R を用いた幾何学的形態測定学— 最近の進展 —

噺役

三中 信宏MINAKA Nobuhiro

国立研究開発法人 農研機構 農業環境変動研究センター［生物統計学］東京大学大学院 農学生命科学研究科 生物・環境工学専攻［生態系計測学］

東京農業大学大学院 農学研究科［応用昆虫学］

mail: minaka@affrc.go.jpwebsite: http://leeswijzer.org/

twitter: @leeswijzer日本生態学会第 64 回大会・自由集会 W19〈道具としての「形態測定学」：　　　　　

基礎から応用までのチュートリアル〉2017 年 3 月 15 日（水）18:00 ～ 20:00

早稲田大学早稲田キャンパス

輪郭情報 標識点情報

輪郭情報 標識点情報

閉曲線

開曲線

輪郭情報 標識点情報

閉曲線

開曲線

元図形

センタリング

前形状

形状

サイズ - シェイプ

輪郭情報 標識点情報

閉曲線

開曲線

元図形

センタリング

前形状

形状

サイズ -シェイプ

shape

輪郭情報 標識点情報

閉曲線

開曲線

元図形

センタリング

前形状

形状

サイズ -シェイプ

shape

Momocs

輪郭情報 標識点情報

閉曲線

開曲線

元図形

センタリング

前形状

形状

サイズ -シェイプ

shape

geomorph

Momocs

輪郭情報 標識点情報

閉曲線

開曲線

元図形

センタリング

前形状

形状

サイズ -シェイプ

shape

shapes

geomorph

Momocs

shapes パッケージについて

shapes パッケージについて

Dryden & Mardia 1998

shapes パッケージについて

Dryden & Mardia 2016Dryden & Mardia 1998

今夜の噺をまとめると —

・統計言語環境 R 上の幾何学的形態測定学パッケージには， geomorph, Momocs, shape, shapes（ABC 順）などがある．

・輪郭曲線データを扱えるのは shape と Momocs，標識点データを扱えるのは geomorph, Momocs, shapes である．

・shapes は，接空間での線形統計学だけでなく，サイズ - シェイプ空間ならびにそれを重心サイズで標準化したケンドール形状空間の非線形統計学をも実行できるようにアップデートされた（Dryden & Mardia 2016）．

・ “数学” を勉強しないと不安かも…… 日本生態学会第 64 回大会・自由集会 W19〈道具としての「形態測定学」：　　　　　

基礎から応用までのチュートリアル〉2017 年 3 月 15 日（水）18:00 ～ 20:00

早稲田大学早稲田キャンパス