SNP molekulinio kariotipavimo rezultatai -ŪLL. Genetinių … · 2018-09-13 · •4 monosomija...

SNP molekulinio kariotipavimo rezultatai - ŪLL.

Genetinių tyrimų algoritmas HOTC

SNP-A analizė• Naudoti mikrolustai, turintys 300 000 SNP žymenų

• Ištirti 20 suaugusiųjų ŪLL pacientų.

V P, 63 m.

V P, 63 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• dup(1q)

• del(1)(p23) (16.7 Mb) – RPS7, TPO

• del(5q)

• dup(10)(p12p15) (13 Mb) – CUBN, MLLT10

• del(10)(q21.2) (4.2 Mb) – ZNF365

• del(10)(p14) (2.8 Mb) – CELF2

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

RPS7 – koduoja ribosominį baltymą, reikalingas rRNR brendimui.

TPO – skydliaukės hormonų T(3) ir T(4) reguliatorius.

CUBN – dalyvauja vit.B12, geležies, lipoproteinų metabolizme.

MLLT10 - myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia. Transkripcijos veiksnys, būna fusion

• dup(13q)

• 20 trisomija

• 21 trisomija

• del(22)(q13qter) (8.1 Mb)

• 17p LOH

leukemia. Transkripcijos veiksnys, būna fusion su MLL.

ZNF365 – dalyvauja šlapimo rūgšties metabolizme.

CELF2 – su RNR sąveikaujantis baltymas, siejamas su neuroblastoma.

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – kč nevertinti

• blastai kraujyje – 75%

V J, 22 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• dup(4q) (227 Kb) – GRID2

• del(9)(p22) (1.1 Mb) – 24 genai, IFNA1,

CDKN2A

• 21 trisomija

• 13q LOH

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

GRID2 – jonotropinis glutamato receptorius, dalyvauja neurotransmiterių pernašoje. Funkcijos sutrikdymas siejamas su neuronų apoptoze.

IFNA1 – interferonas-alfa, produkuojamas makrofagų, būdingas antivirusinis aktyvumas

CDKN2A – nuo ciklinų priklausantis kinazės 2A inhibitorius, vėžio supresorius, dalyvauja reguliuojant G1 ir G2 ląstelės stadijas,

V J, 22 m.

reguliuojant G1 ir G2 ląstelės stadijas, stabilizuoja p53 baltymą, jungiasi ir reguliuoja (slopina) BCL6 geno transkripcijos aktyvumą

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 86%

• kariotipu nustatyta 21 trisomija

S R, 55 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• del(9)(p13) (2.8Mb) – PAX5, FANCG

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

PAX5 – dalyvauja B-ląstelių diferencijacijoje

FANCG – DNR reparacijos baltymas, dalyvauja post-replikacinėje reparacijoje, yra ląstelės ciklo “check-point” reguliatorius, siejamas su Fankoni anemija

S R, 55 m.

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 87%

• BCR-ABL(+)

S Ž, 25 m.

S Ž, 25 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• dup(2q) (16 Mb)

• dup(11p) – chromosomos trumpasis petys

• dup(16p) (6 Mb)

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

analizuojami

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kraujas

• blastai – 52%

• KMUK

R S, 22 m.

R S, 22 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• aberacijų nenustatyta

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 77%

R G, 22 m.

R G, 22 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• dup(3)(q27) (2.9 Mb) – BCL6, LPP

• dup(6)(q13q22) (80Mb)

• del(9)(p22) (4.6 Mb) – MLLT3

• del(13)(q33) (6.9 Mb) – LIG4, ING1, F7

• dup(14)(q32) (18.3 Mb)

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

BCL6 – transkripcijos faktorius, susijęs su B-cell CLL/lymphoma 6 patogeneze

LPP – dalyvauja ląstelių adhezijoje arba kaip transkripcijos ko-aktyvatoius, dažnas onkogeninių translokacijų dalyvis

MLLT3 - myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia, būna fusion su MLL

LIG4 – DNR ligazė, dalyvauja V(D)J LIG4 – DNR ligazė, dalyvauja V(D)J rekombinacijoje ir DNR dvigubų trūkių reparacijoje

ING4 – vėžio supresoriaus genas, sąveikauja su p53, stabdo ląstelių augimą ir aktyvuoja apoptozę.

F7 – koaguliacijos faktorius VII, funkcijos sutrikdymas siejamas su koagulopatija

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai (2010-07-27)

• blastai – 23%

• pirminis refrakterumas

• MRD pagal IG/TCR 100% (2011-05-10)

• diagnozuotas įgimtas VII faktoriaus deficitas

P M, 56 m.

P M, 56 m.

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

RPS14 – ribosominis baltymas S14

IRGM – siejamas su imuniniu atsaku į infekcijas, yra indukuojamas interferono, dalyvauja makrofagų adhezijoje

Nustatytos genominės aberacijos:

• del(5)(q32) (400 Kb) – RPS14, IRGM

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 21,5%

• molekuliniai tyrimai - neigiami

N K, 55 m.

N K, 55 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• 2p LOH

• 5q LOH

• 6pLOH

• 15p LOH

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

analizuojami

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 96%

• molekuliniai tyrimai - neigiami

A K, 59 m.

A K, 59 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• 4q LOH

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

analizuojami

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 89%

• molekuliniai tyrimai - neigiami

K K, 18 m.

K K, 18 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• norma

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 84%

• molekuliniai tyrimai, FISH – neigiami

• kariotipas – norma

J Š, 79 m.

J Š, 79 m.

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

> 56 chromosomos bei 4 ir 10 trisomijos siejamos su gera prognoze

Nustatytos genominės aberacijos:

• 1 trisomija

• 4 trisomija

• 5 trisomija

• 10 trisomija

• 11 trisomija

• 14 trisomija

• 15 trisomija• 15 trisomija

• 16 trisomija

• 22 trisomija

• dup(17p)

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 32%

• molekuliniai tyrimai – neigiami

J B, 79 m.

J B, 79 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• 3 monosomija

• 4 monosomija

• 7 monosomija

• 8 trisomija

• 9 monosomija

• 13 monosomija

• 17 monosomija

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

FANCM – siejamas su Fankoni anemija, dalyvauja viengranžių DNR trūkių reparacijoje.

• 17 monosomija

• 18 monosomija

• 20 monosomija

• dup(14q) (12 Mb) - FANCM

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 92%

• molekuliniai tyrimai – neigiami

• ligos progresija specifinio gydymo fone, konstatuojamas refrakteriškumas

I E, 26 m.

I E, 26 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• del(6)(q21) (6.4 Mb)

• del(17p)

• dup(21q)+ LOH – AML1(RUNX)

• 7q LOH (16.7 Mb)

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

AML1 – amplifikacija blogas prognostinis žymuo

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 85%

• FISH – galima AML1 amplifikacija

I G, 19 m.

I G, 19 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• 9p LOH (24 Mb) – JAK2

• del(10)(q23) (430 Kb) – PTEN

• del(1)(p32p33) (500 Kb) – SIL/TAL1

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

PTEN – vėžio supresoriaus genas, fosfatazė, taip pat dalyvauja neuronų veikloje, sinapsių susidaryme, reguliuoja insulino ir gliukozės metabolizmą.

JAK2 - ?

SIL/TAL1 - ?

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 84%

• RPL

• FISH – del(1)(p32p32)

G R, 19 m.

G R, 19 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• 4 trisomija

• 6 trisomija

• 9 trisomija

• 17 trisomija

• 18 trisomija

• X trisomija

• dup(14q) (4 Mb+2 Mb)

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

Hiperdiploidinis kompleksinis kariotipas

• dup(14q) (4 Mb+2 Mb)

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 77,5%

• FISH – galimi chromosomų skaičiaus pakitimai: trys 9, 4 chromosomos, keturios 21, 14 chromosomos

• Citogenetika (SORPO) - išanalizuota 25 ląstelės. 11-oje ląstelių nustatytas hiperdiploidinis kompleksinis kariotipas. Atskirose ląstelėse rasti skirtingi papildomų chromosomų deriniai. Taip pat rasta papildoma markerinė chromosoma, kurios susidarymo mechanizmas neindentifikuotas. Likusiose ląstelėse nustatytas moteriškos lyties kariotipas be pakitimų

E D, 53 m.

E D, 53 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• dup(3q)(9 Mb, BRCA2, KL )+del(3q)(2.6 Mb)+dup(3q)(9,7 Mb, RB1)

• dup(19p)

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

BRCA2 – dalyvauja dvigrandžių DNR trūkių reparacijoje ir homologinėje rekombinacijoje.

KL – reguliuoja kalcio ir fosforo homeostazę.

RB1 – vėžio supresoriaus genas, retinoblastoma

ELANE – mutacijos šiame gene siejamos su cyclic neutropenia ir severe congenital neutropenia neutropenia

STK11 – kinazė, vėžio supresoriaus genas

TCF3 – transkripcijos reguliatorius, dalyvauja ankstyvoje B-ląstelių diferencijacijoje.

KLF1 – dalyvauja eritropoezėje

LYL1 – transkripcijos faktorius, dalyvauja hematopoezėje, dažnai įvyksta translokacijos tarp šio geno ir T ląstelių receptoriaus beta lokuso

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 79,5%

• FISH - neigiamas

E B, 22 m.

E B, 22 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• del(1)(q34) (2 Mb) – PBX1

• dup(9)(q21) (1.2 Mb) – RMI1

• dup(10q)

• 22q LOH

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

PBX1 – transkripcijos aktyvatorius, siejamas su pre-B ląstelių leukemija, dalyvauja steroidogenezėje.

RMI1 – dalyvauja DNR reparacijoje

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 92%

• molekuliniai tyrimai - neigiami

D M, 63 m.

D M, 63 m.

Nustatytos genominės aberacijos:

• 8p LOH (4 Mb)

• dup(15)(q11) (3 Mb) – BCL8

Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:

BCL8 – transkripcijos faktorius, susijęs su B-cell CLL/lymphoma 8 patogeneze

Laboratoriniai duomenys

• mėginys – kaulų čiulpai

• blastai – 60%

• molekuliniai tyrimai – BCR-ABL1(+)

PCR FISH G-banding SNP-A

AMLt(15;17), t(8;21), t(6;9),

inv(16), t(9;11), t(9;22) inv(3), MLL, RARA break - +

ALLt(9;22), t(1;19), t(4;11),

t(12;21), IG/TCRMLL, AML ic21(amp), E2A t(1;19),

BCR-ABL1 + +(pagal reikala)

MDS - MLL

+(jei SNP-A nepavyksta arba atskiru paskyrimu) +

Genetinių tyrimų algoritmas HOTC

MPN - MLL

+(jei SNP-A nepavyksta arba atskiru paskirimu) +

LML t(9;22) t(9;22) - -

LLL - del(17p), del(11q) - -

MM - del(17p), t(4;11) - -