Lokalni konformacijski prostori skozi SDSL-EPR spek ...lbf.ijs.si/Downloads/theses/AjasjaLjubetic_Diploma_2009.pdf · EPR Electron Paramagnetic Resonance Elektronska paramagnetna

LLjjuubbll jjaannaa,, jjuunnii jj 22000099

UUNNIIVVEERRZZAA VV LLJJUUBBLLJJAANNII

FFAAKKUULLTTEETTAA ZZAA KKEEMMIIJJOO IINN KKEEMMIIJJSSKKOO TTEEHHNNOOLLOOGGIIJJOO UUnniivveerrzzii tteettnnii ššttuuddii jjsskkii pprrooggrraamm bbiiookkeemmii jjaa

LLookkaallnnii kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkii pprroossttoorrii sskkoozzii SSDDSSLL--EEPPRR ssppeekk--ttrroosskkooppii jjoo iinn mmooddeell ii rraannjjee –– rraazziisskkoovvaannjjee mmeessttaa 1188 nnaa

eekkvviinnaattookkssiinnuu II II

LLooccaall CCoonnffoorrmmaattiioonnaall SSppaaccee TThhrroouugghh SSDDSSLL--EEPPRR SSppeeccttrroossccooppyy aanndd MMooddeell ll iinngg –– EExxpplloorriinngg PPoossii ttiioonn 1188 ooff EEqquuiinnaattooxxiinn II II

DDIIPPLLOOMMSSKKOO DDEELLOO

AAJJAASSJJAA LL JJUUBBEETTIIČČ

MMeennttoorr:: pprrooff.. ddrr .. RRoommaann JJeerraallaa KKoommeennttoorr:: ddoocc.. ddrr .. JJaanneezz ŠŠttrraannccaarr KKoommeennttoorr:: ddoocc.. ddrr .. FFrraannccii MMeerrzzeell

SSttrraann 22 oodd 6699

II zzjj aavvaa oo aavvttoorr ssttvvuu IIzzjjaavvll jjaamm,, ddaa sseemm aavvttoorr pprreeddlloožžeenneeggaa ddiipplloommsskkeeggaa ddeellaa..

AAjjaassjjaa LLjjuubbeettiičč

ZZaahhvvaallaa


ZZaahhvvaallaa NNaajjpprreejj bbii ssee zzaahhvvaall ii ll ssvvoojj ii ddrruužžiinnii zzaa iizzjjeemmnnoo ppooddppoorroo::

•• DDeeddkkuu MMii lleettuu iinn bbaabbiiccii RRoossaannddii ;; bbrreezz nnjjuunnee ppooddppoorree bbii ggoottoovvoo ddoosseeggeell mmaannjj iinn ppoo ssvveettuu hhooddii ll bbooss..

•• MMaammii iinn ooččeettuu;; bbrreezz nnjj ii jjuu mmee sspplloohh nnee bbii bbii lloo.. •• BBrraattuu iinn sseessttrrii ,, kkeerr ssttaa mmii vveeddnnoo ssttaallaa oobb ssttrraannii .. •• TTeettii JJaannjj ii iinn bbaabbiiccii TTii llkkii zzaa pprreeggaannjjaannjjee kk ddiipplloommii .. •• PPuunnccii iinn bbooddooččii mmaatteerrii KKaattjj ii zzaa ll jjuubbeezzeenn,, ppooddppoorroo,, vveesseell jjee iinn ddeell ssmmiissllaa žžiivvll jjeennjjaa..

SSlleeddii jjoo ppaa ššee ssttrrookkoovvnnee zzaahhvvaallee::

•• MMeennttoorrjjuu pprrooff .. ddrr.. RRoommaannuu JJeerraall ii iinn kkoommeennttoorrjjeemmaa ddoocc.. ddrr.. JJaanneezzuu ŠŠttrraannccaarrjjuu iinn ddoocc.. ddrr.. FFrraannccii jjuu MMeerrzzeelluu zzaa ttrruudd iinn ppoommoočč pprrii ddeelluu..

•• KKoolleeggoomm iizz LLaabboorraattoorrii jjaa zzaa bbiiooff iizziikkoo ((SSaannddrrii ,, MMaajj ii ,, JJaannii ,, IIzzttookkuu,, ZZoorraannuu,, TTii llnnuu iinn OOlleegguu)) zzaa iizzjjeemmnnoo ddoobbrroo iinn pprrii jjeettnnoo ddeelloovvnnoo vvzzdduuššjjee tteerr zzaanniimmiivvee iinn kkoorriissttnnee rraazzpprraa--vvee.. BBrreezz nnjj iihh bbii iimmeell pprrii iizzddeellaavvii ddiipplloommee ddoossttii mmaannjj vveesseell jjaa..

•• PPrrooff.. ddrr.. GGrreeggoorrjjuu AAnnddeerrlluuhhuu zzaa vvzzoorrccee pprrootteeiinnaa.. •• PPrrooff.. ddrr.. SSllaavvkkuu PPeeččaarrjjuu zzaa ppoommoočč pprrii rraazzuummeevvaannjjuu ssppeekkttrroovv ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa.. •• JJeerrnneejjuu ZZiiddaarrjjuu zzaa ppoommoočč pprrii mmoolleekkuullaarrnnii ddiinnaammiikkii .. •• DDrr.. UUrršškkii BBaattiissttaa zzaa ll ii tteerraattuurroo oo eekkvviinnaattookkssiinnuu II II,, kkii pprreekkoo iinntteerrnneettaa nnii vveečč ddoossttooppnnaa.. •• SSaannddrrii KKuurree zzaa pprraakkttiiččnnoo ppoommoočč vv llaabboorraattoorrii jjuu.. NNiivveess KKii ttaannoovvsskkii zzaa ppoommoočč vv llaabboorraa--

ttoorrii jjuu.. AAjjddii TTaalleerr zzaa ppoommoočč pprrii mmeerrii ttvvaahh nnaa NNaannooDDrrooppuu.. MMaarrkkuu NNoovviinnccuu zzaa ppoommoočč pprrii mmeerrii ttvvaahh aakkttiivvnnoossttii eekkvviinnaattookkssiinnaa..

•• BBaarrbbaarrii KKoorruunn zzaa lleekkttoorrii rraannjjee ddiipplloommee..

PPoovvzzeetteekk


PPoovvzzeetteekk DDoollooččeevvaannjjee ssttrruukkttuurree iinn ddiinnaammiikkee mmeemmbbrraannsskkiihh pprrootteeiinnoovv pprreeddssttaavvll jjaa vveell iikk iizzzziivv..

OObbeettaajjooččaa mmeettooddaa zzaa ššttuuddii jj mmeemmbbrraannsskkiihh pprrootteeiinnoovv nnaa nnaannoosseekkuunnddnnii sskkaall ii pprrii ff iizziioolloošškkiihh ppoo--ggoojj iihh jjee mmeessttnnoo ssppeeccii ff iiččnnoo ssppiinnsskkoo oozznnaaččeevvaannjj ee ((SSDDSSLL--EEPPRR)) vv kkoommbbiinnaaccii jj ii zz mmooddeell ii rr aannjj eemm llookkaallnniihh kkoonnffoorr mmaaccii jj sskkiihh pprr oossttoorr oovv ((CCSSMM))..

KK oonnffoorr mmaaccii jj sskkii pprr oossttoorr ((CCSS)) nneekkeeggaa aammiinnookkiissll iinnsskkeeggaa oossttaannkkaa jjee sseett vvsseehh ddoovvooll jjee--nniihh rroottaammeerroovv nnjjeeggoovvee ssttrraannsskkee vveerriiggee.. IIzz oommeejj ii tteevv kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa zzaarraaddii ssoosseeddnnjj iihh vveerriigg iinn hhrrbbtteenniiccee pprrootteeiinnaa llaahhkkoo rraazzbbeerreemmoo zzvvii ttjjee pprrootteeiinnsskkee hhrrbbtteenniiccee iinn//aall ii pprreeuu--ččuujjeemmoo kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkee sspprreemmeemmbbee pprrootteeiinnaa..

EEkkvviinnaattookkssiinn II II ((EEqqttII II)) jjee ccii ttooll ii ttiiččnnii ttookkssiinn,, kkii ddeelluujjee ttaakkoo,, ddaa ttvvoorrii ppoorree vv cceell iiččnnii mmeemmbbrraannii .. VV rraazzttooppiinnii jjee vv mmoonnoommeerrnnii oobbll iikkii ,, ppoorroo ppaa sseessttaavvll jjaa vveečč eennoott EEqqttII II.. MMooddeell ppoorree pprreeddppoossttaavvll jjaa,, ddaa ssee NN--kkoonnččnnii ddeell pprrootteeiinnaa ((mmeessttaa 11––3300)) vv oobbll iikkii αα--vvii jjaaččnniiccee vvrriinnee vv mmeemmbbrraa--nnoo..

VV ddiipplloommii sseemm ddoollooččii ll llaassttnnoossttii kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa aammiinnookkiissll iinnsskkeeggaa oossttaannkkaa eekkvviinnaattookkssiinnaa II II nnaa mmeessttuu 1188 ss ttrreemmii mmeettooddaammii ::

SS SSDDSSLL --EEPPRR zz GGHHOOSSTT aannaall iizzoo ssppeekkttrr oovv ZZ mmooddeell ii rr aannjj eemm kkoonnffoorr mmaaccii jj sskkiihh pprr oossttoorr oovv ((CCSSMM )) ZZ mmoolleekkuullaarr nnoo ddiinnaammiikkoo ((MM DD))

SS tteemm sseemm žžeelleell pprreevveerrii ttii uujjeemmaannjjee mmeedd ppoossaammeezznniimmii mmeettooddaammii ,, ddoollooččii ttii rraazzll iikkee mmeedd kkoonn--ffoorrmmaaccii jjsskkiimm pprroossttoorroomm mmeessttaa 1188 mmoonnoommeerrnnee iinn nnaa mmeemmbbrraannoo vveezzaannee oobbll iikkee EEqqttII II tteerr pprreeiizzkkuussii ttii //vvppeell jjaattii pprroottookkooll ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaannjjaa EEqqttII II iinn ttaakkoo ppoossttaavvii ttii iizzhhooddiiššččee zzaa kkaarraakk--tteerriizzaaccii jjoo oossttaall iihh mmeesstt vv pprrootteeiinnuu..

UUjjeemmaannjjee mmeedd SSDDSSLL--EEPPRR iinn CCSSMM jjee ddoobbrroo.. RRaahhlloo iizzssttooppaajjoo rreezzuull ttaattii mmoolleekkuullaarrnnee ddii --nnaammiikkee,, vveerrjjeettnnoo zzaarraaddii kkrraattkkeeggaa ččaassaa ssiimmuullaaccii jjee.. RRaazzll iikk vv kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiihh pprroossttoorriihh mmeedd mmoonnoommeerrnniimm iinn nnaa mmeemmbbrraannoo vveezzaanniimm EEqqttII II nniisseemm zzaazznnaall .. NNaajjvveerrjjeettnneejjee jjee ppoodd uuppoorraabbll jjeennii --mmii eekkssppeerriimmeennttaallnniimmii ppooggoojj ii llee mmaajjhheenn ddeelleežž pprrootteeiinnsskkiihh mmoolleekkuull ttvvoorrii ll ppoorroo.. SSppiinnsskkoo oozznnaaččeevvaannjjee jjee bbii lloo uussppeeššnnoo,, ssaajj jjee bbii ll ddeelleežž oozznnaaččeenniihh pprrootteeiinnsskkiihh mmoolleekkuull pprriibbll iižžnnoo 7700 %%..

DDiipplloommaa ttaakkoo pprreeddssttaavvll jjaa zzeelloo ddoobbrroo iizzhhooddiiššččee zzaa oozznnaaččeevvaannjjee nnaaddaall jjnnjj iihh mmeesstt NN--kkoonnččeennggaa ddeellaa EEqqttII II iinn nnjjeeggoovvee bbooll jj tteemmeell jj ii ttee ssttrruukkttuurrnnee kkaarraakktteerriizzaaccii jjee..

KK ll jj uuččnnee bbeesseeddee:: SSDDSSLL--EEPPRR,, kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkii pprroossttoorr,, CCSSMM,, mmeemmbbrraannsskkii pprrootteeiinnii ,, pprrootteeiinnsskkaa ssttrruukkttuurraa..

AAbbssttrraacctt


AAbbssttrr aacctt

KKaazzaalloo


KK aazzaalloo II zzjj aavvaa oo aavvttoorr ssttvvuu ................................................................................................................................................................................................ 22 ZZaahhvvaallaa .................................................................................................................................................................................................................................. 33

PPoovvzzeetteekk ................................................................................................................................................................................................................................ 44 AAbbssttrr aacctt ................................................................................................................................................................................................................................ 55 KK aazzaalloo ...................................................................................................................................................................................................................................... 66 KK aazzaalloo ssll iikk iinn ttaabbeell ............................................................................................................................................................................................ 88 SSeezznnaamm ookkrr aajj ššaavv iinn ssiimmbboolloovv .......................................................................................................................................................... 99 UUvvoodd ........................................................................................................................................................................................................................................ 1100

EEkkvviinnaattookkssiinn II II ...................................................................................................................................................................................................................................... 1111 MM eessttnnoo ssppeeccii ff iiččnnoo ssppiinnsskkoo oozznnaaččeevvaannjj ee ((SSDDSSLL –– SSii ttee DDiirr eecctteedd SSppiinn LL aabbeell iinngg)) ...................... 1144

NNaammeenn ddiipplloommee.................................................................................................................................................................................................... 1177 PPrriimmeerrjjaavvaa ttrreehh mmeettoodd zzaa kkaarraakktteerriizzaaccii jjoo kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa ((CCSS)) ........................................ 1177 PPrriimmeerrjjaavvaa rraazzll iikk vv kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeemm pprroossttoorruu ddoollooččeenneeggaa oossttaannkkaa mmeedd pprroossttiimm iinn vv mmeemmbbrraannoo vveezzaanniimm eekkvviinnaattookkssiinnoomm IIII ........................................................................................................................................................ 1177 VVppeell jjaattii ((pprreeiizzkkuussii ttii )) pprroottookkooll zzaa ssppiinnsskkoo oozznnaaččeevvaannjjee iinn ttaakkoo ppoossttaavvii ttii iizzhhooddiiššččee zzaa pprriihhooddnnjjee ddeelloo...................................................................................................................................................................................................................................... 1177

MM aatteerr iiaall ii .......................................................................................................................................................................................................................... 1188 II nnššttrr uummeenntt ii .................................................................................................................................................................................................................................................. 1188 KK eemmiikkaall ii jj ee...................................................................................................................................................................................................................................................... 1188 PPoottrr ooššnnii mmaatteerr iiaall ................................................................................................................................................................................................................................ 1188 LL aabboorr aattoorr ii jj sskkaa sstteekklloovviinnaa.................................................................................................................................................................................................... 1188

MM eettooddee................................................................................................................................................................................................................................ 1199 PPrr iipprr aavvaa ppuuff rr aa........................................................................................................................................................................................................................................ 1199

MMeerrii tteevv ppHH .............................................................................................................................................................................................................................................. 1199 MMeerrii tteevv oossmmoollaarrnnoossttii ................................................................................................................................................................................................................ 1199

OOzznnaaččeevvaannjj ee pprr ootteeiinnaa ................................................................................................................................................................................................................ 2200 RRaazzttaappll jjaannjjee pprrootteeiinnaa................................................................................................................................................................................................................ 2200 RRaazzttaappll jjaannjjee ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa MMTTSSLL .......................................................................................................................................... 2200 IInnkkuubbaaccii jjaa pprrootteeiinnaa iinn MMTTSSLL ...................................................................................................................................................................................... 2211 OOddssttrraannjjeevvaannjjee nneevveezzaanneeggaa MMTTSSLL .................................................................................................................................................................... 2211 MMeerrii tteevv kkoonncceennttrraaccii jjee pprrootteeiinnaa.................................................................................................................................................................................. 2244

MM eerr ii tteevv hheemmooll ii tt iiččnnee aakktt iivvnnoosstt ii .................................................................................................................................................................................... 2244 PPrriipprraavvaa ssuussppeennzzii jjee eerrii ttrrooccii ttoovv .................................................................................................................................................................................. 2255 MMeerrii tteevv hheemmooll iizzee............................................................................................................................................................................................................................ 2266

SSnneemmaannjj ee EEPPRR ssppeekktt rr oovv ........................................................................................................................................................................................................ 2277 EElleekkttrr oonnsskkaa ppaarr aammaaggnneettnnaa rr eessoonnaannccaa ((EEPPRR)) ................................................................................................ 2288

OOssnnoovvee tteeoorr ii jj ee EEPPRR ........................................................................................................................................................................................................................ 2288 KKllaassiiččnnii mmaaggnneettnnii mmoommeenntt.............................................................................................................................................................................................. 2288 KKvvaannttnnoommeehhaannsskkii mmaaggnneettnnii mmoommeenntt .............................................................................................................................................................. 2299 IIzzooll ii rraann eelleekkttrroonn vv mmaaggnneettnneemm ppooll jjuu .............................................................................................................................................................. 3300 EElleekkttrroonn vv ssnnoovvii .............................................................................................................................................................................................................................. 3300

MM eessttnnoo ssppeeccii ff iiččnnoo ssppiinnsskkoo oozznnaaččeevvaannjj ee ((SSDDSSLL –– SSii ttee DDiirr eecctteedd SSppiinn LL aabbeell iinngg)) ...................... 3322 II nntteerr pprr eettaaccii jj aa ssppeekkttrr oovv ............................................................................................................................................................................................................ 3322

MMooddeell ssttoožžccaa ........................................................................................................................................................................................................................................ 3333 RReeššeevvaannjjee iinnvveerrzznneeggaa pprroobblleemmaa.............................................................................................................................................................................. 3333 GGHHOOSSTT kkoonnddeennzzaaccii jjaa ............................................................................................................................................................................................................ 3344

KKaazzaalloo


MM ooddeell ii rr aannjj ee kkoonnffoorr mmaaccii jj sskkiihh pprr oossttoorr oovv ((CCSSMM −− CCoonnffoorr mmaatt iioonnaall SSppaaccee MM ooddeell iinngg)) ...................................................................................................................................................................................................................... 3355

KK oonnffoorr mmaaccii jj sskkii pprr oossttoorr ((CCoonnffoorr mmaatt iioonnaall ssppaaccee –– CCSS)) ...................................................................................................... 3355 PPrr eeddppoossttaavvkkee CCSSMM .......................................................................................................................................................................................................................... 3355 SShheemmaattsskkii pprr eegglleedd mmeettooddee CCSSMM .............................................................................................................................................................................. 3355

NNeeoommeejjeenn CCSS........................................................................................................................................................................................................................................ 3366 OOmmeejjeenn CCSS.............................................................................................................................................................................................................................................. 3366 IIzzrraaččuunn ppaarraammeettrroovv mmooddeellaa ssttoožžccaa...................................................................................................................................................................... 3377

MM oolleekkuullaarr nnaa ddiinnaammiikkaa ((MM DD)) ...................................................................................................................................................... 4400 EEmmppii rr iiččnnoo ppooll jj ee ssii ll .......................................................................................................................................................................................................................... 4400 PPaarr aammeettrr iizzaaccii jj aa MM TTSSLL ............................................................................................................................................................................................................ 4411 ČČaassoovvnnii ppootteekk ssiimmuullaaccii jj ee...................................................................................................................................................................................................... 4411 PPooddrr oobbnnoosstt ii ssiimmuullaaccii jj ee.............................................................................................................................................................................................................. 4422 AAnnaall iizzaa ttrr aajj eekkttoorr ii jj ee........................................................................................................................................................................................................................ 4422

RRMMSSDD aannaall iizzaa.................................................................................................................................................................................................................................... 4422 MMoonnttee CCaarrlloo ((MMCC)) iinntteeggrraaccii jjaa nnaa eennoottsskkii ssffeerrii ................................................................................................................................ 4433 IIzzrraaččuunn ppaarraammeettrroovv mmooddeellaa ssttoožžccaa...................................................................................................................................................................... 4433

RReezzuull ttaatt ii iinn ddiisskkuussii jj aa.................................................................................................................................................................................. 4466 UUVV//VViiss ssppeekkttrr ii ........................................................................................................................................................................................................................................ 4466 DDeelleežž oozznnaaččeenneeggaa pprr ootteeiinnaa.................................................................................................................................................................................................. 4466 AAkktt iivvnnoosstt eekkvviinnaattookkssiinnaa II II ................................................................................................................................................................................................ 4477 EEPPRR ssppeekkttrr ii .................................................................................................................................................................................................................................................. 4499 II nntteerr pprr eettaaccii jj aa ssppeekkttrr oovv ............................................................................................................................................................................................................ 5511 MM ooddeell ii rr aannjj ee kkoonnffoorr mmaaccii jj sskkiihh pprr oossttoorr oovv ((CCSSMM )) .......................................................................................................................... 5566 MM oolleekkuullaarr nnaa ddiinnaammiikkaa ((MM DD)) ........................................................................................................................................................................................ 5577

RRMMSSDD aannaall iizzaa.................................................................................................................................................................................................................................... 5577 IInntteeggrraaccii jjaa MMoonnttee CCaarrlloo ...................................................................................................................................................................................................... 5588 IIzzrraaččuunn ppaarraammeettrroovv mmooddeellaa ssttoožžccaa...................................................................................................................................................................... 5588

PPrr iimmeejj aavvaa SSDDSSLL --EEPPRR zz GGHHOOSSTT kkoonnddeennzzaaccii jj oo,, CCSSMM iinn MM DD .............................................................................. 6633 PPrriimmeerrjjaavvaa CCSSMM XX--rraayy iinn CCSSMM NNMMRR.......................................................................................................................................................... 6633 PPrriimmeerrjjaavvaa CCSSMM iinn GGHHOOSSTT ........................................................................................................................................................................................ 6633 PPrriimmeerrjjaavvaa MMDD.................................................................................................................................................................................................................................. 6644 PPaarraammeetteerr ΩΩ .......................................................................................................................................................................................................................................... 6644

PPrr iimmeejj aavvaa kkoonnffoorr mmaaccii jj sskkeeggaa pprr oossttoorr aa mmoonnoommeerr nnee iinn mmeemmbbrr aannsskkee oobbll iikkee EEqqttII II ............ 6644 ZZaakkll jj uuččeekk ........................................................................................................................................................................................................................ 6655

PPrr iihhooddnnjj ee ddeelloo.......................................................................................................................................................................................................................................... 6655 VVii rr ii ............................................................................................................................................................................................................................................ 6666

KKaazzaalloo ssll iikk iinn ttaabbeell


KK aazzaalloo ssll iikk iinn ttaabbeell SSll iikkaa 11:: SShheemmaattsskkaa pprreeddssttaavvii tteevv pprr iimmeerr jjaavvee ttrreehh mmeettoodd zzaa kkaarraakktteerr iizzaaccii jjoo CCSS.............................................. 1100 SSll iikkaa 22:: KKrr iissttaallnnaa ssttrruukkttuurraa eekkvviinnaattookkssiinnaa II II ...................................................................................................................................................... 1111 SSll iikkaa 33:: MMeehhaanniizzeemm ddeelloovvaannjjaa EEqqttII II ................................................................................................................................................................................ 1122 SSll iikkaa 44:: MMooddeell ssttrruukkttuurree ppoorree SSttnnII II .................................................................................................................................................................................... 1133 SSll iikkaa 55:: PPrr iikkaazz ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaannjjaa pprrootteeiinnaa............................................................................................................................................ 1144 SSll iikkaa 66:: SShheemmaattsskkii pprreegglleedd ooppttiimmiizzaaccii jjee ssttrruukkttuurree pprrootteeiinnaa zz SSDDSSLL--EEPPRR iinn CCSSMM .................................... 1166 SSll iikkaa 77:: PPoossttooppeekk ddiiaall iizzee zz ddiiaall iizznnoo cceell iiccoo .............................................................................................................................................................. 2233 SSll iikkaa 88:: NNaannooDDrroopp NNDD11000000.......................................................................................................................................................................................................... 2244 SSll iikkaa 99:: PPrr iimmeerr sspprreemmll jjaannjjaa hheemmooll iizzee zz aabbssoorrbbaannccoo .............................................................................................................................. 2244 SSll iikkaa 1100:: EELLEEXXSSYYSS EE550000 EEPPRR ssppeekkttrroommeetteerr ...................................................................................................................................................... 2277 SSll iikkaa 1111:: KKvvaannttiizzii rraannaa eenneerrggii jjaa ssppiinnoovv vv mmaaggnneettnneemm ppooll jjuu ........................................................................................................ 2299 SSll iikkaa 1122:: RReessoonnaannččnnii ssttrruukkttuurr ii nnii ttrrookkssiiddnneeggaa ffrraaggmmeennttaa.................................................................................................................. 3322 SSll iikkaa 1133:: PPrr iimmeerr EEPPRR ssppeekkttrraa .................................................................................................................................................................................................... 3322 SSll iikkaa 1144:: SShheemmaattsskkii ppootteekk mmeettooddee CCSSMM ...................................................................................................................................................................... 3366 SSll iikkaa 1155:: PPoogglleedd kkoooorrddiinnaattnneeggaa ssiisstteemmaa mmooddeellaa ssttoožžccaa .................................................................................................................... 3388 SSll iikkaa 1166:: PPrr iikkaazz nnaajjppooggoosstteejjššiihh pprr iissppeevvkkoovv kk eenneerrggii jj ii iinn oobbll iikkaa ppootteenncciiaallaa ........................................................ 4411 SSll iikkaa 1177:: IIzzbbrraann kkoooorrddiinnaattnnii ssiisstteemm zzaa iizzrraaččuunn rreeffeerreennččnnee ssmmeerr ii mmooddeellaa ssttoožžccaa ........................................ 4455 SSll iikkaa 1188:: UUVV//VViiss ssppeekktteerr nneeoozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa II II iinn MMTTSSLL .................................................................................. 4466 SSll iikkaa 1199:: MMeerr ii tteevv aakkttiivvnnoossttii oozznnaaččeenneeggaa ((KKKKLL)) iinn nneeoozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa........................................ 4477 SSll iikkaa 2200:: PPrr iimmeerr jjaavvaa hheemmooll iizzee oozznnaaččeenneeggaa iinn nneeoozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa .................................................... 4488 SSll iikkaa 2211:: HHii ttrroosstt hheemmooll iizzee ((OODD)) vv ooddvviissnnoossttii oodd zzaaččeettnnee nnaavviiddeezznnee aabbssoorrbbaannccee........................................ 4488 SSll iikkaa 2222::KKeemmii jjsskkaa ssttrruukkttuurraa MMTTSSLL ddiimmeerraa TTEEMMPPOOLL ssttaannddaarrddaa ........................................................................................ 4499 SSll iikkaa 2233:: EEPPRR ssppeekktteerr ssaammeeggaa MMTTSSLL iinn ssppiinnsskkeeggaa ssttaannddaarrddaa TTEEMMPPOOLL .............................................................. 4499 SSll iikkaa 2244:: SSuuppeerrppoozziiccii jjaa ssppeekkttrroovv EEqq1188,, ppoossnneettiihh pprr ii rraazzll iiččnniihh tteemmppeerraattuurraahh .................................................. 5500 SSll iikkaa 2255:: EEPPRR ssppeekktteerr oozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa II II pprr ii 330000 KK ................................................................................................ 5500 SSll iikkaa 2266:: PPrr iimmeerr jjaavvaa ssppeekkttrraa EEqq1188 bbrreezz iinn vv pprr iissoottnnoossttii eerr ii ttrrooccii ttoovv pprr ii 330000 KK .............................................. 5511 SSll iikkaa 2277:: PPoossnneettii iinn ssiimmuull ii rraannii EEPPRR ssppeekktteerr ........................................................................................................................................................ 5511 SSll iikkaa 2288:: TTeemmppeerraattuurrnnaa ooddvviissnnoosstt φφ00-- ϑϑ00 GGHHOOSSTT ddiiaaggrraammaa ...................................................................................................... 5522 SSll iikkaa 2299:: GGHHOOSSTT ddiiaaggrraammii ............................................................................................................................................................................................................ 5522 SSll iikkaa 3300:: MMeehhuurrččkkaassttii ddiiaaggrraamm zzaa ppaarraammeetteerr ΩΩ ............................................................................................................................................ 5533 SSll iikkaa 3311:: MMeehhuurrččkkaassttii ddiiaaggrraammii vvsseehh ppaarraammeettrroovv mmooddeellaa ssttoožžccaa ...................................................................................... 5544 SSll iikkaa 3344:: RRMMSSDD aannaall iizzaa hhrrbbtteenniiccee oozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa ................................................................................................ 5577 SSll iikkaa 3355:: NNOO--vveekkttoorr jj ii nnaa eennoottsskkii ssffeerr ii vvzzeettii iizz MMDD ttrraajjeekkttoorr ii jjee................................................................................................ 5577 SSll iikkaa 3366:: PPrr iikkaazz iinntteeggrraaccii jjee MMoonnttee CCaarr lloo nnaa eennoottsskkii ssffeerr ii ............................................................................................................ 5588 SSll iikkaa 3377:: VVeerr jjeettnnoossttnnaa ppoorraazzddeell ii tteevv zzaa kkoott ϑϑ ...................................................................................................................................................... 5599 SSll iikkaa 3399:: PPrr iimmeerr jjaavvaa ttrreehh nnaaččiinnoovv zzaa iizzrraaččuunn rreeffeerreennččnnee ssmmeerr ii ............................................................................................ 6611 SSll iikkaa 4411:: RReezzuull ttaatt pprr iimmeerrjjaavvee GGHHOOSSTT,, CCSSMM iinn MMDD................................................................................................................................ 6633 SSll iikkaa 4422:: PPaarraammeettrr ii ϕϕ00 iinn ϑϑ00,, kkii iimmaajjoo eennaakk ΩΩ .................................................................................................................................................. 6644 TTaabbeellaa 11:: SSeessttaavvaa PPBBSS ppuuffrraa ........................................................................................................................................................................................................ 1199 TTaabbeellaa 22:: RRaazzll iiččnnii pprroottookkooll ii oozznnaaččeevvaannjjaa zz MMTTSSLL ...................................................................................................................................... 2200 TTaabbeellaa 33:: KKoonnččnnee kkoonncceennttrraaccii jjee pprrootteeiinnaa iinn ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa mmeedd iinnkkuubbaaccii jjoo.. ........................ 2211 TTaabbeellaa 44:: UUppoorraabbll jjeennii ppooggoojj ii cceennttrr ii ffuuggii rraannjjaa pprr ii ooddssttrraannjjeevvaannjjuu MMTTSSLL.. .............................................................. 2222 TTaabbeellaa 55:: RRaazzll iiččnnee zzaaččeettnnee ssuussppeennzzii jjee eerr ii ttrrooccii ttoovv........................................................................................................................................ 2266 TTaabbeellaa 66:: PPooddrroobbnnii ppaarraammeettrr ii zzaajjeemmaa EEPPRR ssppeekkttrroovv.............................................................................................................................. 2277 TTaabbeellaa 77:: PPoovvzzeetteekk ppaarraammeettrroovv,, kkii nnaassttooppaajjoo vv mmooddeelluu ssttoožžccaa................................................................................................ 3333 TTaabbeellaa 88:: RReezzuull ttaattii GGHHOOSSTT kkoonnddeennzzaaccii jjee................................................................................................................................................................ 5544 TTaabbeellaa 99:: RReezzuull ttaattii CCSSMM zzaa rraazzll iiččnnee 33DD--ssttrruukkttuurree...................................................................................................................................... 5566 TTaabbeellaa 1100:: PPrr iimmeerr jjaavvaa uutteežžeenneeggaa iinn nneeuutteežžeenneeggaa ppoovvpprreeččjjaa pprr ii iizzrraaččuunnuu φφ00.................................................... 5599

SSeezznnaamm ookkrraajjššaavv iinn ssiimmbboolloovv


SSeezznnaamm ookkrr aajj ššaavv iinn ssiimmbboolloovv SSiimmbbooll AAnngglleešškkii iizzrr aazz RRaazzllaaggaa//sslloovveennsskkii iizzrr aazz ÅÅ ÅÅnnggssttrröömm 1100--1100 mm CCPPTT CCoonnssttaanntt PPrreessssuurree aanndd TTeemmppeerraattuurree KKoonnssttaannttii pprrii ttiisskk iinn tteemmppeerraattuurraa CCSS CCoonnffoorrmmaattiioonnaall SSppaaccee KKoonnffoorrmmaaccii jjsskkii pprroossttoorr CCSSMM CCoonnffoorrmmaattiioonnaall SSppaaccee MM ooddeell iinngg MMooddeell ii rraannjjee kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiihh pprroossttoorroovv ddHH22OO DDeeiioonniizzii rraannaa vvooddaa EEDDTTAA EEtthhyylleenneeddiiaammiinneetteettrraaaacceettiicc aacciidd EEttii lleennddiiaammiinnootteettrraaoocceettnnaa kkiissll iinnaa EEPPRR EElleeccttrroonn PPaarraammaaggnneettiicc RReessoonnaannccee EElleekkttrroonnsskkaa ppaarraammaaggnneettnnaa rreessoonnaannccaa EEqq1188KKKKLL EEkkvviinnaattoosskkiinn ((IIII)) mmuuttaanntt nnaa ppoozziiccii jj ii 1188

kkoonncceennttrrii rraann kkoonnččnnii llaabbeell EEqq1188KKLL EEkkvviinnaattoosskkiinn ((IIII)) mmuuttaanntt nnaa ppoozziiccii jj ii 1188

kkoonnččnnii llaabbeell EEqqttIIII EEqquuiinnaattooxxiinn II II EEkkvviinnaattookkssiinn IIII EESSRR EElleeccttrroonn SSppiinn RReessoonnaannccee EElleekkttrroonnsskkaa ssppiinnsskkaa rreessoonnaannccaa** GGHHOOSSTT MMeettooddaa zzaa aannaall iizzoo EEPPRR ssppeekkttrroovv HH22 DDvvaakkrraatt rraazzrreeddččeenn hheemmaattookkrrii tt HHEEOO HHyybbrriidd EEvvoolluuttiioonnaarryy OOppttiimmiizzaattiioonn HHiibbrriiddnnaa eevvoolluuccii jjsskkaa ooppttiimmiizzaaccii jjaa MMDD MM oolleeccuullaarr DDyynnaammiiccss MMoolleekkuullaarrnnaa ddiinnaammiikkaa MMTTSS((SS))LL ((11--ooxxii ll --22,,22,,55,,55--tteettrraammeettii ll --33--ppii rrooll iinnee--

33--mmeettii ll )) mmeettaannoossuull ffoonnaatt 11--ookkssii ll --22,,22,,55,,55--tteettrraammeettii llppii rrooll iinn--33--mmeettii ll mmeettaannoottiioossuull ffaatt

MMWWCCOO MM oolleeccuullaarr WW iigghhtt CCuutt OOff ff MMeerrii lloo zzaa vveell iikkoosstt ppoorr vv mmeemmbbrraannii .. PPBBSS PPhhoosspphhaattee BBuuffffeerr SSoolluuttiioonn FFoossffaattnnii ppuuffeerr RRMMSSDD RRoooott MM eeaann SSqquuaarree DDeevviiaattiioonn KKoorreenn ppoovvpprreeččnneeggaa kkvvaaddrraattaa ooddssttooppaannjjaa SSDDSSLL SSii ttee--DDii rreecctteedd SSppiinn LL aabbeell iinngg MMeessttnnoo ssppeeccii ff iiččnnoo ssppiinnsskkoo oozznnaaččeevvaannjjee SSEECC SSiizzee EExxcclluussiioonn CChhrroommaattooggrraapphhyy DDrruuggoo iimmee zzaa ggeellsskkoo ff ii ll ttrraaccii jjoo SSLL SSppiinn LL aabbeell SSppiinnsskkii oozznnaaččeevvaalleecc UUVV//VViiss UUll ttrraavviioolleett//vviissiibbllee UUVV iinn vviiddnnoo ppooddrrooččjjee

** EEPPRR iinn EESSRR ssee uuppoorraabbll jjaattaa iizzmmeennll jj iivvoo kkoott ssiinnoonniimmaa..

UUvvoodd


UUvvoodd AAll ii ssii ddaanneess sspplloohh ššee llaahhkkoo pprreeddssttaavvll jjaammoo aannaall iizzoo eekkssppeerriimmeennttoovv bbrreezz rreessnnee ppooddppoorree rraaččuunnaall --nniišškkeeggaa mmooddeell ii rraannjjaa?? VV bbiiooff iizziikkii pprraavv ggoottoovvoo nnee.. TTuuddii ** zzaarraaddii tteeggaa sseemm ssee ooddllooččii ll ,, ddaa pprreevveerriimm,, kkaajj oo eennaakkeemm pprroobblleemmuu,, ddoollooččeevvaannjjuu llookkaallnniihh kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiihh pprroossttoorroovv,, ppoovveejjoo rraazzll iiččnnee tteeoorreettiiččnnee iinn eekkssppeerriimmeennttaallnnee mmeettooddee.. KK oonnffoorr mmaaccii jj sskkii pprr oossttoorr ((CCSS)) nneekkeeggaa aammiinnookkiissll iinnsskkeeggaa oossttaannkkaa jjee sseett vvsseehh ddoovvooll jjeenniihh rroottaa--mmeerroovv,, nnaassttaall iihh zz rroottaaccii jjaammii ookkooll ii eennoojjnniihh vveezzii aammiinnookkiissll iinnsskkee ssttrraannsskkee vveerriiggee.. SSttrraannsskkee vveerriiggee ssoosseeddnnjj iihh aammiinnookkiissll iinn sskkuuppaajj ss pprrootteeiinnsskkoo hhrrbbtteenniiccoo oommeejjuujjeejjoo oommeennjjeennii kkoonnffoorrmmaaccii jj --sskkii pprroossttoorr,, zzaarraaddii ččeessaarr llaahhkkoo iizz vveell iikkoossttii iinn oobbll iikkee kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa vveeččiihh aammiinnookkiissll iinnsskkiihh oossttaannkkoovv rraazzbbeerreemmoo zzvvii ttjjee pprrootteeiinnsskkee hhrrbbtteenniiccee iinn//aall ii pprreeuuččuujjeemmoo kkoonnffoorrmmaa--ccii jjsskkee sspprreemmeemmbbee pprrootteeiinnaa.. MMeettooddee zzaa ddoollooččeevvaannjjee llaassttnnoossttii kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa ssoo::

•• SSDDSSLL --EEPPRR zz GGHHOOSSTT aannaall iizzoo ssppeekkttrr oovv†† SS kkaatteerroo jjee mmoožžnnoo iizz EEPPRR ssppeekkttrroovv ssppiinnsskkoo oozznnaaččeenneeggaa pprrootteeiinnaa iizzlluuššččii ttii ppooddaattkkee oo kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeemm pprroossttoorruu..

•• MM ooddeell ii rr aannjj ee kkoonnffoorr mmaaccii jj sskkiihh pprr oossttoorr oovv ((CCSSMM ‡‡)) SS kkaatteerroo jjee mmoožžnnoo iizz zznnaannee 33DD--ssttrruukkttuurree kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkii pprroossttoorr iizzrraaččuunnaattii ..

•• MM oolleekkuullaarr nnaa ddiinnaammiikkaa ((MM DD)) TTuuddii MMDD nnaamm oommooggooččaa,, ddaa iizz zznnaannee ssttrruukkttuurree iizzrraaččuunnaammoo kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkii pprroossttoorr.. MMeettooddaa jjee nnaattaannččnneejjššaa oodd CCSSMM zzaahhtteevvaa ppaa ooggrroommnnoo pprroocceessoorrsskkeeggaa ččaassaa..

PPrriimmeerrjjaavvoo sseemm oopprraavvii ll nnaa zzeelloo zzaanniimmiivveemm pprrootteeiinnuu eekkvviinnaattookkssiinnuu II II..

** DDoollggoo sseemm iisskkaall zzaanniimmiivvoo ddiipplloommsskkoo tteemmoo,, nneekkaajj ppoovveezzaanneeggaa zz ddoollooččeevvaannjjeemm ssttrruukkttuurree pprrootteeiinnoovv.. KK ssrreeččii sseemm jjoo nnaaššeell ,, ddrruuggaaččee pprriiččuujjooččee ddiipplloommsskkoo ddeelloo nnee bbii nnaassttaalloo.. †† EEPPRR –– EElleekkttrroonnsskkaa ppaarraammaaggnneettnnaa rreessoonnaannccaa;; SSDDSSLL –– SSii ttee DDiirreecctteedd SSppiinn LLaabbeell iinngg oozz.. mmeessttnnoo ssppeeccii ff iiččnnoo ssppiinn--sskkoo oozznnaaččeevvaannjjee.. GGHHOOSSTT –– mmeettooddaa zzaa iinntteerrpprreettaaccii jjoo EEPPRR ssppeekkttrroovv.. ‡‡ CCSSMM –– CCoonnffoorrmmaattiioonnaall SSppaaccee MMooddeell ll iinngg..

SSll iikkaa 11:: SShheemmaattsskkaa pprreeddssttaavvii tteevv pprriimmeerrjjaavvee ttrreehh mmeettoodd zzaa kkaarraakktteerriizzaaccii jjoo CCSS

PPrr ii SSDDSSLL --EEPPRR llaahhkkoo CCSS iizzrr aaččuunnaammoo iizz EEPPRR ssppeekkttrr aa pprr ii MM DD iinn CCSSMM ppaa llaahhkkoo CCSS iizzrr aaččuunnaammoo iizz zznnaannee aall ii pprr eeddppoossttaallvvjj eennee ssttrr uukkttuurr ee..

SDSL-EPR CSM MD

0 0( , , )ϕ ϑ Ω

UUvvoodd


EEkkvviinnaattookkssiinn IIII

EEkkvviinnaattookkssiinn IIII ((EEqqttII II)) jjee ccii ttooll ii ttiiččnnii ttookkssiinn,, iizzooll ii rraann iizz mmoorrsskkee vveetteerrnniiccee AAccttiinniiaa eeqquuiinnaa.. PPrroottee--iinn iimmaa mmoollsskkoo mmaassoo 1199,,55 kkDDaa iinn iizzooeelleekkttrriiččnnoo ttooččkkoo ookkooll ii 1100,,55.. IIzzooll ii rraann jjee bbii ll žžee lleettaa 11997744[[44]] iizz mmoorrsskkiihh vveettrrnniicc,, nnaabbrraanniihh nneeddaalleečč oodd SSaavvuuddrrii jjee.. LLeettaa 11998888[[55]] jjee nnaattaannččnneejjššaa iizzoollaaccii jjaa ppookkaa--zzaallaa,, ddaa ssoo vv mmoorrsskkii vveettrrnniiccii pprriissoottnnee ttrrii rraazzll iiččnnee ffrraakkccii jjee.. OOdd tteehh jjee ddrruuggaa nnaajjbbooll jj ssttrruuppeennaa iinn zzaattoo nnaajjzzaanniimmiivveejjššaa ((ttaakkoo pprriiddeemmoo ttuuddii ddoo iimmeennaa eekkvviinnaattookkssiinn IIII)).. DDvvee lleettii kkaassnneejjee[[66]] ssoo mmeerrii --ttvvee zznnoottrraajjcceell iiččnneeggaa CCaa++22 sskkuuppaajj zz eelleekkttrrooff iizziioolloošškkiimmii mmeerrii ttvvaammii ppookkaazzaallee,, ddaa EEqqttII II nnaajjvveerrjjeettnneejjee ttvvoorrii ((kkaattiioonnsskkoo sseelleekkttiivvnnee)) kkaannaallččkkee.. LLeettaa 11999933[[77]] jjee bbii ll ss ppoommooččjjoo oossmmoopprrootteekk--ttaannttoovv oocceennjjeenn nnoottrraannjj ii pprreemmeerr ppoorree ((11..11 nnmm)).. PPrraavv ttaakkoo jjee bbii lloo ppookkaazzaannoo,, ddaa ppoorroo ttvvoorrii vveečč eennoott EEqqttIIII ((33 aall ii 44)).. PPrriimmaarrnnaa ssttrruukkttuurraa jjee bbii llaa ddoollooččeennaa ššeellee lleettaa 11999944[[88]] .. DDvvee lleettii kkaassnneejjee[[99]] jjee bbii ll ggeenn zzaa EEqqttII II kklloonnii rraann iinn iizzrraažžeenn vv EE.. ccooll ii .. EEkksspprreessii jjsskkii ssiisstteemm jjee oommooggooččii ll pprrooiizzvvooddnnjjoo cciisstteeiinnsskkiihh mmuuttaannttoovv[[1100]] ,, kkii ssoo zzaanniimmiivvii zzaarraaddii mmoožžnnoossttii vveezzaavvee rraazzll iiččnniihh oozznnaaččeevvaallcceevv nnaa ttooččnnoo ddoollooččeennoo mmeessttoo.. SSeevveeddaa ssoo zzaanniimmiivvee ttuuddii ddrruuggee mmuuttaaggeennee ššttuuddii jjee,, rreecciimmoo ttooččkkoovvnnee mmuuttaaccii jjee aammiinnookkiissll iinnsskkiihh oossttaannkkoovv,, ppoovveezzaanniihh ss ffuunnkkccii jjoo[[1111]] .. LLeettaa 22000011[[11]] jjee bbii llaa ddoollooččeennaa kkrrii --ssttaallnnaa ssttrruukkttuurraa pprroosstteeggaa EEqqttIIII,, lleettaa 22000022[[22]] ppaa ššee NNMMRR ssttrruukkttuurraa ((rraavvnnoo ttaakkoo pprroossttee oobbll iikkee))..

SSll iikkaa 22:: KKrriissttaallnnaa ssttrruukkttuurraa eekkvviinnaattookkssiinnaa II II

VViiddiimmoo,, ddaa jj eeddrr oo mmoolleekkuullee sseessttaavvll jj aa ββ--sseennddvviičč,, kkii jj ee nnaa vvssaakkii ssttrr aannii »»ookkrr aaššeenn«« zz αα--vvii jj aaččnniiccoo.. PPrr oozzoorr nnoo jj ee pprr iikkaazzaann cceelloottnnii oovvoojj pprr ootteeiinnaa.. ZZ rr ddeeččoo jj ee oozznnaaččeenn NN--kkoonnččnnii ddeell pprr ootteeiinn,, kkii ssee vvggrr aaddii vv mmeemmbbrr aannoo.. ZZ rr uu--mmeennoo jj ee oozznnaaččeennaa sskkuuppiinnaa hhiiddrr ooffoobbnniihh kkiissll iinn,, kkii ssooddeelluujj eeoojj oo pprr ii vveezzaavvii EEqqtt II II nnaa mmeemmbbrr aannoo ((lleevvoo)):: PPrr iikkaazz oodd ssttrr aannii .. LL eevvaa αα--vvii jj aaččnniiccaa ((rr ddeeččee oozznnaaččeenn NN--kkoonneecc)) ssee ddoommnneevvnnoo vvggrr aaddii vv mmeemmbbrr aannoo.. ((ddeessnnoo)):: PPoogglleedd oobbrr nnjj eenn zzaa 9900°° ookkooll ii nnaavvppiiččnnee oossii .. PPDDBB II DD:: 11II AAZZ.. SSll iikkaa jj ee nnaarr eejj eennaa zz VVMM DD[[1122]]..

VViijjaaččnniiccaa AA

VViijjaaččnniiccaa BB GGrruuččaa hhiiddrrooffoobbnniihh kkiisslliinn

UUvvoodd


NNaa ppooddllaaggii rreeššeenniihh 33DD--ssttrruukkttuurr EEqqttII II iinn ššttuuddii jj mmuuttaannttoovv jjee bbii ll ppoossttaavvll jjeenn nnaasslleeddnnjj ii mmooddeell ((ssll iikkaa 33))::

PPrreeddvviiddeenn mmeehhaanniizzeemm vvkkll jjuuččuujjee ((vvssaajj )) ššttii rrii kkoorraakkee:: vveezzaavvoo vvooddoottooppnnee oobbll iikkee nnaa mmeemmbbrraa--nnoo,, kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkoo sspprreemmeemmbboo NN--kkoonnččnnee aall ffaa vvii jjaaččnniiccee,, ooll iiggoommeerriizzaaccii jjoo 44 ppooddeennoott iinn ppeenneettrraaccii jjoo NN--kkoonnččnneeggaa ddeellaa sskkoozzii mmeemmbbrraannoo..

EEqqttIIII ssee vv rraazzttooppiinnii nnaahhaajjaa vv vvooddoottooppnnii mmoonnoommeerrnnii oobbll iikkii ((SS)).. SS ppoommooččjjoo hhiiddrrooffoobb--nnee ggrruuččee aammiinnookkiissll iinn ((YY110088,, WW111122,, YY111133,, WW111166,, YY113333,, YY113377,, YY113388)) ssee EEqqttII II ssppeeccii ff iiččnnoo vveežžee nnaa mmeemmbbrraannee,, kkii vvsseebbuujjeejjoo ssff iinnggoommiieell iinn ((SSMM)).. VVllooggaa ggrruuččee jjee bbii llaa ddookkaazzaannaa ss ff lluurreess--cceennccoo[[1111]] ,, ppllaazzmmoonnsskkoo rreessoonnaannccoo[[1144]] ,, 1199FF NNMMRR ssppeekkttrroosskkooppii jjoo[[1155]] tteerr mmeerrii ttvvaammii aakkttiivvnnoossttii mmuuttaannttoovv EEqqttII II.. ZZaa ssppeeccii ff iiččnnoo vveezzaavvoo SSMM ssttaa nnaajjppoommeemmbbnneejjššaa aammiinnookkiissll iinnsskkaa oossttaannkkaa WW111122 iinn YY111133[[1166]] .. SSppeeccii ff iiččnnoosstt zzaa SSMM oommooggooččaa mmoorrsskkii vveetteerrnniiccii ooddppoorrnnoosstt nnaa EEqqttII II,, ssaajj nnjjeennee mmeemmbbrraannee nnee vvsseebbuujjeejjoo SSMM [[1177]] ..

ZZaa nnaaddaall jjnnjjoo ttvvoorrbboo ppoorree jjee nnuujjeenn pprreemmiikk NN--kkoonnččnneeggaa ddeellaa nnaa mmeemmbbrraannoo ((pprreehhoodd iizz MM11 vv MM22)),, kkaarr jjee bbii lloo lleeppoo ppookkaazzaannoo zz ddvvoojjnniimm VV88CC iinn KK6699CC mmuuttaannttoomm,, pprrii kkaatteerreemm ssee vv rreedduuccii rraanneemm ssttaannjjuu NN--kkoonnččnnaa vvii jjaaččnniiccaa zzaarraaddii ddiissuull ff iiddnneeggaa mmoossttiiččkkaa nnee mmoorree ooddlleeppii ttii oodd ββ--sseennddvviiččaa[[1144]] .. NNaaddaall jjnnjjee ššttuuddii jjee zz ddvvoojjnniimmii mmuuttaannttii ssoo ppoottrrddii llee,, ddaa EEqqttII II zzaa ddeelloovvaannjjee ppoott--rreebbuujjee ff lleekkssiibbii llnnii NN--kkoonnččnnii ddeell iinn ssttaabbii llnnii ββ--sseennddvviičč[[1188]] ..

ZZaa ooll iiooggmmeerriizzaaccii jjoo jjee kkll jjuuččeenn ll iizziinn nnaa mmeessttuu 7777 ((KK7777)).. MMuuttaaccii jjaa ll iizziinnaa vv cciisstteeiinn ((KK7777CC)) 110000--kkrraatt zzmmaannjjššaa aakkttiivvnnoosstt pprrootteeiinnaa.. MMuuttaanntt ttvvoorrii ttuuddii vveeččjjee ppoorree,, vveennddaarr ppaa ssee nnaa mmeemmbbrraannoo vveežžee sskkoorraajj ttaakkoo ddoobbrroo kkoott ddiivvjj ii ttiipp.. UUvveeddbbaa ppoozzii ttiivvnneeggaa nnaabboojjaa nnaa cciisstteeiinnuu aakk--ttiivvnnoosstt oobbnnoovvii [[1199]] ..

NN--kkoonneecc ssee nnaattoo pprreerriinnee sskkoozzii mmeemmbbrraannoo,, kkaarr jjee bbii lloo ppookkaazzaannoo ss ppoommooččjjoo eelleekkttrrooff ii --zziioolloošškkiihh mmeerrii tteevv pprreevvooddnnoossttii ttookkaa sskkoozzii ppoorroo pprrii mmuuttaannttuu SS11CC[[2200]] .. ČČee jjee nnaa NN--kkoonneecc EEqqttII II ddooddaann hhiissttiiddiinnsskkii rreeppeekk ((66 hhiissttiiddiinnoovv)),, kkaažžee ppoorraa cceelloo nnaappeettoossttnnoo ooddvviissnnoo pprreevvooddnnoosstt.. DDee--lleeccii jjsskkii mmuuttaanntt ∆∆55 ((iizzbbrriissaanniihh pprrvviihh 55 aammiinnookkiissll iinn)) ppaa ttvvoorrii ddvvee vvrrssttii ppoorr,, ttaakkee ss ppoollnnoo iinn ppoolloovviiččnnoo pprreeppuussttnnoossttjjoo.. DDiivvjj ii ttiipp ppaa ttvvoorrii ppoorree llee ss ppoollnnoo pprreeppuussttnnoossttjjoo.. TTaakkoo llaahhkkoo zzaakk--ll jjuuččiimmoo,, ddaa pprrvviihh ppeett aammiinnookkiissll iinn 55 ddeelluujjee kkoott mmeemmbbrraannsskkoo ssiiddrroo iinn ssttaabbii ll iizzii rraa ooddpprrttjjee ppoorree..

NN--kkoonnččnnii ff rraaggmmeenntt ((aammiinnookkiissll iinnsskkii oossttaannkkii 11––3322)) vv vvooddnnii rraazzttooppiinnii nniimmaa ddoobbrroo ddee--ff iinnii rraannee ssttrruukkttuurree,, vv pprriissoottnnoossttii mmiicceell ppaa ttvvoorrii αα--vvii jjaaččnniiccoo,, kkaatteerree ssttrruukkttuurraa jjee bbii llaa ddoollooččeennaa zz NNMMRR[[2211]] .. SSaamm ffrraaggmmeenntt jjee bbrreezz hheemmooll ii ttiiččnnee aakkttiivvnnoossttii .. TTaakkoo llaahhkkoo zzaakkll jjuuččiimmoo,, ddaa jjee ββ--sseennddvviičč nnuujjeenn zzaa pprraavvii llnnoo uurreeddii tteevv iinn pprrii tteerrddii tteevv NN--kkoonnccaa nnaa mmeemmbbrraannoo.. VV mmoonnoommeerrnnii oobbll iikkii ttvvoorrii NN--kkoonnččnnii ddeell pprrootteeiinnaa αα--vvii jjaaččnniiccoo oodd 1155 ddoo 2266 mmeessttaa,, vv mmeemmbbrraannii oodd 1100 ddoo 2288[[1133]] mmeessttaa,, pprroosstt ff rraaggmmeenntt nnaa ppoovvrrššiinnii mmiicceell ppaa ttvvoorrii vvii jjaaččnniiccoo oodd 66 ddoo 2288 mmeessttaa.. VViiddiimmoo,, ddaa ssee vv mmeemmbbrraannii αα--vvii jjaaččnniiccaa ppooddaall jjššaa,, kkaarr ssee lleeppoo sskkllaaddaa zz mmooddeelloomm..

SSll iikkaa 33:: MMeehhaanniizzeemm ddeelloovvaannjjaa EEqqttII II

PPrr ootteeiinn ssee vv rr aazzttooppiinnii nnaahhaajj aa vv oobbll iikkii mmoonnoommeerr aa ((SS)).. PPrreekkoo sskkuuppiinnee hhiiddrr ooffoobbnniihh aammiinnookkiissll iinnkkssiihh oossttaannkkoovv nnaa ddnnuu mmoolleekkuullee ssee vveežžee nnaa mmeemmbbrr aannoo ((MM 11)).. NN--kkoonnččnnaa aall ffaa vvii jj aaččnniiccaa ssee uulleežžee nnaa mmeemmbbrr aannoo ((MM 22)).. SSlleeddii ooll iiggoommeerr iizzaaccii jj aa iinn ttvvoorr bbaa ttoorr ooiiddaallnnee ppoorr ee ((PP)).. SSll iikkaa jj ee ppoovvzzeettaa ppoo [[1133]]..

SS

MM11 PP MM22 PP

UUvvoodd


MMooddeell pprreeddppoossttaavvll jjaa ttoorrooiiddnnoo ppoorroo ((kkaarr ppoommeennii ,, ddaa ssoo ggllaavvee ll iippiiddoovv ttuuddii vv sstteennaahh ppoorree)),, sseessttaavvll jjeennoo iizz 44 eennoott EEqqttIIII,, kkaatteerriihh NN--kkoonnččnnii ddeell ttvvoorrii sstteennee ppoorree.. AAmmiinnookkiissll iinnsskkii oossttaannkkii 1100––2288 ttvvoorrii jjoo αα--vvii jjaaččnniiccoo,, kkii jjee vv mmeemmbbrraannoo vvrriinnjjeennaa ppoodd kkoottoomm pprriibbll iižžnnoo 2200°°.. VVeell iikkoosstt ppoorree jjee nnaa nnaajjoožžjjeemm ddeelluu ((PPrrii DD1100)) pprriibbll iižžnnoo 11,,33 nnmm[[1133,,2222]] ..

PPrreeddppoossttaavvll jjeennii mmooddeell ssee ddoobbrroo uujjeemmaa ttuuddii zz ssttrruukkttuurroo ppoorree nniizzkkee llooččll jj iivvoossttii ((1188 ÅÅ)) ssoorrooddnneeggaa pprrootteeiinnaa ssttiihhooll iizziinnaa IIII ((SSttnnII II))[[33]] .. SSttrruukkttuurraa jjee bbii llaa ddoollooččeennaa iizz mmiikkrrooggrraaffoovv ppoossnnee--ttiihh ss pprreesseevvnniimm eelleekkttrroonnsskkiimm mmiikkrroosskkooppoomm nnaa 22DD--kkrriissttaall iihh SSttnnII II vv mmeemmbbrraannii .. VV eelleekkttrroonnsskkoo oovvoojjnniiccoo ppoorree nniizzkkee rreessoolluuccii jjee ssoo bbii ll ii vvssttaavvll jjeennii 44 mmoonnoommeerrii SSttnnIIII ((ddoollooččeennii vv rraazzttooppiinnii zz rreessoolluuccii jjoo 11,,77 ÅÅ)).. PPookkaazzaalloo ssee jjee,, ddaa ssee NN--kkoonnččnnii ddeell mmoonnoommeerrnnee oobbll iikkee SSttnnIIII nnee sskkllaaddaa zz oovvoojjnniiccoo ppoorree,, ddoossttii bbooll jjššee uujjeemmaannjjee ppaa ddoobbiimmoo,, ččee NN--kkoonnččnnii ddeell zzaassuukkaammoo.. MMooddeell ppoorree SSttnnII II pprreeddppoossttaavvll jjaa,, ddaa jjee kkoott mmeedd nnoorrmmaalloo mmeemmbbrraannee iinn αα--vvii jjaaččnniiccoo pprriibbll iižžnnoo 3300°°,, kkaarr ssee ddoobbrroo uujjeemmaa zz mmooddeelloomm EEqqttIIII.. SSll iikkaa 44 pprriikkaazzuujjee mmooddeell ppoorree SSttnnII II..

ZZaarraaddii rreellaattiivvnnoo nniizzkkee llooččll jj iivvoosstt 22DD--kkrriissttaallooggrraaff ii jjee ssoo zzaanniimmiivvee ttuuddii ddrruuggee mmeettooddee,, kkii bbii oommooggooččii llee ddoollooččii tteevv ssttrruukkttuurrnniihh llaassttnnoossttii ppoorree.. MMeettooddaa,, vvrreeddnnaa pprreeiizzkkuussaa,, jjee SSDDSSLL--EEPPRR..

SSll iikkaa 44:: MMooddeell ssttrruukkttuurree ppoorree SSttnnII II

PPoossaammeezznnii mmoonnoommeerr ii ssoo oobbaarr vvaannii zz rr aazzll iiččnniimmii bbaarr vvaammii.. NN--kkoonnččnnii ddeell pprr ootteeiinnaa vv oobbll iikkii αααααααα--vvii jj aaččnniiccee ssttaabbii ll iizzii rr aa sstteennee ttoorr ooiiddnnee ppoorr ee.. ((lleevvoo)):: PPoogglleedd oodd zzggoorr aajj ,, iizz zzuunnaajj cceell iiččnnee ssttrr aannii .. ((ddeessnnoo)):: PPoogglleedd oodd ssttrr aannii .. PPoovvzzeettoo ppoo [[33]]..

UUvvoodd


MMeessttnnoo ssppeeccii ff iiččnnoo ssppiinnsskkoo oozznnaaččeevvaannjjee ((SSDDSSLL –– SSii ttee DDiirreecctteedd SSppiinn LLaabbeell iinngg))

DDeelloovvaannjjee pprrootteeiinnoovv llaahhkkoo nnaajjbbooll jjee rraazzuummeemmoo,, ččee ppoozznnaammoo nnjj iihhoovvoo ssttrruukkttuurroo iinn ddiinnaammiikkoo.. KKllaassiiččnnii mmeettooddii zzaa ddoollooččeevvaannjjee ssttrruukkttuurree ssttaa rr eennttggeennsskkaa kkrr iissttaallooggrr aaff ii jj aa iinn nnuukklleeaarr nnaa mmaaggnneettnnaa rr eessoonnaannccaa ((NNMM RR)).. PPrrii rreennttggeennsskkii kkrriissttaallooggrraaff ii jj ii ppoottrreebbuujjeemmoo kkrriissttaall pprrootteeiinnaa,, iizz kkaatteerreeggaa llaahhkkoo ss ppoommooččjjoo žžaarr--kkoovv XX pprriiddoobbiimmoo iinnffoorrmmaaccii jjoo oo eelleekkttrroonnsskkii ggoossttoottii oossnnoovvnnee cceell iiccee.. MMeettooddaa ooddppoovvee,, ččee nnee zznnaammoo pprriipprraavvii ttii kkrriissttaallaa pprrootteeiinnaa.. PPrrii NNMMRR llaahhkkoo iizzmmeerriimmoo rraazzddaall jjee mmeedd pprroottoonnii vv rraazzttooppll jjeenneemm pprrootteeiinnuu.. NNaattoo llaahhkkoo sseessttaa--vviimmoo ddrruužžiinnoo ssttrruukkttuurr,, kkii rraazzddaall jjaamm uussttrreezzaajjoo.. PPoottrreebbuujjeemmoo vveell iikkee kkoonncceennttrraaccii jjee pprrootteeiinnaa,, oommeejjeennii ppaa ssmmoo ttuuddii nnaa mmaannjjššee ssiisstteemmee.. SSttrruukkttuurree pprrootteeiinnsskkeeggaa ssiisstteemmaa,, kkii nnee kkrriissttaall iizzii rraa,, aall ii ttaakkeeggaa,, kkii jjee pprreevveell iikk,, ttaakkoo nnee mmoorreemmoo ddoobbii ttii ss kkllaassiiččnniimmii mmeettooddaammii .. GGllaavvnnii pprreeddssttaavvnniikkii ttaakkiihh ssiisstteemmoovv ssoo mmeemmbbrraannsskkii pprrootteeii --nnii [[2233]] .. SSDDSSLL jjee aall tteerrnnaattiivvnnaa mmeettooddaa,, kkii nnaamm oommooggooččaa ssttrruukkttuurrnnoo ((iinn ddiinnaammiiččnnoo)) kkaarraakktteerriizzaaccii jjoo oommeennjjeenniihh ssiisstteemmoovv[[2244,,2255]].. KKeerr tteemmeell jj ii nnaa eelleekkttrroonnsskkii ppaarraammaaggnneettnnii rreessoonnaannccii ,, ppoottrreebbuujjeemmoo vv ssiisstteemmuu nneessppaarrjjeenn eelleekkttrroonn.. VV pprrootteeiinn llaahhkkoo ss ppoommooččjjoo mmeessttnnoo ssppeeccii ff iiččnnee mmuuttaaggeenneezzee nnaa ppooll jjuubbnnoo mmeessttoo vvssttaavviimmoo cciisstteeiinn,, llee tteeggaa ppaa oozznnaaččiimmoo ss ssppiinnsskkiimm oozznnaaččeevvaallcceemm** .. PPrroocceess pprriikkaazzuujjee ssll iikkaa 55..

** TToo jjee ssttaabbii llnnaa mmoolleekkuullaa,, kkii vvsseebbuujjee nneessppaarrjjeenn eelleekkttrroonn..

SSll iikkaa 55:: PPrriikkaazz ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaannjjaa pprrootteeiinnaa

LL eevvoo jj ee pprr iikkaazzaannaa vveezzaavvaa ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa nnaa cciisstteeiinn vv pprr ootteeiinnuu.. PPrr iikkaazzaann jj ee ssppiinnsskkii oozznnaaččeevvaalleecc MM TTSSLL ((11--ookkssii ll --22,,22,,55,,55--tteettrr aammeett ii llppii rr ooll iinn--33--mmeett ii ll mmeettaannoott iioossuull ffaatt)).. ZZ rr ddeeččoo jj ee oozznnaaččeenn ddiissuull ff iiddnnii mmoosstt iiččeekk,, ss kkaattee--rr iimm jj ee MM TTSSLL pprr ii tt rr jj eenn nnaa cciisstteeiinn.. DDeessnnoo jj ee pprr iikkaazzaann EEqqtt II II ,, oozznnaaččeenn zz MM TTSSLL nnaa mmeessttuu 1188.. PPrr ootteeiinnsskkaa hhrr bbtteenniiccaa jj ee pprr iikkaazzaannaa ss ssiivvoo,, aattoommii ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa ((sskkuuppaajj ss cciisstteeiinnoomm)) ppaa ssoo pprr iikkaazzaannii kkoott kkrr ooggll iiccee.. ((OO –– rr ddeeččee;; NN –– mmooddrr oo;; HH –– bbeelloo;; SS –– rr uummeennoo;; CC –– zzeelleennoo)).. DDeessnnaa ssll iikkaa jj ee nnaarr eejj eennaa zz VVMM DD[[1122]]..

N

CH3H3C

H3CCH3

OS

S

O

O

HS

MMTTSSLL CCiisstteeiinn

((vv pprrootteeiinnuu))

OOzznnaaččeennii pprrootteeiinn

++

UUvvoodd


SS ppoommooččjjoo rraazzll iiččnniihh iizzvveeddbb SSDDSSLL--EEPPRR llaahhkkoo iizzlluuššččiimmoo ppooddaattkkee oo:: •• KK eemmii jj sskkeemm ookkooll jj uu iinn ggiibbaannjj uu ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa[[2266--2288]]

OObbll iikkaa ssaammeeggaa EEPPRR ssppeekkttrraa jjee oobbččuuttll jj iivvaa nnaa llookkaallnnoo ookkooll jjee iinn ggiibbaannjjee ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa.. TTaakkoo llaahhkkoo zz aannaall iizzoo ssppeekkttrraa ddoobbiimmoo iinnffoorrmmaaccii jjoo oo tteemm,, kkaakkoo hhii ttrroo iinn ppoo kkaakkššnneemm pprroossttoorruu ssee oozznnaaččeevvaalleecc ggiibbll jjee tteerr kkaakkššnnaa jjee ppoollaarrnnoosstt ookkooll jjaa.. ČČee iimmaa--mmoo oozznnaaččeenniihh vveečč mmeesstt,, llaahhkkoo nnaa ttaakk nnaaččiinn žžee kkaarraakktteerriizzii rraammoo ssttrruukkttuurroo iinn sskklleeppaammoo,, kkaatteerrii ddeell ii pprrootteeiinnaa ssoo vvssttaavvll jjeennii vv mmeemmbbrraannoo[[2299,,3300]] ..

•• DDoossttooppnnoosstt ii ttooppii llaa ddoo ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa[[3311,,3322]] PPaarraammaaggnneettnnee ssnnoovvii rraazzššii rrii jjoo ččrrttee EEPPRR ssppeekkttrraa.. TTaakkoo llaahhkkoo zz vvooddoottooppnniimmii ppaarraammaa--ggnneettnniimmii ssnnoovvmmii iizzmmeerriimmoo ddoossttooppnnoosstt ttooppii llaa ddoo ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa vv pprrootteeiinnuu.. SS ppaarraammaaggnneettnniimmii ssnnoovvmmii ,, kkii ssoo ttooppnnee vv mmeemmbbrraannaahh,, ppaa llaahhkkoo ddoollooččiimmoo,, kkaakkoo gglloo--bboo jjee oozznnaaččeevvaalleecc vvssttaavvll jjeenn vv mmeemmbbrraannoo.. ČČee iimmaammoo oozznnaaččeenniihh vveečč mmeesstt,, llaahhkkoo ddoobbiimmoo rreellaattiivvnnoo oorriieennttaaccii jjoo pprrootteeiinnaa vv mmeemmbbrraannii ..

•• RRaazzddaall jj ii mmeedd ddvveemmaa ssppiinnsskkiimmaa oozznnaaččeevvaallcceemmaa[[3333--3355]] PPrrii tteejj rraazzll iiččiiccii mmeettooddee ppoottrreebbuujjeemmoo ddvvee rraazzll iiččnnii oozznnaaččeennii mmeessttii vv pprrootteeiinnuu** .. IIzz ššii rrii --ttvvee ssppeekkttrroovv llaahhkkoo iizzrraaččuunnaammoo rraazzddaall jjoo mmeedd ssppiinnsskkiimmaa oozznnaaččeevvaallcceemmaa.. MMeerriimmoo llaahhkkoo rraazzddaall jjee oodd 88 ddoo 7700 ÅÅ.. MMeettooddaa jjee zzeelloo uuppoorraabbnnaa,, ččee iimmaammoo nnaa rraazzppoollaaggoo ssttrruukkttuurree mmoonnoommeerroovv zz vviissookkoo rreessoolluuccii jjoo,, zzaanniimmaa ppaa nnaass oorriieennttaaccii jjaa mmoonnoommeerroovv vv mmuull ttiimmeerrnneemm kkoommpplleekkssuu..

ČČaassoovvnnaa sskkaallaa mmeettooddee jjee pprriibbll iižžnnoo nnss.. TTaakkoo llaahhkkoo vvssee zzggoorraajj oommeennjjeennee mmeettooddee uuppoorraabbiimmoo ttuuddii zzaa ššttuuddii jj ddiinnaammiikkee kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiihh sspprreemmeemmbb aall ii vveezzaavvee pprrootteeiinn--pprrootteeiinn oozz pprrootteeiinn----mmeemmbbrraannaa[[3366]] .. OOssttaallee pprreeddnnoossttii SSDDSSLL--EEPPRR ssoo nnjjeennaa iizzvvrrssttnnaa oobbččuuttll jj iivvoosstt ((ppoottrreebbuujjeemmoo kkoonncceennttrraaccii jjoo pprrootteeiinnaa vvssaajj 1100µµMM –– pprrii NNMMRR ppoorrtteebbuujjeemmoo vvssaajj 11 mmMM)) iinn mmoožžnnoosstt,, ddaa aannaall iizzii rraammoo ppooll jjuu--bbnnoo vveell iikkee ssiisstteemmee vv rraazzttooppiinnii pprrii ff iizziioolloošškkiihh ppooggoojj iihh.. SSllaabbee ssttrraannii ppaa nnjjeennaa rreellaattiivvnnoo nniizzkkaa ssttrruukkttuurrnnaa rreessoolluuccii jjaa iinn ppoottrreebbaa ppoo pprriipprraavvii mmnnooggiihh cciisstteeiinnsskkiihh mmuuttaannttoovv.. NNeeddaavvnnoo jjee bbii ll rraazzvvii tt zzeelloo oobbeettaajjoočč pprriissttoopp,, kkii oommooggooččaa pprreettvvoorrbboo ssppeekkttrroosskkooppsskkiihh ppooddaatt--kkoovv vv ssttrruukkttuurrnnee[[3377,,3388]] .. SS ppoommooččjjoo nnaapprreeddnnee aannaall iizzee ssppeekkttrroovv[[2266,,2277]] llaahhkkoo ddoobbiimmoo ppooddrrooččjjee ggiibbaannjjaa ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa.. IIzz zznnaannee ssttrruukkttuurree llaahhkkoo pprreekkoo mmooddeell ii rraannjjaa kkoonnffoorrmmaaccii jj --sskkiihh pprroossttoorroovv ((CCSSMM)) eennaakkoo kkooll iiččiinnoo ttuuddii iizzrraaččuunnaammoo.. PPrrootteeiinnsskkoo ssttrruukkttuurroo llaahhkkoo sspprreemmiinnjjaammoo ttooll iikkoo ččaassaa,, ddookklleerr nnee ddoobbiimmoo ddoobbrreeggaa uujjeemmaannjjaa mmeedd eekkssppeerriimmeennttaallnniimmii ppoo--ddaattkkii iinn ssiimmuullaaccii jjoo.. PPrriimmeerr rreeššeevvaannjjaa ssttrruukkttuurree pprrootteeiinnaa MM1133 pprriikkaazzuujjee ssll iikkaa 66.. VV nnaaddaall jjeevvaannjjuu ssoo ooppiissaannee vvssee ppooddrroobbnnoossttii aannaall iizzee ggiibbaannjjaa ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa iizz EEPPRR ssppeekkttrraa,, kkoott ttuuddii ppooddrroobbnnoossttii CCSSMM.. GGiibbaannjjee ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa ssmmoo pprreeuuččii ll ii ttuuddii ss ppoo--mmooččjjoo mmoolleekkuurraannee ddiinnaammiikkee.. TTaakkoo pprreeddssttaavvll jjaa ddiipplloommaa iizzvvrrssttnnoo iizzhhooddiiššččee zzaa nnaaddaall jjnnjjee oozznnaaččeevvaannjjee EEqqttII II iinn ssttrruukkttuurrnnoo kkaarraakktteerriizzaaccii jjoo nnjjeeggoovveeggaa NN--kkoonnččnneeggaa ddeellaa..

** VV pprriimmeerruu hhoommoommuull ttiimmeerrnniihh kkoommpplleekkssoovv llaahhkkoo zzaaddoossttuujjee llee eennoo mmeessttoo.. PPrraavv ttaakkoo ppootteebbuujjeemmoo llee eennoo oozznnaa--ččeennoo mmeessttoo,, ččee ssee vv pprrootteeiinnuu nnaahhaajjaa kkoovviinnaa pprreehhooddaa..

UUvvoodd


SSll iikkaa 66:: SShheemmaattsskkii pprreegglleedd ooppttiimmiizzaaccii jjee ssttrruukkttuurree pprrootteeiinnaa zz SSDDSSLL--EEPPRR iinn CCSSMM

KK oott vvhhooddnnii ppooddaatteekk ppoottrr eebbuujj eemmoo SSDDSSLL --EEPPRR ssppeekkttrr ee vveečč rr aazzll iiččnniihh ppoozziiccii jj iinn ppoozznnaannoo pprr iimmaarr nnoo ssttrr uukk--ttuurr oo pprr ootteeiinnaa.. VVkkll jj uuččiimmoo ppaa llaahhkkoo ttuuddii nnaappoovveeddii 33DD--ssttrr uukkttuurr ee oozz.. ppooddaattkkee oo ssttrr uukkttuurr ii ,, pprr iiddoobbll jj eennee iizz ddrr uuggiihh vviirr oovv..

EEkkssppeerr iimmeennttaallnnii ddeell zzaajj eemmaa SSDDSSLL --EEPPRR ssppeekkttrr oovv jj ee oozznnaaččeenn zz mmooddrr oo.. PPoottrr eebbuujj eemmoo vveeččjj ee šštteevvii lloo cciissttee--iinnsskkiihh mmuuttaannttoovv pprr ootteeiinnaa,, kkii jj iihh oozznnaaččiimmoo ss ssppiinnsskkiimm oozznnaaččeevvaallcceemm ((ssll iikkaa 55)).. NNaattoo zzaajj aammeemmoo vveeččjj ee šštteevvii lloo ssppeekkttrr oovv [[AA –– pprr iikkaazzaann jj ee llee eenn pprr iimmeerr ssppeekkttrr aa]] ,, jj iihh oobbddeellaammoo iinn iizz nnjj iihh iizzlluuššččiimmoo vveell iikkoosstt kkoonn--ffoorr mmaaccii jj sskkeeggaa pprr oossttoorr aa ((CCSS)) ΩΩEE [[BB]] .. TTaakkoo ddoobbiimmoo pprr ooff ii ll kkoonnffoorr mmaaccii jj sskkiihh pprr oossttoorr oovv vv ooddvviissnnoosstt ii oodd ppoozziiccii jj ee mmeessttaa vv pprr iimmaarr nnii sstt rr uukkttuurr ii [[CC]] ..

PPootteekk ssiimmuullaaccii jj ee iinn oopptt iimmiizzaaccii jj ee pprr ootteeiinnsskkee ssttrr uukkttuurr ee jj ee oozznnaaččeenn zz zzeelleennoo.. II zzbbeerr eemmoo ssii zzaaččeettnnoo ssttrr uukkttuu--rr oo iinn ddrr uuggee ssttrr uukkttuurr nnee ppaarr aammeettrr ee ssiisstteemmaa [[DD]].. SSttrr uukkttuurr oo llaahhkkoo ggeenneerr ii rr aammoo nnaakkll jj uuččnnoo aall ii ssii ppoommaaggaammoo ss ppooddaattkkii rr aazzll iiččnniihh eekkssppeerr iimmeennttaallnniihh mmeettoodd.. SS ppoommooččjj oo CCSSMM iizzrr aaččuunnaammoo vveell iikkoosstt kkoonnffoorr mmaaccii jj sskkeeggaa pprr oossttoorr aa zzaa vvssaakkoo eekkssppeerr iimmeennttaallnnoo oozznnaaččeennoo ppoozziiccii jj oo [[EE]] .. TTaakkoo ddoobbiimmoo ΩΩSS vv ooddvviissnnoosstt ii oodd ppoozziiccii jj ee vv pprr iimmaarr nnii ssttrr uukkttuurr ii [[FF]] .. DDoobbll jj eenn pprr ooff ii ll llaahhkkoo pprr iimmeerr jj aammoo zz eekkssppeerr iimmeennttaallnniimm ((pprr iimmeerr jj aammoo CC iinn FF)).. ČČee jj ee uujj eemmaannjj ee ddoovvooll jj ddoobbrr oo [[ II ]] ,, llaahhkkoo ssttrr uukkttuurr oo šštteejj eemmoo mmeedd rr eeššii ttvvee [[JJ]] .. DDrr uuggaaččee ppaa sspprr eemmeenniimmoo ssttrr uukk--ttuurr oo pprr ootteeiinnaa ((ddiihheeddrr aallnnee kkoottee iinn oossttaallee ppaarraammeettrr ee ssiisstteemmaa)) [[HH]].. PPoonnoovvnnoo ppoonnoovviimmoo [[EE--GG]] iinn uuppaammoo,, ddaa bboommoo ddoobbii ll ii bbooll jj ššee uujj eemmaannjj ee.. CCiikkeell [[EE--FF]] ppoonnaavvll jj aammoo,, ddookklleerr nnee ddoosseežžeemmoo zzaaddoovvooll jj iivveeggaa uujj eemmaannjj aa..

RReezzuull ttaatt oopptt iimmiizzaaccii jj ee jj ee ddrr uužžiinnaa ssttrr uukkttuurr ,, kkii ssee eekkssppeerr iimmeennttaallnniimm ppooddaattkkoomm nnaajj bbooll jj ee pprr ii lleeggaa [[JJ]].. SSll iikkaa jj ee ppoovvzzeettaa ppoo [[3388]]..

MM eessttnnoo ssppeeccii ff iiččnnoo oozznnaaččeevvaannjj ee

PPrr ooff ii ll vveell iikkoosstt ii CCSS ((ΩΩEE)) ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa nnaa rr aazzll iiččnniihh ppoozziiccii jj aahh SSiimmuull ii rr aann CCSS ((ΩΩSS))

SS ii mm

uu ll aa

cc iijj aa

kkoo nn

--ff oo

rr mmaa cc

ii jjss kk

ii hh

pp rr oo

ss ttoo rr

oo vv ((

CCSS M

M))

ZZaaččeettnnaa ppaarraammeettrriizzaaccii jjaa pprrootteeiinnsskkee hhrrbbtteenniiccee iinn oossttaall iihh ppaarraammeettrroovv ((nnpprr rreellaattiivvnnii ppoolloožžaajj vv mmeemm--bbrraannii))

44554400 3355 3300 2255 2200 1155110055

00..88

00..66

00..44

00..22

11

00

ZZaaččeettnnii ppooddaattkkii :: aa)) pprriimmaarrnnaa ssttrruukkttuurraa pprrootteeiinnaa bb)) nnaappoovveeddii sseekkuunnddaarrnnee ssttrruukkttuurree,, 33DD--

--ssttrruukkttuurree ppooddoobbnniihh pprrootteeiinnoovv,, eekkssppeerrii --mmeennttaallnnii ppooddaattkkii oossttaall iihh mmeettoodd..

ZZaa jj

ee mm ss

pp ee kk

tt rroo vv

445544003355 33002255 2200 11551100

11

55

00..88

00..66

00..44

00..22

00

ΩΩ

ΩΩ

ΩΩEE↔↔ ΩΩSS ZZ

aa ddoo vv

oo lljj ii

vv oo uu

jj ee--

mmaa nn

jj ee mm

ee dd ΩΩ

EE ii n

n ΩΩ

SS

SS pp rr

ee mmee mm

bb aa

pp aa rr

aa mmee tt

rr oovv

ss ttrr uu

kk tt uu

rr ee,, tt

aa kkoo

dd aa

dd oo bb

ii mmoo

bb oo ll

jj ššee

uu jj ee

mmaa nn

jj ee mm

ee dd ΩΩ

EE ii nn

ΩΩSS

PPrr iimmeerr jj aavvaa ssiimmuull ii rr aanniihh iinn iizzmmeerr jj eenniihh ΩΩ

AAnn a

a llii zz

aa ss pp

ee kktt rr

oo vv

KK oonnččnnaa rr eeššii tteevv:: DDrr uužžiinnaa ssttrr uukkttuurr

A

B

C

D

E

F

G

H

I

J

NNaammeenn ddiipplloommee


NNaammeenn ddiipplloommee PPrreedd zzaaččeettkkoomm ddiipplloommee sseemm ssii zzaassttaavvii ll ttrrii rraazziisskkoovvaallnnee ccii ll jjee::

11.. PPrriimmeerrjjaavvaa ttrreehh mmeettoodd ((eelleekkttrroonnsskkee ppaarraammaaggnneettnnee rreessoonnaannccee,, mmooddeell ii rraannjjaa kkoonnffoorr--mmaaccii jjsskkiihh pprroossttoorroovv iinn mmoolleekkuullaarrnnee ddiinnaammiikkee)) zzaa kkaarraakktteerriizzaaccii jjoo kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa ((CCSS)) ssttrraannsskkee vveerriiggee aammiinnookkiissll iinnsskkeeggaa oossttaannkkaa vv pprrootteeiinnuu..

22.. PPrriimmeerrjjaavvaa rraazzll iikk vv kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeemm pprroossttoorruu ddoollooččeenneeggaa oossttaannkkaa mmeedd pprroossttiimm iinn nnaa mmeemmbbrraannoo vveezzaanniimm eekkvviinnaattookkssiinnoomm IIII..

33.. VVppeell jjaattii ((pprreeiizzkkuussii ttii )) pprroottookkooll zzaa ssppiinnsskkoo oozznnaaččeevvaannjjee ((eekkvviinnaattookkssiinnaa II II )) iinn ttaakkoo ppoossttaavvii ttii iizzhhooddiiššččee zzaa pprriihhooddnnjjee ddeelloo..

PPrr iimmeerr jj aavvaa ttrr eehh mmeettoodd zzaa kkaarr aakktteerr iizzaaccii jj oo kkoonnffoorr mmaaccii jj sskkeeggaa pprr oossttoorr aa ((CCSS)) PPrriimmeerrjjaavvaa mmeettoodd jjee zzaanniimmiivvaa zz vveeččiihh ppoogglleeddoovv:: KKoommbbiinnaaccii jjaa CCSSMM iinn SSDDSSLL--EEPPRR nnaamm oommooggooččaa,, ddaa iizz EEPPRR ssppeekkttrroovv rraazzbbeerreemmoo zzvvii ttjjee pprroo--tteeiinnsskkee hhrrbbtteenniiccee.. KKvvaall ii tteettoo CCSSMM llaahhkkoo pprreevveerriimmoo zz zznnaannoo NNMMRR aall ii kkrriissttaallnnoo ssttrruukkttuurroo.. SS pprriimmeerrjjaavvoo MMDD iinn CCSSMM ppaa pprreevveerriimmoo pprreeddppoossttaavvkkee CCSSMM ** .. PPrrvvaa mmeettooddaa jjee eekkssppeerriimmeennttaallnnaa ((ssaajj tteemmeell jj ii nnaa ppoossnneettiihh EEPPRR ssppeekkttrriihh)),, pprreeoossttaall ii ddvvee ppaa ssttaa ssiimmuullaaccii jjsskkii ((ssaajj zz nnjj iimmaa ssiimmuull ii rraammoo ddoollooččeennee kkaarraakktteerriissttiikkee ssiisstteemmaa)).. EEkkssppeerriimmeennttee bbii llaahhkkoo iizzvveeddeell nnaa ppooll jjuubbnneemm pprrootteeiinnsskkeemm ssiisstteemmuu zz zznnaannoo ssttrruukkttuurroo iinn oobbssttoojjeeččiimmii cciisstteeiinnsskkiimmii mmuuttaannttii ((ppoottrreebbnniimmii zzaa SSDDSSLL)).. PPoo nnaakkll jjuuččjjuu sseemm nnaalleetteell nnaa pprroottee--iinn eekkvviinnaattookkssiinn IIII ((EEqqttII II)),, kkii zzggoorrnnjjaa ppooggoojjaa iizzppoollnnjjuujjee.. HHkkrraattii ppaa jjee ssiisstteemm zzaanniimmiivv zzaarraaddii ((ššee nnee ppooppoollnnoommaa rraazziisskkaanneeggaa)) mmeehhaanniizzmmaa ddeelloovvaannjjaa..

PPrr iimmeerr jj aavvaa rr aazzll iikk vv kkoonnffoorr mmaaccii jj sskkeemm pprr oossttoorr uu ddoollooččeenneeggaa oossttaannkkaa mmeedd pprr oosstt iimm iinn vv mmeemmbbrr aannoo vveezzaanniimm eekkvviinnaattookkssiinnoomm II II EEqqttIIII jjee ccii ttooll ii ttiiččnnii ttookkssiinn,, kkii ddeelluujjee ttaakkoo,, ddaa ttvvoorrii ppoorree vv cceell iiččnnii mmeemmbbrraannii .. SSttrruukkttuurraa pprrooss--tteeggaa EEqqttII II jjee ddoobbrroo ooppiissaannaa[[11,,22]] ,, ssttrruukkttuurraa vv//nnaa mmeemmbbrraannoo vveezzaanneeggaa EEqqttIIII ppaa ššee nnii ppooppoollnnoommaa rraazziisskkaannaa,, nnaa vvooll jjoo ssoo llee eelleekkttrroonnsskkii mmiikkrrooggrraaff ii ppoorree nneekkeeggaa ssoorrooddnneeggaa pprrootteeii --nnaa[[33]] .. SS pprriimmeerrjjaavvoo llookkaallnniihh kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiihh pprroossttoorroovv pprroosstteeggaa iinn vv mmeemmbbrraannoo vveezzaannaaggeeaa EEqqttIIII bbii ttaakkoo llaahhkkoo ddoobbii ll ii pprreecceejj iinnffoorrmmaaccii jj oo mmeemmbbrraannsskkii ssttrruukkttuurrii .. ZZaa ddeelloo sseemm ssii iizzbbrraall mmuuttaannttaa EEqqttII II II1188CC,, nnaa kkaatteerreemm sseemm iizzmmeerrii ll ssppeekkttrree pprroossttee iinn mmeemm--bbrraannsskkee kkoonnffoorrmmaaccii jjee EEqqttIIII..

VVppeell jj aatt ii ((pprr eeiizzkkuussii tt ii )) pprr oottookkooll zzaa ssppiinnsskkoo oozznnaaččeevvaannjj ee iinn ttaakkoo ppoossttaavvii tt ii iizzhhooddiiššččee zzaa pprr iihhooddnnjj ee ddeelloo SSeevveeddaa ppaa pprriimmeerrjjaavvaa kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa llee eennee ppoozziiccii jjee nnii ddoovvooll jj zzaa ssttrruukkttuurrnnoo kkaarraakktteerriizzaaccii jjoo EEqqttII II.. PPoommeemmbbeenn ddeell ddiipplloommee ssoo ttaakkoo eekkssppeerriimmeennttaallnnee iizzkkuuššnnjjee,, kkii jj iihh bboomm pprriiddoobbii ll mmeedd ddeelloomm,, nnaa pprriimmeerr:: iizzkkuuššnnjjee gglleeddee ppooggoojjeevv oozznnaaččeevvaannjjaa,, uuččiinnkkoovvii tteeggaa ččiiššččeennjjaa pprrootteeiinnoovv iippdd.. TTee iizzkkuuššnnjjee bbooddoo sslluužžii llee kkoott ddoobbrroo iizzhhooddiiššččee zzaa nnaaddaall jjnnjjee oozznnaaččeevvaannjjee mmuuttaannttoovv EEqqttIIII ((tteerr ddrruuggiihh pprrootteeiinnoovv)).. PPrriimmeerrjjaavvaa kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiihh pprroossttoorroovv vveeččiihh ppoozziiccii jj EEqqttIIII ppaa bboo oommooggooččii ll jjaa bbooll jj tteemmeell jj ii ttoo ssttrruukkttuurrnnoo kkaarraakktteerriizzaaccii jjoo..

** GGllaavvnnii pprreeddppoossttaavvkkii ssttaa,, ddaa jjee pprrootteeiinnsskkaa hhrrbbtteenniiccaa ssttaattiiččnnaa ((nnaa sskkaall ii ppaarr nnss)) iinn ddaa mmeerriimmoo pprrii ttaakkoo vviissookkii tteemmppeerraattuurrii ddaa mmeedd ssttrraannsskkiimmii sskkuuppiinnaammii pprreevvllaadduueejjoo llee ooddbboojjnnee iinntteerraakkccii jjee..

MMaatteerr iiaall ii


MM aatteerr iiaall ii PPrrii ssvvoojjeemm ddeelluu sseemm sseevveeddaa ppoottrreebboovvaall vveell iikkoo ssppeecciiaall iizzii rraannee oopprreemmee..

IInnššttrruummeennttii

PPoommeemmbbnneejjššii iinnššttrruummeennttii ,, kkii sseemm jj iihh ppoottrreebboovvaall ,, ssoo:: •• EEPPRR ssppeekktt rr oommeetteerr ((EELLEEXXSSYYSSEE 550000,, BBrruukkeerr,, NNeemmččii jjaa)) •• VVeeččjj aa cceennttrr ii ffuuggaa ((LLCC--332200,, TTeehhttnniiccaa,, SSlloovveennii jjaa)) •• MM iikkrr oocceenntt rr ii ffuuggaa ((55441155RR,, EEppppeennddoorrff ,, NNeemmččii jjaa)) •• UUVV//VVII SS ssppeekkttrr ooffoottoommeetteerr ((CCaarryy 5500 BBIIOO,, VVaarriiaann,, UUSSAA)) •• TTeerr mmoorr eegguullaaccii jj aa zzaa UUVV//VVII SS ssppeekktt rr ooffoottoommeetteerr ((SSiinnggllee CCeell ll PPeell ttiieerr AAcccceessssoorryy,,

VVaarriiaann,, UUSSAA)) •• MM iikkrr oossppeekktt rr ooffoottoommeetteerr ((NNaannooDDrroopp NNDD11000000,, TThheerrmmoosscciieennttii ff iicc,, UUSSAA))

ZZeelloo ssiimmppaattiiččnnaa nnaapprraavvaa,, kkii llaahhkkoo zzmmeerrii UUVV//VVIISS ssppeekktteerr zzeelloo mmaajjhhnniihh vvzzoorrcceevv (( ~~33µµll)) •• PPiippeettee 11 mmll ,, 220000 µµll ,, 110000 µµll ,, 5500 µµll ,, 2200 µµll ,, 22,,55 µµll ((GGii llssoonn,, BBiioohhii tt,, EEppppeennddoorrff)) •• TTeehhttnniiccaa ((EExxcceell lleennccee pplluuss XXPP,, MMeettttlleerr,, TToolleeddoo,, ŠŠvviiccaa)) •• MM eeššaallnniikk ((VViibbrroommiixx 110044 EEVV,, TTeehhttnniiccaa,, ŽŽeelleezznniikkii ,, SSlloovveennii jjaa)) •• OOssmmoommeetteerr ((55550000 VVAAPPOORR PPRREESSSSUURREE OOSSMMOOMMEETTEERR,, WWEESSCCOORR IINNCC,, UUSSAA)) •• ppHH mmeetteerr ((MMAA 55773300,, IISSKKRRAA,, SSlloovveennii jjaa)) •• MM aaggnneettnnoo mmeeššaalloo ((RRCCTT bbaassiicc,, ff ii rrmmaa IIKKAA,, NNeemmččii jjaa)) •• SSoonniiccii rr nnaa kkaaddiiččkkaa ((BBRRAANNSSOONN 22551100,, BBRRAANNSSOONNIICC)) •• RRaaččuunnaallnniišškkaa ggrr uuččaa VVRRAANNAA ((KK II )) ((22xx IInntteell XXeeoonn EE44551100 @@ 22..3333GGHHzz;; 1166 GGBB rraammaa))

KKeemmiikkaall ii jjee •• EEqqtt II II –– nnaattiivvnnii eekkvviinnaattookkssiinn II II •• EEqqtt II II II 1188CC –– MMuuttaanntt EEqqttII II,, kkii iimmaa nnaa mmeessttuu 1188 nnaammeessttoo iizzoolleevvcciinnaa cciisstteeiinn.. •• SSppiinnsskkii oozznnaaččeevvaalleecc MMTTSSLL 1100 mmgg ((443300--113344--MM001100,, AAlleexxiiss bbiioocchheemmiiccaallss)) •• SSvveežžaa ggoovveejj aa kkrr ii ((bbiikk rroojjeenn 33.. 77.. 22000066 SSII 11332211 99558811,, KKllaavvnniiccaa ŠŠkkooff jjaa LLookkaa,, SSlloovveennii jjaa)) •• NNaa22HHPPOO44 ·· 22HH22OO –– nnaattrrii jjeevv hhiiddrrooggeennffoossffaatt ((VV)) ddiihhiiddrraatt •• KK HH22PPOO44 –– kkaall ii jjeevv ddiihhiiddrrooggeennffoossffaatt ((VV)) •• NNaaCCll –– nnaattrrii jjeevv kklloorriidd •• EEDDTTAA –– eettii lleennddiiaammiinnootteettrraaoocceettnnaa kkiissll iinnaa •• SSaahhaarr oozzaa –– CC1122HH2222OO1111

PPoottrrooššnnii mmaatteerriiaall •• KK iivveettee PPMMMMAA 11,,55 mmll ((PPllaassttiibbrraanndd,, SSiiggmmaa--AAllddrriicchh)) •• TTiippssii zzaa ppiippeettee ((PPllaassttiibbrraanndd,, SSiiggmmaa--AAllddrriicchh)) •• MM iikkrr oocceenntt rr ii ffuuggii rr kkee ((PPllaassttiibbrraanndd,, SSiiggmmaa--AAllddrriicchh)) •• KK oonncceenntt rr aattoorr jj ii 00,,55 mmll 1100000000 MMWWCCOO ((VViivvaassppiinn 550000,, SSaarrttoorriiuuss)) •• DDiiaall iizznnee cceell iiccee 00,,11 –– 00,,55 mmll 1100000000 MMWWCCOO ((SSll iiddee--AA--LLyyzzeerr,, PPiieerrccee,, TThheerrmmoosscciieennttii ff iicc)) •• KK aappii llaarr ee zzaa EEPPRR ssppeekkttrr oommeetteerr ((7755 mmmm,, EEuurrooggllaassss,, SSlloovveennii jjaa)) •• BBrr iizzggee 11 mmll •• II nnjj eekkccii jj sskkee iiggllee

LLaabboorraattoorrii jjsskkaa sstteekklloovviinnaa •• BBuuččkkee ((225500 mmll ,, 11 LL,, 22 LL)) •• MM eerr ii llnnii vvaall jj ((110000 mmll )) •• ČČaaššee ((5500 mmll ,, 110000 mmll ,, 880000 mmll ,, 22 LL))

MMeettooddee


MM eettooddee VVeeččiinnoo eekkssppeerriimmeennttaallnneeggaa ddeellaa sseemm oopprraavvii ll vv LLaabboorraattoorrii jjuu zzaa bbiiooff iizziikkoo,, OOddsseekk zzaa ff iizziikkoo ttrrddnnee ssnnoovvii ,, IInnssttii ttuutt »»JJoožžeeff SStteeffaann«« ((IIJJSS)).. MMeerrii ttvvee hheemmooll iizzee iinn mmiikkrroocceennttrrii ffuuggii rraannjjee sseemm oopprraavvii ll vv ššttuuddeennttsskkeemm llaabboorraattoorrii jjuu zzaa bbiioo--kkeemmii jjoo FFaakkuull tteettee zzaa kkeemmii jjoo iinn kkeemmii jjsskkoo tteehhnnoollooggii jjoo ((FFKKKKTT)).. MMeerrii ttvvee kkoonncceennttrraaccii jjee pprrootteeiinnoovv sseemm oopprraavvii ll nnaa OOddsseekkuu zzaa bbiiookkeemmii jjoo,, mmoolleekkuullaarrnnoo iinn ssttrruukkttuurrnnoo bbiioollooggii jjoo,, IInnssttii ttuutt »»JJoožžeeff SStteeffaann««.. MMoolleekkuullaarrnnoo mmooddeell ii rraannjjee sseemm oopprraavvii ll vv LLaabboorraattoorrii jjuu zzaa mmoolleekkuullaarrnnoo mmooddeell ii rraannjjee iinn NNMMRR ssppeekkttrroosskkooppii jjoo,, KKeemmii jjsskkii iinnššttii ttuutt ((KKII)).. VVzzoorrccee eekkvviinnaattookkssiinnaa iinn mmuuttaannttoovv mmii jjee ppooddaarrii ll pprrooff .. ddrr.. GGrreeggoorr AAnnddeerrlluuhh,, OOddddeelleekk zzaa bbiioollooggii jjoo,, BBiiootteehhnniišškkaa ffaakkuull tteettaa ((BBFF))..

PPrriipprraavvaa ppuuffrraa

ČČlloovveešškkaa kkrrii ((ppllaazzmmaa)) iimmaa ppHH mmeedd 77,,3355 iinn 77,,4455 iinn oossmmoollaarrnnoosstt ((ΠΠ)) mmeedd 228800 iinn 330000 mmOOss//kkgg.. OOddllooččii ll sseemm ssee,, ddaa bboomm ppoosskkuussii ll ppoossnneemmaattii ff iizziioolloošškkee ppooggoojjee,, zzaattoo sseemm ssii zzaa ddeelloo iizzbbrraall ffoossffaattnnii ppuuffeerr PPBBSS,, kkii oommeennjjeennee vvrreeddnnoossttii ddoobbrroo ppoossnneemmaa ((ppHH == 77,,33 ±± 00,,0055;; ΠΠ == 228800 ±± 2200 mmOOss//kkgg)).. PPuuffrruu jjee ddooddaannaa ttuuddii EEDDTTAA,, kkii kkoommpplleekkssii rraa ddvvoovvaalleennttnnee kkaattiioonnee iinn ttaakkoo pprreepprreeččii ,, ddaa bbii kkaattiioonnii kkaattaall iizzii rraall ii ookkssiiddaaccii jjoo ddiissuull ff iiddnnee vveezzii ,, kkaarr jjee ppoommeemmbbnnoo zzaa ssttaabbii llnnoosstt ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa.. SSppoojj iinnaa KK oonncceenntt rr aaccii jj aa MM aassaa zzaa 11 LL

ppuuff rr aa MM aassaa zzaa 1100--kkrr aattnnii

kkoonncceennttrr aatt

MM oollsskkaa mmaassaa

mmmmooll //LL gg GG gg//mmooll

NNaa22HHPPOO44 ·· 22HH22OO 2266,,5522 44,,111100 4411,,1100 115555,,00

KKHH22PPOO44 55,,4477 00,,774444 77,,4444 113366,,11 NNaaCCll 110099,,7700 66,,442200 6644,,2200 5588,,55

NNaa22EEDDTTAA ·· 22HH22OO 11,,0000 00,,337722 33,,7722 337722,,22 TTaabbeellaa 11:: SSeessttaavvaa PPBBSS ppuuffrraa

PPrr eeddssttaavvll jj eennaa jj ee kkoonnččnnaa kkoonncceennttrr aaccii jj aa ssooll ii vv ppuuffrr uu iinn zzaatteehhttaannee mmaassee zzaa 11 LL ppuuffrr aa,, tteerr zzaa 1100--kkrr aattnnii kkoonncceennttrr aatt ..

PPrriipprraavvii ll sseemm ssii 1100--kkrraattnnii kkoonncceennttrraatt,, kkoott pprriikkaazzuujjee ttaabbeellaa 11.. KKoonncceennttrraatt sseemm hhrraannii ll vv hhllaa--ddii llnniikkuu iinn ggaa rreeddččii ll pprreedd uuppoorraabboo.. VV oohhllaajjeenneemm kkoonncceennttrraattuu ssoo nnaassttaajjaall ii kkrriissttaall ii ,, kkii ppaa sseemm jj iihh pprreedd jjeemmaannjjeemm aall iikkvvoottaa rraazzttooppii ll nnaa mmaaggnneettnneemm mmeeššaalluu.. RRaazzrreeddččeenneemmuu ppuuffrruu sseemm iizzmmee--rrii ll ppHH iinn oossmmoollaarrnnoosstt..

MM eerr ii tteevv ppHH ppHH sseemm mmeerrii ll zz mmeerrii llnniikkoomm MMAA 55773300 pprrii ssoobbnnii tteemmppeerraattuurrii ((~~2233 °°CC)).. PPrreedd mmeerrii ttvvii jjoo sseemm iinnššttrruummeenntt pprreevveerrii ll ss ssttaannddaarrddnnoo rraazzttooppiinnoo,, kkii iimmaa ppHH 77..

MM eerr ii tteevv oossmmoollaarr nnoosstt ii OOssmmoollaarrnnoosstt sseemm mmeerrii ll zz mmeerrii llnniikkoomm 55550000 VVAAPPOORR PPRREESSSSUURREE OOSSMMOOMMEETTEERR.. PPrreedd pprrvvoo uuppoorraabboo sseemm ggaa uummeerrii ll ppoo nnaavvooddii ll iihh pprrooiizzvvaajjaallccaa ss ssttaannddaarrddoomm vv pprrii lloožžeenniihh aammppuullaahh.. ZZaa ppoossaammeezznnoo mmeerrii tteevv sseemm ppoorraabbii ll 1100 µµll vvzzoorrccaa..

MMeettooddee


OOzznnaaččeevvaannjjee pprrootteeiinnaa

PPrrii pprreegglleedduu ll ii tteerraattuurree sseemm nnaaššeell šštteevvii llnnee rraazzll iiččnnee pprroottookkoollee oozznnaaččeevvaannjjaa pprrootteeiinnoovv zz MMTTSSLL.. PPooggoojj ii ssoo bbii ll ii pprreecceejj rraazzll iiččnnii ,, ooddvviissnnii ppaa pprreeddvvsseemm oodd ssttaabbii llnnoossttii ssiisstteemmaa iinn ddoossttoopp--nnoossttii pprroosstteeggaa cciisstteeiinnaa.. PPrreegglleedd ppooggoojjeevv pprriikkaazzuujjee ttaabbeellaa 22.. OOddllooččii ll sseemm ssee zzaa pprroottookkooll ppooddoobbeenn WWhhii ttee eett.. aall 22000077[[3399]] ,, kkii jjee ooppiissaann vv nnaaddaall jjeevvaannjjuu..**

PPrr ootteeiinn MM oollsskkaa mmaa--ssaa pprr ootteeiinnaa

MTSL/ protein

TT ČČaass iinnkkuu--bbaaccii jj ee

ppHH DDeelleežž oozznnaaččeennjj aa

RReeffeerr eennccaa

gg//mmooll mmooll //mmooll °°CC hh %%

E9 DNasa 1155110055 44 2222 44 7,0 95 WWhhii ttee22000077[[3399]] Im9 99558800 44 2222 44 7,0 95 WWhhii ttee22000077[[3399]]

HPL (human pancreatic lipase) 5511000000 1100 00 11 6,5 80 BBeell llee22000077[[4400]]

kinesin 3399770000 22 44 >>1122 7,4 - NNaabbeerr22000033[[4411]] ACBP (Acyl-CoA Binding Protein) 3300330000 33 2222 33 8,0 - TTeeii lluumm22000022[[4422]]

BR (bakterioro-dopsin) 2222113377 1100 2222 1122 7,4 ~100 PPffeeii ff ffeerr11999999[[4433]]

EEqq II II 1199883333 44 2222 44 77,,33 ~~7700 TTaabbeellaa 22:: RRaazzll iiččnnii pprroottookkooll ii oozznnaaččeevvaannjjaa zz MMTTSSLL

RRaazzll iiččnnii pprr oottookkooll ii ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaannjj aa pprr ootteeiinnoovv ((bbooll jj nnaattaannččnnoo pprr oosstt iihh cciisstteeiinnoovv vv pprr ootteeiinniihh)) ss ssppiinnsskkiimm oozznnaaččeevvaallcceemm MM TTSSLL .. ZZaaddnnjj aa vvrr sstt iiccaa pprr iikkaazzuujj ee ppooggoojj ee,, uuppoorr aabbll jj eennee vv tteemm ddiipplloommsskkeemm ddeelluu..

RRaazzttaappll jj aannjj ee pprr ootteeiinnaa VV mmiikkrroocceennttrrii ffuuggii rrkkoo sseemm ooddtteehhttaall 11,,33 mmgg eekkvviinnaattookkssiinnaa II II mmuuttaannttaa II1188CC ((EEqq1188)) iinn ggaa rraazzttooppii ll vv 00,,88 mmll PPBBSS ((MMeeqq == 1199883333 gg//mmooll ;; γγeeqq == 11,,6633 mmgg//mmll ;; cc == 8822 µµmmooll //LL)).. PPrrootteeiinn ssee jjee lleeppoo rraazzttooppii ll .. VVzzoorreecc sseemm nnaattoo cceennttrrii ffuuggii rraall pprrii 2222000000 RRPPMM nnaa 44 °°CC zzaa 1100 mmiinn,, ddaa bbii iizzllooččii ll nneettooppnnee aaggrreeggaattee.. NNaa ddnnuu mmiikkrroocceennttrrii ffuuggii rrkkee jjee bbii lloo nneekkaajj uusseeddll iinnee,, zzaattoo sseemm rraazzttooppiinnoo pprrootteeiinnaa pprreenneesseell vv nnoovvoo mmiikkrroocceennttrrii ffuuggii rrkkoo.. VVzzoorreecc sseemm oozznnaaččii ll zz EEqq1188..

RRaazzttaappll jj aannjj ee ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa MM TTSSLL OOssttaall ii pprroottookkooll ii oozznnaaččeevvaannjjaa ((ttaabbeellaa 22)) ssoo uuppoorraabbll jjaall ii MMTTSSLL,, rraazzttooppll jjeenn vv aacceettoonnii ttrrii lluu.. KKeerr ppaa sseemm iimmeell nnaa rraazzppoollaaggoo kkrriissttaallee MMTTSSLL,, sseemm ssee ooddllooččii ll ,, ddaa bboomm MMTTSSLL rraazzttooppii ll kkaarr vv vvooddii ((kkaassnneejjee ssee jjee ppookkaazzaalloo,, ddaa ttoo nnii bbii lloo nnaajjbbooll jj ppaammeettnnoo)).. 55 mmgg MMTTSSLL sseemm rraazzttooppii ll vv 11 mmll PPBBSS ((MMMMTTSSLL == 226644,,33 gg//mmooll ;; ccMMTTSSLL == 1188,,99 mmMM)),, vveennddaarr ppaa ssee MMTTSSLL nnii ddoobbrroo rraazzttooppii ll .. ZZaattoo sseemm mmiikkrroocceennttrrii ffuuggii rrkkoo ppooggrreell nnaa 4400 °°CC vv ssoonniiccii rrnnii kkaaddii --ččkkii iinn rraazzttooppiinnoo ssoonniiccii rraall .. KKoo ssoo ssee vvssii kkrriissttaallččkkii rraazzttooppii ll ii ,, sseemm vvzzeell 330000 µµll rraazzttooppiinnee MMTTSSLL iinn 779922 µµll PPBBSS iinn ddoobbii ll rraazzttooppiinnoo,, kkii sseemm jjoo oozznnaaččii ll MMTTSSLL__RRAAZZ ((γγMMTTSSLL__RRAAZZ == 11,,3377mmgg//mmll ;; ccMMTTSSLL__RRAAZZ == 55,,22 mmMM))††..

** KKaassnneejjee sseemm oodd ddrr.. LLeevvaa WWeeiinneerrjjaa ((WWeeii ttzzmmaannnnoovv iinnssttii ttuutt,, IIzzrraaeell)) iizzvveeddeell ,, ddaa bbii llaahhkkoo uuppoorraabbii ll ddoossttii vveeččjjee mmoollaarrnnee pprreebbii ttkkee MMTTSSLL iinn ddaall jjššee iinnkkuubbaaccii jjsskkee ččaassee,, ssaajj jjee nneessppeeccii ff iiččnnaa vveezzaavvaa pprrii MMTTSSLL rreeddkkaa.. VVeeddnnoo ppaa llaahhkkoo pprreevveerriimmoo nneessppeeccii ff iiččnnoo vveezzaavvoo ttuuddii zz oozznnaaččeevvaannjjeemm nnaattiivvnneeggaa EEqqttII II .. †† KKoo sseemm ppoossnneell EEPPRR ssppeekktteerr rraazzttooppll jjeenneeggaa MMTTSSLL sseemm ddoobbii ll zzeelloo ččuuddnnee ssppeekkttrree.. VV MMTTSSLL ssoo nnaammrreečč nneeččiiss--ttooččee vv oobbll iikkii SS--SS ddiimmeerroovv,, kkii vv ssppeekkttrruu ddaajjeejjoo ttrriipplleett.. SSppeekktteerr jjee pprriikkaazzaann nnaa ssll iikkii 2233 lleevvoo..

MMeettooddee


II nnkkuubbaaccii jj aa pprr ootteeiinnaa iinn MM TTSSLL VV mmiikkrroocceennttrrii ffuuggii rrkkoo sseemm ooddppiippeettii rraall 660000 µµll EEqq1188 iinn 4400 µµll MMTTSSLL__RRAAZZ.. KKoonnččnnee kkoonncceennttrraaccii jjee ppoovvzzeemmaa ttaabbeellaa 33.. MMiikkrroocceennttrrii ffuuggii rrkkoo sseemm nnaattoo zzaavvii ll vv aalluuffooll ii jjoo ((MMTTSSLL jjee oobbččuuttll jj iivv nnaa ssvveettlloobboo)) iinn iinnkkuubbii rraall pprrii ssoobbnnii tteemmppaarraattuurrii zz rraahhll iimm ssttrreessaannjjeemm 44 uurree..

OOddssttrr aannjj eevvaannjj ee nneevveezzaanneeggaa MM TTSSLL ZZaa ooddssttrraannjjeevvaannjjee nneevveezzaanneeggaa MMTTSSLL,, ssee pprraavvii llooččeevvaannjjee vveell iikkeeggaa pprrootteeiinnaa oodd nniizzkkoo mmoollee--kkuullaarrnneeggaa ttooppll jjeennccaa,, oobbssttaajjaajjoo ((vvssaajj )) ttrrii mmeettooddee::

•• DDiiaall iizzaa PPrrii ddiiaall iizzii ppoottrreebbuujjeemmoo ppoorroozznnoo mmeemmbbrraannoo ss ppoorraammii ddoollooččeennee vveell iikkoossttii .. MMeemmbbrraa--nnaa vveell iikkee mmoolleekkuullee zzaaddrržžii ,, mmaannjjššee ppaa pprreeppuuššččaa.. VVeell iikkoosstt ppoorr jjee ppooggoossttoo ppooddaannaa zz MMWWCCOO** .. VVzzoorreecc zzaavvii jjeemmoo vv mmeemmbbrraannoo iinn ggaa ppoottooppiimmoo vv vveell iikkoo kkooll iiččiinnoo ((kkoonnčč--nneeggaa)) ppuuffrraa.. ZZaarraaddii ddii ffuuzzii jjee mmaannjjššee mmoolleekkuullee ddii ffuunnddii rraajjoo pprreekkoo mmeemmbbrraannee,, vveell iikkee ppaa oossttaanneejjoo.. VVeell iikkoo kkooll iiččiinnoo ppuuffrraa ppoottrreebbuujjeemmoo,, ddaa ssee nniizzkkoommoolleekkuullaarrnnii ttooppll jjeenneecc ččiimm bbooll jj rraazzrreeddččii .. PPooččaakkaattii ppaa mmoorraammoo nneekkaajj ččaassaa,, ddaa ssee kkoonncceennttrraaccii jjsskkii ggrraaddiieenntt iizzrraavvnnaa.. ZZ vveeččkkrraattnnoo mmeennjjaavvoo ppuuffrraa llaahhkkoo ddoosseežžeemmoo ššee bbooll jjššee ooččiiššččeennjjee.. PPrr eeddnnoosstt ii :: EEnnoossttaavvnnaa iizzvveeddbbaa,, uuččiinnkkoovvii ttoo ooddssttrraannjjeevvaannjjee.. SSllaabboosstt ii :: PPoottrreebbnnee vveell iikkee kkooll iiččiinnee ppuuffrraa,, rreellaattiivvnnoo ppooččaassnnaa mmeettooddaa..

•• UUll ttrr aaff ii ll tt rr aaccii jj aa ((kkoonncceenntt rr ii rr aannjj ee ++ rr eeddččeennjj ee)) TTuuddii zzaa uull ttrraaff ii ll ttrraaccii jjoo ppoottrreebbuujjeemmoo ppoorroozznnoo mmeemmbbrraannoo.. VVeennddaarr ppaa ssee nnaammeessttoo ppaa--ssiivvnnee ddii ffuuzzii jjee zzaannaaššaammoo nnaa cceennttrrii ffuuggaallnnoo ssii lloo††,, ddaa ppoottiissnnee ddeell ppuuffrraa zz nniizzkkoommoolleekkuullaarrnniimm ttooppll jjeenncceemm pprreekkoo mmeemmbbrraannee.. TTaakkoo llaahhkkoo vvzzoorreecc sskkoonncceennttrrii --rraammoo.. ČČee ppaa vvzzoorreecc rraazzrreeččiimmoo ss ppuuff rroomm bbrreezz nniizzkkoommoolleekkuullaarrnneeggaa ttooppll jjeennccaa iinn ggaa ppoonnoovvnnoo sskkoonncceettrrii rraammoo tteerr ppoossttooppeekk ppoonnoovviimmoo vveeččkkrraatt,, llaahhkkoo nnaa ttaakk nnaaččiinn oodd--ssttrraanniimmoo nneezzaažžeelleennee nniizzkkoommoolleekkuullaarrnnee ttooppll jjeennccee.. KKoonncceennttrraattoorr jjee sseessttaavvll jjeenn iizz cceennttrrii ffuuggii rrkkee ((vv kkaatteerroo ssee sstteekkaa ff ii ll ttrraatt)) iinn nnaassttaavvkkaa zz mmeemmbbrraannoo ((kkii ssee ggaa vvssttaavvii vv cceennttrrii ffuuggii rrkkoo iinn zzaaddrržžuujjee ssuuppeerrnnaattaanntt)).. PPrr eeddnnoosstt ii :: EEnnoossttaavvnnaa iizzvveeddbbaa,, rreellaattiivvnnoo hhii ttrraa mmeettooddaa,, ppoottrreebbnnee mmaajjhhnnee kkooll iiččiinnee ppuuffrraa.. SSllaabboosstt ii :: IIzzgguubbee nnaa mmeemmbbrraannii pprrii vvssaakkeemm cceennttrrii ffuuggii rraannjjuu.. PPoossttooppeekk jjee ppoottrreebbnnoo vveeččkkrraatt ppoonnoovvii ttii ..

** MMWWCCOO ((MMoolleeccuullaarr WWiigghhtt CCuutt OOffff)) jjee mmeerrii lloo zzaa vveell iikkoosstt ppoorr vv mmeemmbbrraannii ,, ppooddaajjaa ppaa ssee vv eennoottaahh mmaassee ((kkDDaa)).. MMoolleekkuullee tteežžjjee oodd MMWWCCOO mmeemmbbrraannaa zzaaddrržžii ,, llaažžjjee ppaa pprreeppuussttii .. ČČee žžeell iimmoo bbii ttii pprreevviiddnnii iinn zzmmaannjjššaattii iizzgguubbee,, ppootteemm mmoorraa bbii ttii mmoolleekkuullaa vvssaajj ššee eennkkrraatt tteežžjjaa oodd MMWWCCOO.. †† PPrrii nneekkaatteerriihh iizzvveeddbbaahh llaahhkkoo uuppoorraabbll jjaammoo ttuuddii iinneerrttnnii ppoottiissnnii ppll iinn,, nnpprr.. NN22..

vvzzoorr eecc cc γ

µµMM mmgg//mmll

Eq18_KK 7777 11,,553300 MTSL_KK 332255 00,,008866 TTaabbeellaa 33:: KKoonnččnnee kkoonncceennttrraaccii jjee pprrootteeii--nnaa iinn ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa mmeedd iinnkkuubbaaccii jjoo..

MMeettooddee


•• GGeellsskkaa ff ii ll tt rr aaccii jj aa GGeellsskkaa ff ii ll ttrraaccii jjaa ppaa tteemmeell jj ii nnaa nneekkooll iikkoo ddrruuggaaččnneemm pprriinncciippuu.. VV kkoolloonnoo ((vvoottlloo cceevv)) ppoolloožžiimmoo kkrrooggll iiccee iizz ppoorroozznneeggaa mmaatteerriiaallaa ((nnpprr.. SSeepphhaaddeexx)).. NNaa vvrrhhuu kkoolloonnee nnaannee--sseemmoo vvzzoorreecc,, nnaattoo ppaa ssppii rraammoo kkoolloonnoo ss ppuuffrroomm ((eelluuii rraammoo pprrootteeiinn)).. MMeedd ppoottoovvaannjjeemm ssee bbooddoo mmaannjjššee mmoolleekkuullee ddaall jj ččaassaa zzaaddrržžeevvaallee vv nnoottrraannjjoossttii ppoorroozznniihh kkrrooggll iicc kkoott vveell iikkee mmoolleekkuullee,, zzaattoo bbooddoo mmaannjjššee mmoolleekkuullee ppoottoovvaallee ppooččaassnneejjee kkoott vveeččjjee.. NNaa kkoonnccuu kkoolloonnee zzbbii rraammoo ffrraakkccii jjee ((rreecciimmoo ppoo 00,,55 mmll)).. FFrraakkccii jjee,, kkii vvsseebbuujjeejjoo nnaašš pprrootteeiinn llaahhkkoo zzaazznnaammoo nnpprr.. zz aabbssoorrbbaannccoo pprrii 228800 nnmm,, zz eenncciimmsskkoo aakkttiivvnnoossttjjoo,, ii ttdd.. PPrrootteeiinn jjee rraazzttooppll jjeenn vv ppuuffrruu,, kkii jjee bbii ll vv kkoolloonnii pprreedd nnaannoossoomm vvzzoorrccaa ((pprrootteeiinn pprreehhii --ttii ssvvoojj ppuuffeerr)),, ttaakkoo ddaa jjee ppoottrreebbnnoo kkoolloonnoo pprreedd uuppoorraabboo sspprraattii ((eekkvvii ll iibbrrii rraattii )) ss kkoonnččnniimm ppuuffrroomm.. NNaajjeennoossttaavvnneejjššaa iizzvveeddbbaa zzaa pprreettookk iizzkkoorriiššččaa kkaarr ggrraavvii ttaaccii jjoo,, oobb--ssttaajjaajjoo ttuuddii nnaapprreeddnnee iizzvveeddbbee ggeellsskkee kkrroommaattooggrraaff ii jjee,, kkii oommooggooččaajjoo vveeččjjee pprreettookkee,, vveennddaarr ppaa ppoottrreebbuujjeejjoo ssppeecciiaall iizzii rraannee ččrrppaallkkee iinn kkoolloonnee.. PPrr eeddnnoosstt ii :: HHii ttrraa llooččii tteevv.. SSllaabboosstt ii :: KKoommpplleekkssnnaa iizzvveeddbbaa ((ppoottrreebbuujjeemmoo kkoolloonnoo,, nnaaččiinnaa zzbbii rraannjjaa iinn aannaall iizzee ffrraakkccii jj……)),, pprrootteeiinn ssee rraazzrreeddččii ..

OOpprreemmee zzaa ggeellsskkoo ff ii ll ttrraaccii jjoo nniisseemm iimmeell nnaa rraazzppoollaaggoo,, zzaattoo sseemm ssee zzaarraaddii eennoossttaavvnnoossttii ooddlloo--ččii ll ,, ddaa bboomm ooddvveeččnnii MMTTSSLL ooddssttrraannii ll zz mmeettooddoo kkoonncceennttrrii rraannjjaa iinn rreeddččeennjjaa,, ssaajj jjee mmeettooddaa,, vvssaajj vv tteeoorrii jj ii ,, pprreecceejj eennoossttaavvnnaa.. NNaarrooččii ll sseemm kkoonncceennttrraattoorrjjee VViivvssppiinn 550000,, ss kkaatteerriimmii bbii llaahh--kkoo vv ppoossaammeezznneemm kkoorraakkuu ddoosseeggeell pprriibbll iižžnnoo 2200--kkrraattnnoo kkoonncceettrrii rraannjjee ((iizz 550000 µµll nnaa 2255 µµll )).. ZZaarraaddii ddoollggeeggaa ddoobbaavvnneeggaa rrookkaa sseemm ssii ssppoossooddii ll ddvvaa kkoonncceettrraattoorrjjaa ssttaarreejjššee iizzvveeddbbee,, zzaa kkaattee--rraa ppaa nniisseemm ppoozznnaall nnaattaannččnneeggaa pprroottookkoollaa iinn sseemm mmoorraall ddoollooččeennee ppaarraammeettrree nnaajjpprreejj sstteessttii rraattii ..

OOddssttrraannjjeevvaannjjee nneevveezzaanneeggaa MMTTSSLL ss kkoonncceennttrr ii rraannjjeemm iinn rreeddččeennjjeemm NNaa kkoonncceennttrraattoorr sseemm nnaanneesseell 550000 µµll pprrootteeiinnaa iinn iizz pprreevviiddnnoo--ssttii cceennttrrii ffuuggii rraall nnaajjpprreejj nnaa nniižžjj iihh oobbrraattiihh,, kkaassnneejjee ppaa sseemm ppoovveeččeevvaall hhii ttrroosstt ((ttaabbeellaa 44)).. PPrreedd vvssaakkiimm cceennttrrii ffuuggii rraannjjeemm sseemm ssuuppeerrnnaattaanntt ddooppoollnnii ll ss PPBBSS ddoo ~~550000 µµll .. HHkkrraattii sseemm sspprreemmll jjaall kkoonncceennttrraaccii jjoo pprrootteeiinnaa vv ff ii ll ttrraattuu iinn ssuuppeerrnnaattaannttuu ss ppoommooččjjoo NNaannooDDrroopp--aa.. UUggoottoovvii ll sseemm,, ddaa mmii--kkrrookkoonncceennttrraattoorr pprreenneessee vveell iikkee oobbrraattee,, ttaakkoo ddaa bbii llaahhkkoo žžee vv zzggooddnneejjššiihh kkoorraakkiihh uuppoorraabbll jjaall vveeččjjee gg--ssii llee.. PPoo zzaaddnnjjeemm cceennttrrii ffuuggii rraannjjuu sseemm ppookkrroovvččeekk zz mmeemmbbrraannoo oobbrrnnii ll iinn cceennttrrii ffuuggii rraall ššee 55 mmiinn pprrii 55000000 gg iinn 1100 °°CC ((ttaakkoo iimmeennoovvaannii »»rreevveerrssee ccaapp«« pprroottookkooll )).. MMeedd ddeelloomm sseemm vvzzoorreecc iimmeell vv ppookkrrii ttii ppoossooddii nnaa lleedduu.. SS ssttaarreejjššoo iizzvveeddbboo kkoonncceennttrraattoorrjjeevv sseemm uussppeell ddoosseeččii pprriibbll iižžnnoo 110000--kkrraattnnoo ooččiiššččeennjjee MMTTSSLL,, vveennddaarr ppaa jjee ppoossttooppeekk pprreevveečč zzaammuuddeenn.. ZZaattoo sseemm ssee ooddllooččii ll ,, ddaa bboomm MMTTSSLL ppoosskkuussii ll ooddss--ttrraannii ttii ššee zz ddiiaall iizzoo..

KK oorr aakk ČČaass OObbrr aatt ii TT

mmiinn gg °°CC

1 3300 22550000 44 2 3300 44000000 44 3 3300 66000000 44 44 3300 88000000 44 55 2200 1100000000 1100 66 3300 1100000000 1100

TTaabbeellaa 44:: UUppoorraabbll jjeennii ppooggoojj ii cceennttrr ii ffuuggiirraannjjaa pprrii ooddssttrraannjjeevvaa--nnjjuu MMTTSSLL..

MMeettooddee


OOddssttrraannjjeevvaannjjee nneevveezzaanneeggaa MMTTSSLL zz ddiiaall iizzoo DDiiaall iizznnoo cceell iiccoo ((SSll iiddee--AA--LLyyzzeerr 00,,11 –– 00,,55 mmll 1100000000 MMWWCCOO)) sseemm ppoo nnaavvooddii ll iihh pprrooiizzvvaajjaall --ccaa[[4444]] pprreedd uuppoorraabboo nnaammooččii ll zzaa 3300 ss vv PPBBSS.. ZZ bbrriizzggoo sseemm vv cceell iiccoo vvbbrriizzggaall 550000 µµll vvzzoorrccaa.. SSll iikkaa 77 pprriikkaazzuujjee pprroocceess.. UUppoorraabbll jjaall sseemm nnaavvaaddnnee bbrriizzggee iinn iinnjjeekkccii jjsskkee iiggllee,, nnee ppaa ttiissttiihh,, pprrii lloožžeenniihh kk sseettuu** .. PPrrii tteemm sseemm ppoottrreebboovvaall nneekkaajj sspprreettnnoossttii ,, ssaajj jjee zz iigglloo mmeemmbbrraannoo mmoočč pprreecceejj hhii ttrroo pprreebboossttii††.. ZZaattoo sseemm ssii ppoommaaggaall ttaakkoo,, ddaa sseemm iigglloo iinn cceell iiccoo ppoolloožžii ll nnaa rraavveenn ppuull tt iinn nnaa ppuull ttuu vvbbrriizzggaall vvzzoorreecc vv cceell iiccoo.. BBrriizzggoo sseemm mmoorraall ppooddlloožžii ttii zz nneekkaajj ppllaassttmmii ppaappii rrjjaa,, ddaa jjee bbii llaa vv uussttrreezznnii vviiššiinnii .. NNaattoo sseemm cceell iiccoo ddvviiggnnii ll ((ttaakkoo ddaa jjee bbii llaa iiggllaa zzggoorraajj )) iinn vvbbrriizzggaall nneekkaajj vvzzoorrccaa tteerr ooddssttrraannii ll nneekkaajj zzrraakkaa iinn ssppeett vvbbrriizzggaall ddeell vvzzoorrccaa.. PPoollnnoo ddiiaall iizznnoo cceell iiccoo sseemm ppoommooččii ll vv ččaaššoo vvoolluummnnaa 11 LL sskkuuppaajj zz 880000 mmll PPBBSS iinn ppoossttaavvii ll nnaa mmaaggnneettnnoo mmeeššaalloo pprrii 440000 oobbrr//mmiinn.. ZZ ddooddaattnniimmii pplloovvccii ((ssll iikkaa 77 CC)) sseemm ppoosskkrrbbeell ,, ddaa ssee ddiiaa--ll iizznnaa cceell iiccaa nnii vvrrtteellaa.. ČČaaššoo sseemm ppookkrrii ll ss ffooll ii jjoo iinn ddiiaall iizzii rraall 33 uurree pprrii ssoobbnnii tteemmppeerraattuurrii .. NNaattoo sseemm cceell iiccoo pprreessttaavvii ll vv ddrruuggoo eennoo ll ii ttrrsskkoo ččaaššoo zz 880000 mmll oohhllaajjeenneeggaa PPBBSS ((ppoonnoovvnnoo sseemm ddooddaall ppeenniiccee iinn ppookkrrii ll ss ffooll ii jjoo)) iinn ddiiaall iizzii rraall ččeezz nnoočč ((1166 hh)) vv hhllaaddii llnniikkuu pprrii 44 °°CC.. PPrreeddeenn sseemm vvzzoorreecc vvzzeell iizz cceell iiccee,, sseemm vv bbrriizzggoo ppoossrrkkaall nneekkaajj zzrraakkaa.. BBrriizzggoo sseemm vv cceell iiccoo ppoonnoovvnnoo zzaabbooddeell nnaa ppuull ttuu,, ppootteemm ppaa sseemm vvzzoorreecc ddvviiggnnii ll ,, ttaakkoo ddaa jjee bbii llaa bbrriizzggaa ssppooddaajj .. PPooss--ttooppeekk pprriikkaazzuujjee ssll iikkaa 77..

IIzzgguubbee aall ii rraazzrreeddččii ttvvee vvzzoorrccaa pprraakkttiiččnnoo nnii bbii lloo,, mmoorraall ppaa sseemm iizzppiihhaattii mmrrttvvii vvoolluummeenn bbrriizzggee zz zzrraakkoomm.. OOččiiššččeenn vvzzoorreecc sseemm oozznnaaččii ll zz EEqq1188KKLL‡‡..

PPrr iipprraavvaa kkoonncceennttrr ii rraannee rraazzttooppiinnee zzaa mmeerr ii ttvvee EEPPRR NNaa rraazzppoollaaggoo sseemm iimmeell ššee eenn mmiikkrrookkoonncceennttrraattoorr ((ssttaarreejjššee iizzvveeddbbee)),, zzaattoo sseemm pprriipprraavvii ll bbooll jj kkoonncceennttrrii rraannoo rraazzttooppiinnoo pprrootteeiinnaa.. VVeeččjjaa kkoonncceennttrraaccii jjaa oozznnaaččeenneeggaa pprrootteeiinnaa ppoommeennii sseevveeddaa bbooll jjššii ssiiggnnaall vv EEPPRR ssppeekkttrroommeettrruu ((kkeerr vvsseebbuujjee vveeččjjee šštteevvii lloo pprroossttiihh ssppiinnoovv)).. ZZ mmeerrjjeennjjeemm EEPPRR ssiiggnnaallaa vv ff ii ll ttrraattuu ppaa sseemm llaahhkkoo pprreevveerrii ll ,, aall ii ssee jjee pprrii ddiiaall iizzii ooddssttrraannii ll vveess nneevveezzaannii MMTTSSLL§§..

KKoonncceennttrraattoorr sseemm pprreedd uuppoorraabboo sspprraall ss PPBBSS.. VV kkoonncceennttrraattoorr sseemm ooddppiippeettii rraall 330000 µµll PPBBSS iinn cceennttrrii ffuuggii rraall 1155 mmiinn pprrii 88000000 gg iinn 1155 °°CC.. NNaattoo sseemm ooddppiippeettii rraall 445500 µµll EEqq1188KKLL iinn cceennttrrii ffuuggii rraall 88 mmiinn pprrii 77000000 gg iinn 1155 °°CC.. NNaazzaaddnnjjee sseemm ppookkrroovvččeekk zz mmeemmbbrraannoo oobbrrnnii ll iinn ssuuppeerrnnaattaanntt ooddcceennttrrii ffuuggii rraall vv mmiikkrroocceennttrrii --ffuuggii rrkkoo 55 mmiinn pprrii 77000000 gg iinn 1155 °°CC.. DDoobbll jjeennii vvzzoorreecc sseemm oozznnaaččii ll zz EEqq1188KKKKLL**

** KKeerr ssoo nnaavvaaddnnee vveečč kkoott 1100--kkrraatt cceenneejjššee.. †† KKaarr sseemm mmii jjee vv pprrvveemm ppoosskkuussuu ttuuddii zzggooddii lloo.. ‡‡ EEqq1188KKLL –– EEqquuiinnaattooxxiinn ((II II )) mmuuttaanntt nnaa ppoozziiccii jj ii 1188 kkoonnččnnii llaabbeell §§ KKoott jjee nnaavveeddeennoo vv rreezzuull ttaattiihh,, ssee jjee vveess nneevveezzaannii MMTTSSLL ooddssttrraannii ll ((ff ii ll ttrraatt nnii iimmeell EEPPRR ssiiggnnaallaa)).. MMeenniimm,, ddaa bbii bbii ll ii zzaaddoossttnnii ppooggoojj ii ddiiaall iizzee 22--kkrraatt ppoo ddvvee uurrii pprrii ssoobbnnii tteemmppaarraattuurrii ..

SSll iikkaa 77:: PPoossttooppeekk ddiiaall iizzee zz ddiiaall iizznnoo cceell iiccoo

AA)) VVnnooss vvzzoorr ccaa vv cceell iiccoo.. BB)) SSeessaannjj ee zzrr aakkaa iizz cceell iiccee.. CC)) DDiiaall iizzaa.. DD)) DDooddaajj aannjj ee zzrr aakkaa vv cceell iiccoo.. EE)) SSeessaannjj ee vvzzoorr ccaa iizz cceell iiccee.. SSll iikkaa jj ee ppoovvzzeettaa ppoo [[4444]]..

MMeettooddee


MM eerr ii tteevv kkoonncceennttrr aaccii jj ee pprr ootteeiinnaa KKoonncceennttrraaccii jjoo pprrootteeiinnaa vv vvzzoorrcciihh sseemm ddoollooččii ll zz mmeerrjjeennjjeemm aabbssoorrbbaannccee pprrii 228800 nnmm.. ZZaa eekk--ssttiinnkkccii jjsskkii kkooeeff iicciieenntt ((εε228800)) sseemm vvzzeell eekkssppeerriimmeennttaallnnoo ddoollooččeennoo vvrreeddnnoosstt 3366110000 MM−−11ccmm−−11..[[4455]] VVeeččiinnaa ččllaannkkoovv uuppoorraabbll jjaa kkaarr ttoo vvrreeddnnoosstt..[[4466,,4477]] .. NNaaššeell sseemm ttuuddii vvrreedd--nnoosstt 11,,8877 LL//((gg ccmm))[[4488]] ,, kkaarr jjee pprriibbll iižžnnoo 3377110000 MM−−11ccmm−−11.. IIzz pprrootteeiinnsskkee sseekkvveennccee iizzrraaččuunnaannaa vvrreeddnnoosstt zznnaaššaa 4433889900 MM−−11ccmm−−11 [[4499]] .. ZZaarraaddii mmaajjhhnnee kkooll iiččiinnee vvzzoorrccaa sseemm aabbssoorrbbaannccoo mmeerrii ll nnaa nnaapprraavvii NNaannooDDrroopp NNDD11000000 ((ssll iikkaa 88)).. ZZaa mmeerrii tteevv sseemm ppoottrreebboovvaall 33 µµll vvzzoorrccaa.. ZZaarraaddii nnaattaannččnnoossttii sseemm mmeerrii tteevv ppoonnoovvii ll 33xx.. MMeedd ppoossaammeezznnoo mmeerrii ttvvii jjoo sseemm iinnššttrruummeenntt ooččiissttii ll zz 55 µµll ddeeiioonniizzii rraannee vvooddee.. UUggoottoovvii ll sseemm,, ddaa ssee pprrootteeiinn ppooččaassii ppoosseeddaa ((mmeerrii ttvvee nniissoo bbii llee ppoonnoovvll jj iivvee)),, zzaattoo sseemm pprreedd mmeerrii ttvvii jjoo vvzzoorreecc 33xx pprreemmeeššaall zz 220000 µµll aall ii 2200 µµll ppiippeettoo ((ooddvviissnnoo oodd kkooll iiččiinnee vvzzoorrccaa))..

MMeerrii tteevv hheemmooll ii ttiiččnnee aakkttiivvnnoossttii

VVssaakkaa ssttrruukkttuurrnnaa sspprreemmeemmbbaa ((nnaajjppooggoosstteejjee mmuuttaaccii jjaa aall ii kkeemmii jjsskkaa mmooddii ff iikkaaccii jjaa)) llaahhkkoo sspprreemmeennii bbiioolloošškkoo aakkttiivvnnoosstt pprrootteeiinnaa.. TTaakkoo jjee ddoobbrroo iimmeettii hhii tteerr tteesstt,, kkii ggaa jjee mmoožžnnoo uuppoorraa--bbii ttii zzaa oocceennoo sspprreemmeemmbbee bbiioolloošškkee aakkttiivvnnoossttii MMeettooddaa zzaa oocceennoo jjee bbii llaa rraazzvvii ttaa žžee pprreecceejj zzggooddaajj [[55,,5500]] ,, ddeelluujjee ppaa nnaa pprreecceejj eennoossttaavveenn nnaaččiinn.. SSpprreemmll jjaattii jjee ppoottrreebbnnoo ččaassoovvnnoo ooddvviissnnoosstt nnaavviiddeezznnee** aabbssoorrbbaannccee pprrii 770000 nnmm ppoo ddooddaattkkuu eekkvviinnaattookkssiinnaa.. PPoonnaavvaaddii pprriipprraavviimmoo ssuussppeennzzii jjoo eerrii ttrrooccii ttoovv zz zzaaččeettnnoo aabbssoorrbbaannccoo 00,,55 iinn mmeerriimmoo pprrii tteemmppeerraattuurrii 2255 °°CC.. EEkkvviinnaattookkssiinn ppoovvzzrrooččii ll iizzoo eerrii ttrrooccii ttoovv,, zzaarraaddii ččeessaarr aabbssoorr--bbaannccaa uuppaaddaa.. DDoobbiimmoo ssiiggmmooiiddaallnnoo kkrriivvuull jjoo,, kkii ppaa jjee vv oossrreeddnnjjeemm,, nnaajjbbooll jj ssttrrmmeemm ddeelluu,,

** KKKKLL –– KKoonncceettrrii rraann kkoonnččnnii llaabbeell ..

SSll iikkaa 88:: NNaannooDDrroopp NNDD11000000

VViirr :: hhttttpp::////wwwwww..nnaannooddrroopp..ccoomm

0 1 2 3 4

0,0

0,1

0,2

0,3

0,4

0,5

0,6

0,7 Časovna odvisnost hemolize ekvinatoksina. Linearni del sigmoidalne krivulje.

A70

0 nm

t (min)

SSll iikkaa 99:: PPrriimmeerr sspprreemmll jjaannjjaa hheemmooll iizzee zz aabbssoorrbbaannccoo

PPrr iikkaazzaann jj ee pprr iimmeerr ččaassoovvnnee ooddvviissnnoosstt ii aabbssoorr bbaannccee ssuussppeennzzii jj ee eerr ii tt rr ooccii ttoovv pprr ii 770000 nnmm ppoo ddooddaattkkuu eekkvviinnaattookkssiinnaa II II .. PPoollnnaa ččrr ttaa pprr iikkaazzuujj ee iizzmmeerr jj eennoo aabbssoorr bbaannccoo,, ččrr ttkkaannaa ppaa pprr eemmiiccoo,, kkaatteerr ee nnaakklloonn jj ee mmoožžnnoo uuppoorr aabbii tt ii zzaa mmeerr ii lloo aakktt iivvnnoosstt ii ..

MMeettooddee


sskkoorraajj ll iinneeaarrnnaa.. NNaakklloonn pprreemmiiccee zzaaččrrttaannee sskkoozzii oossrreeddnnjj ii ddeell llaahhkkoo uuppoorraabbiimmoo zzaa mmeerrii lloo hhii ttrroossttii .. SSll iikkaa 99 pprriikkaazzuujjee ttiippiiččnnii pprriimmeerr mmeerrii ttvvee hheemmooll iizzee.. NNaakklloonn pprreemmiiccee jjee sseevveeddaa ooddvviisseenn oodd zzaaččeettnnee kkoonncceennttrraaccii jjee eekkvviinnaattoosskkiinnaa,, ttaakkoo ddaa llaahhkkoo nnaa ttaakk nnaaččiinn pprriimmeerrjjaammoo ssaammoo vvzzoorrccee eennaakkiihh kkoonncceennttrraaccii jj .. NNaaddaall jjnnjj ii rraazzvvoojj tteessttaa aakkttiivvnnoossttii ((kkii jjee ppoovveezzaann ttuuddii zz ddoossttooppnnoossttjjoo ssppeekkttrrooffoottoommeettrraa,, kkii llaahhkkoo nnaaeennkkrraatt mmeerrii vveečč vvzzoorrcceevv)) jjee ooddpprraavvii ll ttuuddii ttoo ppoommaannjjkkll jj iivvoosstt[[11,,1111,,1133,,1144]] .. ČČee nnaammrreečč iizzmmeerriimmoo hhii ttrroosstt hheemmooll iizzee pprrii rraazzll iiččnniihh kkoonncceennttrraaccii jjaahh eekkvviinnaattookkssiinnaa iinn nnaarriiššee--mmoo ggrraaff ooddvviissnnoossttii hhii ttrroossttii hheemmooll iizzee oodd llooggaarrii ttmmaa kkoonncceennttrraaccii jjee pprrootteeiinnaa,, ppoonnoovvnnoo ddoobbiimmoo ssiiggmmooiiddaallnnii ggrraaff .. VVrreeddnnoosstt kkoonncceennttrraaccii jjee pprrootteeiinnaa,, kkjjeerr jjee ddoosseežžeennaa ppoolloovviiccaa mmaakkssiimmaallnnee hhii ttrroossttii hheemmooll iizzee ((cc5500)),, llaahhkkoo uuppoorraabbiimmoo kkoott zzeelloo ddoobbrroo mmeerrii lloo aakkttiivvnnoossttii .. PPoonnaavvaaddii ssee kkoott mmeerrii lloo aakkttiivvnnoossttii ppooddaajjaa 11//cc5500.. TTeehhnniiččnnoo mmeerrii tteevv nnaapprraavviimmoo ttaakkoo,, ddaa nnaa mmiikkrrooppllooššččiiccii ((rreecciimmoo ss 9966 lluukknnjj iiccaammii)) pprrii tteemmppee--rraattuurrii 2255°°CC ddooddaajjaammoo rraazzttooppiinnii eerrii ttrrooccii ttoovv ((zz zzaaččeettnnoo aabbssoorrbbaannccoo 00,,55)) sseerrii jjoo ddvvaakkrraattnniihh rraazzrreeddččii tteevv eekkvviinnaattookkssiinnaa.. KKeerr llaahhkkoo mmeerriimmoo aabbssoorrbbaannccoo vvsseehh lluukknnjj iicc nnaaeennkkrraatt,, iimmaammoo llaahhkkoo vv žžee vv ddvvaajjsseettiihh mmiinnuuttaahh iizzmmeerrjjeennoo cc5500.. PPrreedd pprrvviimm eekkssppeerriimmeennttoomm ppaa nniisseemm nnaattaannččnnoo pprreebbrraall vvsseehh ččllaannkkoovv iinn sseemm ttaakkoo nnaassttaavvii ll zzaaččeettnnoo aabbssoorrbbaannccoo rraazzttooppiinnee eerrii ttrrooccii ttoovv pprrii 770000 nnmm nnaa 00,,66;; zz rraazzrreeččii ttvvaammii ppaa sseemm ppoosskkuuššaall zzaaddeettii kkoonncceennttrraaccii jjoo,, kkjjeerr hheemmooll iizzaa ttrraajjaa vvssaajj 2200 mmiinn.. KKoo sseemm ssvvoojjoo nnaappaakkoo ooddkkrrii ll ,, sseemm ssee ooddllooččii ll ,, ddaa bboomm ttuuddii ddrruuggii eekkssppeerriimmeenntt ppoonnoovvii ll pprrii eennaakkiihh ppooggoojj iihh.. ŽŽeelleell sseemm nnaammrreečč ppookkaazzaattii ,, ddaa oozznnaaččeenn mmuuttaanntt nniimmaa bbiissttvveennoo ddrruuggaaččnnee aakkttiivvnnoossttii kkoott nneeoozznnaaččeenn.. NNaammeenn jjee bbii ll ddoosseežžeenn,, ssaajj zzaa pprriimmeerrjjaavvoo nnee ppoottrreebbuujjeemm nnuujjnnoo cc5500 vvrreeddnnoossttii ,, aammppaakk zzaaddoossttuujjee pprriimmeerrjjaavvaa hhii ttrroossttii hheemmooll iizzee pprrii eennaakkiihh kkoonncceennttrraaccii jjaahh..

PPrr iipprr aavvaa ssuussppeennzzii jj ee eerr ii tt rr ooccii ttoovv

PPrr iipprraavvaa nnaattrr ii jjeevveeggaa ccii ttrraattaa RRaazzttooppiinnaa nnaattrrii jjeevveeggaa ccii ttrraattaa kkoommpplleekkssii rraa kkaallccii jjeevvee iioonnee iinn ttaakkoo ddeelluujjee kkoott aannttiikkooaagguullaanntt.. PPrriipprraavvii ll sseemm 33..88 %%((ww//vv)) rraazzttooppiinnoo nnaattrrii jjeevveeggaa ccii ttrraattaa,, ttaakkoo ddaa sseemm 1100..8833 gg nnaattrrii jjeevveeggaa ccii ttrraattaa sseemm rraazzttooppii ll vv 225500 mmll ddHH22OO..

ZZaajjeemm kkrrvvii PPrriibbll iižžnnoo 220000 mmll ssvveežžee ggoovveejjee kkrrvvii ((oodd bbiikkaa,, ssttaarreeggaa pprriibbll iižžnnoo ddvvee lleettii )) ssmmoo uujjeell ii vv 5500 mmll rraazzttooppiinnee nnaattrrii jjeevveeggaa ccii ttrraattaa.. RRaazzmmeerrjjee kkrrvvii pprroottii rraazzttooppiinnii jjee bbii lloo pprriibbll iižžnnoo 44::11..

SSppii rraannjjee eerr ii ttrrooccii ttoovv 4400 mmll ggoovveejjee kkrrvvii zz nnaattrrii jjeevviimm ccii ttrraattoomm sseemm cceennttrrii ffuuggii rraall 1100 mmiinn pprrii 33220000 oobbrraattiihh.. SSuuppeerrnnaatt sseemm ooddssttrraannii ll iinn cceennttrrii ffuuggii rrkkoo nnaappoollnnii ll ss PPBBSS.. PPoossttooppeekk sseemm ppoonnoovvii ll 33xx.. PPoo zzaaddnnjjeemm cceennttrrii ffuuggii rraannjjuu sseemm ooddssttrraannii ll ssuuppeerrnnaattaanntt iinn pprreeoossttaallee eerrii ttrrooccii ttee 22xx rraazzrreeddččii ll ss PPBBSS ((ddooddaall eennaakkoo kkooll iiččiinnoo PPBBSS,, kkoott jjee oossttaalloo eerrii ttrrooccii ttoovv)).. DDoobbll jjeennoo ssuussppeennzzii jjoo sseemm oozznnaaččii ll zz HH22 ((ddvvaakkrraatt rraazzrreeddččeenn hheemmaattookkrrii tt)).. HH22 sseemm hhrraannii ll vv hhllaaddii llnniikkuu pprrii 44 °°CC..

** NNaavviiddeezznnaa zzaattoo,, kkeerr aabbssoorrbbaannccaa eerrii ttrrooccii ttoovv nnii ppoosslleeddiiccaa eelleekkttrroonnsskkiihh pprreehhooddoovv,, tteemmvveečč ppoosslleeddiiccaa ssiippaannjjaa ssvveettlloobbee..

MMeettooddee


PPrr iipprraavvaa rraazzrreeddččeennee ssuussppeennzzii jjee eerr ii ttrrooccii ttoovv NNaattoo sseemm pprriipprraavvii ll ssuussppeennzzii jjoo HH2200 ((110000 µµll HH22 ++ 990000 µµll PPBBSS)) iinn HH22000000 ((110000 µµll HH2200 ++ 1100 mmll PPBBSS)).. SSvveežžaa ssuussppeennzzii jjaa HH22000000 jjee iimmeellaa aabbssoorrbbaannccoo 00,,66 pprrii 770000 nnmm.. KKeerr mmee jjee zzaanniimmaalloo ((vvssaajj vv ggrroobbeemm)),, kkaakkššeenn vvppll iivv iimmaa zzaaččeettnnaa aabbssoorrbbaannccaa nnaa hhii ttrroosstt hheemmoo--ll iizzee,, sseemm pprriipprraavvii ll ššee rraazzll iiččnnee zzaaččeettnnee ssuussppeennzzii jjee.. PPrriikkaazzuujjee jj iihh ttaabbeellaa 55..

MM eerr ii tteevv hheemmooll iizzee

PPrr iipprraavvaa rraazzrreeddččii tteevv eekkvviinnaattookkssiinnaa PPrriipprraavvii ll sseemm ddvvee sseerrii jj ii rraazzrreeddččii tteevv ((zzaa EEqq1188 iinn EEqq1188KKLL;; ttoorreejj zzaa nneeoozznnaaččeenn iinn oozznnaaččeenn pprrootteeiinn)).. SSeerrii jj ii sseemm pprriipprraavvii ll ttaakkoo,, ddaa sseemm vv ttrrii mmiikkrroocceennttrrii ffuuggii rrkkee ooddppiippeettii rraall 5500 µµll PPBBSS.. NNaattoo sseemm vv pprrvvoo ddooddaall 5500 µµll vvzzoorrccaa ((ddoobbii ll rraazzttooppiinnoo 22RR)),, 33xx pprreemmeeššaall ss ttiippssoomm,, ooddppiippeettii rraall 5500 µµll vv nnaasslleeddnnjjoo cceennttrrii ffuuggii rrkkoo iinn ppoonnoovvnnoo 33xx pprreemmeeššaall ((ddoobbii ll rraazzttooppiinnoo 44RR)).. PPoossttooppeekk ppoonnoovvii ll ššee eennkkrraatt,, ttaakkoo ddaa sseemm ddoobbii ll rraazzttooppiinnoo 88RR.. VVzzoorrccee sseemm iimmeell zzaavvii ttee vv ffooll ii jj ii iinn nnaa lleedduu..

MMeerr ii tteevv aabbssoorrbbaannccee vv ooddvviissnnoossttii oodd ččaassaa MMeerrii ttvvee sseemm oopprraavvll jjaall nnaa UUVV//VVIISS ssppeekkttrrooffoottoommeettrruu CCaarryy 5500 BBIIOO ff ii rrmmee VVaarriiaann ss tteerrmmoorree--gguullaaccii jjoo,, nnaassttaavvll jjeennoo nnaa 2255 °°CC.. 22 mmll ssuussppeennzzii jjee eerrii ttrrooccii ttoovv sseemm ooddppiippeettii rraall vv kkiivveettoo,, ppuussttii ll ~~33 mmiinn,, ddaa ssee tteemmppeerraattuurraa eekkvvii ll iibbrrii rraa iinn BBrroowwnnoovvoo ggiibbaannjjee uummiirrii .. NNaattoo sseemm ddooddaall 11 µµll vvzzoorrccaa eekkvvii ttookkssiinnaa ((33xx pprreemmeeššaall ss ttiippssoomm)) iinn nnaattoo cceelloottnnoo rraazzttooppiinnoo vv kkiivveettii ššee 33xx pprreemmeeššaall zz 11 mmll ppiippeettoo)).. PPrreeddeenn sseemm ooddppiippeettii rraall vvzzoorreecc pprrootteeiinnaa sseemm ggaa 33xx pprreemmeeššaall zz 2200 µµll ppiippeettoo.. ČČaass mmeerrii ttvvee jjee bbii ll nnaassttaavvll jjeenn nnaa eennoo uurroo.. IInntteerrvvaall zzaajjeemmaannjjaa ppaa nnaa 11 ss.. RReezzuull ttaattee pprriikkaazzuujjeettaa ssll iikkii 1199 iinn 2200..

Suspenzija H2 H20 H1000 H1333 H2000 H4000 H1000_30SH H2000_30SH

1100 mmll HH 110000 µµll HH22 220000 µµll HH22 115500 µµll HH22 110000 µµll HH22 5500 µµll HH22 110000 µµll HH22 220000 µµll HH22

1100 mmll PPBBSS 990000 µµll PPBBSS 1100 mmll PPBBSS 1100 mmll PPBBSS 1100 mmll PPBBSS 1100 mmll PPBBSS 1100 mmll PPBBSS 1100 mmll PPBBSS Sestava

33 gg SSHH 33 gg SSHH

TTaabbeellaa 55:: RRaazzll iiččnnee zzaaččeettnnee ssuussppeennzzii jjee eerrii ttrrooccii ttoovv

HH –– hheemmaattookkrr ii tt ,, SSHH –– ssaahhaarr oozzaa..

MMeettooddee


SSnneemmaannjjee EEPPRR ssppeekkttrroovv

SSppeekkttrree ssppiinnsskkoo oozznnaaččeenneeggaa pprrootteeiinnaa sseemm iizzmmeerrii ll zz EEPPRR ssppeekkttrroommeettrroomm EELLEEXXSSYYSS EE550000 CCWW--EEPPRR ff ii rrmmee BBrruukkeerr.. VV kkaappii llaarroo pprreemmeerraa 11 mmmm sseemm ss kkaappii llaarrnniimm vvlleekkoomm vvnneesseell pprriibbll iižž--nnoo 2200 µµll vvzzoorrccaa,, kkaarr zznnaaššaa pprriibbll iižžnnoo 22,,77 ccmm vviiššiinnee vv kkaappii llaarrii .. PPoossnneell sseemm tteemmppeerraattuurrnnoo ooddvviissnnoosstt oodd 228800 ddoo 332200 KK vv kkoorraakkiihh ppoo 55 KK.. TTaakkoo sseemm ddoobbii ll 99 ssppeekkttrroovv vvssaakkeeggaa vvzzoorrccaa.. RRaazzmmeerrjjee ssiiggnnaallaa iinn ššuummaa sseemm ppoovveeččeevvaakk ss sseešštteevvaannjjeemm 1155 ssppeekkttrroovv pprrii kkoonnssttaannttnnii tteemmeepp--rraattuurrii iinn oossttaall iihh ppooggoojj iihh.. OOssttaall ii ppaarraammeettrrii ssoo ppoovvzzeettii vv ttaabbeell ii 66..

** TToo jjee ččaassoovvnnii iinntteerrvvaall vv kkaatteerreemm mmoorraa bbii ttii tteemmppeerraattuurraa zznnoottrraajj ttoolleerraannccee.. MMeerrii tteevv ssee ttoorreejj zzaaččnnee ššeellee ppoo tteemm,, kkoo jjee tteemmppeerraattuurraa ssttaabbii llnnaa 118800 ss..

NNaassttaavvii tteevv VVrr eeddnnoosstt

FFrreekkvveennccaa vvzzbbuujjaannjjaa 99,,33336622 GGHHzz

SSrreeddiinnsskkoo ppooll jjee 333322,,0000 mmTT

ŠŠii rriinnaa ssppeekkttrraa 1100,,0000 mmTT

TTrraajjaannjjee eenneeggaa zzaajjeemmaa 4411,,9966 ss

ŠŠtteevvii lloo zzaajjeemmoovv zzaa eenn ssppeekktteerr 1155

ŠŠtteevvii lloo ttooččkk 11002244

OOjjaaččii tteevv 7711 ddbb

KKoonnssttaannttaa iinntteeggrraaccii jjee 8811,,9922 mmss

ZZaaččeettnnaa tteemmppeerraattuurraa 228800 KK

TTeemmppeerraattuurrnnii kkoorraakk 55 KK

ŠŠtteevvii lloo tteemmppeerraattuurr vv sseerrii jj ii 99

TTeemmppeerraattuurrnnaa ttoolleerraannccaa 00,,33 KK

ČČaass ssttaabbii ll iizzaaccii jjee tteemmppaarraattuurree** 118800 ss TTaabbeellaa 66:: PPooddrroobbnnii ppaarraammeettrr ii zzaajjeemmaa EEPPRR ssppeekkttrroovv

SSll iikkaa 1100:: EELLEEXXSSYYSS EE550000 EEPPRR ssppeekkttrroommeetteerr hhttttpp::////wwwwww..bbrruukkeerr--bbiioossppiinn..ccoomm//eelleexxssyyss__ee550000..hhttmmll

EElleekkttrroonnsskkaa ppaarraammaaggnneettnnaa rreessoonnaannccaa ((EEPPRR))


EElleekkttrr oonnsskkaa ppaarr aammaaggnneettnnaa rr eessoonnaannccaa ((EEPPRR)) PPrrii ppiissaannjjuu tteeggaa ppooggllaavvjjaa sseemm ssii ppoommaaggaall pprreeddvvsseemm ss kkllaassiiččnnoo kknnjj iiggoo »»EElleeccttrroonn PPaarraammaaggnneettiicc RReessoonnaannccee:: EElleemmeennttaarryy TThheeoorryy aanndd PPrraaccttiiccaall AAppppll iiccaattiioonnss««[[5511]],, kkjjeerr ssoo mmeedd ddrruuggiimm ppookkrrii ttee oossnnoovvee,, ss kknnjj iiggoo »»EESSRR SSppeeccttrroossccooppyy iinn MMeemmbbrraannee BBiioopphhyyssiiccss««[[5522]],, kkjjeerr sseemm ((ššee ppoosseebbnnoo vv ttrreettjjeemm ppooggllaavvjjuu)) nnaaššeell vvssee ppoottrreebbnnee oossnnoovvee aannaall iizzee ssppeekkttrroovv iinn ššee vveečč tteerr ss kknnjj iiggoo »»SSttrruukkttuurraa aattoommoovv iinn mmoolleekkuull .. OOssnnoovvee kkvvaannttnneemmeehhaanniikkee,, aattoo--mmii««[[5533]] zzaa hhii ttrroo ppoonnoovvii tteevv kkvvaannttnnee mmeehhaanniikkee,, mmaaggnneettnniihh mmoommeennttoovv iinn vvrrttii llnniihh kkooll iiččiinn..** SSppeekkttrroosskkooppsskkee mmeettooddee,, ttoorreejj mmeettooddee,, kkii pprreeuuččuujjeejjoo iinntteerraakkccii jjoo eelleekkttrroommaaggnneettnneeggaa vvaalloovvaa--nnjjaa iinn mmaatteerrii jjee,, ssoo vv zznnaannoossttii zzeelloo uuppoorraabbnnee,, ssaajj ppooddaajjoo ooggrroommnnoo iinnffoorrmmaaccii jj oo ssttrruukkttuurrii ssnnoovvii .. RRaazzll iiččnnee ssppeekkttrroosskkooppsskkee mmeettooddee tteemmeell jj ii jjoo vv oossnnoovvii nnaa eennaakkeemm pprriinncciippuu:: ss ffoottoonnoomm uussttrreezznnee eenneerrggii jjee vvzzbbuuddii jjoo pprreehhoodd mmeedd ddoollooččeenniimmii eenneerrggii jjsskkiimmii ssttaannjj ii .. RRaazzll iikkee mmeedd eenneerr--ggeettsskkiimmii ssttaannjj ii ssoo zzaarraaddii rraazzll iiččnniihh sskkllooppii tteevv ooddvviissnnee oodd ookkooll iišškkeeggaa ssttaannjjaa ssiisstteemmaa.. NNaa ttaakk nnaaččiinn ssppeekkttrroosskkooppii jjee ppoorrooččaajjoo oo rraazzll iiččnniihh ppoojjaavviihh nnaa nniivvoojjuu mmoolleekkuull ,, aattoommoovv,, eelleekkttrroonnoovv iinn jjeeddeerr.. VVssee oossttaalloo ssoo llee ppooddrroobbnnoossttii††.. EEPPRR ssppaaddaa mmeedd ssppeekkttrroosskkooppsskkee tteehhnniikkee,, kkjjeerr nnaajjpprreejj vv mmaaggnneettnneemm ppooll jjuu rraazzcceeppiimmoo ssiicceerr ddeeggeenneerrii rraannaa mmaaggnneettnnaa ((ssppiinnsskkaa)) ssttaannjjaa ssnnoovvii iinn nnaattoo mmeedd nnjj iimmii zz mmiikkrroovvaalloovvnniimmii ffoottoonnii vvzzbbuujjaammoo pprreehhooddee..

OOssnnoovvee tteeoorrii jjee EEPPRR

KK llaassiiččnnii mmaaggnneettnnii mmoommeenntt ČČee ppoo zzaannkkii ssppuussttiimmoo ttookk,, ssee ppoojjaavvii mmaaggnneettnnoo ppooll jjee,, kkii ggaa uussttvvaarrjjaajjoo kkrroožžeeččii ssee eelleekkttrroonnii .. ČČee ttaakkoo zzaannkkoo ppoossttaavviimmoo vv mmaaggnneettnnoo ppooll jjee,, ssee bboo zzaannkkaa zz mmaaggnneettnniimm ppooll jjeemm ppoorraavvnnaallaa ((pprraavviimmoo,, ddaa iimmaa mmaaggnneettnnii mmoommeenntt µr )).. KKllaassiiččnnoo jjee mmaaggnneettnnii mmoommeenntt eennaakk::

ISnµ =r r ((11))

kkjjeerr jjee II ttookk sskkoozzii žžiiccoo,, SS ppoovvrrššiinnaa zzaannkkee iinn nr

eennoottsskkii vveekkttoorr,, pprraavvookkootteenn nnaa rraavvnniinnoo zzaannkkee.. ČČee jjee zzaannkkaa ookkrrooggllaa jjee mmaaggnneettnnii mmoommeenntt eennaakk kkaarr 2I r nµ π=r r

((kkjjeerr jjee rr ppoollmmeerr zzaannkkee)).. TTookk jjee vv bbiissttvvuu ggiibbaannjjee eelleekkttrroonnoovv,, ččee ttoorreejj ooppaazzuujjeemmoo ssaammoo eenn eelleekkttrroonn,, kkii kkrroožžii ppoo kkrroožž--nniiccii ss ppoollmmeerroomm rr ,, llaahhkkoo pprreejjššnnjjoo eennaaččbboo pprreeddeellaammoo vv::

102 e r vµ = ×r r r

,, ((22))

kkjjeerr jjee ee00 oossnnoovvnnii nnaabboojj eelleekkttrroonnaa,, rr

vveekkttoorr oodd ssrreeddiinnee kkrroožžnniiccee ddoo eelleekkttrroonnaa iinn vr

nnjjeeggoovvaa hhii ttrroosstt..

EEnnaaččbboo ((22)) llaahhkkoo iizzrraazziimmoo ttuuddii zz vvrrttii llnnoo kkooll iiččiinnoo (( eL r m v= ×r r r

))::

0

2 e

eL

mµ =

rr,, ((33))

kkjjeerr jjee em mmaassaa eelleekkttrroonnaa..

KKeerr ssee mmaaggnneettnnii mmoommeenntt žžeell ii ppoorraavvnnaattii zz zzuunnaannjj iimm mmaaggnneettnniimm ppooll jjeemm,, llaahhkkoo eenneerrggii jjoo ttee iinntteerraakkccii jjee ppooddaammoo zz

cos( )E B Bµ µ θ= − ⋅ = −rr

,, ((44))

kkjjeerr jjee Br

zzuunnaannjjee mmaaggnneettnnoo ppooll jjee iinn θθ kkoott mmeedd µr iinn Br

..

** CCii ttaatt oobbll iikkee [[5522@@6611]] ppoommeennii rreeffeerreennccaa šštt.. 5511 ssttrraann 6611.. †† TTuukkaajj jjee pprriimmeerreenn aanngglleešškkii pprreeggoovvoorr »»TThhee ddeevvii ll iiss iinn tthhee ddeettaaii llss«« oozziirroommaa ppoo nnaaššee »»HHuuddiičč ssee sskkrriivvaa vv ppoodd--rroobbnnoossttiihh««..



KK vvaannttnnoommeehhaannsskkii mmaaggnneettnnii mmoommeenntt

NNaa kkvvaannttnnoommeehhaannsskkeemm nniivvoojjuu,, kkjjeerr kkooll iiččiinnee zzaammeennjjaammoo zz ooppeerraattoorrjj ii kkooll iiččiinn (( Lr

ssee ttaakkoo

zzaammeennjjaa zz Lr

)) ssee iizzkkaažžee,, ddaa iimmaajjoo eelleekkttrroonnii ppoolleegg ttii rrnnee vvrrttii llnnee kkooll iiččiinnee** ššee nneekkoo iinnttrriinnzziiččnnoo†† vvrrttii llnnoo kkooll iiččiinnoo,, kkii jj ii pprraavviimmoo ssppiinnsskkaa vvrrttii llnnaa kkooll iiččiinnaa aall ii nnaa kkrraattkkoo kkaarr ssppiinn.. KKaarraakktteerriizzii rraa ggaa kkvvaannttnnoo šštteevvii lloo ss.. SSppiinn llaahhkkoo pprrii rraazzll iiččnniihh ddeellcciihh zzaavvzzaammee cceellaa aall ii ppooll cceellaa šštteevvii llaa vveeččjjaa aall ii eennaakkaa 00 ((00,, 11//22,, 11,, 33//22……)).. EElleekkttrroonnii iimmaajjoo ssppiinn ½½,, vvooddiikkoovvoo jjeeddrroo ((11HH )) iimmaa pprraavvttaakkoo ssppiinn ½½,, dduuššiikkoovvoo jjeeddrroo ((1144NN)) ppaa iimmaa ssppiinn 11.. ZZaarraaddii vvaalloovvnnee nnaarraavvee ddeellcceevv ssee iizzkkaažžee,, ddaa vv mmaaggnneettnneemm ppooll jjuu vvrrttii llnnaa kkooll iiččiinnaa nnee mmoorree zzaavvzzeettii kkaatteerree kkooll ii vvrreeddnnoossttii ,, tteemmvveečč ssaammoo ddoollooččeennee ddiisskkrreettnnee vvrreeddnnoossttii ((pprraavviimmoo jj iimm pprroojjeekkccii jjee ssppiinnaa)).. ČČee iimmaa ddeelleecc ssaammoo ssppiinn,, ttee vvrreeddnnoossttii oozznnaaččiimmoo ss kkvvaannttnniimm šštteevvii lloomm pprroojjeekkccii jjee ssppiinnaa mmss,, kkii llaahhkkoo zzaavvzzaammee vvrreeddnnoossttii oodd ––ss ddoo ++ss vv cceell iihh kkoorraakkiihh.. IIzzooll ii --rraann eelleekkttrroonn vv mmaaggnneettnneemm ppooll jjuu iimmaa ttaakkoo ddvvee mmoožžnnii pprroojjeekkccii jj ssppiinnaa ((++½½ iinn −−½½ oozz.. ggoorr iinn ddooll )).. PPrroojjeekkccii jjoo ssppiinnoovv vveell iikkoosstt 11//22,, 11 iinn 33//22 pprriikkaazzuujjee ssll iikkaa 1111 lleevvoo..

KKvvaannttnnaa mmeehhaanniikkaa nnaamm ppoolleegg kkvvaannttiizzaaccii jjee ppookkaažžee ttuuddii ,, ddaa llaahhkkoo hhkkrraattii ppoozznnaammoo ssaammoo vveell iikkoosstt ssppiinnaa iinn nnjjeeggoovvoo pprroojjeekkccii jjoo nnaa ssmmeerr mmaaggnneettnneeggaa ppooll jjaa.. VVeell iikkoosstt ssppiinnaa nnii ttaakkoo ppoo--mmeemmbbnnaa,, ssaajj ssee vv vvsseehh eennaaččbbaahh ppoojjaavvii jjoo llee nnjjeeggoovvee pprroojjeekkccii jjee.. PPrroojjeekkccii jjee ssppiinnaa nnaa ssmmeerr mmaaggnneettnneeggaa ppooll jjaa ((ooss zz)) ddoobbiimmoo zz::

z s e e em g kµ α β=rr

,, ((55))

kkjjeerr jjee mmss kkvvaannttnnoo šštteevvii lloo pprroojjeekkccii jjee ssppiinnaa,, eα ssmmeerr pprroojjeekkccii jjee zzaarraaddii pprreeddzznnaakkaa nnaabboojjaa ((zzaa eelleekkttrroonnee −−11)),, ggee eelleekkttrroonnsskkii gg--ffaakkttoorr,, ppoozznnaann ttuuddii ppoodd iimmeennoomm ZZeeeemmaannoovv sskkllooppii ttvveennii ffaakk--ttoorr ((zz vvrreeddnnoossttjjoo 22,,00002233)),, eβ BBoohhrroovv mmaaggnneettoonn (( 0 / 2e emeβ = h zz vvrreeddnnoossttjjoo 99,,22774400··1100--2244

JJ//TT)) iinn h rreedduuccii rraannaa PPllaannkkoovvaa kkoonnssttaannttaa (( / 2h π=h zz vvrreeddnnoossttjjoo 11,,00554455··1100--2244 JJss)).. iinn kr

eennoottsskkii vveekkttoorr vv ssmmeerrii mmaaggnneettnneeggaa ppooll jjaa..

** SSee pprraavvii ttiissttee,, kkii jjee ppoosslleeddiiccaa ggiibbaannjjaa eelleekkttrroonnoovv ppoo oorrbbii ttaall ii .. †† IInnttrriinnzziiččnnoo vv tteemm ppoommeennuu,, ddaa jjee ttoo llaassttnnoosstt ddeellccaa,, eennaakkoo kkoott mmaassaa aall ii nnaabboojj ..

J = 1/2 J = 1 J = 3/2E

B = 0 B > 0

ms= +1/2

ms= -1/2

e e rE hv g Bβ∆ = =

12 e eE g Bβ+ = +

12 e eE g Bβ− = −Br

SSll iikkaa 1111:: KKvvaannttiizziirraannaa eenneerrggii jjaa ssppiinnoovv vv mmaaggnneettnneemm ppooll jjuu

LL eevvii ddeell ssll iikkee pprr iikkaazzuujj ee kkvvaanntt iizzaaccii jj oo pprr oojj eekkccii jj ee ssppiinnaa zzaa ssppiinnsskkee ssiisstteemmee ss ssppiinnoomm ((JJ)) 11//22,, 11 iinn 33//22.. DDeessnnii ddeell pprr iikkaazzuujj ee ddoovvooll jj eennii pprr oojj eekkccii jj ii ssppiinnaa zzaa eelleekkttrr oonn ((JJ == 11//22)) vv mmaaggnneettnneemm ppooll jj uu ((BB)).. VV ooddssoottnnoosstt ii mmaaggnneettnneeggaa ppooll jj aa ((BB == 00)) pprr oojj eekkccii jj aa nnii ddoobbrr oo ddeeff iinniirr aannaa.. ZZ nnaarr aaššččaajj ooččiimm mmaaggnneettnniimm ppooll jj eemm ((BB >> 00)) ssee vveeččaa ttuuddii eenneerr ggii jj sskkaa rr aazzll iikkaa mmeedd oobbeemmaa ssttaannjj eemmaa.. PPrr ii ddoollooččeenneemm mmaaggnneettnneemm ppooll jj uu ((rr eecciimmoo BBrr)) llaahhkkoo pprr eehhoodd mmeedd ssttaannjj eemmaa ppoovvzz--rr ooččii ssaammoo ffoottoonn ttooččnnoo ddoollooččeennee vvaalloovvnnee ddoollžžiinnee ((eennaaččbbaa ((1100))))..



II zzooll ii rr aann eelleekkttrr oonn vv mmaaggnneettnneemm ppooll jj uu

KKeerr iimmaa pprroosstt eelleekkttrroonn vv mmaaggnneettnneemm ppooll jjuuBr

ddvvee mmoožžnnii oorriieennttaaccii jj ii ssppiinnaa iimmaa ttuuddii ddvvee rraazzll ii --ččnnii eenneerrggii jjsskkii ssttaannjj ii :: vviiššjjee iinn nniižžjjee.. VV kkvvaannttnnii mmeehhaanniikkii eenneerrggii jjoo zzaammeennjjaammoo zz ooppeerraattoorrjjeemm

zzaa eenneerrggii jjoo H ** .. EEnnaaččbbaa ((44)) ttaakkoo ppoossttaannee::

ˆH Bµ= − ⋅rr

,, ((66))

kkjjeerr jjee µr ooppeerraattoorr ((ssppiinnsskkeeggaa)) mmaaggnneettnneeggaa mmoommeennttaa.. PPoo ddooggoovvoorruu pprreeddppoossttaavviimmoo,, ddaa jjee ppooll jjee vv ssmmeerrii oossii zz::

ˆ ˆzH Bµ= − ,, ((77))

kkjjeerr jjee ˆzµ ooppeerraattoorr pprroojjeekkccii jjee ((ssppiinnsskkeeggaa)) mmaaggnneettnneeggaa mmoommeennttaa iinn BB ggoossttoottaa mmaaggnneettnneeggaa

ppooll jjaa.. LLaassttnnii vvrreeddnnoossttii ooppeerraattoorrjjaa ssttaa

12s e e e eE m g B g Bβ β± = = ± ((88))

RRaazzll iikkaa mmeedd eenneerrggii jjsskkiimmaa ssttaannjjeemmaa jjee ttaakkoo

e eE E E g Bβ+ −∆ = − = ((99))

ČČee uuppoorraabbiimmoo PPllaannkkoovvoo zzvveezzoo zzaa eenneerrggii jjoo ffoottoonnaa

e eE hv g Bβ∆ = = ,, ((1100))

kkjjeerr jjee vv ff rreekkvveennccaa vvaalloovvaannjjaa,, ddoobbiimmoo rreessoonnaannččnnii ppooggoojj ,, kkii ppooddaajjaa ffrreekkvveennccoo vvaalloovvaannjjaa,, ss kkaatteerroo vvzzbbuujjaammoo pprreehhooddee mmeedd ssppiinnsskkiimmii ssttaannjj ii ((ssll iikkaa 1111 ddeessnnoo)).. PPrrii ppooll jjuu pprriibbll iižžnnoo 00..3344 TT jjee ffrreekkvveennccaa vv rreessoonnaannccii pprriibbll iižžnnoo 99..66 GGHHzz iinn vvaalloovvnnaa ddoollžžiinnaa†† pprriibbll iižžnnoo 33..11 ccmm.. PPoolleegg uussttrreezznnee eenneerrggii jjee ffoottoonnaa ppaa ssee mmoorraa pprrii pprreehhoodduu oohhrraannii ttii ttuuddii cceelloottnnaa vvrrttii llnnaa kkooll iiččiinnaa..

EElleekkttrr oonn vv ssnnoovvii PPrroosstteeggaa eelleekkttrroonnaa vv nnaarraavvii sskkoorraajj nnee nnaajjddeemmoo,, ssaajj jjee ppoonnaavvaaddii vveezzaann nnaa nneekk aattoomm.. ZZaattoo mmoorraammoo uuppoošštteevvaattii ddvvee ssttvvaarrii ::

•• mmaalloo ssiisstteemmoovv vvsseebbuujjee nneeddeeggeenneerrii rraannaa ssppiinnsskkaa ssttaannjjaa ((pprroosstt eelleekkttrroonn)) -- vveeččiinnaa eelleekkttrroonnoovv jjee nnaammrreečč ssppaarrjjeenniihh,, zzaattoo cceellootteenn ssiisstteemm nniimmaa mmaaggnneettnneeggaa mmoommeennttaa;;

•• ookkooll iišškkii eelleekkttrroonnii iinn jjeeddrraa iimmaajjoo ssvvoojjee mmaaggnneettnnee mmoommeennttee,, ttaakkoo ddaa ssee eelleekkttrroonn nnaa--

hhaajjaa vv eeffeekkttiivvnneemm mmaaggnneettnneemm ppooll jjuu (( effBur

)),, kkii jjee ddrruuggaaččnnoo oodd zzuunnaannjjeeggaa (( Br

))

zzaarraaddii pprriissppeevvkkaa oobbllaakkaa eelleekkttrroonnoovv iinn ssppiinnoovv jjeeddeerr.. VV pprrvveemm pprriibbll iižžkkuu jjee pprriissppeevveekk zzaarraaddii eelleekkttrroonnsskkiihh ttookkoovv vv mmoolleekkuull ii ll iinneeaarrnnoo ooddvviisseenn oodd jjaakkoossttii zzuunnaannjjeeggaa ppooll jjaa,, zzaattoo llaahhkkoo zzaappiiššeemmoo::

,' ( )lokeff ele eff eB B B g g B= + =

r r r r ((1111))

TTaakkoo ssmmoo zz eeffeekktt iivvnniimm ZZeeeemmaannoovviimm ffaakkttoorr jj eemm ((ggeeffff)) ooppiissaall ii oodd zzuunnaannjjeeggaa ppooll jjaa ll iinneeaarrnnoo ooddvviissnnii ddeell ..

** ZZaarraaddii zzggooddoovviinnsskkiihh rraazzllooggoovv ssee iimmeennuujjee HHaammii ll ttoonnoovv ooppeerraattoorr.. †† IIzzrraaččuunnaannaa pprreekkoo c vλ= ,, kkjjeerr jjee cc ssvveettlloobbnnaa hhii ttrroosstt..



PPrriissppeevveekk kk mmaaggnneettnneemmuu ppooll jjuu zzaarraaddii ssppiinnoovv jjeeddeerr ppaa nnii ooddvviisseenn oodd jjaakkoossttii zzuunnaannjjeeggaa mmaa--ggnneettnneeggaa ppooll jjaa** ,, ooddvviisseenn jjee ssaammoo oodd ssppiinnaa jjeeddrraa//jjeeddeerr.. ČČee uuppoošštteevvaammoo oobbaa pprriissppeevvkkaa,, llaahhkkoo eenneerrggii jjsskkoo rraazzll iikkoo mmeedd ssttaannjjeemmaa zzaappiiššeemmoo ttaakkoollee::

eff e IE g B M Aβ∆ = + ((1122))

kkjjeerr jjee MMII pprroojjeekkccii jjaa ssppiinnaa ookkooll iišškkeeggaa ssiisstteemmaa iinn AA ffaakkttoorr hhiippeerrff iinnee sskkllooppii ttvvee,, ssaajj sskkllooppii ttvvii ssppiinnaa eelleekkttrroonnaa ss ssppiinnoomm ookkooll iišškkiihh jjeeddeerr pprraavviimmoo ttuuddii hhiippeerr ff iinnaa sskkllooppii tteevv.. VV rreessnniiccii jjee eenneerrggii jjsskkaa rraazzll iikkaa ooddvviissnnaa ttuuddii oodd oorriieennttaaccii jjee mmoolleekkuullee,, kkii vvsseebbuujjee eelleekkttrroonn zz vvrrttii llnnoo kkooll iiččiinnoo.. OOrriieennttaaccii jjsskkaa ooddvviissnnoosstt iizzvvii rraa iizz nneessffeerrnnoossiimmeettrriiččnniihh eelleekkttrroonnsskkiihh oorrbbii ttaall .. NNaattaannččnneejjee bbii eennaaččbboo ((1122)) llaahhkkoo ttoorreejj zzaappiissaall ii kkoott††

( ) ( )eff e IE g B M Aβ∆ = Ω + Ωr r

((1133))

kkjjeerr Ωr

pprreeddssttaavvll jjaa nneekkoo oorriieennttaaccii jjoo.. ČČee jjee ookkooll jjee aanniissoottrr ooppnnoo‡‡ bboo kkoonnččnnii ssppeekktteerr vvsseebboovvaall iinnffoorrmmaaccii jjoo oo oorriieennttaaccii jj ii iinn rroottaaccii jjsskkeemm ggiibbaannjjuu ssppiinnaa.. PPrroossttii eelleekkttrroonn ttaakkoo uuppoorraabbiimmoo kkoott ssoonnddoo,, kkii tt iippaa ookkooll jj ee iinn nnaamm oo nnjjeemm ppoorrooččaa!!

** SSaajj ssppiinn jjeeddeerr nnii ooddvviisseenn oodd mmaaggnneettnneeggaa ppooll jjaa.. †† ČČee bbii žžeelleell ii bbii ttii ššee nnaattaannččnneejjššii ,, bbii mmoorraall ii zzaappiissaattii ggeeffff iinn AA kkoott tteennzzoorrjjaa ddrruuggeeggaa rreeddaa ((ssee pprraavvii 33xx33 mmaattrriikkii))

ˆ ˆˆˆe effH Bg S I ASβ= +

r rr r PPooddrroobbnnoossttii ssoo vv [[5522]] nnaa ssttrraanneehh 5577--5599..

‡‡ SSee pprraavvii ,, ddaa nnii eennaakkoo vv vvsseehh ssmmeerreehh..



MMeessttnnoo ssppeeccii ff iiččnnoo ssppiinnsskkoo oozznnaaččeevvaannjjee ((SSDDSSLL –– SSii ttee DDiirreecctteedd SSppiinn LLaabbeell iinngg)) [[2244,,2255,,2288,,5544]] LLee mmaalloo bbiioolloošškkiihh ssiisstteemmoovv vvsseebbuujjee nneessppaarrjjeennee eelleekkttrroonnee ((rraaddiikkaallee)).. PPrriimmeerrii ttaakkiihh ssiisstteemmoovv ssoo eenncciimmii zz iioonnii pprreehhooddnniihh kkoovviinn iinn pprrootteeiinnii ,, kkaatteerriihh rreeaakkccii jjsskkii mmeehhaanniizzeemm vvkkll jjuuččuujjee ddoo--vvooll jj ddoollggoožžiivvee rraaddiikkaallee ((hhiiddrrooggeennaazzee,, ffoottoossiinntteettsskkii aappaarraatt)).. ČČee ssoo rraaddiikkaall ii ddoovvooll jj ddoollggoožžiivvii ,, llaahhkkoo zzaajjeemmaammoo EEPPRR ssppeekktteerr bbrreezz oozznnaaččeevvaannjjaa..

PPrrii ddrruuggiihh ssiisstteemmiihh mmoorraammoo vv ssiisstteemm uuvveessttii ddoollggoožžiivvee nneessppaarrjjeennee eelleekkttrroonnee.. NNaajjppooggoosstteejjee ssee vv ttee nnaammeennee uuppoorraa--bbll jjaa ssttaabbii llnnii nnii ttrrookkssiiddnnii rraaddiikkaall .. RRaaddiikkaall jjee ssttaabbii lleenn pprreeddvvsseemm zzaarraaddii sstteerriiččnniihh oovvii rr ssoosseeddnnjj iihh sskkuuppiinn.. SSaammsskkii eelleekkttrroonn ssee nnaahhaajjaa ddeelloommaa vv ppzz oorrbbii ttaallaahh kkiissiikkaa iinn dduuššiikkaa,, zzaarraaddii ččeessaarr ssoo nnjjeeggoovvee sskkllooppii ttvvee aanniizzoottrrooppnnee,, iinn ddeellnnoo vv ss oorrbbii ttaallaahh,, zzaarraaddii ččeessaarr ččuuttii ttuuddii ssppiinn dduuššiikkoovveeggaa jjeeddrraa ((II == 11)).. SSppiinnsskkaa ggoossttoottaa nnaa kkiissiikkuu jjee pprriibbll iižžnnoo 00,,88;; nnaa dduuššii --kkuu ppaa 00,,22** .. SSll iikkaa 1122 pprriikkaazzuujjee rreessoonnaannččnnii ssttrruukkttuurrii nnii ttrrookkssiiddnneeggaa rraaddiikkaallaa..

PPrrootteeiinnee llaahhkkoo ss ssppiinnsskkiimm oozznnaaččeevvaallcceemm oozznnaaččiimmoo nneessppeeccii ff iiččnnoo,, ttoorreejj nnaa mmeessttuu,, kkii nnii vvnnaapprreejj ddoollooččeennoo//iizzbbrraannoo,, aall ii ppaa ssaammoo nnaa ttooččnnoo ddoollooččeenneemm mmeessttuu ss ppoommooččjjoo tteehhnnoollooggii jjee rreekkoommbbiinnaannttnnee DDNNAA.. NNaa ppooll jjuubbnnoo mmeessttoo vv pprrootteeiinnuu nnaammrreečč uuvveeddeemmoo cciisstteeiinn,, nnaa cciisstteeiinn ppaa llaahhkkoo ssppeeccii ff iiččnnoo vveežžeemmoo nnii ttrrookkssiiddnnii rraaddiikkaall [[2244,,2255,,3322]] .. PPrrii ssvvoojjeemm ddeelluu sseemm uuppoorraabbll jjaall ssppiinnsskkii oozznnaaččeevvaalleecc MMTTSSLL,, pprriikkaazzaann nnaa ssll iikkii 55..

IInntteerrpprreettaaccii jjaa ssppeekkttrroovv

SSll iikkaa 1133 nnaamm pprriikkaazzuujjee ttiippiiččnnii nnii ttrrookkssiidd--nnii ssppeekktteerr.. PPrriikkaazzaann jjee pprrvvii ooddvvoodd aabbssoorrppccii jjsskkeeggaa ssppeekkttrraa,, ssaajj jjee ttaa pprrii EEPPRR ppoosslleeddiiccaa nnaaččiinnaa zzaajjeemmaa oozz.. iizzvveeddbbee ssppeekkttrroommeettrraa.. NNaajjeennoossttaavvnneejjee jjee iizz ssppeekkttrraa pprriiddoobbii ttii eemmppii rriiččnnee ppaarraammeettrree,, kkoott ssoo ššii rriinnaa ppoo--ssaammeezznniihh ll iinnii jj ,, rraazzmmeerrjjee mmeedd vveell iikkoossttjjoo ssiiggnnaalloovv ii ttdd.. SS ssppeekkttrraallnniimmii ssiimmuullaaccii jjaa--mmii ,, kkii tteemmeell jj ii jjoo nnaa pprreejj ppooddaanniihh eennaaččbbaahh,, ppaa llaahhkkoo vv ookkvvii rruu ssiimmuullaaccii jjsskkiihh mmooddeelloovv ddoobbiimmoo vveečč iinnffoorrmmaaccii jj ..

** IIzzrraaččuunnaannoo ss pprrooggrraammoomm GGAAUUSSSSIIAANN 0033 ((hhttttpp::////wwwwww..ggaauussssiiaann..ccoomm )) iinn bbaazznniimm sseettoomm UUHHFF//66--3311GG..

SSll iikkaa 1122:: RReessoonnaannččnnii ssttrruukkttuurrii nnii ttrrookkssiiddnneeggaa ff rraaggmmeennttaa

VViiddmmoo,, ddaa ssee nneessppaarr jj eenn eelleekkttrr oonn llaahhkkoo nnaahhaajj vv ppzz oorr bbii ttaall ii kkiissiikkaa aall ii dduuššiikkaa..

1 mT

SSll iikkaa 1133:: PPrriimmeerr EEPPRR ssppeekkttrraa

PPrr iikkaazzaann jj ee ooddvvoodd aabbssoorr bbccii jj sskkeeggaa ssppeekkttrr aa.. TTrr ii jj ee vvrr hhoo--vvii ssoo ppoosslleeddiiccaa sskkllooppii ttvvee zz jj eeddrr oomm dduuššiikkaa.. VVrr hhoovvii ssoo rr aazzll iiččnniihh oobbll iikk zzaarr aaddii oobbččuutt ll jj iivvoosstt ii nnaa iizzoottrr ooppnnoo ggiibbaann--jj ee..



MM ooddeell ssttoožžccaa [[5522@@6611]]

SSppeekktteerr llaahhkkoo ooppiiššeemmoo zz mmooddeell ii rraazzll iiččnnee kkoommpplleekkssnnoossttii .. ČČee oommeejj ii tteevv ggiibbaannjjaa nnii ttrrookkssiiddnnee sskkuuppiinnee ppooeennoossttaavvll jjeennoo ooppiiššeemmoo zz oommeejjeenniimm ssttoožžcceemm ((mmooddeell ssttoožžccaa,, ssll iikkaa 1155)),, llaahhkkoojj pprroobblleemm ppaarraammeetteerriizzii rraammoo zz nnaasslleeddnnjj iimmii ppaarraammeettrrii ::

•• 0ϑ ,, kkii ooppiissuujjee ššii rriinnoo ssttoožžccaa

•• 0ϕ ,, kkii pprreeddssttaavvll jjaa aassiimmeettrrii jjoo ssttoožžccaa ((ččee jjee 0ϕ eennaakk 2π ppootteemm jjee ssttoožžeecc ppooppoollnnoommaa

ssiimmeettrriiččeenn,, pprrii 00 ppaa jjee ddeeggeenneerrii rraann vv rraavvnniinnoo)) iinn •• cτ ,, kkii ppoonnaazzaarrjjaa,, kkaakkoo hhii ttrroo nnii ttrrookkssiiddnnaa sskkuuppiinnaa sspprreemmiinnjjaa ssmmeerr ggiibbaannjjaa

OOssttaall ii ppaarraammeettrrii ooppiissuujjeejjoo ppoopprraavvkkee kk ppoozziiccii jj ii iinn ššii rriinnii ssppeekkttrraallnniihh ččrrtt zzaarraaddii sskkllooppii tteevv ss pprroottoonnii iinn ddrruuggiimmii ppaarraammaaggnneettnniimmii ssnnoovvmmii ,, ppoollaarrnnoossttii iinn ddeeffoorrmmaaccii jj ppyy oorrbbii ttaall zzaarraaddii pprroo--ttoonnoovv.. KKeerr jjee vveell iikkoosstt ssttoožžccaa oommeejjeennaa zzaarraaddii oopplleettaannjjaa ssoosseeddnnjj iihh ssttrraannsskkiihh sskkuuppiinn iinn hhrrbbtteenniiccee pprrootteeiinnaa,, llaahhkkoo iizz EEPPRR ssppeekkttrraa ppoovveemmoo nneekkaajj oo ssttrruukkttuurrii .. OObb tteemm mmoorraajjoo bbii ttii iizzppoonnjjeennee nnaasslleeddnnjjee pprreeddppoossttaavvkkee:: ssttrraannsskkee sskkuuppiinnee ssee nnee ssmmeejjoo ggiibbaattii pprreeppooččaassii (( cτ mmoorraa bbii ttii mmaannjjššii

oodd 33nnss)),, hhrrbbtteenniiccaa pprrootteeiinnaa ppaa nnee pprreehhii ttrroo ((ppooččaassnneejjee oodd ~~1100 nnss)).. PPrrii vveeččiinnii pprrootteeiinnoovv ssoo pprreeddppoossttaavvkkee iizzppoollnnjjeennee,, ddrruuggaaččee ppaa jj iihh llaahhkkoo eennoossttaavvnnoo ddoosseežžeemmoo ss sspprreemmiinnjjaannjjeemm vviiss--kkoozznnoossttii mmeeddii jjaa aall ii tteemmppeerraattuurree..

RReeššeevvaannjj ee iinnvveerr zznneeggaa pprr oobblleemmaa [[2266,,5555]] KKoo žžeell iimmoo nneekk eekkssppeerriimmeennttaallnnii ssppeekktteerr ooppiissaattii ss ppaarraammeettrrii ddaanneeggaa mmooddeellaa,, jjee ttrreebbaa nnaajjpprreejj ssppeekktteerr iizzrraaččuunnaattii iinn ggaa pprriimmeerrjjaammoo zz iizzmmeerrjjeenniimm.. NNaattoo ppaa ss sspprreemmiinnjjaannjjeemm ppaarraammeettrroovv iizzbbooll jjššaammoo uujjeemmaannjjee ssiimmuull ii rraanneeggaa zz iizzmmeerrjjeenniimm ssppeekkttrroomm.. PPoossttooppeekk ppoonnaavvll jjaammoo,, ddookklleerr nnee ddoosseežžeemmoo zzaaddoovvooll jj iivveeggaa uujjeemmaannjjaa.. PPoossttooppkkuu pprraavviimmoo ttuuddii rreeššeevvaannjjee iinnvveerrzznneeggaa pprroobblleemmaa zz ooppttiimmiizzaaccii jjoo..

Parameter Oznaka Definicijski interval Enota Laični opis

ooddpprrttoosstt ssttoožžccaa 0ϑ 00 …… ππ//22 rraadd ŠŠiirriinnaa ssttoožžccaa.. PPrrii ππ//22 ddoobbiimmoo ppoollkkrroogglloo..

aassiimmeettrrii jjaa ssttoožžccaa 0ϕ 00 …… ππ//22 rraadd

ČČee ppoogglleeddaammoo ssttoožžeecc vvzzddoollžž ggllaavvnnee oossii oozznnaaččuujjee ttaa ppaarraammeetteerr ooddmmiikk oodd ssttrraannsskkee oossii vv vvssaakkoo ssmmeerr.. PPrrii ππ//22 ddoobbiimmoo nnaavvaaddnnii ssttoožžeecc..

rroottaaccii jjsskkii jj kkoorreellaaccii jjsskkii ččaass cτ 00,,11 …… 33 nnss

OOppiissuujjee šštteevvii lloo ttrrkkoovv ((sspprreemmeemmbb ssmmeerrii ggiibbaajjaa)) nnii ttrrookkssiiddnnee sskkuuppiinnee.. MMaannjjššii kkoott jjee kkoorreellaaccii jjsskkii ččaass,, vveečč jjee ttrrkkoovv ((hhii ttrreejjee ssee ggiibbll jjee ssttrraannsskkaa sskkuuppiinnaa))..

kkoonnssttaannttaa ddooddaattnniihh ššiirrii tteevv WW 00,,11 …… 44 GG VV ttoo kkoonnssttaannttoo ssoo sskkrrii ttii vvssii oossttaall ii pprriissppeevvkkii kk ššiirriinnii ččrrttee,, ssee pprraavvii ookkooll iišškkii pprroottoonnii iinn oossttaallee ppaarraammeeggnneettnnee ssnnoovvii ((nnpprr.. OO22))..

ppoopprraavveekk ppoollaarrnnoossttii ppAA 00,,88 …… 11,,22 11 PPoopprraavveekk kk hhiippeerrff iinneemmuu tteennzzoorrjjuu AA zzaarraaddii ppoollaarrnnoossttii ..

ppoopprraavveekk pprroottiiččnnoossttii pprroott --00,,0077 …… 00,,0077 11 PPoopprraavveekk kk ddeelluu ZZeemmaannoovveeggaa tteennzzoorrjjaa ((ggxxxx)) zzaarraaddii bbll iižžiinnee pprroottoonnoovv..

ddeelleežž vvzzoorrccaa ggiibbaannjjaa dd 00 …… 11 11 ČČee jjee vveečč vvzzoorrcceevv ggiibbaannjjaa,, ppootteemm vvssaakk pprreeddssttaavvll jjaa ddoollooččeenn ddeell kk cceelloottnneemmuu ssppeekk--ttrruu..

TTaabbeellaa 77:: PPoovvzzeetteekk ppaarraammeettrroovv,, kkii nnaassttooppaajjoo vv mmooddeelluu ssttoožžccaa

TTaabbeellaa ppoovvzzeettaa ppoo [[5522@@333322]]..



PPrrii ssvvoojjeemm ddeelluu sseemm zzaa ttoo uuppoorraabbll jjaall ooddll iiččeenn pprrooggrraammsskkii ppaakkeett EEPPRRSSII MM --CC[[5522@@332244]] ,, kkii zzaa iisskkaannjjee ppaarraammeettrroovv uuppoorraabbll jjaa hhiibbrr iiddnnoo eevvoolluuccii jj sskkoo oopptt iimmiizzaaccii jj oo ((HHEEOO)).. HHEEOO ddeelluujjee ppoo--ddoobbnnoo kkoott nnaarraavvnnaa sseelleekkccii jjaa.. IIzz zzaaččeettnnee ssttaarrššeevvsskkee ppooppuullaaccii jjee ((vveell iikkoossttii pprriibbll iižžnnoo 440000 oosseebbkkoovv)) ssee sseessttaavvii nnaasslleeddnnjjaa ggeenneerraaccii jjaa ss ppoommooččjjoo ppaarraammeettrroovv,, kkii kkrriižžaajjoo iinn mmuuttii rraajjoo llaasstt--nnoossttii oosseebbkkoovv –– vv nnaaššeemm pprriimmeerruu ssppeekkttrraallnnee ppaarraammeettrree,, pprreežžiivveettjjee ppaa ddoollooččaa sseelleekkccii jjsskkaa ffuunnkkccii jjaa,, kkii jjee vv tteemm pprriimmeerruu ooddssttooppaannjjee oodd eekkssppeerriimmeennttaallnneeggaa ssppeekkttrraa.. NNaattoo ssee zzggooddbbaa sseelleekkccii jjee iinn kkrriižžaannjjaa ppoonnoovvii ,, ddookklleerr nnii ddoosseežžeennoo mmaakkssiimmaallnnoo šštteevvii lloo ggeenneerraaccii jj .. OOssnnoovvnnaa sshheemmaa eevvoolluuccii jjsskkee ooppttiimmiizzaaccii jjee,, kkii vvsseebbuujjee llee kkrriižžaannjjee iinn mmuuttaaccii jjoo,, jjee vv nnaaššeemm pprriimmeerruu ddoo--ppoollnnjjeennaa ((oozz.. »»hhiibbrriiddiizzii rraannaa««)) zz ddeetteerrmmiinniissttiiččnnoo ooppttiimmiizzaaccii jjoo ((ddoowwnnhhii ll ll ssiimmpplleexx)),, ooppeerraattoorrjjeemm ttrreesseennjjaa ((sshhaakkiinngg)) iinn ooppeerraattoorrjj ii ,, kkii tteemmeell jj ii jjoo nnaa ppoozznnaavvaannjjuu ssiisstteemmaa ((kknnoowwlleeddggee bbaasseedd ooppeerraattoorrss)).. TTaakk nnaaččiinn ooppttiimmiizzaaccii jjee jjee ppoottrreebbeenn zzaarraaddii iizzjjeemmnnoo vveell iikkeeggaa ffaazznneeggaa pprroossttoorraa pprroobblleemmaa,, kkjjeerr hhkkrraattii zzaahhtteevvaammoo zzmmoožžnnoosstt pprreeiisskkoovvaannjjaa ooggrroommnniihh ffaazznniihh pprroossttoorroovv tteerr llookkaallnneeggaa ff iinneeggaa pprrii llaaggaajjaannjjaa.. VV rreeaallnniihh ssiisstteemmiihh jjee nnaammrreečč llaahhkkoo pprriissoottnniihh vveečč vvzzoorrcceevv ggiibbaannjjaa ((ppoo ddoommaaččee ddoommeenn)),, vvssaakk vvzzoorreecc ppaa mmoorraammoo ooppiissaattii ss ssvvoojj iimm sseettoomm ppaarraammeettrroovv.. PPooggoossttoo iimmaammoo oopprraavvkkaa zz vvssaajj 2200 ppaarraammeettrrii .. ČČee bbii žžeelleell ii ddoollooččii ttii vvssaakk ppaarraa--mmeetteerr nnaa 11 %% nnaattaannččnnoo,, ppootteemm bbii iimmeell ffaazznnii pprroossttoorr 1100002200 == 11004400 ddiisskkrreettnniihh ttooččkk..

GGHHOOSSTT kkoonnddeennzzaaccii jj aa [[5522@@6688]] [[2266,,5555]] HHEEOO aallggoorrii tteemm ssppaaddaa mmeedd nneeddeetteerrmmiinniissttiiččnnee nnaaččiinnee ooppttiimmiizzaaccii jj ,, kkaarr ppoommeennii ,, ddaa llaahhkkoo aall --ggoorrii tteemm ((ppoosseebbnnoo pprrii vveell iikkiihh ffaazznniihh pprroossttoorriihh)) vvrrnnee vveečč eennaakkoovvrreeddnniihh rreeššii tteevv.. HHEEOO ttaakkoo vveeččkkrraatt ppoožžeenneemmoo ((rreecciimmoo 2200xx)) iinn iizz vvssaakkee kkoonnččnnee ppooppuullaaccii jjee vvzzaammeemmoo nneekkaajj nnaajjbbooll jjššiihh rreeššii tteevv ((ookkooll ii 1100)).. ČČee žžeell iimmoo iizz ttee ooggrroommnnee kkooll iiččiinnee iinnffoorrmmaaccii jj iizzlluuššččii ttii bbiissttvveennee,, mmoorraammoo mmnnoožžiiccoo rreeššii tteevv pprreeddssttaavvii ttii nnaa uurreejjeenn iinn pprreepprroosstt nnaaččiinn.. VV ttaa nnaammeenn jjee bbii llaa rraazzvvii ttaa GGHHOOSSTT kkoonnddeennzzaaccii jjaa.. MMnnoožžiiccoo nnaajjbbooll jjššiihh rreeššii tteevv nnaajjpprreejj ff ii ll ttrrii rraa ppoo uujjeemmaannjjuu zz eekkssppeerriimmeennttaallnniimm ssppeekkttrroomm,, nnaattoo ppaa ššee ppoo llookkaallnnii ggoossttoottii ((ttaakkoo ddaa ssee iizzoogg--nneemmoo oossaammll jjeenniimm rreeššii ttvvaamm)).. SSlleeddii pprreeppoozznnaavvaannjjee ggrruučč rreeššii tteevv** ,, kkaatteerriihh ppoovvpprreeččnnii ((tteežžiiššččnnii )) ppaarraammeettrrii ssoo ppooddaannii kkoott kkoonnččnnaa rreeššii tteevv.. VVeeččddiimmeennzziioonnaallnnee ffaazznnee pprroossttoorree sseevveeddaa tteežžkkoo nnaarriiššeemmoo,, zzaattoo rreeššii ttvvee pprreeddssttaavviimmoo kkoott pprroojjeekkccii jjee nnaa rraavvnniinnoo ddvveehh ppaarraammeettrroovv ((rreecciimmoo 0ϑ ––

0ϕ )).. TTiippččnnee GGHHOOSSTT ddiiaaggrraammee pprriikkaazzuujjee ssll iikkaa 2299 nnaa ssttrraannii 5522..

** MMiimmooggrreeddee –– iimmee GGHHOOSSTT kkoonnddeennzzaaccii jjaa iizzhhaajjaa pprraavv iizz pprreeppoozznnaavvaannjjaa sskkuuppiinn rreeššii tteevv,, ssaajj iizzgglleeddaajjoo oobbrroobbee ppoossaammeezznniihh sskkuuppiinn kkoott nneekkaakkššnnii dduuhhoovvii ((aanngg.. gghhoosstt))..

MMooddeell ii rraannjjee kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiihh pprroossttoorroovv ((CCSSMM −− CCoonnffoorrmmaattiioonnaall SSppaaccee MMooddeell iinngg))


MM ooddeell ii rr aannjj ee kkoonnffoorr mmaaccii jj sskkiihh pprr oossttoorr oovv ((CCSSMM −− CCoonnffoorr mmaatt iioo--nnaall SSppaaccee MM ooddeell iinngg)) [[3377,,5566,,2299]]

ZZ mmooddeelloomm ssttoožžccaa,, kkii ggaa uuppoorraabbll jjaammoo pprrii ssiimmuullaaccii jj ii EEPPRR ssppeekkttrroovv,, llaahhkkoo ddoobbiimmoo vveell iikkoo iinnffoorrmmaaccii jj oo ookkooll jjuu nnii ttrrookkssiiddnnee sskkuuppiinnee.. PPrreekkoo ppaarraammeettrroovv 0ϑ iinn 0ϕ ppaa llaahhkkoo ddoobbiimmoo ššee

vveečč –– iinnffoorrmmaaccii jjoo oo ssttrruukkttuurrii pprrootteeiinnaa!! MMooddeell ii rraannjjaa kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiihh pprroossttoorroovv ((CCSSMM)) nnaamm nnaammrreečč oommooggooččaa,, ddaa iizz zznnaannee ttrriiddii --mmeennzziioonnaallnnee ssttrruukkttuurree pprrootteeiinnaa iizzrraaččuunnaammoo 0ϑ iinn 0ϕ zzaa ppooll jjuubbnnoo ppoozziiccii jjoo.. KKoo ttoo zznnaammoo,,

llaahhkkoo ppoonnoovvnnoo rreeššuujjeemmoo iinnvveerrzznnii pprroobblleemm:: iiššččeemmoo ttiissttee kkoonnffoorrmmaaccii jjee pprrootteeiinnaa,, kkii ssee nnaajjbboo--ll jjee uujjeemmaajjoo zz iizz eekkssppeerriimmeennttaallnneeggaa ssppeekkttrraa iizzrraaččuunnaanniimmaa 0ϑ iinn 0ϕ ..

KKoonnffoorrmmaaccii jjsskkii pprroossttoorr ((CCoonnffoorrmmaattiioonnaall ssppaaccee –– CCSS))

NNaajjpprreejj mmoorraamm ddeeff iinnii rraattii ggllaavvnnii ppoojjeemm,, ss kkaatteerriimm bboomm vv tteemm ppooggllaavvjjuu pprreecceejj ooppeerrii rraall ,, ttjj .. kkoonnffoorr mmaaccii jj sskkii pprr oossttoorr ((CCSS)) ssttrraannsskkee vveerriiggee.. DDeeff iinnii rraammoo ggaa kkoott sseett vvsseehh ((ddoovvooll jjeenniihh)) rroottaammeerroovv ssttrraannsskkee vveerriiggee nnaa nneekkii ppoozziiccii jj ii vv pprriimmaarrnnii sseekkvveennccii .. VVssaakk rroottaammeerr iimmaa pprreeddppii --ssaannoo ddoollooččeennoo vveerrjjeettnnoosstt,, kkii ppaa jjee zzaarraaddii pprreekkrriivvaannjjaa ss ssoosseeddnnjj iimmii ssttrraannsskkiimmii vveerriiggaammii iinn hhrrbbtteenniiccoo llaahhkkoo pprreecceejj zzmmaannjjššaannaa..

PPrreeddppoossttaavvkkee CCSSMM

CCSSMM iizzkkoorriiššččaa ttrrii bbiissttvveennee llaassttnnoossttii EEPPRR ssppeekkttrroosskkooppii jjee:: 11.. PPrrii ff iizziioolloošškkiihh ppooggoojj iihh jjee ggiibbaannjjee ssttrraannsskkiihh vveerriigg pprrootteeiinnaa hhii ttrreejjššee oodd ččaassoovvnnee sskkaallee

EEPPRR ((nneekkaajj nnss)),, ttaakkoo ddaa EEPPRR vviiddii uutteežžeennoo ppoovvpprreeččjjee mmaaggnneettnniihh sskkllooppii tteevv nnii ttrrookkssiidd--nneeggaa rraaddiikkaallaa,, kkii ppaa ssoo ooddvviissnnee oodd oorriieennttaaccii jj ppoossaammeezznniihh rroottaammeerroovv.. EEffeekkttiivvnnoo vviiddiimmoo ttaakkoo ppoovvpprreeččjjee oorriieennttaaccii jj zznnoottrraajj CCSS....

22.. EEPPRR ttaakkoo nnii oobbččuuttll jj iivv nnaa aattoommsskkee kkoooorrddiinnaattee ssttrraannsskkee sskkuuppiinnee,, tteemmvveečč nnaa ppoovvpprree--ččnnoo ggiibbaannjjee NNOO sskkuuppiinnee** ..

33.. GGiibbaannjjee pprrootteeiinnsskkee hhrrbbtteenniiccee jjee pprrii eennaakkiihh ppooggoojj iihh pprreecceejj ppooččaassnneejjššee ((ddaall jjššee oodd 1100 nnss)).. AAttoommii hhrrbbtteenniiccee iimmaajjoo sseevveeddaa eennaakkoo tteemmppeerraattuurroo,, vveennddaarr ppaa jjee nnaannjjee nnaavvee--zzaannaa pprreecceejj vveeččjjaa mmaassaa,, ttaakkoo ddaa jjee nnjj iihhoovv eeffeekkttiivvnnii pprreemmiikk mmaannjjššii ..

IIzz zzggoorrnnjj iihh llaassttnnoossttii EEPPRR sslleeddii jjoo pprreeddppoossttaavvkkee CCSSMM,, kkii oommooggooččaajjoo,, ddaa jjee mmeettooddaa rraaččuunnsskkoo oobbvvllaaddll jj iivvaa,, hhkkrraattii ppaa ddaajjee ddoovvooll jj nnaattaannččnnee rreezzuull ttaattee..

11.. HHrrbbtteenniiccaa pprrootteeiinnaa jjee ff iikkssnnaa.. 22.. PPrreeddppoossttaavviimmoo,, ddaa jjee tteemmppeerraattuurraa ttaakkoo vviissookkaa,, ddaa eennttrrooppii jjsskkii ččlleenn pprreesseežžee eennttaallppii jj --

sskkii ččlleenn ssttrraannsskkee vveerriiggee oozz.. ddaa ssoo vvssee kkoonnffoorrmmaaccii jjee nneeoommeejjeennee ssttrraannsskkee vveerriiggee pprriibbll iižžnnoo eennaakkoo vveerr jj eettnnee..

33.. PPoovvpprreeččjjee nnaa ttaakk nnaaččiinn pprriiddoobbll jjeenniihh kkoonnffoorrmmaaccii jj jjee pprr iimmeerr ll jj iivvoo ss ppaarraammeettrrii ddoobb--ll jjeenniimmii iizz EEPPRR ssppeekkttrraa..

SShheemmaattsskkii pprreegglleedd mmeettooddee CCSSMM

NNaa EEPPRR ččaassoovvnnii sskkaall ii nneekkaajj nnss ttoorreejj pprreeddppoossttaavviimmoo,, ddaa pprrootteeiinnsskkaa hhrrbbtteenniiccaa mmiirruujjee.. ČČee ssee sseeddaajj ppoossttaavviimmoo nnaa mmeessttoo ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa,, vviiddiimmoo,, ddaa nnjjeeggoovvoo ggiibbaannjjee ((ddii rreekkttnnoo)) oommeejjuujjeejjoo nnaajjbbll iižžjjee ssttrraannsskkee sskkuuppiinnee iinn pprrootteeiinnsskkaa hhrrbbtteenniiccaa..

** NNaattaannččnneejjee ppoovveeddaannoo jjee ssppeekktteerr oobbččuuttll jj iivv nnaa aanniizzoottrrooppii jjoo ggiibbaannjjaa NNOO,, ssee pprraavvii nnaa ttoo aall ii iimmaa NNOO pprreeffeerreennččnnoo ssmmeerr..



ZZ mmooddeelloomm llaahhkkoo ttoo ooppiiššeemmoo nnaa nnaasslleeddnnjj ii nnaaččiinn:: 11.. VVzzaammeemmoo cceelloottnnii ((nneeoommeejjeennii )) kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkii pprroossttoorr ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa.. 22.. RRoottaammeerroomm,, kkii ssee pprreekkrriivvaajjoo ss hhrrbbtteenniiccoo aall ii ss ssttrraannsskkiimmii sskkuuppiinnaamm,, pprriippiiššeemmoo nneekkoo

zzmmaannjjššaannoo vveerrjjeettnnoosstt.. 33.. VVzzaammeemmoo vvssee ttaakkoo ddoobbll jjeennee NNOO--vveekkttoorrjjee ((vveekkttoorr vv ssmmeerrii oodd dduuššiikkaa ddoo kkiissiikkaa

MMTTSSLL;; ssll iikkaa 1144)) iinn vv sskkllaadduu zz mmooddeelloomm ssttoožžccaa iizzrraaččuunnaammoo 0ϑ iinn 0ϕ ..

SSll iikkaa 1144 pprriikkaazzuujjee pprreegglleedd ššee ssll iikkoovvnnoo..

NNeeoommeejj eenn CCSS VV pprrvveemm kkoorraakkuu mmeettooddee ttvvoorriimmoo nneeoommeejjeenn CCSS ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa.. OOkkooll ii vvssaakkee eennoojjnnee vveezzii ssttrraannsskkee vveerriiggee nnaarreeddiimmoo rroottaaccii jjoo ((vv kkoorraakkiihh ppoo 3300°°)).. ČČee zzaavvrržžeemmoo rroottaammeerree zz nnoottrraann--jj iimm pprreekkrriivvaannjjeemm,, ddoobbiimmoo pprriibbll iižžnnoo 33000000 kkoonnffoorrmmaaccii jj zzaa ssppiinnsskkii oozznnaaččeevvaalleecc iinn ookkooll ii 11000000 zzaa ssttrraannsskkee vveerriiggee aammiinnookkiissll iinn.. KKeerr ssiimmuull ii rraammoo ssiisstteemm pprrii vviissookkii tteemmppeerraattuurrii ,, llaahhkkoo vvsseemm ssttaannjjeemm pprriippiiššeemmoo eennaakkoo zzaaččeettnnoo vveerrjjeettnnoosstt (( 1initial

iP = zzaa vvssaakk ii))..

OOmmeejj eenn CCSS KKoonnffoorrmmaaccii jjsskkii pprroossttoorr oommeejjuujjeejjoo ssoosseeddnnjjee vveerriiggee iinn hhrrbbtteenniiccaa pprrootteeiinnaa.. PPrrii vviissookkii tteemmppee--rraattuurrii llaahhkkoo pprreeddppoossttaavviimmoo,, ddaa vv ssiisstteemmuu pprreevvllaadduujjee ooddbboojjnnii ddeell VVaann ddeerr WWaallssoovvee ssii llee,, kkii ggaa pprriibbll iižžnnoo ooppiiššeemmoo ss ppootteenncciiaalloomm ttrrddiihh kkrrooggll iicc.. RRoottaammeerroomm,, kkii ssee pprreekkrriivvaajjoo ss hhrrbbtteenniiccoo ((kkii jjee vv nnaaššeemm pprriibbll iižžkkuu ssttaattiiččnnaa)) pprriippiiššeemmoo vveerrjjee--ttnnoosstt nniičč.. RRoottaammeerroomm,, kkii ppaa ssee pprreekkrriivvaajjoo ss ssoosseeddii zzmmaannjjššaammoo vveerrjjeettnnoosstt ssoorraazzmmeerrnnoo ss šštteevvii lloomm pprreekkrriivvaannjj .. FFaakkttoorr zzmmaannjjššaannjjaa zzaaččeettnnee vveerrjjeettnnoosstt zzaarraaddii pprreekkrriivvaannjjeemm ss ssoosseeddoomm kk ppooddaajjaa::

all overlaps

i k kk all

k

N NF

N

−= ,, ((1144))

SSll iikkaa 1144:: SShheemmaattsskkii ppootteekk mmeettooddee CCSSMM

II zz zznnaannee ssttrr uukkttuurr ee llaahhkkoo zzaa vvssaakkoo ppoozziiccii jj oo vv pprr ootteeiinnuu iizzrr aaččuunnaammoo ppaarr aammeettrr ee mmooddeellaa ssttoožžccaa.. NNaajj pprr eejj kkoonnssttrr uuiirr aammoo nneeoommeejj eennii CCSS,, ttaakkoo ddaa uuppoošštteevvaammoo vvssee mmoožžnnee rr oottaaccii jj ee ookkooll ii eennoojj nniihh vveezzii ((AA)).. NNaattoo ppooiišš--ččeemmoo oommeejj ii ttvvee CCSS zzaarr aaddii pprr eekkrr iivvaannjj aa ss hhrr bbtteenniiccoo iinn ss ssoosseeddnnjj iimmii ssttrr aannsskkiimmii sskkuuppiinnaammii.. II zz oossttaall iihh kkoonnffoorr mmaaccii jj ppoobbeerr eemmoo NNOO--vveekkttoorr jj ee ((pprr iikkaazzaann zz rr ddeeččoo ppuuššččiiccoo)) iinn pprr eekkoo mmooddeellaa ssttoožžccaa iizzrr aaččuunnaammoo

ssppeekkttrr aallnnaa ppaarr aammeettrr aa ϕϕϕϕϕϕϕϕ00 iinn ϑϑϑϑϑϑϑϑ00 .. PPoovvzzeettoo ppoo [[2299]]..

A) Vse možne rotacije okoli enojnih vezi

B) Omejitve zaradi stranskih skupin in hrbtenice.

C) Izračun povprečnega NO--vektorja in parametrov modela stožca

Bolj omejeno Manj omejeno

0ϑ

0ϕ



kkjjeerr jjee ikF ssttaattiissttiiččnnaa uutteežž zzaa rroottaammeerraa ii iinn ssoosseeddaa kk,, overlaps

kN šštteevvii lloo vvsseehh pprreekkrriivvaannjj ssoosseeddaa

kk zz rroottaammeerroomm ii ,, iinn allkN šštteevvii lloo vvsseehh rroottaammeerroovv ssoosseeddaa kk..

KKeerr jjee ssoosseeddnnjj iihh aammiinnookkiissll iinn vveečč iinn kkeerr jjee pprreekkrriivvaannjjee kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa ss kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiimmii pprroossttoorrii ssoosseeddnnjj iihh aammiinnookkiissll iinn vv pprrvveemm pprriibbll iižžkkuu nneeooddvviiss--nnoo,, llaahhkkoo ppoossaammeezznnee ffaakkttoorrjjee mmeedd sseebboojj zzmmnnoožžiimmoo iinn ttaakkoo ddoobbiimmoo ((kkoonnččnnoo)) vveerrjjeettnnoosstt vvssaakkeeggaa rroottaammeerraa ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa::

n

initial ii i k

k

P P F= ∏ ((1155))

kkjjeerr jjee initialiP zzaaččeettnnaa vveerrjjeettnnoosstt zzaa rroottaammeerr ii ((00,, ččee ssee pprreekkrriivvaa ss hhrrbbtteenniiccoo,, ddrruuggaaččee 11))..

KKeerr jjee ppoojjaavvnnoosstt nneekkeeggaa rroottaammeerraa ooddvviissnnaa oodd vveerrjjeettnnoossttii zzaa pprreehhoodd vv ttoo ssttaannjjee,, ttaa ppaa oodd ggoossttoottee ssttaannjj vv ookkooll iiccii ,, iizz kkaatteerriihh jjee ttaakkoo kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkoo ssttaannjjee ddoosseeggll jj iivvoo,, iizzooll ii rraanniimmssttaann--jjeemm ((rroottaammeerroomm,, kkii vv bbll iižžnnjj ii ookkooll iiccii nniimmaajjoo ddrruuggeeggaa rroottaammeerraa)) zzmmaannjjššaammoo vveerrjjeettnnoosstt zz uutteežžeevvaannjjeemm zz llookkaallnnoo ggoossttoottoo::

2

2exp

2

allkN

i j

ij i

r rσ

σ≠

− = −

∑r r

((1166))

kkjjeerr ssttaa irr

iinn jrr

kkrraajjeevvnnaa vveekkttoorrjjaa kkiissiikkoovveeggaa aattoommaa MMTTSSLL ii--ttee iinn jj--ttee kkoonnffoorrmmaaccii jjee iinn σσ

kkoonnssttaannttaa vveell iikkoossttii ((oozz.. rraazzmmaazzaannoossttii )) kkiissiikkoovveeggaa aattoommaa..

II zzrr aaččuunn ppaarr aammeettrr oovv mmooddeellaa ssttoožžccaa VVssaakk rroottaammeerr ((ttoorreejj kkoonnffoorrmmaaccii jjaa ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa)) ddeeff iinnii rraa ttuuddii oorriieennttaaccii jjoo NNOO sskkuu--ppiinnee ((ssll iikkaa 1144)).. SS tteemmii NNOO--vveekkttoorrjj ii llaahhkkoo pprreekkoo mmooddeellaa ssttoožžccaa iizzrraaččuunnaammoo 0ϑ iinn 0ϕ ,, iinn jj iihh

nnaattoo pprriimmeerrjjaammoo zz eekkvviivvaalleennttnniimmaa ppaarraammeettrroommaa ddoobbll jjeenniimmaa zz aannaall iizzoo EEPPRR ssppeekkttrroovv.. PPoovveezzaavvoo iizzppeell jjeemmoo,, ččee pprreeddppoossttaavviimmoo,, ddaa mmoorraa bbii ttii ppoovvpprreeččjjee kkoottoovv vv nnaaššii ppoorraazzddeell ii ttvvii eennaakkoo ttiisstteemmuu vv mmooddeelluu ssttoožžccaa.. MMaatteemmaattiiččnnoo rreeššuujjeemmoo::

( ) ( ) dPf f d

dΩ = Ω Ω

Ω∫r r r

r ((1177))

VV ookkvvii rruu pprriibbll iižžkkaa,, uuppoorraabbll jjeenneeggaa zznnoottrraajj mmooddeellaa ssttoožžccaa,, kkii pprraavvii ,, ddaa ssttaa kkoottnnii ppoorraazzddeell ii ttvvii

zzaa ϑ iinn ϕ kkoonnssttaannttnnii oodd 00 ddoo 0ϑ oozz.. oodd 00 ddoo 0ϕ ,, ssttaa ppoovvpprreeččjj ii 2cos ( )ϑ iinn 2sin ( )ϕ ::

2 20 0

1cos ( ) cos ( ) cos( ) 1

3 ϑ = ϑ + ϑ + ((1188))

2 2 0

0

sin(2 )1sin ( ) 1 cos ( ) 1

2 2

ϕϕ = − ϕ = − ϕ ((1199))

kkjjeerr ssttaa 0ϑ iinn 0ϕ ppaarraammeettrraa mmooddeellaa ssttoožžccaa,, ϑ iinn ϕ ppaa kkoottaa vv ppoollaarrnneemm kkoooorrddiinnaattnneemm ssiiss--

tteemmuu,, vv kkaatteerreemm jjee ooss zz ppoorraavvnnaannaa vvzzddoollžž ppoovvpprreeččnneeggaa NNOO--vveekkttoorrjjaa (( ˆ NOavgξv

)).. PPrrvvaa eennaaččbbaa jjee

rreeššll jj iivvaa aannaall ii ttiiččnnoo,, ddrruuggoo ppaa llaahhkkoo eennoossttaavvnnoo rreeššiimmoo nnuummeerriiččnnoo ((nnpprr.. zz NNeewwttoonnoovvoo mmeettoo--ddoo))..



PPoovvpprreeččnnii vveekkttoorr jjee ddeeff iinnii rraann kkoott::

ˆˆ

NNOi i i

NO iavg N

i ii

P

P

ξ ρξ =

ρ

∑

∑

v

v ((2200))

kkjjeerr jjee ˆ NOiξv

eennoottsskkii NNOO--vveekkttoorr ii kkoonnffoorrmmaaccii jjee,, PPii nnjjeennaa vveerrjjeettnnoosstt iinn ρρii ggoossttoottaa ssttaannjj .. VVssoottaa

tteeččee ppoo vvsseehh kkoonnffoorrmmaaccii jjaahh ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa NN..

IIzz sseettaa NNOO--vveekkttoorrjjeevv (( ˆ NOiξv

)) llaahhkkoo ppoovvpprreeččjjee 2cos ( )ϑ iizzrraaččuunnaammoo nnaa nnaasslleeddnnjj ii nnaaččiinn::

( )( )2

2

ˆ ˆ

cos

NNO NOi avg i i

iN

i ii

P

P

ξ ⋅ξ ρϑ =

ρ

∑

∑

v v

((2211))

PPrrii iizzrraaččuunnuu 2sin ( )ϕ ppoottrreebbuujjeemmoo pprroojjeekkccii jjoo NNOO--vveekkttoorrjjaa (( Xiξv

)) nnaa rraavvnniinnoo,, kkii jjoo ddoollooččaa

ˆ NOavgξv

,, iinn rreeffeerreennččnnoo ssmmeerr vv tteejj rraavvnniinnii (( ˆ Xrefξv

)).. RReeffeerreennččnnoo ssmmeerr iizzbbeerreemmoo ttaakkoo,, ddaa kkaažžee vv

nnaajjggoosstteejjššoo ssmmeerr pprroojjeekkccii jj ((kkaarr ppoosslleeddiiččnnoo ppoommeennii ,, ddaa jjee 2sin ( )ϕ vv mmiinniimmuummuu)).. NNoorrmmaall iizzii rraannoo pprroojjeekkccii jjoo ddoobbiimmoo zz::

( )( )

ˆNO NO NO NOi i avg avg

Xi

NO NO NO NOi i avg avg

ξ − ξ ⋅ξ ξξ =

ξ − ξ ⋅ξ ξ

v v v v

v

v v v v ((2222))

SSll iikkaa 1155:: PPoogglleedd kkoooorrddiinnaattnneeggaa ssiisstteemmaa mmooddeellaa ssttoožžccaa

OOss zz jj ee ppoorr aavvnnaannaa vvzzddoollžž ppoovvpprr eeččnneeggaa vveekkttoorr jj aa,, ooss xx ppaa vvzzddooll rr eeffeerr eennččnnee ssmmeerr ii ((oobbee ssmmeerr ii ssttaa oozznnaaččeennii zz rr ddeeččoo)).. ZZ mmooddrr oo jj ee pprr iikkaazzaann ii--tt ii NNOO--vveekkttoorr ,, ss ččrr ttkkaannoo ppaa nnjj eeggoovvaa pprr oojj eekkccii jj aa nnaa rr aavvnniinnoo xxyy.. PPrr iikkaazzaannaa ssttaa ttuuddii kkoottaa mmeedd ppoovvpprr eeččnniimm vveekkttoorr jj eemm iinn NNOO--vveekkttoorr jj eemm ((ϑϑϑϑϑϑϑϑii)) tteerr mmeedd pprr oojj eekkccii jj oo ii--tteeggaa NNOO--vveekkttoorr jj aa iinn rr eeffeerr eennččnnoo ssmmeerr jj oo ((ϕϕϕϕϕϕϕϕii))..

ϑϑii

NOiξv

Xiξv

ˆ Xrefξvϕϕii

ˆ NOavgξv



TTaakkoo pprriiddeemmoo ddoo kkoonnččnnee eennaaččbbee::

( )( ) ( )

( )

2

2

ˆ ˆ sincos

sin

NX Xi ref i i i

iN

i i ii

P

P

ξ ⋅ξ ρ ϑϕ =

ρ ϑ

∑

∑

v v

((2233))

kkjjeerr jjee pprroojjeekkccii jjaa uutteežžeennaa ttuuddii ss ssvvoojjoo ddoollžžiinnoo ( )sin iϑ ,, ssaajj iimmaajjoo kkrraattkkee pprroojjeekkccii jjee zzeelloo

vveell iikkoo nnaappaakkoo,, ččee bbii jj iihh nnoorrmmaall iizzii rraall ii .. PPooggoossttoo uuvveeddeemmoo nnoovv ppaarraammeetteerr ppoo eennaaččbbii ::

0 02( / 2)

ϕ ϑπ

Ω = ((2244))

PPaarraammeetteerr Ω sslluužžii kkoott mmeerrii lloo vveell iikkoossttii ssttoožžccaa.. NNoorrmmaall iizzii rraann jjee nnaa vvrreeddnnoossttii mmeedd 00 iinn 11,, kkjjeerr jjee 00 ((ddeeggeenneerrii rraannaa)) ddaall jj iiccaa,, 11 ppaa ppoollkkrrooggllaa.. IIzz ssttrruukkttuurree iizzrraaččuunnaann Ω llaahhkkoo pprriimmeerrjjaammoo ss ttiissttiimm,, iizzrraaččuunnaanniimm iizz ssppeekkttrroovv..

MMoolleekkuullaarrnnaa ddiinnaammiikkaa ((MMDD))


MM oolleekkuullaarr nnaa ddiinnaammiikkaa ((MM DD)) PPrrii ppiissaannjjuu tteeggaa ppooggllaavvjjaa sseemm ssii pprreecceejj ppoommaaggaall ss ččeettrrttiimm ppooggllaavvjjeemm kknnjj iiggee »»MMoolleeccuullaarr MMooddeell ll iinngg:: PPrriinncciipplleess aanndd AAppppll iiccaattiioonnss««[[5577]] TTrreennuuttnnoo vveell jjaa,, ddaa jjee kkvvaannttnnaa mmeehhaanniikkaa nnaajjnnaattaannččnneejjššii ooppiiss ((ppooččaassii ggiibbaajjooččiihh ssee)) mmiikkrroo--sskkooppsskkiihh ssiisstteemmoovv.. TTaakk ooppiiss ppaa nnii vveeddnnoo iizzvveeddll jj iivv,, ssaajj jjee zzaarraaddii ssvvoojjee kkoommpplleekkssnnoossttii rraaččuunnsskkoo iizzjjeemmnnoo zzaahhtteevveenn** .. ZZaanniimmiivvii bbiioolloošškkii ssiisstteemmii ppoonnaavvaaddii vvsseebbuujjeejjoo vvssaajj 11..000000 ddoo 1100..000000 aattoommoovv.. TTaakkoo ppoottrreebbuu--jjeemmoo eennoossttaavvnneejjššii ooppiiss,, kkii tteemmeell jj ii nnaa kkllaassiiččnniihh eennaaččbbaahh ggiibbaannjjaa iinn eemmppii rriiččnneemm ppooll jjuu ssii ll mmeedd aattoommii ..

EEmmppii rriiččnnoo ppooll jjee ssii ll

IIzzkkaažžee ssee,, ddaa llaahhkkoo ssiisstteemm pprreesseenneettll jj iivvoo ddoobbrroo ooppiiššeemmoo,, ččee oobbrraavvnnaavvaammoo aattoommee kkoott kkrrooggll ii --ccee,, mmeedd kkaatteerriimmii ddeelluujjeejjoo rraazzll iiččnnee ssii llee.. TTee ssii llee ssoo ppoosslleeddiiccaa eelleekkttrriiččnnee ssii llee,, ddeell iimmoo ppaa jj iihh nnaa vveezznnee ((kkoovvaalleennttnnee vveezzii mmeedd aattoommii)) iinn nnaa ššiibbkkeejjššee nneevveezznnee ((CCoolluummbboovvee iinn VVaann ddeerr WWaallssoovvee ssii llee))††.. KKoo ppoozznnaammoo ssii llee,, llaahhkkoo iizz zzaaččeettnnee rraazzppoorreeddii ttvvee aattoommoovv iinn nnjj iihhoovviihh zzaaččeett--nniihh hhii ttrroossttii pprreekkoo NNeewwttoonnoovviihh eennaaččbb ggiibbaannjjaa iizzrraaččuunnaammoo ppoolloožžaajjee iinn hhii ttrroossttii aattoommoovv vv nneekkeemm ppooll jjuubbnneemm ččaassuu.. EEnnaaččbbaa ((2255)) ooppiissuujjee pprriissppeevvkkee kk ppootteenncciiaallnnii eenneerrggii jj ii .. ZZ ooddvvaajjaannjjeemm ppootteenncciiaallnnee eenneerrggii jjee ppoo kkoooorrddiinnaattaahh ppaa ddoobbiimmoo ssii lloo ((2266)).. PPrriikkaazzaannii ssoo llee nnaajjppooggoosstteejjššii ččlleennii ..

2 2,0 ,0

12 6

0

( ) ( ) ( ) (1 cos( ))2 2 2

44

vezi koti torzija VDW kolumb

torzijavezi kotii i n

N i i i ii i n

VDW kolumbij ij i j

iji j i i j iij ij ij

U U U U U U

k c VU r l l n

q q

r r r

θ θ ω γ

σ σε

πε≠ ≠

= + + + +

= − + − + + − +

+ − +

∑ ∑ ∑

∑∑ ∑ ∑

r

((2255)) PPrrvvii ččlleenn ((UUvveezzii)) ppoonnaazzaarrjjaa eenneerrggii jjoo,, ppoottrreebbnnoo zzaa rraazztteeggoovvaannjjee iinn kkrrččeennjjee vveezzii .. ll ii jjee ddoollžžiinnaa vveezzii ii iinn ll ii ,,00 rreeffeerreennččnnaa vvrreeddnnoosstt zzaa vveezz ttee vvrrssttee,, kkii ppaa ssoorraazzmmeerrnnoossttnnaa kkoonnssttaannttaa.. OOddssttooppaannjjee jjee aapprrookkssiimmiirraannoo kkaarr ss hhaarrmmoonniiččnniimm ppootteenncciiaalloomm.. TTaakk ooppiiss jjee ttooččeenn ssaammoo zzaa mmaajjhhnnee rraazzttee--zzkkee.. DDrruuggii ččlleenn ((UUkkoott)) iimmaa ppooppoollnnoommaa eennaakkoo oobbll iikkoo,, ssaammoo ddaa ssee nnaannaaššaa nnaa kkoottee mmeedd ttrreemmii aattoo--mmii .. θθii jjee kkoott mmeedd vveezzeemmaa,, θθii ,,00 ppaa rreeffeerreennččnnaa vvrreeddnnoosstt zzaa kkoott,, ccii ppaa ssoorraazzmmeerrnnoossttnnaa kkoonnssttaannttaa.. TTrreettjj ii ččlleenn ((UUttoorrzzii jjaa)) ssee nnaannaaššaa nnaa ttoorrzzii jjsskkee kkoottee,, ooppiissuujjee ppaa pprreepprreekkee zzaa rroottaaccii jjoo ookkooll ii vveezzii .. nn jjee šštteevvii lloo mmiinniimmuummoovv,, ωω jjee ttoorrzzii jjsskkii kkoott,, γγ ffaazznnii zzaammiikk,, VVnn ppaa ssoorraazzmmeerrnnoossttnnaa kkoonnssttaannttaa.. ČČeettrrttii ččlleenn ((UUVVDDWW)) ooppiissuujjee ooddbboojjnnee iinn ššiibbkkoo pprriivvllaaččnnee VVaann ddeerr WWaallssoovvee ssii llee.. rr ii jj jjee rraazzddaall jjaa mmeedd aattoommoommaa σσii jj jjee kkooll iizzii jjsskkaa kkoonnssttaannttaa,, εεii jj ppaa gglloobbiinnaa ppootteenncciiaallnnee jjaammee.. PPeettii ččlleenn ((UUkkoolluummbb)) ooppiissuujjee iinntteerraakkccii jjoo mmeedd nnaabbii ttiimmaa ddeellcceemmaa.. qqii iinn qqjj ssttaa nnaabboojjaa ddeellcceevv,, rr ii jj rraazzddaall jjaa mmeedd nnjj iimmaa iinn εε00 ddiieelleekkttrriiččnnaa kkoonnssttaannttaa vvaakkuummaa..

** AAnnaall ii ttiiččnnee rreeššii ttvvee llaahhkkoo ppoozzaabbiimmoo,, ččiimm iimmaammoo oopprraavvkkaa zz vveečč kkoott ddvveemmaa ddeellcceemmaa.. †† KKeerr oobbrraavvnnaavvaammoo ppooeennoossttaavvll jjeenn ssiisstteemm,, vvččaassiihh vvkkll jjuuččiimmoo ttuuddii ssii llee,, kkii nniimmaajjoo ččiissttoo ff iizziikkaallnneeggaa iizzvvoorraa.. RReecciimmoo ssii llee,, kkii ddrržžii jjoo nneekk ssiisstteemm vv rraavvnniinnii ((mmooddeell ii rraajjoo ppaa kkoonnjjuuggiirraannee ππ--oorrbbii ttaallee)),, aall ii ppaa ssii llee,, kkii ppoonnaazzaarrjjaajjoo eeffeekkttee ttooppii llaa ((ččee ddeellaammoo zz iimmppll iiccii ttnniimm ttooppii lloomm))..



ZZaaddnnjjaa ččlleennaa ssttaa ggllaavvnnaa kkrriivvccaa,, ddaa jjee mmoolleekkuullaarrnnaa ddiinnaammiikkaa ttaakkoo rraaččuunnsskkoo zzaahhtteevvnnaa.. SSii llee ssoo nnaammrreečč ddoollggeeggaa ddoosseeggaa,, iizzrraaččuunnaattii ppaa jj iihh jjee ppoottrreebbnnoo mmeedd vvsseemmii ddeellccii .. ČČaassoovvnnaa zzaahhtteevv--nnoosstt MMDD jjee zzaarraaddii tteeggaa ssoorraazzmmeerrnnaa ss kkvvaaddrraattoomm šštteevvii llaa aattoommoovv.. SSll iikkaa 1166 ččlleennee ppoonnaazzaarrjjaa ggrraaff iiččnnoo.. PPrriikkaazzaannaa jjee ttuuddii oobbll iikkaa ppootteenncciiaallaa ppoossaammeezznniihh ččlleennoovv..

SSkkuuppkkuu ppooddaattkkoovv aa mmaassaahh,, nnaabboojj iihh,, mmooččeehh vveezzii iinn oossttaall iihh iinntteerraakkccii jjaahh pprraavviimmoo eemmppii rr iiččnnoo ppooll jj ee ssii ll .. OObbssttaajjaa vveečč ppaarraammeettrriizzaaccii jj ppooll jj ssii ll ,, ooddvviissnnoo oodd nnaammeennaa iinn žžeell jjeennee zzaahhtteevvnnoossttii .. PPrrii ssvvoojjeemm ddeelluu sseemm uuppoorraabbll jjaall CCHHAARRMMMM 2277 ppooll jjee ssii ll [[5599]] ,, nnaammeennjjeennoo pprreeddvvsseemm ssiimmuullaaccii jj ii pprrootteeiinnoovv iinn DDNNAA..

PPaarraammeettrriizzaaccii jjaa MMTTSSLL

MMTTSSLL nnii ttaakkoo ppooggoosstt ff rraaggmmeenntt,, ddaa bbii žžee bbii ll vvkkll jjuuččeenn vv eemmppii rriiččnnoo ppooll jjee ssii ll zzaa DDNNAA iinn pprroo--tteeiinnee.. PPaarraammeettrriizzaaccii jjaa nnoovviihh ffrraaggmmeennttoovv nnii ttrriivviiaallnnaa,, ssaajj zzaahhtteevvaa bbooddiissii eekkssppeerriimmeennttaallnnee ppooddaattkkee aall ii zzeelloo ddoobbrree aabb--iinnii ttoo kkvvaannttnnoommeehhaannsskkee rraaččuunnee.. VV ffrraaggmmeennttuu MMTTSSLL jjee nnaajjbbooll jj pprroobblleemmaattiiččeenn rraavvnnoo ddeell NNOO,, zz ssvvoojjoo nneennaavvaaddnnoo eelleekkttrroonnsskkoo ssttrruukkttuurroo.. PPaarraammeettrriizzaaccii jjaa nnoovvii ssppiinnsskkiihh oozznnaaččeevvaallcceevv jjee ooppiissaannaa vv[[5522@@225522]] ,, zz ddooddaattnniimm ggrraaddiivvoomm nnaa hhttttpp::////wwwwww..ssbb..ffssuu..eedduu//~~ffaajjeerr//AAppppeennddiixx.. KK ssrreeččii jjee sskkuuppiinnaa pprrooff .. FFaajjeerrjjaa ttaa ssppiinnsskkii oozznnaaččee--vvaalleecc žžee ppaarraammeettrriizzii rraallaa pprraavv zzaa CCHHAARRMMMM--oovvoo ppooll jjee ssii ll ,, ttaakkoo ddaa ssmmoo llaahhkkoo nnjj iihhoovvoo ddeelloo ddii rreekkttnnoo uuppoorraabbii ll ii ..

ČČaassoovvnnii ppootteekk ssiimmuullaaccii jjee

IIzz ppootteenncciiaallnnee ffuunnkkccii jjee llaahhkkoo zz ooddvvaajjaannjjeemm ppoo kkoooorrddiinnaattaahh ddoobbiimmoo ssii lloo nnaa aattoomm::

( )N

ii

U rF

r

∂= −∂

rr

r ((2266))

nnaattoo ppaa llaahhkkoo pprreekkoo NNeewwttoonnoovviihh zzaakkoonnoovv iizzrraaččuunnaammoo ččaassoovvnnii rraazzvvoojj ssiisstteemmaa::

SSll iikkaa 1166:: PPrriikkaazz nnaajjppooggoosstteejjššiihh pprriissppeevvkkoovv kk eenneerrggii jj ii iinn oobbll iikkaa ppootteenncciiaallaa

SSll iikkaa jj ee ppoovvzzeettaa ppoo [[5588]]..

UUttoorrzzii jjaa

UUvveezzii UUkkoottii

UUVVDDWW

RRaazzddaall jjaa DDoollžžiinnaa vveezzii aall ii kkoott mmeedd aattoommii

TToorrzzii jjsskkii kkoott



2

2i i

ii

r Fa

t m

∂= =∂

rrr

((2277))

VV bbiissttvvuu mmoorraammoo rreeššii ttii ddii ffeerreenncciiaallnnoo eennaaččbboo ddrruuggeeggaa rreeddaa.. ZZaa ttoo ppoottrreebbuujjeemmoo ddvvaa zzaaččeettnnaa ppooggoojjaa:: ppoolloožžaajj iinn zzaaččeettnnee hhii ttrroossttii vvsseehh ddeellcceevv.. PPoolloožžaajjee llaahhkkoo ddoobbiimmoo iizz ttrriiddiimmeennzziioonnaallnnee ssttrruukkttuurree,, zzaaččeettnnee hhii ttrroossttii ppaa ppoonnaavvaaddii ddooddeell iimmoo nnaakkll jjuuččnnoo,, vveennddaarr ss pprraavvii llnnoo MMaaxxwweell ll --BBooll ttzzmmaannoovvoo ppoorraazzddeell ii ttvvii jjoo.. EEnnaaččbboo rreeššuujjeemmoo nnuummeerriiččnnoo:: iizz zznnaanniihh ssii ll llaahhkkoo iizzrraaččuunnaammoo hhii ttrroosstt iinn ppoolloožžaajj ddeellccaa ppoo nneekkeemm mmaajjhhnneemm ččaassoovvnneemm kkoorraakkuu ∆∆tt.. IIzz nnoovviihh ppoolloožžaajjoovv ppaa llaahhkkoo pprreekkoo eemmppii rriiččnneeggaa ppooll --jjaa ssii ll ddoobbiimmoo ssii llee vv ččaassuu tt ++∆∆tt.. PPoossttooppeekk llaahhkkoo ttaakkoo ppoonnaavvll jjaammoo ppooll jjuubbnnookkrraatt,, mmnnooggookkrraatt ppaa ssmmoo oommeejjeennii zz rraaččuunnaallnniišškkoo mmooččjjoo,, kkii jjoo iimmaammoo nnaa rraazzppoollaaggoo.. NNaa ddoollooččeennoo šštteevvii lloo kkoorraakkoovv llaahhkkoo kkoooorrddiinnaattee ddeellcceevv sshhrraanniimmoo vv ddaattootteekkoo.. DDoobbll jjeennaa ddaattoo--tteekkaa pprreeddssttaavvll jjaa ttrraajjeekkttoorrii jjoo MMDD ssiimmuullaaccii jjee,, kkii vv pprriinncciippuu vvsseebbuujjee vvssoo iinnffoorrmmaaccii jjoo oo ssttrruukkttuurrii iinn ddiinnaammiikkii ssiisstteemmaa,, vveennddaarr ppaa jjee ttoo iinnffoorrmmaaccii jjoo ppoottrreebbnnoo iizzlluuššččii ttii zz rraazzll iiččnniimmii aannaall iizzaammii ..

PPooddrroobbnnoossttii ssiimmuullaaccii jjee

VVzzeell ii ssmmoo kkrriissttaallnnoo ssttrruukkttuurroo eekkvviinnaattookkssiinnaa IIII ((PPDDBB kkooddaa 11IIAAZZ[[11]] vveerriiggaa AA)) iinn zzaammeennjjaall ii iizzoolleevvcciinn nnaa 1188 mmeessttuu** ss cciisstteeiinnoomm oozznnaaččeenniimm zz MMTTSSLL.. MMuuttii rraannii pprrootteeiinn ssmmoo vvssttaavvii ll ii vv kkoocckkoo vvooddee ddiimmeennzzii jj 6600 ÅÅ.. SSlleeddii llaa jjee mmiinniimmiizzaaccii jjaa vvooddee ss ff iikkssii rraanniimm pprrootteeiinnoomm,, nnaattoo ppaa ššee mmiinniimmiizzaaccii jjaa vvooddee iinn pprrootteeiinnaa.. PPoo mmiinniimmiizzaaccii jj ii ssee pprreeddppoossttaavvii ,, ddaa jjee ssiisstteemm pprrii tteemmppeerraattuurrii 00 KK.. SSiisstteemm ssmmoo ppooggrreell ii nnaa 330000 KK iinn eekkvvii ll iibbrrii rraall ii 2200 ppss pprrii CCPPTT†† iinn 2200 ppss zz VVeerrlleettoovvoo iinnttee--ggrraaccii jjoo ss ččaassoovvnniimm kkoorraakkoomm 11 ffss.. SSlleeddii lloo jjee 2200 nnss pprroodduukkccii jjsskkee ttrraajjeekkttoorrii jjee pprrii kkoonnssttaannttnneemm ttllaakkuu iinn tteemmppeerraattuurrii ((CCPPTT)).. VVssaa--kkiihh 11000000 kkoorraakkoovv ((11 ppss)) ppaa ssmmoo kkoooorrddiinnaattee aattoommoovv zzaappiissaall ii vv ddaattootteekkoo..

AAnnaall iizzaa ttrraajjeekkttoorrii jjee

RRMM SSDD aannaall iizzaa ZZ rraaččuunnaannjjeemm RRMMSSDD ((RRoooott MMeeaann SSqquuaarree DDeevviiaattiioonn)) ddoobbiimmoo iinnffoorrmmaaccii jjoo oo ppoovvpprreeččnneemm ooddssttooppaannjjuu ssttrruukkttuurree vv ddaanneemm ttrreennuuttkkuu oodd iizzbbrraannee rreeffeerreennččnnee ssttrruukkttuurree.. RRMMSSDD ddeeff iinnii rraammoo kkoott kkoorreenn ppoovvpprreeččnneeggaa kkvvaaddrraattaa ooddssttooppaannjjaa kkoooorrddiinnaatt aattoommoovv::

2

0, ,0

1 N

i k ii

RMSD r rN =

= −∑r r

((2288))

kkjjeerr jjee 0,irr

zzaaččeettnnii ((rreeffeerreennččnnii )) vveekkttoorr aattoommaa ii iinn ,k irr

vveekkttoorr iisstteeggaa aattoommaa ii vv kk--tteemm kkoorraakkuu..

RRMMSSDD ppoonnaavvaaddii iizzrraaččuunnaammoo ssaammoo zzaa aattoommee pprrootteeiinnsskkee hhrrbbtteenniiccee,, ssaajj aattoommii ssttrraannsskkiihh vveerriigg pprreevveečč oopplleettaajjoo iinn nnaamm nnee ddaajjoo kkoorriissttnniihh iinnffoorrmmaaccii jj .. PPrreedd iizzrraaččuunnoomm aattoommee hhrrbbtteenniiccee ppoo--nnaavvaaddii ppoorraavvnnaammoo,, ttaakkoo ddaa iizznniiččiimmoo mmoožžnnee ttrraannssllaaccii jjee iinn rroottaaccii jjee pprrootteeiinnaa.. RRMMSSDD vv ooddvviissnnoossttii oodd ččaassaa uuppoorraabbiimmoo kkoott mmeerrii lloo zzaa ssttaabbii llnnoosstt ssiimmuullaaccii jjee.. VV pprrvviihh nnss pprrii --ččaakkuujjeemmoo,, ddaa RRMMSSDD rraahhlloo nnaarraassttee ((kkeerr jjee ssiisstteemm tteežžkkoo ppooppoollnnoo eekkvvii ll iibbrrii rraattii )),, ppootteemm ppaa ssee mmoorraa RRMMSSDD uussttaall ii ttii .. ČČee ssee RRMMSSDD nnee uussttaall ii ,, llaahhkkoo ppoommeennii ,, ddaa ssee nnaamm pprrootteeiinn mmeedd ssiimmuullaa--ccii jjoo rraazzvvii jjaa.. RRMMSSDD aannaall iizzoo sseemm oopprraavvii ll zznnoottrraajj pprrooggrraammaa VVMMDD[[1122]] ..

** PPrrvvee ššttii rrii aammiinnookkiissll iinnee vv kkrriissttaallnnii ssttrruukkttuurrii zzaarraaddii ff lleekkssiibbii llnnoossttii nniissoo vviiddnnee,, vveennddaarr ppaa jj iihh pprrii šštteettjjuu vvsseeeennoo uuppoošštteevvaammoo.. †† CCPPTT –– ccoonnssttaanntt pprreessssuurree aanndd tteemmppeerraattuurree.. SSiimmuullaaccii jjaa,, pprrii kkaatteerrii oohhrraannjjaammoo tteemmppeerraattuurroo iinn pprrii ttiisskk kkoonnssttaanntt--nnoo..



MM oonnttee CCaarr lloo ((MM CC)) iinntteeggrr aaccii jj aa nnaa eennoottsskkii ssffeerr ii NNaammeenn MMDD ssiimmuullaaccii jjee jjee rraazziisskkaattii kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkii pprroossttoorr MMTTSSLL nnaa oozznnaaččeennii ppoozziiccii jj ii iinn iizz kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa iizzrraaččuunnaattii ppaarraammeettrree mmooddeellaa ssttoožžccaa.. TTaakkoo sseemm ppoottrreebboovvaall mmeerroo,, kkii ppookkaažžee,, kkooll iikkoo kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa jjee tteekkoomm ssiimmuullaaccii jjee ooppiissaall NNOO--vveekkttoorr ((ssll iikkaa 1144)).. ZZaa ddoollooččii tteevv vvzzoorrččeenneeggaa oobbmmooččjjaa sseemm zzaarraaddii eennoossttaavvnnoossttii uuppoorraabbii ll iinntteeggrraaccii jjoo MMCC nnaa eennoottsskkii ssffeerrii .. VV kk--tteemm kkoorraakkuu MMDD ssiimmuullaaccii jjee sseemm iimmeell nnaa rraazzppoollaaggoo kk NNOO--vveekkttoorrjjeevv.. NNOO--vveekkttoorrjjee sseemm nnaanneesseell nnaa eennoottsskkoo ssffeerroo iinn ppoogglleeddaall kkooll iikkššeenn ddeell ppoovvrrššiinnee ppookkrriivvaajjoo.. KKoo ssee jjee ppookkrrii ttaa ppoovvrrššiinnaa ss ččaassoomm uussttaall ii llaa,, sseemm oocceennii ll ,, ddaa jjee bbii ll vvzzoorrččeenn ddoovvooll jj vveell iikk ddeell kkoonn--ffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa iinn ssiimmuullaaccii jjaa ddoovvooll jj ddoollggaa.. PPookkrrii ttoo ppoovvrrššiinnoo sseemm iizzrraaččuunnaall zz iinntteeggrraaccii jjoo MMCC.. NNaajjpprreejj sseemm ggeenneerrii rraall NN ppoo pprroossttoorrsskkeemm kkoottuu eennaakkoommeerrnnoo ppoorraazzddeell jjeenniihh nnaakkll jjuuččnniihh vveekkttoorrjjeevv ((MMCC--vveekkttoorrjj ii )).. PPootteemm sseemm iizzbbrraall MMCC--vveekkttoorrjjee,, kkii ssoo bbii ll ii ddoovvooll jj bbll iizzuu kkaatteerreemmuu kkooll ii NNOO--vveekkttoorrjjuu.. DDeelleežž MMCC--vveekkttoorrjjeevv bbll iizzuu NNOO--vveekkttoorrjjeevv gglleeddee nnaa cceelloottnnoo šštteevvii lloo NNOO--vveekkttoorrjjeevv jjee ssoorraazzmmeerreenn ss ppookkrrii ttoo ppoovvrrššiinnoo eennoottsskkee ssffeerree ((3311)).. SSll iikkaa 3366 pprriikkaazzuujjee MMCC iinntteeggrraaccii jjoo nnaa ssffeerrii .. EEnnaakkoommeerrnnoo kkoottnnoo ppoorraazzddeell ii tteevv zzaa ϑ iinn ϕ sseemm ddoobbii ll zz::

1

2

arccos(2 1)

2

ϑϕ π

ℜ

ℜ

= ℜ −= ℜ

((2299))

kkjjeerr ssttaa 1ℜ iinn 2ℜ eennaakkoommeerrnnoo ppoorraazzddeell jjeennii nnaakkll jjuuččnnii šštteevvii ll ii mmeedd 00 iinn 11..

NNaakkll jjuuččnnii vveekkttoorr ssee eennoossttaavvnnoo iizzrraazzii zz::

sin( )cos( )

sin( )sin( )

cos( )MCa

ϑ ϕϑ ϕ

ϑ

ℜ ℜ

ℜ ℜ

ℜ

=

r ((3300))

GGeenneerrii rraall sseemm NN MMCC--vveekkttoorrjjeevv.. ŠŠtteevvii lloo MMCC--vveekkttoorrjjeevv bbll iizzuu kkaatteerreeggaa kkooll ii NNOO--vveekkttoorrjjaa sseemm oozznnaaččii ll zz NNNNOO.. BBll iizzuu vv tteemm pprriimmeerruu ppoommeennii ,, ddaa jjee bbii ll kkoott mmeedd nnjj iimmaa mmaannjjššii oodd ddoollooččeennee kkoonnssttaannttee** .. DDeelleežž ppoovvrrššiinnee,, kkii jjoo ppookkrriivvaajjoo NNOO--vveekkttoorrjj ii ,, jjee ppootteemm::

NONO

N

NΩ = ((3311))

II zzrr aaččuunn ppaarr aammeettrr oovv mmooddeellaa ssttoožžccaa

IIzzrraaččuunn 0ϑ iinn 0ϕ jjee ggllaavvnnii nnaammeenn iizzvveeddbbee MMDD ssiimmuullaaccii jjee.. IIzz vvssaakkeeggaa kkoorraakkaa MMDD ttrraajjeekkttoo--

rrii jjee sseemm vvzzeell NNOO--vveekkttoorr.. IIzz ttaakkoo ddoobbll jjeenneeggaa sseettaa vveekkttoorrjjeevv sseemm ppaarraammeettrree mmooddeellaa ssttoožžccaa iizzrraaččuunnaall nnaa ppooddoobbeenn nnaaččiinn kkoott pprrii CCSSMM.. EEnnaaččbbii ((1188)) iinn ((1199)) sseevveeddaa vveell jjaattaa ttuuddii zzaa NNOO--vveekkttoorrjjee,, ddoobbll jjeennee iizz MMDD.. LLee ppoovvpprreeččjjee jjee ppoottrreebbnnoo iizzrraaččuunnaattii nnaa mmaalloo ddrruuggaaččeenn nnaaččiinn:: vveekkttoorrjjeevv nnii ttrreebbaa uutteežžeevvaattii zz vveerrjjeettnnoossttjjoo iinn ggoossttoottoo,, ssaajj MMDD ssiimmuullaaccii jjee žžee vvsseebbuujjee ččaassoovvnnii rraazzvvoojj .. BBooll jj vveerrjjeettnnee kkoonnffoorrmmaaccii jjee ssoo vv sseettuu NNOO--vveekkttrroojjeevv,, ddoobbll jjeenniihh iizz MMDD,, nnaammrreečč vveečč--kkrraatt ppoonnoovvll jjeennee,, mmaannjj vveerrjjeettnnee ppaa ssee mmaannjjkkrraatt ppoojjaavvii jjoo.. PPoovvpprreeččnnii vveekkttoorr jjee eennoossttaavvnnoo ddeeff iinnii rraann::

1ˆ ˆN

NO NOavg k

kNξ = ξ∑v v

((3322))

kkjjeerr jjee ˆ NOkξv

eennoottsskkii NNOO--vveekkttoorr kk--tteeggaa kkoorraakkaa iinn NN šštteevvii lloo vvsseehh NNOO--vveekkttoorrjjeevv..

PPrroojjeekkccii jjoo nnaa rraavvnniinnoo,, kkii jjoo ddeeff iinnii rraa ppoovvpprreeččnnii vveekkttoorr,, ddoobbiimmoo zz eennaaččbboo ((2222))..

** UUppoorraabbii ll sseemm vvrreeddnnoosstt 1122°°,, kkeerr jjee bbii ll ttaakk ppoovvpprreeččeenn pprreemmiikk mmeedd ddvveemmaa NNOO--vveekkttoorrjjeemmaa.. NNaattaannččnnaa vvrreeddnnoosstt nnii bbiissttvveennaa,, ssaajj sseemm ddoobbll jjeennoo ppoovvrrššiinnoo uuppoorraabbii ll ssaammoo kkoott mmeerroo kkoonnvveerrggeennccee..



IIzz sseettaa NNOO--vveekkttoorrjjeevv (( ˆ NOkξv

)) llaahhkkoo ppoovvpprreeččjjee 2cos ( )ϑ iizzrraaččuunnaammoo nnaa nnaasslleeddnnjj ii nnaaččiinn::

( ) ( )22 1 ˆ ˆcos

NNO NOk avg

kNϑ = ξ ⋅ξ∑

v v ((3333))

IInn ppoovvpprreeččjjee ( )2cos ϕ pprreekkoo

( ) ( )22 ˆ ˆcos

NX Xk ref

k

ϕ = ξ ⋅ξ∑v v

((3344))

kkjjeerr jjee ˆ Xkξv

eennoottsskkaa pprroojjeekkccii jjaa kk--tteeggaa vveekkttoorrjjaa,, nnaa rraavvnniinnoo,, kkii jjoo ddoollooččaa ppoovvpprreeččnnii NNOO--

--vveekkttoorr (( ˆ NOavgξv

)) iinn ˆ Xrefξv

eennoottsskkaa rreeffeerreennččnnaa ssmmeerr vv tteejj rraavvnniinnii ..

VV iizzrraaččuunnuu ppoovvpprreeččjjaa ((3344)) ppaa ssee llaahhkkoo ppoojjaavvii jjoo zzeelloo mmaajjhhnnee pprroojjeekkccii jjee ((ttiissttee vvzzddoollžž ppoovv--pprreeččnneeggaa vveekkttoorrjjaa)),, kkii iimmaajjoo ppoosslleeddiiččnnoo ssllaabboo ddeeff iinnii rraannoo ssmmeerr.. PPrroobblleemmuu ssee llaahhkkoo iizzooggnneemmoo zz iizzrraaččuunnoomm »»uutteežžeenneeggaa«« ppoovvpprreeččjjaa,, kkjjeerr kkoott uutteežž uuppoorraabbiimmoo ddoollžžiinnoo pprroojjeekkccii jjee,, ss ččiimmeerr ddaajjeemmoo vveeččjjoo tteežžoo ddaall jjššiimm pprroojjeekkccii jjaamm.. NNaa eennoottsskkii ssffeerrii jjee ddoollžžiinnaa pprroojjeekkccii jjee eennaakkaa kkaarr sin( )ϑ .. TTaakkoo ddoobbiimmoo

( )( ) ( )

( )

2

2

ˆ ˆ sincos

sin

NX Xk ref k

kNu

kk

ξ ⋅ξ ϑϕ =

ϑ

∑

∑

v v

((3355))

kkjjeerr jjee sin( )kϑ ddoollžžiinnaa kk--ttee pprroojjeekkccii jjee,, iinnddeekkss uu ppaa ssttoojj ii zzaa uutteežžeennoo ppoovvpprreeččjjee..

RReeffeerreennččnnoo ssmmeerr jjee tteežžkkoo ppooiisskkaattii (( X

refξv

)),, zzaattoo sseemm jjoo iizzrraaččuunnaall nnaa ttrrii rraazzll iiččnnee nnaaččiinnee::

iizzrraaččuunn kkoottnnee ggoossttoottee iizzrraaččuunn hhiissttooggrraammaa iizzrraaččuunn mmiinniimmuummaa 2sin ( )ϕ

II zzrraaččuunn kkoottnnee ggoossttoottee NNaajjggoosstteejjššoo ssmmeerr sseemm iizzrraaččuunnaall ttaakkoo,, ddaa sseemm vvzzeell NNvv eennoottsskkiihh vveekkttoorrjjeevv vv rraavvnniinnii ,, mmeedd sseebboojj ooddddaall jjeenniihh zzaa 336600°°// NNvv ssttooppiinnjj .. ZZaa vvssaakk vvzzoorrččnnii vveekkttoorr sseemm iizzrraaččuunnaall nnjjeeggoovvoo kkoottnnoo ggoossttoottoo ppoo eennaaččbbii ::

2

20

( )1exp

22

Nik

ik

αρσσ π=

= −

∑ ((3366))



kkjjeerr jjee ikα kkoott mmeedd vvzzoorrččnniimm vveekkttoorrjjeemm ii iinn kk--ttoo pprroojjeekkccii jjoo NNOO--vveekkttoorrjjaa,,σ ppaa rraazzmmaazzaannoosstt

vvzzoorrččnniihh vveekkttoorrjjeevv.. VVzzoorrččnnii vveekkttoorr zz nnaajjvveeččjjoo ggoossttoottoo sseemm vvzzeell zzaa rreeffeerreennččnnoo ssmmeerr..

II zzrraaččuunn hhiissttooggrraammaa IIzzbbrraall sseemm ssii ppooll jjuubbnnoo rreeffeerreennččnnoo ssmmeerr vv rraavvnniinnii ,, nnaa kkaatteerroo sseemm iizzrraaččuunnaall kkoottee vvsseehh pprroojjeekkccii jj iinn jj iihh uurreeddii ll vv hhiissttooggrraamm.. IIzzbbii rraa rreeffeerreennččnnee ssmmeerrii nnii oodd--llooččii llnnaa,, ssaajj nnjjeennaa oorriieennttaaccii jjaa ssaammoo pprreemmiikkaa hhiissttooggrraamm lleevvoo aall ii ddeessnnoo.. NNaajjppooggoosstteejjššoo ssmmeerr sseemm

nnaattoo ddoollooččii ll zzaa ˆ Xrefξv

.. OOmmeennii ttii vveell jjaa,, ddaa jjee iizzrraaččuunn

hhiissttooggrraammaa hhii ttrraa ooppeerraaccii jjaa ((pprreecceejj hhii ttrreejjššaa kkoott iizzrraa--ččuunn GGaauussssoovvee ffuunnkkccii jjee)),, ddoobbrroo ppaa ddeelluujjee ssaammoo nnaa vveell iikkeemm šštteevvii lluu pprroojjeekkccii jj ..

II zzrraaččuunn mmiinniimmuummaa 2sin (φ)

ZZaanniimmaallaa mmee jjee ooddvviissnnoosstt 2sin ( )ϕ oodd iizzbbii rree rreeffee--rreennččnnee ssmmeerrii .. TTaakkoo sseemm iizzbbrraall 336600 vvzzoorrččnniihh vveekkttoorrjjeevv ((rraazzmmaakknnjjeenniihh 11°°)) iinn vvssaakkeeggaa uuppoorraabbii ll

kkoott rreeffeerreennččnnoo ssmmeerr zzaa iizzrraaččuunn 2sin ( )ϕ .. OOddvviissnnoosstt 2sin ( )ϕ oodd iizzbbii rree rreeffeerreennččnnee ssmmeerrii iimmaa oobbll iikkoo

ssiinn22,, ssaajj iimmaa rreeffeerreennččnnaa ssmmeerr vvllooggoo ffaazznneeggaa zzaammiikkaa.. VV nnaajjggoosstteejjššii ssmmeerrii mmoorraa iimmeettii 2sin ( )ϕ mmiinniimmuumm.. TTaakkoo llaahhkkoo zz mmiinniimmiizzaaccii jjoo iizzrraaččuunnaammoo pprraavvii llnnii 2sin ( )ϕ nneeooddvviissnnoo oodd

rreeffeerreennččnnee ssmmeerrii ..

SSll iikkaa 1177:: II zzbbrraann kkoooorrddiinnaattnnii ssiisstteemm zzaa iizzrraaččuunn rreeffeerreennččnnee ssmmeerrii mmooddeellaa ssttoožžccaa

OOss zz jj ee uussmmeerr jj eennaa vvzzddoollžž ppoovvpprr eeččnneeggaa vveekkttoorr jj aa ((rr ddeeččaa ppuuššččiiccaa)).. OOss xx jj ee oozznnaaččeennaa zz zzeelleennoo ddaall jj iiccoo.. NNjj eennaa iizzbbiirr aa nnii ppoommeemmbbnnaa,, ssaajj ssee rr eeffeerr eennččnnaa ssmmeerr iizzrr aaččuunnaa rr eellaatt iivvnnoo nnaa ooss xx.. OOss yy nnii pprr iikkaazzaa--nnaa,, kkaažžee ppaa nnaavvzzggoorr pprr aavvookkoottnnoo nnaa rr aavvnniinnoo xxzz ((ttaakkoo ddaa jj ee kkoooorr ddiinnaattnnii ssiisstteemm ddeessnnoossuuččeenn))..

RReezzuull ttaattii iinn ddiisskkuussii jjaa


RReezzuull ttaatt ii iinn ddiisskkuussii jj aa

UUVV//VViiss ssppeekkttrrii

KKoonncceennttrraaccii jjoo pprrootteeiinnsskkiihh vvzzoorrcceevv sseemm ddoollooččii ll zz mmeerrii --ttvvii jjoo aabbssoorrbbaannccee pprrii 228800 nnmm.. PPoossnneell sseemm rraahhlloo ššii rrššii ssppeekktteerr ((oodd 222200 –– 335500 nnmm,, ssll iikkaa 1188)) ssaajj ssee iizz ššii rrššeeggaa ssppeekkttrraa mmoožžnnoo ddoolloo--ččii ttii ,, ččee ssoo vv vvzzoorrccuu pprriissoottnnee kkaakkššnnee nneeččiissttooččee.. PPrreepprriiččaall sseemm ssee ttuuddii ,, ddaa ssppiinnsskkii oozz--nnaaččeevvaalleecc vv kkoonncceennttrraaccii jj ii nniižžjj ii oodd mmii ll iimmoollaarrnnee pprrii 228800 nnmm bbiissttvveennoo nnee pprriissppeevvaa kk aabbssoorrbbaannccii .. IIzzmmeerrii ll sseemm ttuuddii ššii rrššii ssppeekktteerr ((oodd 222200 –– 775500 nnmm)).. MMaakkrroommoolleekkuullaarrnnii aaggrreeggaattii nnaammrreečč ssiippaajjoo vv oobbmmooččjjuu ~~660000nnmm.. VV vvzzoorr--cciihh eekkvviinnaattookkssiinnaa aaggrreeggaattoovv nniisseemm zzaazznnaall ..

DDeelleežž oozznnaaččeenneeggaa pprrootteeiinnaa

ZZ mmeerrjjeennjjeemm aabbssoorrbbaannccee llaahhkkoo uuggoottoovviimmoo kkoonncceennttrraaccii jjoo pprrootteeiinnaa vv vvzzoorrccuu.. ZZ ddvvoojjnnoo iinnttee--ggrraaccii jjoo EEPPRR ssppeekkttrraa iinn pprriimmeerrjjaavvoo ss ssttaannddaarrddoomm ppaa llaahhkkoo oocceenniimmoo šštteevvii lloo ssppiinnoovv vv vvzzoorrccuu.. IIzz rraazzmmeerrjjaa kkoonncceennttrraaccii jjee ssppiinnoovv pprroottii kkoonncceennttrraaccii jj ii pprrootteeiinnaa llaahhkkoo oocceenniimmoo ddeelleežž oozznnaaččee--nniihh mmoolleekkuull .. VV mmoojjeemm pprriimmeerruu jjee ddeelleežž zznnaaššaall pprriibbll iižžnnoo 7700 %% ((±±1155 %%** )),, kkaarr jjee zzaa mmoojjee ddeelloo zzaaddoossttoovvaalloo.. VV pprriihhooddnnjjee bboo ppoottrreebbnnoo ooppttiimmiizzii rraattii pprroottookkooll oozznnaaččeevvaannjjaa ((vviiššjj ii pprreebbii ttkkii MMTTSSLL,, ddaall jjššii iinnkkuubbaaccii jjsskkii ččaass,, pprreeddhhooddnnaa rreedduukkccii jjaa pprrootteeiinnaa zz DDTTTT††)).. ZZaanniimmiivvoo bbii bbii lloo iizzmmeerrii ttii ttuuddii ddeelleežž nneeaakkttiivvnneeggaa ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa.. PPrriipprraavvii ttii bbii ssii mmoorraall uummeerrii ttvveennoo kkrriivvuull jjoo iinn kkoonncceennttrraaccii jjoo MMTTSSLL ddoollooččii ttii zz UUVV//VViiss aabbssoorrppccii jjoo,, nnaattoo ppaa ššee zz ddvvoojjnnoo iinntteeggrraaccii jjoo EEPPRR ssppeekkttrraa.. TTeežžaavvee ssoo ččiissttoo tteehhnniiččnnee:: zz 1100 mmgg ssii jjee tteežžkkoo pprriipprraavvii ttii uummeerrii ttvveennoo kkrriivvuull jjoo ((ppoolleegg tteeggaa ppaa jjee oozznnaaččeevvaalleecc pprreeddrraagg zzaa ttaakkee nnaammeennee)).. DDvvoojjnnii iinnttee--ggrraall ppaa mmoottii pprriissoottnnoosstt bbiirraaddiikkaallaa.. TTaakkoo mmoorraamm zzaauuppaattii pprrooiizzvvaajjaallccuu,, ddaa jjee oozznnaaččeevvaalleecc ččiisstt iinn aakkttiivveenn..

** ZZaarraaddii ššiibbkkeeggaa ssiiggnnaallaa pprrootteeiinnsskkeeggaa vvzzoorrccaa iimmaa ddvvoojjnnii iinntteeggrraall pprreecceejjššnnjjoo rreellaattiivvnnoo nnaappaakkoo ((~~1100%%)).. PPrraavv ttaakkoo iimmaa mmeerrii tteevv kkoonncceennttrraaccii jjee pprrootteeiinnaa mmaajjhhnnoo nnaappaakkoo ((~~55%%)).. †† DDTTTT –– ddii ttiioottrreeii ttooll ,, ppooggoossttoo uuppoorraabbll jjeennaa kkeemmiikkaall ii jjaa zzaa rreedduukkccii jjoo ssuull ff iiddnniihh ((SSHH)) sskkuuppiinn vv pprrootteeiinniihh..

0

1

2

3

4

5

6

220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350

λ (nm)

Abs

5,2 mM MTSL0,2 mM MTSLEqII

SSll iikkaa 1188:: UUVV//VViiss ssppeekktteerr nneeoozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa II II iinn MMTTSSLL

NNeevveezzaann ssppiinnsskkii oozznnaaččeevvaalleecc MM TTSSLL jj ee ppoossnneett pprr ii ddvveehh rr aazzll iiččnniihh kkoonn--cceennttrr aaccii jj aahh,, kkoonncceennttrr ii rr aannii iinn kkoonnččnnii kkoonncceennttrr aaccii jj ii pprr ii oozznnaaččeevvaannjj uu.. EEPPRR ssppeekktteerr nneevveezzaanneeggaa MM TTSSLL pprr iikkaazzuujj ee ssll iikkaa 2233..



AAkkttiivvnnoosstt eekkvviinnaattookkssiinnaa II II

PPrreeddeenn sseemm ppoossnneell EEPPRR ssppeekkttrree,, mmee jjee zzaanniimmaalloo,, kkaakkoo oozznnaaččeevvaannjjee vvppll iivvaa nnaa aakkttiivvnnoosstt mmuuttaannttaa.. ZZaattoo sseemm pprreevveerrii ll hheemmooll ii ttiiččnnoo aakkttiivvnnoosstt oozznnaaččeenneeggaa ((EEqq1188KKKKLL)) iinn nneeoozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa ((EEqq1188)).. MMeerrii tteevv sseemm ppoonnoovvii ll pprrii ttrreehh rraazzll iiččnniihh kkoonncceennttrraaccii jjaahh eekkvviinnaattookkssiinnaa ((22RR == 2255 µµMM;; 44RR == 1122 µµMM;; 88RR == 66 µµMM)).. SSll iikkaa 1199 pprriikkaazzuujjee hheemmooll iizzoo vv ooddvviissnnoossttii oodd ččaassaa zzaa oozznnaaččeenn iinn nneeoozznnaaččeenn eekkvviinnaattookkssiinn.. NNaajjpprreejj sseemm ppooččaakkaall ,, ddaa ssee jjee nnaavviiddeezznnaa aabbssoorrbbaannccaa uussttaall ii llaa,, ppootteemm ppaa sseemm ooddpprrll ppookkrroovv ssppeekkttrroommeettrraa iinn vv kkiivveettoo ddooddaall eekkvviinnaattookkssiinn.. NNaa ggrraaffuu jjee lleeppoo rraazzvviiddnnoo,, kkddaajj sseemm ddooddaall EEqqttIIII,, ssaajj jjee zzaarraaddii mmeeššaannjjaa nnaavviiddeezznnaa aabbssoorrbbaannccaa mmooččnnoo zzaanniihhaallaa..

RReezzuull ttaattee pprrii vvsseehh ttrreehh kkoonncceennttrraaccii jjaahh ppoovvzzeemmaa ssll iikkaa 2200.. GGrraaff pprriikkaazzuujjee nnaakklloonn ll iinneeaarrnneeggaa ddeellaa ssiiggmmooiiddaallnnee kkrriivvuull jjee,, kkii ssee uuppoorraabbll jjaa kkoott mmeerrii lloo zzaa hhii ttrroosstt hheemmooll iizzee.. VViiddiimmoo,, ddaa jjee aakkttiivvnnoosstt oozznnaaččeenniihh mmuuttaanntt pprriimmeerrll jj iivvaa zz aakkttiivvnnoossttjjoo nneeoozznnaaččeenneeggaa pprrootteeiinnaa,, kkaarr jjee gglleeddee nnaa mmaajjhhnnoosstt MMTTSSLL oozznnaaččeevvaallccaa pprriiččaakkoovvaann rreezzuull ttaatt.. TTaakkoo llaahhkkoo zzaakkll jjuuččiimmoo,, ddaa oozznnaaččeevvaannjjee nnee sspprreemmeennii ssttrruukkttuurree mmuuttaannttaa.. AAkkttiivvnnoosstt oozznnaaččeenneeggaa pprrootteeiinnaa jjee cceelloo rraahhlloo vviiššjjaa,, kkaarr llaahhkkoo rraazzlloožžiimmoo ss tteemm,, ddaa jjee zz MMTTSSLL oozznnaaččeenn cciisstteeiinn ppoo hhiiddrrooffoobbnnoossttii bbooll jj ppooddoobbeenn iizzoolleeuucciinnuu,, kkii ssee nnaa tteemm mmeessttuu nnaahhaa--jjaa vv nnaattiivvnneemm pprrootteeiinnuu..

0 1 2 3 4 5 60,0

0,1

0,2

0,3

0,4

0,5

eq18 2R eq18 KKL 2R

A70

0 nm

t (min) SSll iikkaa 1199:: MMeerrii tteevv aakkttiivvnnoossttii oozznnaaččeenneeggaa ((KKKKLL)) iinn nneeoozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa

PPrr iikkaazzaannaa jj ee kkoonncceennttrr aaccii jj aa 22RR ((ddvvaakkrr aattnnii rr eeddččii tteevv,, 2255 µµMM )) iinn tteemmppaarr aattuurr ii 2255°°CC.. ŠŠppiiccii nnaa ggrr aaffuu ssttaa ppoosslleeddiiccaa mmeeššaannjj aa pprr ii ddooddaajj aannjj uu EEqq1188..



ZZaanniimmaallaa mmee jjee ttuuddii ooddvviissnnoosstt hhii ttrroossttii hheemmooll iizzee oodd kkoonncceennttrraaccii jjee eerrii ttrrooccii ttoovv ((ssee pprraavvii oodd zzaaččeettnnee nnaavviiddeezznnee aabbssoorrbbaannccee pprrii 770000 nnmm)).. SSll iikkaa 2211 pprriikkaazzuujjee OODD vv ooddvviissnnoossttii oodd zzaaččeettnnee aabbssoorrbbaannccee zzaa 22RR iinn 44RR nneeoozznnaaččeenneeggaa EEqq1188.. VViiddiimmoo,, ddaa hhii ttrroosstt pprrii vviiššjj iihh kkoonncceennttrraaccii jjaahh ddoosseežžee ppllaattoo,, kkaajj vveečč ppaa iizz ššttii rriihh mmeerrii tteevv nnee mmoorreemmoo ppoovveeddaattii ..

0,000

0,100

0,200

0,300

0,400

0,500

0,600

2R 4R 8R

OD

(abs

/min

)

Eq18KKL

Eq18

SSll iikkaa 2200:: PPrriimmeerrjjaavvaa hheemmooll iizzee oozznnaaččeenneeggaa iinn nneeoozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa

PPrr iimmeerr jj aavvaa jj ee nnaarr eejj eennaa pprr ii ttrr eehh rr aazzll iiččnniihh kkoonncceennttrr aaccii jj aahh ((22RR == 2255 µµMM ;; 44RR == 1122 µµMM ;; 88RR == 66 µµMM ))..

0,00

0,05

0,10

0,15

0,20

0,25

0,30

0,35

0,40

0,45

0,0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8A0700nm

OD

(ab

s/m

in)

2R

4R

SSll iikkaa 2211:: HHiittrroosstt hheemmooll iizzee ((OODD)) vv ooddvviissnnoossttii oodd zzaaččeettnnee nnaavviiddeezznnee aabbssoorrbbaannccee

PPrr iikkaazzaannii ssoo ppooddaattkkii zzaa ddvvee rr aazzrr eeddččii ttvvii nneeoozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa..



EEPPRR ssppeekkttrrii

NNaajjpprreejj sseemm ppoossnneell EEPPRR ssppeekktteerr ččiisstteeggaa ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa vv rraazzttooppiinnii ((ssaajj mmee jjee zzaa--nniimmaalloo,, ččee vvssee ddeelluujjee,, kkoott mmoorraa)).. PPrreesseenneettll jj iivvoo sseemm nnaammeessttoo pprriiččaakkoovvaanniihh 33 ddoobbii ll 55 vvrrhhoovv ((ssll iikkaa 2233)).. SSppiinnsskkii oozznnaaččeevvaalleecc llaahhkkoo nnaammrreečč ttvvoorrii ddiimmeerree ((ssll iikkaa 2222)),, vv kkaatteerreemm ssoo pprriissoottnnee sskkllooppii ttvvee mmeedd nneessppaarrjjeenniimmaa eelleekkttrroonnoommaa.. VV rraazzttooppiinnii iimmaammoo ppoolleegg mmoonnoommeerroovv ttuuddii ddiimmeerree,, kkii ssoo vv bbiissttvvuu nneeččiissttooččee,, ssaajj ssee nnee mmoorree--jjoo vveezzaattii nnaa cciisstteeiinn.. MMoožžnnoo jjee,, ddaa ssoo nneeččiissttooččee pprriissoottnnee žžee vv kkuuppll jjeenniihh kkrriissttaall iihh MMTTSSLL.. DDeell ddiimmeerriizzaaccii jjee ppaa llaahhkkoo ppootteekkaa ttuuddii vv vvooddii ((aall ii kkaatteerreemm kkooll ii ddrruuggeemm nnuukklleeooff ii llnneemm ttooppii lluu)).. KKeerr ssee ddiimmeerrii nnee mmoorreejjoo vveezzaattii nnaa cciisstteeiinnee nnaamm nnee ppoovvzzrrooččaajjoo vveeččjj iihh pprreeggllaavviicc,, ssaajj jj iihh sskkuu--ppaajj ss pprreebbii ttnniimm MMTTSSLL ooddssttrraanniimmoo.. PPrrootteeiinnsskkii ssppeekkttrrii ssoo ttaakkoo sseessttaavvll jjeennii iizz 33 ččrrtt.. SSppeekkttrree pprrootteeiinnaa sseemm ppoossnneell ,, kkoott jjee ooppiissaannoo vv mmeettooddaahh.. SSll iikkaa 2255 pprriikkaazzuujjee ttiippiiččnnii ssppeekktteerr oozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa II II.. SSppeekkttrree sseemm zzaajjeemmaall pprrii rraazzll iiččnniihh tteemmppeerraattuurraahh,, kkaarr pprriikkaazzuujjee ssll iikkaa 2244.. OOppaazziimmoo,, ddaa ssoo pprrii vviiššjj iihh tteemmppeerraattuurraahh ll iinnii jjee vveeddnnoo oožžjjee iinn vviiššjjee,, ssaajj ppoossttaajjaa ssppiinn--sskkii oozznnaaččeevvaalleecc bbooll jj ggiibbll jj iivv ((iinn ttaakkoo bbooll jj ppooddoobbeenn pprroosstteemmuu MMTTSSLL))..

SSll iikkaa 2222::KKeemmii jjsskkaa ssttrruukkttuurraa MMTTSSLL ddiimmeerraa TTEEMMPPOOLL ssttaannddaarrddaa

((lleevvoo)):: DDiimmeerr MM TTSSLL ,, kkii sskkuuppaajj zz mmoonnoommeerr nniimm MM TTSSLL ddaajj ee nneennaavvaaddnnee ssiiggnnaallee.. ((ddeessnnoo)):: SSttaabbii llnnii nnii tt rr ookkssiiddnnii rr aaddiikkaall TTEEMM PPOOLL ,, kkii ssee vv EEPPRR llaahhkkoo uuppoorr aabbll jj aa kkoott ssttaannddaarr dd,, ssaajj llaahhkkoo nnjj eeggoovvoo kkoonncceennttrr aaccii jj oo ddoollooččiimmoo eennoossttaavvnnoo iinn nnaattaannččnnoo..

1 mT 1 mT

SSll iikkaa 2233:: EEPPRR ssppeekktteerr ssaammeeggaa MMTTSSLL iinn ssppiinnsskkeeggaa ssttaannddaarrddaa TTEEMMPPOOLL

((lleevvoo)):: EEPPRR ssppeekktteerr ssaammeeggaa ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa MM TTSSLL vv vvooddnnii rr aazzttooppiinnii .. ((ddeessnnoo)):: SSppeekktteerr ssttaannddaarr ddaa TTEEMM PPOOLL .. DDeessnnii ssppeekktteerr jj ee pprr iiččaakkoovvaann ssppeekktteerr nnii tt rr ookkssiiddnneeggaa rr aaddiikkaallaa bbrr eezz ddooddaattnniihh sskkllooppii tteevv..



280 285 290 295 300 305 310 315 320

1 mT

SSll iikkaa 2244:: SSuuppeerrppoozziiccii jjaa ssppeekkttrroovv EEqq1188,, ppoossnneettiihh pprrii rraazzll iiččnniihh tteemmppeerraattuurraahh

1 mT

SSll iikkaa 2255:: EEPPRR ssppeekktteerr oozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa II II pprrii 330000 KK



IInntteerrpprreettaaccii jjaa ssppeekkttrroovv

RReeššeevvaannjjee iinnvveerrzznneeggaa pprroobblleemmaa zz ggeenneettsskkiimm aallggoorrii ttmmoomm nnaamm ppooddaa vveell iikkoo šštteevvii lloo pprriibbll iižžnnoo eennaakkvvrreeddnniihh rreeššii tteevv.. SSll iikkaa 3333 pprriikkaazzuujjee nnaajjbbooll jjššoo** rreeššii tteevv pprrii tteemmppeerraattuurrii 330000 KK..

VViiddiimmoo,, ddaa jjee pprrii lleeggaannjjee zzeelloo ddoobbrroo.. AAllggoorrii tteemm iimmaa mmaajjhhnnee tteežžaavvee ččiissttoo nnaa ddeessnnii ssttrraannii iinn nnaa lleevvii ddooll iinnii .. VVzzrrookk jjee vveerrjjeettnnoo vv zzvveezznnii ppoorraazzddeell ii ttvvii ppaarraammeettrroovv vv vvzzoorrccuu,, kkaarr ss ttrreemmii kkoommppoonneennttaammii tteežžkkoo uulloovviimmoo..

** NNaajjbbooll jjššaa,, kkeerr iimmaa nnaajjmmaannjjššee ooddssttooppaannjjee oodd eekkssppeerriimmeennttaallnneeggaa ssppeekkttrraa..

1 mT

brez eritrocitov z eritrociti

SSll iikkaa 2266:: PPrriimmeerrjjaavvaa ssppeekkttrraa EEqq1188 bbrreezz iinn vv pprriissoottnnoossttii eerr ii ttrrooccii ttoovv pprrii 330000 KK

338 340 342 344 346

-1,0

-0,5

0,0

0,5

1,0

338 340 342 344 346

Inte

nzite

ta (

a.u.

)

B (mT)

Posneti spekter Najboljše prileganje

B (mT)

Komponenta 1 Komponenta 2 Komponenta 3

SSll iikkaa 2277:: PPoossnneettii iinn ssiimmuull ii rraannii EEPPRR ssppeekktteerr

((lleevvoo)):: NNaajj bbooll jj ššee pprr ii lleeggaannjj ee eekkssppeerr iimmeennttaallnneeggaa iinn iizzrr aaččuunnaanneeggaa ssppeekkttrr aa pprr ii tteemmppeerr aattuurr ii 330000 KK .. ((ddeessnnoo)):: PPoossaammeezznnee kkoommppoonneennttee iizzrr aaččuunnaanneeggaa ssppeekkttrr aa..



SSll iikkaa 2288:: TTeemmppeerraattuurrnnaa ooddvviissnnoosstt φφ00-- ϑϑϑϑϑϑϑϑ00 GGHHOOSSTT ddiiaaggrraammaa

PPoo pprr iiččaakkoovvaannjj uu ssee zz vviiššjj oo tteemmppeerr aattuurr oo ssttoožžeecc vveeddnnoo bbooll jj ooddppiirr aa ((rr eeššii ttvvee ssee ppoommiikkaajj oo kk vviiššjj iimm ϑϑϑϑϑϑϑϑ00 iinn φφ00))..

SSll iikkaa 2299:: GGHHOOSSTT ddiiaaggrraammii

OOdd lleevvee pprr oott ii ddeessnnii ssoo pprr iikkaazzaannee pprr oojj eekkccii jj ee ššeessttddiimmeennzziioonnaallnneeggaa pprr oossttoorr aa rr eeššii tteevv vvzzddoollžž φφ00--ϑϑϑϑϑϑϑϑ00,, ττcc--ϑϑϑϑϑϑϑϑ00,, WW--ϑϑϑϑϑϑϑϑ00,, ppAA--ϑϑϑϑϑϑϑϑ00 iinn pprr oott--ϑϑϑϑϑϑϑϑ00 rr aavvnniinn.. SSll iikkaa ddeessnnoo ssppoo--ddaajj pprr iikkaazzuujj ee ggoossttoottoo rr eeššii tteevv,, pprr oojj eecciirr aannoo nnaa ooss ϑϑϑϑϑϑϑϑ00.. RRddeeččee ttooččkkee oozznnaaččuujj eejj oo ssrr eeddiiššččee vvssaakkee ggrr uuččee rr eeššii tteevv..

228800 KK 228855 KK 229900 KK

229955 KK 330055 KK

331100 KK 332200 KK 331155 KK

330000 KK

WW ((GG)) ττcc ((nnss))

φφ00 ((rraadd))

ppAA ((11)) pprroott ((11))

GGoossttoottaa ((aa..uu..))



BBooll jjššii ooppiiss llaahhkkoo ddoosseežžeemmoo,, ččee vvzzaammeemmoo nnaammeessttoo nnaajjbbooll jjššee rreeššii ttvvee nneekkaajj nnaajjbbooll jjššiihh rreeššii tteevv iizz vvssaakkeeggaa ppootteekkaa ooppttiimmiizzaaccii jjee.. TTaakkoo ddoobbiimmoo ooggrroommnnoo ppooddaattkkoovv.. VVssaakkaa kkoommppoonneennttaa iimmaa nnaammrreečč 66 ppaarraammeettrroovv mmooddeellaa ssttoožžccaa tteerr ddeelleežž.. RReeššii tteevv iimmaa ttaakkoo 2211 ppaarraammeettrroovv.. ČČee vvzzaa mmeemmoo 1100 nnaajjbbooll jjššiihh rreeššii tteevv iizz 2200 ppoonnoovvii tteevv,, ddoobbiimmoo 44220000 ppaarraammeettrroovv.. OOggrroommnnoo kkooll iiččiinnoo ppooddaattkkoovv llaahhkkoo pprreegglleeddnnoo pprreeddssttaavviimmoo zz GGHHOOSSTT kkoonnddeennzzaaccii jjoo.. GGHHOOSSTT ddiiaaggrraammee rreeššii tteevv pprrii lleeggaannjjaa pprrii 330000 KK pprriikkaazzuujjee ssll iikkaa 2299.. LLaahhkkoo pprreeppoozznnaammoo ttrrii ggrruuččee rreeššii tteevv iinn ooppaazzuujjeemmoo nnjj iihhoovvoo oobbnnaaššaannjjee vv bbll iižžiinnii tteežžiiššččnniihh ttooččkk.. ZZaanniimmiivvoo jjee sspprreemmll jjaattii ttuuddii tteemmppeerraattuurrnnoo ooddvviissnnoosstt ppaarraammeettrroovv ((SSll iikkaa 2288)).. VVččaassiihh iizz eenneeggaa ssaammeeggaa ssppeekkttrraa nnee mmoorreemmoo zz ggoottoovvoossttjjoo ttrrddii ttii ,, ddaa jjee ddoommeennaa ggiibbaannjjaa ((ggrruuččaa rreeššii tteevv)) ssmmii--sseellnnaa.. ZZ sspprreemmll jjaannjjeemm tteemmppeerraattuurrnnee ooddvviissnnoossttii llaahhkkoo ttaakkee aarrtteeffaakkttee,, kkii ppoonnaavvaaddii nnee kkaažžeejjoo ssmmiisseellnnee tteemmppeerraattuurrnnee ooddvviissnnoossttii ,, llaažžjjee iizzllooččiimmoo.. TTeemmppeerraattuurrnnee ooddvviissnnoossttii ppoossaammeezznniihh ddoommeenn llaahhkkoo zzeelloo lleeppoo pprreeddssttaavviimmoo,, ččee nnaa ggrraaff nnaannee--sseemmoo ppoossaammeezzeenn ppaarraammeetteerr vv ooddvviissnnoossttii oodd tteemmppeerraattuurree,, zz vveell iikkoossttjjoo kkrrooggccaa ppaa llaahhkkoo pprreeddssttaavviimmoo ttuuddii ddeelleežž ppoossaammeezznnee ddoommeennee ((vvzzoorrccaa ggiibbaannjjaa)).. GGrraaff ((ssll iikkaa 3300)) iimmeennuujjeemmoo mmeehhuurrččkkaassttii ddiiaaggrraamm** ,, ssaajj kkrrooggccii ssppoommiinnjjaajjoo nnaa mmeehhuurrččkkee..

** AAnngg.. »»BBuubbbbllee ddiiaaggrraamm««..

Temperatura (K)280 285 290 295 300 305 310 315 320

Om

ega

1

0.8

0.6

0.4

0.2

0

SSll iikkaa 3300:: MMeehhuurrččkkaassttii ddiiaaggrraamm zzaa ppaarraammeetteerr ΩΩ

PPoolloožžaajj kkrr ooggccaa ddoollooččaa ΩΩ,, vveell iikkoosstt kkrr ooggccaa jj ee ssoorr aazzmmeerr nnaa zz ddeellee--žžeemm ddoommeennee,, nnaavvppiiččnnaa ččrr ttaa ppoonnaazzaarr jj aa ššiirr iinnoo ppoorr aazzddeell ii ttvvee ookkooll ii tteežžiiššččnnee ttooččkkee.. KK rr ooggccii ssoo ppoobbaarr vvaannii gglleeddee nnaa ddoommeennoo..



ZZaa pprriimmeerrjjaavvoo zz ddrruuggiimmii mmeettooddaammii ppoottrreebbuujjeemmoo llee ϑϑ00 iinn φφ00 pprrii tteemmppeerraattuurrii 330000 KK ((eennaakkaa tteemmppeerraattuurraa,, kkoott pprrii MMDD ssiimmuullaaccii jj ii )).. RReeššii ttvvee pprriikkaazzuujjee ttaabbeellaa 88.. KKoott zzaanniimmiivvoosstt ddooddaajjaamm ššee mmeehhuurrččkkaassttee ddiiaaggrraammee zzaa vvssee ppaarraammeettrree mmooddeellaa ssttoožžccaa ((ssll iikkaa 3311)) iinn vvssee GGHHOOSSTT ddiiaaggrraammee ((ssll iikkaa 3322))..

DDoommeennaa ϑϑϑϑϑϑϑϑ00 φφ00 ΩΩ dd

rraadd rraadd 11 11

Domena 1 11,,3388 1,51 00,,8844 00,,3333Domena 2 11,,2200 1,45 00,,7711 00,,3377Domena 3 00,,9988 11,,3311 00,,5522 00,,3311TTaabbeellaa 88:: RReezzuull ttaattii GGHHOOSSTT kkoonnddeennzzaaccii jjee

SSll iikkaa 3311:: MMeehhuurrččkkaassttii ddiiaaggrraammii vvsseehh ppaarraammeettrroovv mmooddeellaa ssttoožžccaa

NNaa oorr ddiinnaattoo jj ee nnaanneesseennaa tteemmppeerr aattuurr aa,, nnaa aabbsscciissoo ppaa ppoossaammeezzeenn ppaarr aammeetteerr ..

WW ((GG))

ττcc ((nnss))

φφ00 ((rraadd))

ppAA ((11))

ϑϑ00 ((rraadd))

pprroott ((11))



WW ((GG)) ττcc ((nnss)) φφ00 ((rraadd)) GGoossttoottaa ((aa..uu..)) pprroott ((11)) ppAA ((11))

22 8800

KK

33 2200

KK

33 1155

KK

33 1100

KK

33 0055

KK

33 0000

KK

22 9955

KK

22 9900

KK

22 8855

KK

SSll iikkaa 3322:: GGHHOOSSTT ddiiaaggrraammii cceelloottnnee tteemmppeerraattuurrnnee sseerrii jjee nnaa mmeessttuu 1188 oozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa II II



MMooddeell ii rraannjjee kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiihh pprroossttoorroovv ((CCSSMM))

MMaajjhhnnee sspprreemmeemmbbee sseekkuunnddaarrnnee ssttrruukkttuurree nnee bbii ssmmeellee bbiissttvveennoo vvppll iivvaattii nnaa rreezzuull ttaattee mmooddeell ii rraannjjaa.. ZZaa mmooddeell ii --rraannjjee sseemm uuppoorraabbii ll kkrriissttaallnnoo ssttrruukkttuurroo iinn ddrruužžiinnoo nnaajjbbooll jjššiihh 2200 NNMMRR ssttrruukkttuurr.. RReezzuull ttaattee pprriikkaazzuujjee ttaabbeellaa 99.. SSll iikkaa 3333 rreezzuull ttaattee pprriikkaa--zzuujjee ggrraaff iiččnnoo.. VViiddiimmoo,, ddaa jjee kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkii pprroossttoorr NNMMRR ssttrruukkttuurr ((mmaalloo)) vveeččjj ii oodd kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroo--ssttoorraa kkrriissttaallnnee ((XX--rraayy)) ssttrruukkttuurree.. RRaazzll iikkaa llaahhkkoo iizzvvii rraa iizz rraazzll iiččnniihh tteemmppeerraattuurr,, pprrii kkaattee--rriihh ssoo bbii llee ssttrruukkttuurree ddoollooččeennee.. KKrriissttaallnnaa ssttrruukkttuurraa jjee pprriiddoobbll jjeennaa pprrii nniizzkkii tteemmppeerraattuurrii .. NNMMRR ssttrruukkttuurraa ppaa jjee ppoossnneettaa pprrii vviiššjj ii tteemmppeerraattuurrii vv rraazzttooppiinnii .. MMeettooddaa CCSSMM hhrrbbtteenniiccee pprrootteeiinnaa nnee sspprreemmiinnjjaa ((sspprreemmeennii ssaa--mmoo ssttrraannsskkee vveerriiggee)),, ttaakkoo oossttaajjaa hhrrbbtteenniiccaa kkrriissttaallnnee ssttrruukkttuurree pprrii nniižžjj ii tteemmppeerraattuurrii ,, kkjjeerr jjee NN--kkoonnččnnaa aall ffaa vvii jjaaččnniiccaa bbll iižžjjee bbeettaa sseennddvviiččuu.. PPoosslleeddiiččnnoo jjee kkoonnffoorr--mmaaccii jjsskkii pprroossttoorr mmeessttaa bbooll jj oommeejjeenn ((iinn ΩΩ mmaannjjššaa))..

SSttrr uukkttuurr aa ϑϑϑϑϑϑϑϑ00 φφ00 ΩΩ

rraadd rraadd 11

X-ray 00,,7744 1,18 00,,3355 NMR 1 00,,9911 1,56 00,,5577

NNMMRR 22 00,,9900 11,,4499 00,,5544

NNMMRR 33 00,,9900 11,,4499 00,,5544

NNMMRR 44 00,,8866 11,,5511 00,,5533

NNMMRR 55 00,,9900 11,,4499 00,,5544

NNMMRR 66 00,,8822 11,,5577 00,,5522

NNMMRR 77 00,,8866 11,,4499 00,,5522

NNMMRR 88 00,,8866 11,,4466 00,,5511

NNMMRR 99 00,,9911 11,,4455 00,,5533

NNMMRR 1100 00,,6699 11,,5544 00,,4433

NNMMRR 1111 00,,8833 11,,2299 00,,4433

NNMMRR 1122 00,,8888 11,,4499 00,,5533

NNMMRR 1133 00,,8888 11,,4411 00,,5500

NNMMRR 1144 00,,8888 11,,5522 00,,5544

NNMMRR 1155 00,,8888 11,,4499 00,,5533

NNMMRR 1166 00,,8888 11,,5511 00,,5544

NNMMRR 1177 00,,8800 11,,4433 00,,4466

NNMMRR 1188 00,,8866 11,,4488 00,,5522

NNMMRR 1199 11,,5577 00,,0000 00,,0000

NNMMRR 2200 00,,8888 11,,4499 00,,5533 TTaabbeellaa 99:: RReezzuull ttaattii CCSSMM zzaa rraazzll iiččnnee 33DD----ssttrruukkttuurree

PPrr iikkaazzaannii ssoo CCSSMM iizzrr aaččuunnii nnaa ppooddllaaggii kkrr iissttaallnnee ssttrr uukkttuurr ee iinn 2200.. nnaajj bbooll jj ššiihh NNMM RR ssttrr uukkttuurr ..

0,00

0,50

1,00

1,50

0,00 0,50 1,00 1,50θ0

φ0

X-ray NMR

SSll iikkaa 3333:: RReezzuull ttaattii CCSSMM mmooddeell ii rraannjjaa

((lleevvoo)):: GGhhoosstt ddiiaaggrr aamm,, kkii pprr iikkaazzuujj ee kkoottee mmooddeellaa ssttoožžccaa ((ϑϑϑϑϑϑϑϑ00,, φφ00)).. ((ddeessnnoo)):: PPrr iimmeerr jj aavvaa vveell iikkoosstt ii kkoonnffoorr mmaa--ccii jj sskkeeggaa pprr oossttoorr aa ((ΩΩ)),, iizzrraaččuunnaanneeggaa iizz kkrr iissttaallnnee ssttrr uukkttuurr ee ((XX--rr aayy)) iinn ddrr uužžiinnee NNMM RR ssttrr uukkttuurr

0,0

0,1

0,2

0,3

0,4

0,5

0,6

0,7

0,8

0,9

1,0

Ω

ϑϑ00

ϕϕ 00




RRMM SSDD aannaall iizzaa PPoo vviizzuuaallnneemm pprreegglleedduu MMDD ttrraajjeekkttoorrii jjee sseemm iizzvveeddeell ššee RRMMSSDD aannaall iizzoo,, ssaajj nnaamm llee ttaa ppoovvee,, aall ii ssee mmeedd ppootteekkoomm ssiimmuullaaccii jjee ss pprrootteeiinnsskkoo hhrrbbtteenniiccoo ddooggaajjaa kkaajj nneennaavvaaddnneeggaa ((ssll iikkaa 3344))..

VViiddiimmoo,, ddaa ssee ppoo pprrvviihh ttrreehh nnss RRMMSSDD uussttaall ii pprrii pprriibbll iižžnnoo 11 ÅÅ.. SSiimmuullaaccii jjaa jjee ttoorreejj ssttaabbii llnnaa.. ZZaa nnaaddaall jjnnjjoo aannaall iizzoo sseemm uuppoorraabbii ll ttiissttii ddeell ttrraajjeekkttoorrii jjee,, kkjjeerr ssee jjee RRMMSSDD uussttaall ii ll .. TTaakkoo sseemm--pprrvvee ttrrii nnss ssiimmuullaaccii jjee zzaavvrrggeell ,, ssaajj ssee vv tteemm ččaassuu ssttrruukkttuurraa ššee rreellaakkssii rraa.. NNaattoo sseemm iizz ttrraajjeekkttoorrii jjee iizzlluuššččii ll NNOO--vveekkttoorrjjee ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaallccaa MMTTSSLL,, jj iihh nnoorrmmaall iizzii --rraall iinn nnaanneesseell nnaa eennoottsskkoo ssffeerroo ((ssll iikkaa 3355))..

0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 200,0

0,2

0,4

0,6

0,8

1,0

1,2

1,4

RM

SD

(A

)

t (ns) SSll iikkaa 3344:: RRMMSSDD aannaall iizzaa hhrrbbtteenniiccee oozznnaaččeenneeggaa eekkvviinnaattookkssiinnaa

SSll iikkaa 3355:: NNOO--vveekkttoorrjj ii nnaa eennoottsskkii ssffeerrii vvzzeettii iizz MMDD ttrraajjeekkttoorrii jjee

PPoogglleedd nnaa NNOO--vveekkttoorr jj ee nnaa eennoottsskkii ssffeerr ii vvzzeettee iizz 1177 nnss MM DD tt rr aajj eekkttoorr ii jj ee.. RRddeeččaa ppuuššččiiccaa pprr iikkaazzuujj ee ssmmeerr ppoovvpprr eeččnneeggaa NNOO--vveekkttoorr jj aa.. ((lleevvoo)):: PPoogglleedd vvzzddoollžž ppoovvpprr eeččnneeggaa NNOO--vveekkttoorr jj aa.. ((ddeessnnoo)):: PPoogglleedd oodd ssttrr aannii ..



II nntteeggrr aaccii jj aa MM oonnttee CCaarr lloo ZZ iinntteeggrraaccii jjoo MMoonnttee CCaarrlloo ((MMCC)) sseemm sspprreemmll jjaall sskkuuppnnii ddeelleežž eennoottsskkee ssffeerree,, kkii ggaa NNOO--vveekkttoorrjj ii ppookkrrii jjeejjoo ((ssll iikkaa 3366)).. VViiddiimmoo,, ddaa ssee jjee rraasstt ppookkrrii ttoossttii uummiirrii llaa,, iizz ččeessaarr llaahhkkoo sskklleeppaammoo,, ddaa jjee bbii lloo vvzzoorrččeenneeggaa ddoovvooll jj kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa..

II zzrr aaččuunn ppaarr aammeettrr oovv mmooddeellaa ssttoožžccaa

II zzrraaččuunn ϑϑϑϑϑϑϑϑ00

PPrreekkoo eennaaččbbee ((3333)) sseemm iizzrraaččuunnaall 2cos ( )ϑ ((kkii zznnaaššaa 00,,8855)).. EEnnaaččbbaa ((1188)) jjee rreeššll jj iivvaa aannaall ii ttiiččnnoo

((vvzzaammeemmoo ssaammoo rreeaallnnoo rreeššii tteevv)) iinn ttaakkoo ddoobbiimmoo vvrreeddnnoosstt ϑϑϑϑϑϑϑϑ00 3333°° ((00,,5588 rr aadd)).. ZZaanniimmaalloo mmee jjee ttuuddii ,, kkaakkoo ddoobbeerr jjee pprriibbll iižžeekk mmooddeellaa ssttoožžccaa.. VV ttaa nnaammeenn sseemm pprriimmeerrjjaall vveerrjjeettnnoossttnnee ppoo--rraazzddeell ii ttvvee ppooϑϑ ddoobbll jjeennee iizz MMDD iinn mmooddeellaa ssttoožžccaa.. IIzzrraaččuunnaall sseemm hhiissttooggrraamm ppoorraazzddeell ii tteevv ((ssll iikkaa 3377 zzggoorraajj )).. SSlleeddnnjjaa nniimmaa vvrrhhaa pprrii ppoovvpprreeččnneemm vveekkttoorrjjuu ((kkoott bbii pprriiččaakkoovvaall ii iizz nnoorr--mmaallnnee rraazzppoorreeddii ttvvee)),, kkeerr ssoo vveekkttoorrjj ii ,, vvzzeettii iizz MMDD,, žžee uutteežžeennii ss ppoovvrrššiinnsskkiimm eelleemmeennttoomm ssiinn((ϑϑ00)).. PPoo nnoorrmmaall iizzaaccii jj ii ss ssiinn((ϑϑ00)) ((ssll iikkaa 3377 ssppooddaajj )) ddoobbiimmoo pprriibbll iižžeekk nnoorrmmaallnnee ppoorraazzddeell ii tt--vvee.. UUjjeemmaannjjee nnaa pprrvvii ppoogglleedd rreess nnii nnaajjbbooll jjššee,, vveennddaarr ppaa iimmaattaa oobbee ppoorraazzddeell ii ttvvii ((nnoorrmmaallnnaa iinn kkoonnssttaannttnnaa)) llee eenn ppaarraammeetteerr ((σσ iinn ϑϑ00)).. TTaakkoo ssii llaahhkkoo mmiissll iimmoo,, ddaa jjee ϑϑ00 mmeerrii lloo zzaa ššii rriinnoo ppoo--rraazzddeell ii ttvvee.. VV pprriimmeerruu,, kkoo jjee pprrii iizzrraaččuunnuu ooddpprrttoossttii ssttoožžccaa uuppoorraabbll jjeenn eennaakk mmooddeell ,, sslleeddnnjj ii nnaa uujjeemmaannjjee mmeedd MMDD iinn GGHHOOSSTT nnaajjvveerrjjeettnneejjee nniimmaa bbiissttvveenneeggaa vvppll iivvaa..

0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 200,00

0,05

0,10

0,15

0,20

0,25

Om

ega

t (ns) SSll iikkaa 3366:: PPrriikkaazz iinntteeggrraaccii jjee MMoonnttee CCaarrlloo nnaa eennoottsskkii ssffeerrii

GGrr aaff pprr iikkaazzuujj ee ddeelleežž ssffeerr ee,, kkii jj oo ppookkrr iivvaajj oo NNOO--vveekkttoorr jj ii vv ooddvviissnnoosstt ii oodd ččaassaa.. VV ookkvviirr ččkkuu jj ee iinntteeggrr aaccii jj aa MM CC pprr iikkaazzaannaa ggrr aaff iiččnnoo:: ssiivvoo ssoo oobbaarr vvaannii nnaakkll jj uuččnnii MM CC--vveekkttoorr jj ii ,, zzeelleennoo MM CC--vveekkttoorr jj ii ,, kkii ssoo ddoovvooll jj bbll iizzuu kkaatteerr eemmuu kkooll ii NNOO--vveekkttoorr jj uu iinn mmooddrr oo NNOO--vveekkttoorr jj ii .. MM ooddrr ii NNOO--vveekkttoorr jj ii pprr eekkrr iivvaajj oo zzeelleennee MM CC--vveekkttoorr jj ee,, zzaattoo ssoo zzeelleennii vveekkttoorr jj ii vviiddnnii ssaammoo oobb rr oobbuu..



II zzrraaččuunn φφ00 IIzzrraaččuunnaall sseemm nneeuutteežžeennoo iinn uutteežžeennoo ppoovvpprreeččjjee ppoo eennaaččbbaahh ((3344)) iinn ((3355)),, nnaattoo ppaa pprreekkoo ((1199)) ššee φφ00.. RRee--zzuull ttaattee pprriikkaazzuujjee ttaabbeellaa 1100.. PPooddoobbnnoo kkoott pprrii iizzrraaččuunnuu ϑϑ00 mmee jjee zzaanniimmaalloo,, kkaakkoo ssee vveerrjjeettnnoossttnnaa ppoorraazzddeell ii tteevv pprriiddoobbll jjeennaa iizz MMDD uujjeemmaa zz mmooddeelloomm ssttoožžccaa.. SSll iikkaa 3388 ((lleevvoo)) pprriikkaazzuujjee nneeuutteežžeennoo

iinn uutteežžeennoo vveerrjjeettnnoossttnnoo ppoorraazzddeell ii tteevv zzaa kkoott φφ iinn pprriippaaddaajjooččee ppoorraazzddeell ii ttvvee mmooddeellaa ssttoožžccaa.. SSll iikkaa 3388 ((ddeessnnoo)) ppaa pprriikkaazzuujjee pprroojjeekkccii jjee NNOO--vveekkttoorrjjeevv vv rraavvnniinnii xxyy.. OOppaazziimmoo llaahhkkoo,, ddaa ssoo rraazzll iikkee mmeedd uutteežžeenniimm iinn nneeuutteežžeenniimm ppoovvpprreeččjjeemm rreellaattiivvnnoo mmaajjhhnnee.. TToo ppoommeennii ,, ddaa jjee šštteevvii lloo vveekkttoorrjjeevv,, kkii kkaažžeejjoo vvssttrraann mmaajjhhnnoo.. ZZaarraaddii ppoovvrrššiinnsskkeeggaa eelleemmeennttaa jjee mmaajjhhnnoo ttuuddii šštteevvii lloo vveekkttoorrjjeevv,, kkii ssoo pprriibbll iižžnnoo vvzzppoorreeddnnoo ss ppoovvpprreeččnniimm NNOO--vveekkttoorrjjeemm ((pprroojjeekkccii jjee ttaakkiihh NNOO--vveekkttoorrjjeevv iimmaajjoo zzeelloo kkrraattkkee ddoollžžiinnee iinn zzaarraaddii tteeggaa nneeggoottoovvoo ddoollooččeennoo ssmmeerr)).. VVeeččiinnaa vveekkttoorrjjeevv,, kkii kkaažžeejjoo vvssttrraann ((vveell iikk ooddmmiikk oodd rreeffeerreennččnnee ssmmeerrii )) jjee kkrraattkkiihh,, ttaakkoo nnaamm uutteežžeevvaannjjee zzmmaannjjššaa vvppll iivv ttaakkiihh vveekkttoorrjjeevv iinn ppoosslleeddiiččnnoo ppoovveeččaa aassiimmeettrrii jjoo ssttoožžccaa ((φφ00 ppoossttaa--nnee mmaannjjššii ))..

0 20 40 60 800,00

0,01

0,02

0,03

0,04

0,05

0,06

0 20 40 60 800,00

0,01

0,02

0,03

0,04

0,05

0,06

Približek modela stožca (utežen s površinskim elementom)

Porazdelitev iz MD

q0 q (deg)

Kot

na v

erje

tnos

t (1/

deg)

Približek modela stožca Porazdelitev iz MD

(normalizirana na površinski element)

SSll iikkaa 3377:: VVeerrjjeettnnoossttnnaa ppoorraazzddeell ii tteevv zzaa kkoott ϑϑϑϑϑϑϑϑ

ZZggoorr nnjj ii ggrr aaff pprr iikkaazzuujj ee vveerr jj eettnnoossttnnoo ppoorr aazzddeell ii tteevv ϑϑϑϑϑϑϑϑ ,, pprr iiddoobbll jj eennoo iizz MM DD--vveekkttoorr jj eevv.. PPrr ii kkoottuu 00°° jj ee vveerr jj ee--ttnnoosstt nniiččeellnnaa,, ssaajj jj ee ppoovvrr ššiinnsskkii eelleemmeenntt nnaa ssffeerr ii pprr ii kkoottuu nniičč nniiččeellnn.. PPrr iikkaazzaann jj ee ttuuddii mmooddeell ssttoožžccaa uutteežžeenn ss ppoovvrr ššiinnsskkiimm eelleemmeennttoomm ssiinn((ϑϑϑϑϑϑϑϑ)).. SSppooddnnjj ii ggrr aaff pprr iikkaazzuujj ee vveerr jj eettnnoossttnnoo ppoorr aazzddeell ii tteevv ϑϑϑϑϑϑϑϑ nnoorr mmaall iizziirr aannoo ss ssiinn((ϑϑϑϑϑϑϑϑ)).. OOppaazziimmoo pprr iiččaakkoovvaannii vvrr hh pprr ii kkoottuu 00..

NNeeuutteežžeennoo UUtteežžeennoo

ppoovvpp.. ssiinn22((φφ)) 00,,3300 00,,2244

φφ00 ((rraadd)) 11,,0066 00,,9922

φφ00 ((ddeegg)) 6611 5533

TTaabbeellaa 1100:: PPrriimmeerrjjaavvaa uutteežžeenneeggaa iinn nneeuu--tteežžeenneeggaa ppoovvpprreeččjjaa pprrii iizzrraaččuunnuu φφ00

ϑϑ ((ddeegg))

ϑϑ00

ϑϑ00



II zzrraaččuunn rreeffeerreennččnnee ssmmeerr ii PPrreeddeenn llaahhkkoo iizzrraaččuunnaammoo φφ00,, ssii mmoorraammoo iizzbbrraattii rreeffeerreennččnnoo ssmmeerr vv rraavvnniinnii xxyy,, nnaa kkaatteerroo pprreerraaččuunnaammoo kkoottee φφ.. PPrrii iizzbbii rrii sseemm pprriimmeerrjjaall ttrrii rraazzll iiččnnee pprriissttooppee.. HHkkrraattii ppaa sseemm oocceennii ll ššee vvppll iivv uutteežžeevvaannjjaa vveekkttoorrjjeevv zz ddoollžžiinnoo pprroojjeekkccii jjee nnaa iizzbbii rroo rreeffeerreennččnnee ssmmeerrii .. RReezzuull ttaattee pprriikkaa--zzuujjeettaa ssll iikkii 3399 iinn 4400..

φ0(utežen)

φ0(neutežen)

0 20 40 60 800,000

0,005

0,010

0,015

0,020

0,025

0,030

ϕϕϕϕ0

ϕ0u

Kot

na v

erje

tnos

t (1/

deg)

ϕϕϕϕ0(deg)

Neutežena porazdelitev iz MD Približek modela stožca za neuteženo porazdelitev Utežena porazdelitev iz MD Približek modela stožca za uteženo porazdelitev

SSll iikkaa 3388:: VVeerrjjeettnnoossttnnaa ppoorraazzddeell ii tteevv zzaa kkoott ϕϕϕϕϕϕϕϕ

((lleevvoo)):: NNeeuutteežžeennaa iinn uutteežžeennaa vveerr jj eettnnoossttnnaa ppoorraazzddeell ii tteevv φφ ((ddoobbll jj eennaa iizz MM DD)) iinn uussttrr eezznnaa pprr iibbll iižžkkaa mmooddeellaa ssttoožžccaa..

((ddeessnnoo)):: SSll iikkaa pprr iikkaazzuujj ee oorr aannžžnnee pprr oojj eekkccii jj ee NNOO--vveekkttrr oojj eevv nnaa rr aavvnniinnoo,, kkii jj oo ddoollooččaa ppoovvpprr eeččnnii NNOO--vveekkttoorr .. RReeffee--rr eennččnnaa ssmmeerr vv rr aavvnniinnii jj ee pprr iikkaazzaannaa zz zzeelleennoo.. DDeebbeellaa ččrr nnaa ččrr ttaa pprr iikkaazzuujj ee nneeuutteežžeenn φφ00 ttaannjj ššaa ppaa uutteežžeenneeggaa..



0 50 100 150 200 250 300 3500,00

0,05

0,10

0,15

0,20

0,25

0,30

0,35

0 50 100 150 200 250 300 3500,00

0,05

0,10

0,15

0,20

0,25

0,30

0,35

0 50 100 150 200 250 300 3500,000

0,005

0,010

0,015

0,020

0,025

0,030

0 50 100 150 200 250 300 3500,000

0,005

0,010

0,015

0,020

0,025

0,030

0 50 100 150 200 250 300 350-0,8

-0,7

-0,6

-0,5

-0,4

-0,3

-0,2

0 50 100 150 200 250 300 350-0,8

-0,7

-0,6

-0,5

-0,4

-0,3

-0,2

Pov

preč

je -

Sin

2 (ϕ)

Nor

mal

izira

n hi

stog

ram

(1)

NeuteženiUteženi

Kot

na g

osto

a (a

.u.)

ϕϕϕϕ (deg)ϕϕϕϕ (deg)

SSll iikkaa 3399:: PPrriimmeerrjjaavvaa ttrreehh nnaaččiinnoovv zzaa iizzrraaččuunn rreeffeerreennččnnee ssmmeerrii

OOdd zzggoorr aajj nnaavvzzddooll sslleeddii jj oo:: iizzrr aaččuunn kkoottnnee ggoossttoottee,, iizzrr aaččuunn hhiissttooggrr aammaa iinn iizzrr aaččuunn nnaajj mmaannjj ššeeggaa ppoovvpprr ee--ččnneeggaa ssiinn22((φφ)).. VV tt rr eett jj ii vvrr sstt iiccii jj ee nnaarr iissaannoo ppoovvpprr eeččjj ee ––ssiinn22((φφ)),, ttaakkoo ddaa iimmaajj oo vvssee kkrr iivvuull jj ee vv rr eeffeerr eennččnnii ssmmeerr ii mmaakkssiimmuumm.. PPrr ii ddeessnneemm ssttoollppccuu ssoo ppoovvpprr eeččjj aa iinn vvssoottee uutteežžeennee zz ddoollžžiinnoo pprr oojj eekkccii jj ee NNOO--vveekkttoorr jj aa..

SSll iikkaa 4400:: PPoollaarr nnii ggrr aaff ii kkrr ii --vvuull jj kkoottnnee ggoossttoottee,, hhiissttooggrr aammaa iinn ppoovvpprr eeččjj aa --ssiinn22((φφ)).. YY sskkaallaa nnii pprr iikkaazzaa--nnaa ((aarr bbii tt rr aarr nnee eennoottee))..

0

30

60

90

120

150

180

210

240

270

300

330

0

30

60

90

120

150

180

210

240

270

300

330

Gostota Histogram Povprečje -Sin2(ϕ) Izbrana referenčna smer j (deg)j (deg)

NeuteženiUteženi



SSll iikkaa 3399 pprriikkaazzuujjee ttrrii rraazzll iiččnnee nnaaččiinnee iizzrraaččuunnaa rreeffeerreennččnnee ssmmeerrii .. VViiddiimmoo,, ddaa iimmaajjoo vvssee ttrrii kkrriivvuull jjee ((pprriiččaakkoovvaannaa)) vvrrhhoovvaa rraazzmmaakknnjjeennaa zzaa pprriibbll iižžnnoo 118800°°.. VVrrhhoovvii ssee rraazzll iikkuujjeejjoo zzaa mmaannjj kkoott 33°°.. KKeerr jjee ffuunnkkccii jjaa ssiinn22 pprrii mmiinniimmuummuu rraazzmmeerroommaa ppoolloožžnnaa,, iimmaa sspprreemmeemmbbaa 33 ssttooppiinnjj zzaanneemmaarrll jj iivv vvppll iivv nnaa iizzrraaččuunnaann φφ00 ((mmaannjj kkoott ppooll ooddssttoottkkaa)).. TTaakkoo llaahhkkoo ttrrddiimmoo,, ddaa nnaamm vvssee ttrrii mmeettooddee zzaa iisskkaannjjee rreeffeerreennččnnee ssmmeerrii ppooddaajjoo pprriimmeerrll jj iivv rreezzuull ttaatt.. IIzzrraaččuunn kkoottnnee ggoossttoottee jjee ččaassoovvnnoo nnaajjzzaahhtteevvnneejjššii ** ,, vveennddaarr ppaa ddoobbiimmoo ggllaaddkkoo kkrriivvuull jjoo,, iizz kkaatteerree jjee eennoossttaavvnnoo rraazzbbrraattii mmaakkssiimmuumm.. IIzzrraaččuunn hhiissttooggrraammaa jjee zzeelloo hhii tteerr††,, vveennddaarr ppaa kkrriivvuull jjaa ššee zzddaalleečč nnii ggllaaddkkaa,, kkll jjuubb tteemmuu ddaa iimmaammoo žžee 1177000000 vveekkttoorrjjeevv.. TTaakkoo jjee iizz hhiissttooggrraammaa aallggoorrii ttmmiiččnnoo tteežžkkoo rraazzbbrraattii vvrrhh.. VV nnaajjggoosstteejjššii ssmmeerrii ssoo kkoottii φφ nnaajjmmaannjjššii .. PPoosslleeddiiččnnoo jjee ttuuddii ppoovvpprreeččjjee ssiinn22((φφ)) nnaajjmmaannjjššee.. TTaakkoo llaahhkkoo zz iisskkaannjjeemm mmiinniimmuummaa vv ooddvviissnnoossttii oodd rreeffeerreennččnnee ssmmeerrii iizzrraaččuunnaammoo uussttrreezzeenn ppoovvpprreeččeenn ssiinn22((φφ)).. MMeettooddaa jjee hhii ttrreejjššaa oodd iizzrraaččuunnaa ggoossttoottee iinn ppooččaassnneejjššaa oodd iizzrraaččuunnaa hhiissttoo--ggrraammaa‡‡.. IIzzrraaččuunn mmaakkssiimmuummaa kkoottnnee ggoossttoottee iinn ppoovvpprreeččjjaa ssiinn22((φφ)) bbii ssee ddaalloo ššee mmooččnnoo ppoossppeeššii ttii ,, ttaakkoo ddaa nnaammeessttoo vvzzoorrččeennjjaa ppoo cceelloottnneemm pprroossttoorruu uuppoorraabbiimmoo kkaatteerreeggaa oodd aallggoorrii ttmmoovv zzaa iisskkaannjjee eekkssttrreemmoovv§§,, vveennddaarr ppaa zzaa eennkkrraattnnii iizzrraaččuunn ppaarraammeettrroovv ttoo nnii ppoottrreebbnnoo.. RReeffeerreennččnnoo ssmmeerr ttaakkoo iizzbbrraall gglleeddee nnaa mmiinniimmuumm ppoovvpprreeččjjaa ssiinn22((φφ)).. SSll iikkaa 4400 pprriikkaazzuujjee kkrriivvuull jjee nnaarriissaannee,, nnaa ppoollaarrnneemm ggrraaffuu.. VViiddiimmoo,, ddaa jjee rreeffeerreennččnnaa ssmmeerr zzeelloo ddoobbrroo iizzbbrraannaa.. OObbll iikkaa vvrrhhoovv ssee zzaarraaddii uutteežžeevvaannjjaa rraahhlloo sspprreemmeennii iinn vvrrhhoovvaa pprrii kkoottnnii ggoossttoottii iinn hhiissttooggrraammuu nniissttaa rraazzmmaakknnjjeennaa zzaa ttooččnnoo 118800 °° ((tteemmvveečč zzaa pprriibbll iižžnnoo 118855 °°)).. DDrruuggiihh rraazzll iikk nnii ,, ttaakkoo llaahhkkoo zzaakkll jjuuččiimmoo,, ddaa nnaamm uutteežžeevvaannjjee zz ddoollžžiinnoo pprroojjeekkccii jjee NNOO--vveekkttoorrjjeevv pprrii vveell iikkiihh vvzzoorrcciihh bbiissttvveennoo nnee vvppll iivvaa nnaa rreezzuull ttaatt ((ssee pprraavvii nnii ppoottrreebbnnoo))..

** RReeddaa OO((NNMM)),, kkjjeerr jjee NN šštteevvii lloo vveekkttoorrjjeevv iinn MM šštteevvii lloo vvzzoorrččnniihh vveekkttoorrjjeevv.. †† RReeddaa OO((NN)).. ‡‡ RReeddaa OO((NNMM)).. §§ RReecciimmoo GGaauussss--NNeewwttoonnoovvoo mmeettooddoo aall ii mmeettooddoo ggrraaddiieennttnneeggaa ssppuussttaa..



PPrriimmeejjaavvaa SSDDSSLL--EEPPRR zz GGHHOOSSTT kkoonnddeennzzaaccii jjoo,, CCSSMM iinn MMDD

EEddeenn ggllaavvnniihh nnaammeennoovv ddiipplloommee jjee pprriimmeerrjjaattii rreezzuull ttaattee oommeennjjeenniihh ttrreehh mmeettoodd..

SSll iikkaa 4411 pprriikkaazzuujjee pprriimmeerrjjaavvoo φφ00,, ϑϑ00 tteerr ΩΩ.. ČČee nnaa hhii ttrroo ppoovvzzaammeemmoo lleeggeennddoo:: •• GGHHOOSSTT –– ttooččkkee,, iizzrraaččuunnaannee iizz zz HHEEOO ooppttiimmiizzaaccii jjoo iinn GGHHOOSSTT kkoonnddeennzzaaccii jjoo iizz eekk--

ssppeerriimmeennttaallnniihh EEPPRR ssppeekkttrroovv.. •• CCSSMM XX--rraayy –– ttooččkkee,, iizzrraaččuunnaannee zz mmooddeell ii rraannjjeemm kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiihh pprroossttoorroovv ((CCSSMM))

iizz ppoozznnaannee kkrriissttaallnnee ssttrruukkttuurree.. •• CCSSMM NNMMRR –– ttooččkkee,, iizzrraaččuunnaannee zz mmooddeell ii rraannjjeemm kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiihh pprroossttoorroovv ((CCSSMM))

iizz 2200 nnaajjbbooll jjššiihh ssttrruukkttuurr,, kkii uussttrreezzaajjoo rraazzddaall jjaamm ddoollooččeenniimm zz NNMMRR.. •• MMDD –– ttooččkkaa,, iizzrraaččuunnaannaa iizz ttrraajjeekkttoorrii jjee mmoolleekkuullaarrnnee ddiinnaammiikkee..

PPrr iimmeerr jj aavvaa CCSSMM XX--rr aayy iinn CCSSMM NNMM RR UUjjeemmaannjjee mmeedd CCSSMM iizz rraazzll iiččnniihh iizzhhooddiiššččnniihh ssttrruukkttuurr jjee ((sseevveeddaa)) zzeelloo ddoobbrroo.. RRaahhlloo ooddssttooppaa kkrriissttaallnnaa ssttrruukkttuurraa,, kkaarr ppaa llaahhkkoo rraazzlloožžiimmoo ss tteemm,, ddaa jjee hhrrbbtteenniiccaa kkrriissttaallnnee ssttrruukkttuurree pprrii nniižžjj ii tteemmppaarraattuurrii bbooll jj ssttiissnnjjeennaa kkoott hhrrbbtteenniiccaa NNMMRR ssttrruukkttuurree.. PPoolleegg tteeggaa ppaa ssoo llaahhkkoo hhrrbbtteenniiccoo kkrriissttaallnnee ssttrruukkttuurroo ssttiissnnii llee kkrriissttaallnnee iinntteerraakkccii jjee** .. KKeerr jjee NN--kkoonnččnnaa αα--vvii jjaaččnniiccaa bbooll jj ssttiissnnjjeennaa nnaa ββ--sseennddvviičč llaahhkkoo pprriiččaakkuujjeemmoo nniižžjjaa φφ00 iinn ϑϑ00..

PPrr iimmeerr jj aavvaa CCSSMM iinn GGHHOOSSTT TTooččkkee ddoobbll jjeennee oodd CCSSMM rraahhlloo ooddssttooppaajjoo oodd GGHHOOSSTT ttooččkk.. VVeennddaarr ppaa ssaammoo ppoovvpprreeččjjaa ppoo--ssaammeezznnee ((GGHHOOSSTT)) ddoommeennee nnee ppooddaajjoo cceelloottnnee ssll iikkee,, zzaattoo iimmaa ssll iikkaa 4411 vv oozzaaddjjuu cceelloottnnii GGHHOOSSTT ddiiaaggrraamm.. OOppaazziimmoo,, ddaa iimmaajjoo CCSSMM ttooččkkee mmaannjjššii ϑϑ00,, kkaarr llaahhkkoo ppoonnoovvnnoo rraazzlloožžiimmoo zz nniižžjjoo tteemmppaarraattuurrii NNMMRR ssttrruukkttuurr.. VV rraazzttooppiinnii pprrii 330000 KK jjee αα--vvii jjaaččnniiccaa nnaa nnaannoosseekkuunnddnnii

** AAnngg.. CCrryyssttaall PPaacckkiinngg IInntteerraaccttiioonn.. IInntteerraakkccii jjee,, kkii ssoo ppoosslleeddiiccaa tteeggaa,, ddaa ssee mmoolleekkuullaa nnaahhaajjaa ssttiissnnjjeennaa vv kkrriissttaa--lluu iinn nnee pprroossttaa vv rraazzttooppiinnii ..

36

32

31

0,00

0,50

1,00

1,50

0,00 0,50 1,00 1,50θ0

φ0

GHOSTCSM X-rayCSM NMRMD

0,0

0,1

0,2

0,3

0,4

0,5

0,6

0,7

0,8

0,9

1,0

Ω

GHOSTCSM X-rayCSM NMRMD

SSll iikkaa 4411:: RReezzuull ttaatt pprriimmeerrjjaavvee GGHHOOSSTT,, CCSSMM iinn MMDD

LL eevvoo jj ee pprr iikkaazzaannaa pprr iimmeerr jj aavvaa φφ00,, ϑϑϑϑϑϑϑϑ00 iinn ddeessnnoo vveell iikkoosstt kkoonnffoorr mmaaccii jj sskkeeggaa pprr oossttoorr aa ΩΩ iizzrr aaččuunnaannee--ggaa zz rr aazzll iiččnniimmii mmeettooddaammii,, kkoott jj ee ooppiissaannoo vv tteekkssttuu..

ϑϑ00

ϕϕ 00



ččaassoovvnnii sskkaall ii ooččii ttnnoo pprreecceejj ggiibbll jj iivvaa tteerr ppoosslleeddiiččnnoo ooddmmaakknnjjeennaa oodd ββ--sseennddvviiččaa,, kkaarr rraazzlloožžii zzeelloo vviissookkee φφ00 iinn ϑϑ00.. GGHHOOSSTT pprrii 330000 KK vv rraazzttooppiinnii ssoo zzeelloo rraazzppootteeggnnjjeennii ,, kkaarr nnaammiigguujjee nnaa zzvveezznnoo ppoorraazzddeell ii tteevv kkoonnffoorrmmaaccii jj ((zz vveeččiimmii rraazzll iiččnniimmii oorriieennttaaccii jjaammii NN--kkoonnččnnee αα--vvii jjaaččnniiccee))..

PPrr iimmeerr jj aavvaa MM DD TTooččkkaa,, iizzrraaččuunnaannaa iizz MMDD,, pprreecceejj ooddssttooppaa oodd oossttaall iihh.. NNaajjvveerrjjeettnneejjššii rraazzlloogg jjee vv pprreekkrraattkkii ttrraajjeekkttoorrii jj ii .. VV pprriihhooddnnjjee bbooddoo ppoottrreebbnnee pprreecceejj ddaall jjššee ttrraajjeekkttoorrii jjee,, kkaarr bboommoo ppoosskkuussii ll ii ddoosseeččii zz iimmppll iiccii ttnniimm ttooppii lloomm aall ii ggrroobbiimm zzrrnnjjeennjjeemm** ..

PPaarr aammeetteerr ΩΩ VVeell iikkoosstt pprroosstteeggaa rroottaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa llaahhkkoo eennoossttaavvnnoo ooppiiššeemmoo zz eenniimm ppaarraammeettrroomm ((ΩΩ)),, vveennddaarr ppaa iimmaa eennoossttaavvnnoosstt ssvvoojjoo cceennoo,, ssaajj zzgguubbiimmoo ddeell iinnffoorrmmaaccii jjee.. OObbssttaajjaa nnaammrreečč vveečč mmoožžnniihh kkoommbbiinnaaccii jj ϕϕ00 iinn ϑϑ00,, kkii iimmaajjoo eennaakk ΩΩ,, kkoott kkaažžee ssll iikkaa 4422.. VVeennddaarr ppaa ssee vvrreeddnnoossttii vv lleevveemm zzggoorrnnjjeemm kkoottuu iinn ttiissttee vv ddeessnneemm ssppoodd--nnjjeemm kkoottuu zzeelloo rreeddkkoo ppoojjaavvii jjoo..

PPrriimmeejjaavvaa kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkeeggaa pprroossttoorraa mmoonnoommeerrnnee iinn mmeemmbbrraannsskkee oobbll iikkee EEqqttIIII

PPoossnneell sseemm ttuuddii ssppeekkttrree EEqqttIIII sskkuuppaajj ss ssvveežžiimmii eerrii ttrrooccii ttii ((ssll iikkaa 2266 nnaa ssttrraannii 5511)).. SSppeekkttrrii ssee oodd ttiissttiihh ppoossnneettiihh vv rraazzttooppiinnii bbiissttvveennoo nnee rraazzll iikkuujjeejjoo.. MMoožžnniihh rraazzllaagg jjee vveečč::

11.. PPrrootteeiinnsskkaa hhrrbbtteenniiccaa ookkooll ii mmeessttaa 1188 jjee vv ppoorrii vv ppooddoobbnneemm ppoolloožžaajjuu kkoott vv mmoonnoo--mmeerrnnii oobbll iikkii .. TTaakkoo ssttaa ttuuddii kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkaa pprroossttoorraa oobbeehh oobbll iikk nnaa tteemm mmeessttuu ppooddoobbnnaa..

22.. LLee mmaajjhheenn ddeelleežž mmoolleekkuull EEqqttIIII ttvvoorrii ppoorroo ppoodd uuppoorraabbll jjeenniimmii eekkssppeerriimmeennttaallnniimmii ppooggoojj ii .. ZZaarraaddii vviissookkee kkoonncceennttrraaccii jjee ssaahhaarroozzee aall ii nnaappaaččnneeggaa rraazzmmeerrjjaa mmeedd EEqqttIIII iinn ll iippiiddii jjee mmoožžnnoo,, ddaa llee mmaajjhheenn ddeell EEqqttII II ttvvoorrii ppoorroo.. OOssttaallee mmoolleekkuullee pprrootteeiinnaa ssoo vvee--zzaannee nnee mmeemmbbrraannoo ((ssaajj EEqqttIIII zz ddooddaannii eerrii ttrrooccii tt nnee kkaažžee aakkttiivvnnoossttii )),, vveennddaarr ppaa ssoo vv ssttaannjjuu MM11 ((vv kkaatteerreemm jjee NN--kkoonnččnnii ddeell pprrootteeiinnaa ššee pprriisslloonnjjeenn nnaa ββ--sseennddvviičč)) iinn nnee vv ssttaannjjuu PP ((ssll iikkaa 33)).. PPooddoobbnnee tteežžaavvee ssoo zzaazznnaall ii ttuuddii vv [[1155]] ..

33.. MMoožžnnoo,, ččeepprraavv mmaannjj vveerrjjeettnnoo,, jjee ttuuddii ,, ddaa ppoorraa nnii ssttaabbii llnnaa nnaa nnaannoosseekkuunnddnnii sskkaall ii ,, zzaattoo ttee oobbll iikkee nnee zzaazznnaammoo zz EEPPRR..

EEddiinnaa rraazzll iikkaa mmeedd ssppeekkttrrii jjee vv iizzoottrrooppnnii kkoommppoonneennttii††,, kkii nnaassttaannee kkoott ppoosslleeddiiccaa pprroosstteeggaa MMTTSSLL vv vvzzoorrccuu.. OOppaazzii ll sseemm,, ddaa vv ssppeekkttrriihh EEqqttII II nnaa mmeemmbbrraannii iizzoottrrooppnnaa kkoommppoonneennttaa ss ččaassoomm nnaarraaššččaa.. NNaajjvveerrjjeettnneejjee gglluuttaattiioonn ((aall ii kkaakkššeenn ddrruuggii rreedduucceenntt)) vv eerrii ttrrooccii ttiihh rreedduuccii rraa ddiissuull ff iiddnnii mmoossttiiččeekk mmeedd pprrootteeiinnoomm iinn MMTTSSLL,, ttaakkoo ddaa ddoobbiimmoo vv rraazzttooppiinnii pprroossttii MMTTSSLL..

** AAnngg.. CCooaarrssee GGrraaiinniinngg.. MMeettooddaa mmoolleekkuullaarrnnee ddiinnaammiikkee,, kkjjeerr sskkuuppiinnoo aattoommoovv oobbrraavvnnaavvaammoo kkoott eennootteenn oobbjjeekktt.. TTaakkoo llaahhkkoo ssiimmuullaaccii jjee ppoossppeeššiimmoo zzaa ppaarr vveell iikkoossttnniihh rreeddoovv,, iizzgguubbiimmoo ppaa sseevveeddaa ddeell nnaattaannččnnoossttii .. †† OOssttrraa iinn vviissookkaa kkoommppoonneennttaa vv ssppeekkttrruu,, ppoo oobbll iikkii eennaakkaa pprroosstteemmuu MMTTSSLL..

SSll iikkaa 4422:: PPaarraammeettrr ii ϕϕϕϕϕϕϕϕ00 iinn ϑϑϑϑϑϑϑϑ00,, kkii iimmaajjoo eennaakk ΩΩ

ϕϕ00

ΩΩ

00

ϑϑ00

11

ZZaakkll jjuuččeekk


ZZaakkll jj uuččeekk VV ddiipplloommsskkeemm ddeelluu sseemm ss ttrreemmii mmeettooddaammii ((SSDDSSLL--EEPPRR zz GGHHOOSSTT kkoonnddeennzzaaccii jjoo,,

mmooddeell ii rraannjjeemm kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiihh pprroossttoorroovv ((CCSSMM)),, iinn mmoolleekkuullaarrnnoo ddiinnaammiikkoo)) rraazziisskkaall kkoonn--ffoorrmmaaccii jjsskkii pprroossttoorr aammiinnookkiissll iinnsskkeeggaa oossttaannkkaa nnaa mmeessttuu 1188 vv pprrootteeiinnuu eekkvviinnaattookkssiinnuu II II..

DDoosseeččii sseemm žžeelleell nnaasslleeddnnjjee::

11.. pprreevveerrii ttii uujjeemmaannjjee mmeedd ppoossaammeezznniimmii mmeettooddaammii 22.. ddoollooččii ttii rraazzll iikkee mmeedd kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiimm pprroossttoorroomm mmeessttaa 1188 mmoonnoommeerrnnee iinn nnaa

mmeemmbbrraannoo vveezzaannee oobbll iikkee EEqqttIIII 33.. pprreeiizzkkuussii ttii //vvppeell jjaattii pprroottookkooll ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaannjjaa EEqqttIIII iinn ttaakkoo ppoossttaavvii ttii iizzhhoo--

ddiiššččee zzaa kkaarraakktteerriizzaaccii jjoo oossttaall iihh mmeesstt vv pprrootteeiinnuu UUjjeemmaannjjee mmeedd SSDDSSLL--EEPPRR iinn CCSSMM jjee ddoobbrroo ((ssll iikkaa 4411)).. NNaajjbbooll jjššee jjee uujjeemmaannjjee mmeedd

ppaarraammeettrrii CCSS ddoobbll jjeenniimmii iizz GGHHOOSSTT kkoonnddeennzzaaccii jjee iinn ttiissttiimmii iizzrraaččuunnaanniimmii ss CCSSMM iizz NNMMRR ssttrruukkttuurree.. VVeell iikkoosstt CCSS iizzrraaččuunnaanneeggaa ss CCSSMM iizz kkrriissttaallnnee ssttrruukkttuurree jjee pprriiččaakkoovvaannoo nniižžjjaa.. MMaa--lloo bbooll jj iizzssttooppaajjoo rreezzuull ttaattii mmoolleekkuullaarrnnee ddiinnaammiikkee,, nnaajjvveerrjjeettnneejjee zzaarraaddii kkrraattkkeeggaa ččaassaa ssiimmuullaaccii jjee..

RRaazzll iikk vv kkoonnffoorrmmaaccii jjsskkiihh pprroossttoorriihh mmeedd mmoonnoommeerrnnii iinn nnaa mmeemmbbrraannoo vveezzaanniimm EEqqttIIII nniisseemm zzaazznnaall .. NNaajjvveerrjjeettnneejjee jjee llee mmaajjhheenn ddeell mmoolleekkuull EEqqttIIII ppoodd eekkssppeerriimmeennttaallnniimmii ppooggoojj ii ttvvoorrii ll ppoorroo..

MMeedd ddeelloomm sseemm pprriiddoobbii ll mmnnooggoo pprraakkttiiččnniihh eekkssppeerriimmeennttaallnniihh iizzkkuuššeennjj .. IIzzddeellaall sseemm pprroottookkooll ssppiinnsskkeeggaa oozznnaaččeevvaannjjaa EEqqttII II iinn ggaa uussppeeššnnoo iizzvveeddeell .. NNaauuččii ll sseemm ssee rraavvnnaattii zz EEPPRR ssppeekkttrroommeettrroomm iinn pprrooggrraammsskkoo oopprreemmoo zzaa aannaall iizzoo ssppeekkttrroovv.. VVeesseell ii lloo mmee jjee ttuuddii ,, ddaa sseemm ssppoozznnaall oossnnoovvee mmoolleekkuullaarrnnee ddiinnaammiikkee..

VV ddiipplloommii sseemm ddoosseeggeell zzaassttaavvll jjeennee ccii ll jjee,, kkii pprreeddssttaavvll jjaajjoo ddoobbrroo iizzhhooddiiššččee zzaa oozznnaa--ččeevvaannjjee nnaaddaall jjnnjj iihh mmeesstt NN--kkoonnččnneeggaa ddeellaa EEqqttII II iinn nnjjeeggoovvee bbooll jj tteemmeell jj ii ttee ssttrruukkttuurrnnee kkaarraakktteerriizzaaccii jjee..

PPrriihhooddnnjjee ddeelloo

KKoott pprriimmeerreenn zzaakkll jjuuččeekk bboomm nnaašštteell iiddeejjee iinn nnaaččrrttee zzaa nnaaddaall jjnnjjee ddeelloo zz EEqqttIIII.. NNaajj --ppoommeemmbbnneejjššee jjee oozznnaaččii ttii ššee vveečč mmeesstt NN--kkoonnččnneeggaa ddeellaa EEqqttII II,, kkaarr bboo oommooggooččii lloo nnjjeeggoovvoo ssttrruukkttuurrnnoo kkaarraakktteerriizzaaccii jjoo.. MMooggooččee ppaa bboo mmooggooččee ddoollooččii ttii ttuuddii ssttrruukkttuurrnnee llaassttnnoossttii ppoorree..

PPrrii mmoolleekkuullaarrnnii ddiinnaammiikkii ssoo ppoottrreebbnnee ddaall jjššee ssiimmuullaaccii jjee.. DDoosseežžeemmoo jj iihh llaahhkkoo nnaa vvssaajj ttrrii nnaaččiinnee:: ss ssuurroovvoo mmooččjjoo ((ssee pprraavvii rraaččuunnaammoo ččiimm ddll jjee nnaa mmnnooggiihh rraaččuunnaallnniikkiihh)),, aall ii ppaa zz uuppoorraabboo mmaannjj nnaattaannččnniihh ssiimmuullaaccii jj ((zz iimmppll iiccii ttnniimm mmooddeelloomm vvooddee aall ii zz mmooddeelloomm ggrroobbeeggaa zzrrnnjjeennjjaa)).. NNaajjbbooll jj oobbeettaavveenn ssee mmii zzddii pprriissttoopp zz iimmppll iiccii ttnniimm ttooppii lloomm..

MMeettooddoo CCSSMM bbii llaahhkkoo ppoottrrddii ll ,, ttaakkoo ddaa bbii ppooiisskkaall pprrootteeiinnsskkee ssiisstteemmee,, kkaatteerriihh 33DD--ssttrruukkttuurraa jjee zznnaannaa,, kkii ppaa ssoo hhkkrraattii ttuuddii žžee bbii ll ii ssppiinnsskkoo oozznnaaččeennii .. TToo zz EEqqttII II nnii ddii rreekkttnnoo ppoo--vveezzaannoo,, pprroojjeekktt ppaa bbii bbii ll vvsseeeennoo zzaanniimmiivv,, ssaajj jjee mmeettooddaa CCSSMM ššee vv rraazzvvoojjuu.. PPrroojjeekktt bbii zzaahhtteevvaall ttuuddii rreellaattiivvnnoo nniizzeekk vvlloožžeekk,, ssaajj bbii ppooiisskkaall žžee zznnaannee eekkssppeerriimmeennttaallnnee ppooddaattkkee.. SSkkrraattkkaa,, iiddeejj zzaa nnaaddaall jjnnjjee ddeelloo nniikkooll ii nnee zzmmaannjjkkaa!!

VViirr ii


VVii rr ii 11.. AAtthhaannaassiiaaddiiss,, AA..,, AAnnddeerrlluuhh,, GG..,, MMaaččeekk,, PP.. && TTuurrkk,, DD.. CCrr yyssttaall sstt rr uuccttuurr ee ooff tthhee ssoolluubb--

llee ffoorr mm ooff eeqquuiinnaattooxxiinn II II ,, aa ppoorr ee--ffoorr mmiinngg ttooxxiinn ff rr oomm tthhee sseeaa aanneemmoonnee AAcctt iinniiaa eeqquuiinnaa.. SSttrruuccttuurree 99,, 334411--66 ((22000011))

22.. HHiinnddss,, MM..GG..,, ZZhhaanngg,, WW..,, AAnnddeerrlluuhh,, GG..,, HHaannsseenn,, PP..EE.. iiddrr.. SSoolluutt iioonn ssttrr uuccttuurr ee ooff tthhee eeuukkaarr yyoott iicc ppoorr ee--ffoorr mmiinngg ccyyttoollyyssiinn eeqquuiinnaattooxxiinn II II :: iimmppll iiccaatt iioonnss ffoorr ppoorr ee ffoorr mmaatt ii --oonn.. JJ MMooll BBiiooll 331155,, 11221199--2299 ((22000022))

33.. MMaanncchheeññoo,, JJ..MM..,, MMaarrttíínn--BBeennii ttoo,, JJ..,, MMaarrttíínneezz--RRiippooll ll ,, MM..,, GGaavvii llaanneess,, JJ..GG.. iiddrr.. CCrr yyssttaall aanndd eelleeccttrr oonn mmiiccrr oossccooppyy ssttrr uuccttuurr eess ooff sstt iicchhoollyyssiinn II II aacctt iinnooppoorr iinn rr eevveeaall iinnssiigghhttss iinn--ttoo tthhee mmeecchhaanniissmm ooff mmeemmbbrr aannee ppoorr ee ffoorr mmaatt iioonn.. SSttrruuccttuurree 1111,, 11331199--2288 ((22000033))

44.. FFeerrllaann,, II.. && LLeebbeezz,, DD.. EEqquuiinnaattooxxiinn,, aa lleetthhaall pprr ootteeiinn ff rr oomm AAcctt iinniiaa eeqquuiinnaa----II .. PPuurr ii ff ii --ccaatt iioonn aanndd cchhaarr aacctteerr iizzaatt iioonn.. TTooxxiiccoonn 1122,, 5577--6611 ((11997744))

55.. MMaaččeekk,, PP.. && LLeebbeezz,, DD.. II ssoollaatt iioonn aanndd cchhaarr aacctteerr iizzaatt iioonn ooff tthhrr eeee lleetthhaall aanndd hheemmoollyytt iicc ttooxxiinnss ff rr oomm tthhee sseeaa aanneemmoonnee AAcctt iinniiaa eeqquuiinnaa LL .. TTooxxiiccoonn 2266,, 444411--5511 ((11998888))

66.. ZZoorreecc,, RR..,, TTeesstteerr,, MM..,, MMaaččeekk,, PP.. && MMaassoonn,, WW..TT.. CCyyttoottooxxiiccii ttyy ooff eeqquuiinnaattooxxiinn II II ff rr oomm tthhee sseeaa aanneemmoonnee AAcctt iinniiaa eeqquuiinnaa iinnvvoollvveess iioonn cchhaannnneell ffoorr mmaatt iioonn aanndd aann iinnccrr eeaassee iinn iinnttrr aacceell lluullaarr ccaallcciiuumm aacctt iivvii ttyy.. JJ.. MMeemmbbrr.. BBiiooll 111188,, 224433--224499 ((11999900))

77.. BBeellmmoonnttee,, GG..,, PPeeddeerrzzooll ll ii ,, CC..,, MMaaččeekk,, PP.. && MMeenneessttrriinnaa,, GG.. PPoorr ee ffoorr mmaatt iioonn bbyy tthhee sseeaa aanneemmoonnee ccyyttoollyyssiinn eeqquuiinnaattooxxiinn II II iinn rr eedd bblloooodd cceell llss aanndd mmooddeell ll iippiidd mmeemmbbrr aanneess.. JJ.. MMeemmbbrr.. BBiiooll 113311,, 1111--2222 ((11999933))

88.. BBeellmmoonnttee,, GG..,, MMeenneessttrriinnaa,, GG..,, PPeeddeerrzzooll ll ii ,, CC..,, KKrriižžaajj ,, II.. iiddrr.. PPrr iimmaarr yy aanndd sseeccoonnddaarr yy ssttrr uuccttuurr ee ooff aa ppoorr ee--ffoorr mmiinngg ttooxxiinn ff rr oomm tthhee sseeaa aanneemmoonnee,, AAcctt iinniiaa eeqquuiinnaa LL ..,, aanndd ii ttss aassssoocciiaatt iioonn wwii tthh ll iippiidd vveessiicclleess.. BBiioocchhiimm.. BBiioopphhyyss.. AAccttaa 11119922,, 119977--220044 ((11999944))

99.. AAnnddeerrlluuhh,, GG..,, PPuunnggeerrccaarr,, JJ..,, SSttrruukkeell jj ,, BB..,, MMaaččeekk,, PP.. iiddrr.. CClloonniinngg,, sseeqquueenncciinngg,, aanndd eexxpprr eessssiioonn ooff eeqquuiinnaattooxxiinn II II .. BBiioocchheemm.. BBiioopphhyyss.. RReess.. CCoommmmuunn 222200,, 443377--4422 ((11999966))

1100.. AAnnddeerrlluuhh,, GG..,, BBaarrll iičč,, AA..,, PPooddlleesseekk,, ZZ..,, MMaaččeekk,, PP.. iiddrr.. CCyysstteeiinnee--ssccaannnniinngg mmuuttaaggeenneessiiss ooff aann eeuukkaarr yyoott iicc ppoorr ee--ffoorr mmiinngg ttooxxiinn ff rr oomm sseeaa aanneemmoonnee.. ((11999999)) aatt <<hhttttpp::////wwwwww..bbllaacckkwweell ll --ssyynneerrggyy..ccoomm//aaccttiioonn//sshhoowwFFuull llTTeexxtt??ssuubbmmiittFFuull llTTeexxtt==FFuull ll++TTeexxtt++HHTTMMLL&& ddooii==1100..11004466%%22FFjj ..11443322--11332277..11999999..0000447777..xx>>

1111.. MMaalloovvrrhh,, PP..,, BBaarrll iičč,, AA..,, PPooddlleesseekk,, ZZ..,, MMaaččeekk,, PP.. iiddrr.. SSttrr uuccttuurr ee--ffuunncctt iioonn ssttuuddiieess ooff tt rr yyppttoopphhaann mmuuttaannttss ooff eeqquuiinnaattooxxiinn II II ,, aa sseeaa aanneemmoonnee ppoorr ee--ffoorr mmiinngg pprr ootteeiinn.. BBiioocc--hheemm.. JJ 334466 PPtt 11,, 222233--3322 ((22000000))

1122.. HHuummpphhrreeyy,, WW..,, DDaallkkee,, AA.. && SScchhuull tteenn,, KK.. VVMM DD:: vviissuuaall mmoolleeccuullaarr ddyynnaammiiccss.. JJoouurrnnaall ooff MMoolleeccuullaarr GGrraapphhiiccss 1144,, 3333--88,, 2277--88 ((11999966))

1133.. MMaalloovvrrhh,, PP..,, VViieerroo,, GG..,, SSeerrrraa,, MM..DD..,, PPooddlleesseekk,, ZZ.. iiddrr.. AA nnoovveell mmeecchhaanniissmm ooff ppoorr ee ffoorr mmaatt iioonn:: mmeemmbbrr aannee ppeenneettrr aatt iioonn bbyy tthhee NN--tteerr mmiinnaall aammpphhiippaatthhiicc rr eeggiioonn ooff eeqquuiinnaattooxxiinn.. JJ.. BBiiooll .. CChheemm 227788,, 2222667788--8855 ((22000033))

1144.. HHoonngg,, QQ..,, GGuuttiieerrrreezz--AAgguuii rrrree,, II..,, BBaarrll iičč,, AA..,, MMaalloovvrrhh,, PP.. iiddrr.. TTwwoo--sstteepp mmeemmbbrr aannee bbiinnddiinngg bbyy EEqquuiinnaattooxxiinn II II ,, aa ppoorr ee--ffoorr mmiinngg ttooxxiinn ff rr oomm tthhee sseeaa aanneemmoonnee,, iinnvvoollvveess aann eexxppoosseedd aarr oommaatt iicc cclluusstteerr aanndd aa ff lleexxiibbllee hheell iixx.. JJ BBiiooll CChheemm 227777,, 4411991166--2244 ((22000022))

1155.. AAnnddeerrlluuhh,, GG..,, RRaazzppoottnniikk,, AA..,, PPooddlleesseekk,, ZZ..,, MMaaččeekk,, PP.. iiddrr.. II nntteerr aacctt iioonn ooff tthhee eeuukkaarr yyoott iicc ppoorr ee--ffoorr mmiinngg ccyyttoollyyssiinn eeqquuiinnaattooxxiinn II II wwii tthh mmooddeell mmeemmbbrr aanneess:: 1199FF NNMM RR ssttuuddiieess.. JJ.. MMooll .. BBiiooll 334477,, 2277--3399 ((22000055))

1166.. BBaakkrraačč,, BB..,, GGuuttiiéérrrreezz--AAgguuii rrrree,, II..,, PPooddlleesseekk,, ZZ..,, SSoonnnneenn,, AA..FF.. iiddrr.. MM oolleeccuullaarr ddeetteerr mmii--nnaannttss ooff sspphhiinnggoommyyeell iinn ssppeeccii ff iiccii ttyy ooff aa eeuukkaarr yyoott iicc ppoorr ee--ffoorr mmiinngg ttooxxiinn.. JJ.. BBiiooll .. CChheemm 228833,, 1188666655--7777 ((22000088))

VViirr ii


1177.. MMeeiinnaarrddii ,, EE..,, FFlloorriinn--CChhrriisstteennsseenn,, MM..,, PPaarraattcchhaa,, GG..,, AAzzccuurrrraa,, JJ..MM.. iiddrr.. TThhee mmoolleeccuullaarr bbaassiiss ooff tthhee sseell ff //nnoonnsseell ff sseelleecctt iivvii ttyy ooff aa ccooeelleenntteerr aattee ttooxxiinn.. BBiioocchheemm.. BBiioopphhyyss.. RReess.. CCoommmmuunn 221166,, 334488--335544 ((11999955))

1188.. KKrriissttaann,, KK..,, PPooddlleesseekk,, ZZ..,, HHoojjnniikk,, VV..,, GGuuttiieerrrreezz--AAgguuii rrrree,, II.. iiddrr.. PPoorr ee FFoorr mmaatt iioonn bbyy EEqquuiinnaattooxxiinn,, aa EEuukkaarr yyoott iicc PPoorr ee--ffoorr mmiinngg TTooxxiinn,, RReeqquuii rr eess aa FFlleexxiibbllee NN--tteerr mmiinnaall RReeggiioonn aanndd aa SSttaabbllee bbeettaa--SSaannddwwiicchh.. JJ.. BBiiooll .. CChheemm.. 227799,, 4466550099--4466551177 ((22000044))

1199.. AAnnddeerrlluuhh,, GG..,, BBaarrll iičč,, AA..,, PPoottrriicchh,, CC..,, MMaaččeekk,, PP.. iiddrr.. LL yyssiinnee 7777 iiss aa kkeeyy rr eessiidduuee iinn aagg--ggrr eeggaatt iioonn ooff eeqquuiinnaattooxxiinn II II ,, aa ppoorr ee--ffoorr mmiinngg ttooxxiinn ff rr oomm sseeaa aanneemmoonnee AAcctt iinniiaa eeqquuiinnaa.. JJ.. MMeemmbbrr.. BBiiooll 117733,, 4477--5555 ((22000000))

2200.. KKrriissttaann,, KK..,, VViieerroo,, GG..,, MMaaččeekk,, PP..,, DDaall llaa SSeerrrraa,, MM.. iiddrr.. TThhee eeqquuiinnaattooxxiinn NN--tteerr mmiinnuuss iiss ttrr aannssffeerr rr eedd aaccrr oossss ppllaannaarr ll iippiidd mmeemmbbrr aanneess aanndd hheellppss ttoo ssttaabbii ll iizzee tthhee ttrr aannssmmeemm--bbrr aannee ppoorr ee.. FFEEBBSS JJ 227744,, 553399--5500 ((22000077))

2211.. DDrreecchhsslleerr,, AA..,, PPoottrriicchh,, CC..,, SSaabboo,, JJ..KK..,, FFrriissaannccoo,, MM.. iiddrr.. SSttrr uuccttuurr ee aanndd aacctt iivvii ttyy ooff tthhee NN--tteerr mmiinnaall rr eeggiioonn ooff tthhee eeuukkaarr yyoott iicc ccyyttoollyyssiinn eeqquuiinnaattooxxiinn II II .. BBiioocchheemmiissttrryy 4455,, 11881188--2288 ((22000066))

2222.. AAnnddeerrlluuhh,, GG..,, DDaall llaa SSeerrrraa,, MM..,, VViieerroo,, GG..,, GGuueell llaa,, GG.. iiddrr.. PPoorr ee ffoorr mmaatt iioonn bbyy eeqquuiinnaattooxxiinn II II ,, aa eeuukkaarr yyoott iicc pprr ootteeiinn ttooxxiinn,, ooccccuurr ss bbyy iinndduucctt iioonn ooff nnoonnllaammeell llaarr ll ii --ppiidd ssttrr uuccttuurr eess.. JJ.. BBiiooll .. CChheemm 227788,, 4455221166--2233 ((22000033))

2233.. WWhhii ttee,, SS..HH.. BBiioopphhyyssiiccaall ddiisssseecctt iioonn ooff mmeemmbbrr aannee pprr ootteeiinnss.. NNaattuurree 445599,, 334444--334466 ((22000099))

2244.. CCzzooggaall llaa,, AA..,, PPiieecciiuull ,, AA..,, JJeezziieerrsskkii ,, AA.. && SSiikkoorrsskkii ,, AA..FF.. AAttttaacchhiinngg aa ssppiinn ttoo aa pprr ootteeiinn ---- ssii ttee--ddii rr eecctteedd ssppiinn llaabbeell iinngg iinn ssttrr uuccttuurr aall bbiioollooggyy.. AAccttaa BBiioocchhiimm.. PPooll 5544,, 223355--4444 ((22000077))

2255.. FFaannuuccccii ,, GG..EE.. && CCaaff iissoo,, DD..SS.. RReecceenntt aaddvvaanncceess aanndd aappppll iiccaatt iioonnss ooff ssii ttee--ddii rr eecctteedd ssppiinn llaabbeell iinngg.. CCuurrrr OOppiinn SSttrruucctt BBiiooll 1166,, 664444--5533 ((22000066))

2266.. SSttrraannccaarr,, JJ..,, SSeennttjjuurrcc,, MM.. && SScchhaarraa,, MM.. FFaasstt aanndd AAccccuurr aattee CChhaarr aacctteerr iizzaatt iioonn ooff BBiioo--llooggiiccaall MM eemmbbrr aanneess bbyy EEPPRR SSppeeccttrr aall SSiimmuullaatt iioonnss ooff NNii ttrr ooxxiiddeess.. JJoouurrnnaall ooff MMaaggnneettiicc RReessoonnaannccee 114422,, 225544--226655 ((22000000))

2277.. SSttrraannccaarr,, JJ..,, KKookkll iicc,, TT..,, AArrssoovv,, ZZ..,, FFii ll iippiicc,, BB.. iiddrr.. SSppiinn llaabbeell EEPPRR--bbaasseedd cchhaarr aacctteerr iizzaa--tt iioonn ooff bbiioossyysstteemm ccoommpplleexxii ttyy.. JJ CChheemm IInnff MMooddeell 4455,, 339944--440066 ((22000055))

2288.. CCoolluummbbuuss,, LL.. && HHuubbbbeell ll ,, WW..LL.. AA nneeww ssppiinn oonn pprrootteeiinn ddyynnaammiiccss.. TTrreennddss BBiioocchheemm SSccii 2277,, 228888--9955 ((22000022))

2299.. SSttrraannccaarr,, JJ..,, KKaavvaalleennkkaa,, AA..,, ZZiihheerrll ,, PP..,, SSttooppaarr,, DD.. iiddrr.. AAnnaallyyssiiss ooff ssiiddee cchhaaiinn rr oottaatt iioo--nnaall rr eessttrr iicctt iioonnss ooff mmeemmbbrr aannee--eemmbbeeddddeedd pprr ootteeiinnss bbyy ssppiinn--llaabbeell EESSRR ssppeeccttrr oossccooppyy.. JJ MMaaggnn RReessoonn ((22000088)) ddooii ::1100..11001166//jj ..jjmmrr..22000088..1122..001199

3300.. SSttooppaarr,, DD..,, SSttrraannccaarr,, JJ..,, SSpprruuii jj tt,, RR..BB.. && HHeemmmmiinnggaa,, MM..AA.. MM oott iioonnaall rr eessttrr iicctt iioonnss ooff mmeemmbbrr aannee pprr ootteeiinnss:: aa ssii ttee--ddii rr eecctteedd ssppiinn llaabbeell iinngg ssttuuddyy.. BBiioopphhyyss JJ 9911,, 33334411--88 ((22000066))

3311.. MMaallmmbbeerrgg,, NN..JJ.. && FFaallkkee,, JJ..JJ.. UUssee ooff EEPPRR ppoowweerr ssaattuurr aatt iioonn ttoo aannaallyyzzee tthhee mmeemmbbrr aa--nnee--ddoocckkiinngg ggeeoommeettrr iieess ooff ppeerr iipphheerr aall pprr ootteeiinnss:: aappppll iiccaatt iioonnss ttoo CC22 ddoommaaiinnss.. AAnnnnuu RReevv BBiioopphhyyss BBiioommooll SSttrruucctt 3344,, 7711--9900 ((22000055))

3322.. HHuubbbbeell ll ,, WW..LL..,, GGrroossss,, AA..,, LLaannggeenn,, RR.. && LLiieettzzooww,, MM..AA.. RReecceenntt aaddvvaanncceess iinn ssii ttee--ddii rr eecctteedd ssppiinn llaabbeell iinngg ooff pprr ootteeiinnss.. CCuurrrreenntt OOppiinniioonn iinn SSttrruuccttuurraall BBiioollooggyy 88,, 664499--665566 ((11999988))

3333.. HHuusstteeddtt,, EE..JJ.. && BBeetthh,, AA..HH.. NNii ttrr ooxxiiddee ssppiinn--ssppiinn iinntteerr aacctt iioonnss:: aappppll iiccaatt iioonnss ttoo pprr ootteeiinn ssttrr uuccttuurr ee aanndd ddyynnaammiiccss.. AAnnnnuu RReevv BBiioopphhyyss BBiioommooll SSttrruucctt 2288,, 112299--115533 ((11999999))

3344.. BBoorrbbaatt,, PP..PP..,, MMccHHaaoouurraabb,, HH..SS.. && FFrreeeedd,, JJ..HH.. PPrr ootteeiinn ssttrr uuccttuurr ee ddeetteerr mmiinnaatt iioonn uussiinngg lloonngg--ddiissttaannccee ccoonnssttrr aaiinnttss ff rr oomm ddoouubbllee--qquuaannttuumm ccoohheerr eennccee EESSRR:: ssttuuddyy ooff TT44 llyyssoozzyymmee.. JJ.. AAmm.. CChheemm.. SSoocc 112244,, 55330044--55331144 ((22000022))

VViirr ii


3355.. SSaallee,, KK..,, SSoonngg,, LL..,, LLiiuu,, YY..,, PPeerroozzoo,, EE.. iiddrr.. EExxppll iiccii tt TTrr eeaattmmeenntt ooff SSppiinn LL aabbeellss iinn MM oo--ddeell iinngg ooff DDiissttaannccee CCoonnssttrr aaiinnttss ff rr oomm DDiippoollaarr EEPPRR aanndd DDEEEERR.. JJoouurrnnaall ooff tthhee AAmmeerr iiccaann CChheemmiiccaall SSoocciieettyy 112277,, 99333344--99333355 ((22000055))

3366.. HHuubbbbeell ll ,, WW..LL..,, CCaaff iissoo,, DD..SS.. && AAll tteennbbaacchh,, CC.. II ddeenntt ii ffyyiinngg ccoonnffoorr mmaatt iioonnaall cchhaannggeess wwii tthh ssii ttee--ddii rr eecctteedd ssppiinn llaabbeell iinngg.. NNaatt SSttrruucctt BBiiooll 77,, 773355--99 ((22000000))

3377.. ŠŠttrraannccaarr,, JJ..,, KKaavvaalleennkkaa,, AA..AA..,, UUrrbbaannččiičč,, II..,, LLjjuubbeettiičč,, AA.. iiddrr.. SSDDSSLL --EESSRR--bbaasseedd pprr oottee--iinn ssttrr uuccttuurr ee cchhaarr aacctteerr iizzaatt iioonn.. SSuubbmmii tttteedd ((22000099))

3388.. AAlleehh AA.. KKaavvaalleennkkaa DDeevveellooppmmeenntt ooff aann AAll tteerr nnaatt iivvee AApppprr ooaacchh ttoo MM eemmbbrr aannee PPrr oottee--iinn SSttrr uuccttuurr ee DDeetteerr mmiinnaatt iioonn BBaasseedd oonn tthhee AAnnaallyyssiiss ooff LL ooccaall RRoottaatt iioonnaall CCoonnffoorr mmaatt iioonnaall SSppaacceess.. DDooccttoorraall tthheessiiss ((22000099))

3399.. WWhhii ttee,, GG..,, OOttttiiggnnoonn,, LL..,, GGeeoorrggiioouu,, TT..,, KKlleeaanntthhoouuss,, CC.. iiddrr.. AAnnaallyyssiiss ooff nnii ttrr ooxxiiddee ssppiinn llaabbeell mmoott iioonn iinn aa pprr ootteeiinn--pprr ootteeiinn ccoommpplleexx uussiinngg mmuull tt iippllee ff rr eeqquueennccyy EEPPRR ssppeeccttrr oossccooppyy.. JJoouurrnnaall ooff MMaaggnneettiicc RReessoonnaannccee 118855,, 119911--220033 ((22000077))

4400.. BBeell llee,, VV..,, FFoouurrnneell ,, AA..,, WWoouuddssttrraa,, MM..,, RRaannaallddii ,, SS.. iiddrr.. PPrr oobbiinngg tthhee OOppeenniinngg ooff tthhee PPaannccrr eeaatt iicc LL iippaassee LL iidd UUssiinngg SSii ttee--DDiirr eecctteedd SSppiinn LL aabbeell iinngg aanndd EEPPRR SSppeeccttrr oossccooppyy.. BBiioocchheemmiissttrryy 4466,, 22220055--22221144 ((22000077))

4411.. NNaabbeerr,, NN..,, RRiiccee,, SS..,, MMaattuusskkaa,, MM..,, VVaallee,, RR..DD.. iiddrr.. EEPPRR SSppeeccttrr oossccooppyy SShhoowwss aa MM iiccrr oo--ttuubbuullee--DDeeppeennddeenntt CCoonnffoorr mmaatt iioonnaall CChhaannggee iinn tthhee KK iinneessiinn SSwwii ttcchh 11 DDoommaaiinn.. BBiioopphhyyss JJ.. 8844,, 33119900––33119966 ((22000033))

4422.. TTeeii lluumm,, KK..,, KKrraaggeelluunndd,, BB..BB.. && PPoouullsseenn,, FF..MM.. TTrr aannssiieenntt SSttrr uuccttuurr ee FFoorr mmaatt iioonn iinn UUnn--ffoollddeedd AAccyyll --ccooeennzzyymmee AA--bbiinnddiinngg PPrr ootteeiinn OObbsseerr vveedd bbyy SSii ttee--ddii rr eecctteedd SSppiinn LL aabbeell ll iinngg.. JJoouurrnnaall ooff MMoolleeccuullaarr BBiioollooggyy 332244,, 334499--335577 ((22000022))

4433.. PPffeeii ff ffeerr,, MM..,, RRiinnkk,, TT..,, GGeerrwweerrtt,, KK..,, OOeesstteerrhheell tt,, DD.. iiddrr.. SSii ttee--ddii rr eecctteedd ssppiinn--llaabbeell iinngg rr ee--vveeaallss tthhee oorr iieennttaatt iioonn ooff tthhee aammiinnoo aacciidd ssiiddee--cchhaaiinnss iinn tthhee EE--FF lloooopp ooff bbaacctteerr iioorr hhooddooppssiinn.. JJoouurrnnaall ooff MMoolleeccuullaarr BBiioollooggyy 228877,, 116633--117711 ((11999999))

4444.. SSll iiddee--AA--LL yyzzeerr DDiiaallyyssiiss CCaasssseetttteess MM aannuuaall .. ((22000088)) aatt <<hhttttpp::////wwwwww..ppiieerrcceenneett..ccoomm//ff ii lleess//00772299aass44..ppddff>>

4455.. NNoorrttoonn,, RR..SS..,, MMaaččeekk,, PP..,, RReeiidd,, GG..EE.. && SSiimmppssoonn,, RR..JJ.. RReellaatt iioonnsshhiipp bbeettwweeeenn tthhee ccyyttoollyyssiinnss tteenneebbrr oossiinn--CC ff rr oomm AAcctt iinniiaa tteenneebbrr oossaa aanndd eeqquuiinnaattooxxiinn II II ff rr oomm AAcctt iinniiaa eeqquuiinnaa.. TTooxxiiccoonn 3300,, 1133--2233 ((11999922))

4466.. CCaaaavveeii rroo,, JJ..MM..,, EEcchhaabbee,, II..,, GGuuttiiéérrrreezz--AAgguuii rrrree,, II..,, NNiieevvaa,, JJ..LL.. iiddrr.. DDii ff ffeerr eenntt iiaall iinntteerr aacc--tt iioonn ooff eeqquuiinnaattooxxiinn II II wwii tthh mmooddeell mmeemmbbrr aanneess iinn rr eessppoonnssee ttoo ll iippiidd ccoommppoossii tt iioonn.. BBiioopphhyyss.. JJ 8800,, 11334433--5533 ((22000011))

4477.. BBaarrll iičč,, AA..,, GGuuttiieerrrreezz--AAgguuii rrrree,, II..,, CCaaaavveeii rroo,, JJ..MM..MM..,, CCrruuzz,, AA.. iiddrr.. LL iippiidd PPhhaassee CCooeexxiisstteennccee FFaavvoorr ss MM eemmbbrr aannee II nnsseerr tt iioonn ooff EEqquuiinnaattooxxiinn--II II ,, aa PPoorr ee--ffoorr mmiinngg TTooxxiinn ff rr oomm AAcctt iinniiaa eeqquuiinnaa.. JJ.. BBiiooll .. CChheemm.. 227799,, 3344220099--3344221166 ((22000044))

4488.. PPookkllaarr,, NN..,, VVööllkkeerr,, JJ..,, AAnnddeerrlluuhh,, GG..,, MMaaččeekk,, PP.. iiddrr.. AAcciidd-- aanndd bbaassee--iinndduucceedd ccoonnffoorr --mmaatt iioonnaall tt rr aannssii tt iioonnss ooff eeqquuiinnaattooxxiinn II II .. BBiioopphhyyss.. CChheemm 9900,, 110033--2211 ((22000011))

4499.. PPrroottPPaarraamm EExxPPAASSyy PPrr oottPPaarr aamm ttooooll .. ((22000088)) aatt <<hhttttpp::////wwwwww..eexxppaassyy..oorrgg//ccggii --bbiinn//pprroottppaarraamm>>

5500.. MMaaččeekk,, PP.. && LLeebbeezz,, DD.. KK iinneett iiccss ooff hheemmoollyyssiiss iinndduucceedd bbyy eeqquuiinnaattooxxiinn,, aa ccyyttoollyytt iicc ttooxxiinn ff rr oomm tthhee sseeaa aanneemmoonnee AAcctt iinniiaa eeqquuiinnaa.. EEffffeecctt ooff ssoommee iioonnss aanndd ppHH .. TTooxxiiccoonn 1199,, 223333--4400 ((11998811))

5511.. WWeeii ll ,, JJ..AA.. EElleeccttrroonn PPaarraammaaggnneettiicc RReessoonnaannccee:: EElleemmeennttaarryy TThheeoorryy aanndd PPrraaccttiiccaall AApp--ppll iiccaattiioonnss.. 666644 ((WWiilleeyy--IInntteerrsscciieennccee:: HHoobbookkeenn,, NN..JJ,, 22000077))

5522.. HHeemmmmiinnggaa,, MM..AA.. && BBeerrll iinneerr,, LL..JJ.. EESSRR SSppeeccttrroossccooppyy iinn MMeemmbbrraannee BBiioopphhyyssiiccss.. 337799 ((SSpprriinnggeerr:: NNeeww YYoorrkk,, 22000077))

5533.. KKooll lleerr,, JJ.. SSttrruukkttuurraa aattoommoovv iinn mmoolleekkuull .. OOssnnoovvee kkvvaannttnnee mmeehhaanniikkee,, aattoommii .. ((FFaakkuull ttee--ttaa zzaa kkeemmii jjoo iinn kkeemmii jjsskkoo tteehhnnoollooggii jjoo..:: 22000022))

VViirr ii


5544.. SSttooppaarr,, DD..,, SSttrraannccaarr,, JJ..,, SSpprruuii jj tt,, RR..BB.. && HHeemmmmiinnggaa,, MM..AA.. EExxpplloorr iinngg tthhee llooccaall ccoonn--ffoorr mmaatt iioonnaall ssppaaccee ooff aa mmeemmbbrr aannee pprr ootteeiinn bbyy ssii ttee--ddii rr eecctteedd ssppiinn llaabbeell iinngg.. JJ CChheemm IInnff MMooddeell 4455,, 11662211--77 ((22000055))

5555.. KKaavvaalleennkkaa,, AA..AA..,, FFii ll iippiicc,, BB..,, HHeemmmmiinnggaa,, MM..AA.. && SSttrraannccaarr,, JJ.. SSppeeeeddiinngg uupp aa ggeenneett iicc aallggoorr ii tthhmm ffoorr EEPPRR--bbaasseedd ssppiinn llaabbeell cchhaarr aacctteerr iizzaatt iioonn ooff bbiioossyysstteemm ccoommpplleexxii ttyy.. JJ CChheemm IInnff MMooddeell 4455,, 11662288--3355 ((22000055))

5566.. KKaavvaalleennkkaa,, AA..,, HHeemmmmiinnggaa,, MM..AA.. && ŠŠttrraannccaarr,, JJ.. OOpptt iimmiizzaatt iioonn ooff mmeemmbbrr aannee pprr ootteeiinn ssttrr uuccttuurr ee bbaasseedd oonn SSDDSSLL --EESSRR ccoonnssttrr aaiinnttss aanndd ccoonnffoorr mmaatt iioonnaall ssppaaccee mmooddeell iinngg.. SSuubbmmii tteedd ((22000099))

5577.. LLeeaacchh,, AA.. MMoolleeccuullaarr MMooddeell ll iinngg:: PPrr iinncciipplleess aanndd AAppppll iiccaattiioonnss.. ((PPrreennttiiccee HHaall ll :: 22000011)) 5588.. BBooaass,, FF..EE.. && HHaarrbbuurryy,, PP..BB.. PPootteenntt iiaall eenneerr ggyy ffuunncctt iioonnss ffoorr pprr ootteeiinn ddeessiiggnn.. CCuurrrreenntt

OOppiinniioonn iinn SSttrruuccttuurraall BBiioollooggyy 1177,, 119999--220044 ((22000077)) 5599.. BBrrooookkss BBRR CCHHAARRMM MM :: AA pprr ooggrr aamm ffoorr mmaaccrr oommoolleeccuullaarr eenneerr ggyy,, mmiinniimmiizzaatt iioonn,,

aanndd ddyynnaammiiccss ccaallccuullaatt iioonnss.. JJ CCoommpp CChheemm 44,, 118877––221177 ((11998833))

Documents

Lokalni konformacijski prostori skozi SDSL-EPR spek ...lbf.ijs.si/Downloads/theses/AjasjaLjubetic_Diploma_2009.pdf · EPR Electron Paramagnetic Resonance Elektronska paramagnetna