Chương 2-Tin sinh -2014.doc

7/23/2019 Chương 2-Tin sinh -2014.doc

http://slidepdf.com/reader/full/chuong-2-tin-sinh-2014doc 1/13

Chương 2

NGHIÊN CƯU VA PHÂN TCH

TRNH T NUCLEOTIDE, TRNH T MINO CID

(4 tiêt)

Muc ti: (1) Năm đươc những c sở cốt lõi của chưng trình xử lý dữ li!" (#) Nh$n

%i&t đươc %'i tn đ*t ra trng xử lý dữ li! sinh h+c" (,) -h.n t/ch0 s snh đươc cc

trình t %2ng sử d3ng chưng trình 4l!stal5 trng 6h7n m8m 9i:dit ;' <N=star" (>)

-h.n t/ch đươc s tưng đ?ng của cc trình t %2ng chưng trình 9@=ABC (D) Aử d3ng

th'nh thE 6h7n m8m đF s snh trình t n!clGtidG ;' amin acid ;' 6h.n t/ch H!an h

di tr!I8n da trJn trình t n!clGtidG ;' trình t amin acidC

Nô i dng

! Cơ "# $%& '(ng )hương *+nh $- ./ '0 .13 n3).45*1'4 67 891n5 8)1':

1C1C KL Mc điFm của trình t n!clGtidG cO! trPc n!clGtidG0 mQ di tr!I8n0 H! trình 6hiJn

mQ ;' dRch mQ0 trình t amin acidS

1C#C <ữ liJ M! s cO6 ;' thT cO6 ;8 n!clGtidG (i) Brình t n!clGtidG 6h.n l. M 6" (ii) đLng

Uý trJn VGn9anU0 (iii) Brình t n!clGtidG trJn VGn9anU" (i;) Brình t amin acid trJn

VGn9anUC

2! Chương *+nh ;h%n *<)h *+nh *( n3).45*1'4 67 891n5 8)1'

2.1. Muc ti ca phân tích trình tự nc!"tid! #$ a%in" acid

W Xc đRnh s tưng đ?ng ;' sai Uhc giữa cc trình t"

W YhZng đRnh gGn đQ 6h.n l. M 6"

W Knh gi s đa dEng trng trình t n!clGtidG ;' amin acid"

W Bhi&t l. M 6 s đ? hình c.I ;8 mối H!an hJ M giữa cc đối tương nghiJn cT!"

2.2. &ì% 'iê% %ô t trình tự Brng nghiJn cT! sinh h+c 6h.n tử0 ngư[i nghiJn cT! 6h\i thư[ng x!IJn l'm

;ic ;]i <N= ;' 6rtGinC K.I l' cc trình t sinh h+c đươc lư! trữ 6h^ %i&n trng cc c

sở dữ li! sinh h+c N49_0 :`9@0 <<9C 4 sở dữ li! n'I rOt l]n ;' đươc c$6 nh$t

thư[ng x!IJnC KF tìm những trình t sinh h+c n'I0 chPng ta sử d3ng cbng c3 tìm Ui&m

:ntrG n!clGtidG (tìm trình t <N=) h*c :ntrG 6rtGin (tìm trình t 6rtGin)C

2.2.1. Cách tìm trình tự DNA

B trang N49_ nhOn ch+n N!clGtidG đF đưa đ&n trang :ntrG n!clGtidG sa! đe nh$6IJ! c7! (thư[ng l' tJn gGn) ;' nhOn nPt V h*c :ntGrC Y&t H!\ sf x!Ot hin mt danh

sch trình t <N= tưng t như sa!1



NhOn ;' mt trình t c3 thF đF xGm chi ti&t trình t n!clGtidGC

2.2.2. Cách tìm trình tự protein

B trang N49_ nhOn ch+n -rtGn đF đưa đ&n trang :ntrG 6rtGin sa! đe nh$6 IJ! c7!

(thư[ng l' tJn 6rtGin) ;' nhOn nPt V h*c :ntGrC Y&t H!\ sf x!Ot hin mt danh sch

trình t 6rtGin tưng t như sa!

#



NhOn ;' mt trình t c3 thF đF xGm chi ti&t trình t amin acidC

2!=! Ph%n *<)h *+nh *( >?ng ;h@n 99

2..1. h*n %+% ,i"-dit

4h+n %iF! tương 9i:dit ;' U/ch đP6

(1) Nh$6 dữ li!

4c dữ li! đươc đưa ;' 9i:dit %2ng cch ch!IFn t mI gi\i trình t gGn0 tr!I c$6

t ng.n h'ng gGn h*c nh$6 dữ li! thủ cbngC

4ch nh$6

NhOn đP6 ch!t ;' %iF! tương 9i:dit

4h+n NG =lignmGnt

,



W 4h+n mGn! B1.4 I9;5+*

W

W @a ch+n trình t c7n đưa ;' s snh ;' nghiJn cT!

2 5 "Fnh *+nh *(

Aa! Uhi đưa dữ li! ;' 6h7n m8m0 đF s snh trình t gGn cjng như trình t amin acid

ta thc hin như sa!

W 4h+n mGn! =ccGssrI =66licatin

W 4h+n 4l!stal5 ̀ !lti6lG =lignmGnt

>



W 4h+n R3n C.3"*8.

= H " *ương Jng

KF %i&t đươc h số tưng đ?ng của cc trình t ;a s snh thì ta thc hin cc %ư]c

như sa!

W Bhc hin cc %ư]c ở m3c a0 %

W 4h+n =lignmGnt

W 4h+n AGH!GncG _dGntitI matrix0 ghi tJn kilG ;' nhOn Aa;G

D



W

K 1 *+nh *( n3).45*1'4 "8ng *+nh *( 891n5 8)1'

W Bhc hin cc %ư]c như m3c a

W 4h+n mGn! AGH!GncG

W 4h+n BranslatG in sGlGctGd kramG (kGrmanGnt)

1 *+nh *( DN "8ng RN Bhc hin cc %ư]c như m3c a đF đưa trình t <N= ;'



4h+n mGn! 434n)4

ChQn DNRN

S Th1* .; >n J 4nW&94 )X* g1Y1 hZn

W Bhc hin cc %ư]c như ở m3c a đF đưa trình t n!clGtidG ;' 6h7n m8m

4h+n mGn! 434n)4

4h+n N3).41) 8)1'

4h+n R4"*+1)*15n 98;



[ C5;& '0 .13 \ "5 "Fnh

Aa! Uhi s snh trình t n!clGtidG h*c trình t amin acid0 n&! m!ốn c6I dữ li!

đQ s snh c7n thc hin cc %ư]c sa!

W 4h+n ilG Vra6hic ;iG

W BhaI đî mt số đRnh dEng thG mng m!ốn như co chữ0 6hbng chữ0 đ rng0S

W 4h+n :dit 46I 6agG as a %itma6

W `ở 5rd ;' dn (-astG)

2..2. h*n %+% N/0tar

<N=star l' 6h7n m8m 6h.n t/ch0 s snh trình t n!clGtidG0 trình t amin acid ;'

6h.n t/ch s đa dEng trng trình t t n!clGtidG0 trình t amin acidC

(1) Nh. M 6 dữ liJ M! ;' :ditsGH %2ng cch t\i t VGn9anU haI nh. M 6 thủ cbngC

(#) 4h+n chưng trình 6h.n t/ch t %iF! tương <N=star

p



(,) 4h+n :ntGr sGH!GncGs đF nh. M 6 dữ liJ M! trình t

(>) 4h+n :lign0 4l!stal 5 mGthd đF chEI chưng trình

(D) q' qiG0 ch+n =lignmGnt G6rt0 AGH!GncG <istancG0 -hIlgGnGtic BrGG đF ce

U&t H!\ ;8 s snh cc trình t0 hJ M số tưng đ?ng ;' 6h.n lI0 s đ? hình c.IC



2!K! Chương *+nh ;h%n *<)h *+nh *( n3).45*1'4 67 891n5 8)1' >?ng ]LT *+5ng

N,

2!K!! Z1 )ương 6 ]LT

9@=AB trng N49_ l' chưng trình 6h.n t/ch s snh trình t n!clGtidG ;'

trình t amin amin đF xc đRnh đb M tưng đ?ng ;' UhZng đRnh trình t gGn 6h.n l. M 6(nh. Mn %i&t gGn)C

2.4.2. 3 dung ch56ng trình ,7/3&

(i) 9last s snh tưng đ?ng ;8 trình t n!clGtidG

(1) q' G% http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi , ch+n 9@=AB (4hsG a 9@=AB

6rgram t r!n)0 n!clGtidG %lastC B\i kilG chTa trình t n!clGtidG hL Mc đưa trình t ở

dEng =AB=C

(#) 4hEI chưng trình 9last ch+n 9@=AB ;' th! đươc U&t H!\

1

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome


http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi




(ii) 9last s snh tưng đ?ng ;8 trình t amin acid đươc ti&n h'nh tưng t như 9last

s snh tưng đ?ng ;8 trình t n!clGtidGC

K! Ph%n *<)h *<nh 8 'Zng '1 *+3&n '(8 *+^n *+nh *( n3).45*1'4, 891n5 8)1' 67

5Zn DN

4.1. hân tích tính 8a d9ng di tr+n dựa trn trình tự nc!"tid!; a%in" acid>C1C1C Bìm trình t gGn hL Mc 6rtGin trng N49_"

>C1C#C @a ch+n 6h7n m8m 6h.n t/ch (9i:dit hL Mc <N=star)C

>C1C,C Bhi&t l. M 6 %\ng ma tr. Mn ;' s đ? hình c.I

4.2. hân tích tính 8a d9ng di tr+n dựa trn 8"9n N/ <=ng ph*n %+% N&3>3

W <a trJn s x!Ot hin haI Uhbng x!Ot hin của cc 6h.n đEn =<N Uhi đin di s\n

6hum =-< ;' đươc đnh gi thG H!I ư]c 1Wx!Ot hin0 WUhbng x!Ot hinC

W `t %\ng g?m cc gi trR ;' 1 đươc thi&t l$6 ch 6hv6 t/nh ra h số tưng đ?ng di

tr!I8n của cc c*6 đối tương

11



W Bhi&t l$6 s đ? hình c.I ;' xc đRnh H!an h h+ h'ng của cc đối tương nghiJn cT!

CF) >ưY) *h() h1n

1. Nh?p d@ iA #$" N&-&:

aC 4h+n %iF! tương NB:<_B

%C 4h+n số lương h'ng ;' ct0 đ*t tJn ch ct

cC Nh$6 số li!

dC 4h+n ilG ;' sa;G kilG (;/ d3 tJn <B1)

2. B C d@ iA

4h+n %iF! tương NBAwA

aC 4h+n AimilaritI

W 4h+n Aim!al

W q' in6!t kilG (U/ch đP6)

W 4h+n kilG đQ đ*t tJn <B1

W q' y!t6!t kilG (U/ch đP6)0 ch+n <B1 ;' đî th'nh <B#

W Aa;G0 ch+n 4m6!tG ;' 4lsG

%C 4h+n 4l!stG;ing

W 4h+n A=zN

W 4h+n in6!t0 U/ch đP60 ch+n <B#W 4h+n y!t6!t U/ch đP60 ch+n <B# ;' đî th'nh <B,

W Aa;G0 ch+n 4m6!tG

cC 4h+n Vra6hics

W 4h+n BrGG 6lt

W q' in6!t kilG ch+n <B,

W NhOn 4m6!tG ;' hin c.I 6ht sinh

dC @OI U&t H!\ h số tưng đ?ng di tr!I8n q' kilG ch+n <B#Cnts0 y6Gn ;' c6I %\ng

h sốC

Dình thEc tF chEc d9 hGc

W Vi\ng gi\i của Vq U&t hơ6 ;]i hư]ng d{n ng!IJn lý sử d3ng 6h.n t/ch0 s snh cc

trình t n!clGtidG ;' amin acidC

W Bh\ l!. Mn cc %'i t. M 6 ;' c.! h|i nh|C

â hHi #$ <$i tâ p1C -h.n %iJ Mt dữ liJ M! s cO6 ;' thT cO6 trng Bin sinh h+c}

1#



#C <ữ liJ M! trình t n!clGtidG ;' amin acid}

,C `3c đ/ch của ;iJ Mc 6h.n t/ch0 s snh trình t n!clGtidG ;' trình t amin acid}

>C Aử d3ng 6h7n m8m 9i:dit đF s snh hai trình t n!clGtidG ;' hai trình t

amin acidC

DC Aử d3ng 9@=AB trng N49_ đF s snh xc đRnh mTc đb M tưng đ?ng ;8 trình tn!clGtidG ;' hai trình t amin acidC

C Aử d3ng 6h7n m8m <N=star đF 6h.n t/ch t/nh đa dEng da trJn trình t

n!clGtidG ;' hai trình t amin acidC

C Aử d3ng NBAwA 6h.n t/ch t/nh đa dEng di tr!I8n da trJn s x!Ot hiJ Mn cc đEn

<N=

NhiA% #u ca 0inh #in

W Ainh ;iJn đ+c trư]c %'i gi\ng0 gi trình ;' ch!un %R cc c.! h|i th\ l!. MnCW Ainh ;iJn h'n th'nh cc %'i t. M 6 sử d3ng cc 6h7n m8m 9i:dit ;' 6h7n m8m

<N=starC

DGc iA

1C 9'i gi\ng của gi\ng ;iJn"

#C B'i liJ M! h+c t. M 6 ;' tham Uh\~1• ~>• ~D•C

,C -h€ng h+c ce mI chi&! ;' nối mEng intGrnGt

IJnh giJ: 4h!IJn c7n thbng H!a tham gia d l]60 U&t H!\ l'm %'i t. M 6 ;' th\ l!. Mn của

sinh ;iJnC

1,

Documents

Chương 2-Tin sinh -2014.doc