TAKSONOMI MIKROBIA

8/18/2019 TAKSONOMI MIKROBIA

1/22

MAKALAH MIKROBIOLOGI

“TAKSONOMI MIKROBA”

DISUSUN OLEH

1.

LALU ARYA KASMARA (G1A013020)

2. M. HADORI NAWAWI (G1A013026)

3.

MUH. ANDHI HARDIANTO (G1A013029)

4.

MUHAMAD FAUZAN AZIMA (G1A013030)

5.

MUHAMMAD NIZHAR NAUFALI (G1A013031)6.

MUHAMMAD SIGIT NURCAHYO (G1A013032)

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS MATARAM

2016


2/22

KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan kepada Allah SWT. yang telah melimpahkan rahmat dan

karunia- Nya sehingga kami dapat menyelesaikan makalah mikrobiologi yang berjudul

“TAKSONOMI MIKROBIA”. Tidak lupa juga shalawat serta salam kami haturkan kepada

junjungan Nabi besar Muhammad SAW. yang telah membawa kita dari zaman kegelapan

menuju zaman yang terang benderang.

Kami mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membantu dan kami

menyadari bahwa makalah mikrobiologi yang berjudul “TAKSONOMI MIKROBIA” ini masih

jauh dari kata sempurna. Oleh sebab itu, kami mengharapkan kritik dan saran yang bersifat

membangun demi kesempurnaan makalah ini.

Semoga makalah ini dapat bermanfaat terutama untuk diri kami sendiri dan para pembaca

sekalian.

Mataram, Januari 2016

Penyusun


3/22

DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ............................................................................................................... i

DAFTAR ISI............................................................................................................................. ii

BAB 1. PENDAHULUAN .........................................................................................................

1.1 Latar belakang .....................................................................................................................

1.2 Luaran yang diharapkan ....................................................................................................

BAB II. PEMBAHASAN ...........................................................................................................

BAB 1II. PENUTUP ..................................................................................................................

3.1 Kesimpulan ...........................................................................................................................

DAFTAR PUSTAKA .................................................................................................................


4/22

BAB I

PENDAHULUAN

1.1

Latar belakang

Makluk hidup dalam garis besarnya dibagi 2 (dua) golongan besar yaitu: flora (dunia

tumbuhan dan fauna (dunia hewan). Makhluk hidup yang sangat kecil yang tidak bisa dilihat

oleh mata telanjang disebut mikroorganisme Masing-masing mikroorganisme itu dibagi

dalam: phylum, kelas, ordo, family, genus, dan spesies. Sehingga semua itu diperlukan suatu

cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Dalam mikroorganisme untuk menetapkan

suatu sistem klasifikasi yang mencerminkan dengan semua persamaan dan perbedaannya

dinamakan taksonomi.

Kegiatan di dalam penyusunan taksonomi mikroorganisme adalah pengklasifikasian,

penamaan dan pengidentifikasi yang kesemuanya disebut dengan sistematika mikroba.

Sistem klasifikasi mikroba (bakteri, jamur, virus) didasarkan pada hierarki taksonomi atau

penamaan kelompok atau kategori yang menempatkan spesies pada satu ujung dunia dan di

ujung dunia lainnya, dalam urutan: spesies - genus - famili ordo - kelas - filum atau divisi -

dunia. Mikroorganisme, sebagaimana bentuk-bentuk kehidupan yang lain, diberi namamenurut nomenklatur sistem biner.

Klasifikasi bakteri menurut Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology pada

umumnya diterima secara internasional. Manual ini direvisi secara berkala untuk

memanfaatkan pengetahuan baru melalui penelitian dengan mikroorganisme dan melalui

teknik-teknik baru untuk menganilisis data yang diperoleh. Bergey’s Manual edisi

kedelapan yang sekarang ini, membagi semua bakteri menjadi 19 bagian (kelompok), dan

masing-masing dicirikan oleh sifat-sifat morfologi atau metabolik yang nyata. Tekanan

diberikan pada pengelompokan bakteri yang memiliki ciri-ciri umum dan mudah dikenali.

Tidak ada usaha untuk mengatur penempatan mikroorganisme yang mencerminkan skema

suatu perkembangan evolusi, sebagaimana dilakukan pada edisi-edisi sebelumnya.

Alasannya ialah karena dalam banyak hal pengetahuan kita mengenai mikroorganisme

belum lengkap. Menyusun sistematik dalam dunia mikroorganisme bukanlah pekerjaan


5/22

yang mudah. Kesulitan pertama yang kita hadapi ialah menentukan apakah mikroba itu

golongan hewan atau golongan tumbuhan. Setelah Leeuwenhoek menyelami dunia

mikroorganisme, sarjana zoologi seperti Muller (1773) dan Erlenberg (1838)

menggolongkan bakteri pada protozoa. Baru pada tahun 1872, Cohn sarjana boatni bangsa

Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan ia lebih condong menggolongkan

bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan.

Klasifikasi bakteri secara agak lengkap pada tahun 1875, dan sejak itu diadakan

penyempurnaan secara berangsur-angsur sampai sekarang. Banyak kesulitan dalam

mengklasifikasikan mikroorganisme. Misalnya dalam klasifikasi dari bakteri. Kriteria dalam

klasifikasi berbeda dengan mengklasifikasikan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan tingkat

tinggi yang didasarkan terutama pada sifat-sifat morfologisnya. Tetapi hal ini sulit

dilaksanakan pada bakteri, sehingga klasifikasi bakteri didasarkan sebagian pada sifat-sifat

morfologi dan sifat-sifat fisiologi termasuk imunologi.

1.2

Luaran yang diharapkan

a. Mengetahui dan memahami konsep taksonomi mikrobia

b. Mengetahui ciri-ciri khusus yang dapat dijadikan sebagai dasar pengelompokan atau

klasifikasi mikroba.

c.

Menjelaskan arti kata spesies dan dasar penggolongan organisme ke dalam spesies d. Menjelaskan beragam karakteristik yang digunakan dalam taksonomi dan menerangkan

mengapa asam nukleat mungkin indikator filogeni dan keterkaitan mikroba

e. Menjelaskan skema klasifikasi yang digunakan dalam Bergey's Manual of Systematic

Bacteriology

f. Menjelaskan tiga domain organisme (Bacteria, Archaea, and Eucarya)

g. Menjelaskan sifat dinamis taksonomi bakteri dan tipe data baru yang mendukung


6/22

BAB II

PEMBAHASAN

Menyusun sistematik dalam dunia mikroorganisme bukanlah pekerjaan yang mudah.

Kesulitan pertama yang kita hadapi ialah menentukan apakah mikroba itu golongan hewan atau

golongan tumbuhan. Setelah Leeuwenhoek menyelami dunia mikroorganisme, sarjana zoologi

seperti Muller (1773) dan Erlenberg (1838) menggolongkan bakteri pada protozoa. Baru pada

tahun 1872, Cohn sarjana boatni bangsa Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan

ia lebih condong menggolongkan bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan.

Klasifikasi bakteri secara agak lengkap pada tahun 1875, dan sejak itu diadakan penyempurnaan

secara berangsur-angsur sampai sekarang. Tetapi sampai saat ini dalam penyempurnaan itu

masih belum 100% benar baik dalam kesamaan suhu tubuh dan lain sebagainya masih menjadi

masalah yang tak terselesaikan.

A. Evolusi dan keragaman mikroba

1. Bumi kira-kira berumur kira-kira 4,6 milyar tahun dan sisa-sisa fosil sel prokariotik

berumur 3,5-3,8 milyar tahun terdapat dalam stromatolit dan batuan sedimen. Stromalit

adalah batuan berlapis yang dibentuk dari penggabungan sedimen mineral menjadi

hamparan mikroba (microbial mats), prokariot pertama mungkin bersifat anaerob dan

sianobakteri aaerobik mungkin mungkin muncul 2,5-3,0 milyar tahun yang lalu.

2. Hasil penelitian Carl Woese dan kawan-kawan menyarankan bahwa organisme dibagi

dalam tiga domain:

a) Eukaria meliputi seluruh organisme eukariotik.

b) Bakteria terdiri dari organisme prokariotik yang mempunyai rRNA bakterial and lipid

membran terutama berupa diasil gliserol eter.

c)

Archaea terdiri dari organisme prokariotik yang mempunyai rRNA archaeal dan lipidmembran terutama berupada isoprenoid gliseral dieter atau turunan diglesrol tetraeter.


7/22

The Three-Domain System

3. Sel eukariotik modern yang muncul kurang lebih 1,4 milyar tahun yang lalu berasal dari

prokariot.

a)

hipotesis I: perkembangan kloroplast dan mitokondria merupakan pelipatan

(invaginasi) membran plasma dan kemudian membentuk ruang- ruang

(compartmentalization) dengan fungsi tertentu.

b) hipotesis II: (hipotesis endosimbiotik) menyarankan sebagai berikut:

1) Proses pertama pembentukan sel eukariot adalah pembentuk nukleus (mungkin

fusi bakteri dan archaea purba.

2)

Kloroplas dibentuk ketika bakteri fotosintetik yang hidup bebas bersimbiosis

dengan sel eukariotik primitif (sianobakteria dan proklron disarankan sebagai

kandidat yang paling kuat.

3) Mitokondria mungkin terbentuk melalui proses yang sama (tetua Agrobacterium,

Rhizobium, dan riketsia menjadi kandidatnya).


8/22

c) hipotesis endosimbiotik mendapat dukungan kuat dari penemuan sianobakterium

yang berendosimbiotik dengan protista biflagelata (Cyanophora paradoxa);

sianobakterium berfungsi sebagai chloroplast Cyanophora paradoxa; endosimbiotik

ini dikenal sebagai sianel (cyanelle).

B. Tingkatan Taksonomi (Taxonomic Ranks)

1. Tingkatan taksonomi (dari bawah ke atas) adalah: spesies, genus, famili,ordo, klas, dan

kerajaan (kingdom); Namun, ahli mikrobiologi seringkali menggunakan nama seksi

(suatu pengelompokan yang kurang formal) yang bersifat deskriptif untuk kelompok-

kelompok organisme tertentu, seperti metanogen, purple bacteria, bakteri asam laktat,

dan lain-lain.

2. Kelompok taksonomi dasar adalah spesies

a. Spesies prokariotik tidak didefinikan atas dasar kecocokan (compatibility) reproduktif

seksual (sebagaimana pada organism tingkat tinggi) tetapi didasarkan atas perbedaan

fenotipik dan genotipik; spesien prokariotik adalah koleksi galur ( strain) yang

mempunyai banyak kesamaan sifat yang stabil dan berbeda secara nyata dengan

sekurang-kurang beberapa kelompok galur lain.

b.

Galur adalah populasi organisme yang dapat dibedakan dari sekurang-kurang beberapa pupulasi lain dalam suatu kategori taksonomik, galur dianggap berasal dari

organisme tunggal atau isolat kultur tunggal.

1) Biovar – berbeda secara biokimiawi atau fisiologis

2) Morfovar – berbeda secara morfologi

3) Serovar – berbeda sifat antigenik

c. Galur tipe (Type strain) adalah galur suatu spesies yang dikaji pertama kali (yang

paling rinci dikarakterisasi), galur ini tidak harus anggota yang paling mewakili.

d.

Genus adalah kelompok spesies (satu atau lebih) yang telah ditentukan dengan sangat

baik yang secara jelas terpisah (berbeda) dari genera lain.

3. Dalam sistem nomenklatur binomial yang diajukan oleh Carl von Linne (Carolus

Linnaeus), huruf pertama nama genus ditulis dengan huruf besar dan epitet spesifik

ditulis dengan huruf kecil pada huruf pertamanya (e.g., Escherichia coli); dalam artikel


9/22

ilmiah, huruf pertama genus dapat disingkat penulisan penulisan setelah digunakan

setelah ditulis lengkap pada penulisan sebelumnya. (contoh, E. coli).

C. Sistem Klasifikasi

1. Klasifikasi Alami ( Natural classification) – penataan organisme ke dalam kelompok-

kelompok yang anggota-anggotanya mempnyai banyak kesamaan sifat dan

mencerminkan sebanyak mungkin sifat biologis organisme.

2. Sistem (Phenetic systems) adalah mengelompokkan organisme didasarkan atas

kesamaan secara keseluruhan:

a) Seringkali berupa suatu sistem alami yang didasarkan atas kesamaan karakter.

b) Tidak tergantung pada analisis filogenetik

c)

Menggunakan “unweighted traits”

d) Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak mungkin sifat (attributes).

3. Taksomi Numerik ( Numerical taxonomy):

a) Informasi sifat suatu organisme dikonversikan ke bentuk yang sesuai untuk

analisis numerk dan dibandingkan menggunakan computer

b) Ada atau tidaknya sekuran-kurangnya 50 (sebaiknya beberapa ratus) karakater

dibandingkan; karakter tersebut di antaranya karakter morfologi, biokimiawi, dan

fisiologi)

c) Koefisien asosiasi ditentukan di antara karakter-karakter yang dimiliki oleh dua

organism

1) Koefisien kesesuaian sederhana (Simple matching coefficient ) – proporsi

yang sesuai (match) baik untuk karakter yang ada maupun tidak ada.

2) Koefisien Jaccard ( Jaccard coefficient ) – mengabaikan karakter-karakter

yang tidak ada pada kedua organisme.

3) Nilai-nilai tersebut diatur untuk membentuk matriks kesamaan ( similarity

matrix); organisme dengan kesamaan tinggi dikelompokkan bersama dalam

fenon (phenons).

4) Perbedaan ( significance) fenon tidak selalu jelas terlihat tetapi fenon dengan

kesamaan 80% seringkali dianggap satu spesies (bakteri).

d) Menggunakan unweighted traits.


10/22

e) Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak mungkin karakter (attributes).

4. Sistem filogeneti (filetik) {Phylogenetic (phyletic)-pengelompokan organisme

didasarkan pada hubungan evolusioner

a) Untuk prokariot adalah sulit untuk mengetahui hubungan evolusi karena

kekurangan catatan fosil yang baik.

b) Pembandingan langsung materi genetik dan produk gen seperti rRNA dan

protein dapat digunakan untuk mengatasi kesulitan tersebut di atas.

D. Karakter utama yang digunakan dalam taksonomi

1. Karakter klasik (Classical characteristics)

a)

Karakter morfolofi ( Morphological characteristics)- mudah untuk dianalisis,stabil secara genetis, variasi tidak besar terhadap perubahan lingkungan;

seringkali menjadi indikasi yang baik untuk hubungan filogenetik.

b) Karakter fisiologis dan metabolik ( Physiological and metabolic characteristics)-

berkaitan langsung dengan enzim dan protein transport (produk gen) dan oleh

karenanya secara tidak langsung menunjukkan perbandingan genom mikroba.

c) Karakter ekologi ( Ecological characteristics) – meliputi pola siklus hidup,

hubungan simbiotik, patogenitas, preferensi habitat, dan kebutuhan pertumbuhan.

d)

Analisis genetik (Genetic analysis) – meliputi kajian pertukaran gen kromosomal

melalui konjugasi dan transformasi; proses ini jarang terjadi antar genera; harus

hati-hati untuk mengindari kesalahan yang disebabkan adanya karakter dari

plasmid.

2. Karakter Molekuler ( Molecular characteristics)

a) Pembandingan protein (Comparison of proteins)-berguna sebab merefleksikan

informasi genetik organisme, analisisnya melalui:

1)

Penentuan urutan asam amino protein

2) Perbandingan mobilitas elektroforesis

3) Penentuan reaktivitas silang imunologis (immunological crossreactivity)

4) Perbandingan sifat enzimatis


11/22

b) Komposisi basa asam nukleat

1) Kandungan G+C dapat ditentukan atas dasar suhu leleh (Tm) – suhu (panas)

yang mengakibatkan untai ganda molekul DNA memisah)

2) Secara taksomi berguna karena variasi dalam genus biasanya kurang dari

10% tetapi variasi di antara genera jauh lebih besar, berkisar 25-80%

c) Hibridisasi asam nukleat (Nucleic acid hybridization)

1) Menentukan tingkat homologi urutan

2) Suhu inkubasi mempengaruhi tingkat homologi urutan yang diperlukan untuk

membentuk hibrid stabil

d) Penentuan urutan asam nukleat (Nucleic acid sequencing)

1) Gen rRNA adalah paling ideal untuk perbandingan sebab urutan basa gennya

mengandung urutan yang stabil secara evolusioner (lestari) dan urutan

bervariasi.

2) Sekarang ini, genom prokariotik lengkap telah ditentukan; perbandingan

langsung urutan genom lengkap akan menjadi sangat penting dapam

taksonomi prokariotik.

E. Penilaian filogeni mikroba ( Assessing Microbial Phylogeny)

1. Kronometer molekuler (Molecular chronometers)- asumsi bahwa laju perubahan

adalah konstan merupakan asumsi yang tidak tepat; mungkin asumsi yang tepat, laju

perubahan gen tertentu adalah konstan

2. Pohon filogenetik ( Phylogenetic trees)

a) membuat percabangan yang menghubungkan titik (nodes), yang merupakn unit

taksonomi, seperti spesies atau gen; akar pohon merupakan titik yang bertindak

sebagai tetua (nenek moyang) untuk seluruh organisme yang sedang dianalisis.

b) dibuat dengan membandingkan urutan molekuler dan perbedaan dinyatakan

sebagai jarak evolusioner; kemudian organism dikelompokkan untuk menentukan

tingkat hubungan; atau tingkat hubungan dapat diduga dengan analisis parsimony

yang mengasumsikan bahwa perubahan evolusioner organisme tertentu terjadi

sepanjang jalur terpendek dengan perubahan paling sedikit terhadap tetuanya.


12/22

3. rRNA, DNA, dan protein sebagai indikator filogeni

a) Koefisien asosiasi ( Association coefficients) dari kajian rRNA adalah suatu

ukuran tingkat hubungan (relatedness)

b) Urutan penanda oligonukleotida (Oligonucleotide signature sequences) terdapat

di sebagian besar atau seluruh anggota kelompok filogenetik tertentu dan jarang

atau tidak pernah ada di dalam kelompok lain bahkan yang dekat sekali pun;

berguna pada tingkat kingdom atau domain.

c) Kajian kesamaan DNA jauh lebih efektif pada tingkat genus dan spesies

d) Urutan protein kurang dipengaruhi oleh perbedaan kandung G+C pada organisme

tertentu

e) Analisis tiga tipe molekult tidak selalu menghasilkan pohon evolusi yang sama.

4.

Taksonomi polifasik ( Polyphasic taxonomy)

a) Menggunakan kisaran luas informasi fenotipik dan genotipik untuk

mengembangkan skema taksonomi.

b) Teknik dan informasi yang digunakan tergantung pada tingkat resolusi taksonomi

yang diinginkan (contoh, teknik serologis baik untuk mengidentifikasi galur,

tetapi tidak baik untuk tingkat genera atau spesies.

F. Pengelompokan utama kehidupan (The Major Divisions of Life)

1. Domain


13/22

a) Carl Woese (1980) mahluk hidup terdiri dari 3 kelompok evolusioner (domain)

yg hierarkinya di atas dunia. Woese dan kawan-kawan menggunakan kajian

rRNA untuk mengelompokkan seluruh organisme ke dalam tiga domain.

1) Domain Bakteri (12 kelompok) yang meliputi sebagian besar prokariot;

dinding sel mengandung asam muramik; lipid membran mengandung asam

lemak rantai lurus yang diikatkan oleh ikatan ESTER.

2) Domain Arkhaea (3 kelompok) yang memiliki ciri-ciri prokariot yang

kekurangan asam muramik, mempunyai lipid yang mengandung rantai alifatik

bercabang yang dihubungkan oleh ikatan ETER, kekurangan timidin pada

tangan T molekul tRNA, mempunyai RNA polimerase jelas (distinctive), dan

mempunyai ribosom dengan komposisi dan bentuk berbeda dengan yang

terdapat di bakteri

3) Domain Eukarya (Protozoa, Fungi, Algae, Tumb, Hewan) yang mempunyai

ciri-ciri struktur organ yang dilapisi oleh membran yang lebih kompleks

b) Beberapa pohon filogenetik berbeda telah diusulkan yang menghubungkan

domain utama; beberapa pohon yang diusulkan tidak medukung pola tiga

domain.

c) Salah satu kesulitan dalam mengkonstruksi suatu pohon filogenetik adalah

transfer gen horisontal yang sering terjadi secara luas; pohon yang lebih benar,

mungkin menyerupai jejaring dengan banyak percabangan lateral yang

menghubungan bermacam-macam anak cabang (trunks).

2. Kingdom

a. Sistem 2 kingdom


14/22

Linnaeus (1753) membagi jasad hidup atas dua dunia berdasarkan ciri

kenampakan morfologi luar.

1) Dunia Plantae (Tumb, Algae, Fungi, Bakteri) adalah semua makhluk hidup

yang memiliki ciri-ciri berdinding sel, berklorofil dan dapat berfotosintesis.

2) Dunia Animalia (Hewan dan protozoa) adalah semua makhluk hidup yang

memiliki ciri-ciri tidak berdinding sel, tidak berklorofil dan dapat bergerak

bebas.

b. Sistem 3 kingdom

Haeckel (1866) menggolongkan jasad hidup atas 3 dunia berdasarkan ciri

morfologi (mikroskopis) dan fisiologis.

1) Dunia plantae (Tumb, Algae multiseluler) adalah semua makhluk hidup

yang memiliki ciri-ciri autotrof, eukariot multiseluler, dan reproduksi

dengan spora.

2) Dunia Animalia (Hewan) adalah semua makhluk hidup yang memiliki ciri-

ciri heterotrof dan eukariot multiseluler.


15/22

3) Dunia Protista (Protozoa, Algae uniseluler, Fungi, Bakteri dan Porifera)

adalah semua makhluk hidup yang memiliki ciri-ciri uniseluler atau

multiseluler.

c. Sistem 5 kingdom

1)

Whittaker (1965) membagi lima dunia berdasarkan organisasi internal sel,

nutrisi, dan struktur organisasi seluler.

a) Dunia Monera (Sianobakteri, Eubakteri dan Arkhaebakteri) adalah

makhluk hidup yang memiliki ciri-ciri seluruh organisme prokariotik.

b) Dunia Protista (Protozoa, Alga uniseluler, Jamur lendir) adalah makhluk

hidup yang memiliki ciri-ciri eukariot uniseluler dengan bermacam-

macam mekanisme nutrisi.

c)

Dunia Fungi (jamur, jamur benang, Khamir) adalah makhluk hidup yang

memiliki ciri-ciri eukariot multiseluler dan uniseluler berdinding sel dan

nutrisi absorptif (absorptive nutrition).


16/22

d) Dunia plantae (Tumb dan Algae multiseluler) adalah makhluk hidup

yang memiliki ciri-ciri eukariot multiseluler berdinding sel dan nutrisi

fotoautotropik (photoautotrophic nutrition).

e) Dunia animalia (Hewan) adalah makhluk hidup yang memiliki ciri-ciri

eukariot multiseluer, tidak berdinding sel dan nutrisi ingestive.

2) Banyak ahli biologi tidak menerima sistem Whittaker system, terutama

disebabkan sistem tersebut tidak membedakan bakteri dan archaea.

3) Beberapa sistem alternatif telah disarankan, seperti sistem enam kingdom

dan dua kerajaan (empire), delapan kingdom.

G. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology

1.

Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology edisi pertama- terutama adalah fenetik

(phenetic)

Terdiri dari 33 seksi (sections) dalam empat volume

Masing-masing seksi terdiri dari bakteri yang mempunyai kesamaan karakter

yang secara mudah dapat ditentukan (contoh: morfologi, reaksi gram, hubungan

oksigen) dan memuat judul yang menggambarkan sifat-sifat atau memberikan

nama daerah bakteri

2. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology edisi kedua

Lebih banyak filogenetik daripada fenetik

Terdiri dari lima volume

Survei filogenetik dan keragaman prokariot

a) Volume 1 (of 2nd edition of Bergey’s Manual): The Archaea, Genera bakteri

fototropik dan dekat percabangan dengan archaea

Archaea-dibagi dua phyla

Crenarchaeota- phylum yang beragam terdiri dari organisme

termofilik dan hipertermofilik dan juga beberapa organisme yang

tumbuh di laut pada suhu rendah sebagai picoplankton

Euryarchaeota- terdiri dari terutama prokariot metanogenik dan

halofilik dan uga prokariot termofilik, pereduksi sulfur


17/22

Bakteri

Aquificae - phylum yang terdiri dari bakteri autotropik yang

menggunakan hidrogen sebagai sumber energi; sebagian besar adalah

bakteri termofilik

Thermatogae - phylum yang terdiri dari bakteri gram negatip,

fermentatif termofilik, anaerobik.; mempunyai asam lemak yang tidak

umum

Deinococcus-Thermus – phylum ini meliputi bakteri dengan

resistensi luar biasa terhadap radiasi dan organisme termofilik

Chloroflexi – phylum ini terdiri dari bakteri yang seringkali disebut

bakteri nonsulfur hijau; beberapa melakukan fotosintesis anoksigenik

(anoxygenic), sedangkan yang lain bakteri respiratori dan bergerak

secara gliding ; mempunyai peptidoglikan yang tidak biasa dan tidak

mempunyai liposakarida dalam membran luarnya

Cyanobacteria-phylum yang terdiri dari bakteri fotosintetik

oksigenik

Chlorobi- phylum ini terdiri dari bakteri fotosintetik anoksigenik

yang dikenal sebagai bakteri sulfur hijau

b) Volume 2: Proteobacteria – hanya satu phylum disebut Proteobacteria,

yang terdiri dari banyak ragam bakteri gram negatip.

c) Volume 3: Bakteri gram positip dengan kandungan G+C rendah – hanya

satu philum disebut Firmicutes; seluruhnya mempunyai kandungan G+C

50%; kecuali mycoplasma, yang tidak mempunyai dinding sel, seluruhnya

adalah gram positip; meliputi genera yang menghasilkan endospora

d) Volume 4: Bakteri gram positip dengan kandungan G+C tinggi –

mencakup phylum Actinobacteria; mempunyai kandungan G+C 50-55%;

meliputi bakteri filamentous (actinomycetes) and bakteri dengan dinding sel

yang tidak biasa (mycobacteria)

e) Volume 5: Planctomycetes, Spriocheates, Fibrobacteres, Bacteroidetes,

dan Fusobacteria- campuran dari berbagai jenis kelompok filogenetik


18/22

dengan percabangan dekat yang tidak harus berhubungan satu sama lain

walaupun seluruhnya gram negatip.

Planctomycetes - phylum terdiri dari bakteri dengan sifat tidak biasa,

termasuk dinding sel yang tidak mempunyai peptidoglika dan sel dengan

nukleoid yang diselimuti membran; membelah dengan bertunas dan

membentuk tonjolan (appendages) yang disebut stalks

Chlamydiae - phylum terdiri dari patogen intraseluler obligat yang

mempunyai siklus hidup unik; patogen ini tidak mempunyai

peptidoglikan.

Spirochaetes- phylum terdiri dari bakteri berbentuk heliks dengan

morfologi dan motilitas unik

Bacteroides- phylum yang terdiri dari sejumlah bakteri penting secara

ekologis

H. Klasifikasi lain

1. Klasifikasi Bakteri

Sebagian besar didasarkan pada morfologi dan bentuk metabolisme komposisi

asam nukleat seperti perbandingan dari guanin dan citosin dari DNA baru-baru ini

juga ditentukan dalam taksonomi bakteri. Bargeys Manual dalam bukunya

“Determinative Bacteriology” mengklasifikasikan bakteri ke dalam 35 kelompok

bakteri. Kelompok-kelompok tersebut digambarkan berdasarkan bentuk, struktur sel,

kemampuan bergerak dan kemampuan metabolisme. Bakteri mempunyai beberapa

bentuk yaitu batang, bulat, spiral. Ukuran panjang bakteri dari 0,1 mm sampai

dengan > 500 mm.

2. Klasifikasi Virus

Sistem yang secara paling luas digunakan untuk klasifikasi virus terlihat pada.

Menurut sistem ini, yang diperkenalkan oleh A. Loff dan kawan-kawan dalam tahun

1962, virus dikelompokkan menurut sifat virionnya yaitu semacam asam nukleat,

bentuk susunan kapsid, ada tidaknya selubung dan ukuran kapsid. Pembagian lebih

lanjut didasarkan atas sifat-sifat lain virion itu, seperti sejumlah untaian asam nukleat

(satu atau dua, sifat pertumbuhan virus, seperti kedudukan tempat sintesis virus di

dalam sel dan hubungan timbal balik antara inang dan virus, seperti digambarkan


19/22

oleh kisaran inang. Sistem ini dimaksudkan untuk menggambarkan klasifikasi alami

atau filogenik, berarti sistem ini bukannya mencoba menggambarkan hubungan

evolusioner antara virus-virus. Hubungan yang sama sekali tidak jelas melainkan

sistem ini menggolongkan virus berdasarkan susunan biasa sifat-sifat kimiawi dan

strukturnya yang merupakan sifat tetap yang dapat ditentukan dengan cermat. Virus

hewan telah diklasifikasi dengan beberapa cara. Salah satu cara klasifikasi yang

mula-mula dipakai dulu didasarkan pada afinitas jaringan virus, umpamanya, virus

neutropik (jaringan syaraf) dan virus dermatropik (jaringan kulit). Dengan

berkembangnya metode-metode pengukuran ciri-ciri fisik, kimiawi dan biologis

virus telah terhimpun informasi untuk merumuskan suatu skema klasifikasi yang

didasarkan pada sifat-sifat ini untuk semua virus. Virus hewan telah ditempatkan

kedalam famili-famili. Nama-nama spesies belum dirumuskan karena pengetahuan

mengenai virus belum memadai untuk taraf taksonomi. Virus tumbuan mempunyai

nama-nama kelompok yang deskriptif tetap tanpa famili atau genus contohnya

adalah virus mozaik ketimun.

3. Klasifikasi Fungi

Fungi atau cendawan adalah organisme heterotrofik mereka memerlukan

senyawa organik untuk nutrisinya. Bila mereka hidup dari benda organik mati yang

terlarut, mereka disebut saprofit. Saprofit menghancurkan sisa-sisa tumbuhan dan

hewan yang kompleks, menguraikannya menjadi zat-zat kimia yang lebih sederhana,

yang kemudian dikembalikan ke dalam tanah, dan selanjutnya meningkatkan

kesuburannya. Jadi mereka dapat sangat menguntungkan bagi manusia. Sebaliknya,

mereka juga dapat merugikan kita bilamana membusukkan kayu, tekstil, makanan

dan bahan-bahan lain. Cendawan saprofisik juga penting dalam fermentasi industri,

misalnya pembuatan bir, minuman anggur dan produksi antibiotik seperti penisilin.

Peragian adonan dan pemasakan beberapa keju juga bergantung kepada kegiatan

cendawan. Beberapa fungi meskipun saprofitik, dapat juga menyerbu inang yang

hidup lalu tumbuh dengan subur di situ sebagai parasit. Sebagai parasit mereka

menimbulkan penyakit pada tumbuhan dan hewan, termasuk manusia. Akan

tetapi,diantara sekitar 500.000 spesies cendawan, hanya kurang lebih 100 yang

patogenik terhadap manusia. Banyak cendawan patogenik, misalnya Histoplasma


20/22

capsulatum, yang menyebabkan histoplasmasis (infeksi mikosis pada sistem

retikuloendotelium yang meliputi banyak organ), dapat juga hidup sebagai parasit.

Fungi seperti itu menunjukkan demorfisme; artinya mereka dapat ada dalam

uniseluler seperti halnya khamir ataupun dalam bentuk benang(filamen) seperti

halnya kapang.


21/22

BAB III

PENUTUP

3.1

Kesimpulan

Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat

dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat

melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain.

1. Konsep taksonomi mikrobia adalah ilmu yang mengkaji klasifikasi biologis untuk

mengelompokan mikrobia yang sama dan mengorganisasikan kelompok mikrobia ini ke

dalam penataan hirarki tanpa tumpang tindih.

2. Klasifikasi didasarkan atas analisis huhungan evolusi (klasifikasi filogenetik atau filetik)

atau kemiripan (klasifikasi fenetik). Hasil analisis ini seringkali diringkas dalam diagram

mirip pohon yang disebut dendogram.

3. Kelompok taksonomik dasar adalah spesies, yang ditentukan baik dalam hal reproduksi

seksual maupun kemiripan umum.

4. Karakteristik fisiologis, metabolik, ekologis, genetik, dan molekuler secara keseluruhan

berguna dalam taksonomi karena semua mencerminkan organisasi dan aktivitas genom.

Urutam asam nukleat diduga merupakan indikator filogeni dan hubungan mikroba

terbaik.

5. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology edisi pertama adalah fenotipik dan

membagi bakteria berdasarkan atas karakter yang mudah ditentukan seperti bentuk, sifat

pewarnaan Gram, hubungan oksigen, dan motilitas. Edisi keduanya, dengan lima

volume dan 30 seksinya, diorganisasikan secara filogenetik dan membagi prokariot ke

dalam dua domain dan sekurang-kurangnya 14 kingdom.

6. Kelompok prokariotik (archaeobacteria dan eubacteria) muncul pertama kali, kemudian

kelompok eukarot.; organisme tersebut dikelompokkan dalam dalam tiga domain:Eubacteria (Bacteria), Archaea, and Eucarya. Ketiga domain ini berbeda satu sama lain

dalam urutan rRNA dan banyak karakter yang lain.

7. Taksonomi bakteri berubah sangat cepat sejak masuknya data baru, khususnya data yang

diperoleh menggunakan teknik molekuler seperti komparasi struktur RNA ribosomal

dan urutan kromosom. Hal ini akan mengarah ke klasifikasi fiogenetik baru.


22/22

DAFTAR PUSTAKA

( https://id.wikipedia.org/wiki/Kerajaan_%28biologi%29 )

( http://ugeex.blogspot.co.id/2009/03/klasifikasi-mikroba.html ) http://www.kamusq.com/2012/11/sistem-klasifikasi-2-kingdom-pengertian.html

The Tree of Life

( http://phylogeny.arizona.edu/tree/phylogeny.html )

Bergey's Manual of Determinative Bacteriology

( http://server.mph.msu.edu/bergeys/ )

Pramono, Hendro. 2007. Catatan Kuliah Mikrobiologi Dasar. www.unsoed.ac.id. Diakses

tanggal 5 November 2013.
https://id.wikipedia.org/wiki/Kerajaan_%28biologi%29https://id.wikipedia.org/wiki/Kerajaan_%28biologi%29https://id.wikipedia.org/wiki/Kerajaan_%28biologi%29http://ugeex.blogspot.co.id/2009/03/klasifikasi-mikroba.htmlhttp://ugeex.blogspot.co.id/2009/03/klasifikasi-mikroba.htmlhttp://ugeex.blogspot.co.id/2009/03/klasifikasi-mikroba.htmlhttp://www.kamusq.com/2012/11/sistem-klasifikasi-2-kingdom-pengertian.htmlhttp://www.kamusq.com/2012/11/sistem-klasifikasi-2-kingdom-pengertian.htmlhttp://phylogeny.arizona.edu/tree/phylogeny.htmlhttp://phylogeny.arizona.edu/tree/phylogeny.htmlhttp://phylogeny.arizona.edu/tree/phylogeny.htmlhttp://server.mph.msu.edu/bergeys/http://server.mph.msu.edu/bergeys/http://server.mph.msu.edu/bergeys/http://www.unsoed.ac.id/http://www.unsoed.ac.id/http://www.unsoed.ac.id/http://server.mph.msu.edu/bergeys/http://phylogeny.arizona.edu/tree/phylogeny.htmlhttp://www.kamusq.com/2012/11/sistem-klasifikasi-2-kingdom-pengertian.htmlhttp://ugeex.blogspot.co.id/2009/03/klasifikasi-mikroba.htmlhttps://id.wikipedia.org/wiki/Kerajaan_%28biologi%29

Documents

TAKSONOMI MIKROBIA