Upload
others
View
27
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
КОМПЬЮТЕРНОЕ ПРОГНОЗИРОВАНИЕ СПЕКТРОВ БИОЛОГИЧЕСКОЙ АКТИВНОСТИОРГАНИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ
Д.А. Филимонов
Институт биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН, Москва
Единичная оценка
Ab initio принципы Обучение на примерах
Универсальный закон
природыФундаментальная
теорияMachine Learning
Molecular Modelling Сходство
Методы биоинформатики
Пример лекарственной субстанцииhttp://www.drugs.com/plavix.html
Brand Names : PlavixGeneric Name: Clopidogrel
Plavix (clopidogrel) keeps the platelets in your blood from coagulating (clotting) to prevent unwanted blood clots that can occur with certain heart or blood vessel conditions.
http://en.wikipedia.org/wiki/Clopidogrel
Clopidogrel is an oral, thienopyridine class antiplatelet agent used to inhibit blood clots in coronary artery disease, peripheral vascular disease, and cerebrovascular disease. It is marketed by Bristol-Myers Squibb and Sanofi-Aventis under the trade name Plavix. The drug works by irreversibly inhibiting a receptor called P2Y12, an adenosine diphosphate ADP chemoreceptor. Adverse effects include hemorrhage, severe neutropenia, and thrombotic thrombocytopenic purpura (TTP).
Клопидогрел (Clopidogrelum) — лекарственный препарат, снижающий склонность тромбоцитов к агрегации.
0
50000
100000
150000
200000
250000
300000
1995 1998 2001 2003 2005 2007 2009 2010
Чи
сло
соед
ин
енй
в в
ыбо
рке
Обучающая выборка PASS
0
1000
2000
3000
4000
5000
1995 1998 2001 2003 2005 2007 2009 2010
Чи
сло
про
гноз
иру
емы
х ак
тивн
осте
й
Спектр биологической активности:
Весь комплекс
üфармакологических эффектовüбиохимических механизмов действияüэффектов специфической токсичности и побочного действияüэффектов взаимодействия с системой метаболизмаüэффектов влияния на генную экспрессиюüэффектов влияния на белки-транспортеры
которые вещество способно вызывать при некоторых условиях взаимодействия с биологическими объектами,
без учета особенностей конкретных экспериментов.
Активности представлены качественно.
Принцип «презумпции невиновности»:вещество не обладает теми видами биологической активности,
которые не указаны в его спектре.
Представление структуры молекулы
Взаиморасположение в пространстве атомов свободной молекулы в основном состоянии в вакууме –
необходимая и достаточная характеристика ее структуры.
Поэтому структурная формула однозначно определяет свойства молекулы.
Представление структуры молекулы
Дескрипторы многоуровневых атомных окрестностей (MNA)основаны на идее описания отдельных атомов молекулы
с учетом их окружения.
MNA/0: -С
Дескрипторы многоуровневых атомных окрестностей – MNA
Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2006) РХЖ, L, (2), 66-75.
Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2008) In: Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Eds. Alexandre Varnek and Alexander Tropsha. Cambridge (UK): RSC Publishing, 182-216.
Cl
CN
O O
S
MNA/1: -С(CN-H-C)
Дескрипторы многоуровневых атомных окрестностей – MNA
Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2006) РХЖ, L, (2), 66-75.
Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2008) In: Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Eds. Alexandre Varnek and Alexander Tropsha. Cambridge (UK): RSC Publishing, 182-216.
Cl
CNC
OC
O
S
MNA/2: -С(C(CC-С)N(CC-С)-H(-С)-C(-С-O-O))
Дескрипторы многоуровневых атомных окрестностей – MNA
Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2006) РХЖ, L, (2), 66-75.
Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2008) In: Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Eds. Alexandre Varnek and Alexander Tropsha. Cambridge (UK): RSC Publishing, 182-216.
Cl
CNC
C
CC
C
OC
O
S
MNA/3: -С(C(C(СС-H)C(CC-Cl)-С(CN-H-C))N(C(CN-H-H)C(CN-H-H)-С(CN-H-C))-H(-С(CN-H-C))-C(-С(CN-H-C)-O(-C)-O(-C-C)))
Дескрипторы многоуровневых атомных окрестностей – MNA
Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2006) РХЖ, L, (2), 66-75.
Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2008) In: Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Eds. Alexandre Varnek and Alexander Tropsha. Cambridge (UK): RSC Publishing, 182-216.
Cl
CNC
C
C
CC
CC
C
OC
OCH3
C
S
Дескрипторы многоуровневых атомных окрестностей – MNA
Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2006) РХЖ, L, (2), 66-75.
Filimonov D.A., Poroikov V.V. (2008) In: Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Eds. Alexandre Varnek and Alexander Tropsha. Cambridge (UK): RSC Publishing, 182-216.
Cl
CN
O O
S
HCCHHHOCHHCCCHHCNCHCCCHCCNCHCSCCCCCCCSCCCClCCOONCCCOCOCCSCCClC
C(C(CCC)C(CC-H-H)S(CC))C(C(CCC)C(CS-H)-H(C))C(C(CCC)N(CC-C)-H(C)-H(C))C(C(CCS)C(CC-H)C(CN-H-H))C(C(CCS)C(CN-H-H)-H(C)-H(C))C(C(CC-H-H)N(CC-C)-H(C)-H(C))C(C(CC-H)C(CC-H)-H(C))C(C(CC-H)C(CC-C)-H(C))C(C(CC-H)C(CC-C)-Cl(C))C(C(CC-H)C(CC-Cl)-H(C))C(C(CC-H)C(CC-Cl)-C(CN-H-C))C(C(CC-H)S(CC)-H(C))N(C(CN-H-H)C(CN-H-H)-C(CN-H-C))S(C(CCS)C(CS-H))-H(C(CC-H))-H(C(CC-H-H))-H(C(CN-H-H))-H(C(CS-H))-H(-C(CN-H-C))-H(-C(-H-H-H-O))-C(C(CC-C)N(CC-C)-H(-C)-C(-C-O-O))-C(-H(-C)-H(-C)-H(-C)-O(-C-C))-C(-C(CN-H-C)-O(-C)-O(-C-C))-O(-C(-H-H-H-O)-C(-C-O-O))-O(-C(-C-O-O))-Cl(C(CC-Cl))
0
1000
2000
3000
4000
5000
6000
7000
8000
9000
0 20 40 60 80 100 120 140 160 180
Кол
иче
ство
стр
укту
р
Количество MNA дескрипторов
Дескрипторы многоуровневых атомных окрестностей – MNA
Пример органического соединения в PASS
Спектр активности
Acute neurologic disorders treatmentAntianginalAntiarthriticAnticoagulantAntipsoriaticAntithromboticAtherosclerosis treatmentCYP2C19 inhibitorCYP2C9 inhibitorCYP3A4 substrateHyperthermicNeuroprotectorPlatelet aggregation inhibitorPurinergic P2T antagonistPurinergic P2Y12 antagonist
Cl
N
O O
S
HCCHHHOCHHCCCHHCNCHCCCHCCNCHCSCCCCCCCSCCCClCCOONCCCOCOCCSCCClC
C(C(CCC)C(CC-H-H)S(CC))C(C(CCC)C(CS-H)-H(C))C(C(CCC)N(CC-C)-H(C)-H(C))C(C(CCS)C(CC-H)C(CN-H-H))C(C(CCS)C(CN-H-H)-H(C)-H(C))C(C(CC-H-H)N(CC-C)-H(C)-H(C))C(C(CC-H)C(CC-H)-H(C))C(C(CC-H)C(CC-C)-H(C))C(C(CC-H)C(CC-C)-Cl(C))C(C(CC-H)C(CC-Cl)-H(C))C(C(CC-H)C(CC-Cl)-C(CN-H-C))C(C(CC-H)S(CC)-H(C))N(C(CN-H-H)C(CN-H-H)-C(CN-H-C))S(C(CCS)C(CS-H))-H(C(CC-H))-H(C(CC-H-H))-H(C(CN-H-H))-H(C(CS-H))-H(-C(CN-H-C))-H(-C(-H-H-H-O))-C(C(CC-C)N(CC-C)-H(-C)-C(-C-O-O))-C(-H(-C)-H(-C)-H(-C)-O(-C-C))-C(-C(CN-H-C)-O(-C)-O(-C-C))-O(-C(-H-H-H-O)-C(-C-O-O))-O(-C(-C-O-O))-Cl(C(CC-Cl))
Структурные дескрипторы
Термины биологической активности в PASS
501 фармакологический эффект3295 биохимических механизмов действия
57 эффектов специфической токсичности и побочного действия
199 терминов метаболизма29 эффектов влияния на генную экспрессию49 эффектов влияния на белки-транспортеры
По структуре молекулыв виде множества из m дескрипторов {D1, …, Dm} для каждой активности Ak
подсчитываются значения Bk:
Bk = (Sk – S0k)/(1 – Sk*S0k)
Sk = Sin[åi ArcSin(2P(Ak|Di) – 1)/m]
S0k = 2P(Ak) – 1
P(Ak) - априорная вероятностьнайти вещество с активностью Ak
P(Ak|Di) - условная вероятность активности Ak
у молекулы, имеющей дескриптор Di
Алгоритм прогноза спектра биологической активности органических соединений PASS
Алгоритм прогноза спектра биологической активности органических соединений PASS
Частотные оценки вероятностей P(Ak) и P(Ak|Di):
P(Ak) = Nk /N, P(Ak|Di) = Nik /Ni
N - общее количество веществ в выборке;Ni - количество веществ, содержащих дескриптор Di
в описании структуры;Nk - количество веществ, содержащих активность Ak
в спектре активности;Nik- количество веществ, содержащих и дескриптор Di
в описании структуры, и активность Ak в спектре активности.
Филимонов Д.А., Поройков В.В. (2006) РХЖ, L, (2), 66-75.
Результат прогноза PASS
Спектр активности
Acute neurologic disorders treatmentAntianginalAntiarthriticAnticoagulantAntipsoriaticAntithromboticAtherosclerosis treatmentCYP2C19 inhibitorCYP2C9 inhibitorCYP3A4 substrateHyperthermicNeuroprotectorPlatelet aggregation inhibitorPurinergic P2T antagonistPurinergic P2Y12 antagonist
Observed value
Cal
cula
ted
valu
e
Задача классификации
Неактивные Активные
Порог
TP
TN
FP
FN
Критерий точности классификации
Anthony Nicholls. What do we know and when do we know it? J. Comput. Aided. Mol. Des. 2008
Pa(B) и Pi(B) – функции B-статистики, вычисляемые по обучающей выборке с исключением по одному.
Фармакологический эффект «Противоопухолевое».
Задача классификации в PASS
0.0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
-1 -0.9 -0.8 -0.7 -0.6 -0.5 -0.4 -0.3 -0.2 -0.1 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1
Pa
Pi
Критерий точности прогноза PASS
Фармакологический эффект «Противоопухолевое».Инвариантная точность прогноза 0.87.
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1
Вер
оятн
сть
расп
озн
аван
ия
Вероятность ошибки 2-го рода
Чувствителность
Специфичность
Точность
Pa(B) и Pi(B) – функции B-статистики, вычисляемые по обучающей выборке с исключением по одному.
Биохимический механизм действия «Carbonic anhydrase inhibitor».
Задача классификации в PASS
0.0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1.0
-1 -0.9 -0.8 -0.7 -0.6 -0.5 -0.4 -0.3 -0.2 -0.1 0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1
Pa
Pi
Критерий точности прогноза PASS
Биохимический механизм действия «Carbonic anhydrase inhibitor».
Инвариантная точность прогноза 0.9986.
0
0.1
0.2
0.3
0.4
0.5
0.6
0.7
0.8
0.9
1
0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1
Вер
оятн
сть
расп
озн
аван
ия
Вероятность ошибки 2-го рода
Чувствителность
Специфичность
Точность
Валидация точности прогноза PASS
Валидация точности прогноза PASS
60
65
70
75
80
85
90
95
100
0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120
124 активности отобранных из MDDR соединений
IAP
для
тест
овой
вы
борк
и, %
10080
604020
60
65
70
75
80
85
90
95
100
0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120
124 активности отобранных из MDDR соединений
IAP
для
тест
овой
вы
борк
и, %
10080
604020
Влияние неполноты данных об активностиВлияние неполноты данных о структурах
Результат прогноза PASS
Пример применения прогноза PASS
Пример применения прогноза PASS
Из 573 виртуальных соединений по прогнозу PASSбыло отобрано 9 потенциальных ингибиторов циклооксигеназы и липоксигеназы одновременно
В эксперименте:8 проявили противовоспалительную активностьпо 7 – ингибиторы одного из ферментов6 – ингибиторы обоих ферментов
Использование прогнозов PASS InetNavarrete-Vazquez G., Hidalgo-Figueroa S., Torres-Piedra M., et al. (2010). Synthesis, vasorelaxantactivity and antihypertensive effect of benzo[d]imidazole derivatives. Bioorganic & Medicinal Chemistry, 18(11): 3985–3991.Mustafayeva K., Di Giorgio C., Elias R., et al. (2010). DNA-Damaging, mutagenic, and clastogenicactivities of gentiopicroside isolated from Cephalaria kotschyi roots. Journal of Natural Products, 73 (2): 99–103.Raja A.K., Vimalanathan A.B., Raj S.V., et al. (2010). Indispensable chemical genomic approaches in novelsystemic targeted drug discovery. Biology and Medicine, 2 (3): 26-37.Torres-Piedra M., Ortiz-Andrade R., Villalobos-Molina R., et al. (2010). A comparative study of flavonoidanalogues on streptozotocinenicotinamide induced diabetic rats: Quercetin as a potential antidiabetic agentacting via 11b–Hydroxysteroid dehydrogenase type 1 inhibition. European Journal of Medicinal Chemistry,45: 2606-2612.Benchabane Y., Di Giorgio C., Boyer G., et al. (2009). Photo-inducible cytotoxic and clastogenic activitiesof 3,6-di-substituted acridines obtained by acylation of proflavine. European Journal of Medicinal Chemistry,44: 2459–2467.Hernandez-Nunez E., Tlahuext H., Moo-Puc R., et al. (2009). Synthesis and in vitro trichomonicidal,giardicidal and amebicidal activity of N-acetamide(sulfonamide)-2-methyl-4-nitro-1H-imidazoles. EuropeanJournal of Medicinal Chemistry, 44 (7), 2975-2984.Babaev E.V. (2009). Combinatorial chemistry at the university: ten years experience of research, educationaland organizational projects. Russsian Chemical Journal, 53 (5), 140-152.Ghadimi S., Ebrahimi-Valmoozi A.A. (2009). Lipophilicity, electronic, steric and topological effects of somephosphoramidates on acethylcholinesterase inhibitory property. J. Iran. Chem. Soc., 6 (4): 838-848.Gregirchak N.M., Kosyanchuk Ya.S. (2009). Studies of biological activity of newly synthesized compounds.Proceedings of the National University of Food Technologies, No.28, 27-30.
Благодарности
ИБМХ РАМН, Москва, РоссияАлександр Дмитриев Дмитрий ДружиловскийАлексей Захаров Олег ГомазковАлексей Лагунин Ольга КобороваАлла Степанчикова Ольга ФильцАнастасия Рудик Сергей ИвановБорис Соболев Татьяна БрюшининаВладимир Поройков Татьяна Глориозова
ВИНИТИ РАН, РоссияВалентина Блинова
Lab. Med. Chem., NCI, NIH, Frederik, M.D., U.S.Marc Nicklaus Marcus Sitzmann Igor Filippov
Aristotelian University of Thessaloniki, GreeceAthina Geronikaki
Norwegian UniVersity of Science and Technology, TrondheimSergey Zotchev