Entrez 系统http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez

山西医科大学医学信息检索教研室

Entrez 系统

概况数据库资源检索方法

概 况

Entrez 是用户使用 NCBI 主要医学资源的信息检索系统。其资源包括文献数据库 Pubmed 、 OMIM 、 PMC 等；分子数据库 Nucleotide 与 Protein Sequences 、 Protein Structures 、 Taxonomy 等；基因生物数据库 Genomes 、 Map Viewer 等多个数据库。

概 况

NCBI 建立的多个生物医学数据库的检索平台 涉及核酸序列、蛋白序列、大分子结构、基因组图、基础医学、临床医学等领域

包括 Pubmed, Nucleotide,Genome,OMIM 在内的近二十个数据库

所有的数据库既可同时检索，又可分别检索 数据库之间建有超级链接，可直接进行交互访问使用

新的 Entrez 检索界面数据库转换功能键检索区域全部数据库

数据库图标

数据库名称检索结果

新的 Entrez 检索界面

数据库资源

Nucteotide ( 核酸序列数据库 ) Protein ( 蛋白序列数据库 ) Genome ( 基因组数据库 ) PopSet ( 种群组数据库 ) Structrue ( 大分子结构数据库 ) Taxonomy ( 生物分类数据库 ) OMIM ( 人类孟德尔遗传联机数据库 ) ……

数据库关系图

检索方法

基本检索IndexLimit

基本检索

主题 Subject 专业术语， 短语 Phrase 要加双引号，如“ 16S RNA” 著者 Authors 标识符 Unique Identifiers ，如序列鉴定号 刊名 Journal Name ，如 JAMA 范围（区域） Range 如馆藏号、序列长度等 截词符 Truncating ，如 Immunoglob* 联合检索 Combining 用于较复杂的检索

基本检索—截词符 Immunoglob*

索引功能— Index

“INDEX” 位于高级检索界面下方 共有关键词、著者、基因名、分子量、

生物体、序列长度等 20 余条索引可浏览、选择任一检索词进行检索也可从多条索引中选择多个词进行联合检

索

索引选择

逻辑算符

限制功能— Limit限制任一字段，如关键词、期刊、基因等 去除某一不必要的序列，如 GSS( 基因组调查序列 )

限制某一特殊的分子类型，如 mRNA 限制某一基因位点 ,如线粒体 显示序列主要部分或某一部分限制结果为一个特殊数据库中的记录 限制日期 一次可使用多个限制

优化检索策略

通过字段检索 使用布尔逻辑算符 使用各种限制功能 使用索引功能 使用检索史 写出高级检索步骤

检索实例 1 ： （ Nucteotide 数据库） 查找近二年 Mitochondrial Carriers( 线粒体载体 ) 的核酸序列，但不要 ESTs 序列的内容

选择 Nucteotide 数据库输入检索词： Mitochondrial Carriers点击 Limit, 进行限制勾选“ Exclude ESTs”选择时间 2002 年 1 月 ---2003 年 11 月点击“ Go”

检索结果

检索实例 2 ： （ Protein 数据库）检索猪 (Pig) 的蛋白激酶 (Protein Kinase) 信息

选择 Protein 数据库，点击“ preview/Index” 在下方的字段选择栏内选择“ Organism” ，输

入检索词“ Pig” ，点击“ Index” 选择“ Pig(6266)” 后点击“ AND” ，再次选择

“ Text Word” 字段，输入“ Kinase”, 点击“ Index”

检出“ Kinase(69655)” ，再次点击“ AND” 检查上方检索框 中的检索式无误后，点击“ G

o”, 获得相关记录 225 条。

检索实例 3 ： （ OMIM 数据库） 查找 OMIM 数据库中有关囊性纤维化跨膜转导调节因子 (CFTR) 的文献 , 链接其基因位点图和 protein 数据库中的 相关序列 .

选择数据库 OMIM ，输入检索词“ Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator”

点击“ Go” ，选择检出文献 602421 ，点击“ Gene map locus 7q31.2”, 显示更多内容

再次点击 7q31.2 ，链接 Genome 数据库的基因位点图

点击右上“ Link”, 选择 Protein 数据库，打开其记录可获得相关序列