View
667
Download
3
Category
Preview:
DESCRIPTION
biochmeistry of protein with terry smith,huneyy...where are u?..:))
Citation preview
Biochemistry of protein
Tiurma PT simanjuntak,M.si
protein
Adalah kopolimer dari
20 asam amino melalui
ikatan peptida.
Protein
Protein disintesis dari asam amino yang
disatukan oleh ikatan peptida untuk membentuk
rantai lurus.
Rantai ini kemudian akan melipat-lipat sehingga
membentuk struktur tiga-dimensi protein.
Ada 20 jenis asam amino yang digunakan untuk
mensintesis protein dalam ribosom.
Struktur Polipeptida
Asam amino
Adalah senyavva yang
memiliki gugus amino
dan asam karboksilat
dalam molekul yang
sama.
Untuk membentuk
struktur, gugus R yang
membedakan.
Asam Amino
Semua -C pada asam amino mengandung;
- Gugus amino (NH2)
- Gugus karboksil (COOH)
- Rantai sisi yang berbeda-beda (R)
Kecuali glisin, semua asam amino memiliki -Cyang bersifat asimetrik dan berkonfigurasi L.
Fungsi asam amino berkaitan dengan sifat kimiarantai sisinya.
20 Jenis Asam Amino
Asam Amino Essensial
Nama Rantai Sisi
Fenilalanin Aromatik non-polar Phe F
Isoleusin Rantai bercabang Ile I
Leusin Rantai bercabang Leu L
Lisin Positif basa Lys K
Metionin Polar tak bermuatan Met M
Treonin Polar tak bermuatan Thr T
Triptofan Aromatik polar Trp W
Valin Rantai bercabang Val V
Arginin (separuh ess.) Positif basa Arg R
Histidin (separuh ess.) Positif basa His H
Asam Amino Non-Essensial
Nama Rantai Sisi
Alanin Non-polar alifatik Ala A
Asparagin Polar tak bermuatan Asn N
Aspartat Negatif asam Asp D
Glisin Non-polar alifatik Gly G
Glutamat Negatif asam Glu E
Glutamin Polar tak bermuatan Gln Q
Prolin Non-polar siklik Pro P
Serin Polar tak bermuatan Ser S
Sistein Polar tak bermuatan Cys C
Tirosin Aromatik polar Tyr Y
Ikatan Peptida,seperti sudah dijelaskan
sebelumnya Bahwa:
Ikatan peptida (ikatan amida) adalah;
Ikatan yang menyatukan asam amino satu dengan
asam amino lainnya untuk membentuk rantai
linear yang disebut polipeptida.
Ikatan ini terjadi bila gugus -karboksil suatu
asam amino melekat secara kovalen kepada
gugus -amino asam amino berikutnya.
Pembentukan Ikatan Peptida,harus tahu....
Jenis struktur asam amino
1.Alifatik(R adalah carbon and hidrogen)
glycine - R=H
alanine - R=CH3 methyl group
valine R = branched; hydrophobic; important in protein folding
leucine R= 4 carbon branched side chain
isoleucine R = 2 chiral centers
proline R = ring; puts bends or kinks in proteins; contains a secondary amino acid.
Alifatik-alanine
alanine - R=CH3
methyl group
Alifatik- valine
valine R = branched; hydrophobic; important in protein folding
Alifatik-leucine
leucine R= 4 carbon branched side chain
Alifatik-isoleucine
isoleucine R = 2 chiral
centers
Alifatik-proline
proline R = ring; puts bends or kinks in
proteins; contains a secondary amino group.
jenis struktur asam amino
2. aromatic (R groups
adalah phenyl ring)
phenylalanine - very
hydrophobic
tyrosine - hydrophobic, but
not as much because of
polar groups
tryptophan - “Absorb UV
light at 280 nm --> used
to estimate [protein]
Aromatik-tyrosine
tyrosine - hydrophobic, but not as much because of
polar groups.
Aromatik-triptofan
tryptophan - “Absorb UV light at 280 nm -->
used to estimate [protein]
jenis struktur asam amino
3. sulfur-containing R
groups
methionine - sulfur is
internal (hydrophobic)
cysteine - sulfur is
terminal --> highly
reactive; can form
disulfide bonds.
jenis struktur asam amino
4) side chains with alcohols
serine - b-hydroxyl groups --> hydrophilic
threonine - “alkohol and amina”
Jenis struktur asam amino5) basic R groups
histidine - hydrophilic
side chains - + charged
at neutral pH.
lysine - “tvvo base”
arginine - strong base
jenis struktur asam amino
6) acidic R groups and amide derivatives
aspartate - b carboxyl group -confer - charges on proteins.
glutamate - g carboxyl group
asparagine - amide of aspartate - side groups uncharged --> polar
glutamine - amide of glutamate - “Amide groups can form H bonds with atoms of other polar amino acids.
Amida derivative
asam glutamat = karboksil grup
Amida derivative
asparagine - amide of aspartate - side groups uncharged --> polar
amida derivative
glutamine - amide of
glutamate - “Amide
groups can form H
bonds with atoms of
other polar amino acids.
Sifat asam amino
1.ion zvviter
2. ph isoelektrik( phi) memakai Henderson-
Hasselbalch equation
a carboxyl group pKa 1.8-2.5
a amino group pKa 8.7-10.7
3.amfoter (=asam basa,untuk ikatan peptida)
Henderson-Hasselbalch equation
ionization carbokxyl alanine,
pH = pKa + log [conjugate base]
[weak acid]
7 = 2.4 + log [RCOO-]
[RCOOH]
4.6 = log [RCOO-]
[RCOOH]
39810:1 artinya the anion greatly (almost all COOH groups are ionized).
For the ionization of the alpha amino group of alanine,
7 = 9.9 + log [NH2] -NH3+ ---> NH2 = H+
[NH3+]
-2.9 = log [NH2]
[NH3+]
0.001:1 or 1 in 1000 molecules (undissociated group predominates)
At pI of 6.15, there is no net charge (all of the carboxyl groups are unprotonated, and none of the amino group is unprotonated).
pI = (pKa1 + pKa2)/2
For R groups that are ionizable, the pI is not simply the average!!!
Digesting protein,pemecahan
protein
Chemical living(importan)
ALCOHOLS
Chemical living
Eter
Chemical living
Asam
Chemical living
Ester
Chemical living
Amida
Chemical living
Anhydrida
Chemical living
Thyol
Chemical living
Pospat
tugas
Pelajari Struktur protein
Struktur Primer
Adalah urutan linear asam amino yang disatukan
oleh ikatan peptida.
Tidak terjadi percabangan rantai pada struktur
ini.
Struktur primer menentukan konformasi tiga-
dimensi suatu protein.
Jenis rantai sisi pd msg-msg residu asam amino
pd suatu protein menentukan bagaimana rantai
akan mengadakan lipatan- lipatan sehingga
membentuk struktur asli.
STRUKTUR PRIMER
R H O R H O R
H H
C N C C N C C
N C C N C C N C
H H H
H O R H O R H O
Struktur Sekunder
Struktur yang terjadi akibat adanya ikatan
hidrogen antara atom-atom ikatan peptida.
Mencakup heliks- dan lembar- .
Heliks- terbentuk dari ikatan hidrogen antara
msg-msg atom O karbonil pd sebuah ikatan
peptida dgn H yang melekat ke atom N amida pd
suatu ikatan peptida 4 residu asam amino
disepanjang rantai polipeptida.
Rantai sisi residu asam amino pd heliks-
mengarah ke luar dari sumbu sentral.
O O O O O
C H C H C H C H C
N C N C N C N C N C
H H H H H H H H H H
27 ribbon 310 helix helix helix
Ikatan hidrogen pada struktur helix
Struktur helix
ikatan
hiodrogen
Helix ganda tiga Rambut
Konformasi Ikatan hidrogen terjadi antara dua rantai polipeptida
konformasi β yg membtk lembaran yang berlipat (pleated sheeds) Sutera (fibroin)
Ikatan hidrogen
Struktur Tersier
Adalah konformasi tiga-dimensi keseluruhan
Terdiridarisatusubunit.
Interaksi antara rantai sisi residu asam aminodalam protein; - interaksi elektrostatik
- ikatan hidrogen
- interaksi hidrofobik
- ikatan disulfida
Ranah (domain) tertentu yang terdiri daricampuran struktur dan serta urutan lengkungyang lebih acak dari struktur sekunder.
Berbentuk protein globuler dan fibrosa.
Struktur tersier Terjadinya pelipatan (folding) rantai α-helix atau
konformasi-βmembentuk protein globular yg struktur 3
dimensinya lebih rumit daripada protein serabut
Struktur Kuarterner
Struktur yang terdiri dari berbagai subunit.
Subunit disatukan oleh;
- interaksi elektrostatik
- interaksi hidrofobik
- ikatan hidrogen
Contoh;
Hemoglobin yang mengandung 4 subunitglobin( 1, 2, 1, 2) yang msg-msg mengandung hemdan mengikat oksigen.
Struktur kuartener Terbentuk karena interaksi antara 2 molekul globular
atau lebihmisal : interaksi antar globin dalam hemoglobin
Sekian tugas dan jawaban
Selamat belajar biochemistry gizi...!!!
Recommended