S I S T E M A T I K ANauka o taksonomiji ukljuuje klasifikaciju, nomenklaturu I identifikaciju.U idealnom sluaju klasifikacija bi morala odravati evolucijske I srodnjake odnose.Nomenklatura daje obavezna pravila o nazivima mikroorganizama premamedjunarodnim nomenklaturnim propisima.Identifikacija se bavi odredjivanjem obeleja i pripadnosti odredjenom taksonu.Vrsta je osnovna klasifikaciona jedinica kod zivotinja, biljaka i zivotinja, biljaka I mikroorganizama. Obuhvata skup slicnih sojeva ili klonova koji se znatno razlikuju od predstavnika drugih grupa.

Formiraju se odredene taksonomske jedinice (organizacioni nivoi- taksoni) koji cine taksonomsku hijerarhiju. Mikroorganizmi unutar pojedinih taksona poseduju zajednicke osobine(morfoloske, biohemijske, fizioloske, ekoloske, geneticke).Konvencionalan nain oznaavanja organizama pri klasifikaciji je poznat kao binominalan sistem nomenklature po Lineu.Svaka bioloka vrsta nosi latinsko ime koje se sastoji od dve rei : prva re je ime roda kojoj vrsta pripada i pie se prvim velikim slovom, a druga re je specifino ime vrste npr. Escherichia coli.

Identifikacija mikroorganizama Identifikacija omogucava pravilno prepoznavanje nepoznatog organizma kao lana vec postojee taksonomske grupe.

Radi bolje identifikacije koriste se taksonomski kljucevi ili tabele koje sadrze seriju testova koje vode kroz klasifikacioni sistem i odreduju identitet mikroorganizma. Obelezja se biraju prema njihovoj postojanostiu prirodi. Sve karakteristike se odreduju u mladim kulturama I standardnim uslovima (inokulum sastav podloge, odnos povrsine i zapremine podloge, tempratura, duzina inkubacije).

Kriterijumi za identifikaciju bakterija1.Makromorfoloska obelezja (karakteristike kolonija, karakteristike rasta na kosom agaru, karakteristike rasta u tecnim podlogama).

2. Mikromorfoloske karakteristike (morfologija individualnih celija, reakcija bojenja po Gram-u,formiranje spora, cista, kapsula, pokretljivost, raspored organela za kretanje).3. Fizioloske osobine4. Mesto - izvor izolacije mikroorganizama.TAKSONOMIJATaksonomija je nauka koja treba da omogui filogenetsku povezanosti izmedju organizmima.Sastoji se od velikog broja klasifikacionih ema,koje su uglavnom vetake I podlone izmenama.Primenom novih tehnologija molekularne biologije koje koriste sekvenciranje nukleinskih kiselina I proteina daju nadu da e se razreiti pitanja filogenije bakterija,sekvenciranje 16 s r-Rnk.

U svetu ima vie od 1.5 miliona razliitih organizama.Svi oni meuspbom imaju neto zajedniko. Na primer, imaju plazmalemu, ATP, genetiku informaciju sadranu u DNK. Sve te slinosti ukazuju na zajednike pretke.Prema engleskom prirodnjaku arls Darvinu,1859 prirodna selekcija je odgovorna za slinosti I razlike u ivom svetu.Whittaker je 1969. godine zasnovao svoju klasifikaciju na osnovu naina ishrane: 1. fotosintezom, proces gde se pomou suneve energije i CO2 i vode sintetiu ugljeni hidrati (biljke) 2.adsorpcijom rastvorljivih hranljivih elemenata u vodi (gljive) 3. ingestiom (ivotinje).

FILOGENIJA BAKTERIJA Ispravka pogrenih koncepcija klasine mikrobiologije, zamena stare taksonomije novom, u kojoj bi bili grupisani filogenetski srodni organizmi, od vitalnog je znaaja za razvoj mikrobiologije. Jedna od metoda koja je unela sutinske promene u klasifikaciji bakterija je metoda sekvenciranja 16S r- RNK. Zahvaljujui njoj tvrdjeno je da su postojala dva evolutivna puta koja su rezultovala u formiranju jasnih filogenetskih ogranienja,a to su: grupe bakterija, arhebakterija i eubakterija.Utvrdjivanjem r-RNK sekvenci izvrena je podela na tri primarna glavna dominiuma : Bacteria, Archaea,Eukariota.Izmeu ovih dominiuma postoji razlika u : grai elijskog zida,hemijskoj prirodi lipida,RNK polimeraze,sintezi proteina.

elijski zidBakterije imaju elijski zid izgradjen od peptidoglikana. Eukariote i Arhea nemaju peptidoglikan. Kod eukariota elijski zid je izgradjen od hitina i celuloze. elijski zid Archaea je izgradjen od polisaharida, proteina i glikoproteina. Konstatuje se velika raznolikost u hemiskom sastavu elijskog zida ali za filogenetski razvoj je znaajno prisustvo ili odsustvo peptidoglikana.

Hemijska priroda membranskih lipidaKoristi se kao negenetiki kriterium za razlikovanje Bakterija od Arheobakterija. Bakterije i Eukarioti sintetiu membranske lipide gradei esterske veze izmedju masnih kiselina I glicerola. Kod Arhea lipidi sadre eterske veze.

RNK polimerazeelije Bakterija imaju prost tip RNK polimeraze sa 4 polipeptida. Arhealne RNK polimeraze imaju vie tipova i kompleksnije je su nego kod Bacteria.RNK polimeraza kod metanogenih Archea i halofilnih sadri 8 polipeptida,hipertermofilne archea sadre 10 polipeptida.Dok glavna RNK polimeraza kod eukariota sadri 10 do 12 polipeptida.

Karakteristike sinteze proteina Mada su ribozomi Archaea I Bacteria iste veliine 70S u poredjenju sa 80S kod Eucariota, vie koraka u arheaealnoj proteinskoj sintezi jae lii na sintezu eukariota.Grana Eubakterija ukljuuje 10 razliitih pravaca (linija), dok Archaeobacteria ukljuuje samo tri. Takodje se istie uloga bakterija u evoluciji eukariota. Sadanje eukariotne elije razlikuju se od primitivnih eukariotskih elija jer sadre organele koje se odlikuju samokopiranjem,a kojeg nema kod pretka.Organele su strukture u eliji koje obavljaju posebne funkcije.Organele kao o su hloroplasti I mitohondrije imaju svoju sopstvenu DNK samim timi gene,a imaju I ribozome.

A R H E O B A C T E R I AArhebakterije su posebna grupa prokariota sa veoma razliitim fenotipom u poredjenju sa grupom eubakterija.U ovu grupu bakterija su svrstane vrste koje stvaraju metan, ekstremni halofili i ekstremni termofili koji metaboiliu sumpor (S). Izgleda da je najstarija arhebakterija bila ekstremni termofil, anaerob, a energiju je dobijala redukcijom sumpora.To je verovatno i najstariji organizam na Zemlji. Dalja evolucija je dovela do metanogeneze i preko halofila koji su sintetisali metan do ekstremnih halofila, aeroba. Fenotip arhebakterija odraava uslove sredine u kojima je nastao (visoka temperatura, odsustvo kiseonika), te se smatra da je ova grupa prokariota primitivnija, medjutim niz komleksnih pitanja u vezi sa arheobakterijama oekuje odgovor.

METANOGENEMetanogene bakterije su striktni obligatni anaerobi. Ove anaerobne bakterije odlikuju se produkcijom veih koliina metan gasa (CH4). Tu spadaju:Methanosarcina grampozitivne koke, Methanobacterium grampozitivni dugi tapii, Methanospirillum , gramnegativan spirilum.

Metanogeneza je konstatovana u anaerobnim habitatima bogitim organsakom materijom, jezersko dno, movare, morsko dno, rumen preivara.TAPIASTE EKSTREMNO HALOFILNE bakterijeOve bakterije zahtevaju za optimalan rast 12- 23% NaCl. Virulentnost ovih organizama zadrava se i na 32%. Ove bakterije razvijaju se u ekstremno slanim morima (Mrtvo more), u industrijskim otpadnim materijama. Ove bakterije su hemoorganotrofi i najvei broj vrsta je obligatni aerob. Neke halobakterije sadre purpurni pigment bacteriorodopsin, koji je lokalizovan zelenom spektru 570nm i konvertuje se suneva svetlost u hemisku energiju.

HIPERTERMOFILNE ARHAEATemperaturni optimum oko 800C. Najvie geotermalnih voda koje sadre sumpor ili sulfide. Uglavnom su obligatni anaerobi, hemoorganotrofi i hemolitotrofi. Pyrodictium- striktni anaerob, ivi na t do 110 C. Sulfolobus je izolovan iz sulfatnih vruih kiselih izvora na temperaturi od 90C i pH od 1-5.Sulfolobus acidocaldarius.

.

,