生命科学与技术领域的科技信息检索 NyÑY'VþOáN- Ã · 生命科学与技术领域的科技信息检索 n yÑy'vþoán-_Ã 上科大图信中心常江

生命科学与技术领域的科技信息检索

上科大图信中心常江

上科大图信中心

获得课题/Idea

立即实验研究

• 科研的流程是什么？


想法?

问题?

信息检索分析

开题

实验研究

发表论文

同行引用

发展延伸

科研的流程


据美国科学基金会(National Science Foundation,

NSF)统计，一个科研人员花费在查找和消化科技

资料上的时间需占全部科研时间的51%，计划

思考占8%，实验研究占32%，书面总结占9%。由

上述统计数字可以看出，科研人员花费在科技出

版物上的时间为全部科研时间的60%。

——www.nsf.gov

• 信息检索分析为什么重要？


有事找度娘？？？

翻墙上谷哥？？？


资源类别——你要检索啥？

• 期刊论文？

• 学位论文？

• 实验方法？

• 数值数据？

• 会议信息？

• 专利信息？

• 项目信息？

• 基金支持？

全文数据库？文摘数据库？


http://www.shanghaitech.edu.cn/upload/library/20160906/1730202848.pdf

学术信息传播交流的谱段


• 标题

• 作者

• 机构、地址

• 贡献

• 期刊，卷、期、页数

• 摘要

• 关键词

• ……

• 致谢

• 通讯作者

• 参考文献

检索依据：

中文期刊论文期刊全文检索


• Title 标题

• Author 作者

• Affiliation Address

机构、地址

• Contribution 贡献

• Journal, Issue Page

期刊，卷、期、页数

• Abstract 摘要

• Key Words 关键词

• Corresponding Author

通讯作者

• ……

• Acknowledgement 致谢

• Reference 参考文献

检索依据：英文期刊论文


全文获取方式

• 全文数据库

• Endnote

• 集成发现系统

CNKI, Springer Nature, Cell Press, Annual Reviews, Science Direct, Wiley, ACS, Cold Spring Harbor Lab Press, Elesvier, PLoS

• 其它

http://discovery.lib.shanghaitech.edu.cn/

其它网络途径查找全文上科大图信中心

• 知网是国家知识基础设施（National Knowledge Infrastructure，NKI），

由世界银行于1998年提出。

• China National Knowledge Infrastructure（CNKI）工程是以实现全社会

知识资源传播共享与增值利用为目标的信息化建设项目，由清华大学、清

华同方发起，始建于1999年6月。

• CNKI是被广泛使用的中文文献数据库，资源包括：

1. 中国期刊全文

2. 中国优秀硕博论文全文

3. 中国重要会议论文

4. 中国重要报纸全文

5. 中国年鉴全文

6. 中国工具书

• 中文期刊全文获取—CNKI


例：CRISPR/Cas9技术的发展及在基因组编辑中的应用[J]. 张凯丽,李瑞,胡桐桐,徐永杰. 生物技术通报. 2016(05).

• CNKI检索步骤

CNKI首页基本检索：键入标题、关键词、作者等检索；选择高级检索：通过多个字段组合进行精确查询。

基本检索


高级检索

下载按钮

点击打开阅读全文，请提前在CNKI首页下载CAJViewer浏览器上科大图信中心

从学科、年份、作者、机构等角度精炼结果。

从资源类型、文献来源、关键词等方面筛选


1. 若只有一个文章标题或作者姓名或模糊的题目，可在数据库自带的检索框中进行模糊检索，如在框中键入“Crystal structure of a

bacterial homologue of glucose transporters GLUT1–4”

• 外文期刊全文获取—Nature


2. 若有详细的文献信息，可通过卷、期、页数的方式查找：

Yan N, Chai J, Lee ES, Gu L, Liu Q, He J, Wu JW, Kokel D, Li H, Hao Q, Xue D, Shi Y. Structure of the CED-4-CED-9 complex provides insights into programmed cell death in Caenorhabditis elegans. Nature. 2005; 437(7060):831-7.


Waters, M. T., Gutjahr, C, Bennett, T, & Nelson, D.C. 2017. Strigolactone Signaling and Evolution, Annual Review of Plant Biology, 68, 291-322.

• 外文期刊全文获取—Annual Reviews


• Analytical Chemistry• Animal Biosciences• Biochemistry• Biomedical Data Science (new in 2018)• Biomedical Engineering• Biophysics• Cancer Biology (new in 2017)• Cell and Developmental Biology• Chemical and Biomolecular Engineering• Clinical Psychology• Ecology, Evolution, and Systematics• Entomology• Food Science and Technology• Genetics

• Genomics and Human Genetics• Immunology• Medicine• Microbiology• Neuroscience• Nutrition• Pathology: Mechanisms of

Disease• Pharmacology and Toxicology• Physical Chemistry• Physiology• Phytopathology• Plant Biology• Public Health• Virology

Annual Review of

Annual Reviews 生命科学领域29种期刊:


• 期刊全文获取：上科大集成发现系统

http://discovery.lib.shanghaitech.edu.cn/

Waters, M. T., Gutjahr, C, Bennett, T, & Nelson, D.C. 2017. Strigolactone Signaling and Evolution, Annual Review of Plant Biology, 68, 291-322.


Endnote对导入的文献资料具有Find Full Text（发现全文）功能，通过选此功能，可一键发现大量的全文PDF并自动下载。

• 期刊全文获取：Endnote


通过Find Full Text发现全文前，需要先确认发现通道是否打开！

确认所有资源通道是否已勾选，及OpenURL是否填好

OpenURL: http://coreej.cceu.org.cn:3410/shtu


• 全文数据库检索

期刊论文

已订购资源，直接下载即可；未订购的，可申请文献传递：

http://library.shanghaitech.edu.cn/library_more/10/1.html

学院/研究所文献传递联络人

邮箱

生命学院杨静 [email protected]

iHuman 展望 [email protected]

免疫化学所王玮 [email protected]

• 文摘数据库检索


mailto:[email protected]



• 索引（Index）是将某种信息集合（如目录、题录、文摘）中的一组相关信息，按照某种顺序组织并指引给用户的一种指南；

• 文摘（Abstract）是对一篇文献（如期刊论文）的内容所做的简略准确的描述；

• 文摘数据库不能直接提供论文的全文；

• 文摘库提供文献回溯，标引规范等。

文摘检索

什么是文摘型数据库？


Web of Science—SCI

自然科学、SCI收录及引用、每周更新、检索规范、学科分定题及引文跟踪、统计分析、可用可视化软件分析

PubMed

生物医学领域、每天更新、定题跟踪、MESH词表、与NCBI等库连接、需外包软件统计

• 生命科学领域常见的文摘数据库


• WoS是一个文摘数据平台，核心合集包含多个数据库，

如SCI，SSCI，AHCI等。目前学校订购了SCI-E (Science

Citation Index Expanded)。

• 被SCI收录，说明期刊的质量比较高。

• SCI数据库详细记录了“参考文献”信息，并可提供文献

回溯。基于这一特征，可做多种分析。

• 衍生产物：IF（Impact Factor），Endnote，ESI等。

• 文摘数据库—Web of Science


Web of Science 检索步骤

1. 数据库选择

2. 选择检索字段、输入检索式

3. 时间设置及选择子数据库

4. 点击检索


• 精炼检索结果

5. 检索结果

7. 根据学科、国家机构、文献类型等方面精炼检索结果

8. 从时间、被引频次等角度排序

9. 检索结果小于10000时创建引文报告

10. 分析检索结果

6. 查看单篇文章信息


• 单篇详情

标题作者

期刊名称

摘要

关键词

作者

基金信息


• 单篇详情

出版商

研究方向

入藏号等


• 引文报告某个主题/研究人员的引文分析报告每年出版的文献数、被引次数H-index：发表的N篇文章中有h篇被引至少h次


• 分析检索结果

通过分析能发现？

领域内的重点作者（专家）；发现“牛”的研究机构，寻求合作

机会；发现出版物，寻找投稿方向；等等等等

勾选记录，继续查看或进一步分析：

筛选需要的记录；排除不需要的记录

下载用Excel处理绘图


• 定题跟踪注册并创建跟踪服务后，WoS每周会将检索式相关的新的SCI记录发送到邮箱中


• 引文跟踪创建引文跟踪服务，WoS每周会将跟踪文章的最新被引用情况发送到邮箱中


http://www.shanghaitech.edu.cn/upload/library/20151117/0851017443.pdf

从一篇文献引伸出的引文网络


查看SCI期刊及影响因子

官方网站权威发布，最准确

通过JCR查找SCI期刊列表以及相应的影响因子


• 利用Web of Science的数据还能做什么？

导入Endnote，对文献进行管理，方便写作：


利用WoS数据做学科态势分析：

• 利用工具软件让电脑“读”文章，短时间内了解学科/课题的概况；• 发现/预测热点子领域或研究方向；• 跟踪课题的发展趋势，实时掌握学科的变化；• 发现“牛”人，“牛”校，“牛”刊；


• 由美国国立医学图书馆（NLM）开发，建立在国立生物

医学信息中心（NCBI）平台上；

• 是一个提供生物医学方面的搜索引擎；

• 可以检索文摘数据，提供全文链接；

• 数据库来源有：MEDLINE、OLDMEDLINE、Record in

process、Record supplied by publisher等,具有强大的链接功

能及灵活多样的检索方式。

• 文摘数据库—PubMed


美国国立医学图书馆（National Library of Medicine, NLM）

美国国立卫生研究院（National Institute of Health, NIH）

ENTREZ检索引擎

PubMed

Nucleotide

Structure

Protein Genome

Popset

ENTREZ检索引擎

Pre-Medline

Medline

Old-Medline

Not Medline

Data Collection

PubMed 简介


高级检索

PubMed 检索步骤https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

基本检索

• PubMed检索规则：短语检索加引号“”; 使用的逻辑运算符有AND、OR和NOT,但必须大写; 截词符用*表示;


筛选精炼


Citation题录：期刊信息、文章标题、作者姓名、作者地址

Abstract摘要

文献类型及MeSH词表


ENTREZ系统包含的数据库：

PubMed——生物医学文献Nucleotide——核苷酸序列数据库Protein——蛋白质序列数据库 Structure——大分子三维蛋白质结构Genome——完整的基因组汇编Popset——以DNA和Pro.分析生物间的进化关系

Taxonomy——分类学数据库OMIM——孟德尔人类遗传学数据库Books——生物医学网络版图书Probeset——基因表达选集 3D Domain——特定功能域三维结构

ENTREZ平台其他数据库


• MESH词表

高血压—High blood pressure???

高血压—Hypertension

• 医学主题词表（Medical Subject Headings，简称MeSH），是美国国立医学图书馆编制的权威性主题词表。它是一部规范化的可扩充的动态性叙词表。

• 智能检索，MeSH根据实际的内涵意义进行检索。


副主题词：论述某一方面的内容

主题词


http://www.gopubmed.org/web/gopubmed/

• 以PubMed为数据源，对数据进行分析，结果可视化；• 快速了解研究态势，发掘核心作者、期刊、可视化关系网络图等

Gopubmed统计分析：


WoS-SCI PubMed学科领域自然科学生物医学

收录范围 SCI收录 SCI及非SCI

更新速度每周更新每天更新

检索方式字面检索内涵检索

检索式设计规范检索、复杂检索式检索不完美

跟踪服务定题跟踪、引文跟踪定题跟踪

统计分析多维度统计年代统计，其他依托外

部工具

数据下载单次最高500 单次最高200

态势分析可用于各种分析软件少量分析软件

其他与多个数值数据库连接

• WoS-SCI与PubMed的对比


学位论文检索

学位论文的主要检索途径

中科院学位论文知识发现系统

中国知网（CNKI）ProQuest博硕士论文全文数据库

PQDT-B硕博士论文文摘数据库

中国优秀博硕士学位论文全文

只能看部分论文前16页

主要国家硕博士论文全文（部分）

主要国家理工科硕博士论文文摘


• CNKI硕博士论文全文


• 中科院系统学位论文


• 国外学位论文全文

ProQuest博硕士学位论文全文数据库

该数据库是在PQDT文摘库的基础上，由ProQuest公司

开发，中国集团引进的电子版论文全文服务系统，目前收

录有1998年以来的授予学位的63万多篇博硕士论文全文，

每年仍以1万多篇的速度增长。


• 国外学位论文全文

PQDT-B（ProQuest数字化博硕士论文文摘数据库）

它收录全球2,000余所大学文、理、工、农、医等领域的380多万篇博士、硕士论文的摘要及索引，内容覆盖理工和人文社科等广泛领域，是学术研究中十分重要的参考信息源。每年约增加10万篇论文摘要。其中博士论文摘要350字左右，硕士论文摘要为150字左右，并可看到1997年以来论文的前24页。该数据库是检索世界各大学学位论文及挑选全文的首选途径。上

科大图信中心

实验方法 Protocols

实验步骤/方法的检索（文献、视频资源）

CSHL Wiley Springer JOVE


• Cold Spring Harbor Protocols

Cold Spring Harbor Protocols提供了细胞学、发展与分子生物学、遗传学、生物信息学、蛋白质学、计算机生物学、免疫学、神经学等学科的实验方法；

我校合作单位已订购，可直接访问。


• Current Protocols

Current Protocols 由Wiley出版，被PubMed和Scopus收录；我校目前没有订购，但可通过其他数据库访问部分Current Protocols

的资源。

• Springer Protocols

SpringerProtocols实验室指南是全球最大的经同行评议的在线实验室指南库，学科包括：生物化学、生物信息学、肿瘤学、细胞生物学、遗传学、免疫学、传染病学、微生物学、神经系统科学、毒物学、植物科学、蛋白质学等；

我校已订购此数据库。


• Journal of Visualized Experiments (JoVE)

JoVE视频实验期刊是全球首个视频实验期刊，以视频方式展现生物

学、医学、化学、物理等学科研究过程和成果的期刊；JoVE经同行

评审，被PubMed、Scopus、SciFinder 等收录。

访问JoVE需用上科大邮箱注册；我校购买了其中5个数据包。


数值型数据检索

• Blast Search NCBI平台上的Basic local alignment search tool （Blast）局部

序列比对基本检索工具，包括核苷酸序列比对、蛋白比对检索及primer Blast等；

BLAST是用测得的核苷酸、蛋白质序列与已知数据的比对，找出相似的序列，用于蛋白质和核酸的功能结构预测分析。

由NCBI建立的DNA数据库；可通过Entrez系统查询动植物、真菌、细菌、病毒等序列；

• GenBank


• EMBL (The European Molecular Biology Laboratory)

欧洲生物信息学研究所创建的一个核酸序列数据库；数据来源包括科研人员或某些基因组测序机构直接提交，

及部分来自科技文献或专利；EMBL与GenBank有合作。

• DDBJ (DNA Data Bank of Japan)

信息来源主要是日本的研究机构，亦接受其他国家呈递的序列.


酵母基因组

拟南芥基因组

人类基因组

老鼠基因组

斑马鱼基因组

果蝇基因组

肿瘤基因组学数据库

http://www.yeastgenome.org/

http://www.arabidopsis.org/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/

guide/human/

http://www.informatics.jax.org/

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/

genome/guide/zebrafish/

http://www.fruitfly.org/

http://www.cBioPortal.org/

• 学科/项目基因组数据库


专利检索

专利是专利权的简称，指在一定时期内，法律给予专利权人对该项发明创造所享有的专有权；

• 发明专利（Invention Patent）

• 实用新型（Utility Model Patent）

• 外观设计（Design）上科大图信中心

专利语言具有特殊性：

专利申请人为了有效地保护其发明创造，经常刻意避开常用关键词，在专利文献中往往会用一些繁复晦涩、意义含混的专用术语（或法律术语），与一般科技论文中的通用技术用词不同。

三只小猪

复数个年幼的偶蹄目哺乳动物

通用词：

专利用词：


• http://www.pss-system.gov.cn/

• http://patft.uspto.gov/

• http://www.epo.org/

• http://www.jpo.go.jp/

• http://www.inpi.fr/

• http://www.dpma.de/

• http://www.ige.ch/

• http://www.epo.org/

• http://www.wipo.int/

• 国家知识产权局（SIPO）

• 美国专利局（USPTO）

• 日本专利局（JPO）

• 英国专利局（IPO）

• 法国专利局（INPI）

• 德国专利局（DPMA）

• 瑞士专利局（SPO）

• 欧洲专利局（EPO）

• 世界知识产权组织（WIPO）

专利数据库

综合性专利数据库

• Lens专利数据库

• 德温特专利数据库上科大图信中心

基金信息

检索基金信息可以发掘最前沿、最热点的项目，从而了解研究人员的研究动向。

NSF

WoS

NIH

通过Web of Science检索—分析检索结果—基金资助机构（资助号）

NSFC

国家科学基金（美国）

国家自然科学基金（中国）

国立卫生研究院（美国）


• WoS基金资助机构

近两年肿瘤研究主要的基金资助机构：

国家自然科学基金（中国）美国国立卫生研究院国立癌症研究所中央高校基本科研专项资金德国科学基金会


• 国家科学基金（美国）

关键词检索

按学科分类上科大图信中心

• 国立卫生研究院（美国）

研究机构

研究内容

项目信息


例如：查找哈佛大学医学院获得的所有来着NIH的资助，通过输入Harvard Medical School，点击submit query获得下面的信息：


• 国家自然科学基金（中国）

生命科学部

医学科学部项目申请情况项目资助情况学部动态科研进展


图书信息检索

• 使用集成发现系统，查找上科大购买的电子书及馆藏图书资源：


电子资源馆藏纸质资源


中文图书检索中国国家图书馆 http://www.nlc.cn/

外文图书检索• CALIS目录 http://www.calis.edu.cn

• 其他图书资源


• 向图书馆荐购图书


开放获取平台

开放获取平台

1. 开放获取期刊（Open Access Journals）

2. 开放存取仓储（Open Access Repository）

• 机构知识库（Open IR）

• 预印本平台（Preprint）

开放获取（Open Access，OA）是学术界、出版界、情报界

为推动科研成果自由传播而采取的行动。目的是促进科学

信息的交流与出版，提升信息的利用和保存以及科研效率。


OA期刊类型描述

完全OA期刊作者支付费用、读者免费访问

作者免费出版、读者免费访问

部分OA期刊免费访问作者支付出版费用的论文

对部分国家或地区实施免费访问

免费访问部分论文全文

延时OA期刊在出版一段时间后可以免费访问

• 开放获取期刊（Open Access Journals）

开放获取期刊列表

由瑞典隆德大学图书馆创建和维护，内容涉及了所有学科,提供可存取的经质量控制的开放存取期刊。


生物医学中心（BMC）

生物医学中心( BioMed Central, BMC) 主要提供网上开放存取、经过同行评议的生物医学领域的研究论文。


High Wire Press 由斯坦福大学建立, 是免费提供全文的、全球最大的学术文献出版商之一, 提供高质量、经同行评议的网络期刊。

HighWirePress


• 开放存取仓储（Open Access Repository）

Base学术搜索（德国）

BASE是世界级海量内容的搜索引擎之一，由比菲尔德大学图书馆负责BASE营运专注于学术开放获取网络资源。


机构知识库

机构知识库是支撑各科研机构学术研究的基础设施,收集并保存本机构科研人员的学术成果及相关信息；为机构科研人员的研究和交流提供信息。


预印本平台

预印本（Preprint）是指科研工作者的研究成果还未在正式出版物上发表，而出于和同行交流目的自愿先在学术会议上或通过互联网发布的科研论文、科技报告等文章。

arXiv.org由康奈尔大学图书馆及其赞助机构提供arXiv的开放存取服务，提供91年以来的物理、数学、计算机科学、量化生物学、量化财经与统计领域的电子预印本文献。


新兴信息源

社区门户微信公众号、微博

• 热门文章的评论• 学科领域时事新闻及热点• 会议信息及通知发布• 市场分析&行业报告• 求职信息

吾家睿见知识分子

解螺旋自然中文网


小结

• 获取期刊论文全文的方法；

• 文摘数据库的使用（Web of Science和PubMed）

及作用；

• 学位论文的获取方法；

• 数值型数据及实验方法的获取途径；

• 专利的基本信息查询；

• 基金信息查询及作用；

• 图书的查询和获取；

• 开放获取平台获得资源；

• 社区门户及微信公众号等


[email protected]

20685224


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