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张桂香 全国畜牧兽医总站畜草中心

2005.11.15

我国地方猪种遗传距离测定分析

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主 要 内 容主 要 内 容

项目简介

项目立项背景

技术方案与实施

项目主要研究成果

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项 目 简 介项 目 简 介

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简 介简 介

农业部农牧渔业种质资源保存利用项目

样品采集涉及全国 21 个省（市、自治区） 80 多

个乡、镇的保种场和保护区，参加品种资料收集、

调查工作的单位达 25 个，参加人员近 200 人

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立 项 背 景立 项 背 景

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立 项 背 景立 项 背 景 生物多样性的保护和利用是当今人类环境与发展领域

的中心议题，而遗传多样性又是生物多样性中与人类关系最密切的组成部分

我国拥有丰富的地方猪种遗传资源，但与发达国家相比对地方猪种的遗传特性研究得不够深入，而且近年来地方猪种遗传多样性呈现出日益贫乏的不良迹象

我国地方猪品种间普遍存在着同种异名、同名异种等问题，造成保种效率低，保种进程缓慢

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立 项 目 的立 项 目 的 保种工作的发展，主要依靠对品种遗传特性的深入研

究。没有研究，就不能发掘潜在的宝贵遗传特性，保种工作就是消极的，没有意义的

借助现代分子生物学技术，研究地方猪品种的遗传特

性和彼此间的亲缘关系，从保护遗传多样性的角度来

保护和利用地方品种，为国家制订有效的种质资源保

护利用策略提供科学依据

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技术方案与实施技术方案与实施

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技 术 方 案技 术 方 案 遗传距离

– 用基因频率的函数表示的群体间遗传差异

– 分析群体之间的遗传结构、确定品种（群体）间亲缘关系远近

– 所用基因座位通常都是不受自然和人工选择压力的座位 (May, 1990)

– 为畜禽品种资源的保存利用提供了客观标准

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技 术 方 案技 术 方 案

研究群体

– 以《中国猪品种志》 (1986) 中收录的地方猪种作为

研究的主要对象，这些品种具备中国猪种的典型特

征，可较全面地包含中国地方猪种的遗传特性

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技 术 方 案技 术 方 案 品种选择

– 依据《中国猪品种志》所列品种，部分名称已经合并的品种按照合并前的名称采集，同时收集 3 个外源品种作为对照

采样原则

– 随机抽样与典型群抽样相结合，每品种数量 60

头，公猪不少于 10%

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全国 21 个省（市、自治区、直辖市）样品采集地点分布示意图

表示地方猪种的采样地点表示外源猪种的采样地点

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技 术 方 案技 术 方 案 微卫星和血液蛋白多态性研究在探讨品种遗传变异

及亲缘关系等方面具有重要的应用价值

微卫星标记研究，采用 FAO-ISAG推荐的 27 对微卫

星 DNA引物，使研究结果具有全球通用性和可比性

选用多态性较为丰富的 8 个血液蛋白基因座位，作

为微卫星 DNA 多态性研究的补充

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技 术 方 案技 术 方 案 微卫星简介

– 也叫做简单重复序列

– 呈共显性遗传

– 由核心序列和侧翼序列构成

– FAO-ISAG将其推荐为评估畜禽遗传多样性的首选分子标记

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技 术 方 案技 术 方 案 微卫星等位基因分型 片段A：– GAGAT – (AC)n – TCTAG – 片段B：– GAGAT – (AC)m – TCTAG – 片段C：– GAGAT – (AC)k – TCTAG – …... …...

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27 个猪微卫星座位名称 (FAO-ISAG)

及所在染色体位置

座位

染色体位置

座位

染色体位置

座位

染色体位置

CGA 1p Sw122 6 S0090 12

S0155 1q S0228 6 S0068 13 Sw240 2p Sw632 7 S0215 13 S0226 2q S0101 7 Sw857 14 Sw72 3p S0025 8 S0355 15 S0002 3q S0178 8 Sw936 15 S0227 4 Sw911 9 S0026 16 S0005 5 Sw951 10 Sw24 17 IGF1 5 S0386 11 S0218 X

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蛋白质多态性检测座位蛋白质系统 等位基因数 等位基因符号

白蛋白（Alb） 3 AlbA, AlbB, AlbO,

淀粉酶（Am1） 6 AmA, AmB, AmC,

AmX, AmY

血液结合素（Hpx） 9 HpO, Hp1F, Hp1, Hp2F , Hp2,

Hp3F, Hp3, Hp4, Hp5

蛋白酶抑制物-1（Pi-1） 2 Pi-1A, Pi-1B

蛋白酶抑制物-2（Pi-2） 3 Pi-1A, Pi-1B, Pi-1C

后白蛋白-1（Po-1） 2 Po-1A, Po-1B

后白蛋白-2（Po-2） 2 Po-2F, Po-2S

转铁蛋白（Tf） 6 TfA,TfB,TfC,TfD,TfEames, Tf1

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数据统计分析

– 等位基因频率 (GenePop ， Version3.1)

– 遗传杂合度、多态信息含量

– 遗传距离（ Dispan, 1993, DA 和 DS ）

– 聚类分析（ UPGMA 和 NJ法）

技 术 方 案技 术 方 案

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主要研究成果主要研究成果

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主要研究成果主要研究成果 完成 26 个微卫星和 8 个血液蛋白基因座位的多态

性研究，建立了一套完善的分子标记检测技术

通过对品种内和品种间遗传变异的分析，初步建

立了 60 个猪品种的微卫星 DNA 标记和血液蛋白

多态性的资料数据库

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主要研究成果主要研究成果

血清蛋白多态性的遗传变异

– 中国地方猪种的 8 个血清蛋白座位均具有多

态性，分别受 2~7 个等位基因调控，并且具

有一定的品种特征

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部分血液蛋白基因座的电泳模拟图

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主要研究成果主要研究成果 微卫星多态性的遗传变异– 地方猪种的等位基因数量非常丰富

– 3 个引进猪种与地方猪种的遗传距离很大

– 海南猪和五指山猪有着最小的遗传距离。最大的遗传距离出现于滨湖猪与小梅山猪之间。江苏的 7 个猪种之间和湖南的 5 个猪种之间的遗传距离较小

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部分微卫星座位的电泳分型图谱

IGF1 玉山黑猪

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金华猪

部分微卫星座位的电泳分型图谱

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部分微卫星座位的电泳分型图谱

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部分微卫星座位的电泳分型图谱

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部分微卫星座位的电泳分型图谱

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微卫星标记的 DA/NJ聚类图

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主要研究成果主要研究成果

57 个地方猪种在所研究的微卫星座位上具有 61 个

特有等位基因和 258 个优势等位基因以及一部分

血液蛋白座位的优势等位基因，根据这些等位基

因及其组合，结合生物统计学方法可以开展地方

猪种的种质鉴别工作

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主要研究成果主要研究成果 具有特有等位基因和 /或优势等位基因的典型品种

是 (括号里的数字分别是等位基因及频率 )：– 民猪的 SW24(91:0.08) 、 SW240(110:0.81) 、 SW72(100:0.54)

– 东山猪的 S0228(276:0.06) 、 SW951(125:0.97) 、 S0002(198:0.50)

– 莱芜猪的 S0227(272:0.14) 、 Hpx3(0.5508)

– 河套大耳猪的 SW632(187:0.06) 、 Hpx1(0.8113) 、 Hpx4(0.1038)

– 阳新猪的 Hpx2(0.9677)

– 马身猪的 Hpx1F(0.6949) 、 Hpx2(0.2373)

– 金华猪的 Hpx2F(0.0648) 等品种

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主要研究成果主要研究成果 本研究结果与其他研究结果的相同点：

– 中梅山猪、小梅山猪之间，米猪与二花脸猪、沙乌头猪之间的亲缘关系很近，这与历史记载相吻合

– 江西省的地方猪种间差别很大，本研究支持2001 年《江西畜禽品种志》的观点，认为东乡猪与乐平猪的亲缘关系较远

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主要研究成果主要研究成果 本研究结果与其他研究结果的相同点

– 通城猪、清平猪之间的亲缘关系较近，同为江海型的阳新猪和二花脸猪相距甚远，这与樊彬等（ 199

9 ）的结论基本一致– 在猪品种志中，云南的富源大河猪和贵州的柯乐猪被划为一个品种—乌金猪，在本研究中，二者的亲缘关系也非常近

– 湖南省的 5 个猪品种之间的亲缘关系较近，这与陶钧（ 1992 ）等研究结果基本相同

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主 要 建 议主 要 建 议 对比品种志的结论，本项目提出了存在同名异种、同

种异名的品种，确定的依据是 Bootstrap抽样检验的可靠程度以及品种表现特性的差异

这些猪品种是：– 嘉兴黑猪应从太湖猪中划分出来– 东乡猪与乐平猪是不同品种– 鄂西黑猪与盆周山地猪是不同品种– 东山猪从华中两头乌中分离出来– 河套大耳猪、淮南猪、莱芜猪和马身猪合称为黄淮海黑

猪不妥，它们是不同的品种– 富源大河猪和柯乐猪可以合称为一个品种—乌金猪– 二花脸猪、中梅山猪、小梅山猪、米猪、沙乌头猪可以

合称为太湖猪

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