Konšititučné izoméry  - zlúčeniny líšiace s poradím a spôsobom viazania atómov

Tautoméry  - zlúčeniny líšiace sa polohou vodíka

Mezoméry  - zlúčeniny líšiace sa polohou elektrónov

Stereoizoméry  - zlúčeniny líšiace sa priestorovým usporiadaním atómov

Enantioméry  - stereoizoméry, ktoré sú si navzájom zrkadlovým obrazom

Diasteroméry  - stereoizoméry, ktoré nie sú si navzájom zrkadlovým obrazom

Konformačné izoméry  - poloha atómov v priestore sa mení rotáciou

okolo jednoduchej väzby

Konfiguračné izoméry  - poloha atómov v priestore nesúvisí rotáciou okolo

jednoduchej väzby