RIN より客観的で確実なtotalRNAの品質指標

RNA Integrity Number

Agilent2100バイオアナライザ

マイクロチップ型電気泳動装置, Agilent2100バイオアナライザにtotalRNAの分解度をcheckす

る際の新しいツール, RIN (RNA Integrity Number) が追加されました。

このツールはバイオアナライザのエレクトロフェログラム(電気泳動像)から試料totalRNAの分解

RNA品質確認のための新しいツール

Agilent2100バイオアナライザ

度を自動的に一つの数値として表示するものです。

ソフトウェアはエレクトロフェログラムをrRNAやrRNAの分解物が出現する領域などの9つの領域

に細分化し、それぞれの状態を数値化します。それらの数値に領域毎の重み付けを行った後、そ

のtotalRNA試料がRNAの分解過程を分類した10段階の状態のいずれに属するかを総合的に計

算し分解度を10点満点で表示します。

初め 実験する方 も簡単に客観的 確実な lRNAの品質評価が きます初めて実験する方でも簡単に客観的で確実なtotalRNAの品質評価ができます。

RIN計算結果

RT-PCRにより測定した4つのHousekeeping遺伝子の発現量の平均を、その試料RNAのRIN値

またはrRNA比に対してプロットしてみるとRINの方がはるかに高い相関 (相関係数 RIN：0.52 (

rRNA比：0.24) を示しました。 これはRINによるRNAの品質管理がrRNA比を用いる管理より優

れていることを示しています。

BMC Molecular Biology2006, 7:3 doi:10.1186/1471-2199-7-3 ： Andreas Schroeder, Odilo Mueller, Susanne Stocker,Ruediger Salowsky, Michael Leiber, Marcus Gassmann, Samar Lightfoot, Wolfram Menzel, Martin Granzow6 and Thomas Raggより引用

注) RINをご使用いただくにはExpert Softwear ver B02.02以上が必要です。

参考文献RINの原理

1. Imbeaud S, Graudens E, Boulanger V, et al.“Towards standardization of RNA quality assessment using user-independent classifiers

of microcapillary electrophoresis traces ”of microcapillary electrophoresis traces.Nucleic Acids Res. 2005 Mar 30;33(6):e56

2. Schroeder A, Mueller O, Stocker S, et al.“The RIN: an RNA integrity number for assigning integrity values to RNA measurements.”

BMC Mol Biol. 2006 Jan 31;7:3.

RINの使用例 (ここには過去2年以内に著名なJournalに掲載された論文のみをリストしています。)

Microarray3 Mishima Y Abreu-Goodger C Staton A et al3. Mishima Y, Abreu Goodger C, Staton A, et al.

“Zebrafish miR-1 and miR-133 shape muscle gene expression and regulate sarcomeric actin organization”Genes Dev. 2009 March 1; 23(5): 619–632

4. Braun C, Zhang X, Savelyeva I, et al.“p53-Responsive MicroRNAs 192 and 215 Are Capable of Inducing Cell Cycle Arrest”Cancer Res. 2008 December 15; 68(24): 10094–10104.

5. Moyer A, Salavaggione O, Wu T, et al.“Glutathione S-Transferase P1: Gene Sequence Variation and Functional Genomic Studies” C R 2008 J 15 68(12) 4791 4801Cancer Res. 2008 June 15; 68(12): 4791–4801.

6. Scharer C, McCabe C, Ali-Seyed M, et al.“Genome-wide Promoter Analysis of the SOX4 Transcriptional Network in Prostate Cancer Cells”Cancer Res. 2009 January 15; 69(2): 709–717.

7. Gibbons D, Lin W, Creighton C, et al.“Contextual extracellular cues promote tumor cell EMT and metastasis by regulating miR-200 family expression”Genes Dev. 2009 September 15; 23(18): 2140–2151.

Q PCRQ-PCR8. Grimaldi P, Orlando P, Di Siena S, et al.

“The endocannabinoid system and pivotal role of the CB2 receptor in mouse permatogenesis”Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 July 7; 106(27): 11131–11136

9. Clément-Ziza M, Munnich A, Lyonnet S, et al.“Stabilization of RNA during laser capture microdissection by performing experiments under

argon atmosphere or using ethanol as a solvent in staining solutions”RNA. 2008 December; 14(12): 2698–2704.

10. Van Deerlin V, Sleiman P, Martinez-Lage M, et al. “Common variants at 7p21 are associated with frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 inclusions”Nature Genetics Volume: 42, Pages: 234–239 (2010)

11. Brosseau J, Lucier J, Lapointe E, et al“High-throughput quantification of splicing isoforms”RNA. 2010 February; 16(2): 442–449

12. Udvardi M, Czechowski T, Scheible W“Eleven Golden Rules of Quantitative RT-PCR”Eleven Golden Rules of Quantitative RT PCRPlant Cell. 2008 July; 20(7): 1736–1737

13. Gründemann J, Schlaudraff F, Haeckel O, et al. “Elevated α-synuclein mRNA levels in individual UV-laser-microdissected dopaminergic substantia nigra

neurons in idiopathic Parkinson‘s disease”Nucleic Acids Res. 2008 April; 36(7): e38.

14. Nakata K, Lipska B, Hyde T, et al.“DISC1 splice variants are upregulated in schizophrenia and associated with risk polymorphisms”

Proc Natl Acad Sci U S A 2009 September 15; 106(37): 15873 15878Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 September 15; 106(37): 15873–15878.

15. Sanz E, Yang L, Su T, et al.“Cell-type-specific isolation of ribosome-associated mRNA from complex tissues”

Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 August 18; 106(33): 13939–13944

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