Upload
bifurcafe
View
259
Download
4
Embed Size (px)
DESCRIPTION
Слайды с пилотного семинара в высшей школе экономики. Слайд варианта динамической сети можно посмотреть здесь: http://gyazo.com/22669956269833c6eb68582ffb8f9409 http://mirob.interactome.ru
Citation preview
“Анализ и визуализация генных сетей”
Александр Фокин
Институт Биологии Развития им. Н.К.Кольцова РАН, РНИМУ им. Н.И. Пирогова
Генная сеть — группа координировано экспрессирующихся генов, их белковых
продуктов и микроРНК, контролирующих выполнение определенных функций
организма, а также механизмы взаимосвязей между собой .
Работа генной сети регулирует биохимические, физиологические и другие
процессы внутри клетки.
Кроме этого, генные сети тесно переплетены между собой и активно влияют на
работу друг друга.
● NCBI gene
● PubMed Central
● Gene Onthology
● DrugBank
● dbSNP
● SNPPER
● BioGPS
● StringDB
● BioGrid
● WikiPathways
● Panter
● GeneMania
● PharmGkb
● Bio4J
● Reactome
● Biokarta
● GEO
● ArrayExpress
● Manualy Curted Data
● HPRD
● MirBase
● MirTarBase
● OMIM
● Mesh
● FDA
● NCI
● NCCN
● что вспомнил!
Использованнные инструменты и базы данных:
Нужно уметь задавать правильные вопросы:
• Что и зачем мы хотим получить из огромного количества
информации?
• Как это сделать?
Что пошло не так внутри клетки конкретного организма?
• биомаркеры
прогностические
диагностические
Кто виноват?
• гены-мишени/мутации
• сигнальные каскады
Как исправить?
• лекарственные препараты
• гайд-лайны
Вначале была
база данных
Надо бы это все визуализировать
Генная сеть TP53 на GraphViz
Очень много информации на одном экране.
Проблема: получается сложно и непонятно
Что делать?
Создали графическую и цветовую нотацию:
Опять инфохаос
Связали Ген-РНК-Белок-микроРНК в единые сущности
А что будет, если использовать открытые базы? данных?
Информация об узле Информация о ребре
Информация о генной сети
Все равно все очень сложно и непонятно.
Фильтры
Планируем добавить фильтры:
● Тканевая специфичность
● Cut-off по уровням экспрессии
● По сигнальным каскадам
Колоректальный рак
Gene Ontology?
MirOB Ontology!
Cisplatin resistance gene network
Антагонизм MIR34A и MIR21
Кратчайший путь: PAX6 => OPTN
Потенциальные пути: PAX6 => OPTN
Случайно уронили SNPPer
Лекартсва, действующие на мишени
http://omictools.com/rna-seq-c1212-p1.html
RNA-seq analysis
http://omictools.com/gene-expression-array-c1210-p1.html
Gene expression microarray analysis
MirOB -- инструмент анализа генных сетей
http://mirob.interactome.ru
Что дальше
● Динамическая визуализация генных сетей● Градации по экспрессионным уровням на генной сети● Анализ “сырых” данных в облаке (Arrays & RNA-seq)● GWAS анализ● Имплементация основных мировых гайд-лайнов
лечения онкозаболеваний● Распределенные вычисления
Полноценный workflow от загрузки любых данных, до понятного отчета.
Александр Фокин
http://mirob.interactome.ru
+7 910 452 44 84