Guide pratique des bactéries pathogènes - pharmacie.ma · résistance des bactéries observée, principalement, au cours des dernières décennies. Définition de la résistance:

Guide pratiquedes bactéries p a t h o g è n e s

Edition 2017

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Sommaire

I. Introduction

II. Généralités

A. Classification des principales bactéries d’intérêt médical

B. Rappels sur la structure bactérienne

C. Mode d’action des antibiotiques

D. Principaux mécanismes de la résistance bactérienne aux

antibiotiques

III. Fiches pratiques des principales bactéries pathogènes

IV. Règles d’or de la lecture interprétative de l’antibiogramme

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Fiches pratiques des principales bactéries pathogènes

− EntérobactériesE.coli–Enterobacter–Klebsiella–Shigella–Salmonella–Proteus–Morganella–Providencia–Serratia− Brucella− Vibriocholerae− Pseudomonasaeruginosa− Acinetobacterbaumannii− Streptococcuspneumoniae− Streptocoquepyogenes(groupeA)− Streptocoqueagalactiae(groupeB)− StreptocoquedegroupeMilleri− Streptocoquedegroupeviridans− Enterocoque− Staphylococcusaureus− Staphylocoquesàcoagulasenégative− Neisseria− Haemophilusinfluenzae− Haemophilusducreyi− Listériamonocytogenes− Corynebacterium− Bacillus− Campylobacter− Bordetellapertussis− Helicobacterpylori− Legionella− Mycoplasmes− Chlamydiae− Spirochètes:Tréponema–Leptospira–Borrelia− Anaérobies− Bacteroidesfragilis− Clostridium− Mycobactéries− Nocardia

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Abréviations

ATB :AntibiotiqueCMI :ConcentrationminimaleinhibitriceCMB :ConcentrationminimalebactéricidePLP :ProtéineliantlapénicillineISP :InhibiteurdelasynthèsedelaparoiRHN :RésistancedehautniveauBMR :BactériemultirésistanteBLSE :BêtalactamaseàspectreétenduEPC :EntérobactériesproductricesdecarbapénèmasesCASFM :Comitéd’antibiogrammedelaSociétéfrançaisedeMicrobiologieNSB3:Niveaudesécuritébiologique3

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Introduction

Les maladies infectieuses sont une préoccupation planétaire. Parmi les inquiétudessoulevéesparcetteproblématique,larésistancedesbactériesauxantibiotiquesexigeuneattention particulièreet nécessite la prise de mesures spécifiques.

Larésistancebactérienneauxantibiotiquesaétéreconnueparl’organisationmondialedelaSantécomme l’unedesplusgravesmenacespesantsur lasantémondiale, lasécuritéalimentaireetledéveloppementetsapropagationpourraitchangerlamédecinedanslesprochaines années.

Laproblématiquedelarésistancebactérienneprenddesproportionsalarmantesàl’échellemondiale, induite par l’utilisation abusive et irrationnelle des antibiotiques en santéhumaine et animale.

Auneépoqueoùnoussommesconfrontésàunemenacecontinuelledesagentsinfectieux,ilestessentieldeconnaîtrecesagents,leurépidémiologieetlesmécanismesderésistancedéveloppéspourunemeilleurepriseenchargedespatientsinfectésetafindediminuerlapressiondesélectiondesbactériesmultirésistantes.

LaSociétéMarocained’InfectiologiePédiatriqueetdeVaccinologieestfidèleàsamissiondeformationetdesensibilisationetproposeàtraversceguideunerevuegénéralesurlaclassificationdesprincipalesbactériesd’intérêtmédical.Lesdifférentsmodesd’actiondesantibiotiquesetleursprincipauxmécanismesdelarésistancebactériennesontégalementprésentés.

Ceguideseveututileetpratiqueetproposeàtraverssesfichesuneépidémiologieclairedesagents infectieux, leursprincipauxcaractèresbactériologiqueset lesbasesdudiagnosticbiologique.Lesrésistancesnaturellesdecesbactériesauxantibiotiquesetlesprincipalesrésistancesacquisesdéveloppéspouréchapperàl’actiondesantibiotiquesontégalementétéprésentéesdemanièrepréciseetclaire.

Ceguidepermetégalementderapporterl’épidémiologienationaledescertainebactériespourmieuxciblerlesagentsantiinfectieuxàutiliserpourchaquesituationclinique.

Cereceuilestimportantpourlacommunautéhospitalièreetpourlasantépublique.Ilestindispensable dans la formation des jeunesmédecins et la formation continue de touslesprofessionnellesdeSanté. La lecturedeceguideserabénéfiqueàtous lescliniciensimpliqués dans la prise en charge des patients infectés et permettra la compréhensiondes étiologies desmaladies infectieuses et la simplification du volet fondamental de lamicrobiologie.

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Généralités

A. Classification des principales bactéries d’intérêt médicale

Les bactéries sont des microorganismes vivants, au même titre que les virus et leschampignons.Ellesontétédécouvertesàlafindu17èmesiècleparAnthoniVanLeeuwenhoek,naturaliste hollandais, qui inventa la microscopie.

Ce sont des organismes procaryotes qui ne possèdent pas de noyau, mais un ADNchromosomiquecirculairesituédanslecytoplasme.Denombreusesbactériescontiennentuneautrestructured’ADNextra-chromosomique,appeléeplasmide.Ellessontentouréesd’une paroi complexe et possèdent souvent des flagelles.

Lesbactériespeuventêtreclasséesetdoncidentifiéesenfonctiondeplusieursparamètres:

• Morphologiemicroscopique:coque,bacille,isolés,groupésendeux,enchainette,enamas…

• Morphologiemacroscopique:taille–forme–couleurdescoloniessurculture• Résultatdelacolorationdegram:Grampositif–gramnégatif• Températuredecroissance• Besoinsrespiratoires:aérobie–anaérobiestrict–aéroanaérobiefacultatif-micro

aérophile• Mobilité• Présencedespores• Besoinsnutritionnels:nécessitédesubstancesparticulières

Figure 1 : morphologiemicroscopiquedesbactéries

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Tableau I : Classification des bactériesCoques à Gram Positif

Morphologie Genre Espèces

Enamas Staphylococcus StaphylocccusaureusStaphylocoqueàcoagulasenégative

Enchainette Streptococcus Streptocoquebêtahémolytique:GroupeApyogenesGroupeBagalactiaeAutresgroupes:C,G,F….Streptocoquesalphahemolytiques:mutans,oralis,sanguis,salivarius,complexemilleri(anginosus,constellatis,intermidius)

Endiplocoque Streptococcus pneumoniae

Encourteschainette Enterococcus faecalisfaecium

Coques à Gram Négatif


Endiplocoque Neisseria meningitidisgonorrheae

Bacille à Gram Négatif Morphologie Famille Genre et Espèces

BacilleàColorationbipolaire

Enterobactériaceae Escherichiacoli(colibacille)KlebsiellaCitrobacterEnterobacterProteusSerratiaProvidenciaMorganellaSalmonela(typhimurium)Shigella(sonnei)Yersinia(enterolitica)

Coccobacilles BrucellamelitensisHaemophilus(influenzae)Moraxella(catarralis)PasteurellamultocidaBordetellapertussisLegionellapneumoniaeKingella

Bacillesaérobiesstricts Pseudomonaceae Pseudomonasaeruginosa(bacillepyocyanique)Autres(Burkholderia–Stenotrophomonas..)Acinetobacterbaumannii

Vibrions Vibrionaceae VibriocholeraeAutresVibrionsCampylobacterHelicobacter

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Bacille à Gram Positif


Petits Listéria monocytogenes

Erysipelothryx rhusiopathiae:bacilledurougetduporc

Corynebacterium diphteriae:bacilledeLoefflerAutres:coryneformes

Grands Bacillus Anthracis:bacilleducharbonAutres

Nocardia

Bactéries de Forme spiralée


Treponema pallidum(agentdelasyphilis)

Leptospira icterohémorragiae(Leptosirose)

Borrelia Recurrentis/burgdorferi(Fièvresrécurrentes–Maladiedelyme)

Sprillum minus(Sodoku)

Mycoplasmes


Sansparoi Mycoplasme pneumoniaehominisAutres

Ureaplasma urealyticum

Bactéries intracellulaires


Trèspetitetaille Chlamydia trachomatispsittacipneumoniae

Rickettsia conorriiAutres

Mycobactéries


Bacillesalcoolo-acidorésistants

MycobacteriumTuberculosis:bacilledeKoch(BK)bovis«atypiques»BCGLeprae:bacilledeHansen

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Bactéries Anaérobies strictes


CoquesàGrampositif Peptostreptococcus

CoquesàGramnégatif Veillonella

BacillesàGrampositif ClostridiumActinomycesPeptococcusPropionibacterium

tetani,perfringens,botulinum,difficile

acnes

BacillesàGramnégatif BacteroïdesPrevotellaFusobacteriumPorphyromonasEubacterium

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B. Rappels sur la structure bactérienne

Delastructuredelaparoibactériennedépendl’appartenancedesbactériesaugroupedesbactériesàGrampositifouàGramnégatif. Lesdeuxgroupespossèdentencommununconstituantessentiel,spécifiqueaumondebactérien, lepeptidoglycane.

Ceconstituantconfèreà labactériesaformeetsarigiditéqui luipermetderésisterà lapression osmotique intra cytoplasmique.

Figure 2 : StructuredelaparoibactériennedesbactériesGrampositifetGramnégatif

Bactéries à Gram positif (BGP) : le peptidoglycane est la partie la plus externe de labactérie.IlestplusépaisquechezlesbactériesàGramnégatifetentourelamembranecytoplasmique de la bactérie.

Bactéries à Gram négatif (BGN) :laparoibactériennecontientunélémentsupplémentaire,lamembraneexterne,laquelleentourelepeptidoglycanequiestplusfinquechezlesbactériesàGrampositif.

La membrane externe est un élément très important dans la physiologie des BGNconstituantunestructurederésistanceauxfacteursdedéfensedel’hôte.Sonfeuilletinterneestessentiellementphospholipidiqueetsonfeuilletexterneestmajoritairementformé de Lipopolysaccharides (ou endotoxines) et sont responsables du chocendotoxinique des infections à Gram négatif.

L’espacesituéentrelesdeuxmembranesestappelél’espacepériplasmique,ilcontientdonc le peptidoglycane mais aussi de nombreuses enzymes parmi lesquelles lesbêtalactamases.

Les protéines liant les pénicillines (PLP) : sont des protéines ancrés dans la membranecytoplasmiqueet émergentdans l’espacepéri-plasmique, elles sont toutesporteusesd’activités enzymatiques notamment la synthèse du peptidoglycane et peuvent êtreinhibés par les bêtalactamines.

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C. Mode d’action des antibiotiques

Unantibiotiqueestunemoléculequivaempêcherlamultiplicationdesbactériesouentrainerleurdestructionenagissantsuruneouplusieursétapesmétaboliquesindispensablesàlaviedelabactérie.

Ondistinguedeuxtypesd’antibiotiques:• Lesantibiotiquesbactéricides:quituentlesbactéries• Lesantibiotiquesbactériostatiques:quiralentissentlacroissancebactérienne

pouvantallerjusqu’àl’arrêtdelacroissancebactérienne.

Les antibiotiques agissent sur les bactéries en inhibant des fonctions physiologiquesprécises, tellesque: lasynthèsede laparoi, laréplicationet latranscriptionde l’ADN, lasynthèseprotéiqueouencorelarespirationcellulaire.Pourexercerleuraction,ilsdoiventse lier àdes cibles spécifiques leplus souvent intra cellulaires.

1. Les antibiotiques agissant sur la paroi bactérienne :

Laplupartdesantibiotiquesagissantsurlaparoidesbactériessontenréalitédesinhibiteursdu peptidoglycane. Ce sont des antibiotiques bactéricides. Parmi ces antibiotiques, ontrouve:lesBêtalactamines,lesGlycopeptidesetlafosfomycine.

2. Les antibiotiques agissant sur la membrane cytoplasmique :

La polymixine B et la colistine sont deux antibiotiques qui agissent sur la membranecytplasmique, en perturbant sa synthèse. Ils sont actifs sur les bacilles à Gram négatif.

3. Les antibiotiques inhibant la synthèse protéique :

Aprèsfixationsurdesconstituantsspécifiquesduribosomebactérien(sousunités30Set50S), cesantibiotiquesvontempêcher la traductionde l’ARNmetdonc la formationdenouvelles protéines.

C‘estl’exempledestétracyclines,aminosides,chloramphénicol,macrolides,acidefucidiqueetlinézolide.

4. Les antibiotiques inhibant la synthèse ou le fonctionnement des acides nucléiques :

Les Rifampicines, Sulfamides, Quinolones et Triméthoprime inhibent la synthèse ou lefonctionnementdesacidesnucléiquesdedifférentesfaçonsselonlesfamillesd’antibiotiques:

• Inhibitiondelaréplicationdel’ADN• Inhibitiondelatranscription/ARNpolymérase• Diminutiondelasynthèsedesprécurseursnucléotidiques

5. Les antibiotiques agissant sur le métabolisme intermédiaire :

Lecotrimoxazoleestunantibiotiquebactéricide,ilinactivelesenzymesimpliquésdanslasynthèsedesporinesetdecertainsacidesaminésessentiels.

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Figure 3 : Principauxmécanismesd’actiondesantibiotiques

D. Principaux mécanismes de la résistance bactérienne aux antibiotiques

La résistance bactérienne aux antibiotiques est une propriété intrinsèque du mondebactérien qui permet à la bactérie de s’adapter à son environnement. Il existe unemultiplicité de mécanismes biochimiques et de systèmes génétiques permettant auxbactériesd’échapperàl’activitédesantibiotiques.Cettediversité,combinéeàl’utilisationextensiveet fréquemment abusivedes antibiotiques, rend comptede l’évolution vers larésistance des bactéries observée, principalement, au cours des dernières décennies.

Définition de la résistance : Une souche bactérienne est dite «résistante» quandelle supporte une concentration d’antibiotique notablement plus élevée quecellequi inhibe ledéveloppementde lamajoritédesautressouchesde lamêmeespèce. Autrement dit, les souches qui supportent des concentrations critiquesd’antibiotiques plus élevées que celles qu’ils sont possibles d’atteindre in vivo.

Ilexistedeuxgrandstypesderésistanceauxantibiotiques,larésistanceintrinsèquenaturelleetlarésistanceacquise.

La résistance naturelle : est présente chez toutes les bactéries de lamêmeespèceou dumême genre bactérien. Elle délimite le spectre d’action des antibiotiques.Par exemple, la présence d’une membrane externe chez les bacilles à Gramnégatif entraîne la résistance à diverses classes demolécules par imperméabilité(glycopeptides, macrolides, lincosamides, streptogramines, etc.).

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Autresexemplesderésistancenaturelle:

Famille ou espèces

Bactéries à Gram Positif

Bactéries à Gram négatif

AnaérobieGenre

Klebsiella

Enterocoque faecalis

AntibiotiquesPrésentantuneR.naturelle

ColistineAcidenalidixique

Vancomycine Aminosides AmoxicillineTicarcillinePipéracilline

CéphalosporinesLincomycineClindamycine

Parmi les nombreux cas de résistance croisée, on peut citer lesmutations conférant larésistance aux fluoroquinolones.

Laconséquencemajeuredelarésistancecroiséeestlasélectioncroisée:n’importequelantibiotique de la classe peut sélectionner des bactéries résistantes à tous les autresmembres.

Surleplangénétique,larésistancepeutêtreacquisepardeuxvoiestotalementdistinctes:

• Soit desmutations dans le génome touchant un gènede structure ou un gènederégulation,onparleraalorsde transmissionverticaleà ladescendance.Ce typederésistancerestepeufréquent,ilreprésenteenviron10%delarésistanceobservéeenclinique,maispeutposerdegravesproblèmesthérapeutiquescommelarésistanceduMycobactériumtuberculosisauxanti-bacillaires.

• Soit l’acquisitiond’informationgénétiqueétrangèreliéeàdesélémentsgénétiquesmobiles (plasmides, transposon ou intégron), en provenance d’autres bactéries,par transfert horizontal. Les résistances plasmidiques peuvent concerner plusieursantibiotiques,voireplusieursfamillesd’antibiotiques.Ellesreprésententlemécanismederésistanceleplusrépandu,soit80%desrésistancesacquisesetsontresponsablesdesépidémiesàbactériesmultirésistantesenmilieuhospitalier.

Surleplanbiochimique,lesbactériesontdéveloppéquatregrandsmécanismesd’acquisition

delarésistancedontlemotifcommunestd’empêcherl’interactiondel’antibiotiqueavecsacible.1. La modification de la cible :cemécanismeentraîneuneperted’affinitédel’antibiotiquequinepeutplusselieràlaciblesurlaquelleilagithabituellement.Soitlarésistanceestdueàlaproductiond’enzymesqui,enmodifiantlesciblescellulaires,leurfontperdreleuraffinitépourlesagentsantiinfectieux.Soit,cetterésistanceauxantibiotiquespeutrésulterdemutationsspontanéesquienintroduisant

La résistance acquise : elle n’est présente que chez certaines souches de lamêmeespèce oudumêmegenreetnaturellementsensibleàunantibiotique,àtitred’exemple larésistanceduPneumocoqueà lapénicilline,ou la résistanceduPseudomonasà l’imipenème.Danscertainscas,ellepeutconcernerlagrandemajoritédecessouchescomme,parexemple,laproductiondepénicillinasechezlestaphylocoquequi intéresseplusde95%dessouches.

La résistance croisée :correspondàlarésistanceàtouslesmembresd’uneclassed’antibiotiquesdueàunseulmécanismederésistance.Larésistanceestdeniveauvariableselonlesantibiotiques,engénérald’autantplusfaiblequelamoléculeestplusactive.

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dessubstitutionsd’acidesaminés,oudebasesnucléiquesdanslesciblesmoléculaires, leurfontperdreleuraffinitépourlesagentsantimicrobiens.

2. La production d’une enzyme qui va détoxifier l’antibiotique :Undesmécanismesderésistancelesplusrépandusetdesplusefficacesconsiste,pourlesbactériesàmodifierlastructuremêmedel’antibiotiquedefaçonàluifaireperdresacapacitéàselieràsaciblecellulaire,etparvoiedeconséquenceà l’inhiber. Il reposesur laproductiond’enzymesdont l’origine peut être intrinsèque (gène chromosomique appartenant à l’espèce) ouextrinsèque (gène transmis par desplasmidesoudes transposons).

3. L’imperméabilité :notammentpardiminutiondudiamètredesporines(poresauniveaude lamembraneexterne)chez lesbacillesàGramnégatif:A l’exceptiondesPolymixineset desAminosides, les antibiotiques actifs sur les bactéries àGramnégatif traversent lamembraneexternepardiffusionpassiveàtraverslesporines.Ladiminutionquantitativeouqualitativeauniveaudecesporinespeutfreinerlapénétrationintracellulairedesagentsantimicrobiens, et conférer de ce fait, un bas niveau de résistance à plusieurs famillesd’antibiotiques.

4. L’efflux des antibiotiques à l’extérieur de la cellule par des pompes énergie dépendantes : estunprocessus de transportmembranaireassez répandu dans lemondevivantpourmaintenir l’homéostasie cellulaire, et qui consiste à refouler de façon active les agentsnocifsdanslemilieuextérieur.Certainsd’entreeuxsontintrinsèques,d’autresapportéspardesélémentsgénétiquesmobiles.

Les Bêtalactamases :

LesBêtalactamasessontdesenzymesd’inactivationdetypesérine(classesA,CetD)oumétalloenzymes(classeB)dontlessubstratssontdesbêtalactamines.

Laproductiondebêtalactamaseestunmécanismequel’onretrouveaussibienchezlesbactériesàGrampositifqueGramnégatif,ils’agitdumodederésistancelepluscourant.Lesupportgénétiquequicodepourcesenzymesestsoitd’origineplasmidiquesoitchromosomique.

L’inactivationenzymatique(pertede l’activitéantibiotique)survient lorsde l’ouvertureducyclebêtalactame(structure de base des bêtalactamines). Ainsi l’hydrolyse du cycle bêtalactameempêchelesbêtalactaminesdesefixerdefaçoncovalentesurlesiteactifdesenzymesimpliquéesdanslasynthèsedelaparoi, lesprotéinesliantlespénicillines(PLP).

Plusieurs centaines de bêtalactamases ont été identifiées chez diverses espèces bactériennes.Cesenzymespeuventêtreclasséesen fonctionde leur spectred’activité (pénicilline,oxacilline,céphalosporines, carbapénèmes), ou leur séquence en acides aminés, c’est la classificationd’Ambler, qui est la plus utilisée en pratique.

Pénicillinase: inactive toute les pénicillines (ßlactamases inhibées par les inhibiteurs desßlactamases(IßL))LesBLSEsontdesenzymesdetypePénicillinasedeclasseAplasmidiques,quiprésententunpotentieldediffusionetuneprévalencejustifiantunesurveillanceépidémiologique.Elles confèrent une résistance à toutes les Pénicillines, aux Céphalosporines de 1ère et 2èmegénérationetauxCéphalosporinesde3èmeet4èmegénérationetàl’Aztréonam.Ellesn’inactiventpaslesCéphamycines(Céfoxitine,Céfotetan),nilesCarbapénèmes.LasensibilitéauxassociationsPénicillines-inhibiteurs de bêtalactamases est souvent conservée. Cependant, le phénotype derésistancevarieaveclanaturedelaBLSEproduiteetselonleurniveaudeproduction.

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Céphalosporinase : inactive les C1G voire les C2G mais aussi l’amoxicilline (elles ne sont pasinhibées par les IßL)

Carbapénèmase :inactivelescarbapénèmes(imipénème:bêta-lactaminequialespectrelepluslarge).

Bactéries Multi Résistantes :

Lesbactériessontditesmulti-résistantesauxantibiotiques(BMR)lorsque,dufaitdel’accumulationdes résistancesacquisesàplusieurs famillesd’antibiotiques,ellesnesontplus sensiblesqu’unpetitnombred’antibiotiquesutilisablesenthérapeutiques.

Enraisondeleurfréquenceélevée,delagravitédesinfectionsdontellessontresponsablesetdeleurcapacitéàdiffuser,lesbactériesmultirésistantessuivantesdoiventfairel’objetd’unprogrammedesurveillanceetdepréventionpourlimiterleurdissémination:

• EntérobactériesrésistantesauxC3Gparproductiondebêtalactamaseàspectreétendu• Entérobactériesproductricesdescarbapénèmases• S.aureusrésistantàlaméticilline• Acinetobacterbaumanniirésistantàl’Imipénème• Pseudomonasaeruginosarésistantauxcarbapénèmes• EnterocoquefaecalisrésistantàlaVancomycine

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Fiches pratiques des principales bactéries

pathogènes

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Entérobactéries

LesentérobactériesappartiennentàunegrandefamillequiregroupedesbacillesàGramnégatif(BGN).Cettefamillecomporteplusieursgenres,espècesetsérotypes.

Laclassificationrécente(hybridationADN-ADN)recense31genresetplusde140espèces.

Parmitouslesgenresetespècesdécrits,unevingtaineestimpliquéeenpathologiehumaine:Escherichiacoli,Shigella,Salmonella,Citrobacter,Klebsiella,Entérobacter,Proteus.Habitat

Lenomd’entérobactérieaétédonnéparcequecesbactériessontengénéraldeshôtesnormauxoupathologiquesdutubedigestifdel’hommeetdesanimaux.L’environnement(sols,eaux,végétaux)peutêtrecontaminéeparlamatièrefécaleetconstitueunesourcedecontamination indirecte.

Caractères bactériologiques

Lesentérobactéries,regroupantplusieursgenres,sontdesbacillesàGramnégatif,mobilesgrâceàuneciliaturepéritriche,certainssontimmobiles(Klebsiella,Shigella,Yersiniapestis).Ilssontaéro-anaérobiesfacultatifsetsedéveloppentsurmilieuordinaire.Ilssontdépourvusd’oxydaseetont la facultéde fermenter leglucose,maisaussideréduire lesnitratesennitrites. Les différences entre les nombreux genres et espèces viennent de critères plusprécis, comme la fermentationdesdifférents sucres, laproductionounondesulfure, laprésenceoul’absenced’enzymesdumétabolisme.

Pouvoir pathogène

Chezl’homme,ilconvientdedistinguer:

Les entérobactéries pathogènes spécifiques que l’on ne trouve pas à l’état commensal(endehorsdesporteurssains)etdontlaprésencedanslesmilieuxextérieursn’estqu’unphénomènetransitoire.Lesmaladiesqu’ellesengendrentsontduesàundéfautd’hygièneetlacontaminationseproduitsoitparcontactdirectsoitparl’intermédiaired’unvecteur(alimentairesouanimal)citons:LafièvretyphoïdedueàSalmonellatyphi,lestoxiinfectionsalimentairesduesàSalmonellamineures,ShigellaetàYersinia.

Les entérobactéries pathogènes opportunistes peuvent provenir de la flore digestivecommensalenormalement résidente ( E. coli, Klebsiella, Enterbacter, Serratia, Proteus...

Lesinfectionsqu’ellespeuventengendrerontunpointdedépartendogènecitonsàtitred’exemple:

• Lesinfectionsurinaires• Lesinfectionsintraabdominales(cholicystites,appendicites.)• Septicémiesàpointdedéparturinaireouintraabdominale• Surinfectionrespiratoire

Enmilieuhospitalier:Cesbactériessontaupremierplandesinfectionsnosocomiales.Ellessontmanuportéeetellessontcapablesdesurinfectern’importequellelésionpré-existante.

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Lamultiplicationdesactesmédico-chirurgicaux(endoscopie,cathéter,sondeàdemeure,drain..), l’utilisationd’antiseptiquesetd’antibiotiquesmajore leur rôlepathogèneet leurrésistance aux antibiotiques tel que lesentérobactéries productrices de βlactamase àspectreélargi (EBLSE) qui sont responsablesd’épidémies,difficilesàgérer.

Diagnostic bactériologique

Ilestessentiellementdirect,basésurl’isolementetl’identificationdelabactérieencause.

Enraisondeslocalisationsvariéesdesinfections,onpourrarencontrercesbactériesdansdesprélèvementstrèsdivers.

Le diagnostic bactériologique est nécessairement accompagné de l’antibiogramme, cesbactéries étant souvent résistantes à des nombreux antibiotiques.

Résistance aux antibiotiques

Larésistanceauxantibiotiquesdesentérobactériesestvariableselon lesespèceset leurorigine, elle est préoccupante pour les souches responsables d’infections nosocomiales,tellesqueKlebsiellapneumoniae,EnterobactercloacaeetSerratiamarcescens.Elleatteintaussidesespècesjusque-làsensiblescommeEscherichiacoliouProteusmirabilis.Chaqueespècemériteraituneanalyseindividualiséedesesmodesderésistance.

Résistance naturelle :Cesbactériesprésententunerésistancenaturelleàcertainsgroupesd’antibiotiques,variableselonlesespèces.Tableau II : phénotypeshabituelsdelarésistancenaturelledesentérobactériesauxantibiotiques. Espèces AM AMC TIC/PIP C1G FOX MA CXM GM TOB TET COL FT

Klebsiella R R

E.hermani R R

C.koseri R R

C.feundii R R R R

E.cloacae R R R R

E.aerogens R R R R

H.alvei R R R

S.marcessence R R R R R R R R

P.mirabilis R R R

P.vulgarisetpennerie

R R R R R R R

P.stuartii R R R R R R

P.rettgeri R R R R R R

M.morgani R R R R R R

Y.enterocolitica R R R R R R RAM:aminopénicillines;AMC:amoxicilline+acideclavulanique;TIC:ticarcilline;PIP:pipéracilline;C1G:céphalosporinesde1èregénération;Fox:céfoxitine;MA:céphamandol;CXM:céfuroxime;GM:gentamicine;TOB:tobramycine;TET:lestétracyclinesycomprislatigécycline;COL:colistine+polymyxineB.FT:nitrofuranes.

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Résistance acquise :Troisgrandsmécanismesrendentcomptedelarésistanceacquisedesentérobactériesauxantibiotiques:1. Diminution de la quantité d’antibiotique atteignant la cible par diminution de la

perméabilité ou par apparition de systèmes d’efflux.Des résistances acquisespardiminution de la perméabilité de la paroi ont été rapportées chez E.coli, Proteus,Salmonnella, Shigella, Klebsiella, Enterobacter et Serratia suite à une altérationquantitativeouqualitativedesporines.Cemécanismes’exprimegénéralementàbasniveau,peuttoucherdemultiplesfamillesantibiotiquesetsouventassociéàd’autresmécanismes de résistance: efflux et/β-lactamase.L’efflux estunsystèmedécritchezplusieursespècesd’entérobactéries,commechezE.colientrainantunerésistancegénéralementàbasniveauetsimultanéevis-à-visetcroisée,àdifférentesfamillesd’antibiotiques.

2. Résistance par modification de la cible de l’antibiotique : Plusieursfacteurspeuventconcourir à ce type de résistance, citons comme exemple la perte d’affinité desPLP pour les βlactamines; des souches de P.mirabilis résistant à l’imipenème. Cesmodificationssefontsoitparmutation,soitparacquisitiondesgènes.Cemécanismereste rare chez les entérobactéries.

3. Résistance par inactivation enzymatique de l’antibiotique :C’estlemécanismeleplusfréquentchezlesentérobactéries,tell’hydrolysedesβlactaminesparlesβ-lactamases,oulamodificationdelamoléculeparajoutdesradicauxtellequelesestérificationsdes aminosidespar lesphosphotransfèrases, (APH), nucléotyltransférases (ANT)ouacétyltranférases(AAC).D’autresexemplesexistent.

La résistance aux céphalosporines de troisième génération est due :− Soit à une hyperproduction de céphalosporinase et touche surtout Enterobacter,

Citrobacter, Serratia, Providencia, Proteus indole (+),− Soitàuneacquisitiond’uneβ-lactamaseàspectreétenduenparticulierchezKlebsiella

pneumoniae.L’imipènèmepeutaussiêtretouchéparuneenzymespécifique.Desmutationsauniveaudesporinesaffectentaussidanslesmêmesproportionscertainesentérobactériesettouchentplusieursfamillesd’antibiotiques.

Les entérobactéries sont naturellement résistantes aux pénicillinesG etM. En fonctiondesrésistancessupplémentairesauxautresbêtalactamines,ellessontclasséesenquatregroupes:

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Résistances naturelles des entérobactéries aux bêtalactamines :

GroupedesBêtalactamines

Groupe1 Groupe2 Groupe3 Groupe4

Espèces E.coliSalmonellaShigellaProteusmirabilis

KlebsiellaCitrobacterKoseri

EnterobacterSerratiaMorganellaProvidenciaCitrobacterfrendii

Yersinia

Amoxicilline–Ampicilline S R R R

Ticarcilline S R S R

Pipéracilline S I/R S I/R

Amoxicillineacideclavulanique

S S R R

C1G S S R

C3G S S S S

Carbapénèmes S S S S

Mécanismesderésistance

AbsencedeBêtalactamase

Pénicillinasedebasniveau

Céphalosporinasedebasniveau

Pénicillinaseetcéphalosporinase

Résistances acquises des entérobactéries aux bêtalactamines :

Antibiotiquesmarqueurs

Pénicillinasedebas

niveau

Pénicillinasedehaut

niveau

PénicillinaserésistanteauxIBL

Céphalosporinasedebasniveau

Céphalosporinasedehautniveau

BLSE

Amoxicilline R R R R R R

Ticarcilline R I/R R S R R

Amoxicillineacideclavulanique(IBL)

S R R R R R

Mecillinam S R R S S R

C1G S R S R R R

C3G S S S S R R

Propositions thérapeutiques

Laplupartdessouchesd’entérobactériesproduisantunecarbapénèmaseontunphénotypedemultirésistanceauxantibiotiquesquilimitetrèsfortementlespossibilitésthérapeutiques.Cettemultirésistanceest,enpartie,dueàl’associationfréquentedecarbapénèmasesetdeBLSE.Enpratique lespossibilités thérapeutiquesse limitentsouventaumieuxàcertainsaminosides,àlatigécycline,àlacolistine,àlafosfomycinevoireàcertainesquinolones.

26

E. coli

BacilleàGramnégatifdelafamilledesentérobactéries.

Ilexistequatregroupesprincipauxdesouchesd’E.coliresponsablesdediarrhées:− E.colientéropathogènesEPEC:responsablesdegastro-entéritesinfantiles− E.colientéro-invasifsEIEC : syndromesdysentériformes (diarrhéesmucopurulentes

et sanglantes)− E.colientéro-toxinogènesETEC:responsablesdediarrhéesliquidiennescholériformes

(diarrhéeduvoyageurouturista)− E. coli entéro-hémorragiques EHEC : syndrome entéro-hémorragique responsable

chez lesenfants (1mois à3 ans)du syndromehémolytiqueeturémique.

Habitat

Hôtenormaldutubedigestif.

Pouvoir pathogène

Infectionsentéro-coliques,infectionsurinaires,toxi-infectionsalimentaires,infectionsintra-abdominales(cholécystites,péritonites…),septicémies,infectionsnéonatales(méningites).

Diagnostic bactériologique − Prélèvements:urines,sang(hémocultures),LCR,pus,selles…− Diagnostic bactériologique direct : repose sur l’isolement et l’identification de la

bactérie.− Recherched’antigènessolubles(E.coliK1).− Recherchedesentérotoxines.


E.coliestsensibledefaçonnaturelleàtoutes lesβ-lactaminesmalgré laprésenced’unecéphalosporinasechromosomiquequiestexpriméeàtrèsbasniveau.Larésistanceacquiseestsurtoutdetypeenzymatiqueparsécrétiond’unepénicillinase,d’unecéphalosporinaseaugmentéeouhyperproduiteouenfinuneβ-lactamaseàspectreétendu.

La résistance aux aminosides fait surtout intervenir l’inactivation enzymatique,essentiellementdetypephosphotransférase(3’)(APH’)d’intérêtcliniquelimitéactuellementen raison de la faible prescription de kanamycineou de néomycine.

La résistance acquise aux quinolones est chromosomique (mutation) et deux principauxmécanismespouvantéventuellements’associersontindividualisés(diminutiond’affinitédel’ADNgyraseouimperméabilitéparporinesmodifiées);néanmoins,plusieursdéterminantsgénétiquessontactuellementcaractérisés.

Les E. coli sont sensibles aux phénicolés et aux sulfamides. Elles sont habituellement

résistantes aux macrolides, lincosamides et synergistines.

Epidémiologie Nationale

Escherichiacoli, représenteenmoyenne10%de l’ensembledes isolats,etoccupe,ainsi,uneplaceimportanteenpathologieinfectieusecommunautaireetnosocomialeauMaroc.L’étudedel’évolutiondunombred’isolatsd’E.colientre2010et2015apermisdeconstaterunenetteaugmentationdelafréquenced’isolementàl’échellenationale.

27

Cette bactérie a été isolée principalement des infections urinaires (61%), des infectionsintra abdominales (24%) et des bactériémies (13%) touchant tous les secteurs d’activitépédiatriques.Parailleurs,larésistanceàl’Amoxicillineestenmoyennede68%.Elleestde53%pourl’associationamoxicillineacideclavulanique.LarésistanceauxC3GparproductiondeBétalactamasesàspectreétendu(BLSE)estenmoyennede20%.Lessouchesdesensibilitédiminuéeauxcarbapénèmes,ayantémergéàpartirde2013auMaroc,ontreprésentéenmoyenne4%desisolatsBLSE.LarésistanceàlaCiprofloxacineestenmoyennede17%.Elleestde20%pourlaGentamicineet2%pourl’Amikacine.Pourlecotrimoxazole,elleatteint51%.L’évolutiondelarésistanceauxC3GparproductiondeBLSEchezE.coliaétémarquéeparuneaugmentationdelarésistanceauniveaudesdifférentsCHUàl’échellenationalependant les 6dernières années. Eneffet, cette résistanceest passéede11%en2010à25%en2015.Ceconstatalarmantinciteàrevoirlesoptionsthérapeutiquesenfonctionde

l’évolutiondelarésistanceetdessituationscliniques.


Enprésenced’uneinfectionàE.coli,Ilfautfairelechoixd’unantibiotiqueenfonctiondel’antibiogrammeetdelalocalisationdel’infection.

Antibiotiquesconseillés:• Amoxicilline+A.clavulanique.• Cotrimoxazoleencasd’infectionentérocolique.• Céphalosporines3èmegénération±aminoside(encasdesepsisoudepyélonéphrite)

Alternatives:quinolones,imipénème.

28

Citrobacter


PlusieursespècesdontprincipalementC.freundietC.diversus…Habitat

Germeopportuniste.

Tubedigestif,environnement.

Pouvoir pathogène

Infectionsnosocomiales:septicémies,abcès.

Infectionspulmonaires,urinaires,méningées.


Prélèvements:urines,Sang(hémocultures),LCR...

Diagnostic bactériologique direct:reposesurl’isolementetl’identificationdelabactérie.


C.freundii,souventisoléenmilieuhospitalier,estnaturellementrésistantàl’amoxicilline,à amoxicilline-clavulanate et à la céfoxitine par production d’une beta-lactamasechromosomique.

C.Koseriestnaturellementrésistantauxpénicillines(amoxicilline,ticarcilline).

Propositions thérapeutiques :

Antibiotiquesconseillés:Céfotaximeoucéftriaxone+aminoside.

Alternatives:Imipénème,céphalosporinesde2èmegénération,fluoroquinolones.

29

Klebsiella


Plusieursespèces:K.pneumoniae,K.oxytoca,K.ozaenae…Habitat

Lescavitésnaturellesenparticulierletubedigestifetlesvoiesaériennessupérieures.

Pouvoir pathogène

Infectionsnosocomialesetcommunautaires:broncho-pulmonaireseturinaires.

Méningitespurulentesetsepsis…


Prélèvements:urines,sang(hémoculture),pus,LCR…

Diagnostic bactériologique direct:reposesurl’isolementetl’identificationdelabactérie


Klebsiellaprésente4phénotypes:

1. Phénotypesauvage:résistancenaturelleàl’amoxicilline,àlaticarcillineetsensibilitédiminuéeàlapipéracillineetàlamezlocilline.

2. Phénotype pénicillinase acquise: les souches ne restent sensibles qu’auxcéphamycines(céfoxitine,céfotétan,latamoxef),auxC3G(céfotaxime,céftazidime),àl’aztréonametàl’imipénème.

3. Phénotypeβ-lactamaseàspectreétendu: lessouchesnerestentsensiblesqu’auxcéphamycinesetàl’imipénème,etpourcertainessouchesauxassociations

β-lactamine-inhibiteur.Onpeutdistinguerenpratique:a. Lephénotype“céfotaximase”,quis’exprimehabituellementparunesensibilité

diminuéeou“intermédiaire”àlacéfotaxime,àlacéftazidimeetàl’aztréonam..b. Lephénotype“ceftazidimase”,caractériséparunniveauderésistanceplusélevé

àlacéftazidimeetàl’aztréonamqu’àlacéfotaxime.

4. Phénotypecarbapénèmase:caractériséparunerésistanceauxcarbapénèmes.


Les souches de K.pneumoniae présentent en moyenne 45 % de l’ensemble desentérobactéries isolées. Ces souches sont isolées principalement de la réanimationnéonatale(50%)suiviparlaréanimationpédiatrique(20%).LesbactériémiesàK.pneumoniaeoccupentlapremièreplace(50%)suiviparlesinfectionsurinaires(28%)etlesinfectionssuppurées (15 % ). Une augmentation continue de la résistance aux céphalosporines detroisièmegénérationchezlesisolatsdeK.pneumoniaeestobservéedepuis2010pouratteindreenmoyenne65%en2015et87%enNéonatologie.Lessouchesdesensibilitédiminuéeauxcarbapénèmesontétéprésentesentre10et20%en2015auseindesisolatsBLSE.

L’évolutionsurles6dernièresannéesestmarquéeégalementparuneaugmentationcontinuede la résistance notamment en 2015 touchant l’amoxiciline acide clavulanique (87 %), laciprofloxacine (60%), la gentamicine (52%)et le sulfaméthoxazole-triméthropime (49%).

30


Antibiotiquesconseillés:Céfotaximeouceftriaxone±gentamicine.

Alternatives:C2G,aminosides,cotrimoxazole,quinolones,phénicolés,imipénème.

31

Enterobacter cloacae


Ilexisted’autresespèces:E.aerogenes,E.agglomerans…Habitat

Germesaprophytedutubedigestifetdescavitésnaturelles.

Pouvoir pathogène

Infectionsnosocomiales(sepsis,pneumonies,infectionsurinaires,méningites…)


Prélèvements:urines,Sang(Hémoculture),LCR...

Diagnostic direct:isolementetidentificationdelabactérie.


L’Enterobactercloacaesecrèteunecéphalosporinaseinductibled’originechromosomique

quirésisteauxamino-pénicillines,céphalosporinesde1èreetmêmede2èmegénération.


Au sein des entérobactéries, E.cloacae est la troisième espèce isolée après E.coli etK.pneumoniae. Une augmentation constante de la résistance aux antibiotiques a étéobservée depuis 2010 à l’échelle nationale. Les souches nosocomiales ont présenté desniveauxderésistanceélevésauxantibiotiquesnotammentauxCéphalosporinesdetroisièmegénération(65%),laciprofloxacine(55%),lagentamicine(75%)etlecotrimoxazole(70%).

Lessouchesdesensibilitédiminuéeauxcarbapénèmesontreprésentéenmoyenne15%au

seindesisolatsproducteursdeBLSE.Propositions thérapeutiques

• Antibiotiquesconseillés:Céfotaximeouceftriaxone+aminoside/Imipinème+aminosidedanslessituationssévères.

• Alternatives:Fluoroquinolones.

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Proteus-Morganella-Providencia


Plusieurs typesdeProteusdontprincipalementP.mirabilis +++etP. vulgaris, EnplusdeMorganella morganii initialement appelé Proteus morganii.LegenreProvidenciacomprenddenombreusesespècesdontprincipalementProvidenciastuartii,Providencia rettgeri.

Habitat

Tubedigestif,téguments,orificesnaturels.

Pouvoir pathogène

Infectionsurinaires-bactérièmiesnosocomiales.


Prélèvements:urines,Sang(hémoculture)….

Diagnostic direct:isolementetidentificationdesbactéries.


Proteus,MorganellaetProvidenciasontnaturellementrésistantsàlacolistine.

P.mirabilisrestesensibleauxβlactamines.Sarésistanceacquiseestidentiqueàcelled’E.coli.P. vulgaris comme Morganella et le genre Providencia produisent une beta-lactamasechromosomiqueinductibleetdoncnaturellementrésistantsàl’amoxicilline,àlacéfalotine

et au céfamandole.


Antibiotiquesconseillés:Cotrimoxazole,Imipénème

Alternatives:Quinolones,fosfomycine.

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Salmonella

BacilleàGramnégatif.Entérobactériespathogènes,àtransmissionoro-fécale,agentsdes

fièvrestyphoïdeetparatyphoïde,etd’infections intestinales.

Habitat

Entérobactériedutubedigestif.

Pouvoir pathogène

Ilestdifférentpourlessalmonellesmajeures(quel’onnetrouvequechezl’homme)etlessalmonellesmineures(ubiquistes).

Salmonellamajeures:Salmonella Typhi, S. Paratyphi, respectivement responsables desfièvres typhoïdesetparatyphoïdiques.La transmissionse faitpar lessellesdesmalades.Aprèsinfection,l’hémoculturesepositiveavantlacoproculture(passagedanslesang,puisretourdans l’intestingrêle).

Salmonellamineures:Salmonella,responsablesdegastroentérites(bactériesentéropathogènesinvasives).Cesgermessontportésparl’hommeetl’animal.Lessalmonellesmineuressontimpliquéeshabituellementdanslesinfectionsalimentaires.Unmanqued’hygièneesttrès

souventàl’originedelatransmission.Peuventêtreàl’originedebacteriémiesetdesepsis.


Prélèvements:Coprocultureethémoculture..

Diagnostic direct:isolementetidentificationdelabactérie

Sérotypage:Ilexistetroistypesd’antigènes,utiliséspourlediagnostic:− L’antigènedeparoi«somatique»(O)− L’antigèneflagellaire(H)− L’antigèned’enveloppe(Vi)

Encasdefièvretyphoide:− Hémoculture:positivedans90%pendantle1ersepténaire,75%pendantlesecond,

40%pendantle3ème.− Coproculturespositivesentreles10èmeet20èmejoursdelamaladiedans10à40%

descas(dépistagedesporteurs)− SérodiagnosticdeWidal-Félixestsouventdifficileàinterpréteretaunintérêt

modéré:>200pourl’antigèneO(àpartirdu8èmejour)surtoutet>400pourl’antigèneH(aprèsle10-12èmejour).Cettesérologierestenégativedans10à30%.

Encasdesalmonellosemineure:Hémoculture,Coproculture,ECBU±ponctionlombaire.


Lessouchessauvagessontsensiblesàtouteslesbéta-lactamines.Sarésistanceacquiseestidentiqueàcelled’E.coli.Propositions thérapeutiques

Encasdetyphoïde:− Antibiotiquesconseillés:Cotrimoxazole,Amoxicilline,Ampicilline,Phénicolés.− Alternatives:C3G(ceftriaxone),Quinolones.

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Encasdesalmonellosemineure:• Lesantibiotiquesne sontpas systématiques.Elles sont indiquéesencasde terrain

de malnutrition, déficits immunitaires, jeune âge, sepsis avec ou sans localisationsecondairenotammentostéo-articulaireouméningée.

• Antibiotiques conseillés: céfotaxime ou ceftriaxone. A adapter en fonction desdonnéesdel’antibiogramme.

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Serratia

BacilleàGramnégatifdelafamilledesentérobactéries.PlusieursespècesdontS.marescensetS.liquefaciens.Habitat

Tubedigestif,cavitésnaturelles…

Pouvoir pathogène

Infectionsnosocomiales:Infectionsurinaires,respiratoiresdutrachéotomisé,bacteriémie,méningites.


Prélèvements:prélèvementsbronchiques,Sang(hémoculture),LCR,…



S. marcescens est naturellement résistante à l’amoxicilline, à amoxicilline-clavulanate,à la céfalotine et au céfamandole par production d’unebêta-lactamase chromosomiqueinductible. Les souches sauvagesprésententune résistancedeniveau intermédiaire à la

céfoxitinemaisrestentsensiblesàlaticarcilline,àticarcilline-clavulanateetàlapipéracilline.


Antibiotiquesdechoix:Céftazidime+gentamicine.

Alternatives:ImipénèmeouQuinolonesenassociationavecunaminoside.

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Shigella

Bacille à Gram négatif de la famille des entérobactéries. Quatre espéces: Shigelladysenteriae, S. boydii, S. flexneri, S. sonnei.Habitat

Tubedigestif.

Pouvoir pathogène

Dysenteriebacillaire.

Rarement:infectionsurinairesouméningéesetarticulaires.


Prélèvements:Coproculture,Hémocultures.



Antibiotiquesconseillés:C3Ginjectable.

Alternatives:Azithromycine,Cotrimoxazole,Thiamphénicol,Quinolones.

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Brucella

Le genre brucella comprend de petits coccobacilles à Gram négatif. On individualise 3sérotypes: B. militensis, B. abortus, B. suis.Bactérieàmanipuleravecprécautions(NSB3).

Habitat

Animaux (Mammifères) d’élevage et animaux sauvages surtout autour du bassinméditerranéen.

B.melitensisatteintsurtoutlescaprinsetovins.


Coccobacillesàgramnégatifnoncapsulés,nonsporulés,immobiles.Cesontdesbactériesaérobiesstrictesàcroissancelentequicultiventsurmilieuxenrichisspécifiques.Lescoloniessontnonhémolytiquesetapparaissentparfoisauboutde15jours.L’agglutinationavecdes

sérumsmonospécifiquespermetdereconnaîtreB.melitensis.Pouvoir pathogène

Brucellose:maladieàdéclarationobligatoire.

Pénétration cutanéo muqueuse (maladie professionnelle: vétérinaires, éleveurs) ourarementdigestive(ingestiond’alimentscontaminés).Pasdecontaminationinterhumaine.

− Phaseaiguesepticémique:fièvreondulantede2à4moissudoro-algique.− Phasesubaiguelocalisée:foyersosteoarticulaires,génitaux,rarementneuroméningés.− Phase chronique invalidante: lésions articulaires, hépatiques, nerveuses (neuro

brucellose).


Prélèvements:Hémoculturespendantlaphaseaiguë,biopsiesosseusesetganglionnaires,LCR,liquidedeponction…

Diagnostic directparPCR.

Diagnostic indirectpar:− SérodiagnosticdeWright:réactiond’agglutinationlentependantlaphaseaiguë.− Réactiondefixationdecomplémentquirestepositiveplustardivementau-delàdu

40èmejour.− Immunofluorescenceindirecte:intérêtdanslesbrucellosesanciennesetchroniques.− Méthodesimmunoenzymatiques.

Résistances aux antibiotiques

L’antibiogrammen’estpasréaliséaulaboratoireenraisondurisquedecontamination.Lesaminosides;lestétracyclines,larifampicine,lesfluoroquinolones,lecotrimoxazoleetl’érythromycinesontgénéralementactifs.


Antibiotiquesconseillés:Cotrimoxazole+rifampicine

Alternatives:cyclinesaprès8ans+rifampicineoustreptomycine

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Vibrio cholerae

LabactérieVibrio choleraeest l’agent ducholéra. C’est un bacille Gram négatif incurvéenvirgule.Deuxsérogroupessontresponsablesdesépidémiesducholéra:O1(2biovars:

choleraeeteltor)etO139.

Habitat

Bactérie strictementhumaine, éliminéedans l’environnementpar les selles desmaladesou

porteurs.C’estunebactérietrèsfragileetladoseinfectieuseestélevée(108à1011bact/ml).

Pouvoir pathogène

Le Choléraest une maladie infectieuse évoluant sous forme de pandémie due à unesouche toxinogène de Vibrio cholerae qui peut entraîner des syndromes allant de casasymptomatiques au cholera grave.

C’estuneMaladieàdéclarationobligatoireresponsableaprèsunepérioded’incubationde5jours,d’unediarrhéetrèsimportante,trèscontagieuse,avecdessellesliquides(eauderiz),unedéshydratationmajeureavecuntauxdemortalitéélevé.Lesformesasymptomatiquesetlesformesatténuéesjouentunrôledansladisséminationdugerme.

Cettediarrhéecholériformeestdueàlaproductiond’uneexotoxineprotéiquethermolabileentrainantuneinhibitiondelaréabsorptiondusodiumdanslegrêleavecunepertehydro

électrolytique.


Vibrionpeuincurvé,trèsmobileparciliaturemonotriche(Mobilitéenbacdepoisson).

Culture surmilieux usuels. Le vibrio tolère des pH très élevés, d’où l’emploi demilieuxalcalins et hyper-salés. Sensible au composé vibriostatique O129.

L’antigèneO de paroipermet de différentier environ 200 sérogroupes. Les sérogroupesquisontresponsablesdeVibriocholerasontO139etO1.LesérogroupeOrenfermetroissérotypes:A,BetC

Substances élaborés : Enzymes (Neuraminidases,protéases) et l’Entérotoxinecholérique(Exotoxinesprotéique cholérique A et B).


Echantillon biologique:selles

Le diagnostic est direct :isolementetidentificationdugermeauniveaudesselles.− L’examenmacroscopiquedessellesesttrèsévocateur:lessellessontliquides,blanc

sale,avec«grainsderiz».− Examendirectàl’étatfrais:lesvibrionssontvisiblesentrèsgrandeabondanceettrès

mobilesdanslessellesaqueuses.Bacillesàgramnégatifenvirgule.− Lacultureestfacilesurlesmilieuxsélectifs(MilieuTCBSetmilieuxalcalins).− L’identification fait appel auxCaractèresbiochimiquesdugenreVibrio , Caractères

antigéniques (AntigèneO1 ouAntigène 0139 ) , Caractérisation des biotypesde V.choleraeO1(V.CholeraeCholeraeetV.CholeraeELTOR).

39


ChezVibriocholerae,larésistanceauxantibiotiquesétaitconnuecommeétantvéhiculéepardesplasmides.Cependantdesétudesrécentesontmontréqu’enAsieetenInde,cetterésistance était due à la présence d’intégrons et d’un nouvel élément transposable etconjugatif : l’élémentSXT,élémentgénétiquetransmissiblehébergeantdesdéterminantsde la résistance au triméthoprime, à la streptomycine, au sulfaméthoxazole et auchloramphénicol.Ladécouvertedecetterésistancetransférableestinquiétanteetdoitêtresurveilléeafindemesurerl’étenduedeladisséminationdesgènesderésistanceauseindel’espèceV.choleraed’unepartetàd’autresespècesbactériennesd’autrepart.

L’apparition de souches résistantes aux cyclines, à l’amoxicilline et au triméthoprimesulfaméthoxazole impose la réalisation d’un antibiogramme.


Lescyclinessontlesmédicamentsdechoix,bienquelarésistanceàcetagentsoitdeplusenplusfréquente.Lecotrimoxazole,laciprofloxacineetladoxycyclinepeuventaussiêtreutilisées.

LesVibriosontsensiblesauxcéphalosporinesdetroisièmegénérationetauxaminosides.L’intérêtdel’antibiothérapiecependantrestefaibleparrapportàl’urgencedel’hydratation.

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Pseudomonas aeruginosa

Pseudomonas est un bacille à Gram négatif non fermentant, aérobie strict dont laprincipaleespècereprésentantdugenreestP.aeruginosa.C’estunpathogèneopportunisteresponsable fréquemment d’infections nosocomiales.

Habitat

Bactérieubiquiste:eaux(douces,salées,etmilieuxhumides),denréesalimentaires,lavabos,fleurs, certains antiseptiques,… Cesbactéries sontà l’origined’infectionsnosocomialesd’origineexogène(infectionsmanuportées, infectionssurmatériel implanté)etd’origineendogène(florecutanée,digestive)chezdespatientsleplussouventimmunodéprimés.


Bacille à Gram négatif à extrémité effilée ou arrondie, réguliers, fins, très Mobile parciliaturepolaire.

Bactérienonexigeante,aérobiestricte.Certainesdecesbactériesélaborentdespigments:Lapyocyanineou lapyoverdine, pigmentbleu-vertpathognomoniqueduPseudomonasaeruginosa. Des pigments jaunes, allant du jaune pâle au jaune orangé, peuvent êtreproduits par diverses espèces.

P.aeruginosacultivefacilementsurmilieuxordinairesdéveloppantuneodeurcaractéristiqueen fleur de seringa. Ces bactéries ne fermentent pas le glucose, elles possèdent un

métabolisme respiratoire strict et possèdent l’oxydase.

Pouvoir pathogène

Infections communautaires: oculaires (lentilles++), ORL, cutanées. cndocardites, ostéo-arthrites et septicémies (toxicomanes,…), entérites et suppurations diverses : abcès…

Infections associées aux soins: pneumopathies, infections urinaires, infectionspost-opératoires,ostéo-articulaires;oculaires;ORL,méningées, cutanées (surescarresetbrûlures), endocardites et septicémies.


Prélèvements:hémoculture,urine,expectoration,pus...

Le diagnostic bactériologique est direct:isolementetidentificationdelabactérie.


Résistance naturelle: résiste naturellement à plusieurs classes d’antibiotiques:Aminopénicillines, Céphalosporines 1ère et 2ème génération, Céfotaxime, Ceftriaxone,Ertapénème, Kanamycine, Tétracyclines, Chloramphénicol et Triméthoprime.

Résistance acquise:Larésistanceacquisefaitappelàplusieursmécanismes:

hyper-expression de la céphalosporinase naturelle, acquisition d’enzyme plasmidique(pénicillinase,BLSE,carbapénémase),modificationdescibles,modificationdelaperméabilitémembranaire et efflux. Les phénomènes d’efflux actifs procurent une résistance croiséeentre lesbêtalatamineset les fluroquinolones.

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Epidémiologie nationale:

Lessitesd’isolementduP.aeruginosaétaientdominésparlespus(30%),lesprélèvementspulmonaires et les bactériémies. Les souches multirésistantes (PAMR) représentent enmoyenne26%de lénsembledes isolatsdePseudomonaset1%de l’ensembledesBMRisolés.Lesantibiotiquesquirestentactifssontlámikacine,límipenème,etlaciprofloxacine.Lephénotypecéphalosporinaseconférantlarésistanceàlacéftazidimeaconcernéenviron15% des souches. Le phénotype imipenèmase conférant la résistance à lénsemble desBêtalactaminesaconcerné5%desisolatsjustifiantlerecoursàlacolistine.Propositions thérapeutiques

Letraitementdoitfaireappelaumoinsinitialementàuneassociationdedeuxantibiotiquesagissantde façonsynergique.L’antibiothérapiedoitêtresystématiquement réévaluéeenfonctiondesdonnéesdel’antibiogramme.

Une souche multi résistante est définie par la résistance à au moins trois classesd’antibiotiques parmi: la pipéracilline/ tazobactam, ceftazidime, fluoroquinolones,aminosides et carbapénèmes.

Du fait de la sévérité de l’infection et du risque de sélection des mutants résistants,l’association initiale de deux molécules actives sur la bactérie reste recommandée. Lesmoléculesutiliséssont:laceftazidime,lecefepime,lesureidopenicilliens,l’imipénème,lemeropénème, la ciprofloxacine, la tobramycine ou l’amikacine.

Les associations les plus classiquescomprennent une bêtalactamine ou la ciprofloxacineavec un aminoside. Les associations colimycine et carbapénèmes, ou colimycine etrifampicine,voirecolimycineetfosfomycinepeuvents’avérerintéressanteencasdesouchesmultirésistantes.

42

Acinetobacter baumannii

L’espècelaplussouventisoléechezl’Homme.

Habitat

Bactérieubiquitaire.

Présente dans l’environnement surtout hospitalier: résiste à la dessication et persistelongtempssurlessurfacessèches.Peutêtreretrouvéeensituationdeportagechezl’Homme

auniveaudelapeau,dutubedigestif…


BacillesouCoccobacillesàgramnégatif,parfoiscapsulésetimmobiles.C’estunebactérieaérobiestrictenonfermentairequipoussefacilementsurlesgélosesnutritivesetsélectives.Lescoloniessontlissesetarrondiesetnepossèdentpasl’oxydase.

Pouvoir pathogène

Bactériepathogèneopportuniste.

Reconnuresponsabled’unegrandevariétéd’infections,leplussouventnosocomiales:− Pneumopathies chez des patients ventilés, bactériémies, sepsis, infection du site

opératoire,infectionurinaire.Cesinfectionspeuventévoluersurunmodeépidémiqueprincipalementdans lesservicesderéanimation.

− Le manuportage est la voie de transmission la plus fréquente. Les épidémies àA.baumannii sont très difficiles à maitriser.


Prélèvements:sécrétionsbronchiques,cathéter,sang,pus,urines…

Le diagnostic est direct :isolementetidentificationdugermeausitedel’infection.

L’identificationestbaséesurlescaractèresbiochimiques,enzymatiquesetantigéniques.

Lediagnosticdifférentielaveclesentérobactériessefaitparlecaractèreaérobiestrict,avecPseudomonasparl’oxydaseetaveclesautresespècesd’Acinetobacterparlacroissanceà44°C.


Résistance naturelle : • CéphalosprinasechromosomiquedetypeAmpCnoninductibleproduitedebasniveau

quiconfèrelarésistanceauxAminopénicillines–C1G–C2G–AMC• Oxacillinase:OXAAb51etsesdérivésquihydrolysefaiblementlescarbapénèmes• AutresAntibiotiquesinactifs:Aztreonam–Mecillinam–Triméthprime–Fosfomycine

Résistance acquise : • BêtalactamasesàspectrerestreintquiinactiventlesPénicillines.• SurexpressiondelaCéphalosporinasenaturellequitouchelesC3G• Bêtalactamaseàspectreétendu(BLSE)quitouchentlesC3GetlesC4G.• DesmutantsponctuelsdecesBLSEpeuventconduireàunerésistanceauxcarbapénèmes.

43

Larésistanceauxcarbapénèmesestprincipalementenzymatique:• Surexpressiondel’oxacillinasenaturelle• Oxacillinasesacquises(OXA23,OXA24-140,OXA58etsesvariants,OXA143)• Metallobêtalactamasesentrainantunhautniveauderésistanceauxcarbapénèmes.• CarbapénèmasesdeclasseAhydrolysantégalementtouteslesBêtalactamines.

La résistance aux carbapénèmes peut également être le résultat de mécanismes nonenzymatiques:modificationdesporinesdelamembraneexterne,effluxactifoualtérationde l’affinitédesPLP.


Lepourcentaged’isolementdel’A.baumanniiauseindesautresespècesvarieenmoyenneentre1,5et5%selonlesdifférentsCHU.

Lesbactériémiesetlespneumopathiesreprésententlesprincipauxsitesd’isolementdel’A.baumannii.

Lesservicesderéanimationsontlesserviceslesplustouchés.Cependant,lesinfectionsàA.baumanniicommencentàêtreobservésauniveaudetouslessecteursd’activité.

L’étudedel’évolutiondelarésistanceauxantibiotiquessurles5dernièresannées(2010-2015)amontréuneévolutioncroissanteetalarmantedépassantles85%pourlesd’antibiotiques:ceftazidime, pipéracilline tazobactam, gentamicine, ciprofloxacine, cotrimoxazole etl’imipénème.


LetraitementdesinfectionscauséesparA.baumanniiestdeplusenpluscompliquéetcauseundilemmeenpratiquehospitalièreàcausedelarésistancecroissanteauxantibiotiqueshabituellementutilisésenmilieuhospitalier.LescarbapénèmesrestentlesantibiotiquesderéférencedesinfectionsàA.baumannii.

L’antibiothérapie doit idéalement inclure simultanément une bêtalactamine (ticarcilline,C3G,IMP)etunaminosidelorsqu’ilestactifpouruneactivitésynergiqueetrapidementbactéricideafindeprévenirl’émergencederésistance,maisquandlesaminosidesnesontpas actifs l’association peut se faire avec une fluoroquinolone. L’association ticarcilline/acide clavulanique, pipéracilline/tazobactam ou sublactam seul pourraient être utiliséspourletraitementdesinfectionsurinairesàAcinetobacterenassociantavecletraitementantibiotiqueledrainagedessitesdesuppurationetlaretraitdetoutmatérielinvasifinfecté.Il existe peu de différence d’activité entre les différentes molécules de carbapénèmes(imipénème[IMP],méropénème)à l’exceptiondel’ertapénèmequin’estpasactifsur legenreAcinetobacter.

Anoterquemêmesi laTigécyclinepossèdeuneCMIintéressante, l’utilisationprolongéeprésente lerisqued’émergencederésistanceparstimulationdessystèmesd’efflux.

Desassociationscomprenantlarifampicine,lacolistine,ladoxycyclineoulatigécyclinesontdesoptionsthérapeutiquespourlesformesmultirésistantesycomprisauxcarbapénèmes.

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Streptococcus pneumoniae

Communémentappelépneumocoque:causemajeuredepneumonie,deméningite,d’otiteetdesinusite.

Habitat

Bactérie strictement humaine commensale des voies respiratoires supérieures. Colonisele rhino pharynx de 5 à 10%des adultes et 20 à 50%des enfants avec des variationssaisonnières.

La transmission est strictement interhumaine non épidémique mais le plus souvent lamaladie pneumococcique est à point de départ endogène.


Diplocoqueslancéolésenflammedebougie,grampositif,capsulés,nonsporulés,immobiles.Principalement anaérobies tolérant l’oxygène. Bactéries exigeantes qui nécessitent pourleurcroissancedesgélosesnutritivesenrichisausangfraisetdesgélosessélectives. Lescoloniessontalphahémolytiques,parfoismuqueusesetselysenttrèsviteenmilieuacide.Lepneumocoqueestsensibleàl’optochineetlyséparlesselsbiliaires.La capsule de type polyosidique permet de classer les pneumocoques en 91 sérotypes,certains sontà labasede la vaccination.

Pouvoir pathogène

Infectionsdesvoiesrespiratoires:Pneumoniefranchelobaireaigue,Broncho-pneumopathie

Otite,sinusite,mastoïdite,Pleurésie,abcèsdupoumon…

Infectionsneuroméningés:méningitesprimitivesousecondaires

Bactériémies

Autres:Arthrites,urétrites,péritonites.


Prélèvements:Sécrétionsbronchiques,LCR,Pusd’otite,Pusdesinusite,Hémoculture…

Etantdonnélafragilitédugerme,lesprélèvementsdoiventêtrefaitsavantantibiothérapieettransportésrapidementaulaboratoire.

Le diagnostic est direct:isolementetidentificationdugermeausitedel’infection.L’identificationestbaséesurlescaractèresbiochimiques,enzymatiquesetantigéniques.Diagnostic rapide:Lesantigènescapsulairessontlibérésdanslesproduitspathologiques(LCR, sang, crachats, liquidepleuraletc.…)etdans lesmilieuxdeculture. Leurdétectionparagglutinationlatexconstitueuneméthodediagnostiqued’appointintéressantesurtoutquandlepatientareçudesantibiotiquesavantleprélèvement(infectiondécapitée).


LePneumocoqueétaithabituellementsensibleà lapénicillineGmaisdepuisunedizained’année,dessouchesdesensibilitédiminuéeàlapénicillineontfaitleurapparitionunpeupartoutdanslemondeavecunefréquenceatteignantdesproportionsde15à30%.

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Pneumocoqueetbêtalactamines:

Ladiminutiondelasensibilitéestdueàunealtérationdesprotéinesliantlespénicillines(PLP).Cetterésistanceestcroiséeentrelesbêtalactaminesmaisàdesniveauxvariablesselonlesmolécules.Ainsi,l’AmoxicillineetlesC3Ginjectablesontleplussouventunemeilleureactivitéquelapénicilline.Parcontre,lesC3GetlesC2Goralesontuneactivitéintrinsèque,insuffisante(Cefixime)surS.pneumoniaedesensibilitédiminuéeàlapénicilline.

Lemécanismederésistanceauxbêtalactaminesreposesurunemodificationdelacibleetnonsurlasécrétiondebêtalactamase:l’utilisationd’inhibiteursdebêtalactamasen’adoncaucunintérêtpourletraitementdesinfectionsàS.pneumoniae.PneumocoqueetFluoroquinolones:

Seules les quinolones antipneumococciques (Lévofloxacine et moxifloxacine) ont, uneactivitésurlepneumocoque.Ilexistecependantdesmutantsrésistantsdebasniveaupourlesquels ilexisteunrisqued’échecclinique lorsd’untraitementparquinolone.Pneumocoqueetautresantibiotiques:

Laproportiondessouchesrésistantesàl’érythromycine,aucotrimoxazoleetàlatétracyclineest influencéepar leniveaude la sensibilitéà lapénicilline. L’utilisationdesmacrolidesest associée à d’authentiques échecs au cours des pneumonies, otites et sinusites à

pneumocoques résistants aux macrolides.Epidémiologie Nationale

Les souches de sensibilité diminuée aux pénicillines représentent environ 20 à 30% del’ensemble des souches de pneumocoque isolées des infections invasives.

Larésistanceàl’érythromycineestde25%.Larésistanceauxcotrimoxazoleestde15%lessouchessontrésistantesauxcyclinesdans23%descasetchloramphénicoldans8%. Propositions thérapeutiques

Lechoixdel’antibiothérapiedanslesinfectionsàPneumocoqueestsouventprobabilisteetreposesur:

− Le foyer infectieux, la présence de facteurs de risque de PSDP et la présence decomorbidités ou de signes de gravité.

− LacorrélationentreaugmentationdesCMIdebêtalactaminesetécheccliniqueestbiendocumentéepourlesméningitesaucoursdesquelsilestnécessaired’obtenirdefortesconcentrationsinsitu.

− L’amoxicilline, demaniement beaucoup plus aisé que la pénicilline G, demeure letraitement de référence des pneumonies à pneumocoque.

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Streptococcus pyogenes (Groupe A)

S.pyogenesestunstreptocoquebêta-hémolytiqueappartenantaugroupeA.

Habitat

Cesontdesbactériesstrictementhumaines,ellessepropagentparvoieaérienneouparcontactdirectdans l’entouragedesenfantsoudesadultesatteintsdepharyngitesoudelésionscutanées.Ellespeuventprovoquerdesépidémies. Ilexistedenombreuxporteurssains.


Coquesarrondis,enchainetteouendiplocoque,Grampositif,nonsporulés,immobilesetparfois capsulés. Bactéries exigeantes qui nécessitent pour leur croissance des gélosesnutritivesenrichisausangfraisetdesgélosessélectives.Lescoloniessontbêtahémolytiques,catalasenégative,sensiblesàlabacitracineetpossèdentl’antigènedeparoidegroupeA.

Pouvoir pathogène

Lesinfectionsstreptococciquessuppuréespeuventêtreinvasivesounoninvasives:angineerythémateuse ou erythémato pultacée, infections de la sphère rhinopharyngée (otitesuppurée–sinusite),Scarlatine,Infectioncutanée(impétigo–erysipèle–dermoépidermite–surinfectiondesplaies),celluliteextensiveoufasciitenécrosante,endométritedanslessuitesdecouches,Bactériémieouchocseptique.

Lescomplicationspost-streptococciquessurviennentàdistancedel’infectionaiguë,telquelerhumatismearticulaireaiguetlaglomérulonéphriteaiguë.

L’immunitéanti-streptococciqueestbaséesur ledéveloppementd’anticorpsopsonisantsdirigéscontrel’activitéanti-phagocytairedelaprotéineM.Cetteimmunitéestspécifiquedetype.


Prélèvements:gorge,sérosités,pus,secrétions

Diagnostic direct:isolementetidentificationdelabactérie.L’identificationestbaséesurlamiseenévidencedel’hémolysebétaetlacaractérisationdupolyosidedegroupeA.

La sérologie antistreptococcique est utile pour confirmer l’étiologie streptococique demanifestations cliniques évoquant un syndrome post-streptococcique.

Ellemet en évidence une élévation du taux des anticorps neutralisant l’effet biologiquedesexotoxinesstreptococciques(anticorpsantistreptolysineO(ASLO),antistreptodornase(ASD). Le titre des ASLO augmente après la 1ère semaine de l’infection et le maximumest atteint entre la 3e et la 5e semaine et revient à la normale après 6 à 12mois. Letitrenormalest inférieurà200UI/ml.Enpratique, ilest indispensabledetitreraussiLesantistreptodornases qui sont plus spécifiques et plus sensibles.


• Sensibilité:Bêtalactamines,macrolides,lincosamidesetstreptogramines,rifampicine,tétracycline,cotrimoxazole,glycopeptides.

• Résistance:aminosidesetquinolones

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Les streptocoques A sont universellement sensibles à la pénicilline G qui constitue letraitementdechoix. La résistanceauxmacrolidesestendécroissance,nedépassantpas10%.


Le traitement recommandé en première intention des angines à SGA est l’amoxicillinependant 6 jours.

Letraitementdesinfectionsinvasivesreposesurl’utilisationdel’amoxicillineenperfusionintraveineuse.Lesdoses,souventélevés,sontenfonctiondelalocalisationdel’infection.

Encasd’allergieauxbêtalactamines,lesmacrolidesouapparentéssontprescrits.

Lavancomycineoulelinezolidepeuventêtreégalementprescritsencasdecontreindicationsauxbêtalactamines.

LetraitementdescomplicationspoststreptococciquesestsymptomatiqueetassocieuneantibiothérapiepouréradiquerunéventuelportagepharyngéduSGA.

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Streptococcus agalactiae (Groupe B)

S.agalactiaeestunstreptocoquebêtahémolytiqueappartenantaugroupeB(SGB)impliqué

danslesinfectionsmaternofœtalesetlessalpingitesaigues.

Habitat

Cesontdehôtesnormauxdutubedigestif,desvoiesrespiratoiressupérieuresetdesvoiesgénitalesféminines.Bactérieretrouvéechezlesbovidés.


Coques arrondis, en chainette ou en diplocoque, Gram positif, non sporulés, immobilesetparfoiscapsulés.Bactériesexigeantesquinécessitentpour leurcroissancedesgélosesnutritivesenrichisausangfraisetdesgélosessélectives.Lescoloniessontbêtahémolytiques,catalasenégativeetpossèdentl’antigènedeparoidegroupeB.

S.agalactiae possède une capsule polysaccharidique jouant un rôle anti-phagocytaire.Cesantigènesexternespermettentd’individualiserdessérotypes(IaIbIIIIIIVVVI)dontl’identification a un intérêt épidémiologique (composition d’un vaccin).

Pouvoir pathogène

Infections materno fœtales: infections graves du nouveau-né qui donnent lieu à destableauxcliniquesvariables.Laformeprécocesurvientdanslescinqpremiersjoursdevieetsouventdèslanaissanceetsemanifesteparunsyndromeinfectieuxgénéralisétoujourssévèreetparfoismortel.L’autre forme,tardive,atteint lesnouveau-nésd’unesemaineàtroismoisdeviequifontalorsuneméningiteavecousansbactériémie.Infectionsurogénitales:complicationdupostpartum,prostatite.Infectionscutanéschezlediabètique:ulcère,malperforantplantaireInfectionsopportunisteschezlessujetsimmunodéprimésouatteintsd’affectionsfragilisantes(pneumopathies, arthrites,méningites, cellulites, endocardites).


Prélèvements: liquide gastrique, auriculaire, placenta, hémoculture, méconium, LCR,suppuration profonde, cutané…

Diagnostic direct:Reposesurl’isolementetl’identificationdugermeausitedel’infection.L’identificationestbaséesurlamiseenévidencedel’hémolysebétaetlacaractérisationdupolyosidedegroupeB.

Le streptocoque B libère spontanément ses antigènes caractéristiques dans les produitspathologiques (sérum, LCR, urines). Ces antigènes peuvent être mis en évidence paragglutination latex pour un diagnostic rapide.


Sensibilité: Bêtalactamines, macrolides, lincosamides et streptogramines, rifampicine,tétracycline, cotrimoxazole, glycopeptides.

Résistance:aminosidesetquinolones

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LeSGBrestetrèssensibleàlapénicillineG,cependant, deraressouchesdesensibilitédiminuée aux penicillines ont été rapportés. 15 % des souches sont résistantes auxmacrolides et 85% sont résistantes aux cyclines.


L’antibiothérapie repose sur l’utilisation des bêtalactamines et notamment la pénicilline G,l’amoxicillineou lecefotaximedans lecadredes infectionsnéonatalesnondocumentéespourélargirlespectre.Encasdecontreindication,lechoixestguidéparl’antibiogrammeetla localisationde l’infection.

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Streptocoque Groupe « Milleri »

Le groupe «Streptococcus milleri» comprend 3 espèces: S.anginosus, S.constellatus,S.intermedius

Habitat

Chezl’Homme:rhinophraynx,tubedigestif,vagin.Nepaslesrechercherdanscessites


CocciàGrampositifenchainettes,immobiles.

Cultivesurgéloseausangetgélosessélectives.Lescoloniessontbêtahémolytiquesfines«minutes»alphahémolytiquesounonhémolytiques.Ellesontuneodeurdecaramel.

Pouvoir pathogène :

Suppurationprofondes:abcèsdecerveau,hépatique,appendiculaire,sepsis.


Prélèvements:Pus-hémoculture

Diagnostic direct:reposesurl’isolementetl’identificationdugermeausitedel’infection.L’identificationestbaséesurlescaractèresbiochimiques,enzymatiquesetantigéniques.

Groupage:C,G,Fsouventounongroupable.

Résistance aux antibiotiques • Sensibilité:Bêtalactamines,macrolides,lincosamidesetstreptogramines,rifampicine,

tétracycline,cotrimoxazole,glycopeptides.• Résistance:aminosidesetquinolones.


Certaines souches peuvent avoir une sensibilité diminuée aux bêtalactamines. Ladétermination des CMI des bêtalactamines est indispensable devant toute utilisationthérapeutique et devant toute souche de sensibilité diminuée aux pénicillines.

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Streptocoque de Groupe « Viridans »

Ce groupe comprend les espèces suivantes: S.sanguinis, S.mitis, S.oralis, S.mutans,S.salivarius... Se sont des espèces très proches génétiquement dont l’identificationphénotypique est difficile.

Habitat

Commensaldesmuqueusesdel’orpharynxdel’Homme.


CocciàGrampositifenchainettes,immobiles.Bactériesexigeantesquicultiventsurgéloseausangetgélosessélectives.Lescoloniessontalphahémolytiquesounonhémolytiques.

Pouvoir pathogène

Endocardites:aprèssoinsdentaireschezdesvalvulopathesouaprèsdeslésionsmuqueuseschezdesmaladessouschimiothérapie.Infectionsinvasiveschezdessujetsgranulopéniques.


Prélèvements:Pus-hémoculture…

Diagnostic direct:reposesurl’isolementetl’identificationdugermeausitedel’infection.L’identificationestbaséesurlescaractèresbiochimiques,enzymatiquesetantigéniques.

Résistance aux antibiotiques • Sensibilité:Bêtalactamines,macrolides,lincosamidesetstreptogramines,rifampicine,

tétracycline,cotrimoxazole,glycopeptides.• Résistance:aminosidesetquinolones


Certainessouchespeuventavoirunesensibilitédiminuéeauxbêtalactamines.

LadéterminationdesCMIà l’Amoxicilline,CéfotaximeetCéftriaxoneest indispensablesiendocardite.

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Enterococcus

Deuxespècesdominentlapathologiehumaine:E.faecalis(80-90%)etE.faecium(5-10%).

Habitat

Bactérieubiquitaire.Principalement:floredigestivedel’hommeetdesanimaux

Colonise la peau par contamination de voisinage, notamment de la région périnéale etduvagin.Serencontredansl’environnement:eauxusés,eaudouce,soletcontaminelesaliments.


Coques ovoides à grampositif, en courte chainette, rarement capsulés, non sporulés etimmobiles.Cesbactériessontaéroanaérobiesfacultatives,cultiventsurgélosesnutritivesetgélosessélectives.C’estunebactérierésistantequipoussedansdesconditionshostilesethydrolyse l’esculine. Les colonies sontnonhémolytiques (quelques souches sontbêta

hémolytiques).

Pouvoir pathogène

Infections urinaires: la localisation infectieuse la plus fréquente, le plus souvent dansuncontexteàrisquedecomplication, liésauxsoins(aprèsexplorationsurologiques),surcathéters, récidivantes ou chez un patient ayant reçu des antibiothérapies favorisant laprolifération des entérocoques au dépends des entérobactéries.

Endocarditesévoluantsurunmodesubaigüe,survalvenativeousurprothèse,etsurvenantaprèsexplorationsdigestivesouurologiques.

Infections abdomino pelviennes: caractère poly-microbien fréquent des surinfections àentérocoques.

Infections de la peau et des parties molles.

Infections néonatales

Les bactériémies:sontassociésàuntauxdemortalitéélevéetquiestplusliéauterrainsous jacentqu’aupouvoirpathogènede labactérie.


Prélèvements:Urine,hémoculture,pus…

Diagnostic direct:reposesurl’isolementetl’identificationdugermeausitedel’infection:l’isolementsefaitsurlesmilieuxusuelsdecultureetdesmilieuxhypersalés.

L’identificationestbaséesurlescaractèresbiochimiques,enzymatiquesetantigéniques.

Résistance aux antibiotiques Résistancenaturelle:

• Céphalosporines• Aminosides(basniveau)• Lincosamides(basniveau)

• Streptogramines(E.faecalis)• Cotrimoxazole(invivoseulement)• Vancomycine(seulementchezE.gallinarumetE.casseliflavus)

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Résistanceacquise:

Aminopénicillines:Bêtalactamase(rare);ModificationPLP(fréquentchezE.faecium)

Glycopeptides(VanA+++,VanB+)

Aminosides(hautniveausurtoutchezE.faecium)-Lincosamides(Hautniveau)


Letraitementestguidéparlesconsidérationssuivantes:

LesschémasderéférenceentermedebactéricidesontdesassociationsBêtalactaminesetaminosideouàdéfautencasderésistanceglycopetidesetaminoside.

Parmilesbêtalactamines,lesmoléculesderéférencesontlespénicillinesA:l’amoxicillinerestedanslasituationépidémiologiqueactuelleletraitementdechoix.

LesureidopénicillinesetlescarbapénèmessontàréserverauxinfectionsmultimicrobiennesinaccessiblesauxPénicillines.

L’aminosidederéférenceestlagentamicine,pouvantêtresubstituéparlaNetilmicinepourl’E.faecium.

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Staphylococcus

LesStaphylocoquessontdescocciàGrampositiftrèsrésistantsdanslemilieuextérieur.

LegenreStaphylococcuscomportedeuxespèces:• Staphylococcusaureus(lestaphylocoqueàcoagulasepositive)quipossèdeunpotentiel

depathogénicitéimportant,impliquédanslesinfectionscommunautairesetnosocomiales.

• Staphylocoquesàcoagulasenégative:pathogènesopportunistesimpliquésdansles

infectionsnosocomiales.

Habitat

L’Hommeen est le principal réservoir, qu’il soitmaladeouporteur sain hébergeant desstaphylocoquesauniveaudes fossesnasales,de l’intestin,de lapeauoudesesannexesglandulaires (aisselle, périnée). Les staphylocoques contaminent également les surfaces,l’airet l’eau. La transmissionestavant tout interhumainedirecteetmanuportée.


CesontdesCocciàGrampositif,immobiles,regroupésenamas(grappederaisin+++),entétradeouendiplocoques.

Lesstaphylocoquessontdesgermespeuexigeantsetpeuventêtre isolésenbouillonousurdesmilieux solides simples telsquegélosesordinairesougéloseau sangougélosessélectives. Ils sont aéro anaérobie facultatifs, Fermentent le glucose et le glycérol etpossédant la catalase.

Pouvoir pathogène

Infections suppuratives superficielles ou profondes:peau,tissumou,muscle,os,tractusrespiratoire,valvescardiaque,tractusurinaire,infectionsurmatérielétranger.

Toxi infection:duesàlasynthèsededifférentestoxinesparcertainessouches.

TSST-1(toxineduchoctoxiquestaphylococcique)

Exfoliatines:responsabledusyndromedelapeauébouillantée

Entérotoxines; responsables des toxi infections alimentaires ou d’entérocolites aprèssélection d’une souche productrices d’entérotoxines par l’antibiothérapie.

La LPV (leucocidine de Panton et Valentine): Les souches productrices de la LPV sontimpliquées dans les infections cutanées nécrosantes et dans certaines infections graves(pneumonie nécrosante, ostéomyélite).

LavirulencedesS.aureusexpliqueenpartielagravitédesinfectionsinvasivesmêmelorsquelasoucheestsensibleàtouslesantibiotiques.

IlfautdistinguerlesinfectionsàS.aureusrapidementévolutive,desinfectionsàSCN,moinsvirulentes,leplussouventencauselorsd’infectionssurmatérielétranger.Diagnostic bactériologique

Prélèvements:Hémoculture,LCR,Pus,pulmonaire(LBA,liquidepleurésie,PDP…),Urines,muqueuses,cutanées.Cegermeétantrésistant,letransportestassurédansdesconditionsnormales.

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Diagnostic direct:isolementetidentificationdelabactérieausitedel’infection:l’examendirect a une valeur essentiellement pour les collections purulentes. Il permet la miseen évidence de cocci à Gram positif en amas. Cet aspect est fortement évocateur duStaphylocoque.Lacultureestfacilesurmilieuxordinaires.

L’espèceS.aureus,considéréeleplusfréquemmentcommepathogènepourl’homme,doitêtre identifiée et différenciéedes SCN. Enpratiquedifférents tests peuvent être utiliséspour le diagnostic différentiel entre S.aureus et les autres espèces. (Coagulase-Dnase-Agglutination, milieux chromogènes, toxines)

Résistances aux antibiotiques

Résistanceauxbétalactamines:• Résistanceenzymatiqueparproductiondepénicillinaseextra-cellulaire,inductibles

etcodéespardesplasmides.ElleinactivelespénicillinesGetV,lesaminopénicillines,lescarboxypénicillineetlesuréidopénicillines.Elleestinhibéeparl’acideclavulanique.

• RésistanceparmodificationdelacibleparproductiondePLP2-aquiestcodéeparlegèneMec-A,responsabled’unerésistanceàlaméticillineetd’unerésistancecroiséeàtouteslesbêtalactamines.

Resistanceauxfluroquinolones:S.aureusestnaturellementrésistantàl’acidenalidixique.

La résistanceacquise aux fluoroquinolones se fait principalementparmodificationde lacible(ADNgyrase).C’estunerésistancecroiséeàl’ensembledesfluoroquinolones,souventassociéeàlameticillinorésistance.

Résistance aux aminosides: S.aureus est naturellement sensible aux aminosides. Larésistanceacquiseestprincipalementenzymatique faisant intervenir3 typesd’enzymes:

• ANT=aminosidesnucléotidyltransférase• AAC=aminosidesacétyltransférase• APH=aminosidesphosphotransférase

Larésistanceàlagentamicineimpliquelarésistanceàtouslesaminosides.

Epidémiologie nationale:

L’incidencedesSARMàl’échellenationaleabeaucouprégressésurlesdernièresannées.La résistance à la méticilline représente moins de 10 % en 2016. La résistance auxFluoroquinolonesestde35%etde11%à laGentamicine.Lessouches isoléesontgardéunesensibilitéauxglycopeptides.Cessouchesontétéisoléesprincipalementàpartirdesbactériémies et des infections liées aux cathéters.


La sensibilité des Staphylocoques est en constante évolution, notamment celles dessouchesd’originehospitalière.Laprescriptiond’unantistaphylococciquedoittenircomptede l’antibiogramme. La PénicillineM est le traitement de référence des staphylocoquessensiblesàlaMéticilline,quisontleplussouventsensiblesauxautresantistaphylococciques.Lacloxacillineestàpréféreràl’oxacillinepouruntraitementoralenraisondesameilleurbiodisponibilité(absorptiondigestive),ellerestecependantréservéeauxinfectionscutanéespeusévères.LespénicillinesdugroupeMparvoieparentéralesontlesantibiotiqueslesplusefficacesdansletraitementdesinfectionsàstaphylocoquemétisensible.

56

L’associationdelaPénicillineMavecunaminosideouunefluoroquinoloneestunestratégieclassiquepourletraitementdesbactériémiesoudesinfectionsgravesàStaphMéti-S.

Pour les Staphylocques résistants à la Méticilline (SARM), les autres bêtalactaminesdisponibles sont inefficace à l’exception de la ceftaroline. Le traitement antibiotiquefait appel en première intention à un glycopeptide (vancomycine ou teicoplanine). Lavancomycineestletraitementderéférence.L’activitédesglycopeptidesvisàvisduS.aureusestcomparable,parcontre,l’activitédelavancomycineestplusconstantesurlesSCNquecelledelateicoplanine.Larifampicine, l’acidefusidiquesont lesmoléculesquirestent leplus souvent actives sur ces souches.

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Staphylocoques à coagulase négative (SCN)

Longtempsconsidéréscommepeuoupaspathogènes,sontmaintenantreconnuscommedesbactériespathogènesopportunistes,notammentlesespècesS.epidermidis,S.haemolyticuset S.saprophyticus. Staphylococcus épidermidis représente l’espècemajoritaire suivi parS.haemolyticus.Habitat

Bactérieubiquitaire.Florerésidentedelapeaudel’Hommeetdesanimaux.Floretransitoire

danslesautresflores.


CesontdesCocciàGrampositif,immobiles,regroupésenamas(grappederaisin+++),entétradeouendiplocoques.Germespeuexigeantsaéroanaérobiefacultatifs,Fermententleglucoseetleglycérol,possédantlacatalaseetdépourvuesdecoagulase.

Pouvoir pathogène

Infectionurinairechezlafemmejeune:S.saprophyticusInfectionsnosocomiales:surmatérielétranger(sonde,cathéter,prothèse,valvescardiaques..)

Infectionsopportunistes:sepsis,endocardites,méningites,péritonites,infectionsurinaires…


Prélèvements: très nombreux. A identifier dans les prélèvements normalement stériles(culturesdecathéters,prélèvementsperopératoiresentraumatologie,enchirurgiecardiovasculaire).

Diagnostic direct:isolementetidentificationdelabactériesurlesiteinfectieux.


IdemStaphylococcusaureusLamultirésistanceauxantibiotiques,notammentàlaméticillineetauxaminoglycosides,estfréquemmentrencontréechezS.epidermidisetS.haemolyticus,fréquemmentisolésenmilieuhospitalier.

IlestimportantdedéterminerlesCMIàlavancomycineetàlateicoplaninepourlesSCNetdetoujoursrendrelerésultataveclesCMI.


Les antibiotiques de choix sont représentés par les glycopeptides, la rifampicine, lessynergistineset l’acidefusidique.Le linézolideet latigécyclinesonthabituellementactifssur ces souches.

Antibiotiquesconseillés:Vancomycine,Rifampicine.

Alternatives:Oxacilline,Cotrimoxazole,Fluoroquinolones.

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Neisseria

LesbactériesdugenreNeisseriasecaractérisentparunaspectmorphologiqueparticulierdediplocoquesàGramnégatifàfaceaplatieseprésentantsouslaformedegrainsdecafé.

Deuxespècessontpathogènespourl’homme:

Neisseriameningitidis,agentrégulièrementidentifiélorsdecasdeméningitecérébrospinale.

Neisseriagonorrhoeae,agentdelagonococcie,delablennorragieouencoredelagonorrhée.

Neisseria meningitidis

DiplocoquesàGramnégatif

Habitat

Bactériestrictementhumainequinesurvitpasdansl’environnement.Laseulenicheconnueest lenasopharynxde l’hommequ’ellecolonisechezenviron5à15%d’unepopulationdonnée.

Danscertainescirconstancesfavorisantlapromiscuité,cetauxdecolonisationpeutatteindre40%(casernes,grandsrassemblements...).


CesontdescoquesàGramnégatifimmobiles,endiplocoquesàfaceaplatieouentétrades,aérobiesstrictes(maisnécessitéd’unenrichissementenCO2).CesontdesBactériesfragilesetsensiblesauxvariationsdetempérature,d’oùlanécessitédemilieuxdeculturerichestelsquelagéloseausangcuitouchocolatsupplémentéeounon.

Lacapsuleaunrôleessentieldanslavirulencedelabactérieenpermettantlarésistanceà la phagocytose et à l’activité bactéricidedu sérum. Toutes les souches virulentes sontcapsulées.Lesanticorpscontrelacapsulesontprotecteursetlepolysaccharidecapsulaireconstitue leprincipevaccinal.

Aumoins 12 sérogroupes différents (A, B, C, X, Y, Z, 29 E,W135...) sont identifiés. Lesinfections sont dues aux groupes A, B, C et plus récemment W135.

PourlesérogroupeB,lepolysaccharideestdemêmenaturequ’unsucreprésentauniveauducerveauetn’estdoncpasimmunogène.

Lelipooligosaccharideestl’endotoxinebactériennejouantunrôleimportantdanslechocseptique.

Pouvoir pathogène

Méningites purulentes, méningococcémie sévères, sepsis, péricardite, arthrite, rhino-pharyngites, conjonctivite...Le purpura fulminans (1/3 des infectionsméningococciques)est le fruitd’unemultiplication intensivede labactériedans le sanget est responsabled’unchocseptiquesurprenantparlarapiditédesondéveloppementetsasévéritéetcecicomptetenuduterrainsous-jacenthabituellementsain.Lepurpurafulminansrestemorteldans30%descas.

59

Le pronostic est fonction de la précocité d’administration d’un antibiotique. La phasesanguine (2/3 des cas), passera inaperçue et la bactérie franchira la barrière hémato-encéphalique pour donner une méningite qui a un pronostic favorable lorsqu’elle estcorrectement traitée.


Selonlesdonnéesdelasurveillanceépidémiologiquearchivéeparleprogrammenationaldelutte,lapartdelaméningiteàméningocoqueatoujoursoccupélapremièreplaceparmilesméningitespurulentes.SonincidenceaucoursdescinqdernièresannéesauMaroc,estrestéestablemaisassezélevéeautourde3pour100000habitants.LesérogroupedominantestleB.leW135aétéintroduitauMarocen2000etdepuiscettedate,saprévalenceparmilessérogroupesconfirmésdeméningocoqueaoscilléentre2et30%selonlesannées.


Prélèvements: LCR, Hémoculture, Lésions cutanées, Liquide pleural, péricardique,articulaire, Prélèvement de gorge

Diagnostic direct:isolementdelabactérieoucertainsdesesfacteurs:− LaprésencedediplocoquesGramnégatifàl’examendirectduLCR.− Culturepositive− Larecherchedesantigènessolubles(LCR,sang,urines)− Larecherched’ADNbactérienparamplificationgéniquedansleLCRetlesérum


Bactériegénéralementsensibleàlaplupartdesantibiotiquesmaisdesrésistancesacquisesontétérapportéstouchantlesbêtalactamines,lechoramphénicoletlarifampicines.

Résistance aux ß-lactamines :

Diminutiond’affinitédesPLP:transferthorizontaldegènesmodifiésàpartirdesouchesdeNeisserianonpathogènesmoinssensibles:mécanismefréquent

Productiondeß-lactamaseavecdesCMIélevéesauxpénicillinesdontl’amoxicilline:rare

LesC3Gconserventuneexcellenteactivité(céfotaxime)

Résistance aux Sulfamides:Résistancedécriteen1963parmodificationenzymatique.

Résistance au Chloramphénicol : Résistanceexceptionnelle (CMI>64mg/l), initialementdécrite au Vietnam. Production de Chloramphénicol-Acyl-Transférase (CAT).

Résistance à la Rifampicine : Parfoisassociéeàunediminutionde laperméabilitéde lamembraneexterne.Elleresterare,maisfranche lorsqu’elleestprésente(100fois laCMId’une souche sauvage).

Résistance à la Spiramycine : Produit de réserve en prophylaxie, liaison au ribosome.L’incubation sous CO2 conduit à surestimer les résistances aux macrolides.


Le traitement antibiotique repose généralement sur l’administration de céphalosporinesde3èmegénération (céfotaxime,ceftriaxone).Encasdepurpura fulminans, lepronosticdépendde laprécocitédu traitementantibiotique.

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Neisseria gonorrhoeae

NeisseriagonorrhoeaeestunebactérietrèsprochedeN.meningitidisetdoitêtreconsidérécommeun«sous-type»deN.meningitidisquis’estadaptéàunenichedifférentepuisquesonsitedeprédilectionestl’appareilurogénitalféminin.Iln’yapasdetechniquedetypagepratiquéeenroutine.Unedifférencemajeureest l’absencedecapsulepolysaccharidiquechezN.gonorrhoeae.

Habitat

CommepourN.meningitidis,leseulhôteconnupourN.gonorrhoeaeestl’homme,etlabactérie ne survit pas dans l’environnement. La niche est cependant différente puisqu’ils’agit de l’appareil urogénital.


Cesontdescocciendiplocoques, facesaplaties,àGramnégatifet immobiles.Bactériesaérobiesstrictes(maisnécessitéd’unenrichissementenCO2).CesontdesBactériesfragilestrèssensiblesauxvariationsdetempératureetquipoussentlentementen3à4jourssurdesmilieuxenrichissélectifs(vancomycineparexemple).Lescoloniessontgrisâtres,brillantesetirrégulières.

Pouvoir pathogène

Chez la femme, l’infection est le plus souvent asymptomatique. En revanche chezl’homme, l’infection s’accompagned’une intense inflammation responsablede l’urétrite.La dissémination est exclusivement par voie sexuelle. Il existe d’exceptionnelles souchesresponsables d’infections invasives.


Prélèvements : Prélèvements de l’endocol, uréthral, rectal, pharyngé, oculaire, cutanée,liquide articulaire (formes invasives), hémoculture (formes invasives)

Diagnostic direct:ilreposesurl’isolementetl’identificationdelabactérie.


Résistance naturelle:Triméthoprime-Lincosamides-Colistine–Vancomycine.

Résistances acquises : − N.gonorrhoeaeetß-lactamines:PénicillineG:RésistancesiCMI>1mg/l

EchecsthérapeutiquesàlapénicillineGàpartirde1980:Résistanceschromosomiques:Mutationsadditivesdegèneschromosomiques,parfoiscouplées.Inhibiteursdepénicillinaseinefficaces.Pénicillinaseplasmidiquedécritedepuis1976,inhibiteursdepénicillinasegénéralementefficaces.

Pour les céphalosporines, les pénicillinases sont peu actives mais les mutationschromosomiquesélèventbeaucoup lesCMI,qui restentcependantsouventsous leseuilderésistance.C1Gpeuactives,C2G(céfuroxime)généralementactives,C3Gpeutouchéespar les pénicillinases. Ceftriaxoneplus active queCéfotaxime.

Imipénème: stable aux pénicillinases mais faiblement affecté lors de la résistancechromosomique.

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− N. gonorrhoeae et tétracyclines: Activité comparable entre la doxycycline et laminocycline. Non conseillé dans le traitement du gonocoque, les résistances sontfréquentesmaissontactivessurlesChlamydiaesouventassociées.Larésistanceestchromosomique souvent liée à celle déjà évoquée pour les pénicillines.

− N.gonorrhoeaeetaminoglycosides:Laspectinomycineestexclusivementréservéeautraitementdelagonococcie.Larésistancesefaitparaltérationdelasous-unité30Sduribosome.

− N. gonorrhoeae et fluoroquinolones: La ciprofloxacine et l’ofloxacine sont les plusactives.LarésistanceestcroiséeentrelesfluoroquinolonesparmutationdesciblesgyrAetparC.

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Haemophilus influenzae : bacille de Pfeiffer

Haemophilusinfluenzaeestuneespècebactériennemodèletyped’infectionsbactériennescommunautaires.

On distingue les souches capsulées dites virulentes et les souches non capsulées ditesopportunistes.

Lasoucheresponsabledesinfectionsgravesétaitavantlagénéralisationdelavaccination,lesérotypecapsuléb(Hib).

Habitat

Commensaledel’orpharynxetdunasopharynx.Leréservoireststrictementhumainetlacontaminationparaérosolsefaitàpartirdesmaladesetduportagenasopharyngétrèsfréquent chez le jeuneenfant. C’est unebactérie fragile transmisedirectementpar voieaérienne.


L’Haemophilus présente une morphologie assez caractéristique sous forme de finscoccobacillesgramnégatifextracellulaires,capsulésounon,trèspolymorphes.Ilssontpetitet aéro anaérobie facultatif.

La culture nécessite desmilieux enrichis en facteurs de croissance: gélose au sang cuit(chocolat) + polyvitamines (Exigence en facteur X (hémine) et en facteur V (NAD).

Pouvoir pathogène

H.influenzaeestresponsabled’infectionsdelasphèreORL.Ilestsouventresponsabledessurinfectionsdesbronchiteschroniquesetplusrarementdepneumonieschezl’enfantetl’adulte.Deslocalisationssecondairestypeostéo-articulairessontégalementdécrites.Lesinfectionsrespiratoirescourantessontgénéralementduesauxsouchesnoncapsulées.

Lesinfectionstrèssévèresdunourrisson(méningite,épiglottite)sontessentiellementduesausérotypeb.

Lacapsuleexerceuneactionanti-phagocytaire.Lesanticorpsanti-capsulairesontuneffetopsonisant protecteur. Transmis passivement au nouveau-né, ces anticorps le protègentjusqu’à l’âgede6moisenviron. Lesanticorpsapparaissantprogressivementau coursdel’enfance.Chezlegrandenfantetl’adulte,larésistanceàl’infectionestdueàl’acquisitiond’uneforte immuniténaturelleàsupporthumoral.


Prélèvements: LCR, exsudat de suppurations (gorge, sinus, oreille) , Expectorations etautres prélèvements respiratoires, sang (hémocultures)

Letransportdoitêtrerapideenévitant lefroidet ladessiccation.Àdéfaut,unmilieudetransport (Portagerm) doit être utilisé.

Diagnostic direct: isolementet identificationde labactérie.Cette identificationporteraaussisurlesérotype(antigènedelacapsule).

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Larecherchedesantigènescapsulaireslibérés(solubles)(LCR,plèvre,urines,articulations,sang)estutiledanslesinfectionsinvasives,lesinfectionspauci-microbiennesdécapitéesparantibiothérapieintempestiveetpourundiagnosticrapide.Maisellerestepeusensibleet

peuspécifiqueetneconcernequelessouchescapsuléesHib.


Résistance naturelle:spiramycine,josamycine,bacitracine,mécillinam,oxacilline,Glycopeptides.

Sensibilité intermédiaire:érythromycine,céphalosporinesde1eregénération(céfalotine)

Sensibles: aminopenicillines, C2G, C3G, aminoside, fluoroquinolones, trimethoprime,tétracycline chloramphénicol.

Certaines souches peuvent être résistantes à l’ampicilline par productiondebétalactamasesplasmidiquesde typeTEM1ouDiminutiondesaffinitésdesPLP3ou imperméabilité.


H.influenzaeestrégulièrementsensibleàdenombreuxantibiotiques,maislarésistanceauxpénicillinesA(ampicillineetamoxicilline)estenaugmentation:3à15%dessouches.Dessouchesdesensibilitédiminuéeauxpénicillinesparmodificationdelaciblecommencentàêtrerapportéedeplusenplus.

Danslesinfectionsrespiratoires,unerésistancede31%àl’amoxicillineestretrouvée,16%

pourlecotrimoxazoleet48%pourlesfluoroquinolones.


• LavaccinationafaitpratiquementdisparaîtrelesméningitesàHib.Lesmodificationsrécentesduprofilderésistanceautorisentl’utilisationdel’amoxicillineenprobabiliste.

• L’Amoxicilline+acideclavulanique,céphalosporinesde2èmeoude3èmegénérationoupristinamycineencasd’allergieauxbêtalactamines.

• Danslesinfectionsinvasives,lesC3Ginjectablesdoiventêtreprivilégiésenpremièreintention.

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Haemophilus ducreyi : bacille de Ducreyi

C’est l’agent du chancre mou (infection sexuellement transmissible). La maladie estmondialementrépandue,endémiquedanscertainesrégions.Latransmissionestvénérienneet par contact direct. La maladie se traduit par un chancre génital (ou extra-génital)douloureux et multiple associé à une adénopathie satellite (bubon).

Habitat

Bactériestrictementhumainequisetransmetparcontactsexuel.


Coccobacille Gram négatif à coloration bipolaire ou en «banc de poissons». Anaérobiefacultatif,exigeantetnonsporulé.Ilmesure1,5µmdelongueuret0,5µmdelargeur.Danslesexsudats, lesbactériesontunedispositiontypiqueenchaînedebicyclette.

BactérieexigeanteenfacteurX.

Pouvoir pathogène

Infectionbactérienneaiguëhabituellementlocaliséedanslarégiongénitale.


Lediagnosticestsurtoutcliniquecarlediagnosticbiologiqueestdifficile.

Prélèvements:sérositésduchancreet/oulepusdububon(parponctiondel’adénopathieinguinale)

L’isolementetl’identificationsontdifficilesetréservéesàdeslaboratoiresspécialisés.


H. ducreyi présente une résistance naturelle aux pénicillines A par production debêta-lactamases.


Cotrimoxazole,macrolides,associationpénicillineA-inhibiteurdebêtalactamase,cyclines,ceftriaxoneetciprofloxacinesontrégulièrementactifs.

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Listeria monocytogenes

Listeria monocytogenesest un bacille à gram positif, très largement répandu dansl’environnement,responsabled’infectionshumainesetanimales(listérioses).Leslistérioseshumaines sont principalement liées à l’ingestion d’aliments contaminés.

Habitat

Homme:contaminationoccasionnelle-portagesain

Animaux:tubedigestif

Environnement: terre- sol-eaux-végétaux, en particulier en décomposition-entouragedesanimaux(déjections , locauxd’élevage).Cettebactériepeutsurvivre longtempsdansl’environnement, y compris dans des conditions défavorables.


Petit bacille à Gram positif, aux extrémités arrondies, se disposant le plus souvent enpalissade,endiplobacille,rarementencourteschaînes.Samobilitéestsurtoutobservablevers25°C.Cettebactérien’estpas sporulée,ni capsulée.

Aérobie-anaérobiefacultative.Croissancede4à42°Csurgélosesimpleetsurmilieuxhypersalés.Ellehydrolyserapidementl’esculineetpossèdeunecatalase.

Pouvoir pathogène

La listériose due à Listeriamonocytogenes est une infection rare auMaroc,mais grave.Elletoucheessentiellementlespersonnesdontlesystèmeimmunitaireestmodifié,altéréou immature (femmes enceintes, nouveau-nés, les personnes âgées (selon le terrain),sujets immunodéprimés).Lacontaminationestessentiellementalimentaireet lapérioded’incubation variedequelques jours à plusieurs semaines.

Listériosematernofeotale:mortinutéroouenfantinfectéàlanaissanceselonl’âgedelagrossesse.

Listériosenéonataleprécoceestplutôtd’alluresepticémiquealorsquepourlesenfantsdeplusde5jours,letableaudelaméningiteprédomine.

Listériose de l’adulte: formes neuro méningés (méningites, méningoencéphalites ouencéphalitespures)etsepsisleplussouventchezlapersonneâgéeouimmunodéprimée.

Les formes localisés sont très rares: hépatites, pleurésies, ostéomyélites, arthrites,péritonites, endocardites.


Prélèvements:Liquideamniotique,placenta,prélèvementsdunouveauné,LCR,sang.

Diagnostic direct:Ilestbasésurl’isolementdeListeriamonocytogenesdanslesprélèvements.Dans le LCR, Listeriamonocytogenes peut se trouver en position intra-cellulaire dans lecytoplasmedespolynucléairesneutrophiles,etestsouventenfaiblequantité.L’identificationestbasée sur les caractèresmorphologiques culturauxetbiochimiques (morphologie auGram,aspectdescoloniessurgéloseausang,croissanceenaérobieetanaérobie,présenced’unecatalaseetabsenced’oxydase)quipermettentuneorientationverslegenreListeriaetconduisentàlaréalisationd’unegaleried’identificationdetypeApiListeria.

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LarecherchedeListeriamonocytogenesparamplificationgénique(PCR)directementdansle prélèvement (sang, LCR) peut être effectuée dans quelques laboratoires spécialisés,quandletraitementantibiotiqueaétéinstauréavantlaréalisationdesprélèvementset/ouencasd’encéphalite.


• Résistancenaturelle:céphalosporines,fosfomycine,acidenalidixique,colistine.• Sensibilité habituelle: aminopénicillines (amoxicilline), aminosides (gentamicine,

nétilmicine, amikacine), macrolides, tétracyclines, sulfamides, triméthoprime,rifampicine,vancomycine.

• Lesfluoroquinolonessontinefficacesdansletraitementdeslistérioses.• Des résistances acquisesont étédécritespour les tétracyclines, l’érythromycine, le

triméthoprime,larifampicine,lakanamycine.


Le traitement de choix de la listériose humaine est l’aminopénicilline (amoxicilline,ampicilline),administréeparvoieparentérale.Letraitementdelafemmeenceinteestbasésur une aminopénicilline.

Lesinfectionsnéonatalessonttraitéesleplussouventparuneaminopénicilline,associéendébutdutraitementàunaminosidepouraugmenterl’efficacitébactéricide.

Danslesinfectionsneuro-méningées,lamoléculedebaseestuneaminopénicillineutiliséeàfortesdosesdanslespremiersjoursdetraitement.Dansleslistériosesneuro-méningéesdel’adulte,encasd’allergieauxpénicillinesousil’évolutioncliniquen’estpassatisfaisante,l’utilisationducotrimoxazole(triméthoprime+sulfaméthoxazole)peutêtreenvisagée.

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Corynébactérium

BacilleàGrampositif.

Habitat

Corynebacterium diphteriae • Homme:portagesainouensituationpathogène• Environnement:rarementisoléeàpartirdesolscontaminéspardiversesexcrétions

humaines.• Ils’agitd’ungermesetransmettantd’hommeàhommepardesparticulesdesalive

desmalades ou porteurs de germes. Il est relativement résistant dans lesmilieuxextérieurs.

Autresespècesdecorynebactériums:• Homme:florecommensaledelapeauetdesmuqueuses• Environnement:Prélèvementsdesurfacesenmilieuhospitalier


Caractères généraux du genre corynebacterium: bacille à gram positif non-sporulés,morphologie coryneforme, groupement en palissade, ou lettres de l’alphabet, catalasepositive, croissance aérobie préférentielle.

Lescorynébactériesrencontréesenpathologiesontexigeantespourdenombreuxfacteursdecroissance,ellesnecultiventbienquesurmilieuxriches(géloseausang).

Pouvoir pathogène

Corynebacteriumdiphteriaeestl’agentdeladiphtérie.Maladiedevenueraredufaitdelamiseenplaced’unevaccinationobligatoire.Ladiphtérieestdueauxsouchesproduisantdelatoxinediphtériqueàpartird’unfoyerpharyngé(anginepseudomembraneuse)aveceffetssystémiquesde latoxineauniveaupériphérique(paralysie–troublesoculairesetcardiaques).

Lessouchesnontoxinogènessontresponsablesdebactériémiesavecdeslocalisationsdiverses(endocardite,arthrite..)souventàpartird’unfoyercutané.

Les autres espèces de corynébactérium (ulcérans, pseudotuberculosis, ovis,pseudodiphtericum) considérés comme des pathogènes opportunistes chez des sujetsimmunodéprimés ou souffrant d’affections prédisposantes.

Diagnostic bactériologique Prélèvements:

• Diphtérie:frottispharyngéenborduredesfaussesmembranes,prélèvementscutanés.• Autresinfections:sang(hémoculture),liquidearticulaire,valvescardiaques…

Diagnostic direct:ilreposesurl’isolementetl’identificationdelabactérie.

Larecherchedelaproductiondelatoxinediphtériqueàpartird’unesoucheparPCR.

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• Résistancenaturelleàcertainsantibiotiquescommelacolymicine,l’acidenalidixique.• Sensibilitémodéréeauxpénicillines,résistancerareauxmacrolidesetàlarifampicine.• Toujourssensibleauxglycopeptides.


− Sérothérapie.− Les souches sauvages sont généralement sensibles aux antibiotiques. les souches

isolées chez des patients hospitalisés sont souvent de sensibilité diminuée ourésistantes aux bêtalactamines.

− L’antibiothérapieestàajusterenfonctiondel’antibiogramme:PénicillineG,Macrolides.

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Bacillus

LegenreBacillusestungenretrèshétérogèneetcomprendaumoins36espècesdontlegroupeBacilluscereusforméparplusieursespèces.Laplupartsontdessaprophytesdusol,del’eau,del’airetdesplantes.Bacillusanthracisestlepluspathogène.

Habitat

LesBacillussontubiquitairescarleurssporesleurconfèrentunegranderésistance.

Homme et animaux: colonisation à partir de l’environnement(terre – végétaux- eauxdouces ou salées). Champs contaminés par des cadavres d’animaux.

Hors contexte de bioterrorisme, les contaminations humaines sont presque toujoursprofessionnelles (éleveurs, vétérinaires …)

• Cutanée:parcontactdirectaveclesanimauxmaladesdanslesprofessionsexposées• Digestive:dueàl’ingestiondeviandecontaminée• Aérienne:parinhalationdesporesprovenantdepoussièresdelaine,peauxetpoils


Bacillesàgrampositifsréguliersmaisquipeuventparaitrecourbés,taillevariableselonlesespèces,souventenchaine,catalasegénéralementpositive.

BacillusanthracisestungrosbacilleàGrampositifàextrémitéscarrées,groupésenlonguesenchaînettes.Ilestimmobile(contrairementauxautresespècesdugenre)etcapsulé.Ilaunesporecentrale,ovalaireetnondéformante.

Aéro-anaérobiefacultativemaispréfèrel’aérobiose.Latempératureoptimaledecroissanceest:30à35°C.Lacultureestfacilesurmilieuxusuels.LescoloniesdeBacillusanthracissont blanchâtres, larges, d’aspect cireux nonhémolytiques présentant des excroissancescaractéristiques. Les colonies de Bacillus cereus sont grisâtres, larges arrondies ethémolytiques.

La toxine charbonneuse induit la formation d’anticorps neutralisants qui jouant un rôleimportant dans l’immunité anticharbonneuse.

Pouvoir pathogène

Bacillus anthracis est responsable de la maladie du charbon ou anthrax ou fièvrecharbonneuse: les localisations sont diverses: cutanées (papule rouge évoluant versuneescarrenoirâtre),digestivesoupulmonaired’aspect initialementpseudogrippalpuisd’évolution rapidement mortelle avec la possibilité d’atteintes méningées.

Utilisation terroriste: leBacillusanthracisacommencéà êtreutilisercommeunearmebactériologiquedepuislafindelaSecondeGuerremondiale.Ladispersiondesporesdansl’airambiantpeutentrainer ledéveloppementde la formerespiratoirede lamaladieducharbon,fataledans50%descas.

Maladieprofessionnelleparcontactaveclesanimaux(éleveurs,vétérinaires)etparcontactaveclesproduitscontaminés(os,laine).

Bacillus cereus:Toxiinfectionsalimentairescollectives,infectionsdestissusmous(abcèscutanés,infectionsosseusessurplaiestraumatiques,infectionssurbrulure),endophtalmie,pneumonies,infectionssystémiquessurterraind’immunodépression.

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Bacillus sppincluantB.cereus:contaminantsdenombreuxprélèvements,contaminantdepochesdesang.


Prélèvements: Sérosité ou pus de la lésion locale, sang, prélèvements per opératoires,respiratoires, selles, environnement …

Manipulationsoushotte,avecdesgantsetmasque.

Diagnostic direct : Il est basé sur l’isolement de la bactérie dans les prélèvements.L’identification est basée sur la morphologie, l’aspect des colonies et les caractèresbiochimiques.


Bacillus anthracis est sensible aux bêtalactamines. Il est sensible à la pénicilline G enparticulier mais il faut s’assurer que la souche n’est pas productrice de Bêtalactamase.

B.cereusestrésistantàlapénicillineG,amoxicillineetauxcéphalosporines.


Le traitement recommandé est les fluoroquinolones (ciprofloxacine, ofloxacine oulevofloxacine). Après isolement et détermination de la sensibilité de la souche auxantibiotiques, on peut utiliser la doxycycline ou l’amoxicilline.

Récemment,unenouvellesortedebactériophagepouvantintervenirdansletraitementduBacillusAnthracisaétédécouverte.

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Campylobacter

BacilleàGramnégatifspiralé.

Plusieurstypes:fetus,jéjuni,coli,lari.

Habitat

Bactériescommensalesdesmuqueusesdigestivesdesoiseauxetdetrèsnombreuxanimauxderente(volailles,bovins..)

TubedigestifdesanimauxpourC.jéjunietfetus.


Bacilles à gram négatif, en virgule ou en S (en vol de moucheron, ciliature polaire),recoloration difficile par la safranine.

Nécessite des milieux enrichis, microaérophiles. Les colonies sont plates, filantes etmucoides.

L’identificationest baséesur lacatalase, l’oxydase, laréductiondesnitrates, lacultureà42°Cetà22°C,lasensibilitéàl’acidenalidixiqueetàlacéfalotine.

Pouvoir pathogène

Latransmissionàl’Hommesefaitparlachainealimentaire(lait,viande).

Pathologie digestive (C.jejuni, C.coli ): entérite responsable de diarrhées avec douleursabdominales (enfants).

Bactériémiesetsepsisaveclocalisationsdiverses,plusfréquentessurterrainimmunodéprimé.

MéningitepourC.jejunietfetus.


Prélèvements: Selles principalement (nécessitédemilieux spécifiques incubés enmicroaérophileà42°Cetouà37°C).

Hémoculture(importancedel’étatfraisencasdepositivité)

Diagnostic direct:isolementetidentificationdelabactérie(CoproculturesethémoculturespourC.jejunietfetus).

Diagnostic indirect :SérologieparELISA.

Résistance aux antibiotiques• Résistance:Céphalosporines(saufC.fetus),Vancomycine.• Bêtalactamines:denombreusessouchesentéropathogènesproduisentune

pénicillinasesensibleàl’acideclavulanique.Lescéphalosporinesde3èmegénérationsontactives.

• Aminosides,téracyclines,macrolides:généralementactifs• Fluoroquinolones:larésistanceacquiseaugmenteetplusimportantepourC.colietC.jejuni


Antibiotiquesconseillés:Erythromycine+++

Alternatives:Imipénème,aminosides.

72

Bordetella pertussis

LegenreBordetellaregroupe:

Uneespècestrictementhumaine(B.pertussis):l’agentdelacoquelucheDes espèces retrouvées chez l’homme et l’animal (B.parapertussis, B.bronchiseptica,B.avum, B.hinzii, B.holmesii, B.trematum)

Uneespècedel’environnementretrouvéetrèsrarementchezl’homme(B.petrii).

Habitat

Bordetellapertussisestunebactériepathogènespécifiquestrictedel’hommequienestleréservoiretlevecteur.

Bactériedesvoiesrespiratoires:rhino-pharynxetvoiesaériennessupérieures.

Lacontaminationestinterhumainedirecteparlesgouttelettesdemucusrejetéeslorsdesquintesdetoux.Lamaladiesurvientsousformedepetitesépidémiessurunfondendémiqueetatteintl’enfantnonvaccinéoul’adulte.


Classiquement, ce sont de petits coccobacilles à Gram négatif à coloration bipolaire,immobiles à l’exception de Bordetella bronchiseptica. B.pertussis est très courte etimmobile,d’autresespècespeuventêtrepluslongues(1-2µm)voiredevenirfilamenteuseslors des repiquages.

Bactérie très fragile: la cultureestdélicateet lente,exigeantunmilieu spécialdansdesconditions strictes d’incubation (température, humidité, CO2).

Pouvoir pathogène

La coqueluche:Aprèsune incubationde7à10 jours, lamaladiedébuteparunephasecatarrhale(rhinorrhéeettouxsèche),trèscontagieuse.Après1à2semainesapparaît laphasedesquintesdetouxévoquant le«chantducoq» (4à8semaines).

Descomplicationsrespiratoires(surinfectionsbactériennes,apnée)peuventsurvenirchezlenourrissondemoinsde6mois.

Chezl’adulte,lamaladiesetraduitparunetouxpersistante.

L’atteinte inflammatoire et est due à l’action de la toxine considérée comme l’antigènemajeur déterminant l’immunité anti-coquelucheuse.

La coqueluche est suivie ainsi d’une immunité solide et durable: anticorps protecteursdelaclassedesIgA.Lesanticorpsd’originematernellenetraversentpas leplacenta: lesnouveau-nés peuvent contracter la maladie.

Diagnostic biologique

Lediagnostic directestdifficile.

Prélèvements:LegermeestprésentuniquementauniveaudesmuqueusesrespiratoiresCrachats,aspirationbronchique,Ecouvillonnagerhinopharyngé.L’aspirationdesmucositésnasopharyngées ou bronchiques pendant ou après un accès de toux est la meilleureméthode de prélèvements.

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Les prélèvements doivent être très précoces au cours de la première semaine car dèsl’apparition des quintes de toux, l’excrétion bactérienne diminue.

L’identificationdeB.pertussis,dans les secrétions respiratoires , est le seul argumentdecertitude diagnostique, particulièrement utile à la phase catarrhale et dans les formesatténuées de la coqueluche.

LaconfirmationestréaliséeparcultureouparamplificationgéniqueparPCR.


L’antibiothérapieestutilepourréduireleportageetlapériodedecontagiosité.

Traitementderéférence:macrolides.

En cas d’intolérance aux macrolides, le Cotrimoxazole peut être utilisé mais lesbéta-lactamines ne sont pas recommandées.

Lesantibiotiquesrégulièrementactifsrestentl’érythromycineetlescyclines.

Leretourencollectivitépeutsefaire5joursaprèsledébutdelaprised’antibiotiques.

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Helicobacter pylori

C’estunebactériegramnégatif,spiralée,flagellée,microaérophile,capabledesemultiplierdansl’estomac.Cepathogèneprovoqueuneinfectionchroniquedelamuqueusegastrique.

Habitat

Tubedigestif(estomac,duodénum)del’Homme,desprimatessupérieursetduchat.

Latransmissioninterhumaine,sefaitsurtoutparvoieorale.


Bacillesfinsàgramnégatif,envirguleouenSincurvéregroupésenbancdepoisson,nonsporulés, immobile. Bactéries microaérophiles donnant des colonies translucides grisespetites surmilieuxenrichis.Urée, catalaseetoxydasepositive.

Pouvoir pathogène

Pathologie digestive (gastrite, ulcère gastro duodénale, certains cancers gastriques).L’infectionestacquiseengénéraldansl’enfanceetsaprévalenceestd’autantplusélevéeque le niveau socio économique est bas.


Prélèvements : Biopsies gastriques: antre, fundus (plusieurs biopsies par endoscopie ),transport enmilieu spécial leplus rapidementau laboratoire.

Diagnostic direct: L’ensemencement se fait après broyage de la biopsie en milieu deculture.Lacultureestlenteà37°Claissantapparaîtreaprès10joursdescoloniesgrisesettransparentes.L’identificationestbaséesur lescaractèresbiochimiquesetenzymatiques.

LestechniquesdePCRentempsréeletdePCRmultiplexpourladétectiondelabactériedirectementàpartirdesbiopsiesgastriquesetladétectiondesrésistancesauxantibiotiquessontunealternativeàlacultureetàl’antibiogramme.Diagnostic indirect :

Sérologie:dépistagedesanticorpspardestechniquesimmunoenzymatiques.Lasérologiesepositive3semainesaprèsledébutdelamaladieetlesanticorpsvontpersisterplusieurssemainesaprèséradication.

Recherched’antigènesdanslesselles:partechniqueimmunoenzymatique.

Testrespiratoireàl’uréemarquéeauC13:utileaudépistageetaucontrôledel’efficacitéthérapeutique. Ilpermet lecontrôlede l’éradicationde labactérie4à6semainesaprèsl’arrêt du traitement.


• Résistance naturelle:Acidenalidixique• Résistance acquise: H.pyloripeutacquérirparmutationdesrésistancesàtous les

antibiotiques utilisés pour son traitement. Cette résistance est le principal facteurd’échecdestraitementsd’éradication.

• Sensibilité: amoxicilline, gentamicine, macrolides, rifampicine, cyclines etmétronidazole.

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L’éradicationdel’H.pylorireposesuruntraitementassociantunantisécrétoire(inhibiteurdelapompeàprotonàdoubledose)etantibiotiques.Ilexisteunecorrélationnetteentreéchecthérapeutiqueetrésistancedelabactérieautraitementantibiotique,enparticulierpourleslincosamidesetlesfluoroquinolones.

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Légionella

Legionellapneumophilaestl’espècelaplusfréquemmentisoléedescasdepneumopathiesetplusspécifiquementL.pneumophiladesérogroupeI.Elleestresponsabledeplusde80%descasdelégionellose.

Habitat

Bactériesd’originehydrotelluriqueprésentesàl’étatnatureldansleseauxdouces(lacsetrivières)et lessolshumides.Apartirdumilieunaturel,cesbactériescolonisent lessitesartificiels lorsque lesconditionsde leurdéveloppementsontréunies.

L’inhalation et l’instillation directe de gouttelettes contaminées aérosolisées et plusrarementl’aspirationd’eaucoloniséesontlesdeuxseulsmodesdecontaminationconnusàce jour. La transmission interhumaine n’a jamais été décrite.


Legionella estunbacilleàGramnégatif,aérobiestrict,nonsporulé,nonacido-résistant,non capsulé, rarement visible à la coloration de Gram dans les produits pathologiques.Cettebactérienécessitepoursacroissancedesmilieuxspécifiques.Lacroissanceestlentenécessitantdetroisàdixjours.Cettebactérieestàdéveloppementintracellulairefacultatif.

Pouvoir pathogène

Lalégionelloseoumaladiedeslégionnairesestcaractériséeparunepneumonieaiguë.

Aprèsunepérioded’incubationde2à10jours,lespatientsprésententunsyndromepseudogrippalavecfièvre,touxsèche,céphalées,myalgies,anorexie.Alaphased’état,letableauassocie une fièvre élevée, une dyspnée et une toux importante pouvant s’accompagnerd’expectorations.Lapneumonieestsouventassociéeàdessignesdigestifsàtypedediarrhéeouconfusionnels.Aucunargumentcliniqueetradiologiquenepermetdedifférencieraveccertitudeleslégionellosesdesautresétiologiesdepneumonie,dontcelleàpneumocoque.


Lesméthodesdiagnostiquessontdeplusenplusnombreusesetleurhiérarchisationdevientdifficile.L’arrivéedel’antigénurieafacilitélediagnosticsanstoutefoisrésoudreladifficultéengendréeparlescasdusàL.pneumophiladesérogroupeautrequeceuxdugroupeIetauxautresespècesdelégionelles.

Laculturerestelatechniquederéférenceetsefaitsurmilieuspécifiqueetnécessitedetroisàseptjours.

La sérologie est réalisée, soit par immunofluorescence indirecte, soit parméthode Elisamais reste d’interprétation difficile.

L’antigénurieestderéalisationsimpleetrapide.Ellenepermetdedétecterquel’antigènedeL.pneumophiladesérogroupeI.Ilestimportantdenoterquelesantigènesapparaissententreunàtroisjoursaprèsledébutdessymptômesetleuréliminationestlentepouvantpersisterjusqu’à42jours,voiredanscertainscasparticuliersjusqu’àunan.

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Lesantibiotiquesefficacessont:

Lesmacrolides,fluoroquinolones,tétracyclinesetrifampicine.

Les légionelles étant des bactéries à développementintracellulaire, l’étudein vitrodela sensibilité aux antibiotiques de ces bactéries ne peut être directement corrélée avecl’activité clinique des molécules.

L’antibiogrammen’estpasrecommandédufaitderésultatsininterprétablesenclinique.


• L’érythromycinea été longtemps considérée comme le traitement de référencedes légionelloses. On lui préfère de plus en plus les nouveaux macrolides,laclarithromycineet surtout l’azithromycinepouruneactivitéin vitrosimilairemaisunemeilleurepénétrationintracellulaire,uneactivitéintracellulairebactéricideainsiquedeseffetssecondairesmoindres.Deplus,lespropriétéspharmacocinétiquesdel’azithromycinepermettentdestraitementspluscourtsdel’ordrede5jours.

• Lesfluoroquinolones(surtoutlalévofloxacine)ontuneactivitéinvitroetuneactivitéintracellulairemeilleurequelesmacrolides.Ellesontunintérêtchezlestransplantéschez lesquels les macrolides et la rifampicine ne peuvent être utilisés en raisond’interactionaveclestraitementsimmunosuppresseurs.

• La rifampicineest connue pour avoir une forte activitéin vitroetin vivocontre leslégionellesetpeutêtreassociéeàunmacrolideouàunefluoroquinolonedans lesformessévèresouchezlesimmunodéprimés.

En pratique : • Les macrolides peuvent être utilisés en monothérapie pour les légionelloses

communautairesnonsévères.• Lesfluoroquinolones(notammentlalévofloxacine)etl’azithromycinesontdevenues

les antibiotiques de choix dans le traitement des légionelloses sévères et cellestouchantlesimmunodéprimés.

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Mycoplasmes

LegenreMycoplasmaetlegenreUreaplasmasontdelaclassedesMollicutes,familledesMycoplasmataceae. Bactéries intracellulaire polymorphes.

LesespècespathogènesdugenreMycoplasmasont:− M.pneumoniaeàtropismerespiratoire− M.hominisetM.gentaliumàtropismeurogènitale

LesespècespathogènesdugenreUreaplasmasont:

U.urealyticumauntropismeurogénital.

Mycoplasma pneumoniae et Mycoplasmes génitaux

Habitat

Mycoplasma pneumoniae: muqueuses humaines (tropisme respiratoire). Transmissioninterhumaine par voie aérienne.

Mycoplasmes génitaux: Le réservoir est l’homme, la transmission est sexuelle.Mais ilspeuventêtreégalementprésentsà l’état commensaldans lesvoiesgénitalesbassesdessujetsadultes ,plus souventde sexe féminin.


Bactéries de petite taille dépourvues de paroi, de culture difficile et à multiplicationintracellulaire.Ellessontsujettesàdesvariationsantigéniquesquiexpliquentlapossibilitéd’échappement au système immunitaire.

Pouvoir pathogène

Mycoplasma pneumoniae:Responsabled’infectionrespiratoireendémiqueavecpousséesépidémiques,atteignantsurtoutlesenfantsetadultesjeunesencollectivité.Lesinfectionssymptomatiquesseprésententsouventsousformesdepneumoniesaiguescommunautaires(30%despneumonies)etdesbronchitesaigues(2à3%desbronchites).

Responsableàmoinsdegrédesmanifestationsextra-respiratoires:cutanées,neurologiques,ORL,hématologiques,péricardiques,pancréatiques,digestivesourénales.

Mycoplasmes génitaux: M. genitalium et U.urealyticum sont à l’origine d’uretritessubaigües et chroniques de l’homme. M.genitalium est aussi impliqué dans certainesorchiépidymites aigues, prostatites, cervicites et endométrites.


Prélèvement et transport:Quellequesoitlaméthode,leprélèvementdoitramenerdescellulesauxquelleslesmycoplasmesadhèrent.Letransportdoitêtrefaitdansdesmilieuxdetransportadéquats.

Infections respiratoires: des écouvillonnages de la gorge ou chez le jeune enfant, desaspirations nasopharyngées, les lavages broncho-alvéolaires.

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Infections génitales: Premier jet d’urine, sperme, sécrétionsprostatiques, prélèvementscervicaux(écouvillonnage),endométriaux,brossagetubaires,liquidedeDouglas,liquideamniotique,placenta,prélèvementendo-trachéaux,aspirationnasopharyngéesouliquidegastriquechezleNNé.

Diagnostic direct : • Mycoplasmesrespiratoires:Lacultureestfastidieuseetnonréalisableenroutine.Le

diagnosticsefaitparamplificationgénique(PCR)• Mycoplasmes génitaux: La culture est relativement simple pour les espèces

UreaplasmaetM.Hominis.PourM.genitalium,ladétectionsefaitparPCRsouventassociéeavecd’autresgermessexuellementtransmissiblescommeChlamydiaouN.gonorrhoeae.


Résistance naturelle:• Lesmycoplasmes sontnaturellement résistantsà certaines famillesd’antibiotiques,

celles qui agissent au niveau de la paroi bactérienne (β lactamines, glycopeptides,fosfomycines) en plus de la résistance à la rifampicine, polymyxines, sulfamides,triméthoprime.

• La sensibilité naturelle aux macrolides et apparentés est dissociée dans certainesespèces(M.Hominisetl’érythromycine)et(Ureaplasmasppetlaclindamycine).

• Lesantibiotiquespotentiellementactifs sont les tétracyclines, les fluoroquinolones,lesmacrolidesetapparentés.

Résistance acquise :• M.pneumoniae:Lasensibilitédecetteespèceauxantibiotiquesn’estpasétudiéeen

pratique.Seulelarésistanceauxmacrolidesestdécriteinvivo.• Mycoplasmesgénitaux: Ladéterminationde la sensibilitéauxantibiotiquesde ces

espèces est aisée, des résistances acquises ont été décritespour les tétracyclines,pourlesmacrolidesetpourlesfluoroquinolones.


Antibiotiquesconseillés:Erythromycine++

Alternatives:cyclinesàpartirdel’âge8ans.

Lesβ-lactaminesetlesaminosidessontinactifs.

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Chlamydia

Les Chlamydiaceae comprennent un seul genre, Chlamydia, et trois espèces pathogèneschez l’homme: Chlamydia trachomatis, Chlamydia pneumoniae et Chlamydia psittaci.

Bactérieintracellulairedepetitetaille.

Habitat Pouvoir pathogène

C.psittaci Oiseauxetmammifères Psittacoseetornithose

C.trachomatis Revêtementmuqueuxdel’homme conjonctivitenéonatale,trachome,urétrite,pneumonieinterstitielle

C.pneumonaie Réservoirhumain(transmissionexclusivement(inter-humaine

Pneumonieatypique

Habitat

PourChlamydiatrachomatisetC.pneumoniae,leréservoirdugermeestl’homme.

PourC.trachomatis,danslecasdutrachome,latransmissionsefaitàpartirduréservoirfamilialparlesmainssales,lespoussièresvéhiculéesparlevent.Danslecasdesmaladiessexuellementtransmissibles, latransmissionsefaitparcontactsexuel.

PourC.pneumoniae,latransmissionnesefaitdepersonneàpersonneparvoieaérienne.

PourC.psittaci,l’infectionhumaineestrare,ellesefaitparcontactessentiellementaveclesoiseaux,plusrarementaveclesmammifères.

Pouvoir pathogène

Chlamydiaestimpliquéedansplusieurstypesdinfections.

Spécialités C.trachomatis C. pneumoniae C .psittaci

Ophtalmologie Trachomeetconjonctivitedel’adulte

ORL Otite,sinusite

Pneumologie PneumopathietardiveduNNé

Pneumopathieatypiqueettrachéobronchites

Pneumopathieatypique

Gynécologiqueeturologique

Infectionsgénitalesbasseetsexes2hautechezles

Pédiatrie Pneumopathieetconjonctivitesnéonatale

Arthriteréactionnelle


Prélèvements :

Les prélèvements sont variables, ils dépendent de la localisation de l’infection. Leprélèvement doit être riche en cellule est placé dans un milieu de transport adéquat.

• Parécouvillonnagedansl’infectiongénitalebasse(endocol,urètre,conjonctivites).• Parponctionoubiopsiedanslescasdesinfectionsprofondes(endométrites,salpingites)

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• Prélèvementd’urines1erjet• Prélèvementsrespiratoiresparaspirationnaso-pharyngée,brossagebronchique,

liquidepleural.

Diagnostic direct:

LaméthodederéférencepourC.trachomatisestl’amplificationgénique(PCR).LarechercheestsouventcoupléeaveccelledeNeisseriagonorrhoeaeouplusrarementavecMycoplasmagenitalium.

PourC.pneumoniae,destroussesdedétectionsimplexoumultiplexsontproposés,leplussouventassociationavecM.pneumoniae.Diagnostic indirect :

− Sérologie:(Elisa,réactiond’immunofluorescence).− Infection génitale: La recherche d’anticorps anti C. trachomatis est utile dansle

diagnostic étiologique d’une infection haute chez la femme− Biland’infertilitéducouple.− Diagnosticd’uneartériteréactionnelleoudunsyndromedeFiessinger-leroy-Reiter,chez

l’homme.− Infectionpulmonaire:Larecherched’anticorpsantiC.pneumoniaesontutiledansle

diagnosticétiologiqued’uneinfectionpulmonairecommunautairehauteoubasse.


L’étude de la sensibilité aux antibiotiques de Chlamydia ne se fait pas en routine, ellenécessiteuneculturecellulaireenprésencedeconcentrationscroissantesd’antibiotiques.

Sensibilité et résistance naturelle :

EtantdonnélecyclededéveloppementdeChlamydia,lesantibiotiquessusceptiblesd’avoirune activité doivent traverser plusieursmembranes, celle de la cellule hôte, celle de lavacuoleetcelledelabactérie.

LesChlamydiaprésententunerésistancenaturelleauxaminosides,àlavancomycine,auxquinolonesdepremièregénération,aumétronidazoleetàlacolistine.

Lesantibiotiquesquisontpotentiellementactifssontenordredécroissants:larifampicine,les tétracyclinesnotamment laminocyclineet ladoxycycline, les fluoroquinoloneset lesmacrolides.

Résistance acquise :larésistanceacquisesoustraitementestexceptionnelle.


Macrolidessinoncyclinesaprès8ansousulfamides.

Quinolonesdedernièregénération.

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Les spirochètes

Les spirochètes sont desmicro-organismes spiralés (hélicoïdaux), flexibles, à parois trèsminces.Lesspirochètessontdesbactériestrèsrépandues.Certainssontdescommensauxdesmuqueuses humaines, notamment desmuqueuses buccales, digestives et génitales.D’autres,quisontpathogènes,sontrangésdanslesgenresTreponema,BorreliaetLeptospira.

Treponema pallidum

Habitat

Reservoirstrictementhumain.

Pasdeporteurssains.

Pouvoir pathogène

Agentdelasyphilis,maladieàdéclarationobligatoire.

Présentedeuxstades,unstadeprécocequicouvrelapériodeinitialed’évolutiondedeuxans,

etunstadetardifquigroupelesaccidentssurvenantaprèsdeuxansd’évolution.

La syphilis est une maladie strictement humaine. L’infection humaine est habituellementtransmiseparcontactsexuelet,danslaplupartdescas,lalésioninfectantesiègesurlapeauou lamuqueuse des organes génitaux. Toutefois, dans 10% des cas, la lésion primaire estextragénitale (buccale, rectale).


Caractères Morphologiques: Treponema palliduma de 5 à 15microns de long sur 0,2microndelarge.Samobilitéestcaractéristique:rotationetflexionsinusoïdales.Treponemapallidumnesecolorepasbienpar lescolorantshabituels.Onl’observehabituellementàl’étatfraisaumicroscopeàfondnoir,ouaprèscolorationspéciale(immunofluorescence,imprégnation argentique).

Caractères culturaux :Treponemapallidum,commetouslestréponèmespathogènes,n’apasencoreétécultivésurmilieuartificiel.

Caractères antigéniques :Treponemapallidumstimuleledéveloppement,chezl’homme,d’anticorps capables de colorerTreponema pallidumpar immunofluorescence indirecte,d’immobiliseretdetuerTreponemapallidumvivant,etdefixerlecomplémentenprésencedesuspensiondeTreponemapallidumoudespirochètesvoisins.

Treponema pallidumdéclenche aussi la formation d’un anticorps - appeléréagine- quipositivedesréactionsdefixationducomplémentetdesréactionsdemicro-agglutinationavecdessuspensionsaqueusesdelipidesextraitsdetissusanimaux(cardiolipide)fixéssurdescristauxdecholestérol.


Prélèvements: sérosités dermiques du chancre et des lésions secondaires, sang pourrecherche des anticorps (sérodiagnostic).

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Diagnostic direct: Recherche du tréponème par examen aumicroscope à fond noir ouparimmunofluorescence ou par PCR.

Diagnostic indirect:Diagnosticsérologiquedelasyphilis(VDRL–TPHA–FTA-abs)


LetraitementreposesurlaPénicillineG.

Alternatives:Erythromycine,céphalosporines.

Une personne atteinte de syphilis a uneimmunité de surinfectioncontreT.pallidum.Toutefois,si lasyphilisesttraitéeprécocementetguérie,cettepersonnepeutànouveaucontracter la syphilis.

Leptospira

LesLeptospiressontdesbactériesspiraléesappartenantàl’ordredesSpirochètes.

Habitat

Lesrongeursreprésententleréservoirsauvageleplusimportantetassurentlapérennitédessouchesresponsablesduplusgrandnombredescashumains.

Laprésencedeleptospirespathogènesdansl’environnement(leseauxdoucesetlesboues),estl’undesélémentsessentielsdeleurtransmissionàl’homme,maisaussiauxanimaux.Lasurviedesleptospiresdansl’eaudouceetdanslessolshumidesàpHneutreoulégèrementalcalinestfavoriséeparlachaleur,l’humidité(àl’abridelalumièresolairedirecte),cequiexpliquel’incidenceplusélevéedelaleptospirosedanslazoneintertropicale.

LesMammifères infectéséliminentdes leptospires infectieuxpar voieurinairedans leurenvironnement, exposantainsi tout animal sensible àun risquede contamination.

Deuxmodesdecontaminationsontsouventévoqués,directeetindirecte,lapremière(contactaveclesurines,lavessieoulesreinsd’animauxinfectés)étantlamoinsfréquenteetrendantcomptedel’existencedemaladiesprofessionnelles(agentsdevoirie,agriculteurs,éleveurs,employésd’abattoirs,vétérinaires).Lacontaminationindirecte,quiestliéeàlaprésencedel’hommelorsdesesactivitésprofessionnellesoudeloisirsdansunenvironnementinfecté.


Morphologiquement, ce sontde longset finsbacilleshélicoïdauxavecuneextrémitéencrochet.Enmicroscopieoptique, ilsnesontvisiblesqu’avecunmicroscopeà fondnoir.

La classification sérologique des Leptospires pathogènes distingue plus de 230 sérovarspathogènes, regroupés selon leur proximité en sérogroupes.

Pouvoir pathogène

Agentdelaleptospirose,quiestunemaladieinfectieusemajeure.Cettemaladieestàlafoisunezoonose(maladiecommuneàl’hommeetàuneouplusieursespècesanimales)etunemaladieenvironnementale;sonépidémiologieestdoncparticulièrementcomplexe.

Lessignesetsymptômeslesplusfréquentsdanslescasdeleptospirosesontlafièvre,lescéphalées,lesmyalgiesetl’ictèredansuncontexted’hyperleucocytose,dethrombopénieetd’inflammation(augmentationsignificativedelaCRPetdelavitessedesédimentation).

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Laformegravelaplusanciennementreconnueetlapluscaractéristiqueestconnuesousle nomde syndromedeWeil qui combine des atteintes hépatiques et rénales avec deshémorragies. En l’absence de traitement, l’insuffisance rénale peut s’accompagner d’unétatdechocetd’unedéfaillancepolyviscéralerapidementmortelle.Uneautreformegravede leptospirose, reconnueplus récemment,estconstituéed’unehémorragiepulmonairesévèreà l’issue fréquemment fatale.

D’autres formes cliniques existent, comme des méningites ou, plus tardivement aprèsl’infection,desuvéites.Toutefois,lesformesfébrilespures,pseudo-grippalessontdeloinles plus fréquentes.


Diagnostic direct:− L’isolementdesleptospiresàpartirdesprélèvementsdesangoud’urinenécessiteun

délaide15joursà4mois.Cetisolementprésenteunintérêtcertainpourlesétudessurlaleptospirose(notammentlasurveillanceépidémiologique).

− Une détection du génomedes leptospires par PCR en temps réel est enmoyennepossibledèsl’apparitiondespremierssymptômesetjusqu’à8joursaprèsl’apparitiondessymptômesdans lesangdespatients,puisparfoisau-delàde15 joursdans lesurines.

Diagnostic indirect(anticorpsanti-leptospiresproduitsenréponseàl’infection)− LeTestdeMicro-Agglutination(MAT)pourlediagnosticsérologiquedelaleptospirose.

pour la mise en évidence et le titrage des anticorps sériques mais aussi pourl’identification et le sérotypage des souches isolées.

− Les tests rapidesunitaires surbandelettedenitrocellulose (dispstick-assay)pour le

dépistage.


Lesleptospiressonthabituellementsensiblesàlaplupartdesantibiotiques.Lestraitementsstandardsreposentsurl’utilisationdepénicillines(ampicilline,amoxycilline,pénicilline),detétracyclines(oxytétracycline,doxycycline)oudefluoroquinolones(ciprofloxacine).

Borrelia

LesBorreliasontdesbactériesspiraléesdelafamilledesSpirochètescomprenantdiversesespècesetresponsablesd’infectionsdifférentes(borrélioses)classéesen:

-MaladiedeLymeliéeenEuropeàtroisespèces:B.burgdorferi,B.gariniietB.afzelii-FièvresrécurrentesdontcelleàBorreliarecurrentis

-Maladiesanimalesliéesàd’autresespèces

Cesbactériesdeculturetrèsdifficilesonttransmisespardesinsectesvecteurshématophagestelsquelespoux(Pediculushumanuscorporis)pourB.recurrentis.

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Habitat

Transmiseparlespiqûresdetiquescontaminées.Cetteborréliosemontreunerépartitionlimitéeàl’hémisphèrenordetàunealtitudeinférieureà1000m.

Les individus lesplusexposéssontceuxtravaillantà l’extérieur tels jardiniers,campeurs,marcheurs, chasseurs. Les tiques se positionnent à l’extrémité des herbes dans l’attented’uneproie:mammifèresdontlescervidés,lescanidés,voirel’homme,lesrongeurs.Lesmammifères peuvent ainsi contracter la borréliose de Lyme ou encore être porteurs detiques susceptibles de piquer.

Pouvoir Pathogène

Borreliaburgdorferi:AgentdelamaladiedeLyme

Cettemaladiesecaractériseparlaprésenced’unétatgrippals’accompagnantdefrissons,defièvre,demauxdetête,ouencored’arthralgies.Lesignelepluspathognomoniqueestlaprésenced’unetâchecutanéeronde,érythémateuseàl’endroitdelapiqûredetique.

Enl’absencedetraitement,lamaladieévolueparunearthrite,pardessignesneurologiquestels engourdissement, douleurs insomniantes, paralysie des muscles faciaux ou desmembres.


Diagnostic direct:presqueimpossibleenraisondesdifficultésdeculture,mêmesurmilieuspécifique.

Diagnostic indirect : le diagnostic sérologique est obtenu soit par immunofluorescenceindirecte(IFI)soitparELISA.Cesréactionsontunespécificitémédiocre,enparticulieràlaphase initiale.

LatechniqueparWestern-blotpeutêtreindiquéepourlaconfirmationd’unpositif.

L’amplificationgénique(PCR).


Letraitementestsimple,àbasedetétracyclinestelleladoxycycline.

Chezl’enfant,unepénicillineserapréféréecommel’amoxicilline.

Devantuneformesévère,unecéphalosporinedetroisièmegénération(ceftriaxone)seraprivilégiée.Parmi lesmacrolides, l’azithromycinepeutêtreprescrite.

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Anaérobies

Les germes anaérobies constituent un ensemble de germes pour lesquels l’oxygène esttoxique.Ainsi,leurcroissanceestfavoriséepartoutesituationentraînantladiminutiondel’oxygène tissulaire.

Si l’épidémiologiedes infectionsàanaérobiesestbienconnuechez l’adulte, lesdonnéeschez l’enfant restent pauvres.

Classification des anaérobies

Lesanaérobiessedivisentendeuxgroupesquisedifférencientparleurpouvoirpathogène,leurhabitat,etleurscaractèresbactériologiques:

Classificationdesanaérobiesresponsablesd’infectionshumaines

Flore exogèned’origine tellurique

Clostridium

C.perfringens

C.tetani

C.botulinum

C.difficile

Flore endogène commensale florede Veillon

CoquesGrampositif Peptococcus,peptostreptococcus

CoquesGramnégatif Veillonella

BacillesGrampositif Eubacterium,Bifidobacterium,PropionibacteriumActinomyces

BacillesGramnégatif Bacteroides,Provotella,Fusobacterium

Conditions de prélèvement

Les conditions de prélèvement sont à respectertoute en précisant la recherche desanaérobies sur le bon d’examen:

− Dans une lésion fermée, le pus ou les sérosités doivent être prélevées à l’aiguille.la seringue est envoyée au laboratoire après avoir remplacé l’aiguille par un petitbouchon en plastique.

− Dansleslésionsouvertes,leprélèvementpeutêtreeffectuéàl’aided’unécouvillonspécialpermettant lemaintiende l’anaérobiose.

− Danslescasdeshémocultures,ilfautévitertouteentréedansd’airdanslesflaconsdestinésàlaculturedesanaérobies.

Infections à anaéorobies et germes en causes

La fréquence paraîtmoindre chez l’enfant que chez l’adulte, sans doute en raison de lamoindre fréquence des maladies débilitantes.

Lediagnosticestde:− Présomptionselonlesiègedel’infection(abdominal,gynécologiquehaut)ouletype

del’infection(abcèsdupoumon,dufoie,ducerveau)− Probabilité:formationdugaz,odeurputrideounauséabonde.− Bactériologie:polymorphismeàl’examendirect.

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Germesencausesdanslesinfectionsàanaérobies

Type,siège/bactérie Clostridium Bacteroides Peptostreptococcus Fusobacterium

Gangrènegazeuse +++ +

Infectionabdominale ++ +++ ++ +

Gynécologique ++ ++ ++

Pulmonaire ++ ++ ++

Cérébrale ++ ++ ++

Dentaire,cervico-faciale ++ ++ ++

Résistance aux antibiotiques La sensibilité des germes anaérobies aux différents antibiotiques est variable selon lesfamilles:

Touslesanaérobiessontrésistantsauxaminosides,pardéfautdepénétration.

Parmilesmacrolides,laclindamycine,restetrèsactive.

Lesphénicolésconserventuneexcellenteettrèslargeactivité.

Vis-à-visdesb-lactamines,ondistingue2groupes:• Lesanaérobiessontgénéralementrésistantsparl’intermédiaired’unebêta-lactamase:

Bacteroidefragilis,certainsClostridiumsnotammentC.difficile,Fusobacterium(¼dessouches).

• Lesautresanaérobiessonthabituellementsensibles,mêmeàlapénicillineGoul’ampicilline.

Les 5 nitro-imidazoles (métronidazole)restent le traitement de choix , régulièrementactifssur tous lesanaérobies,à l’exceptiondecertainscoques (Peptostreptococcus),desPropionibacterium et des Actinomyces. Les métabolites engendrés sont cytotoxiquespar action sur l’ADN. Ce mode d’action est spécifique des bactéries anaérobies et desprotozoaires.DesBacteroidesrésistentouontunesensibilitéréduiteaux5-nitro-imidazoléspar l’existence très probable d’une 5-nitro-imidazole réductase.

Activitéanti-anaérobiedesdifférentsantibiotiques:

Antibiotique Activité antibactérienne utile

A.fusidique AnaérobiesGrampositif:Peptostreptococcus+Clostridiumperfringensetdifficile

PénicillinesGetV Clostridiumsaufdifficile,FusobacteriumAutresanaérobiessaufBacteroidesfragilis

Carbapénèmes .AnaérobiesGrampositifetnégatifdontBacteroidesfragilis

Céfoxitine AnaérobiesàGramnégatiftypeBacteroidesfragilis

Amoxicilline+AcideclavulaniqueSulbactam

Bacteroidesfragilis

Glycopeptides Clostridiumdontdifficile

nitro-imidazolés-5 Antibiotiquedechoix

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Macrolidesvrais CoccietbacillesanaérobiesàGrampositif(Clostridium)etnégatif(Bacteroides).Propionobacterium

Synergistines AnaérobiesàGrampositifetnégatif

Phénicolés Clostridium,Fusobacterium,Bacteroides,Actinomyces

Rifamycines Clostridium,Bacteroides

Aminosides Inefficaces


Lespropositionsthérapeutiquessontexposéessurcetableau:

Infectionsintra-abdominales

AppendicitePéritoniteSigmoiditeAngiocholite

Infectionmixte:entérobactériesBacteroides+

métronidazole+C3Gmétronidazole+AmoxicillineA.clavulaniqueImipénème

Infectionsbroncho-pulmonaires

AbcèsInhalationempyèmes

PrevotellaPeptostreptococcusFusobacteriumBacteroides

bêtalactamine+métronidazole

Infectionsintracrâniennes

MéningitesAbcès

FusobacteriumBacteroides

Thiamphénicol+métronidazolebêtalactamine+métronidazole

Bactériémies BacteroidesFusobacteriumProvotellaClostridium

Atteintespharyngiennes

Amygdalites FusobacteriumProvotella PénicillineVoumétronidazole

Infectionsbucco-dentaires

Périodontites FusobacteriumPeptostreptococcus

Spiramycine+métronidazole

Infectionsdesvoiesaériennessupérieures

RhinitesSinusites FusobacteriumProvotellaPeptostreptococcus

AmoxcillineA.clavulanique

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Bactéroides Fragilis

BacillesanaérobiesàGramnégatif.

Habitat

Intestindel’Hommeetdesanimaux

Cavitébuccale

Lamuqueusegénitale


Caractèresmorphologiques:bacillesàgramnégatif,àmobilitévariable,nonsporulé.

Caractèresculturaux:anaérobiestricte,cultivelentementsurgélosericheausang.

Caractèresbiochimiques:absenced’oxydase.

Pouvoir pathogène

Sepsis,pneumoniesencasdepathologied’inhalation,cellulites,abcès(cerveau,poumon,foie…),péritonite,suppurationsdelaparoi...


Prélèvements:Pusdivers,biopsie,sang

Diagnostic direct:ilreposesurl’isolementetl’identificationdelabactérie.Ladifférentiationsefaitsurlacultureenprésenceduvertbrillant,enprésencedelabileetlasensibilitéàcertainsantibiotiques(kanamycine,colistine,vancomycine).


Comme toutes les bactéries anaérobies, les Bactéroides fragilis sont intrinsèquementrésistantesauxaminosides,parabsencedemécanismedetransportactiftransmembranairede cesantibiotiques.

Laprésenced’uneBêtalactamaseparticulière,chromosomique,noninductible,inhibéeparl’acideclavulanique, lesulbactamet le tazobactam, confèreà labactérieunerésistanceàl’ampicilline,céphalosporinesdepremièregénérationetaucéfuroxime.L’amoxicilline+acideclavulaniqueresteactifdanscecas.

Larésistanceaumétronidazoleetauchloramphénicolrestetoutàfaitexceptionnelle.Cetterésistancedoitêtretoujourscontrôléepouréliminerunproblèmetechnique.


• Antibiotiquesconseillé:Métronidazole+++• Alternatives:Amoxicilline+Acideclavulanique,imipénème,phénicolés,macrolides.• Lespénicillines,lescéphalosporinesetlesaminosidessontinactifs

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Clostridium

Anaérobiestelluriquessporuléssetrouvantdanslesol,l’airetlespoussières.

BacillesàGrampositifdugenreClostridium.

Troistypes:Difficile,Perfringens,Tétani,Botulinum.

Habitat

Intestindel’Hommeetdesanimaux

Environnement:sol,végétaux…


ClostridiumtetaniBacillestrèsfinsgrampositifcapsulésavecunesporeterminaleentêted’épingle,trèsmobileAnaérobiestricte,cultureennappesurgéloseausang,odeurdecornebrûlée

Clostridiumdifficile

Bacillesassezfinsdroitscapsulésetsporulés,mobiles.Anaérobiestricte,culturesurgéloseausangtrèssensibleàl’oxygène,avecuneodeurde+++purin

Clostridiumperfringens Bacilles gram positif, trapus droits , capsulés , spores non visibles,immobilesAnaérobiestricte,culturesurgéloseausang,avecdescoloniesgrosses

Clostridiumbotulinum Bacilles gram positif trapus droits capsulés et sporulés, mobiles.Anaérobiestricte,culturesurgéloseausang,avecdescoloniesgrosseshemolytiques

Pouvoir pathogène

Clostridiumtetani

Tétanos:diagnosticcliniqueToxineneurotrope


ColitepseudomembraneusepostantibiothérapieRarement:péritonite,abcèsintraabdominal,infectiondeplaiechirurgicale

Clostridiumperfringens

Myonécroses,bactériémiesdupostpartum,pneumonienécrosante(toxineA)Entérocolitenécrosante(toxineB)Surinfections,intoxicationsalimentairesbénignes

Clostridiumbotulinum

Botulisme:duegénéralementàuneintoxination(ingestiondetoxinepréforméedansl’aliment)maisbeaucoupplusrarementàunetoxi-infectionBotulismeparblessure,botulismedunouveau-né,botulismechezl’immunodéprimé

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Prélèvements:Pusdivers,biopsie,sang,selles,alimentssiintoxication.

Clostridiumtetani

DiagnosticdirectparisolementdelabactérieetidentificationRecherchedelatoxineparPCR


DiagnosticdirectparisolementdelabactérieetidentificationRecherchedetoxinesAetBàpartirdessellesoudescoloniespartestsrapidesouELISA

Clostridiumperfringens Diagnosticdirectparisolementdelabactérieetidentification

Clostridiumbotulinum DiagnosticdirectparisolementdelabactérieetidentificationRecherchedetoxinesdanslesérumoualimentsuspect


Comme toutes lesbactériesanaérobies, les clostridiums sont intrinsèquement résistantsauxaminosides.Parcontre,ellessontgénéralementsensiblesauxpénicillines.Larésistanceaumétronidazolerestetoutàfaitexceptionnelle.

Clostridiumtetani

Bonne activité de toutes les bêtalactamines, chloramphénicol,lincosamides, vancomycine et métronidazole.


RésistancenaturelleaucéfotaximeRésistance fréquente: macrolides et lincosamides, tétracyclines,chloramphénicolSensibilitéconstante:vancomycine,métronidazole,acidefucidique

Clostridiumperfringens

Bonne activité de toutes les bêtalactamines, chloramphénicol,lincosamides, vancomycine et métronidazole.DeraressouchesrésistantesàlaPéniGparmodificationdelacibleonété signalées.

Clostridiumbotulinum Bonneactivitédetouteslesbêtalactamines


Clostridiumtetani

PénicillineG+++Alternatives:amoxicillineoucyclinesaprès8ans.


Antibiotiquesconseillés:métronidazole.Alternatives:vancomycineorale.

Clostridiumperfringens Antibiotiquesconseillés:PénicillineG,métronidazoleAlternatives:Synergistines,phénicolés,quinolones

Clostridiumbotulinum SérothérapieTraitementsymptomatique.

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Les mycobactéries

LeGenreMycobacteriumestleseulgenredelafamilledesMycobacteriaceae.

Enpratique,lesmycobactériessontclasséesen:• Mycobactériestuberculeuses:bacillestuberculeux(BK)

C’estuncomplexeregroupantlesespèces:M.tuberculosis,M.bovis,M.africanum• Mycobactériesnontuberculeuses:

M.lèpreae(agentdelalèpre),

Autres mycobactéries atypiques: infections opportunistes chez les patientsimmunodéprimés.

Habitat

L’hommemalade:latuberculosepulmonaireestlaformelapluscontagieuse.

La transmission est directe : interhumaine par voie aérienne (inhalation de gouttelettessalivaires contaminées) ou plus rarement indirecte (M. bovis) par ingestion d’aliments

d’origine animale contaminée (lait, fromage non pasteurisé).

Caractères bactériologiques des mycobactéries tuberculeuses

LesbactériesdugenreMycobacteruimsontdesbacillesimmobiles,rectilignesoulégèrementincurvés,aérobies strictes,non sporulésnoncapsulés. Leurparoiest très richeenacidemycoliquecequileurconfèreleurpropriétédecoloration:acido-alcoolo-résistance.

M.tuberculosisontuneculturelentede4semainesà2mois.

Pouvoir pathogène

Lapathogénicitédesmycobactériesn’estpasliéeàlasécrétiondestoxines,enzymesouàd’autresproduitsélaborés,elleestfonctiondel’immunitéantituberculeusedel’hôte:(rôledesmacrophagesetdeslymphocytesTcompétents).

M. tuberculosis : 2typesdinfections:• Tuberculosepulmonaire:formelaplusfréquente(90%descas),caractériséeparune

toux lentement progressive + les signes généraux (fièvre 38°C, sueurs profuses etnocturnes,anorexie+amaigrissement,asthénie)

• Tuberculoseextrapulmonaireparfois,ladisséminationsanguineestresponsabledesformesextrapulmonairesavecdesmultipleslocalisations:méningites,ganglionnaires,péritonéales,ostéoarticulaires.


Prélèvements:doiventêtreréalisésavanttouteantibiothérapiesinonarrêt2-3joursavant.Prélèvementsvariésenfonctiondelalocalisation.

Tuberculosepulmonaire:• Expectorationsmatinal2à3joursdesuite• Aspirationbronchique(plussensible)++• Tubagegastrique(enfants)

Tuberculoseextrapulmonaire:PrélèvementsenfonctiondelalocalisationIlsdoiventêtreréalisésavanttouteantibiothérapiesinonarrêt2-3joursavant.

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Diagnostic direct à partir du prélèvement :

La coloration spécifique de Ziehl-Neelsonmet en évidence les Bacilles Acido-Alcoolo-Résistants (BAAR). Un examen positif est exprimée en nombre de BAAR / champs.

La culture est indispensablepourlediagnostic.LeBKestunebactérieàculturedifficileetnécessitedesmilieuxdeculturespéciaux.Lamultiplicationestlente,lescoloniessonttrèscaractéristiques(aspectenchoufleur).

Diagnostic direct par biologie moléculaire : technique intéressante pour le diagnosticrapidedirectementàpartirduprélèvement.Ellepermetégalementdedétectercertainesrésistancesantibacillaire telque la résistanceà la rifampicine.


Résistance aux anti-bacillaires aux Maroc :

Uneétuderécenteincluant168souchescolligéesentre2010et2012,atrouvéuntauxderésistancede11,3%etquelesMDRreprésentaient3%dessouchesisolées.(N.Bouklataetal,PLOSONE/2015).

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Nocardia

Habitat

Lesol,lavégétationenputréfaction,lesbouesd’épuration,l’eauetlesplantes.


Les espèces du genreNocardiasont des actinomycétales; il existe plus de 70 espèces àl’intérieurdecegenre,dontenviron25qui sontpathogèneschez l’homme.CesontdesbactériesaérobiesstrictsàGrampositifmesurantde0,5à1,0μmdediamètreavecdeshyphes végétatifs ramifiés qui se divisent en bâtonnets et en coques pléiomorphes.

Pouvoir pathogène

Les infections sont principalement des infections opportunistes. Les patientsimmunodéprimés courent un risque accru de contracter une nocardiose. Les infectionsnocardiales semanifestent sous trois formes principales : pulmonaires, généralisées oucutanées.

Les infections pulmonaires dûes en grande partie à Nocardia asteroïdes entraînenthabituellement une bronchopneumonie aiguë, chronique ou récidivante qui se propageparfoisauxcavitésetà laplèvre.L’infectionpulmonairepeutmeneràdescomplicationsgénéraliséesouneurologiquescommeuneméningiteetdesabcèsaucerveau.LesabcèscérébrauxcausésparlesbactériesdugenreNocardiasontsouventlocalisésauniveaudutronccérébral,desganglionsdelabaseetducortexcérébral,etletauxdemortalitédespatients présentant de tels abcès cérébraux est d’environ 50%.

Les infections généraliséescauséesparNocardiasontraresetsurviennentsouventchezlespersonnesimmunodéprimées.

Les infections cutanées, appelées mycétomes, causées principalement par Nocardiabrasiliensis,Nocardia madurae, sont caractérisées par des pustules, de la fièvre, unelymphadénitedouloureusedanslesganglionslymphatiquesenvironnants,unabcèsetunécoulement jaunâtre ou blanchâtre granuleux.


Examen direct : souvent négatif. Bacille à Gram positif ramifié, irrégulièrement coloré,présentant un aspect moucheté (colonies en forme de “balle de coton”)

Croissance lente surmilieux enrichis : de 3 à 5jours,mais peut parfois durer de 2 à 3semaines

Diagnostic par PCRavecdesamorcesspécifiquespourlegenreNocardiasp.Résistance aux antibiotiques

Laplupartdesespèces sont sensiblesau triméthoprime-sulfaméthoxazole,à l’amikacine,àl’ampicilline,auxcéphalosporinesàlargespectre,à laminocycline,àl’érythromycine,àlaciprofloxacine,àlaclindamycine,àl’imipénèmeetaucotrimoxazole,maisrésistentàlapénicillineetauxagentsantituberculeuxetantifongiques.

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Traitementempiriqueavantidentificationetantibiogramme:bithérapieoutrithérapie

•Imipénème+amikacine

•Céphalosporinede3egénération(C3G)+amikacine

•Cotrimoxazole+amikacine

•Cotrimoxazole+C3Gouimipénème+amikacine

•Alternatives:linézolide(efficacesurN.farcinicaetN.transvalensis)Traitementenfonctiondelalocalisationdel’infection(àadapterselonl’antibiogramme):

• Pneumopathie/pleuropneumopathieàNocardia(étatcliniquepeusévère):Cotrimoxazole

• Pneumopathie/pleuropneumopathieàNocardia(étatcliniquesévère):• Cotrimoxazoleouimipénème+amikacineouC3G+amikacine• Localisationcérébrale:CotrimoxazoleàfortesdosesouC3Gouimipénème(ou

méropénème)+amikacine• Atteintesdisséminées:imipénème+amikacineouCotrimoxazoleàfortesdoses.

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Règles d’Or de la Lecture interprétative de l’antibiogramme (CASFM 2016)

1. Streptocoques

Streptocoques et Bêtalactamines :

LasensibilitéauxbêtalactaminesdesstreptocoquesdesgroupesA,B,CouGsedéduitdelasensibilitéàlapénicillineG.

LesstreptocoquesdugroupeA,B,CouGetlesstreptocoquesviridansneproduisentpasdebêta-lactamase.L’associationàuninhibiteurdebêta-lactamasen’apporteaucunbénéfice clinique.

Encasd’infectionsévère,d’écheccliniqueoudevanttoutesouchedepneumocoquedesensibilitédiminuéeauxBêtalactamines,ilyalieudedéterminerlaCMId’aumoinsunedesbêtalactaminesdontlespropriétéspharmacodynamiquessontcompatiblesavecuneefficacitéthérapeutique(amoxicilline,céfotaxime,ceftriaxone).

Le Méropénème est le seul carbapénème recommandé dans les méningites. En casd’utilisation pour le traitement d’une méningite, la CMI du méropénème doit êtredéterminée.

Encasdepneumonie,siunedosede1,2gx4estutilisée,lessouchesayantuneCMI≤0,5mg/Lpeuventêtreinterprétéescommesensibles.

Encasdepneumonie,siunedosede2,4gx4ou1,2gx6estutilisée,lessouchesayantuneCMI≤1mg/Lpeuventêtreinterprétéescommesensibles.

Encasdepneumonie,siunedosede2,4gx6estutilisée,lessouchesayantuneCMI≤2mg/Lpeuventêtreinterprétéescommesensibles.

Pneumocoque et Fluoroquinolones : Il est déconseillé d’utiliser une quinolone antipneumococciquepourletraitementd’uneinfectionàpneumocoqueencasd’expositionpréalabledansles3moisprécédentsàunequinolone,quellequ‘ensoitlaraison,àcausedurisque,encasdesélectionpréalabledemutantsrésistantsdebasniveau,d’écheccliniqueliéàlasélectiond’unenouvellemutationdetraitement.

Streptocoques et aminosides :Les Streptocoques présentent une résistance de basniveau aux aminosides. Cependant, l’association avec des inhibiteurs de la paroibactérienne (pénicillines, glycopeptides) est synergique et bactéricide vis-à-vis dessouchessensiblesàcesantibiotiquesetneprésentantpasunerésistancedehautniveauaux aminosides. L’acquisition d’une résistance de haut niveau (HNR) abolit cet effetsynergique bactéricide.

L’espèce E. faeciumproduit une enzyme chromosomique qui abolit la synergie entrepénicillines/glycopeptides et aminosides (sauf gentamicine et streptomycine).

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2. Entérobactéries

Entérobactéries et céphalosporines de troisième génération : PourlesEntérobactéries

degroupe3(Enterobacterpp,Citrobacterfrendii,Proteae..):SiuneentérobactériedugroupeIIIestsensibleinvitroaucéfotaxime,àlaceftriaxoneouàlaceftazidime,l’utilisationenmonothérapieducéfotaxime,delaceftriaxoneoudelaceftazidimeestdéconseilléecarelleexposeau risquedesélectiondemutants résistants. La sélectiondemutantsrésistantsauxcéphalosporinespardérépressiondelacéphalosporinasenaturellepeutsurvenirdurantletraitement.L’utilisationd’unecéphalosporinede3èmegénérationenassociationavecunaminosidepourraitégalementconduireàunéchecthérapeutiqueparlasélectiondemutantsencasdefoyerprofondoùlesaminosidesnediffusentpas.UneassociationauxFluoroquinolonesacependantétérapportéecommepouvantévitercettesélectiondemutantsrésistantauxcéphalosporinesde3èmegénération.Lerisquedesélectionestabsentoutrèsdiminuéaveclescéphalosporinesde4èmegénération(céfépime,cefpirome)quinesontpashydrolyséesparlescéphalosporinasesquelquesoitleurniveaudeproduction.

Entérobactéries et BLSE:Laprésenced’uneBLSEn’interfèrepassur lacatégorisationdel’isolatclinique,certainsisolatsbactériensquiproduisentdesBLSEsontcatégorisés«sensibles»auxcéphalosporinesde3èmeet4èmegénérationetsontrapportéscommetels..Cependant,ladétectiondesBLSEresteindispensablepourdesobjectifsautresquethérapeutiques(épidémiologie,mesured’hygièneetd’isolement,parexemple).

Entérobactéries et Carbapénèmes:Ilfautconsidérercommesuspected’Entérobactériesproductricesdecarbapénèmases(EPC),toutesouchedesensibilitédiminuée(I/R)àaumoinsl’unedescarbapénèmes.L’ertapénèmeestlecarbapénèmequipossèdelameilleuresensibilitépourladétectiondesEPC.Laprésenced’unecarbapénèmasen’interfèrepassurlacatégorisationdel’isolatcliniqueetlessouchessensiblesauxcarbapénèmessontrapportéscommetels.Ladétectiondescarbapénèmasesestcependantrecommandéesurleplanépidémiologiquepoursurveilleretcontrôlerleurdiffusion.

Entérobactéries et Fluoroquinolones : La résistance aux fluoroquinolones est croiséeentre lesdifférentesmoléculesmaissonniveaud’expressionpeutvarierpourchaquemolécule.

Colistine:Enraisondel’absencedecorrélationCMI/diamètre,ilyalieudedéterminerlaCMIdelacolistineparmicrodilutionencasd’utilisationthérapeutique.Tigécycline:Latigécyclineauneactivitédiminuéevis-à-visdeMorganellaspp.,Proteusspp.etProvidenciaspp.A.LesdiamètrescritiquessontvalidéspourE.coliseulement.PourlesautresEnterobacteriaceae,ilyalieudedéterminerlaCMI.

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3. Staphylocoques

Staphylocoques et Bêtalactamines : Les souches de staphylocoques résistantes à lacéfoxitineoupossédantungènemecadditionnelouexprimantunePLP2additionnelle(PLP2a, PLP2c) doivent être interprétées résistantes à la méticilline et à toutes lesbêta-lactamines (pénicillines associées ou non à un inhibiteur de bêta-lactamase,céphalosporinesetcarbapénèmes),saufàlaceftarolinequipossèdeuneactivitésurlesstaphylocoques résistants à l’oxacillinemais dont l’activité doit être confirmée.

Staphylocoques et Gentamicine : InterprétationvalablepourNétilmicine.Lessouchesrésistantes à la gentamicine sont résistantes à l’ensemble des aminosides (saufstreptomycine).

Staphylocoques et Fluroquinolones: La résistance aux fluoroquinolones est croiséeentre lesdifférentesmoléculesmaissonniveaud’expressionpeutvarierpourchaquemolécule.Lessouchescatégoriséessensiblesàlanorfloxacinesontrenduessensiblesàlaciprofloxacine,àlalévofloxacine,àlamoxifloxacineetàl’ofloxacine.Pourlessouchesnonsensiblesàlanorfloxacine,chaquefluoroquinolonedoitêtretestéeindividuellement.

StaphylocoquesetGroupeMLS:Macrolides , lincosamideset synergistine :De rareséchecs cliniques ont été rapportés par sélection de mutants constitutifs résistantsen présence d’une résistance inductible à la clindamycine. En cas de résistance à laclindamycine, l’activité de la pristinamycine est diminuée.

Staphylocoques et Glycopeptides:Pourtous lesstaphylocoques, ladéterminationdelasensibilitéauxglycopeptidesnedoitpasêtreréaliséepardiffusionenmilieugélosé.LaseuleméthodederéférencepourladéterminationdesCMIdesglycopeptidesestlamicrodilution.Cependant,lesCMIpeuventégalementêtreestiméesparlesméthodesdedilutionenmilieugéloséoudediffusionengradient.

4. Pseudomonas :

LePseudomonasaeruginosarésistenaturellementauxaminopénicillines,l’associationamoxicillineacideclavulanique,céphalosporinesde1èregénération,céphalosporinesde2èmegénération,cefotaxime,ceftriaxone,cotrimoxazoleetphénicolés.CesantibiotiquesnedoiventpasêtreutilisésdanslesinfectionsàPseudomonasaeruginosa.Imipénème:Unerésistanceisoléeauxcarbapénèmescorrespondàuneimperméabilitéspécifique.Cetterésistancen’estpascroiséeaveclesautresbêta-lactamines.

Colistine:Enraisondel’absencedecorrélationCMI/diamètre,ilyalieudedéterminerlaCMIdelacolistineparmicrodilutionencasd’utilisationthérapeutique.

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Références bibliographiques

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http://www.mdconnects.com/articles/284/20140127/new-unusually-large-virus-kills-anthrax-agent.htm.« Anthrax buried for good » sur Washington Times, 2003

Ceguideseveututileetpratiqueetproposeàtraverssesfichesuneépidémiologieclairedes

agents infectieux, leursprincipauxcaractèresbactériologiqueset lesbasesdudiagnostic

biologique.Lesrésistancesnaturellesdecesbactériesauxantibiotiquesetlesprincipales

résistancesacquisesdéveloppéspouréchapperàl’actiondesantibiotiquesontégalement

étéprésentéesdemanièrepréciseetclaire.

Ceguidepermetégalementderapporterl’épidémiologienationaledescertainebactéries

pourmieuxciblerlesagentsantiinfectieuxàutiliserpourchaquesituationclinique.

Cereceuilestimportantpourlacommunautéhospitalièreetpourlasantépublique.Ilest

indispensable dans la formation des jeunesmédecins et la formation continue de tous

lesprofessionnellesdeSanté. La lecturedeceguideserabénéfiqueàtous lescliniciens

impliqués dans la prise en charge des patients infectés et permettra la compréhension

des étiologies desmaladies infectieuses et la simplification du volet fondamental de la

microbiologie.

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