LexGrid 기반 보건의료 용어체계의 관리

LexGrid 기반보건의료 용어체계의 관리

2009.05.20

정상원

서울대학교 의생명지식공학연구실

LexGrid 기반보건의료 용어체계의 관리2

목차

LexGrid 개요1

LexGrid 모델2

LexGrid 기반의 개념 매핑3

매핑이슈4

이 발표자료는 LexGrid 문서 , Harold Solbrig 와 Christopher Cute 의 발표자료를 참고하여 작성한 것입니다 .


목차

LexGrid 개요1

LexGrid 모델

LexGrid 기반의 개념매핑

매핑 이슈

2

3

4

• 개요• 비전• 컴포넌트• 포맷• UMLS vs LexGrid• LexGrid Node


1.LexGrid 개요

• LexGrid Lexical Grid Project (Mayo Clinic)• 통제어휘집 및 온톨로지의 저장 , 배포을 위한

공통의 데이터 모델 , 서비스 , 도구 • 모델 : 다양한 소스포맷의 용어체계를 수용할 수

있음

• ISO 11179 의 XMDR 의 핵심 모델로 제안됨XMDR: eXtended MetaData Registry

Open Biomedical Ontologies (OBO)

Web Ontology Language (OWL)

UMLS Rich Release Format (RRF)

Ontylog XML (Apelon) Format


1.LexGrid 개요

공통의 모델

TerminologiesThesauriTaxonomiesOntologies

공통 APIEditor

BrowserIm(Ex)porter

Grid

KnowledgeOrganization System

1.LexGrid 개요 : 용어체계 관리비전

BooksPDF Lists,

Tables

review

로컬확장

IndexIndexIndex

API

http://www.sunnsoft.no/icd10_ill_03.jpg

http://www.icn.ch/images/ICNPversion1_355.gif

http://www.theradoc.com/about/partnerlogos/loinc.gif

http://images.google.com/imgres?imgurl=http://www.my17.com/image/banner_nci_logo.gif&imgrefurl=http://www.my17.com/cancer_and_antio.php&h=81&w=433&sz=7&hl=ko&start=2&um=1&tbnid=PmS-QQaEtUwy7M:&tbnh=24&tbnw=126&prev=/images%3Fq%3Dnci%2Bthesaurus%2Blogo%26um%3D1%26hl%3Dko%26rls%3Dcom.microsoft:ko:IE-SearchBox%26rlz%3D1I7GGIH

http://www.biosentinel.net/graphics/snomed.gif

http://www.sunnsoft.no/icd10_ill_03.jpg

http://www.icn.ch/images/ICNPversion1_355.gif

http://www.theradoc.com/about/partnerlogos/loinc.gif

http://images.google.com/imgres?imgurl=http://www.my17.com/image/banner_nci_logo.gif&imgrefurl=http://www.my17.com/cancer_and_antio.php&h=81&w=433&sz=7&hl=ko&start=2&um=1&tbnid=PmS-QQaEtUwy7M:&tbnh=24&tbnw=126&prev=/images%3Fq%3Dnci%2Bthesaurus%2Blogo%26um%3D1%26hl%3Dko%26rls%3Dcom.microsoft:ko:IE-SearchBox%26rlz%3D1I7GGIH

http://www.biosentinel.net/graphics/snomed.gif


10/22/2008

1.LexGrid 개요 : 용어체계 관리비전

CommonServer

Common Data Model

Import Import Import

SemanticMapping

SemanticMapping Semantic

Mapping

1.LexGrid 개요 : LexGid 의 컴포넌트

LexGridNode

Data

Services

Java

.NET

...

Import반입

편집기

브라우저

질의도구

XML

Browse andEdit

조회 / 편집

Export반출

Embed

LexBIG

Index

RRF

OBO

OBO

Text

ProtégéCTS

Text

OWL

XML

Lex*

WebClients

LexGrid

Service IndexRegistry


1.LexGrid 개요 : LexGrid 의 포맷

마스터 표현형식(XML Schema)

* EMF: Eclipse Modeling Framework

RRF

삭제 지원하지 않음2009.01 ~


1.LexGrid 개요 : LexGrid 의 포맷

10


1.LexGrid 개요 : UMLS vs LexGrid

UMLS LexGrid

관리방식 중앙집중형 관리 분산형 관리통합 및 확장 통합 및

상호참조로컬 확장 및 추가

내용 표준 의료용어체계 수용

표준 , 비표준 , 실험 용어체계 , 비임상 용어체계( 온톨로지 ) 수용


1.LexGrid 개요 : LexGrid Node

• LexGrid Node: LexGrid 모델에 의미적으로 충실한 Coding Scheme( 용어체계 ) 정보를 수록하고 있는 소프트웨어 및 데이터 저장소

LexGridNode

DataStore


1.LexGrid 개요 : LexGrid Node 의 분산

LexGridNode

DataStore

LexGridNode

DataStore

LexGridNode

DataStore

NCI Thesaurushttp://nciterms.nci.nih.gov

KOMET Codeshttp://voca.snu.ac.kr

SNOMED-CThttp://snomed.org


1.LexGrid 개요 : Node 간의 연계

LexGridNode

DataStore

LexGridNode

DataStore

LexGridNode

DataStore

NCI Thesaurushttp://nciterms.nci.nih.gov

KOMET Codeshttp://voca.snu.ac.kr

SNOMED-CThttp://snomed.org

Node 간의 연계


1.LexGrid 개요 : Node 간 데이터 복제

LexGridNode

DataStore

LexGridNode

DataStore

KOMEThttp://voca.xmdr.org

KOMEThttp://voca.snu.ac.kr

Master

Image

(1) 서비스 가입

(2) 갱신


1.LexGrid 개요 : Node 간 탐색 (breast)

ICD-9

FMA

MeSH


목차

LexGrid 개요

LexGrid 모델

LexGrid 기반의 개념 매핑

매핑이슈

3

4

2

11

• Top Level• Service• Value Domains• Coding Schemes• LexGrid Editor


2. 모델 : Top Level

valueDomainsystemRelease

relationcodedEntry

codingScheme

1..* 0..*

1..* 1..*1..*


2. 모델 : Top Level


relationcodedEntry

codingScheme

1..* 0..*

1..* 1..*1..*


2. 모델 : Service

• LexGrid 자원의 집합체• coding Schemes 과 Value

domains 을 표현하는 서비스

WEB SERVICES

WEB SERVICES


2. 모델 : Service: Index


2. 모델 : Service: Index


2. 모델 : History


relationcodedEntry

codingScheme

1..* 0..*

1..* 1..*1..*

서비스 이력


2. 모델 : History

SNUSNU

http://voca.snu.ac.krhttp://voca.snu.ac.kr

2008-05-192008-05-19


2. 모델 : Value Domains


relationcodedEntry

codingScheme

1..* 0..*

1..* 1..*1..*


• 개념 (Korea) 과 개념표현물 (KR) 의 순차목록

• 전세계적으로 유일 , URN 은 registeredName 속성으로 정의함 .

• 로컬이름 (sex code) 은 서비스 자체의 value domain (sex) 을 식별함 .

• 성별 Sex code N– 1: 남 2: 여

ISO country codeISO country code

KR, US, JP…KR, US, JP…

Urn:ISO-3166-alpha-2Urn:ISO-3166-alpha-2

Urn:ISO-3166-alpha-2 codeUrn:ISO-3166-alpha-2 code

ENEN

2. 모델 : Value Domain

2. 모델 : Value Domain: 11179 (MDR)

Data Elements

DZ

BE

CN

DK

EG

FR

. . .

ZW

ISO 3166English Name

ISO 31663-Numeric Code

012

056

156

208

818

250

. . .

716

ISO 31662-Alpha Code

Algeria

Belgium

China

Denmark

Egypt

France

. . .

Zimbabwe

Name:Context:Definition:Unique ID: 4572Value Domain:Maintenance Org.Steward:Classification:Registration Authority:Others

ISO 3166French Name

L`Algérie

Belgique

Chine

Danemark

Egypte

La France

. . .

Zimbabwe

DZA

BEL

CHN

DNK

EGY

FRA

. . .

ZWE

ISO 31663-Alpha Code

Algeria

Belgium

China

Denmark

Egypt

France

. . .

Zimbabwe

Name: Country IdentifiersContext:Definition:Unique ID: 5769Conceptual Domain:Maintenance Org.:Steward:Classification:Registration Authority:Others

DataElementConcept


2. 모델 : Value Domain( 예 : ISO MDR)

ConceptualGenderDomain

femail

male

System2lGenderDomain

“F”

“M”

System1GenderDomain

“femail”

“male”

Conceptual Domain

Value Domain


2. 모델 : Coding Schemes


relationcodedEntry

codingScheme

1..* 0..*

1..* 1..*1..*

2. 모델 : Coding Scheme

Coding Scheme용어체계

Relations관계

Concepts개념

Properties개념의 속성

cd codingSchemes

describable

codingScheme

concepts::conceptsdescribable

relations::relations

describable

relations::association

relations::associationInstance

associatableElement

relations::associationTarget

versionableAndDescribable

concepts::codedEntry

concepts::property

concepts::comment

concepts::definition

concepts::presentation

0..1+concepts 0..*+relations

1..*+association

0..*+sourceConcept

0..*+targetConcept

1..*+concept

0..*+property

개념의 표현속성

개념에 대한 주석속성개념의 정의속성

출발개념

목표개념

Lexical 정보

Logical 정보


2. 모델 : Coding Schemecd codingSchemes

describable

codingScheme



describable



associatableElement




concepts::property

concepts::comment




1..*+association

0..*+sourceConcept

0..*+targetConcept

1..*+concept

0..*+property


최초공개 여부최초공개 여부

수정공개 여부수정공개 여부

공식명칭 :Korean Medical Terminology

공식명칭 :Korean Medical Terminology

등록된 이름 :komet.or.kr등록된 이름 :komet.or.kr

기본언어 :Ko기본언어 :Ko

용어체계 버전 :1.0용어체계 버전 :1.0

원본 여부원본 여부

수록된 개념의 수 :20,000수록된 개념의 수 :20,000

로컬 이름로컬 이름

출처출처

저작권저작권

NamespaceNamespace

속성속성

개념개념

관계관계

버전버전


스킴이름 :KOMET스킴이름 :KOMET




Relations관계

Concepts개념


cd codingSchemes

describable

codingScheme



describable



associatableElement




concepts::property

concepts::comment




1..*+association

0..*+sourceConcept

0..*+targetConcept

1..*+concept

0..*+property


2. 모델 : Coding Scheme: Mappings

• 개념간 매핑이 아님• 용어체계에서 지원하는 여러

속성들의 NameSpace (URI) 를 지정하는 역할

supportedCodingScheme

= “http://koterm.snu.ac.kr”



지원하는 언어지원하는 언어

지원하는 포맷지원하는 포맷

지원하는 속성지원하는 속성

지원하는 코딩스킴지원하는 코딩스킴

기여한 자료 , 사람 또는 기관기여한 자료 , 사람 또는 기관

지원하는 관계지원하는 관계

지원하는 맥락지원하는 맥락

지원하는 관계 한정자지원하는 관계 한정자

지원하는 개념의 상태지원하는 개념의 상태

지원하는 개념의 형식 ( 명사 , 형용사 )

지원하는 개념의 형식 ( 명사 , 형용사 )

지원하는 속성간의 관계( 약어 , 철자변형 )

지원하는 속성간의 관계( 약어 , 철자변형 )

지원하는 충실도지원하는 충실도

지원하는 속성한정자지원하는 속성한정자



예제








2. 모델 : Coding Scheme: Versions


2. 모델 : Coding Scheme: Concepts


Relations관계

Concepts개념


cd codingSchemes

describable

codingScheme



describable



associatableElement




concepts::property

concepts::comment




1..*+association

0..*+sourceConcept

0..*+targetConcept

1..*+concept

0..*+property


2. 모델 : Coding Scheme: Concepts

000289Mad Cow Disease

광우병조류독감….


2. 모델 : Coded Entry


Relations관계

광우병


cd codingSchemes

describable

codingScheme



describable



associatableElement




concepts::property

concepts::comment




1..*+association

0..*+sourceConcept

0..*+targetConcept

1..*+concept

0..*+property

‘ 광우병’‘Mad Cow Disease’‘bovine spongiform encephalopathy’

‘ 광우병’‘Mad Cow Disease’‘bovine spongiform encephalopathy’

광우병이란 … ..광우병이란 … ..

영향을 주는것은영향을 주는것은

인간광우병인간광우병

광우병광우병


2. 모델 : Coded Entrycd codingSchemes

describable

codingScheme



describable



associatableElement




concepts::property

concepts::comment




1..*+association

0..*+sourceConcept

0..*+targetConcept

1..*+concept

0..*+property


2. 모델 : Coded Entry

개념의 코드개념의 코드

사용여부사용여부

개념의 상태개념의 상태

표현방식표현방식

정의정의

주석주석

사용방법사용방법

추가속성추가속성

속성간 관계속성간 관계


2. 모델 : Coded Entry: Presentation

출처출처

사용 맥락 ( 일반인용 , 전문인용 )사용 맥락 ( 일반인용 , 전문인용 )

속성 한정자속성 한정자

속성의 실제 텍스트 예 : 광우병속성의 실제 텍스트 예 : 광우병

우선 ( 대표 ) 표현 여부우선 ( 대표 ) 표현 여부

용어의 개념에 대한 충실도용어의 개념에 대한 충실도

표현형태 : 약어 , 축약어 등

표현형태 : 약어 , 축약어 등

표현형식 : txt/plain text, txt/xml표현형식 : txt/plain text, txt/xml

언어언어

속성 ID속성 ID

속성의 이름속성의 이름


2. 모델 : Coded Entry: Definition

출처출처


속성의 실제 텍스트 예 : 광우병이란… .속성의 실제 텍스트 예 : 광우병이란… .

우선어 여부우선어 여부



2. 모델 : Coded Entry: 예제


2. 모델 : Coded Entry:LexGrid Editor


2. 모델 : Propertycd codingSchemes

describable

codingScheme



describable



associatableElement




concepts::property

concepts::comment




1..*+association

0..*+sourceConcept

0..*+targetConcept

1..*+concept

0..*+property


2. 모델 : Property

표현형식 : txt/plain text, txt/xml표현형식 : txt/plain text, txt/xml

언어언어

속성 ID속성 ID

속성의 이름 : Disease Group속성의 이름 : Disease Group

출처출처


출처의 주소출처의 주소


속성의 실제 텍스트 예 : Disease Group속성의 실제 텍스트 예 : Disease Group

출처의 역할 : 저자 , 배포자출처의 역할 : 저자 , 배포자


2. 모델 : Property: 예제


2. 모델 : Property Link• 속성간의 관계를 식별하기 위해

사용함 – "AcronymFor", "LiteralTranslationOf, etc.

• “ 의미”간의 관계가 아님– 동일한 의미를 갖는 속성끼리의 관계를

말함 • 속성과 “의미”간의 관계가 아님

– 유래 (Eponym), 동사형 (verbForm) 이 아님

• property link 표준 개발 필요– ISO 12620 - Computer applications in

Terminology - Data categories 가 이 용도로 사용가능


2. 모델 : Relations


Relations관계

Concepts개념


cd codingSchemes

describable

codingScheme



describable



associatableElement




concepts::property

concepts::comment




1..*+association

0..*+sourceConcept

0..*+targetConcept

1..*+concept

0..*+property


2. 모델 : Relations

개념코드집합간의 관계 디렉토리개념코드집합간의 관계 디렉토리

원본 여부원본 여부

출처출처 출처의 주소출처의 주소

출처의 역할 : 저자 , 배포자출처의 역할 : 저자 , 배포자

이 디렉토리에서 지원하는 관계의 목록이 디렉토리에서 지원하는 관계의 목록


2. 모델 : Association


Relations관계

Concepts개념


cd codingSchemes

describable

codingScheme



describable



associatableElement




concepts::property

concepts::comment




1..*+association

0..*+sourceConcept

0..*+targetConcept

1..*+concept

0..*+property


2. 모델 : Associationcd relations

describable

association

+ «XSDattribute» association: localName+ «XSDattribute» forwardName: tsCaseIgnoreIA5String+ «XSDattribute» isAntiReflexive [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isAntiSymmetric [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isAntiTransitive [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isFunctional [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isReflexive [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isReverseFunctional [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isSymmetric [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isTransitive [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isTranslationAssociation [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» reverseName: tsCaseIgnoreIA5String+ «XSDattribute» targetCodingScheme [0..1]: localName [0..1]

associationInstance

+ «XSDattribute» sourceCodingScheme [0..1]: localName [0..1]+ «XSDattribute» sourceConcept: conceptCode

associatableElement

associationTarget

+ «XSDattribute» targetCodingScheme [0..1]: localName [0..1]+ «XSDattribute» targetConcept: conceptCode

describable

relations

0..*+sourceConcept

0..*+targetConcept

1..*+association

Source concept‘ 광우병’

Source concept‘ 광우병’

Target ‘ 질병’

Target ‘ 질병’

관계의 이름 : ‘ 상위개념은’관계의 이름 : ‘ 상위개념은’

관계의 반대이름 : ‘ 하위개념은’관계의 반대이름 : ‘ 하위개념은’


2. 모델 : Association

관계이름IS-A

관계이름IS-A

역방향HasType

역방향HasType

정방향 이름IS-A

정방향 이름IS-A

반대탐색가능여부

반대탐색가능여부

상속 여부상속 여부

AntiTransitive 여부AntiTransitive 여부

동치여부 : 예 ) 형제관계동치여부 : 예 ) 형제관계

AntiSymmetric여부

AntiSymmetric여부

재귀관계 여부재귀관계 여부

반재귀관계 여부반재귀관계 여부

1:1 관계 여부1:1 관계 여부

역방향 1:1 관계 여부역방향 1:1 관계 여부

번역관계 여부번역관계 여부

목표 coding Scheme목표 coding Scheme

출발 개념출발 개념 목표개념목표개념

목표데이터값목표데이터값

관계설명관계설명


2. 모델 : Association Instance


Relations관계

Concepts개념


cd codingSchemes

describable

codingScheme

concepts::concepts describable


describable



associatableElement




concepts::property

concepts::comment




1..*+association

0..*+sourceConcept

0..*+targetConcept

1..*+concept

0..*+property


2. 모델 : Association Instance

출발 개념출발 개념

목표 개념목표 개념

최초발표 여부최초발표 여부

수정발표 여부수정발표 여부

사용 여부사용 여부

목표 코딩스킴목표 코딩스킴

목표 개념목표 개념

관계한정관계한정 관계한정자관계한정자

목표 데이터값목표 데이터값

최초발표 여부최초발표 여부

수정발표 여부수정발표 여부

사용 여부사용 여부

IDID

관계한정관계한정

관계한정자관계한정자


2. 모델 : Association: 예제cd relations

describable

association

+ «XSDattribute» association: localName+ «XSDattribute» forwardName: tsCaseIgnoreIA5String+ «XSDattribute» isAntiReflexive [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isAntiSymmetric [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isAntiTransitive [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isFunctional [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isReflexive [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isReverseFunctional [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isSymmetric [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isTransitive [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» isTranslationAssociation [0..1]: tsBoolean [0..1]+ «XSDattribute» reverseName: tsCaseIgnoreIA5String+ «XSDattribute» targetCodingScheme [0..1]: localName [0..1]

associationInstance

+ «XSDattribute» sourceCodingScheme [0..1]: localName [0..1]+ «XSDattribute» sourceConcept: conceptCode

associatableElement

associationTarget

+ «XSDattribute» targetCodingScheme [0..1]: localName [0..1]+ «XSDattribute» targetConcept: conceptCode

describable

relations

0..*+sourceConcept

0..*+targetConcept

1..*+association


2. 모델 : Association: 예제

Body (has regional parts)HeadNeckUpper limbRight Upper limbLeft Upper limbLower limbRight Lower limbLeft Lower limbTrunk

Targets

Source


2. 모델 : LexGrid Editor: KOMET 편집



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그래프 보기그래프 보기


Q & A

감사합니다 . !정상원[email protected]://voca.snu.ac.krwww.eventography.org

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