponentského posudku a účast na obhajobě závěrečné práce.


5%

Vyučující Školitelé a konzultanti jednotlivých bakalářských a magisterských studentů

Stručná anotace předmětu Přečtení bakalářské nebo diplomové práce a napsání posudku na tuto práci. Účast na obhajobě závěrečné práce, přečtení posudku a účast v hlasování o výsledku obhajoby závěrečné práce. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální časopisecká a knižní literatura dle tématu prezentace.


71/113

B-III – Charakteristika studijního předmětu Název studijního předmětu KBF/PGPA1 – Popularizační aktivity na UP 1 Typ předmětu Volitelný doporučený ročník / semestr 1/L/Z Rozsah studijního předmětu hod. kreditů 2 Prerekvizity, korekvizity, ekvivalence




Účast na některé popularizační aktivitě propagující UP, nebo PřF, nebo obor Biofyzika.


5%

Vyučující

Stručná anotace předmětu Účast na některé popularizační aktivitě propagující UP, nebo PřF, nebo obor Biofyzika. Příprava raklamní vývěsky, nebo prezentace, nebo příprava a provedeni exprimentu nebo teoretických simulací před širokou veřejností. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální časopisecká a knižní literatura dle tématu prezentace.


72/113


Prerekvizita: KBF/PGPA1






5%

Vyučující

Stručná anotace předmětu Účast na některé popularizační aktivitě propagující UP, nebo PřF, nebo obor Biofyzika. Příprava raklamní vývěsky, nebo prezentace, nebo příprava a provedení exprimentu nebo teoretických simulací před širokou veřejností. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální časopisecká a knižní literatura dle tématu prezentace.


73/113


Prerekvizita: KBF/PGPA2






5%

Vyučující

Stručná anotace předmětu Účast na některé popularizační aktivitě propagující UP, nebo PřF, nebo obor Biofyzika. Příprava raklamní vývěsky, nebo prezentace, nebo příprava a provedení exprimentu nebo teoretických simulací před širokou veřejností. Studijní literatura a studijní pomůcky Aktuální časopisecká a knižní literatura dle tématu prezentace.


74/113

B-IV – Údaje o odborné praxi Charakteristika povinné odborné praxe Odborná praxe není v doktorském studiu vyžadována; je nahrazena zahraniční stáží.

Rozsah týdnů hodin Přehled pracovišť, na kterých má být praxe uskutečňována Smluvně zajištěno Zajištění odborné praxe v cizím jazyce (u studijních programů uskutečňovaných v cizím jazyce)

75/113

C-I – Personální zabezpečení

Stávající doktorský studijní obor Biofyzika je na PřF UP v Olomouci realizován od roku 1991 a do současné doby ho úspěšně absolvovalo 61 studentů. Vědecká kvalita absolventů je na vysoké úrovni. Díky dlouhé tradici existuje na Katedře biofyziky (KBF) velmi dobré personální zázemí pro garanci tohoto oboru – doktorský studijní program je personálně zabezpečen kmenovými pracovníky Katedry biofyzik PřF UP, mezi něž patří 4 profesoři a 5 docentů: Profesoři: prof. RNDr. Jan Nauš, CSc. prof. RNDr. Petr Ilík, Ph.D. prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc. prof. RNDr. Jana Kašpárková, Ph.D. Docenti: doc. RNDr. Dušan Lazár, Ph.D. doc. RNDr. Pavel Pospíšil, Ph.D. doc. RNDr. Martin Kubala, Ph.D. doc. Mgr. Andrej Pavlovič, Ph.D. doc. RNDr. Karolína Machalová Šišková, Ph.D. Tito odborníci kromě výuky působí jako školitel doktorských prací. Stejnou činnost vykonávají i další kmenoví pracovníci KBF PřF UP, kteří pro účely školitelé doktorských prací byli uznaní Vědeckou radou PřF UP. Jsou to tito 4 pracovníci: RNDr. Martina Špundová, Ph.D. RNDr. Jan G. Švec, Ph.D. et Ph.D. RNDr. Roman Kouřil, Ph.D. Ankush Prasad, M.Sc., Ph.D. První 3 z výše uvedených zaměstnanců aktivně pracují na své habilitaci, kterou by měli zrealizovat do 1 roku. Z toho důvodu jsou Dr. Špudovou a dr. Švecem už nyní uvedení jako garanti základních teoretických předmětů profilujícího základu studijního programu Biofyzika. Do realizace studijního programu budou zapojeni i další pracovníci Katedry biofyziky, odborní asistenti a akademičtí vědečtí pracovníci, kteří se budou podílet na vědecké výchově doktorandů jako konzultanti a budou participovat na výuce odborných předmětů v tomto doktorském studijním programu. Jedná se o: Mgr. Alexandra Husičková, Ph.D. Mgr. Lukáč Nosek, Ph.D. Mgr. Vladimíra Nožková, Ph.D. Mgr. Jitka Prachřová, Ph.D. Mgr. Marek Rác, Ph.D. Pravin Kumar Subbaraj, M.Tech., Ph.D. V současnosti na Katedře biofyziky působí 19 akademických pracovníků s titulem Ph.D. nebo CSc. Příležitostně v režimu „double-degree“ jsou školiteli doktorandů i zahraniční experti. Tak tomu v minulosti bylo v případě prof. Patricka Trouillase, University of Limoges, Francie (český školitel doc. Kubala) a v současnosti je u prof. Egberta J. Boekemy, University of Groningen, Nizozemí (česky školitel dr. Kouřil). Garantem doktorského studijního programu Biofyzika je doc. Dušan Lazár, který patří k předním světovým odborníkům v oblasti chlorofylové fluorescenční indukce a matematického modelování fotosyntetických procesů. Docent Lazár je autorem 41 prací evidovaných na WOS, citační ohlas 1169 citací (s vyloučením autocitací), h-index 21. Dále uvádíme životopisy jednotlivých výše uvedených pracovníků ve formátu odpovídajícím formulářům C1 akreditačního spisu.

76/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Viktor Brabec Tituly Prof. RNDr., DrSc. Rok narození 1944 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40.0./týd. do kdy 8/2019 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40.0./týd. do kdy 8/2019 Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ PřF UJEP, Brno, obor biofyzika, 1966 RNDr.: PřF UJEP, Brno, obor biofyzika,1971 CSc. (ekvivalent PhD.): Československá akademie věd, Praha, obor biofyzika, 1972 DrSc.: Československá akademie věd, Praha, obor biofyzika, 1986 profesor: Masarykova universita, Brno, obor biofyzika, 2002 Údaje o odborném působení od absolvování VŠ

1967-1969, studijní pobyt, Biofyzikální ústav ČSAV, Brno; 1969-1972, vědecká aspirantura, Biofyzikální ústav ČSAV, Brno; 1972 – 1975, vědecký pracovník, Biofyzikální ústav AV ČR, Brno; 2008-doposud, profesor PřF UPOL. 1978 – doposud, vedoucí vědecký pracovník, vedoucí oddělení Molekulární biofyziky a farmakologie, Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i., Brno;

Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Školitel ~20 doktorandů, vedoucí ~10 diplomových (bakalářských) prací, člen dvou oborových rad doktorských studijních programů (PřF Masarykova universita, Brno; FMFI Universita Komenského) Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni Panel GAČR, 1997-2003; 2013-doposud; Oborová komise GAČR, 2013-2017. Člen řídících výborů mezinárodních akcí COST (1993-2015, koordinátor akce COST D39). Člen hodnotících panelů EC, FP6, FP7 a Horizon 2020. Člen Českého komitétu pro biofyziku. 1998 – 2002, 2006 - 2010, člen Sněmu Akademie věd ČR. Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** docent 1998 PřF MU WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

>8500 profesor 2002 PřF MU Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání 1. Brabec, V., Hrabina, O. and Kasparkova, J. (2017) Cytotoxic platinum coordination compounds. DNA binding agents. Coord. Chem. Rev., 351, 2-31. 2. Kasparkova, J., Kostrhunova, H., Novakova, O., Křikavová, R., Vančo, J., Trávníček, Z. and Brabec, V. (2015) A photoactivatable platinum(IV) complex targeting genomic DNA and histone deacetylases. Angew. Chem. Int. Ed., 54, 14478-14482. 3. Malina, J., Farrell, N.P. and Brabec, V. (2014) Substitution-inert trinuclear platinum complexes efficiently condense/aggregate nucleic acids and inhibit enzymatic activity. Angew. Chem. Int. Ed., 53, 12812-12816. 4. Brabec, V., Howson, S.E., Kaner, R.A., Lord, R.M., Malina, J., Phillips, R.M., Abdallah, Q.M.A., McGowan, P.C., Rodger, A. and Scott, P. (2013) Metallohelices with activity against cisplatin-resistant cancer cells; does the mechanism involve DNA binding? Chem. Sci., 4, 4407-4416. 5. Howson, S.E., Bolhuis, A., Brabec, V., Clarkson, G.J., Malina, J., Rodger, A. and Scott, P. (2012) Optically pure, water-stable metallo-helical 'flexicate' assemblies with antibiotic activity. Nature Chemistry, 4, 31-36. Působení v zahraničí 1976-1977, vědecký pracovník, Department of Chemistry, University of Oklahoma, USA; 1984 a 1987, hostující profesor, Yokohama National University, Yokohama, Japonsko; 1991-1993, Directeur de Recherche, Centrum molekulární biofyziky, CNRS, Orleans, Francie;

77/113

1995 – 2000, International Research Scholar, Howard Hughes Medical Institute (USA).

Podpis datum datum 18.5.2018

78/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Alexandra Husičková Tituly Mgr. , Ph.D. Rok narození 1978 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ 1997 – 2003: Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci, obor: Biofyzika a chemická fyzika, získaný titul: Mgr. 2003 – 2010 Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci, obor: Biofyzika, získaný titul: Ph.D. Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 2005 - dosud PřF UP Olomouc, odborný asistent 2010 - dosud Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum, junior researcher Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Jsem školitelem 2 bakalářských prací. Byla jsem školitelkou 2 bakalářských a 2 magisterských prací, které již byly obhájeny. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

98 h-index 6 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 7 publikací v impaktovaných časopisech Působení v zahraničí 2005, 6 měsíců: Umeå Plant Science Centre a Swedish University of Agricultural Sciences, Department of Forest Genetics and Plant Physiology, Umeå, Švédsko Podpis datum datum 15.5.2018

79/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Petr Ilík Tituly prof., RNDr., Ph.D. Rok narození 1968 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy N Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ

1986-1991: studium biofyziky a chemické fyziky na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní zkouškou a obhájením diplomové práce, získání titulu Mgr. 1991-1995: postgraduální studium biofyziky na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní doktorskou zkouškou a obhájením disertační práce (1995), získání titulů Ph.D. a RNDr. Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 2011-dosud: profesor PřF UP 2003-2011: docent PřF UP 1995-2003: odborný asistent, PřF UP 1994-1995: odborný pracovník, PřF UP Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Jsem člen vědeckopedagogické rady oboru Fyzika na PřF UP a člen rady DSP oboru Aplikovaná fyzika na PřF OU . Byl jsem školitelem 11 bakalářských prací, 13 magisterských prací a 3 doktorských prací. Jsem garant stávávajícího bakalářského a navazujícího magisterského studia oboru Biofyzika na PřF UP v Olomouci. Jsem vedoucím Katedry biofyziky na a odd. biofyziky CRH PřF na Př. f. UP v Olomouci. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni člen českého Komitétu pro biofyziku (IUPAB) člen International Society of Photosynthesis Research a České společnosti experimentální biologie rostlin Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** biofyzika 2003 MU Brno WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

641 h-index 18 biofyzika - prof. 2011 UP Olomouc Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 10 publikací v impaktovaných časopisech člen řešitelského týmu 3 grantů OP VVV, 1 grantu NPU I (MŠMT), 2 grantů GA ČR řešitel 2 grantů OPVK (MŠMT), 1 grantu TAČR Působení v zahraničí 2002-2005, celkem 6 měsíců: Faculty of Biotechnology, Jagelonian University, Krakow, Poland, research stays Podpis datum datum 15.5.2018

80/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Jana Kašpárková Tituly prof. RNDr., PhD. Rok narození 1969 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy N Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ Mgr.: Přírodovědecká fakulta, Masarykova Univerzita, biochemie, 1993, RNDr.: Přírodovědecká fakulta, Masarykova Univerzita, biochemie, 1996 PhD. : Přírodovědecká fakulta, Masarykova Univerzita, biofyzika, 1996 Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 1993- 1996, v rámci doktorského studia pobyt na Biofyzikálním ústavu Akademie věd České republiky, Brno; 1996- 2003, vědecký pracovník, Biofyzikální ústav Akademie věd České republiky, Brno; 2003- dosud, vedoucí vědecký pracovník, Biofyzikální ústav Akademie věd České republiky, Brno; 2001- 2008, odborný pracovník (částečný pracovní úvazek), Přírodovědecká fakulta, Masarykova Univerzita, Brno; 2008- 2011, docent, Přírodovědecká fakulta Univerzity Palackého, Olomouc. 2011-dosud, profesor, Přírodovědecká fakulta Univerzity Palackého, Olomouc.

Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Školitelka bakalářských (dosud celkem 3 obhájené) a diplomových prací (dosud celkem 10 obhájených); školitelka doktorských prací (dosud celkem 8 obhájených prací) Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni 2010- 2014: členka panelu P305 GAČR; 2017-dosud: členka panelu P301 GAČR; 2012-1016: členka "the Management commitee ot the ESF/EC Action CM1105" Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** Biofyzika 2004 MU Brno WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

4421 Biofyzika 2010 UP Olomouc Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání celkem 146 publikací v J imp ,které byly citovány 4420 krát (dle WoS), h = 37 za posledních 5 let celkem 44 publikací v Jimp Od 2011 do 2015 řešitelka 5 projektů Interní grantové agentury Univerzity Palackého v Olomouci

Působení v zahraničí 1998, Institute of Pharmacology and Toxicology, University of Zürich, Švýcarsko; 2001-dosud krátkodobé studijní pobyty na Universita di Bari a Universita di Messina, Itálie; pravidelné krátkodobé studijní pobyty na partnerských pracovištích: Universite Rene Descartes, Paříž, Francie; University of Edinburgh, UK; The Hebrew University of Jerusalem, Israel.


81/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Roman Kouřil Tituly RNDr., Ph.D. Rok narození 1973 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy 31.12.2018 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy 31.12.2018 Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ

1992-1997: studium biofyziky a chemické fyziky na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní zkouškou a obhájením diplomové práce, získání titulu Mgr. 1997-2002: postgraduální studium biofyziky na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní doktorskou zkouškou a obhájením disertační práce (2002), získání titulů Ph.D. a RNDr. Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 2011-dosud: Přírodovědecká fakulta Univerzity Palackého v Olomouci, senior researcher 2002-2011: Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen, Nizozemí, researcher Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Jsem školitelem 2 doktorských prací a byl jsem školitelem 1 doktorské práce. Jsem školitelem 1 magisterské práce a byl jsem školitelem 1 magisterské práce. Jsme školitelem 1 bakalářské práce a byl jsem školitelem 3 bakalářských prací. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

1452 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 9 publikací v impaktovaných časopisech za posledních 5 let hlavní řešitel grantu GAČR a hlavní řešitel evropského grantu Marie Curie FP7-People-CIG 2012 za posledních 5 let spolunavrhovatel grantu GAČR a spoluřešitel grantu EU Horizon 2020-MSCA-ITN-2015 Působení v zahraničí 2002-2011: Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen, Nizozemí, researcher Podpis datum datum 16.5.2018

82/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Martin Kubala Tituly doc., RNDr., Ph.D. Rok narození 1977 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy N Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ 1995 – 2000: studium fyziky, specializace biofyzika, na MFF UK v Praze, získání titulu Mgr. 2000-2003: Postgraduální studium na MFF UK v Praze, získání titulů PhD. a RNDr.

Údaje o odborném působení od absolvování VŠ

07/2003-06/2004: vědecký pracovník na FgÚ a MBÚ AV ČR 07/2004-06/2005: Odborný asistent na oddělení biofyziky na MFF UK v Praze 07/2005-2010: vědecký pracovník na PřF UP v Olomouci 2010 – habilitace v oboru Biofyzika, získání titulu doc. od 2011: docent na Katedře biofyziky na PřF UP v Olomouci od 2018: děkan PřF UP Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Jsem školitelem 1 doktorské, 1 magisterské a 1 bakalářské práce, byl jsem školitelem 10 bakalářských prací, 8 magisterských prací, 1 rigorózní a 4 doktorských prací. Jsem garant Bc. A NMgr. studijního oboru Molekulární biofyzika na PřF UP v Olomouci. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** biofyzika 2010 UP Olomouc WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

517 519 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 17 publikací v impaktovaných časopisech za posledních 5 let hlavní řešitel 2 grantů MŠMT, spoluřešitel 1 grantu GAČR, 2 grantů OP VaVpI a 1 grantu NPU I, vše od MŠMT ČR Působení v zahraničí 06/2000: stáž na Univerzitě Paris-Sud, Orsay, Francie 12/2001: stáž na Jagellonského univerzitě v Krakově, Polsko 05/2002: vedení kursu fluorescenční spektroskopie na Univerzitě v Anconě, Itálie 10/2002–01/2003: Marie-Curie Fellowship na Univerzitě Paris-Sud, Orsay, Francie 10/2006: stáž na Universita degli Studi, Milano, Itálie Podpis datum datum 22.5.2017

83/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Dušan Lazár Tituly doc., RNDr., Ph.D. Rok narození 1972 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy N Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ

1990-1995: studium biofyziky a chemické fyziky na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní zkouškou a obhájením diplomové práce, získání titulu Mgr. 1995-1998: postgraduální studium biofyziky na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní doktorskou zkouškou a obhájením disertační práce (1999), získání titulů Ph.D. a RNDr. Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 2001-dosud: Přírodovědecká fakulta Univerzity Palackého v Olomouci, od 2005 docent 2001: Biologická fakulta, Jihočeská Univerzita, České Budějovice, odborný pracovník 2000-2001: Photon Systems Instruments, Brno, odborný pracovník 1998-2000: Medistyl, Praha, odborný pracovník Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Jsem školitelem 2 doktorských prácí. Byl jsem školitelem 4 bakalářských prací, 2 magisterských prací a 2 doktorských prací. Jsem garant stávajícího doktorského studijního oboru biofyzika na Př. f. UP v Olomouci. Jsem předseda rady stávajícího doktorského studijního oboru biofyzika na Př. f. UP v Olomouci. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** biofyzika 2005 UP Olomouc WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

1169

h-index 21 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 10 publikací v impaktovaných časopisech za posledních 5 let spoluřešitel 3 grantů OP VVV a 1 grantu NPU I, vše od MŠMT ČR od roku 2009 dosud associate editor mezinárocního impaktovaného časopisu Photosynthetica Působení v zahraničí 2012, 3 týdny: School of Physics, University of New Soouth Wales, Sydney, Australia, research stay 2011, 6 měsíců: Department of Botany, University of British Columbia, Vancouver, Canada, visitng scientist 2002-2004, celkem 4 měsíce: Faculty of Biotechnology, Jagelonian University, Krakow, Poland, post-doc research stays Podpis datum datum 20..2018

84/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Lenka Luhová Tituly doc. RNDr., Ph.D. Rok narození 1961 typ vztahu k VŠ pp. rozsah 40/týd. do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program pp. rozsah 40/týd. do kdy N Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ 1984 – studijní obor biochemie na Přírodovědecké fakultě Univerzity J. E. Purkyně v Brně (nynější Masarykova univerzita) – titul RNDr. 1997 – doktorské studium oboru lékařská chemie a biochemie na lékařské fakultě Univerzity Palackého v Olomouci – titul Ph.D

Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 1984–1985: Ústav lékařské chemie LF UJEP Brno – asistent 1985–1986: Ústav lékařské chemie LF UP Olomouc – vědecký aspirant 1991–1992: VŠÚZ Olomouc – výzkumný pracovník 1992–2003: Katedra biochemie PřF UP Olomouc – odborný asistent 2004–dosud: Katedra biochemie PřF UP Olomouc – docent 2012-dosud: vedoucí Katedry biochemie PřF UP.

Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Vedení prací: 17 obhájených bakalářských prací, 23 diplomových prací a 2 disertační práce, u 2 obhájených disertačních prací konzultant. Aktuálně vedení 2 BP, 2 DP a 3 disertačních prací. Garant: Bc. a NzMg. studijního oboru Biochemie v rámci studijního programu Biochemie. Oborové rady doktorských studijních programů: místoředseda oborové komise doktorského studijního programu Biochemie na PřF UP v Olomouci, člen oborové komise doktorského studijního programu Biofyzika na PřF UP, Biochemie na VŠCHT v Praze a člen oborové komise pro Strukturní biologii, PhD programu Life Sciences PřF MU v Brně. Vypracování oponentských posudků: posouzení 7 disertačních prací a 2 habilitačních prací jako oponent.

Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni

Členka České společnosti pro biochemii a molekulární biologii (ČSBMB) (od 2000, 5 let člen výboru) a Biotechnologické společnosti (od 2015). Předsedkyně oborové komise FRVŠ projektů (do roku 2013).

Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** Fyziologie rostlin 2003 MZLU Brno WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

673/540 664 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání Pedagogická činnost za posledních 10 let (vše na PřF UP Olomouc): 5 přednáškových celosemestrálních kurzů (garantuje a přednáší), pro které připravila elektronické výukové materiály 2 oborové semináře (garantuje)

85/113

1 základní cvičení z biochemie (garantuje) Výzkumné projekty: 1) 2012-2015: P501/12/0590: Charakterizace procesů zapojených v indukci resistence rostlin na patogeny s využitím elicitinů se změněnou schopností vyvolávat obranné reakce (hlavní řešitel) 2) 2005-2011: MSM 6198959215 Variability of components and interactions in plant pathosystem and impact of environmental factors on their expression (spoluřešitel) Projekty pro rozvoj studijního programu: 1) 2009- 2012 OP VK 2.3 CZ.1.07/2.3.00/09.0018 AescuLab - systematické laboratorní vzdělávání studentů a pracovníků VaV v oblasti Life Sciences s podporou e-learningu (hlavní řešitel), 2) 2010-2013: OP VK CZ.1.07/2.2.00/15.0271 ImBio. E-learningová podpora praktické výuky biochemie a imunologie (hlavní řešitel) 3) 2012-2014: OP VK CZ.1.07/2.4.00/31.0133 BiochemNet. Vytvoření sítě pro podporu spolupráce biomedicínských pracovišť a zvýšení uplatnitelnosti absolventů biochemických oborů v praxi (spoluřešitel), 4) 2012-2015: OP VK CZ.1.07/2.2.00/28.0171 FytoChem. Mezioborová integrace výuky zaměřená na rostlinnou biochemii a fytopatologii (spoluřešitel). Akreditace studijního programů: bakalářská Biochemie, navazující Biochemie, akreditace oboru habilitačního řízení /oboru řízení ke jmenování profesorem (2014) Pět nejvýznamnějších publikací za posledních 5 let: 1) Satková P, Starý T, Plešková V, Pečínková M, Kašparovský T, Činčalová-Kubienová L, Luhová L, Mieslerová B, Mikulík J, Lochman J and Petřivalský M (2016) Diverse responses of wild and cultivated tomato to BABA, oligandrin and 4 Oidium neolycopersici infection. Ann Bot (2017) 119 (5): 829-840. 2) Tichá T, Činčalová L, Kopečný D, Sedlářová M, Kopečná M, Luhová L, Petřivalský M (2016) Characterization of S-nitrosoglutathione reductase from Brassica and Lactuca spp. and its modulation during plant development Nitric Oxide, 2016 Dec 8. pii: S1089-8603(16)30187-2. doi: 10.1016/j.niox.2016.12.002 3) Piterková J, Luhová L, Navrátilová B, Sedlářová M, Petřivalský M (2015) Early and long-term responses of cucumber cells to high cadmium concentration are modulated by nitric oxide and reactive oxygen species. Acta Physiologiae Plantarum 37:19 4) Kubienová, L., Tichá, T., Jahnová, J., Luhová, L., Mieslerová, B., Petřivalský, M. (2014) Effect of abiotic stress stimuli on S-nitrosoglutathione reductase in plants Planta 239, 139-146 5) Kubienová, L., Kopečný, D., Tylichová, M., Briozzo, P., Skopalová, J., Šebela, M., Navrátil, M., Tâche, R., Luhová, L., Barroso, J.B., Petřivalský, M. (2013) Structural and functional characterization of a plant S-nitrosoglutathione reductase from Solanum lycopersicum. Biochimie 95, 889–902; Působení v zahraničí 1996 Německo, University of Bayreuth (3 týdny) 2000 Itálie, University of Roma Tre (3 týdny) 2003 Itálie, University of Roma Tre (2 měsíce)


86/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Karolína Machalová Šišková Tituly doc., RNDr., Ph.D. Rok narození 1979 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy 31.8.2019 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy 31.8.2019 Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ

1998-2003: studium fyzikální chemie na PřF UK v Praze ukončené státní zkouškou a obhájením diplomové práce, získání titulu Mgr. 2003-2006: francouzsko-české postgraduální studium fyzikální chemie na PřF UK v Praze a současně oboru Interbio na Université Pierre et Marie Curie, Paris VI ukončené státní doktorskou zkouškou a obhájením disertační práce (2006), získání titulů Ph.D. a Dr.; 2007 = získání titulu RNDr. na PřF UK v Praze Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 2016-dosud: Přírodovědecká fakulta Univerzity Palackého v Olomouci, od 2014 dekret docent 2016-2014: mateřská a rodičovská dovolená 2013-2009: PřF UP v Olomouci, Katedra fyzikální chemie, odborná asistentka

2009-2008: Fulbrightovo stipendium, Universtiy of California at Santa Barbara, Kalifornie, USA; 2009-2007: Ústav makromolekulární chemie, AV ČR, Praha, výzkumný pracovník Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod.

Jsem školitelkou 2 diplomových prací, 1 jedné bakalářské práce a spoluškolitelkou 1 doktorské práce; byla jsem školitelkou 1 bakalářské prace, 8 magisterských prací a spoluškolitelkou 1 doktorské práce.

Jsem garantem dvou předmětů Nanomateriály (KEF/NM1, KEF/NM2) v rámci navazujícího magisterského studijního oboru nanotechnologie na PřF UP v Olomouci. Jsem garantem předmětu o vibrační spektroskopii (KBF/BVS) a praktika ze spektroskopických metod (KBF/PSM). Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni

členka ediční rady mezinárodního časopisu AIMS Environmental Science členka mezinárodní komise pro posuzování posterů v rámci ACS meeting - 2012 členka mezinárodní komise pro mezinárodní sympozium Environmental Science and Technology - 2013 Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** fyzikální chemie 2014 UP Olomouc WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

759 830 H index 17 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání

za posledních 5 let celkem 13 publikací v impaktovaných časopisech; 1 v neimpaktovaném časopise a 1 v českém odborném recenzovaném časopise, 2 kapitoly v knihách, 1 článek ve sborníku. za posledních 5 let spoluřešitelka 1 grantu MPO a hlavní řešitelk 1 grantu GAČR ocenění za fenomenální přednášku na mezinárodní konferenci Advanced Materials 2017 v Edinburgu, Skotsko Reviewer certificate - za četné hodnotné recenze pro časopis Science of the Total Environment - 2013 Reviewer certificate - za četné hodnotné recenze pro časopisy ACS společnosti - 2011 Působení v zahraničí 2003-6, 3x6 měsíců: Université Pierre et Marie Curie, Paris VI a laboratoře BioMoCeTi, doktorandka 2006, 2 týdny: Department of Chemistry, University of California at Santa Barbara, USA, výzkumný pobyt

87/113

2008-2009, celkem 10 měsíců: Department of Chemistry, University of California at Santa Barbara, USA, výzkumný pobyt v rámci Fulbrightova stipendia 2012, 2 týdny: Florida Institute of Technology, Melbourne, Florida, USA, výzkumný pobyt Podpis datum datum 18.5.2018

88/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Jan Nauš Tituly Prof., RNDr.,CSc. Rok narození 1948 typ vztahu k VŠ PP rozsah 20/týd. do kdy 2021 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 20/týd. do kdy 2021 Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ 1971- ukončil studia na MFF UK v Praze, obor: experimentální fyzika Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 1972-1980- na MFF UK v Praze aspirant (do 1975), odb. pracovník (1975 - 1978), odb. asistent (1978 - 1980), 1978 RNDr., CSc. 1980-2002- na PřF UP v Olomouci odborný asistent (1980 - 1985), docent (1985 - 2002) 2009-2012 - Ústav experimentální botaniky AV ČR v Praze, šéfredaktor časopisu Photosynthetica, úvazek 0,3-0,5 od 2002 dosud - profesor biofyziky na Přírodovědecké fakultě UP v Olomouci Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Byl jsem školitelem 16 doktorských prací, asi 48 magisterských prací a asi 5 bakalářských prací. Byl jsem členem nebo předsedou asi 10 komisí pro habilitační nebo profesorské řízení. Jsem členem oborových rad doktorských studijních programů na MU v Brně a UO v Ostravě. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni

5 let jsem působil v GAČR jako člen a 2 roky jako předseda sekce. 3,5 roku hlavní editor (editor-in-chief) impaktovaného časopisu Photosynthetica Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** experimentální fyzika 2000 UP Olomouc WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

980 biofyzika 2002 MU BRNO Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 5 publikací v impaktovaných časopisech za posledních 5 let spoluřešitel 1 grantu NPU I, MŠMT ČR Působení v zahraničí 1976 University of Stuttgart (3 měsíce) Němesko, research fellow 1974, 1979, 1980 - Moskevská státní univerzita, Ústav fotosyntézy Puščino, Rusko (celkem 3 měsíce) 1989-1990 University of California, Berkeley, USA (10 měsíců) 2002-2003 Kyungpook National University, Taegu, South Korea (4 měsíce) visiting professor Podpis datum datum 18.5.2018

89/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Lukáš Nosek Tituly Mgr., Ph.D. Rok narození 1988 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy 31.8.2020 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy 31.8.2020 Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ

2007-2010: studium biochemie na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní zkouškou a obhájením bakalářské práce, získání titulu Bc. 2010-2012: studium biochemie na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní zkouškou a obhájením diplomové práce, získání titulu Mgr. 2012-2017: postgraduální studium biofyziky na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní doktorskou zkouškou a obhájením disertační práce (2017), získání titulu Ph.D. Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 2012-dosud: Přírodovědecká fakulta Univerzity Palackého v Olomouci Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Jsem školitelem 2 diplomových prací, byl jsem školitelem 1 bakalářské práce Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

38 45 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 7 publikací v impaktovaných časopisech Působení v zahraničí 2013, 2 týdny: University of Groningen, Nizozemí, výzkumná stáž 2014, 5 týdnů: Universität Osnabrück, Německo, výzkumná stáž 2014, 5 týdnů: University od Groningen, Nizozemí, výzkumná stáž Podpis datum datum 21.5.2018

90/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Vladimíra Nožková Tituly Mgr., Ph.D. Rok narození 1979 typ vztahu k VŠ PP rozsah 32/týd. do kdy 30.6.2021 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 32/týd. do kdy 30.6.2021 Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ 1997 – 2002: Systematická biologie a ekologie, PřF UP v Olomouci (magisterské studium, Mgr.) 2002 – 2007: Biofyzika, PřF UP v Olomouci (doktorské studium, Ph.D) Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 2005 – 2015: vědecký pracovník, PřF UP v Olomouci (2010-2014 mateřská dovolená) 2015 – dosud: akademicko-vědecký pracovník, PřF UP v Olomouci Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

135 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 5 publikací v impaktovaných časopisech Působení v zahraničí 2004, 6 měsíců: Laboratory of Phytopathology,Ghent University, Ghent, Belgium, research stay Podpis datum datum 17.5.2018

91/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Andrej Pavlovič Tituly doc., Mgr., Ph.D. Rok narození 1982 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy 2020 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy 2020 Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Prírodovedecká fakulta, Univerzita Komenského v Bratislave PP 20 Údaje o vzdělání na VŠ

2000-2005: studium fyziologie rostlin na PrF Univerzity Komenského v Bratislave, ukončené státní zkouškou a obhájením diplomové práce, získání titulu Mgr. 2005-2009: postgraduální studium fyziologie rostlin na PrF Univerzity Komenského v Bratislave ukončené státní doktorskou zkouškou a obhájením disertační práce (2009), získání titulu Ph.D. 2015: obhájení habilitační práce na PrF Univerzity Komenského v Bratislave, získaní titulu doc. Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 2013-dosud: Přírodovědecká fakulta Univerzity Palackého v Olomouci, od září 2018 docent 2009-dosud: Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave. Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod.

Jsem školitelem 2 doktorských a 2 magisterských prací, byl jsem školitelem 6 bakalářských prací, 4 magisterských prací a 1 doktorské práce. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni

Národní reprezentant ve společnosti The Federation of European Societies of Plant Biology (FESPB) Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** fyziologie rostlin 2015 UK Bratislava WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

271 274 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 14 publikací v impaktovaných časopisech za posledních 5 let hlavní řešitel jednoho grantu GAČR a dvou grantů VEGA (Ministerstvo školstva Slovenskej republiky) od 2013 redakční rada a od 2016 associate editor mezinárodního časopisu Photosynthetica Působení v zahraničí 2009-2013, 5 let : Comenius University in Bratislava, Slovakia, junior researcher 2010, 1 měsíc: Università di Firenze, Italy, visiting scientist 2007, 3 měsíce: Humboldt University in Berlin, Germany, PhD. research stay Podpis datum datum 16.5.2018

92/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Pavel Pospíšil Tituly doc., RNDr., Ph.D. Rok narození 1971 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy N Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ

1990-1995: studium biofyziky a chemické fyziky na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní zkouškou a obhájením diplomové práce, získání titulu Mgr. 1995-1998: postgraduální studium biofyziky na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní doktorskou zkouškou a obhájením disertační práce (1998), získání titulů Ph.D. a RNDr. Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 1998 – 2004, kontinuální zahraniční praxe 2004 – 2005, vědecký pracovník, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého 2005 – 2008, odboorný asistent, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého 2008 – dosud, docent, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Byl jsem školitem následujích kvalifikačních prácí: Bakalářské práce 3, Diplomové práce 4, Dizertační práce 7 V současnosti jsem školitem následujích kvalifikačních prácí: Bakalářské práce 1, Diplomové práce 1, Dizertační práce 3 Členstvím v habilitačních komisích: 1 Jsem předseda komise pro státní zkoušku prezenčního studia navazujícího magisterského studijního programu N1701 Fyzika, studijního oboru Biofyzika Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni Člen vědecké rady KLOX TECHNOLOGIES INC (Laval, Québec, Canada) Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** biofyzika 2008 UP Olomouc WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

1169 1163 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 22 publikací v impaktovaných časopisech za posledních 5 let spoluřešitel GAČR a člen řešitelského týmu grantu NPU I (MŠMT ČR) a GAČR Působení v zahraničí Katedra biologie, rostlinné fyziologie a molekularní biologie, Univerzita v Turku, Turku, Finsko (3 měsíce) Katedra biologie a botaniky, Philipps Universität, Marburg, Nĕmecko (15 měsíců) Katedra fyziky, Freie Universität Berlín, Berlín, Nĕmecko (12 měsíců) Katedra chemie a chemické biologie, Harvardská univerzita, Cambridge, USA (12 měsíců) Katedra biologie Joliot Curie, CEA Saclay, Gif-sur-Yvette, Francie (24 měsíců) Biotechnologické fakulta, Jagelonského Universita v Krakově, Polsko (3 měsíce) Podpis datum datum 17.5.2018

93/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Jitka Prachařová Tituly Mgr., Ph.D. Rok narození 1985 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy 31. 12. 2018 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy 31. 12. 2018

Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah

Údaje o vzdělání na VŠ 2005-2008: bakalářské studium oboru Molekulární a buněčná biologie na PřF UPOL, získání titulu Bc. 2008-2010: navazující magisterské studium oboru Molekulární a buněčná biologie na PřF UPOL, získání titulu Mgr. 2009-2012: studium oboru Učitelství biologie pro SŠ na PřF UPOL, způsobilost k výuce bilogie na středních školách 2010-2013: postgraduální studium oboru Biofyzika na PřF UPOL ukončené státní doktorskou zkouškou a obhájením disertační práce (2013), získání titulu Ph.D.

Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 01/2014-dosud: vědecko-pedagogický pracovník, CRH odd. biofyziky a Katedra biofyziky PřF UPOL 10/2010-12/2012: vědecký pracovník, Katedra biofyziky PřF UPOL Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Jsem školitelkou 1 magisterské a 2 bakalářských diplomových prací. Byla jsem školitelkou 1 magisterské a 3 bakalářských diplomových prací. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni

Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací**

WOS Scopus ostatní

Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

139 104 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 10 publikací v impaktovaných časopisech za posledních 5 let hlavní řešitelka tří projektů IGA, 2 projektů FRUP, členka týmu 1 grantu GAČR a 1 grantu OP VVV Působení v zahraničí 2011, Institut of Pharmacy, Ernst-Moritz-Arndt Universität Greifswald, Německo (3 měsíce) 2014, Photobiology Unit, Ninewells Hospital & Medical School, Dundee, Skotsko (1 měsíc) Podpis datum datum 16.5.2018

94/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Ankush Prasad Tituly Ph.D. Rok narození 1986 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy 2023 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy 2023 Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ

2006-2008: studium biotechnologie na Institut biologických věd J. Bose, Bundelkhand University, Jhansi, Indie ukončené zkouškou a obhájením diplomové práce, získání titulu MSc. 2009-2013: postgraduální studium biofyziky na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní doktorskou zkouškou a obhájením disertační práce, získání titulů Ph.D. Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 2016-dosud: Přírodovědecká fakulta Univerzity Palackého v Olomouci, vědecký pracovník 2014-2016: Centrum výzkumu biomedicínského inženýrství, Technologický institut Tohoku, Sendai, Japonsko, vedoucí skupiny, Laboratoř biochemie ROS 2013-2014: Přírodovědecká fakulta Univerzity Palackého v Olomouci, vědecký pracovník Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Jsem školitelem 1 doktorské a 1 bakalářské práce. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

163 190 h-index 7 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 12 publikací v impaktovaných časopisech za posledních 5 let vedoucí projektu pro 5 smluvních výzkumných projektů s mezinárodními společnostmi Rok 2018, Guest editor, Frontiers in Physiology Působení v zahraničí 2014-2016, 2 roky: Tohoku Institute of Technology, Sendai, Japan (post-doctoral research) 2012, 3 měsíců: University of Siena, Italy, research stay 2008, 6 měsíců: All India Institute of Medical Science, New Delhi, India, research stay Podpis datum datum 21.5.2018

95/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Marek Rác Tituly Mgr., Ph.D. Rok narození 1986 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy 29.08.2020 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy 29.08.2020 Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ 2004-2008: studium biofyziky na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní zkouškou a obhájením bakalářské práce, získání titulu Bc. 2008-2010: studium biofyziky na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní zkouškou a obhájením diplomové práce, získání titulu Mgr. 2010-2015: postgraduální studium biofyziky na Př. f. UP v Olomouci ukončené státní doktorskou zkouškou a obhájením disertační práce (2015), získání titulu Ph.D.. Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 2008-dosud: Přírodovědecká fakulta Univerzity Palackého v Olomouci, od 2015 postdoc Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Jsem školitelem 1 magisterské práce a 1 bakalářské práce, byl jsem školitelem 1 bakalářské práce, 1 magisterské práce. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni


WOS Scopus ostatní


63 68 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 4 publikace v impaktovaných časopisech Působení v zahraničí 2014, 3 měsíce: Oddělení biochemie , University de Sao Paulo, Sao Paulo, Brazílie, stáž Podpis datum datum 21.5.2018

96/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Martina Špundová Tituly RNDr., Ph.D. Rok narození 1971 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy N Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy N Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ 1989-1994: obor Biofyzika a chemická fyzika, PřF UP v Olomouci, získání titulu Mgr. 1994-2000: postgraduální studium oboru Biofyzika, PřF UP v Olomouci, získání titulů RNDr. a Ph.D. Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 1996 - 2000: PřF UP v Olomouci, vědecký pracovník 2001 - 2010: PřF UP v Olomouci, odborný asistent 2010 - dosud: PřF UP v Olomouci, vědecko-akademický pracovník Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Vedení kvalifikačních prací - obhájené: 2 disertační, 1 rigorózní, 11 diplomových a 6 bakalářských prací. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

420 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání přednášky: Experimentální metody fyziologie rostlin, Fotosyntéza a stres (1/3) publikace: za posledních 5 let 5 impaktovaných publikací (obor Plant Science) certifikovaná metodika (2013) Působení v zahraničí Polsko, Biotechnologická fakulta Jagelonského univerzity v Krakowě (celkem 6 měsíců v letech 2002-2004), účast na projektu Podpis datum datum 22.6.2017

97/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Pravin Kumar Subbaraj Tituly M. Tech, Ph.D. Rok narození 1979 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy 12/2018 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy 12/2018 Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ

1996 -2000: Bachelor of Engineering in Electronics and Instrumentation Engineering, Manonmaniam Sundaranar University, Tirunelveli, India 2001-2003: Master of Technology in Biomedical Engineering, Manipal Institute of Technolgy, Manipal, India 2005 -2011: Doctoral Thesis in Electronics and Communication Engineering, Jawaharlal Nehru Technological University, Hyderabad, India. Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 2006-2016: Associate Professor, Department of Biomedical Engineering, SSN Institutions, Chennai, India.

2005 - 2006 : Lecturer,Department of Electronics and Instrumentation Engineering, Aurora’s College of Engineering, Bhongir, Hyderabad, India. 2003 - 2005 : Lecturer, Department of Biomedical Engineering, Sahrdaya College of Engineering & Technology, Kodakara, Thrissur, India. Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

56 84 h-index 1 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání Působení v zahraničí 2006-2016: Associate Professor, Department of Biomedical Engineering, SSN Institutions, Chennai, India.

2005 - 2006 : Lecturer,Department of Electronics and Instrumentation Engineering, Aurora’s College of Engineering, Bhongir, Hyderabad, India. 2003 - 2005 : Lecturer, Department of Biomedical Engineering, Sahrdaya College of Engineering & Technology, Kodakara, Thrissur, India. Podpis datum datum 21.5.2018

98/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Jan Švec Tituly RNDr., Ph.D. et Ph.D. Rok narození 1966 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40h/týd do kdy 31.8.2019 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40h/týd do kdy 31.8.2019 Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ

2000: Ph.D. v oboru lékařských věd. University of Groningen, Groningen Voice Research Lab (Dept. Biomedical Engineering), Faculty of Medical Sciences, Groningen, Nizozemsko. 1996: Ph.D. (Dr.) v oboru biofyzika. Univerzita Palackého, Př.F., Olomouc. 1990: RNDr. (Mgr.) v oboru fyzikální elektronika a optika . Univerzita Palackého, Př.F., Olomouc. Září 2008-dosud: Odborný asistent. Katedra biofyziky, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci. Září 2007-2008: Odborný pracovník. Oddělení biofyziky, Katedra experimentální fyziky, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci 2001-2007: Zahraniční praxe (USA, Nizozemsko, Švédsko) 1995-dosud: Vědecký pracovník. Medical Healthcom, s.r.o., Hlasové centrum Praha, s.r.o. Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Vedení 4 bakalářských prací (H.Šrámková 2008, Z.Malá 2013, J.Mrštný 2016, D.Valášková 2018), Vedení 4 diplomových prací (H.Šrámková 2010, V. Hampala 2011, Z. Malá 2015, J. Mrštný 2018), Vedení 1 rigorózní práce (H.Šrámková 2017), Vedení 3 doktorských prací (C.Herbst 2012, V. Hampala 2015, P.Amarante-Andrade 2015) Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni

Česká akustická společnost (předseda odborné sekce Psychoakustika, fyziologická akustika a akustika hudby a řeči), European Academy of Voice (zakládající člen), Quintana Award Committee, the Voice Foundation, Philadelphia, USA IALP - International Association of Logopedics and Phoniatrics (předseda Hlasové komise/Voice Committee 2004-2011),


WOS Scopus ostatní


1325 1545 Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání za posledních 5 let celkem 22 publikací v impaktovaných časopisech za posledních 5 let spoluřešitel 3 grantů OP VK (MŠMT ČR), 1 grantu GAČR, 1. grantu TAČR Od roku 2007 associate editor Journal of Voice Od roku 2001 associate editor Logopedics Phoniatrics Vocology (zástupce šéfredaktora 2006-12) Působení v zahraničí 2004 (3 měsíce), 2005-2009 (3 měsíce, po etapách): Postdoktorand, Royal Institute of Technology, Stockholm, Švédsko Říjen 2004-srpen 2007: Vědecký pracovník. Groningen Voice Research Lab, Department of Biomedical Engineering, University of Groningen, Nizozemsko. 2001-2004: Hostující profesor a vědecký pracovník. National Center for Voice and Speech, the Denver Center for the Performing Arts, Denver, USA.

99/113

2001-2004: Hostující profesor a vědecký pracovník. National Center for Voice and Speech, the Denver Center for the Performing Arts, Denver, USA. Podpis datum datum 16.5.2018

100/113

C-I - Personální zabezpečení Oblast vzdělávání Fyzika Program (dříve obor) Biofyzika Vysoká škola Univerzita Palackého v Olomouci Součást vysoké školy Přírodovědecká fakulta Jméno a příjmení Lucie Vaňková Tituly Mgr., Ph.D. Rok narození 1978 typ vztahu k VŠ PP rozsah 40/týd. do kdy 8/2021 Typ vztahu na součásti VŠ, která uskutečňuje st. program PP rozsah 40/týd. do kdy 8/2021 Další současná působení jako akademický pracovník jiné VŠ* typ prac. vztahu rozsah Údaje o vzdělání na VŠ PdF Palackého univerzita, Olomouc, učitelství pro 2. stupeň ZŠ: angličtina – občanská výchova, 2001; PdF Palackého univerzita, Olomouc, postgraduální studium pedagogiky, 2004.

Údaje o odborném působení od absolvování VŠ 2001- 2002 VOŠ Caritas, Olomouc – učitelka Aj 2002- 2003 ZŠ Spojenců, Olomouc – učitelka Aj 2003 – 2004 Centrum jazykové přípravy, PdF UP Olomouc – lektor Aj 2004 – 2006 ZŠ Závodu míru, Pardubice – učitelka Aj 2006 – dosud KCJ, PřF UP, Olomouc – lektor Aj Zkušenosti s vedením kvalifikačních a rigorózních prací, garantováním studijních programů, členstvím v oborových radách doktorských studijních programů, členstvím v habilitačních komisích apod. Zkušenosti s členstvím v orgánech grantových agentur, odborných společností apod. na národní a mezinárodní úrovni Obor habilitačního řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ Ohlasy publikací** WOS Scopus ostatní Obor jmenovacího řízení Rok udělení hodnosti Řízení konáno na VŠ

Přehled o nejvýznamnější vzdělávací činnosti a přehled o nejvýznamnější tvůrčí činnosti vztahující se k dané oblasti vzdělávání 2013-2016: zapojena úvazkem 0,4 na projektu ,,SMART výuka cizích jazyků na PřF v Olomouci; 2017 – současnost: zapojena úvazkem 0,1 jako Odborný pracovník projektu ,,Univerzita Palackého jako komplexní vzdělávací instituce'' Působení v zahraničí 2003 The International Centre for the Study of Giftedness, Radbound University Nijmegen, the Netherlands (3 months) Podpis datum datum 25.9.2018

101/113

C-II – Související tvůrčí, resp. vědecká a umělecká činnost Přehled řešených grantů a projektů u akademicky zaměřeného bakalářského studijního programu a u magisterského a doktorského studijního programu Řešitel/spoluřešitel Názvy grantů a projektů získaných pro vědeckou,

výzkumnou, uměleckou a další tvůrčí činnost v příslušné oblasti vzdělávání

Zdroj Období

RNDr. Jan Švec, Ph.D et Ph.D.

Počítačové a experimentální modelování samobuzených kmitů hlasivek a vliv jejich poškození na lidský hlas

GAČR 2016-2018

RNDr. Jan Švec, Ph.D et Ph.D.

Automatické hodnocení videokymografických záznamů pro časnou diagnostiku a prevenci nádorových onemocnění hlasivek

TAČR 2014-2017

Doc. RNDr. Andrej Pavlovič, Ph.D.

Regulace enzymatických aktivit v masožravých rostlinách. GAČR 2016-2018

RNDr. Roman Kouřil, Ph.D.

Neobvyklé strategie regulace světla absorbovaného fotosystémem II u smrku ztepileho

GAČR 2018-2020


Vliv teploty a fotosynteticky aktivní radiace na dynamiku regulace funkce fotosystému II vyšších rostlin.

GAČR 2013-2016

Doc. RNDr. Pavel Pospíšil, Ph.D.

Fotonické biosignály: měření a charakterizace

GAČR 2013-2015


Structural response of photosynthetic apparatus to stress. GP7/EU 2016-2019

Prof. RNDr. Jana Kašpárková, Ph.D.

Vybrané problémy molekulární a obecné biofyziky. IGA UP 2014-2015

Prof. RNDr. Jana Kašpárková, Ph.D.

Aktuální témata základního výzkumu v biofyzice

IGA UP 2015-2016

Mgr. Jitka Prachařová, Ph.D.

Nové směry výzkumu v molekulární biofyzice IGA UP 2016-2017


Moderní témata základního výzkumu v molekulární biofyzice IGA UP 2017-2018


Moderní biofyzika: nové směry a perspektivy IGA UP 2018-2019

Doc. RNDr. Martin Kubala, Ph.D.

Rozvoj talentovaných žáků základních a středních škol prostřednictvím přírodovědných výzkumných aktivi

MŠMT 2016

Prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc. a Prof. RNDr. Jana Kaašpárková, Ph.D.

CMST COST Action CM1105, Functional metal complexes that bind to biomolecules

EU 2012-2016


Marie Curie Integration Structural response of photosynthetic apparatus to stress

TGP/EU 2013-2016

Přehled řešených projektů a dalších aktivit v rámci spolupráce s praxí u profesně zaměřeného bakalářského a magisterského studijního programu Pracoviště praxe Název či popis projektu uskutečňovaného ve spolupráci s

praxí Období

Odborné aktivity vztahující se k tvůrčí, resp. vědecké a umělecké činnosti vysoké školy, která souvisí se studijním programem

102/113

Biofyzika je multidisplinární obor, a proto na Katedře biofyziky PřF UP probíhá výzkum, v několika oblastech. Nejdelší tradici má experimentální výzkum biofyzikálních procesů probíhajících v rostlinách, zejména na úrovni fotosyntetického aparátu, a studium vlivu stresových faktorů (např. vysoká teplota nebo ozářenost) na fyziologické procesy v rostlinách. Experimentální data jsou také teoreticky simulována na základě matematických modelů popisujících fyzikální podstatu daných procesů. U rostlin, ale i jinými biologických systémů, se výzkum zaměřuje i na objasnění mechanismů tvorby radikálových a neradikálových reaktivních forem kyslíku a s tím souvisejícími signálními drahami. Předmětem výzkumu jsou i modifikace nukleových kyselin, zejména DNA, cytostatiky odvozenými od komplexů přechodných kovů (platina, ruthenium, osmium), rozlišení těchto modifikací buněčnými složkami (zejména proteiny) a oprava těchto modifikací. Další část práce je věnována studiu struktury, funkce a interakcí medicínsky významných proteinů (např, Na+/K+-ATPáza) na molekulární úrovni a matematické modelování trojrozměrné struktury těchto molekul a jejich dynamiky. Výzkum je také zaměřen na biomechaniku a fyziologickou akustikou lidského hlasu, studujeme mimo jiné i procesy kmitání hlasivek u osob zdravých a nemocných s cílem zlepšit diagnostiku poruch hlasu. Věnujeme se také výzkumu nanomateriálu a jejich využití pro spektroskopickou detekci biomolekul. Výsledky našeho výzkumu mají značný aplikační potenciál. Výsledky získané při studiu fotosyntézy a stresu rostlin lze aplikovat v problematice udržitelného zemědělství a vývoje léčiv. Studium biofyzikální podstaty optických signálů z rostlin umožňuje zdokonalit a efektivněji využít moderní zobrazovací metody k detekci stresu a fenotypizaci rostlin, potažmo pak výběr a získávání rostlin odolnějších vůči nepříznivým environmentálním faktorům. Výsledky studia mechanismů oxidativního poškození biomolekul a jeho sledování v podmínkách in vivo pomocí ultra-slabé emise fotonů lze využít pro diagnostické účely v zemědělství (sledování vlivu stresu na rostliny), potravinářském průmyslu (testování kvality potravin), kosmetickém průmyslu (testování kosmetických přípravků) i lékařství (sledování růstu nádorů). Studium mechanismu biologického působení nových komplexů těžkých kovů s možným protinádorovým účinkem umožní navržení a přípravu nových cytostatik. Výsledky výzkumu molekulárního mechanismu fungování, interakcí a narušení funkce jednoho z nejdůležitějších enzymů živočišného metabolismu, Na+/K+-ATPázy, mohou mimo jiné přispět k objasnění mechanismu a eliminaci negativních účinků xenobiotik. Pro účely výzkumu se používá široké spektrum převážně biofyzikálních metod, typických pro daný směr výzkumu. Také se používají moderní metody molekulární biologie a biochemie, fyziologické metody a počítačové modelování. Katedra biofyziky PřF UP patří v poslední době k publikačně nejaktivnějším biofyzikálním pracovištím v ČR. V posledních letech členové KBF vždy každý rok publikovali 30 – 40 publikací v mezinárodních impaktovaných časopisech. Mezi ty nejlepší časopisy patří Coordination Chemistry Reviews, Nature Communications, Nature Plants, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, New Phytologist, Plant Physiology, Plant, Cell & Environment, Plant Journal, Remote Sensing of Environment, Scinitific Reports, Chemical Communications, Chemistry - A European Journal, European Journal of Medicinal Chemistry, Dalton Transactions, ACS Chemical Biology, Biochimica and Biophysica Acta, Biophysical Journal, New Biotechnology. Výzkum probíhá i ve spolupráci se zahraničními univerzitami a vědeckými pracovišti, což lze doložit společnými publikacemi. Studenti doktorského studia jsou do výzkumných projektů a mezinárodní spolupráce systematicky zapojováni. Informace o spolupráci s praxí vztahující se ke studijnímu programu V rámci studijního programu probíhá spolupráce s firmou Photon Systems Instruments (Brno), v rámci které se vyvíjí přístroje pro studium rostlin a na bázi smluvního výzkumu probíhá i spolupráce se zahraniční firmou zabývající se reaktivními formami kyslíku.

103/113

C-III – Informační zabezpečení studijního programu Název a stručný popis studijního informačního systému Název: IS/STAG (https://stag.upol.cz/) Informační systém studijní agendy IS/STAG je součástí univerzitního informačního systému Univerzity Palackého v Olomouci. Jedná se komplexní systém pokrývající administraci studia od podání přihlášky až po vydání diplomu a vazby na další související informační systémy.

Přístup ke studijní literatuře Studijní literatura je dostupná v univerzitní knihovně v budově Zbrojnice a v knihovně přírodovědecké fakulty. Fakultní knihovna sídlí ve dvou objektech: v budově na ulici 17. listopadu 12 je umístěn fond oborů chemie, geologie, geografie, geoinformatiky, rozvojových studií, fyziky, optiky, matematiky a informatiky; pobočka na ul. Šlechtitelů 27 pokrývá především oblast botaniky, biochemie, buněčné biologie a ekologie. Studenti mají také k dispozici elektronické informační zdroje (http://ezdroje.upol.cz/). Katedra biofyziky má také svou vlastní knihovnu, jejíž knihy jsou dostupné i studentům.

Přehled zpřístupněných databází Přístup do elektronických časopisů a knih: http://ezdroje.upol.cz/ecasopisy/index.php?lang=cs

Název a stručný popis používaného antiplagiátorského systému Název: Theses.cz (http://theses.cz/) Systém Theses.cz je vyvíjen a provozován Masarykovou univerzitou. Slouží vysokým školám jako národní registr závěrečných prací a umožňuje mezi uloženými pracemi vyhledávat plagiáty. Veřejnosti jsou zpřístupňovány záznamy o závěrečných pracích, příp. plné texty (podle rozhodnutí školy).

https://stag.upol.cz/

http://ezdroje.upol.cz/

http://ezdroje.upol.cz/ecasopisy/index.php?lang=cs

http://theses.cz/

104/113

C-IV – Materiální zabezpečení studijního programu Místo uskutečňování studijního programu

Olomouc

Kapacita výukových místností pro teoretickou výuku

zkratka místnosti kapacita typ vlastník – fakulta/katedra/pracoviště

tř. 17. listopadu 12, Olomouc LP 1023 24 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1024 24 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1025 24 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1026 24 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1027 24 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1028 24 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1029 30 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1030 30 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1031 24 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1032 32 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1033 32 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1034 32 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1035 32 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1036 32 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1037 32 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1127 32 učebna Přírodovědecká fakulta LP 1128 24 učebna Přírodovědecká fakulta LP 2001 156 učebna (aula) Přírodovědecká fakulta LP 2004 36 učebna Přírodovědecká fakulta LP 2005 96 učebna Přírodovědecká fakulta LP 2006 48 učebna Přírodovědecká fakulta LP 2001 156 učebna (aula) Přírodovědecká fakulta Šlechtitelů 27, budova C49, Olomouc SE-E1 42 učebna Přírodovědecká fakulta SE-PC 20 učebna (počítačová) Přírodovědecká fakulta Šlechtitelů 27, budova F2, Olomouc 124 32 učebna Přírodovědecká fakulta/CRH

Pozn.: Jsou uvedené učebny pro teoretickou výuku v budově PřF UP na tř. 17. listopadu 12, Olomouc, a v budově C49 biologickém kampusu PřF UP v Olomouci - Holice, Šlechtitel 27, které jsou ve společném fondu. Dále je uvedená učebna pro teoretickou výuku v budově F2 Centra regionu Haná pro biotechnologicky a zemědělský výzkum (CRH), umístěné v biologickém kampusu PřF UP v Olomouci - Holice, Šlechtitel 27, kterou členové Katedry biofyziky sdílí spolu s ostatními členy CRH. Z toho kapacita v prostorách v nájmu

- Doba platnosti nájmu -

Kapacita a popis odborné učebny Katedra biofyziky je rozmístěna ve 2 budovách v biologickém kampusu PřF v Olomouci - Holice, Šlechtitel 27: a to v budově C49 a budově F2 CRH. V budově C49 sídlí zaměstnanci a jsou laboratoře pro výzkum cytostatik a výzkum lidského hlasu a hlasivek a v budově F2 CRH sídlí zaměstnanci a jsou laboratoře pro výzkum fotosyntéza a stresu rostlin, reaktivních forem kyslíku, funkce a interakcí medicínsky významných proteinů a výzkum nanomateriálů. V budově C49 má Katedra biofyziky 3 laboratoře a to SE121 - laboratoř hlasová, 1.15 – laboratoř molekulární a 1.17 – laboratoř buněčných kultur. V budově F2 má Katedra biofyziky 6 laboratoří a to 129ab – laboratoř biochemická a laboratoř tmavá, 130 – laboratoř optických spektroskopií, 131 – fotokomora, 135 – laboratoř fotosyntézy, 136 – laboratoř a 137ab – laboratoř spektroskopie. Všechny laboratoře jsou dostatečně vybavené pro probíhající výzkum a zapojení doktorských studentů do tohoto výzkumu. Vybavení celkově zahrnuje: Fluorometry pro měření fluorescence chlorofylu v rostlinách

105/113

• Fluorescenční a absorpční systém Walz Dual-PAM-100 – měření fluorescenční indukce chlorofylu a NADPH a měření transmitance při příslušných vlnových délkách odrážející redoxní stav P700 a plastocyaninu a napětí na thylakoidní membráně, měření na listech a suspenzích

• Fluorometr Walz PAM 2000 – měření fluorescenční indukce chlorofylu, měření na listech a suspenzích • Fluorometr Hansatech Plant Efficiency Analyser – měření fluorescenční indukce chlorofylu, měření na

listech a suspenzích • Fluorescenční zobrazovací systém PSI FluorCam 800-O/2020 – měření fluorescenční indukce chlorofylu z

celé plochy vzorku, měření na listech • Fluorometr PSI FL-100 – měření fluorescenční indukce chlorofylu, měření na suspenzích • Kapesní fluorometr PSI FluorPen FP100 – měření fluorescenční indukce chlorofylu v terénu, měření na

listech Fluorometry pro měření časově rozlišené a steady-state fluorescence • Spektrofluorimetr Hitachi F4500 – měření fluorescenčních emisních a excitačních spekter v oblasti 200 –

900 nm, korigovaná spektra v rozsahu 200 – 600 nm • Fluorometr pro časově rozlišené měření fluorescence PicoQuant FluoTime 200 – měření dob života

fluorescence (zhruba 100 ps – 100 ns), dohasínání anizotropie, FRET, DAS, TRES, detekce interakcí molekul, sledování dynamiky molekul, organické molekuly i biomolekuly; metoda korelovaného čítání fotonů (TCSPC), pulsní zdroje: LED 298 nm, LED 308 nm, laser LED 445 nm, laser LED 480 nm, detekce emise 300-820 nm, nejlepší časové rozlišení 4 ps/kanál

• Spektrometr Olis RSM 1000 – modulární přístroj pro měření absorpčních a fluorescenčních spekter, ultrarychlé skenování až 250 nm/ms, měření světlem spouštěných absorpčních změn

• Steady-state fluorometr Horiba Fluorolog-3, T-uspořádání – měření excitačních a emisních spekter s vysokým spektrálním rozlišením a citlivostí (až aM koncentrace) v oblasti 200 – 850 nm, polarizátory, stopped-flow, autotitrátor, T-uspořádání dává možnost simultánního měření 2 signálů

• Reader mikrotitračních destiček BioTek Synergy MX – možné měření absorpce i fluorescence, vybavení monochromátory umožňuje měření spekter, možné sledování kinetik

Spektrometry pro měření absorpčních spekter • Dvoupaprskový spektrometr Unicam UV550 – přesná měření absorpčních spekter v oblasti 200 – 900 nm,

měření difúzní transmitance a reflektance pomocí integrační koule • Diode-array spektrofotometr Ocean Optics CHEM 2000 – rychlé on-line měření absorpčních spekter • Spektrometr Olis RSM 1000 – modulární přístroj pro měření absorpčních a fluorescenčních spekter,

ultrarychlé skenování až 250 nm/ms, měření světlem spouštěných absorpčních změn • Spektrometr Analytic Jena Specord 250 Plus – vysoce citlivý přístroj (A > 0.0001) pro měření absorpčních

spekter v rozsahu 200 – 1100 nm Aparatury pro měření výměny plynů rostlinou (gazometry) • Gazometrická aparatura ADC LCA-4 – měření výměny plynů rostlinou (asimilace CO2, transpirace,

vodivost průduchů, atd.), měření na listech, možnost nedestruktivního měření • Gazometrická aparatura Li-Cor LI-6400 – měření výměny plynů rostlinou (asimilace CO2, transpirace,

vodivost průduchů, atd.), měření na listech, možnost nedestruktivního měření, fluorescenční nástavec na současné měření chlorofylové fluorescence

• Porometr PMR-5 – měření transpirace listů a vodivosti průduchů, přenosný, použitelný v laboratoři i v terénu Aparatury pro měření spekter dopadajícího záření (radiometry) • Přenosný spektrální radiometr Li-COR LI-1800 – měření spekter dopadajícího záření a měření ozářenosti

dopadajícího fotosynteticky aktivního záření, přenosná verze, možnost měření jak v laboratoři, tak v terénu; kalibrované měření spekter dopadajícího záření ve spektrálním intervalu 300 – 1100 nm se spektrální šířkou 6 nm

• Spektrometr Ocean Optics QE Pro – měření spekter propustnosti a odrazivosti v rozsahu 380 – 750 nm, vybaven 2 integračními koulemi pro záchyt prošlého a odraženého záření.

• Integrální radiometr Li-COR LI-189 – integrální měření ozářenosti dopadajícího fotosynteticky aktivního záření (400 – 700 nm), přenosná verze, možnost měření jak v laboratoři, tak v terénu

• Spektrální radiometr SpectraPen LM500-VIS – měření spekter dopadajícího záření, přenosná verze, možnost měření jak v laboratoři, tak v terénu

Aparatury pro měření optických indexů • PSI PlantPen PRI 200 – měření optického indexu PRI • PSI PlantPen NDVI 300 – měření optického indexu NDVI Aparatury pro měření ultra slabé fotonové emise • CCD kamera – 2D imaging zpožděné luminiscence a ultra slabé fotonové emise • fotonásobič – detekce ultra slabé fotonové emise

106/113

Fytokomory pro pěstování rostlin za definovaných podmínek • Fytokomora Percival AR-100L3 – pěstování rostlin nenáročných na intenzity světla (např. Arabidopsis) za

definované teploty, vlhkosti a ozářenosti, možnost programování, stmívání a rozednívání • Fytokomora Weiss Gallenkamp SGC 170 – pěstování rostlin za definované teploty, vlhkosti a ozářenosti,

možnost programování, stmívání a rozednívání • Klimakora PSI Fytoscope Algaetron (2x) – pěstování řas a sinic za definované teploty a ozářenosti. Chlorofylmetr Minolta SPAD 502 - přenosný přístroj pro měření obsahu chlorofylů v listech rostlin, nedestruktivní měření, měření propustnosti listu pro 650 nm vs. 940 nm PMS Model 600 – tlaková komora na měření vodního potenciálu rostlin Aparatura pro měření povrchových elektrických potenciálů rostlin – měření povrchových elektrických potenciálů rostlin, šíření elektrických signálů rostlinou, měření na listech, možnost nedestruktivního měření, vyrobeno na naší katedře biofyziky Aparatura pro měření termoluminiscence PSI TL 500 LT – měření termoluminescence v rozsahu -90 – +70 oC Přístroj pro měření termostability rostlin PSI PlantTherm – detekce elektrické vodivosti okolního média a intenzity fluorescence při lineárním ohřevu rostlinných vzorků, vývoj přístroje ve spolupráci s naší katedrou biofyziky Transmisní elektronový mikroskop Jeol 2010F – pracuje v rozsahu 80 – 200 kV, vybavený LaB6 katodou a CCD kamerou Keenview G2. Slouží ke studiu struktury biologických vzorků, jako jsou izolované proteinové komplexy či biologické membrány Hitachi CP90WX – preparativní ultracentrifuga Spektorofotometr Beckman Coulter DU 730 – měření absorpčních spekter v oblasti 190 – 900 nm Gel Logic 112 Imaging Systém s UV transiluminátorem – dokumentace elektroforetických gelů (barvení pomocí ethidium bromidu, syber gold, apod.) Ozařovač Luzchem ICH2 – ozařování vzorků (vlnová délka světla dle typu použitých lamp – UVA, UVB, UVC, viditelné světlo 420 nm) v mikrozkumavkách nebo kultivačních deskách Thermocycler C1000 – PCR, klonování, studium mutageneze a genové exprese Světelný mikroskop NIB-100 – inverzní mikroskop pro pozorování buněk na sklíčkách, Petriho miskách, v kultivačních nádobách TC20 Automated Cell Counter – počítání buněk barvených trypanovou modří na základě analýzy obrazu, stanovení počtu živých buněk Chlazená vysokootáčková centrifuga NF 800R – centrifugace vzorků v mikrozkumavkách nebo 15 a 50 ml kyvetách Koncentrátor Eppendorf Vodní lázeň 9106 EPR spektrometr MiniScope MS 400 – měření množství volných kyslíkových radikálů a organických (lipidových a proteinových) radikálů HPLC system Waters Alliance e 2695 s PDA UV/VIS detektorem – pro měření sekundárních produktů lipidové peroxidace, rostlinných pigmentů a hormónů Inkubátor s orbitální třepačkou Schoeller – možnost ohřevu (až do +80°C) i chlazení (až 20°C pod pokojovou teplotu), rychlost třepání 10 – 500 ot./min, možnost programování, univerzální platforma pro klipsy 450 mm x 450 mm, nosnost 21 kg Robotická pipetovací stanice Tecan Freedom Evo100/8 – 8 kanálové pipetovací rameno s nezávislým pohybem kanálů horizontálně i vertikálně, nerezové, teflonem potažené jehly, rozsah jehel 1 – 500 μl Gel scanner GE Healthcare Amersham Imager 600 RGB – zařízení pro snímání gelů a kvantifikaci signálů (RNA, DNA, proteiny), chemiluminiscence, fluorescence, kolorimetrie, 16-bit, 3.2 megapixelová CCD kamera, zdroje světla (epi-): bíle (470 to 635 nm), modré (460 nm), zelené (520 nm), červené (630 nm), UV (312 nm), (trans-): bíle (470 to 635 nm), emisní filtry: Cy2: 525BP20, Cy3/EtBr: 605BP40, Cy5: 705BP40 Vysokokapacitní fenotypizační platforma PSI XYZ PlantScreen Robotic System – zařízení se skládá z velkoobjemové počítačem řízené kultivační komory FytoScope (pěstební plocha 7,5 m2) s přesnou regulací teploty (+10 °C – +40 °C), vlhkosti (40 % r.h. – 80 % r.h.) a osvětlení (0 – 1000 μmol fotonů m-2 s-1 ve vzdálenosti 1 m od svítidla, spektrální rozsah osvětlení 430 – 730 nm) a z počítačem řízeného měřícího zařízení, které se skládá ze 3 měřících systémů: a) RGB zobrazení struktury (RGB imaging) pomocí průmyslového fotoaparátu Lumenera LW-575C s vysokým rozlišením, b) měření kinetiky chlorofylové fluorescence (fluorescence imaging) pomocí fluorescenční kamery FluorCam FC-800 MF a c) hyperspektrální analýza (hyperspectral imaging) pomocí hyperspektrální kamery typu VIS-NIR pro měření reflektance v rozsahu 380 nm – 1000 nm (pro výpočet mnoha parametrů). Platforma je schopná měřit vzorky o výšce 0 – 50 cm, měřicí zařízení se pohybuje autonomně nad vzorky a provádí měření na předdefinovaných pozicích, všechna naměřená data jsou ukládána do relační databáze MySQL a vyhodnocována speciálním softwarem. Užíváno společně s oddělením chemické biologie a genetiky CRH. Vysokokapacitní fenotypizační platforma PSI PlantScreen Conveyor System – zařízení se skládá

http://www.bio-rad.com/en-us/product/tc20-automated-cell-counter

107/113

z velkoobjemové počítačem řízené kultivační komory FytoScope (pěstební plocha 9,5 m2) s přesnou regulací teploty (+10 °C – +40 °C), vlhkosti (40 % r.h. – 80 % r.h.) a osvětlení (0 – 1000 μmol fotonů m-2 s-1 ve vzdálenosti 1 m od svítidla, spektrální rozsah osvětlení 430 – 730 nm), z počítačem řízené aklimatizační komory pro temnotní/světelnou (0 – 500 fotonů m-2 s-1) adaptaci vzorků před měřením a z počítačem řízených 5 měřících systémů: a) vážení (přesnost ± 2 g, max. 1000 g na květináč) a zavlažování květináčů (do požadované váhy květináče), b) RGB zobrazení struktury (RGB imaging) pomocí 3 (osy x, y a z) průmyslových fotoaparátu Lumenera LW-575C (5 M pixelů) s přisvětlením, c) měření kinetiky chlorofylové fluorescence (fluorescence imaging) pomocí fluorescenční kamery FluorCam FC-800 MF, d) hyperspektrální analýza (hyperspectral imaging) pomocí hyperspektrální kamery typu SWIR pro měření reflektance v rozsahu 1000 nm – 2500 nm (pro výpočet relativního množství vody v rostlině) a e) termoimaging (-20 °C – +120 °C) pomocí nechlazené kamery (mikrobolometr) FLIR SC645 s rozsahem vlnových délek 7,5 – 13 m. Platforma je schopná měit vzorky s maximální výškou rostliny 0,7 m. Zařízení obsahuje několik měřících míst, mezi nimiž se květináče se vzorky pohybují po dopravním pásu, všechna naměřená data jsou ukládána do relační databáze MySQL a vyhodnocována speciálním softwarem. Užíváno společně s oddělením chemické biologie a genetiky CRH. Z toho kapacita v prostorách v nájmu

- Doba platnosti nájmu -

Kapacita a popis odborné učebny

Z toho kapacita v prostorách v nájmu

Doba platnosti nájmu

Vyjádření orgánu hygienické služby ze dne

Opatření a podmínky k zajištění rovného přístupu Rovný přístup je deklarován v Řádu přijímacího řízení Univerzity Palackého v Olomouci, ve Studijním a zkušebním řádu Univerzity Palackého v Olomouci a v Etickém kodexu akademických pracovníků a vědeckých pracovníků Univerzity Palackého v Olomouci. Specializovaným pracovištěm na UP zabývajícím se podporou studentů se specifickými vzdělávacími potřebami či studentů pocházejících ze sociálně či etnicky znevýhodněného prostředí je Centrum podpory studentů se specifickými potřebami. Jedná se o celouniverzitní zařízení poskytující komplexní odborný poradenský, technický a terapeutický servis studentům se specifickými potřebami ze všech fakult Univerzity Palackého.

108/113

C-V – Finanční zabezpečení studijního programu Vzdělávací činnost vysoké školy financovaná ze státního rozpočtu

ano

Zhodnocení předpokládaných nákladů a zdrojů na uskutečňování studijního programu -

109/113

D-I – Záměr rozvoje a další údaje ke studijnímu programu Záměr rozvoje studijního programu a jeho odůvodnění Studijní program Biofyzika je na Přírodovědecké fakultě Univerzity Palackého v Olomouci dlouhodobě pevně etablován – první student obhájil svou disertační práci v roce 1994 a do současnosti studium úspěšně dokončilo 61 doktorandů. Jeho další rozvoj bude probíhat v souladu s rozvojem výzkumných aktivit na Katedře biofyziky PřF UP, které se od počátku výrazně rozšířily z oblasti biofyziky fotosyntézy a stresu rostlin i na studium: reaktivních forem kyslíku v živých systémech, modifikací nukleových kyselin (zejména DNA) způsobených cytostatiky odvozenými od komplexů přechodných kovů a analýzu možnosti opravy těchto modifikací, struktury a funkce sodnodraselné pumpy (Na+/K+-ATPázy), biomechaniky kmitání hlasivek a fyziologické akustiky lidského hlasu a v neposlední řadě i syntézy a fyzikálně chemických a biologických vlastnosti nanoklastrů. Rozvoj doktorského studijního programu tak bude přirozeně provázán s rozvojem těchto výzkumných aktivit na školícím pracovišti. Díky podpoře z OP VVV bylo na Katedře biofyziky v nedávné době zmodernizované přístrojové vybavení. Část Katedry biofyziky je součásti i Centra regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum, v rámci kterého také v nedávné době došlo díky grantové podpoře k pořízení nových přístrojů. Rozvoj výuky a výzkumné činnosti studentů doktorského studia se tak bude odvíjet od maximálního využití těchto moderních přístrojů, přičemž důraz bude kladený na interdisciplinaritu a intenzivní zapojení studentů do vědeckých projektů a mezinárodní vědecké spolupráce. Náplň doktorského studia a zaměření dizertačních prací bude soustavně aktualizováno v souladu s nejnovějšími světovými trendy. Všechny vědecké zaměření Katedry biofyziky, realizované i v rámci doktorského studia, jsou v současnosti velmi aktuální a celosvětově v nich probíhá intenzívní výzkum. Tento fakt plně zdůvodňuje existenci doktorského studijního programu Biofyzika na PřF UP a směry a rozvoj, kterými se ubírá. Počet přijímaných uchazečů ke studiu ve studijním programu 3 – 5 ročně

Předpokládaná uplatnitelnost absolventů na trhu práce Absolventi doktorského studijního programu Biofyzika mohou nalézt uplatnění jako akademičtí či vědečtí pracovníci na univerzitách a výzkumných institucích v ČR i v zahraničí nebo jako výzkumní pracovníci v aplikovaném výzkumu a vývoji v průmyslu, specializovaných laboratořích a institucích zaměřených na výzkum, vývoj a inovace, na odpovědných místech v laboratořích a ve výrobní sféře, případně v medicíně. Jako vysoce kvalifikovaní odborníci v oblasti biofyziky mohou najít uplatnění i na mezioborových pracovištích. Pokročilé znalosti a dovednosti zajišťují absolventům flexibilitu a širokou uplatnitelnost na trhu práce. Seznam konkrétních pracovních pozic našich absolventů doktorského studia biofyziky je uvedený na www stránce biofyziky na http://biofyzika.upol.cz/en/studium-absolventi-uplatneni .

http://biofyzika.upol.cz/en/studium-absolventi-uplatneni

110/113

Příloha E - Formulář Sebehodnotící zprávy

v rámci žádosti o schválení studijního programu

Studijní program: Biofyzika (Ph.D.)

1 Silné stránky studijního programu Doktorský studijní program Biofyzika klade důraz na přípravu absolventů schopných tvůrčí výzkumné činnosti, kteří dokáží samostatně formulovat a řešit experimentální či teoretické problémy v biofyzice a souvisejících disciplínách, dokáží samostatně organizovat vědeckou práci, jsou schopni komunikovat o odborné problematice v anglickém jazyce a dokáží nabyté poznatky a dovednosti úspěšně využít při řešení problémů v praxi. Studenti jsou během doktorského studia systematicky zapojováni do výzkumných projektů a mezinárodní vědecké spolupráce a absolvují zahraniční stáž, která jim umožní získat cenné zkušenosti a navázat a prohloubit kontakty se zahraničními kolegy. Díky kvalitní moderní infrastruktuře, která nedávno byla významně inovovaná a rozšířená v rámci projektu OP VVV, mají studenti možnost pracovat se špičkovými přístroji a provádět vysoce komplexní experimenty na úrovni plně srovnatelné s předními evropskými i světovými laboratořemi. Studijní program vychází z dlouhodobé tradice výzkumu v oblasti biofyziky na školicím pracovišti, kterým je Katedra biofyziky PřF UP. Toto pracoviště disponuje personálním zázemím řady odborníků v různých oblastech biofyziky, kteří zajišťují kvalitní individuální vedení studentů. Studenti se během studia účastní zahraničních stáží a rovněž seminářů a workshopů, které jsou pravidelně pořádané na školicím pracovišti i na dalších pracovištích PřF UP. Studenti jsou systematicky vedeni k tomu, aby dle svého zaměření dokázali své znalosti aplikovat při výzkumu a analýze složitých převážně fyzikálních procesů probíhajících v živých organismech. Aby dokázali formulovat a odvodit experimentální hypotézy, dokázali popřípadě navrhnout nové experimenty pro dokázání těchto hypotéz. Aby dokázali samostatně analyzovat složitá experimentální data a aplikovat pro tyto účely příslušné statistické metody. I když obor Biofyzika je multidisciplinární, profil absolventa doktorského studijního programu Biofyzika je v souladu s rámcovým profilem absolventa, jak jej pro oblast vzdělávání Fyzika specifikuje nařízení vlády č. 275/2016 Sb. Jádrem studia je výzkumná činnost jednotlivých studentů zaměřená na řešení jejich dizertačních prací doplněná o zkoušky z několika odborných předmětů vybraných individuálně v souladu s odborným zaměřením studenta a jeho dizertační práce, a o další aktivity jako je získání zkušeností z pedagogické činnosti, zapojení do projektových aktivit, prezentace vědeckých výsledků a popularizace vědy či stáž u potenciálních zaměstnavatelů z řad významných firem v oboru. Takto koncipovaný obsah studia úspěšně zajišťuje dosažení cílů studia a stanoveného profilu absolventa. Obsah odborných předmětů je průběžně inovován tak, aby studenti byli seznamováni s nejaktuálnějšími poznatky ve studovaném oboru. Všechny předměty po obsahové stránce plně odpovídají tematickému zaměření studijního programu. 2 Slabé stránky studijního programu Vzhledem k výše uvedenému lze konstatovat, že doktorský studijní program Biofyzika se nevyznačuje žádnými výraznými slabými stránkami a ve všech ohledech naplňuje standardy doktorského studijního programu, jak vyplývají z příslušných právních norem, požadavků Národního akreditačního úřadu i vnitřních předpisů Univerzity Palackého v Olomouci. Jedinou potenciální slabou stránkou doktorského studijního programu Biofyzika by mohl být nedostatek studentů, protože biofyzika je multidisciplinární a tudíž náročný obor. Avšak vzhledem k tomu, že stávající doktorský studijní obor Biofyzika na PřF UP již úspěšně ukončilo 61 absolventů, potenciální hrozba nedostatku studentů velmi pravděpodobně nebude naplněna. 3 Personální zabezpečení studijního programu

111/113

Stávající doktorský studijní obor Biofyzika je na PřF UP v Olomouci realizován od roku 1991 a do současné doby ho úspěšně absolvovalo 61 studentů. Vědecká kvalita absolventů je na vysoké úrovni. Díky dlouhé tradici existuje na Katedře biofyziky (KBF) velmi dobré personální zázemí pro garanci tohoto oboru – doktorský studijní program je personálně zabezpečen kmenovými pracovníky Katedry biofyzik PřF UP, mezi něž patří 4 profesoři a 5 docentů: Profesoři: prof. RNDr. Jan Nauš, CSc. prof. RNDr. Petr Ilík, Ph.D. prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc. prof. RNDr. Jana Kašpárková, Ph.D. Docenti: doc. RNDr. Dušan Lazár, Ph.D. doc. RNDr. Pavel Pospíšil, Ph.D. doc. RNDr. Martin Kubala, Ph.D. doc. Mgr. Andrej Pavlovič, Ph.D. doc. RNDr. Karolína Machalová Šišková, Ph.D. Tito odborníci kromě výuky působí jako školitel doktorských prací. Stejnou činnost vykonávají i další kmenoví pracovníci KBF PřF UP, kteří pro účely školitelé doktorských prací byli uznaní Vědeckou radou PřF UP. Jsou to tito 4 pracovníci: RNDr. Martina Špundová, Ph.D. RNDr. Jan G. Švec, Ph.D. et Ph.D. RNDr. Roman Kouřil, Ph.D. Ankush Prasad, M.Sc., Ph.D. První 3 z výše uvedených zaměstnanců aktivně pracují na své habilitaci, kterou by měli zrealizovat do 1 roku. Z toho důvodu jsou Dr. Špudovou a dr. Švecem už nyní uvedení jako garanti základních teoretických předmětů profilujícího základu studijního programu Biofyzika. Do realizace studijního programu budou zapojeni i další pracovníci Katedry biofyziky, odborní asistenti a akademičtí vědečtí pracovníci, kteří se budou podílet na vědecké výchově doktorandů jako konzultanti a budou participovat na výuce odborných předmětů v tomto doktorském studijním programu. Jedná se o: Mgr. Alexandra Husičková, Ph.D. Mgr. Lukáč Nosek, Ph.D. Mgr. Vladimíra Nožková, Ph.D. Mgr. Jitka Prachřová, Ph.D. Mgr. Marek Rác, Ph.D. Pravin Kumar Subbaraj, M.Tech., Ph.D. V současnosti na Katedře biofyziky působí 19 akademických pracovníků s titulem Ph.D. nebo CSc. Příležitostně v režimu „double-degree“ jsou školiteli doktorandů i zahraniční experti. Tak tomu v minulosti bylo v případě prof. Patricka Trouillase, University of Limoges, Francie (český školitel doc. Kubala) a v současnosti je u prof. Egberta J. Boekemy, University of Groningen, Nizozemí (česky školitel dr. Kouřil). Garantem doktorského studijního programu Biofyzika je doc. Dušan Lazár, který patří k předním světovým odborníkům v oblasti chlorofylové fluorescenční indukce a matematického modelování fotosyntetických procesů. Docent Lazár je autorem 41 prací evidovaných na WOS, citační ohlas 1169 citací (s vyloučením autocitací), h-index 21.

4 Výhled personálního zabezpečení studijního programu Dva profesoři (Brabec a Nauš) jsou již důchodového věku a další 2 profesoři (Kašpárková, Ilík) mají 49 a 50 let. Tři ze stávajících docentů (doc. Pospíšil, doc. Lazár, doc. Kubala) jsou ve věku do 50 let a všichni tři plánují do 1-2 let podat řízení o jmenování profesorem. Další 2 docenti (doc. Machalová-Šišková, doc. Pavlovič) jsou ve věku do 40 let. V průběhu následujících 2 let předpokládáme habilitaci dalších tří zaměstnanců Katedry biofyziky (dr. Švec, dr. Špundová, dr. Kouřil). Vzhledem k těmto

112/113

faktům je doktorský studijní program Biofyzika kvalitně personálně zabezpečen v horizontu 10 let. U dalších zaměstnanců Katedry biofyziky se předpokládá kvalifikační růst později. Tento předpokládaný kvalifikační růst dále posílí personální zabezpečení studijního programu. V průběhu dalších let bude personální zabezpečení studijního programu dle možností dále posilováno také zapojením nových mladých pracovníků přicházejících ze zahraničí či z jiných akademických a vědeckých institucí v ČR a důraz bude kladený na otevřenost, akademickou a vědeckou excelenci a internacionalizaci studijního programu i celého garantujícího pracoviště. 5 Výhled vzdělávací a tvůrčí činnosti ve studijním programu Výchova studentů v doktorském studijním programu Biofyzika bude i nadále velmi úzce propojena s výzkumem realizovaným na Katedře biofyziky PřF UP a oddělení biofyziky Centra regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum. Bude kladený důraz ne jenom na rozvoj základního výzkumu, ale i využití výsledku v praxi. Studenti doktorského studijního programu Biofyzika profitují z nové infrastruktury, která byla nedávno pro potřeby tohoto doktorského programu pořízená v rámci projektu financovaného z OP VVV. Studenti tak mají k dispozici nové špičkové vybavení. Rozvoj výuky a výzkumné činnosti studentů doktorského studia se tak bude odvíjet od maximálního využití této nové infrastruktury, přičemž důraz bude kladený na interdisciplinaritu a intenzivní zapojení studentů do vědeckých projektů a mezinárodní vědecké spolupráce. Tyto kroky povedou k udržení a zajištění vysoké kvality a konkurenceschopnosti tohoto doktorského studijního programu v ČR i v mezinárodním kontextu a zajistí vysokou uplatnitelnost absolventů na domácím i mezinárodním trhu práce.

113/113

V Olomouci dne 15. 9. 2018

Prohlášení

V případě udělení oprávnění uskutečňovat doktorský studijní program Biofyzika bude studijní program garantován a studijní předměty garantovány a vyučovány na odpovídající odborné úrovni po celou dobu platnosti akreditace. Pokud dojde k případnému odchodu některých pracovníků, budou nahrazeni pracovníky s kvalifikací odpovídající daným požadavkům. doc. RNDr. Martin Kubala, Ph.D. děkan Přírodovědecké fakulty Univerzity Palackého v Olomouci

Documents

A-I – Základní informace o žádosti o akreditaci · Mäsožravé rastliny si v priebehu evolúcie vytvorili schopnosť vábiť a tráviť živočíšnu korisť. Pretože syntéza