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농업부문 부가가치세

제도 개선을 위한 기초연구

농업부문 부가가치세

제도 개선을 위한 기초연구

P 243 | 2017

농업부문

부가가치세

제도

개선을

위한

기초연구

P 243 | 2017. 12. |

임소영·박지연

농업부문_P.indd 1-3 18. 5. 18. 오전 11:29

농업부문 부가가치세

제도 개선을 위한 기초연구

P 243 | 2017. 12. |

임소영·박지연

연구 담당

임소영︱부연구위원︱연구 총괄, 제1∼4장 집필박지연︱연구원︱제2, 4장 집필

연구보고 P243

농업부문 부가가치세 제도 개선을 위한 기초연구

등 록︱제6-0007호(1979. 5. 25.)발 행︱2018. 2.발행인︱김창길발행처︱한국농촌경제연구원

우) 58217 전라남도 나주시 빛가람로 601

대표전화 1833-5500

인쇄처︱(주)현대아트컴 02)3708-7500I SBN︱979-11-6149-168-4 93520∙ 이 책에 실린 내용은 출처를 명시하면 자유롭게 인용할 수 있습니다. 무단 전재하거나 복사하면 법에 저촉됩니다.

i

머 리 말

미가공 식료품은 국민 기초생활품목으로서 부가가치세가 면세되고 있다. 미

가공 식료품 부가가치세 면세는 저소득층의 가계비 부담을 완화하고 농업인의

부가가치세 신고 부담이 없어진다는 점에서 국가경제에 기여하고 있지만 면세

제도로 인한 사회경제적 비용도 발생하고 있다.

미가공 식료품 면세제도와 관련하여서 농업 전후방 산업에 적용되는 조세특

례로 인해 농업 관련 부가가치세제가 매우 복잡하다는 점, 미가공 식료품의 면

세범위가 모호한 데서 발생하는 행정비용, 부가가치세의 신고와 납부가 이루어

지지 않음으로 인한 농산물 유통질서 교란, 농가의 부가가치세 신고의무가 없

음으로 인한 농가 매출(또는 소득)자료의 부재 등이 그러한 예이다.

이에 이 연구는 미가공 식료품에 대한 부가가치세 면세가 도입 목적을 달성

하고 있는지와 현재의 제도를 운영하는데 드는 사회경제적 비용의 내용과 규

모가 어느 정도인지 구체적으로 살펴보고, 현재의 제도를 그대로 유지하는 것

이 바람직한지 평가하는 데 그 목적이 있다.

또한 부가가치세가 정착되어 있는 외국의 사례를 살펴봄으로써 우리나라 농

업 관련 부가가치세제의 발전 방향에 필요한 시사점을 얻으려고 한다. 모쪼록

이 연구가 농업 관련 부가가치세제의 개선을 위한 기초자료로서 활용되어 국

내 농업 발전에 기여하기를 바란다.

2018. 2.

한국농촌경제연구원장 김 창 길

iii

요 약

미가공 식료품은 국민 기초생활품목으로서 부가가치세가 면세되고 있다. 미

가공 식료품에 대한 부가가치세가 면세됨으로써 저소득층의 가계비 부담을 완

화하고 농업인의 부가가치세 신고 부담이 없어진다는 점에서 면세제도는 장점

을 가지고 있다. 그러나 동시에 미가공 식료품에 대한 면세제도는 부작용도 유

발하고 있다. 또한 도입 당시에 비해 국민 소비생활에서 식료품이 차지하는 비

중이 감소하였기 때문에 세부담 절감 효과는 과거에 비해 감소하였다.

이에 이 연구는 미가공 식료품에 대한 부가가치세 면세가 도입 목적을 달성

하고 있는지와 현재의 제도를 운영하는데 드는 사회경제적 비용의 내용과 규

모가 어느 정도인지 살펴보고 현재의 제도를 그대로 유지하는 것이 바람직한

지 평가하는 데 그 목적이 있다.

미가공 식료품에 대한 면세제도는 저소득층의 생활비 부담 경감을 통한 세

부담의 역진성 완화가 주목적이며, 농업인의 납세협력비용 감소가 부수적인 목

적이라고 할 수 있다.

면세제도의 첫 번째 목적인 저소득층의 생활비 부담 경감의 측면에서 해당

제도를 평가하기 위하여 도시가계조사를 이용하여 소득계층별 식품 소비지출

비중을 살펴보았다. 그 결과 세부담 역진성 완화라는 목적은 현재에도 달성되

고 있는 것으로 판단된다. 가계소득이 낮을수록 미가공 식료품이 전체 식품소

비지출에서 차지하는 비중이 높기 때문이다. 즉 면세효과가 저소득층에 더 많

이 나타난다고 할 수 있다.

그러나 두 가지 측면에서는 면세효과가 반감되고 있다. 첫 번째, 가계소비에

서 식생활이 차지하는 비중이 매우 높았던 도입 당시의 경제적 상황과 비교해

볼 때 현재의 면세효과는 이전에 비해 낮을 것으로 판단된다. 가계소득이 증가

하면서 가계의 소비지출 중 미가공 식료품, 가공식품, 외식을 포함한 식품 소비

지출의 비중은 지속적으로 감소하였다. 식품 소비지출 비중은 1990년에 34.6%

였으나 2016년에는 26.9%로 하락하였다. 이러한 현상은 전 소득계층에 걸쳐

iv

나타나고 있어 소득계층 간 재분배 효과가 있다 하더라도 그 효율은 이전에 비

해 낮을 것으로 판단된다.

두 번째, 외식 및 가공식품이 식품소비에서 차지하는 비중이 증가하면서 면

세효과의 누수현상이 확대되고 있다. 소득 증가와 함께 여성의 경제활동 확대,

1인 가구의 확산은 외식과 가공식품 소비 증가로 이어지고 있다. 가공식품과

외식은 미가공 식료품을 중간재로 사용하여 생산되는 재화이며, 이들의 소비가

증가할수록 면세의 누적효과와 환수효과가 증가하여 면세의 실질적인 효과는

감소한다.

미가공 식료품에 대한 면세의 부수적인 목적으로서 농업인의 납세 관련 행

정부담을 야기하지 않겠다는 측면에서 현재의 제도는 그 목적을 분명하게 달

성하고 있다. 간단한 추산 결과, 농업인이 부가가치세를 납세하지 않음으로써

절감하고 있는 금액은 2,411억 원가량으로 추정된다. 그러나 이는 부가가치세

뿐만 아니라 소득세를 비롯한 모든 세목을 포함하고 있는 금액이며 농업인이

여타 조세특례를 활용하기 위하여 지불해야 하는 납세협력비용을 고려할 때

부가가치세 면세로 인해 실제로 절감된 금액은 이보다 훨씬 적을 수 있다.

따라서 미가공 식료품에 대한 면세가 우리 경제에 미치고 있는 긍정적 효과

가 분명하게 있으나 제도 도입 시 목적에 비하면 면세효과는 반감되는 측면이

있다고 결론을 내릴 수 있다.

뿐만 아니라 미가공 식료품에 대한 면세를 유지하는 데 적지 않은 사회적 비

용이 지출되고 있다. 미가공 식료품 면세제도가 농업 관련 부가가치세제를 매

우 복잡하게 만드는 데서 발생하는 사회경제적 비용과 미가공 식료품의 면세

범위가 모호한 데서 발생하는 행정비용, 부가가치세의 신고와 납부가 이루어지

지 않음으로 인한 농산물 유통질서 교란, 공신력 있는 농가 매출(또는 소득)자

료의 부재로 인한 농정발전 저해, 농가경영발전 저해 등 눈에 보이지 않는 비

용들이 그러한 예이다.

농업인이 부가가치세 신고를 하지 않기 때문에 원칙적으로 농업인은 영농기

자재에 부과되는 부가가치세를 공제받을 수 없다. 이를 보완하기 위하여 영농

기자재 부가가치세 영세율, 영농기자재 부가가치세 사후환급 등 다양한 조세특

v

례가 운영되고 있다. 또한 면세 농산물을 구매하는 외식업자나 가공업자들에게

농산물 가격의 일정 부분을 매입세액으로 보고 이를 공제해 주는 제도(농산물

등 의제매입세액공제)가 있다. 이는 농업인이 판매한 면세 농산물에 대해 세금

계산서를 발행할 수 없으므로 운영되고 있는 제도이다. 이처럼 농업 전후방 산

업에 적용되고 있는 조세특례들은 미가공 식료품에 면세를 하기 때문에 운영

되고 있으며, 이러한 조세특례들로 인해 부가가치세제가 매우 복잡해졌다. 복

잡한 세제로 인하여 우리 사회는 사회경제적 비용을 지불하고 있다.

또한 면세되는 미가공 식료품의 범위가 모호하여 면세 관련 법 해석을 둘러

싼 행정적 비용이 발생하고 있다. 면세되는 식료품은 관세율표를 이용하여 목

록화되어 있으나 실제로는 포장단위, 가공의 정도에 따라서 면세 적용 여부가

달라지기 때문에 이로 인한 혼란이 현장에서 발생하고 있다.

미가공 식료품 면세제도가 유발하는 또 다른 문제점은 농산물 유통거래 질

서의 훼손이다. 농산물 판매자는 부가가치세 신고의 의무가 없으므로 세금계산

서를 발행할 필요가 없어 무자료 거래가 보편화되어 있다. 이로 인해 농산물

거래가 불투명해져 농산물 유통과정에서 탈세가 일어날 가능성이 높아진다.

또한 농가경영의 선진화와 소득기반정책으로의 정책 방향 전환을 위해서는

농가의 매출(또는 소득)자료 축적이 필수적인 선행조건이지만 농업인이 부가

가치세 신고의무를 지지 않기 때문에 농업인의 매출자료 축적이 이루어지지

않고 있다.

반면 부가가치세제를 운영하고 있는 외국에서는 식료품에 대하여 원칙적으

로 과세하되 낮은 세율을 적용하고, 일정 수준 이하의 매출이나 또는 농업인인

경우에는 부가가치세 신고를 면제해 주고 있다. 대신 신고를 면제하면서도 매

입세액을 공제받을 수 있도록 하는 제도를 운영하고 있어 농업인과 농산물 구

매자의 행정부담은 줄고 신고하는 것과 유사한 효과를 누리고 있다. 다만 품목

에 따라서 복수의 세율이 적용된다는 점에서는 부가가치세제가 다소 복잡해지

고 있으나, 농업 전후방 산업에 조세특례를 별도를 적용하는 일이 없기 때문에

상대적으로 외국의 부가가치세제는 우리나라에 비해 간소화되어 있다.

지금까지의 검토 내용을 종합해 보면, 미가공 식료품 면세제도가 가지고 있

vi

는 편익에도 불구하고 비용이 크게 발생한다는 점을 고려할 때 미가공 식료품

의 면세제도를 유지하는 것이 국가 경제의 관점에서는 바람직하지 않다고 판

단된다. 따라서 현재의 면세제도는 장기적으로는 바뀔 필요성이 있다.

그러나 미가공 식료품 면세제도를 폐지하면 생산자와 소비자의 세부담 또는

행정부담 증가가 따라올 것이 분명하므로 세제 개편에는 신중한 접근이 필요

하다. 과세 전환 시 가계의 식품소비 지출 부담 증가, 부가가치세 과세에 따른

농산물 수요 감소 등 농업인과 도시 가계에 미치는 영향을 종합적으로 분석하

여 세제 변화로 인한 경제적 부담을 최소화할 수 있도록 개편안을 마련해야 할

것이다.

또한 농업인의 납세협력비용 절감을 위한 장치가 마련되어야 한다. 미가공

식료품에 대해서 부가가치세가 과세된다면 농업인은 납세를 위한 제반의무를

이행해야 한다. 그러나 복잡한 세제를 이해하고 납세준비를 하는 것이 농업인

에게 적지 않은 부담으로 작용할 것이다. 따라서 농업인의 납세를 돕는 제도적

장치가 우선적으로 마련되어야 한다. 구체적인 방안 수립을 위해서는 외국의

사례를 참고하여 적용가능성을 검토할 필요가 있다.

부가가치세 제도 변화가 경제에 미치는 파급영향에 대해서는 보다 정밀한

분석이 필요하므로 농산물 생산자와 소비자의 세부담 및 후생 변화에 대한 후

속연구가 필요하다. 현재 제도의 대안으로서 다양한 시나리오를 제시하고, 세

제 개편을 했을 때의 농산물 공급 및 수요 변화를 예측하여, 그 결과를 바탕으

로 소비자의 세부담과 농가의 농업수입 변화를 평가할 필요가 있다.

vii

차 례

제1장 서론

1. 연구배경 및 필요성 ·····················································································1

2. 연구목적 ········································································································2

3. 연구내용 ········································································································3

4. 선행연구 ········································································································4

제2장 농산물 관련 부가가치세제 운영 현황

1. 부가가치세 일반 현황 ·················································································7

2. 농업 관련 부가가치세제 운영 현황 ·························································19

제3장 농산물 부가가치세 면세제도 평가

1. 정책목적 달성 여부 평가 ··········································································39

2. 농산물 면세제도의 문제점 ········································································45

제4장 농식품 관련 부가가치세제 해외사례

1. 농업 관련 부가가치세 부과 현황 ·····························································57

2. 농식품 관련 부가가치세 특례 ··································································62

3. 소결 ············································································································68

제5장 결론 ········································································································ 71

부록

1. 농업 관련 부가가치세 특례에 대한 농업인 인식 조사 ·························75

2. 일본의 경감세율 도입 ···············································································87

3. 납세 관련 용어 설명 ·················································································91

참고문헌 ·············································································································· 93

viii

표 차례

제2장

최근 4년간 세목별 세수 ···································································8

농산물이 중간투입재로 사용된 경우 부가가치세 계산 ··············16

일반과세자·간이과세자·면세사업자의 비교 ··································19

농식품 관련 법령 개정 내역 ·························································22

면세 대상 식료품 ············································································24

조세지출 현황과 액수 ·····································································27

영세율 적용대상 품목 ·····································································29

부가가치세 환급대상 품목 ·····························································31

농업용 면세유 감면의 법령과 내용 ··············································33

면세유류 공급대상 농업기계 ·························································36

사업유형별 의제매입세액공제율 ····················································37

연도별 의제매입세액공제 조세지출액 ··········································38

제3장

소득분위별 식품 지출 비중 변화 ··················································41

농식품의 실효세율 추정치(2014년 기준) ·····································43

영세율 및 사후환급 제도의 인지도 ··············································49

사후환급 절차의 난이도 ·································································50

면세유 제도에 대한 불만(중복응답 포함) ····································50

식료품의 과세 여부 판정사례 ························································53

제4장

국가별 농식품 부가가치세율 ··························································59

ix

영농 투입재의 부가가치세율 ··························································61

국가별 부가가치세 신고 면제 기준 ··············································63

EU 회원국의 보상비율 ···································································66

부록

회의개최 개요 ··············································································76

응답자 일반 현황 1 ·····································································80

응답자 일반 현황 2 ·····································································81

영세율 품목 인지 여부 ·······························································81

주로 구매하는 영세율 품목 ························································81

영농기자재 주 구매처 ·································································82

기자재 구입 시 영세율 적용 품목 인지 여부 ·························82

영농기자재 구입 시 농업인 확인 여부 ·····································82

부가가치세 사후환급제도 인지 여부 ·········································83

사후환급제도를 알게 된 경로 ····················································83

사후환급 신청 경험 여부 ···························································83

사후환급 대상품목 중 신청 비율 ··············································84

사후환급 미신청 사유 ·································································84

환급신청절차의 용이성 ·······························································84

환급신청절차가 어려운 이유 ······················································84

최신기자재의 사후환급 대상 품목 반영 여부 ·························85

면세유 배정량과 사용량 ·····························································85

면세유 배정량의 충분성 ·····························································86

면세유 배정량이 불충분한 이유 ················································86

면세유 제도에 대한 불만 ···························································86

일본의 적격청구서 등 보존방식의 도입계획 ···························90

납세관련 용어 설명 ·····································································91

x

그림 차례

제2장

일반과세자 과세체계 ·····································································10

간이과세자 과세체계 ·····································································11

농업용 기자재 부가가치세 환급절차 ··········································32

면세유 공급 절차 ··········································································34

제3장

연도별 식품소비 비중 ···································································40

우리나라의 농산물 관련 부가가치세 부과 현황 ························46

농산물의 면세 범위 ·······································································56

제4장

외국의 농산물 관련 부가가치세제 ··············································68

국가별 과세자 유형 ·······································································69

부록

세액계산 방법 및 특례의 시행 스케줄 ·······································89

제1 장

서 론

1. 연구배경 및 필요성

부가가치세는 국내에서 생산되는 재화와 용역에 부과되고 있는 것으로서 농

업 부문과 관련해서는 다양한 특례가 운영되고 있다. 그중에서도 미가공 식료

품과 비식용 농‧임‧수산물에 대한 부가가치세 면제가 대표적인 사례이다. 미가

공 식료품은 국민기초생활필수품으로, 이에 대한 부가가치세 면제는 저소득층

의 가계 부담을 줄이기 위하여 도입되었다.

식료품에 대한 부가가치세 면세는 여러 측면에서 긍정적인 효과를 가지고

있다. 우선 저소득층의 경제적 부담을 줄여주고 소득재분배에 기여할 수 있다.

또한 농업인이 납세를 위해 지는 부담, 즉 납세협력비용을 감소시키는 효과가

있다.

현재의 부가가치세 면세제도는 긍정적인 효과가 있지만 제도를 유지하는 데

따르는 다양한 문제점도 수반하고 있다. 우선 미가공 식료품에 대한 면세로 인

해 농업 관련 부가가치세제가 매우 복잡해졌다. 농업인에게 부가가치세 납부

및 신고의무가 없기 때문에 발생하는 한계들을 보완하기 위하여 농업 전‧후방

산업에 적용되는 부가가치세 특례들이 다수 운영되고 있다. 제도가 복잡해지면

이로 인한 효율 비용이 증가하게 된다.

또한 미가공 식료품과 가공 식료품을 차별 과세하는 현재의 제도가 경제적 정

2

당성을 확보하지 못하고 있다는 점, 면세와 과세를 구분짓는 기준이 모호하여 면

세 판정을 위한 행정비용이 발생한다는 점이 문제가 되고 있다.

한편 미가공 식료품에 대한 면세로 인해 농축산물의 무자료 거래가 관행이

되어 유통거래질서 확립이 어렵다는 것도 문제점으로 지적되고 있다. 뿐만 아

니라 도입 당시의 경제적 상황과 현재의 경제적 상황에는 큰 차이가 있다. 부

가가치세 면세제도는 저소득층의 경제적 부담을 완화하겠다는 의도로 1977년

에 도입되었다. 1970년대에 가계 지출에서 식료품이 차지하는 비중은 40%가

량에 이르렀으나 경제 발전과 함께 소득이 증가하면서 가계 지출에서 식료품

이 차지하는 비중은 지속적으로 감소하였다. 또한 국민 식생활에서 외식이 차

지하는 비중이 과거에 비해 커지는 반면 미가공 농산물을 소비자가 직접 구매

하는 비중은 감소하고 있다.

소득 증가로 인한 식료품 비중 감소와 외식 비중 증가는 부가가치세 면제로

인한 소득재분배 효과를 반감시키는 요인으로 작용하고 있으며, 이러한 환경변

화는 미가공 식료품에 대한 부가가치세 면세제도를 그대로 유지하는 것이 바

람직한가에 대한 의문을 증폭시킨다.

따라서 미가공 식료품 면세가 도입된 1977년으로부터 41년이 지난 지금, 과

거에 비해 면세의 긍정적 효과는 줄고 부정적 효과가 커지지는 않았는지, 도입

당시의 경제상황과 달라진 현재에도 동 제도를 계속해서 운영하는 것이 바람

직한지 검토할 필요가 있다.

2. 연구목적

이 연구의 목적은 농업 관련 부가가치세제의 개편 필요성에 대한 검토를 하

는 것이며 특히 미가공 식료품에 대한 부가가치세 면세제도를 평가하는 것이

연구의 주목적이라고 할 수 있다.

3

이 연구는 미가공 식료품에 대한 면세제도가 도입 목적을 어느 정도 달성하고

있는지, 또 그에 따른 사회경제적 비용은 어느 정도 되는지 검토한다.

미가공 식료품 면세의 사회경제적 효과 평가에는 통업 전후방 산업에 적용

되는 특례들까지 고려하여야 정확한 평가를 하였다고 할 수 있다. 이에 이 연

구에서는 미가공 식료품에 대한 부가가치세 면세뿐만 아니라 그로 인해 파생

된 영농 투입재에 대한 부가가치세 특례, 농산물 의제매입세액 공제 등 농식품

관련 부가가치세 제도 전반을 살펴봄으로써 농산물 관련 부가가치세제의 전체

적인 현황과 문제점을 다루는 것을 포함한다.

또한 외국의 농식품 관련 부가가치세제의 운영 현황을 살펴보고 우리나라의

농업 관련 부가가치세제에 대한 시사점을 찾고자 한다.

3. 연구내용

미가공 식료품 면세에 대한 평가를 하기 위해서는 우선 부가가치세의 개념과

원리에 대한 이해가 선행되어야 한다. 따라서 연구의 서두에서는 부가가치세의

경제적 원리와 면세제도와 영세율 제도 비교 등 부가가치세제 운영 현황을 살

펴보고 각 제도의 경제적 효과를 개념적으로 풀이하였다. 또한 미가공 식료품

면세뿐만 아니라 영농 투입재 관련 조세특례와 농식품 관련 조세특례 등 농업

전후방 산업에 적용되고 있는 조세특례들의 운영 현황도 함께 살펴보았다.

이어 3장에서는 미가공 식료품 부가가치세 면세제도의 정책 목적 달성 여부

와 문제점에 대하여 평가하였다. 4장에서는 해외에서의 식료품 관련 부가가치

세제 운영현황을 살펴보고 시사점을 도출하였다.

4

4. 선행연구

기존 연구에서 미가공 농산물에 대한 면세제도는 대체적으로 역진성 완화에

기여하는 것으로 평가된다(김유찬‧이혜진 2012; 오연천 1987; 홍성훈‧성명재

2013).

오연천(1987)은 모든 소비지출에 부가가치세가 과세되는 경우와 식료품에

대하여 면세하였을 경우를 가정하여 실효조세부담률의 분포를 비교하였는데

미가공 식료품에 과세한 경우에 부담배분상태는 미가공 식료품에 면세한 경우

의 부담배분상태보다 더 높은 역진성을 나타내고 있음을 보여주었다.

홍성훈‧성명재(2013)는 소득계층별 소비지출 중 식품류 비중을 살펴본 결과,

소득이 높아질수록 식품류의 비중이 낮아지므로 식품류 전체에 대한 부가가치

세 면세제도를 없애면 저소득층의 세부담이 고소득층보다 커질 것이라고 주장

하였으며 부가가치세 면세제도가 소득재분배에 기여하고 있음을 보여주었다.

다만 현재와 같은 소득재분배 수준을 유지하기 위해서는 상당한 규모의 세수

손실을 감내해야 하므로 보다 적은 비용으로 현재와 같은 소득재분배 수준을

유지할 수 있는 방안을 찾을 필요가 있다는 점을 지적하였다.

그러나 면세제도가 가진 부작용과 달라진 경제환경을 감안한다면 현재의 면

세제도를 계속적으로 유지해야 할 것인지 검토할 필요가 있다는 것이 선행연

구의 전반적인 의견이다(김유찬‧이혜진 2012; 오연천 1987; 홍성훈‧성명재

2013; 정유석 2012).

선행연구에서 제시한 미가공 식료품 부가가치세 면세의 문제는 미가공 식료

품과 가공 식료품 간, 국내산 비식용 농‧수‧축‧임산물과 수입산 비식용 농‧수‧

축‧임산물 간의 과세 차별이다.

김유찬(1995)은 국내산 비식용 농‧수‧축‧임산물과 수입산 비식용 농‧수‧축‧

임산물에 대한 과세 차별이 국제 통상에서 문제가 될 수 있다는 점을 문제점으

로 제기하였다.

김유찬‧이혜진(2012)은 소득계층별 소비조사에서 저소득층의 가계 소비지출

5

에서 미가공 식료품이 차지하는 비중이 가공 식료품에 비해 더 높지 않다는 점

을 들어, 부가가치세 과세에 있어서 미가공 식료품과 가공 식료품을 차별하는

것은 경제적 근거가 약하다고 주하였다.

정유석(2012)은 미가공과 가공의 구분이 모호한 것이 논란을 야기시키고 있

다며 식료품 중 일정한 범위를 설정하여 경감세율을 적용하는 것이 바람직하

다고 주장하였다.

일부 학자들은 면세제도 자체의 문제점 외에도 면세제도로 인해 운영되고

있는 여러 조세특례가 불필요한 행정비용을 야기한다며 미가공 농산물에 대한

면세제도를 과세로 전환해야 한다고 주장하였다(김미복‧김수석 2011; 이성식

2008; 장기용 2013; 최기호‧정지선‧최보람 2013).

김미복‧김수석(2011)은 현재의 농업 관련 부가가치세제가 매우 복잡하여 시

장의 효율성이 떨어진다고 평가하고, 미가공 식료품에 대해서 원칙적으로는 과

세하되 신고 면제 대상자를 확대하는 방식으로 부가가치세제를 개편할 필요가

있다는 의견을 제기하였다. 농업인이 부가가치세제 체계 안에 편입되면 자연스

럽게 부가가치세제가 간소화되고 농산물 거래가 투명해지는 등의 시장의 효율

화가 가능할 것으로 보고 있다.

이성식(2008)은 농산물과 농어민을 대상으로 한 조세특례가 조세제도를 복

잡하게 만들고 있으므로 미가공 농산물을 과세 전환할 필요가 있다고 주장하

였다.

장기용(2013)은 의제매입세액공제가 면세로 인한 누적효과를 제거한다는 데

그 목적이 있지만 실제로 의제매입세액공제를 통해 제거할 누적효과의 발생량

은 미미한 수준이므로, 의제매입세액공제를 폐지하고 농산물을 과세 전환하는

것이 바람직하다는 의견을 제시하였다.

최기호‧정지선‧최보람(2013)은 농업분야 조세지출을 정비하고 관련 세제를

단순화할 필요성이 있음을 주장하였으며, 농업인을 영세율 사업자로 간주함으

로써 현재의 세제를 단순화하는 방안을 제시하였다.

선행연구는 현재의 면세제도를 폐지할 때의 대안으로서 영세율, 경감세율 적

용이나 농업인에 대한 과세특례 등을 제시하고 있다. 또한 면세제도를 폐지할 때

6

나타날 수 있는 가장 큰 문제점은 농업인의 납세협력비용이 증가하는 것이므로

이를 줄일 수 있는 방안을 찾을 필요가 있다고 지적하였다.

미가공 식료품의 면세와 관련된 기존 연구는 대부분 면세제도가 역진성 완

화에 기여하고 있다는 점은 인정하고 있지만 여러 가지 부작용을 감안할 때 미

가공 식료품에 대한 면세제도를 유지하는 것이 바람직하지 않다는 의견을 제

시하고 있다. 기존 연구에서는 미가공 식료품의 면세제도나 의제매입세액공제

와 관련하여 문제점을 제기하고 있으나 전후방 산업에 적용되는 조세특례까지

모두 고려하여 종합적으로 평가를 내리지는 못하고 있다.

제2 장

농산물 관련 부가가치세제 운영 현황

1. 부가가치세 일반 현황

1.1. 부가가치세제 개요

부가가치세는 1977년에 도입되었으며 도입 당시에는 기본세율이 13%이고

경기조절을 위해 3%p 내외로 세율을 조절할 수 있는 탄력세율 체계로 운영되

었으나 현재는 10%의 단일세율 체계를 가지고 있다.

부가가치세는 부가가치를 만들어내는 모든 재화와 용역에 부과되는 일반 소

비세로서 과세 대상은 재화 또는 용역의 공급과 재화의 수입이다(기획재정부

2016: 183-189). 재화는 상품‧제품‧원료 등 재고자산, 기계‧건물 등의 고정자

산 등의 유체물과 동력‧열과 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재

산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것을 의미하는 무체물을 의미한다. 용역

은 건설업, 숙박 및 음식점업, 운수업 등의 산업에서 이루어지는 서비스를 의미

한다.

부가가치세는 소득세, 법인세와 함께 세수 측면에서 주요 3대 세목에 해당되

는데 최근 4년간 평균 부가가치세 세수는 57조 2,722억 원이며 전체 국세청 세

수의 27.7%를 차지하고 있다.

8

구분 2013년 2014년 2015년 2016년 4년 평균 비중

국세청 세수 190,235 195,727 208,162 233,329 206,863 100.0%

소득세 48,383 54,102 62,440 70,119 58,761 28.4%

부가가치세 55,963 57,139 54,159 61,828 57,272 27.7%

법인세 43,855 42,650 45,029 52,115 45,913 22.2%

교통·에너지·환경세 13,248 13,440 14,055 15,303 14,011 6.8%

개별소비세 5,484 5,624 8,001 8,881 6,998 3.4%

교육세 4,509 4,605 4,869 4,879 4,716 2.3%

과년도수입 4,774 4,049 3,435 4,147 4,101 2.0%

증권거래세 3,077 3,121 4,670 4,468 3,834 1.9%

주세 2,947 2,852 3,227 3,209 3,059 1.5%

증여세 2,703 2,929 3,100 3,355 3,022 1.5%

농어촌특별세 2,468 2,262 2,598 2,451 2,445 1.2%

상속세 1,587 1,696 1,944 1,995 1,805 0.9%

종합부동산세 1,224 1,307 1,399 1,294 1,306 0.6%

인지세 637 726 953 906 806 0.4%

방위세 -59 0 0 0 -15 0.0%

자녀장려금 0 0 -656 -569 -306 -0.1%

근로장려금 -564 -777 -1,062 -1,053 -864 -0.4%

자료: 국세청(2017c). 국세통계연보 2017(조기공개). 연도별·세목별 세수 실적.

최근 4년간 세목별 세수

단위: 십억 원

부가가치세는 담세자와 납세의무자가 다른 간접세이다.1 부가가치세는 거래

단계에서 부과되는데, 판매자는 소비자를 대신해서 부가가치세를 납세하지만 실

제로 부가가치세를 부담하는 것은 최종 소비자이다. 최종 소비자는 재화와 용역

이 거래단계를 거치는 동안 생산된 총 부가가치에 해당하는 부가가치세를 부담

하게 되지만, 이는 각 거래단계에서 중간 판매자들이 나누어 납부한다. 판매자는

자신이 생산한 부가가치만을 대상으로 부가가치세를 납부하며, 중간 투입재에 부

과된 부가가치세는 환급을 받을 수 있다.

또한 부가가치세는 단순비례세율로서 역진성을 띠고 있다. 생산된 부가가치

1 담세자와 납세의무자가 동일한 직접세와 비교할 수 있다.

9

에 일률적으로 세율을 적용하게 되므로, 부가가치세 세부담은 소득계층이 높아

질수록 줄어들게 된다.

국제적으로는 소비지 과세 원칙을 따르고 있다. 따라서 국내에서 생산되어

국내에서 최종 소비되는 재화와 수입된 재화 및 용역에 대해 부과되는 것이 원

칙이다. 그리고 국내에서 생산되었으나 수출되는 재화와 용역에 대해서는 부가

가치세를 과세하지 않는다.

부가가치세 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 뺀 금액이 된다. 매출세액

은 신고 사업자가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출액 중 과세대상인 금액

(과세표준)에 부가가치세율 10%를 곱한 액수이며, 매입세액은 신고 사업자가

사업을 위하여 사용하였거나 사용할 예정인 재화 또는 용역에 대한 세액을 의

미한다. 납부세액이 결정되면 납부세액 경감, 각종 세액공제, 가산세 등을 반영

하여 최종 납부 또는 환급세액이 결정된다.

1.2. 간이과세제도

정부는 소규모 사업자의 납세 부담을 덜기 위하여 간이과세제도를 운영하고

있다. 간이과세제도는 전년도 부가가치세를 포함한 공급대가가 4,800만 원 미

만인 개인사업자에게 적용된다. 단, 전년도의 공급대가가 4,800만 원 미만이더

라도 제조업·도매업·부동산매매업·광업, 전문인적용역에 속하는 변호사 등은

간이과세 대상이 될 수 없다. 이 밖에도, 국세청장이 정하는 기준지역에 사업장

이 있는 경우 간이과세 대상이 될 수 없다. 간이과세자는 간이과세 포기신고를

통해 일반과세자로 전환할 수 있으며, 간이과세 포기신고를 한 다음 달부터 일

반과세 적용을 받게 된다.

10

매출세액 =과세표준×세율

(-) 매입세액

- 매입 시 부담한 세금계산서 수수분 매입세액(매입세액×세율)

- 신용카드 매출전표 매입 세액공제

- 농수산물 의제매입세액공제

- 재활용폐자원 등에 대한 의제매입세액공제

- 대손세액공제

- 재고매입세액공제

= 납부세액

(-) 납부세액 경감 회사택시사업자에 대한 납부세액 경감

(-) 공제세액

- 신용카드매출전표 발행세액 공제

- 예정신고 미환급·예정고지세액공제

- 전자세액공제, 현금영수증사업자 세액공제

(+) 가산세

- 미등록가산세

- 세금계산서 등 미교부·기재불성실가산세

- 세금계산서합계표 미제출가산세

- 영세율 과세표준 신고불성실가산세

- 신고·납부불성실가산세 등

=차가감 납부(환급)할

세액

자료: 기획재정부(2016: 205). 조세개요에서 발췌.

일반과세자 과세체계

간이과세자는 과세기간 종료 후 25일 이내에 부가가치세를 신고 및 납부해

야 하며, 교부받은 세금계산서의 합계표를 정부에 제출해야 한다.

간이과세자 중 과세기간(1년)에 대한 공급대가가 2,400만 원 미만인 사업자

는 부가가치세 납부의무가 면제된다.

간이과세자의 납부세액은 공급가액에 과세자의 업종별 부가가치율과 부가

가치세율 10%를 곱한 값으로 책정된다. 공급가액은 매출액과 매출세액을 포함

한 금액이다. 업종별 부가가치율은 5~30%이며 농업‧임업 및 어업의 부가가치

율은 20%이다.

11

간이과세자는 일반과세자에 비해 낮은 부가가치세율을 적용받지만 매입세

액공제율도 낮다. 매입세액공제는 매입처로부터 받은 세금계산서의 합계표를

제출할 때 적용되며 매입세액의 5~30%를 공제받을 수 있다. 원래는 간이과세

자의 과세표준에 매출세액이 포함되어 공제를 받으므로 별도의 매입세액공제

가 필요하지 않지만 세금계산서의 활용을 장려하기 위하여 간이과세자가 수취

한 세금계산서상의 매입세액도 공제받을 수 있도록 하고 있다. 따라서 간이과

세자가 최종적으로 납부할 세액은 납부세액에서 매입세액공제, 의제매입세액

공제, 신용카드 매출전표 등 발행세액공제 등을 적용한 금액이 된다.

납부세액 = 공급대가×당해업종 부가가치율×10%

(-) 매입세액공제 = 매입시 수취 세금계산서 매입세액 × 업종별 부가가치율

(-) 의제매입세액공제 = 면세 농·임·수산물 취득가액×의제매입세액공제율

(-)신용카드 매출전표 등

발행세액공제

(-) 전자신고세액공제

= 납부할 세액

자료: 국세청(http://www.nts.go.kr/call/vat/2014_02/htm/126400.htm: 2017. 12. 15.). 간이과세자의

세액공제를 재정리함.

간이과세자 과세체계

12

1.3. 면세

부가가치세 면세제도는 재화 및 용역의 공급에 대하여 납세의무를 면제하는

제도이다(기획재정부 2016: 190).

면세범위의 선정기준과 목적은 다양하다(김유찬‧이혜진 2012). 첫째, 부가가

치세의 역진성을 보완하여 저소득층을 보호하기 위한 목적으로 미가공 식료품,

수돗물, 연탄, 여성용 생리용품, 여객운송 용역 등의 생활필수품을 면세한다.

둘째, 국민후생적인 관점에서 의료보건용역, 교육용역, 보험용역 등을 면세한

다. 셋째, 최대한의 문화생활을 보장하기 위하여 신문, 방송, 도서 등 문화 관련

재화 및 용역을 면세한다. 넷째, 부가가치의 구성요소에 대해서는 부가가치세

를 부과하지 않는다는 부가가치세 이론상의 이유로 근로, 주택임대, 금융 등은

면세하며 저술가, 배우, 가수 등의 인적용역 또한 같은 이유로 면세한다. 다섯

째, 수출과 유사한 성격을 가진 재화와 용역에 대해서는 면세하므로 여행자 휴

대품, 외교관물품 등은 면세한다. 여섯째, 국가 정책목표 달성을 위한 정부업무

대행단체, 전매품, 우표, 인지 등 대해서는 면세한다.

면세사업자는 사업자 등록, 거래징수, 부가가치세 신고 및 납부 등의 의무를

수행할 필요가 없다. 그러나 동시에 재화와 용역을 생산하는데 소모된 투입재

에 부과되었던 부가가치세를 공제받지도 못한다. 이에 면세제도를 부분면세제

도라고 부르기도 한다. 이러한 특징 때문에 면세된 재화가 중간투입재로 사용

될 경우에는 누적효과와 환수효과가 발생한다. 누적효과는 면세 전 단계에서

생산된 부가가치에 대해 부가가치세를 중복해서 부과하는 효과를 말하며, 환수

효과는 면세된 중간투입재에 대한 부가가치세가 최종 소비단계에서 부과되는

현상을 말한다.

면세사업자는 자발적으로 면세를 포기하고 과세대상으로 신고하여 매입세

액을 공제받을 수도 있다. 단, 영세율 적용이 되거나 학술연구단체 또는 기술연

구단체가 공급하는 경우에 가능하다(기획재정부 2016: 191).

13

1.4. 영세율

부가가치세 영세율은 일정 기간 동안 판매된 재화 및 용역에 대해 세율을 영

(零)으로 하여 과세하는 제도이다. 부가가치세 영세율을 적용받는 사업자는 과

세사업자로서 매출세액은 없으므로 부가가치세를 징수하지 않고 매입세액은

전액 공제받는다. 면세제도와 달리 사업자가 매입세액을 공제받을 수 있으므로

완전면세제도라고 부르기도 한다(홍성훈‧성명재 2013: 26-28).

영세율 제도를 시행하는 목적은 소비지 과세 원칙에 따라 수출하는 재화 및

용역에 대해 부가가치세를 면제하기 위함이다. 적용대상은 수출하는 재화와 국

외에서 제공하는 용역, 선박‧항공기의 외국항행용역, 기타 외화획득용역, 외국

인관광객 및 외국사업자 등에 공급하는 재화와 용역 등이다. 이외에도 수출상

품은 아니지만 정책적인 목적으로 영세율 제도를 적용하는 경우가 있다. 예를

들면, 농‧축‧임업용 기자재에 대한 영세율, 도시철도건설용역 및 방위산업 물

자에 대한 부가가치세 영세율 등이 있다.

1.5. 부가가치세 적용 원리: 면세와 영세율 비교

농산물이 생산되어 가공업자를 통해 소비자에게 판매되기까지 농산물, 영농

투입재, 가공식품 모두 과세되는 것으로 가정하고 각 단계에서 부가가치세가

부과되는 과정을 설명하였다.

기본 가정은 다음과 같다. 농산물 생산자는 영농 투입재를 이용하여 농산물

을 생산하고 이를 농산물 가공업자에게 판매한다. 최종 소비자는 농산물 가공

업자에게서 가공식품을 구매한다. 영농 투입재 판매자, 농산물 생산자, 농산물

가공업자는 모두 과세사업자이다. 영농 투입재 생산자가 부담하는 원료 가격은

0원이다. 부가가치세율은 10%이다.

농산물 생산 전 단계에서 영농 투입재 생산자는 원료를 0원에 구입하여

14

만큼의 부가가치를 생산한다. 투입재 생산자는 투입재를 에 팔고 부가가치

세는 이 부과된다.2

농산물 생산자는 투입재를 매입가 과 부가가치세 을 더한

원에 구매하여 의 부가가치를 생산한다.3 농산물 생산자의 매출액은

이 되며 매출세액은 이 된다. 농산물 생산자는 과세

사업자로서 매입세액을 공제받을 수 있으므로 매출세액과 매입세액의 차이 즉,

부가가치세 만 납부한다.

농산물 가공업자는 농산물을 에 매입하여 의 부가가치를 생산

하였다. 농산물 가공업자는 매입액과 부가가치를 합한 최종 소비재를

이라는 가격에 팔며 이에 해당되는 매출세액은

이 된다. 가공업자 또한 매입세액을 공제받을 수 있으므로 가공업자가 실제로

부담하는 세금은 이다.

최종 소비자는 가격 에 의 부가가치세

를 합한 을 지출한다.

국내에서 발생한 총 부가가치는 이며 과세 당국에 실질적으

로 납부된 총 부가가치세액은 이다. 세부담은 최종 소비

자가 지지만 투입재 생산자, 농산물 생산자, 가공업자가 각각 , ,

로 나누어 납세한다.

그러나 일부 재화가 면세 적용을 받고 면세된 재화가 중간재로 투입되면 세

부담, 세수에서 변화가 나타난다. 이를 일반과세되는 상황과 비교를 할 수 있도

록 다른 조건은 동일하게 유지하고 농산물만 면세되는 것으로 가정하여 각 단

계별 부가가치세 부과 과정을 설명하였다.

농산물 생산 전 단계에서 영농 투입재 생산자는 의 투입재를 생산하여

2 영농기자재에 대한 부가가치세는 영세율, 사후 환급, 면세 등의 특례가 적용되고 있으

나 여기에서는 편의상 일반과세하는 것으로 가정하였다.

3 이때 농산물 생산자에게 공급된 투입재의 공급가액은 11만 원이지만 농산물 생산자가

매입세액을 공제받을 수 있으므로 매출액은 매입세액을 제외한다.

15

농산물 생산자에게 판매하였으며, 이때 투입재 생산자가 납부한 부가가치세액

은 이다.

농산물 생산자는 면세 사업자이므로 매입세액을 공제받지 못하여 전 단계에

서 부과된 세액이 매입액에 포함된다. 따라서 농산물 생산자의 매입가액은

이다. 농산물 생산자는 의 부가가치를 생산하였으며 매입액과 부가

가치의 합인 에 농산물을 가공업자에게 판매하였다. 농산물 생산

자는 면세사업자이므로 농산물 생산자가 납부하는 부가가치세액은 0원이 된

다.

농산물 가공업자는 농산물을 의 가격에 구매하여 의 부가

가치를 생산하였다. 농산물 가공업자가 최종 소비자에게 가공식품을 판매할 때

의 매출액은 이고 매출세액은 이

다. 이에 최종 소비자는 가공 농산물을 의 가격에 구매

하게 된다.

농산물이 면세될 때 과세 당국에 실질적으로 납부된 총 부가가치세액은

이 되는데 이는 일반 과세에 비해 만큼

증가한 금액이다. 전 생산 단계를 통해 발생한 총부가가치는 이

고 최종 소비자가 부담하는 총 부가가치세액은

이므로 실효세율은 만큼 올라가 10%보다 높아진다. 이는 면세 재화가

중간재로 사용될 때 면세의 효과가 소비자에게 전달되지 않음을 뜻한다.

실효세율이 명목세율보다 높아지는 것은 면세의 누적효과와 환수효과 때문

이다. 농산물이 면세될 때 가공업자가 납부한 부가가치세()에는 농산물

생산단계에서 면세된 부가가치에 대한 세액(환수효과)과 면세 전 단계에서 생

산된 부가가치에 대하여 중복 과세된 부가가치세액(누적효과), 가공업자가 생

산한 부가가치에 대한 부가가치세액이 포함되어 있다.

16

농산물이 일반과세되는 경우

금액 영농 투입재 생산자(1) 농산물 생산자(2) 농산물 가공업자(3) 전체

매입액 (a) 0 VA1 VA1+VA2 -

부가가치 (b) VA1 VA2 VA3 VA1+VA2+VA3

매출액 (c=a+b) VA1 VA1+VA2 VA1+VA2+VA3 -

매입세액 (d) 0 0.1VA1 0.1(VA1+VA2) -

매출세액 (e) 0.1VA1 0.1(VA1+VA2) 0.1(VA1+VA2+VA3) -

공급가액(c+e) 1.1VA1 1.1(VA1+VA2) 1.1(VA1+VA2+VA3) -

부가가치세(e-d) 0.1VA1 0.1VA2 0.1VA3 0.1(VA1+VA2+VA3)

농산물이 면세되는 경우

금액 영농 투입재 생산자(1) 농산물 생산자(2) 농산물 가공업자(3) 전체

매입액 (a) 0 1.1VA1 1.1VA1+VA2 -

부가가치 (b) VA1 VA2 VA3 VA1+VA2+VA3

매출액 (c=a+b) VA1 1.1VA1+VA2 1.1VA1+VA2+VA3 -

매입세액 (d) 0 0 0 -

매출세액 (e) 0.1VA1 0 0.1(1.1VA1+VA2+VA3) -

공급가액(c+e) 1.1VA1 1.1VA1+VA2 1.1(1.1VA1+VA2+VA3) -

부가가치세(e-d) 0.1VA1 0 0.1(1.1VA1+VA2+VA3) 0.1(VA1+VA2+VA3)+0.11VA1

농산물이 영세율 적용받는 경우

금액 영농 투입재 생산자(1) 농산물 생산자(2) 농산물 가공업자(3) 전체

매입액 (a) 0 VA1 VA1+VA2 -

부가가치 (b) VA1 VA2 VA3 VA1+VA2+VA3

매출액 (c=a+b) VA1 VA1+VA2 VA1+VA2+VA3 -

매입세액 (d) 0 0.1VA1 0 -

매출세액 (e) 0.1VA1 0 0.1(VA1+VA2+VA3) -

공급가액(c+e) 1.1VA1 VA1+VA2 1.1(VA1+VA2+VA3) -

부가가치세(e-d) 0.1VA1 -0.1VA1 0.1(VA1+VA2+VA3) 0.1(VA1+VA2+VA3)

농산물이 중간투입재로 사용된 경우 부가가치세 계산

단위: 천 원

영농 투입재 생산자의 매출가액에 다시 부가가치세를 부과하는 누적효과와

17

농산물 생산자의 부가가치에 부가가치세를 부과하는 환수효과가 더해져 최종

소비자가 실제로 부담하는 부가가치세는 일반과세를 할 때보다 더 올라가는

것이다.

그러나 농산물에 부가가치세 영세율을 적용하면 농산물 생산자는 부가가치

세를 납부하지 않지만 세부담과 세수는 일반과세의 경우와 같은 수준으로 나

타난다. 영세율 제도와 면세제도를 비교하기 위하여 영농 투입재 생산자와 농

산물 생산자, 농산물 가공업자는 모두 과세사업자이며 농산물 생산자만 영세율

을 적용받는 것으로 가정하고 각 단계별 부가가치세 부과 과정을 살펴보았다.4

농산물 생산 전 단계에서 영농 투입재 생산자는 의 영농 투입재를 생산

하여 농산물 생산자에게 판매하였으며 이때 투입재 생산자가 납부한 부가가치

세액은 이다.

농산물 생산자는 투입재를 의 가격에 구매하여 의 부가가치를 생산

하였다. 농산물 생산자는 영세율을 적용받는 과세 사업자이므로 매입세액

을 공제받을 수 있다. 농산물 생산자는 매입액과 부가가치의 합인

에 농산물을 가공업자에게 판매한다. 농산물 생산자는 영세율을 적

용받으므로 농산물 생산자가 납부하는 부가가치세액은 0원이다.

농산물 가공업자는 농산물을 의 가격에 구매하여 상당의 부

가가치를 생산하였다. 농산물 가공업자의 매출액은 이며 농산물

가공업자가 납부하는 매출세액은 이다.

최종 소비자는 가공 농산물을 에 구매하게 된다. 농산물

생산자가 앞서 투입재를 구매할 때 부담하였던 세액 1만 원을 공제받음으로써

농산물 생산 단계까지 부과되었던 부가가치세는 모두 사라진다. 그러나 이후 과

세 단계에서 농산물 가공업자가 매출액의 10%에 해당하는 부가가치세를 거래징

수하면서 최종 소비자는 의 부가가치세를 납부하게 된다.

4 영세율 제도는 수출품을 대상으로 적용되는 제도이므로 농산물 구매자는 농산물 가공

업자 대신 수입국으로 설정하는 것이 제도의 취지에 부합하지만, 이 연구에서는 면세제

도와의 비교를 위해서 농산물 구매자가 농산물 가공업자인 것으로 설정하였다.

18

따라서 전체 생산 단계를 통해 발생한 총부가가치는 이고 최

종 소비자가 부담하는 총 부가가치세액은 이므로 실효세

율은 10%가 된다. 따라서 영세율 재화가 중간재로 사용되면 최종 소비자에 대

한 면세효과는 없어진다고 할 수 있다.

그러나 영세율 품목이 국내 소비자에 의해 소비되지 않고 외국으로 수출된

다면 국내에서 실질적으로 과세되는 부가가치세는 없다.

최종 소비자의 입장에서 각각의 효과를 비교하면 일반과세와 영세율 적용

시 최종 소비자가 부담하는 부가가치세는 동일하지만, 농산물에 대해 면세할

때에는 세부담이 증가하였다. 한편 농업인의 입장에서는 면세보다 영세율 적용

이 더 유리한 선택이다. 농산물에 영세율을 적용한다면 농업인은 매입세액 공

제를 받을 수 있기 때문이다.

1.6. 사업자 의무

부가가치세 과세사업자는 사업자 등록, 매출 신고, 장부기장 등 각종 납세협

력의무를 다해야 하며, 이를 불성실하게 이행할 경우 가산세를 부과받게 된다.

해당 의무는 영세율을 적용받는 사업자도 포함함으로써 면세제도와 영세율 제

도는 적용받는 사업자의 부가가치세를 0으로 만든다는 점에서는 동일하지만

제도가 운영되는 원리는 확연히 다르다.

간이과세자는 일반 과세사업자와 마찬가지로 사업자 등록, 부가가치세 신고,

장부작성의 제반의무를 이행하여야 하지만 일부 의무사항에 있어서는 예외를 허

용받는데, 대표적으로 간이과세자는 장부 작성의 의무가 없다.

면세를 적용받는 사업자는 사업자 등록, 부가가치세 신고, 장부기장 등 납세

를 위한 의무에서도 면제된다.

19

구분 일반과세자(영세율 포함) 간이과세자 면세사업자

대상사업자 간이과세자가 아닌 모든 사업자

직전 연도 1역년(calendar year) 공

급대가가 4,800만 원 미만인 개인사

업자

면세 대상 재화 및 용역 공급자

과세표준 공급가액 공급대가 없음

세율 10%, 0% 업종별 부가가치율 ×10%, 0% 없음

거래징수 의무 있음 별도 규정 없음 의무 없음

세금계산서 세금계산서 또는 영수증 교부세금계산서 교부 불가능하고 영수

증 교부만 가능의무 없음

납부세액 매출세액-매입세액과세표준(공급대가)×당해업종별

부가가치율×10%계산 안함

매입세액 매입세액 전액 공제매입세액×업종별 부가가치율 공

제공제 없음

매입 증빙용 세금계산서

제출의무 있음 의무 없으나 제출 가능 의무 없음

미등록 가산세 공급가액의 1%, 적용 Max[공급대가의 0.5%, 5만 원] 미적용

납부의무 면제 적용대상 아님과세기간공급대가가 2,400만 원 미만

인 경우 납부의무 면제 의무 없음

기장 의무 있음 세금계산서 또는 영수증으로 갈음 의무 없음

사업자등록 의무 있음 의무 있음 의무 없음

자료: 기획재정부(2016: 204). 조세개요의 표에 면세사업자를 추가하여 재정리함.

일반과세자·간이과세자·면세사업자의 비교

2. 농업 관련 부가가치세제 운영 현황

2.1. 농식품 관련 부가가치세제 연혁

부가가치세는 우리나라에 1977년에 도입되었으며 부가가치세의 도입과 함께

미가공 식료품에 대한 면세가 시작되었다.

20

미가공 식료품에 대한 면세 도입 당시의 면세대상은 가공되지 않은 곡류, 서

류, 특용작물류, 과실류, 채소류, 수축류, 수육류, 유란류(우유와 분유 포함), 생

산류(고래 포함), 패류, 해조류, 그 외 식용으로 제공되는 농‧축산물, 수산물, 임

산물, 천일염 및 재제 소금이었으며, 김치, 두부 등 단순 가공식료품, 원생산물

을 1차 가공하는 과정에서 발생하는 부산물, 미가공 식료품을 단순 혼합한 것

도 포함되었다. 이후 면세범위가 확대되어 데친 채소류, 채소종자, 쌀에 식품첨

가물을 첨가‧코팅하거나 버섯균등을 배양시킨 것도 면세 대상에 추가되었다.

부가가치세의 도입과 함께 농산물 등의 의제매입세액공제도 시작되었다. 당

초 의제매입세액공제율은 부가가치세의 기본세율인 13%를 감안하여 13/113이

었으나 이후 부가가치세율이 10%로 조정되면서 의제매입세액공제율도 10/110

으로 인하되었다. 또한 도입 시에는 의제매입세액공제 대상에 있어 국내산과

수입산을 차별하였으나 과세형평성의 제고 측면에서 점차 국내산과 수입산의

차별을 없애는 방향으로 제도가 변하였다. 이에 1977년 하반기에는 의제매입

세액공제 대상이 수입 밀, 밀가루, 옥수수, 대두 등으로, 1984년에는 보리, 호

밀, 귀리, 강피류 등으로 확대되었다.

한편 제도 도입 시에는 내수재화(10/110)와 수출재화(5/105)의 의제매입세액

공제율을 다르게 설정하였으나, 1984년 내수재화에 대한 공제율을 수출재화와

같은 수준(5/105)으로 인하하였다.

의제매입세액공제의 대상은 계속적으로 확대되어왔다. 1976년 ｢부가가치세

법｣ 제정 시 제조업자만 대상으로 하였으나 1994년부터 모든 업종의 사업자로

대상을 확대했고, 2000년에는 음식점업을 운영하는 간이과세자도 의제매입세

액공제를 받을 수 있게 되었다.

이후 의제매입세액공제는 음식점업에 우대공제율을 적용하는 방향으로 유

지되어왔다. 음식점업에 대한 의제매입세액공제율은 2000년에 3/103에서

5/105로 인상되었다. 2002년에는 타 업종에 대한 의제매입세액공제율이 2/102

로 인하됨에 따라 음식점업의 의제매입세액공제율도 3/103으로 조정되었으나

2005년에는 공제율이 다시 5/105로 상향조정되었다. 이후 음식점업의 의제매

입세액공제율은 2007년에 6/106으로, 2009년에 8/108로 상향조정되었다.

21

또한 2005년에는 공제율 우대의 일몰기한이 설정되었는데 이후 일몰기한이

3차례 연장되었으며(2007년, 2009년, 2011년), 2012년 개정에서는 일몰기한이

폐지되고 음식점업자에 대한 우대공제율 적용이 상시화되었다.

농업인의 생산비 절감을 위한 농업용 기자재에 대한 영세율 제도와 면세유,

사후환급 제도는 미가공 식료품에 대한 면세제도보다 늦게 시작되었다. 영세율

제도와 면세유 제도의 근거법은 조세감면특별법으로 시작되었으나 1998년에

｢조세감면규제법｣이 ｢조세특례제한법｣으로 변경되면서 농업용 기자재 관련

조세특례의 근거법도 ｢조세특례제한법｣으로 바뀌고 각 특례에 일몰이 부여되

었다.

농업용 기자재에 대한 영세율 조항은 1988년 ｢조세감면규제법｣ 73조에 신설

되어 1989년부터 시행되었다. 이후 UR 타결에 따른 시장개방에 대한 대응으로

서 1994년에 축산용 기자재가 영세율 대상에 포함되었다. 1998년에는 ｢조세감

면규제법｣이 ｢조세특례제한법｣으로 전면 개정되면서 영세율 조상에 일몰기한

이 적용되었으며, 이후 7차례 일몰기한이 연장되어 현재는 2020년 말까지 적용

하도록 되어 있다.

농어업용 기자재에 대한 사후환급은 2001년 ｢조세특례제한법｣이 개정되고

난 뒤 2002년부터 시작되었다. 사후환급대상 기자재는 ｢농·축산·임·어업용 기

자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정｣

의 별표 5에서 규정하고 있다. 사후환급대상 기자재 표는 2002년 시행부터

2017년 개정안까지 총 17번 개정되었으며, 대상품목도 2002년 5종에서 2017년

59종까지 늘어났다. 또한 2011년에는 농업인이 직접 수입하는 기자재가, 2015

년에는 임업용 기자재가 사후환급 대상에 추가되었다.

22

연도 법령 내용

1976

｢부가가치세법｣ 제정미가공 식료품의 면세(｢부가가치세법｣ 12조)농산물의 의제매입세액공제(｢부가가치세법｣ 시행령 62조)어업용 석유류의 부가가치세 면제(｢조세감면규제법｣ 제11조의2)

1977의제매입세액공제율 13/113→10/110로 인하(｢부가가치세｣ 시행규칙) 주류, 과자류, 커피, 차, 수입농·축·수산물을 매입세액공제대상에서 제외(시행규칙)밀, 밀가루, 옥수수, 옥수수가루, 대두 등 수입농산물에도 의제매입세액공제를 허용함.(시행규칙)

1984

내수용제품과 수출품의 의제매입세액공제율을 단일화(내수용공제율 10/110→5/105)(시행규칙 제19조)의제매입세액공제 대상에 수입 보리, 호밀, 귀리, 강피류 포함(시행규칙 제19조)의제매입세액공제 미적용 대상 업종 추가(시행규칙 별표 3)- 차류와 인삼류 제품 제외

1985 석유류 부가가치세 면제를 농업용으로 확대(｢조세감면규제법｣ 제74조 2항)1987 천연과실음료 의제매입세액 공제 허용(｢조세감면규제법｣ 78조의2)

1988기본세율을 13%에서 10%로 인하, 탄력세율제도 폐지(｢부가가치세법｣ 제14조)공제배제품목과 수입원재료에 대하여 공제 허용 및 공제율(3/103) 단일화(｢부가가치세법｣ 시행규칙 19조)농어업용 기자재 영세율 적용(｢조세감면규제법｣ 제73조 4항, 5항)

1992농어업용 기자재 영세율 적용 대상 확대(｢조세감면규제법｣ 73조)-동력천공기, 약제주입기 등 임업용 기자재에 대하여 부가가치세 영세율 적용

1993의제매입세액공제를 제조업에서 모든 업종으로 적용·확대(｢부가가치세법｣ 17조 3항, 시행령 62조)의제매입세액공제율 단일화(3/103)(제조업의 경우 96년 12월 31일까지 5/105 또는 3/103 적용)(시행규칙 19조)

1994농어업용 기자재 영세율 적용 범위 확대(농·축산·임업용기자재 영세율특례규정 제2조, 제3조)- 착유기·우유냉각기 등 50종의 축산기자재에 적용- 농업용 경운기 6종, 트랙터 9종, 관리기 등 2종과 연안어업용 로프 추가

1995배합사료 영세율 적용 대상 부업축산농가의 범위 확대(농림규정 제2조 1항, 제3조5항)제조업에 대한 의제매입세액공제율 차등적용연장(재무부령 1975호 부칙 5조)- 제조업의 의제매입세액공제율(5/105) 차등적용(비제조업은 3/103)을 96년까지로 연장함.

1998 농어업용 기자재 영세율에 일몰기한 적용(｢조세특례제한법｣ 105조)

1999음식점업의 간이과세자까지 의제매입세액공제 대상 확대(공제율 5/105)(시행규칙 23조의4)음식점업의 개인사업자에 대한 의제매입세액공제율 인상(일반 3/103, 음식점업 5/105)(시행규칙 19조)농업용 면세유에 일몰기한 적용(｢조세특례제한법｣ 106조)

2000농업용 면세유의 면세율을 75%로 조정(｢조세특례제한법｣ 106조)농어업용 기자재 영세율 일몰기한 연장(｢조세특례제한법｣ 105조)

2001

농어업용 기자재 사후환급 관련 조항 신설(｢조세특례제한법｣ 105조의 2)농업용 석유류 완전면세, 2003년 6월 30일 이후 면세율 75% 유예기간 적용(｢조세특례제한법｣ 106조)의제매입세액공제율을 축소(일반 3/103, 음식점업 5/105 →일반 2/102, 음식점업 3/103)(시행규칙 19조)의제매입세액공제 대상에 김치, 두부, 소금, 농수산물의 1차가공과정에서 발생하는 부산물 포함

2002 농업용 면세유 일몰기한 연장(｢조세특례제한법｣ 106조)2003 농어업용 기자재 영세율 일몰기한 연장(｢조세특례제한법｣ 105조)2004 농업용 면세유 일몰기한 연장(｢조세특례제한법｣ 106조)2005

음식점업에 대한 의제매입세액공제율 상향조정, 일몰연장(시행규칙 19조)농어업용 기자재 영세율 일몰기한 연장(｢조세특례제한법｣ 105조)

농식품 관련 법령 개정 내역

23

(계속)

연도 법령 내용

2007음식점업에 대한 의제매입세액공제율 상향조정, 일몰연장(시행규칙 19조)농업용 면세유 일몰기한 연장(｢조세특례제한법｣ 106조)

2008 농어업용 기자재 영세율 일몰기한 연장(｢조세특례제한법｣ 105조)2009 개인음식점 의제매입세액공제율 인상, 일몰연장(시행규칙 19조)

2010음식점업 우대공제율 일몰연장(시행규칙)의제매입세액공제율을 시행규칙에서 시행령으로 상위법령화

2011농업용 면세유 일몰기한 연장, 면세율 75% 유예기간 적용 폐지(｢조세특례제한법｣ 106조의2)농어업용 기자재 영세율 일몰기한 연장(｢조세특례제한법｣ 105조)농어업용 기자재 부가가치세 환급 대상을 직접수입하는 기자재까지 확대(｢조세특례제한법｣ 105조의2)

2012 음식점업 의제매입세액공제율 일몰 폐지(시행령 74조의5)

2014농어업용 기자재 영세율 일몰기한 연장(｢조세특례제한법｣ 105조)농어업용 기자재 부가가치세 환급 대상에 임업용 기자재 추가(｢조세특례제한법｣ 105조의2)

2015 농업용 면세유 일몰기한 연장(｢조세특례제한법｣ 106조의2)2017 농어업용 기자재 영세율 일몰기한 연장(｢조세특례제한법｣ 105조)주: 적용시점이 아닌 개정시점을 기준으로 정리함.자료: 한국조세연구원(1997). 한국 조세정책 50년 제5권 소비과세 자료집과 박명호(2012: 38-39). “농산물 등의

의제매입세액공제제도에 대한 소고.” 재정포럼(2012.8)의 표를 참고하여 정리함.국세법령정보시스템(https://txsi.hometax.go.kr/: 2017. 12. 27.); 국가법령정보센터(http://www.law.go.kr/: 2017. 12. 27.).

어업용 석유류에 대한 면세는 ｢부가가치세법｣ 도입 당시에 이미 시행되고

있었으나 농업용 석유류에 대한 면세혜택은 ｢조세감면규제법｣이 1985년 개정

되며 시작되었다. 면세유의 공급은 한시적인 것으로 일몰기한이 설정되어 있었

으나 계속적으로 연장되고 있다. 당초 농업용 면세유는 1999년까지 공급되도

록 계획되었으나 2000년에 ｢조세특례제한법｣이 개정되면서 2003년 말까지 면

세유의 공급을 연장하되 2003년 6월 30일 이후부터 그해 말까지는 면세율을

75%로 제한하도록 하였다. 2002년에는 면세유 공급 시한을 다시 연장하여

2005년 6월 말까지 완전면세, 2005년 12월 말까지 75% 면세하는 것으로 하였

다. 이후 동일한 조건으로 면세유 공급을 두 차례 연장하였으며, 2011년 개정

을 통해 농어업용 석유류에 대한 75% 면세 적용을 폐지하고 2015년 말까지 공

급하도록 하였다. 이후 2015년에 세법 개정이 이루어져 면세유 공급 시한은

2018년 말로 정해졌다.

24

구분 미가공식료품

곡류○ 밀, 메슬린(meslin), 호밀, 보리, 귀리, 옥수수, 쌀(벼), 수수, 메밀·밀리트(millet), 카나리시드(canary

seed) 등의 곡물○ 건조한 채두류(菜豆類)의 거친 가루와 가루

서류○ 모양매니옥(manioc), 칡뿌리, 살렙(salep), 돼지감자(Jerusalem artichoke), 고구마 등 전분이나 이눌린

(inulin)을 다량 함유한 뿌리·괴경(塊莖)과 사고야자(sago)의 심(pith), 사고(sago), 감자

특용작물류○ 커피 생두, 코코아두, 껍데기와 웨이스트(waste)○ 대두, 해바라기씨, 생땅콩, 후추, 고추류(캡시컴(Capsicum)속의 열매), 피멘타(Pimenta)속의 열매, 사탕무,

사탕수수, 채유(採油)에 적합한 종자와 과실1)

면세 대상 식료품

2.2. 미가공 식료품 면세제도

2.2.1. 면세 대상 식료품의 범위

｢부가가치세법｣상 면세 대상 식료품은 미가공 식료품과 국내산 비식용 농‧

축‧수‧임산물이다(｢부가가치세법｣ 26조 1항). ｢부가가치세법｣ 시행령 제34조

1항에는 미가공 식료품이 다음과 같이 정의되어있다. ‘미가공’은 “가공되지 아

니하거나 탈곡‧정미‧정맥‧제분‧정육‧건조‧냉동‧염장‧포장이나 그 밖에 원생

산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용으로 제공하

는 것”을 의미한다. ‘식료품’은 곡류, 서류, 특용작물류, 과실류, 채소류, 수축

류, 수육류, 유란류(우유와 분유 포함), 생선류(고래 포함), 패류, 해조류, 그 외

식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물, 천일염 및 재제 소금

을 의미한다. 그러나 세법상 ‘미가공’에 해당되지 않으나 미가공 식료품으로

인정되는 식료품도 있다. 김치, 두부 등 단순 가공식료품, 원생산물을 1차 가공

하는 과정에서 발생하는 부산물, 미가공 식료품을 단순 혼합한 것, 쌀에 식품첨

가물 등을 첨가 또는 코팅, 버섯균을 배양한 것이 여기에 해당된다.

또한 ｢부가가치세법｣ 26조 1항에 해당되는 면세 대상 비식용 농‧축‧수‧임산

물의 범위는 원생산물, 원생산물을 원시가공한 것, 원생산물을 원시가공하는

과정에서 발생하는 부산물이다. 면세 대상인 미가공 식료품의 범위는 시행규칙

별표에 관세율표를 이용하여 제시되어 있다.

25

(계속)

구분 미가공식료품

○ 차류(미포장), 잎담배와 담배 부산물, 인삼류, 생강

과실류

○ 코코넛, 브라질너트, 캐슈너트 등 견과류○ 바나나, 대추야자, 무화과, 파인애플, 아보카도(avocado), 구아바(guava), 망고(mango), 망고스틴

(mangosteen), 감귤류, 포도, 멜론, 수박, 파파야(papaya), 사과, 배, 마르멜로(quince), 살구, 체리, 복숭아2), 자두, 슬로(sloe) 등의 신선과실

○ 건조한 과실과 견과류의 혼합물

채소류

○ 토마토, 파속의 채소(양파, 쪽파, 마늘, 리크(leek) 등), 배추속 채소(양배추, 꽃양배추, 구경(球莖)양배추, 케일(kale) 등), 상추, 치커리, 식용뿌리류(당근, 순무, 샐러드용 사탕무뿌리, 선모(仙茅), 셀러리액(celeriac), 무 등), 오이류, 채두류(菜豆類) 등 채소

○ 건조한 채두류(菜豆類)

수축류○ 말3), 당나귀, 노새, 버새, 소, 물소, 돼지, 면양, 산양, 닭, 오리, 거위, 칠면조, 기니아새 등 식용에 적합한

살아있는 동물

수육류

○ 쇠고기, 돼지고기, 면양과 산양의 고기, 말·당나귀·노새·버새의 고기○ 소, 돼지, 면양·산양, 말, 당나귀·노새·버새, 가금(家禽)류 등 육과의 식용 설육(屑肉)○ 살코기가 없는 돼지 비계와 가금(家禽)의 비계○ 동물(어류는 제외한다)의 장·방광·위의 전체나 부분○ 건(腱)·근(筋)과 원피의 웨이스트(waste) ○ 뼈와 혼코어(horn-core), 이것의 가루와 웨이스트(waste)○ 누에가루

유란류○ 밀크4), 농축유·연유와 분유○ 새의 알, 알의 노른자위와 흰자위○ 유아용 조제 분유

생선류

○ 활어, 어류, 냉동어류, 어류의 필릿(fillet)과 그 밖의 어육○ 건조한 어류, 염장이나 염수장한 어류, 훈제한 어류○ 갑각류, 연체동물, 수생(水生) 무척추동물○ 어류의 웨이스트(waste)

패류 ○ 조개·바지락·백합·홍합·전복과 그 밖의 패류

해조류 ○ 김·미역·톳·파래·다시마와 그 밖의 식용에 적합한 해조류

그 밖의 식용

농축수산·임산물

○ 천연꿀, 산채류○ 따로 분류되지 않은 식용인 동물성 생산품○ 식용에 적합한 과실의 핵(核), 그 밖의 식물성 생산품○ 소금

단순가공

식료품

○ 데친 채소류, 채소 종자○ 김치·단무지·장아찌·젓갈류·게장○ 두부○ 메주·간장·된장·고추장○ 쌀에 인산추출물·아미노산 등 식품첨가물을 첨가·코팅하거나 버섯균 등을 배양시킨 것으로서 쌀의 원형을

유지하고 있는 것

주 1) 팜너트(palm nut)와 핵(核), 목화씨, 피마자, 잇꽃 종자, 양귀비씨, 겨자의 가루는 면세대상에서 제외함. 2) 넥타린(nectarine)을 포함함. 3) 경주마, 승용마 및 번식용 말은 제외함. 4) 농축·건조·가당 또는 발효된 것은 제외함.자료: 기획재정부. ｢부가가치세법｣ 시행규칙 [별표 1]에서 발췌함.

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2.2.2. 미가공 식료품에 대한 부가가치세 면세 도입 배경

미가공 식료품에 부가가치세가 면제된 데에는 크게 두 가지 이유가 있다. 첫

번째는 부가가치세의 성격인 역진성을 완화하기 위한 것이다. 일반적으로 소득

이 증가할수록 식료품에 대한 지출 비중은 감소한다. 따라서 식료품에 부과된 부

가가치세의 세부담은 저소득층일수록 높을 수 있다. 미가공 식료품에 대해 면세

가 이루어지면 상대적으로 저소득층의 세부담이 더욱 크게 완화되는 효과가 있

다. 두 번째는 농업인의 기장능력을 고려하여 세무행정상의 비용을 줄이는 것이

다. 대다수의 농업인이 영세하여 세금계산서 발행, 기장, 세금신고서 작성 및 납

부 등 부가가치세 납세자로서의 의무를 이행하기에는 어려움이 따른다. 따라서

농업인에 대해 면세를 허용함으로써 납세협력비용과 세금징수비용을 절감하는

것이 두 번째 목적이다.

2.3. 영농 투입재 관련 조세특례

2.3.1. 영농 투입재 관련 부가가치세 조세특례 개요

농업인들은 농업생산에 들어가는 투입재 등에 대하여 부가가치세를 감면받

는 형식으로 세제지원을 받을 수 있다. 대표적으로 농업용 유류세 면세, 농축산

용 기자재에 적용되는 영세율, 사후환급되는 농축산용 기자재 부가가치세가 있

으며, 이 밖에도 농업 대행용역의 부가가치세 면세제도가 있다.

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조세특례 　세목연도별 조세지출 현황1)

2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018

기자재 영세율 부가가치세 13,442 13,155 15,717 14,514 14,897 15,017 15,139

대행용역 면세2) 부가가치세 - - - - - - -

기자재 환급 부가가치세 1,584 1,641 1,616 1,588 1,160 799 553

직수입 기자재 면세 부가가치세 45 46 61 53 42 46 49

면세유

부가가치세 4,278 4,135 3,828 2,935 2,345 2,261 2,032

개별소비세 194 189 181 192 315 343 367

교통세 9,336 9,316 9,119 8,692 7,286 7,955 7,823

교육세 1,429 1,426 1,395 1,333 1,140 1,233 1,211

계 15,237 15,066 14,523 13,152 11,086 11,792 11,433

부가가치세 조세감면액 합계19,349

(26.5)

18,977

(25.5)

21,222

(27.6)

19,090

(24.7)

18,444

(22.8)

18,123

(22.6)

17,773

(22.0)

주 1) 2012~16년 자료는 실적값, 2017~18년 자료는 전망값임.

2) 대행용역 면세는 신고의무가 없어 2012~2016년 값은 추정이 곤란함.

3) 괄호 안은 국가 전체 부가가치세 감면액 대비 비중임.

자료: 대한민국정부(각 연도). 조세지출 예산서.

조세지출 현황과 액수

단위: 억 원

해당 특례로 인한 부가가치세 조세지출 규모는 1조 7,773조 원(2018년 기준)

에 이르며 국가 전체 부가가치세 조세감면액의 22.0%를 차지한다. 특례별로는

농업용 기자재 영세율 제도가 가장 크며 영농기자재 부가가치세 사후환급과

면세유가 그 뒤를 잇고 있다. 영농기자재 영세율 적용으로 2018년 기준 1조

5,139억 원의 조세감면이 있을 것으로 추정되며, 면세유의 부가가치세 감면액

은 2,032억 원, 사후환급의 경우 553억 원으로 추정된다.

2.3.2. 농어업용 기자재 부가가치세 영세율

조세제한특례법 제105조(부가가치세 영세율의 적용)에 따라 농업인이 사용

하는 비료, 농약, 사료, 유기농업 기자재 등 농어업용 기자재에 대해서는 부가

가치세 영세율이 적용된다. 원래 국내에서 생산한 모든 재화와 용역에는 부가

가치세 10%가 과세되어야 하지만 수출재화에 한정해 별도로 부가가치세를 거

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래징수하지 않는 것이 원칙이다. 그러나 영농비용 절감을 통해 농림어업의 생

산성을 제고하고, 경쟁력 강화와 농가소득 증대를 도모하기 위하여 농어업용

기자재에 대해 영세율을 적용하고 있다(국회예산정책처 2017: 215). 동 제도는

비료, 농약, 농업용 기계를 대상으로 1989년에 도입되었으며, 이후 대상 품목을

확대하여 현재는 축산업용 기자재, 유기농업 자재까지 영세율 적용 대상이 되

고 있다.

영세율 적용 농축산용 기자재를 취급하는 판매업자는 판매시기와 판매량, 금

액, 품목을 월별판매액합계표, 납품 확인서(농협 등을 통해 공급하는 경우)에

작성하고 해당 서식을 세무서에 제출해야 한다. 또한 판매자는 판매기록표를

비치해 놓고 구매자 정보와 판매 물품을 기록해야 하지만 판매기록표의 제출

의무는 없다(｢농‧축산‧임‧어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율

및 면세 적용에 관한 특례규정｣ 제4조).

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구분 영세율 적용대상 품목

비료 ｢비료관리법｣에 따른 비료

농약｢농약관리법｣ 8조에 따라 농촌진흥청장에게 등록된 농약단, 고독성 농약과 어독성 1급인 보통독성 농약은 제외함.

농업

기계

동력경운기 및 부속작업기, 농용트랙터 및 부속작업기, 관리기 및 부속작업기, 동력이앙기 및 부속작업기, 목책기(농

작물 보호용만 해당한다), 스피드스프레이, 콤바인, 곡물건조기, 동력중경제초기, 동력수확기, 농산물 건조기, 동력상

토조제기, 동력이식기, 농업용 난방기, 잎담배건조레이크이송기, 농업용 병충해방제기, 동력탈곡기, 동력휴립기, 동력

시비기, 동력탈피기 및 박피기, 농산물 결속기, 농산물 운반대 및 운반차, 농산물 세척기, 동력심경기, 동력구굴기,

동력가지절단기 및 파쇄기, 동력수피기 및 파쇄기, 동력비닐피복기 및 동력피복개폐기, 육묘상자, 파종기, 농업용 스

프링클러, 버섯재배소독기, 농산물 선별기 및 정선기

축산용

기자재

육추기, 양계용케이지, 축산급이기, 자동급수기, 니플, 부리절단기, 포유기, 양돈케이지, 이표기, 임신진단기, 음수

투약기, 목책기, 집란기, 계란선별기, 집란벨트, 부화기, 착유기, 원유냉각기, 사료배합기, TMR배합기, 사료절단

기, 싸이로, 사료저장탱크, 축산분뇨제거기, 축산용 정화조, 축산분뇨용 교반기, 축산용 분뇨펌프, 축산분뇨고액분

리기, 축산분뇨발효건조기, 축산분뇨살포기, 축산분뇨저장탱크, 축산분뇨포장기, 산란상, 난좌, 바닥재(플라스틱,

콘슬라트재에 한함), 사료통, 벌통, 채밀기(