SARKOMLARA MOLEKÜLER TANISAL YAKLAŞIM

Yrd. Doç. Dr. İsmail YILMAZGATA Haydarpaşa Eğitim Hastanesi 

Patoloji Servisi

10 Kasım 201222. ULUSAL PATOLOJİ KONGRESİ ‐ ANTALYA 1

Taylor….. Ladanyi, NATURE REVIEWS | CANCER 2011,541

Tüm malignitelerin % 1’iABD; 11000 yeni vaka / yıl, 3900 ölüm 

http://www.seer.cancer.gov/

2

Sarkomlardaki Genetik değişiklikler

1) Spesifik genetik değişiklik içeren sarkomlar

a) Onkojenik füzyon transkriptleri ile sonuçlanan translokasyonlar 

b) Onkojenik mutasyonlar ve delesyonlar

c) Gen amplifikasyonu

2) Spesifik olmayan multipl kompleks karyotipik anormallikler 

içeren sarkomlar  

3

Tümör‐spesifik anormallikler (translokasyonlar)• Resiprokal translokasyonlar

– Dengeli translokasyon 

– İki kromozom arasındaki kromozom bölümlerinin değişimi

– Genetik materyalde net bir kazanım veya kayıp yok

– Spesifik gen füzyon oluşum mekanizması

– Tekrarlayan resiprokal translokasyonlar sonucu belirli bir 

tümör tipi için spesifik gen füzyonu oluşur

• Non‐resiprokal translokasyonlar

– Dengesiz tranlokasyon 

– Genetik materyalde net bir kazanım veya kayıp oluşumu 

için bir mekanizma

– Nadiren tekrarlar ve nadiren belirli bir tümör tipi için tipik

Ewing’s sarkomu

ASPS 4

• Sarkomların ~ 1/3’ünde  

• Translokasyonların bazıları nadiren birden fazla tümör için spesifik

• Translokasyon sonucu anormal füzyon genleri oluşur

• Sarkomlarda füzyon genleri ilk baştan itibaren bulunur ve bu tümörler 

benign veya premalign faz göstermezler

• Füzyon genleri tüm tümör hücrelerinde bulunur

• Füzyon geni klinik süreç boyunca eksprese olur

Tümör‐spesifik anormallikler (translokasyonlar)

5

Sem Rad Onc 1999: 315‐27

1991: 9 yumuşak doku tümörü tipinde spesifik translokasyon

6

Tümör tipi Translokasyon Gen(ler) Klinik Önemi

Tanı Yöntemi

Ewing sarkoma/PNET t(11;22)(q24;q12) EWS-FLI1 TanısalEWSR1İyi prognoz ile ilişkili

IHK (FLI1)KaryotiplemeFISH (EWSR1break apartprobu),RT-PCR

t(21;22)(q22;q12) EWS-ERG

t(7;22)(p22;q12) EWSR1-ETV1

t(17;22)(q12;q12) EWSR1-ETV4

t(2;22)(q33;q12) EWSR1- FEV

t(16;21)(p11;q22) FUS-ERG

inv (22)(q121;12) EWSR1-ZSG

Berrak hücreli sarkoma t(12;22)(q13;q12) EWSR1-ATF1 Tanısal FISH (EWSR1break apartprobu),RT-PCR

t(2;22)(q33;q12) EWSR1-CREB1

Myxoid/Yuvarlak hücreli liposarkoma

t(12;16)(q13;p11) FUS-DDIT3(CHOP) Tanısal, Potensiyel terapotik

FISH (FUSbreak-apartprobe), RTPCR

t(12;22)(q13;q12) EWSR1-DDIT3(CHOP)

Alveolar rhabdomyosarkoma

t(2;13)(q35;q14) PAX3-FOXO1A TanısalPAX7-FOXO1Aİyi prognoz

FISH(FOXO1ABreak-apartprobu), Karyotipleme,RT-PCR

t(1;13)(q36;q14) PAX7-FOXO1A

T(2;X)(p35;q13) PAX3-MLLT7

T(2;2)(q35;q23) PAX3-NCOAI

Desmoplastik küçük yuvarlak hücreli tümör

t(11;22)(p13;q12) EWSR1- WT1 TanısalTerapotik(PDGFinhibitörü)

IHK (WT1)FISH (EWSR1break-apartprobu)Karyotipleme

t(21;22)(q22;q12) EWSR1-ERG

Extraskeletal miksoid kondrosarkoma

t(9;22)(q22;q12) EWSR1-NR4A3 Tanısal FISH, RT-PCR(NR3A3-EWSfüzyonu)t(9;17)(q22;q11) TAF2N-NR4A3

t( 9;15)(q22;q21) TCF12-NR4A3

t(9;22)(q22;q15) TFG-NR4A3

9q22 rearranjmanı NR4A3

Synovial sarkoma t(X;18)(p11;q11) SS18-SSX1 TanısalSS18-SSX2İyi prognoz

FISH (SYTprobu),RT-PCR, IHK(TLE1)

t(X;18)(p11;q11) SS18-SSX2

t(X;18)(p11;q13) SS18-SSX4

t(x;20)(p11;q13) SS18L1-SSX1

Endometrial stromal sarkoma

t(7;17)(p15;q21) JAZF1-SUZ12 Tanısal RT-PCR

t(6;7)(p21;p15) JAZF1-PHF1

t(6;10)(p21;p11) EPC1-PHF1

Tümör tipi Translokasyon Gen(ler) Klinik Önemi

Tanı Yöntemi

Alveolar soft part sarkoma

t(X;17)(p11;q25) ASPL-TFE3 Tanısal IHK (TFE3),RT-PCR

Low grade fibromiksoid sarkoma

t(7;16)(q33;p11) FUS-CREB3L2 Tanısal FISH (FUSbreak-apartprobe), RT-PCR

t(11;16)(p11;p11) FUS-CREB3L1

Perisitoma t(7;12) ACTB-GLI1 Tanısal FISH, RT-PCRKonjenital fibrosarkoma

t(12;15)(p13;q25) ETV6-NTRK3 Tanısal FISH, RT-PCR

İnflamatuar myofibroblastik tümör

t(1;2)(q25;q23) TPM3-ALK Tanısal IHK (ALK),FISH, RT-PCR

t(2;19)(q23;q13) TPM4-ALKt(2;17)(q23;q23) CLTC-ALKt(2;2)(p23;q13) RANBP2-ALK

Dermatofibrosarkoma protuberans

t(17;22)(q22;q13) COL1A1-PDGFB Tanısal FISH, RT-PCR

Anevrizmal kemik kisti

t(16;17) CDH11-USP6 Tanısal FISH, RT-PCR

Tenosynovial dev hücreli tümör

t(1;2) CSF1-COL6A3 Tanısal

İyi diferensiye liposarkoma / Atipik lipomatöz tümör / Dediferensiye liposarkoma

12q13-15 (ring kromozomlar, giant marker kromozomlar)

MDM2, CDK4, HMGA2, GLI, SAS, vs amplifikasyonu

Tanısal FISH (MDM2, CDK4amplifikasyonu)RT-PCR

Epitelioid Hemanjioendotelyoma

t(1;3)(p36;q25) WWTR1-CAMTA1 Tanısal RT-PCR

Yumuşak doku ve kemiğin myoepitelyal tümörü

t(6;22)(p21;q12) EWSR1-POU5F1 Tanısal RT-PCRt(19;22)(q13;q12) EWSR1-ZNF444t(1;22)(q13;q12) EWSR1-PBX1

Miksoinflamatuar fibroblastik sarkoma

t(1;10)(p22;q24) TGFBR3~MGEA5 Tanısal RT-PCR3p11-22(ring kromozom)

VGLL3, CHMP2B amplifikasyonu

Mezenkimal kondrosarkoma

t(8;8)(q13;q21) HEY1-NCOA2 Tanısal RT-PCR

Nodüler fasitis t(17;22)(p13;q13) MYH9-USP6 Tanısal RT-PCRLow grade osteosarkoma (parosteal ve intramedüller)

12q13-15 (ring kromozomlar, giant marker kromozomlar)

MDM2, CDK4, HMGA2, GLI, SAS, vs amplifikasyonu

Tanısal FISH (MDM2,CDK4amplifikasyonu)RT-PCR

Sklerozan epitelioid fibrosarkoma (bazı vakalar)

t(7;16)(p22;q24) FUS-CREB3L2 Tanısal RT-PCR

Anjiomatoid fibröz histiositoma

t(12;16)(q13;p11) FUS-ATF1 Tanısal RT-PCRt(12;22)(q13;q12) EWSR1-ATF1t(2;22)(q33;q12) EWSR1-CREB1

7

• Sarkomların 1/3’ünde  

• Translokasyon sonucu anormal füzyon genleri oluşur

• Sarkomlarda füzyon genleri ilk baştan itibaren bulunur ve klinik 

süreç boyunca eksprese olur

• Füzyon genleri tüm tümör hücrelerinde bulunur

• Bu tümörler benign veya premalign faz göstermezler

• Translokasyonların bazıları nadiren birden fazla tümör için 

spesifik

Tümör‐spesifik anormallikler (translokasyonlar)

8

• Anormal transkripsiyon faktörleri

• Anormal tirozin kinazlar

– Konjenital fibrosarkomlarda ETV6‐NTRK3

– İnflamatuar myofibroblastik tümörde ALK füzyonları

• Anormal büyüme faktörleri

– Dermatofibrosarkoma protuberansda COL1A1‐PDGFB: Gleevec‐sensitif

– Tenosynovial dev hücreli tümötde CSF1‐COL6A3

FÜZYON GENLERİ

9

Tümör tipi Translokasyon Gen(ler) Klinik Önemi Tanı Yöntemi

Ewing sarkoma/PNET t(11;22)(q24;q12) EWS-FLI1 TanısalEWSR1İyi prognoz ile ilişkili

IHK (FLI1)KaryotiplemeFISH (EWSR1 break apart probu),RT-PCR

t(21;22)(q22;q12) EWS-ERG

t(7;22)(p22;q12) EWSR1-ETV1

t(17;22)(q12;q12) EWSR1-ETV4

t(2;22)(q33;q12) EWSR1- FEV

t(16;21)(p11;q22) FUS-ERG

inv (22)(q121;12) EWSR1-ZSG

Berrak hücreli sarkoma t(12;22)(q13;q12) EWSR1-ATF1 Tanısal FISH (EWSR1 break apart probu),RT-PCRt(2;22)(q33;q12) EWSR1-CREB1

Myxoid/Yuvarlak hücreli liposarkoma

t(12;16)(q13;p11) FUS-DDIT3(CHOP) Tanısal, Potensiyel terapotik

FISH (FUS break-apart probu), RTPCRt(12;22)(q13;q12) EWSR1-DDIT3(CHOP)

Alveolar rhabdomyosarkoma t(2;13)(q35;q14) PAX3-FOXO1A TanısalPAX7-FOXO1Aİyi prognoz

FISH(FOXO1A Break-apart probu), Karyotipleme,RT-PCR

t(1;13)(q36;q14) PAX7-FOXO1A

T(2;X)(p35;q13) PAX3-MLLT7

T(2;2)(q35;q23) PAX3-NCOAI

Desmoplastik küçük yuvarlak hücreli tümör

t(11;22)(p13;q12) EWSR1- WT1 Tanısal Terapotik(PDGF inhibitörü)

IHK (WT1)FISH (EWSR1 break-apart probu)KaryotiplemeRT-PCR

t(21;22)(q22;q12) EWSR1-ERG

Synovial sarkoma t(X;18)(p11;q11) SS18-SSX1 TanısalSS18-SSX2İyi prognoz

FISH (SYT probu),RT-PCR, IHK(TLE1)

t(X;18)(p11;q11) SS18-SSX2

t(X;18)(p11;q13) SS18-SSX4

t(x;20)(p11;q13) SS18L1-SSX1

Alveolar soft part sarkoma t(X;17)(p11;q25) ASPL-TFE3 Tanısal IHK (TFE3),RT-PCR 10

Sarkomlardaki Genetik değişiklikler

1) Spesifik genetik değişiklik içeren sarkomalar

a) Onkojenik füzyon transkriptleri ile sonuçlanan translokasyonlar 

b) Onkojenik mutasyonlar ve delesyonlar

c) Gen amplifikasyonu

2) Spesifik olmayan multipl kompleks karyotipik anormallikler 

içeren sarkomalar  

11

• GIST’de KIT (% 75‐80) veya PDGFRa (%5‐10) geninde somatik mutasyon 

– Tanı, tedavi ve prognoz  

• Malign rabdoid tümörler

– hSNF5/INI1 geninin kısmen yada total kaybı 

• İğsi hücreli lipomada ve iyi diferensiye iğsi hücreli liposarkoma

– Rb‐1 gen kaybı

Tümör‐spesifik anormallikler (onkojenik mutasyonlar ve delesyonlar)

12

Sarkomlardaki Genetik değişiklikler

1) Spesifik genetik değişiklik içeren sarkomalar

a) Onkojenik füzyon transkriptleri ile sonuçlanan translokasyonlar 

b) Onkojenik mutasyonlar ve delesyonlar

c) Gen amplifikasyonu

2) Spesifik olmayan multipl kompleks karyotipik anormallikler 

içeren sarkomalar  

13

• Atipik lipomatöz tümör / iyi diferensiye lipomatöz tümör / 

iyi diferensiye liposarkoma ve dediferensiye liposarkoma 

– MDM2 ve CDK4 amplifikasyonu 

• İğsi hücreli sarkomlardan ayrımında

• FISH > İHK

• Osteosarkom, kondrosarkom, leiomyosarkom ve bazı 

rhabdomyosarkomlarda da görülebilir

• MDM2 terapotik hedef

Tümör‐spesifik anormallikler (amplifikasyonlar)

14

Sarkomlardaki Genetik değişiklikler

1) Spesifik genetik değişiklik içeren sarkomalar

a) Onkojenik füzyon transkriptleri ile sonuçlanan translokasyonlar 

b) Onkojenik mutasyonlar ve delesyonlar

c) Gen amplifikasyonu

2) Spesifik olmayan multipl kompleks karyotipik anormallikler 

içeren sarkomalar  

15

• 2/3

• Pleomorfik malign fibröz histiositoma (PUS), 

pleomorfik liposarkoma, leiomyosarkoma, 

pleomorfik rhabdomyosarkoma ve malign periferal 

sinir kılıfı tümörü  gibi yüksek dereceli sarkomlar

• Çeşitli ekleme ve kayıplarla birlikte komplex 

karyotipler içerirler

• Tanıya yardımcı veya prognostik olarak anlamlı 

karakteristik spesifik genetik değişiklikler taşımaz

Nonspesifik kompleks karyotipli sarkomlar

Pleomorfik  malign fibröz histiositomada (PUS)  kompleks karyotip

16

Sarkomlarda moleküler test endikasyonları

• Ayırıcı tanı

– Küçük yuvarlak hücreli sarkomlar• ES/PNET vs. DSRCT vs. ARMS vs. neuroblastoma

– İğsi hücreli tümörler• Monofazik sinovyal sarkom vs Leiyomiyosarkom  vs  Soliter fibröz tümör vs Malign periferal sinir kılıfı 

tümörü vs Berrak hücreli sarkom vs Fibrohistiyositik tümörler vs Dediferansiye liposarkom vs İgsi hücreli rabdomiyosarkom vs Sellüler schwannoma vs GIST

• Histopatolojik örtüşmelerin olduğu benign / malign vakaların ayırımı

• Yetersiz veya beklenmeyen klinik durumlarda veya IHK sonuçlarında 

• Klinik takibi etkileyen prognostik veya prediktif bilgi

• Minimal rezidüel hastalık saptanmasında 

• Hedefe yönelik tedavide

17

Hasta şikayeti

Fizik muayeneMRI

Küçük (<5cm)SüperfisiyelYumuşakKistik 

Büyük (>5cm)Derin SolidMiks 

Muhtemel Benign Muhtemel Malign

Asemptomatik Stabil 

Semptomatik Boyut artışı

Takip BİOPSİ

Benign tümör Malign tümör

TakipMarjinal eksizyon

Geniş rezeksiyon+ / ‐

RadyoterapiKemoterapi

İlk ve ana tedavi seçeneği

Lokal rekürensin önlenmesinde 

Progresyonu geciktirmedeEkstremite sarkomları hariç  tüm survi üzerine etkisi yok

Sarkomlara Yaklaşım

18

Tedavi seçenekleri (2012‐yeni gelişmeler)

Taylor….. Ladanyi, NATURE REVIEWS | CANCER 2011,54119

Translokasyon içeren sarkomlardamoleküler yaklaşım

• Konvensiyonel sitogenetik 

• Moleküler sitogenetik : Floresan in situ hibridizasyon (FISH)

• Reverse transkripsiyon‐polimeraz zincir reaksiyonu (RT‐PCR)

20

Konvensiyonel sitogenetik

• Sayısal ve yapısal 

• Öngörülen anormalliğin yada histolojik tanının 

bilinmesi gerekli değil 

• Cerrahi eksizyon sonrası 1 saat içinde, steril kültür 

ortamında veya tampon solüsyonunda  transport

• 1‐2 cm3 (0.5‐1 gr) taze doku örneği  

• Donmuş veya formalinde fikse olmamalı 

• Yaşayan ve bölünmekte olan hücreler gerekir 

• Sitogenetik analiz ihtiyacı önceden planlamalı

• Nekroz ve nonneoplastik doku ayıklanmalı

21

FISH

• Spesifik  hedef  DNA sekanslarını saptar

• Hedefe yönelik yöntem, tarama amaçlı değil 

• İlgili veya şüphelenilen anomalinin bilinmesi gerekir

• Boyanmamış pozitif şarjlı lam

• İşlem zamanı kısa

• RT‐PCR’a göre parafine gömülü dokularda daha uygulanabilir

• RT‐PCR ve FISH birbirini tamamlayıcı yöntemler22

FISH

•Morfolojik korelasyon var•İnkomplet çekirdek, skorlama zor

•Morfolojik korelasyon yok•Komplet çekirdek, sinyaller daha iyi23

Direk işaretlenmiş prob

Kromozomal hedef

Hibridizasyon

Yıkama

Floresan mikroskop

Denaturasyon

Denaturasyon

24

Pozitif

Negatif

FISH ‐ Füzyon Probu• Translokasyonları tespit etmek için iki tip FISH probu kullanılabilir

• Füzyon probu: problardan biri kırılma noktalarından birine diğer prob diğer kırılma 

noktasına bağlanır ve tranlokasyonda iki prob biraraya getirilir

• Fused sinyal FISH yönteminde bazen sinyallerin random halde yan yana gelmesi 

nedeni ile yanlış pozitif sonuçlar verebilir 

2q35 (PAX3) distaline

13q14 (FKHR) proksimaline

25

• 2 prob kırılma noktalarından sadece birine bağlanır 

ve  translokasyonda bu iki prob ayrılır

• Sadece gen rearranjmanlarını belirler

• Spesifik füzyonları belirlemez

FISH – Break apart Probu

Pozitif

Negatif

13q14 (FOXO1) distaline

13q14 (FOXO1) proksimaline

26

FISH Avantajları

• Aynı prob bir çok uygulamada kullanılabilir

– EWSR1, FUS, ETV6

• Füzyon genlerinin birçok partneri vardır

– EWSR1, ALK, USP6

• Füzyon genleri, kromozom kırılma noktalarında fazla çeşitlilik gösterir

– PDGFB, DDIT3

27

FISH Dezavantajları

• Ticari FİSH problarının sayısının az ve pahalı olması

• Başarısız prob hibridizasyonu

– Düşük tümör yüzdesi

– Uygun olmayan fiksasyon

– Teknik zorluk

• Yorumlamadaki zorluk

• İyi korunmamış dokularda yanlış negatif veya pozitif sonuçlar olabilir

• Dekalsifiye edilmiş dokular problemlidir

28

RT‐PCR• Spesifik translokasyonları saptamada en sık kullanılan yöntem

• Hızlı ve etkili

• RNA temelli bir yöntemdir

• Spesifik RNA transkriptlerini saptar

• FISH gibi ilgili veya şüphelenilen anomalinin bilinmesi gerekir

• FISH’den daha sensitif ve spesifiktir

• Parafine gömülü dokularda uygulanabilir  fakat  taze veya frozen doku 

tercih edilir

• Formalin fiksasyonu ve cerrahi eksizyon ile fiksasyon arasındaki süre RNA kalitesini düşürür

• PCR ürünleri < 300bp 29

RT‐PCR

Tümör Hücresi

RNA İzolasyonu

Revers Transkriptaz

PCR

Jel Elektroforezi

30

RNA (‐) HastaHL‐60RNA (‐) HL‐60 HastaRNA (‐) HL‐60 Hasta

RNA kalitesikontrolü

Kontaminasyon kontrolü

Pozitif kontrol

31

RT‐PCR Avantajları

• Translokasyon tipini belirleyebilme özelliği

• Hızlı

• Sensitif ve spesifiktir

• Doku çok küçük dahi olsa sonuç alınabilir

• Tedavi sonrası minimal rezidüel hastalık saptanabilir

32

RT‐PCR Dezavantajları• Formalinde fikse parafine gömülü dokularda RNA degradasyonuna bağlı 

yanlış negatiflik

• Önceki PCR reaksiyonları ürünlerine bağlı kontaminasyon sonucu yanlış 

pozitiflik

• Yanlış negatif sonuç

– Yetersiz yada nekrotik örnek

– Uygun olmayan primer dizaynı

– İyi optimize edilmemiş analiz

– Gen füzyonunun yeni veya saptanmamış varyantları

• Daha az sıklıkta görülen veya beklenmeyen boyuttaki PCR ürünleri direk 

sekanslama gibi farklı metotlarla doğrulanmalıdır33

Sarkomlarda en sık moleküler testendikasyonları

• Undiferensiye küçük yuvarlak hücreli sarkomlar: 

– Ewings/PNET vs DSCRT vs az diferensiye synovial sarkoma vs 

nöroblastoma

• Rhabdomyosarkoma: 

– Alveolar subtip tanısını doğrulamak için

• İğsi hücreli sarkomlar: 

– Monofazik synovial sarkoma  tanısını doğrulamak için

• Beklenmeyen yaş, lokalizasyon veya özellikleri olan tipik sarkom 

vakalarının tanısını doğrulamak için34

Küçük Yuvarlak Hücreli Sarkomların Ayırıcı Tanısı

35

Küçük Yuvarlak Hücreli Sarkomların Ayırıcı Tanısı

36

Tümör tipi Translokasyon Gen(ler) Klinik Önemi Tanı Yöntemi

Ewing sarkoma/PNET t(11;22)(q24;q12) EWS-FLI1 TanısalEWSR1 iyi prognoz ile ilişkili

IHK (FLI1)KaryotiplemeFISH (EWSR1 break apart probu),RT-PCR

t(21;22)(q22;q12) EWS-ERG

t(7;22)(p22;q12) EWSR1-ETV1

t(17;22)(q12;q12) EWSR1-ETV4

t(2;22)(q33;q12) EWSR1- FEV

t(16;21)(p11;q22) FUS-ERG

inv (22)(q121;12) EWSR1-ZSG

Alveolar rhabdomyosarkoma t(2;13)(q35;q14) PAX3-FOXO1A TanısalPAX7-FOXO1Aİyi prognoz

FISH (FOXO1A Break-apart probu) Karyotipleme,RT-PCR

t(1;13)(q36;q14) PAX7-FOXO1A

T(2;X)(p35;q13) PAX3-MLLT7

T(2;2)(q35;q23) PAX3-NCOAI

Desmoplastik küçük yuvarlak hücreli tümör

t(11;22)(p13;q12) EWSR1- WT1 Tanısal Terapotik(PDGF inhibitörü)

IHK (WT1)FISH (EWSR1 break-apart probu)KaryotiplemeRT-PCR

t(21;22)(q22;q12) EWSR1-ERG

37

Ewing Sarkoma / PNET

•Genç erişkin ve çocuklar 

•Primer olarak uzun kemikleri veya vertebral 

alanı etkileyen küçük mavi hücreli tümör

•Histolojik olarak, Homer‐Wright rozetleri 

oluşturabilen küçük yuvarlak hücre 

toplulukları ile karakterize

38

Ewing Sarkoma / PNET• CD99:  +++ mem boyanma• Fli1: ++• Vimentin:  +++• NSE: +++• Kromogranin: +/‐• Synaptofizin :  +/‐• Desmin/Myogenin:  ‐• LCA/CD20/CD3:  ‐• Keratin: ‐• PAS:  +

39

Ewing Sarkoma / PNET

• EWS‐FLI1 füzyonu bulunan ewing sarkomlarda 

diğerlerine göre prognoz iyi

• FISH ve RT‐PCR ile bu translokasyonlar saptanabilir

• Prognostik önemi olan translokasyon tipi RT‐PCR 

ile belirlenebilir

Translokasyon Gen(ler) Klinik Önemi Tanı Yöntemi

t(11;22)(q24;q12) EWS-FLI1 TanısalEWSİyi prognoz ile ilişkili

IHK (FLI1)KaryotiplemeFISH (EWS break apart probu),RT-PCR

t(21;22)(q22;q12) EWS-ERG

t(7;22)(p22;q12) EWS-ETV1

t(17;22)(q12;q12) EWS-ETV4

t(2;22)(q33;q12) EWS- FEV

t(16;21)(p11;q22) FUS-ERG

inv (22)(q121;12) EWS-ZSG

% 85‐90% 9‐14

% 1‐5

40

41

Pozitif

Tip INeg Neg ‐RNA+kontrol

EWS‐FLI1

+kontrol

Ewings’s sarcoma/PNET FWD primer REV primer

t(11;22) (q24;q12) EWS‐FLI1 AGCAGCCTCCCACTAGTTAC GTTGAGGCCAGAATTCATGTTA tip 1: 158, tip 2: 221, Diğer: seq.

PGK Kontrol Forward primer Reverse primer

CAGTTTGGAGCTCCTGGAAG TGCAAATCCAGGGTGCAGTG RNA: 247

158bp

42

• E‐RMS tüm RMS % 60‐70, (3‐12 yaş) • E‐RMS başlıca baş‐boyun bölgesinde, 

genito‐uriner yolda ve retroperitonda görülür

• Survi daha iyi (>%95)• Tekrarlayan genetik değişiklik yok

• A‐RMS tüm RMS % 20‐25 (6‐21 yaş)• A‐RMS başlıca ekstremitelerde ve 

gövdede görülür• Survi daha kötü (<%25)

• t(2,13) ve t(1,13)

Rhabdomyosarkoma

• En sık pediatrik sarkom (% 33),  İnsidans: 4/1000000

43

Alveolar Rhabdomyosarkoma

• ~ % 70 t(2;13)(q35;q14) PAX3/FKHR(FOXO1a)

• ~ % 10 t(1;13)(p36;q14) PAX7/FKHR(FOXO1a)

• ~ % 3 t(2;X)(p35;q13) PAX3‐MLLT7

• ~ % 2 t(2;2)(q35;q23) PAX3‐NCOAI

• ~ % 15 saptanamayan

• RMS’larda RT‐PCR ile ARMS vs. ERMS ayrımı ile t(2;13) vs. t(1;13) ayrımı yapılabilir

Alveolar rhabdomyosarkoma t(2;13)(q35;q14) PAX3-FOXO1A TanısalPAX7-FOXO1Aİyi prognoz

FISH(FOXO1A Break-apart probu), Karyotipleme,RT-PCR

t(1;13)(q36;q14) PAX7-FOXO1A

t(2;X)(p35;q13) PAX3-MLLT7

t(2;2)(q35;q23) PAX3-NCOAI44

Anderson J, et al., British Journal of Cancer 85:831‐5, 2001

PAX3‐FOXO1

PAX7‐FOXO1

45

Alveolar Rhabdomyosarkoma

Pozitif

NegatifPozitif

Negatif

2q35 (PAX3) distaline

13q14 (FKHR) proksimaline

Pozitif

Negatif

13q14 (FOXO1) distaline

13q14 (FOXO1) proksimaline

PAX3/FOXO1 füzyon probu

FOXO1 break‐apart probu

46

Size M

arker

RNA (‐) HastaHL‐60

PGKPAX3/FKHRRNA (‐) HL‐60 HastaRNA (‐) HL‐60 Hasta

PAX3‐7/FKHR

Alveolar RMS FWD primer REV Primer

t(2;13)(q35;q14) PAX3-FKHR PAX3: GCACTGTACACCAAAGCACG FKHR2: ATGAACTTGCTGTGTAGGGACAG 205

PAX 3.7B: CCGACAGCAGCTCTGCCTAC FKHR2: ATGAACTTGCTGTGTAGGGACAG 172

t(1;13)(p36;q14) PAX7-FKHR PAX7: TTTGAGAGGACCCACTACCC FKHR2: ATGAACTTGCTGTGTAGGGACAG 491

PAX 3.7B: CCGACAGCAGCTCTGCCTAC FKHR2: ATGAACTTGCTGTGTAGGGACAG 160

205bp172bp

47

Sarkomlarda en sık moleküler testendikasyonları

• Undiferensiye küçük yuvarlak hücreli sarkomlar: 

– Ewings/PNET vs DSCRT vs az diferensiye synovial sarkoma vs 

nöroblastoma

• Rhabdomyosarkoma: 

– Alveolar subtip tanısını doğrulamak için

• İğsi hücreli sarkomlar: 

– Monofazik synovial sarkoma  tanısını doğrulamak için

• Beklenmeyen yaş, lokalizasyon veya özellikleri olan tipik sarkom 

vakalarının tanısını doğrulamak için48

Synovial Sarkoma

• Tüm yumuşak doku sarkomlarının %10’u

• Lokalizasyon

– Adolesan ve genç erişkinlerde eklem 

etrafı bölgeler

– Baş & boyun, böbrek, prostat, deri, vulva, 

penis, intra‐torasik

– Yavaş büyüyen derin yerleşimli kitle

• İHK

– EMA, sitokeratin, vimentin, bcl‐2, S‐100

– Nadiren SMA

49

Synovial Sarkoma

• Histoloji

– Monofazik

– Bifazik

– Az differensiye

SYT-SSX1 SYT-SSX2

MSS

BSS

51%

100%

49%

0%

Translokasyon Genler Klinik Önemi Tanı Yöntemit(X;18)(p11;q11) SYT-SSX1 Tanısal

SYT-SSX2İyi prognoz

FISH (SYT probu),RT-PCR, IHK (TLE1)

t(X;18)(p11;q11) SYT-SSX2t(X;18)(p11;q13) SYT-SSX4t(x;20)(p11;q13) SS18L1-SSX1

50

Synovial SarkomaSynovial Sarkoma Forward primer Reverse primer

t(X;18)(p11.23;q11)

SYT-SSX1 SYT: CAACAGCAAGATGCATACCA SSX1: GGTGCAGTTGTTTCCCATCG 331SYT/SS18L1: GG g/a CAGCAGCAGGGCTACGG SSX1: GGTGCAGTTGTTTCCCATCG 244SSA: AGACCAACACAGCCTGGACCAC SSX1-REV2: ACACTCCCTTCGAATCATTTTCG 109

t(X;18)(p11.21;q11)

SYT-SSX2 SYT: CAACAGCAAGATGCATACCA SSX2: GGGCACAGCTCTTTCCCATCA 331SYT/SS18L1: GG g/a CAGCAGCAGGGCTACGG SSX2 : GGGCACAGCTCTTTCCCATCA 244SSA: AGACCAACACAGCCTGGACCAC SSX2-REV2: GCACTTCCTCCGAATCATTTC 109

t(X;20) - nadir SS18L1-SSX1 SS18L1-SSX2

SYT/SS18L1: GG g/a CAGCAGCAGGGCTACGG SSX1: GGTGCAGTTGTTTCCCATCG 238SYT/SS18L1: GG g/a CAGCAGCAGGGCTACGG SSX2: GGGCACAGCTCTTTCCCATCA 238

PGK Kontrol Forward primer Reverse primer

PGK-FWD: CAGTTTGGAGCTCCTGGAAG PGK-REV: TGCAAATCCAGGGTGCAGTG RNA: 247

51

ÖZET• Moleküler  gelişmeler sarkomların patogenezini ve 

sınıflandırılmasını anlamada oldukça yardımcıdır. 

• Sarkomların moleküler analizinin tanı, prognoz ve hedefe yönelik 

tedavideki katkısı önemlidir. 

• Moleküler patoloji laboratuvarında beklenmeyen uyumsuz sonuçları 

doğrulamak için birden fazla teknik kullanılmalıdır. 

• Sarkomların ayırıcı tanısında moleküler tanı yöntemlerinin 

histopatolojiye üstün olduğu düşünülmemeli, moleküler test 

sonuçları; İHK ve klinik bilgi ile desteklenmiş morfolojik ayrıcı tanıyı 

doğrulamak için kullanılmalıdır.

52

SAYGI VE SEVGİYLE ANIYORUZ53