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Laboratoire de biologie médicale
Pau – Oloron - Orthez
FICHE TECHNIQUE
Guide pratique des prélèvements de microbiologie
MAN-LAB FT31 Version : 1 / 2015 Page : 1/22
Ce guide comprend 4 parties :
- Les examens bactériologiques « groupés », classés par groupe de prélèvements de nature proche (ex : prélèvements respiratoires) ou par site de prélèvement (ex : prélèvements ophtalmologique), correspondants aux
recherches de bactéries usuelles en fonction du prélèvement considéré
- Les analyses de bactériologie plus « spécialisées »
- Les analyses de virologie
- Les analyses de mycologie – parasitologie
Au niveau des « examens groupés », des liens hypertextes sont mis en place vers les analyses spécialisées pouvant être effectuées sur le prélèvement considéré. Il suffit de cliquer sur la recherche particulière (texte en violet et
souligné) (ex : BK pour l’examen groupé LCR) pour être directement renvoyé à l’analyse correspondante et aux spécifications s’y rapportant.
De même, des liens vers différents protocoles de prélèvements et/ou fiches de prescription sont disponibles (texte en violet et souligné).
En cas de demande d’analyse non spécifiée dans ce guide, merci de contacter le laboratoire avant d’effectuer le prélèvement pour connaitre les particularités, les supports de prélèvement et les conditions d’acheminement.
Les différents supports de prélèvements sont disponibles dans le guide des Supports de prélèvements de microbiologie. Les supports de prélèvements particuliers (pour PCR notamment) sont à venir récupérer au laboratoire
au coup par coup.
Les conditions de rajout ne sont valables que pour des prélèvements conservés dans notre laboratoire ou pour un laboratoire demandeur. Elles ne peuvent s’appliquer à des prélèvements conservés dans les services
de soins, pour lesquels le laboratoire n’a aucune garantie de la conformité des températures de conservation. Le laboratoire se réserve le droit de refuser ces prélèvements si les conditions pré-analytiques ne sont pas jugées
conformes au rendu d’un résultat correct.
Le délai de rendu de résultat s’entend en jours ouvrables (du lundi au samedi) hors jours fériés et pour les cultures dites « directes ». Pour certains prélèvements, un enrichissement (E) est réalisé en plus. Dans ce cas, les deux
délais de rendu sont notifiés (exemple pour les liquides de ponction : cult nég =>3j / E7j = le rendu des cultures « directes » s’effectue en trois jours en cas de négativité et le rendu du milieu d’enrichissement est de 7j en cas de
négativité). Pour les prélèvements ostéo-articulaires, les ganglions et les prélèvements précieux d’ophtalmologie, les milieux d’enrichissement sont conservés systématiquement 15 jours. En cas de positivité au bout de ce délai, un
nouveau compte-rendu est adressé au prescripteur. « Cult nég » correspond à une culture stérile ou à la présence d’une flore commensale sans germe pathogène isolable.
2
Examens groupés
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Examen bactériologi-que d'un LCR
(liquide céphalo-
rachidien)
Ponction lombaire (PL)
LCR
≥ 3 tubes stériles numérotés dans
l'ordre du prélèvement. Au total, quantité
minimale = 2 ml (adulte). Dans le
cas d'un syndrome méningé fébrile,
prélever systématiquement des hémocultures
en parallèle
Cytologie / formule (si > 10
éléments) / examen direct / ensemencement
Cocher "cytologie du LCR" uniquement en cas de recherche d'hémopathie. Les recherches spécifiques sont à prescrire en plus.
Immédiat, TA
Aucune. Mais,
résultats de la cytologie potentielle-ment sous-estimés en cas de délai
trop important
bactériologie classique =
aucun rajout. Pour les analyses
spécifiques, voir les
conditions propres à chaque
demande
cyto + formule + gram => 3h // culture
négative => 7 jours
24h/24
Cytologie +/- formule, biochimie,
examen direct
Une formule (exacte ou approchée) sera systématiquement rendue pour toute PL ≥ 10 éléments.
Liquide de dérivation (DER)
La biochimie (protéinorachie et glycorachie) est réalisée en systématique. Les recherches spécifiques sont à prescrire en plus:
BK, Leptospire, Lyme, Méningocoque, Pneumocoque, Syphilis
Liquide de pompe
implantable (LPI)
Adénovirus, CMV, EBV, Entérovirus, HHV6, HSV, Interféron α, JC virus, VZV
Cryptocoque, Toxoplasmose
Ponction lombaire
pédiatrie = cytologie
prioritaire (PL)
LCRCYT La cytologie et la recherche de cellules blastiques sont réalisées en priorité si le volume de liquide
est faible
Examen bactériologi-
que des urines
Urines par miction (U)
CBU
1 tube à bouchon moucheté
jaune/rouge + 1 tube à bouchon kaki
Les urines sur flacon stérile (bouchon
rouge) peuvent être acceptées, si les conditions pré-
analytiques sont conformes, à
l'appréciation du biologiste
Cytologie / recherche de
cristaux et cylindres /
examen direct / ensemencement
La bandelette urinaire est surtout indiquée dans le cas des cystites aiguës. Une BU négative chez des femmes symptomatiques ne permet pas d'exclure une IU (bactériuries faibles et/ou
infection par S. saprophyticus)
< 12h, TA si tube boraté (bouchon
kaki) / < 2h si flacon
stérile
> 24 si tube boraté / > 2h si flacon
stérile * sauf dérogation du
biologiste
bactériologie classique =
aucun rajout. Pour les analyses
spécifiques, voir les
conditions propres à chaque
demande
cytologie +
examen direct =>
2h // culture
négative => 24-48h en fonction
du contexte
24h/24 Cytologie +
examen direct
Prélever l'urine de milieu de jet, de préférence le matin ou au moins 4h après la miction précédente, après un lavage des mains et une toilette soigneuse du méat urinaire ou de la
région vulvaire
Préciser impérativement tout contexte particulier: traitement antibiotique en cours ou récent,
grossesse, immunodépression, diabète, anomalie fonctionnelle/anatomique ou pathologie chronique du tractus urinaire, intervention chirurgicale urogénitale antérieure ou à venir, …
Les recherches spécifiques sont à prescrire en plus :
BK, recherche de BMR, C. trachomatis, N. gonorrhoeae, Mycoplasmes urogénitaux, Ag solubles légionelle, Ag solubles pneumocoques, Leptospire
BK virus, CMV
Candida, Bilharziose
Urines par sondage
évacuateur (USDEV)
Type de recueil à éviter si possible.
Urines sur sonde vésicale (USV)
Ne pas utiliser de BU en 1ère intention. Ne pas prélever dans le sac collecteur: recueil par ponction après désinfection sur le site spécifique du dispositif de sonde.
Urines sur sonde urétérale (USU)
Urines sur cystocath (UKT)
Voir protocole de recueil des urines
Eliminer les premières gouttes d'urines
Urines sur poche de recueil (UPOCH)
Préciser le temps de mise en place du dispositif collecteur (ne doit pas être laissé en place plus d'une heure)
Urines PMO (U) CBUPMO La recherche d'agents fongiques est systématiquement réalisée. cult nég
=> 5j
Compte d'ADDIS (U)
ADD 1 tube à bouchon
moucheté jaune/rouge.
Cytologie Intérêt dans l'exploration d'une hématurie microscopique. Il est impératif de bien respecter le
protocole de recueil (3h) et de noter le volume total des urines. < 12h, TA si tube
à bouchon moucheté /
< 2h si flacon stérile
> 24h si tube à
bouchon moucheté /
> 4h si flacon stérile
aucun rajout J0 24h/24 NON
Nombre de GR et GB / ml (U)
HU/LU Voir protocole de recueil des urines
Cytologie aucun rajout J0 24h/24 NON
3
Examens groupés
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Examen bactériologi-
que des selles et biopsies digestives
Selles (SEL) COP Flacon stérile Cytologie /
Examen direct / Ensemencement
Préciser impérativement le contexte: voyage récent en pays tropical (syndrome cholériforme),
suspicion de SHU, TIAC, …
< 2h, TA > 6h bactériologie classique =
aucun rajout. Pour les analyses
spécifiques, voir les
conditions propres à chaque
demande
cult nég => 2j
culture 24h/24
NON
Recueillir les selles dès leur émission, dans les 1ers jours de la maladie, avant toute antibiothérapie si possible. Si présence, privilégier la partie muco-purulente ou sanglante.
En cas de suspicion de SHU, contacter le laboratoire (détection possible des EHEC les 4 à
6ers jours de la maladie)
Les recherches spécifiques sont à prescrire en plus:
Clostridium difficile, Tropheryma whipplei.
Adénovirus, Rotavirus, CMV, Hépatite E
Cryptosporidies, Microsporidies, parasitologie des selles
Selles Médecine Préventive (MPREV)
CV2+VT2 Flacon stérile Ensemencement
Recherche de S. aureus, Shigella spp. et Salmonella spp.
Recherche couplée à la détection de S. aureus dans un écouvillonnage nasal. < 2h, TA > 6h
cult nég => 2j
culture 24h/24
NON
Biopsie colique (BCO)
COP
Flacon stérile
Ensemencement Chez les patients non immunodéprimés, il n'y a pas de supériorité à rechercher les bactéries entéro-pathogènes à partir de biopsies par rapport aux selles. La recherche de CMV est à
prescrire en plus
< 2h, TA Aucune cult nég
=> 2j
culture 24h/24
NON
Biopsie du grêle (BGR)
Flacon stérile < 2h, TA Aucune cult nég
=> 2j
culture 24h/24
NON
Biopsie gastrique (BGA)
Voir à Helicobacter pylori
Examen bactériologi-
que d'un prélèvement
ophtalmologi-que
Fiche de
prescription OPHTALMO
Voir les recommandations spécifiques
Conjonctive (CJV)
PUSO Ecouvillon sur milieu
de transport
Cytologie / Examen direct / Ensemencement
Recueil des sécrétions par frottis conjonctival et le pus dans l'angle interne de l'œil
< 6h, TA > 18h
bactériologie classique =
aucun rajout. Pour les analyses
spécifiques, voir les
conditions propres à chaque
demande
cult nég => 3j
culture 24h/24
cytologie et gram
7j/7
NON En cas de suspicion d'un syndrome de Fiessinger-Leroy-Reiter, prescrire la PCR C.
trachomatis en plus.
Cornée (COR) PUSO Ecouvillon sur milieu
de transport Grattage cornéen après élimination des débris nécrotiques et fibrineux < 6h, TA
Aucune
cult nég => 3j /
E7j
Appel téléphonique
si gram positif
Humeur aqueuse (HUMAQ)
PUSO Microtube stérile Merci de prioriser les analyses.
Les recherches spécifiques sont à prescrire en plus :
< 2h, TA
gram positif
=> dans la
journée // cult
nég => 3j / E7j
Humeur vitrée (PHV)
PUSO Microtube stérile BK, C. trachomatis
Ponction de chambre
antérieure (PCA) PUSO Microtube stérile
Adénovirus, CMV, EBV, Entérovirus, HSV, VZV
Amibes, Candida, Champignons filamenteux, Toxoplasmose
Lentilles ophtalmiques
(MOP) MAT
Boitier de conservation des
lentilles Ensemencement
Séparer les lentilles gauche et droite < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
cult nég => 3j
culture 24h/24
NON
Liquide de lavage/trempage de lentilles (LQ)
PUSO Peut être intéressant en cas d'antibiothérapie préalable au prélèvement < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
cult nég => 3j
NON
4
Examens groupés
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Examen bactériologi-
que d'un prélèvement
ORL
Cavité buccale (BUC)
ORL Ecouvillon sur milieu
de transport
Cytologie / Examen direct / Ensemencement
Recherche uniquement d'une mycose buccale (écouvillonner la langue, le palais et la face
interne des joues) < 6h, TA > 18h
bactériologie classique =
aucun rajout. Pour les analyses
spécifiques, voir les
conditions propres à chaque
demande
cult nég => 3j
culture 24h/24
NON
Prélèvement pharyngé (PG)
ORL
2 écouvillons sur milieu de transport
Ecouvillonner la(es) amygdale(s) ou les piliers du voile du palais.
< 6h, TA
> 18h
cult nég => 3j
culture 24h/24
cytologie et gram
7j/7
NON
En présence d'une ulcération ou d'un exsudat, prélever à ce niveau.
En cas de suspicion de diphtérie, prélever la périphérie ou sous les fausses membranes.
Préciser impérativement le contexte (angine aiguë / ulcéro-nécrotique / à fausses membranes / IST?, …) et l'éventuelle présence d'un rash cutané
Préciser un contexte d'IST, pour que la recherche du gonocoque par culture soit effectuée et prescrire les PCR C. trachomatis +/- Gonocoque en plus.
Phlegmon d'amygdale
(PHLEA) PUSORL Pus en flacon stérile Le prélèvement doit impérativement être effectué par ponction. < 2h, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste
cult nég => 3j /
E7j NON
Abcès dentaire (ABCD)
PUSORL Pus en flacon stérile
ou écouvillon sur milieu de transport
< 6h si EMT / < 2h si pus, TA
> 12h // > 18h si EMT
cult nég => 3j /
E7j
culture 24h/24
NON
Nez-sinus (PNZ) PUSORL
Aspiration nasale en flacon stérile
Prélèvement de choix: à réaliser au niveau du méat moyen. Préciser le contexte: sinusite aiguë ou chronique. Prescrire en plus la recherche de champignons filamenteux.
< 6h si EMT / < 2h si pus, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste si
pus / biopsies
> 18h si EMT
cult nég=> 3j / E7j (si
non écouvil-
lon) culture 24h/24
cytologie et gram
7j/7
NON
Ecouvillon sur milieu de transport
Ecouvillonnage des deux narines (tiers inférieur) avec le même écouvillon: à éviter au maximum car faible qualité (contamination++ par la flore commensale). Prescrire en plus la recherche de
champignons filamenteux. NON
Biopsies sur flacon stérile avec un peu
de sérum φ. Ne pas déposer dans une
compresse.
Biopsies profondes (muqueuse, tissu osseux, produit de curetage) réalisées à la périphérie des lésions. Le dépôt dans une compresse de la biopsie peut être préjudiciable à la croissance des
agents infectieux. Prescrire en plus la recherche de champignons filamenteux. NON
Oreille (AUR) PUSORL Pus en flacon stérile
ou Ecouvillon sur milieu de transport
Dans les otites moyennes aiguës ou récidivantes (préciser le contexte), prélever le pus par
aspiration après nettoyage et séchage du conduit auditif externe puis incision du tympan. Le prélèvement par écouvillonnage est possible mais non recommandé (difficultés d'interprétation
des résultats). < 6h si EMT / < 2h si pus, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste si
pus
cult nég => 3j /
E7j NON
Dans les otites externes, écouvillonner le conduit auditif externe et récupérer les débris présents. Tableau clinique dû à P. aeruginosa, S. aureus ou champignons (Candida ou
Aspergillus). Prescrire en plus la recherche de champignons filamenteux.
cult bactério nég => 3j / E7j
NON
Examen bactériologi-
que d'un prélèvement respiratoire
Fiche de
prescription PNEUMO
Fiche de
prescription CHIRURGIE
THORACIQUE
Expectoration (EXP)
CBC
Flacon stérile
Cytologie / Examen direct / Ensemencement
Ne doit pas être réalisée pour le diagnostic des pneumopathies communautaires.
Indications = surinfection de bronchite chronique, infections à mycobactéries, infections chez les patients atteints de mucoviscidose. Protocole de recueil à suivre impérativement: après rinçage
bucco-dentaire à l'eau stérile, lors d'un effort de toux (+/- kiné). < 2h, TA > 12h
bactériologie classique =
aucun rajout. Pour les analyses
spécifiques, voir les
conditions propres à chaque
demande
cult nég => 3j
culture 24h/24
cytologie et gram
7j/7
NON
Préciser les contextes particuliers (mucoviscidose, tétraplégie, …) ou recherche de BMR pour lesquels des recherches particulières sont effectuées.
Aspiration endo-trachéale (AST)
Flacon stérile Alternative à la fibro/LBA => risque important de contamination par la flore salivaire < 2h, TA > 12h NON
Mini-lavage (PLB)
Flacon stérile Variante du LBA: installation de 20ml à l'aveugle => recueil de 2 à 3 ml < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
NON
Fibro-aspiration (FIB)
Flacon stérile Méthodes de référence pour le diagnostic étiologique d'une pneumopathie (=brossage distal
protégé).
Les recherches de germes particuliers, à adapter en fonction du contexte clinique sont à prescrire en plus:
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
NON
Lavage broncho-alvéolaire (LBA)
LB Flacon stérile
% de polynucléaires
(neutro et éosino) / Examen direct / Ensemencement
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
NON Légionelle, Anaérobies, Actinomyces, Nocardia, Coqueluche, BK
Aspergillus et autres champignons filamenteux, Pneumocystis,
CMV, VZV, HSV, Adénovirus, EBV
Ponction pleurale (PP)
CYTLQ + PONC
Flacon stérile Cytologie /
Examen direct / Ensemencement
20 à 40% des pneumonies sont associées à un épanchement pleural. < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
cult nég => 3j /
E7j NON
5
Examens groupés
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Examen bactériologi-
que d’un prélèvement uro-génital
Ano-rectal / Anal (ANAL)
PUSGYN Ecouvillon sur milieu
de transport
Cytologie / Examen direct
(dont recherche de T. vaginalis pour les PV et
PU) / Ensemencement
La recherche de gonocoque par culture est effectuée en systématique. Les recherches par PCR de C. trachomatis +/- gonocoque, HSV sont à prescrire en plus.
< 6h, TA > 18h
bactériologie classique =
aucun rajout. Pour les analyses
spécifiques, voir les
conditions propres à chaque
demande
cult nég => 3j /
E7j
culture 24h/24
cytologie et gram
7j/7
NON
Biopsie tubaire, endomètre,
ovarienne, ... (BIOP)
PIEC Flacon stérile La recherche de gonocoque par culture est effectuée en systématique. Prescrire la
recherche de C. trachomatis et de Mycobactéries en plus < 2h, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste
cult nég => 3j /
E7j NON
Endocol (END) GYNE Ecouvillon sur milieu
de transport
Après la pose du spéculum, réaliser un nettoyage soigneux à l'aide d'une compresse imprégnée d'antiseptique (à renouveler une fois) puis rincer à l'aide d'une compresse
imprégnée de sérum physiologique.
< 6h, TA > 18h Cult nég
=> 3j NON
Préciser le contexte d'IST pour la recherche de gonocoque par culture.
Les recherches par PCR de M. genitallium, C. trachomatis +/- gonocoque sont à prescrire en plus.
Glande de Bartholin (BAR)
PUSGYN Flacon stérile /
Ecouvillon sur milieu de transport
La recherche de gonocoque par culture est effectuée en systématique.
Les recherches par PCR de M. genitallium, C. trachomatis +/- gonocoque sont à prescrire en
plus.
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
cult nég => 3j /
E7j NON
Liquides de ponction /
prélèvements chirurgicaux (liquide de
Douglas, liquide péritonéal, …)
(LQ)
PUSGYN Flacon stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
cult nég => 3j /
E7j NON
Pyosalpinx (PYS)
PUSGYN Flacon stérile /
Ecouvillon sur milieu de transport
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
cult nég => 3j /
E7j NON
Recherche de portage de
Streptococcus agalactiae (PV)
RSAG Ecouvillon sur milieu
de transport Ecouvillonnage sans pose de speculum au niveau du tiers inférieur du vagin entre la 34 et la 35è
SA. Auto-prélèvement vaginal possible. < 6h, TA > 18h
Cult nég => 3j
NON
Stérilet (STE) MAT + RACT
Flacon stérile
Retirer le stérilet sans toucher les parois du vagin et couper les fils.
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
Cult nég => 3j
NON
La recherche d'Actinomycètes est systématiquement effectuée. cult nég => 21j
Urétral (PU) GYNE Ecouvillon sur milieu
de transport
La recherche de gonocoque par culture est effectuée en systématique. Les recherches par PCR de C. trachomatis +/- gonocoque sont à prescrire en plus.
< 6h, TA > 18h Cult nég
=> 3j NON A réaliser au moins 2h après la dernière miction. Prélever avec des écouvillons fins.
Pour les diagnostics d’IST, préférer un 1er jet urinaire (voir protocole de prélèvement) sauf si
suspicion d’épidydimite.
Vaginal (PV) GYNE Ecouvillon sur milieu
de transport
Prélever au niveau des lésions s'il y en a ou au niveau des leucorrhées anormales. En l'absence de lésion, recueillir les sécrétions en écouvillonnant l'ensemble de la cavité vaginale.
< 6h, TA > 18h
Cult nég => 3j
NON
Pour la recherche de vaginose bactérienne, de vaginite à Trichomonas vaginalis ou de mycose, écouvillonner le cul de sac vaginal postérieur.
La recherche de Streptococcus agalactiae est comprise.
Préciser le contexte d'IST pour la recherche de gonocoque par culture.
Les recherches par PCR de C. trachomatis +/- gonocoque sont à prescrire en plus (milieu de transport spécifique).
Vulve (VUL) PUSGYN Ecouvillon sur milieu
de transport Généralement recherche de mycose (recherche systématique) ou d'HSV (à prescrire en plus). < 6h, TA > 18h NON
6
Examens groupés
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Examen bactériologi-
que d’un prélèvement
périnatal
Conjonctive (CJV)
PUSO Ecouvillon sur milieu
de transport
Cytologie / Examen direct / Ensemencement
Recherche des bactéries pyogènes usuelles et du N. gonorrhoeae.
La recherche de C. trachomatis par PCR est à prescrire en plus. < 6h, TA > 18h
bactériologie classique =
aucun rajout. Pour les analyses
spécifiques, voir les
conditions propres à chaque
demande
Cult nég => 3j
culture 24h/24
cytologie et gram
7j/7
NON
Lait maternel (LMAT)
LMAT/PUS Flacon stérile Ensemencement Préciser si le lait vient de la maman (PUS) ou du lactarium (LMAT) < 2h, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste
Cult nég => 2j
culture 24h/24
NON
Liquide gastrique (GAS)
NN Flacon stérile
Cytologie / Examen direct / Ensemencement
En l'absence d'antibiothérapie maternelle, la négativité de ce prélèvement permet d'éliminer une infection maternelle.
< 2h, TA Cult nég
=> 2j 24h/24 Gram
Placenta (PLC) NN Pot stérile Prélèvement d'un échantillon au niveau d'une zone macroscopiquement anormale ou à défaut, près du site d'insertion du cordon. Analyse recommandée notamment en cas de suspicion de
listériose néonatale. < 2h, TA
cult nég => 3j /
E7j culture 24h/24
cytologie et gram
7j/7
NON
Prélèvements périphériques (oreille, narines, bouche, yeux, ombilic, anus)
(AUR/ PNZ/ BUC/ CJV/ OMB/ SER)
PUSS Ecouvillon sur milieu
de transport
Ecouvillonnage des cavités naturelles ou de la peau du nouveau-né: 2 sites suffisent (en plus du
liquide gastrique). L'association de ces prélèvements au liquide gastrique permet de mieux différencier une
colonisation d'une contamination, en présence de bactéries de la flore commensale.
< 6h, TA > 18h Cult nég
=> 2j NON
Urines (U) Uniquement pour la recherche d'une infection materno-foetale par le CMV ou la rubéole.
Vésicules (LEC) Uniquement pour la recherche d'une infection materno-foetale par le VZV et/ou HSV.
Examen bactériologi-
que d’une lésion ou
suppuration cutanée
Biopsie (osseuse,
tissulaire, …) (BIOP)
PIEC Flacon stérile
Cytologie / examen direct /
Culture
Voir protocole de prélèvement. < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
bactériologie classique =
aucun rajout. Pour les analyses
spécifiques, voir les
conditions propres à chaque
demande
cult nég => 3j /
E7j
culture 24h/24
cytologie et gram
7j/7
NON
Cheveux (CHE) RLEVU Flacon stérile Voir Dermatophytes et protocole de prélèvement particulier < 24h, TA > 48h cult nég => 30j
NON
Escarre (ESC) PUS / PUSS
Flacon stérile ou écouvillon sur milieu
de transport
NE PAS PRELEVER EN SYSTEMATIQUE. Uniquement lorsque la perte de substance atteint ou dépasse le fascia (stades III et IV). Voir protocole de prélèvement.
< 2h, TA ou < 6h si EMT
> 12h * sauf dérogation
biologiste ou > 18h si
EMT
cult nég => 3j /
E7j sauf EMT
NON
Morsure (SUP) PUS Flacon stérile ou
écouvillon sur milieu de transport
Contexte à préciser impérativement. Voir protocole de prélèvement. < 2h, TA ou < 6h
si EMT
> 12h * sauf dérogation biologiste
cult nég => 3j /
E7j NON
Ongle (ONG) RLEVU Flacon stérile Prescrire en plus la recherche de Dermatophytes. Voir le protocole de prélèvement
particulier. < 24h, TA > 48h
cult nég => 30j
NON
Peau (PE) PUSS 2 écouvillons sur
milieu de transport
Préciser la localisation et le type d'infection : anthrax (ANTH), brûlure (BRU), bulle (BULLE),
impétigo, ecthyma, folliculite, furoncle, vésicule (VES), …
Voir impérativement le protocole de prélèvement.
< 2h, TA ou < 6h si EMT
> 18h cult nég
=> 3j NON
Périonyxis RLEVU Ecouvillon sur milieu
de transport Prescrire en plus la recherche de levures. Voir le protocole de prélèvement particulier. < 6h, TA > 18h
cult nég => 5j
NON
Pied diabétique (MAP/PID)
PUS Ecouvillon sur milieu
de transport ou flacon stérile
Contexte à préciser impérativement. Uniquement en cas d'infection établie cliniquement. Ne
pas prélever les plaies sans signes cliniques d'infection (locaux ou généraux).
Voir protocole de prélèvement.
< 2h, TA ou < 6h si EMT
> 12h * sauf dérogation biologiste
cult nég => 3j /
E7j NON
Plaie opératoire (PLA) / Cicatrice
(VCI) PUSS
Ecouvillon sur milieu de transport
< 6h, TA > 18h cult nég
=> 3j NON
Squames (peau, cuir chevelu)
(PE) RLEVU
Flacon stérile +/- écouvillon sur milieu
de transport
Prescrire en plus la recherche de Dermatophytes. Voir le protocole de prélèvement particulier
< 24h, TA > 48h cult nég => 30j
NON
Ulcère (ULC) PUS / PUSS
Flacon stérile ou écouvillon sur milieu
de transport
.Préciser la localisation et le type d'infection. Voir impérativement le protocole de
prélèvement.
< 2h, TA ou < 6h si EMT
> 12h ou > 18h si EMT
cult nég => 3j /
E7j sauf EMT
NON
7
Examens groupés
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Examen bactériologi-
que d’un prélèvement
per-opératoire
Joindre les fiches de
renseigne-ments
correspondan-tes :
VASCULAIRE
PIED DIABETIQUE
VISCERAL
THORACIQUE
Abcès de paroi post-op (AMO)
PUS / PIEC
Ecouvillon sur milieu de transport ou
flacon stérile
Examen direct / Ensemencement
Préciser la localisation.
< 2h, TA ou < 6h si EMT
> 12h ou > 18h si EMT
bactériologie classique =
aucun rajout. Pour les analyses
spécifiques, voir les
conditions propres à chaque
demande
cult nég => 3j /
E7j
Culture 24h/24
examen direct 7j/7
NON
Abcès des parties molles
(AME) PUS / PIEC Préciser la localisation.
Adénopathie / ganglion (VGG)
PIEC Préciser la localisation.
Les recherches spécifiques sont à prescrire en plus : BK, Bartonella, …
Anastomose (VAD/VAP)
PUS / PIEC
Anévrisme (ANEV)
PUS / PIEC Préciser la localisation.
Bile (BIL) PUS
Biopsie (BIOP) PIEC Préciser la localisation.
Collection d’organe (PRO)
PUS Préciser la localisation.
Corps étranger (COETR)
PIEC
Fistule PUS Préciser la localisation.
Hématome (HET) PUS Préciser la localisation.
Lymphocèle (LYP)
PUS Préciser la localisation.
Panaris (PAN) PUS
Prélèvement péritonéal (PER)
PUS
Prélèvement per-opératoire (PRO)
PUS / PIEC Préciser la localisation.
Prothèse vasculaire
PIEC Préciser la localisation.
Thrombus PUS Préciser la localisation.
Examen bactériologi-
que d’un liquide de ponction
Fiche de prescription CHIRURGIE
THORACIQUE
Ascite (PAS) (FASC) +
PONC
Flacon stérile ou seringue bouchée
(sans aiguille)
Cytologie / Formule /
Examen direct / Ensemencement
Infection avérée si polynucléaires neutrophiles > 200/mm3 < 2h, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste
bactériologie classique =
aucun rajout. Pour les analyses
spécifiques, voir les
conditions propres à chaque
demande
cult nég => 3j /
E7j
culture 24h/24
cytologie et gram
7j/7 formule
5j/7
NON
Liquide de drain de Redon (LR)
PUS Flacon stérile Uniquement dans le suivi post-opératoire de la chirurgie septique. Ne doit pas être utilisé pour le
diagnostic d'une infection. < 2h, TA
cult nég => 3j
NON
Liquide de drain de séreuse (LQ)
PUS Flacon stérile Utilité possible dans le contrôle de l'efficacité d'un traitement antibiotique. Uniquement en cas de
système de drainage aspiratif. < 2h, TA
cult nég => 3j
NON
Liquide de ponction (LIQP)
PONC Flacon stérile
< 2h, TA
cult nég => 3j /
E7j
Liquide de ponction sous échographie
(PECO)
PUS Flacon stérile
< 2h, TA NON
Péricardique (LPER)
PUS Flacon stérile ou
seringue bouchée (sans aiguille)
< 2h, TA NON
Pleural (PP) CYTLQ +
PONC
Flacon stérile ou seringue bouchée
(sans aiguille) 20 à 40% des pneumonies sont associées à un épanchement pleural. < 2h, TA NON
Péritonéal (PER) PUS Flacon stérile ou
seringue bouchée (sans aiguille)
< 2h, TA NON
8
Examens groupés
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Examen bactériologi-
que d’un prélèvement
ostéo-articulaire
Joindre la fiche de
renseigne-ments
ORTHO-TRAUMATO
Les aiguilles ne sont pas acceptées.
Biopsie (BIOP) PIEC Flacon stérile
Examen direct / Ensemencement / +/- cytologie si
pus
Préciser la localisation. < 2h, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste
bactériologie classique =
aucun rajout. Pour les analyses
spécifiques, voir les
conditions propres à chaque
demande
cult nég => 3j /
E7j
culture 24h/24
cytologie et gram
7j/7 formule
5j/7
NON
Bursite (BUR) PUS Flacon stérile Préciser la localisation. < 2h, TA NON
Fixateur externe (OS)
PIEC Flacon stérile ou
seringue bouchée (sans aiguille)
En cas d'infection sur fiche de fixateur externe, réaliser un curetage lors de l'ablation de la fiche. En présence de pus, aspirer celui-ci à la seringue. Eviter+++ les écouvillonnages.
< 2h, TA NON
Lavage de disque (LLDISQ)
PUS Flacon stérile Préciser la localisation. < 2h, TA NON
Liquide articulaire (ART)
CYTLA + PONC + RMLP
Flacon stérile + 1 tube hépariné
(bouchon vert) +/- flacons hémocultures
Cytologie / Formule /
Examen direct / Recherche de
cristaux / Ensemencement
Les flacons d'hémocultures permettent d'améliorer la recherche de certaines bactéries fragiles et/ou à croissance lente. Chez l'enfant, cela permet d'améliorer l'isolement notamment de
Kingella kingae. La recherche de cette bactérie est également possible par PCR chez l’enfant de
moins de 2 ans.
< 2h, TA NON
Matériel d'ostéo-synthèse (MPER)
MATCHI Flacon stérile
Examen direct (sauf MAT)/
Ensemencement / +/- cytologie si
pus
Vis, ciment, tige, clou, … < 2h, TA NON
Os (OS) PIEC Flacon stérile Préciser la localisation. < 2h, TA NON
Prélèvements per-opératoires orthopédiques
(PRO)
PUS / PIEC
Flacon stérile ou seringue bouchée (sans aiguille) ou
écouvillon sur milieu de transport
Idéalement 5 prélèvements, en des sites anatomiques différents et si possibles pathologiques macroscopiquement. Eviter si possible les écouvillonnages et privilégier les biopsies
tissulaires. < 2h, TA NON
Examen bactériologi-
que d’un matériel
Ecouvillon sur KT ou PAC (KTREA)
MAT / MATCHI
Ecouvillon sur milieu de transport
Culture
Il n'est pas recommandé d'effectuer des écouvillonnages du point d'insertion des cathéters. Il est préférable de réaliser des "hémocultures appariées" (voir protocole de prélèvement des
hémocultures). < 6h, TA > 18h
bactériologie classique =
aucun rajout. Pour les analyses
spécifiques, voir les
conditions propres à chaque
demande
cult nég => 3j
Culture 24h/24
NON
Cathéter (KT*/PICL)
Flacon stérile
Prélever les 5 derniers centimètres de la partie distale du cathéter.
Préciser la localisation (artériel, central, dialyse, fémoral, jugulaire, sous-clavière, picc line).
Il est impératif d'effectuer un prélèvement "hémocultures appariées" (voir protocole de
prélèvement des hémocultures) avant l'ablation du cathéter.
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
cult nég => 2j
NON
Chambre implantable (Port-à-cath)
(VPK)
Flacon stérile
Il est impératif d'effectuer un prélèvement "hémocultures appariées" (voir protocole de prélèvement des hémocultures) avant l'ablation du cathéter.
Réaliser un écouvillonnage externe de la chambre, un écouvillonnage de la loge et envoyer le
cathéter.
cult nég => 2j
NON
Pace-maker (PACE)
Flacon stérile cult nég => 3j /
E7j NON
Pression intra-crânienne (PIC)
Flacon stérile cult nég
=> 5j NON
Sonde trachéale (STR)
Flacon stérile Prélèvement non recommandé : réservé aux patients du Nid Béarnais cult nég
=> 2j NON
Redon (TRE) Flacon stérile Il n'est pas recommandé d'étudier les prélèvements issus de systèmes de drainage ouverts (colonisation++). A l'inverse, les systèmes de drainage aspiratifs fermés sont un bon reflet
du contenu de la collection.
Les écouvillonnages et les tubulures de drainage ne sont pas acceptés.
cult nég => 2j
NON
Lame (TLA) Flacon stérile cult nég
=> 2j NON
Drain (TDR) Flacon stérile cult nég
=> 2j NON
Stérilet (STE) Flacon stérile cult nég
=> 3j NON
Lentilles ophtalmiques
(MOP)
Boitier de conservation des
lentilles Séparer les lentilles gauche et droite
cult nég => 3j
NON
Matériel per-opératoire
(MPER): vis, agrafe, clou,
stent, …
Flacon stérile Préciser la nature et la localisation cult nég => 3j /
E7j NON
9
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Examen bactériologi-
que des hémocultures
Hémocultures périphériques
(HEM) HEM
1 flacon aérobie + 1 flacon anaérobie ou 1 flacon pédiatrique
Culture
voir protocole de prélèvement
des hémocultures
A pratiquer devant toute fièvre d’origine indéterminée, surtout si elle est accompagnée de signes cliniques évocateurs d’infection.
Prélever avant ou à distance de l’administration d’antibiotique ou d’antifongique.
Le plus rapidement possible, TA
Aucune Aucun rajout
possible
Cult nég => 7j
24h/24 gram
Hémocultures sur DIV (HEK)
HEK 1 flacon aérobie + 1 flacon anaérobie ou 1 flacon pédiatrique
Les prélèvements sur dispositif intra-vasculaire (DIV) sont déconseillés car ils augmentent
significativement la fréquence des contaminants et ne permettent pas d’établir un diagnostic de bactériémie ou de fongémie (distinction impossible entre infection et colonisation du dispositif).
A réaliser uniquement dans le cadre d’une suspicion d’infection sur DIV en parallèle
d’hémocultures périphériques. Le calcul du différentiel de positivité ne pourra être calculé que
si le protocole de prélèvement a été suivi correctement.
Hémocultures endocardite
HEMEND 1 flacon aérobie + 1 flacon anaérobie ou 1 flacon pédiatrique
3 hémocultures (1 flacon aéro + 1 flacon anaéro) par 24h, espacées d’une heure minimum Cult nég => 21j
Hémocultures sur sang
transfusé (HST) HST
1 flacon aérobie + 1 flacon anaérobie
Cult nég => 7/12j
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Actinomyces
Prélèvements respiratoires
RACT
Flacon stérile
ensemencement
L'isolement d'Actinomycètes à partir de ce type de prélèvements représente généralement une contamination oro-pharyngée => le meilleur prélèvement est la biopsie pulmonaires percutanée.
< 2h, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste si
LBA ≤ 24h, +4°C Cult nég => 21j
Culture 24h/24
NON
Stérilet Flacon stérile Recherche systématiquement réalisée. < 2h, TA > 12h * sauf
dérogation biologiste
Anaérobies
Prélèvements respiratoires
BSEAN Flacon stérile ensemencement Bactéries responsables de pneumopathies d'inhalation, de pneumonies nécrosantes, d'abcès du
poumon, ... < 2h, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste
aucun rajout cult nég => 48h
culture 24h/24
NON
Autres types de prélèvements
La recherche est effectuée systématiquement.
Bartonella
Biopsie cutanée, d'adénopathie ou hépatique
BTBARB
Flacon stérile
PCR
Les infections à Bartonella spp. sont généralement bénignes chez le sujet immunocompétent. Les complications sont cependant fréquentes et peuvent être graves chez les immunodéprimés.
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j, +4°C ≤ 8j
ouvrés envoi NA
Prélèvement tissulaire
Flacon stérile
Les endocardites sont à rechercher chez les patients porteurs de valvulopathie: la bactérie peut être recherchée au niveau des valves natives, prothèses valvulaires et/ou vasculaires.
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j, +4°C ≤ 8j
ouvrés envoi NA
Prescrire des flacons d'hémoculture en parallèle (hémoculture suspicion endocardite)
Sang BTBARS 1 tube EDTA
(bouchon violet)
peu d'intérêt => privilégier la sérologie et surtout les recherches sur biopsies et valves cardiaques
< 6h, TA > 12h ≤ 7j, +4°C ≤ 8j
ouvrés envoi NA
10
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
BK (Mycobactéries)
Aspiration trachéale
BTBKE (+/- PCRBK)
Flacon stérile
culture +/- examen direct (Ziehl) +/- PCR
Chez les malades intubés < 2h, TA > 12h
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C
ED labo = J0 // PCR ≤
3j // culture nég =>
60j
ED labo 7j/7
PCR 5j/7
culture = envoi
NON
Biopsies (ganglions,
pulmonaires, …) Flacon stérile Une quantité suffisante de tissus doit être prélevée. Ne pas déposer dans des compresses. < 2h, TA
> 12h * sauf dérogation du
biologiste
Crachats induits Flacon stérile Crachats émis après inhalation d'aérosols d'eau physiologique stérile. Uniquement si Ziehls
négatifs chez un patient très fortement suspect. < 2h, TA > 12h
Cutané Flacon stérile Abcès ou biopsie cutanée à la périphérie des lésions. Prélever après désinfection de la peau.
Les écouvillons ne sont pas acceptés. < 2h, TA > 12h
Expectoration Flacon stérile (≥ 3
ml)
A prélever le matin, à jeun si possible, 2 ou 3 jours de suite (pas d'augmentation du taux de
positivité au-delà de 3 prélèvements). Dans les cas évolués, avec toux très productive, il est possible de réaliser les 2 ou 3 recueils le même jour.
< 2h, TA > 12h
Fibro-aspiration Flacon stérile Uniquement si Ziehls négatifs chez un patient très fortement suspect. Les crachats post-
fibroscopie sont intéressants. < 2h, TA > 12h
Humeur aqueuse, liquide
vitré microtube stérile En raison des très faibles volumes, seule la culture est réalisée. < 2h, TA
> 12h * sauf dérogation du
biologiste
LBA Flacon stérile Prélèvement à éviter car la dilution est importante (perte de sensibilité) < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du
biologiste
LCR
≥ 1 ml de LCR (culture)
≥ 500 µl de LCR (PCR)
En cas de faible volume, la culture sera systématiquement priorisée (PCR annulée) car c'est l'examen de référence et le plus sensible. La sensibilité des techniques est dépendante du
volume disponible. Examen direct pouvant être réalisé sur place après accord du biologiste
(justification clinique+++)
Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
Liquides de ponction
(pleural, ascite, articulaire)
Flacon stérile ou tube hépariné
Prélèvements souvent pauci-cellualires => la sensibilité de la recherche est très fortement dépendante du volume de prélèvement.
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation du
biologiste
Os Flacon stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du
biologiste
Tubage gastrique
Flacon stérile (≥ 5 ml)
Recueil des sécrétions bronchiques dégluties pendant le sommeil: chez un sujet à jeun, alité depuis la veille, le plus tôt possible après le réveil. A effectuer 2 à 3 jours de suite.
< 2h, TA > 12h
Urines
Flacon stérile. Envoyer la totalité des urines du matin, sur 3 jours consécutifs (restriction hydrique la
veille au soir). < 2h, TA > 4h
Flacon stérile ≤ 5j à +4°C Voir protocole de
recueil des urines
A rechercher si leucocyturie aseptique et/ou patient immunodéprimé.
BMR (Bactéries
multi-résistantes)
Urines (U) CBUBMR
1 tube boraté à bouchon kaki ou 1
flacon stérile (bouchon rouge)
ensemencement
Recherche ciblée à visée épidémiologique de bactéries multi-résistantes (SARM, BLSE,
HCASE, Pyo multi-résistant, …). Les identifications et antibiogrammes ne sont pas rendus.
< 12h, TA si tube boraté
< 2h si flacon
stérile
> 24h si tube boraté
> 2h si flacon stérile
tube boraté < 48h
≤ 3j
7j/7 NON
3 sites: nez, aisselles, rectal
(ECO) ECOSYS
3 écouvillons sur milieu de transport
< 6h, TA > 18h aucun rajout ≤ 3j
Expectoration (EXP)
CBCBMR Flacon stérile < 2h, TA > 12h ≤ 3j, +4°C ≤ 3j
Recherche de portage de
SARM (PNZ) EPISAR
Ecouvillon sur milieu de transport
Réanimation néonatale, avant chirurgie orthopédique < 6h, TA > 18h aucun rajout ≤ 48h
Recherche de BLSE (SER)
EPIBLS Ecouvillon sur milieu
de transport Entérobactéries porteuses de béta-lactamase à spectre étendu < 6h, TA > 18h aucun rajout ≤ 3j
Recherche d'EPC (SER)
EPIEPC Ecouvillon sur milieu
de transport Entérobactéries résistantes aux carbapénémases < 6h, TA > 18h aucun rajout ≤ 3j
Recherche d'ERV (SER)
EPIERV Ecouvillon sur milieu
de transport Entérocoques résistants aux glycopeptides < 6h, TA > 18h aucun rajout ≤ 3j
11
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Chlamydia pneumoniae
Prélèvement pharyngé
BTDIV
Gorge sur écouvillon sur milieu de
transport (M4RT)
PCR
Pneumopathies communautaires. La mise en évidence de la bactérie ne permet pas de poser un diagnostic de certitude (existence de portages sains).
Le diagnostic sérologique a peu d'intérêt: manque++ de spécificité et cinétique lente des
anticorps.
< 6h, TA > 18h
≤ 7j à +4°C ≤ 10j envoi NA
Prélèvements respiratoires
Aspiration trachéale sur flacon stérile
< 2h, TA > 12h
LBA sur flacon stérile < 2h, TA > 12h
Chlamydia psittaci
Prélèvement pharyngé
BTDIV
Ecouvillon sur milieu de transport (M4RT)
PCR
Pneumopathie plutôt de caractère isolé en lien avec des oiseaux d'agrément ou d'élevage. < 6h, TA > 18h
≤ 7j à +4°C ≤ 10j envoi NA
Prélèvements respiratoires
Aspiration trachéale sur flacon stérile
La mise en évidence de la bactérie permet de poser un diagnostic de certitude. Prescrire impérativement une sérologie en parallèle.
< 2h, TA > 12h
LBA sur flacon stérile fiche de renseignements à joindre au prélèvement < 2h, TA > 12h
Chlamydia trachomatis
Adénopathie
PCRCT
Flacon stérile
PCR
Dans le cas d'une LGV, en fonction de la symptomatologie, ponctionner le ganglion satellite. Prescrire une sérologie en plus.
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C
≤ 7j ouvrés
1-2x/sem NON
Ano-rectal ou anal
Ecouvillon sur milieu de transport
spécifique (M4RT) En fonction du comportement sexuel, génital + rectal et/ou pharyngé < 6h, TA > 18h
Conjonctive Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Conjonctivites à inclusions chez l'adulte et le nouveau-né (sérotypes D à K): gratter la conjonctive inférieure à l'aide de l'écouvillon fin.
< 6h, TA > 18h Trachomes (sérotypes A à C): retourner la paupière supérieure et gratter la conjonctive à l'aide
de l'écouvillon fin
Si suspicion de syndrome de Fiessinger Leroy Reiter: prélèvement génital + conjonctival + articulaire
Endocol Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Après mise en place du speculum et élimination de la glaire cervicale. < 6h, TA > 18h
Génitaux féminins :
biopsie d'endomètre, prélèvements
tubaires, liquide du cul de sac de
Douglas, …
Flacon stérile Exploration d'une infection génitale haute => +/- prélèvement de l'endocol. Prescrire une
sérologie en plus. < 2h, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste
Liquide articulaire
Flacon stérile Si suspicion de syndrome de Fiessinger Leroy Reiter: prélèvement génital + conjonctival +
articulaire < 2h, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste
Pharynx Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Chez le nouveau-né et chez l'adulte en fonction du comportement sexuel. Dans la pneumopathie du nouveau-né, prescrire une sérologie en plus.
< 6h, TA > 18h
Ulcération génitales et/ou
ano-rectales
Ecouvillon sur milieu de transport
spécifique (M4RT)
Dans le cas d'une LGV, en fonction de la symptomatologie, prélever les ulcérations. Prescrire une sérologie en plus.
< 6h, TA > 18h
Urétral Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Préférer un 1er jet urinaire. < 6h, TA > 18h
Urines Flacon stérile
(bouchon rouge)
Impérativement le 1er jet urinaire (germe intracellulaire) avant toute toilette du méat urinaire, le matin ou après une continence ≥ 2h. Ne pas envoyer d'urines de milieu de jet =>
risque+++ de faux négatifs <4h, TA > 12h sur flacon
stérile: ≤ 5j, +4°C
Eviter les 1ers jets urinaires chez la femme (charge bactérienne moins importante) => préférer un auto-prélèvement vulvo-vaginal.
Vaginal Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Chez une femme asymptomatique, possibilité d'auto-prélèvement vulvo-vaginal. < 6h, TA > 18h ≤ 7j à +4°C
12
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Clostridium difficile
Selles CLOSD Selles sur flacon
stérile
Recherche des toxines par IC +/-
PCR
La recherche s'effectue uniquement sur des selles diarrhéiques. Pas de contrôle post/en cours
de traitement. < 2h, TA > 6h 72h, +4°C
J0 ou J+1
7J/7 NON
Coqueluche (Bordetella pertussis)
Aspiration naso-pharyngée
BTCOQP
Flacon stérile
PCR
Recherche à demander si toux avec chant du coq < 14j ou si toux persistante > 14j et < 21j. < 2h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C
≤ 7j envoi NON Ecouvillonnage naso-pharyngé
Ecouvillon sur milieu de transport
Tanswab ou M4RT
La sensibilité de la PCR est élevée pendant les 2-3 premières semaines de toux. Au-delà de 3 semaines, limiter le diagnostic aux cas secondaires.
< 6h, TA > 18h ≤ 7j à +4°C
NE PAS DEMANDER DE SEROLOGIE (difficultés d'interprétation, tests commerciaux non
validés, augmentation de la couverture vaccinale)
Gonocoque (N.
Gonorrhoeae).
Prévenir le laboratoire du contexte d'IST
Ano-rectal
+/- BTGON
Ecouvillon sur milieu de transport
Préférer un
écouvillon sur milieu de transport
Eswab
La culture est à privilégier car elle
permet la réalisation d'un antibiogramme
Ecouvillonnage de la muqueuse ano-rectale sous anuscopie. Localisation généralement asymptomatique.
< 6h, TA > 18h
Aucun rajout
Cult nég => 3j
PCR ≤
7j
Culture 7j/7
PCR = envoi
NON
Conjonctive Recueil des sécrétions purulentes par écouvillonnage de la muqueuse conjonctivale. < 6h, TA > 18h
Exo-endocol Après mise en place du speculum et élimination de la glaire cervicale. < 6h, TA > 18h
Hémoculture Flacons
d'hémoculture Pour le diagnostic des formes disséminées.
Le plus rapidement
possible, TA Aucune
Liquide articulaire
Flacon stérile Mono ou polyarthrites, ténosynovites. < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
Liquide péritonéal
Flacon stérile Chez la femme symptomatique < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
Pharynx Ecouvillon sur milieu
de transport
Préférer un écouvillon sur
milieu de transport Eswab
En fonction du comportement sexuel. Localisation généralement asymptomatique. < 6h, TA > 18h
Urétral
Chez l'homme, si présence, écouvillonner l'écoulement urétral, sinon préférer un 1er jet urinaire.
< 6h, TA > 18h
Chez la femme, écouvillonnage uniquement en cas de symptomatologie génito-urinaire.
Urines Flacon stérile
(bouchon rouge)
Impérativement le 1er jet urinaire (germe intracellulaire) avant toute toilette du méat urinaire, le matin ou après une continence ≥ 2h.
Ne pas envoyer d'urines de milieu de jet => risque+++ de faux négatifs <4h, TA > 12h
sur flacon stérile: ≤ 5j,
+4°C Eviter les 1ers jets urinaires chez la femme (charge bactérienne moins importante) => préférer un
auto-prélèvement vulvo-vaginal.
Vaginal Ecouvillon sur milieu
de transport Chez une femme asymptomatique, possibilité d'auto-prélèvement vulvo-vaginal.
Préférer un écouvillon sur milieu de transport Eswab < 6h, TA > 18h
Helicobacter pylori
Biopsie gastrique
BTHELG
Biospies gastriques sur milieu de
transport spécifique (Portagerm)
culture +/- PCR Prévenir le laboratoire au moins 2 jours avant. Biopsies au niveau de l'antre et au niveau du
tiers supérieur du fundus. Immédiat, TA Aucune aucun rajout
cult nég => 10j
envoi NA
Kingella kingae
Liquide articulaire
Flacon stérile PCR Chez les enfants de moins de 2 ans < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C envoi NA
Légionelle (L. pneumophila)
Prélèvements respiratoires
IFLEG Flacon stérile
(bouchon rouge) culture
Expectorations, LBA, aspirations trachéales, voire liquide pleural, …
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
24h, +4°C cult nég => 10j
culture 24h/24
NON Effectuer les prélèvements, si possible, avant tout traitement antibiotique.
Permet de détecter les L. pneumophila des autres sérogroupes.
Urines LEGU
Tube à bouchon jaune (chimie) ou
flacon stérile (bouchon rouge)
Ag solubles
Détection uniquement de Legionella pneumophila sérogroupe 1.
Apparition précoce (2-3j après apparition des signes cliniques), excrétion pendant quelques jours
à 2 mois, sans influence de l'antibiothérapie
< 4h, TA > 12h sur flacon stérile: 5j,
+4°C
J0 ou J+1
24h/24 OUI
13
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Leptospire
LCR BTLEPL 500 µl de LCR PCR
Uniquement du 5ème au 15ème jour après le début de la fièvre et avant toute antibiothérapie. A rechercher chez les professionnels exposés (égoutiers, éleveurs, …) ou en
cas de contact avec de l'eau douce potentiellement contaminée.
Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C
≤ 7 j ouvrés
envoi NA
Sang BTLEPS 1 tube EDTA
(bouchon violet) PCR Uniquement dans les 10ers jours de la maladie et avant toute antibiothérapie. < 6h, TA > 12h aucun rajout
≤ 7 j ouvrés
envoi NA
Urines BTLEPU Flacon stérile
(bouchon rouge) PCR Recueillir les urines entre le 7ème et le 25ème jour et avant toute antibiothérapie. < 4h, TA > 12h
sur flacon stérile: 5j,
+4°C
≤ 7 j ouvrés
envoi NA
Listeria monocytogenes
La recherche est effectuée systématiquement sur les prélèvements de type LCR, prélèvements du nouveau-né, liquide amniotique, placenta, ….
En cas de suspicion de listériose, prélever impérativement des hémocultures, notamment chez la femme enceinte. NE PAS EFFECTUER DE SEROLOGIE.
Lyme (Borrélia)
LCR SLYMPL 150 µl de LCR
sérologie +/- index de synthèse
intrathécale
Prélever impérativement un tube sec en parallèle pour la recherche d'anticorps dans le sang.
La recherche d'une synthèse intrathécale est à préférer à la PCR (sensibilité très médiocre <
20%) car les anticorps sont détectables une semaine après l'apparition des symptômes
Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C
≤ 7j ouvrés
1x/sem NON
Liquide articulaire
BTDIV 1 ml de liquide PCR Sensibilité moyenne ~ 60%. Uniquement en cas de tableau clinique atypique. < 2h, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C
≤ 7j ouvrés
envoi NA
Méningocoque (N.
meningitidis)
Fiche d’envoi spécifique
Biopsie cutanée BTMEN Flacon stérile PCR Prélever toute lésion purpurique cutanée en cas d'antibiothérapie instaurée avant la PL. < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 7j
ouvrés envoi NA
LCR BTMEN 250 µl de LCR PCR
Uniquement si l'antibiothérapie a été instaurée avant la PL, sinon la culture est suffisamment sensible et permet la réalisation d'un antibiogramme.
Joindre impérativement un tube sec +/- une biopsie cutanée en cas de purpura.
Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C
≤ 7j ouvrés
envoi NA
Hémocultures HEM Flacons
d'hémoculture culture A réaliser impérativement devant toute suspicion d'infection invasive à méningocoque.
Le plus rapidement possible, TA
Aucune Aucun Cult nég
=> 7j 24h/24 gram
Sang BTMEN 1 tube EDTA
(bouchon violet) PCR A joindre au LCR en cas d'antibiothérapie instaurée avant la PL. < 6h, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 7j
ouvrés envoi NA
Mycoplasma pneumoniae
Aspiration naso-pharyngée
BTMPP
Flacon stérile
PCR
A privilégier chez le jeune enfant.
Les sécrétions trachéales et les expectorations ne sont pas recommandées (contamination++ par
les bactéries commensales et présence potentielle d'inhibiteurs de PCR)
< 4h, TA > 12h
≤ 7j à +4°C ≤ 7j
ouvrés envoi NA
Pharynx Ecouvillon sur milieu de transport (M4RT)
La présence de M. pneumoniae est pathologique. < 6h, TA > 18h
LBA Flacon stérile Positivation dès la 1ère semaine de l'infection. < 4h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
Mycoplasma genitallium
Endocol / Endomètre
MYCP
Ecouvillon sur milieu de transport
spécifique (M4RT)
PCR
Mg est responsable de salpingites, d'endométrites et de cervicites. < 6h, TA > 18h
≤ 5j à +4°C ≤ 7j
ouvrés envoi NA
Urétral Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Mg est fréquemment responsable d'urétrites aigues et chroniques < 6h, TA > 18h
Urines flacon stérile
(bouchon rouge)
Impérativement le 1er jet urinaire (germe intracellulaire) avant toute toilette du méat urinaire, le matin ou après une continence ≥ 2h.
< 6h, TA > 12h
Vaginal Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Mg est responsable de cervicites => privilégier un prélèvement cervicovaginal. < 6h, TA > 18h
14
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Mycoplasmes urogénitaux (M. hominis,
U. urealyticum)
Endocol / Endomètre
MYCP
Ecouvillon sur milieu de transport spécifique
culture
Mh est potentiellement responsable de salpingites et d'endométrites. Mh et Uu n'entrainent
jamais de cervicite.
< 2h, TA > 5h NA ≤ 5 j
ouvrés envoi NA
Liquide gastrique
Flacon stérile
Leur présence en quantité importante n'a de signification qu'en présence d'un tableau clinique évocateur.
Naso-pharynx
Aspiration en flacon stérile
Ecouvillon sur milieu de transport spécifique
Urétral Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique
Recherche d'Ureaplasma spp. (M. hominis n'a pas de pouvoir pathogène chez l’homme)
Urines flacon stérile
(bouchon rouge)
Impérativement le 1er jet urinaire (germe intracellulaire) avant toute toilette du méat urinaire, le matin ou après une continence ≥ 2h.
Vaginal Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique
Type de prélèvement non recommandé.
Uu n'a pas de pouvoir pathogène chez la femme. Présence possible en grande quantité de Mh dans les vaginoses bactériennes.
En présence de grande quantité d'Uu et de Mh dans la flore vaginale => rechercher une infection
des voies génitales hautes (prélèvement endocervical strict ou endométrial).
Nocardia Prélèvements respiratoires
NOCCBC Flacon stérile culture < 2h, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste si
LBA
≤ 48h à +4°C cult nég => 21j
24h/24 NON
Pneumocoque (S.
pneumoniae)
LCR PNEU 150 µl de LCR Immuno-
chromatographie La recherche d'antigène soluble a une meilleure sensibilité que l'examen direct Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C J0 24h/24 NON
Urines PNEU
tube à bouchon jaune (chimie) ou
flacon stérile (bouchon rouge)
Ag solubles
Recherche recommandée uniquement pour les pneumonies sévères de l'adulte (meilleure VPP) et dans les pleurésies purulentes.
Possibles faux positifs si BPCO ou portage sain (notamment chez l'enfant).
< 4h, TA > 12h sur flacon stérile: 5j,
+4°C
J0 ou J+1
24h/24 OUI
Syphilis (Treponema
pallidum) LCR SYPH1L 200 µl de LCR
sérologie +/- index de synthèse
intrathécale
Prélever impérativement un tube sec en parallèle pour la recherche d'anticorps dans le sang.
Cette recherche n'a d'intérêt qu'en cas de sérologie sanguine positive.
Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C ≤ 3j 5j/7 NON
Whipple (Tropheryma
whipplei)
Biopsie duodénale
BTWHI
Flacon stérile
PCR
Permet de poser le diagnostic de maladie de Whipple classique si atteinte histologique digestive associée.
Immédiat, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 8j envoi NA
Humeur aqueuse Microtube stérile Même si les manifestations cliniques sont exclusivement articulaires ou oculaires, seule l'absence
d'atteinte histologique digestive permet de conclure à une infection localisée.
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 8j envoi NA
Liquide articulaire
Flacon stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 8j envoi NA
Sang Flacon stérile
La positivité de la recherche de T. whipplei dans les selles et/ou biopsie duodénale ne permet pas le diagnostic d'une maladie de Whipple => une atteinte histologique digestive doit y
être associée < 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C ≤ 8j envoi NA
Salive Flacon stérile Prélèvements permettant un 1er screening en cas de suspicion de maladie de Whipple classique.
La positivité de la recherche de T. whipplei dans la salive, les selles et/ou biopsie duodénale ne permet pas le diagnostic d'une maladie de Whipple => une atteinte histologique
digestive doit y être associée
< 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C ≤ 8j envoi NA
Selles Flacon stérile < 2h, TA > 4h ≤ 5j à +4°C ≤ 8j envoi NA
15
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Adénovirus
Aspiration nasale
BTADPC
Flacon stérile
PCR
Infections respiratoires basses et/ou hautes chez l'immunocompétent < 2h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA
Conjonctive Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Voir prélèvement/prescription ophtalmologie < 6h, TA > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA
Cornée Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Voir prélèvement/prescription ophtalmologie < 6h, TA > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA
LBA Flacon stérile Dans les pneumopathies du sujet immunodéprimé < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA
LCR 200 µl de LCR
Uniquement chez le sujet immunodéprimé: recherche d'une infection disséminée ou mise en
évidence d'une infection avec symptomatologie aspécifique (fièvre, pneumonie, hépatite, …).
A comparer impérativement à la charge virale sanguine (1 tube EDTA)
Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C ≤ 6j envoi NA
Sang 1 tube EDTA
(bouchon violet) Charge virale à associer systématiquement à la recherche dans le LCR. < 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA
Selles ROTA Selles sur flacon
stérile Immuno-
chromatographie
A rechercher chez tout enfant présentant une symptomatologie de gastro-entérite ou pouvant être porteur asymptomatique (diarrhée dans la famille) si hospitalisation.
A rechercher aussi chez les personnes âgées, notamment en hébergement de long séjour.
< 2h, TA > 4h 48h, +4°C J0 ou J+1
7j/7 NON
Arbovirus
Sang BTDIV Tube EDTA
(bouchon violet) PCR
Dengue, West Nile, Encéphalite à tique, Chikungunya, Zika ...
< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C ≤ 6j envoi NA
Uniquement dans les 7ers jours suivant le début de la maladie => sinon sérologie
Urines BTDIV Flacon stérile
(bouchon rouge) PCR Uniquement pour le virus Zika, dans les 10-15 jours suivants le début des signes cliniques < 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C ≤ 6j envoi NA
BK virus Urines BTDIV flacon stérile
(bouchon rouge) PCR
Intérêt dans le suivi précoce du patient transplanté rénal: toute détection positive doit entrainer
une surveillance sanguine. <4h, TA > 12h
sur flacon stérile: 5j,
+4°C
≤ 7 j ouvrés
envoi NA
CMV (Cytomégalovirus)
Biopsie colique
PCCMV
Biopsie sur flacon stérile
PCR
Pour les patients traités par immunosuppresseurs au long cours pour maladies inflammatoires chroniques intestinales. A associer à une charge virale sanguine (1 tube EDTA)
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 3j
ouvrés 2-3x/sem NON
Humeur aqueuse Microtube stérile Surtout chez l'immunodéprimé < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 3j
ouvrés 2-3x/sem NON
LBA Flacon stérile Chez les patients de réanimation et/ou immunodéprimés. < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 3j
ouvrés 2-3x/sem NON
LCR 2x200 µl de LCR A rechercher en cas d'atteinte neurologique chez l'immunodéprimé. A comparer
impérativement à la charge virale sanguine (1 tube EDTA). Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C
≤ 3j ouvrés
2-3x/sem NON
Liquide amniotique
Flacon stérile A partir de la 21ème SA et au moins 6 semaines après la primo-infection Immédiat, TA Aucune ≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA
Sang 1 tube EDTA
(bouchon violet) Chez la femme enceinte avec IgM positives. Chez l'immunodéprimé, en parallèle de la recherche
au niveau de l'organe atteint. En cas de surveillance d'un traitement par antiviral. < 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C
HSV + VZV + CMV ≤
3j ouvrés //
si + autres ≤
8 j ouvrés
2-3x/sem NON
Urines flacon stérile
(bouchon rouge)
Dans le cadre d'un diagnostic d'infection acquise in utero, recherche avant le 15ème jour de
vie. < 4h, TA > 12h
sur flacon stérile: 5j,
+4°C
≤ 3j ouvrés
1-2x/sem NON
16
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
EBV (Epstein Barr Virus)
Biopsie
BTEBV
Flacon stérile
PCR
Biopsie hépatique, naso-pharyngée.
A comparer impérativement à la charge virale sanguine (1 tube EDTA). < 2h, TA
> 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA
Humeur aqueuse Microtube stérile Surtout chez l'immunodéprimé < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA
LBA Flacon stérile Chez les patients de réanimation et/ou immunodéprimés. < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA
LCR 200 µl de LCR
A rechercher en cas d'atteinte neurologique chez l'immunodéprimé.
A comparer impérativement à la charge virale sanguine (1 tube EDTA). Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C ≤ 6j envoi NA
Sang 1 tube EDTA
(bouchon violet)
En suivi chez les greffés d'organes à risque (receveur-/donneur+) pour la recherche de
syndrome lympho-prolifératif post-transplantation (SLPT).
< 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C ≤ 6j envoi NA En cas de suspicion de lymphome chez un patient VIH+ (+/- biopsie)
En cas de suspicion clinique chez un patient traité par immuno-modulateur
Pour le diagnostic d'une réactivation symptomatique chez un patient immunodéprimé, en association à la recherche dans l'organe suspecté (foie, LCR, moelle osseuse, …).
Entérovirus
Biopsie
BTENP
Flacon stérile
PCR
cutanée ou cardiaque (si myocardite) < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 3j à +4°C ≤ 8 j
ouvrés envoi NA
Conjonctive Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Souvent hémorragiques. < 6h, TA > 18h ≤ 3j à +4°C ≤ 8 j
ouvrés envoi NA
LCR PCREV 150 µl de LCR Généralement méningite lymphocytaire => possible formule avec neutrophiles majoritaires ou PL
avec pas ou peu d'éléments Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 72h à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C
J0 ou J+1
7J/7 NON
Lésion cutanée et/ou muqueuse
BTENP
Ecouvillon sur milieu de transport
spécifique (M4RT)
Au niveau des vésicules et/ou ulcérations, dans des cas atypiques (notamment chez l'immunodéprimé)
< 6h, TA > 18h ≤ 3j à +4°C ≤ 8 j
ouvrés envoi NA
Liquide péricardique
Flacon stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 3j à +4°C ≤ 8 j
ouvrés envoi NA
Sang 1 tube EDTA
(bouchon violet) Uniquement chez le nouveau-né, pour le diagnostic d'une infection néo ou péri-natale ou en cas
de suspicion de myocardite aiguë. < 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C
≤ 8 j ouvrés
envoi NA
Sécrétions respiratoires
Flacon stérile Uniquement chez le nouveau-né, pour le diagnostic d'une infection néo ou péri-natale. < 2h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C ≤ 8 j
ouvrés envoi NA
Urines Flacon stérile Uniquement chez le nouveau-né, pour le diagnostic d'une infection néo ou péri-natale.
En association au sang, conjonctive et sécrétions respiratoires.
< 2h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C ≤ 8 j
ouvrés envoi NA
Erythrovirus B19 (ex-
Parvovirus B19)
Liquide amniotique
BTDIV
Flacon stérile
PCR
Si mise en évidence d'anomalies échographiques fœtales évocatrices. < 2h, TA Aucune ≤ 7j à +4°C ≤ 8 j
ouvrés envoi NA
Moelle osseuse 1 tube EDTA
(bouchon violet) En dernière intention => plutôt le sang < 6h, TA Aucune ≤ 7j à +4°C
≤ 8 j ouvrés
envoi NA
Sang 1 tube EDTA
(bouchon violet) Dans les premiers jours d'une crise d'érythroblastopénie aigue ou au cours des infections
chroniques de l'immunodéprimé < 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C
≤ 8 j ouvrés
envoi NA
Grippe
(Influenza
virus)
Aspiration naso-pharyngée
PCRGP
Flacon stérile PCR
PCR pouvant
être couplée à la
PCR VRS
A réaliser idéalement dans les 48ères heures après le début des symptômes. < 2h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C J0 ou J+1
7j/7 NON
Prélèvement nasal
Ecouvillon sur milieu de transport UTM
Il est important que les prélèvements contiennent suffisamment de cellules de l’épithélium cilié : Ecouvillonner les deux narines à l’aide du même écouvillon. Insérer l’écouvillon le plus loin
possible, parallèlement au palais (tête inclinée en arrière), le laisser en place quelques secondes et le retirer lentement en lui imprimant un léger mouvement rotatif.
< 6h, TA > 18h ≤ 3j à +4°C J0 ou J+1
7j/7 NON
17
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Hépatite A Sang BTDIV 1 tube EDTA
(bouchon violet) PCR
Peu d'intérêt : contextes atypiques avec sérologie peu informative.
En cas de suspicion d'hépatite A aiguë => IgM HAV. < 6h, TA > 12h
≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -
80°C
≤ 8 j ouvrés
envoi NA
Hépatite B
Sang / Charge virale
BTADVB 1 tube EDTA
(bouchon violet) PCR
La charge virale quantitative a deux indications : - le suivi des traitements antiviraux
- la recherche d’une éventuelle réactivation virale dans les contextes d’immunodépression chez les patients ayant eu un contact antérieur avec le VHB (Ac
anti-HBc positifs).
< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -
80°C < 5j envoi NA
Sang / Titrage Ag HBs
BTHBAG 1 tube sec (bouchon
rouge) Titrage
Le titrage de l’Ag HBs est utile dans deux situations : le suivi du traitement par ribavirine et l’identification des porteurs inactifs (Charge virale et titre Ag HBs bas)
< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -
80°C < 5j envoi NA
Hépatite C
Sang / Charge virale
PCHCV 2 tubes EDTA
(bouchon violet) PCR
A réaliser en cas de sérologie positive pour différencier une infection active d’une cicatrice
sérologique.
En cas d’immunodépression majeure ou en cas de suspicion d’infection aigue (fenêtre sérologique longue), la recherche d’ARN viral VHC peut être demandée.
Permet d’évaluer la réponse aux traitements antiviraux et de détecter l’émergence de variants
viraux résistants aux traitements.
< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -
80°C
≤ 8 j ouvrés 1x/sem NON
Sang / Génotypage
BTVHC 2 tubes EDTA
(bouchon violet) Génotypage
La détermination du génotype (+/- sous-type) conditionne l’indication de certains schémas thérapeutiques.
< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -
80°C ≤ 10j envoi NA
Hépatite D Sang BTARHD 2 tubes EDTA
(bouchon violet) PCR
Uniquement chez les patients atteints d’une hépatite B chronique ou aiguë.
Pour connaitre le statut d’un patient vis-à-vis du VHD, préférer la sérologie.
En cas de sérologie positive, réaliser une charge virale (ARN) VHD pour différencier une infection
active à VHD ou une cicatrice sérologique.
< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -
80°C
≤ 8 j ouvrés
envoi NA
Hépatite E
Sang
BTARHE
1 tube EDTA (bouchon violet)
PCR
Intérêt uniquement chez le sujet immunodéprimé avec IgM négatives. < 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -
80°C
≤ 5j ouvrés
envoi NA
Selles Selles sur flacon
stérile
A effectuer dans le suivi d’une éradication après 3 mois de traitement par ribavirine ou pour le diagnostic d'une infection chronique chez un sujet immunodéprimé.
Pour un diagnostic d'hépatite aigue => sérologie (1 tube sec)
< 2h, TA > 4h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -
80°C
≤ 5j ouvrés
envoi NA
HHV6 (Human Herpes Virus
6)
LCR
BTHV6V
200 µl de LCR
PCR
Uniquement chez le sujet immunodéprimé (transplanté ou HIV). A comparer impérativement à la charge virale sanguine (1 tube EDTA)
Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / < 6 mois à -
80°C
≤ 8 j ouvrés
envoi NA
Sang 1 tube EDTA
(bouchon violet) Quantification en parallèle du LCR. < 6h, TA > 12h
≤ 7j à +4°C / < 6 mois à -
80°C
≤ 8 j ouvrés
envoi NA
HHV8 (Human Herpes Virus
8)
Biopsie
BTHV8D
Flacon stérile
PCR
Pour confirmer le diagnostic d'une tumeur associée à HHV8 < 2h, TA > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C / < 6 mois à -
80°C
≤ 8 j ouvrés
envoi NA
Sang 1 tube EDTA
(bouchon violet) En association à la recherche par biopsie et pour le suivi sous traitement < 6h, TA > 12h
≤ 7j à +4°C / < 6 mois à -
80°C
≤ 8 j ouvrés
envoi NA
HPV (Papillomavirus)
VOIR LE MANUEL DE PRELEVEMENTS DU LABORATOIRE D'ANATOMOPATHOLOGIE
18
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
HSV (Herpès virus)
Conjonctive
PCHSV
Ecouvillon sur milieu de transport
spécifique (M4RT)
PCR
Pour le diagnostic d'une kérato-conjonctivite et chez le nouveau-né de mère HSV+ dans les 24ères heures de vie.
< 6h > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j
ouvrés
2-3x/sem NON
Endocol Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Ecouvillonnage du plancher et des berges des lésions. En systématique chez la femme au cours du travail si lésion génitale évocatrice.
< 6h > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j
ouvrés
Humeur aqueuse Microtube stérile Pour le diagnostic de la rétinite herpétique. < 2h > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 3j
ouvrés
LBA Flacon stérile Chez les patients en réanimation principalement < 2h > 12h * sauf dérogation biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 3j
ouvrés
LCR 200 µl de LCR En cas de forte suspicion d'encéphalite herpétique et de PCR négative sur la 1ère PL, il est
recommandé de refaire une recherche d'HSV 48 à 72h plus tard, sous traitement antiviral Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C
≤ 3j ouvrés
Lésion cutanée Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Ecouvillonnage du plancher et des berges des lésions. Notamment en cas de lésion cutanée évocatrice chez le nouveau-né de mère HSV+ (éruption pouvant survenir de J0 àJ10)
< 6h > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j
ouvrés
Naso-pharynx Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Chez le nouveau-né de mère HSV+, dans les 24ères heures de vie. < 6h > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j
ouvrés
Sang 1 tube EDTA
(bouchon violet)
ADNémie fréquemment détectable lors d'une primo-infection, d'une gingivo-stomatite aigue ou d'une infection génitale aigue. Positivité également en cas de pneumonie et d'hépatite.
< 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j
ouvrés Recherche à effectuer en systématique devant un sepsis inexpliqué associé à une atteinte
hépatique.
Vulve / vagin Ecouvillon sur milieu
de transport spécifique (M4RT)
Ecouvillonnage à la base et en périphérie de l'ulcération. En systématique chez la femme au cours du travail si lésion génitale évocatrice.
< 6h > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j
ouvrés
Interféron α LCR BTIFL 500 µl de LCR ELISA Marqueur d'infection virale: taux très élevés en début d'infection et négativation en 3-5 jours si
méningite, 5-10 jours si encéphalite Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 3 mois à -80°C
≤ 8j envoi NA
JC virus LCR BTPCJ 200 µl de LCR PCR Uniquement chez le sujet fortement immunodéprimé (VIH+ ou sous Ac monoclonaux):
diagnostic d'une leucoencéphalite multifocale progressive Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C
≤ 7j ouvrés
envoi NON
Rotavirus Selles ROTA Selles sur flacon
stérile Immuno-
chromatographie
A rechercher chez tout enfant présentant une symptomatologie de gastro-entérite ou pouvant être porteur asymptomatique (diarrhée dans la famille) si hospitalisation.
A rechercher aussi chez les personnes âgées, notamment en hébergement de long séjour.
< 2h, TA > 4h 48h, +4°C J0 ou J+1
7j/7 NON
Rougeole
LCR BTDIV Flacon stérile 500µL PCR En cas d’encéphalite aiguë ou progressive.
Prescrire en parallèle la sérologie rougeole.
< 6h > 18h ≤ 7j à +4°C ≤ 3j
ouvrés envoi NA
Prélèvement oro-pharyngé
BTDIV Ecouvillon sur milieu
de transport UTM PCR Ecouvillonnage nasal ou naso-pharyngé < 6h > 18h ≤ 7j à +4°C
≤ 3j ouvrés
Envoi NA
Salive BTROUG
Kit spécifique à venir chercher au
laboratoire
PCR +/- IgG et M salivaires
Persistance du virus dès la phase invasive jusqu’au 5ème
jour après le début de l’éruption.
Prescrire en parallèle la sérologie rougeole. < 6h > 18h Aucun rajout
≤ 3j ouvrés
Envoi NA
19
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
VIH (Virus de l'Immuno-déficience Humaine)
Sang / Charge virale VIH-1
PCHIV 2 tubes EDTA
(bouchon violet) PCR
A réaliser en cas de sérologie positive avant mise sous traitement.
En cas de très forte suspicion de primo-infection à VIH1 et sérologie négative (fenêtre
sérologique = 3 semaines) ou WB indéterminé, il est possible de rechercher l’ARN VIH.
Une variation de la charge virale < 0,5 log entre deux prélèvements est non significative.
< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -
80°C
≤ 8 j ouvrés 1x/sem NON
Sang / Charge virale VIH-2
BTHIV2 2 tubes EDTA
(bouchon violet) PCR Préciser impérativement VIH2 < 6h, TA > 12h
≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -
80°C
≤ 8 j ouvrés envoi NA
Sang / ADN proviral
BTADP 2 tubes EDTA
(bouchon violet) PCR
Uniquement chez l’enfant né de mère VIH+ : à J7, J30, J90 et J180. Au-delà, le suivi s’effectue par la charge virale classique (ARN VIH).
< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -
80°C
≤ 8 j ouvrés envoi NA
Sang / Génotypage de
résistance BTVIH
2 tubes EDTA (bouchon violet)
+ fiche spécifique
Recherche de mutations
Tests génotypiques d’analyse de la résistance aux antirétroviraux (évaluation des séquences des gènes de la reverse transcriptase, de la protéase et de l’intégrase par comparaison avec celles
d’un virus sauvage de référence)
A réaliser : - avant mise sous traitement
- en cas d’échappement virologique sous traitement : à prélever sous médication ou le plus précocement après l’arrêt du traitement.
Possibilité d’échec lorsque la charge virale est < 500 copies/ml.
< 6h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -
80°C < 15j envoi NA
Sang / Tropisme BTCCR5 2 tubes EDTA
(bouchon violet) Technique RVA
A rechercher impérativement avant utilisation d’inhibiteurs du corécepteur CCR5.
Détermination phénotypique, réalisable uniquement si la charge virale est > 1000 copies/ml. < 6h, TA > 12h
≤ 3j à +4°C / < 6 mois à -
80°C < 15j envoi NA
VRS (Virus Respiratoire
Syncitial)
Aspiration naso-pharyngée
PCVRS
Flacon stérile
PCR
PCR pouvant être couplée à la
PCR Grippe
Aspirer les sécrétions à l’aide d’une sonde. En l’absence de rhinorrhée (notamment en début de bronchiolite), réaliser un lavage nasal à l’aide de quelques millilitres de sérum physiologique, afin
de faciliter le recueil des cellules. < 2h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C
J0 ou J+1
7j/7 NON
Aspiration trachéale
Flacon stérile Il est possible de prélever les sécrétions bronchiques recueillies notamment au cours de
manœuvres de kinésithérapie respiratoire ou chez le nourrisson intubé. < 2h, TA > 12h ≤ 3j à +4°C
J0 ou J+1
7j/7 NON
Prélèvement nasal
Ecouvillon sur milieu de transport UTM
Ecouvillonner les deux narines à l’aide du même écouvillon. Insérer l’écouvillon le plus loin
possible, parallèlement au palais (tête inclinée en arrière), le laisser en place quelques secondes et le retirer lentement en lui imprimant un léger mouvement rotatif.
< 6h, TA > 18h ≤ 3j à +4°C J0 ou J+1
7j/7 NON
VZV (Varicelle Zona Virus)
Cornée
PCVZV
Ecouvillon sur milieu de transport
spécifique (M4RT)
PCR
Pour le diagnostic des kérato-conjonctivites < 2h, TA > 18h * sauf dérogation du
biologiste ≤ 7j à +4°C
≤ 3j ouvrés
2-3x/sem NON
Cutanéo-muqueux
Ecouvillon sur milieu de transport
spécifique (M4RT)
Dans les formes atypiques (notamment pour faire la différence avec une infection à HSV), dans les formes graves de zona et en cas d'éruption atypique dans l'entourage d'un immunodéprimé
ou chez une personne jeune avant mise sous traitement immunosuppresseur. < 2h, TA > 18h ≤ 7j à +4°C
≤ 3j ouvrés
Humeur aqueuse ou vitrée
Microtube stérile Pour le diagnostic des uvéites et des nécroses rétiniennes aigues < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du
biologiste ≤ 7j à +4°C
≤ 3j ouvrés
LBA Flacon stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du
biologiste ≤ 7j à +4°C
≤ 3j ouvrés
LCR 200 µl de LCR Atteintes neurologiques associées ou non à une éruption Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C
≤ 3j ouvrés
Liquide amniotique
Flacon stérile
En cas d'atteinte fœtale à l'échographie, l'amniocentèse doit être pratiquée 1 mois après l'éruption maternelle (éviter les faux négatifs) et après avoir vérifié que la PCR sur le sang
maternel est négative. Recherche ayant une bonne VPN.
Le diagnostic prénatal n'est pas indiqué en cas de varicelle maternelle au cours du 3ème
trimestre (>24 SG).
< 2h, TA Aucune ≤ 7j à +4°C ≤ 3j
ouvrés
Sang 1 tube EDTA
(bouchon violet) Peu d'intérêt diagnostique < 6h, TA > 12h ≤ 7j à +4°C
≤ 3j ouvrés
20
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Amibes (Acanthamoeba)
brossage de cornée
BTAMIB brossette bleue
spécifique PCR
Port de gant sans talc. Elimination de la fluorescéine et de l'oxybuprocaïne par un lavage de la surface oculaire avec du NaCl 0,9% stérile (inhibition des PCR++).
< 6h, TA > 12h aucun rajout ≤ 15j envoi NA
lentilles ophtalmiques
et/ou boitier de lentilles
BTAMIC lentilles ophtalmique
et/ou boitier de lentilles
culture les traces de liquides d'entretien sont souvent inhibitrices de PCR => recherche par culture. < 2h, TA > 12h aucun rajout ? envoi NA
Aspergillus Voir champignons filamenteux
Bilharziose (S. haematobium)
Urines BPARU
flacon stérile (bouchon rouge)
examen direct
Urines de 24h ou totalité de la 1ère miction matinale ou miction après une activité physique. Examen de sensibilité moyenne et œufs détectables après 5 à 10 semaines. <2h, TA
du lundi au vendredi
> 4h aucun rajout J0 5j/7 NON
Voir protocole de recueil des urines
A associer à une sérologie bilharziose (positivation 6 à 10 semaines après la contamination)
Candida (levures)
Hémocultures HEMMYC Flacon Mycosis culture Les levures de type Candida sont également détectées sur les flacons d'hémocultures
"classiques". aucun rajout
cult nég =>15j
24h/24
NON
Biopsies (cutanées,
hépatiques, rénales, …)
Flacon stérile
examen direct + culture
Les levures de type Candida poussant sur les milieux usuels de bactériologie, leur recherche est effectuée en même temps que celle des bactéries.
Pour une recherche spécifique de levures, demander une recherche mycologique en plus.
Pour toute demande de recherche conjointe de candida et de champignons filamenteux
(notamment dans les prélèvements respiratoires, ophtalmologiques et certains liquides et/ou biopsies), prescrire une recherche de champignons filamenteux.
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation du
biologiste ≤ 24h à +4°C
cult nég => 3 à 5j
culture 24h/24
Conjonctive Ecouvillon sur milieu
de transport < 6h, TA > 18h ≤ 24h à +4°C
Humeur aqueuse Microtube stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du
biologiste ≤ 24h à +4°C
Liquides de ponction (pleural,
articulaire, péritonéal, LCR,
…)
Flacon stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du
biologiste ≤ 24h à +4°C
Prélèvement respiratoire
Flacon stérile < 2h, TA
> 12h * sauf dérogation du biologiste si
LBA
≤ 24h à +4°C
Vaginal Ecouvillon sur milieu
de transport < 6h, TA > 18h ≤ 24h à +4°C
Phanères (peau, ongle, …)
RLEVU
Flacon stérile
culture
Recherche systématiquement couplée à celle des dermatophytes < 6h, TA > 18h ≤ 24h à +4°C
Péri-onyxis Ecouvillon sur milieu
de transport Suivre impérativement le protocole de prélèvement particulier. < 6h, TA > 18h ≤ 24h à +4°C
Conjonctive
RLEVU
Ecouvillon sur milieu de transport
culture Dans le cadre néo-natal: évaluation du niveau de colonisation
< 6h, TA > 18h ≤ 24h à +4°C
Urines
1 tube à bouchon vert ou 1 flacon stérile (bouchon
rouge)
<4h, TA
> 12h si tube boraté
/ > 4h si flacon stérile
sur flacon stérile: 5j,
+4°C
21
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Champignons filamenteux (Aspergillus,
Fusarium, Scedosporium
, …)
Conduit auditif externe
RLEVU
Ecouvillon sur milieu de transport
culture
Recherche couplée à celle de Candida spp. < 6h, TA > 18h < 24h, +4°C
cult nég => 15j
culture 24h/24
NON
Conjonctive Ecouvillon sur milieu
de transport
Rinçage préalable de la cornée, grattage profond en périphérie de l'ulcère
< 6h, TA > 18h < 24h, +4°C
Humeur aqueuse Microtube stérile < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du
biologiste < 24h, +4°C
Prélèvements respiratoires:
fibroaspiration, LBA, liquide pleural, …
Flacon stérile
En cas d'aspergillose pulmonaire invasive, la culture n'est positive que dans 60% environ des diagnostics prouvés en histologie.
Prescrire en plus une sérologie aspergillaire.
< 2h, TA
> 12h * sauf dérogation du biologiste si
LBA
< 24h, +4°C Privilégier les prélèvements profonds, potentiellement moins contaminés par des spores de
l'environnement.
Préciser les contextes particuliers (mucoviscidose, tétraplégie, …) pour lesquels des recherches particulières sont effectuées.
cult nég => 30j
Sinus Ecouvillon sur milieu
de transport Recherche couplée à celle de Candida spp. < 6h, TA > 18h < 24h, +4°C
cult nég => 15j
Cryptocoque
LBA
AGCRY
Flacon stérile culture Atteinte pulmonaire systématique car porte d'entrée => guérison ou dissémination avec
localisation neuro-méningée préférentielle. < 4h, TA
> 12h * sauf dérogation du biologiste si
LBA
≤ 72h à +4°C
Ag = J0 ou J+1 // cult nég => 15j
7J/7 NON LCR 200 µl de LCR Ag soluble +
culture A rechercher en cas d'atteinte neurologique chez l'immunodéprimé (principalement VIH+) Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 72h à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C
Sang Tube sec Ag soluble En cas de positivité, un titrage est systématiquement réalisé.
Le suivi d'un patient positif doit impérativement être effectué par la même technique.
< 6h, TA > 18h ≤ 72h à +4°C
Cryptosporidies Selles / Biopsie
colique BTPARI
Selles ou biopsies sur flacon stérile
Examen microscopique / PCR si biopsie
Responsables de diarrhées aqueuses+++ chez les patients VIH+.
< 2h, TA > 4h ≤ 72h à +4°C
selles ≤ 3j /
biopsies ≤ 8j
envoi
NA
Microsporidies Selles / Biopsie
colique A rechercher en cas de séjour récent en zone tropicale. NA
Dermatophytes
Cheveu / poil
RLEVU Flacon stérile +/-
écouvillon sur milieu de transport
culture
Prélever avant tout traitement antifongique.
< 24h, TA > 48h
aucun rajout
cult nég => 30j
7j/7 NON Ongle Suivre impérativement le protocole de prélèvement particulier. aucun rajout
Peau Recherche couplée à celle de Candida spp. et autres moisissures aucun rajout
Parasitologie des selles
Selles BTPARS Selles sur flacon
stérile examen
microscopique
A distance de l'ingestion de médicaments opaques (charbon, …), de l'utilisation de substances laxatives ou de suppositoires. Il est recommandé d'effectuer un régime pauvre en fibres végétales
dans les jours précédents l'examen.
< 2h, TA > 4h 24h, +4°C ≤ 3j envoi NA La répétition de l'examen (3 recherches sur une période de 10j) permet d'augmenter la sensibilité de la détection (excrétion des œufs et/ou kystes intermittente).
En cas de suspicion d'anguillule => sérologie anguillule
Pneumocystis jirovecii
Fibroaspiration
IFPNC Flacon stérile Immuno-
fluorescence
Uniquement chez les immunodéprimés (VIH, traitements cytostatiques ou
immunomodulateurs) < 2h, TA > 18h ≤ 72h à +4°C
J0 ou J+1
7j/7 NON
LBA Prélèvement de choix < 2h, TA > 12h * sauf dérogation du
biologiste ≤ 72h à +4°C
22
Analyses particulières
Prélèvement / Analyse (code
Inlog)
Code Mnémo
Support de prélèvement
Examens de routine
Particularités Conditions
d'acheminement préférentielles
Conditions de refus
Conditions de rajout
Délai de rendu
Réalisation
Libération par
dérogation du
biologiste
Toxoplasmose
LCR BTTOXP 200 µl de LCR PCR Uniquement en cas d'immunodépression et de sérologie positive (contexte d'abcès cérébraux) Immédiat, TA
Si conditions de rajout
non respectées
≤ 7j à +4°C / ≤ 3 mois à -
80°C
≤ 5j ouvrés
Envoi NA
Liquide amniotique
BTOXL 30 ml de liquide en
flacon stérile
PCR + inoculation à la
souris
Après 18 SA et au moins 4 semaines après l'infection maternelle.
Joindre impérativement du sérum maternel (1 tube sec) Immédiat, TA
Aucune aucun rajout
PCR ≤ 10j
ouvrés / inocula-tion < 2
mois Consentement maternel obligatoire
du lundi au jeudi avant 12h
Humeur aqueuse
BTTOXP
microtube stérile
PCR (50 µl) La recherche par PCR est privilégiée en cas d'immunodépression, de chorio-rétinite récente
ou étendue et de délai court entre les symptômes et la ponction
< 2h, TA > 12h * sauf dérogation du
biologiste
≤ 7j à +4°C ≤ 15j
BTDIV recherche d'anticorps
(20 µl)
La recherche d’anticorps est à privilégier en cas de délai long entre l'apparition des symptômes et la ponction chez un patient immunocompétent.
Joindre impérativement du sérum (1 tube sec).
≤ 7j à +4°C ≤ 15j
Placenta
BTTOX
Pot stérile PCR +
inoculation à la souris
Voir protocole dans le service d’obstétrique.
< 2h, TA Aucune aucun rajout
PCR / charge immuni-taire ≤
10j ouvrés / inocula-tion < 2
mois
Joindre du sérum (1 tube sec) de la maman prélevé à l'accouchement.
Sang de cordon Tube sec PCR En cas de suspicion de toxoplasmose congénitale, recherche par PCR et charge immunitaire
comparée à celle de la mère.